New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
bio_medusa_diag_slice.F90 in branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag_slice.F90 @ 8607

Last change on this file since 8607 was 8607, checked in by jpalmier, 7 years ago

JPALM -- enable to scale Chl sent to the UM and choose between surf or MLD chl
File size: 16.7 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_diag_slice_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_diag_slice_mod  ***
4   !! Diagnostic calculations at different levels
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_medusa
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!                                                   MEDUSA bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13
14   IMPLICIT NONE
15   PRIVATE
16     
17   PUBLIC   bio_medusa_diag_slice     ! Called in trcbio_medusa.F90
18
19   !!----------------------------------------------------------------------
20   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
21   !! $Id$
22   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
23   !!----------------------------------------------------------------------
24
25CONTAINS
26
27   SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice( jk )
28      !!---------------------------------------------------------------------
29      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_diag_slice  ***
30      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
31      !!  - ...
32      !!----------------------------------------------------------------------
33      USE bio_medusa_mod
34      USE par_medusa,        ONLY: jpchd, jpchn     
35      USE dom_oce,           ONLY: tmask
36      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
37# if defined key_iomput
38      USE iom,               ONLY: iom_put
39# endif
40      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
41      USE trc,               ONLY: trn
42      USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl, chloro_out_cpl
43      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj
44      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis, qsr, wndm
45      USE sms_medusa,        ONLY: i0100, i0150, i0200, i0500, i1000,      &
46                                   f2_ccd_arg, f2_ccd_cal,                 &
47                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3, f3_pH,       &
48                                   jdms, ocal_ccd, xpar, xze,              &
49                                   zb_co2_flx, zb_dms_srf,                 &
50                                   zn_co2_flx, zn_dms_srf, zn_chl_srf,     &
51                                   scl_chl, chl_out
52      USE trc,               ONLY: med_diag
53
54      !! The vertical level
55      INTEGER, INTENT( in ) ::    jk
56      !!----------------------------------------------------------------------
57
58      !!-----------------------------------------
59      !!
60      !! 2d specific k level diags
61      !!
62      !!-----------------------------------------
63#   if defined key_debug_medusa
64         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_diag_slice: start jk = ', jk
65         CALL flush(numout)
66#   endif
67      !!
68      IF (jk.eq.1) THEN
69         !! JPALM -- 02-06-2017 --
70         !! add Chl surf coupling
71         !! no need to output, just pass to cpl var
72         IF (lk_oasis) THEN
73            IF (chl_out.eq.1) THEN
74               !! export and scale surface chl
75               zn_chl_srf(:,:) = (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * scl_chl * 1.0E-6 
76                                 !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
77            ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN
78               !! export and scale mld chl
79               zn_chl_srf(:,:) = fchl_ml * scl_chl * 1.0E-6 
80                                 !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
81            ENDIF
82            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:)        !! Coupling Chl
83         END IF
84         IF( med_diag%MED_QSR%dgsave ) THEN
85            CALL iom_put( "MED_QSR"  , qsr ) !
86         ENDIF
87         IF( med_diag%MED_XPAR%dgsave ) THEN
88            CALL iom_put( "MED_XPAR"  , xpar(:,:,jk) ) !
89         ENDIF       
90         IF( med_diag%OCAL_CCD%dgsave ) THEN
91            CALL iom_put( "OCAL_CCD"  , ocal_ccd ) !
92         ENDIF
93         IF( med_diag%FE_0000%dgsave ) THEN
94            CALL iom_put( "FE_0000"  , xFree ) !
95         ENDIF                     
96         IF( med_diag%MED_XZE%dgsave ) THEN
97            CALL iom_put( "MED_XZE"  , xze ) !
98         ENDIF 
99# if defined key_roam                     
100         IF( med_diag%WIND%dgsave ) THEN
101            CALL iom_put( "WIND"  , wndm )
102         ENDIF
103         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
104            CALL iom_put( "ATM_PCO2"  , f_pco2a2d )
105            DEALLOCATE( f_pco2a2d )
106         ENDIF
107         IF( med_diag%OCN_PH%dgsave ) THEN
108            zw2d(:,:) = f3_pH(:,:,jk)
109            CALL iom_put( "OCN_PH"  , zw2d )
110         ENDIF
111         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
112            CALL iom_put( "OCN_PCO2"  , f_pco2w2d )
113            DEALLOCATE( f_pco2w2d )
114         ENDIF
115         IF( med_diag%OCNH2CO3%dgsave ) THEN
116            zw2d(:,:) = f3_h2co3(:,:,jk)
117            CALL iom_put( "OCNH2CO3"  , zw2d )
118         ENDIF
119         IF( med_diag%OCN_HCO3%dgsave ) THEN
120            zw2d(:,:) = f3_hco3(:,:,jk)
121            CALL iom_put( "OCN_HCO3"  , zw2d )
122         ENDIF
123         IF( med_diag%OCN_CO3%dgsave ) THEN
124            zw2d(:,:) = f3_co3(:,:,jk)
125            CALL iom_put( "OCN_CO3"  , zw2d )
126         ENDIF
127         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
128            CALL iom_put( "CO2FLUX"  , f_co2flux2d )
129            DEALLOCATE( f_co2flux2d )
130         ENDIF
131         !!
132         !! AXY (10/11/16): repeat CO2 flux diagnostic in UKMO/CMIP6 units;
133         !!                 this both outputs the CO2 flux in specified units
134         !!                 and sends the resulting field to the coupler
135         !! JPALM (17/11/16): put CO2 flux (fgco2) alloc/unalloc/pass to zn
136         !!                   out of diag list request
137         CALL lbc_lnk( fgco2(:,:),'T',1. )
138         IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
139            CALL iom_put( "FGCO2"  , fgco2 )
140         ENDIF
141         !! JPALM (17/11/16): should mv this fgco2 part
142         !!                   out of lk_iomput loop
143         zb_co2_flx = zn_co2_flx
144         zn_co2_flx = fgco2
145         IF (lk_oasis) THEN
146            CO2Flux_out_cpl = zn_co2_flx
147         ENDIF
148         DEALLOCATE( fgco2 )
149         !! ---
150         IF( med_diag%OM_CAL%dgsave ) THEN
151            CALL iom_put( "OM_CAL"  , f_omcal )
152         ENDIF
153         IF( med_diag%OM_ARG%dgsave ) THEN
154            CALL iom_put( "OM_ARG"  , f_omarg )
155         ENDIF
156         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
157            CALL iom_put( "TCO2"  , f_TDIC2d )
158            DEALLOCATE( f_TDIC2d )
159         ENDIF
160         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
161            CALL iom_put( "TALK"  , f_TALK2d )
162            DEALLOCATE( f_TALK2d )
163         ENDIF
164         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
165            CALL iom_put( "KW660"  , f_kw6602d )
166            DEALLOCATE( f_kw6602d )
167         ENDIF
168         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
169            CALL iom_put( "ATM_PP0"  , f_pp02d )
170            DEALLOCATE( f_pp02d )
171         ENDIF
172         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
173            CALL iom_put( "O2FLUX"  , f_o2flux2d )
174            DEALLOCATE( f_o2flux2d )
175         ENDIF
176         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
177            CALL iom_put( "O2SAT"  , f_o2sat2d )
178            DEALLOCATE( f_o2sat2d )
179         ENDIF
180         IF( med_diag%CAL_CCD%dgsave ) THEN
181            CALL iom_put( "CAL_CCD"  , f2_ccd_cal )
182         ENDIF
183         IF( med_diag%ARG_CCD%dgsave ) THEN
184            CALL iom_put( "ARG_CCD"  , f2_ccd_arg )
185         ENDIF
186         IF (jdms .eq. 1) THEN
187            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
188               CALL lbc_lnk(dms_surf2d(:,:),'T',1. )
189               CALL iom_put( "DMS_SURF"  , dms_surf2d )
190               zb_dms_srf = zn_dms_srf
191               zn_dms_srf = dms_surf2d
192               IF (lk_oasis) THEN
193                  DMS_out_cpl = zn_dms_srf
194               ENDIF
195               DEALLOCATE( dms_surf2d ) 
196            ENDIF
197            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
198               CALL iom_put( "DMS_ANDR"  , dms_andr2d )
199               DEALLOCATE( dms_andr2d )
200            ENDIF
201            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
202               CALL iom_put( "DMS_SIMO"  , dms_simo2d )
203               DEALLOCATE( dms_simo2d )
204            ENDIF
205            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
206               CALL iom_put( "DMS_ARAN"  , dms_aran2d )
207               DEALLOCATE( dms_aran2d )
208            ENDIF
209            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
210               CALL iom_put( "DMS_HALL"  , dms_hall2d )
211               DEALLOCATE( dms_hall2d )
212            ENDIF
213            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
214               CALL iom_put( "DMS_ANDM"  , dms_andm2d )
215               DEALLOCATE( dms_andm2d )
216            ENDIF
217         ENDIF
218         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics
219         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
220            CALL iom_put( "ATM_XCO2"  ,   f_xco2a_2d      )
221            DEALLOCATE( f_xco2a_2d )
222         ENDIF
223         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
224            CALL iom_put( "OCN_FCO2"  ,   f_fco2w_2d      )
225            DEALLOCATE( f_fco2w_2d )
226         ENDIF
227         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
228            CALL iom_put( "ATM_FCO2"  ,   f_fco2a_2d      )
229            DEALLOCATE( f_fco2a_2d )
230         ENDIF
231         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
232            CALL iom_put( "OCN_RHOSW"  ,  f_ocnrhosw_2d   )
233            DEALLOCATE( f_ocnrhosw_2d )
234         ENDIF
235         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
236            CALL iom_put( "OCN_SCHCO2"  , f_ocnschco2_2d  )
237            DEALLOCATE( f_ocnschco2_2d )
238         ENDIF
239         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
240            CALL iom_put( "OCN_KWCO2"  ,  f_ocnkwco2_2d   )
241            DEALLOCATE( f_ocnkwco2_2d )
242         ENDIF
243         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
244            CALL iom_put( "OCN_K0"  ,     f_ocnk0_2d      )
245            DEALLOCATE( f_ocnk0_2d )
246         ENDIF
247         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
248            CALL iom_put( "CO2STARAIR"  , f_co2starair_2d )
249            DEALLOCATE( f_co2starair_2d )
250         ENDIF
251         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
252            CALL iom_put( "OCN_DPCO2"  ,  f_ocndpco2_2d   )
253            DEALLOCATE( f_ocndpco2_2d )
254         ENDIF
255# endif                     
256      ELSE IF (jk.eq.i0100) THEN
257         IF( med_diag%SDT__100%dgsave ) THEN
258            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
259            CALL iom_put( "SDT__100"  , zw2d )
260         ENDIF
261         IF( med_diag%REG__100%dgsave ) THEN
262            CALL iom_put( "REG__100"  , fregen2d )
263         ENDIF
264         IF( med_diag%FDT__100%dgsave ) THEN
265            CALL iom_put( "FDT__100"  , ffastn )
266         ENDIF           
267         IF( med_diag%RG__100F%dgsave ) THEN
268            CALL iom_put( "RG__100F"  , fregenfast )
269         ENDIF
270         IF( med_diag%FDS__100%dgsave ) THEN
271            CALL iom_put( "FDS__100"  , ffastsi )
272         ENDIF         
273         IF( med_diag%RGS_100F%dgsave ) THEN
274            CALL iom_put( "RGS_100F"  , fregenfastsi )
275         ENDIF
276         IF( med_diag%FE_0100%dgsave ) THEN
277            CALL iom_put( "FE_0100"  , xFree )
278         ENDIF
279# if defined key_roam                     
280         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
281            CALL iom_put( "RR_0100"  , ffastca2d )
282         ENDIF                     
283         IF( med_diag%SDC__100%dgsave ) THEN
284            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
285            CALL iom_put( "SDC__100"  , zw2d )
286         ENDIF                 
287         IF( med_diag%epC100%dgsave    ) THEN
288            zw2d(:,:) = (fslowcflux + ffastc) * tmask(:,:,jk)
289            CALL iom_put( "epC100"    , zw2d )
290         ENDIF         
291         IF( med_diag%epCALC100%dgsave ) THEN
292            CALL iom_put( "epCALC100" , ffastca )
293         ENDIF         
294         IF( med_diag%epN100%dgsave    ) THEN
295            zw2d(:,:) = (fslownflux + ffastn) * tmask(:,:,jk)
296            CALL iom_put( "epN100"    , zw2d )
297         ENDIF         
298         IF( med_diag%epSI100%dgsave   ) THEN
299            CALL iom_put( "epSI100"   , ffastsi )
300         ENDIF         
301# endif                     
302      ELSE IF (jk.eq.i0200) THEN
303         IF( med_diag%SDT__200%dgsave ) THEN
304            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
305            CALL iom_put( "SDT__200"  , zw2d )
306         ENDIF
307         IF( med_diag%REG__200%dgsave ) THEN
308            CALL iom_put( "REG__200"  , fregen2d )
309         ENDIF
310         IF( med_diag%FDT__200%dgsave ) THEN
311            CALL iom_put( "FDT__200"  , ffastn )
312         ENDIF
313         IF( med_diag%RG__200F%dgsave ) THEN
314            CALL iom_put( "RG__200F"  , fregenfast )
315         ENDIF
316         IF( med_diag%FDS__200%dgsave ) THEN
317            CALL iom_put( "FDS__200"  , ffastsi )
318         ENDIF
319         IF( med_diag%RGS_200F%dgsave ) THEN
320            CALL iom_put( "RGS_200F"  , fregenfastsi )
321         ENDIF
322         IF( med_diag%FE_0200%dgsave ) THEN
323            CALL iom_put( "FE_0200"   , xFree )
324         ENDIF
325# if defined key_roam                     
326         IF( med_diag%SDC__200%dgsave ) THEN
327            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
328            CALL iom_put( "SDC__200"  , zw2d )
329         ENDIF
330# endif                     
331      ELSE IF (jk.eq.i0500) THEN
332         IF( med_diag%SDT__500%dgsave ) THEN
333            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
334            CALL iom_put( "SDT__500"  , zw2d )
335         ENDIF
336         IF( med_diag%REG__500%dgsave ) THEN
337            CALL iom_put( "REG__500"  , fregen2d )
338         ENDIF     
339         IF( med_diag%FDT__500%dgsave ) THEN
340            CALL iom_put( "FDT__500"  , ffastn )
341         ENDIF
342         IF( med_diag%RG__500F%dgsave ) THEN
343            CALL iom_put( "RG__500F"  , fregenfast )
344         ENDIF
345         IF( med_diag%FDS__500%dgsave ) THEN
346            CALL iom_put( "FDS__500"  , ffastsi )
347         ENDIF
348         IF( med_diag%RGS_500F%dgsave ) THEN
349            CALL iom_put( "RGS_500F"  , fregenfastsi )
350         ENDIF
351         IF( med_diag%FE_0500%dgsave ) THEN
352            CALL iom_put( "FE_0500"  , xFree )
353         ENDIF
354# if defined key_roam                     
355         IF( med_diag%RR_0500%dgsave ) THEN
356            CALL iom_put( "RR_0500"  , ffastca2d )
357         ENDIF
358         IF( med_diag%SDC__500%dgsave ) THEN
359            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
360            CALL iom_put( "SDC__500"  , zw2d )
361         ENDIF 
362# endif                     
363      ELSE IF (jk.eq.i1000) THEN
364         IF( med_diag%SDT_1000%dgsave ) THEN
365            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
366            CALL iom_put( "SDT_1000"  , zw2d )
367         ENDIF
368         IF( med_diag%REG_1000%dgsave ) THEN
369            CALL iom_put( "REG_1000"  , fregen2d )
370         ENDIF 
371         IF( med_diag%FDT_1000%dgsave ) THEN
372            CALL iom_put( "FDT_1000"  , ffastn )
373         ENDIF
374         IF( med_diag%RG_1000F%dgsave ) THEN
375            CALL iom_put( "RG_1000F"  , fregenfast )
376         ENDIF
377         IF( med_diag%FDS_1000%dgsave ) THEN
378            CALL iom_put( "FDS_1000"  , ffastsi )
379         ENDIF
380         IF( med_diag%RGS1000F%dgsave ) THEN
381            CALL iom_put( "RGS1000F"  , fregenfastsi )
382         ENDIF
383         IF( med_diag%FE_1000%dgsave ) THEN
384            CALL iom_put( "FE_1000"  , xFree )
385         ENDIF
386# if defined key_roam                     
387         IF( med_diag%RR_1000%dgsave ) THEN
388            CALL iom_put( "RR_1000"  , ffastca2d )
389            DEALLOCATE( ffastca2d )
390         ENDIF
391         IF( med_diag%SDC_1000%dgsave ) THEN
392            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
393            CALL iom_put( "SDC_1000"  , zw2d )
394         ENDIF 
395# endif                     
396      ENDIF
397      !! to do on every k loop :
398      IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
399         !! detrital flux
400         detflux3d(:,:,jk) = (fslownflux(:,:) + ffastn(:,:)) * tmask(:,:,jk)
401         !CALL iom_put( "DETFLUX3"  , ftot_n )
402      ENDIF
403# if defined key_roam                     
404      IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
405         expc3(:,:,jk) = (fslowcflux(:,:) + ffastc(:,:)) * tmask(:,:,jk)
406      ENDIF         
407      IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
408         expn3(:,:,jk) = (fslownflux(:,:) + ffastn(:,:)) * tmask(:,:,jk)
409      ENDIF         
410# endif         
411#   if defined key_debug_medusa
412         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_diag_slice: end jk = ', jk
413         CALL flush(numout)
414#   endif
415
416   END SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice
417
418#else
419   !!======================================================================
420   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
421   !!======================================================================
422CONTAINS
423   SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice( )                  ! Empty routine
424      WRITE(*,*) 'bio_medusa_diag_slice: You should not have seen this print! error?'
425   END SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice
426#endif 
427
428   !!======================================================================
429END MODULE bio_medusa_diag_slice_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.