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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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job_GYRE.ksh in trunk/NVTK/INSTALL/JOBS – NEMO

source: trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/job_GYRE.ksh @ 1297

Last change on this file since 1297 was 1297, checked in by ctlod, 15 years ago

updates NVTK scripts for IBM SP6 named aix6 and to the new nemo_v3_1 release, see ticket: #325

  • Property svn:keywords set to Id
File size: 8.3 KB
Line 
1# $Id$
2set -xv
3
4CONF=GYRE
5# Variables changed by lance_batch.ksh script
6RUN=xxx
7NB_PROCS=xxx
8LAUNCH=xxx
9LEXE=xxx
10CPERF=xxx
11D_INPUT=xxx
12D_GET=xxx
13REF_TAG=xxx
14TSYMB=xxx
15
16# Variables changed by ins_valid.ksh script
17MAINDIR=/Users/ctlod/WORK/AZE
18WORK=/Users/ctlod/WORK/AZE/modipsl/config
19REF_OD=/Volumes/FENUA/ORCA2_LIM_nemo_v2_IO
20
21# Arguments
22# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
23type=$1
24
25case ${type} in
26        'long' ) 
27             DIROUT='LONG'
28             ITERATIONS=360 ;;
29             
30        '1_short' ) 
31             DIROUT='1_SHORT'
32             ITERATIONS=180 ;;
33             
34        '2_short' ) 
35             DIROUT='2_SHORT'
36             ITERATIONS=180 ;;
37
38        'gtime' ) 
39             DIROUT='GTIME'
40             ITERATIONS=4320 ;;
41esac
42
43# Working directory
44cd ${TMPDIR}
45#-T- osxxlf cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/RUN
46#-T- osxxlf zback=$?
47#-T- osxxlf if [ ${zback} = 0 ] ; then rm -rf namelist* *.nc memory* solver.stat ocean.output* mpp.output* mono.output* ; fi
48
49##############################################################
50##############################################################
51##############################################################
52###             Input files
53##############################################################
54##############################################################
55##############################################################
56# Ocean namelist
57cp ${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00/namelist .
58
59# Local function to find namelists parameters
60supergrep () {
61    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
62}
63
64# namelist modifications
65PAT_NIT000=$( supergrep nit000             namelist )
66PAT_NITEND=$( supergrep nitend             namelist )
67PAT_NSTOCK=$( supergrep nstock             namelist )
68PAT_NWRITE=$( supergrep nwrite             namelist )
69PAT_NRSTDT=$( supergrep nrstdt             namelist )
70PAT_NBITCM=$( supergrep nbit_cmp           namelist )
71PAT_NSOLVV=$( supergrep nsolv              namelist )
72PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
73PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
74
75sed -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .false.%"          \
76    -e "s%$PAT_NIT000%   nit000     =     1   %"           \
77    -e "s%$PAT_NITEND%   nitend     =     ${ITERATIONS} %" \
78    -e "s%$PAT_NSTOCK%   nstock     =     ${ITERATIONS} %" \
79    -e "s%$PAT_NWRITE%   nwrite     =     60  %"           \
80    -e "s%$PAT_NRSTDT%   nrstdt     =     0   %"           \
81    -e "s%$PAT_NBITCM%   nbit_cmp   =     1%"              \
82    -e "s%$PAT_NSOLVV%   nsolv     =      2%"              \
83    -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .false.%" namelist > nam.tmp
84
85mv nam.tmp namelist
86
87# Analytical forcing
88
89# Get restarts files if needed
90if [ $type = '2_short' ]
91then
92    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then
93        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart.nc restart.nc
94        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart_mld.nc restart_mld.nc
95    fi
96
97    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
98        typeset -Z4 i=0
99        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
100        do
101           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart_${i}.nc restart_${i}.nc
102           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart_mld_${i}.nc restart_mld_${i}.nc
103           let i=$i+1
104        done
105    fi
106
107    # Ocean namelist modifications
108    PAT_NIT000=$( supergrep nit000             namelist )
109    PAT_NITEND=$( supergrep nitend             namelist )
110    PAT_NRSTDT=$( supergrep nrstdt             namelist )
111    PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
112    PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
113    ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
114    ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
115   
116    sed  -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .true.%"          \
117         -e "s%$PAT_NIT000%   nit000     =     $ORCA_NIT000 %" \
118         -e "s%$PAT_NITEND%   nitend     =     $ORCA_NITEND %" \
119         -e "s%$PAT_NRSTDT%   nrstdt     =     2%"             \
120         -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .true.%" namelist > nam.tmp
121   
122    mv nam.tmp namelist
123
124fi
125
126##############################################################
127##############################################################
128##############################################################
129###             Launch run
130##############################################################
131##############################################################
132##############################################################
133
134cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_${RUN} opa_${CONF}_${RUN}
135cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_memo opa_${CONF}_memo
136chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}
137chmod 777 opa_${CONF}_memo
138
139#
140# Profiling & Executable memory size
141####################################
142touch memory_size.txt
143
144case ${RUN} in
145        'mon' ) 
146#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
147#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}) )"    >> memory_size.txt
148#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo) )"   >> memory_size.txt  ;;
149#-T- aix6     ;;
150#-T- ax6_mono echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo) )"    >> memory_size.txt
151#-T- ax6_mono echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}) )"   >> memory_size.txt ;;
152#-T- osxxlf echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo) )"    >> memory_size.txt
153#-T- osxxlf echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}) )"   >> memory_size.txt ;;
154        'mpi' ) 
155#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
156#-T- aix6     ;;
157#-T- ax6_mono ;;
158#-T- osxxlf   ;;
159        'omp' ) 
160#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
161#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
162#-T- aix6     ;;
163#-T- ax6_mono ;;
164#-T- osxxlf   ;;
165esac
166#
167# >>>>>> EXECUTION < < < <
168##########################
169
170case ${RUN} in
171        'mon' | 'omp' ) 
172              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN} ;;
173        'mpi' ) 
174#-T- sx8brodie              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN} ;;
175#-T- aix6              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN} ;;
176#-T- osxxlf   mpd&
177#-T- osxxlf   sleep 5
178#-T- osxxlf   ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}
179#-T- osxxlf   mpdallexit ;;
180esac
181
182ls -l
183#
184
185##############################################################
186##############################################################
187##############################################################
188###             Save output files
189##############################################################
190##############################################################
191##############################################################
192case ${RUN} in
193   'mon' | 'omp' )
194               liste_files=' *abort* memory* namelist* perfs* solver.stat ocean.output layout* GYRE* restart* mono*' ;;
195   'mpi' )
196               liste_files=' *abort* namelist* solver.stat perfs* ocean.output* layout* GYRE* restart* mpp*' ;;
197esac
198
199# Ensure that all files saved are coming from the current run
200ind=1
201for k in $liste_files
202do
203   echo $k > temp
204   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
205   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
206       kc='perf*'
207       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${kc}
208       ind=0
209   fi
210   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/$k
211done
212
213##############################################################
214##############################################################
215##############################################################
216###             Retrieve some reference run files
217##############################################################
218##############################################################
219##############################################################
220if [ ${REF_TAG} ]
221then
222   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
223   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
224   for ref_file in ${LFILES}
225   do
226       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/REF/${ref_file}
227   done
228fi
229
230##############################################################
231##############################################################
232##############################################################
233###             Launch restart job
234##############################################################
235##############################################################
236##############################################################
237if [ $type = '1_short' ] ; then
238    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT
239    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short.ksh
240fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.