set -xv

CONF=ORCA2_LIM
# Variables changed by lance_batch.ksh script
RUN=xxx
NB_PROCS=xxx
LAUNCH=xxx
LEXE=xxx
CPERF=xxx
D_INPUT=xxx
D_GET=xxx
REF_TAG=xxx
TSYMB=xxx

# Variables changed by ins_valid.ksh script
MAINDIR=/Users/ctlod/WORK/AZE
WORK=/Users/ctlod/WORK/AZE/modipsl/config
REF_OD=/Volumes/FENUA/ORCA2_LIM_nemo_v2_IO

# Arguments
# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
type=$1

case ${type} in
        'long' ) 
             DIROUT='LONG'
             ITERATIONS=210 ;;
              
        '1_short' ) 
             DIROUT='1_SHORT'
             ITERATIONS=105 ;;
              
        '2_short' ) 
             DIROUT='2_SHORT'
             ITERATIONS=105 ;;

        'gtime' ) 
             DIROUT='GTIME'
             ITERATIONS=5475 ;;
esac

# Working directory
cd ${TMPDIR}
#-T- osxxlf cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/RUN
#-T- osxxlf zback=$?
#-T- osxxlf if [ ${zback} = 0 ] ; then rm -rf namelist* *.nc memory* solver.stat ocean.output* mpp.output* mono.output* ; fi

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###             Input files
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# Ocean namelist
cp ${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00/namelist namelist_f90
sed -e /!/d  namelist_f90 > namelist

# Sea-Ice namelist
cp ${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00/namelist_ice namelist_ice_f90
sed -e /!/d  namelist_ice_f90 > namelist_ice

# namelist modifications
PAT_NIT000=$( grep 'nit000     =' namelist )
PAT_NITEND=$( grep 'nitend     =' namelist )
PAT_NSTOCK=$( grep 'nstock     =' namelist )
PAT_NWRITE=$( grep 'nwrite     =' namelist )
PAT_NRSTDT=$( grep 'nrstdt     =' namelist )
PAT_NBITCM=$( grep 'nbit_cmp ='   namelist )
PAT_TRACEN=$( grep 'ln_traadv_cen2   =' namelist )
PAT_TRATVD=$( grep 'ln_traadv_tvd    =' namelist )
PAT_N_CLAA=$( grep 'n_cla   =' namelist )
PAT_NSOLVV=$( grep 'nsolv     =' namelist )
PAT_RESTAR=$( grep 'ln_rstart  =' namelist )
PAT_RESMLD=$( grep 'ln_trdmld_restart =' namelist )

sed    -e "s/$PAT_RESTAR/   ln_rstart  =  .false./" \
-e "s/$PAT_NIT000/   nit000     =     1/" \
-e "s/$PAT_NITEND/   nitend     =     ${ITERATIONS}/" \
-e "s/$PAT_NSTOCK/   nstock     =     ${ITERATIONS}/" \
-e "s/$PAT_NWRITE/   nwrite     =     75/" \
-e "s/$PAT_NRSTDT/   nrstdt     =     0/" \
-e "s/$PAT_NBITCM/   nbit_cmp =     1/" \
-e "s/$PAT_TRACEN/   ln_traadv_cen2   =  .false./" \
-e "s/$PAT_TRATVD/   ln_traadv_tvd    =  .true./" \
-e "s/$PAT_N_CLAA/   n_cla   = 0/" \
-e "s/$PAT_NSOLVV/   nsolv     =      2/" \
-e "s/$PAT_RESMLD/   ln_trdmld_restart  =  .false./" \
namelist > nam.tmp

mv nam.tmp namelist

# Get forcing files
${D_GET} ${D_INPUT}/ORCA2_LIM_nemo_v3.tar ORCA2_LIM_nemo_v3.tar
tar xvf ORCA2_LIM_nemo_v3.tar
rm -rf ORCA2_LIM_nemo_v3.tar

# Get restarts files if needed
if [ $type = '2_short' ]
then
    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart.nc restart.nc
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*restart_ice.nc restart_ice_in.nc
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart_mld.nc restart_mld.nc
    fi

    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
        typeset -Z4 i=0
        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
        do
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart_${i}.nc restart_${i}.nc
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*restart_ice_${i}.nc restart_ice_in_${i}.nc
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/*_restart_mld_${i}.nc restart_mld_${i}.nc
           let i=$i+1
        done
    fi

    # namelist modifications
    PAT_NIT000=$( grep 'nit000     =' namelist )
    PAT_NITEND=$( grep 'nitend     =' namelist )
    PAT_NRSTDT=$( grep 'nrstdt     =' namelist )
    PAT_RESTAR=$( grep 'ln_rstart  =' namelist )
    PAT_RESMLD=$( grep 'ln_trdmld_restart =' namelist )
    ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
    ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
    
    sed    -e "s/$PAT_RESTAR/   ln_rstart  =  .true./" \
    -e "s/$PAT_NIT000/   nit000     =     $ORCA_NIT000/" \
    -e "s/$PAT_NITEND/   nitend     =     $ORCA_NITEND/" \
    -e "s/$PAT_NRSTDT/   nrstdt     =     2/" \
    -e "s/$PAT_RESMLD/   ln_trdmld_restart  =  .true./" \
    namelist > nam.tmp
    
    mv nam.tmp namelist

fi

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###             Launch run
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##############################################################

cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_${RUN} opa_${CONF}_${RUN}
cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_memo opa_${CONF}_memo
chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}
chmod 777 opa_${CONF}_memo

#
# Profiling & Executable memory size
####################################
touch memory_size.txt

case ${RUN} in
        'mon' ) 
#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}) )"    >> memory_size.txt 
#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo) )"   >> memory_size.txt  ;;
#-T- aix     ;;
#-T- ax_mono echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo) )"    >> memory_size.txt 
#-T- ax_mono echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}) )"   >> memory_size.txt ;;
#-T- osxxlf echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo) )"    >> memory_size.txt 
#-T- osxxlf echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}) )"   >> memory_size.txt ;; 
        'mpi' ) 
#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
#-T- aix     ;;
#-T- ax_mono ;;
#-T- osxxlf  ;;
        'omp' ) 
#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
#-T- aix     ;;
#-T- ax_mono ;;
#-T- osxxlf  ;;
esac
#
# >>>>>> EXECUTION < < < <
##########################

case ${RUN} in
        'mon' | 'omp' ) 
              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN} ;;
        'mpi' ) 
#-T- sx8brodie              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN} ;;
#-T- aix              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN} ;;
#-T- osxxlf   mpd&
#-T- osxxlf   sleep 5
#-T- osxxlf   ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}
#-T- osxxlf   mpdallexit ;;
esac

ls -l
#

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##############################################################
###             Save output files
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##############################################################
##############################################################
case ${RUN} in
	'mon' | 'omp' )
               liste_files='*abort* memory* namelist* perfs* solver.stat ocean.output layout* ORCA2* restart* mono*' ;;
	'mpi' )
               liste_files='*abort* namelist* solver.stat perfs* ocean.output* layout* ORCA2* restart* mpp*' ;;
esac

# Ensure that all files saved are coming from the current run
ind=1
for k in $liste_files
do
   echo $k > temp
   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
       kc='perf*'
       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${kc}
       ind=0
   fi
   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/$k
done

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###             Retrieve some reference run files
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##############################################################
if [ ${REF_TAG} ]
then
   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
   for ref_file in ${LFILES}
   do
       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/REF/${ref_file}
   done
fi

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###             Launch restart job
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##############################################################
if [ $type = '1_short' ] ; then
    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT
    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short.ksh
fi