New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
iom_nf90.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_netcdf4/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_netcdf4/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom_nf90.F90 @ 7893

Last change on this file since 7893 was 7893, checked in by andmirek, 7 years ago

small changes in structure
File size: 34.2 KB
Line 
1MODULE iom_nf90
2   !!=====================================================================
3   !!                    ***  MODULE  iom_nf90 ***
4   !! Input/Output manager :  Library to read input files with NF90 (only fliocom module)
5   !!====================================================================
6   !! History :  9.0  ! 05 12  (J. Belier) Original code
7   !!            9.0  ! 06 02  (S. Masson) Adaptation to NEMO
8   !!             "   ! 07 07  (D. Storkey) Changes to iom_nf90_gettime
9   !!--------------------------------------------------------------------
10   !!gm  caution add !DIR nec: improved performance to be checked as well as no result changes
11
12   !!--------------------------------------------------------------------
13   !!   iom_open       : open a file read only
14   !!   iom_close      : close a file or all files opened by iom
15   !!   iom_get        : read a field (interfaced to several routines)
16   !!   iom_gettime    : read the time axis kvid in the file
17   !!   iom_varid      : get the id of a variable in a file
18   !!   iom_rstput     : write a field in a restart file (interfaced to several routines)
19   !!--------------------------------------------------------------------
20   USE dom_oce         ! ocean space and time domain
21   USE lbclnk          ! lateal boundary condition / mpp exchanges
22   USE iom_def         ! iom variables definitions
23   USE netcdf          ! NetCDF library
24   USE in_out_manager  ! I/O manager
25   USE lib_mpp         ! MPP library
26
27   IMPLICIT NONE
28   PRIVATE
29
30   PUBLIC iom_nf90_open, iom_nf90_close, iom_nf90_varid, iom_nf90_get, iom_nf90_gettime, iom_nf90_rstput
31   PUBLIC iom_nf90_getatt
32
33   INTERFACE iom_nf90_get
34      MODULE PROCEDURE iom_nf90_g0d, iom_nf90_g123d
35   END INTERFACE
36   INTERFACE iom_nf90_getatt
37      MODULE PROCEDURE iom_nf90_intatt
38   END INTERFACE
39   INTERFACE iom_nf90_rstput
40      MODULE PROCEDURE iom_nf90_rp0123d
41   END INTERFACE
42
43   !!----------------------------------------------------------------------
44   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010)
45   !! $Id$
46   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
47   !!----------------------------------------------------------------------
48
49CONTAINS
50
51   SUBROUTINE iom_nf90_open( cdname, kiomid, ldwrt, ldok, kdompar )
52      !!---------------------------------------------------------------------
53      !!                   ***  SUBROUTINE  iom_open  ***
54      !!
55      !! ** Purpose : open an input file with NF90
56      !!---------------------------------------------------------------------
57      CHARACTER(len=*)       , INTENT(inout)           ::   cdname      ! File name
58      INTEGER                , INTENT(  out)           ::   kiomid      ! nf90 identifier of the opened file
59      LOGICAL                , INTENT(in   )           ::   ldwrt       ! read or write the file?
60      LOGICAL                , INTENT(in   )           ::   ldok        ! check the existence
61      INTEGER, DIMENSION(2,5), INTENT(in   ), OPTIONAL ::   kdompar     ! domain parameters:
62
63      CHARACTER(LEN=256) ::   clinfo           ! info character
64      CHARACTER(LEN=256) ::   cltmp            ! temporary character
65      INTEGER            ::   iln              ! lengths of character
66      INTEGER            ::   istop            ! temporary storage of nstop
67      INTEGER            ::   if90id           ! nf90 identifier of the opened file
68      INTEGER            ::   idmy             ! dummy variable
69      INTEGER            ::   jl               ! loop variable
70      INTEGER            ::   ichunk           ! temporary storage of nn_chunksz
71      INTEGER            ::   imode            ! creation mode flag: NF90_CLOBBER or NF90_NOCLOBBER or NF90_HDF5
72      INTEGER            ::   ihdf5            ! local variable for retrieval of value for NF90_HDF5
73      LOGICAL            ::   llclobber        ! local definition of ln_clobber
74      !---------------------------------------------------------------------
75
76      clinfo = '                    iom_nf90_open ~~~  '
77      istop = nstop   ! store the actual value of nstop
78      IF( nn_chunksz > 0 ) THEN   ;   ichunk = nn_chunksz
79      ELSE                        ;   ichunk = NF90_SIZEHINT_DEFAULT
80      ENDIF
81      !
82      llclobber = ldwrt .AND. ln_clobber
83      IF( ldok .AND. .NOT. llclobber ) THEN      ! Open existing file...
84         !                 ! =============
85         IF( ldwrt ) THEN  ! ... in write mode
86            IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' open existing file: '//TRIM(cdname)//' in WRITE mode'
87            IF( snc4set%luse ) THEN
88               CALL iom_nf90_check(NF90_OPEN( TRIM(cdname), NF90_WRITE  , if90id ), clinfo)
89            ELSE
90               CALL iom_nf90_check(NF90_OPEN( TRIM(cdname), NF90_WRITE  , if90id, chunksize = ichunk ), clinfo)
91            ENDIF
92            CALL iom_nf90_check(NF90_SET_FILL( if90id, NF90_NOFILL, idmy                          ), clinfo)
93         ELSE              ! ... in read mode
94            IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' open existing file: '//TRIM(cdname)//' in READ mode'
95            CALL iom_nf90_check(NF90_OPEN( TRIM(cdname), NF90_NOWRITE, if90id, chunksize = ichunk ), clinfo)
96         ENDIF
97      ELSE                                       ! the file does not exist (or we overwrite it)
98         !                 ! =============
99         iln = INDEX( cdname, '.nc' )
100         IF( ldwrt ) THEN  ! the file should be open in write mode so we create it...
101            IF( jpnij > 1 ) THEN
102               WRITE(cltmp,'(a,a,i4.4,a)') cdname(1:iln-1), '_', narea-1, '.nc'
103               cdname = TRIM(cltmp)
104            ENDIF
105            IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' create new file: '//TRIM(cdname)//' in WRITE mode'
106
107            IF( llclobber ) THEN   ;   imode = IOR( NF90_64BIT_OFFSET, NF90_CLOBBER   )
108            ELSE                   ;   imode = IOR( NF90_64BIT_OFFSET, NF90_NOCLOBBER ) 
109            ENDIF
110#if defined key_netcdf4
111               IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' creating file: '//TRIM(cdname)//' in hdf5 (netcdf4) mode'
112               CALL GET_NF90_SYMBOL("NF90_HDF5", ihdf5)
113               IF( llclobber ) THEN   ;   imode = IOR(ihdf5, NF90_CLOBBER)
114               ELSE                   ;   imode = IOR(ihdf5, NF90_NOCLOBBER)
115               ENDIF
116               CALL iom_nf90_check(NF90_CREATE( TRIM(cdname), imode, if90id ), clinfo)
117#else
118               CALL iom_nf90_check(NF90_CREATE( TRIM(cdname), imode, if90id, chunksize = ichunk ), clinfo)
119#endif
120            ENDIF
121            CALL iom_nf90_check(NF90_SET_FILL( if90id, NF90_NOFILL, idmy                     ), clinfo)
122            ! define dimensions
123            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'x', kdompar(1,1)  , idmy ), clinfo)
124            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'y', kdompar(2,1)  , idmy ), clinfo)
125            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 'z', jpk           , idmy ), clinfo)
126            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_DIM( if90id, 't', NF90_UNLIMITED, idmy ), clinfo)
127            ! global attributes
128            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_number_total'   , jpnij              ), clinfo)
129            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_number'         , narea-1            ), clinfo)
130            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_dimensions_ids' , (/1     , 2     /) ), clinfo)
131            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_size_global'    , (/jpiglo, jpjglo/) ), clinfo)
132            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_size_local'     , kdompar(:,1)       ), clinfo)
133            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_position_first' , kdompar(:,2)       ), clinfo)
134            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_position_last'  , kdompar(:,3)       ), clinfo)
135            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_halo_size_start', kdompar(:,4)       ), clinfo)
136            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_halo_size_end'  , kdompar(:,5)       ), clinfo)
137            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_ATT( if90id, NF90_GLOBAL, 'DOMAIN_type'           , 'BOX'              ), clinfo)
138         ELSE              ! the file should be open for read mode so it must exist...
139            CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), ' should be impossible case...' )
140         ENDIF
141      ENDIF
142      ! start to fill file informations
143      ! =============
144      IF( istop == nstop ) THEN   ! no error within this routine
145!does not work with some compilers         kiomid = MINLOC(iom_file(:)%nfid, dim = 1)
146         kiomid = 0
147         DO jl = jpmax_files, 1, -1
148            IF( iom_file(jl)%nfid == 0 )   kiomid = jl
149         ENDDO
150         iom_file(kiomid)%name   = TRIM(cdname)
151         iom_file(kiomid)%nfid   = if90id
152         iom_file(kiomid)%iolib  = jpnf90
153         iom_file(kiomid)%nvars  = 0
154         iom_file(kiomid)%irec   = -1   ! useless for NetCDF files, used to know if the file is in define mode
155         CALL iom_nf90_check(NF90_Inquire(if90id, unlimitedDimId = iom_file(kiomid)%iduld), clinfo)
156         IF ( iom_file(kiomid)%iduld .GE. 0 ) THEN
157           CALL iom_nf90_check(NF90_Inquire_Dimension(if90id, iom_file(kiomid)%iduld,     & 
158        &                                               name = iom_file(kiomid)%uldname,  &
159        &                                               len  = iom_file(kiomid)%lenuld ), clinfo )
160         ENDIF
161         IF(lwp) WRITE(numout,*) '                   ---> '//TRIM(cdname)//' OK'
162      ELSE
163         kiomid = 0               ! return error flag
164      ENDIF
165      !
166   END SUBROUTINE iom_nf90_open
167
168
169   SUBROUTINE iom_nf90_close( kiomid )
170      !!--------------------------------------------------------------------
171      !!                   ***  SUBROUTINE  iom_nf90_close  ***
172      !!
173      !! ** Purpose : close an input file with NF90
174      !!--------------------------------------------------------------------
175      INTEGER, INTENT(in) ::   kiomid   ! iom identifier of the file to be closed
176      CHARACTER(LEN=100)  ::   clinfo   ! info character
177      !---------------------------------------------------------------------
178      !
179      clinfo = '      iom_nf90_close    , file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)
180      CALL iom_nf90_check(NF90_CLOSE(iom_file(kiomid)%nfid), clinfo)
181      !   
182   END SUBROUTINE iom_nf90_close
183
184
185   FUNCTION iom_nf90_varid ( kiomid, cdvar, kiv, kdimsz, kndims ) 
186      !!-----------------------------------------------------------------------
187      !!                  ***  FUNCTION  iom_varid  ***
188      !!
189      !! ** Purpose : get the id of a variable in a file with NF90
190      !!-----------------------------------------------------------------------
191      INTEGER              , INTENT(in   )           ::   kiomid   ! file Identifier
192      CHARACTER(len=*)     , INTENT(in   )           ::   cdvar    ! name of the variable
193      INTEGER              , INTENT(in   )           ::   kiv   !
194      INTEGER, DIMENSION(:), INTENT(  out), OPTIONAL ::   kdimsz   ! size of the dimensions
195      INTEGER,               INTENT(  out), OPTIONAL ::   kndims   ! size of the dimensions
196      !
197      INTEGER                        ::   iom_nf90_varid   ! iom variable Id
198      INTEGER                        ::   if90id           ! nf90 file identifier
199      INTEGER                        ::   ji               ! dummy loop index
200      INTEGER                        ::   ivarid           ! NetCDF  variable Id
201      INTEGER                        ::   i_nvd            ! number of dimension of the variable
202      INTEGER, DIMENSION(jpmax_dims) ::   idimid           ! dimension ids of the variable
203      LOGICAL                        ::   llok             ! ok  test
204      CHARACTER(LEN=100)             ::   clinfo           ! info character
205      !!-----------------------------------------------------------------------
206      clinfo = '          iom_nf90_varid, file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//TRIM(cdvar)
207      iom_nf90_varid = 0                    ! default definition
208      IF( PRESENT(kdimsz) ) kdimsz(:) = 0   ! default definition
209      if90id = iom_file(kiomid)%nfid        ! get back NetCDF file id
210      !
211      llok = NF90_INQ_VARID( if90id, TRIM(cdvar), ivarid ) == nf90_noerr   ! does the variable exist in the file
212      IF( llok ) THEN
213         iom_nf90_varid = kiv
214         iom_file(kiomid)%nvars       = kiv
215         iom_file(kiomid)%nvid(kiv)   = ivarid
216         iom_file(kiomid)%cn_var(kiv) = TRIM(cdvar)
217         CALL iom_nf90_check(NF90_Inquire_Variable(if90id, ivarid, ndims = i_nvd), clinfo)   ! number of dimensions
218         iom_file(kiomid)%ndims(kiv)  = i_nvd
219         CALL iom_nf90_check(NF90_Inquire_Variable(if90id, ivarid, dimids = idimid(1:i_nvd)), clinfo)   ! dimensions ids
220         iom_file(kiomid)%luld(kiv) = .FALSE.   ! default value
221         iom_file(kiomid)%dimsz(:,kiv) = 0      ! reset dimsz in case previously used
222         DO ji = 1, i_nvd                       ! dimensions size
223            CALL iom_nf90_check(NF90_Inquire_Dimension(if90id, idimid(ji), len = iom_file(kiomid)%dimsz(ji,kiv)), clinfo)   
224            IF( idimid(ji) == iom_file(kiomid)%iduld ) iom_file(kiomid)%luld(kiv) = .TRUE.   ! unlimited dimension?
225         END DO
226         !---------- Deal with scale_factor and add_offset
227         llok = NF90_Inquire_attribute(if90id, ivarid, 'scale_factor') == nf90_noerr
228         IF( llok) THEN
229            CALL iom_nf90_check(NF90_GET_ATT(if90id, ivarid, 'scale_factor', iom_file(kiomid)%scf(kiv)), clinfo)
230         ELSE
231            iom_file(kiomid)%scf(kiv) = 1.
232         END IF
233         llok = NF90_Inquire_attribute(if90id, ivarid, 'add_offset') == nf90_noerr
234         IF( llok ) THEN
235            CALL iom_nf90_check(NF90_GET_ATT(if90id, ivarid, 'add_offset', iom_file(kiomid)%ofs(kiv)), clinfo)
236         ELSE
237            iom_file(kiomid)%ofs(kiv) = 0.
238         END IF
239         ! return the simension size
240         IF( PRESENT(kdimsz) ) THEN
241            IF( i_nvd == SIZE(kdimsz) ) THEN
242               kdimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(1:i_nvd,kiv)
243            ELSE
244               WRITE(ctmp1,*) i_nvd, SIZE(kdimsz)
245               CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'error in kdimsz size'//TRIM(ctmp1) )
246            ENDIF
247         ENDIF
248         IF( PRESENT(kndims) )  kndims = iom_file(kiomid)%ndims(kiv)
249      ELSE 
250         iom_nf90_varid = -1   !   variable not found, return error code: -1
251      ENDIF
252      !
253   END FUNCTION iom_nf90_varid
254
255
256   SUBROUTINE iom_nf90_g0d( kiomid, kvid, pvar, kstart )
257      !!-----------------------------------------------------------------------
258      !!                  ***  ROUTINE  iom_nf90_g0d  ***
259      !!
260      !! ** Purpose : read a scalar with NF90
261      !!-----------------------------------------------------------------------
262      INTEGER ,               INTENT(in   )            ::   kiomid   ! Identifier of the file
263      INTEGER ,               INTENT(in   )            ::   kvid     ! variable id
264      REAL(wp),               INTENT(  out)            ::   pvar     ! read field
265      INTEGER , DIMENSION(1), INTENT(in   ), OPTIONAL  ::   kstart   ! start position of the reading in each axis
266      !
267      CHARACTER(LEN=100)      ::   clinfo   ! info character
268      !---------------------------------------------------------------------
269      clinfo = 'iom_nf90_g0d , file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//TRIM(iom_file(kiomid)%cn_var(kvid))
270      CALL iom_nf90_check(NF90_GET_VAR(iom_file(kiomid)%nfid, iom_file(kiomid)%nvid(kvid), pvar, start = kstart), clinfo )
271      !
272   END SUBROUTINE iom_nf90_g0d
273
274
275   SUBROUTINE iom_nf90_g123d( kiomid, kvid, knbdim, kstart, kcount, kx1, kx2, ky1, ky2,   &
276         &                    pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d )
277      !!-----------------------------------------------------------------------
278      !!                  ***  ROUTINE  iom_nf90_g123d  ***
279      !!
280      !! ** Purpose : read a 1D/2D/3D variable with NF90
281      !!
282      !! ** Method : read ONE record at each CALL
283      !!-----------------------------------------------------------------------
284      INTEGER                    , INTENT(in   )           ::   kiomid    ! iom identifier of the file
285      INTEGER                    , INTENT(in   )           ::   kvid      ! Name of the variable
286      INTEGER                    , INTENT(in   )           ::   knbdim    ! number of dimensions of the variable
287      INTEGER , DIMENSION(:)     , INTENT(in   )           ::   kstart    ! start position of the reading in each axis
288      INTEGER , DIMENSION(:)     , INTENT(in   )           ::   kcount    ! number of points to be read in each axis
289      INTEGER ,                    INTENT(in   )           ::   kx1, kx2, ky1, ky2   ! subdomain indexes
290      REAL(wp), DIMENSION(:)     , INTENT(  out), OPTIONAL ::   pv_r1d    ! read field (1D case)
291      REAL(wp), DIMENSION(:,:)   , INTENT(  out), OPTIONAL ::   pv_r2d    ! read field (2D case)
292      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:) , INTENT(  out), OPTIONAL ::   pv_r3d    ! read field (3D case)
293      !
294      CHARACTER(LEN=100) ::   clinfo               ! info character
295      INTEGER            ::   if90id               ! nf90 identifier of the opened file
296      INTEGER            ::   ivid                 ! nf90 variable id
297      !---------------------------------------------------------------------
298      clinfo = 'iom_nf90_g123d , file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//TRIM(iom_file(kiomid)%cn_var(kvid))
299      if90id = iom_file(kiomid)%nfid         ! get back NetCDF file id
300      ivid   = iom_file(kiomid)%nvid(kvid)   ! get back NetCDF var id
301      !
302      IF(     PRESENT(pv_r1d) ) THEN
303         CALL iom_nf90_check( NF90_GET_VAR(if90id, ivid, pv_r1d(:                ), start = kstart(1:knbdim),   &
304            &                                                                       count = kcount(1:knbdim)), clinfo )
305      ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN
306         CALL iom_nf90_check( NF90_GET_VAR(if90id, ivid, pv_r2d(kx1:kx2,ky1:ky2  ), start = kstart(1:knbdim),   &
307            &                                                                       count = kcount(1:knbdim)), clinfo )
308      ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN
309         CALL iom_nf90_check( NF90_GET_VAR(if90id, ivid, pv_r3d(kx1:kx2,ky1:ky2,:), start = kstart(1:knbdim),   &
310            &                                                                       count = kcount(1:knbdim)), clinfo )
311      ENDIF
312      !
313   END SUBROUTINE iom_nf90_g123d
314
315
316   SUBROUTINE iom_nf90_intatt( kiomid, cdatt, pvar )
317      !!-----------------------------------------------------------------------
318      !!                  ***  ROUTINE  iom_nf90_intatt  ***
319      !!
320      !! ** Purpose : read an integer attribute with NF90
321      !!-----------------------------------------------------------------------
322      INTEGER         , INTENT(in   ) ::   kiomid   ! Identifier of the file
323      CHARACTER(len=*), INTENT(in   ) ::   cdatt    ! attribute name
324      INTEGER         , INTENT(  out) ::   pvar     ! read field
325      !
326      INTEGER                         ::   if90id   ! temporary integer
327      LOGICAL                         ::   llok     ! temporary logical
328      CHARACTER(LEN=100)              ::   clinfo   ! info character
329      !---------------------------------------------------------------------
330      !
331      if90id = iom_file(kiomid)%nfid
332      llok = NF90_Inquire_attribute(if90id, NF90_GLOBAL, cdatt) == nf90_noerr
333      IF( llok) THEN
334         clinfo = 'iom_nf90_getatt, file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)//', att: '//TRIM(cdatt)
335         CALL iom_nf90_check(NF90_GET_ATT(if90id, NF90_GLOBAL, cdatt, values=pvar), clinfo)
336      ELSE
337         CALL ctl_warn('iom_nf90_getatt: no attribute '//cdatt//' found')
338         pvar = -999
339      ENDIF
340      !
341   END SUBROUTINE iom_nf90_intatt
342
343
344   SUBROUTINE iom_nf90_gettime( kiomid, kvid, ptime, cdunits, cdcalendar )
345      !!--------------------------------------------------------------------
346      !!                   ***  SUBROUTINE iom_gettime  ***
347      !!
348      !! ** Purpose : read the time axis kvid in the file with NF90
349      !!--------------------------------------------------------------------
350      INTEGER                   , INTENT(in   ) ::   kiomid     ! file Identifier
351      INTEGER                   , INTENT(in   ) ::   kvid       ! variable id
352      REAL(wp), DIMENSION(:)    , INTENT(  out) ::   ptime      ! the time axis
353      CHARACTER(len=*), OPTIONAL, INTENT(  out) ::   cdunits    ! units attribute
354      CHARACTER(len=*), OPTIONAL, INTENT(  out) ::   cdcalendar ! calendar attribute
355      !
356      CHARACTER(LEN=100) ::   clinfo     ! info character
357      !---------------------------------------------------------------------
358      clinfo = 'iom_nf90_gettime, file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//TRIM(iom_file(kiomid)%cn_var(kvid))
359      CALL iom_nf90_check(NF90_GET_VAR(iom_file(kiomid)%nfid, iom_file(kiomid)%nvid(kvid), ptime(:),   &
360            &                           start=(/ 1 /), count=(/ iom_file(kiomid)%dimsz(1, kvid) /)), clinfo)
361      IF ( PRESENT(cdunits) ) THEN
362         CALL iom_nf90_check(NF90_GET_ATT(iom_file(kiomid)%nfid, iom_file(kiomid)%nvid(kvid), "units", &
363            &                           values=cdunits), clinfo)
364      ENDIF
365      IF ( PRESENT(cdcalendar) ) THEN
366         CALL iom_nf90_check(NF90_GET_ATT(iom_file(kiomid)%nfid, iom_file(kiomid)%nvid(kvid), "calendar", &
367            &                           values=cdcalendar), clinfo)
368      ENDIF
369      !
370   END SUBROUTINE iom_nf90_gettime
371
372
373   SUBROUTINE iom_nf90_rp0123d( kt, kwrite, kiomid, cdvar , kvid  , ktype,   &
374         &                               pv_r0d, pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d )
375      !!--------------------------------------------------------------------
376      !!                   ***  SUBROUTINE  iom_nf90_rstput  ***
377      !!
378      !! ** Purpose : read the time axis cdvar in the file
379      !!--------------------------------------------------------------------
380      INTEGER                     , INTENT(in)           ::   kt       ! ocean time-step
381      INTEGER                     , INTENT(in)           ::   kwrite   ! writing time-step
382      INTEGER                     , INTENT(in)           ::   kiomid   ! Identifier of the file
383      CHARACTER(len=*)            , INTENT(in)           ::   cdvar    ! variable name
384      INTEGER                     , INTENT(in)           ::   kvid     ! variable id
385      INTEGER                     , INTENT(in), OPTIONAL ::   ktype    ! variable type (default R8)
386      REAL(wp)                    , INTENT(in), OPTIONAL ::   pv_r0d   ! written Od field
387      REAL(wp), DIMENSION(      :), INTENT(in), OPTIONAL ::   pv_r1d   ! written 1d field
388      REAL(wp), DIMENSION(:, :   ), INTENT(in), OPTIONAL ::   pv_r2d   ! written 2d field
389      REAL(wp), DIMENSION(:, :, :), INTENT(in), OPTIONAL ::   pv_r3d   ! written 3d field
390      !
391      INTEGER               :: idims                ! number of dimension
392      INTEGER               :: idvar                ! variable id
393      INTEGER               :: jd                   ! dimension loop counter   
394      INTEGER               :: ix1, ix2, iy1, iy2   ! subdomain indexes   
395      INTEGER, DIMENSION(4) :: idimsz               ! dimensions size 
396      INTEGER, DIMENSION(4) :: idimid               ! dimensions id
397      CHARACTER(LEN=256)    :: clinfo               ! info character
398      CHARACTER(LEN= 12), DIMENSION(4) :: cltmp     ! temporary character
399      INTEGER               :: if90id               ! nf90 file identifier
400      INTEGER               :: idmy                 ! dummy variable
401      INTEGER               :: itype                ! variable type
402      INTEGER, DIMENSION(4) :: ichunksz             ! NetCDF4 chunk sizes. Will be computed using
403                                                    ! nn_nchunks_[i,j,k,t] namelist parameters
404      INTEGER               :: ichunkalg, ishuffle,&
405                               ideflate, ideflate_level
406                                                    ! NetCDF4 internally fixed parameters
407      LOGICAL               :: lchunk               ! logical switch to activate chunking and compression
408                                                    ! when appropriate (currently chunking is applied to 4d fields only)
409      !---------------------------------------------------------------------
410      !
411      clinfo = '          iom_nf90_rp0123d, file: '//TRIM(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//TRIM(cdvar)
412      if90id = iom_file(kiomid)%nfid
413      !
414      ! define dimension variables if it is not already done
415      ! ==========================
416      IF( iom_file(kiomid)%nvars == 0 ) THEN
417         ! are we in define mode?
418         IF( iom_file(kiomid)%irec /= -1 ) THEN   ! trick: irec used to know if the file is in define mode or not
419            CALL iom_nf90_check(NF90_REDEF( if90id ), clinfo)   ;   iom_file(kiomid)%irec = -1
420         ENDIF
421         ! define the dimension variables if it is not already done
422         cltmp = (/ 'nav_lon     ', 'nav_lat     ', 'nav_lev     ', 'time_counter' /)
423         CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_VAR( if90id, TRIM(cltmp(1)), NF90_FLOAT , (/ 1, 2 /), iom_file(kiomid)%nvid(1) ), clinfo)
424         CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_VAR( if90id, TRIM(cltmp(2)), NF90_FLOAT , (/ 1, 2 /), iom_file(kiomid)%nvid(2) ), clinfo)
425         CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_VAR( if90id, TRIM(cltmp(3)), NF90_FLOAT , (/ 3    /), iom_file(kiomid)%nvid(3) ), clinfo)
426         CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_VAR( if90id, TRIM(cltmp(4)), NF90_DOUBLE, (/ 4    /), iom_file(kiomid)%nvid(4) ), clinfo)
427         ! update informations structure related the dimension variable we just added...
428         iom_file(kiomid)%nvars       = 4
429         iom_file(kiomid)%luld(1:4)   = (/ .FALSE., .FALSE., .FALSE., .TRUE. /)
430         iom_file(kiomid)%cn_var(1:4) = cltmp
431         iom_file(kiomid)%ndims(1:4)  = (/ 2, 2, 1, 1 /) 
432         ! trick: defined to 0 to say that dimension variables are defined but not yet written
433         iom_file(kiomid)%dimsz(1, 1)  = 0   
434         IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' define dimension variables done'
435      ENDIF
436      ! define the data if it is not already done
437      ! ===============
438      IF( kvid <= 0 ) THEN
439         !
440         ! NetCDF4 chunking and compression fixed settings
441         ichunkalg = 0
442         ishuffle = 1
443         ideflate = 1
444         ideflate_level = 1
445         !
446         idvar = iom_file(kiomid)%nvars + 1
447         ! are we in define mode?
448         IF( iom_file(kiomid)%irec /= -1 ) THEN   ! trick: irec used to know if the file is in define mode or not
449            CALL iom_nf90_check(NF90_REDEF( if90id ), clinfo)   ;   iom_file(kiomid)%irec = -1
450         ENDIF
451         ! variable definition
452         IF(     PRESENT(pv_r0d) ) THEN   ;   idims = 0
453         ELSEIF( PRESENT(pv_r1d) ) THEN   ;   idims = 2   ;   idimid(1:idims) = (/    3,4/)
454         ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN   ;   idims = 3   ;   idimid(1:idims) = (/1,2  ,4/)
455         ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN   ;   idims = 4   ;   idimid(1:idims) = (/1,2,3,4/)
456         ENDIF
457         IF( PRESENT(ktype) ) THEN   ! variable external type
458            SELECT CASE (ktype)
459            CASE (jp_r8)  ;   itype = NF90_DOUBLE
460            CASE (jp_r4)  ;   itype = NF90_FLOAT
461            CASE (jp_i4)  ;   itype = NF90_INT
462            CASE (jp_i2)  ;   itype = NF90_SHORT
463            CASE (jp_i1)  ;   itype = NF90_BYTE
464            CASE DEFAULT   ;   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' unknown variable type' )
465            END SELECT
466         ELSE
467            itype = NF90_DOUBLE
468         ENDIF
469         IF( PRESENT(pv_r0d) ) THEN
470            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_VAR( if90id, TRIM(cdvar), itype,                    &
471                 &                            iom_file(kiomid)%nvid(idvar) ), clinfo)
472         ELSE
473            CALL iom_nf90_check(NF90_DEF_VAR( if90id, TRIM(cdvar), itype, idimid(1:idims),   &
474                 &                            iom_file(kiomid)%nvid(idvar) ), clinfo)
475         ENDIF
476         lchunk = .false.
477         IF( snc4set%luse .AND. idims.eq.4 ) lchunk = .true.
478         ! update informations structure related the new variable we want to add...
479         iom_file(kiomid)%nvars         = idvar
480         iom_file(kiomid)%cn_var(idvar) = TRIM(cdvar)
481         iom_file(kiomid)%scf(idvar)    = 1.
482         iom_file(kiomid)%ofs(idvar)    = 0.
483         iom_file(kiomid)%ndims(idvar)  = idims
484         IF( .NOT. PRESENT(pv_r0d) ) THEN   ;   iom_file(kiomid)%luld(idvar) = .TRUE.
485         ELSE                               ;   iom_file(kiomid)%luld(idvar) = .FALSE.
486         ENDIF
487         DO jd = 1, idims
488            CALL iom_nf90_check(NF90_INQUIRE_DIMENSION( if90id, idimid(jd), len = iom_file(kiomid)%dimsz(jd,idvar) ), clinfo)
489            IF ( lchunk ) ichunksz(jd) = iom_file(kiomid)%dimsz(jd,idvar)
490         END DO
491         IF ( lchunk ) THEN
492            ! Calculate chunk sizes by partitioning each dimension as requested in namnc4 namelist
493            ! Disallow very small chunk sizes and prevent chunk sizes larger than each individual dimension
494            ichunksz(1) = MIN( ichunksz(1),MAX( (ichunksz(1)-1)/snc4set%ni + 1 ,16 ) ) ! Suggested default nc4set%ni=4
495            ichunksz(2) = MIN( ichunksz(2),MAX( (ichunksz(2)-1)/snc4set%nj + 1 ,16 ) ) ! Suggested default nc4set%nj=2
496            ichunksz(3) = MIN( ichunksz(3),MAX( (ichunksz(3)-1)/snc4set%nk + 1 , 1 ) ) ! Suggested default nc4set%nk=6
497            ichunksz(4) = 1                                                            ! Do not allow chunks to span the
498                                                                                       ! unlimited dimension
499            CALL iom_nf90_check(SET_NF90_DEF_VAR_CHUNKING(if90id, idvar, ichunkalg, ichunksz), clinfo)
500            CALL iom_nf90_check(SET_NF90_DEF_VAR_DEFLATE(if90id, idvar, ishuffle, ideflate, ideflate_level), clinfo)
501            IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' chunked ok. Chunks sizes: ', ichunksz
502         ENDIF
503         IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' defined ok'
504      ELSE
505         idvar = kvid
506      ENDIF
507
508      ! time step kwrite : write the variable
509      IF( kt == kwrite ) THEN
510         ! are we in write mode?
511         IF( iom_file(kiomid)%irec == -1 ) THEN   ! trick: irec used to know if the file is in define mode or not
512            CALL iom_nf90_check(NF90_ENDDEF( if90id ), clinfo)   ;   iom_file(kiomid)%irec = 0
513         ENDIF
514         ! on what kind of domain must the data be written?
515         IF( PRESENT(pv_r2d) .OR. PRESENT(pv_r3d) ) THEN
516            idimsz(1:2) = iom_file(kiomid)%dimsz(1:2,idvar)
517            IF(     idimsz(1) == (nlei - nldi + 1) .AND. idimsz(2) == (nlej - nldj + 1) ) THEN
518               ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei   ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej
519            ELSEIF( idimsz(1) == nlci              .AND. idimsz(2) == nlcj              ) THEN
520               ix1 = 1      ;   ix2 = nlci   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = nlcj
521            ELSEIF( idimsz(1) == jpi               .AND. idimsz(2) == jpj               ) THEN
522               ix1 = 1      ;   ix2 = jpi    ;   iy1 = 1      ;   iy2 = jpj
523            ELSE
524               CALL ctl_stop( 'iom_nf90_rp0123d: should have been an impossible case...' )
525            ENDIF
526
527            ! write dimension variables if it is not already done
528            ! =============
529            ! trick: is defined to 0 => dimension variable are defined but not yet written
530            IF( iom_file(kiomid)%dimsz(1, 1) == 0 ) THEN
531               CALL iom_nf90_check(NF90_INQ_VARID( if90id, 'nav_lon'     , idmy ), clinfo)
532               CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idmy, glamt(ix1:ix2, iy1:iy2) ), clinfo)
533               CALL iom_nf90_check(NF90_INQ_VARID( if90id, 'nav_lat'     , idmy ), clinfo)
534               CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idmy, gphit(ix1:ix2, iy1:iy2) ), clinfo)
535               CALL iom_nf90_check(NF90_INQ_VARID( if90id, 'nav_lev'     , idmy ), clinfo)
536               CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idmy, gdept_1d                ), clinfo)
537               ! +++ WRONG VALUE: to be improved but not really useful...
538               CALL iom_nf90_check(NF90_INQ_VARID( if90id, 'time_counter', idmy ), clinfo)
539               CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idmy, kt                      ), clinfo)   
540               ! update the values of the variables dimensions size
541               CALL iom_nf90_check(NF90_INQUIRE_DIMENSION( if90id, 1, len = iom_file(kiomid)%dimsz(1,1) ), clinfo)
542               CALL iom_nf90_check(NF90_INQUIRE_DIMENSION( if90id, 2, len = iom_file(kiomid)%dimsz(2,1) ), clinfo)
543               iom_file(kiomid)%dimsz(1:2, 2) = iom_file(kiomid)%dimsz(1:2, 1)
544               CALL iom_nf90_check(NF90_INQUIRE_DIMENSION( if90id, 3, len = iom_file(kiomid)%dimsz(1,3) ), clinfo)
545               iom_file(kiomid)%dimsz(1  , 4) = 1   ! unlimited dimension
546               IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' write dimension variables done'
547            ENDIF
548         ENDIF
549
550         ! write the data
551         ! =============
552         IF(     PRESENT(pv_r0d) ) THEN
553            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idvar, pv_r0d                      ), clinfo)
554         ELSEIF( PRESENT(pv_r1d) ) THEN
555            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idvar, pv_r1d(                  :) ), clinfo)
556         ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN
557            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idvar, pv_r2d(ix1:ix2, iy1:iy2   ) ), clinfo)
558         ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN
559            CALL iom_nf90_check(NF90_PUT_VAR( if90id, idvar, pv_r3d(ix1:ix2, iy1:iy2, :) ), clinfo)
560         ENDIF
561         ! add 1 to the size of the temporal dimension (not really useful...)
562         IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )   iom_file(kiomid)%dimsz(iom_file(kiomid)%ndims(idvar), idvar)    &
563               &                            = iom_file(kiomid)%dimsz(iom_file(kiomid)%ndims(idvar), idvar) + 1
564         IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' written ok'
565      ENDIF
566      !     
567   END SUBROUTINE iom_nf90_rp0123d
568
569
570   SUBROUTINE iom_nf90_check( kstatus, cdinfo )
571      !!--------------------------------------------------------------------
572      !!                   ***  SUBROUTINE iom_nf90_check  ***
573      !!
574      !! ** Purpose :   check nf90 errors
575      !!--------------------------------------------------------------------
576      INTEGER,          INTENT(in) :: kstatus
577      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) :: cdinfo
578      !---------------------------------------------------------------------
579      IF(kstatus /= nf90_noerr)   CALL ctl_stop( 'iom_nf90_check : '//TRIM(nf90_strerror(kstatus)), TRIM(cdinfo) )
580   END SUBROUTINE iom_nf90_check
581
582   !!======================================================================
583END MODULE iom_nf90
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.