source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90 @ 8521

Last change on this file since 8521 was 8521, checked in by marc, 3 years ago

gmed:#346 Merging branches/NERC/dev_r5518_GO6_MEDUSA_conserv

File size: 31.9 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_init_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_init  ***
4   !! Initialisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Add slow-sinking detrius variables
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_init    ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_init( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_init  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - zeroes arrays used in TRC_BIO_MEDUSA
33      !!  - sets up the arrays needed for the diagnostics
34      !!----------------------------------------------------------------------
35      USE bio_medusa_mod
36      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk
37      USE sms_medusa,        ONLY: jdms
38      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000 
39      USE in_out_manager,    ONLY: lwp
40
41# if defined key_iomput
42      USE iom,               ONLY: lk_iomput, numout
43      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa
44# endif
45
46      !! time (integer timestep)
47      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
48
49      IF( ln_diatrc ) THEN
50         IF (lwp) write (numout,*) 'Diagnostics are now ALL through XIOS (key_xios)'
51         IF (lwp) write (numout,*) 'No more key_diatrc anymore.'
52      ENDIF
53
54      !!----------------------------------------------------------------------
55      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields
56      !!----------------------------------------------------------------------
57      !!
58      ffastn(:,:)  = 0.0        !! organic nitrogen
59      ffastsi(:,:) = 0.0        !! biogenic silicon
60      ffastfe(:,:) = 0.0        !! organic iron
61      ffastc(:,:)  = 0.0        !! organic carbon
62      ffastca(:,:) = 0.0        !! biogenic calcium carbonate
63      !!
64      fsedn(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of N
65      fsedsi(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Si
66      fsedfe(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Fe
67      fsedc(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of C
68      fsedca(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of CaCO3
69      !!
70      fregenfast(:,:)   = 0.0   !! integrated  N regeneration (fast detritus)
71      fregenfastsi(:,:) = 0.0   !! integrated Si regeneration (fast detritus)
72# if defined key_roam
73      fregenfastc(:,:)  = 0.0   !! integrated  C regeneration (fast detritus)
74# endif
75      !!
76      fccd(:,:)    = 0.0        !! last depth level before CCD
77
78      !!----------------------------------------------------------------------
79      !! blank nutrient/flux inventories
80      !!----------------------------------------------------------------------
81      !!
82      fflx_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen flux total
83      fflx_si(:,:) = 0.0        !! silicon  flux total
84      fflx_fe(:,:) = 0.0        !! iron     flux total
85      fifd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus production
86      fifd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus production
87      fifd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus production
88      fofd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus remineralisation
89      fofd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus remineralisation
90      fofd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus remineralisation
91# if defined key_roam
92      fflx_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     flux total
93      fflx_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity flux total
94      fflx_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     flux total
95      ftot_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     inventory
96      ftot_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity inventory
97      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory
98      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production
99! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17
100!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production
101!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production
102      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation
103! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17
104!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation
105!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation
106      !!
107      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production
108      fnit_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen consumption
109      fsil_prod(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon production
110      fsil_cons(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon consumption
111      fcar_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon production
112      fcar_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon consumption
113      !!
114      foxy_prod(:,:) = 0.0      !! oxygen production
115      foxy_cons(:,:) = 0.0      !! oxygen consumption
116      foxy_anox(:,:) = 0.0      !! unrealised oxygen consumption
117      !!
118# endif
119      ftot_n(:,:)   = 0.0       !! N inventory
120      ftot_si(:,:)  = 0.0       !! Si inventory
121      ftot_fe(:,:)  = 0.0       !! Fe inventory
122      ftot_pn(:,:)  = 0.0       !! integrated non-diatom phytoplankton
123      ftot_pd(:,:)  = 0.0       !! integrated diatom     phytoplankton
124      ftot_zmi(:,:) = 0.0       !! integrated microzooplankton
125      ftot_zme(:,:) = 0.0       !! integrated mesozooplankton
126      ftot_det(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, nitrogen
127      ftot_dtc(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, carbon
128      !!
129      fzmi_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by microzooplankton
130      fzmi_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
131      fzme_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by  mesozooplankton
132      fzme_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
133      !!
134      f_sbenin_n(:,:)  = 0.0    !! slow detritus N  -> benthic pool
135      f_sbenin_fe(:,:) = 0.0    !! slow detritus Fe -> benthic pool
136      f_sbenin_c(:,:)  = 0.0    !! slow detritus C  -> benthic pool
137      f_fbenin_n(:,:)  = 0.0    !! fast detritus N  -> benthic pool
138      f_fbenin_fe(:,:) = 0.0    !! fast detritus Fe -> benthic pool
139      f_fbenin_si(:,:) = 0.0    !! fast detritus Si -> benthic pool
140      f_fbenin_c(:,:)  = 0.0    !! fast detritus C  -> benthic pool
141      f_fbenin_ca(:,:) = 0.0    !! fast detritus Ca -> benthic pool
142      !!
143      f_benout_n(:,:)  = 0.0    !! benthic N  pool  -> dissolved
144      f_benout_fe(:,:) = 0.0    !! benthic Fe pool  -> dissolved
145      f_benout_si(:,:) = 0.0    !! benthic Si pool  -> dissolved
146      f_benout_c(:,:)  = 0.0    !! benthic C  pool  -> dissolved
147      f_benout_ca(:,:) = 0.0    !! benthic Ca pool  -> dissolved
148      !!
149      f_benout_lyso_ca(:,:) = 0.0 !! benthic Ca pool  -> dissolved (when it shouldn't!)
150      !!
151      f_runoff(:,:)  = 0.0      !! riverine runoff
152      f_riv_n(:,:)   = 0.0      !! riverine N   input
153      f_riv_si(:,:)  = 0.0      !! riverine Si  input
154      f_riv_c(:,:)   = 0.0      !! riverine C   input
155      f_riv_alk(:,:) = 0.0      !! riverine alk input
156      !!
157      !! Jpalm -- 06-03-2017 -- Forgotten var to init
158      f_omarg(:,:) = 0.0        !!
159      f_omcal(:,:) = 0.0 
160      xFree(:,:) = 0.0          !! state variables for iron-ligand system
161      fcomm_resp(:,:) = 0.0 
162      fprn_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
163      fprd_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
164      !! AXY (16/08/17)
165      fchl_ml(:,:) = 0.0   !! mixed layer chlorophyll diagnostics
166      !!
167      fslownflux(:,:) = 0.0 
168      fslowcflux(:,:) = 0.0 
169      !!
170      !! AXY (08/08/17): zero slow detritus fluxes
171      fslowsink(:,:)  = 0.0
172# if defined key_roam
173      fslowsinkc(:,:) = 0.0
174# endif     
175      !!
176      !! allocate and initiate 2D diag
177      !! -----------------------------
178      !! Juju :: add kt condition !!
179      IF ( lk_iomput ) THEN 
180
181         !! initialise iom_use test
182         IF ( kt == nittrc000 )   CALL trc_nam_iom_medusa 
183
184         ALLOCATE( zw2d(1:jpi, 1:jpj) )
185         zw2d(:,:)      = 0.0   !!
186         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
187            ALLOCATE( fprn2d(1:jpi, 1:jpj) )
188            fprn2d(:,:)      = 0.0 !!
189         ENDIF
190         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
191            ALLOCATE( fdpn2d(1:jpi, 1:jpj) )
192            fdpn2d(:,:)      = 0.0 !!
193         ENDIF
194         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
195            ALLOCATE( fprd2d(1:jpi, 1:jpj) )
196            fprd2d(:,:)      = 0.0 !!
197         ENDIF
198         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
199            ALLOCATE( fdpd2d(1:jpi, 1:jpj) )
200            fdpd2d(:,:)      = 0.0 !!
201         ENDIF
202         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
203            ALLOCATE( fprds2d(1:jpi, 1:jpj) )
204            fprds2d(:,:)      = 0.0 !!
205         ENDIF
206         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
207            ALLOCATE( fsdiss2d(1:jpi, 1:jpj) )
208            fsdiss2d(:,:)      = 0.0 !!
209         ENDIF
210         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
211            ALLOCATE( fgmipn2d(1:jpi, 1:jpj) )
212            fgmipn2d(:,:)      = 0.0 !!
213         ENDIF
214         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
215            ALLOCATE( fgmid2d(1:jpi, 1:jpj) )
216            fgmid2d(:,:)      = 0.0 !!
217         ENDIF
218         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
219            ALLOCATE( fdzmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
220            fdzmi2d(:,:)      = 0.0 !!
221         ENDIF
222         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
223            ALLOCATE( fgmepn2d(1:jpi, 1:jpj) )
224            fgmepn2d(:,:)      = 0.0 !!
225         ENDIF
226         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
227            ALLOCATE( fgmepd2d(1:jpi, 1:jpj) )
228            fgmepd2d(:,:)      = 0.0 !!
229         ENDIF
230         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
231            ALLOCATE( fgmezmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
232            fgmezmi2d(:,:)      = 0.0 !!
233         ENDIF
234         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
235            ALLOCATE( fgmed2d(1:jpi, 1:jpj) )
236            fgmed2d(:,:)      = 0.0 !!
237         ENDIF
238         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
239            ALLOCATE( fdzme2d(1:jpi, 1:jpj) )
240            fdzme2d(:,:)      = 0.0 !!
241         ENDIF
242         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
243            ALLOCATE( fslown2d(1:jpi, 1:jpj) )
244            fslown2d(:,:)      = 0.0 !!
245         ENDIF
246         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
247            ALLOCATE( fdd2d(1:jpi, 1:jpj) )
248            fdd2d(:,:)      = 0.0 !!
249         ENDIF     
250         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
251            ALLOCATE( ffetop2d(1:jpi, 1:jpj) )
252            ffetop2d(:,:)      = 0.0 !!
253         ENDIF
254         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
255            ALLOCATE( ffebot2d(1:jpi, 1:jpj) )
256            ffebot2d(:,:)      = 0.0 !!
257         ENDIF
258         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
259            ALLOCATE( ffescav2d(1:jpi, 1:jpj) )
260            ffescav2d(:,:)      = 0.0 !!
261         ENDIF
262         IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
263            ALLOCATE( fjln2d(1:jpi, 1:jpj) )
264            fjln2d(:,:)      = 0.0 !!
265         ENDIF
266         IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
267            ALLOCATE( fnln2d(1:jpi, 1:jpj) )
268            fnln2d(:,:)      = 0.0 !!
269         ENDIF
270         IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
271            ALLOCATE( ffln2d(1:jpi, 1:jpj) )
272            ffln2d(:,:)      = 0.0 !!
273         ENDIF
274         IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
275            ALLOCATE( fjld2d(1:jpi, 1:jpj) )
276            fjld2d(:,:)      = 0.0 !!
277         ENDIF
278         IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
279            ALLOCATE( fnld2d(1:jpi, 1:jpj) )
280            fnld2d(:,:)      = 0.0 !!
281         ENDIF
282         IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
283            ALLOCATE( ffld2d(1:jpi, 1:jpj) )
284            ffld2d(:,:)      = 0.0 !!
285         ENDIF
286         IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
287            ALLOCATE( fsld2d2(1:jpi, 1:jpj) )
288            fsld2d2(:,:)      = 0.0 !!
289         ENDIF
290         IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
291            ALLOCATE( fsld2d(1:jpi, 1:jpj) )
292            fsld2d(:,:)      = 0.0 !!
293         ENDIF
294!!
295!! skip SDT_XXXX diagnostics here
296!!
297         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
298            ALLOCATE( fregen2d(1:jpi, 1:jpj) )
299            fregen2d(:,:)      = 0.0 !!
300         ENDIF
301         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
302            ALLOCATE( fregensi2d(1:jpi, 1:jpj) )
303            fregensi2d(:,:)      = 0.0 !!
304         ENDIF
305!!
306!! skip REG_XXXX diagnostics here
307!!
308         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
309            ALLOCATE( ftempn2d(1:jpi, 1:jpj) )
310            ftempn2d(:,:)      = 0.0 !!
311         ENDIF
312         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
313            ALLOCATE( ftempsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
314            ftempsi2d(:,:)      = 0.0 !!
315         ENDIF
316         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
317            ALLOCATE( ftempfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
318            ftempfe2d(:,:)      = 0.0 !!
319         ENDIF
320         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
321            ALLOCATE( ftempc2d(1:jpi, 1:jpj) )
322            ftempc2d(:,:)      = 0.0 !!
323         ENDIF
324         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
325            ALLOCATE( ftempca2d(1:jpi, 1:jpj) )
326            ftempca2d(:,:)      = 0.0 !!
327         ENDIF     
328!!
329!! skip FDT_XXXX, RG_XXXXF, FDS_XXXX, RGS_XXXXF diagnostics here
330!!
331         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
332            ALLOCATE( freminn2d(1:jpi, 1:jpj) )
333            freminn2d(:,:)      = 0.0 !!
334         ENDIF
335         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
336            ALLOCATE( freminsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
337            freminsi2d(:,:)      = 0.0 !!
338         ENDIF
339         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
340            ALLOCATE( freminfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
341            freminfe2d(:,:)      = 0.0 !!
342         ENDIF
343         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
344            ALLOCATE( freminc2d(1:jpi, 1:jpj) )
345            freminc2d(:,:)      = 0.0 !!
346         ENDIF
347         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
348            ALLOCATE( freminca2d(1:jpi, 1:jpj) )
349            freminca2d(:,:)      = 0.0 !!
350         ENDIF
351
352# if defined key_roam
353!!
354!! skip SEAFLRXX, MED_XXXX, INTFLX_XX, INT_XX, ML_XXX, OCAL_XXX, FE_XXXX, MED_XZE, WIND diagnostics here
355!!
356         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
357            ALLOCATE( ffastca2d(1:jpi, 1:jpj) )
358            ffastca2d(:,:)      = 0.0 !!
359         ENDIF
360
361         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
362            ALLOCATE( f_pco2a2d(1:jpi, 1:jpj) )
363            f_pco2a2d(:,:)      = 0.0 !!
364         ENDIF
365!!
366!! skip OCN_PH diagnostic here
367!!
368         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
369            ALLOCATE( f_pco2w2d(1:jpi, 1:jpj) )
370            f_pco2w2d(:,:)      = 0.0 !!
371         ENDIF
372!!
373!! skip OCNH2CO3, OCN_HCO3, OCN_CO3 diagnostics here
374!!
375         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
376            ALLOCATE( f_co2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
377            f_co2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
378         ENDIF
379!!
380!! skip OM_XXX diagnostics here
381!!
382         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
383            ALLOCATE( f_TDIC2d(1:jpi, 1:jpj) )
384            f_TDIC2d(:,:)      = 0.0 !!
385         ENDIF
386         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
387            ALLOCATE( f_TALK2d(1:jpi, 1:jpj) )
388            f_TALK2d(:,:)      = 0.0 !!
389         ENDIF
390         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
391            ALLOCATE( f_kw6602d(1:jpi, 1:jpj) )
392            f_kw6602d(:,:)      = 0.0 !!
393         ENDIF
394         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
395            ALLOCATE( f_pp02d(1:jpi, 1:jpj) )
396            f_pp02d(:,:)      = 0.0 !!
397         ENDIF
398         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
399            ALLOCATE( f_o2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
400            f_o2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
401         ENDIF
402         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
403            ALLOCATE( f_o2sat2d(1:jpi, 1:jpj) )
404            f_o2sat2d(:,:)      = 0.0 !!
405         ENDIF 
406!!
407!! skip XXX_CCD diagnostics here
408!!
409         IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
410            ALLOCATE( sfr_ocal2d(1:jpi, 1:jpj) )
411            sfr_ocal2d(:,:)      = 0.0 !!
412         ENDIF
413         IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
414            ALLOCATE( sfr_oarg2d(1:jpi, 1:jpj) )
415            sfr_oarg2d(:,:)      = 0.0 !!
416         ENDIF
417!!
418!! skip XX_PROD, XX_CONS, O2_ANOX, RR_XXXX diagnostics here
419!!
420         IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
421            ALLOCATE( iben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
422            iben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
423         ENDIF
424         IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
425            ALLOCATE( iben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
426            iben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
427         ENDIF
428         IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
429            ALLOCATE( iben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
430            iben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
431         ENDIF
432         IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
433            ALLOCATE( iben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
434            iben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
435         ENDIF
436         IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
437            ALLOCATE( iben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
438            iben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
439         ENDIF
440         IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
441            ALLOCATE( oben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
442            oben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
443         ENDIF
444         IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
445            ALLOCATE( oben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
446            oben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
447         ENDIF
448         IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
449            ALLOCATE( oben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
450            oben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
451         ENDIF
452         IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
453            ALLOCATE( oben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
454            oben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
455         ENDIF
456         IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
457            ALLOCATE( oben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
458            oben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
459         ENDIF
460!!
461!! skip BEN_XX diagnostics here
462!!
463
464         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
465            ALLOCATE( rivn2d(1:jpi, 1:jpj) )
466            rivn2d(:,:)      = 0.0 !!
467         ENDIF
468         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
469            ALLOCATE( rivsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
470            rivsi2d(:,:)      = 0.0 !!
471         ENDIF
472         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
473            ALLOCATE( rivc2d(1:jpi, 1:jpj) )
474            rivc2d(:,:)      = 0.0 !!
475         ENDIF
476         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
477            ALLOCATE( rivalk2d(1:jpi, 1:jpj) )
478            rivalk2d(:,:)      = 0.0 !!
479         ENDIF
480         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
481            ALLOCATE( fslowc2d(1:jpi, 1:jpj) )
482            fslowc2d(:,:)      = 0.0 !!
483         ENDIF 
484!!
485!! skip SDC_XXXX, INVTXXX diagnostics here
486!!
487         IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
488            ALLOCATE( lyso_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
489            lyso_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
490         ENDIF
491!!
492!! skip COM_RESP diagnostic here
493!!
494         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
495            ALLOCATE( fdpn22d(1:jpi, 1:jpj) )
496            fdpn22d(:,:)      = 0.0 !!
497         ENDIF
498         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
499            ALLOCATE( fdpd22d(1:jpi, 1:jpj) )
500            fdpd22d(:,:)      = 0.0 !!
501         ENDIF
502         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
503            ALLOCATE( fdzmi22d(1:jpi, 1:jpj) )
504            fdzmi22d(:,:)      = 0.0 !!
505         ENDIF
506         IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
507            ALLOCATE( fdzme22d(1:jpi, 1:jpj) )
508            fdzme22d(:,:)      = 0.0 !!
509         ENDIF
510         IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN   
511            ALLOCATE( zimesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
512            zimesn2d(:,:)      = 0.0 !!
513         ENDIF
514         IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
515            ALLOCATE( zimesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
516            zimesd2d(:,:)      = 0.0 !!
517         ENDIF
518         IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
519            ALLOCATE( zimesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
520            zimesc2d(:,:)      = 0.0 !!
521         ENDIF
522         IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
523            ALLOCATE( zimesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
524            zimesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
525         ENDIF
526         IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
527            ALLOCATE( ziexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
528            ziexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
529         ENDIF
530         IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
531            ALLOCATE( ziresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
532            ziresp2d(:,:)      = 0.0 !!
533         ENDIF
534         IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
535            ALLOCATE( zigrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
536            zigrow2d(:,:)      = 0.0 !!
537         ENDIF
538         IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
539            ALLOCATE( zemesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
540            zemesn2d(:,:)      = 0.0 !!
541         ENDIF
542         IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
543            ALLOCATE( zemesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
544            zemesd2d(:,:)      = 0.0 !!
545         ENDIF
546         IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
547            ALLOCATE( zemesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
548            zemesc2d(:,:)      = 0.0 !!
549         ENDIF
550         IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
551            ALLOCATE( zemesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
552            zemesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
553         ENDIF
554         IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
555            ALLOCATE( zeexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
556            zeexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
557         ENDIF                 
558         IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
559            ALLOCATE( zeresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
560            zeresp2d(:,:)      = 0.0 !!
561         ENDIF
562         IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
563            ALLOCATE( zegrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
564            zegrow2d(:,:)      = 0.0 !!
565         ENDIF
566         IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
567            ALLOCATE( mdetc2d(1:jpi, 1:jpj) )
568            mdetc2d(:,:)      = 0.0 !!
569         ENDIF
570         IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
571            ALLOCATE( gmidc2d(1:jpi, 1:jpj) )
572            gmidc2d(:,:)      = 0.0 !!
573         ENDIF
574         IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
575            ALLOCATE( gmedc2d(1:jpi, 1:jpj) )
576            gmedc2d(:,:)      = 0.0 !!
577         ENDIF
578!!
579!! skip INT_XXX diagnostics here
580!!
581         IF (jdms .eq. 1) THEN
582            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
583               ALLOCATE( dms_surf2d(1:jpi, 1:jpj) )
584               dms_surf2d(:,:)      = 0.0 !!
585            ENDIF
586            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
587               ALLOCATE( dms_andr2d(1:jpi, 1:jpj) )
588               dms_andr2d(:,:)      = 0.0 !!
589            ENDIF
590            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
591               ALLOCATE( dms_simo2d(1:jpi, 1:jpj) )
592               dms_simo2d(:,:)      = 0.0 !!
593            ENDIF
594            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
595               ALLOCATE( dms_aran2d(1:jpi, 1:jpj) )
596               dms_aran2d(:,:)      = 0.0 !!
597            ENDIF
598            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
599               ALLOCATE( dms_hall2d(1:jpi, 1:jpj) )
600               dms_hall2d(:,:)      = 0.0 !!
601            ENDIF
602            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
603               ALLOCATE( dms_andm2d(1:jpi, 1:jpj) )
604               dms_andm2d(:,:)      = 0.0 !!
605            ENDIF
606         ENDIF   
607         !!
608         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics, 2D
609         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
610            ALLOCATE( f_xco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
611            f_xco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
612         ENDIF
613         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
614            ALLOCATE( f_fco2w_2d(1:jpi, 1:jpj) )
615            f_fco2w_2d(:,:)      = 0.0 !!
616         ENDIF
617         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
618            ALLOCATE( f_fco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
619            f_fco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
620         ENDIF
621         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
622            ALLOCATE( f_ocnrhosw_2d(1:jpi, 1:jpj) )
623            f_ocnrhosw_2d(:,:)      = 0.0 !!
624         ENDIF
625         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
626            ALLOCATE( f_ocnschco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
627            f_ocnschco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
628         ENDIF
629         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
630            ALLOCATE( f_ocnkwco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
631            f_ocnkwco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
632         ENDIF
633         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
634            ALLOCATE( f_ocnk0_2d(1:jpi, 1:jpj) )
635            f_ocnk0_2d(:,:)      = 0.0 !!
636         ENDIF
637         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
638            ALLOCATE( f_co2starair_2d(1:jpi, 1:jpj) )
639            f_co2starair_2d(:,:)      = 0.0 !!
640         ENDIF
641         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
642            ALLOCATE( f_ocndpco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
643            f_ocndpco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
644         ENDIF
645# endif 
646         IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
647            ALLOCATE( tpp3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
648            tpp3d(:,:,:)      = 0.0 !!
649         ENDIF
650         IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
651            ALLOCATE( detflux3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
652            detflux3d(:,:,:)      = 0.0 !!
653         ENDIF
654         IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
655             ALLOCATE( remin3dn(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
656             remin3dn(:,:,:)      = 0.0 !!
657         ENDIF
658         !!
659         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 2D
660         !! JPALM -- 17-11-16 -- put fgco2 alloc out of diag request
661         !!                   needed for coupling/passed through restart
662         !! IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
663            ALLOCATE( fgco2(1:jpi, 1:jpj) )
664            fgco2(:,:)      = 0.0 !!
665         !! ENDIF
666         IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
667            ALLOCATE( intdissic(1:jpi, 1:jpj) )
668            intdissic(:,:)  = 0.0 !!
669         ENDIF         
670         IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
671            ALLOCATE( intdissin(1:jpi, 1:jpj) )
672            intdissin(:,:)  = 0.0 !!
673         ENDIF         
674         IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
675            ALLOCATE( intdissisi(1:jpi, 1:jpj) )
676            intdissisi(:,:)  = 0.0 !!
677         ENDIF         
678         IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
679            ALLOCATE( inttalk(1:jpi, 1:jpj) )
680            inttalk(:,:)  = 0.0 !!
681         ENDIF         
682         IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
683            ALLOCATE( o2min(1:jpi, 1:jpj) )
684            o2min(:,:)  = 1.e3 !! set to high value as we're looking for min(o2)
685         ENDIF         
686         IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
687            ALLOCATE( zo2min(1:jpi, 1:jpj) )
688            zo2min(:,:)  = 0.0 !!
689         ENDIF         
690         IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave  ) THEN
691            ALLOCATE( fbddtalk(1:jpi, 1:jpj) )
692            fbddtalk(:,:)  = 0.0 !!
693         ENDIF
694         IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave  ) THEN
695            ALLOCATE( fbddtdic(1:jpi, 1:jpj) )
696            fbddtdic(:,:)  = 0.0 !!
697         ENDIF
698         IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
699            ALLOCATE( fbddtdife(1:jpi, 1:jpj) )
700            fbddtdife(:,:) = 0.0 !!
701         ENDIF
702         IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave  ) THEN
703            ALLOCATE( fbddtdin(1:jpi, 1:jpj) )
704            fbddtdin(:,:)  = 0.0 !!
705         ENDIF
706         IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
707            ALLOCATE( fbddtdisi(1:jpi, 1:jpj) )
708            fbddtdisi(:,:) = 0.0 !!
709         ENDIF
710         !!
711         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 3D
712         IF( med_diag%TPPD3%dgsave     ) THEN
713            ALLOCATE( tppd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
714            tppd3(:,:,:)     = 0.0 !!
715         ENDIF
716         IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave  ) THEN
717            ALLOCATE( bddtalk3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
718            bddtalk3(:,:,:)  = 0.0 !!
719         ENDIF
720         IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave  ) THEN
721            ALLOCATE( bddtdic3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
722            bddtdic3(:,:,:)  = 0.0 !!
723         ENDIF
724         IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
725            ALLOCATE( bddtdife3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
726            bddtdife3(:,:,:) = 0.0 !!
727         ENDIF
728         IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave  ) THEN
729            ALLOCATE( bddtdin3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
730            bddtdin3(:,:,:)  = 0.0 !!
731         ENDIF
732         IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
733            ALLOCATE( bddtdisi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
734            bddtdisi3(:,:,:) = 0.0 !!
735         ENDIF
736         IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave   ) THEN
737            ALLOCATE( fd_nit3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
738            fd_nit3(:,:,:)   = 0.0 !!
739         ENDIF
740         IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave   ) THEN
741            ALLOCATE( fd_sil3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
742            fd_sil3(:,:,:)   = 0.0 !!
743         ENDIF
744         IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave   ) THEN
745            ALLOCATE( fd_car3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
746            fd_car3(:,:,:)   = 0.0 !!
747         ENDIF
748         IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave   ) THEN
749            ALLOCATE( fd_cal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
750            fd_cal3(:,:,:)   = 0.0 !!
751         ENDIF
752         IF( med_diag%DCALC3%dgsave    ) THEN
753            ALLOCATE( dcalc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
754            dcalc3(:,:,: )   = 0.0 !!
755         ENDIF
756         IF( med_diag%EXPC3%dgsave     ) THEN
757            ALLOCATE( expc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
758            expc3(:,:,: )    = 0.0 !!
759         ENDIF
760         IF( med_diag%EXPN3%dgsave     ) THEN
761            ALLOCATE( expn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
762            expn3(:,:,: )    = 0.0 !!
763         ENDIF
764         IF( med_diag%FEDISS3%dgsave   ) THEN
765            ALLOCATE( fediss3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
766            fediss3(:,:,: )  = 0.0 !!
767         ENDIF
768         IF( med_diag%FESCAV3%dgsave   ) THEN
769            ALLOCATE( fescav3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
770            fescav3(:,:,: )  = 0.0 !!
771         ENDIF
772         IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave   ) THEN
773            ALLOCATE( migrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
774            migrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
775         ENDIF
776         IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave   ) THEN
777            ALLOCATE( migrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
778            migrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
779         ENDIF
780         IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave   ) THEN
781            ALLOCATE( megrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
782            megrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
783         ENDIF
784         IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave   ) THEN
785            ALLOCATE( megrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
786            megrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
787         ENDIF
788         IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave   ) THEN
789            ALLOCATE( megrazz3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
790            megrazz3(:,:,: )  = 0.0 !!
791         ENDIF
792         IF( med_diag%O2SAT3%dgsave     ) THEN
793            ALLOCATE( o2sat3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
794            o2sat3(:,:,: )    = 0.0 !!
795         ENDIF
796         IF( med_diag%PBSI3%dgsave      ) THEN
797            ALLOCATE( pbsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
798            pbsi3(:,:,: )     = 0.0 !!
799         ENDIF
800         IF( med_diag%PCAL3%dgsave      ) THEN
801            ALLOCATE( pcal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
802            pcal3(:,:,: )     = 0.0 !!
803         ENDIF
804         IF( med_diag%REMOC3%dgsave     ) THEN
805            ALLOCATE( remoc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
806            remoc3(:,:,: )    = 0.0 !!
807         ENDIF
808         IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave    ) THEN
809            ALLOCATE( pnlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
810            pnlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
811         ENDIF
812         IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave    ) THEN
813            ALLOCATE( pnlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
814            pnlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
815         ENDIF
816         IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave   ) THEN
817            ALLOCATE( pnlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
818            pnlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
819         ENDIF
820         IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave    ) THEN
821            ALLOCATE( pdlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
822            pdlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
823         ENDIF
824         IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave    ) THEN
825            ALLOCATE( pdlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
826            pdlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
827         ENDIF
828         IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave   ) THEN
829            ALLOCATE( pdlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
830            pdlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
831         ENDIF
832         IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave   ) THEN
833            ALLOCATE( pdlimsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
834            pdlimsi3(:,:,: )  = 0.0 !!
835         ENDIF
836      ENDIF
837      !! lk_iomput
838
839   END SUBROUTINE bio_medusa_init
840
841#else
842   !!======================================================================
843   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
844   !!======================================================================
845CONTAINS
846   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine
847      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?'
848   END SUBROUTINE bio_medusa_init
849#endif 
850
851   !!======================================================================
852END MODULE bio_medusa_init_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.