New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
prepare_job.sh in utils/CI/sette – NEMO

source: utils/CI/sette/prepare_job.sh @ 11805

Last change on this file since 11805 was 11805, checked in by gsamson, 4 years ago

remove Mercator old cluster (Naviti) arch from SETTE
  • Property svn:executable set to *
File size: 13.3 KB
Line 
1#####################################################
2# Author : Simona Flavoni for NEMO
3# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr
4#
5# ----------------------------------------------------------------------
6# NEMO/SETTE , NEMO Consortium (2010)
7# Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
8# ----------------------------------------------------------------------
9#
10# Some scripts called by sette.sh
11# prepare_job.sh   : creates the job script for running job
12######################################################
13#set -vx
14set -o posix
15#set -u
16#set -e
17#+
18#
19# ================
20# prepare_job.sh
21# ================
22#
23# -------------------------------------------------
24# script that creates the job script for NEMO tests
25# -------------------------------------------------
26#
27# SYNOPSIS
28# ========
29#
30# ::
31#
32#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE
33#
34#
35# DESCRIPTION
36# ===========
37#
38# Part of the SETTE package to run tests for NEMO
39#
40# prepare the script $JOB_FILE to run the tests
41#
42# EXAMPLES
43# ========
44#
45# ::
46#
47#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG $JOB_FILE
48#
49# prepare the $JOB_FILE for execution
50#
51#
52# TODO
53# ====
54#
55# option debug
56#
57#
58# EVOLUTIONS
59# ==========
60#
61# $Id: prepare_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $
62#
63#
64#
65#   * creation
66#
67#-
68#
69
70usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE NUM_XIO_SERVERS"
71usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_ICE_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE 0 2"
72
73
74minargcount=6
75        if [ ${#} -lt ${minargcount} ]
76        then
77                echo "not enough arguments for prepare_job.sh script"
78                echo "control number of argument of prepare_job.sh in sette.sh"
79                echo "${usage}"
80        exit 1
81        fi
82        unset minargcount
83   if [ ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then
84           touch ${SETTE_DIR}/output.sette
85   fi
86       
87#
88# set and export TEST_NAME. It will be used within the post_test_tidyup function
89#
90INPUTARFILE=$1
91NB_PROC=$2
92TEST_NAME=$3
93MPI_FLAG=$4
94JOB_FILE=$5
95NXIO_PROC=$6
96NEMO_VALID=$7
97
98# export EXE_DIR. This directory is used to execute model
99#
100#
101#
102echo "date: `date`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
103echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
104echo "running config: ${NEW_CONF}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
105echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
106echo "list of cpp_keys: " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
107echo "`more ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
108echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
109echo "compiling with: ${CMP_NAM}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
110echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
111echo "executing script : \"fcm_job $@\" " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
112echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
113
114################################################################
115# SET INPUT
116# get the input tarfile if needed
117if [ "$(cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE | wc -w)" -ne 0 ] ; then
118   echo "looking for input files in ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
119# number of tarfiles: NBTAR
120   NBTAR=`cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE |wc -l` 
121   echo "NB of tarfiles ${NBTAR} " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
122# loop on tarfiles
123# read file name and directory
124while read tar_file dir_conf_forc
125do
126      echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ; echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} >> ${SETTE_DIR}/output.sette
127      if [ -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] && [ -d ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ] ; then
128# Tarfile and input dir ar there, only check the links
129         echo "Tarfile and input dir ar there, only check the links" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
130# extract tarfile
131      else
132
133if [ ! -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] ; then 
134     echo "tarfile  ${FORCING_DIR}/${tar_file} cannot be found we stop " ; exit 2 ; fi
135
136echo "mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
137         mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} 
138         cd    ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
139echo " extract from tarfile ${FORCING_DIR}/${tar_file} in  ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
140         tar xvof ${FORCING_DIR}/${tar_file} ; gunzip -f `find . -name "*.gz"` 
141      fi
142# Tarfile and input dir ar there, only check the links
143      cd ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
144      for fida in *
145         do
146           [ -f ${EXE_DIR}/${fida} ] || ln -s ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}/${fida} ${EXE_DIR}/${fida}
147         done
148    done < ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE
149
150else
151  echo "no input file to be searched "
152fi
153################################################################
154
155################################################################
156# RUN OPA
157cd ${EXE_DIR}
158if [ ! -r ${EXE_DIR}/nemo ]
159    then
160    echo "executable nemo does not exist"
161    echo "executable nemo does not exist, exit"  >> ${SETTE_DIR}/output.sette
162    exit 1
163fi
164
165# example for NOCS ClusterVision system using SLURM batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file)
166#
167  #  if [ ${MPI_FLAG} == "no" ] ; then
168      case ${COMPILER} in
169         X64_MOBILIS)
170                                NB_REM=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 + $2 ) % 16}')
171               if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
172               # number of processes required is an integer multiple of 16
173               #
174               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + $2 ) / 16}')
175            else
176               #
177               # number of processes required is not an integer multiple of 16
178               # round up the number of nodes required.
179               #
180               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1 + $2 ) / 16 + 1 )}')
181                  fi
182            ;;
183                        XC_ARCHER_INTEL)
184                                # ocean cores are packed 24 to a node
185                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 24 ) }')
186                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
187                                        # number of processes required is an integer multiple of 24
188                                        #
189                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 24}')
190                                else
191                                        #
192                                        # number of processes required is not an integer multiple of 24
193                                        # round up the number of nodes required.
194                                        #
195                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 24 + 1 )}')
196                                fi
197                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
198                                # but can not share nodes with the ocean cores
199                                NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $2 % 4 ) }')
200                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
201                                        # number of processes required is an integer multiple of 4                           
202                                        #
203                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ))}')                   
204                                else
205                                        #
206                                        # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
207                                        # round up the number of nodes required.
208                                        #
209                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ) + 1)}') 
210                                fi
211                                ;;
212                        XC40_METO*) #Setup for Met Office XC40 with any compiler
213                                # ocean cores are packed 32 to a node
214                                # If we need more than one node then have to use parallel queue and XIOS must have a node to itself
215                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 32 ) }')
216                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
217                                        # number of processes required is an integer multiple of 32
218                                        #
219                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 32}')
220                                else
221                                        #
222                                        # number of processes required is not an integer multiple of 32
223                                        # round up the number of nodes required.
224                                        #
225                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 32 + 1 )}')
226                                fi
227                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
228                                if [ $NXIO_PROC == 0 ] ; then
229                                    NB_XNODES=0
230                                else
231                                    NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 % 4 ) }')
232                                    if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
233                                            # number of processes required is an integer multiple of 4                           
234                                            #
235                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print (( $1 / 4 ) + 1)}') 
236                                    else
237                                            #
238                                            # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
239                                            # round up the number of nodes required.
240                                            #
241                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 4 + 1) }')                   
242                                    fi
243                                fi
244                                if [ ${NB_XNODES} -ge 1 ] ; then
245                                   NB_NODES=$((NB_NODES+NB_XNODES))
246                                fi
247                                echo NB_XNODES=${NB_XNODES} 
248                                echo Total NB_NODES=${NB_NODES}
249                                QUEUE=normal
250                                SELECT="select=$NB_NODES"
251                                module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded
252                                ;;
253                        X64_JEANZAY*) #Setup for Jean-Zay
254                                export GROUP_IDRIS=`echo ${USER} |cut -c 2-4`
255                                ;;
256                        openmpi_KARA_MERCATOR_XIOS)
257                                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 32}'  | awk '{print $1 / 32 }')
258                                NB_PROC_NODE=32
259
260                                if [ ${NB_PROC} -le 128 ] ; then
261                                      QUEUE=multi
262                                      NB_PROC_NODE=32
263                                fi
264                                echo NB_PROCS     ${NB_PROC}
265                                echo NB_NODES     ${NB_NODES}
266                                echo NB_PROC_NODE ${NB_PROC_NODE}
267                                ;;
268         *)
269            NB_NODES=${NB_PROC}
270            ;;
271
272      esac
273#
274# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings
275#
276        TOTAL_NPROCS=$(( $NB_PROC + $NXIO_PROC ))
277        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" \
278             -e"s/TOTAL_NPROCS/${TOTAL_NPROCS}/" \
279             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \
280             -e"s/NXIOPROCS/${NXIO_PROC}/" \
281             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \
282             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \
283             -e"s:DEF_CONFIG_DIR:${CONFIG_DIR}:" \
284             -e"s:DEF_TOOLS_DIR:${TOOLS_DIR}:" \
285             -e"s:MPI_FLAG:${MPI_FLAG}:" \
286             -e"s:DEF_NEMO_VALIDATION:${NEMO_VALID}:" -e"s:DEF_NEW_CONF:${NEW_CONF}:" \
287             -e"s:DEF_CMP_NAM:${CMP_NAM}:" -e"s:DEF_TEST_NAME:${TEST_NAME}:" > run_sette_test.job
288
289        case ${COMPILER} in
290              openmpi_KARA_MERCATOR_XIOS )
291                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" \
292                                                 -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job
293                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
294                    ;;
295              XC40_METO*)
296                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job
297                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
298                    ;;
299              X64_JEANZAY*)
300                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/GROUP_IDRIS/${GROUP_IDRIS}/" > run_sette_test1.job
301                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
302                    ;;
303   esac
304#
305# create the unique submission job script
306#
307   if [ ! -f $JOB_FILE ] ; then
308      mv run_sette_test.job $JOB_FILE
309   else
310       e=`grep -n "# END_BODY" ${JOB_FILE} | cut -d : -f 1`
311            e=$(($e - 1))
312       head -$e $JOB_FILE > ${JOB_FILE}_new
313       mv ${JOB_FILE}_new ${JOB_FILE}
314       l=`wc -l run_sette_test.job | sed -e "s:run_sette_test.job::"`
315       b=`grep -n "# BODY" run_sette_test.job | cut -d : -f 1`
316       t=$(($l - $b))
317       tail -$t run_sette_test.job >> $JOB_FILE
318   fi
319   
320   chmod a+x $JOB_FILE ; echo "$JOB_FILE is ready"
321
322#fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.