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namelist_pisces in trunk/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00 – NEMO

source: trunk/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces @ 1121

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change the style of all top namelist to be consistent with the forthcoming style of OPA namelist, see ticket:196
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Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES  :    1  - air-sea exchange                         (nampisext)
3!! namelists    2  - biological parameters                    (nampisbio)
4!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
5!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
6!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
7!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
8!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
9!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
10!!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs)
11!!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia)
12!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
13!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
14&nampisext     !   air-sea exchange
15!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
16   atcco2     = 278.    ! atmospheric pCO2
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18!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
19&nampisbio     !   biological parameters
20!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
21   part       =  0.85    ! part of calcite not dissolved in guts
22   nrdttrc    =  4       ! time step frequency for biology
23   wsbio      =  2.      ! POC sinking speed
24   xkmort     =  1.E-7   ! half saturation constant for mortality
25   ferat3     =  3.E-6   ! Fe/C in zooplankton
26   wsbio2     =  50.     ! Big particles sinking speed
27/
28!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
29&nampislim     !   parameters for nutrient limitations
30!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
31   conc0      =  2.e-6    ! Phosphate half saturation
32   conc1      =  10E-6    ! Phosphate half saturation for diatoms
33   conc2      =  0.02E-9  ! Iron half saturation for phyto
34   conc2m     =  0.08E-9  ! Max iron half saturation for phyto
35   conc3      =  0.1E-9   ! Iron half saturation for diatoms
36   conc3m     =  0.4E-9   ! Maxi iron half saturation for diatoms
37   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
38   concdnh4   =  5.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
39   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
40   xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C
41   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
42   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio
43/
44!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
45&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth
46!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
47   pislope    =  4.       ! P-I slope 
48   pislope2   =  4.       ! P-I slope  for diatoms
49   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
50   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
51   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton
52   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms
53   fecnm      =  10E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
54   fecdm      =  15E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms
55   grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio
56/
57!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
58&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks
59!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
60   wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton
61   wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms
62   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
63   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
64   mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate
65/
66!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
67&nampismes     !   parameters for mesozooplankton
68!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
69   grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate
70   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
71   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
72   xprefc     =  1.       ! zoo preference for phyto
73   xprefp     =  0.2      ! zoo preference for POC
74   xprefz     =  1.       ! zoo preference for zoo
75   xprefpoc   =  0.2      ! zoo preference for poc
76   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing
77   epsher2    =  0.33     ! Efficicency of Mesozoo growth
78   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
79   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
80   grazflux   =  5.e3     ! flux-feeding rate
81/
82!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
83&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton
84!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
85   grazrat    =  4.0      ! maximal zoo grazing rate   
86   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
87   mzrat      =  0.0      ! zooplankton mortality rate
88   xpref2c    =  0.0      ! Microzoo preference for POM
89   xpref2p    =  0.5      ! Microzoo preference for Nanophyto
90   xpref2d    =  0.5      ! Microzoo preference for Diatoms
91   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
92   epsher     =  0.33     ! Efficiency of microzoo growth
93   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
94   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
95/
96!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
97&nampisrem     !   parameters for remineralization
98!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
99   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC
100   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC
101   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
102   xsirem    =  0.015     ! remineralization rate of Si
103   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron
104   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia
105/
106!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
107&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
108!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
109   kdca       =  0.327e3  ! calcite dissolution rate constant (1/time)
110   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
111/
112!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
113&nampissed     !   parameters for inputs deposition
114!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
115   bdustfer   =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
116   briver     =  .true.  ! boolean for river input of nutrients
117   bndepo     =  .true.  ! boolean for atmospheric deposition of N
118   bsedinput  =  .true.  ! boolean for Fe input from sediments
119   sedfeinput =  1E-9     ! Coastal release of Iron
120   dustsolub  =  0.014    ! Solubility of the dust
121/
122!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
123&nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest"
124!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
125   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent
126   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent
127   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates
128   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates
129/
130!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
131&nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest"
132!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
133   xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor
134   xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness
135   xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class
136   xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class
137   xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class
138   xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class
139/
140!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
141&nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics ("key_trc_diaadd")
142!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
143   nwritedia   =  5475     !  time step frequency for tracers diagnostics
144!
145!              !    name   !           title of the field          !     units      !
146!              !           !                                       !                ! 
147   pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    '
148   pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    '
149   pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm'
150   pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         '
151   pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    '
152   pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    '
153   pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   '
154   pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   '
155   pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   '
156   pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    '
157   pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            '
158   pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   '
159   pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    '
160   pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            '
161   pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        '
162   pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        '
163   pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         '
164   pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    '
165   pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    '
166   pisdia3d(7)  = 'PPZOO    ' , 'Primary production of microzoo    ',  'molC/m3/s    '
167   pisdia3d(8)  = 'PPZOO2   ' , 'Primary production of mesozoo     ',  'molC/m3/s    '
168   pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   '
169   pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   '
170   pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   '
171/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.