source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_CO2_cmip/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90 @ 9309

Last change on this file since 9309 was 9114, checked in by frrh, 3 years ago

Apply changes developed under Met Office GMED ticket number 351 in development
branch branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl.

The command issued to perform the merge is:

svn merge -r 8590:9053 svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl

File size: 36.3 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_fin_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_fin_mod  ***
4   !! Finalisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Amend bethic reservoir updating
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_fin     ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_fin( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_fin  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - ...
33      !!----------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod
35      USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt, e3t_n, tmask
36      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
37# if defined key_iomput
38      USE iom,               ONLY: iom_put, lk_iomput
39# endif
40      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
41      USE oce,               ONLY: chloro_out_cpl 
42      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa_2d, jp_medusa_3d,          &
43                                   jp_medusa_trd, jpchd, jpchn
44      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1, jpk
45      USE phycst,            ONLY: rsmall
46      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis
47      USE sms_medusa,        ONLY: jinorgben, jorgben,                  &
48                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3,           &
49                                   f3_omarg, f3_omcal, f3_pH,           &
50                                   za_sed_c, za_sed_ca, za_sed_fe,      &
51                                   za_sed_n, za_sed_si,                 &
52                                   zb_sed_c, zb_sed_ca, zb_sed_fe,      &
53                                   zb_sed_n, zb_sed_si,                 &
54                                   zn_sed_c, zn_sed_ca, zn_sed_fe,      &
55                                   zn_sed_n, zn_sed_si, zn_chl_srf,     &
56                                   scl_chl, chl_out
57      USE trc,               ONLY: med_diag, nittrc000, trn 
58      USE trcnam_trp,        ONLY: ln_trcadv_cen2, ln_trcadv_tvd
59 
60      !! time (integer timestep)
61      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
62
63      INTEGER :: ji, jj
64      INTEGER :: jn
65
66      REAL(wp) :: fq0,fq1,fq2,fq3
67
68# if defined key_roam                     
69      !!----------------------------------------------------------------------
70      !! AXY (09/08/17): fix benthic submodel
71      !!----------------------------------------------------------------------
72      !! Process benthic in/out fluxes
73      !! These can be handled outside of the 3D calculations since the
74      !! benthic pools (and fluxes) are 2D in nature; this code was
75      !! developed with help from George Nurser (NOC); it cannot be run
76      !! in a configuration with variable time-stepping with depth
77      !!----------------------------------------------------------------------
78      !!
79      !! time-step calculation
80      if (jorgben.eq.1) then
81         za_sed_n(:,:)  = zb_sed_n(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
82                          ( f_sbenin_n(:,:)  + f_fbenin_n(:,:)  - f_benout_n(:,:)  ))
83         za_sed_fe(:,:) = zb_sed_fe(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
84                          ( f_sbenin_fe(:,:) + f_fbenin_fe(:,:) - f_benout_fe(:,:) ))
85         za_sed_c(:,:)  = zb_sed_c(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
86                          ( f_sbenin_c(:,:)  + f_fbenin_c(:,:)  - f_benout_c(:,:)  ))
87      endif
88      if (jinorgben.eq.1) then
89         za_sed_si(:,:) = zb_sed_si(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
90                          ( f_fbenin_si(:,:) - f_benout_si(:,:) ))
91         za_sed_ca(:,:) = zb_sed_ca(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
92                          ( f_fbenin_ca(:,:) - f_benout_ca(:,:) ))
93      endif
94      !!
95      !! time-level calculation
96      if (jorgben.eq.1) then
97         zb_sed_n(:,:)  = zn_sed_n(:,:)  + (atfp * &
98                          ( za_sed_n(:,:)  - (2. * zn_sed_n(:,:))  + zb_sed_n(:,:)  ))
99         zn_sed_n(:,:)  = za_sed_n(:,:)
100         zb_sed_fe(:,:) = zn_sed_fe(:,:) + (atfp * &
101                          ( za_sed_fe(:,:) - (2. * zn_sed_fe(:,:)) + zb_sed_fe(:,:) ))
102         zn_sed_fe(:,:) = za_sed_fe(:,:)
103         zb_sed_c(:,:)  = zn_sed_c(:,:)  + (atfp * &
104                          ( za_sed_c(:,:)  - (2. * zn_sed_c(:,:))  + zb_sed_c(:,:)  ))
105         zn_sed_c(:,:)  = za_sed_c(:,:)
106      endif
107      if (jinorgben.eq.1) then
108         zb_sed_si(:,:) = zn_sed_si(:,:) + (atfp * &
109                          ( za_sed_si(:,:) - (2. * zn_sed_si(:,:)) + zb_sed_si(:,:) ))
110         zn_sed_si(:,:) = za_sed_si(:,:)
111         zb_sed_ca(:,:) = zn_sed_ca(:,:) + (atfp * &
112                          ( za_sed_ca(:,:) - (2. * zn_sed_ca(:,:)) + zb_sed_ca(:,:) ))
113         zn_sed_ca(:,:) = za_sed_ca(:,:)
114      endif
115# endif     
116
117#  if defined key_debug_medusa
118         !! AXY (12/07/17)
119         !!-----------------------------------------------------------------
120         !! Check conservation of MEDUSA's sinks-minus-sources using fflx_X
121         !! diagnostics (i.e. biogeochemical processes only)
122         !!   - fflx_X diagnostics *should* include all transfers between
123         !!     modelled components
124         !!   - they should also include gains / losses due to air-sea
125         !!     fluxes of C and O2, aeolian and seafloor inputs of Fe, and
126         !!     inputs from seafloor "benthic buckets" (N, Si, Fe, C and
127         !!     alkalinity)
128         !!   - however, they do not include the transfer of material to
129         !!     "benthic buckets" by sedimenting slow- and fast-sinking
130         !!     detritus since these are separate 2D reservoirs
131         !!   - consequently, for a given water column, the integrated
132         !!     fluxes should sum to the "loss" of material to the "benthic
133         !!     buckets"
134         !!   - if they do not, this suggests that MEDUSA contains errors
135         !!     in its accounting (e.g. processes omitted from calculated
136         !!     fluxes)
137         !!   - here, the local integrated fluxes and benthic inputs (plus
138         !!     air-sea fluxes in the case of C) are reported together with
139         !!     the resulting error
140         !!   - only N, Si, C and alkalinity inventories considered; Fe and
141         !!     O2 overlooked because of wholesale loss (and addition, in
142         !!     the case of O2) of these tracers within the water column
143         !!-----------------------------------------------------------------
144         !!
145         !! nitrogen
146         DO jj = 2,jpjm1
147            DO ji = 2,jpim1
148               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
149                  fq0 = fflx_n(ji,jj)
150                  fq1 = f_sbenin_n(ji,jj) + f_fbenin_n(ji,jj)
151                  fq2 = fq0 + fq1
152                  fq3 = f_benout_n(ji,jj)
153                  if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,4f15,5)')                   &
154                     'AXY N   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',      &
155                     fq0,fq1,fq2,fq3
156               ENDIF
157            ENDDO
158         ENDDO   
159         !! silicon
160         DO jj = 2,jpjm1
161            DO ji = 2,jpim1
162               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
163                  fq0 = fflx_si(ji,jj)
164                  fq1 = f_fbenin_si(ji,jj)
165                  fq2 = fq0 + fq1
166                  fq3 = f_benout_si(ji,jj)
167                  if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,4f15,5)')                   &
168                     'AXY Si  cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
169                     fq0,fq1,fq2,fq3
170               ENDIF
171            ENDDO
172         ENDDO   
173         !! carbon
174         DO jj = 2,jpjm1
175            DO ji = 2,jpim1
176               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
177                  fq0 = fflx_c(ji,jj)
178                  fq1 = f_sbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_ca(ji,jj)
179                  fq2 = f_co2flux(ji,jj) * fse3t(ji,jj,1)
180                  fq3 = fq0 + fq1
181                  fq4 = f_benout_c(ji,jj) + f_benout_ca(ji,jj)
182                  if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,5f15,5)')                   &
183                     'AXY C   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,asf,err,out)=', &
184                     fq0,fq1,fq2,fq3,fq4
185                ENDIF
186             ENDDO
187          ENDDO   
188          !! alkalinity
189          DO jj = 2,jpjm1
190             DO ji = 2,jpim1
191                if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
192                   fq0 = fflx_a(ji,jj)
193                   fq1 = 2.0 * f_fbenin_ca(ji,jj)
194                   fq2 = fq0 + fq1
195                   fq3 = 2.0 * f_benout_ca(ji,jj)
196                   if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,4f15,5)')                   &
197                      'AXY alk cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
198                      fq0,fq1,fq2,fq3
199               ENDIF
200            ENDDO
201         ENDDO   
202#  endif
203
204         !!!---------------------------------------------------------------
205         !! Add very last diag calculations
206         !!!---------------------------------------------------------------
207         DO jj = 2,jpjm1
208            DO ji = 2,jpim1
209               !!         
210               IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
211                  fjln2d(ji,jj) = fjln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
212               ENDIF
213               IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
214                  fnln2d(ji,jj) = fnln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
215               ENDIF
216               IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
217                  ffln2d(ji,jj) = ffln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
218               ENDIF
219               IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
220                  fjld2d(ji,jj) = fjld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
221               ENDIF
222               IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
223                  fnld2d(ji,jj) = fnld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
224               ENDIF
225               IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
226                  ffld2d(ji,jj) = ffld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
227               ENDIF
228               IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
229                  fsld2d2(ji,jj) = fsld2d2(ji,jj) / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
230               ENDIF
231               IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
232                  fsld2d(ji,jj) = fsld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
233               ENDIF
234            ENDDO
235         ENDDO
236
237         !!!---------------------------------------------------------------
238         !! Calculates Chl diag for UM coupling
239         !!!---------------------------------------------------------------
240         !! JPALM -- 02-06-2017 --
241         !! add Chl surf coupling
242         !! no need to output, just pass to cpl var
243         IF (lk_oasis) THEN
244            IF (chl_out.eq.1) THEN
245               !! export and scale surface chl
246               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * 1.0E-6 )
247                                 !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
248            ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN
249               !! export and scale mld chl
250               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, fchl_ml(:,:) * 1.0E-6 )
251                                 !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
252            ENDIF
253            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:) * scl_chl        !! Coupling Chl
254         END IF
255
256         !!----------------------------------------------------------------
257         !! Add in XML diagnostics stuff
258         !!----------------------------------------------------------------
259         !!
260         !! ** 2D diagnostics
261#   if defined key_debug_medusa
262         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_fin: export all diag kt = ', kt
263         CALL flush(numout)
264#   endif
265         IF ( med_diag%INVTN%dgsave ) THEN
266            CALL iom_put( "INVTN"  , ftot_n )
267         ENDIF
268         IF ( med_diag%INVTSI%dgsave ) THEN
269            CALL iom_put( "INVTSI"  , ftot_si )
270         ENDIF
271         IF ( med_diag%INVTFE%dgsave ) THEN
272            CALL iom_put( "INVTFE"  , ftot_fe )
273         ENDIF                           
274         IF ( med_diag%ML_PRN%dgsave ) THEN
275            CALL iom_put( "ML_PRN"  , fprn_ml )
276         ENDIF
277         IF ( med_diag%ML_PRD%dgsave ) THEN
278            CALL iom_put( "ML_PRD"  , fprd_ml )
279         ENDIF
280         IF ( med_diag%OCAL_LVL%dgsave ) THEN
281            CALL iom_put( "OCAL_LVL"  , fccd )
282         ENDIF
283         IF ( med_diag%CHL_MLD%dgsave ) THEN
284            CALL iom_put( "CHL_MLD"  , fchl_ml )
285         ENDIF
286         IF (lk_oasis) THEN
287            IF ( med_diag%CHL_CPL%dgsave ) THEN
288               CALL iom_put( "CHL_CPL"  , chloro_out_cpl )
289            ENDIF
290         ENDIF
291         IF ( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
292            CALL iom_put( "PN_JLIM"  , fjln2d )
293            DEALLOCATE( fjln2d )
294         ENDIF
295         IF ( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
296            CALL iom_put( "PN_NLIM"  , fnln2d )
297            DEALLOCATE( fnln2d )
298         ENDIF
299         IF ( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
300            CALL iom_put( "PN_FELIM"  , ffln2d )
301            DEALLOCATE( ffln2d )
302         ENDIF
303         IF ( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
304            CALL iom_put( "PD_JLIM"  , fjld2d )
305            DEALLOCATE( fjld2d )
306         ENDIF
307         IF ( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
308            CALL iom_put( "PD_NLIM"  , fnld2d )
309            DEALLOCATE( fnld2d )
310         ENDIF
311         IF ( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
312            CALL iom_put( "PD_FELIM"  , ffld2d )
313            DEALLOCATE( ffld2d )
314         ENDIF
315         IF ( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
316            CALL iom_put( "PD_SILIM"  , fsld2d2 )
317            DEALLOCATE( fsld2d2 )
318         ENDIF
319         IF ( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
320            CALL iom_put( "PDSILIM2"  , fsld2d )
321            DEALLOCATE( fsld2d )
322         ENDIF
323         IF ( med_diag%INTFLX_N%dgsave ) THEN
324            CALL iom_put( "INTFLX_N"  , fflx_n )
325         ENDIF
326         IF ( med_diag%INTFLX_SI%dgsave ) THEN
327            CALL iom_put( "INTFLX_SI"  , fflx_si )
328         ENDIF
329         IF ( med_diag%INTFLX_FE%dgsave ) THEN
330            CALL iom_put( "INTFLX_FE"  , fflx_fe )
331         ENDIF       
332         IF ( med_diag%INT_PN%dgsave ) THEN
333            CALL iom_put( "INT_PN"  , ftot_pn )
334         ENDIF
335         IF ( med_diag%INT_PD%dgsave ) THEN
336            CALL iom_put( "INT_PD"  , ftot_pd )
337         ENDIF         
338         IF ( med_diag%INT_ZMI%dgsave ) THEN
339            CALL iom_put( "INT_ZMI"  , ftot_zmi )
340         ENDIF
341         IF ( med_diag%INT_ZME%dgsave ) THEN
342            CALL iom_put( "INT_ZME"  , ftot_zme )
343         ENDIF
344         IF ( med_diag%INT_DET%dgsave ) THEN
345            CALL iom_put( "INT_DET"  , ftot_det )
346         ENDIF
347         IF ( med_diag%INT_DTC%dgsave ) THEN
348            CALL iom_put( "INT_DTC"  , ftot_dtc )
349         ENDIF
350         IF ( med_diag%BEN_N%dgsave ) THEN
351            CALL iom_put( "BEN_N"  , za_sed_n )
352         ENDIF
353         IF ( med_diag%BEN_FE%dgsave ) THEN
354            CALL iom_put( "BEN_FE"  , za_sed_fe )
355         ENDIF
356         IF ( med_diag%BEN_C%dgsave ) THEN
357            CALL iom_put( "BEN_C"  , za_sed_c )
358         ENDIF
359         IF ( med_diag%BEN_SI%dgsave ) THEN
360            CALL iom_put( "BEN_SI"  , za_sed_si )
361         ENDIF
362         IF ( med_diag%BEN_CA%dgsave ) THEN
363            CALL iom_put( "BEN_CA"  , za_sed_ca )
364         ENDIF
365         IF ( med_diag%RUNOFF%dgsave ) THEN
366            CALL iom_put( "RUNOFF"  , f_runoff )
367         ENDIF 
368# if defined key_roam       
369         IF ( med_diag%N_PROD%dgsave ) THEN
370            CALL iom_put( "N_PROD"  , fnit_prod )
371         ENDIF
372         IF ( med_diag%N_CONS%dgsave ) THEN
373            CALL iom_put( "N_CONS"  , fnit_cons )
374         ENDIF
375         IF ( med_diag%C_PROD%dgsave ) THEN
376            CALL iom_put( "C_PROD"  , fcar_prod )
377         ENDIF
378         IF ( med_diag%C_CONS%dgsave ) THEN
379            CALL iom_put( "C_CONS"  , fcar_cons )
380         ENDIF
381         IF ( med_diag%O2_PROD%dgsave ) THEN
382            CALL iom_put( "O2_PROD"  , foxy_prod )
383         ENDIF
384         IF ( med_diag%O2_CONS%dgsave ) THEN
385            CALL iom_put( "O2_CONS"  , foxy_cons )
386         ENDIF
387         IF ( med_diag%O2_ANOX%dgsave ) THEN
388            CALL iom_put( "O2_ANOX"  , foxy_anox )
389         ENDIF
390         IF ( med_diag%INVTC%dgsave ) THEN
391            CALL iom_put( "INVTC"  , ftot_c )
392         ENDIF
393         IF ( med_diag%INVTALK%dgsave ) THEN
394            CALL iom_put( "INVTALK"  , ftot_a )
395         ENDIF
396         IF ( med_diag%INVTO2%dgsave ) THEN
397            CALL iom_put( "INVTO2"  , ftot_o2 )
398         ENDIF
399         IF ( med_diag%COM_RESP%dgsave ) THEN
400            CALL iom_put( "COM_RESP"  , fcomm_resp )
401         ENDIF         
402# endif     
403         !!
404         !! diagnostic filled in the i-j-k main loop
405         !!--------------------------------------------
406         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
407            CALL iom_put( "PRN"  , fprn2d )
408            DEALLOCATE( fprn2d )
409         ENDIF
410         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
411            CALL iom_put( "MPN"  ,fdpn2d )
412            DEALLOCATE( fdpn2d )
413         ENDIF
414         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
415            CALL iom_put( "PRD"  ,fprd2d )
416            DEALLOCATE( fprd2d )
417         ENDIF
418         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
419            CALL iom_put( "MPD"  , fdpd2d )
420            DEALLOCATE( fdpd2d )
421         ENDIF
422         !  IF( med_diag%DSED%dgsave ) THEN
423         !      CALL iom_put( "DSED"  , ftot_n )
424         !  ENDIF
425         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
426            CALL iom_put( "OPAL"  , fprds2d )
427            DEALLOCATE( fprds2d )
428         ENDIF
429         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
430            CALL iom_put( "OPALDISS"  , fsdiss2d )
431            DEALLOCATE( fsdiss2d )
432         ENDIF
433         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
434            CALL iom_put( "GMIPn"  , fgmipn2d )
435            DEALLOCATE( fgmipn2d )
436         ENDIF
437         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
438            CALL iom_put( "GMID"  , fgmid2d )
439            DEALLOCATE( fgmid2d )
440         ENDIF
441         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
442            CALL iom_put( "MZMI"  , fdzmi2d )
443            DEALLOCATE( fdzmi2d )
444         ENDIF
445         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
446            CALL iom_put( "GMEPN"  , fgmepn2d )
447            DEALLOCATE( fgmepn2d )
448         ENDIF
449         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
450            CALL iom_put( "GMEPD"  , fgmepd2d )
451            DEALLOCATE( fgmepd2d )
452         ENDIF
453         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
454            CALL iom_put( "GMEZMI"  , fgmezmi2d )
455            DEALLOCATE( fgmezmi2d )
456         ENDIF
457         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
458            CALL iom_put( "GMED"  , fgmed2d )
459            DEALLOCATE( fgmed2d )
460         ENDIF
461         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
462            CALL iom_put( "MZME"  , fdzme2d )
463            DEALLOCATE( fdzme2d )
464         ENDIF
465         !  IF( med_diag%DEXP%dgsave ) THEN
466         !      CALL iom_put( "DEXP"  , ftot_n )
467         !  ENDIF
468         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
469            CALL iom_put( "DETN"  , fslown2d )
470            DEALLOCATE( fslown2d )
471         ENDIF
472         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
473            CALL iom_put( "MDET"  , fdd2d )
474            DEALLOCATE( fdd2d )
475         ENDIF
476         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
477            CALL iom_put( "AEOLIAN"  , ffetop2d )
478            DEALLOCATE( ffetop2d )
479         ENDIF
480         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
481            CALL iom_put( "BENTHIC"  , ffebot2d )
482            DEALLOCATE( ffebot2d )
483         ENDIF
484         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
485            CALL iom_put( "SCAVENGE"  , ffescav2d )
486            DEALLOCATE( ffescav2d )
487         ENDIF
488         !!
489         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
490            CALL iom_put( "TOTREG_N"  , fregen2d )
491            DEALLOCATE( fregen2d )
492         ENDIF
493         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
494            CALL iom_put( "TOTRG_SI"  , fregensi2d )
495            DEALLOCATE( fregensi2d )
496         ENDIF
497         !!
498         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
499            CALL iom_put( "FASTN"  , ftempn2d )
500            DEALLOCATE( ftempn2d )
501         ENDIF
502         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
503            CALL iom_put( "FASTSI"  , ftempsi2d )
504            DEALLOCATE( ftempsi2d )
505         ENDIF
506         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
507            CALL iom_put( "FASTFE"  , ftempfe2d )
508            DEALLOCATE( ftempfe2d )
509         ENDIF
510         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
511            CALL iom_put( "FASTC"  , ftempc2d )
512            DEALLOCATE( ftempc2d )
513         ENDIF
514         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
515            CALL iom_put( "FASTCA"  , ftempca2d )
516            DEALLOCATE( ftempca2d )
517         ENDIF
518         !!
519         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
520            CALL iom_put( "REMINN"  , freminn2d )
521            DEALLOCATE( freminn2d )
522         ENDIF
523         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
524            CALL iom_put( "REMINSI"  , freminsi2d )
525            DEALLOCATE( freminsi2d )
526         ENDIF
527         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
528            CALL iom_put( "REMINFE"  , freminfe2d )
529            DEALLOCATE( freminfe2d )
530         ENDIF
531         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
532            CALL iom_put( "REMINC"  , freminc2d )
533            DEALLOCATE( freminc2d )
534         ENDIF
535         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
536            CALL iom_put( "REMINCA"  , freminca2d )
537            DEALLOCATE( freminca2d )
538         ENDIF
539         IF( med_diag%SEAFLRN%dgsave ) THEN
540            CALL iom_put( "SEAFLRN"  , fsedn )
541         ENDIF
542         IF( med_diag%SEAFLRSI%dgsave ) THEN
543            CALL iom_put( "SEAFLRSI"  , fsedsi )
544         ENDIF
545         IF( med_diag%SEAFLRFE%dgsave ) THEN
546            CALL iom_put( "SEAFLRFE"  , fsedfe )
547         ENDIF
548         IF( med_diag%SEAFLRC%dgsave ) THEN
549            CALL iom_put( "SEAFLRC"  , fsedc )
550         ENDIF
551         IF( med_diag%SEAFLRCA%dgsave ) THEN
552            CALL iom_put( "SEAFLRCA"  , fsedca )
553         ENDIF
554         !!
555# if defined key_roam           
556         !!
557         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
558            CALL iom_put( "RIV_N"  , rivn2d )
559            DEALLOCATE( rivn2d )
560         ENDIF
561         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
562            CALL iom_put( "RIV_SI"  , rivsi2d )
563            DEALLOCATE( rivsi2d )
564         ENDIF
565         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
566            CALL iom_put( "RIV_C"  , rivc2d )
567            DEALLOCATE( rivc2d )
568         ENDIF
569         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
570            CALL iom_put( "RIV_ALK"  , rivalk2d )
571            DEALLOCATE( rivalk2d )
572         ENDIF
573         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
574            CALL iom_put( "DETC"  , fslowc2d )
575            DEALLOCATE( fslowc2d )
576         ENDIF
577         !!
578         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
579            CALL iom_put( "PN_LLOSS"  , fdpn22d )
580            DEALLOCATE( fdpn22d )
581         ENDIF
582         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
583            CALL iom_put( "PD_LLOSS"  , fdpd22d )
584            DEALLOCATE( fdpd22d )
585         ENDIF
586         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
587            CALL iom_put( "ZI_LLOSS"  , fdzmi22d )
588             DEALLOCATE( fdzmi22d )
589          ENDIF
590          IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
591             CALL iom_put( "ZE_LLOSS"  , fdzme22d )
592             DEALLOCATE( fdzme22d )
593          ENDIF
594          IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN
595             CALL iom_put( "ZI_MES_N"  , zimesn2d )
596             DEALLOCATE( zimesn2d )
597          ENDIF
598          IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
599             CALL iom_put( "ZI_MES_D"  , zimesd2d )
600             DEALLOCATE( zimesd2d )
601          ENDIF
602          IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
603             CALL iom_put( "ZI_MES_C"  , zimesc2d )
604             DEALLOCATE( zimesc2d )
605          ENDIF
606          IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
607             CALL iom_put( "ZI_MESDC"  ,zimesdc2d )
608             DEALLOCATE( zimesdc2d )
609          ENDIF
610          IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
611             CALL iom_put( "ZI_EXCR"  , ziexcr2d )
612             DEALLOCATE( ziexcr2d )
613          ENDIF
614          IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
615             CALL iom_put( "ZI_RESP"  , ziresp2d )
616             DEALLOCATE( ziresp2d )
617          ENDIF
618          IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
619             CALL iom_put( "ZI_GROW"  , zigrow2d )
620             DEALLOCATE( zigrow2d )
621          ENDIF
622          IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
623             CALL iom_put( "ZE_MES_N"  , zemesn2d )
624             DEALLOCATE( zemesn2d )
625          ENDIF
626          IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
627             CALL iom_put( "ZE_MES_D"  , zemesd2d )
628             DEALLOCATE( zemesd2d )
629          ENDIF
630          IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
631             CALL iom_put( "ZE_MES_C"  , zemesc2d )
632             DEALLOCATE( zemesc2d )
633          ENDIF
634          IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
635             CALL iom_put( "ZE_MESDC"  , zemesdc2d )
636             DEALLOCATE( zemesdc2d )
637          ENDIF
638          IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
639             CALL iom_put( "ZE_EXCR"  , zeexcr2d )
640             DEALLOCATE( zeexcr2d )
641          ENDIF
642          IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
643             CALL iom_put( "ZE_RESP"  , zeresp2d )
644             DEALLOCATE( zeresp2d )
645          ENDIF
646          IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
647             CALL iom_put( "ZE_GROW"  , zegrow2d )
648             DEALLOCATE( zegrow2d )
649          ENDIF
650          IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
651             CALL iom_put( "MDETC"  , mdetc2d )
652             DEALLOCATE( mdetc2d )
653          ENDIF
654          IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
655             CALL iom_put( "GMIDC"  , gmidc2d )
656             DEALLOCATE( gmidc2d )
657          ENDIF
658          IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
659             CALL iom_put( "GMEDC"  , gmedc2d )
660             DEALLOCATE( gmedc2d )
661          ENDIF
662          IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
663             CALL iom_put( "IBEN_N"  , iben_n2d )
664             DEALLOCATE( iben_n2d )
665          ENDIF
666          IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
667             CALL iom_put( "IBEN_FE"  , iben_fe2d )
668             DEALLOCATE( iben_fe2d )
669          ENDIF
670          IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
671             CALL iom_put( "IBEN_C"  , iben_c2d )
672             DEALLOCATE( iben_c2d )
673          ENDIF
674          IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
675             CALL iom_put( "IBEN_SI"  , iben_si2d )
676             DEALLOCATE( iben_si2d )
677          ENDIF
678          IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
679             CALL iom_put( "IBEN_CA"  , iben_ca2d )
680             DEALLOCATE( iben_ca2d )
681          ENDIF
682          IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
683             CALL iom_put( "OBEN_N"  , oben_n2d )
684             DEALLOCATE( oben_n2d )
685          ENDIF
686          IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
687             CALL iom_put( "OBEN_FE"  , oben_fe2d )
688             DEALLOCATE( oben_fe2d )
689          ENDIF
690          IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
691             CALL iom_put( "OBEN_C"  , oben_c2d )
692             DEALLOCATE( oben_c2d )
693          ENDIF
694          IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
695             CALL iom_put( "OBEN_SI"  , oben_si2d )
696             DEALLOCATE( oben_si2d )
697          ENDIF
698          IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
699             CALL iom_put( "OBEN_CA"  , oben_ca2d )
700             DEALLOCATE( oben_ca2d )
701          ENDIF
702          IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
703             CALL iom_put( "SFR_OCAL"  , sfr_ocal2d )
704             DEALLOCATE( sfr_ocal2d )
705          ENDIF
706          IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
707             CALL iom_put( "SFR_OARG"  , sfr_oarg2d )
708             DEALLOCATE( sfr_oarg2d )
709          ENDIF
710          IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
711             CALL iom_put( "LYSO_CA"  , lyso_ca2d )
712             DEALLOCATE( lyso_ca2d )
713          ENDIF
714# endif                   
715          !!
716          !! ** 3D diagnostics
717          IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
718             CALL iom_put( "TPP3"  , tpp3d )
719             DEALLOCATE( tpp3d )
720          ENDIF
721          IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
722             CALL iom_put( "DETFLUX3"  , detflux3d )
723             DEALLOCATE( detflux3d )
724          ENDIF
725          IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
726             CALL iom_put( "REMIN3N"  , remin3dn )
727             DEALLOCATE( remin3dn )
728          ENDIF
729# if defined key_roam         
730          IF( med_diag%PH3%dgsave ) THEN
731             CALL iom_put( "PH3"  , f3_pH )
732          ENDIF
733          IF( med_diag%OM_CAL3%dgsave ) THEN
734             CALL iom_put( "OM_CAL3"  , f3_omcal )
735          ENDIF
736          !!
737          !! AXY (09/11/16): 2D CMIP6 diagnostics
738          IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
739             CALL iom_put( "INTDISSIC"  , intdissic )
740             DEALLOCATE( intdissic )
741          ENDIF         
742          IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
743             CALL iom_put( "INTDISSIN"  , intdissin )
744             DEALLOCATE( intdissin )
745          ENDIF         
746          IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
747             CALL iom_put( "INTDISSISI"  , intdissisi )
748             DEALLOCATE( intdissisi )
749          ENDIF         
750          IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
751             CALL iom_put( "INTTALK"  , inttalk )
752             DEALLOCATE( inttalk )
753          ENDIF         
754          IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
755             CALL iom_put( "O2min"  , o2min )
756             DEALLOCATE( o2min )
757          ENDIF         
758          IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
759             CALL iom_put( "ZO2min"  , zo2min )
760             DEALLOCATE( zo2min )
761          ENDIF         
762          IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave ) THEN
763             CALL iom_put( "FBDDTALK"  , fbddtalk )
764             DEALLOCATE( fbddtalk )
765          ENDIF         
766          IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave ) THEN
767             CALL iom_put( "FBDDTDIC"  , fbddtdic )
768             DEALLOCATE( fbddtdic )
769          ENDIF         
770          IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
771             CALL iom_put( "FBDDTDIFE" , fbddtdife )
772             DEALLOCATE( fbddtdife )
773          ENDIF         
774          IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave ) THEN
775             CALL iom_put( "FBDDTDIN"  , fbddtdin )
776             DEALLOCATE( fbddtdin )
777          ENDIF         
778          IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
779             CALL iom_put( "FBDDTDISI" , fbddtdisi )
780             DEALLOCATE( fbddtdisi )
781          ENDIF   
782          !!
783          !! AXY (09/11/16): 3D CMIP6 diagnostics
784          IF( med_diag%TPPD3%dgsave ) THEN
785             CALL iom_put( "TPPD3"     , tppd3 )
786             DEALLOCATE( tppd3 )
787          ENDIF         
788          IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave ) THEN
789             CALL iom_put( "BDDTALK3"  , bddtalk3 )
790             DEALLOCATE( bddtalk3 )
791          ENDIF         
792          IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave ) THEN
793             CALL iom_put( "BDDTDIC3"  , bddtdic3 )
794             DEALLOCATE( bddtdic3 )
795          ENDIF         
796          IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
797             CALL iom_put( "BDDTDIFE3" , bddtdife3 )
798             DEALLOCATE( bddtdife3 )
799          ENDIF         
800          IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave ) THEN
801             CALL iom_put( "BDDTDIN3"  , bddtdin3 )
802             DEALLOCATE( bddtdin3 )
803          ENDIF         
804          IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
805             CALL iom_put( "BDDTDISI3" , bddtdisi3 )
806             DEALLOCATE( bddtdisi3 )
807          ENDIF   
808          IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave ) THEN
809             CALL iom_put( "FD_NIT3"  , fd_nit3 )
810             DEALLOCATE( fd_nit3 )
811          ENDIF
812          IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave ) THEN
813             CALL iom_put( "FD_SIL3"  , fd_sil3 )
814             DEALLOCATE( fd_sil3 )
815          ENDIF
816          IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave ) THEN
817             CALL iom_put( "FD_CAL3"  , fd_cal3 )
818             DEALLOCATE( fd_cal3 )
819          ENDIF
820          IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave ) THEN
821             CALL iom_put( "FD_CAR3"  , fd_car3 )
822             DEALLOCATE( fd_car3 )
823          ENDIF
824          IF( med_diag%CO33%dgsave ) THEN
825             CALL iom_put( "CO33"  , f3_co3 )
826          ENDIF                   
827          IF( med_diag%CO3SATARAG3%dgsave ) THEN
828             CALL iom_put( "CO3SATARAG3"  , f3_omarg )
829          ENDIF                   
830          IF( med_diag%CO3SATCALC3%dgsave ) THEN
831             CALL iom_put( "CO3SATCALC3"  , f3_omcal )
832          ENDIF                   
833          IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
834             CALL iom_put( "EXPC3"  , expc3 )
835             DEALLOCATE( expc3 )
836          ENDIF                   
837          IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
838             CALL iom_put( "EXPN3"  , expn3 )
839             DEALLOCATE( expn3 )
840          ENDIF                   
841          IF( med_diag%DCALC3%dgsave ) THEN
842             CALL iom_put( "DCALC3"  , dcalc3 )
843             DEALLOCATE( dcalc3 )
844          ENDIF                   
845          IF( med_diag%FEDISS3%dgsave ) THEN
846             CALL iom_put( "FEDISS3"  , fediss3 )
847             DEALLOCATE( fediss3 )
848          ENDIF                   
849          IF( med_diag%FESCAV3%dgsave ) THEN
850             CALL iom_put( "FESCAV3"  , fescav3 )
851             DEALLOCATE( fescav3 )
852          ENDIF                   
853          IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave ) THEN
854             CALL iom_put( "MIGRAZP3"  , migrazp3 )
855             DEALLOCATE( migrazp3 )
856          ENDIF                   
857          IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave ) THEN
858             CALL iom_put( "MIGRAZD3"  , migrazd3 )
859             DEALLOCATE( migrazd3 )
860          ENDIF                   
861          IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave ) THEN
862             CALL iom_put( "MEGRAZP3"  , megrazp3 )
863             DEALLOCATE( megrazp3 )
864          ENDIF                   
865          IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave ) THEN
866             CALL iom_put( "MEGRAZD3"  , megrazd3 )
867             DEALLOCATE( megrazd3 )
868          ENDIF                   
869          IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave ) THEN
870             CALL iom_put( "MEGRAZZ3"  , megrazz3 )
871             DEALLOCATE( megrazz3 )
872          ENDIF                   
873          IF( med_diag%O2SAT3%dgsave ) THEN
874             CALL iom_put( "O2SAT3"  , o2sat3 )
875             DEALLOCATE( o2sat3 )
876          ENDIF                   
877          IF( med_diag%PBSI3%dgsave ) THEN
878             CALL iom_put( "PBSI3"  , pbsi3 )
879             DEALLOCATE( pbsi3 )
880          ENDIF                   
881          IF( med_diag%PCAL3%dgsave ) THEN
882             CALL iom_put( "PCAL3"  , pcal3 )
883             DEALLOCATE( pcal3 )
884          ENDIF                   
885          IF( med_diag%REMOC3%dgsave ) THEN
886             CALL iom_put( "REMOC3"  , remoc3 )
887             DEALLOCATE( remoc3 )
888          ENDIF                   
889          IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave ) THEN
890             CALL iom_put( "PNLIMJ3" , pnlimj3 )
891             DEALLOCATE( pnlimj3 )
892          ENDIF                   
893          IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave ) THEN
894             CALL iom_put( "PNLIMN3" , pnlimn3 )
895             DEALLOCATE( pnlimn3 )
896          ENDIF                   
897          IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave ) THEN
898             CALL iom_put( "PNLIMFE3" , pnlimfe3 )
899             DEALLOCATE( pnlimfe3 )
900          ENDIF                   
901          IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave ) THEN
902             CALL iom_put( "PDLIMJ3" , pdlimj3 )
903             DEALLOCATE( pdlimj3 )
904          ENDIF                   
905          IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave ) THEN
906             CALL iom_put( "PDLIMN3" , pdlimn3 )
907             DEALLOCATE( pdlimn3 )
908          ENDIF                   
909          IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave ) THEN
910             CALL iom_put( "PDLIMFE3" , pdlimfe3 )
911             DEALLOCATE( pdlimfe3 )
912          ENDIF                   
913          IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave ) THEN
914             CALL iom_put( "PDLIMSI3" , pdlimsi3 )
915             DEALLOCATE( pdlimsi3 )
916          ENDIF                   
917         
918# endif         
919
920          DEALLOCATE( zw2d )
921
922   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
923
924#else
925   !!======================================================================
926   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
927   !!======================================================================
928CONTAINS
929   SUBROUTINE bio_medusa_fin( )                    ! Empty routine
930      WRITE(*,*) 'bio_medusa_fin: You should not have seen this print! error?'
931   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
932#endif 
933
934   !!======================================================================
935END MODULE bio_medusa_fin_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.