source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_FOAMv14/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90 @ 10302

Last change on this file since 10302 was 10302, checked in by dford, 23 months ago

Merge in revisions 8447:10159 of dev_r5518_GO6_package.

File size: 32.8 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_init_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_init  ***
4   !! Initialisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Add slow-sinking detrius variables
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_init    ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_init( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_init  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - zeroes arrays used in TRC_BIO_MEDUSA
33      !!  - sets up the arrays needed for the diagnostics
34      !!----------------------------------------------------------------------
35      USE bio_medusa_mod
36      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk
37      USE sms_medusa,        ONLY: jdms, pgrow_avg, ploss_avg, phyt_avg, mld_max
38      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000 
39      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
40
41      USE iom,               ONLY: lk_iomput
42      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa
43
44      !! time (integer timestep)
45      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
46
47      IF( ln_diatrc ) THEN
48         IF (lwp) write (numout,*) 'Diagnostics are now ALL through XIOS (key_xios)'
49         IF (lwp) write (numout,*) 'No more key_diatrc anymore.'
50      ENDIF
51
52      !!----------------------------------------------------------------------
53      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields
54      !!----------------------------------------------------------------------
55      !!
56      ffastn(:,:)  = 0.0        !! organic nitrogen
57      ffastsi(:,:) = 0.0        !! biogenic silicon
58      ffastfe(:,:) = 0.0        !! organic iron
59      ffastc(:,:)  = 0.0        !! organic carbon
60      ffastca(:,:) = 0.0        !! biogenic calcium carbonate
61      !!
62      fsedn(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of N
63      fsedsi(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Si
64      fsedfe(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Fe
65      fsedc(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of C
66      fsedca(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of CaCO3
67      !!
68      fregenfast(:,:)   = 0.0   !! integrated  N regeneration (fast detritus)
69      fregenfastsi(:,:) = 0.0   !! integrated Si regeneration (fast detritus)
70# if defined key_roam
71      fregenfastc(:,:)  = 0.0   !! integrated  C regeneration (fast detritus)
72# endif
73      !!
74      fccd(:,:)    = 0.0        !! last depth level before CCD
75
76      !!----------------------------------------------------------------------
77      !! blank nutrient/flux inventories
78      !!----------------------------------------------------------------------
79      !!
80      fflx_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen flux total
81      fflx_si(:,:) = 0.0        !! silicon  flux total
82      fflx_fe(:,:) = 0.0        !! iron     flux total
83      fifd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus production
84      fifd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus production
85      fifd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus production
86      fofd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus remineralisation
87      fofd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus remineralisation
88      fofd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus remineralisation
89# if defined key_roam
90      fflx_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     flux total
91      fflx_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity flux total
92      fflx_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     flux total
93      ftot_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     inventory
94      ftot_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity inventory
95      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory
96      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production
97! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17
98!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production
99!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production
100      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation
101! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17
102!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation
103!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation
104      !!
105      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production
106      fnit_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen consumption
107      fsil_prod(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon production
108      fsil_cons(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon consumption
109      fcar_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon production
110      fcar_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon consumption
111      !!
112      foxy_prod(:,:) = 0.0      !! oxygen production
113      foxy_cons(:,:) = 0.0      !! oxygen consumption
114      foxy_anox(:,:) = 0.0      !! unrealised oxygen consumption
115      !!
116# endif
117      ftot_n(:,:)   = 0.0       !! N inventory
118      ftot_si(:,:)  = 0.0       !! Si inventory
119      ftot_fe(:,:)  = 0.0       !! Fe inventory
120      ftot_pn(:,:)  = 0.0       !! integrated non-diatom phytoplankton
121      ftot_pd(:,:)  = 0.0       !! integrated diatom     phytoplankton
122      ftot_zmi(:,:) = 0.0       !! integrated microzooplankton
123      ftot_zme(:,:) = 0.0       !! integrated mesozooplankton
124      ftot_det(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, nitrogen
125      ftot_dtc(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, carbon
126      !!
127      fzmi_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by microzooplankton
128      fzmi_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
129      fzme_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by  mesozooplankton
130      fzme_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
131      !!
132      f_sbenin_n(:,:)  = 0.0    !! slow detritus N  -> benthic pool
133      f_sbenin_fe(:,:) = 0.0    !! slow detritus Fe -> benthic pool
134      f_sbenin_c(:,:)  = 0.0    !! slow detritus C  -> benthic pool
135      f_fbenin_n(:,:)  = 0.0    !! fast detritus N  -> benthic pool
136      f_fbenin_fe(:,:) = 0.0    !! fast detritus Fe -> benthic pool
137      f_fbenin_si(:,:) = 0.0    !! fast detritus Si -> benthic pool
138      f_fbenin_c(:,:)  = 0.0    !! fast detritus C  -> benthic pool
139      f_fbenin_ca(:,:) = 0.0    !! fast detritus Ca -> benthic pool
140      !!
141      f_benout_n(:,:)  = 0.0    !! benthic N  pool  -> dissolved
142      f_benout_fe(:,:) = 0.0    !! benthic Fe pool  -> dissolved
143      f_benout_si(:,:) = 0.0    !! benthic Si pool  -> dissolved
144      f_benout_c(:,:)  = 0.0    !! benthic C  pool  -> dissolved
145      f_benout_ca(:,:) = 0.0    !! benthic Ca pool  -> dissolved
146      !!
147      f_benout_lyso_ca(:,:) = 0.0 !! benthic Ca pool  -> dissolved (when it shouldn't!)
148      !!
149      f_runoff(:,:)  = 0.0      !! riverine runoff
150      f_riv_n(:,:)   = 0.0      !! riverine N   input
151      f_riv_si(:,:)  = 0.0      !! riverine Si  input
152      f_riv_c(:,:)   = 0.0      !! riverine C   input
153      f_riv_alk(:,:) = 0.0      !! riverine alk input
154      !!
155      !! Jpalm -- 06-03-2017 -- Forgotten var to init
156      f_omarg(:,:) = 0.0        !!
157      f_omcal(:,:) = 0.0 
158      xFree(:,:) = 0.0          !! state variables for iron-ligand system
159      fcomm_resp(:,:) = 0.0 
160      fprn_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
161      fprd_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
162      !! AXY (16/08/17)
163      fchl_ml(:,:) = 0.0   !! mixed layer chlorophyll diagnostics
164      !!
165      fslownflux(:,:) = 0.0 
166      fslowcflux(:,:) = 0.0 
167      !!
168      !! JPALM -- 21-09-2017 -- needed to debug air-sea carb
169      f_xco2a(:,:)  = 0.0
170      f_pco2w(:,:)  = 0.0
171      f_ph(:,:)     = 0.0
172      f_kw660(:,:)  = 0.0
173      ztmp(:,:)  = 0.0
174      zsal(:,:)  = 0.0
175      zalk(:,:)  = 0.0
176      zdic(:,:)  = 0.0
177      zsil(:,:)  = 0.0
178# if defined key_mocsy
179      ! zpho is only defined if key_mocsy
180      ! is active, so we must protect this
181      ! initialisation accordingly.
182      zpho(:,:)  = 0.0
183# endif
184      f_co2flux(:,:)  = 0.0 
185      f_pco2atm(:,:)  = 0.0
186      f_h2co3(:,:)    = 0.0
187      f_hco3(:,:)     = 0.0
188      f_co3(:,:)      = 0.0
189      f_omarg(:,:)    = 0.0
190      f_omcal(:,:)    = 0.0
191      !!
192      !! AXY (08/08/17): zero slow detritus fluxes
193      fslowsink(:,:)  = 0.0
194# if defined key_roam
195      fslowsinkc(:,:) = 0.0
196# endif     
197      !!
198      pgrow_avg(:,:) = 0.0
199      ploss_avg(:,:) = 0.0
200      phyt_avg(:,:)  = 0.0
201      IF( kt == nittrc000 ) THEN
202         mld_max(:,:) = 0.0
203      ENDIF
204      !!
205      !! allocate and initiate 2D diag
206      !! -----------------------------
207      !! Juju :: add kt condition !!
208      IF ( lk_iomput ) THEN 
209
210         !! initialise iom_use test
211         IF ( kt == nittrc000 )   CALL trc_nam_iom_medusa 
212
213         ALLOCATE( zw2d(1:jpi, 1:jpj) )
214         zw2d(:,:)      = 0.0   !!
215         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
216            ALLOCATE( fprn2d(1:jpi, 1:jpj) )
217            fprn2d(:,:)      = 0.0 !!
218         ENDIF
219         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
220            ALLOCATE( fdpn2d(1:jpi, 1:jpj) )
221            fdpn2d(:,:)      = 0.0 !!
222         ENDIF
223         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
224            ALLOCATE( fprd2d(1:jpi, 1:jpj) )
225            fprd2d(:,:)      = 0.0 !!
226         ENDIF
227         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
228            ALLOCATE( fdpd2d(1:jpi, 1:jpj) )
229            fdpd2d(:,:)      = 0.0 !!
230         ENDIF
231         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
232            ALLOCATE( fprds2d(1:jpi, 1:jpj) )
233            fprds2d(:,:)      = 0.0 !!
234         ENDIF
235         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
236            ALLOCATE( fsdiss2d(1:jpi, 1:jpj) )
237            fsdiss2d(:,:)      = 0.0 !!
238         ENDIF
239         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
240            ALLOCATE( fgmipn2d(1:jpi, 1:jpj) )
241            fgmipn2d(:,:)      = 0.0 !!
242         ENDIF
243         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
244            ALLOCATE( fgmid2d(1:jpi, 1:jpj) )
245            fgmid2d(:,:)      = 0.0 !!
246         ENDIF
247         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
248            ALLOCATE( fdzmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
249            fdzmi2d(:,:)      = 0.0 !!
250         ENDIF
251         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
252            ALLOCATE( fgmepn2d(1:jpi, 1:jpj) )
253            fgmepn2d(:,:)      = 0.0 !!
254         ENDIF
255         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
256            ALLOCATE( fgmepd2d(1:jpi, 1:jpj) )
257            fgmepd2d(:,:)      = 0.0 !!
258         ENDIF
259         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
260            ALLOCATE( fgmezmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
261            fgmezmi2d(:,:)      = 0.0 !!
262         ENDIF
263         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
264            ALLOCATE( fgmed2d(1:jpi, 1:jpj) )
265            fgmed2d(:,:)      = 0.0 !!
266         ENDIF
267         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
268            ALLOCATE( fdzme2d(1:jpi, 1:jpj) )
269            fdzme2d(:,:)      = 0.0 !!
270         ENDIF
271         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
272            ALLOCATE( fslown2d(1:jpi, 1:jpj) )
273            fslown2d(:,:)      = 0.0 !!
274         ENDIF
275         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
276            ALLOCATE( fdd2d(1:jpi, 1:jpj) )
277            fdd2d(:,:)      = 0.0 !!
278         ENDIF     
279         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
280            ALLOCATE( ffetop2d(1:jpi, 1:jpj) )
281            ffetop2d(:,:)      = 0.0 !!
282         ENDIF
283         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
284            ALLOCATE( ffebot2d(1:jpi, 1:jpj) )
285            ffebot2d(:,:)      = 0.0 !!
286         ENDIF
287         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
288            ALLOCATE( ffescav2d(1:jpi, 1:jpj) )
289            ffescav2d(:,:)      = 0.0 !!
290         ENDIF
291         IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
292            ALLOCATE( fjln2d(1:jpi, 1:jpj) )
293            fjln2d(:,:)      = 0.0 !!
294         ENDIF
295         IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
296            ALLOCATE( fnln2d(1:jpi, 1:jpj) )
297            fnln2d(:,:)      = 0.0 !!
298         ENDIF
299         IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
300            ALLOCATE( ffln2d(1:jpi, 1:jpj) )
301            ffln2d(:,:)      = 0.0 !!
302         ENDIF
303         IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
304            ALLOCATE( fjld2d(1:jpi, 1:jpj) )
305            fjld2d(:,:)      = 0.0 !!
306         ENDIF
307         IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
308            ALLOCATE( fnld2d(1:jpi, 1:jpj) )
309            fnld2d(:,:)      = 0.0 !!
310         ENDIF
311         IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
312            ALLOCATE( ffld2d(1:jpi, 1:jpj) )
313            ffld2d(:,:)      = 0.0 !!
314         ENDIF
315         IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
316            ALLOCATE( fsld2d2(1:jpi, 1:jpj) )
317            fsld2d2(:,:)      = 0.0 !!
318         ENDIF
319         IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
320            ALLOCATE( fsld2d(1:jpi, 1:jpj) )
321            fsld2d(:,:)      = 0.0 !!
322         ENDIF
323!!
324!! skip SDT_XXXX diagnostics here
325!!
326         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
327            ALLOCATE( fregen2d(1:jpi, 1:jpj) )
328            fregen2d(:,:)      = 0.0 !!
329         ENDIF
330         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
331            ALLOCATE( fregensi2d(1:jpi, 1:jpj) )
332            fregensi2d(:,:)      = 0.0 !!
333         ENDIF
334!!
335!! skip REG_XXXX diagnostics here
336!!
337         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
338            ALLOCATE( ftempn2d(1:jpi, 1:jpj) )
339            ftempn2d(:,:)      = 0.0 !!
340         ENDIF
341         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
342            ALLOCATE( ftempsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
343            ftempsi2d(:,:)      = 0.0 !!
344         ENDIF
345         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
346            ALLOCATE( ftempfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
347            ftempfe2d(:,:)      = 0.0 !!
348         ENDIF
349         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
350            ALLOCATE( ftempc2d(1:jpi, 1:jpj) )
351            ftempc2d(:,:)      = 0.0 !!
352         ENDIF
353         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
354            ALLOCATE( ftempca2d(1:jpi, 1:jpj) )
355            ftempca2d(:,:)      = 0.0 !!
356         ENDIF     
357!!
358!! skip FDT_XXXX, RG_XXXXF, FDS_XXXX, RGS_XXXXF diagnostics here
359!!
360         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
361            ALLOCATE( freminn2d(1:jpi, 1:jpj) )
362            freminn2d(:,:)      = 0.0 !!
363         ENDIF
364         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
365            ALLOCATE( freminsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
366            freminsi2d(:,:)      = 0.0 !!
367         ENDIF
368         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
369            ALLOCATE( freminfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
370            freminfe2d(:,:)      = 0.0 !!
371         ENDIF
372         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
373            ALLOCATE( freminc2d(1:jpi, 1:jpj) )
374            freminc2d(:,:)      = 0.0 !!
375         ENDIF
376         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
377            ALLOCATE( freminca2d(1:jpi, 1:jpj) )
378            freminca2d(:,:)      = 0.0 !!
379         ENDIF
380
381# if defined key_roam
382!!
383!! skip SEAFLRXX, MED_XXXX, INTFLX_XX, INT_XX, ML_XXX, OCAL_XXX, FE_XXXX, MED_XZE, WIND diagnostics here
384!!
385         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
386            ALLOCATE( ffastca2d(1:jpi, 1:jpj) )
387            ffastca2d(:,:)      = 0.0 !!
388         ENDIF
389
390         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
391            ALLOCATE( f_pco2a2d(1:jpi, 1:jpj) )
392            f_pco2a2d(:,:)      = 0.0 !!
393         ENDIF
394!!
395!! skip OCN_PH diagnostic here
396!!
397         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
398            ALLOCATE( f_pco2w2d(1:jpi, 1:jpj) )
399            f_pco2w2d(:,:)      = 0.0 !!
400         ENDIF
401!!
402!! skip OCNH2CO3, OCN_HCO3, OCN_CO3 diagnostics here
403!!
404         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
405            ALLOCATE( f_co2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
406            f_co2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
407         ENDIF
408!!
409!! skip OM_XXX diagnostics here
410!!
411         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
412            ALLOCATE( f_TDIC2d(1:jpi, 1:jpj) )
413            f_TDIC2d(:,:)      = 0.0 !!
414         ENDIF
415         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
416            ALLOCATE( f_TALK2d(1:jpi, 1:jpj) )
417            f_TALK2d(:,:)      = 0.0 !!
418         ENDIF
419         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
420            ALLOCATE( f_kw6602d(1:jpi, 1:jpj) )
421            f_kw6602d(:,:)      = 0.0 !!
422         ENDIF
423         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
424            ALLOCATE( f_pp02d(1:jpi, 1:jpj) )
425            f_pp02d(:,:)      = 0.0 !!
426         ENDIF
427         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
428            ALLOCATE( f_o2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
429            f_o2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
430         ENDIF
431         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
432            ALLOCATE( f_o2sat2d(1:jpi, 1:jpj) )
433            f_o2sat2d(:,:)      = 0.0 !!
434         ENDIF 
435!!
436!! skip XXX_CCD diagnostics here
437!!
438         IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
439            ALLOCATE( sfr_ocal2d(1:jpi, 1:jpj) )
440            sfr_ocal2d(:,:)      = 0.0 !!
441         ENDIF
442         IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
443            ALLOCATE( sfr_oarg2d(1:jpi, 1:jpj) )
444            sfr_oarg2d(:,:)      = 0.0 !!
445         ENDIF
446!!
447!! skip XX_PROD, XX_CONS, O2_ANOX, RR_XXXX diagnostics here
448!!
449         IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
450            ALLOCATE( iben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
451            iben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
452         ENDIF
453         IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
454            ALLOCATE( iben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
455            iben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
456         ENDIF
457         IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
458            ALLOCATE( iben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
459            iben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
460         ENDIF
461         IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
462            ALLOCATE( iben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
463            iben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
464         ENDIF
465         IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
466            ALLOCATE( iben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
467            iben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
468         ENDIF
469         IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
470            ALLOCATE( oben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
471            oben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
472         ENDIF
473         IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
474            ALLOCATE( oben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
475            oben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
476         ENDIF
477         IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
478            ALLOCATE( oben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
479            oben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
480         ENDIF
481         IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
482            ALLOCATE( oben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
483            oben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
484         ENDIF
485         IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
486            ALLOCATE( oben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
487            oben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
488         ENDIF
489!!
490!! skip BEN_XX diagnostics here
491!!
492
493         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
494            ALLOCATE( rivn2d(1:jpi, 1:jpj) )
495            rivn2d(:,:)      = 0.0 !!
496         ENDIF
497         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
498            ALLOCATE( rivsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
499            rivsi2d(:,:)      = 0.0 !!
500         ENDIF
501         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
502            ALLOCATE( rivc2d(1:jpi, 1:jpj) )
503            rivc2d(:,:)      = 0.0 !!
504         ENDIF
505         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
506            ALLOCATE( rivalk2d(1:jpi, 1:jpj) )
507            rivalk2d(:,:)      = 0.0 !!
508         ENDIF
509         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
510            ALLOCATE( fslowc2d(1:jpi, 1:jpj) )
511            fslowc2d(:,:)      = 0.0 !!
512         ENDIF 
513!!
514!! skip SDC_XXXX, INVTXXX diagnostics here
515!!
516         IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
517            ALLOCATE( lyso_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
518            lyso_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
519         ENDIF
520!!
521!! skip COM_RESP diagnostic here
522!!
523         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
524            ALLOCATE( fdpn22d(1:jpi, 1:jpj) )
525            fdpn22d(:,:)      = 0.0 !!
526         ENDIF
527         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
528            ALLOCATE( fdpd22d(1:jpi, 1:jpj) )
529            fdpd22d(:,:)      = 0.0 !!
530         ENDIF
531         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
532            ALLOCATE( fdzmi22d(1:jpi, 1:jpj) )
533            fdzmi22d(:,:)      = 0.0 !!
534         ENDIF
535         IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
536            ALLOCATE( fdzme22d(1:jpi, 1:jpj) )
537            fdzme22d(:,:)      = 0.0 !!
538         ENDIF
539         IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN   
540            ALLOCATE( zimesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
541            zimesn2d(:,:)      = 0.0 !!
542         ENDIF
543         IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
544            ALLOCATE( zimesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
545            zimesd2d(:,:)      = 0.0 !!
546         ENDIF
547         IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
548            ALLOCATE( zimesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
549            zimesc2d(:,:)      = 0.0 !!
550         ENDIF
551         IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
552            ALLOCATE( zimesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
553            zimesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
554         ENDIF
555         IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
556            ALLOCATE( ziexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
557            ziexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
558         ENDIF
559         IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
560            ALLOCATE( ziresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
561            ziresp2d(:,:)      = 0.0 !!
562         ENDIF
563         IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
564            ALLOCATE( zigrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
565            zigrow2d(:,:)      = 0.0 !!
566         ENDIF
567         IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
568            ALLOCATE( zemesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
569            zemesn2d(:,:)      = 0.0 !!
570         ENDIF
571         IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
572            ALLOCATE( zemesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
573            zemesd2d(:,:)      = 0.0 !!
574         ENDIF
575         IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
576            ALLOCATE( zemesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
577            zemesc2d(:,:)      = 0.0 !!
578         ENDIF
579         IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
580            ALLOCATE( zemesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
581            zemesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
582         ENDIF
583         IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
584            ALLOCATE( zeexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
585            zeexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
586         ENDIF                 
587         IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
588            ALLOCATE( zeresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
589            zeresp2d(:,:)      = 0.0 !!
590         ENDIF
591         IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
592            ALLOCATE( zegrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
593            zegrow2d(:,:)      = 0.0 !!
594         ENDIF
595         IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
596            ALLOCATE( mdetc2d(1:jpi, 1:jpj) )
597            mdetc2d(:,:)      = 0.0 !!
598         ENDIF
599         IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
600            ALLOCATE( gmidc2d(1:jpi, 1:jpj) )
601            gmidc2d(:,:)      = 0.0 !!
602         ENDIF
603         IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
604            ALLOCATE( gmedc2d(1:jpi, 1:jpj) )
605            gmedc2d(:,:)      = 0.0 !!
606         ENDIF
607!!
608!! skip INT_XXX diagnostics here
609!!
610         IF (jdms .eq. 1) THEN
611            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
612               ALLOCATE( dms_surf2d(1:jpi, 1:jpj) )
613               dms_surf2d(:,:)      = 0.0 !!
614            ENDIF
615            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
616               ALLOCATE( dms_andr2d(1:jpi, 1:jpj) )
617               dms_andr2d(:,:)      = 0.0 !!
618            ENDIF
619            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
620               ALLOCATE( dms_simo2d(1:jpi, 1:jpj) )
621               dms_simo2d(:,:)      = 0.0 !!
622            ENDIF
623            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
624               ALLOCATE( dms_aran2d(1:jpi, 1:jpj) )
625               dms_aran2d(:,:)      = 0.0 !!
626            ENDIF
627            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
628               ALLOCATE( dms_hall2d(1:jpi, 1:jpj) )
629               dms_hall2d(:,:)      = 0.0 !!
630            ENDIF
631            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
632               ALLOCATE( dms_andm2d(1:jpi, 1:jpj) )
633               dms_andm2d(:,:)      = 0.0 !!
634            ENDIF
635         ENDIF   
636         !!
637         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics, 2D
638         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
639            ALLOCATE( f_xco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
640            f_xco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
641         ENDIF
642         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
643            ALLOCATE( f_fco2w_2d(1:jpi, 1:jpj) )
644            f_fco2w_2d(:,:)      = 0.0 !!
645         ENDIF
646         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
647            ALLOCATE( f_fco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
648            f_fco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
649         ENDIF
650         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
651            ALLOCATE( f_ocnrhosw_2d(1:jpi, 1:jpj) )
652            f_ocnrhosw_2d(:,:)      = 0.0 !!
653         ENDIF
654         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
655            ALLOCATE( f_ocnschco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
656            f_ocnschco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
657         ENDIF
658         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
659            ALLOCATE( f_ocnkwco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
660            f_ocnkwco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
661         ENDIF
662         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
663            ALLOCATE( f_ocnk0_2d(1:jpi, 1:jpj) )
664            f_ocnk0_2d(:,:)      = 0.0 !!
665         ENDIF
666         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
667            ALLOCATE( f_co2starair_2d(1:jpi, 1:jpj) )
668            f_co2starair_2d(:,:)      = 0.0 !!
669         ENDIF
670         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
671            ALLOCATE( f_ocndpco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
672            f_ocndpco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
673         ENDIF
674# endif 
675         IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
676            ALLOCATE( tpp3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
677            tpp3d(:,:,:)      = 0.0 !!
678         ENDIF
679         IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
680            ALLOCATE( detflux3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
681            detflux3d(:,:,:)      = 0.0 !!
682         ENDIF
683         IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
684             ALLOCATE( remin3dn(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
685             remin3dn(:,:,:)      = 0.0 !!
686         ENDIF
687         !!
688         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 2D
689         !! JPALM -- 17-11-16 -- put fgco2 alloc out of diag request
690         !!                   needed for coupling/passed through restart
691         !! IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
692            ALLOCATE( fgco2(1:jpi, 1:jpj) )
693            fgco2(:,:)      = 0.0 !!
694         !! ENDIF
695         IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
696            ALLOCATE( intdissic(1:jpi, 1:jpj) )
697            intdissic(:,:)  = 0.0 !!
698         ENDIF         
699         IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
700            ALLOCATE( intdissin(1:jpi, 1:jpj) )
701            intdissin(:,:)  = 0.0 !!
702         ENDIF         
703         IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
704            ALLOCATE( intdissisi(1:jpi, 1:jpj) )
705            intdissisi(:,:)  = 0.0 !!
706         ENDIF         
707         IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
708            ALLOCATE( inttalk(1:jpi, 1:jpj) )
709            inttalk(:,:)  = 0.0 !!
710         ENDIF         
711         IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
712            ALLOCATE( o2min(1:jpi, 1:jpj) )
713            o2min(:,:)  = 1.e3 !! set to high value as we're looking for min(o2)
714         ENDIF         
715         IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
716            ALLOCATE( zo2min(1:jpi, 1:jpj) )
717            zo2min(:,:)  = 0.0 !!
718         ENDIF         
719         IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave  ) THEN
720            ALLOCATE( fbddtalk(1:jpi, 1:jpj) )
721            fbddtalk(:,:)  = 0.0 !!
722         ENDIF
723         IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave  ) THEN
724            ALLOCATE( fbddtdic(1:jpi, 1:jpj) )
725            fbddtdic(:,:)  = 0.0 !!
726         ENDIF
727         IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
728            ALLOCATE( fbddtdife(1:jpi, 1:jpj) )
729            fbddtdife(:,:) = 0.0 !!
730         ENDIF
731         IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave  ) THEN
732            ALLOCATE( fbddtdin(1:jpi, 1:jpj) )
733            fbddtdin(:,:)  = 0.0 !!
734         ENDIF
735         IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
736            ALLOCATE( fbddtdisi(1:jpi, 1:jpj) )
737            fbddtdisi(:,:) = 0.0 !!
738         ENDIF
739         !!
740         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 3D
741         IF( med_diag%TPPD3%dgsave     ) THEN
742            ALLOCATE( tppd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
743            tppd3(:,:,:)     = 0.0 !!
744         ENDIF
745         IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave  ) THEN
746            ALLOCATE( bddtalk3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
747            bddtalk3(:,:,:)  = 0.0 !!
748         ENDIF
749         IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave  ) THEN
750            ALLOCATE( bddtdic3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
751            bddtdic3(:,:,:)  = 0.0 !!
752         ENDIF
753         IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
754            ALLOCATE( bddtdife3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
755            bddtdife3(:,:,:) = 0.0 !!
756         ENDIF
757         IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave  ) THEN
758            ALLOCATE( bddtdin3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
759            bddtdin3(:,:,:)  = 0.0 !!
760         ENDIF
761         IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
762            ALLOCATE( bddtdisi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
763            bddtdisi3(:,:,:) = 0.0 !!
764         ENDIF
765         IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave   ) THEN
766            ALLOCATE( fd_nit3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
767            fd_nit3(:,:,:)   = 0.0 !!
768         ENDIF
769         IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave   ) THEN
770            ALLOCATE( fd_sil3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
771            fd_sil3(:,:,:)   = 0.0 !!
772         ENDIF
773         IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave   ) THEN
774            ALLOCATE( fd_car3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
775            fd_car3(:,:,:)   = 0.0 !!
776         ENDIF
777         IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave   ) THEN
778            ALLOCATE( fd_cal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
779            fd_cal3(:,:,:)   = 0.0 !!
780         ENDIF
781         IF( med_diag%DCALC3%dgsave    ) THEN
782            ALLOCATE( dcalc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
783            dcalc3(:,:,: )   = 0.0 !!
784         ENDIF
785         IF( med_diag%EXPC3%dgsave     ) THEN
786            ALLOCATE( expc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
787            expc3(:,:,: )    = 0.0 !!
788         ENDIF
789         IF( med_diag%EXPN3%dgsave     ) THEN
790            ALLOCATE( expn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
791            expn3(:,:,: )    = 0.0 !!
792         ENDIF
793         IF( med_diag%FEDISS3%dgsave   ) THEN
794            ALLOCATE( fediss3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
795            fediss3(:,:,: )  = 0.0 !!
796         ENDIF
797         IF( med_diag%FESCAV3%dgsave   ) THEN
798            ALLOCATE( fescav3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
799            fescav3(:,:,: )  = 0.0 !!
800         ENDIF
801         IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave   ) THEN
802            ALLOCATE( migrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
803            migrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
804         ENDIF
805         IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave   ) THEN
806            ALLOCATE( migrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
807            migrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
808         ENDIF
809         IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave   ) THEN
810            ALLOCATE( megrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
811            megrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
812         ENDIF
813         IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave   ) THEN
814            ALLOCATE( megrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
815            megrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
816         ENDIF
817         IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave   ) THEN
818            ALLOCATE( megrazz3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
819            megrazz3(:,:,: )  = 0.0 !!
820         ENDIF
821         IF( med_diag%O2SAT3%dgsave     ) THEN
822            ALLOCATE( o2sat3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
823            o2sat3(:,:,: )    = 0.0 !!
824         ENDIF
825         IF( med_diag%PBSI3%dgsave      ) THEN
826            ALLOCATE( pbsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
827            pbsi3(:,:,: )     = 0.0 !!
828         ENDIF
829         IF( med_diag%PCAL3%dgsave      ) THEN
830            ALLOCATE( pcal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
831            pcal3(:,:,: )     = 0.0 !!
832         ENDIF
833         IF( med_diag%REMOC3%dgsave     ) THEN
834            ALLOCATE( remoc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
835            remoc3(:,:,: )    = 0.0 !!
836         ENDIF
837         IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave    ) THEN
838            ALLOCATE( pnlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
839            pnlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
840         ENDIF
841         IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave    ) THEN
842            ALLOCATE( pnlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
843            pnlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
844         ENDIF
845         IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave   ) THEN
846            ALLOCATE( pnlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
847            pnlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
848         ENDIF
849         IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave    ) THEN
850            ALLOCATE( pdlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
851            pdlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
852         ENDIF
853         IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave    ) THEN
854            ALLOCATE( pdlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
855            pdlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
856         ENDIF
857         IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave   ) THEN
858            ALLOCATE( pdlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
859            pdlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
860         ENDIF
861         IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave   ) THEN
862            ALLOCATE( pdlimsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
863            pdlimsi3(:,:,: )  = 0.0 !!
864         ENDIF
865      ENDIF
866      !! lk_iomput
867
868   END SUBROUTINE bio_medusa_init
869
870#else
871   !!======================================================================
872   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
873   !!======================================================================
874CONTAINS
875   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine
876      IMPLICIT NONE
877      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?'
878   END SUBROUTINE bio_medusa_init
879#endif 
880
881   !!======================================================================
882END MODULE bio_medusa_init_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.