source: branches/UKMO/r6232_tracer_advection/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diawri.F90 @ 9295

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1MODULE diawri
2   !!======================================================================
3   !!                     ***  MODULE  diawri  ***
4   !! Ocean diagnostics :  write ocean output files
5   !!=====================================================================
6   !! History :  OPA  ! 1991-03  (M.-A. Foujols)  Original code
7   !!            4.0  ! 1991-11  (G. Madec)
8   !!                 ! 1992-06  (M. Imbard)  correction restart file
9   !!                 ! 1992-07  (M. Imbard)  split into diawri and rstwri
10   !!                 ! 1993-03  (M. Imbard)  suppress writibm
11   !!                 ! 1998-01  (C. Levy)  NETCDF format using ioipsl INTERFACE
12   !!                 ! 1999-02  (E. Guilyardi)  name of netCDF files + variables
13   !!            8.2  ! 2000-06  (M. Imbard)  Original code (diabort.F)
14   !!   NEMO     1.0  ! 2002-06  (A.Bozec, E. Durand)  Original code (diainit.F)
15   !!             -   ! 2002-09  (G. Madec)  F90: Free form and module
16   !!             -   ! 2002-12  (G. Madec)  merge of diabort and diainit, F90
17   !!                 ! 2005-11  (V. Garnier) Surface pressure gradient organization
18   !!            3.2  ! 2008-11  (B. Lemaire) creation from old diawri
19   !!----------------------------------------------------------------------
20
21   !!----------------------------------------------------------------------
22   !!   dia_wri       : create the standart output files
23   !!   dia_wri_state : create an output NetCDF file for a single instantaeous ocean state and forcing fields
24   !!----------------------------------------------------------------------
25   USE oce             ! ocean dynamics and tracers
26   USE dom_oce         ! ocean space and time domain
27   USE dynadv, ONLY: ln_dynadv_vec
28   USE zdf_oce         ! ocean vertical physics
29   USE ldftra_oce      ! ocean active tracers: lateral physics
30   USE ldfdyn_oce      ! ocean dynamics: lateral physics
31   USE traldf_iso_grif, ONLY : psix_eiv, psiy_eiv
32   USE sol_oce         ! solver variables
33   USE sbc_oce         ! Surface boundary condition: ocean fields
34   USE sbc_ice         ! Surface boundary condition: ice fields
35   USE icb_oce         ! Icebergs
36   USE icbdia          ! Iceberg budgets
37   USE sbcssr          ! restoring term toward SST/SSS climatology
38   USE phycst          ! physical constants
39   USE zdfmxl          ! mixed layer
40   USE dianam          ! build name of file (routine)
41   USE zdfddm          ! vertical  physics: double diffusion
42   USE diahth          ! thermocline diagnostics
43   USE lbclnk          ! ocean lateral boundary conditions (or mpp link)
44   USE in_out_manager  ! I/O manager
45   USE diadimg         ! dimg direct access file format output
46   USE iom
47   USE ioipsl
48   USE dynspg_oce, ONLY: un_adv, vn_adv ! barotropic velocities     
49
50#if defined key_lim2
51   USE limwri_2 
52#elif defined key_lim3
53   USE limwri 
54#endif
55   USE lib_mpp         ! MPP library
56   USE timing          ! preformance summary
57   USE wrk_nemo        ! working array
58
59   IMPLICIT NONE
60   PRIVATE
61
62   PUBLIC   dia_wri                 ! routines called by step.F90
63   PUBLIC   dia_wri_state
64   PUBLIC   dia_wri_alloc           ! Called by nemogcm module
65
66   INTEGER ::   nid_T, nz_T, nh_T, ndim_T, ndim_hT   ! grid_T file
67   INTEGER ::          nb_T              , ndim_bT   ! grid_T file
68   INTEGER ::   nid_U, nz_U, nh_U, ndim_U, ndim_hU   ! grid_U file
69   INTEGER ::   nid_V, nz_V, nh_V, ndim_V, ndim_hV   ! grid_V file
70   INTEGER ::   nid_W, nz_W, nh_W                    ! grid_W file
71   INTEGER ::   ndex(1)                              ! ???
72   INTEGER, SAVE, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ndex_hT, ndex_hU, ndex_hV
73   INTEGER, SAVE, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ndex_T, ndex_U, ndex_V
74   INTEGER, SAVE, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ndex_bT
75
76   !! * Substitutions
77#  include "zdfddm_substitute.h90"
78#  include "domzgr_substitute.h90"
79#  include "vectopt_loop_substitute.h90"
80   !!----------------------------------------------------------------------
81   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010)
82   !! $Id$
83   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
84   !!----------------------------------------------------------------------
85CONTAINS
86
87   INTEGER FUNCTION dia_wri_alloc()
88      !!----------------------------------------------------------------------
89      INTEGER, DIMENSION(2) :: ierr
90      !!----------------------------------------------------------------------
91      ierr = 0
92      ALLOCATE( ndex_hT(jpi*jpj) , ndex_T(jpi*jpj*jpk) ,     &
93         &      ndex_hU(jpi*jpj) , ndex_U(jpi*jpj*jpk) ,     &
94         &      ndex_hV(jpi*jpj) , ndex_V(jpi*jpj*jpk) , STAT=ierr(1) )
95         !
96      dia_wri_alloc = MAXVAL(ierr)
97      IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( dia_wri_alloc )
98      !
99  END FUNCTION dia_wri_alloc
100
101#if defined key_dimgout
102   !!----------------------------------------------------------------------
103   !!   'key_dimgout'                                      DIMG output file
104   !!----------------------------------------------------------------------
105#   include "diawri_dimg.h90"
106
107#else
108   !!----------------------------------------------------------------------
109   !!   Default option                                   NetCDF output file
110   !!----------------------------------------------------------------------
111# if defined key_iomput
112   !!----------------------------------------------------------------------
113   !!   'key_iomput'                                        use IOM library
114   !!----------------------------------------------------------------------
115
116   SUBROUTINE dia_wri( kt )
117      !!---------------------------------------------------------------------
118      !!                  ***  ROUTINE dia_wri  ***
119      !!                   
120      !! ** Purpose :   Standard output of opa: dynamics and tracer fields
121      !!      NETCDF format is used by default
122      !!
123      !! ** Method  :  use iom_put
124      !!----------------------------------------------------------------------
125      !!
126      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index
127      !!
128      INTEGER                      ::   ji, jj, jk              ! dummy loop indices
129      INTEGER                      ::   jkbot                   !
130      REAL(wp)                     ::   zztmp, zztmpx, zztmpy   !
131      !!
132      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   :: z2d      ! 2D workspace
133      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: z3d      ! 3D workspace
134      !!----------------------------------------------------------------------
135      !
136      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_start('dia_wri')
137      !
138      CALL wrk_alloc( jpi , jpj      , z2d )
139      CALL wrk_alloc( jpi , jpj, jpk , z3d )
140      !
141      ! Output the initial state and forcings
142      IF( ninist == 1 ) THEN                       
143         CALL dia_wri_state( 'output.init', kt )
144         ninist = 0
145      ENDIF
146
147      IF( .NOT.lk_vvl ) THEN
148         CALL iom_put( "e3t" , fse3t_n(:,:,:) )
149         CALL iom_put( "e3u" , fse3u_n(:,:,:) )
150         CALL iom_put( "e3v" , fse3v_n(:,:,:) )
151         CALL iom_put( "e3w" , fse3w_n(:,:,:) )
152      ENDIF
153
154      CALL iom_put( "ssh" , sshn )                 ! sea surface height
155      if( iom_use('ssh2') )   CALL iom_put( "ssh2", sshn(:,:) * sshn(:,:) )   ! square of sea surface height
156     
157      CALL iom_put( "toce", tsn(:,:,:,jp_tem) )    ! 3D temperature
158      CALL iom_put(  "sst", tsn(:,:,1,jp_tem) )    ! surface temperature
159      IF ( iom_use("sbt") ) THEN
160         DO jj = 1, jpj
161            DO ji = 1, jpi
162               jkbot = mbkt(ji,jj)
163               z2d(ji,jj) = tsn(ji,jj,jkbot,jp_tem)
164            END DO
165         END DO
166         CALL iom_put( "sbt", z2d )                ! bottom temperature
167      ENDIF
168     
169      CALL iom_put( "soce", tsn(:,:,:,jp_sal) )    ! 3D salinity
170      CALL iom_put(  "sss", tsn(:,:,1,jp_sal) )    ! surface salinity
171      IF ( iom_use("sbs") ) THEN
172         DO jj = 1, jpj
173            DO ji = 1, jpi
174               jkbot = mbkt(ji,jj)
175               z2d(ji,jj) = tsn(ji,jj,jkbot,jp_sal)
176            END DO
177         END DO
178         CALL iom_put( "sbs", z2d )                ! bottom salinity
179      ENDIF
180
181      IF ( iom_use("taubot") ) THEN                ! bottom stress
182         z2d(:,:) = 0._wp
183         DO jj = 2, jpjm1
184            DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
185               zztmpx = (  bfrua(ji  ,jj) * un(ji  ,jj,mbku(ji  ,jj))  &
186                      &  + bfrua(ji-1,jj) * un(ji-1,jj,mbku(ji-1,jj))  )     
187               zztmpy = (  bfrva(ji,  jj) * vn(ji,jj  ,mbkv(ji,jj  ))  &
188                      &  + bfrva(ji,jj-1) * vn(ji,jj-1,mbkv(ji,jj-1))  ) 
189               z2d(ji,jj) = rau0 * SQRT( zztmpx * zztmpx + zztmpy * zztmpy ) * tmask(ji,jj,1) 
190               !
191            ENDDO
192         ENDDO
193         CALL lbc_lnk( z2d, 'T', 1. )
194         CALL iom_put( "taubot", z2d )           
195      ENDIF
196         
197      CALL iom_put( "uoce", un(:,:,:)         )    ! 3D i-current
198      CALL iom_put(  "ssu", un(:,:,1)         )    ! surface i-current
199      IF ( iom_use("sbu") ) THEN
200         DO jj = 1, jpj
201            DO ji = 1, jpi
202               jkbot = mbku(ji,jj)
203               z2d(ji,jj) = un(ji,jj,jkbot)
204            END DO
205         END DO
206         CALL iom_put( "sbu", z2d )                ! bottom i-current
207      ENDIF
208#if defined key_dynspg_ts
209      CALL iom_put(  "ubar", un_adv(:,:)      )    ! barotropic i-current
210#else
211      CALL iom_put(  "ubar", un_b(:,:)        )    ! barotropic i-current
212#endif
213     
214      CALL iom_put( "voce", vn(:,:,:)         )    ! 3D j-current
215      CALL iom_put(  "ssv", vn(:,:,1)         )    ! surface j-current
216      IF ( iom_use("sbv") ) THEN
217         DO jj = 1, jpj
218            DO ji = 1, jpi
219               jkbot = mbkv(ji,jj)
220               z2d(ji,jj) = vn(ji,jj,jkbot)
221            END DO
222         END DO
223         CALL iom_put( "sbv", z2d )                ! bottom j-current
224      ENDIF
225#if defined key_dynspg_ts
226      CALL iom_put(  "vbar", vn_adv(:,:)      )    ! barotropic j-current
227#else
228      CALL iom_put(  "vbar", vn_b(:,:)        )    ! barotropic j-current
229#endif
230
231      CALL iom_put( "woce", wn )                   ! vertical velocity
232      IF( iom_use('w_masstr') .OR. iom_use('w_masstr2') ) THEN   ! vertical mass transport & its square value
233         ! Caution: in the VVL case, it only correponds to the baroclinic mass transport.
234         z2d(:,:) = rau0 * e12t(:,:)
235         DO jk = 1, jpk
236            z3d(:,:,jk) = wn(:,:,jk) * z2d(:,:)
237         END DO
238         CALL iom_put( "w_masstr" , z3d ) 
239         IF( iom_use('w_masstr2') )   CALL iom_put( "w_masstr2", z3d(:,:,:) * z3d(:,:,:) )
240      ENDIF
241
242      CALL iom_put( "avt" , avt                        )    ! T vert. eddy diff. coef.
243      CALL iom_put( "avm" , avmu                       )    ! T vert. eddy visc. coef.
244      CALL iom_put( "avs" , fsavs(:,:,:)               )    ! S vert. eddy diff. coef. (useful only with key_zdfddm)
245
246      IF ( iom_use("sstgrad") .OR. iom_use("sstgrad2") ) THEN
247         DO jj = 2, jpjm1                                    ! sst gradient
248            DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
249               zztmp      = tsn(ji,jj,1,jp_tem)
250               zztmpx     = ( tsn(ji+1,jj  ,1,jp_tem) - zztmp ) / e1u(ji,jj) + ( zztmp - tsn(ji-1,jj  ,1,jp_tem) ) / e1u(ji-1,jj  )
251               zztmpy     = ( tsn(ji  ,jj+1,1,jp_tem) - zztmp ) / e2v(ji,jj) + ( zztmp - tsn(ji  ,jj-1,1,jp_tem) ) / e2v(ji  ,jj-1)
252               z2d(ji,jj) = 0.25 * ( zztmpx * zztmpx + zztmpy * zztmpy )   &
253                  &              * umask(ji,jj,1) * umask(ji-1,jj,1) * vmask(ji,jj,1) * umask(ji,jj-1,1)
254            END DO
255         END DO
256         CALL lbc_lnk( z2d, 'T', 1. )
257         CALL iom_put( "sstgrad2",  z2d               )    ! square of module of sst gradient
258         z2d(:,:) = SQRT( z2d(:,:) )
259         CALL iom_put( "sstgrad" ,  z2d               )    ! module of sst gradient
260      ENDIF
261         
262      ! clem: heat and salt content
263      IF( iom_use("heatc") ) THEN
264         z2d(:,:)  = 0._wp 
265         DO jk = 1, jpkm1
266            DO jj = 1, jpj
267               DO ji = 1, jpi
268                  z2d(ji,jj) = z2d(ji,jj) + fse3t(ji,jj,jk) * tsn(ji,jj,jk,jp_tem) * tmask(ji,jj,jk)
269               END DO
270            END DO
271         END DO
272         CALL iom_put( "heatc", (rau0 * rcp) * z2d )    ! vertically integrated heat content (J/m2)
273      ENDIF
274
275      IF( iom_use("saltc") ) THEN
276         z2d(:,:)  = 0._wp 
277         DO jk = 1, jpkm1
278            DO jj = 1, jpj
279               DO ji = 1, jpi
280                  z2d(ji,jj) = z2d(ji,jj) + fse3t(ji,jj,jk) * tsn(ji,jj,jk,jp_sal) * tmask(ji,jj,jk)
281               END DO
282            END DO
283         END DO
284         CALL iom_put( "saltc", rau0 * z2d )   ! vertically integrated salt content (PSU*kg/m2)
285      ENDIF
286      !
287      IF ( iom_use("eken") ) THEN
288         rke(:,:,jk) = 0._wp                               !      kinetic energy
289         DO jk = 1, jpkm1
290            DO jj = 2, jpjm1
291               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
292                  zztmp   = 1._wp / ( e1e2t(ji,jj) * fse3t(ji,jj,jk) )
293                  zztmpx  = 0.5 * (  un(ji-1,jj,jk) * un(ji-1,jj,jk) * e2u(ji-1,jj) * fse3u(ji-1,jj,jk)    &
294                     &             + un(ji  ,jj,jk) * un(ji  ,jj,jk) * e2u(ji  ,jj) * fse3u(ji  ,jj,jk) )  &
295                     &          *  zztmp 
296                  !
297                  zztmpy  = 0.5 * (  vn(ji,jj-1,jk) * vn(ji,jj-1,jk) * e1v(ji,jj-1) * fse3v(ji,jj-1,jk)    &
298                     &             + vn(ji,jj  ,jk) * vn(ji,jj  ,jk) * e1v(ji,jj  ) * fse3v(ji,jj  ,jk) )  &
299                     &          *  zztmp 
300                  !
301                  rke(ji,jj,jk) = 0.5_wp * ( zztmpx + zztmpy )
302                  !
303               ENDDO
304            ENDDO
305         ENDDO
306         CALL lbc_lnk( rke, 'T', 1. )
307         CALL iom_put( "eken", rke )           
308      ENDIF
309         
310      IF( iom_use("u_masstr") .OR. iom_use("u_heattr") .OR. iom_use("u_salttr") ) THEN
311         z3d(:,:,jpk) = 0.e0
312         DO jk = 1, jpkm1
313            z3d(:,:,jk) = rau0 * un(:,:,jk) * e2u(:,:) * fse3u(:,:,jk) * umask(:,:,jk)
314         END DO
315         CALL iom_put( "u_masstr", z3d )                  ! mass transport in i-direction
316      ENDIF
317     
318      IF( iom_use("u_heattr") ) THEN
319         z2d(:,:) = 0.e0 
320         DO jk = 1, jpkm1
321            DO jj = 2, jpjm1
322               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
323                  z2d(ji,jj) = z2d(ji,jj) + z3d(ji,jj,jk) * ( tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + tsn(ji+1,jj,jk,jp_tem) )
324               END DO
325            END DO
326         END DO
327         CALL lbc_lnk( z2d, 'U', -1. )
328         CALL iom_put( "u_heattr", (0.5 * rcp) * z2d )    ! heat transport in i-direction
329      ENDIF
330
331      IF( iom_use("u_salttr") ) THEN
332         z2d(:,:) = 0.e0 
333         DO jk = 1, jpkm1
334            DO jj = 2, jpjm1
335               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
336                  z2d(ji,jj) = z2d(ji,jj) + z3d(ji,jj,jk) * ( tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + tsn(ji+1,jj,jk,jp_sal) )
337               END DO
338            END DO
339         END DO
340         CALL lbc_lnk( z2d, 'U', -1. )
341         CALL iom_put( "u_salttr", 0.5 * z2d )            ! heat transport in i-direction
342      ENDIF
343
344     
345      IF( iom_use("v_masstr") .OR. iom_use("v_heattr") .OR. iom_use("v_salttr") ) THEN
346         z3d(:,:,jpk) = 0.e0
347         DO jk = 1, jpkm1
348            z3d(:,:,jk) = rau0 * vn(:,:,jk) * e1v(:,:) * fse3v(:,:,jk) * vmask(:,:,jk)
349         END DO
350         CALL iom_put( "v_masstr", z3d )                  ! mass transport in j-direction
351      ENDIF
352     
353      IF( iom_use("v_heattr") ) THEN
354         z2d(:,:) = 0.e0 
355         DO jk = 1, jpkm1
356            DO jj = 2, jpjm1
357               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
358                  z2d(ji,jj) = z2d(ji,jj) + z3d(ji,jj,jk) * ( tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + tsn(ji,jj+1,jk,jp_tem) )
359               END DO
360            END DO
361         END DO
362         CALL lbc_lnk( z2d, 'V', -1. )
363         CALL iom_put( "v_heattr", (0.5 * rcp) * z2d )    !  heat transport in j-direction
364      ENDIF
365
366      IF( iom_use("v_salttr") ) THEN
367         z2d(:,:) = 0.e0 
368         DO jk = 1, jpkm1
369            DO jj = 2, jpjm1
370               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.
371                  z2d(ji,jj) = z2d(ji,jj) + z3d(ji,jj,jk) * ( tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + tsn(ji,jj+1,jk,jp_sal) )
372               END DO
373            END DO
374         END DO
375         CALL lbc_lnk( z2d, 'V', -1. )
376         CALL iom_put( "v_salttr", 0.5 * z2d )            !  heat transport in j-direction
377      ENDIF
378      !
379      CALL wrk_dealloc( jpi , jpj      , z2d )
380      CALL wrk_dealloc( jpi , jpj, jpk , z3d )
381      !
382      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_stop('dia_wri')
383      !
384   END SUBROUTINE dia_wri
385
386#else
387   !!----------------------------------------------------------------------
388   !!   Default option                                  use IOIPSL  library
389   !!----------------------------------------------------------------------
390
391   SUBROUTINE dia_wri( kt )
392      !!---------------------------------------------------------------------
393      !!                  ***  ROUTINE dia_wri  ***
394      !!                   
395      !! ** Purpose :   Standard output of opa: dynamics and tracer fields
396      !!      NETCDF format is used by default
397      !!
398      !! ** Method  :   At the beginning of the first time step (nit000),
399      !!      define all the NETCDF files and fields
400      !!      At each time step call histdef to compute the mean if ncessary
401      !!      Each nwrite time step, output the instantaneous or mean fields
402      !!----------------------------------------------------------------------
403      !!
404      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index
405      !!
406      LOGICAL ::   ll_print = .FALSE.                        ! =T print and flush numout
407      CHARACTER (len=40) ::   clhstnam, clop, clmx           ! local names
408      INTEGER  ::   inum = 11                                ! temporary logical unit
409      INTEGER  ::   ji, jj, jk                               ! dummy loop indices
410      INTEGER  ::   ierr                                     ! error code return from allocation
411      INTEGER  ::   iimi, iima, ipk, it, itmod, ijmi, ijma   ! local integers
412      INTEGER  ::   jn, ierror                               ! local integers
413      REAL(wp) ::   zsto, zout, zmax, zjulian, zdt           ! local scalars
414      !!
415      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   :: zw2d       ! 2D workspace
416      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zw3d       ! 3D workspace
417      !!----------------------------------------------------------------------
418      !
419      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_start('dia_wri')
420      !
421      CALL wrk_alloc( jpi , jpj      , zw2d )
422      IF ( ln_traldf_gdia .OR. lk_vvl )  call wrk_alloc( jpi , jpj , jpk  , zw3d )
423      !
424      ! Output the initial state and forcings
425      IF( ninist == 1 ) THEN                       
426         CALL dia_wri_state( 'output.init', kt )
427         ninist = 0
428      ENDIF
429      !
430      ! 0. Initialisation
431      ! -----------------
432
433      ! local variable for debugging
434      ll_print = .FALSE.
435      ll_print = ll_print .AND. lwp
436
437      ! Define frequency of output and means
438      zdt = rdt
439      IF( nacc == 1 ) zdt = rdtmin
440      clop = "x"         ! no use of the mask value (require less cpu time, and otherwise the model crashes)
441#if defined key_diainstant
442      zsto = nwrite * zdt
443      clop = "inst("//TRIM(clop)//")"
444#else
445      zsto=zdt
446      clop = "ave("//TRIM(clop)//")"
447#endif
448      zout = nwrite * zdt
449      zmax = ( nitend - nit000 + 1 ) * zdt
450
451      ! Define indices of the horizontal output zoom and vertical limit storage
452      iimi = 1      ;      iima = jpi
453      ijmi = 1      ;      ijma = jpj
454      ipk = jpk
455
456      ! define time axis
457      it = kt
458      itmod = kt - nit000 + 1
459
460
461      ! 1. Define NETCDF files and fields at beginning of first time step
462      ! -----------------------------------------------------------------
463
464      IF( kt == nit000 ) THEN
465
466         ! Define the NETCDF files (one per grid)
467
468         ! Compute julian date from starting date of the run
469         CALL ymds2ju( nyear, nmonth, nday, rdt, zjulian )
470         zjulian = zjulian - adatrj   !   set calendar origin to the beginning of the experiment
471         IF(lwp)WRITE(numout,*)
472         IF(lwp)WRITE(numout,*) 'Date 0 used :', nit000, ' YEAR ', nyear,   &
473            &                    ' MONTH ', nmonth, ' DAY ', nday, 'Julian day : ', zjulian
474         IF(lwp)WRITE(numout,*) ' indexes of zoom = ', iimi, iima, ijmi, ijma,   &
475                                 ' limit storage in depth = ', ipk
476
477         ! WRITE root name in date.file for use by postpro
478         IF(lwp) THEN
479            CALL dia_nam( clhstnam, nwrite,' ' )
480            CALL ctl_opn( inum, 'date.file', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, lwp, narea )
481            WRITE(inum,*) clhstnam
482            CLOSE(inum)
483         ENDIF
484
485         ! Define the T grid FILE ( nid_T )
486
487         CALL dia_nam( clhstnam, nwrite, 'grid_T' )
488         IF(lwp) WRITE(numout,*) " Name of NETCDF file ", clhstnam    ! filename
489         CALL histbeg( clhstnam, jpi, glamt, jpj, gphit,           &  ! Horizontal grid: glamt and gphit
490            &          iimi, iima-iimi+1, ijmi, ijma-ijmi+1,       &
491            &          nit000-1, zjulian, zdt, nh_T, nid_T, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set )
492         CALL histvert( nid_T, "deptht", "Vertical T levels",      &  ! Vertical grid: gdept
493            &           "m", ipk, gdept_1d, nz_T, "down" )
494         !                                                            ! Index of ocean points
495         CALL wheneq( jpi*jpj*ipk, tmask, 1, 1., ndex_T , ndim_T  )      ! volume
496         CALL wheneq( jpi*jpj    , tmask, 1, 1., ndex_hT, ndim_hT )      ! surface
497         !
498         IF( ln_icebergs ) THEN
499            !
500            !! allocation cant go in dia_wri_alloc because ln_icebergs is only set after
501            !! that routine is called from nemogcm, so do it here immediately before its needed
502            ALLOCATE( ndex_bT(jpi*jpj*nclasses), STAT=ierror )
503            IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( ierror )
504            IF( ierror /= 0 ) THEN
505               CALL ctl_stop('dia_wri: failed to allocate iceberg diagnostic array')
506               RETURN
507            ENDIF
508            !
509            !! iceberg vertical coordinate is class number
510            CALL histvert( nid_T, "class", "Iceberg class",      &  ! Vertical grid: class
511               &           "number", nclasses, class_num, nb_T )
512            !
513            !! each class just needs the surface index pattern
514            ndim_bT = 3
515            DO jn = 1,nclasses
516               ndex_bT((jn-1)*jpi*jpj+1:jn*jpi*jpj) = ndex_hT(1:jpi*jpj)
517            ENDDO
518            !
519         ENDIF
520
521         ! Define the U grid FILE ( nid_U )
522
523         CALL dia_nam( clhstnam, nwrite, 'grid_U' )
524         IF(lwp) WRITE(numout,*) " Name of NETCDF file ", clhstnam    ! filename
525         CALL histbeg( clhstnam, jpi, glamu, jpj, gphiu,           &  ! Horizontal grid: glamu and gphiu
526            &          iimi, iima-iimi+1, ijmi, ijma-ijmi+1,       &
527            &          nit000-1, zjulian, zdt, nh_U, nid_U, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set )
528         CALL histvert( nid_U, "depthu", "Vertical U levels",      &  ! Vertical grid: gdept
529            &           "m", ipk, gdept_1d, nz_U, "down" )
530         !                                                            ! Index of ocean points
531         CALL wheneq( jpi*jpj*ipk, umask, 1, 1., ndex_U , ndim_U  )      ! volume
532         CALL wheneq( jpi*jpj    , umask, 1, 1., ndex_hU, ndim_hU )      ! surface
533
534         ! Define the V grid FILE ( nid_V )
535
536         CALL dia_nam( clhstnam, nwrite, 'grid_V' )                   ! filename
537         IF(lwp) WRITE(numout,*) " Name of NETCDF file ", clhstnam
538         CALL histbeg( clhstnam, jpi, glamv, jpj, gphiv,           &  ! Horizontal grid: glamv and gphiv
539            &          iimi, iima-iimi+1, ijmi, ijma-ijmi+1,       &
540            &          nit000-1, zjulian, zdt, nh_V, nid_V, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set )
541         CALL histvert( nid_V, "depthv", "Vertical V levels",      &  ! Vertical grid : gdept
542            &          "m", ipk, gdept_1d, nz_V, "down" )
543         !                                                            ! Index of ocean points
544         CALL wheneq( jpi*jpj*ipk, vmask, 1, 1., ndex_V , ndim_V  )      ! volume
545         CALL wheneq( jpi*jpj    , vmask, 1, 1., ndex_hV, ndim_hV )      ! surface
546
547         ! Define the W grid FILE ( nid_W )
548
549         CALL dia_nam( clhstnam, nwrite, 'grid_W' )                   ! filename
550         IF(lwp) WRITE(numout,*) " Name of NETCDF file ", clhstnam
551         CALL histbeg( clhstnam, jpi, glamt, jpj, gphit,           &  ! Horizontal grid: glamt and gphit
552            &          iimi, iima-iimi+1, ijmi, ijma-ijmi+1,       &
553            &          nit000-1, zjulian, zdt, nh_W, nid_W, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set )
554         CALL histvert( nid_W, "depthw", "Vertical W levels",      &  ! Vertical grid: gdepw
555            &          "m", ipk, gdepw_1d, nz_W, "down" )
556
557
558         ! Declare all the output fields as NETCDF variables
559
560         !                                                                                      !!! nid_T : 3D
561         CALL histdef( nid_T, "votemper", "Temperature"                        , "C"      ,   &  ! tn
562            &          jpi, jpj, nh_T, ipk, 1, ipk, nz_T, 32, clop, zsto, zout )
563         CALL histdef( nid_T, "vosaline", "Salinity"                           , "PSU"    ,   &  ! sn
564            &          jpi, jpj, nh_T, ipk, 1, ipk, nz_T, 32, clop, zsto, zout )
565         IF(  lk_vvl  ) THEN
566            CALL histdef( nid_T, "vovvle3t", "Level thickness"                    , "m"      ,&  ! e3t_n
567            &             jpi, jpj, nh_T, ipk, 1, ipk, nz_T, 32, clop, zsto, zout )
568            CALL histdef( nid_T, "vovvldep", "T point depth"                      , "m"      ,&  ! e3t_n
569            &             jpi, jpj, nh_T, ipk, 1, ipk, nz_T, 32, clop, zsto, zout )
570            CALL histdef( nid_T, "vovvldef", "Squared level deformation"          , "%^2"    ,&  ! e3t_n
571            &             jpi, jpj, nh_T, ipk, 1, ipk, nz_T, 32, clop, zsto, zout )
572         ENDIF
573         !                                                                                      !!! nid_T : 2D
574         CALL histdef( nid_T, "sosstsst", "Sea Surface temperature"            , "C"      ,   &  ! sst
575            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
576         CALL histdef( nid_T, "sosaline", "Sea Surface Salinity"               , "PSU"    ,   &  ! sss
577            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
578         CALL histdef( nid_T, "sossheig", "Sea Surface Height"                 , "m"      ,   &  ! ssh
579            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
580         CALL histdef( nid_T, "sowaflup", "Net Upward Water Flux"              , "Kg/m2/s",   &  ! (emp-rnf)
581            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
582         CALL histdef( nid_T, "sorunoff", "River runoffs"                      , "Kg/m2/s",   &  ! runoffs
583            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
584         CALL histdef( nid_T, "sosfldow", "downward salt flux"                 , "PSU/m2/s",  &  ! sfx
585            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
586         IF(  .NOT. lk_vvl  ) THEN
587            CALL histdef( nid_T, "sosst_cd", "Concentration/Dilution term on temperature"     &  ! emp * tsn(:,:,1,jp_tem)
588            &                                                                  , "KgC/m2/s",  &  ! sosst_cd
589            &             jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
590            CALL histdef( nid_T, "sosss_cd", "Concentration/Dilution term on salinity"        &  ! emp * tsn(:,:,1,jp_sal)
591            &                                                                  , "KgPSU/m2/s",&  ! sosss_cd
592            &             jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
593         ENDIF
594         CALL histdef( nid_T, "sohefldo", "Net Downward Heat Flux"             , "W/m2"   ,   &  ! qns + qsr
595            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
596         CALL histdef( nid_T, "soshfldo", "Shortwave Radiation"                , "W/m2"   ,   &  ! qsr
597            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
598         CALL histdef( nid_T, "somixhgt", "Turbocline Depth"                   , "m"      ,   &  ! hmld
599            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
600         CALL histdef( nid_T, "somxl010", "Mixed Layer Depth 0.01"             , "m"      ,   &  ! hmlp
601            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
602         CALL histdef( nid_T, "soicecov", "Ice fraction"                       , "[0,1]"  ,   &  ! fr_i
603            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
604         CALL histdef( nid_T, "sowindsp", "wind speed at 10m"                  , "m/s"    ,   &  ! wndm
605            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
606!
607         IF( ln_icebergs ) THEN
608            CALL histdef( nid_T, "calving"             , "calving mass input"                       , "kg/s"   , &
609               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
610            CALL histdef( nid_T, "calving_heat"        , "calving heat flux"                        , "XXXX"   , &
611               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
612            CALL histdef( nid_T, "berg_floating_melt"  , "Melt rate of icebergs + bits"             , "kg/m2/s", &
613               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
614            CALL histdef( nid_T, "berg_stored_ice"     , "Accumulated ice mass by class"            , "kg"     , &
615               &          jpi, jpj, nh_T, nclasses  , 1, nclasses  , nb_T , 32, clop, zsto, zout )
616            IF( ln_bergdia ) THEN
617               CALL histdef( nid_T, "berg_melt"           , "Melt rate of icebergs"                    , "kg/m2/s", &
618                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
619               CALL histdef( nid_T, "berg_buoy_melt"      , "Buoyancy component of iceberg melt rate"  , "kg/m2/s", &
620                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
621               CALL histdef( nid_T, "berg_eros_melt"      , "Erosion component of iceberg melt rate"   , "kg/m2/s", &
622                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
623               CALL histdef( nid_T, "berg_conv_melt"      , "Convective component of iceberg melt rate", "kg/m2/s", &
624                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
625               CALL histdef( nid_T, "berg_virtual_area"   , "Virtual coverage by icebergs"             , "m2"     , &
626                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
627               CALL histdef( nid_T, "bits_src"           , "Mass source of bergy bits"                , "kg/m2/s", &
628                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
629               CALL histdef( nid_T, "bits_melt"          , "Melt rate of bergy bits"                  , "kg/m2/s", &
630                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
631               CALL histdef( nid_T, "bits_mass"          , "Bergy bit density field"                  , "kg/m2"  , &
632                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
633               CALL histdef( nid_T, "berg_mass"           , "Iceberg density field"                    , "kg/m2"  , &
634                  &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
635               CALL histdef( nid_T, "berg_real_calving"   , "Calving into iceberg class"               , "kg/s"   , &
636                  &          jpi, jpj, nh_T, nclasses  , 1, nclasses  , nb_T , 32, clop, zsto, zout )
637            ENDIF
638         ENDIF
639
640         IF( .NOT. ln_cpl ) THEN
641            CALL histdef( nid_T, "sohefldp", "Surface Heat Flux: Damping"         , "W/m2"   ,   &  ! qrp
642               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
643            CALL histdef( nid_T, "sowafldp", "Surface Water Flux: Damping"        , "Kg/m2/s",   &  ! erp
644               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
645            CALL histdef( nid_T, "sosafldp", "Surface salt flux: damping"         , "Kg/m2/s",   &  ! erp * sn
646               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
647         ENDIF
648
649         IF( ln_cpl .AND. nn_ice <= 1 ) THEN
650            CALL histdef( nid_T, "sohefldp", "Surface Heat Flux: Damping"         , "W/m2"   ,   &  ! qrp
651               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
652            CALL histdef( nid_T, "sowafldp", "Surface Water Flux: Damping"        , "Kg/m2/s",   &  ! erp
653               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
654            CALL histdef( nid_T, "sosafldp", "Surface salt flux: Damping"         , "Kg/m2/s",   &  ! erp * sn
655               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
656         ENDIF
657         
658         clmx ="l_max(only(x))"    ! max index on a period
659         CALL histdef( nid_T, "sobowlin", "Bowl Index"                         , "W-point",   &  ! bowl INDEX
660            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clmx, zsto, zout )
661#if defined key_diahth
662         CALL histdef( nid_T, "sothedep", "Thermocline Depth"                  , "m"      ,   & ! hth
663            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
664         CALL histdef( nid_T, "so20chgt", "Depth of 20C isotherm"              , "m"      ,   & ! hd20
665            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
666         CALL histdef( nid_T, "so28chgt", "Depth of 28C isotherm"              , "m"      ,   & ! hd28
667            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
668         CALL histdef( nid_T, "sohtc300", "Heat content 300 m"                 , "W"      ,   & ! htc3
669            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
670#endif
671
672         IF( ln_cpl .AND. nn_ice == 2 ) THEN
673            CALL histdef( nid_T,"soicetem" , "Ice Surface Temperature"            , "K"      ,   &  ! tn_ice
674               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
675            CALL histdef( nid_T,"soicealb" , "Ice Albedo"                         , "[0,1]"  ,   &  ! alb_ice
676               &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
677         ENDIF
678
679         CALL histend( nid_T, snc4chunks=snc4set )
680
681         !                                                                                      !!! nid_U : 3D
682         CALL histdef( nid_U, "vozocrtx", "Zonal Current"                      , "m/s"    ,   &  ! un
683            &          jpi, jpj, nh_U, ipk, 1, ipk, nz_U, 32, clop, zsto, zout )
684         IF( ln_traldf_gdia ) THEN
685            CALL histdef( nid_U, "vozoeivu", "Zonal EIV Current"                  , "m/s"    ,   &  ! u_eiv
686                 &          jpi, jpj, nh_U, ipk, 1, ipk, nz_U, 32, clop, zsto, zout )
687         ELSE
688#if defined key_diaeiv
689            CALL histdef( nid_U, "vozoeivu", "Zonal EIV Current"                  , "m/s"    ,   &  ! u_eiv
690            &          jpi, jpj, nh_U, ipk, 1, ipk, nz_U, 32, clop, zsto, zout )
691#endif
692         END IF
693         !                                                                                      !!! nid_U : 2D
694         CALL histdef( nid_U, "sozotaux", "Wind Stress along i-axis"           , "N/m2"   ,   &  ! utau
695            &          jpi, jpj, nh_U, 1  , 1, 1  , - 99, 32, clop, zsto, zout )
696
697         CALL histend( nid_U, snc4chunks=snc4set )
698
699         !                                                                                      !!! nid_V : 3D
700         CALL histdef( nid_V, "vomecrty", "Meridional Current"                 , "m/s"    ,   &  ! vn
701            &          jpi, jpj, nh_V, ipk, 1, ipk, nz_V, 32, clop, zsto, zout )
702         IF( ln_traldf_gdia ) THEN
703            CALL histdef( nid_V, "vomeeivv", "Meridional EIV Current"             , "m/s"    ,   &  ! v_eiv
704                 &          jpi, jpj, nh_V, ipk, 1, ipk, nz_V, 32, clop, zsto, zout )
705         ELSE 
706#if defined key_diaeiv
707            CALL histdef( nid_V, "vomeeivv", "Meridional EIV Current"             , "m/s"    ,   &  ! v_eiv
708            &          jpi, jpj, nh_V, ipk, 1, ipk, nz_V, 32, clop, zsto, zout )
709#endif
710         END IF
711         !                                                                                      !!! nid_V : 2D
712         CALL histdef( nid_V, "sometauy", "Wind Stress along j-axis"           , "N/m2"   ,   &  ! vtau
713            &          jpi, jpj, nh_V, 1  , 1, 1  , - 99, 32, clop, zsto, zout )
714
715         CALL histend( nid_V, snc4chunks=snc4set )
716
717         !                                                                                      !!! nid_W : 3D
718         CALL histdef( nid_W, "vovecrtz", "Vertical Velocity"                  , "m/s"    ,   &  ! wn
719            &          jpi, jpj, nh_W, ipk, 1, ipk, nz_W, 32, clop, zsto, zout )
720         IF( ln_traldf_gdia ) THEN
721            CALL histdef( nid_W, "voveeivw", "Vertical EIV Velocity"              , "m/s"    ,   &  ! w_eiv
722                 &          jpi, jpj, nh_W, ipk, 1, ipk, nz_W, 32, clop, zsto, zout )
723         ELSE
724#if defined key_diaeiv
725            CALL histdef( nid_W, "voveeivw", "Vertical EIV Velocity"              , "m/s"    ,   &  ! w_eiv
726                 &          jpi, jpj, nh_W, ipk, 1, ipk, nz_W, 32, clop, zsto, zout )
727#endif
728         END IF
729         CALL histdef( nid_W, "votkeavt", "Vertical Eddy Diffusivity"          , "m2/s"   ,   &  ! avt
730            &          jpi, jpj, nh_W, ipk, 1, ipk, nz_W, 32, clop, zsto, zout )
731         CALL histdef( nid_W, "votkeavm", "Vertical Eddy Viscosity"             , "m2/s"  ,   &  ! avmu
732            &          jpi, jpj, nh_W, ipk, 1, ipk, nz_W, 32, clop, zsto, zout )
733
734         IF( lk_zdfddm ) THEN
735            CALL histdef( nid_W,"voddmavs","Salt Vertical Eddy Diffusivity"    , "m2/s"   ,   &  ! avs
736               &          jpi, jpj, nh_W, ipk, 1, ipk, nz_W, 32, clop, zsto, zout )
737         ENDIF
738         !                                                                                      !!! nid_W : 2D
739#if defined key_traldf_c2d
740         CALL histdef( nid_W, "soleahtw", "lateral eddy diffusivity"           , "m2/s"   ,   &  ! ahtw
741            &          jpi, jpj, nh_W, 1  , 1, 1  , - 99, 32, clop, zsto, zout )
742# if defined key_traldf_eiv 
743            CALL histdef( nid_W, "soleaeiw", "eddy induced vel. coeff. at w-point", "m2/s",   &  ! aeiw
744               &       jpi, jpj, nh_W, 1  , 1, 1  , - 99, 32, clop, zsto, zout )
745# endif
746#endif
747
748         CALL histend( nid_W, snc4chunks=snc4set )
749
750         IF(lwp) WRITE(numout,*)
751         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'End of NetCDF Initialization'
752         IF(ll_print) CALL FLUSH(numout )
753
754      ENDIF
755
756      ! 2. Start writing data
757      ! ---------------------
758
759      ! ndex(1) est utilise ssi l'avant dernier argument est different de
760      ! la taille du tableau en sortie. Dans ce cas , l'avant dernier argument
761      ! donne le nombre d'elements, et ndex la liste des indices a sortir
762
763      IF( lwp .AND. MOD( itmod, nwrite ) == 0 ) THEN
764         WRITE(numout,*) 'dia_wri : write model outputs in NetCDF files at ', kt, 'time-step'
765         WRITE(numout,*) '~~~~~~ '
766      ENDIF
767
768      IF( lk_vvl ) THEN
769         CALL histwrite( nid_T, "votemper", it, tsn(:,:,:,jp_tem) * fse3t_n(:,:,:) , ndim_T , ndex_T  )   ! heat content
770         CALL histwrite( nid_T, "vosaline", it, tsn(:,:,:,jp_sal) * fse3t_n(:,:,:) , ndim_T , ndex_T  )   ! salt content
771         CALL histwrite( nid_T, "sosstsst", it, tsn(:,:,1,jp_tem) * fse3t_n(:,:,1) , ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface heat content
772         CALL histwrite( nid_T, "sosaline", it, tsn(:,:,1,jp_sal) * fse3t_n(:,:,1) , ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface salinity content
773      ELSE
774         CALL histwrite( nid_T, "votemper", it, tsn(:,:,:,jp_tem) , ndim_T , ndex_T  )   ! temperature
775         CALL histwrite( nid_T, "vosaline", it, tsn(:,:,:,jp_sal) , ndim_T , ndex_T  )   ! salinity
776         CALL histwrite( nid_T, "sosstsst", it, tsn(:,:,1,jp_tem) , ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface temperature
777         CALL histwrite( nid_T, "sosaline", it, tsn(:,:,1,jp_sal) , ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface salinity
778      ENDIF
779      IF( lk_vvl ) THEN
780         zw3d(:,:,:) = ( ( fse3t_n(:,:,:) - e3t_0(:,:,:) ) / e3t_0(:,:,:) * 100 * tmask(:,:,:) ) ** 2
781         CALL histwrite( nid_T, "vovvle3t", it, fse3t_n (:,:,:) , ndim_T , ndex_T  )   ! level thickness
782         CALL histwrite( nid_T, "vovvldep", it, fsdept_n(:,:,:) , ndim_T , ndex_T  )   ! t-point depth
783         CALL histwrite( nid_T, "vovvldef", it, zw3d             , ndim_T , ndex_T  )   ! level thickness deformation
784      ENDIF
785      CALL histwrite( nid_T, "sossheig", it, sshn          , ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface height
786      CALL histwrite( nid_T, "sowaflup", it, ( emp-rnf )   , ndim_hT, ndex_hT )   ! upward water flux
787      CALL histwrite( nid_T, "sorunoff", it, rnf           , ndim_hT, ndex_hT )   ! river runoffs
788      CALL histwrite( nid_T, "sosfldow", it, sfx           , ndim_hT, ndex_hT )   ! downward salt flux
789                                                                                  ! (includes virtual salt flux beneath ice
790                                                                                  ! in linear free surface case)
791      IF( .NOT. lk_vvl ) THEN
792         zw2d(:,:) = emp (:,:) * tsn(:,:,1,jp_tem)
793         CALL histwrite( nid_T, "sosst_cd", it, zw2d, ndim_hT, ndex_hT )          ! c/d term on sst
794         zw2d(:,:) = emp (:,:) * tsn(:,:,1,jp_sal)
795         CALL histwrite( nid_T, "sosss_cd", it, zw2d, ndim_hT, ndex_hT )          ! c/d term on sss
796      ENDIF
797      CALL histwrite( nid_T, "sohefldo", it, qns + qsr     , ndim_hT, ndex_hT )   ! total heat flux
798      CALL histwrite( nid_T, "soshfldo", it, qsr           , ndim_hT, ndex_hT )   ! solar heat flux
799      CALL histwrite( nid_T, "somixhgt", it, hmld          , ndim_hT, ndex_hT )   ! turbocline depth
800      CALL histwrite( nid_T, "somxl010", it, hmlp          , ndim_hT, ndex_hT )   ! mixed layer depth
801      CALL histwrite( nid_T, "soicecov", it, fr_i          , ndim_hT, ndex_hT )   ! ice fraction   
802      CALL histwrite( nid_T, "sowindsp", it, wndm          , ndim_hT, ndex_hT )   ! wind speed   
803!
804      IF( ln_icebergs ) THEN
805         !
806         CALL histwrite( nid_T, "calving"             , it, berg_grid%calving      , ndim_hT, ndex_hT ) 
807         CALL histwrite( nid_T, "calving_heat"        , it, berg_grid%calving_hflx , ndim_hT, ndex_hT )         
808         CALL histwrite( nid_T, "berg_floating_melt"  , it, berg_grid%floating_melt, ndim_hT, ndex_hT ) 
809         !
810         CALL histwrite( nid_T, "berg_stored_ice"     , it, berg_grid%stored_ice   , ndim_bT, ndex_bT )
811         !
812         IF( ln_bergdia ) THEN
813            CALL histwrite( nid_T, "berg_melt"           , it, berg_melt        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
814            CALL histwrite( nid_T, "berg_buoy_melt"      , it, buoy_melt        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
815            CALL histwrite( nid_T, "berg_eros_melt"      , it, eros_melt        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
816            CALL histwrite( nid_T, "berg_conv_melt"      , it, conv_melt        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
817            CALL histwrite( nid_T, "berg_virtual_area"   , it, virtual_area     , ndim_hT, ndex_hT   ) 
818            CALL histwrite( nid_T, "bits_src"            , it, bits_src         , ndim_hT, ndex_hT   ) 
819            CALL histwrite( nid_T, "bits_melt"           , it, bits_melt        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
820            CALL histwrite( nid_T, "bits_mass"           , it, bits_mass        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
821            CALL histwrite( nid_T, "berg_mass"           , it, berg_mass        , ndim_hT, ndex_hT   ) 
822            !
823            CALL histwrite( nid_T, "berg_real_calving"   , it, real_calving     , ndim_bT, ndex_bT   )
824         ENDIF
825      ENDIF
826
827      IF( .NOT. ln_cpl ) THEN
828         CALL histwrite( nid_T, "sohefldp", it, qrp           , ndim_hT, ndex_hT )   ! heat flux damping
829         CALL histwrite( nid_T, "sowafldp", it, erp           , ndim_hT, ndex_hT )   ! freshwater flux damping
830         IF( ln_ssr ) zw2d(:,:) = erp(:,:) * tsn(:,:,1,jp_sal) * tmask(:,:,1)
831         CALL histwrite( nid_T, "sosafldp", it, zw2d          , ndim_hT, ndex_hT )   ! salt flux damping
832      ENDIF
833      IF( ln_cpl .AND. nn_ice <= 1 ) THEN
834         CALL histwrite( nid_T, "sohefldp", it, qrp           , ndim_hT, ndex_hT )   ! heat flux damping
835         CALL histwrite( nid_T, "sowafldp", it, erp           , ndim_hT, ndex_hT )   ! freshwater flux damping
836         IF( ln_ssr ) zw2d(:,:) = erp(:,:) * tsn(:,:,1,jp_sal) * tmask(:,:,1)
837         CALL histwrite( nid_T, "sosafldp", it, zw2d          , ndim_hT, ndex_hT )   ! salt flux damping
838      ENDIF
839!      zw2d(:,:) = FLOAT( nmln(:,:) ) * tmask(:,:,1)
840!      CALL histwrite( nid_T, "sobowlin", it, zw2d          , ndim_hT, ndex_hT )   ! ???
841
842#if defined key_diahth
843      CALL histwrite( nid_T, "sothedep", it, hth           , ndim_hT, ndex_hT )   ! depth of the thermocline
844      CALL histwrite( nid_T, "so20chgt", it, hd20          , ndim_hT, ndex_hT )   ! depth of the 20 isotherm
845      CALL histwrite( nid_T, "so28chgt", it, hd28          , ndim_hT, ndex_hT )   ! depth of the 28 isotherm
846      CALL histwrite( nid_T, "sohtc300", it, htc3          , ndim_hT, ndex_hT )   ! first 300m heaat content
847#endif
848
849      IF( ln_cpl .AND. nn_ice == 2 ) THEN
850         CALL histwrite( nid_T, "soicetem", it, tn_ice(:,:,1) , ndim_hT, ndex_hT )   ! surf. ice temperature
851         CALL histwrite( nid_T, "soicealb", it, alb_ice(:,:,1), ndim_hT, ndex_hT )   ! ice albedo
852      ENDIF
853
854      CALL histwrite( nid_U, "vozocrtx", it, un            , ndim_U , ndex_U )    ! i-current
855      IF( ln_traldf_gdia ) THEN
856         IF (.not. ALLOCATED(psix_eiv))THEN
857            ALLOCATE( psix_eiv(jpi,jpj,jpk) , psiy_eiv(jpi,jpj,jpk) , STAT=ierr )
858            IF( lk_mpp   )   CALL mpp_sum ( ierr )
859            IF( ierr > 0 )   CALL ctl_stop('STOP', 'diawri: unable to allocate psi{x,y}_eiv')
860            psix_eiv(:,:,:) = 0.0_wp
861            psiy_eiv(:,:,:) = 0.0_wp
862         ENDIF
863         DO jk=1,jpkm1
864            zw3d(:,:,jk) = (psix_eiv(:,:,jk+1) - psix_eiv(:,:,jk))/fse3u(:,:,jk)  ! u_eiv = -dpsix/dz
865         END DO
866         zw3d(:,:,jpk) = 0._wp
867         CALL histwrite( nid_U, "vozoeivu", it, zw3d, ndim_U , ndex_U )           ! i-eiv current
868      ELSE
869#if defined key_diaeiv
870         CALL histwrite( nid_U, "vozoeivu", it, u_eiv, ndim_U , ndex_U )          ! i-eiv current
871#endif
872      ENDIF
873      CALL histwrite( nid_U, "sozotaux", it, utau          , ndim_hU, ndex_hU )   ! i-wind stress
874
875      CALL histwrite( nid_V, "vomecrty", it, vn            , ndim_V , ndex_V  )   ! j-current
876      IF( ln_traldf_gdia ) THEN
877         DO jk=1,jpk-1
878            zw3d(:,:,jk) = (psiy_eiv(:,:,jk+1) - psiy_eiv(:,:,jk))/fse3v(:,:,jk)  ! v_eiv = -dpsiy/dz
879         END DO
880         zw3d(:,:,jpk) = 0._wp
881         CALL histwrite( nid_V, "vomeeivv", it, zw3d, ndim_V , ndex_V )           ! j-eiv current
882      ELSE
883#if defined key_diaeiv
884         CALL histwrite( nid_V, "vomeeivv", it, v_eiv, ndim_V , ndex_V )          ! j-eiv current
885#endif
886      ENDIF
887      CALL histwrite( nid_V, "sometauy", it, vtau          , ndim_hV, ndex_hV )   ! j-wind stress
888
889      CALL histwrite( nid_W, "vovecrtz", it, wn             , ndim_T, ndex_T )    ! vert. current
890      IF( ln_traldf_gdia ) THEN
891         DO jk=1,jpk-1
892            DO jj = 2, jpjm1
893               DO ji = fs_2, fs_jpim1  ! vector opt.
894                  zw3d(ji,jj,jk) = (psiy_eiv(ji,jj,jk) - psiy_eiv(ji,jj-1,jk))/e2v(ji,jj) + &
895                       &    (psix_eiv(ji,jj,jk) - psix_eiv(ji-1,jj,jk))/e1u(ji,jj) ! w_eiv = dpsiy/dy + dpsiy/dx
896               END DO
897            END DO
898         END DO
899         zw3d(:,:,jpk) = 0._wp
900         CALL histwrite( nid_W, "voveeivw", it, zw3d          , ndim_T, ndex_T )    ! vert. eiv current
901      ELSE
902#   if defined key_diaeiv
903         CALL histwrite( nid_W, "voveeivw", it, w_eiv          , ndim_T, ndex_T )    ! vert. eiv current
904#   endif
905      ENDIF
906      CALL histwrite( nid_W, "votkeavt", it, avt            , ndim_T, ndex_T )    ! T vert. eddy diff. coef.
907      CALL histwrite( nid_W, "votkeavm", it, avmu           , ndim_T, ndex_T )    ! T vert. eddy visc. coef.
908      IF( lk_zdfddm ) THEN
909         CALL histwrite( nid_W, "voddmavs", it, fsavs(:,:,:), ndim_T, ndex_T )    ! S vert. eddy diff. coef.
910      ENDIF
911#if defined key_traldf_c2d
912      CALL histwrite( nid_W, "soleahtw", it, ahtw          , ndim_hT, ndex_hT )   ! lateral eddy diff. coef.
913# if defined key_traldf_eiv
914         CALL histwrite( nid_W, "soleaeiw", it, aeiw       , ndim_hT, ndex_hT )   ! EIV coefficient at w-point
915# endif
916#endif
917
918      ! 3. Close all files
919      ! ---------------------------------------
920      IF( kt == nitend ) THEN
921         CALL histclo( nid_T )
922         CALL histclo( nid_U )
923         CALL histclo( nid_V )
924         CALL histclo( nid_W )
925      ENDIF
926      !
927      CALL wrk_dealloc( jpi , jpj      , zw2d )
928      IF ( ln_traldf_gdia .OR. lk_vvl )  call wrk_dealloc( jpi , jpj , jpk  , zw3d )
929      !
930      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_stop('dia_wri')
931      !
932   END SUBROUTINE dia_wri
933# endif
934
935#endif
936
937   SUBROUTINE dia_wri_state( cdfile_name, kt )
938      !!---------------------------------------------------------------------
939      !!                 ***  ROUTINE dia_wri_state  ***
940      !!       
941      !! ** Purpose :   create a NetCDF file named cdfile_name which contains
942      !!      the instantaneous ocean state and forcing fields.
943      !!        Used to find errors in the initial state or save the last
944      !!      ocean state in case of abnormal end of a simulation
945      !!
946      !! ** Method  :   NetCDF files using ioipsl
947      !!      File 'output.init.nc'  is created if ninist = 1 (namelist)
948      !!      File 'output.abort.nc' is created in case of abnormal job end
949      !!----------------------------------------------------------------------
950      CHARACTER (len=* ), INTENT( in ) ::   cdfile_name      ! name of the file created
951      INTEGER           , INTENT( in ) ::   kt               ! ocean time-step index
952      !!
953      CHARACTER (len=32) :: clname
954      CHARACTER (len=40) :: clop
955      INTEGER  ::   id_i , nz_i, nh_i       
956      INTEGER, DIMENSION(1) ::   idex             ! local workspace
957      REAL(wp) ::   zsto, zout, zmax, zjulian, zdt
958      !!----------------------------------------------------------------------
959      !
960!     IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_start('dia_wri_state') ! not sure this works for routines not called in first timestep
961
962      ! 0. Initialisation
963      ! -----------------
964
965      ! Define name, frequency of output and means
966      clname = cdfile_name
967      IF( .NOT. Agrif_Root() ) clname = TRIM(Agrif_CFixed())//'_'//TRIM(clname)
968      zdt  = rdt
969      zsto = rdt
970      clop = "inst(x)"           ! no use of the mask value (require less cpu time)
971      zout = rdt
972      zmax = ( nitend - nit000 + 1 ) * zdt
973
974      IF(lwp) WRITE(numout,*)
975      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'dia_wri_state : single instantaneous ocean state'
976      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~~   and forcing fields file created '
977      IF(lwp) WRITE(numout,*) '                and named :', clname, '.nc'
978
979
980      ! 1. Define NETCDF files and fields at beginning of first time step
981      ! -----------------------------------------------------------------
982
983      ! Compute julian date from starting date of the run
984      CALL ymds2ju( nyear, nmonth, nday, rdt, zjulian )         ! time axis
985      zjulian = zjulian - adatrj   !   set calendar origin to the beginning of the experiment
986      CALL histbeg( clname, jpi, glamt, jpj, gphit,   &
987          1, jpi, 1, jpj, nit000-1, zjulian, zdt, nh_i, id_i, domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set ) ! Horizontal grid : glamt and gphit
988      CALL histvert( id_i, "deptht", "Vertical T levels",   &    ! Vertical grid : gdept
989          "m", jpk, gdept_1d, nz_i, "down")
990
991      ! Declare all the output fields as NetCDF variables
992
993      CALL histdef( id_i, "vosaline", "Salinity"              , "PSU"    ,   &   ! salinity
994         &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout )
995      CALL histdef( id_i, "votemper", "Temperature"           , "C"      ,   &   ! temperature
996         &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout )
997      CALL histdef( id_i, "sossheig", "Sea Surface Height"    , "m"      ,   &  ! ssh
998         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , nz_i, 32, clop, zsto, zout )
999      CALL histdef( id_i, "vozocrtx", "Zonal Current"         , "m/s"    ,   &   ! zonal current
1000         &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout )
1001      CALL histdef( id_i, "vomecrty", "Meridional Current"    , "m/s"    ,   &   ! meridonal current
1002         &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout ) 
1003      CALL histdef( id_i, "vovecrtz", "Vertical Velocity"     , "m/s"    ,   &   ! vertical current
1004         &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout ) 
1005      CALL histdef( id_i, "sowaflup", "Net Upward Water Flux" , "Kg/m2/S",   &   ! net freshwater
1006         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
1007      CALL histdef( id_i, "sohefldo", "Net Downward Heat Flux", "W/m2"   ,   &   ! net heat flux
1008         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
1009      CALL histdef( id_i, "soshfldo", "Shortwave Radiation"   , "W/m2"   ,   &   ! solar flux
1010         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
1011      CALL histdef( id_i, "soicecov", "Ice fraction"          , "[0,1]"  ,   &   ! fr_i
1012         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
1013      CALL histdef( id_i, "sozotaux", "Zonal Wind Stress"     , "N/m2"   ,   &   ! i-wind stress
1014         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
1015      CALL histdef( id_i, "sometauy", "Meridional Wind Stress", "N/m2"   ,   &   ! j-wind stress
1016         &          jpi, jpj, nh_i, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout )
1017      IF( lk_vvl ) THEN
1018         CALL histdef( id_i, "vovvldep", "T point depth"         , "m"      ,   &   ! t-point depth
1019            &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout )
1020         CALL histdef( id_i, "vovvle3t", "T point thickness"         , "m"      ,   &   ! t-point depth
1021            &          jpi, jpj, nh_i, jpk, 1, jpk, nz_i, 32, clop, zsto, zout )
1022      END IF
1023
1024#if defined key_lim2
1025      CALL lim_wri_state_2( kt, id_i, nh_i )
1026#elif defined key_lim3
1027      CALL lim_wri_state( kt, id_i, nh_i )
1028#else
1029      CALL histend( id_i, snc4chunks=snc4set )
1030#endif
1031
1032      ! 2. Start writing data
1033      ! ---------------------
1034      ! idex(1) est utilise ssi l'avant dernier argument est diffferent de
1035      ! la taille du tableau en sortie. Dans ce cas , l'avant dernier argument
1036      ! donne le nombre d'elements, et idex la liste des indices a sortir
1037      idex(1) = 1   ! init to avoid compil warning
1038
1039      ! Write all fields on T grid
1040      CALL histwrite( id_i, "votemper", kt, tsn(:,:,:,jp_tem), jpi*jpj*jpk, idex )    ! now temperature
1041      CALL histwrite( id_i, "vosaline", kt, tsn(:,:,:,jp_sal), jpi*jpj*jpk, idex )    ! now salinity
1042      CALL histwrite( id_i, "sossheig", kt, sshn             , jpi*jpj    , idex )    ! sea surface height
1043      CALL histwrite( id_i, "vozocrtx", kt, un               , jpi*jpj*jpk, idex )    ! now i-velocity
1044      CALL histwrite( id_i, "vomecrty", kt, vn               , jpi*jpj*jpk, idex )    ! now j-velocity
1045      CALL histwrite( id_i, "vovecrtz", kt, wn               , jpi*jpj*jpk, idex )    ! now k-velocity
1046      CALL histwrite( id_i, "sowaflup", kt, (emp-rnf )       , jpi*jpj    , idex )    ! freshwater budget
1047      CALL histwrite( id_i, "sohefldo", kt, qsr + qns        , jpi*jpj    , idex )    ! total heat flux
1048      CALL histwrite( id_i, "soshfldo", kt, qsr              , jpi*jpj    , idex )    ! solar heat flux
1049      CALL histwrite( id_i, "soicecov", kt, fr_i             , jpi*jpj    , idex )    ! ice fraction
1050      CALL histwrite( id_i, "sozotaux", kt, utau             , jpi*jpj    , idex )    ! i-wind stress
1051      CALL histwrite( id_i, "sometauy", kt, vtau             , jpi*jpj    , idex )    ! j-wind stress
1052      IF( lk_vvl ) THEN
1053         CALL histwrite( id_i, "vovvldep", kt, fsdept_n(:,:,:), jpi*jpj*jpk, idex )!  T-cell depth       
1054         CALL histwrite( id_i, "vovvle3t", kt, fse3t_n (:,:,:), jpi*jpj*jpk, idex )!  T-cell thickness 
1055      END IF
1056
1057      ! 3. Close the file
1058      ! -----------------
1059      CALL histclo( id_i )
1060#if ! defined key_iomput && ! defined key_dimgout
1061      IF( ninist /= 1  ) THEN
1062         CALL histclo( nid_T )
1063         CALL histclo( nid_U )
1064         CALL histclo( nid_V )
1065         CALL histclo( nid_W )
1066      ENDIF
1067#endif
1068       
1069!     IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_stop('dia_wri_state') ! not sure this works for routines not called in first timestep
1070      !
1071
1072   END SUBROUTINE dia_wri_state
1073   !!======================================================================
1074END MODULE diawri
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.