Ignore:
Timestamp:
2018-11-16T16:06:47+01:00 (2 years ago)
Author:
davestorkey
Message:

UKMO/dev_r9950_GO8_package: Update to be relative to rev 10321 of NEMO4_beta_mirror branch.

Location:
NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs
Files:
24 edited
4 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/AGRIF_DEMO/EXPREF/1_namelist_cfg

    r9773 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!                         AGRIF ICE configuration                      ! 
     
    127127&namsbc_rnf    !   runoffs                                              (ln_rnf =T) 
    128128!----------------------------------------------------------------------- 
    129    ln_rnf_mouth= .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
     129   ln_rnf_mouth = .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
    130130      rn_hrnf     =  15.e0    !  depth over which enhanced vertical mixing is used    (ln_rnf_mouth=T) 
    131131      rn_avt_rnf  =   1.e-3   !  value of the additional vertical mixing coef. [m2/s] (ln_rnf_mouth=T) 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/AGRIF_DEMO/EXPREF/2_namelist_cfg

    r9773 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/1_namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/1_namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!                         AGRIF ICE configuration                      ! 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/AGRIF_DEMO/EXPREF/3_namelist_cfg

    r9773 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/1_namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/1_namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!                         AGRIF ICE configuration                      ! 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/AGRIF_DEMO/EXPREF/namelist_cfg

    r9771 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!                         AGRIF ICE configuration                      ! 
     
    127127&namsbc_rnf    !   runoffs                                              (ln_rnf =T) 
    128128!----------------------------------------------------------------------- 
    129    ln_rnf_mouth= .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
     129   ln_rnf_mouth = .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
    130130      rn_hrnf     =  15.e0    !  depth over which enhanced vertical mixing is used    (ln_rnf_mouth=T) 
    131131      rn_avt_rnf  =   1.e-3   !  value of the additional vertical mixing coef. [m2/s] (ln_rnf_mouth=T) 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/AMM12/EXPREF/namelist_cfg

    r9742 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!                          AMM12 configuration                         ! 
     
    219219&namdrg        !   top/bottom drag coefficient                          (default: NO selection) 
    220220!----------------------------------------------------------------------- 
    221    ln_loglayer= .true.     !  logarithmic drag: Cd = vkarmn/log(z/z0) |U| 
     221   ln_loglayer = .true.     !  logarithmic drag: Cd = vkarmn/log(z/z0) |U| 
    222222/ 
    223223!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/C1D_PAPA/EXPREF/namelist_cfg

    r9799 r10322  
    22!! NEMO/OCE :   Reference namelist_ref                                !! 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    4 !! NEMO/OPA  :  1 - Domain & run manager (namrun, namcfg, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
     4!! NEMO/OCE  :  1 - Domain & run manager (namrun, namcfg, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
    55!! namelists    2 - Surface boundary (namsbc, namsbc_flx, namsbc_blk, namsbc_cpl, 
    66!!                                    namsbc_sas, namtra_qsr, namsbc_rnf, 
     
    8181   rn_lat1d    =      50   !  Column latitude 
    8282   rn_lon1d    =    -145   !  Column longitude 
    83    ln_c1d_locpt=  .true.   ! Localization of 1D config in a grid (T) or independant point (F) 
     83   ln_c1d_locpt =  .true.   ! Localization of 1D config in a grid (T) or independant point (F) 
    8484/ 
    8585!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/C1D_PAPA/MY_SRC/usrdef_hgr.F90

    • Property svn:keywords set to Id
    r9950 r10322  
    3030   !! NEMO/OCE 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
    3131   !! $Id$ 
    32    !! Software governed by the CeCILL licence     (./LICENSE) 
     32   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE) 
    3333   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3434CONTAINS 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/C1D_PAPA/MY_SRC/usrdef_nam.F90

    • Property svn:keywords set to Id
    r9950 r10322  
    3535   !! NEMO/OCE 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
    3636   !! $Id$ 
    37    !! Software governed by the CeCILL licence     (./LICENSE) 
     37   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE) 
    3838   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3939CONTAINS 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/C1D_PAPA/MY_SRC/usrdef_zgr.F90

    • Property svn:keywords set to Id
    r9950 r10322  
    3535   !! NEMO/OCE 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
    3636   !! $Id$ 
    37    !! Software governed by the CeCILL licence     (./LICENSE) 
     37   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE) 
    3838   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3939CONTAINS              
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/GYRE_BFM/EXPREF/namelist_cfg

    r9560 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  : GYRE Configuration namelist : overwrite reference namelist 
     2!! NEMO/OCE  : GYRE Configuration namelist : overwrite reference namelist 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/GYRE_PISCES/EXPREF/namelist_cfg

    r9742 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite reference namelist 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite reference namelist 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!!                      GYRE PISCES configuration                     !! 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/context_nemo.xml

    r9930 r10322  
    66<context id="nemo"> 
    77<!-- $id$ --> 
    8     <variable_definition> 
    9     <!-- Year of time origin for NetCDF files; defaults to 1800 --> 
    10        <variable id="ref_year" type="int"   > 1800 </variable> 
    11        <variable id="rau0"     type="float" > 1026.0 </variable> 
    12        <variable id="cpocean"  type="float" > 3991.86795711963 </variable> 
    13        <variable id="convSpsu" type="float" > 0.99530670233846  </variable> 
    14        <variable id="rhoic"    type="float" > 917.0 </variable> 
    15        <variable id="rhosn"    type="float" > 330.0 </variable> 
    16        <variable id="missval"  type="float" > 1.e20 </variable> 
    17     </variable_definition> 
    188<!-- Fields definition --> 
    19     <field_definition src="./field_def_nemo-oce.xml"/>    <!--  NEMO ocean dynamics     --> 
    20     <field_definition src="./field_def_nemo-ice.xml"/>    <!--  NEMO sea-ice model      --> 
    21     <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/> <!--  NEMO ocean biology      --> 
     9    <field_definition src="./field_def_nemo-oce.xml"/>    <!--  NEMO ocean dynamics     -->  
     10    <field_definition src="./field_def_nemo-ice.xml"/>    <!--  NEMO sea-ice model      -->  
     11    <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/> <!--  NEMO ocean biology      -->  
    2212 
    2313<!-- Files definition --> 
    24     <file_definition src="./file_def_nemo-oce.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics      --> 
    25     <file_definition src="./file_def_nemo-ice.xml"/>     <!--  NEMO sea-ice model       --> 
    26     <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>  <!--  NEMO ocean biology       --> 
     14    <file_definition src="./file_def_nemo-oce.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics      -->  
     15    <file_definition src="./file_def_nemo-ice.xml"/>     <!--  NEMO sea-ice model       -->  
     16    <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>  <!--  NEMO ocean biology       -->  
    2717    <!--  
    2818============================================================================================================ 
     
    3222     
    3323    <axis_definition> 
    34       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    35       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    36       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    37       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    38       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="-"                 /> 
    39       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    40       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    41       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    42       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
     24      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     25      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
     26      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
     27      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
     28      <axis id="profsed" long_name="Vertical S levels" unit="cm" positive="down" /> 
     29      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
     30      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
     31      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"               /> 
     32      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     33      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
    4334    </axis_definition> 
    4435  
     
    4637   
    4738    <grid_definition src="./grid_def_nemo.xml"/> 
    48  
     39     
    4940</context> 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_cfg

    r9838 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!!             ORCA2 - ICE - PISCES configuration                     !! 
     
    8888   nn_fwb      = 2         !  FreshWater Budget:  
    8989   !                       !    =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
     90   ln_wave     = .false.   !  Activate coupling with wave  (T => fill namsbc_wave) 
     91   ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     92   ln_sdw      = .false.   !  Read 2D Surf Stokes Drift & Computation of 3D stokes drift (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave)  
     93   nn_sdrift   =  0        !  Parameterization for the calculation of 3D-Stokes drift from the surface Stokes drift 
     94      !                    !   = 0 Breivik 2015 parameterization: v_z=v_0*[exp(2*k*z)/(1-8*k*z)] 
     95      !                    !   = 1 Phillips:                      v_z=v_o*[exp(2*k*z)-beta*sqrt(-2*k*pi*z)*erfc(sqrt(-2*k*z))] 
     96      !                    !   = 2 Phillips as (1) but using the wave frequency from a wave model 
     97   ln_tauwoc   = .false.   !  Activate ocean stress modified by external wave induced stress (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     98   ln_tauw     = .false.   !  Activate ocean stress components from wave model 
     99   ln_stcor    = .false.   !  Activate Stokes Coriolis term (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    90100/ 
    91101!----------------------------------------------------------------------- 
     
    135145&namsbc_rnf    !   runoffs                                              (ln_rnf =T) 
    136146!----------------------------------------------------------------------- 
    137    ln_rnf_mouth= .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
     147   ln_rnf_mouth = .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
    138148      rn_hrnf     =  15.e0    !  depth over which enhanced vertical mixing is used    (ln_rnf_mouth=T) 
    139149      rn_avt_rnf  =   1.e-3   !  value of the additional vertical mixing coef. [m2/s] (ln_rnf_mouth=T) 
     
    149159   sn_t_rnf    = 'runoffs'            ,    24    , 'rotemper',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    150160   sn_dep_rnf  = 'runoffs'            ,     0    , 'rodepth' ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     161/ 
     162!----------------------------------------------------------------------- 
     163&namsbc_wave   ! External fields from wave model                        (ln_wave=T) 
     164!----------------------------------------------------------------------- 
    151165/ 
    152166!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_pisces_cfg

    r9572 r10322  
    1616/ 
    1717!----------------------------------------------------------------------- 
    18 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     18&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    1919!----------------------------------------------------------------------- 
    2020/ 
    2121!----------------------------------------------------------------------- 
    22 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     22&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    2323!----------------------------------------------------------------------- 
    2424/ 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_OFF_PISCES/EXPREF/context_nemo.xml

    r9930 r10322  
    2323      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    2424      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
     25      <axis id="profsed" long_name="Vertical S levels" unit="cm" positive="down" /> 
    2526      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
    2627      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_OFF_PISCES/EXPREF/namelist_pisces_cfg

    r9572 r10322  
    1717/ 
    1818!----------------------------------------------------------------------- 
    19 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     19&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    2020!----------------------------------------------------------------------- 
    2121/ 
    2222!----------------------------------------------------------------------- 
    23 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     23&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    2424!----------------------------------------------------------------------- 
    2525/ 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_OFF_TRC/EXPREF/namelist_cfg

    r9742 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!!               ORCA2 - OFF - TRC configuration                     !! 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/ORCA2_SAS_ICE/EXPREF/namelist_cfg

    r9742 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!!                ORCA2-ICE (with SAS) configuration                  !! 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/SHARED/field_def_nemo-pisces.xml

    r9539 r10322  
    115115 
    116116     </field_group> 
     117 
     118     <!-- SEDIMENT variables on T sediment grid  --> 
     119     <field_group id="sed_T" grid_ref="grid_T_3DS"> 
     120       <field id="SedDIC"          long_name="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     121       <field id="SedAlkalini"     long_name="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     122       <field id="SedO2"           long_name="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     123       <field id="SedCaCO3"        long_name="Calcite Concentration"                    unit="%" /> 
     124       <field id="SedPOS"          long_name="Semi-ref POC Concentration"               unit="%" /> 
     125       <field id="SedPOR"          long_name="Refractory POC Concentration"             unit="%" /> 
     126       <field id="SedPO4"          long_name="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     127       <field id="SedPOC"          long_name="Labile POC Concentration"                 unit="%" /> 
     128       <field id="SedSil"          long_name="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     129       <field id="SedFe2"          long_name="Fe2+ Concentration"                       unit="mmol/m3" /> 
     130       <field id="SedBSi"          long_name="Biogenic Silicate Concentration"          unit="%" /> 
     131       <field id="SedNO3"          long_name="Nitrate Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     132       <field id="SedNH4"          long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     133       <field id="SedH2S"          long_name="H2S Concentration"                        unit="mmol/m3" /> 
     134       <field id="SedSO4"          long_name="SO4 Concentration"                        unit="mmol/m3" /> 
     135       <field id="SedClay"         long_name="Clay Concentration"                       unit="%" /> 
     136       <field id="SedFeO"          long_name="Fe(OH)3 Concentration"                    unit="%" /> 
     137       <field id="SedFeS"          long_name="FeS Concentration"                        unit="%" /> 
     138       <field id="SedpH"           long_name="PH"                                       unit="1"          /> 
     139       <field id="SedCO3por"       long_name="Bicarbonates"                             unit="mol/m3" /> 
     140     </field_group> 
     141 
     142     <!-- SEDIMENT additional variables on T sediment grid  --> 
     143     <field_group id="Diag_S" grid_ref="grid_T_2D"> 
     144       <field id="FlxSi"       long_name="Si sediment flux"                        unit="mol/cm2/s"     /> 
     145       <field id="FlxO2"       long_name="O2 sediment flux"                        unit="mol/cm2/s"     /> 
     146       <field id="FlxDIC"      long_name="DIC sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     147       <field id="FlxNO3"      long_name="NO3 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     148       <field id="FlxPO4"      long_name="PO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     149       <field id="FlxAlkalini" long_name="Alkalinity sediment flux"                unit="mol/cm2/s"     /> 
     150       <field id="FlxNH4"      long_name="Ammonium sediment flux"                  unit="mol/cm2/s"     /> 
     151       <field id="FlxH2S"      long_name="H2S sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     152       <field id="FlxSO4"      long_name="SO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     153       <field id="FlxFe2"      long_name="Fe2+ sediment flux"                      unit="mol/cm2/s"     /> 
     154       <field id="Flxtot"      long_name="Sediment net burial rate"                unit="cm/s"     /> 
     155       <field id="dzdep"       long_name="Sedimentation rate"                      unit="cm/s"     /> 
     156       <field id="sflxclay"    long_name="Clay sedimentation rate"                 unit="g/m2/s"     /> 
     157       <field id="sflxcal"     long_name="Calcite sedimentation rate"              unit="mol/m2/s"     /> 
     158       <field id="sflxbsi"     long_name="BSi Sedimentation rate"                  unit="mol/m2/s"     /> 
     159       <field id="sflxpoc"     long_name="POC Sedimentation rate"                  unit="mol/m2/s"     /> 
     160       <field id="sflxfeo"     long_name="Fe(OH)3 Sedimentation rate"              unit="mol/m2/s"     /> 
     161</field_group> 
    117162 
    118163     <!-- PISCES additional diagnostics on T grid  --> 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/SHARED/grid_def_nemo.xml

    r9930 r10322  
    1515         <domain id="grid_T" /> 
    1616         <axis id="deptht" /> 
     17       </grid> 
     18        <!--  --> 
     19       <grid id="grid_T_3DS" > 
     20         <domain id="grid_T" /> 
     21         <axis id="profsed" /> 
    1722       </grid> 
    1823        <!--  --> 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/SHARED/namelist_ice_ref

    r9801 r10322  
    205205   sn_tmi = 'Ice_initialization'    , -12 ,'tmi'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    206206   sn_smi = 'Ice_initialization'    , -12 ,'smi'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    207    cn_dir='./' 
     207   cn_dir ='./' 
    208208/ 
    209209!------------------------------------------------------------------------------ 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/SHARED/namelist_pisces_ref

    r9572 r10322  
    1717  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used 
    1818  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands 
     19  ln_sediment = .false.      !  Enable sediment module 
    1920/ 
    2021!----------------------------------------------------------------------- 
     
    4950   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed 
    5051   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed 
    51    wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
     52   wsbio2scale =  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
    5253   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
    5354   niter2max  =  2        ! Maximum number of iterations for GOC 
     
    6263/ 
    6364!----------------------------------------------------------------------- 
    64 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     65&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    6566!----------------------------------------------------------------------- 
    6667   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     
    8687/ 
    8788!----------------------------------------------------------------------- 
    88 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     89&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    8990!----------------------------------------------------------------------- 
    9091   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     
    370371   ln_hydrofe  =  .false.  ! boolean for from hydrothermal vents 
    371372   sedfeinput  =  2.e-9    ! Coastal release of Iron 
     373   distcoast   =  5.e3     ! Distance off the coast for Iron from sediments 
    372374   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dusta 
    373375   mfrac       =  0.035    ! Fe mineral fraction of dust 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/SHARED/namelist_ref

    r9950 r10322  
    22!! NEMO/OCE :   Reference namelist_ref                                !! 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    4 !! NEMO/OPA  :  1 - Domain & run manager (namrun, namcfg, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
     4!! NEMO/OCE  :  1 - Domain & run manager (namrun, namcfg, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
    55!! namelists    2 - Surface boundary (namsbc, namsbc_flx, namsbc_blk, namsbc_cpl, 
    66!!                                    namsbc_sas, namtra_qsr, namsbc_rnf, 
     
    5050      cn_ocerst_indir = "."         !  directory from which to read input ocean restarts 
    5151      cn_ocerst_out   = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
    52       cn_ocerst_outdir= "."         !  directory in which to write output ocean restarts 
     52      cn_ocerst_outdir = "."         !  directory in which to write output ocean restarts 
    5353   ln_iscpl    = .false.   !  cavity evolution forcing or coupling to ice sheet model 
    5454   nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
     
    9090      !                         !  If closea_mask field doesn't exist in the domain_cfg file 
    9191      !                         !       then this logical does nothing. 
    92    ln_write_cfg= .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
     92   ln_write_cfg = .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
    9393      cn_domcfg_out = "domain_cfg_out" ! newly created domain configuration filename 
    9494      ! 
     
    116116   ln_wd_dl    = .false.   !  T/F activation of directional limiter 
    117117   ln_wd_dl_bc = .false.   !  T/F Directional limiteer Baroclinic option 
    118    ln_wd_dl_rmp= .false.   !  T/F Turn on directional limiter ramp 
     118   ln_wd_dl_rmp = .false.   !  T/F Turn on directional limiter ramp 
    119119   rn_wdmin0   =  0.30     !  depth at which WaD starts 
    120120   rn_wdmin1   =  0.2      !  Minimum wet depth on dried cells 
     
    143143   rn_lat1d    =      50   !  Column latitude 
    144144   rn_lon1d    =    -145   !  Column longitude 
    145    ln_c1d_locpt=  .true.   ! Localization of 1D config in a grid (T) or independant point (F) 
     145   ln_c1d_locpt =  .true.   ! Localization of 1D config in a grid (T) or independant point (F) 
    146146/ 
    147147!----------------------------------------------------------------------- 
     
    248248   !                    !  bulk algorithm : 
    249249   ln_NCAR     = .false.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
    250    ln_COARE_3p0= .false.   ! "COARE 3.0" algorithm   (Fairall et al. 2003) 
    251    ln_COARE_3p5= .false.   ! "COARE 3.5" algorithm   (Edson et al. 2013) 
     250   ln_COARE_3p0 = .false.   ! "COARE 3.0" algorithm   (Fairall et al. 2003) 
     251   ln_COARE_3p5 = .false.   ! "COARE 3.5" algorithm   (Edson et al. 2013) 
    252252   ln_ECMWF    = .false.   ! "ECMWF"     algorithm   (IFS cycle 31) 
    253253      ! 
     
    398398&namsbc_rnf    !   runoffs                                              (ln_rnf =T) 
    399399!----------------------------------------------------------------------- 
    400    ln_rnf_mouth= .false.   !  specific treatment at rivers mouths 
     400   ln_rnf_mouth = .false.   !  specific treatment at rivers mouths 
    401401      rn_hrnf     =  15.e0    !  depth over which enhanced vertical mixing is used    (ln_rnf_mouth=T) 
    402402      rn_avt_rnf  =   1.e-3   !  value of the additional vertical mixing coef. [m2/s] (ln_rnf_mouth=T) 
    403403   rn_rfact    =   1.e0    !  multiplicative factor for runoff 
    404    ln_rnf_depth= .false.   !  read in depth information for runoff 
     404   ln_rnf_depth = .false.   !  read in depth information for runoff 
    405405   ln_rnf_tem  = .false.   !  read in temperature information for runoff 
    406406   ln_rnf_sal  = .false.   !  read in salinity information for runoff 
     
    462462   sn_rnfisf   = 'rnfisf'    ,         -12       ,'sofwfisf' ,  .false.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,   ''     ,    '' 
    463463!* nn_isf = 2 and 3 cases  
    464    sn_depmax_isf='rnfisf'    ,         -12       ,'sozisfmax',  .false.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,   ''     ,    '' 
    465    sn_depmin_isf='rnfisf'    ,         -12       ,'sozisfmin',  .false.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,   ''     ,    '' 
     464   sn_depmax_isf ='rnfisf'    ,         -12       ,'sozisfmax',  .false.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,   ''     ,    '' 
     465   sn_depmin_isf ='rnfisf'    ,         -12       ,'sozisfmin',  .false.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,   ''     ,    '' 
    466466!* nn_isf = 2 case 
    467467   sn_Leff_isf = 'rnfisf'    ,         -12       ,'Leff'     ,  .false.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,   ''     ,    '' 
     
    481481   !           !  file name              ! frequency (hours) ! variable  ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights filename ! rotation ! land/sea mask ! 
    482482   !           !                         !  (if <0  months)  !   name    !   (logical) !  (T/F) ! 'monthly' !                  ! pairing  !    filename   ! 
    483    sn_cdg      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'drag_coeff' ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    484    sn_usd      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'u_sd2d'     ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    485    sn_vsd      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'v_sd2d'     ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    486    sn_hsw      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'hs'         ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    487    sn_wmp      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wmp'        ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    488    sn_wfr      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wfr'        ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    489    sn_wnum     =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_num'   ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    490    sn_tauwoc   =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_stress',  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    491    sn_tauwx    =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_stress',  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    492    sn_tauwy    =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_stress',  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
     483   sn_cdg      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'drag_coeff' ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     484   sn_usd      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'u_sd2d'     ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     485   sn_vsd      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'v_sd2d'     ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     486   sn_hsw      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'hs'         ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     487   sn_wmp      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wmp'        ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     488   sn_wfr      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wfr'        ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     489   sn_wnum     =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_num'   ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     490   sn_tauwoc   =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_stress',  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     491   sn_tauwx    =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_stress',  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     492   sn_tauwy    =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_stress',  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
    493493/ 
    494494!----------------------------------------------------------------------- 
     
    581581      cn_coords_file = 'coordinates.bdy.nc'  !  bdy coordinates files 
    582582   ln_mask_file   = .false.   !  =T : read mask from file 
    583       cn_mask_file= ''        !  name of mask file (if ln_mask_file=.TRUE.) 
     583      cn_mask_file = ''        !  name of mask file (if ln_mask_file=.TRUE.) 
    584584   cn_dyn2d    = 'none'       ! 
    585585   nn_dyn2d_dta   =  0        !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
     
    603603   ln_dyn3d_dmp  =.false.     !  open boundary condition for baroclinic velocities 
    604604   rn_time_dmp   =  1.        !  Damping time scale in days 
    605    rn_time_dmp_out= 1.        !  Outflow damping time scale 
     605   rn_time_dmp_out = 1.        !  Outflow damping time scale 
    606606   nn_rimwidth   = 10         !  width of the relaxation zone 
    607607   ln_vol        = .false.    !  total volume correction (see nn_volctl parameter) 
     
    794794   nn_mld_uv   = 0         ! space interpolation of MLD at u- & v-pts (0=min,1=averaged,2=max) 
    795795   nn_conv     = 0         ! =1 no MLE in case of convection ; =0 always MLE 
    796    rn_rho_c_mle= 0.01      ! delta rho criterion used to calculate MLD for FK 
     796   rn_rho_c_mle = 0.01      ! delta rho criterion used to calculate MLD for FK 
    797797/ 
    798798!----------------------------------------------------------------------- 
     
    857857   ln_dynadv_vec = .false. !  vector form - 2nd centered scheme 
    858858     nn_dynkeg     = 0        ! grad(KE) scheme: =0   C2  ;  =1   Hollingsworth correction 
    859    ln_dynadv_cen2= .false. !  flux form - 2nd order centered scheme 
     859   ln_dynadv_cen2 = .false. !  flux form - 2nd order centered scheme 
    860860   ln_dynadv_ubs = .false. !  flux form - 3rd order UBS      scheme 
    861861/ 
     
    11541154   !                       !  or computed with Blanke' scheme (F) 
    11551155   ln_ariane   = .true.    !  Input with Ariane tool convention(T) 
    1156    ln_flo_ascii= .true.    !  Output with Ariane tool netcdf convention(F) or ascii file (T) 
     1156   ln_flo_ascii = .true.    !  Output with Ariane tool netcdf convention(F) or ascii file (T) 
    11571157/ 
    11581158!----------------------------------------------------------------------- 
     
    11701170    nn_dct     = 15        !  time step frequency for transports computing 
    11711171    nn_dctwri  = 15        !  time step frequency for transports writing 
    1172     nn_secdebug= 112       !      0 : no section to debug 
     1172    nn_secdebug = 112       !      0 : no section to debug 
    11731173    !                      !     -1 : debug all section 
    11741174    !                      !  0 < n : debug section number n 
     
    11871187&namnc4        !   netcdf4 chunking and compression settings            ("key_netcdf4") 
    11881188!----------------------------------------------------------------------- 
    1189    nn_nchunks_i=   4       !  number of chunks in i-dimension 
    1190    nn_nchunks_j=   4       !  number of chunks in j-dimension 
    1191    nn_nchunks_k=   31      !  number of chunks in k-dimension 
     1189   nn_nchunks_i =   4       !  number of chunks in i-dimension 
     1190   nn_nchunks_j =   4       !  number of chunks in j-dimension 
     1191   nn_nchunks_k =   31      !  number of chunks in k-dimension 
    11921192   !                       !  setting nn_nchunks_k = jpk will give a chunk size of 1 in the vertical which 
    11931193   !                       !  is optimal for postprocessing which works exclusively with horizontal slabs 
     
    12361236   cn_altbiasfile = 'altbias.nc'     ! Altimeter bias input file name 
    12371237   cn_sstbiasfiles = 'sstbias.nc'    ! SST bias input file name 
    1238    cn_gridsearchfile='gridsearch.nc' ! Grid search file name 
     1238   cn_gridsearchfile ='gridsearch.nc' ! Grid search file name 
    12391239   rn_gridsearchres = 0.5            ! Grid search resolution 
    12401240   rn_mdtcorr  = 1.61                ! MDT  correction 
     
    12921292   !                       !  buffer blocking send or immediate non-blocking sends, resp. 
    12931293   nn_buffer   =   0       !  size in bytes of exported buffer ('B' case), 0 no exportation 
    1294    ln_nnogather=  .false.  !  activate code to avoid mpi_allgather use at the northfold 
     1294   ln_nnogather =  .false.  !  activate code to avoid mpi_allgather use at the northfold 
    12951295   jpni        =   0       !  jpni   number of processors following i (set automatically if < 1) 
    12961296   jpnj        =   0       !  jpnj   number of processors following j (set automatically if < 1) 
     
    13161316   ln_sto_eos  = .false.   ! stochastic equation of state 
    13171317   nn_sto_eos  = 1         ! number of independent random walks 
    1318    rn_eos_stdxy= 1.4       ! random walk horz. standard deviation (in grid points) 
     1318   rn_eos_stdxy = 1.4       ! random walk horz. standard deviation (in grid points) 
    13191319   rn_eos_stdz = 0.7       ! random walk vert. standard deviation (in grid points) 
    13201320   rn_eos_tcor = 1440.     ! random walk time correlation (in timesteps) 
  • NEMO/branches/UKMO/dev_r9950_GO8_package/cfgs/SPITZ12/EXPREF/namelist_cfg

    r9793 r10322  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!!                       SPITZ 1/12 configuration                     !! 
     
    390390&namnc4        !   netcdf4 chunking and compression settings            ("key_netcdf4") 
    391391!----------------------------------------------------------------------- 
    392    nn_nchunks_k=   75      !  number of chunks in k-dimension 
     392   nn_nchunks_k =   75      !  number of chunks in k-dimension 
    393393   !                       !  setting nn_nchunks_k = jpk will give a chunk size of 1 in the vertical which 
    394394   !                       !  is optimal for postprocessing which works exclusively with horizontal slabs 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.