New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
bio_medusa_diag_slice.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag_slice.F90 @ 8023

Last change on this file since 8023 was 8023, checked in by marc, 7 years ago

Tidying up of headers for several files
File size: 16.7 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_diag_slice_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_diag_slice_mod  ***
4   !! Diagnostic calculations at different levels
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_medusa
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!                                                   MEDUSA bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13
14   IMPLICIT NONE
15   PRIVATE
16     
17   PUBLIC   bio_medusa_diag_slice     ! Called in trcbio_medusa.F90
18
19   !!----------------------------------------------------------------------
20   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
21   !! $Id$
22   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
23   !!----------------------------------------------------------------------
24
25CONTAINS
26
27   SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice( jk )
28      !!---------------------------------------------------------------------
29      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_diag_slice  ***
30      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
31      !!  - ...
32      !!----------------------------------------------------------------------
33      USE bio_medusa_mod
34      USE dom_oce,           ONLY: tmask
35      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
36# if defined key_iomput
37      USE iom,               ONLY: iom_put
38# endif
39      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
40      USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl
41      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj
42      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis, qsr, wndm
43      USE sms_medusa,        ONLY: i0100, i0150, i0200, i0500, i1000,      &
44                                   f2_ccd_arg, f2_ccd_cal,                 &
45                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3, f3_pH,       &
46                                   jdms, ocal_ccd, xpar, xze,              &
47                                   zb_co2_flx, zb_dms_srf,                 &
48                                   zn_co2_flx, zn_dms_srf
49      USE trc,               ONLY: med_diag
50      USE wrk_nemo,          ONLY: wrk_dealloc
51
52      !! The vertical level
53      INTEGER, INTENT( in ) ::    jk
54      !!----------------------------------------------------------------------
55
56      !!-----------------------------------------
57      !!
58      !! 2d specific k level diags
59      !!
60      !!-----------------------------------------
61      IF (jk.eq.1) THEN
62#   if defined key_debug_medusa
63         IF (lwp) write (numout,*) 'trc_bio_medusa: diag jk = 1'
64         CALL flush(numout)
65#   endif
66         IF( med_diag%MED_QSR%dgsave ) THEN
67            CALL iom_put( "MED_QSR"  , qsr ) !
68         ENDIF
69         IF( med_diag%MED_XPAR%dgsave ) THEN
70            CALL iom_put( "MED_XPAR"  , xpar(:,:,jk) ) !
71         ENDIF       
72         IF( med_diag%OCAL_CCD%dgsave ) THEN
73            CALL iom_put( "OCAL_CCD"  , ocal_ccd ) !
74         ENDIF
75         IF( med_diag%FE_0000%dgsave ) THEN
76            CALL iom_put( "FE_0000"  , xFree ) !
77         ENDIF                     
78         IF( med_diag%MED_XZE%dgsave ) THEN
79            CALL iom_put( "MED_XZE"  , xze ) !
80         ENDIF 
81# if defined key_roam                     
82         IF( med_diag%WIND%dgsave ) THEN
83            CALL iom_put( "WIND"  , wndm )
84         ENDIF
85         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
86            CALL iom_put( "ATM_PCO2"  , f_pco2a2d )
87            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,    f_pco2a2d  )
88         ENDIF
89         IF( med_diag%OCN_PH%dgsave ) THEN
90            zw2d(:,:) = f3_pH(:,:,jk)
91            CALL iom_put( "OCN_PH"  , zw2d )
92         ENDIF
93         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
94            CALL iom_put( "OCN_PCO2"  , f_pco2w2d )
95            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_pco2w2d   )
96         ENDIF
97         IF( med_diag%OCNH2CO3%dgsave ) THEN
98            zw2d(:,:) = f3_h2co3(:,:,jk)
99            CALL iom_put( "OCNH2CO3"  , zw2d )
100         ENDIF
101         IF( med_diag%OCN_HCO3%dgsave ) THEN
102            zw2d(:,:) = f3_hco3(:,:,jk)
103            CALL iom_put( "OCN_HCO3"  , zw2d )
104         ENDIF
105         IF( med_diag%OCN_CO3%dgsave ) THEN
106            zw2d(:,:) = f3_co3(:,:,jk)
107            CALL iom_put( "OCN_CO3"  , zw2d )
108         ENDIF
109         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
110            CALL iom_put( "CO2FLUX"  , f_co2flux2d )
111            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_co2flux2d   )
112         ENDIF
113         !!
114         !! AXY (10/11/16): repeat CO2 flux diagnostic in UKMO/CMIP6 units;
115         !!                 this both outputs the CO2 flux in specified units
116         !!                 and sends the resulting field to the coupler
117         !! JPALM (17/11/16): put CO2 flux (fgco2) alloc/unalloc/pass to zn
118         !!                   out of diag list request
119         CALL lbc_lnk( fgco2(:,:),'T',1. )
120         IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
121            CALL iom_put( "FGCO2"  , fgco2 )
122         ENDIF
123         !! JPALM (17/11/16): should mv this fgco2 part
124         !!                   out of lk_iomput loop
125         zb_co2_flx = zn_co2_flx
126         zn_co2_flx = fgco2
127         IF (lk_oasis) THEN
128            CO2Flux_out_cpl = zn_co2_flx
129         ENDIF
130         CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   fgco2   )
131         !! ---
132         IF( med_diag%OM_CAL%dgsave ) THEN
133            CALL iom_put( "OM_CAL"  , f_omcal )
134         ENDIF
135         IF( med_diag%OM_ARG%dgsave ) THEN
136            CALL iom_put( "OM_ARG"  , f_omarg )
137         ENDIF
138         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
139            CALL iom_put( "TCO2"  , f_TDIC2d )
140            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_TDIC2d   )
141         ENDIF
142         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
143            CALL iom_put( "TALK"  , f_TALK2d )
144            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,    f_TALK2d  )
145         ENDIF
146         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
147            CALL iom_put( "KW660"  , f_kw6602d )
148            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_kw6602d   )
149         ENDIF
150         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
151            CALL iom_put( "ATM_PP0"  , f_pp02d )
152            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,    f_pp02d  )
153         ENDIF
154         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
155            CALL iom_put( "O2FLUX"  , f_o2flux2d )
156            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_o2flux2d   )
157         ENDIF
158         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
159            CALL iom_put( "O2SAT"  , f_o2sat2d )
160            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,  f_o2sat2d    )
161         ENDIF
162         IF( med_diag%CAL_CCD%dgsave ) THEN
163            CALL iom_put( "CAL_CCD"  , f2_ccd_cal )
164         ENDIF
165         IF( med_diag%ARG_CCD%dgsave ) THEN
166            CALL iom_put( "ARG_CCD"  , f2_ccd_arg )
167         ENDIF
168         IF (jdms .eq. 1) THEN
169            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
170               CALL lbc_lnk(dms_surf2d(:,:),'T',1. )
171               CALL iom_put( "DMS_SURF"  , dms_surf2d )
172               zb_dms_srf = zn_dms_srf
173               zn_dms_srf = dms_surf2d
174               IF (lk_oasis) THEN
175                  DMS_out_cpl = zn_dms_srf
176               ENDIF
177               CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   dms_surf2d   ) 
178            ENDIF
179            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
180               CALL iom_put( "DMS_ANDR"  , dms_andr2d )
181               CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   dms_andr2d   )
182            ENDIF
183            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
184               CALL iom_put( "DMS_SIMO"  , dms_simo2d )
185               CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,    dms_simo2d  )
186            ENDIF
187            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
188               CALL iom_put( "DMS_ARAN"  , dms_aran2d )
189               CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   dms_aran2d   )
190            ENDIF
191            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
192               CALL iom_put( "DMS_HALL"  , dms_hall2d )
193               CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   dms_hall2d   )
194            ENDIF
195         ENDIF
196         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics
197         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
198            CALL iom_put( "ATM_XCO2"  ,   f_xco2a_2d      )
199            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_xco2a_2d      )
200         ENDIF
201         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
202            CALL iom_put( "OCN_FCO2"  ,   f_fco2w_2d      )
203            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_fco2w_2d      )
204         ENDIF
205         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
206            CALL iom_put( "ATM_FCO2"  ,   f_fco2a_2d      )
207            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_fco2a_2d      )
208         ENDIF
209         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
210            CALL iom_put( "OCN_RHOSW"  ,  f_ocnrhosw_2d   )
211            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_ocnrhosw_2d   )
212         ENDIF
213         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
214            CALL iom_put( "OCN_SCHCO2"  , f_ocnschco2_2d  )
215            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_ocnschco2_2d  )
216         ENDIF
217         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
218            CALL iom_put( "OCN_KWCO2"  ,  f_ocnkwco2_2d   )
219            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_ocnkwco2_2d   )
220         ENDIF
221         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
222            CALL iom_put( "OCN_K0"  ,     f_ocnk0_2d      )
223            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_ocnk0_2d      )
224         ENDIF
225         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
226            CALL iom_put( "CO2STARAIR"  , f_co2starair_2d )
227            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_co2starair_2d )
228         ENDIF
229         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
230            CALL iom_put( "OCN_DPCO2"  ,  f_ocndpco2_2d   )
231            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,   f_ocndpco2_2d   )
232         ENDIF
233# endif                     
234      ELSE IF (jk.eq.i0100) THEN 
235#   if defined key_debug_medusa
236         IF (lwp) write (numout,*) 'trc_bio_medusa: diag jk = 100'
237         CALL flush(numout)
238#   endif
239         IF( med_diag%SDT__100%dgsave ) THEN
240            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
241            CALL iom_put( "SDT__100"  , zw2d )
242         ENDIF
243         IF( med_diag%REG__100%dgsave ) THEN
244            CALL iom_put( "REG__100"  , fregen2d )
245         ENDIF
246         IF( med_diag%FDT__100%dgsave ) THEN
247            CALL iom_put( "FDT__100"  , ffastn )
248         ENDIF           
249         IF( med_diag%RG__100F%dgsave ) THEN
250            CALL iom_put( "RG__100F"  , fregenfast )
251         ENDIF
252         IF( med_diag%FDS__100%dgsave ) THEN
253            CALL iom_put( "FDS__100"  , ffastsi )
254         ENDIF         
255         IF( med_diag%RGS_100F%dgsave ) THEN
256            CALL iom_put( "RGS_100F"  , fregenfastsi )
257         ENDIF
258         IF( med_diag%FE_0100%dgsave ) THEN
259            CALL iom_put( "FE_0100"  , xFree )
260         ENDIF
261# if defined key_roam                     
262         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
263            CALL iom_put( "RR_0100"  , ffastca2d )
264         ENDIF                     
265         IF( med_diag%SDC__100%dgsave ) THEN
266            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
267            CALL iom_put( "SDC__100"  , zw2d )
268         ENDIF                 
269         IF( med_diag%epC100%dgsave    ) THEN
270            zw2d(:,:) = (fslowcflux + ffastc) * tmask(:,:,jk)
271            CALL iom_put( "epC100"    , zw2d )
272         ENDIF         
273         IF( med_diag%epCALC100%dgsave ) THEN
274            CALL iom_put( "epCALC100" , ffastca )
275         ENDIF         
276         IF( med_diag%epN100%dgsave    ) THEN
277            zw2d(:,:) = (fslownflux + ffastn) * tmask(:,:,jk)
278            CALL iom_put( "epN100"    , zw2d )
279         ENDIF         
280         IF( med_diag%epSI100%dgsave   ) THEN
281            CALL iom_put( "epSI100"   , ffastsi )
282         ENDIF         
283      ELSE IF (jk.eq.i0150) THEN
284#   if defined key_debug_medusa
285         IF (lwp) write (numout,*) 'trc_bio_medusa: diag jk = 150'
286         CALL flush(numout)
287#   endif
288# endif                     
289      ELSE IF (jk.eq.i0200) THEN
290#   if defined key_debug_medusa
291         IF (lwp) write (numout,*) 'trc_bio_medusa: diag jk = 200'
292         CALL flush(numout)
293#   endif
294         IF( med_diag%SDT__200%dgsave ) THEN
295            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
296            CALL iom_put( "SDT__200"  , zw2d )
297         ENDIF
298         IF( med_diag%REG__200%dgsave ) THEN
299            CALL iom_put( "REG__200"  , fregen2d )
300         ENDIF
301         IF( med_diag%FDT__200%dgsave ) THEN
302            CALL iom_put( "FDT__200"  , ffastn )
303         ENDIF
304         IF( med_diag%RG__200F%dgsave ) THEN
305            CALL iom_put( "RG__200F"  , fregenfast )
306         ENDIF
307         IF( med_diag%FDS__200%dgsave ) THEN
308            CALL iom_put( "FDS__200"  , ffastsi )
309         ENDIF
310         IF( med_diag%RGS_200F%dgsave ) THEN
311            CALL iom_put( "RGS_200F"  , fregenfastsi )
312         ENDIF
313         IF( med_diag%FE_0200%dgsave ) THEN
314            CALL iom_put( "FE_0200"   , xFree )
315         ENDIF
316# if defined key_roam                     
317         IF( med_diag%SDC__200%dgsave ) THEN
318            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
319            CALL iom_put( "SDC__200"  , zw2d )
320         ENDIF
321# endif                     
322      ELSE IF (jk.eq.i0500) THEN
323#   if defined key_debug_medusa
324         IF (lwp) write (numout,*) 'trc_bio_medusa: diag jk = 500'
325         CALL flush(numout)
326#   endif
327         IF( med_diag%SDT__500%dgsave ) THEN
328            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
329            CALL iom_put( "SDT__500"  , zw2d )
330         ENDIF
331         IF( med_diag%REG__500%dgsave ) THEN
332            CALL iom_put( "REG__500"  , fregen2d )
333         ENDIF     
334         IF( med_diag%FDT__500%dgsave ) THEN
335            CALL iom_put( "FDT__500"  , ffastn )
336         ENDIF
337         IF( med_diag%RG__500F%dgsave ) THEN
338            CALL iom_put( "RG__500F"  , fregenfast )
339         ENDIF
340         IF( med_diag%FDS__500%dgsave ) THEN
341            CALL iom_put( "FDS__500"  , ffastsi )
342         ENDIF
343         IF( med_diag%RGS_500F%dgsave ) THEN
344            CALL iom_put( "RGS_500F"  , fregenfastsi )
345         ENDIF
346         IF( med_diag%FE_0500%dgsave ) THEN
347            CALL iom_put( "FE_0500"  , xFree )
348         ENDIF
349# if defined key_roam                     
350         IF( med_diag%RR_0500%dgsave ) THEN
351            CALL iom_put( "RR_0500"  , ffastca2d )
352         ENDIF
353         IF( med_diag%SDC__500%dgsave ) THEN
354            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
355            CALL iom_put( "SDC__500"  , zw2d )
356         ENDIF 
357# endif                     
358      ELSE IF (jk.eq.i1000) THEN
359#   if defined key_debug_medusa
360         IF (lwp) write (numout,*) 'trc_bio_medusa: diag jk = 1000'
361         CALL flush(numout)
362#   endif
363         IF( med_diag%SDT_1000%dgsave ) THEN
364            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
365            CALL iom_put( "SDT_1000"  , zw2d )
366         ENDIF
367         IF( med_diag%REG_1000%dgsave ) THEN
368            CALL iom_put( "REG_1000"  , fregen2d )
369         ENDIF 
370         IF( med_diag%FDT_1000%dgsave ) THEN
371            CALL iom_put( "FDT_1000"  , ffastn )
372         ENDIF
373         IF( med_diag%RG_1000F%dgsave ) THEN
374            CALL iom_put( "RG_1000F"  , fregenfast )
375         ENDIF
376         IF( med_diag%FDS_1000%dgsave ) THEN
377            CALL iom_put( "FDS_1000"  , ffastsi )
378         ENDIF
379         IF( med_diag%RGS1000F%dgsave ) THEN
380            CALL iom_put( "RGS1000F"  , fregenfastsi )
381         ENDIF
382         IF( med_diag%FE_1000%dgsave ) THEN
383            CALL iom_put( "FE_1000"  , xFree )
384         ENDIF
385# if defined key_roam                     
386         IF( med_diag%RR_1000%dgsave ) THEN
387            CALL iom_put( "RR_1000"  , ffastca2d )
388            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,  ffastca2d    )
389         ENDIF
390         IF( med_diag%SDC_1000%dgsave ) THEN
391            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
392            CALL iom_put( "SDC_1000"  , zw2d )
393         ENDIF 
394# endif                     
395      ENDIF
396      !! to do on every k loop :
397      IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
398         !! detrital flux
399         detflux3d(:,:,jk) = (fslownflux(:,:) + ffastn(:,:)) * tmask(:,:,jk)
400         !CALL iom_put( "DETFLUX3"  , ftot_n )
401      ENDIF
402# if defined key_roam                     
403      IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
404         expc3(:,:,jk) = (fslowcflux(:,:) + ffastc(:,:)) * tmask(:,:,jk)
405      ENDIF         
406      IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
407         expn3(:,:,jk) = (fslownflux(:,:) + ffastn(:,:)) * tmask(:,:,jk)
408      ENDIF         
409# endif         
410
411   END SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice
412
413#else
414   !!======================================================================
415   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
416   !!======================================================================
417CONTAINS
418   SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice( )                  ! Empty routine
419      WRITE(*,*) 'bio_medusa_diag_slice: You should not have seen this print! error?'
420   END SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice
421#endif 
422
423   !!======================================================================
424END MODULE bio_medusa_diag_slice_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.