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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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iodef.xml in trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00 – NEMO

source: trunk/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml @ 3295

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trunk:A few additional diagnostics added in PISCES
  • Property svn:keywords set to Id
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Line 
1<?xml version="1.0"?>
2<simulation> 
3 
4  <context id="nemo">
5
6    <!-- $id$ -->
7 
8    <!--
9============================================================================================================
10=                                  definition of all existing variables                                    =
11=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
12============================================================================================================
13    -->
14
15  <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined -->
16 
17      <!-- ptrc on T grid -->
18 
19     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">
20       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" />
21       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    />
22       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" />
23       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" />
24       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" />
25       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" />
26       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" />
27       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" />
28       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" />
29       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" />
30       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" />
31       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" />
32       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" />
33       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" />
34       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" />
35       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" />
36       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" />
37       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" />
38       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" />
39       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" />
40       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" />
41       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" />
42       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" />
43       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" />
44     </group>
45
46      <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc -->
47
48     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T">
49       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" />
50       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" />
51       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" />
52       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" />
53       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
54       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
55       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
56       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
57       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
58       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
59       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
60       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
61       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
62       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" />
63       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
64       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
65       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
66       <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
67       <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" />
68       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" />
69       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" />
70       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" />
71       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" />
72       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" />
73       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" />
74       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     />
75       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     />
76       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     />
77       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     />
78       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     />
79       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     />
80       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     />
81       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                />
82       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         />
83       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         />
84       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            />
85       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     />
86     </group>
87
88      <!-- scalar -->
89     
90      <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" >
91      </group>
92
93  </field_definition>
94
95    <!--
96============================================================================================================
97=                                           output files definition                                        =
98=                                            Define your own files                                         =
99=                                         put the variables you want...                                    =
100============================================================================================================
101    -->
102
103  <file_definition output_level="10" enabled=".TRUE.">
104   
105      <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files -->
106      </group>
107
108      <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files -->
109
110        <file id="5d_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" >
111          <field ref="Cflx"     />
112          <field ref="Oflx"     />
113          <field ref="Dpco2"    />
114          <field ref="Dpo2"     />
115          <field ref="Heup"     />
116        </file>
117     
118      </group>
119 
120      <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files -->
121
122        <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" >
123          <field ref="DIC"      />
124          <field ref="Alkalini" />
125          <field ref="O2"       />
126          <field ref="NCHL"     />
127          <field ref="DCHL"     />
128          <field ref="Fer"      />
129          <field ref="NO3"      />
130       </file>
131
132      </group>
133
134      <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files -->
135      </group>
136
137      <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files -->
138      </group>
139
140      <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files -->
141      </group>
142
143      <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files -->
144      </group>
145
146      <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files -->
147       
148        <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" >
149          <field ref="DIC"      />
150          <field ref="Alkalini" />
151          <field ref="O2"       />
152          <field ref="CaCO3"    />
153          <field ref="PO4"      />
154          <field ref="POC"      />
155          <field ref="Si"       />
156          <field ref="PHY"      />
157          <field ref="ZOO"      />
158          <field ref="DOC"      />
159          <field ref="PHY2"     />
160          <field ref="ZOO2"     />
161          <field ref="DSi"      />
162          <field ref="Fer"      />
163          <field ref="BFe"      />
164          <field ref="GOC"      />
165          <field ref="SFe"      />
166          <field ref="DFe"      />
167          <field ref="GSi"      />
168          <field ref="NFe"      />
169          <field ref="NCHL"     />
170          <field ref="DCHL"     />
171          <field ref="NO3"      />
172          <field ref="NH4"      />
173       </file>
174
175       <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" >
176          <field ref="PH"       />
177          <field ref="CO3"      />
178          <field ref="CO3sat"   />
179          <field ref="PAR"      />
180          <field ref="PPPHY"    />
181          <field ref="PPPHY2"   />
182          <field ref="PPNEWN"   />
183          <field ref="PPNEWD"   />
184          <field ref="PBSi"     />
185          <field ref="PFeN"     />
186          <field ref="PFeD"     />
187          <field ref="PCAL"     />
188          <field ref="DCAL"     />
189          <field ref="GRAZ"     />
190          <field ref="Mumax"    />
191          <field ref="MuN"      />
192          <field ref="MuD"      />
193          <field ref="MuNlight" />
194          <field ref="MuDlight" />
195          <field ref="LNnut"    />
196          <field ref="LDnut"    />
197          <field ref="LNFe"     />
198          <field ref="LDFe"     />
199          <field ref="LNlight"  />
200          <field ref="LDlight"  />
201          <field ref="EPC100"   />
202          <field ref="EPFE100"  />
203          <field ref="EPSI100"  />
204          <field ref="EPCAL100" />
205          <field ref="Cflx"     />
206          <field ref="Oflx"     />
207          <field ref="Kg"       />
208          <field ref="Dpco2"    />
209          <field ref="Dpo2"     />
210          <field ref="Heup"     />
211          <field ref="Irondep"  />
212          <field ref="Nfix"     />
213       </file>
214
215      </group>
216
217      <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files -->
218      </group>
219
220      <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files -->
221      </group>
222
223      <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files -->
224      </group>
225   
226  </file_definition>
227
228    <!--
229============================================================================================================
230=                                           grid definition                                                =
231=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
232============================================================================================================
233    -->
234
235  <axis_definition> 
236     <axis id="deptht" description="Vertical T levels" unit="m" positive=".false." />
237     <axis id="depthu" description="Vertical U levels" unit="m" positive=".false." />
238     <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." />
239     <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." />
240     <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" />
241  </axis_definition> 
242
243  <grid_definition>
244    <grid id="grid_T" description="grid T" />
245    <grid id="grid_U" description="grid U" />
246    <grid id="grid_V" description="grid V" />
247    <grid id="grid_W" description="grid W" />
248    <grid id="scalarpoint" description="scalar" >
249      <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" />
250    </grid>
251  </grid_definition>
252
253</context>
254
255</simulation>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.