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job_ORCA2_LIM_PISCES.ksh in tags/nemo_v3_2/nemo_v3_2/NVTK/INSTALL/JOBS – NEMO

source: tags/nemo_v3_2/nemo_v3_2/NVTK/INSTALL/JOBS/job_ORCA2_LIM_PISCES.ksh @ 1878

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initial test for nemogcm
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Line 
1# $Id: job_ORCA2_LIM.ksh 1301 2009-02-09 17:15:38Z ctlod $
2set -xv
3
4CONF=ORCA2_LIM_PISCES
5# Variables changed by lance_batch.ksh script
6RUN=xxx
7NB_PROCS=xxx
8LAUNCH=xxx
9LEXE=xxx
10CPERF=xxx
11D_INPUT=xxx
12D_GET=xxx
13REF_TAG=xxx
14MYO_EXP=xxx
15TSYMB=xxx
16
17# Variables changed by ins_valid.ksh script
18MAINDIR=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE
19WORK=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE/modipsl/config/
20REF_OD=/u/rech/eee/reee831/NEMO_VALIDATION
21
22# Arguments
23# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
24type=$1
25
26case ${type} in
27        'long' ) 
28             DIROUT='LONG'
29             ITERATIONS=300 ;;
30             
31        '1_short' ) 
32             DIROUT='1_SHORT'
33             ITERATIONS=150 ;;
34             
35        '2_short' ) 
36             DIROUT='2_SHORT'
37             ITERATIONS=150 ;;
38
39        'gtime' ) 
40             DIROUT='GTIME'
41             ITERATIONS=5475 ;;
42esac
43
44# Working directory
45cd ${TMPDIR}
46#-T- osxxlf mkdir -p ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
47#-T- osxxlf cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
48#-T- osxxlf zback=$?
49#-T- osxxlf if [ ${zback} = 0 ] ; then rm -rf namelist* *.nc memory* solver.stat ocean.output* mpp.output* mono.output* ; fi
50
51##############################################################
52##############################################################
53##############################################################
54###             Input files
55##############################################################
56##############################################################
57##############################################################
58# Local function to copy namelists files
59get_namelist () {
60    if [ -a $1/$2_$3 ] ; then
61        cp $1/$2_$3 $4
62    else
63        echo '                ###############################################################'
64        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
65        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
66        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
67        echo '                ###############################################################'
68        echo "              $2_$3 file doesn't exist, we use the standard $2"
69        echo '                ###############################################################'
70        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
71        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
72        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
73        echo '                ###############################################################'
74        cp $1/$2 $4
75    fi
76}
77
78# Local function to find namelists parameters
79supergrep () {
80    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
81}
82
83# Ocean namelist
84LOC_NAM=${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00
85get_namelist ${LOC_NAM} namelist ${MYO_EXP} namelist
86
87# Sea-Ice namelist
88get_namelist ${LOC_NAM} namelist_ice_lim2 ${MYO_EXP} namelist_ice
89
90# Passive transport namelist
91get_namelist ${LOC_NAM} namelist_top ${MYO_EXP} namelist_top
92
93# Pisces namelist
94get_namelist ${LOC_NAM} namelist_pisces ${MYO_EXP} namelist_pisces
95get_namelist ${LOC_NAM} kRGB61.txt      ${MYO_EXP} kRGB61.txt
96
97# Local function to find namelists parameters
98supergrep () {
99    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
100}
101
102# namelist modifications
103PAT_NIT000=$( supergrep nn_it000           namelist )
104PAT_NITEND=$( supergrep nn_itend           namelist )
105PAT_NSTOCK=$( supergrep nn_stock           namelist )
106PAT_NWRITE=$( supergrep nn_write           namelist )
107PAT_NRSTDT=$( supergrep nn_rstctl          namelist )
108PAT_NBITCM=$( supergrep nn_bit_cmp         namelist )
109PAT_TRACEN=$( supergrep ln_traadv_cen2     namelist )
110PAT_TRATVD=$( supergrep ln_traadv_tvd      namelist )
111PAT_N_CLAA=$( supergrep nn_cla             namelist )
112PAT_NSOLVV=$( supergrep nn_solv            namelist )
113PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
114PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
115PAT_NN_FWB=$( supergrep nn_fwb             namelist )
116PAT_NNSSSR=$( supergrep nn_sssr            namelist )
117
118sed -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .false.%"          \
119    -e "s%$PAT_NIT000%   nn_it000     =     1   %"           \
120    -e "s%$PAT_NITEND%   nn_itend     =     ${ITERATIONS} %" \
121    -e "s%$PAT_NSTOCK%   nn_stock     =     ${ITERATIONS} %" \
122    -e "s%$PAT_NWRITE%   nn_write     =     75  %"           \
123    -e "s%$PAT_NRSTDT%   nn_rstctl    =     0   %"           \
124    -e "s%$PAT_NBITCM%   nn_bit_cmp   =     1%"              \
125    -e "s%$PAT_TRACEN%   ln_traadv_cen2   =  .false.%"     \
126    -e "s%$PAT_TRATVD%   ln_traadv_tvd    =  .true.%"      \
127    -e "s%$PAT_N_CLAA%   nn_cla   = 0%"                     \
128    -e "s%$PAT_NSOLVV%   nn_solv     =      2%"              \
129    -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .false.%" \
130    -e "s%$PAT_NN_FWB%   nn_fwb      =      0%"              \
131    -e "s%$PAT_NNSSSR%   nn_sssr     =      1%"  namelist > nam.tmp
132
133mv nam.tmp namelist
134
135# namelist top modifications
136PAT_NWRTRC=$( supergrep nwritetrc         namelist_top )
137PAT_LRSTTR=$( supergrep ln_rsttr            namelist_top )
138PAT_NRSTTR=$( supergrep nrsttr            namelist_top )
139PAT_TRCRAD=$( supergrep ln_trcrad         namelist_top )
140
141sed -e "s%$PAT_NWRTRC%   nwritetrc   = ${ITERATIONS}%" \
142    -e "s%$PAT_LRSTTR%   ln_rsttr      =  .false.%"      \
143    -e "s%$PAT_NRSTTR%   nrsttr      =     0   %"       \
144    -e "s%$PAT_TRCRAD%   ln_trcrad   =  .false.%" namelist_top > nam.tmp     
145
146mv nam.tmp namelist_top
147
148# namelist pisces modifications
149PAT_DUSTF=$( supergrep ln_dustfer        namelist_pisces )
150PAT_RIVER=$( supergrep ln_river          namelist_pisces )
151PAT_NDEPO=$( supergrep ln_ndepo          namelist_pisces )
152PAT_SEDIN=$( supergrep ln_sedinput       namelist_pisces )
153
154sed -e "s%$PAT_DUSTF%   ln_dustfer    =  .false.%"  \
155    -e "s%$PAT_RIVER%   ln_river      =  .false.%"  \
156    -e "s%$PAT_NDEPO%   ln_ndepo      =  .false.%"  \
157    -e "s%$PAT_SEDIN%   ln_sedinput   =  .false.%" namelist_pisces > nam.tmp     
158
159mv nam.tmp namelist_pisces
160
161# Get forcing files
162${D_GET} ${D_INPUT}/ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar
163tar xvf ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar
164rm -f ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar
165
166# Get forcing pisces files
167${D_GET} ${D_INPUT}/INPUTS_PISCES_v3.tar INPUTS_PISCES_v3.tar
168tar xvf INPUTS_PISCES_v3.tar
169rm -f INPUTS_PISCES_v3.tar
170
171# Get restarts files if needed
172if [ $type = '2_short' ]
173then
174    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then
175        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart.nc restart.nc
176        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_ice.nc restart_ice_in.nc
177        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_trc.nc restart_trc.nc
178    fi
179
180    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
181        typeset -Z4 i=0
182        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
183        do
184           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_${i}.nc restart_${i}.nc
185           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_ice_${i}.nc restart_ice_in_${i}.nc
186           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_trc_${i}.nc restart_trc_${i}.nc
187           let i=$i+1
188        done
189    fi
190
191    # Ocean namelist modifications
192    PAT_NIT000=$( supergrep nn_it000             namelist )
193    PAT_NITEND=$( supergrep nn_itend             namelist )
194    PAT_NRSTDT=$( supergrep nn_rstctl             namelist )
195    PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
196    PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
197    ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
198    ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
199   
200    sed  -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .true.%"          \
201         -e "s%$PAT_NIT000%   nn_it000     =     $ORCA_NIT000 %" \
202         -e "s%$PAT_NITEND%   nn_itend     =     $ORCA_NITEND %" \
203         -e "s%$PAT_NRSTDT%   nn_rstctl     =     2%"             \
204         -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .true.%" namelist > nam.tmp
205   
206    mv nam.tmp namelist
207
208   # Biogeochemistry namelist modifications
209    PAT_LRSTTR=$( supergrep ln_rsttr        namelist_top )
210    PAT_NRSTTR=$( supergrep nrsttr        namelist_top )
211
212    sed -e "s%$PAT_LRSTTR%   ln_rsttr     = .true. %"  \
213        -e "s%$PAT_NRSTTR%   nrsttr     = 2%" namelist_top > nam.tmp
214
215    mv nam.tmp namelist_top
216
217   PAT_PISDMP=$( supergrep ln_pisdmp     namelist_pisces )
218   sed -e "s%$PAT_PISDMP%  ln_pisdmp     = .false.%" namelist_pisces > nam.tmp
219   mv nam.tmp namelist_pisces
220fi
221
222##############################################################
223##############################################################
224##############################################################
225###             Launch run
226##############################################################
227##############################################################
228##############################################################
229
230cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
231cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP} opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
232chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
233chmod 777 opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
234
235#
236# Profiling & Executable memory size
237####################################
238touch memory_size.txt
239
240case ${RUN} in
241        'mon' ) 
242#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
243#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
244#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
245#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
246#-T- sx8mercure echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
247#-T- sx8mercure echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
248#-T- aix6 echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
249#-T- aix6 echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
250#-T- osxxlf echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
251#-T- osxxlf echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
252        'mpi' ) 
253#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
254#-T- sx8mercure export MPIPROGINF=detail ;;
255#-T- aix6     ;;
256#-T- osxxlf   ;;
257        'omp' ) 
258#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
259#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
260#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
261#-T- sx8mercure export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
262#-T- aix6     ;;
263#-T- osxxlf   ;;
264esac
265#
266# >>>>>> EXECUTION < < < <
267##########################
268
269case ${RUN} in
270        'mon' | 'omp' ) 
271              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
272        'mpi' ) 
273#-T- sx8brodie         ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
274#-T- sx8mercure        ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
275#-T- aix6              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
276#-T- osxxlf   mpd&
277#-T- osxxlf   sleep 5
278#-T- osxxlf   ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
279#-T- osxxlf   mpdallexit ;;
280esac
281
282ls -l
283#
284
285##############################################################
286##############################################################
287##############################################################
288###             Save output files
289##############################################################
290##############################################################
291##############################################################
292case ${RUN} in
293   'mon' | 'omp' )
294               liste_files='*abort* memory* namelist* perfs* solver.stat ocean.output layout* ORCA2* restart* mono*' ;;
295   'mpi' )
296               liste_files='*abort* namelist* solver.stat perfs* ocean.output* layout* ORCA2* restart* mpp*' ;;
297esac
298
299# Ensure that all files saved are coming from the current run
300ind=1
301for k in $liste_files
302do
303   echo $k > temp
304   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
305   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
306       kc='perf*'
307       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/${kc}
308       ind=0
309   fi
310   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/$k
311done
312
313##############################################################
314##############################################################
315##############################################################
316###             Retrieve some reference run files
317##############################################################
318##############################################################
319##############################################################
320if [ ${REF_TAG} = 'nemo_v2' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v2_3' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v3' ]
321then
322   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
323   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
324   SAV_DIR=${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${REF_TAG}
325   if [ ! -d ${SAV_DIR} ] ;  then
326      mkdir ${SAV_DIR}
327   fi
328   for ref_file in ${LFILES}
329   do
330       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${SAV_DIR}/${ref_file}
331   done
332fi
333
334##############################################################
335##############################################################
336##############################################################
337###             Launch restart job
338##############################################################
339##############################################################
340##############################################################
341if [ $type = '1_short' ] ; then
342    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT/${MYO_EXP}
343    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short_${MYO_EXP}.ksh
344fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.