New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
job_ORCA2_LIM3.ksh in trunk/NVTK/INSTALL/JOBS – NEMO

source: trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/job_ORCA2_LIM3.ksh @ 2040

Last change on this file since 2040 was 2040, checked in by clevy, 14 years ago

[NVTK scripts in INSTALL/JOBS update, see ticket:#697]
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 12.8 KB
Line 
1# $Id$
2set -xv
3
4CONF=ORCA2_LIM3
5# Variables changed by lance_batch.ksh script
6RUN=xxx
7NB_PROCS=xxx
8LAUNCH=xxx
9LEXE=xxx
10CPERF=xxx
11D_INPUT=xxx
12D_GET=xxx
13REF_TAG=xxx
14MYO_EXP=xxx
15TSYMB=xxx
16USE_IOMPUT=xxx
17USE_IOSERVER=xxx
18NB_PROCS_IOSERVER=xxx
19#
20# Variables changed by ins_valid.ksh script
21MAINDIR=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE
22WORK=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE/modipsl/config/
23REF_OD=/u/rech/eee/reee831/NEMO_VALIDATION
24
25# Arguments
26# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
27type=$1
28
29case ${type} in
30        'long' ) 
31             DIROUT='LONG'
32             ITERATIONS=300 ;;
33             
34        '1_short' ) 
35             DIROUT='1_SHORT'
36             ITERATIONS=150 ;;
37             
38        '2_short' ) 
39             DIROUT='2_SHORT'
40             ITERATIONS=150 ;;
41
42        'gtime' ) 
43             DIROUT='GTIME'
44             ITERATIONS=5475 ;;
45esac
46
47# Working directory
48cd ${TMPDIR}
49#-T- osxxlf mkdir -p ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
50#-T- osxxlf cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
51#-T- osxxlf zback=$?
52#-T- osxxlf if [ ${zback} = 0 ] ; then rm -rf namelist* *.nc memory* solver.stat ocean.output* mpp.output* mono.output* ; fi
53
54##############################################################
55##############################################################
56##############################################################
57###             Input files
58##############################################################
59##############################################################
60##############################################################
61# Local function to copy namelists files
62get_namelist () {
63    if [ -a $1/$2_$3 ] ; then
64        cp $1/$2_$3 $4
65    else
66        echo '                ###############################################################'
67        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
68        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
69        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
70        echo '                ###############################################################'
71        echo "              $2_$3 file doesn't exist, we use the standard $2"
72        echo '                ###############################################################'
73        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
74        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
75        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
76        echo '                ###############################################################'
77        cp $1/$2 $4
78    fi
79}
80
81# Local function to find namelists parameters
82supergrep () {
83    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
84}
85
86# Ocean namelist
87LOC_NAM=${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00
88get_namelist ${LOC_NAM} namelist ${MYO_EXP} namelist
89
90# Sea-Ice namelist
91get_namelist ${LOC_NAM} namelist_ice_lim3 ${MYO_EXP} namelist_ice
92
93# iom_put xml file
94if [ "${USE_IOMPUT}" = "true" ]
95then
96    get_namelist ${LOC_NAM} xmlio_server.def ${MYO_EXP} xmlio_server.def
97    get_namelist ${LOC_NAM} iodef.xml ${MYO_EXP} iodef.xml
98    sed -e "s/^ *using_server *=.*$/  using_server = .${USE_IOSERVER}./" xmlio_server.def > tmp$$
99    mv tmp$$ xmlio_server.def
100fi
101
102# Local function to find namelists parameters
103supergrep () {
104    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
105}
106
107# namelist modifications
108PAT_NIT000=$( supergrep nn_it000           namelist )
109PAT_NITEND=$( supergrep nn_itend           namelist )
110PAT_NSTOCK=$( supergrep nn_stock           namelist )
111PAT_NWRITE=$( supergrep nn_write           namelist )
112PAT_NRSTDT=$( supergrep nn_rstctl          namelist )
113PAT_NBITCM=$( supergrep nn_bit_cmp         namelist )
114PAT_TRACEN=$( supergrep ln_traadv_cen2     namelist )
115PAT_TRATVD=$( supergrep ln_traadv_tvd      namelist )
116PAT_N_CLAA=$( supergrep nn_cla             namelist )
117PAT_NSOLVV=$( supergrep nn_solv            namelist )
118PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
119PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
120
121sed -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .false.%"          \
122    -e "s%$PAT_NIT000%   nn_it000     =     1   %"           \
123    -e "s%$PAT_NITEND%   nn_itend     =     ${ITERATIONS} %" \
124    -e "s%$PAT_NSTOCK%   nn_stock     =     ${ITERATIONS} %" \
125    -e "s%$PAT_NWRITE%   nn_write     =     75  %"           \
126    -e "s%$PAT_NRSTDT%   nn_rstctl    =     0   %"           \
127    -e "s%$PAT_NBITCM%   nn_bit_cmp   =     1%"              \
128    -e "s%$PAT_TRACEN%   ln_traadv_cen2   =  .false.%"     \
129    -e "s%$PAT_TRATVD%   ln_traadv_tvd    =  .true.%"      \
130    -e "s%$PAT_N_CLAA%   nn_cla   = 0%"                     \
131    -e "s%$PAT_NSOLVV%   nn_solv     =      2%"              \
132    -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .false.%" namelist > nam.tmp
133
134mv nam.tmp namelist
135
136# Get forcing files
137${D_GET} ${D_INPUT}/ORCA2_LIM_nemo_v3.2.tar ORCA2_LIM_nemo_v3.2.tar
138tar xvf ORCA2_LIM_nemo_v3.2.tar
139rm -f ORCA2_LIM_nemo_v3.2.tar
140
141# Get restarts files if needed
142if [ $type = '2_short' ]
143then
144    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then
145        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart.nc restart.nc
146        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_ice.nc restart_ice_in.nc
147        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_mld.nc restart_mld.nc
148    fi
149
150    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
151        typeset -Z4 i=0
152        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
153        do
154           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_${i}.nc restart_${i}.nc
155           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_ice_${i}.nc restart_ice_in_${i}.nc
156           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_mld_${i}.nc restart_mld_${i}.nc
157           let i=$i+1
158        done
159    fi
160
161    # Ocean namelist modifications
162    PAT_NIT000=$( supergrep nn_it000             namelist )
163    PAT_NITEND=$( supergrep nn_itend             namelist )
164    PAT_NRSTDT=$( supergrep nn_rstctl             namelist )
165    PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
166    PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
167    ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
168    ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
169   
170    sed  -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .true.%"          \
171         -e "s%$PAT_NIT000%   nn_it000     =     $ORCA_NIT000 %" \
172         -e "s%$PAT_NITEND%   nn_itend     =     $ORCA_NITEND %" \
173         -e "s%$PAT_NRSTDT%   nn_rstctl     =     2%"             \
174         -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .true.%" namelist > nam.tmp
175   
176    mv nam.tmp namelist
177
178fi
179
180##############################################################
181##############################################################
182##############################################################
183###             Launch run
184##############################################################
185##############################################################
186##############################################################
187
188cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
189cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP} opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
190chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
191chmod 777 opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
192if [ "${USE_IOSERVER}" = "true" ]
193then
194    cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/ioserver ioserver
195    chmod 777 ioserver
196fi
197#
198# Profiling & Executable memory size
199####################################
200touch memory_size.txt
201
202case ${RUN} in
203        'mon' ) 
204#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
205#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
206#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
207#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
208#-T- sx8mercure echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
209#-T- sx8mercure echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
210#-T- aix6 echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
211#-T- aix6 echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
212#-T- osxxlf echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
213#-T- osxxlf echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
214        'mpi' ) 
215#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
216#-T- sx8mercure export MPIPROGINF=detail ;;
217#-T- aix6     ;;
218#-T- osxxlf   ;;
219        'omp' ) 
220#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
221#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
222#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
223#-T- sx8mercure export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
224#-T- aix6     ;;
225#-T- osxxlf   ;;
226esac
227#
228# >>>>>> EXECUTION < < < <
229##########################
230
231
232if [ "${USE_IOSERVER}" = "true" ]
233then
234#-T- aix6        rm -f cmdfile
235#-T- aix6        cnt=1
236#-T- aix6        while [ $cnt -le ${NB_PROCS_IOSERVER} ]
237#-T- aix6        do
238#-T- aix6          echo "${CPERF#poe} ./ioserver" >> cmdfile
239#-T- aix6          cnt=$(( $cnt + 1 ))
240#-T- aix6        done
241#-T- aix6        cnt=1
242#-T- aix6        while [ $cnt -le ${NB_PROCS} ]
243#-T- aix6        do
244#-T- aix6          echo "${CPERF#poe} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}" >> cmdfile
245#-T- aix6          cnt=$(( $cnt + 1 ))
246#-T- aix6        done
247#-T- aix6        poe -pgmmodel MPMD -cmdfile ./cmdfile
248#-T- sx8brodie   echo "-p ${NB_PROCS_IOSERVER} -e ./ioserver" > cmdfile
249#-T- sx8brodie   echo "-p ${NB_PROCS} -e ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}" >> cmdfile
250#-T- sx8brodie   ${CPERF} ${LEXE%% *} -f cmdfile
251#-T- sx8mercure  echo "-p ${NB_PROCS_IOSERVER} -e ./ioserver" > cmdfile
252#-T- sx8mercure  echo "-p ${NB_PROCS} -e ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}" >> cmdfile
253#-T- sx8mercure  ${CPERF} ${LEXE%% *} -f cmdfile
254else
255    case ${RUN} in
256        'mon' | 'omp' ) 
257              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
258        'mpi' ) 
259#-T- sx8brodie         ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
260#-T- sx8mercure        ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
261#-T- aix6              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
262#-T- osxxlf   mpd&
263#-T- osxxlf   sleep 5
264#-T- osxxlf   ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
265#-T- osxxlf   mpdallexit ;;
266    esac
267   
268fi
269
270ls -l
271#
272
273##############################################################
274##############################################################
275##############################################################
276###             Save output files
277##############################################################
278##############################################################
279##############################################################
280case ${RUN} in
281   'mon' | 'omp' )
282               liste_files='*abort* memory* namelist* *xml* perfs* cmdfile solver.stat ocean.output layout* ORCA2* restart* mono*' ;;
283   'mpi' )
284               liste_files='*abort* namelist* *xml* solver.stat perfs* cmdfile ocean.output* layout* ORCA2* restart* mpp*' ;;
285esac
286
287# Ensure that all files saved are coming from the current run
288ind=1
289for k in $liste_files
290do
291   echo $k > temp
292   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
293   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
294       kc='perf*'
295       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/${kc}
296       ind=0
297   fi
298   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/$k
299done
300
301##############################################################
302##############################################################
303##############################################################
304###             Retrieve some reference run files
305##############################################################
306##############################################################
307##############################################################
308if [ ${REF_TAG} = 'nemo_v2' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v2_3' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v3' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v3_2' ]
309then
310   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
311   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
312   SAV_DIR=${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${REF_TAG}
313   if [ ! -d ${SAV_DIR} ] ;  then
314      mkdir ${SAV_DIR}
315   fi
316   for ref_file in ${LFILES}
317   do
318       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${SAV_DIR}/${ref_file}
319   done
320fi
321
322##############################################################
323##############################################################
324##############################################################
325###             Launch restart job
326##############################################################
327##############################################################
328##############################################################
329if [ $type = '1_short' ] ; then
330    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT/${MYO_EXP}
331    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short_${MYO_EXP}.ksh
332fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.