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2018-11-21T11:25:53+01:00 (2 years ago)
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smasson
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dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE: merge with trunk@10344, see #2133

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NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs
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    r9930 r10345  
    66<context id="nemo"> 
    77<!-- $id$ --> 
    8     <variable_definition> 
    9     <!-- Year of time origin for NetCDF files; defaults to 1800 --> 
    10        <variable id="ref_year" type="int"   > 1800 </variable> 
    11        <variable id="rau0"     type="float" > 1026.0 </variable> 
    12        <variable id="cpocean"  type="float" > 3991.86795711963 </variable> 
    13        <variable id="convSpsu" type="float" > 0.99530670233846  </variable> 
    14        <variable id="rhoic"    type="float" > 917.0 </variable> 
    15        <variable id="rhosn"    type="float" > 330.0 </variable> 
    16        <variable id="missval"  type="float" > 1.e20 </variable> 
    17     </variable_definition> 
    188<!-- Fields definition --> 
    19     <field_definition src="./field_def_nemo-oce.xml"/>    <!--  NEMO ocean dynamics     --> 
    20     <field_definition src="./field_def_nemo-ice.xml"/>    <!--  NEMO sea-ice model      --> 
    21     <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/> <!--  NEMO ocean biology      --> 
     9    <field_definition src="./field_def_nemo-oce.xml"/>    <!--  NEMO ocean dynamics     -->  
     10    <field_definition src="./field_def_nemo-ice.xml"/>    <!--  NEMO sea-ice model      -->  
     11    <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/> <!--  NEMO ocean biology      -->  
    2212 
    2313<!-- Files definition --> 
    24     <file_definition src="./file_def_nemo-oce.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics      --> 
    25     <file_definition src="./file_def_nemo-ice.xml"/>     <!--  NEMO sea-ice model       --> 
    26     <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>  <!--  NEMO ocean biology       --> 
     14    <file_definition src="./file_def_nemo-oce.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics      -->  
     15    <file_definition src="./file_def_nemo-ice.xml"/>     <!--  NEMO sea-ice model       -->  
     16    <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>  <!--  NEMO ocean biology       -->  
    2717    <!--  
    2818============================================================================================================ 
     
    3222     
    3323    <axis_definition> 
    34       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    35       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    36       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    37       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    38       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="-"                 /> 
    39       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    40       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    41       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    42       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
     24      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     25      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
     26      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
     27      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
     28      <axis id="profsed" long_name="Vertical S levels" unit="cm" positive="down" /> 
     29      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
     30      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
     31      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"               /> 
     32      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     33      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
    4334    </axis_definition> 
    4435  
     
    4637   
    4738    <grid_definition src="./grid_def_nemo.xml"/> 
    48  
     39     
    4940</context> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_cfg

    r10075 r10345  
    8888   nn_fwb      = 2         !  FreshWater Budget:  
    8989   !                       !    =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
     90   ln_wave     = .false.   !  Activate coupling with wave  (T => fill namsbc_wave) 
     91   ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     92   ln_sdw      = .false.   !  Read 2D Surf Stokes Drift & Computation of 3D stokes drift (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave)  
     93   nn_sdrift   =  0        !  Parameterization for the calculation of 3D-Stokes drift from the surface Stokes drift 
     94      !                    !   = 0 Breivik 2015 parameterization: v_z=v_0*[exp(2*k*z)/(1-8*k*z)] 
     95      !                    !   = 1 Phillips:                      v_z=v_o*[exp(2*k*z)-beta*sqrt(-2*k*pi*z)*erfc(sqrt(-2*k*z))] 
     96      !                    !   = 2 Phillips as (1) but using the wave frequency from a wave model 
     97   ln_tauwoc   = .false.   !  Activate ocean stress modified by external wave induced stress (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     98   ln_tauw     = .false.   !  Activate ocean stress components from wave model 
     99   ln_stcor    = .false.   !  Activate Stokes Coriolis term (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    90100/ 
    91101!----------------------------------------------------------------------- 
     
    151161/ 
    152162!----------------------------------------------------------------------- 
     163&namsbc_wave   ! External fields from wave model                        (ln_wave=T) 
     164!----------------------------------------------------------------------- 
     165/ 
     166!----------------------------------------------------------------------- 
    153167&namberg       !   iceberg parameters                                   (default: OFF) 
    154168!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_pisces_cfg

    r9572 r10345  
    1616/ 
    1717!----------------------------------------------------------------------- 
    18 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     18&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    1919!----------------------------------------------------------------------- 
    2020/ 
    2121!----------------------------------------------------------------------- 
    22 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     22&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    2323!----------------------------------------------------------------------- 
    2424/ 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/ORCA2_OFF_PISCES/EXPREF/context_nemo.xml

    r9930 r10345  
    2323      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    2424      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
     25      <axis id="profsed" long_name="Vertical S levels" unit="cm" positive="down" /> 
    2526      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
    2627      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/ORCA2_OFF_PISCES/EXPREF/namelist_pisces_cfg

    r9572 r10345  
    1717/ 
    1818!----------------------------------------------------------------------- 
    19 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     19&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    2020!----------------------------------------------------------------------- 
    2121/ 
    2222!----------------------------------------------------------------------- 
    23 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     23&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    2424!----------------------------------------------------------------------- 
    2525/ 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/SHARED/field_def_nemo-pisces.xml

    r9539 r10345  
    115115 
    116116     </field_group> 
     117 
     118     <!-- SEDIMENT variables on T sediment grid  --> 
     119     <field_group id="sed_T" grid_ref="grid_T_3DS"> 
     120       <field id="SedDIC"          long_name="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     121       <field id="SedAlkalini"     long_name="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     122       <field id="SedO2"           long_name="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     123       <field id="SedCaCO3"        long_name="Calcite Concentration"                    unit="%" /> 
     124       <field id="SedPOS"          long_name="Semi-ref POC Concentration"               unit="%" /> 
     125       <field id="SedPOR"          long_name="Refractory POC Concentration"             unit="%" /> 
     126       <field id="SedPO4"          long_name="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     127       <field id="SedPOC"          long_name="Labile POC Concentration"                 unit="%" /> 
     128       <field id="SedSil"          long_name="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     129       <field id="SedFe2"          long_name="Fe2+ Concentration"                       unit="mmol/m3" /> 
     130       <field id="SedBSi"          long_name="Biogenic Silicate Concentration"          unit="%" /> 
     131       <field id="SedNO3"          long_name="Nitrate Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     132       <field id="SedNH4"          long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     133       <field id="SedH2S"          long_name="H2S Concentration"                        unit="mmol/m3" /> 
     134       <field id="SedSO4"          long_name="SO4 Concentration"                        unit="mmol/m3" /> 
     135       <field id="SedClay"         long_name="Clay Concentration"                       unit="%" /> 
     136       <field id="SedFeO"          long_name="Fe(OH)3 Concentration"                    unit="%" /> 
     137       <field id="SedFeS"          long_name="FeS Concentration"                        unit="%" /> 
     138       <field id="SedpH"           long_name="PH"                                       unit="1"          /> 
     139       <field id="SedCO3por"       long_name="Bicarbonates"                             unit="mol/m3" /> 
     140     </field_group> 
     141 
     142     <!-- SEDIMENT additional variables on T sediment grid  --> 
     143     <field_group id="Diag_S" grid_ref="grid_T_2D"> 
     144       <field id="FlxSi"       long_name="Si sediment flux"                        unit="mol/cm2/s"     /> 
     145       <field id="FlxO2"       long_name="O2 sediment flux"                        unit="mol/cm2/s"     /> 
     146       <field id="FlxDIC"      long_name="DIC sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     147       <field id="FlxNO3"      long_name="NO3 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     148       <field id="FlxPO4"      long_name="PO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     149       <field id="FlxAlkalini" long_name="Alkalinity sediment flux"                unit="mol/cm2/s"     /> 
     150       <field id="FlxNH4"      long_name="Ammonium sediment flux"                  unit="mol/cm2/s"     /> 
     151       <field id="FlxH2S"      long_name="H2S sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     152       <field id="FlxSO4"      long_name="SO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
     153       <field id="FlxFe2"      long_name="Fe2+ sediment flux"                      unit="mol/cm2/s"     /> 
     154       <field id="Flxtot"      long_name="Sediment net burial rate"                unit="cm/s"     /> 
     155       <field id="dzdep"       long_name="Sedimentation rate"                      unit="cm/s"     /> 
     156       <field id="sflxclay"    long_name="Clay sedimentation rate"                 unit="g/m2/s"     /> 
     157       <field id="sflxcal"     long_name="Calcite sedimentation rate"              unit="mol/m2/s"     /> 
     158       <field id="sflxbsi"     long_name="BSi Sedimentation rate"                  unit="mol/m2/s"     /> 
     159       <field id="sflxpoc"     long_name="POC Sedimentation rate"                  unit="mol/m2/s"     /> 
     160       <field id="sflxfeo"     long_name="Fe(OH)3 Sedimentation rate"              unit="mol/m2/s"     /> 
     161</field_group> 
    117162 
    118163     <!-- PISCES additional diagnostics on T grid  --> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/SHARED/grid_def_nemo.xml

    r9930 r10345  
    1515         <domain id="grid_T" /> 
    1616         <axis id="deptht" /> 
     17       </grid> 
     18        <!--  --> 
     19       <grid id="grid_T_3DS" > 
     20         <domain id="grid_T" /> 
     21         <axis id="profsed" /> 
    1722       </grid> 
    1823        <!--  --> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/SHARED/namelist_pisces_ref

    r10111 r10345  
    1717  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used 
    1818  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands 
     19  ln_sediment = .false.      !  Enable sediment module 
    1920/ 
    2021!----------------------------------------------------------------------- 
     
    6263/ 
    6364!----------------------------------------------------------------------- 
    64 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     65&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    6566!----------------------------------------------------------------------- 
    6667   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     
    8687/ 
    8788!----------------------------------------------------------------------- 
    88 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     89&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    8990!----------------------------------------------------------------------- 
    9091   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
  • NEMO/branches/2018/dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE/cfgs/SHARED/namelist_ref

    r10075 r10345  
    481481   !           !  file name              ! frequency (hours) ! variable  ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights filename ! rotation ! land/sea mask ! 
    482482   !           !                         !  (if <0  months)  !   name    !   (logical) !  (T/F) ! 'monthly' !                  ! pairing  !    filename   ! 
    483    sn_cdg      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'drag_coeff' ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    484    sn_usd      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'u_sd2d'     ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    485    sn_vsd      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'v_sd2d'     ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    486    sn_hsw      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'hs'         ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    487    sn_wmp      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wmp'        ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    488    sn_wfr      =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wfr'        ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    489    sn_wnum     =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_num'   ,  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    490    sn_tauwoc   =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_stress',  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    491    sn_tauwx    =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_stress',  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
    492    sn_tauwy    =  'sdw_wave'             ,        1          , 'wave_stress',  .true.  , .false., 'daily'   ,  ''             , ''       , '' 
     483   sn_cdg      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'drag_coeff' ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     484   sn_usd      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'u_sd2d'     ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     485   sn_vsd      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'v_sd2d'     ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     486   sn_hsw      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'hs'         ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     487   sn_wmp      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wmp'        ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     488   sn_wfr      =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wfr'        ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     489   sn_wnum     =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_num'   ,  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     490   sn_tauwoc   =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_stress',  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     491   sn_tauwx    =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_stress',  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
     492   sn_tauwy    =  'sdw_ecwaves_orca2'    ,        6          , 'wave_stress',  .true.  , .true. , 'yearly'  ,  ''              , ''       , '' 
    493493/ 
    494494!----------------------------------------------------------------------- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.