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2018-12-03T12:45:01+01:00 (2 years ago)
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smasson
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dev_r10164_HPC09_ESIWACE_PREP_MERGE: merge with trunk@10365, see #2133

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    r10345 r10368  
    6363      REAL(wp) ::   zsatur, zsatur2, znusil, znusil2, zdep, zdepmin, zfactdep 
    6464      REAL(wp) ::   zbactfer, zolimit, zonitr, zrfact2 
    65       REAL(wp) ::   zammonic, zoxyrem 
     65      REAL(wp) ::   zammonic, zoxyremc, zoxyremn, zoxyremp 
    6666      REAL(wp) ::   zosil, ztem, zdenitnh4, zolimic, zolimin, zolimip, zdenitrn, zdenitrp 
    6767      CHARACTER (len=25) :: charout 
    6868      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj    ) :: ztempbac 
    69       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zdepbac, zolimi, zdepprod, zfacsi, zfacsib 
     69      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zdepbac, zolimi, zdepprod, zfacsi, zfacsib, zdepeff, zfebact 
    7070      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) :: zw3d 
    7171      !!--------------------------------------------------------------------- 
     
    7575      ! Initialisation of arrys 
    7676      zdepprod(:,:,:) = 1._wp 
     77      zdepeff (:,:,:) = 0.3_wp 
    7778      ztempbac(:,:)   = 0._wp 
    7879      zfacsib(:,:,:)  = xsilab / ( 1.0 - xsilab ) 
     80      zfebact(:,:,:)  = 0._wp 
    7981      zfacsi(:,:,:)   = xsilab 
    8082 
     
    9597                  zdepbac (ji,jj,jk) = zdepmin**0.683 * ztempbac(ji,jj) 
    9698                  zdepprod(ji,jj,jk) = zdepmin**0.273 
     99                  zdepeff (ji,jj,jk) = zdepeff(ji,jj,jk) * zdepmin**0.3 
    97100               ENDIF 
    98101            END DO 
     
    117120                  denitr(ji,jj,jk)  = zammonic * ( 1. - nitrfac2(ji,jj,jk) ) 
    118121                  denitr(ji,jj,jk)  = MIN( ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit, denitr(ji,jj,jk) ) 
    119                   zoxyrem           = zammonic - denitr(ji,jj,jk) 
     122                  zoxyremc          = zammonic - denitr(ji,jj,jk) 
    120123                  ! 
    121124                  zolimi (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, zolimi (ji,jj,jk) ) 
    122125                  denitr (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, denitr (ji,jj,jk) ) 
    123                   zoxyrem           = MAX( 0.e0, zoxyrem ) 
     126                  zoxyremc          = MAX( 0.e0, zoxyremc ) 
    124127 
    125128                  ! 
    126                   tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyrem 
    127                   tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyrem 
     129                  tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     130                  tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
    128131                  tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) - denitr (ji,jj,jk) * rdenit 
    129                   tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) - zolimi (ji,jj,jk) - denitr(ji,jj,jk) - zoxyrem 
     132                  tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) - zolimi (ji,jj,jk) - denitr(ji,jj,jk) - zoxyremc 
    130133                  tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - zolimi (ji,jj,jk) * o2ut 
    131                   tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyrem 
    132                   tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * ( zolimi(ji,jj,jk) + zoxyrem    & 
     134                  tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     135                  tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * ( zolimi(ji,jj,jk) + zoxyremc    & 
    133136                  &                     + ( rdenit + 1.) * denitr(ji,jj,jk) ) 
    134137               END DO 
     
    159162                  ! Ammonification in suboxic waters with denitrification 
    160163                  ! ------------------------------------------------------- 
    161                   zolimit = zremikc * nitrfac(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    162                   denitr(ji,jj,jk)  = MIN(  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit, zolimit ) 
    163                   denitr(ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, denitr(ji,jj,jk) ) 
     164                  zammonic = zremikc * nitrfac(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
     165                  denitr(ji,jj,jk)  = zammonic * ( 1. - nitrfac2(ji,jj,jk) ) 
     166                  denitr(ji,jj,jk)  = MAX(0., MIN(  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit, denitr(ji,jj,jk) ) ) 
     167                  zoxyremc          = MAX(0., zammonic - denitr(ji,jj,jk)) 
    164168                  zdenitrn  = zremikn * denitr(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdon) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    165169                  zdenitrp  = zremikp * denitr(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdop) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    166  
    167                   tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zolimip + zdenitrp 
    168                   tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zolimin + zdenitrn 
     170                  zoxyremn  = zremikn * zoxyremc * trb(ji,jj,jk,jpdon) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
     171                  zoxyremp  = zremikp * zoxyremc * trb(ji,jj,jk,jpdop) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
     172 
     173                  tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zolimip + zdenitrp + zoxyremp 
     174                  tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zolimin + zdenitrn + zoxyremn 
    169175                  tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) - denitr(ji,jj,jk) * rdenit 
    170                   tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) - zolimic - denitr(ji,jj,jk) 
    171                   tra(ji,jj,jk,jpdon) = tra(ji,jj,jk,jpdon) - zolimin - zdenitrn 
    172                   tra(ji,jj,jk,jpdop) = tra(ji,jj,jk,jpdop) - zolimip - zdenitrp 
     176                  tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) - zolimic - denitr(ji,jj,jk) - zoxyremc 
     177                  tra(ji,jj,jk,jpdon) = tra(ji,jj,jk,jpdon) - zolimin - zdenitrn - zoxyremn 
     178                  tra(ji,jj,jk,jpdop) = tra(ji,jj,jk,jpdop) - zolimip - zdenitrp - zoxyremp 
    173179                  tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - zolimic * o2ut 
    174                   tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zolimic + denitr(ji,jj,jk) 
    175                   tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * ( zolimin + ( rdenit + 1.) * zdenitrn ) 
     180                  tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zolimic + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     181                  tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * ( zolimin + zoxyremn + ( rdenit + 1.) * zdenitrn ) 
    176182               END DO 
    177183            END DO 
     
    215221               ! studies (especially at Papa) have shown this uptake to be significant 
    216222               ! ---------------------------------------------------------- 
    217                zbactfer = feratb *  rfact2 * prmax(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)             & 
     223               zbactfer = feratb *  rfact2 * 0.6_wp / rday * tgfunc(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)     & 
    218224                  &              * trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( xkferb + trb(ji,jj,jk,jpfer) )    & 
    219                   &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
    220                tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.16 
    221                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.12 
    222                tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.04 
     225                  &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepeff(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
     226               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.33 
     227               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.25 
     228               tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.08 
     229               zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.33 
     230               blim(ji,jj,jk)      = xlimbacl(ji,jj,jk)  * zdepbac(ji,jj,jk) / 1.e-6 * zdepprod(ji,jj,jk) 
    223231            END DO 
    224232         END DO 
     
    256264               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) - zosil 
    257265               tra(ji,jj,jk,jpsil) = tra(ji,jj,jk,jpsil) + zosil 
    258                ! 
    259266            END DO 
    260267         END DO 
     
    268275 
    269276      IF( knt == nrdttrc ) THEN 
     277          zrfact2 = 1.e3 * rfact2r 
    270278          ALLOCATE( zw3d(jpi,jpj,jpk) ) 
    271279          zfact = 1.e+3 * rfact2r  !  conversion from mol/l/kt to  mol/m3/s 
     
    278286              zw3d(:,:,:) = denitr(:,:,:) * rdenit * rno3 * tmask(:,:,:) * zfact ! Denitrification 
    279287              CALL iom_put( "DENIT"  , zw3d ) 
     288          ENDIF 
     289          IF( iom_use( "BACT" ) )  THEN 
     290               zw3d(:,:,:) = zdepbac(:,:,:) * 1.E6 * tmask(:,:,:)  ! Bacterial biomass 
     291               CALL iom_put( "BACT", zw3d ) 
     292          ENDIF 
     293          IF( iom_use( "FEBACT" ) )  THEN 
     294               zw3d(:,:,:) = zfebact(:,:,:) * 1E9 * tmask(:,:,:) * zrfact2   ! Bacterial iron consumption 
     295               CALL iom_put( "FEBACT" , zw3d ) 
    280296          ENDIF 
    281297          ! 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.