New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
prepare_job.sh in utils/CI/sette – NEMO

source: utils/CI/sette/prepare_job.sh

Last change on this file was 15007, checked in by jchanut, 3 years ago

Update MOI Kara sette setup
  • Property svn:executable set to *
File size: 11.7 KB
Line 
1#####################################################
2# Author : Simona Flavoni for NEMO
3# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr
4#
5# ----------------------------------------------------------------------
6# NEMO/SETTE , NEMO Consortium (2010)
7# Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
8# ----------------------------------------------------------------------
9#
10# Some scripts called by sette.sh
11# prepare_job.sh   : creates the job script for running job
12######################################################
13#set -vx
14set -o posix
15#set -u
16#set -e
17#+
18#
19# ================
20# prepare_job.sh
21# ================
22#
23# -------------------------------------------------
24# script that creates the job script for NEMO tests
25# -------------------------------------------------
26#
27# SYNOPSIS
28# ========
29#
30# ::
31#
32#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE
33#
34#
35# DESCRIPTION
36# ===========
37#
38# Part of the SETTE package to run tests for NEMO
39#
40# prepare the script $JOB_FILE to run the tests
41#
42# EXAMPLES
43# ========
44#
45# ::
46#
47#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG $JOB_FILE
48#
49# prepare the $JOB_FILE for execution
50#
51#
52# TODO
53# ====
54#
55# option debug
56#
57#
58# EVOLUTIONS
59# ==========
60#
61# $Id: prepare_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $
62#
63#
64#
65#   * creation
66#
67#-
68#
69
70usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE NUM_XIO_SERVERS"
71usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_ICE_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE 0 2"
72
73
74minargcount=6
75        if [ ${#} -lt ${minargcount} ]
76        then
77                echo "not enough arguments for prepare_job.sh script"
78                echo "control number of argument of prepare_job.sh in sette.sh"
79                echo "${usage}"
80        exit 1
81        fi
82        unset minargcount
83   if [ ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then
84           touch ${SETTE_DIR}/output.sette
85   fi
86       
87#
88# set and export TEST_NAME. It will be used within the post_test_tidyup function
89#
90INPUTARFILE=$1
91NB_PROC=$2
92TEST_NAME=$3
93MPI_FLAG=$4
94JOB_FILE=$5
95NXIO_PROC=$6
96NEMO_VALID=$7
97
98# export EXE_DIR. This directory is used to execute model
99#
100#
101#
102echo "date: `date`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
103echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
104echo "running config: ${NEW_CONF}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
105echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
106echo "list of cpp_keys: " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
107echo "`more ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
108echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
109echo "compiling with: ${CMP_NAM}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
110echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
111echo "executing script : \"fcm_job $@\" " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
112echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
113
114################################################################
115# SET INPUT
116# get the input tarfile if needed
117if [ "$(cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE | wc -w)" -ne 0 ] ; then
118   echo "looking for input files in ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
119# number of tarfiles: NBTAR
120   NBTAR=`cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE |wc -l` 
121   echo "NB of tarfiles ${NBTAR} " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
122# loop on tarfiles
123# read file name and directory
124   while read tar_file dir_conf_forc
125   do
126       echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
127       echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} >> ${SETTE_DIR}/output.sette
128       if [ -d ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ] ; then
129      # input dir ar there, only check the links
130           echo "input dir ar there, only check the links" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
131      # extract tarfile
132       else       
133      if [ ! -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] ; then 
134          echo "tarfile  ${FORCING_DIR}/${tar_file} cannot be found we stop " ; exit 2 ; fi
135
136      echo " extract from tarfile ${FORCING_DIR}/${tar_file} in  ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
137
138      istgz=$( echo ${FORCING_DIR}/${tar_file} | grep -c "gz$" )
139      if [ $istgz -eq 1 ]
140      then
141          withdir=$( tar tfz ${FORCING_DIR}/${tar_file} | head -n 1  | grep -c "${dir_conf_forc}/$" )
142      else
143          withdir=$( tar tf  ${FORCING_DIR}/${tar_file} | head -n 1  | grep -c "${dir_conf_forc}/$" )
144      fi
145      if [ $withdir -eq 0 ]
146      then
147          mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} 
148          cd    ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
149      else
150          cd    ${FORCING_DIR}
151      fi
152      if [ $istgz -eq 1 ]
153      then
154          tar xvfz ${FORCING_DIR}/${tar_file}
155      else
156               tar xvf ${FORCING_DIR}/${tar_file}
157          [ $( ls -1 *gz 2>/dev/null | wc -l ) -gt 0 ] && gunzip -f *gz
158      fi
159       fi
160       # Tarfile and input dir ar there, only check the links
161       cd ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
162       for fida in *
163       do
164           [ -f ${EXE_DIR}/${fida} ] || ln -s ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}/${fida} ${EXE_DIR}/${fida}
165       done
166   done < ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE
167   
168else
169    echo "no input file to be searched "
170fi
171################################################################
172
173################################################################
174# RUN OPA
175cd ${EXE_DIR}
176if [ ! -r ${EXE_DIR}/nemo ]
177    then
178    echo "executable nemo does not exist"
179    echo "executable nemo does not exist, exit"  >> ${SETTE_DIR}/output.sette
180    exit 1
181fi
182
183# example for NOCS ClusterVision system using SLURM batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file)
184#
185  #  if [ ${MPI_FLAG} == "no" ] ; then
186      case ${COMPILER} in
187         X64_MOBILIS*)
188                                NB_REM=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 + $2 ) % 16}')
189               if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
190               # number of processes required is an integer multiple of 16
191               #
192               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + $2 ) / 16}')
193            else
194               #
195               # number of processes required is not an integer multiple of 16
196               # round up the number of nodes required.
197               #
198               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1 + $2 ) / 16 + 1 )}')
199                  fi
200            ;;
201         X86_ARCHER2*)
202                                MK_TEMPLATE=$( /work/n01/shared/acc/mkslurm_settejob_4.2 -S $NXIO_PROC -s 8 -m 4 -C $NB_PROC -g 2 -a n01-CLASS -j sette_job -t 20:00 > ${SETTE_DIR}/job_batch_template )
203            ;;
204                        XC40_METO*) #Setup for Met Office XC40 with any compiler
205                                # ocean cores are packed 32 to a node
206                                # If we need more than one node then have to use parallel queue and XIOS must have a node to itself
207                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 32 ) }')
208                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
209                                        # number of processes required is an integer multiple of 32
210                                        #
211                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 32}')
212                                else
213                                        #
214                                        # number of processes required is not an integer multiple of 32
215                                        # round up the number of nodes required.
216                                        #
217                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 32 + 1 )}')
218                                fi
219                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
220                                if [ $NXIO_PROC == 0 ] ; then
221                                    NB_XNODES=0
222                                else
223                                    NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 % 4 ) }')
224                                    if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
225                                            # number of processes required is an integer multiple of 4                           
226                                            #
227                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print (( $1 / 4 ) + 1)}') 
228                                    else
229                                            #
230                                            # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
231                                            # round up the number of nodes required.
232                                            #
233                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 4 + 1) }')                   
234                                    fi
235                                fi
236                                if [ ${NB_XNODES} -ge 1 ] ; then
237                                   NB_NODES=$((NB_NODES+NB_XNODES))
238                                fi
239                                echo NB_XNODES=${NB_XNODES} 
240                                echo Total NB_NODES=${NB_NODES}
241                                QUEUE=normal
242                                SELECT="select=$NB_NODES"
243                                module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded
244                                ;;
245                        X64_JEANZAY*) #Setup for Jean-Zay
246                                export GROUP_IDRIS=`echo ${IDRPROJ}`
247                                ;;
248                        X64_KARA*)
249                                NB_PROC_NODE=32
250                                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % $NB_PROC_NODE }' | awk '{print $1 / $NB_PROC_NODE }' )
251                                if [ ${NB_PROC} -le 128 ] ; then
252                                      QUEUE=multi
253                                fi
254                                ;;
255         *)
256            NB_NODES=${NB_PROC}
257            ;;
258      esac
259#
260# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings
261#
262        TOTAL_NPROCS=$(( $NB_PROC + $NXIO_PROC ))
263        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/\(=\| \)NODES/\1${NB_NODES}/" \
264             -e"s/TOTAL_NPROCS/${TOTAL_NPROCS}/" \
265             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \
266             -e"s/NXIOPROCS/${NXIO_PROC}/" \
267             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \
268             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \
269             -e"s:DEF_CONFIG_DIR:${CONFIG_DIR}:" \
270             -e"s:DEF_TOOLS_DIR:${TOOLS_DIR}:" \
271             -e"s:MPI_FLAG:${MPI_FLAG}:" \
272             -e"s:DEF_NEMO_VALIDATION:${NEMO_VALID}:" -e"s:DEF_NEW_CONF:${NEW_CONF}:" \
273             -e"s:DEF_CMP_NAM:${CMP_NAM}:" -e"s:DEF_TEST_NAME:${TEST_NAME}:" > run_sette_test.job
274
275        case ${COMPILER} in
276              X64_KARA*)
277                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" \
278                                                 -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job
279                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
280                    ;;
281              XC40_METO*)
282                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job
283                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
284                    ;;
285              X64_JEANZAY*)
286                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/GROUP_IDRIS/${GROUP_IDRIS}/" > run_sette_test1.job
287                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
288                    ;;
289   esac
290#
291# create the unique submission job script
292#
293   if [ ! -f $JOB_FILE ] ; then
294      mv run_sette_test.job $JOB_FILE
295   else
296       e=`grep -n "# END_BODY" ${JOB_FILE} | cut -d : -f 1`
297            e=$(($e - 1))
298       head -$e $JOB_FILE > ${JOB_FILE}_new
299       mv ${JOB_FILE}_new ${JOB_FILE}
300       l=`wc -l run_sette_test.job | sed -e "s:run_sette_test.job::"`
301       b=`grep -n "# BODY" run_sette_test.job | cut -d : -f 1`
302       t=$(($l - $b))
303       tail -$t run_sette_test.job >> $JOB_FILE
304   fi
305   
306   chmod a+x $JOB_FILE ; echo "$JOB_FILE is ready"
307
308#fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.