New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
bio_medusa_fin.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_3d_bgc_v3/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_3d_bgc_v3/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90 @ 10055

Last change on this file since 10055 was 10055, checked in by dford, 6 years ago

Merge in branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_3d_bgc and address conflicts.

File size: 37.3 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_fin_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_fin_mod  ***
4   !! Finalisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Amend bethic reservoir updating
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_fin     ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_fin( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_fin  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - ...
33      !!----------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod
35      USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt, tmask
36      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
37      USE iom,               ONLY: iom_put
38      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
39      USE oce,               ONLY: chloro_out_cpl 
40      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa_2d, jp_medusa_3d,          &
41                                   jp_medusa_trd, jpchd, jpchn
42      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1, jpk
43      USE phycst,            ONLY: rsmall
44      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis
45      USE sms_medusa,        ONLY: jinorgben, jorgben,                  &
46                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3,           &
47                                   f3_omarg, f3_omcal, f3_pH,           &
48# if defined key_foam_medusa
49                                   mld_max, pgrow_avg,                  &
50                                   ploss_avg, phyt_avg,                 &
51# endif
52                                   za_sed_c, za_sed_ca, za_sed_fe,      &
53                                   za_sed_n, za_sed_si,                 &
54                                   zb_sed_c, zb_sed_ca, zb_sed_fe,      &
55                                   zb_sed_n, zb_sed_si,                 &
56                                   zn_sed_c, zn_sed_ca, zn_sed_fe,      &
57                                   zn_sed_n, zn_sed_si, zn_chl_srf,     &
58                                   scl_chl, chl_out
59      USE trc,               ONLY: med_diag, nittrc000, trn 
60      USE trcnam_trp,        ONLY: ln_trcadv_cen2, ln_trcadv_tvd
61# if defined key_foam_medusa
62      USE zdfmxl,            ONLY: hmld
63# endif
64 
65      !! time (integer timestep)
66      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
67
68      INTEGER :: ji, jj
69      INTEGER :: jn
70
71      REAL(wp) :: fq0,fq1,fq2,fq3
72
73# if defined key_roam                     
74      !!----------------------------------------------------------------------
75      !! AXY (09/08/17): fix benthic submodel
76      !!----------------------------------------------------------------------
77      !! Process benthic in/out fluxes
78      !! These can be handled outside of the 3D calculations since the
79      !! benthic pools (and fluxes) are 2D in nature; this code was
80      !! developed with help from George Nurser (NOC); it cannot be run
81      !! in a configuration with variable time-stepping with depth
82      !!----------------------------------------------------------------------
83      !!
84      !! time-step calculation
85      if (jorgben.eq.1) then
86         za_sed_n(:,:)  = zb_sed_n(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
87                          ( f_sbenin_n(:,:)  + f_fbenin_n(:,:)  - f_benout_n(:,:)  ))
88         za_sed_fe(:,:) = zb_sed_fe(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
89                          ( f_sbenin_fe(:,:) + f_fbenin_fe(:,:) - f_benout_fe(:,:) ))
90         za_sed_c(:,:)  = zb_sed_c(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
91                          ( f_sbenin_c(:,:)  + f_fbenin_c(:,:)  - f_benout_c(:,:)  ))
92      endif
93      if (jinorgben.eq.1) then
94         za_sed_si(:,:) = zb_sed_si(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
95                          ( f_fbenin_si(:,:) - f_benout_si(:,:) ))
96         za_sed_ca(:,:) = zb_sed_ca(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
97                          ( f_fbenin_ca(:,:) - f_benout_ca(:,:) ))
98      endif
99      !!
100      !! time-level calculation
101      if (jorgben.eq.1) then
102         zb_sed_n(:,:)  = zn_sed_n(:,:)  + (atfp * &
103                          ( za_sed_n(:,:)  - (2. * zn_sed_n(:,:))  + zb_sed_n(:,:)  ))
104         zn_sed_n(:,:)  = za_sed_n(:,:)
105         zb_sed_fe(:,:) = zn_sed_fe(:,:) + (atfp * &
106                          ( za_sed_fe(:,:) - (2. * zn_sed_fe(:,:)) + zb_sed_fe(:,:) ))
107         zn_sed_fe(:,:) = za_sed_fe(:,:)
108         zb_sed_c(:,:)  = zn_sed_c(:,:)  + (atfp * &
109                          ( za_sed_c(:,:)  - (2. * zn_sed_c(:,:))  + zb_sed_c(:,:)  ))
110         zn_sed_c(:,:)  = za_sed_c(:,:)
111      endif
112      if (jinorgben.eq.1) then
113         zb_sed_si(:,:) = zn_sed_si(:,:) + (atfp * &
114                          ( za_sed_si(:,:) - (2. * zn_sed_si(:,:)) + zb_sed_si(:,:) ))
115         zn_sed_si(:,:) = za_sed_si(:,:)
116         zb_sed_ca(:,:) = zn_sed_ca(:,:) + (atfp * &
117                          ( za_sed_ca(:,:) - (2. * zn_sed_ca(:,:)) + zb_sed_ca(:,:) ))
118         zn_sed_ca(:,:) = za_sed_ca(:,:)
119      endif
120# endif     
121
122# if defined key_foam_medusa
123!!----------------------------------------------------------------------
124!! Diagnostics required for ocean colour assimilation:
125!! Mixed layer average phytoplankton growth, loss and concentration
126!! Maximum mixed layer depth
127!!----------------------------------------------------------------------
128!!
129      DO jj = 2,jpjm1
130         DO ji = 2,jpim1
131            IF ( hmld(ji,jj) .GT. 0.0 ) THEN
132               pgrow_avg(ji,jj) = pgrow_avg(ji,jj) / hmld(ji,jj)
133               ploss_avg(ji,jj) = ploss_avg(ji,jj) / hmld(ji,jj)
134               phyt_avg(ji,jj)  = phyt_avg(ji,jj)  / hmld(ji,jj)
135               IF ( hmld(ji,jj) .GT. mld_max(ji,jj) ) THEN
136                  mld_max(ji,jj) = hmld(ji,jj)
137               ENDIF
138            ENDIF
139         END DO
140      END DO
141# endif
142
143#  if defined key_debug_medusa
144         !! AXY (12/07/17)
145         !!-----------------------------------------------------------------
146         !! Check conservation of MEDUSA's sinks-minus-sources using fflx_X
147         !! diagnostics (i.e. biogeochemical processes only)
148         !!   - fflx_X diagnostics *should* include all transfers between
149         !!     modelled components
150         !!   - they should also include gains / losses due to air-sea
151         !!     fluxes of C and O2, aeolian and seafloor inputs of Fe, and
152         !!     inputs from seafloor "benthic buckets" (N, Si, Fe, C and
153         !!     alkalinity)
154         !!   - however, they do not include the transfer of material to
155         !!     "benthic buckets" by sedimenting slow- and fast-sinking
156         !!     detritus since these are separate 2D reservoirs
157         !!   - consequently, for a given water column, the integrated
158         !!     fluxes should sum to the "loss" of material to the "benthic
159         !!     buckets"
160         !!   - if they do not, this suggests that MEDUSA contains errors
161         !!     in its accounting (e.g. processes omitted from calculated
162         !!     fluxes)
163         !!   - here, the local integrated fluxes and benthic inputs (plus
164         !!     air-sea fluxes in the case of C) are reported together with
165         !!     the resulting error
166         !!   - only N, Si, C and alkalinity inventories considered; Fe and
167         !!     O2 overlooked because of wholesale loss (and addition, in
168         !!     the case of O2) of these tracers within the water column
169         !!-----------------------------------------------------------------
170         !!
171         !! nitrogen
172         DO jj = 2,jpjm1
173            DO ji = 2,jpim1
174               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
175                  fq0 = fflx_n(ji,jj)
176                  fq1 = f_sbenin_n(ji,jj) + f_fbenin_n(ji,jj)
177                  fq2 = fq0 + fq1
178                  fq3 = f_benout_n(ji,jj)
179                  if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,4f15,5)')                   &
180                     'AXY N   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',      &
181                     fq0,fq1,fq2,fq3
182               ENDIF
183            ENDDO
184         ENDDO   
185         !! silicon
186         DO jj = 2,jpjm1
187            DO ji = 2,jpim1
188               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
189                  fq0 = fflx_si(ji,jj)
190                  fq1 = f_fbenin_si(ji,jj)
191                  fq2 = fq0 + fq1
192                  fq3 = f_benout_si(ji,jj)
193                  if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,4f15,5)')                   &
194                     'AXY Si  cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
195                     fq0,fq1,fq2,fq3
196               ENDIF
197            ENDDO
198         ENDDO   
199         !! carbon
200         DO jj = 2,jpjm1
201            DO ji = 2,jpim1
202               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
203                  fq0 = fflx_c(ji,jj)
204                  fq1 = f_sbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_ca(ji,jj)
205                  fq2 = f_co2flux(ji,jj) * fse3t(ji,jj,1)
206                  fq3 = fq0 + fq1
207                  fq4 = f_benout_c(ji,jj) + f_benout_ca(ji,jj)
208                  if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,5f15,5)')                   &
209                     'AXY C   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,asf,err,out)=', &
210                     fq0,fq1,fq2,fq3,fq4
211                ENDIF
212             ENDDO
213          ENDDO   
214          !! alkalinity
215          DO jj = 2,jpjm1
216             DO ji = 2,jpim1
217                if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
218                   fq0 = fflx_a(ji,jj)
219                   fq1 = 2.0 * f_fbenin_ca(ji,jj)
220                   fq2 = fq0 + fq1
221                   fq3 = 2.0 * f_benout_ca(ji,jj)
222                   if (lwp) write (numout,'a,2i3,a,4f15,5)')                   &
223                      'AXY alk cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
224                      fq0,fq1,fq2,fq3
225               ENDIF
226            ENDDO
227         ENDDO   
228#  endif
229
230         !!!---------------------------------------------------------------
231         !! Add very last diag calculations
232         !!!---------------------------------------------------------------
233         DO jj = 2,jpjm1
234            DO ji = 2,jpim1
235               !!         
236               IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
237                  fjln2d(ji,jj) = fjln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
238               ENDIF
239               IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
240                  fnln2d(ji,jj) = fnln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
241               ENDIF
242               IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
243                  ffln2d(ji,jj) = ffln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
244               ENDIF
245               IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
246                  fjld2d(ji,jj) = fjld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
247               ENDIF
248               IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
249                  fnld2d(ji,jj) = fnld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
250               ENDIF
251               IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
252                  ffld2d(ji,jj) = ffld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
253               ENDIF
254               IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
255                  fsld2d2(ji,jj) = fsld2d2(ji,jj) / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
256               ENDIF
257               IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
258                  fsld2d(ji,jj) = fsld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
259               ENDIF
260            ENDDO
261         ENDDO
262
263         !!!---------------------------------------------------------------
264         !! Calculates Chl diag for UM coupling
265         !!!---------------------------------------------------------------
266         !! JPALM -- 02-06-2017 --
267         !! add Chl surf coupling
268         !! no need to output, just pass to cpl var
269         IF (lk_oasis) THEN
270            IF (chl_out.eq.1) THEN
271               !! export and scale surface chl
272               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * 1.0E-6 )
273                                 !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
274            ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN
275               !! export and scale mld chl
276               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, fchl_ml(:,:) * 1.0E-6 )
277                                 !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
278            ENDIF
279            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:) * scl_chl        !! Coupling Chl
280         END IF
281
282         !!----------------------------------------------------------------
283         !! Add in XML diagnostics stuff
284         !!----------------------------------------------------------------
285         !!
286         !! ** 2D diagnostics
287#   if defined key_debug_medusa
288         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_fin: export all diag kt = ', kt
289         CALL flush(numout)
290#   endif
291         IF ( med_diag%INVTN%dgsave ) THEN
292            CALL iom_put( "INVTN"  , ftot_n )
293         ENDIF
294         IF ( med_diag%INVTSI%dgsave ) THEN
295            CALL iom_put( "INVTSI"  , ftot_si )
296         ENDIF
297         IF ( med_diag%INVTFE%dgsave ) THEN
298            CALL iom_put( "INVTFE"  , ftot_fe )
299         ENDIF                           
300         IF ( med_diag%ML_PRN%dgsave ) THEN
301            CALL iom_put( "ML_PRN"  , fprn_ml )
302         ENDIF
303         IF ( med_diag%ML_PRD%dgsave ) THEN
304            CALL iom_put( "ML_PRD"  , fprd_ml )
305         ENDIF
306         IF ( med_diag%OCAL_LVL%dgsave ) THEN
307            CALL iom_put( "OCAL_LVL"  , fccd )
308         ENDIF
309         IF ( med_diag%CHL_MLD%dgsave ) THEN
310            CALL iom_put( "CHL_MLD"  , fchl_ml )
311         ENDIF
312         IF (lk_oasis) THEN
313            IF ( med_diag%CHL_CPL%dgsave ) THEN
314               CALL iom_put( "CHL_CPL"  , chloro_out_cpl )
315            ENDIF
316         ENDIF
317         IF ( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
318            CALL iom_put( "PN_JLIM"  , fjln2d )
319            DEALLOCATE( fjln2d )
320         ENDIF
321         IF ( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
322            CALL iom_put( "PN_NLIM"  , fnln2d )
323            DEALLOCATE( fnln2d )
324         ENDIF
325         IF ( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
326            CALL iom_put( "PN_FELIM"  , ffln2d )
327            DEALLOCATE( ffln2d )
328         ENDIF
329         IF ( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
330            CALL iom_put( "PD_JLIM"  , fjld2d )
331            DEALLOCATE( fjld2d )
332         ENDIF
333         IF ( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
334            CALL iom_put( "PD_NLIM"  , fnld2d )
335            DEALLOCATE( fnld2d )
336         ENDIF
337         IF ( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
338            CALL iom_put( "PD_FELIM"  , ffld2d )
339            DEALLOCATE( ffld2d )
340         ENDIF
341         IF ( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
342            CALL iom_put( "PD_SILIM"  , fsld2d2 )
343            DEALLOCATE( fsld2d2 )
344         ENDIF
345         IF ( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
346            CALL iom_put( "PDSILIM2"  , fsld2d )
347            DEALLOCATE( fsld2d )
348         ENDIF
349         IF ( med_diag%INTFLX_N%dgsave ) THEN
350            CALL iom_put( "INTFLX_N"  , fflx_n )
351         ENDIF
352         IF ( med_diag%INTFLX_SI%dgsave ) THEN
353            CALL iom_put( "INTFLX_SI"  , fflx_si )
354         ENDIF
355         IF ( med_diag%INTFLX_FE%dgsave ) THEN
356            CALL iom_put( "INTFLX_FE"  , fflx_fe )
357         ENDIF       
358         IF ( med_diag%INT_PN%dgsave ) THEN
359            CALL iom_put( "INT_PN"  , ftot_pn )
360         ENDIF
361         IF ( med_diag%INT_PD%dgsave ) THEN
362            CALL iom_put( "INT_PD"  , ftot_pd )
363         ENDIF         
364         IF ( med_diag%INT_ZMI%dgsave ) THEN
365            CALL iom_put( "INT_ZMI"  , ftot_zmi )
366         ENDIF
367         IF ( med_diag%INT_ZME%dgsave ) THEN
368            CALL iom_put( "INT_ZME"  , ftot_zme )
369         ENDIF
370         IF ( med_diag%INT_DET%dgsave ) THEN
371            CALL iom_put( "INT_DET"  , ftot_det )
372         ENDIF
373         IF ( med_diag%INT_DTC%dgsave ) THEN
374            CALL iom_put( "INT_DTC"  , ftot_dtc )
375         ENDIF
376         IF ( med_diag%BEN_N%dgsave ) THEN
377            CALL iom_put( "BEN_N"  , za_sed_n )
378         ENDIF
379         IF ( med_diag%BEN_FE%dgsave ) THEN
380            CALL iom_put( "BEN_FE"  , za_sed_fe )
381         ENDIF
382         IF ( med_diag%BEN_C%dgsave ) THEN
383            CALL iom_put( "BEN_C"  , za_sed_c )
384         ENDIF
385         IF ( med_diag%BEN_SI%dgsave ) THEN
386            CALL iom_put( "BEN_SI"  , za_sed_si )
387         ENDIF
388         IF ( med_diag%BEN_CA%dgsave ) THEN
389            CALL iom_put( "BEN_CA"  , za_sed_ca )
390         ENDIF
391         IF ( med_diag%RUNOFF%dgsave ) THEN
392            CALL iom_put( "RUNOFF"  , f_runoff )
393         ENDIF 
394# if defined key_roam       
395         IF ( med_diag%N_PROD%dgsave ) THEN
396            CALL iom_put( "N_PROD"  , fnit_prod )
397         ENDIF
398         IF ( med_diag%N_CONS%dgsave ) THEN
399            CALL iom_put( "N_CONS"  , fnit_cons )
400         ENDIF
401         IF ( med_diag%C_PROD%dgsave ) THEN
402            CALL iom_put( "C_PROD"  , fcar_prod )
403         ENDIF
404         IF ( med_diag%C_CONS%dgsave ) THEN
405            CALL iom_put( "C_CONS"  , fcar_cons )
406         ENDIF
407         IF ( med_diag%O2_PROD%dgsave ) THEN
408            CALL iom_put( "O2_PROD"  , foxy_prod )
409         ENDIF
410         IF ( med_diag%O2_CONS%dgsave ) THEN
411            CALL iom_put( "O2_CONS"  , foxy_cons )
412         ENDIF
413         IF ( med_diag%O2_ANOX%dgsave ) THEN
414            CALL iom_put( "O2_ANOX"  , foxy_anox )
415         ENDIF
416         IF ( med_diag%INVTC%dgsave ) THEN
417            CALL iom_put( "INVTC"  , ftot_c )
418         ENDIF
419         IF ( med_diag%INVTALK%dgsave ) THEN
420            CALL iom_put( "INVTALK"  , ftot_a )
421         ENDIF
422         IF ( med_diag%INVTO2%dgsave ) THEN
423            CALL iom_put( "INVTO2"  , ftot_o2 )
424         ENDIF
425         IF ( med_diag%COM_RESP%dgsave ) THEN
426            CALL iom_put( "COM_RESP"  , fcomm_resp )
427         ENDIF         
428# endif     
429         !!
430         !! diagnostic filled in the i-j-k main loop
431         !!--------------------------------------------
432         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
433            CALL iom_put( "PRN"  , fprn2d )
434            DEALLOCATE( fprn2d )
435         ENDIF
436         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
437            CALL iom_put( "MPN"  ,fdpn2d )
438            DEALLOCATE( fdpn2d )
439         ENDIF
440         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
441            CALL iom_put( "PRD"  ,fprd2d )
442            DEALLOCATE( fprd2d )
443         ENDIF
444         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
445            CALL iom_put( "MPD"  , fdpd2d )
446            DEALLOCATE( fdpd2d )
447         ENDIF
448         !  IF( med_diag%DSED%dgsave ) THEN
449         !      CALL iom_put( "DSED"  , ftot_n )
450         !  ENDIF
451         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
452            CALL iom_put( "OPAL"  , fprds2d )
453            DEALLOCATE( fprds2d )
454         ENDIF
455         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
456            CALL iom_put( "OPALDISS"  , fsdiss2d )
457            DEALLOCATE( fsdiss2d )
458         ENDIF
459         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
460            CALL iom_put( "GMIPn"  , fgmipn2d )
461            DEALLOCATE( fgmipn2d )
462         ENDIF
463         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
464            CALL iom_put( "GMID"  , fgmid2d )
465            DEALLOCATE( fgmid2d )
466         ENDIF
467         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
468            CALL iom_put( "MZMI"  , fdzmi2d )
469            DEALLOCATE( fdzmi2d )
470         ENDIF
471         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
472            CALL iom_put( "GMEPN"  , fgmepn2d )
473            DEALLOCATE( fgmepn2d )
474         ENDIF
475         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
476            CALL iom_put( "GMEPD"  , fgmepd2d )
477            DEALLOCATE( fgmepd2d )
478         ENDIF
479         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
480            CALL iom_put( "GMEZMI"  , fgmezmi2d )
481            DEALLOCATE( fgmezmi2d )
482         ENDIF
483         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
484            CALL iom_put( "GMED"  , fgmed2d )
485            DEALLOCATE( fgmed2d )
486         ENDIF
487         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
488            CALL iom_put( "MZME"  , fdzme2d )
489            DEALLOCATE( fdzme2d )
490         ENDIF
491         !  IF( med_diag%DEXP%dgsave ) THEN
492         !      CALL iom_put( "DEXP"  , ftot_n )
493         !  ENDIF
494         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
495            CALL iom_put( "DETN"  , fslown2d )
496            DEALLOCATE( fslown2d )
497         ENDIF
498         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
499            CALL iom_put( "MDET"  , fdd2d )
500            DEALLOCATE( fdd2d )
501         ENDIF
502         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
503            CALL iom_put( "AEOLIAN"  , ffetop2d )
504            DEALLOCATE( ffetop2d )
505         ENDIF
506         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
507            CALL iom_put( "BENTHIC"  , ffebot2d )
508            DEALLOCATE( ffebot2d )
509         ENDIF
510         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
511            CALL iom_put( "SCAVENGE"  , ffescav2d )
512            DEALLOCATE( ffescav2d )
513         ENDIF
514         !!
515         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
516            CALL iom_put( "TOTREG_N"  , fregen2d )
517            DEALLOCATE( fregen2d )
518         ENDIF
519         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
520            CALL iom_put( "TOTRG_SI"  , fregensi2d )
521            DEALLOCATE( fregensi2d )
522         ENDIF
523         !!
524         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
525            CALL iom_put( "FASTN"  , ftempn2d )
526            DEALLOCATE( ftempn2d )
527         ENDIF
528         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
529            CALL iom_put( "FASTSI"  , ftempsi2d )
530            DEALLOCATE( ftempsi2d )
531         ENDIF
532         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
533            CALL iom_put( "FASTFE"  , ftempfe2d )
534            DEALLOCATE( ftempfe2d )
535         ENDIF
536         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
537            CALL iom_put( "FASTC"  , ftempc2d )
538            DEALLOCATE( ftempc2d )
539         ENDIF
540         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
541            CALL iom_put( "FASTCA"  , ftempca2d )
542            DEALLOCATE( ftempca2d )
543         ENDIF
544         !!
545         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
546            CALL iom_put( "REMINN"  , freminn2d )
547            DEALLOCATE( freminn2d )
548         ENDIF
549         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
550            CALL iom_put( "REMINSI"  , freminsi2d )
551            DEALLOCATE( freminsi2d )
552         ENDIF
553         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
554            CALL iom_put( "REMINFE"  , freminfe2d )
555            DEALLOCATE( freminfe2d )
556         ENDIF
557         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
558            CALL iom_put( "REMINC"  , freminc2d )
559            DEALLOCATE( freminc2d )
560         ENDIF
561         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
562            CALL iom_put( "REMINCA"  , freminca2d )
563            DEALLOCATE( freminca2d )
564         ENDIF
565         IF( med_diag%SEAFLRN%dgsave ) THEN
566            CALL iom_put( "SEAFLRN"  , fsedn )
567         ENDIF
568         IF( med_diag%SEAFLRSI%dgsave ) THEN
569            CALL iom_put( "SEAFLRSI"  , fsedsi )
570         ENDIF
571         IF( med_diag%SEAFLRFE%dgsave ) THEN
572            CALL iom_put( "SEAFLRFE"  , fsedfe )
573         ENDIF
574         IF( med_diag%SEAFLRC%dgsave ) THEN
575            CALL iom_put( "SEAFLRC"  , fsedc )
576         ENDIF
577         IF( med_diag%SEAFLRCA%dgsave ) THEN
578            CALL iom_put( "SEAFLRCA"  , fsedca )
579         ENDIF
580         !!
581# if defined key_roam           
582         !!
583         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
584            CALL iom_put( "RIV_N"  , rivn2d )
585            DEALLOCATE( rivn2d )
586         ENDIF
587         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
588            CALL iom_put( "RIV_SI"  , rivsi2d )
589            DEALLOCATE( rivsi2d )
590         ENDIF
591         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
592            CALL iom_put( "RIV_C"  , rivc2d )
593            DEALLOCATE( rivc2d )
594         ENDIF
595         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
596            CALL iom_put( "RIV_ALK"  , rivalk2d )
597            DEALLOCATE( rivalk2d )
598         ENDIF
599         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
600            CALL iom_put( "DETC"  , fslowc2d )
601            DEALLOCATE( fslowc2d )
602         ENDIF
603         !!
604         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
605            CALL iom_put( "PN_LLOSS"  , fdpn22d )
606            DEALLOCATE( fdpn22d )
607         ENDIF
608         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
609            CALL iom_put( "PD_LLOSS"  , fdpd22d )
610            DEALLOCATE( fdpd22d )
611         ENDIF
612         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
613            CALL iom_put( "ZI_LLOSS"  , fdzmi22d )
614             DEALLOCATE( fdzmi22d )
615          ENDIF
616          IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
617             CALL iom_put( "ZE_LLOSS"  , fdzme22d )
618             DEALLOCATE( fdzme22d )
619          ENDIF
620          IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN
621             CALL iom_put( "ZI_MES_N"  , zimesn2d )
622             DEALLOCATE( zimesn2d )
623          ENDIF
624          IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
625             CALL iom_put( "ZI_MES_D"  , zimesd2d )
626             DEALLOCATE( zimesd2d )
627          ENDIF
628          IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
629             CALL iom_put( "ZI_MES_C"  , zimesc2d )
630             DEALLOCATE( zimesc2d )
631          ENDIF
632          IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
633             CALL iom_put( "ZI_MESDC"  ,zimesdc2d )
634             DEALLOCATE( zimesdc2d )
635          ENDIF
636          IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
637             CALL iom_put( "ZI_EXCR"  , ziexcr2d )
638             DEALLOCATE( ziexcr2d )
639          ENDIF
640          IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
641             CALL iom_put( "ZI_RESP"  , ziresp2d )
642             DEALLOCATE( ziresp2d )
643          ENDIF
644          IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
645             CALL iom_put( "ZI_GROW"  , zigrow2d )
646             DEALLOCATE( zigrow2d )
647          ENDIF
648          IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
649             CALL iom_put( "ZE_MES_N"  , zemesn2d )
650             DEALLOCATE( zemesn2d )
651          ENDIF
652          IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
653             CALL iom_put( "ZE_MES_D"  , zemesd2d )
654             DEALLOCATE( zemesd2d )
655          ENDIF
656          IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
657             CALL iom_put( "ZE_MES_C"  , zemesc2d )
658             DEALLOCATE( zemesc2d )
659          ENDIF
660          IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
661             CALL iom_put( "ZE_MESDC"  , zemesdc2d )
662             DEALLOCATE( zemesdc2d )
663          ENDIF
664          IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
665             CALL iom_put( "ZE_EXCR"  , zeexcr2d )
666             DEALLOCATE( zeexcr2d )
667          ENDIF
668          IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
669             CALL iom_put( "ZE_RESP"  , zeresp2d )
670             DEALLOCATE( zeresp2d )
671          ENDIF
672          IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
673             CALL iom_put( "ZE_GROW"  , zegrow2d )
674             DEALLOCATE( zegrow2d )
675          ENDIF
676          IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
677             CALL iom_put( "MDETC"  , mdetc2d )
678             DEALLOCATE( mdetc2d )
679          ENDIF
680          IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
681             CALL iom_put( "GMIDC"  , gmidc2d )
682             DEALLOCATE( gmidc2d )
683          ENDIF
684          IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
685             CALL iom_put( "GMEDC"  , gmedc2d )
686             DEALLOCATE( gmedc2d )
687          ENDIF
688          IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
689             CALL iom_put( "IBEN_N"  , iben_n2d )
690             DEALLOCATE( iben_n2d )
691          ENDIF
692          IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
693             CALL iom_put( "IBEN_FE"  , iben_fe2d )
694             DEALLOCATE( iben_fe2d )
695          ENDIF
696          IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
697             CALL iom_put( "IBEN_C"  , iben_c2d )
698             DEALLOCATE( iben_c2d )
699          ENDIF
700          IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
701             CALL iom_put( "IBEN_SI"  , iben_si2d )
702             DEALLOCATE( iben_si2d )
703          ENDIF
704          IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
705             CALL iom_put( "IBEN_CA"  , iben_ca2d )
706             DEALLOCATE( iben_ca2d )
707          ENDIF
708          IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
709             CALL iom_put( "OBEN_N"  , oben_n2d )
710             DEALLOCATE( oben_n2d )
711          ENDIF
712          IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
713             CALL iom_put( "OBEN_FE"  , oben_fe2d )
714             DEALLOCATE( oben_fe2d )
715          ENDIF
716          IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
717             CALL iom_put( "OBEN_C"  , oben_c2d )
718             DEALLOCATE( oben_c2d )
719          ENDIF
720          IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
721             CALL iom_put( "OBEN_SI"  , oben_si2d )
722             DEALLOCATE( oben_si2d )
723          ENDIF
724          IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
725             CALL iom_put( "OBEN_CA"  , oben_ca2d )
726             DEALLOCATE( oben_ca2d )
727          ENDIF
728          IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
729             CALL iom_put( "SFR_OCAL"  , sfr_ocal2d )
730             DEALLOCATE( sfr_ocal2d )
731          ENDIF
732          IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
733             CALL iom_put( "SFR_OARG"  , sfr_oarg2d )
734             DEALLOCATE( sfr_oarg2d )
735          ENDIF
736          IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
737             CALL iom_put( "LYSO_CA"  , lyso_ca2d )
738             DEALLOCATE( lyso_ca2d )
739          ENDIF
740# endif                   
741          !!
742          !! ** 3D diagnostics
743          IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
744             CALL iom_put( "TPP3"  , tpp3d )
745             DEALLOCATE( tpp3d )
746          ENDIF
747          IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
748             CALL iom_put( "DETFLUX3"  , detflux3d )
749             DEALLOCATE( detflux3d )
750          ENDIF
751          IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
752             CALL iom_put( "REMIN3N"  , remin3dn )
753             DEALLOCATE( remin3dn )
754          ENDIF
755# if defined key_roam         
756          IF( med_diag%PH3%dgsave ) THEN
757             CALL iom_put( "PH3"  , f3_pH )
758          ENDIF
759          IF( med_diag%OM_CAL3%dgsave ) THEN
760             CALL iom_put( "OM_CAL3"  , f3_omcal )
761          ENDIF
762          !!
763          !! AXY (09/11/16): 2D CMIP6 diagnostics
764          IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
765             CALL iom_put( "INTDISSIC"  , intdissic )
766             DEALLOCATE( intdissic )
767          ENDIF         
768          IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
769             CALL iom_put( "INTDISSIN"  , intdissin )
770             DEALLOCATE( intdissin )
771          ENDIF         
772          IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
773             CALL iom_put( "INTDISSISI"  , intdissisi )
774             DEALLOCATE( intdissisi )
775          ENDIF         
776          IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
777             CALL iom_put( "INTTALK"  , inttalk )
778             DEALLOCATE( inttalk )
779          ENDIF         
780          IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
781             CALL iom_put( "O2min"  , o2min )
782             DEALLOCATE( o2min )
783          ENDIF         
784          IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
785             CALL iom_put( "ZO2min"  , zo2min )
786             DEALLOCATE( zo2min )
787          ENDIF         
788          IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave ) THEN
789             CALL iom_put( "FBDDTALK"  , fbddtalk )
790             DEALLOCATE( fbddtalk )
791          ENDIF         
792          IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave ) THEN
793             CALL iom_put( "FBDDTDIC"  , fbddtdic )
794             DEALLOCATE( fbddtdic )
795          ENDIF         
796          IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
797             CALL iom_put( "FBDDTDIFE" , fbddtdife )
798             DEALLOCATE( fbddtdife )
799          ENDIF         
800          IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave ) THEN
801             CALL iom_put( "FBDDTDIN"  , fbddtdin )
802             DEALLOCATE( fbddtdin )
803          ENDIF         
804          IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
805             CALL iom_put( "FBDDTDISI" , fbddtdisi )
806             DEALLOCATE( fbddtdisi )
807          ENDIF   
808          !!
809          !! AXY (09/11/16): 3D CMIP6 diagnostics
810          IF( med_diag%TPPD3%dgsave ) THEN
811             CALL iom_put( "TPPD3"     , tppd3 )
812             DEALLOCATE( tppd3 )
813          ENDIF         
814          IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave ) THEN
815             CALL iom_put( "BDDTALK3"  , bddtalk3 )
816             DEALLOCATE( bddtalk3 )
817          ENDIF         
818          IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave ) THEN
819             CALL iom_put( "BDDTDIC3"  , bddtdic3 )
820             DEALLOCATE( bddtdic3 )
821          ENDIF         
822          IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
823             CALL iom_put( "BDDTDIFE3" , bddtdife3 )
824             DEALLOCATE( bddtdife3 )
825          ENDIF         
826          IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave ) THEN
827             CALL iom_put( "BDDTDIN3"  , bddtdin3 )
828             DEALLOCATE( bddtdin3 )
829          ENDIF         
830          IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
831             CALL iom_put( "BDDTDISI3" , bddtdisi3 )
832             DEALLOCATE( bddtdisi3 )
833          ENDIF   
834          IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave ) THEN
835             CALL iom_put( "FD_NIT3"  , fd_nit3 )
836             DEALLOCATE( fd_nit3 )
837          ENDIF
838          IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave ) THEN
839             CALL iom_put( "FD_SIL3"  , fd_sil3 )
840             DEALLOCATE( fd_sil3 )
841          ENDIF
842          IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave ) THEN
843             CALL iom_put( "FD_CAL3"  , fd_cal3 )
844             DEALLOCATE( fd_cal3 )
845          ENDIF
846          IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave ) THEN
847             CALL iom_put( "FD_CAR3"  , fd_car3 )
848             DEALLOCATE( fd_car3 )
849          ENDIF
850          IF( med_diag%CO33%dgsave ) THEN
851             CALL iom_put( "CO33"  , f3_co3 )
852          ENDIF                   
853          IF( med_diag%CO3SATARAG3%dgsave ) THEN
854             CALL iom_put( "CO3SATARAG3"  , f3_omarg )
855          ENDIF                   
856          IF( med_diag%CO3SATCALC3%dgsave ) THEN
857             CALL iom_put( "CO3SATCALC3"  , f3_omcal )
858          ENDIF                   
859          IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
860             CALL iom_put( "EXPC3"  , expc3 )
861             DEALLOCATE( expc3 )
862          ENDIF                   
863          IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
864             CALL iom_put( "EXPN3"  , expn3 )
865             DEALLOCATE( expn3 )
866          ENDIF                   
867          IF( med_diag%DCALC3%dgsave ) THEN
868             CALL iom_put( "DCALC3"  , dcalc3 )
869             DEALLOCATE( dcalc3 )
870          ENDIF                   
871          IF( med_diag%FEDISS3%dgsave ) THEN
872             CALL iom_put( "FEDISS3"  , fediss3 )
873             DEALLOCATE( fediss3 )
874          ENDIF                   
875          IF( med_diag%FESCAV3%dgsave ) THEN
876             CALL iom_put( "FESCAV3"  , fescav3 )
877             DEALLOCATE( fescav3 )
878          ENDIF                   
879          IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave ) THEN
880             CALL iom_put( "MIGRAZP3"  , migrazp3 )
881             DEALLOCATE( migrazp3 )
882          ENDIF                   
883          IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave ) THEN
884             CALL iom_put( "MIGRAZD3"  , migrazd3 )
885             DEALLOCATE( migrazd3 )
886          ENDIF                   
887          IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave ) THEN
888             CALL iom_put( "MEGRAZP3"  , megrazp3 )
889             DEALLOCATE( megrazp3 )
890          ENDIF                   
891          IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave ) THEN
892             CALL iom_put( "MEGRAZD3"  , megrazd3 )
893             DEALLOCATE( megrazd3 )
894          ENDIF                   
895          IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave ) THEN
896             CALL iom_put( "MEGRAZZ3"  , megrazz3 )
897             DEALLOCATE( megrazz3 )
898          ENDIF                   
899          IF( med_diag%O2SAT3%dgsave ) THEN
900             CALL iom_put( "O2SAT3"  , o2sat3 )
901             DEALLOCATE( o2sat3 )
902          ENDIF                   
903          IF( med_diag%PBSI3%dgsave ) THEN
904             CALL iom_put( "PBSI3"  , pbsi3 )
905             DEALLOCATE( pbsi3 )
906          ENDIF                   
907          IF( med_diag%PCAL3%dgsave ) THEN
908             CALL iom_put( "PCAL3"  , pcal3 )
909             DEALLOCATE( pcal3 )
910          ENDIF                   
911          IF( med_diag%REMOC3%dgsave ) THEN
912             CALL iom_put( "REMOC3"  , remoc3 )
913             DEALLOCATE( remoc3 )
914          ENDIF                   
915          IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave ) THEN
916             CALL iom_put( "PNLIMJ3" , pnlimj3 )
917             DEALLOCATE( pnlimj3 )
918          ENDIF                   
919          IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave ) THEN
920             CALL iom_put( "PNLIMN3" , pnlimn3 )
921             DEALLOCATE( pnlimn3 )
922          ENDIF                   
923          IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave ) THEN
924             CALL iom_put( "PNLIMFE3" , pnlimfe3 )
925             DEALLOCATE( pnlimfe3 )
926          ENDIF                   
927          IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave ) THEN
928             CALL iom_put( "PDLIMJ3" , pdlimj3 )
929             DEALLOCATE( pdlimj3 )
930          ENDIF                   
931          IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave ) THEN
932             CALL iom_put( "PDLIMN3" , pdlimn3 )
933             DEALLOCATE( pdlimn3 )
934          ENDIF                   
935          IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave ) THEN
936             CALL iom_put( "PDLIMFE3" , pdlimfe3 )
937             DEALLOCATE( pdlimfe3 )
938          ENDIF                   
939          IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave ) THEN
940             CALL iom_put( "PDLIMSI3" , pdlimsi3 )
941             DEALLOCATE( pdlimsi3 )
942          ENDIF                   
943         
944# endif         
945
946          DEALLOCATE( zw2d )
947
948   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
949
950#else
951   !!======================================================================
952   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
953   !!======================================================================
954CONTAINS
955   SUBROUTINE bio_medusa_fin( )                    ! Empty routine
956      WRITE(*,*) 'bio_medusa_fin: You should not have seen this print! error?'
957   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
958#endif 
959
960   !!======================================================================
961END MODULE bio_medusa_fin_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.