Changeset 10381


Ignore:
Timestamp:
2018-12-11T21:00:08+01:00 (22 months ago)
Author:
clem
Message:

attempt to correct several bugs in the NESTING tools. With this version, domcfg.nc file should be written correctly and the partial steps should be taken into account.

Location:
utils/tools/NESTING
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • utils/tools/NESTING/namelist_nordic1

    r10093 r10381  
    55&coarse_grid_files     
    66    parent_coordinate_file = 'coordinates.nc' 
    7     parent_bathy_file      = 'meshmask.nc'   
    8     parent_domcfg_output   = 'domain_cfg.nc' 
     7    parent_bathy_level     = 'meshmask.nc'   
     8    parent_level_name      = 'mbathy' 
     9    parent_bathy_meter     = 'bathy_meter.nc' 
     10    parent_meter_name      = 'Bathymetry' 
     11    parent_domcfg_out      = 'domain_cfg.nc' 
    912/     
    1013     
     
    3235    nbghostcellsfine = 3 
    3336    bathy_update = .true. 
    34     updated_parent_file = 'bathy_updated.nc'           
    35     updated_parent_domcfg = 'domain_cfg_updated.nc' 
     37    parent_bathy_meter_updated = 'bathy_updated.nc'             
     38    parent_domcfg_updated = 'domain_cfg_updated.nc' 
    3639/ 
    3740 
     
    5457&partial_cells        
    5558    partial_steps      = .true. 
    56     parent_bathy_meter = 'bathy_meter.nc' 
    57     parent_batmet_name = 'Bathymetry' 
    5859    e3zps_min          = 20. 
    5960    e3zps_rat          = 0.1 
  • utils/tools/NESTING/namelist_nordic1_update

    r10093 r10381  
    55&coarse_grid_files     
    66    parent_coordinate_file = 'coordinates.nc' 
    7     parent_bathy_file      = 'meshmask.nc'   
    8     parent_domcfg_output   = 'domain_cfg.nc' 
     7    parent_bathy_level     = 'meshmask.nc'   
     8    parent_level_name      = 'mbathy' 
     9    parent_bathy_meter     = 'bathy_meter.nc' 
     10    parent_meter_name      = 'Bathymetry' 
     11    parent_domcfg_out      = 'domain_cfg.nc' 
    912/     
    1013     
    1114&bathymetry     
    12     new_topo = true 
     15    new_topo = .true. 
    1316    elevation_database = '1_bathy_updated.nc' 
    1417    elevation_name     = 'Bathymetry' 
    15     smoothing          = true 
     18    smoothing          = .true. 
    1619    smoothing_factor   = 0.6 
    1720    ln_agrif_domain    = .true. 
     
    3134    rhot = 4 
    3235    nbghostcellsfine = 3 
    33     bathy_update = true 
    34     updated_parent_file = 'bathy_updated_parent.nc' 
    35     updated_parent_domcfg = 'domain_cfg_updated_parent.nc' 
     36    bathy_update = .true. 
     37    parent_bathy_meter_updated = 'bathy_updated_parent.nc' 
     38    parent_domcfg_updated = 'domain_cfg_updated_parent.nc' 
    3639/ 
    3740 
     
    5457&partial_cells        
    5558    partial_steps      = .true. 
    56     parent_bathy_meter = 'bathy_meter.nc' 
    57     parent_batmet_name = 'Bathymetry' 
    5859    e3zps_min          = 20. 
    5960    e3zps_rat          = 0.1 
  • utils/tools/NESTING/namelist_nordic2

    r10093 r10381  
    55&coarse_grid_files     
    66    parent_coordinate_file = '1_coordinates.nc' 
    7     parent_bathy_file      = '1_meshmask.nc' 
    8     parent_domcfg_output   = '1_domain_cfg.nc' 
     7    parent_bathy_level     = '1_meshmask.nc' 
     8    parent_level_name      = 'mbathy' 
     9    parent_bathy_meter     = '1_bathy_meter.nc' 
     10    parent_meter_name      = 'Bathymetry' 
     11    parent_domcfg_out      = '1_domain_cfg.nc' 
    912/     
    1013     
     
    3235    nbghostcellsfine = 3 
    3336    bathy_update = .true. 
    34     updated_parent_file = '1_bathy_updated.nc' 
    35     updated_parent_domcfg = '1_domain_cfg_updated.nc' 
     37    parent_bathy_meter_updated = '1_bathy_updated.nc' 
     38    parent_domcfg_updated = '1_domain_cfg_updated.nc' 
    3639/ 
    3740 
     
    5457&partial_cells        
    5558    partial_steps      = .true. 
    56     parent_bathy_meter = '1_bathy_meter.nc' 
    57     parent_batmet_name = 'Bathymetry' 
    5859    e3zps_min          = 20. 
    5960    e3zps_rat          = 0.1 
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_create_bathy.f90

    r10093 r10381  
    4141  !       
    4242  CHARACTER(len=80) ::   namelistname 
    43   CHARACTER*100     ::   Childmeter_file,Childlevel_file,Child_coordinates,child_ps, Child_domcfg     
     43  CHARACTER*100     ::   child_coordinates, child_level, child_meter, child_domcfg     
    4444  LOGICAL ::   identical_grids      
    4545  INTEGER ::   nbadd,status,narg,iargc      
     
    6969  ! read input file (namelist.input) 
    7070  CALL read_namelist(namelistname) 
    71   !       
     71 
     72  ! if level or meter name is missing 
     73  IF( TRIM(parent_level_name) == '' )   parent_level_name='mbathy' 
     74  IF( TRIM(parent_meter_name) == '' )   parent_meter_name='Bathymetry' 
     75 
    7276  ! define names of child grid files 
    73   CALL set_child_name(parent_coordinate_file,Child_coordinates)  
    74   IF( TRIM(parent_bathy_file) .NE. '/NULL' )    CALL set_child_name(parent_bathy_file,Childlevel_file)             
    75   IF( TRIM(parent_bathy_file) .NE. '/NULL' )    CALL set_child_name(parent_domcfg_output,Child_domcfg)  
     77  CALL set_child_name(parent_coordinate_file,child_coordinates)  
     78  IF( TRIM(parent_bathy_level) /= '' )   CALL set_child_name(parent_bathy_level,child_level)             
     79  IF( TRIM(parent_bathy_meter) /= '' )   CALL set_child_name(parent_bathy_meter,child_meter) 
     80  IF( TRIM(parent_domcfg_out)  /= '' )   CALL set_child_name(parent_domcfg_out,child_domcfg)  
    7681  ! 
     82  IF( TRIM(parent_bathy_level) == '' .AND. TRIM(parent_bathy_meter) == '') THEN 
     83     WRITE(*,*) 'ERROR ***** one needs at least to define parent_bathy_level or parent_bathy_meter ...' 
     84     STOP 
     85  ENDIF 
    7786  !                                                   ! ------------------------------------------------------------------ 
    7887  IF( .NOT.new_topo .AND. .NOT.partial_steps ) THEN   ! **** First option : no new topo file & no partial steps 
     
    8190     WRITE(*,*) '*** First option: no new topo file & no partial steps' 
    8291     !       
    83      ! read coarse grid bathymetry and coordinates 
     92     ! read coarse grid coordinates 
    8493     status = Read_Coordinates(TRIM(parent_coordinate_file),G0)     
    85      status = Read_bathy_level(TRIM(parent_bathy_file),G0) 
     94 
     95     ! read coarse grid bathymetry 
     96     IF( TRIM(parent_bathy_level) /= '' ) THEN 
     97        status = Read_bathy_level(TRIM(parent_bathy_level),G0) 
     98        CALL levels_to_meter(G0) 
     99     ELSEIF( TRIM(parent_bathy_level) == '' .AND. TRIM(parent_bathy_meter) /= '') THEN 
     100        status = read_bathy_meter(TRIM(parent_bathy_meter),G0) 
     101        CALL meter_to_levels(G0) 
     102     ENDIF 
    86103     !            
    87104     ! read fine grid coordinates 
    88      status = Read_Coordinates(TRIM(Child_coordinates),G1,pacifique) 
     105     status = Read_Coordinates(TRIM(child_coordinates),G1,pacifique) 
    89106     ! 
    90107     ! stop if error in size 
     
    113130        WHERE(G0%nav_lon < 0.001)   G0%nav_lon = G0%nav_lon + 360. 
    114131     ENDIF 
    115  
    116      ! From levels to meters 
     132     !              
    117133     ALLOCATE(G1%bathy_meter(nxfin,nyfin)) 
    118      CALL levels_to_meter(G0) 
    119      !              
     134     ! 
    120135     ! compute remapping matrix thanks to SCRIP package 
    121136     CALL get_remap_matrix(G0%nav_lat,G1%nav_lat,G0%nav_lon,G1%nav_lon,masksrc,matrix,src_add,dst_add) 
     
    189204        WHERE (bathy_test.EQ.0.)   G1%bathy_level = 0. 
    190205 
    191         DEALLOCATE(bathy_test)            
    192      ENDIF 
     206        DEALLOCATE(bathy_test) 
     207     ENDIF 
     208     ! 
     209     CALL levels_to_meter(G1) ! needed for domcfg 
    193210     ! 
    194211     ! store interpolation result in output file 
    195      CALL levels_to_meter(G1)   ! From levels to meters 
    196      status = Write_Bathy_level(TRIM(Childlevel_file),G1) 
    197      status = write_domcfg(TRIM(Child_domcfg),G1) 
     212     status = Write_Bathy_level(TRIM(child_level),G1) 
     213     status = write_domcfg(TRIM(child_domcfg),G1) 
     214     !!status = write_domcfg(TRIM(parent_domcfg_out),G0) ! do not activate it 
    198215 
    199216     WRITE(*,*) '****** Bathymetry successfully created if no new topo ******' 
     
    203220  ELSE                                                ! **** Second option : new topo file or partial steps      
    204221     !                                                ! -----------------------------------------------------  
    205      WRITE(*,*) '***Second option : new topo or partial steps' 
     222     WRITE(*,*) '*** Second option : new topo or partial steps' 
    206223 
    207224     ! read fine and coarse grids coordinates file 
    208225     status = Read_Coordinates(TRIM(parent_coordinate_file),G0) 
    209      status = Read_Coordinates(TRIM(Child_coordinates),G1,Pacifique) 
     226     status = Read_Coordinates(TRIM(child_coordinates),G1,Pacifique) 
    210227     ! 
    211228     ! check error in size 
     
    221238     ENDIF 
    222239     ! 
    223      ! === From here on: G0 is the grid associated with the new topography (like gebco or etopo) === 
     240     ! === From here on: G0 is the grid associated with the new topography (as gebco or etopo) === 
    224241     ! 
    225242     ! read bathymetry data set => G0%bathy_meter 
    226243     IF( new_topo ) THEN                                       ! read G0%bathy_meter (on a reduced grid) and G1 coordinates 
    227244        DEALLOCATE( G0%nav_lon, G0%nav_lat ) 
    228         status = Read_bathy_meter(TRIM(elevation_database),G0,G1,Pacifique) 
     245        status = read_bathy_coord(TRIM(elevation_database),G0,G1,Pacifique) 
    229246     ELSE                                                      ! read G0%bathy_meter (on the global grid) 
    230         status = Read_Bathymeter(TRIM(parent_bathy_meter),G0)    
     247        IF( TRIM(parent_bathy_level) /= '' ) THEN 
     248           status = Read_bathy_level(TRIM(parent_bathy_level),G0) 
     249           CALL levels_to_meter(G0) 
     250        ELSEIF( TRIM(parent_bathy_level) == '' .AND. TRIM(parent_bathy_meter) /= '') THEN 
     251           status = read_bathy_meter(TRIM(parent_bathy_meter),G0) 
     252        ENDIF 
    231253        IF(Pacifique) THEN 
    232254           WHERE(G0%nav_lon < 0.0001)   G0%nav_lon = G0%nav_lon + 360. 
     
    408430     ! 
    409431     ! Coarse grid bathymetry : G0%bathy_meter (on the global grid) 
    410      IF( partial_steps ) THEN                      
    411         status = Read_Bathymeter(TRIM(parent_bathy_meter),G0) 
     432     IF( TRIM(parent_bathy_meter) /= '') THEN 
     433        status = read_bathy_meter(TRIM(parent_bathy_meter),G0) 
    412434     ELSE 
    413         status = Read_Bathymeter(TRIM(parent_bathy_file),G0) 
     435        status = Read_bathy_level(TRIM(parent_bathy_level),G0) 
     436        CALL levels_to_meter(G0) 
    414437     ENDIF 
    415438      
     
    586609     ENDIF 
    587610     ! 
    588      !                              ! ---------------- 
    589      IF( partial_steps ) THEN       ! If partial steps 
    590         !                           ! ---------------- 
    591         ! 
    592         CALL get_partial_steps(G1)  ! recompute gdepw_ps for G1 
    593  
    594         IF(bathy_update)   CALL Update_Parent_Bathy( G0,G1 )  
    595         CALL set_child_name(parent_bathy_meter,child_ps) 
    596          
    597                            status = Write_Bathy_meter(TRIM(child_ps),G1) 
    598         IF(bathy_update)   status = Write_Bathy_meter(TRIM(updated_parent_file),G0) 
    599         IF(bathy_update)   status = write_domcfg(TRIM(updated_parent_domcfg),G0) 
    600  
    601         CALL get_partial_steps(G1) 
    602         ! 
    603         G1%bathy_level=NINT(G1%bathy_level) 
    604         ! 
    605         ! store interpolation result in output file 
    606         CALL levels_to_meter(G1)   ! From levels to meters 
    607         IF( TRIM(parent_bathy_file) .NE. '/NULL' )    status = Write_Bathy_level(TRIM(Childlevel_file),G1) 
    608         IF( TRIM(parent_bathy_file) .NE. '/NULL' )    status = write_domcfg(TRIM(Child_domcfg),G1) 
    609         ! 
    610         WRITE(*,*) '****** Bathymetry successfully created for partial cells ******' 
    611         STOP 
    612         ! 
    613         !                           ! ---------------- 
    614      ELSE                           ! No partial steps 
    615         !                           ! ---------------- 
    616         ! 
    617         ! convert bathymetry from meters to levels 
    618         CALL meter_to_levels(G1)  
    619  
    620         IF(bathy_update)   CALL Update_Parent_Bathy( G0,G1 )  
    621         CALL set_child_name(parent_bathy_meter,child_ps) 
    622          
    623                            status = Write_Bathy_meter(TRIM(child_ps),G1)         
    624         IF(bathy_update)   status = Write_Bathy_meter(TRIM(updated_parent_file),G0) 
    625         IF(bathy_update)   status = write_domcfg(TRIM(updated_parent_domcfg),G0) 
    626         ! 
    627         ! store interpolation result in output file 
    628         CALL levels_to_meter(G1)   ! From levels to meters 
    629         status = Write_Bathy_level(TRIM(Childlevel_file),G1) 
    630         status = write_domcfg(TRIM(Child_domcfg),G1) 
    631         ! 
    632         WRITE(*,*) '****** Bathymetry successfully created for full cells ******' 
    633         STOP 
    634         !  
    635      ENDIF 
     611     IF( partial_steps ) THEN 
     612        CALL get_partial_steps(G1)  ! recompute bathy_level and gdepw_ps for G1 (and correct bathy_meter) 
     613     ELSE 
     614        CALL meter_to_levels(G1)    ! convert bathymetry from meters to levels 
     615     ENDIF 
     616     ! 
     617     ! update parent grid 
     618     IF(bathy_update)   CALL Update_Parent_Bathy( G0,G1 )  
     619      
     620     IF(bathy_update)   status = Write_Bathy_meter(TRIM(parent_bathy_meter_updated),G0) 
     621     IF(bathy_update)   status = write_domcfg(TRIM(parent_domcfg_updated),G0) 
     622      
     623     ! store interpolation result in output file 
     624     IF( TRIM(parent_bathy_level) /= '' )   status = Write_Bathy_level(TRIM(child_level),G1) 
     625     IF( TRIM(parent_bathy_meter) /= '' )   status = Write_Bathy_meter(TRIM(child_meter),G1) 
     626     IF( TRIM(parent_domcfg_out)  /= '' )   status = write_domcfg(TRIM(child_domcfg),G1) 
     627     ! 
     628     WRITE(*,*) '****** Bathymetry successfully created ******' 
     629     STOP 
    636630  ENDIF 
    637631  ! 
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_create_data.f90

    r10025 r10381  
    3737  ! Interpolate U grid  data 
    3838  ji = 1 
    39   DO WHILE( TRIM(U_Files(ji)) .NE. '/NULL' ) 
     39  DO WHILE( TRIM(U_Files(ji)) /= '' ) 
    4040     PRINT *,'Grid U forcing files = ',u_files(ji) 
    4141     !         
     
    4848  ! Interpolate V grid  data 
    4949  ji = 1 
    50   DO WHILE( TRIM(V_Files(ji)) .NE. '/NULL' ) 
     50  DO WHILE( TRIM(V_Files(ji)) /= '' ) 
    5151     PRINT *,'Grid V forcing files = ',v_files(ji) 
    5252     !         
     
    5858  ! Interpolate flux data 
    5959  ji = 1 
    60   DO WHILE( TRIM(Flx_Files(ji)) .NE. '/NULL' ) 
     60  DO WHILE( TRIM(Flx_Files(ji)) /= '' ) 
    6161     PRINT *,'flxfiles = ',flx_files(ji) 
    6262     !         
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_create_restart.f90

    r10093 r10381  
    9494  CALL read_namelist(namelistname) 
    9595  !       
    96   IF(TRIM(restart_file) == '/NULL') THEN 
     96  IF(TRIM(restart_file) == '') THEN 
    9797     WRITE(*,*) 'no restart file specified in ',TRIM(namelistname) 
    9898     STOP 
     
    113113  !        
    114114  CALL set_child_name(parent_coordinate_file,Childcoordinates)    
    115   CALL set_child_name(parent_bathy_file,Childbathy)  
     115  CALL set_child_name(parent_bathy_level,Childbathy)  
    116116  CALL set_child_name(parent_bathy_meter,Childbathymeter)    
    117117  ! 
     
    165165  ENDIF 
    166166  ! 
    167   CALL Init_mask(parent_bathy_file,G0,x,y) 
     167  CALL Init_mask(parent_bathy_level,G0,x,y) 
    168168  CALL Init_mask(childbathy,G1,1,1) 
    169169 
     
    875875  !       
    876876  IF(partial_steps) THEN 
    877      status = Read_Bathymeter(TRIM(Childbathymeter),G1) 
     877     status = Read_Bathy_Meter(TRIM(Childbathymeter),G1) 
    878878     CALL get_scale_factors( G1,fse3t,fse3u,fse3v ) 
    879879  ELSE        
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_create_restart_trc.f90

    r10093 r10381  
    8585  CALL read_namelist(namelistname) 
    8686  !       
    87   IF(TRIM(restart_trc_file) == '/NULL') THEN 
     87  IF(TRIM(restart_trc_file) == '') THEN 
    8888     WRITE(*,*) 'no tracers restart file specified in ',TRIM(namelistname) 
    8989     STOP 
     
    100100  !        
    101101  CALL set_child_name(parent_coordinate_file,Childcoordinates)    
    102   CALL set_child_name(parent_bathy_file,Childbathy)  
     102  CALL set_child_name(parent_bathy_level,Childbathy)  
    103103  CALL set_child_name(parent_bathy_meter,Childbathymeter)    
    104104  ! 
     
    142142  ENDIF 
    143143  ! 
    144   CALL Init_tmask(parent_bathy_file,G0,x,y) 
     144  CALL Init_tmask(parent_bathy_level,G0,x,y) 
    145145  CALL Init_tmask(childbathy,G1,nxfin,nyfin) 
    146146   
    147147  ALLOCATE(fse3u(nxfin,nyfin,z),fse3v(nxfin,nyfin,z),fse3t(nxfin,nyfin,z),cvol(nxfin,nyfin,z)) 
    148148    !       
    149     status = Read_Bathymeter(TRIM(Childbathymeter),G1) 
     149    status = Read_Bathy_Meter(TRIM(Childbathymeter),G1) 
    150150    CALL get_scale_factors( G1,fse3t,fse3u,fse3v ) 
    151151                           
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_interpolation.f90

    r10093 r10381  
    560560    CALL set_child_name(filename,Child_file)  
    561561    CALL set_child_name(parent_coordinate_file,Childcoordinates) 
    562     CALL set_child_name(parent_bathy_file,childbathy) 
     562    CALL set_child_name(parent_bathy_level,childbathy) 
    563563    WRITE(*,*) 'Child grid file name = ',TRIM(Child_file) 
    564564    ! 
     
    602602       ALLOCATE(mask(numlon,numlat,N)) 
    603603       CALL Init_mask(childbathy,G1,1,1) 
    604        CALL Init_mask(parent_bathy_file,G0,1,1) 
     604       CALL Init_mask(parent_bathy_level,G0,1,1) 
    605605       ! 
    606606    ENDIF 
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_readwrite.f90

    r10160 r10381  
    209209    TYPE(Coordinates) :: Grid 
    210210    ! 
    211     CALL read_ncdf_var('mbathy',name,Grid%Bathy_level)     
     211    CALL read_ncdf_var(parent_level_name,name,Grid%Bathy_level)     
    212212    ! 
    213213    WRITE(*,*) ' ' 
     
    239239    CALL write_ncdf_dim(dimnames(2),name,nyfin) 
    240240    !       
    241     CALL write_ncdf_var('nav_lon',dimnames,name,Grid%nav_lon    ,'float') 
    242     CALL write_ncdf_var('nav_lat',dimnames,name,Grid%nav_lat    ,'float') 
    243     CALL write_ncdf_var('mbathy' ,dimnames,name,Grid%bathy_level,'float') 
    244     ! 
    245     CALL copy_ncdf_att('nav_lon',TRIM(parent_bathy_file),name,MINVAL(Grid%nav_lon),MAXVAL(Grid%nav_lon)) 
    246     CALL copy_ncdf_att('nav_lat',TRIM(parent_bathy_file),name,MINVAL(Grid%nav_lat),MAXVAL(Grid%nav_lat)) 
    247     CALL copy_ncdf_att('mbathy' ,TRIM(parent_bathy_file),name)        
     241    CALL write_ncdf_var('nav_lon'        ,dimnames,name,Grid%nav_lon    ,'float') 
     242    CALL write_ncdf_var('nav_lat'        ,dimnames,name,Grid%nav_lat    ,'float') 
     243    CALL write_ncdf_var(parent_level_name,dimnames,name,Grid%bathy_level,'float') 
     244    ! 
     245    CALL copy_ncdf_att('nav_lon'        ,TRIM(parent_bathy_level),name,MINVAL(Grid%nav_lon),MAXVAL(Grid%nav_lon)) 
     246    CALL copy_ncdf_att('nav_lat'        ,TRIM(parent_bathy_level),name,MINVAL(Grid%nav_lat),MAXVAL(Grid%nav_lat)) 
     247    CALL copy_ncdf_att(parent_level_name,TRIM(parent_bathy_level),name)        
    248248    ! 
    249249    WRITE(*,*) ' ' 
     
    256256  ! 
    257257  !***************************************************** 
    258   !   function Read_Bathy_meter(name,CoarseGrid,ChildGrid) 
    259   !***************************************************** 
    260   ! 
    261   INTEGER FUNCTION Read_Bathy_meter(name,CoarseGrid,ChildGrid,Pacifique) 
     258  !   function read_bathy_coord(name,CoarseGrid,ChildGrid) 
     259  !***************************************************** 
     260  ! 
     261  INTEGER FUNCTION read_bathy_coord(name,CoarseGrid,ChildGrid,Pacifique) 
    262262    ! 
    263263    USE io_netcdf 
     
    284284       CALL read_ncdf_var('nav_lon',name,CoarseGrid%nav_lon) 
    285285       CALL read_ncdf_var('nav_lat',name,CoarseGrid%nav_lat) 
    286        CALL read_ncdf_var(parent_batmet_name,name,CoarseGrid%Bathy_meter) 
     286       CALL read_ncdf_var(parent_meter_name,name,CoarseGrid%Bathy_meter) 
    287287       !             
    288288       IF ( PRESENT(Pacifique) ) THEN 
     
    294294       ENDIF 
    295295       !       
    296        Read_Bathy_meter = 1 
     296       read_bathy_coord = 1 
    297297       RETURN       
    298298    ELSE 
     
    411411    CoarseGrid%Bathy_meter(:,:) = -1.0 * CoarseGrid%Bathy_meter(:,:) 
    412412    !       
    413     Read_Bathy_meter = 1 
     413    read_bathy_coord = 1 
    414414    RETURN 
    415415    !       
    416   END FUNCTION Read_Bathy_meter 
     416  END FUNCTION read_bathy_coord 
    417417  !  
    418418  ! 
    419419  !***************************************************** 
    420   !   function Read_Bathy_meter(name,CoarseGrid,ChildGrid) 
    421   !***************************************************** 
    422   ! 
    423   INTEGER FUNCTION Read_Bathymeter(name,Grid) 
     420  !   function read_bathy_meter(name,CoarseGrid,ChildGrid) 
     421  !***************************************************** 
     422  ! 
     423  INTEGER FUNCTION read_bathy_meter(name,Grid) 
    424424    ! 
    425425    ! 
     
    429429    TYPE(Coordinates) :: Grid 
    430430    ! 
    431     CALL read_ncdf_var(parent_batmet_name,name,Grid%Bathy_meter)     
     431    CALL read_ncdf_var(parent_meter_name,name,Grid%Bathy_meter)     
    432432    ! 
    433433    WRITE(*,*) ' ' 
     
    435435    WRITE(*,*) ' '       
    436436    ! 
    437     Read_Bathymeter = 1 
    438     !       
    439   END FUNCTION Read_Bathymeter 
     437    read_bathy_meter = 1 
     438    !       
     439  END FUNCTION read_bathy_meter 
    440440  !      
    441441  !***************************************************** 
     
    463463    CALL write_ncdf_dim(dimnames(2),name,ny) 
    464464    !      
    465     CALL write_ncdf_var('nav_lon'         ,dimnames,name,Grid%nav_lon    ,'float') 
    466     CALL write_ncdf_var('nav_lat'         ,dimnames,name,Grid%nav_lat    ,'float') 
    467     CALL write_ncdf_var(parent_batmet_name,dimnames,name,Grid%bathy_meter,'float') 
    468     CALL write_ncdf_var('weight'          ,dimnames,name,Grid%wgt        ,'float') 
    469     ! 
    470     CALL copy_ncdf_att('nav_lon'         ,TRIM(parent_bathy_meter),name,MINVAL(Grid%nav_lon),MAXVAL(Grid%nav_lon)) 
    471     CALL copy_ncdf_att('nav_lat'         ,TRIM(parent_bathy_meter),name,MINVAL(Grid%nav_lat),MAXVAL(Grid%nav_lat))   
    472     CALL copy_ncdf_att(parent_batmet_name,TRIM(parent_bathy_meter),name) 
     465    CALL write_ncdf_var('nav_lon'        ,dimnames,name,Grid%nav_lon    ,'float') 
     466    CALL write_ncdf_var('nav_lat'        ,dimnames,name,Grid%nav_lat    ,'float') 
     467    CALL write_ncdf_var(parent_meter_name,dimnames,name,Grid%bathy_meter,'float') 
     468    CALL write_ncdf_var('weight'         ,dimnames,name,Grid%wgt        ,'float') 
     469    ! 
     470    CALL copy_ncdf_att('nav_lon'        ,TRIM(parent_bathy_meter),name,MINVAL(Grid%nav_lon),MAXVAL(Grid%nav_lon)) 
     471    CALL copy_ncdf_att('nav_lat'        ,TRIM(parent_bathy_meter),name,MINVAL(Grid%nav_lat),MAXVAL(Grid%nav_lat))   
     472    CALL copy_ncdf_att(parent_meter_name,TRIM(parent_bathy_meter),name) 
    473473    ! 
    474474    WRITE(*,*) ' ' 
     
    500500     ! 
    501501     CHARACTER(len=1),     DIMENSION(3)     ::   dimnames 
    502      REAL*8 ,              DIMENSION(N)     ::   e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d 
    503      REAL*8 , ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   ::   ff_t, ff_f 
    504      INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   ::   bottom_level, top_level, zbathy 
     502     REAL*8 ,              DIMENSION(N)     ::   e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d, gdepw_1d 
     503     REAL*8 , ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   ::   ff_t, ff_f, zbathy 
     504     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   ::   bottom_level, top_level, mbathy 
    505505     REAL*8 , ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   e3t_0, e3u_0, e3v_0, e3f_0, e3w_0, e3uw_0, e3vw_0 
    506506     ! 
     
    510510 
    511511     ! allocate needed arrays for domain_cfg 
    512      ALLOCATE( ff_t(nx,ny), ff_f(nx,ny) ) 
    513      ALLOCATE( bottom_level(nx,ny), top_level(nx,ny), zbathy(nx,ny) ) 
     512     ALLOCATE( ff_t(nx,ny), ff_f(nx,ny), zbathy(nx,ny) ) 
     513     ALLOCATE( bottom_level(nx,ny), top_level(nx,ny), mbathy(nx,ny) ) 
    514514     ALLOCATE( e3t_0(nx,ny,N), e3u_0 (nx,ny,N), e3v_0 (nx,ny,N), e3f_0(nx,ny,N),  & 
    515515        &      e3w_0(nx,ny,N), e3uw_0(nx,ny,N), e3vw_0(nx,ny,N) ) 
     
    527527     ff_t(:,:) = 2. * omega * SIN( rad * Grid%gphit(:,:) )     !    -        -       -    at t-point 
    528528 
    529      ! top/bottom levels 
    530      bottom_level(:,:) = Grid%bathy_level(:,:) 
    531      top_level(:,:)    = MIN( 1, bottom_level(:,:) ) 
     529     ! bathy in meters 
     530     zbathy(:,:) = Grid%bathy_meter 
    532531 
    533532     ! vertical scale factors 
    534      CALL zgr_z( e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d )     
    535      DO jk = 1, N 
    536         e3t_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
    537         e3u_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
    538         e3v_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
    539         e3f_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
    540         e3w_0  (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
    541         e3uw_0 (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
    542         e3vw_0 (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
    543      END DO 
     533     CALL zgr_z( e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d, gdepw_1d )     
     534!     DO jk = 1, N 
     535!        e3t_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
     536!        e3u_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
     537!        e3v_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
     538!        e3f_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
     539!        e3w_0  (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
     540!        e3uw_0 (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
     541!        e3vw_0 (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
     542!     END DO 
    544543 
    545544     ! logicals and others 
     
    549548        ln_zps = 1 
    550549        ln_zco = 0 
     550        CALL zgr_zps( nx, ny, gdept_1d, gdepw_1d, e3t_1d, e3w_1d, zbathy, &        ! input 
     551        &             mbathy, e3t_0, e3u_0, e3v_0, e3f_0, e3w_0, e3uw_0, e3vw_0 )  ! output 
    551552     ELSE 
    552553        ln_zps = 0 
     
    554555     ENDIF 
    555556 
     557     ! top/bottom levels 
     558     bottom_level(:,:) = mbathy(:,:) 
     559     top_level(:,:)    = MIN( 1, mbathy(:,:) ) 
     560 
    556561     ! closed domain (agrif) 
    557562     jperio = 0 
     
    567572     top_level(  nx,1:ny) = 0 
    568573 
    569      zbathy(:,:) = Grid%bathy_meter 
    570574     zbathy(1:nx,1   ) = 0. 
    571575     zbathy(1:nx,  ny) = 0. 
     
    576580     ! write domain_cfg.nc 
    577581     ! ------------------- 
    578      status = nf90_create(name,NF90_WRITE,ncid) 
     582     status = nf90_create(name,IOR(NF90_64BIT_OFFSET,NF90_WRITE),ncid) 
    579583     status = nf90_close(ncid) 
    580584     ! 
     
    664668     WRITE(*,*) ' ' 
    665669     ! 
    666      DEALLOCATE( ff_t, ff_f ) 
    667      DEALLOCATE( bottom_level, top_level, zbathy ) 
     670     DEALLOCATE( ff_t, ff_f, zbathy ) 
     671     DEALLOCATE( bottom_level, top_level, mbathy ) 
    668672     DEALLOCATE( e3t_0, e3u_0, e3v_0, e3f_0, e3w_0, e3uw_0, e3vw_0 ) 
    669673     !       
     
    672676  END FUNCTION write_domcfg 
    673677  ! 
    674   SUBROUTINE zgr_z(e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d) 
     678  SUBROUTINE zgr_z(e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d, gdepw_1d ) 
    675679     !!---------------------------------------------------------------------- 
    676680     !!                   ***  ROUTINE zgr_z (from NEMO4) *** 
     
    694698     !!---------------------------------------------------------------------- 
    695699     INTEGER  ::   jk                   ! dummy loop indices 
    696      INTEGER  ::   jpk 
    697700     REAL*8 ::   zt, zw                 ! temporary scalars 
    698701     REAL*8 ::   zsur, za0, za1, zkth   ! Values set from parameters in 
     
    700703     REAL*8 ::   za2, zkth2, zacr2      ! Values for optional double tanh function set from parameters  
    701704 
    702      REAL*8, DIMENSION(:), INTENT(inout) ::  e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d 
    703      REAL*8, DIMENSION(N)                ::  gdepw_1d 
     705     REAL*8, DIMENSION(:), INTENT(out) ::  e3t_1d, e3w_1d, gdept_1d, gdepw_1d 
    704706     !!---------------------------------------------------------------------- 
    705707     ! 
     
    788790  END SUBROUTINE zgr_z 
    789791 
     792  SUBROUTINE zgr_zps( nx, ny, gdept_1d, gdepw_1d, e3t_1d, e3w_1d, zbathy, & 
     793     &                mbathy, e3t_0, e3u_0, e3v_0, e3f_0, e3w_0, e3uw_0, e3vw_0 ) 
     794      !!---------------------------------------------------------------------- 
     795      !!                  ***  ROUTINE zgr_zps (from NEMO4)  *** 
     796      !!                      
     797      !! ** Purpose :   the depth and vertical scale factor in partial step 
     798      !!              reference z-coordinate case 
     799      !! 
     800      !! ** Method  :   Partial steps : computes the 3D vertical scale factors 
     801      !!      of T-, U-, V-, W-, UW-, VW and F-points that are associated with 
     802      !!      a partial step representation of bottom topography. 
     803      !! 
     804      !!        The reference depth of model levels is defined from an analytical 
     805      !!      function the derivative of which gives the reference vertical 
     806      !!      scale factors. 
     807      !!        From  depth and scale factors reference, we compute there new value 
     808      !!      with partial steps  on 3d arrays ( i, j, k ). 
     809      !! 
     810      !!              w-level: gdepw_0(i,j,k)  = gdep(k) 
     811      !!                       e3w_0(i,j,k) = dk(gdep)(k)     = e3(i,j,k) 
     812      !!              t-level: gdept_0(i,j,k)  = gdep(k+0.5) 
     813      !!                       e3t_0(i,j,k) = dk(gdep)(k+0.5) = e3(i,j,k+0.5) 
     814      !! 
     815      !!        With the help of the bathymetric file ( bathymetry_depth_ORCA_R2.nc), 
     816      !!      we find the mbathy index of the depth at each grid point. 
     817      !!      This leads us to three cases: 
     818      !! 
     819      !!              - bathy = 0 => mbathy = 0 
     820      !!              - 1 < mbathy < jpkm1     
     821      !!              - bathy > gdepw_0(jpk) => mbathy = jpkm1   
     822      !! 
     823      !!        Then, for each case, we find the new depth at t- and w- levels 
     824      !!      and the new vertical scale factors at t-, u-, v-, w-, uw-, vw-  
     825      !!      and f-points. 
     826      !!  
     827      !!        This routine is given as an example, it must be modified 
     828      !!      following the user s desiderata. nevertheless, the output as 
     829      !!      well as the way to compute the model levels and scale factors 
     830      !!      must be respected in order to insure second order accuracy 
     831      !!      schemes. 
     832      !! 
     833      !!         c a u t i o n : gdept_1d, gdepw_1d and e3._1d are positives 
     834      !!         - - - - - - -   gdept_0, gdepw_0 and e3. are positives 
     835      !!       
     836      !!  Reference :   Pacanowsky & Gnanadesikan 1997, Mon. Wea. Rev., 126, 3248-3270. 
     837      !!---------------------------------------------------------------------- 
     838      INTEGER  ::   ji, jj, jk       ! dummy loop indices 
     839      INTEGER  ::   ik 
     840      INTEGER  ::   ikb, ikt       ! temporary integers 
     841      REAL*8 ::   ze3tp , ze3wp    ! Last ocean level thickness at T- and W-points 
     842      REAL*8 ::   zdepwp, zdepth   ! Ajusted ocean depth to avoid too small e3t 
     843      REAL*8 ::   zmax             ! temporary scalar 
     844      ! 
     845      REAL*8, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::  gdept_0, gdepw_0, zprt 
     846      ! 
     847      INTEGER,                   INTENT(in   ) ::  nx, ny 
     848      REAL*8 , DIMENSION(:)    , INTENT(in   ) ::  gdept_1d, gdepw_1d, e3t_1d, e3w_1d 
     849      REAL*8 , DIMENSION(:,:)  , INTENT(inout) ::  zbathy 
     850      INTEGER, DIMENSION(:,:)  , INTENT(  out) ::  mbathy 
     851      REAL*8 , DIMENSION(:,:,:), INTENT(  out) ::  e3t_0, e3u_0, e3v_0, e3f_0, e3w_0, e3uw_0, e3vw_0 
     852      ! 
     853      !!--------------------------------------------------------------------- 
     854       
     855      ALLOCATE( zprt(nx,ny,N), gdept_0(nx,ny,N), gdepw_0(nx,ny,N) ) 
     856      ! 
     857      ! bathymetry in level (from bathy_meter) 
     858      ! =================== 
     859      zmax = gdepw_1d(N) + e3t_1d(N)        ! maximum depth (i.e. the last ocean level thickness <= 2*e3t_1d(N-1) ) 
     860      zbathy(:,:) = MIN( zmax ,  zbathy(:,:) )    ! bounded value of bathy (min already set at the end of zgr_bat) 
     861      WHERE( zbathy(:,:) == 0. )   ;   mbathy(:,:) = 0       ! land  : set mbathy to 0 
     862      ELSEWHERE                    ;   mbathy(:,:) = N-1   ! ocean : initialize mbathy to the max ocean level 
     863      END WHERE 
     864 
     865      ! Compute mbathy for ocean points (i.e. the number of ocean levels) 
     866      ! find the number of ocean levels such that the last level thickness 
     867      ! is larger than the minimum of e3zps_min and e3zps_rat * e3t_1d (where 
     868      ! e3t_1d is the reference level thickness 
     869      DO jk = N-1, 1, -1 
     870         zdepth = gdepw_1d(jk) + MIN( e3zps_min, e3t_1d(jk)*e3zps_rat ) 
     871         WHERE( 0. < zbathy(:,:) .AND. zbathy(:,:) <= zdepth )   mbathy(:,:) = jk-1 
     872      END DO 
     873 
     874      ! Scale factors and depth at T- and W-points 
     875      DO jk = 1, N                        ! intitialization to the reference z-coordinate 
     876         gdept_0(:,:,jk) = gdept_1d(jk) 
     877         gdepw_0(:,:,jk) = gdepw_1d(jk) 
     878         e3t_0  (:,:,jk) = e3t_1d  (jk) 
     879         e3w_0  (:,:,jk) = e3w_1d  (jk) 
     880      END DO 
     881       
     882      ! Bathy, iceshelf draft, scale factor and depth at T- and W- points in case of isf 
     883      !!clem: not implemented yet 
     884      !!      IF ( ln_isfcav == 1 ) CALL zgr_isf 
     885      ! 
     886      ! Scale factors and depth at T- and W-points 
     887!      IF ( ln_isfcav == 0 ) THEN 
     888         DO jj = 1, ny 
     889            DO ji = 1, nx 
     890               ik = mbathy(ji,jj) 
     891               IF( ik > 0 ) THEN               ! ocean point only 
     892                  ! max ocean level case 
     893                  IF( ik == N-1 ) THEN 
     894                     zdepwp = zbathy(ji,jj) 
     895                     ze3tp  = zbathy(ji,jj) - gdepw_1d(ik) 
     896                     ze3wp = 0.5 * e3w_1d(ik) * ( 1. + ( ze3tp/e3t_1d(ik) ) ) 
     897                     e3t_0(ji,jj,ik  ) = ze3tp 
     898                     e3t_0(ji,jj,ik+1) = ze3tp 
     899                     e3w_0(ji,jj,ik  ) = ze3wp 
     900                     e3w_0(ji,jj,ik+1) = ze3tp 
     901                     gdepw_0(ji,jj,ik+1) = zdepwp 
     902                     gdept_0(ji,jj,ik  ) = gdept_1d(ik-1) + ze3wp 
     903                     gdept_0(ji,jj,ik+1) = gdept_0(ji,jj,ik) + ze3tp 
     904                     ! 
     905                  ELSE                         ! standard case 
     906                     IF( zbathy(ji,jj) <= gdepw_1d(ik+1) ) THEN  ;   gdepw_0(ji,jj,ik+1) = zbathy(ji,jj) 
     907                     ELSE                                        ;   gdepw_0(ji,jj,ik+1) = gdepw_1d(ik+1) 
     908                     ENDIF 
     909   !gm Bug?  check the gdepw_1d 
     910                     !       ... on ik 
     911                     gdept_0(ji,jj,ik) = gdepw_1d(ik) + ( gdepw_0(ji,jj,ik+1) - gdepw_1d(ik) )   & 
     912                        &                             * ((gdept_1d(     ik  ) - gdepw_1d(ik) )   & 
     913                        &                             / ( gdepw_1d(     ik+1) - gdepw_1d(ik) )) 
     914                     e3t_0  (ji,jj,ik) = e3t_1d  (ik) * ( gdepw_0 (ji,jj,ik+1) - gdepw_1d(ik) )   &  
     915                        &                             / ( gdepw_1d(      ik+1) - gdepw_1d(ik) )  
     916                     e3w_0(ji,jj,ik) = 0.5 * ( gdepw_0(ji,jj,ik+1) + gdepw_1d(ik+1) - 2. * gdepw_1d(ik) )   & 
     917                        &                     * ( e3w_1d(ik) / ( gdepw_1d(ik+1) - gdepw_1d(ik) ) ) 
     918                     !       ... on ik+1 
     919                     e3w_0  (ji,jj,ik+1) = e3t_0  (ji,jj,ik) 
     920                     e3t_0  (ji,jj,ik+1) = e3t_0  (ji,jj,ik) 
     921                     gdept_0(ji,jj,ik+1) = gdept_0(ji,jj,ik) + e3t_0(ji,jj,ik) 
     922                  ENDIF 
     923               ENDIF 
     924            END DO 
     925         END DO 
     926         ! 
     927!         DO jj = 1, ny 
     928!            DO ji = 1, nx 
     929!               ik = mbathy(ji,jj) 
     930!               IF( ik > 0 ) THEN               ! ocean point only 
     931!                  e3tp (ji,jj) = e3t_0(ji,jj,ik) 
     932!                  e3wp (ji,jj) = e3w_0(ji,jj,ik) 
     933!               ENDIF 
     934!            END DO 
     935!         END DO 
     936!      END IF 
     937      ! 
     938      ! Scale factors and depth at U-, V-, UW and VW-points 
     939      DO jk = 1, N                        ! initialisation to z-scale factors 
     940         e3u_0 (:,:,jk) = e3t_1d(jk) 
     941         e3v_0 (:,:,jk) = e3t_1d(jk) 
     942         e3uw_0(:,:,jk) = e3w_1d(jk) 
     943         e3vw_0(:,:,jk) = e3w_1d(jk) 
     944      END DO 
     945 
     946      DO jk = 1,N                         ! Computed as the minimum of neighbooring scale factors 
     947         DO jj = 1, ny-1 
     948            DO ji = 1, nx-1   ! vector opt. 
     949               e3u_0 (ji,jj,jk) = MIN( e3t_0(ji,jj,jk), e3t_0(ji+1,jj,jk) ) 
     950               e3v_0 (ji,jj,jk) = MIN( e3t_0(ji,jj,jk), e3t_0(ji,jj+1,jk) ) 
     951               e3uw_0(ji,jj,jk) = MIN( e3w_0(ji,jj,jk), e3w_0(ji+1,jj,jk) ) 
     952               e3vw_0(ji,jj,jk) = MIN( e3w_0(ji,jj,jk), e3w_0(ji,jj+1,jk) ) 
     953            END DO 
     954         END DO 
     955      END DO 
     956       
     957!      IF ( ln_isfcav == 1 ) THEN 
     958!      ! (ISF) define e3uw (adapted for 2 cells in the water column) 
     959!         DO jj = 2, ny-1  
     960!            DO ji = 2, nx-1   ! vector opt.  
     961!               ikb = MAX(mbathy (ji,jj),mbathy (ji+1,jj)) 
     962!               ikt = MAX(misfdep(ji,jj),misfdep(ji+1,jj)) 
     963!               IF (ikb == ikt+1) e3uw_0(ji,jj,ikb) =  MIN( gdept_0(ji,jj,ikb  ), gdept_0(ji+1,jj  ,ikb  ) ) & 
     964!                                       &            - MAX( gdept_0(ji,jj,ikb-1), gdept_0(ji+1,jj  ,ikb-1) ) 
     965!               ikb = MAX(mbathy (ji,jj),mbathy (ji,jj+1)) 
     966!               ikt = MAX(misfdep(ji,jj),misfdep(ji,jj+1)) 
     967!               IF (ikb == ikt+1) e3vw_0(ji,jj,ikb) =  MIN( gdept_0(ji,jj,ikb  ), gdept_0(ji  ,jj+1,ikb  ) ) & 
     968!                                       &            - MAX( gdept_0(ji,jj,ikb-1), gdept_0(ji  ,jj+1,ikb-1) ) 
     969!            END DO 
     970!         END DO 
     971!      END IF 
     972      ! 
     973 
     974      DO jk = 1, N                        ! set to z-scale factor if zero (i.e. along closed boundaries) 
     975         WHERE( e3u_0 (:,:,jk) == 0. )   e3u_0 (:,:,jk) = e3t_1d(jk) 
     976         WHERE( e3v_0 (:,:,jk) == 0. )   e3v_0 (:,:,jk) = e3t_1d(jk) 
     977         WHERE( e3uw_0(:,:,jk) == 0. )   e3uw_0(:,:,jk) = e3w_1d(jk) 
     978         WHERE( e3vw_0(:,:,jk) == 0. )   e3vw_0(:,:,jk) = e3w_1d(jk) 
     979      END DO 
     980       
     981      ! Scale factor at F-point 
     982      DO jk = 1, N                        ! initialisation to z-scale factors 
     983         e3f_0(:,:,jk) = e3t_1d(jk) 
     984      END DO 
     985      DO jk = 1, N                        ! Computed as the minimum of neighbooring V-scale factors 
     986         DO jj = 1, ny-1 
     987            DO ji = 1, nx-1   ! vector opt. 
     988               e3f_0(ji,jj,jk) = MIN( e3v_0(ji,jj,jk), e3v_0(ji+1,jj,jk) ) 
     989            END DO 
     990         END DO 
     991      END DO 
     992      ! 
     993      DO jk = 1, N                        ! set to z-scale factor if zero (i.e. along closed boundaries) 
     994         WHERE( e3f_0(:,:,jk) == 0. )   e3f_0(:,:,jk) = e3t_1d(jk) 
     995      END DO 
     996 
     997      ! Control of the sign 
     998      IF( MINVAL( e3t_0  (:,:,:) ) <= 0. )   STOP '    zgr_zps :   e r r o r   e3t_0 <= 0'  
     999      IF( MINVAL( e3w_0  (:,:,:) ) <= 0. )   STOP '    zgr_zps :   e r r o r   e3w_0 <= 0'  
     1000      IF( MINVAL( gdept_0(:,:,:) ) <  0. )   STOP '    zgr_zps :   e r r o r   gdept_0 <  0'  
     1001      IF( MINVAL( gdepw_0(:,:,:) ) <  0. )   STOP '    zgr_zps :   e r r o r   gdepw_0 <  0'  
     1002      
     1003      ! Compute gde3w_0 (vertical sum of e3w) 
     1004!      IF ( ln_isfcav ==1 ) THEN ! if cavity 
     1005!         WHERE( misfdep == 0 )   misfdep = 1 
     1006!         DO jj = 1,ny 
     1007!            DO ji = 1,nx 
     1008!               gde3w_0(ji,jj,1) = 0.5 * e3w_0(ji,jj,1) 
     1009!               DO jk = 2, misfdep(ji,jj) 
     1010!                  gde3w_0(ji,jj,jk) = gde3w_0(ji,jj,jk-1) + e3w_0(ji,jj,jk)  
     1011!               END DO 
     1012!               IF( misfdep(ji,jj) >= 2 )   gde3w_0(ji,jj,misfdep(ji,jj)) = risfdep(ji,jj) + 0.5 * e3w_0(ji,jj,misfdep(ji,jj)) 
     1013!               DO jk = misfdep(ji,jj) + 1, N 
     1014!                  gde3w_0(ji,jj,jk) = gde3w_0(ji,jj,jk-1) + e3w_0(ji,jj,jk)  
     1015!               END DO 
     1016!            END DO 
     1017!         END DO 
     1018!      ELSE ! no cavity 
     1019!         gde3w_0(:,:,1) = 0.5 * e3w_0(:,:,1) 
     1020!         DO jk = 2, N 
     1021!            gde3w_0(:,:,jk) = gde3w_0(:,:,jk-1) + e3w_0(:,:,jk) 
     1022!         END DO 
     1023!      END IF 
     1024      ! 
     1025      DEALLOCATE( zprt, gdept_0, gdepw_0 ) 
     1026      ! 
     1027   END SUBROUTINE zgr_zps 
    7901028 
    7911029  !***************************************************** 
     
    8281066    LOGICAL :: find         
    8291067    i=1 
    830     DO WHILE ( TRIM(VAR_INTERP(i)) .NE. 'NULL' )      
     1068    DO WHILE ( TRIM(VAR_INTERP(i)) /= '' )      
    8311069       pos = INDEX( TRIM(VAR_INTERP(i)) , TRIM(varname) ) 
    8321070       IF ( pos .NE. 0 ) THEN       
  • utils/tools/NESTING/src/agrif_types.f90

    r10160 r10381  
    5959  LOGICAL ::   ln_agrif_domain 
    6060  !        
    61   CHARACTER*100 ::   parent_bathy_file, elevation_database, parent_bathy_meter, parent_domcfg_output 
    62   CHARACTER*100 ::   elevation_name, parent_batmet_name 
    63   CHARACTER*100 ::   parent_coordinate_file, restart_file, updated_parent_file, updated_parent_domcfg, restart_trc_file 
     61  CHARACTER*100 ::   parent_bathy_level, parent_level_name, parent_bathy_meter, parent_meter_name, parent_domcfg_out 
     62  CHARACTER*100 ::   elevation_name, elevation_database 
     63  CHARACTER*100 ::   parent_coordinate_file, restart_file, parent_bathy_meter_updated, parent_domcfg_updated, restart_trc_file 
    6464  CHARACTER*100 ::   dimg_output_file, interp_type 
    6565  !       
     
    6969  NAMELIST /input_output/iom_activated 
    7070  ! 
    71   NAMELIST /coarse_grid_files/parent_coordinate_file, parent_bathy_file, parent_domcfg_output 
     71  NAMELIST /coarse_grid_files/parent_coordinate_file, parent_bathy_level, parent_level_name, & 
     72     &                                                parent_bathy_meter, parent_meter_name, parent_domcfg_out 
    7273  !       
    7374  NAMELIST /bathymetry/new_topo, elevation_database, elevation_name, smoothing, smoothing_factor,  & 
    7475                       ln_agrif_domain, npt_connect, npt_copy, removeclosedseas, type_bathy_interp, rn_hmin       
    7576  !       
    76   NAMELIST /nesting/nbghostcellsfine, imin, imax, jmin, jmax, rho, rhot, bathy_update, updated_parent_file, updated_parent_domcfg       
     77  NAMELIST /nesting/nbghostcellsfine, imin, imax, jmin, jmax, rho, rhot, & 
     78     &              bathy_update, parent_bathy_meter_updated, parent_domcfg_updated       
    7779  ! 
    7880  NAMELIST /vertical_grid/ppkth, ppacr, ppdzmin, pphmax, psur, pa0, pa1, N, ldbletanh, ln_e3_dep, pa2, ppkth2, ppacr2 
    7981  !  
    80   NAMELIST /partial_cells/partial_steps, parent_bathy_meter, parent_batmet_name, e3zps_min, e3zps_rat       
     82  NAMELIST /partial_cells/partial_steps, e3zps_min, e3zps_rat       
    8183  ! 
    8284  NAMELIST /nemo_coarse_grid/ jpizoom, jpjzoom  
     
    136138    INTEGER unit_nml 
    137139    !       
    138     FLX_FILES = '/NULL' 
    139     U_FILES = '/NULL' 
    140     V_FILES = '/NULL' 
    141     VAR_INTERP = 'NULL' 
     140    FLX_FILES  = '' 
     141    U_FILES    = '' 
     142    V_FILES    = '' 
     143    VAR_INTERP = '' 
    142144    unit_nml = Agrif_Get_Unit() 
    143145    !       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.