source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_FOAMv14_phytobal3d/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90 @ 13097

Last change on this file since 13097 was 13097, checked in by dford, 5 months ago

Allow nitrogen balancing for both 2D and 3D chlorophyll increments.

File size: 32.9 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_init_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_init  ***
4   !! Initialisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Add slow-sinking detrius variables
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_init    ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_init( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_init  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - zeroes arrays used in TRC_BIO_MEDUSA
33      !!  - sets up the arrays needed for the diagnostics
34      !!----------------------------------------------------------------------
35      USE bio_medusa_mod
36      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk
37      USE sms_medusa,        ONLY: jdms, pgrow_avg, ploss_avg, phyt_avg, mld_max, &
38         &                         pgrow_avg_3d, ploss_avg_3d, phyt_avg_3d
39      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000 
40      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
41
42      USE iom,               ONLY: lk_iomput
43      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa
44
45      !! time (integer timestep)
46      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
47
48      IF( ln_diatrc ) THEN
49         IF (lwp) write (numout,*) 'Diagnostics are now ALL through XIOS (key_xios)'
50         IF (lwp) write (numout,*) 'No more key_diatrc anymore.'
51      ENDIF
52
53      !!----------------------------------------------------------------------
54      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields
55      !!----------------------------------------------------------------------
56      !!
57      ffastn(:,:)  = 0.0        !! organic nitrogen
58      ffastsi(:,:) = 0.0        !! biogenic silicon
59      ffastfe(:,:) = 0.0        !! organic iron
60      ffastc(:,:)  = 0.0        !! organic carbon
61      ffastca(:,:) = 0.0        !! biogenic calcium carbonate
62      !!
63      fsedn(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of N
64      fsedsi(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Si
65      fsedfe(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Fe
66      fsedc(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of C
67      fsedca(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of CaCO3
68      !!
69      fregenfast(:,:)   = 0.0   !! integrated  N regeneration (fast detritus)
70      fregenfastsi(:,:) = 0.0   !! integrated Si regeneration (fast detritus)
71# if defined key_roam
72      fregenfastc(:,:)  = 0.0   !! integrated  C regeneration (fast detritus)
73# endif
74      !!
75      fccd(:,:)    = 0.0        !! last depth level before CCD
76
77      !!----------------------------------------------------------------------
78      !! blank nutrient/flux inventories
79      !!----------------------------------------------------------------------
80      !!
81      fflx_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen flux total
82      fflx_si(:,:) = 0.0        !! silicon  flux total
83      fflx_fe(:,:) = 0.0        !! iron     flux total
84      fifd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus production
85      fifd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus production
86      fifd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus production
87      fofd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus remineralisation
88      fofd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus remineralisation
89      fofd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus remineralisation
90# if defined key_roam
91      fflx_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     flux total
92      fflx_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity flux total
93      fflx_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     flux total
94      ftot_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     inventory
95      ftot_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity inventory
96      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory
97      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production
98! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17
99!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production
100!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production
101      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation
102! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17
103!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation
104!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation
105      !!
106      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production
107      fnit_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen consumption
108      fsil_prod(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon production
109      fsil_cons(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon consumption
110      fcar_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon production
111      fcar_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon consumption
112      !!
113      foxy_prod(:,:) = 0.0      !! oxygen production
114      foxy_cons(:,:) = 0.0      !! oxygen consumption
115      foxy_anox(:,:) = 0.0      !! unrealised oxygen consumption
116      !!
117# endif
118      ftot_n(:,:)   = 0.0       !! N inventory
119      ftot_si(:,:)  = 0.0       !! Si inventory
120      ftot_fe(:,:)  = 0.0       !! Fe inventory
121      ftot_pn(:,:)  = 0.0       !! integrated non-diatom phytoplankton
122      ftot_pd(:,:)  = 0.0       !! integrated diatom     phytoplankton
123      ftot_zmi(:,:) = 0.0       !! integrated microzooplankton
124      ftot_zme(:,:) = 0.0       !! integrated mesozooplankton
125      ftot_det(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, nitrogen
126      ftot_dtc(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, carbon
127      !!
128      fzmi_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by microzooplankton
129      fzmi_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
130      fzme_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by  mesozooplankton
131      fzme_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
132      !!
133      f_sbenin_n(:,:)  = 0.0    !! slow detritus N  -> benthic pool
134      f_sbenin_fe(:,:) = 0.0    !! slow detritus Fe -> benthic pool
135      f_sbenin_c(:,:)  = 0.0    !! slow detritus C  -> benthic pool
136      f_fbenin_n(:,:)  = 0.0    !! fast detritus N  -> benthic pool
137      f_fbenin_fe(:,:) = 0.0    !! fast detritus Fe -> benthic pool
138      f_fbenin_si(:,:) = 0.0    !! fast detritus Si -> benthic pool
139      f_fbenin_c(:,:)  = 0.0    !! fast detritus C  -> benthic pool
140      f_fbenin_ca(:,:) = 0.0    !! fast detritus Ca -> benthic pool
141      !!
142      f_benout_n(:,:)  = 0.0    !! benthic N  pool  -> dissolved
143      f_benout_fe(:,:) = 0.0    !! benthic Fe pool  -> dissolved
144      f_benout_si(:,:) = 0.0    !! benthic Si pool  -> dissolved
145      f_benout_c(:,:)  = 0.0    !! benthic C  pool  -> dissolved
146      f_benout_ca(:,:) = 0.0    !! benthic Ca pool  -> dissolved
147      !!
148      f_benout_lyso_ca(:,:) = 0.0 !! benthic Ca pool  -> dissolved (when it shouldn't!)
149      !!
150      f_runoff(:,:)  = 0.0      !! riverine runoff
151      f_riv_n(:,:)   = 0.0      !! riverine N   input
152      f_riv_si(:,:)  = 0.0      !! riverine Si  input
153      f_riv_c(:,:)   = 0.0      !! riverine C   input
154      f_riv_alk(:,:) = 0.0      !! riverine alk input
155      !!
156      !! Jpalm -- 06-03-2017 -- Forgotten var to init
157      f_omarg(:,:) = 0.0        !!
158      f_omcal(:,:) = 0.0 
159      xFree(:,:) = 0.0          !! state variables for iron-ligand system
160      fcomm_resp(:,:) = 0.0 
161      fprn_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
162      fprd_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
163      !! AXY (16/08/17)
164      fchl_ml(:,:) = 0.0   !! mixed layer chlorophyll diagnostics
165      !!
166      fslownflux(:,:) = 0.0 
167      fslowcflux(:,:) = 0.0 
168      !!
169      !! JPALM -- 21-09-2017 -- needed to debug air-sea carb
170      f_xco2a(:,:)  = 0.0
171      f_pco2w(:,:)  = 0.0
172      f_ph(:,:)     = 0.0
173      f_kw660(:,:)  = 0.0
174      ztmp(:,:)  = 0.0
175      zsal(:,:)  = 0.0
176      zalk(:,:)  = 0.0
177      zdic(:,:)  = 0.0
178      zsil(:,:)  = 0.0
179# if defined key_mocsy
180      ! zpho is only defined if key_mocsy
181      ! is active, so we must protect this
182      ! initialisation accordingly.
183      zpho(:,:)  = 0.0
184# endif
185      f_co2flux(:,:)  = 0.0 
186      f_pco2atm(:,:)  = 0.0
187      f_h2co3(:,:)    = 0.0
188      f_hco3(:,:)     = 0.0
189      f_co3(:,:)      = 0.0
190      f_omarg(:,:)    = 0.0
191      f_omcal(:,:)    = 0.0
192      !!
193      !! AXY (08/08/17): zero slow detritus fluxes
194      fslowsink(:,:)  = 0.0
195# if defined key_roam
196      fslowsinkc(:,:) = 0.0
197# endif     
198      !!
199      pgrow_avg(:,:) = 0.0
200      ploss_avg(:,:) = 0.0
201      phyt_avg(:,:)  = 0.0
202      pgrow_avg_3d(:,:,:) = 0.0
203      ploss_avg_3d(:,:,:) = 0.0
204      phyt_avg_3d(:,:,:)  = 0.0
205      IF( kt == nittrc000 ) THEN
206         mld_max(:,:) = 0.0
207      ENDIF
208      !!
209      !! allocate and initiate 2D diag
210      !! -----------------------------
211      !! Juju :: add kt condition !!
212      IF ( lk_iomput ) THEN 
213
214         !! initialise iom_use test
215         IF ( kt == nittrc000 )   CALL trc_nam_iom_medusa 
216
217         ALLOCATE( zw2d(1:jpi, 1:jpj) )
218         zw2d(:,:)      = 0.0   !!
219         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
220            ALLOCATE( fprn2d(1:jpi, 1:jpj) )
221            fprn2d(:,:)      = 0.0 !!
222         ENDIF
223         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
224            ALLOCATE( fdpn2d(1:jpi, 1:jpj) )
225            fdpn2d(:,:)      = 0.0 !!
226         ENDIF
227         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
228            ALLOCATE( fprd2d(1:jpi, 1:jpj) )
229            fprd2d(:,:)      = 0.0 !!
230         ENDIF
231         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
232            ALLOCATE( fdpd2d(1:jpi, 1:jpj) )
233            fdpd2d(:,:)      = 0.0 !!
234         ENDIF
235         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
236            ALLOCATE( fprds2d(1:jpi, 1:jpj) )
237            fprds2d(:,:)      = 0.0 !!
238         ENDIF
239         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
240            ALLOCATE( fsdiss2d(1:jpi, 1:jpj) )
241            fsdiss2d(:,:)      = 0.0 !!
242         ENDIF
243         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
244            ALLOCATE( fgmipn2d(1:jpi, 1:jpj) )
245            fgmipn2d(:,:)      = 0.0 !!
246         ENDIF
247         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
248            ALLOCATE( fgmid2d(1:jpi, 1:jpj) )
249            fgmid2d(:,:)      = 0.0 !!
250         ENDIF
251         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
252            ALLOCATE( fdzmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
253            fdzmi2d(:,:)      = 0.0 !!
254         ENDIF
255         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
256            ALLOCATE( fgmepn2d(1:jpi, 1:jpj) )
257            fgmepn2d(:,:)      = 0.0 !!
258         ENDIF
259         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
260            ALLOCATE( fgmepd2d(1:jpi, 1:jpj) )
261            fgmepd2d(:,:)      = 0.0 !!
262         ENDIF
263         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
264            ALLOCATE( fgmezmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
265            fgmezmi2d(:,:)      = 0.0 !!
266         ENDIF
267         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
268            ALLOCATE( fgmed2d(1:jpi, 1:jpj) )
269            fgmed2d(:,:)      = 0.0 !!
270         ENDIF
271         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
272            ALLOCATE( fdzme2d(1:jpi, 1:jpj) )
273            fdzme2d(:,:)      = 0.0 !!
274         ENDIF
275         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
276            ALLOCATE( fslown2d(1:jpi, 1:jpj) )
277            fslown2d(:,:)      = 0.0 !!
278         ENDIF
279         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
280            ALLOCATE( fdd2d(1:jpi, 1:jpj) )
281            fdd2d(:,:)      = 0.0 !!
282         ENDIF     
283         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
284            ALLOCATE( ffetop2d(1:jpi, 1:jpj) )
285            ffetop2d(:,:)      = 0.0 !!
286         ENDIF
287         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
288            ALLOCATE( ffebot2d(1:jpi, 1:jpj) )
289            ffebot2d(:,:)      = 0.0 !!
290         ENDIF
291         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
292            ALLOCATE( ffescav2d(1:jpi, 1:jpj) )
293            ffescav2d(:,:)      = 0.0 !!
294         ENDIF
295         IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
296            ALLOCATE( fjln2d(1:jpi, 1:jpj) )
297            fjln2d(:,:)      = 0.0 !!
298         ENDIF
299         IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
300            ALLOCATE( fnln2d(1:jpi, 1:jpj) )
301            fnln2d(:,:)      = 0.0 !!
302         ENDIF
303         IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
304            ALLOCATE( ffln2d(1:jpi, 1:jpj) )
305            ffln2d(:,:)      = 0.0 !!
306         ENDIF
307         IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
308            ALLOCATE( fjld2d(1:jpi, 1:jpj) )
309            fjld2d(:,:)      = 0.0 !!
310         ENDIF
311         IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
312            ALLOCATE( fnld2d(1:jpi, 1:jpj) )
313            fnld2d(:,:)      = 0.0 !!
314         ENDIF
315         IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
316            ALLOCATE( ffld2d(1:jpi, 1:jpj) )
317            ffld2d(:,:)      = 0.0 !!
318         ENDIF
319         IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
320            ALLOCATE( fsld2d2(1:jpi, 1:jpj) )
321            fsld2d2(:,:)      = 0.0 !!
322         ENDIF
323         IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
324            ALLOCATE( fsld2d(1:jpi, 1:jpj) )
325            fsld2d(:,:)      = 0.0 !!
326         ENDIF
327!!
328!! skip SDT_XXXX diagnostics here
329!!
330         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
331            ALLOCATE( fregen2d(1:jpi, 1:jpj) )
332            fregen2d(:,:)      = 0.0 !!
333         ENDIF
334         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
335            ALLOCATE( fregensi2d(1:jpi, 1:jpj) )
336            fregensi2d(:,:)      = 0.0 !!
337         ENDIF
338!!
339!! skip REG_XXXX diagnostics here
340!!
341         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
342            ALLOCATE( ftempn2d(1:jpi, 1:jpj) )
343            ftempn2d(:,:)      = 0.0 !!
344         ENDIF
345         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
346            ALLOCATE( ftempsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
347            ftempsi2d(:,:)      = 0.0 !!
348         ENDIF
349         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
350            ALLOCATE( ftempfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
351            ftempfe2d(:,:)      = 0.0 !!
352         ENDIF
353         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
354            ALLOCATE( ftempc2d(1:jpi, 1:jpj) )
355            ftempc2d(:,:)      = 0.0 !!
356         ENDIF
357         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
358            ALLOCATE( ftempca2d(1:jpi, 1:jpj) )
359            ftempca2d(:,:)      = 0.0 !!
360         ENDIF     
361!!
362!! skip FDT_XXXX, RG_XXXXF, FDS_XXXX, RGS_XXXXF diagnostics here
363!!
364         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
365            ALLOCATE( freminn2d(1:jpi, 1:jpj) )
366            freminn2d(:,:)      = 0.0 !!
367         ENDIF
368         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
369            ALLOCATE( freminsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
370            freminsi2d(:,:)      = 0.0 !!
371         ENDIF
372         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
373            ALLOCATE( freminfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
374            freminfe2d(:,:)      = 0.0 !!
375         ENDIF
376         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
377            ALLOCATE( freminc2d(1:jpi, 1:jpj) )
378            freminc2d(:,:)      = 0.0 !!
379         ENDIF
380         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
381            ALLOCATE( freminca2d(1:jpi, 1:jpj) )
382            freminca2d(:,:)      = 0.0 !!
383         ENDIF
384
385# if defined key_roam
386!!
387!! skip SEAFLRXX, MED_XXXX, INTFLX_XX, INT_XX, ML_XXX, OCAL_XXX, FE_XXXX, MED_XZE, WIND diagnostics here
388!!
389         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
390            ALLOCATE( ffastca2d(1:jpi, 1:jpj) )
391            ffastca2d(:,:)      = 0.0 !!
392         ENDIF
393
394         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
395            ALLOCATE( f_pco2a2d(1:jpi, 1:jpj) )
396            f_pco2a2d(:,:)      = 0.0 !!
397         ENDIF
398!!
399!! skip OCN_PH diagnostic here
400!!
401         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
402            ALLOCATE( f_pco2w2d(1:jpi, 1:jpj) )
403            f_pco2w2d(:,:)      = 0.0 !!
404         ENDIF
405!!
406!! skip OCNH2CO3, OCN_HCO3, OCN_CO3 diagnostics here
407!!
408         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
409            ALLOCATE( f_co2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
410            f_co2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
411         ENDIF
412!!
413!! skip OM_XXX diagnostics here
414!!
415         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
416            ALLOCATE( f_TDIC2d(1:jpi, 1:jpj) )
417            f_TDIC2d(:,:)      = 0.0 !!
418         ENDIF
419         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
420            ALLOCATE( f_TALK2d(1:jpi, 1:jpj) )
421            f_TALK2d(:,:)      = 0.0 !!
422         ENDIF
423         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
424            ALLOCATE( f_kw6602d(1:jpi, 1:jpj) )
425            f_kw6602d(:,:)      = 0.0 !!
426         ENDIF
427         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
428            ALLOCATE( f_pp02d(1:jpi, 1:jpj) )
429            f_pp02d(:,:)      = 0.0 !!
430         ENDIF
431         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
432            ALLOCATE( f_o2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
433            f_o2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
434         ENDIF
435         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
436            ALLOCATE( f_o2sat2d(1:jpi, 1:jpj) )
437            f_o2sat2d(:,:)      = 0.0 !!
438         ENDIF 
439!!
440!! skip XXX_CCD diagnostics here
441!!
442         IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
443            ALLOCATE( sfr_ocal2d(1:jpi, 1:jpj) )
444            sfr_ocal2d(:,:)      = 0.0 !!
445         ENDIF
446         IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
447            ALLOCATE( sfr_oarg2d(1:jpi, 1:jpj) )
448            sfr_oarg2d(:,:)      = 0.0 !!
449         ENDIF
450!!
451!! skip XX_PROD, XX_CONS, O2_ANOX, RR_XXXX diagnostics here
452!!
453         IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
454            ALLOCATE( iben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
455            iben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
456         ENDIF
457         IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
458            ALLOCATE( iben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
459            iben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
460         ENDIF
461         IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
462            ALLOCATE( iben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
463            iben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
464         ENDIF
465         IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
466            ALLOCATE( iben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
467            iben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
468         ENDIF
469         IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
470            ALLOCATE( iben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
471            iben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
472         ENDIF
473         IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
474            ALLOCATE( oben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
475            oben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
476         ENDIF
477         IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
478            ALLOCATE( oben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
479            oben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
480         ENDIF
481         IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
482            ALLOCATE( oben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
483            oben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
484         ENDIF
485         IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
486            ALLOCATE( oben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
487            oben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
488         ENDIF
489         IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
490            ALLOCATE( oben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
491            oben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
492         ENDIF
493!!
494!! skip BEN_XX diagnostics here
495!!
496
497         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
498            ALLOCATE( rivn2d(1:jpi, 1:jpj) )
499            rivn2d(:,:)      = 0.0 !!
500         ENDIF
501         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
502            ALLOCATE( rivsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
503            rivsi2d(:,:)      = 0.0 !!
504         ENDIF
505         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
506            ALLOCATE( rivc2d(1:jpi, 1:jpj) )
507            rivc2d(:,:)      = 0.0 !!
508         ENDIF
509         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
510            ALLOCATE( rivalk2d(1:jpi, 1:jpj) )
511            rivalk2d(:,:)      = 0.0 !!
512         ENDIF
513         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
514            ALLOCATE( fslowc2d(1:jpi, 1:jpj) )
515            fslowc2d(:,:)      = 0.0 !!
516         ENDIF 
517!!
518!! skip SDC_XXXX, INVTXXX diagnostics here
519!!
520         IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
521            ALLOCATE( lyso_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
522            lyso_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
523         ENDIF
524!!
525!! skip COM_RESP diagnostic here
526!!
527         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
528            ALLOCATE( fdpn22d(1:jpi, 1:jpj) )
529            fdpn22d(:,:)      = 0.0 !!
530         ENDIF
531         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
532            ALLOCATE( fdpd22d(1:jpi, 1:jpj) )
533            fdpd22d(:,:)      = 0.0 !!
534         ENDIF
535         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
536            ALLOCATE( fdzmi22d(1:jpi, 1:jpj) )
537            fdzmi22d(:,:)      = 0.0 !!
538         ENDIF
539         IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
540            ALLOCATE( fdzme22d(1:jpi, 1:jpj) )
541            fdzme22d(:,:)      = 0.0 !!
542         ENDIF
543         IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN   
544            ALLOCATE( zimesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
545            zimesn2d(:,:)      = 0.0 !!
546         ENDIF
547         IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
548            ALLOCATE( zimesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
549            zimesd2d(:,:)      = 0.0 !!
550         ENDIF
551         IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
552            ALLOCATE( zimesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
553            zimesc2d(:,:)      = 0.0 !!
554         ENDIF
555         IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
556            ALLOCATE( zimesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
557            zimesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
558         ENDIF
559         IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
560            ALLOCATE( ziexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
561            ziexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
562         ENDIF
563         IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
564            ALLOCATE( ziresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
565            ziresp2d(:,:)      = 0.0 !!
566         ENDIF
567         IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
568            ALLOCATE( zigrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
569            zigrow2d(:,:)      = 0.0 !!
570         ENDIF
571         IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
572            ALLOCATE( zemesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
573            zemesn2d(:,:)      = 0.0 !!
574         ENDIF
575         IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
576            ALLOCATE( zemesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
577            zemesd2d(:,:)      = 0.0 !!
578         ENDIF
579         IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
580            ALLOCATE( zemesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
581            zemesc2d(:,:)      = 0.0 !!
582         ENDIF
583         IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
584            ALLOCATE( zemesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
585            zemesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
586         ENDIF
587         IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
588            ALLOCATE( zeexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
589            zeexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
590         ENDIF                 
591         IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
592            ALLOCATE( zeresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
593            zeresp2d(:,:)      = 0.0 !!
594         ENDIF
595         IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
596            ALLOCATE( zegrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
597            zegrow2d(:,:)      = 0.0 !!
598         ENDIF
599         IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
600            ALLOCATE( mdetc2d(1:jpi, 1:jpj) )
601            mdetc2d(:,:)      = 0.0 !!
602         ENDIF
603         IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
604            ALLOCATE( gmidc2d(1:jpi, 1:jpj) )
605            gmidc2d(:,:)      = 0.0 !!
606         ENDIF
607         IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
608            ALLOCATE( gmedc2d(1:jpi, 1:jpj) )
609            gmedc2d(:,:)      = 0.0 !!
610         ENDIF
611!!
612!! skip INT_XXX diagnostics here
613!!
614         IF (jdms .eq. 1) THEN
615            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
616               ALLOCATE( dms_surf2d(1:jpi, 1:jpj) )
617               dms_surf2d(:,:)      = 0.0 !!
618            ENDIF
619            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
620               ALLOCATE( dms_andr2d(1:jpi, 1:jpj) )
621               dms_andr2d(:,:)      = 0.0 !!
622            ENDIF
623            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
624               ALLOCATE( dms_simo2d(1:jpi, 1:jpj) )
625               dms_simo2d(:,:)      = 0.0 !!
626            ENDIF
627            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
628               ALLOCATE( dms_aran2d(1:jpi, 1:jpj) )
629               dms_aran2d(:,:)      = 0.0 !!
630            ENDIF
631            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
632               ALLOCATE( dms_hall2d(1:jpi, 1:jpj) )
633               dms_hall2d(:,:)      = 0.0 !!
634            ENDIF
635            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
636               ALLOCATE( dms_andm2d(1:jpi, 1:jpj) )
637               dms_andm2d(:,:)      = 0.0 !!
638            ENDIF
639         ENDIF   
640         !!
641         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics, 2D
642         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
643            ALLOCATE( f_xco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
644            f_xco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
645         ENDIF
646         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
647            ALLOCATE( f_fco2w_2d(1:jpi, 1:jpj) )
648            f_fco2w_2d(:,:)      = 0.0 !!
649         ENDIF
650         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
651            ALLOCATE( f_fco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
652            f_fco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
653         ENDIF
654         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
655            ALLOCATE( f_ocnrhosw_2d(1:jpi, 1:jpj) )
656            f_ocnrhosw_2d(:,:)      = 0.0 !!
657         ENDIF
658         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
659            ALLOCATE( f_ocnschco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
660            f_ocnschco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
661         ENDIF
662         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
663            ALLOCATE( f_ocnkwco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
664            f_ocnkwco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
665         ENDIF
666         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
667            ALLOCATE( f_ocnk0_2d(1:jpi, 1:jpj) )
668            f_ocnk0_2d(:,:)      = 0.0 !!
669         ENDIF
670         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
671            ALLOCATE( f_co2starair_2d(1:jpi, 1:jpj) )
672            f_co2starair_2d(:,:)      = 0.0 !!
673         ENDIF
674         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
675            ALLOCATE( f_ocndpco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
676            f_ocndpco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
677         ENDIF
678# endif 
679         IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
680            ALLOCATE( tpp3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
681            tpp3d(:,:,:)      = 0.0 !!
682         ENDIF
683         IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
684            ALLOCATE( detflux3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
685            detflux3d(:,:,:)      = 0.0 !!
686         ENDIF
687         IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
688             ALLOCATE( remin3dn(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
689             remin3dn(:,:,:)      = 0.0 !!
690         ENDIF
691         !!
692         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 2D
693         !! JPALM -- 17-11-16 -- put fgco2 alloc out of diag request
694         !!                   needed for coupling/passed through restart
695         !! IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
696            ALLOCATE( fgco2(1:jpi, 1:jpj) )
697            fgco2(:,:)      = 0.0 !!
698         !! ENDIF
699         IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
700            ALLOCATE( intdissic(1:jpi, 1:jpj) )
701            intdissic(:,:)  = 0.0 !!
702         ENDIF         
703         IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
704            ALLOCATE( intdissin(1:jpi, 1:jpj) )
705            intdissin(:,:)  = 0.0 !!
706         ENDIF         
707         IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
708            ALLOCATE( intdissisi(1:jpi, 1:jpj) )
709            intdissisi(:,:)  = 0.0 !!
710         ENDIF         
711         IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
712            ALLOCATE( inttalk(1:jpi, 1:jpj) )
713            inttalk(:,:)  = 0.0 !!
714         ENDIF         
715         IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
716            ALLOCATE( o2min(1:jpi, 1:jpj) )
717            o2min(:,:)  = 1.e3 !! set to high value as we're looking for min(o2)
718         ENDIF         
719         IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
720            ALLOCATE( zo2min(1:jpi, 1:jpj) )
721            zo2min(:,:)  = 0.0 !!
722         ENDIF         
723         IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave  ) THEN
724            ALLOCATE( fbddtalk(1:jpi, 1:jpj) )
725            fbddtalk(:,:)  = 0.0 !!
726         ENDIF
727         IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave  ) THEN
728            ALLOCATE( fbddtdic(1:jpi, 1:jpj) )
729            fbddtdic(:,:)  = 0.0 !!
730         ENDIF
731         IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
732            ALLOCATE( fbddtdife(1:jpi, 1:jpj) )
733            fbddtdife(:,:) = 0.0 !!
734         ENDIF
735         IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave  ) THEN
736            ALLOCATE( fbddtdin(1:jpi, 1:jpj) )
737            fbddtdin(:,:)  = 0.0 !!
738         ENDIF
739         IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
740            ALLOCATE( fbddtdisi(1:jpi, 1:jpj) )
741            fbddtdisi(:,:) = 0.0 !!
742         ENDIF
743         !!
744         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 3D
745         IF( med_diag%TPPD3%dgsave     ) THEN
746            ALLOCATE( tppd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
747            tppd3(:,:,:)     = 0.0 !!
748         ENDIF
749         IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave  ) THEN
750            ALLOCATE( bddtalk3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
751            bddtalk3(:,:,:)  = 0.0 !!
752         ENDIF
753         IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave  ) THEN
754            ALLOCATE( bddtdic3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
755            bddtdic3(:,:,:)  = 0.0 !!
756         ENDIF
757         IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
758            ALLOCATE( bddtdife3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
759            bddtdife3(:,:,:) = 0.0 !!
760         ENDIF
761         IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave  ) THEN
762            ALLOCATE( bddtdin3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
763            bddtdin3(:,:,:)  = 0.0 !!
764         ENDIF
765         IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
766            ALLOCATE( bddtdisi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
767            bddtdisi3(:,:,:) = 0.0 !!
768         ENDIF
769         IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave   ) THEN
770            ALLOCATE( fd_nit3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
771            fd_nit3(:,:,:)   = 0.0 !!
772         ENDIF
773         IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave   ) THEN
774            ALLOCATE( fd_sil3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
775            fd_sil3(:,:,:)   = 0.0 !!
776         ENDIF
777         IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave   ) THEN
778            ALLOCATE( fd_car3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
779            fd_car3(:,:,:)   = 0.0 !!
780         ENDIF
781         IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave   ) THEN
782            ALLOCATE( fd_cal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
783            fd_cal3(:,:,:)   = 0.0 !!
784         ENDIF
785         IF( med_diag%DCALC3%dgsave    ) THEN
786            ALLOCATE( dcalc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
787            dcalc3(:,:,: )   = 0.0 !!
788         ENDIF
789         IF( med_diag%EXPC3%dgsave     ) THEN
790            ALLOCATE( expc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
791            expc3(:,:,: )    = 0.0 !!
792         ENDIF
793         IF( med_diag%EXPN3%dgsave     ) THEN
794            ALLOCATE( expn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
795            expn3(:,:,: )    = 0.0 !!
796         ENDIF
797         IF( med_diag%FEDISS3%dgsave   ) THEN
798            ALLOCATE( fediss3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
799            fediss3(:,:,: )  = 0.0 !!
800         ENDIF
801         IF( med_diag%FESCAV3%dgsave   ) THEN
802            ALLOCATE( fescav3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
803            fescav3(:,:,: )  = 0.0 !!
804         ENDIF
805         IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave   ) THEN
806            ALLOCATE( migrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
807            migrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
808         ENDIF
809         IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave   ) THEN
810            ALLOCATE( migrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
811            migrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
812         ENDIF
813         IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave   ) THEN
814            ALLOCATE( megrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
815            megrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
816         ENDIF
817         IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave   ) THEN
818            ALLOCATE( megrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
819            megrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
820         ENDIF
821         IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave   ) THEN
822            ALLOCATE( megrazz3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
823            megrazz3(:,:,: )  = 0.0 !!
824         ENDIF
825         IF( med_diag%O2SAT3%dgsave     ) THEN
826            ALLOCATE( o2sat3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
827            o2sat3(:,:,: )    = 0.0 !!
828         ENDIF
829         IF( med_diag%PBSI3%dgsave      ) THEN
830            ALLOCATE( pbsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
831            pbsi3(:,:,: )     = 0.0 !!
832         ENDIF
833         IF( med_diag%PCAL3%dgsave      ) THEN
834            ALLOCATE( pcal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
835            pcal3(:,:,: )     = 0.0 !!
836         ENDIF
837         IF( med_diag%REMOC3%dgsave     ) THEN
838            ALLOCATE( remoc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
839            remoc3(:,:,: )    = 0.0 !!
840         ENDIF
841         IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave    ) THEN
842            ALLOCATE( pnlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
843            pnlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
844         ENDIF
845         IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave    ) THEN
846            ALLOCATE( pnlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
847            pnlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
848         ENDIF
849         IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave   ) THEN
850            ALLOCATE( pnlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
851            pnlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
852         ENDIF
853         IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave    ) THEN
854            ALLOCATE( pdlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
855            pdlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
856         ENDIF
857         IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave    ) THEN
858            ALLOCATE( pdlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
859            pdlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
860         ENDIF
861         IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave   ) THEN
862            ALLOCATE( pdlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
863            pdlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
864         ENDIF
865         IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave   ) THEN
866            ALLOCATE( pdlimsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
867            pdlimsi3(:,:,: )  = 0.0 !!
868         ENDIF
869      ENDIF
870      !! lk_iomput
871
872   END SUBROUTINE bio_medusa_init
873
874#else
875   !!======================================================================
876   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
877   !!======================================================================
878CONTAINS
879   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine
880      IMPLICIT NONE
881      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?'
882   END SUBROUTINE bio_medusa_init
883#endif 
884
885   !!======================================================================
886END MODULE bio_medusa_init_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.