Ignore:
Timestamp:
2018-12-19T00:02:00+01:00 (2 years ago)
Author:
nicolasmartin
Message:
  • Comment \label commands on maths environments for unreferenced equations and adapt the unnumbered math container accordingly (mainly switch to shortanded LateX syntax with \[ ... \])
  • Add a code trick to build subfile with its own bibliography
  • Fix right path for main LaTeX document in first line of subfiles (\documentclass[...]{subfiles})
  • Rename abstract_foreword.tex to foreword.tex
  • Fix some non-ASCII codes inserted here or there in LaTeX (\[0-9]*)
  • Made a first iteration on the indentation and alignement within math, figure and table environments to improve source code readability
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/trunk/doc/latex/NEMO/subfiles/chap_DIA.tex

    r10354 r10414  
    1 \documentclass[../tex_main/NEMO_manual]{subfiles} 
     1\documentclass[../main/NEMO_manual]{subfiles} 
     2 
    23\begin{document} 
    34% ================================================================ 
     
    67\chapter{Output and Diagnostics (IOM, DIA, TRD, FLO)} 
    78\label{chap:DIA} 
     9 
    810\minitoc 
    911 
    1012\newpage 
    11 $\ $\newline    % force a new line 
    1213 
    1314% ================================================================ 
     
    168169See the XML basics section below for more details on XML syntax and rules. 
    169170 
    170 \begin{table} \scriptsize 
    171    \begin{tabularx}{\textwidth}{|lXl|} \hline 
    172       variable name                                                           & 
    173       description                                                             & 
    174       example  \\ \hline   \hline 
    175       buffer\_size                                                            & 
    176       buffer size used by XIOS to send data from NEMO to XIOS.  
    177       Larger is more efficient.  
    178       Note that needed/used buffer sizes are summarized at the end of the job & 
    179       25000000 \\ \hline 
    180       buffer\_server\_factor\_size                                            & 
    181       ratio between NEMO and XIOS buffer size. 
    182       Should be 2.                                                            & 
    183       2        \\ \hline 
    184       info\_level                                                             & 
    185       verbosity level (0 to 100)                                              & 
    186       0        \\ \hline 
    187       using\_server                                                           & 
    188       activate attached(false) or detached(true) mode                         & 
    189       true     \\ \hline 
    190       using\_oasis                                                            & 
    191       XIOS is used with OASIS(true) or not (false)                            & 
    192       false    \\ \hline 
    193       oasis\_codes\_id                                                        & 
    194       when using oasis, define the identifier of NEMO in the namcouple.  
    195       Note that the identifier of XIOS is xios.x                              & 
    196       oceanx   \\ \hline 
    197    \end{tabularx} 
     171\begin{table} 
     172  \scriptsize 
     173  \begin{tabularx}{\textwidth}{|lXl|} 
     174    \hline 
     175    variable name                                                           & 
     176    description                                                             & 
     177    example  \\ 
     178    \hline 
     179    \hline 
     180    buffer\_size                                                            & 
     181    buffer size used by XIOS to send data from NEMO to XIOS. 
     182    Larger is more efficient. 
     183    Note that needed/used buffer sizes are summarized at the end of the job & 
     184    25000000 \\ 
     185    \hline 
     186    buffer\_server\_factor\_size                                            & 
     187    ratio between NEMO and XIOS buffer size. 
     188    Should be 2.                                                            & 
     189    2        \\ 
     190    \hline 
     191    info\_level                                                             & 
     192    verbosity level (0 to 100)                                              & 
     193    0        \\ 
     194    \hline 
     195    using\_server                                                           & 
     196    activate attached(false) or detached(true) mode                         & 
     197    true     \\ 
     198    \hline 
     199    using\_oasis                                                            & 
     200    XIOS is used with OASIS(true) or not (false)                            & 
     201    false    \\ 
     202    \hline 
     203    oasis\_codes\_id                                                        & 
     204    when using oasis, define the identifier of NEMO in the namcouple. 
     205    Note that the identifier of XIOS is xios.x                              & 
     206    oceanx   \\ 
     207    \hline 
     208  \end{tabularx} 
    198209\end{table} 
    199210 
     
    281292Each tag family has hierarchy of three flavors (except for context): 
    282293 
    283 \begin{table} \scriptsize 
    284    \begin{tabular*}{\textwidth}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} \hline 
    285       flavor  & description                                                                 & 
    286       example                          \\ \hline \hline 
    287       root    & declaration of the root element that can contain element groups or elements & 
    288       \xmlcode{<file_definition ... >} \\ \hline 
    289       group   & declaration of a group element that can contain element groups or elements  & 
    290       \xmlcode{<file_group      ... >} \\ \hline 
    291       element & declaration of an element that can contain elements                         & 
    292       \xmlcode{<file            ... >} \\ \hline 
    293    \end{tabular*} 
     294\begin{table} 
     295  \scriptsize 
     296  \begin{tabular*}{\textwidth}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} 
     297    \hline 
     298    flavor  & description                                                                 & 
     299                                                                                            example                          \\ 
     300    \hline 
     301    \hline 
     302    root    & declaration of the root element that can contain element groups or elements & 
     303                                                                                            \xmlcode{<file_definition ... >} \\ 
     304    \hline 
     305    group   & declaration of a group element that can contain element groups or elements  & 
     306                                                                                            \xmlcode{<file_group      ... >} \\ 
     307    \hline 
     308    element & declaration of an element that can contain elements                         & 
     309                                                                                            \xmlcode{<file            ... >} \\ 
     310    \hline 
     311  \end{tabular*} 
    294312\end{table} 
    295313 
     
    306324In \NEMO, we used the following contexts (that can be defined in any order): 
    307325 
    308 \begin{table} \scriptsize 
    309    \begin{tabular}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} \hline 
    310       context         & description                                                                &  
    311       example                              \\   \hline \hline 
    312       context xios    & context containing information for XIOS                                    &  
    313       \xmlcode{<context id="xios" ... >}   \\   \hline 
    314       context nemo    & context containing IO information for NEMO (mother grid when using AGRIF)  &  
    315       \xmlcode{<context id="nemo" ... >}   \\   \hline 
    316       context 1\_nemo & context containing IO information for NEMO child grid 1 (when using AGRIF) &  
    317       \xmlcode{<context id="1_nemo" ... >} \\   \hline 
    318       context n\_nemo & context containing IO information for NEMO child grid n (when using AGRIF) &  
    319       \xmlcode{<context id="n_nemo" ... >} \\   \hline 
     326\begin{table} 
     327  \scriptsize 
     328  \begin{tabular}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} 
     329    \hline 
     330    context         &   description                                                                & 
     331                                                                                                     example                              \\ 
     332    \hline 
     333    \hline 
     334    context xios    &   context containing information for XIOS                                    & 
     335                                                                                                     \xmlcode{<context id="xios" ... >}   \\ 
     336    \hline 
     337    context nemo    &   context containing IO information for NEMO (mother grid when using AGRIF)  &  
     338                                                                                                     \xmlcode{<context id="nemo" ... >}   \\ 
     339    \hline 
     340    context 1\_nemo &   context containing IO information for NEMO child grid 1 (when using AGRIF) &  
     341                                                                                                     \xmlcode{<context id="1_nemo" ... >} \\ 
     342    \hline 
     343    context n\_nemo &   context containing IO information for NEMO child grid n (when using AGRIF) &  
     344                                                                                                     \xmlcode{<context id="n_nemo" ... >} \\ 
     345    \hline 
     346  \end{tabular} 
     347\end{table} 
     348 
     349\noindent The xios context contains only 1 tag: 
     350 
     351\begin{table} 
     352  \scriptsize 
     353  \begin{tabular}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} 
     354    \hline 
     355    context tag                                      & 
     356                                                       description                                      & 
     357                                                                                                          example                              \\ 
     358    \hline 
     359    \hline 
     360    variable\_definition                             & 
     361                                                       define variables needed by XIOS. 
     362                                                       This can be seen as a kind of namelist for XIOS. & 
     363                                                                                                          \xmlcode{<variable_definition ... >} \\ 
     364    \hline 
    320365   \end{tabular} 
    321366\end{table} 
    322367 
    323 \noindent The xios context contains only 1 tag: 
    324  
    325 \begin{table} \scriptsize 
    326    \begin{tabular}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} \hline 
    327       context tag                                      &  
    328       description                                      &  
    329       example                              \\ \hline  \hline 
    330       variable\_definition                             &  
    331       define variables needed by XIOS.  
    332       This can be seen as a kind of namelist for XIOS. &  
    333       \xmlcode{<variable_definition ... >} \\ \hline 
    334    \end{tabular} 
    335 \end{table} 
    336  
    337368\noindent Each context tag related to NEMO (mother or child grids) is divided into 5 parts  
    338369(that can be defined in any order): 
    339370 
    340 \begin{table} \scriptsize 
    341    \begin{tabular}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} \hline 
    342       context tag        & description                                                               &  
    343       example                            \\ \hline \hline 
    344       field\_definition  & define all variables that can potentially be outputted                    &  
    345       \xmlcode{<field_definition ... >}  \\ \hline 
    346       file\_definition   & define the netcdf files to be created and the variables they will contain &  
    347       \xmlcode{<file_definition ... >}   \\ \hline 
    348       axis\_definition   & define vertical axis                                                      &  
    349       \xmlcode{<axis_definition ... >}   \\ \hline 
    350       domain\_definition & define the horizontal grids                                               &  
    351       \xmlcode{<domain_definition ... >} \\ \hline 
    352       grid\_definition   & define the 2D and 3D grids (association of an axis and a domain)          &  
    353       \xmlcode{<grid_definition ... >}   \\ \hline 
    354    \end{tabular} 
     371\begin{table} 
     372  \scriptsize 
     373  \begin{tabular}{|p{0.15\textwidth}p{0.4\textwidth}p{0.35\textwidth}|} 
     374    \hline 
     375    context tag        &   description                                                               & 
     376                                                                                                       example                            \\ 
     377    \hline 
     378    \hline 
     379    field\_definition  &   define all variables that can potentially be outputted                    & 
     380                                                                                                       \xmlcode{<field_definition ... >}  \\ 
     381    \hline 
     382    file\_definition   &   define the netcdf files to be created and the variables they will contain & 
     383                                                                                                       \xmlcode{<file_definition ... >}   \\ 
     384    \hline 
     385    axis\_definition   &   define vertical axis                                                      & 
     386                                                                                                       \xmlcode{<axis_definition ... >}   \\ 
     387    \hline 
     388    domain\_definition &   define the horizontal grids                                               & 
     389                                                                                                       \xmlcode{<domain_definition ... >} \\ 
     390    \hline 
     391    grid\_definition   &   define the 2D and 3D grids (association of an axis and a domain)          & 
     392                                                                                                       \xmlcode{<grid_definition ... >}   \\ 
     393    \hline 
     394  \end{tabular} 
    355395\end{table} 
    356396 
     
    538578the following part of the name and the name\_suffix (that can be inherited) will be automatically replaced by: 
    539579 
    540 \begin{table} \scriptsize 
    541    \begin{tabularx}{\textwidth}{|lX|} \hline 
    542       \centering placeholder string & 
    543       automatically replaced by                          \\ \hline \hline 
    544       \centering @expname@          & 
    545       the experiment name (from cn\_exp in the namelist) \\ \hline 
    546       \centering @freq@             & 
    547       output frequency (from attribute output\_freq)     \\ \hline 
    548       \centering @startdate@        & 
    549       starting date of the simulation (from nn\_date0 in the restart or the namelist). \newline 
    550       \verb?yyyymmdd?          format                   \\ \hline 
    551       \centering @startdatefull@    & 
    552       starting date of the simulation (from nn\_date0 in the restart or the namelist). \newline 
    553       \verb?yyyymmdd_hh:mm:ss? format                    \\ \hline 
    554       \centering @enddate@          & 
    555       ending date of the simulation   (from nn\_date0 and nn\_itend  in the namelist). \newline 
    556       \verb?yyyymmdd?          format                    \\ \hline 
    557       \centering @enddatefull@      & 
    558       ending date of the simulation   (from nn\_date0 and nn\_itend  in the namelist). \newline 
    559       \verb?yyyymmdd_hh:mm:ss? format                    \\ \hline 
    560    \end{tabularx} 
     580\begin{table} 
     581  \scriptsize 
     582  \begin{tabularx}{\textwidth}{|lX|} 
     583    \hline 
     584    \centering placeholder string & 
     585    automatically replaced by                          \\ 
     586    \hline 
     587    \hline 
     588    \centering @expname@          & 
     589    the experiment name (from cn\_exp in the namelist) \\ 
     590    \hline 
     591    \centering @freq@             & 
     592    output frequency (from attribute output\_freq)     \\ 
     593    \hline 
     594    \centering @startdate@        & 
     595    starting date of the simulation (from nn\_date0 in the restart or the namelist). 
     596    \newline 
     597    \verb?yyyymmdd?          format                   \\ 
     598    \hline 
     599    \centering @startdatefull@    & 
     600    starting date of the simulation (from nn\_date0 in the restart or the namelist). 
     601    \newline 
     602    \verb?yyyymmdd_hh:mm:ss? format                    \\ 
     603    \hline 
     604    \centering @enddate@          & 
     605    ending date of the simulation   (from nn\_date0 and nn\_itend  in the namelist). 
     606    \newline 
     607    \verb?yyyymmdd?          format                    \\ 
     608    \hline 
     609    \centering @enddatefull@      & 
     610    ending date of the simulation   (from nn\_date0 and nn\_itend  in the namelist). 
     611    \newline 
     612    \verb?yyyymmdd_hh:mm:ss? format                    \\ 
     613    \hline 
     614  \end{tabularx} 
    561615\end{table} 
    562616 
     
    585639\\ 
    586640 
    587 \begin{table} \scriptsize 
    588 \begin{tabularx}{\textwidth}{|X|c|c|c|}   \hline 
    589    tag ids affected by automatic definition of some of their attributes &  
    590    name attribute                                                       &  
    591    attribute value                      \\ \hline \hline 
    592    field\_definition                                                    &  
    593    freq\_op                                                             &  
    594    \np{rn\_rdt}                         \\ \hline 
    595    SBC                                                                  &  
    596    freq\_op                                                             &  
    597    \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_fsbc}  \\ \hline 
    598    ptrc\_T                                                              &  
    599    freq\_op                                                             &  
    600    \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_dttrc} \\ \hline 
    601    diad\_T                                                              &  
    602    freq\_op                                                             &  
    603    \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_dttrc} \\ \hline 
    604    EqT, EqU, EqW                                                        &  
    605    jbegin, ni,                                                          &  
    606    according to the grid                \\ 
    607                                                                         &  
    608    name\_suffix                                                         &  
    609                                         \\ \hline 
    610    TAO, RAMA and PIRATA moorings                                        &  
    611    zoom\_ibegin, zoom\_jbegin,                                          &  
    612    according to the grid                \\ 
    613                                                                         &  
    614    name\_suffix                                                         &  
    615                                         \\ \hline 
    616 \end{tabularx} 
     641\begin{table} 
     642  \scriptsize 
     643  \begin{tabularx}{\textwidth}{|X|c|c|c|} 
     644    \hline 
     645    tag ids affected by automatic definition of some of their attributes & 
     646    name attribute                                                       & 
     647    attribute value                      \\ 
     648    \hline 
     649    \hline 
     650    field\_definition                                                    & 
     651    freq\_op                                                             & 
     652    \np{rn\_rdt}                         \\ 
     653    \hline 
     654    SBC                                                                  & 
     655    freq\_op                                                             & 
     656    \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_fsbc}  \\ 
     657    \hline 
     658    ptrc\_T                                                              & 
     659    freq\_op                                                             & 
     660    \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_dttrc} \\ 
     661    \hline 
     662    diad\_T                                                              & 
     663    freq\_op                                                             & 
     664    \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_dttrc} \\ 
     665    \hline 
     666    EqT, EqU, EqW                                                        & 
     667    jbegin, ni,                                                          & 
     668    according to the grid                \\ 
     669    & 
     670    name\_suffix                                                         & 
     671    \\ 
     672    \hline 
     673    TAO, RAMA and PIRATA moorings                                        & 
     674    zoom\_ibegin, zoom\_jbegin,                                          & 
     675    according to the grid                \\ 
     676    & 
     677    name\_suffix                                                         & 
     678    \\ 
     679    \hline 
     680  \end{tabularx} 
    617681\end{table} 
    618682 
     
    774838\subsubsection{Tag list per family} 
    775839 
    776 \begin{table} \scriptsize 
    777    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|l|X|} \hline 
    778    tag name                                                                                     & 
    779    description                                                                                  & 
    780    accepted attribute                                                                           & 
    781    child of                                                                                     & 
    782    parent of                       \\ \hline \hline 
    783    simulation                                                                                   & 
    784    this tag is the root tag which encapsulates all the content of the XML file                  & 
    785    none                                                                                         & 
    786    none                                                                                         & 
    787    context                         \\ \hline 
    788    context                                                                                      & 
    789    encapsulates parts of the XML file dedicated to different codes or different parts of a code & 
    790    id (''xios'', ''nemo'' or ''n\_nemo'' for the nth AGRIF zoom), src, time\_origin             & 
    791    simulation                                                                                   & 
    792    all root tags: ... \_definition \\ \hline 
    793    \end{tabularx} 
    794    \caption{Context tags} 
     840\begin{table} 
     841  \scriptsize 
     842  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|l|X|} 
     843    \hline 
     844    tag name                                                                                     & 
     845    description                                                                                  & 
     846    accepted attribute                                                                           & 
     847    child of                                                                                     & 
     848    parent of                       \\ 
     849    \hline 
     850    \hline 
     851    simulation                                                                                   & 
     852    this tag is the root tag which encapsulates all the content of the XML file                  & 
     853    none                                                                                         & 
     854    none                                                                                         & 
     855    context                         \\ 
     856    \hline 
     857    context                                                                                      & 
     858    encapsulates parts of the XML file dedicated to different codes or different parts of a code & 
     859    id (''xios'', ''nemo'' or ''n\_nemo'' for the nth AGRIF zoom), src, time\_origin             & 
     860    simulation                                                                                   & 
     861    all root tags: ... \_definition \\ 
     862    \hline 
     863  \end{tabularx} 
     864  \caption{Context tags} 
    795865\end{table} 
    796866 
    797 \begin{table} \scriptsize 
    798    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|l|} \hline 
    799    tag name                                                                                &  
    800    description                                                                             &  
    801    accepted attribute                                                                      &  
    802    child of                                                                                &  
    803    parent of             \\ \hline \hline 
    804    field\_definition                                                                       &  
    805    encapsulates the definition of all the fields that can potentially be outputted         &  
    806    axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, grid\_ref, level, operation, prec, src &  
    807    context                                                                                 &  
    808    field or field\_group \\ \hline 
    809    field\_group                                                                            &  
    810    encapsulates a group of fields                                                          &  
    811    axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, group\_ref, grid\_ref, 
    812    id, level, operation, prec, src                                                         &  
    813    field\_definition, field\_group, file                                                   &  
    814    field or field\_group \\ \hline 
    815    field                                                                                   &  
    816    define a specific field                                                                 &  
    817    axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, field\_ref, grid\_ref, 
    818    id, level, long\_name, name, operation, prec, standard\_name, unit                      &  
    819    field\_definition, field\_group, file                                                   &  
    820    none                  \\ \hline 
    821    \end{tabularx} 
    822    \caption{Field tags ("\tt{field\_*}")} 
     867\begin{table} 
     868  \scriptsize 
     869  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|l|} 
     870    \hline 
     871    tag name                                                                                & 
     872    description                                                                             & 
     873    accepted attribute                                                                      & 
     874    child of                                                                                & 
     875    parent of             \\ 
     876    \hline 
     877    \hline 
     878    field\_definition                                                                       & 
     879    encapsulates the definition of all the fields that can potentially be outputted         & 
     880    axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, grid\_ref, level, operation, prec, src & 
     881    context                                                                                 & 
     882    field or field\_group \\ 
     883    \hline 
     884    field\_group                                                                            & 
     885    encapsulates a group of fields                                                          & 
     886    axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, group\_ref, grid\_ref, 
     887    id, level, operation, prec, src                                                         & 
     888    field\_definition, field\_group, file                                                   & 
     889    field or field\_group \\ 
     890    \hline 
     891    field                                                                                   & 
     892    define a specific field                                                                 & 
     893    axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, field\_ref, grid\_ref, 
     894    id, level, long\_name, name, operation, prec, standard\_name, unit                      & 
     895    field\_definition, field\_group, file                                                   & 
     896    none                  \\ 
     897    \hline 
     898  \end{tabularx} 
     899  \caption{Field tags ("\tt{field\_*}")} 
    823900\end{table} 
    824901 
    825 \begin{table} \scriptsize 
    826    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|l|} \hline 
    827    tag name                                                            &  
    828    description                                                         &  
    829    accepted attribute                                                  &  
    830    child of                                                            &  
    831    parent of           \\ \hline \hline 
    832    file\_definition                                                    &  
    833    encapsulates the definition of all the files that will be outputted &  
    834    enabled, min\_digits, name, name\_suffix, output\_level, 
    835    split\_freq\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src             &  
    836    context                                                             &  
    837    file or file\_group \\ \hline 
    838    file\_group                                                         &  
    839    encapsulates a group of files that will be outputted                &  
    840    enabled, description, id, min\_digits, name, name\_suffix, output\_freq, output\_level, 
    841    split\_freq\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src             &  
    842    file\_definition, file\_group                                       &  
    843    file or file\_group \\ \hline 
    844    file                                                                &  
    845    define the contents of a file to be outputted                       &  
    846    enabled, description, id, min\_digits, name, name\_suffix, output\_freq, output\_level, 
    847    split\_freq\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src             &  
    848    file\_definition, file\_group                                       &  
    849    field               \\ \hline 
    850    \end{tabularx} 
    851    \caption{File tags ("\tt{file\_*}")} 
     902\begin{table} 
     903  \scriptsize 
     904  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|l|} 
     905    \hline 
     906    tag name                                                            & 
     907    description                                                         & 
     908    accepted attribute                                                  & 
     909    child of                                                            & 
     910    parent of           \\ 
     911    \hline 
     912    \hline 
     913    file\_definition                                                    & 
     914    encapsulates the definition of all the files that will be outputted & 
     915    enabled, min\_digits, name, name\_suffix, output\_level, 
     916    split\_freq\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src             & 
     917    context                                                             & 
     918    file or file\_group \\ 
     919    \hline 
     920    file\_group                                                         & 
     921    encapsulates a group of files that will be outputted                & 
     922    enabled, description, id, min\_digits, name, name\_suffix, output\_freq, output\_level, 
     923    split\_freq\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src             & 
     924    file\_definition, file\_group                                       & 
     925    file or file\_group \\ 
     926    \hline 
     927    file                                                                & 
     928    define the contents of a file to be outputted                       & 
     929    enabled, description, id, min\_digits, name, name\_suffix, output\_freq, output\_level, 
     930    split\_freq\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src             & 
     931    file\_definition, file\_group                                       & 
     932    field               \\ 
     933    \hline 
     934  \end{tabularx} 
     935  \caption{File tags ("\tt{file\_*}")} 
    852936\end{table} 
    853937 
    854 \begin{table} \scriptsize 
    855    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|X|} \hline 
    856    tag name                                                                               &  
    857    description                                                                            &  
    858    accepted attribute                                                                     &  
    859    child of                                                                               &  
    860    parent of         \\ \hline \hline 
    861    axis\_definition                                                                       &  
    862    define all the vertical axis potentially used by the variables                         &  
    863    src                                                                                    &  
    864    context                                                                                &  
    865    axis\_group, axis \\ \hline 
    866    axis\_group                                                                            &  
    867    encapsulates a group of vertical axis                                                  &  
    868    id, lon\_name, positive, src, standard\_name, unit, zoom\_begin, zoom\_end, zoom\_size &  
    869    axis\_definition, axis\_group                                                          &  
    870    axis\_group, axis \\ \hline 
    871    axis                                                                                   &  
    872    define a vertical axis                                                                 &  
    873    id, lon\_name, positive, src, standard\_name, unit, zoom\_begin, zoom\_end, zoom\_size &  
    874    axis\_definition, axis\_group                                                          &  
    875    none              \\ \hline 
    876    \end{tabularx} 
    877    \caption{Axis tags ("\tt{axis\_*}")} 
     938\begin{table} 
     939  \scriptsize 
     940  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|X|} 
     941    \hline 
     942    tag name                                                                               & 
     943    description                                                                            & 
     944    accepted attribute                                                                     & 
     945    child of                                                                               & 
     946    parent of         \\ 
     947    \hline 
     948    \hline 
     949    axis\_definition                                                                       & 
     950    define all the vertical axis potentially used by the variables                         & 
     951    src                                                                                    & 
     952    context                                                                                & 
     953    axis\_group, axis \\ 
     954    \hline 
     955    axis\_group                                                                            & 
     956    encapsulates a group of vertical axis                                                  & 
     957    id, lon\_name, positive, src, standard\_name, unit, zoom\_begin, zoom\_end, zoom\_size & 
     958    axis\_definition, axis\_group                                                          & 
     959    axis\_group, axis \\ 
     960    \hline 
     961    axis                                                                                   & 
     962    define a vertical axis                                                                 & 
     963    id, lon\_name, positive, src, standard\_name, unit, zoom\_begin, zoom\_end, zoom\_size & 
     964    axis\_definition, axis\_group                                                          & 
     965    none             \\ 
     966    \hline 
     967  \end{tabularx} 
     968  \caption{Axis tags ("\tt{axis\_*}")} 
    878969\end{table} 
    879970 
    880 \begin{table} \scriptsize 
    881    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|X|} \hline 
    882    tag name                                                            &  
    883    description                                                         &  
    884    accepted attribute                                                  &  
    885    child of                                                            &  
    886    parent of               \\ \hline \hline 
    887    domain\_\-definition                                                &  
    888    define all the horizontal domains potentially used by the variables &  
    889    src                                                                 &  
    890    context                                                             &  
    891    domain\_\-group, domain \\ \hline 
    892    domain\_group                                                       &  
    893    encapsulates a group of horizontal domains                          &  
    894    id, lon\_name, src, zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj  &  
    895    domain\_\-definition, domain\_group                                 &  
    896    domain\_\-group, domain \\ \hline 
    897    domain                                                              &  
    898    define an horizontal domain                                         &  
    899    id, lon\_name, src, zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj  &  
    900    domain\_\-definition, domain\_group                                 &  
    901    none                    \\ \hline 
    902    \end{tabularx} 
    903    \caption{Domain tags ("\tt{domain\_*)}"} 
     971\begin{table} 
     972  \scriptsize 
     973  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|X|} 
     974    \hline 
     975    tag name                                                            & 
     976    description                                                         & 
     977    accepted attribute                                                  & 
     978    child of                                                            & 
     979    parent of               \\ 
     980    \hline 
     981    \hline 
     982    domain\_\-definition                                                & 
     983    define all the horizontal domains potentially used by the variables & 
     984    src                                                                 & 
     985    context                                                             & 
     986    domain\_\-group, domain \\ 
     987    \hline 
     988    domain\_group                                                       & 
     989    encapsulates a group of horizontal domains                          & 
     990    id, lon\_name, src, zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj  & 
     991    domain\_\-definition, domain\_group                                 & 
     992    domain\_\-group, domain \\ 
     993    \hline 
     994    domain                                                              & 
     995    define an horizontal domain                                         & 
     996    id, lon\_name, src, zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj  & 
     997    domain\_\-definition, domain\_group                                 & 
     998    none                    \\ 
     999    \hline 
     1000  \end{tabularx} 
     1001  \caption{Domain tags ("\tt{domain\_*)}"} 
    9041002\end{table} 
    9051003 
    906 \begin{table} \scriptsize 
    907    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|X|} \hline 
    908    tag name                                                                                     & 
    909    description                                                                                  & 
    910    accepted attribute                                                                           & 
    911    child of                                                                                     & 
    912    parent of                       \\ \hline \hline 
    913    grid\_definition                                                                               & 
    914    define all the grid (association of a domain and/or an axis) potentially used by the variables & 
    915    src                                                                                            & 
    916    context                                                                                        & 
    917    grid\_group, grid \\ \hline 
    918    grid\_group                                                                                    & 
    919    encapsulates a group of grids                                                                  & 
    920    id, domain\_ref,axis\_ref                                                                      & 
    921    grid\_definition, grid\_group                                                                  & 
    922    grid\_group, grid \\ \hline 
    923    grid                                                                                           & 
    924    define a grid                                                                                  & 
    925    id, domain\_ref,axis\_ref                                                                      & 
    926    grid\_definition, grid\_group                                                                  & 
    927    none              \\ \hline 
    928    \end{tabularx} 
    929    \caption{Grid tags ("\tt{grid\_*}")} 
     1004\begin{table} 
     1005  \scriptsize 
     1006  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|X|} 
     1007    \hline 
     1008    tag name                                                                                     & 
     1009    description                                                                                  & 
     1010    accepted attribute                                                                           & 
     1011    child of                                                                                     & 
     1012    parent of                       \\ 
     1013    \hline 
     1014    \hline 
     1015    grid\_definition                                                                               & 
     1016    define all the grid (association of a domain and/or an axis) potentially used by the variables & 
     1017    src                                                                                            & 
     1018    context                                                                                        & 
     1019    grid\_group, grid   \\ 
     1020    \hline 
     1021    grid\_group                                                                                    & 
     1022    encapsulates a group of grids                                                                  & 
     1023    id, domain\_ref,axis\_ref                                                                      & 
     1024    grid\_definition, grid\_group                                                                  & 
     1025    grid\_group, grid   \\ 
     1026    \hline 
     1027    grid                                                                                           & 
     1028    define a grid                                                                                  & 
     1029    id, domain\_ref,axis\_ref                                                                      & 
     1030    grid\_definition, grid\_group                                                                  & 
     1031    none                \\ 
     1032    \hline 
     1033  \end{tabularx} 
     1034  \caption{Grid tags ("\tt{grid\_*}")} 
    9301035\end{table} 
    9311036 
    9321037\subsubsection{Attributes list per family} 
    9331038 
    934 \begin{table} \scriptsize 
    935    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} \hline 
    936       attribute name                           &  
    937       description                              &  
    938       example                                  &  
    939       accepted by            \\ \hline \hline 
    940       axis\_ref                                &  
    941       refers to the id of a vertical axis      &  
    942       axis\_ref="deptht"                       &  
    943       field, grid families   \\  \hline 
    944       domain\_ref                              &  
    945       refers to the id of a domain             &  
    946       domain\_ref="grid\_T"                    &  
    947       field or grid families \\ \hline 
    948       field\_ref                               &  
    949       id of the field we want to add in a file &  
    950       field\_ref="toce"                        &  
    951       field                  \\ \hline 
    952       grid\_ref                                &  
    953       refers to the id of a grid               &  
    954       grid\_ref="grid\_T\_2D"                  &  
    955       field family           \\ \hline 
    956       group\_ref                               &  
    957       refer to a group of variables            &  
    958       group\_ref="mooring"                     &  
    959       field\_group           \\ \hline 
    960    \end{tabularx} 
    961    \caption{Reference attributes ("\tt{*\_ref}")} 
     1039\begin{table} 
     1040  \scriptsize 
     1041  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} 
     1042    \hline 
     1043    attribute name                           & 
     1044    description                              & 
     1045    example                                  & 
     1046    accepted by            \\ 
     1047    \hline 
     1048    \hline 
     1049    axis\_ref                                & 
     1050    refers to the id of a vertical axis      & 
     1051    axis\_ref="deptht"                       & 
     1052    field, grid families   \\ 
     1053    \hline 
     1054    domain\_ref                              & 
     1055    refers to the id of a domain             & 
     1056    domain\_ref="grid\_T"                    & 
     1057    field or grid families \\ 
     1058    \hline 
     1059    field\_ref                               & 
     1060    id of the field we want to add in a file & 
     1061    field\_ref="toce"                        & 
     1062    field                  \\ 
     1063    \hline 
     1064    grid\_ref                                & 
     1065    refers to the id of a grid               & 
     1066    grid\_ref="grid\_T\_2D"                  & 
     1067    field family           \\ 
     1068    \hline 
     1069    group\_ref                               & 
     1070    refer to a group of variables            & 
     1071    group\_ref="mooring"                     & 
     1072    field\_group           \\ 
     1073    \hline 
     1074  \end{tabularx} 
     1075  \caption{Reference attributes ("\tt{*\_ref}")} 
    9621076\end{table} 
    9631077 
    964 \begin{table} \scriptsize 
    965    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} \hline 
    966       attribute name                                     &  
    967       description                                        &  
    968       example                                            &  
    969       accepted by   \\ \hline \hline 
    970       zoom\_ibegin                                       &  
    971       starting point along x direction of the zoom. 
    972       Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings &  
    973       zoom\_ibegin="1"                                   &  
    974       domain family \\ \hline 
    975       zoom\_jbegin                                       &  
    976       starting point along y direction of the zoom. 
    977       Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings &  
    978       zoom\_jbegin="1"                                   &  
    979       domain family \\ \hline 
    980       zoom\_ni                                           &  
    981       zoom extent along x direction                      &  
    982       zoom\_ni="1"                                       &  
    983       domain family \\ \hline 
    984       zoom\_nj                                           &  
    985       zoom extent along y direction                      &  
    986       zoom\_nj="1"                                       &  
    987       domain family \\ \hline 
    988    \end{tabularx} 
    989    \caption{Domain attributes ("\tt{zoom\_*}")} 
     1078\begin{table} 
     1079  \scriptsize 
     1080  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} 
     1081    \hline 
     1082    attribute name                                     & 
     1083    description                                        & 
     1084    example                                            & 
     1085    accepted by   \\ 
     1086    \hline 
     1087    \hline 
     1088    zoom\_ibegin                                       & 
     1089    starting point along x direction of the zoom. 
     1090    Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings & 
     1091    zoom\_ibegin="1"                                   & 
     1092    domain family \\ 
     1093    \hline 
     1094    zoom\_jbegin                                       & 
     1095    starting point along y direction of the zoom. 
     1096    Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings & 
     1097    zoom\_jbegin="1"                                   & 
     1098    domain family \\ 
     1099    \hline 
     1100    zoom\_ni                                           & 
     1101    zoom extent along x direction                      & 
     1102    zoom\_ni="1"                                       & 
     1103    domain family \\ 
     1104    \hline 
     1105    zoom\_nj                                           & 
     1106    zoom extent along y direction                      & 
     1107    zoom\_nj="1"                                       & 
     1108    domain family \\ 
     1109    \hline 
     1110  \end{tabularx} 
     1111  \caption{Domain attributes ("\tt{zoom\_*}")} 
    9901112\end{table} 
    9911113 
    992 \begin{table} \scriptsize 
    993    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} \hline 
    994       attribute name                                                                                       & 
    995       description                                                                                          & 
    996       example                                                                                              & 
    997       accepted by                            \\ \hline \hline 
    998       min\_digits                                                                                          & 
    999       specify the minimum of digits used in the core number in the name of the NetCDF file                 & 
    1000       min\_digits="4"                                                                                      & 
    1001       file family                            \\ \hline 
    1002       name\_suffix                                                                                         & 
    1003       suffix to be inserted after the name and before the cpu number and the ''.nc'' termination of a file & 
    1004       name\_suffix="\_myzoom"                                                                              & 
    1005       file family                            \\ \hline 
    1006       output\_level                                                                                        & 
    1007       output priority of variables in a file: 0 (high) to 10 (low). 
    1008       All variables listed in the file with a level smaller or equal to output\_level will be output. 
    1009       Other variables won't be output even if they are listed in the file.                                 & 
    1010       output\_level="10"                                                                                   & 
    1011       file family                            \\ \hline 
    1012       split\_freq                                                                                          & 
    1013       frequency at which to temporally split output files. 
    1014       Units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s. 
    1015       Useful for long runs to prevent over-sized output files.                                             & 
    1016       split\_freq="1mo"                                                                                    & 
    1017       file family                            \\ \hline 
    1018       split\_freq\-\_format                                                                                & 
    1019       date format used in the name of temporally split output files. 
    1020       Can be specified using the following syntaxes: \%y, \%mo, \%d, \%h \%mi and \%s                      & 
    1021       split\_freq\_format= "\%y\%mo\%d"                                                                    & 
    1022       file family                            \\ \hline 
    1023       sync\_freq                                                                                           & 
    1024       NetCDF file synchronization frequency (update of the time\_counter). 
    1025       Units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s.                                                      & 
    1026       sync\_freq="10d"                                                                                     & 
    1027       file family                            \\ \hline 
    1028       type (1)                                                                                             & 
    1029       specify if the output files are to be split spatially (multiple\_file) or not (one\_file)            & 
    1030       type="multiple\_file"                                                                                & 
    1031       file familly                           \\ \hline 
    1032    \end{tabularx} 
    1033    \caption{File attributes} 
     1114\begin{table} 
     1115  \scriptsize 
     1116  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} 
     1117    \hline 
     1118    attribute name                                                                                       & 
     1119    description                                                                                          & 
     1120    example                                                                                              & 
     1121    accepted by                            \\ 
     1122    \hline 
     1123    \hline 
     1124    min\_digits                                                                                          & 
     1125    specify the minimum of digits used in the core number in the name of the NetCDF file                 & 
     1126    min\_digits="4"                                                                                      & 
     1127    file family                            \\ 
     1128    \hline 
     1129    name\_suffix                                                                                         & 
     1130    suffix to be inserted after the name and before the cpu number and the ''.nc'' termination of a file & 
     1131    name\_suffix="\_myzoom"                                                                              & 
     1132    file family                            \\ 
     1133    \hline 
     1134    output\_level                                                                                        & 
     1135    output priority of variables in a file: 0 (high) to 10 (low). 
     1136    All variables listed in the file with a level smaller or equal to output\_level will be output. 
     1137    Other variables won't be output even if they are listed in the file.                                 & 
     1138    output\_level="10"                                                                                   & 
     1139    file family                            \\ 
     1140    \hline 
     1141    split\_freq                                                                                          & 
     1142    frequency at which to temporally split output files. 
     1143    Units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s. 
     1144    Useful for long runs to prevent over-sized output files.                                             & 
     1145    split\_freq="1mo"                                                                                    & 
     1146    file family                            \\ 
     1147    \hline 
     1148    split\_freq\-\_format                                                                                & 
     1149    date format used in the name of temporally split output files. 
     1150    Can be specified using the following syntaxes: \%y, \%mo, \%d, \%h \%mi and \%s                      & 
     1151    split\_freq\_format= "\%y\%mo\%d"                                                                    & 
     1152    file family                            \\ 
     1153    \hline 
     1154    sync\_freq                                                                                           & 
     1155    NetCDF file synchronization frequency (update of the time\_counter). 
     1156    Units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s.                                                      & 
     1157    sync\_freq="10d"                                                                                     & 
     1158    file family                            \\ 
     1159    \hline 
     1160    type (1)                                                                                             & 
     1161    specify if the output files are to be split spatially (multiple\_file) or not (one\_file)            & 
     1162    type="multiple\_file"                                                                                & 
     1163    file familly                           \\ 
     1164    \hline 
     1165  \end{tabularx} 
     1166  \caption{File attributes} 
    10341167\end{table} 
    10351168 
    1036 \begin{table} \scriptsize 
    1037    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} \hline 
    1038       attribute name                                                                                       & 
    1039       description                                                                                          & 
    1040       example                                                                                              & 
    1041       accepted by                            \\ \hline \hline 
    1042       default\_value                                                                                       & 
    1043       missing\_value definition                                                                            & 
    1044       default\_value="1.e20"                                                                               & 
    1045       field family                           \\ \hline 
    1046       level                                                                                                & 
    1047       output priority of a field: 0 (high) to 10 (low)                                                     & 
    1048       level="1"                                                                                            & 
    1049       field family                           \\ \hline 
    1050       operation                                                                                            & 
    1051       type of temporal operation: average, accumulate, instantaneous, min, max and once                    & 
    1052       operation="average"                                                                                  & 
    1053       field family                           \\ \hline 
    1054       output\_freq                                                                                         & 
    1055       operation frequency. units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s.                                 & 
    1056       output\_freq="1d12h"                                                                                 & 
    1057       field family                           \\ \hline 
    1058       prec                                                                                                 & 
    1059       output precision: real 4 or real 8                                                                   & 
    1060       prec="4"                                                                                             & 
    1061       field family                           \\ \hline 
    1062       long\_name                                                                                           & 
    1063       define the long\_name attribute in the NetCDF file                                                   & 
    1064       long\_name="Vertical T levels"                                                                       & 
    1065       field                                  \\ \hline 
    1066       standard\_name                                                                                       & 
    1067       define the standard\_name attribute in the NetCDF file                                               & 
    1068       standard\_name= "Eastward\_Sea\_Ice\_Transport"                                                      & 
    1069       field                                  \\ \hline 
    1070    \end{tabularx} 
    1071    \caption{Field attributes} 
     1169\begin{table} 
     1170  \scriptsize 
     1171  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|l|l|} 
     1172    \hline 
     1173    attribute name                                                                                       & 
     1174    description                                                                                          & 
     1175    example                                                                                              & 
     1176    accepted by                            \\ 
     1177    \hline 
     1178    \hline 
     1179    default\_value                                                                                       & 
     1180    missing\_value definition                                                                            & 
     1181    default\_value="1.e20"                                                                               & 
     1182    field family                           \\ 
     1183    \hline 
     1184    level                                                                                                & 
     1185    output priority of a field: 0 (high) to 10 (low)                                                     & 
     1186    level="1"                                                                                            & 
     1187    field family                           \\ 
     1188    \hline 
     1189    operation                                                                                            & 
     1190    type of temporal operation: average, accumulate, instantaneous, min, max and once                    & 
     1191    operation="average"                                                                                  & 
     1192    field family                           \\ 
     1193    \hline 
     1194    output\_freq                                                                                         & 
     1195    operation frequency. units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s.                                 & 
     1196    output\_freq="1d12h"                                                                                 & 
     1197    field family                           \\ 
     1198    \hline 
     1199    prec                                                                                                 & 
     1200    output precision: real 4 or real 8                                                                   & 
     1201    prec="4"                                                                                             & 
     1202    field family                           \\ 
     1203    \hline 
     1204    long\_name                                                                                           & 
     1205    define the long\_name attribute in the NetCDF file                                                   & 
     1206    long\_name="Vertical T levels"                                                                       & 
     1207    field                                  \\ 
     1208    \hline 
     1209    standard\_name                                                                                       & 
     1210    define the standard\_name attribute in the NetCDF file                                               & 
     1211    standard\_name= "Eastward\_Sea\_Ice\_Transport"                                                      & 
     1212    field                                  \\ 
     1213    \hline 
     1214  \end{tabularx} 
     1215  \caption{Field attributes} 
    10721216\end{table} 
    10731217 
    1074 \begin{table} \scriptsize 
    1075    \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|} \hline 
    1076       attribute name                                                                                       & 
    1077       description                                                                                          & 
    1078       example                                                                                              & 
    1079       accepted by                            \\ \hline \hline 
    1080       enabled                                                                                              & 
    1081       switch on/off the output of a field or a file                                                        & 
    1082       enabled=".true."                                                                                     & 
    1083       field, file families                   \\ \hline 
    1084       description                                                                                          & 
    1085       just for information, not used                                                                       & 
    1086       description="ocean T grid variables"                                                                 & 
    1087       all tags                               \\ \hline 
    1088       id                                                                                                   & 
    1089       allow to identify a tag                                                                              & 
    1090       id="nemo"                                                                                            & 
    1091       accepted by all tags except simulation \\ \hline 
    1092       name                                                                                                 & 
    1093       name of a variable or a file. If the name of a file is undefined, its id is used as a name           & 
    1094       name="tos"                                                                                           & 
    1095       field or file families                 \\ \hline 
    1096       positive                                                                                             & 
    1097       convention used for the orientation of vertival axis (positive downward in \NEMO).                   & 
    1098       positive="down"                                                                                      & 
    1099       axis family                            \\ \hline 
    1100       src                                                                                                  & 
    1101       allow to include a file                                                                              & 
    1102       src="./field\_def.xml"                                                                               & 
    1103       accepted by all tags except simulation \\ \hline 
    1104       time\_origin                                                                                         & 
    1105       specify the origin of the time counter                                                               & 
    1106       time\_origin="1900-01-01 00:00:00"                                                                   & 
    1107       context                                \\ \hline 
    1108       type (2)                                                                                             & 
    1109       define the type of a variable tag                                                                    & 
    1110       type="boolean"                                                                                       & 
    1111       variable                               \\ \hline 
    1112       unit                                                                                                 & 
    1113       unit of a variable or the vertical axis                                                              & 
    1114       unit="m"                                                                                             & 
    1115       field and axis families                \\ \hline 
    1116    \end{tabularx} 
    1117    \caption{Miscellaneous attributes} 
     1218\begin{table} 
     1219  \scriptsize 
     1220  \begin{tabularx}{\textwidth}{|l|X|X|X|} 
     1221    \hline 
     1222    attribute name                                                                                       & 
     1223    description                                                                                          & 
     1224    example                                                                                              & 
     1225    accepted by                            \\ 
     1226    \hline 
     1227    \hline 
     1228    enabled                                                                                              & 
     1229    switch on/off the output of a field or a file                                                        & 
     1230    enabled=".true."                                                                                     & 
     1231    field, file families                   \\ 
     1232    \hline 
     1233    description                                                                                          & 
     1234    just for information, not used                                                                       & 
     1235    description="ocean T grid variables"                                                                 & 
     1236    all tags                               \\ 
     1237    \hline 
     1238    id                                                                                                   & 
     1239    allow to identify a tag                                                                              & 
     1240    id="nemo"                                                                                            & 
     1241    accepted by all tags except simulation \\ 
     1242    \hline 
     1243    name                                                                                                 & 
     1244    name of a variable or a file. If the name of a file is undefined, its id is used as a name           & 
     1245    name="tos"                                                                                           & 
     1246    field or file families                 \\ 
     1247    \hline 
     1248    positive                                                                                             & 
     1249    convention used for the orientation of vertival axis (positive downward in \NEMO).                   & 
     1250    positive="down"                                                                                      & 
     1251    axis family                            \\ 
     1252    \hline 
     1253    src                                                                                                  & 
     1254    allow to include a file                                                                              & 
     1255    src="./field\_def.xml"                                                                               & 
     1256    accepted by all tags except simulation \\ 
     1257    \hline 
     1258    time\_origin                                                                                         & 
     1259    specify the origin of the time counter                                                               & 
     1260    time\_origin="1900-01-01 00:00:00"                                                                   & 
     1261    context                                \\ 
     1262    \hline 
     1263    type (2)                                                                                             & 
     1264    define the type of a variable tag                                                                    & 
     1265    type="boolean"                                                                                       & 
     1266    variable                               \\ 
     1267    \hline 
     1268    unit                                                                                                 & 
     1269    unit of a variable or the vertical axis                                                              & 
     1270    unit="m"                                                                                             & 
     1271    field and axis families                \\ 
     1272    \hline 
     1273  \end{tabularx} 
     1274  \caption{Miscellaneous attributes} 
    11181275\end{table} 
    11191276 
     
    12001357 
    12011358%------------------------------------------TABLE---------------------------------------------------- 
    1202 \begin{table} \scriptsize \centering 
    1203    \begin{tabular}{lrrr} 
    1204       Filename                    & NetCDF3  & NetCDF4  & Reduction \\ 
    1205                                   & filesize & filesize & \%        \\ 
    1206                                   & (KB)     & (KB)     &           \\ 
    1207       ORCA2\_restart\_0000.nc     & 16420    & 8860     & 47\%      \\ 
    1208       ORCA2\_restart\_0001.nc     & 16064    & 11456    & 29\%      \\ 
    1209       ORCA2\_restart\_0002.nc     & 16064    & 9744     & 40\%      \\ 
    1210       ORCA2\_restart\_0003.nc     & 16420    & 9404     & 43\%      \\ 
    1211       ORCA2\_restart\_0004.nc     & 16200    & 5844     & 64\%      \\ 
    1212       ORCA2\_restart\_0005.nc     & 15848    & 8172     & 49\%      \\ 
    1213       ORCA2\_restart\_0006.nc     & 15848    & 8012     & 50\%      \\ 
    1214       ORCA2\_restart\_0007.nc     & 16200    & 5148     & 69\%      \\ 
    1215       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0000.nc & 2200     & 1504     & 32\%      \\ 
    1216       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0001.nc & 2200     & 1748     & 21\%      \\ 
    1217       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0002.nc & 2200     & 1592     & 28\%      \\ 
    1218       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0003.nc & 2200     & 1540     & 30\%      \\ 
    1219       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0004.nc & 2200     & 1204     & 46\%      \\ 
    1220       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0005.nc & 2200     & 1444     & 35\%      \\ 
    1221       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0006.nc & 2200     & 1428     & 36\%      \\ 
    1222       ORCA2\_2d\_grid\_T\_0007.nc & 2200     & 1148     & 48\%      \\ 
    1223       ...                         & ...      & ...      & ...       \\ 
    1224       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0000.nc & 4416     & 2240     & 50\%      \\ 
    1225       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0001.nc & 4416     & 2924     & 34\%      \\ 
    1226       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0002.nc & 4416     & 2512     & 44\%      \\ 
    1227       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0003.nc & 4416     & 2368     & 47\%      \\ 
    1228       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0004.nc & 4416     & 1432     & 68\%      \\ 
    1229       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0005.nc & 4416     & 1972     & 56\%      \\ 
    1230       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0006.nc & 4416     & 2028     & 55\%      \\ 
    1231       ORCA2\_2d\_grid\_W\_0007.nc & 4416     & 1368     & 70\%      \\ 
    1232    \end{tabular} 
    1233    \caption{ 
    1234       \protect\label{tab:NC4} 
    1235       Filesize comparison between NetCDF3 and NetCDF4 with chunking and compression} 
     1359\begin{table} 
     1360  \scriptsize 
     1361  \centering 
     1362  \begin{tabular}{lrrr} 
     1363    Filename                    & NetCDF3 & NetCDF4  & Reduction \\ 
     1364                                & filesize   & filesize & \%        \\ 
     1365                                & (KB)    & (KB)     &           \\ 
     1366    ORCA2\_restart\_0000.nc     & 16420   & 8860     & 47\%      \\ 
     1367    ORCA2\_restart\_0001.nc     & 16064   & 11456    & 29\%      \\ 
     1368    ORCA2\_restart\_0002.nc     & 16064      & 9744     & 40\%      \\ 
     1369    ORCA2\_restart\_0003.nc     & 16420      & 9404     & 43\%      \\ 
     1370    ORCA2\_restart\_0004.nc     & 16200   & 5844     & 64\%      \\ 
     1371    ORCA2\_restart\_0005.nc     & 15848   & 8172     & 49\%      \\ 
     1372    ORCA2\_restart\_0006.nc     & 15848   & 8012     & 50\%      \\ 
     1373    ORCA2\_restart\_0007.nc     & 16200   & 5148     & 69\%      \\ 
     1374    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0000.nc & 2200       & 1504     & 32\%      \\ 
     1375    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0001.nc & 2200       & 1748     & 21\%      \\ 
     1376    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0002.nc & 2200       & 1592     & 28\%      \\ 
     1377    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0003.nc & 2200       & 1540     & 30\%      \\ 
     1378    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0004.nc & 2200       & 1204     & 46\%      \\ 
     1379    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0005.nc & 2200       & 1444     & 35\%      \\ 
     1380    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0006.nc & 2200       & 1428     & 36\%      \\ 
     1381    ORCA2\_2d\_grid\_T\_0007.nc & 2200    & 1148     & 48\%      \\ 
     1382    ...                         & ...     & ...      & ...       \\ 
     1383    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0000.nc & 4416    & 2240     & 50\%      \\ 
     1384    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0001.nc & 4416    & 2924     & 34\%      \\ 
     1385    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0002.nc & 4416    & 2512     & 44\%      \\ 
     1386    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0003.nc & 4416    & 2368     & 47\%      \\ 
     1387    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0004.nc & 4416    & 1432     & 68\%      \\ 
     1388    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0005.nc & 4416    & 1972     & 56\%      \\ 
     1389    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0006.nc & 4416    & 2028     & 55\%      \\ 
     1390    ORCA2\_2d\_grid\_W\_0007.nc & 4416    & 1368     & 70\%      \\ 
     1391  \end{tabular} 
     1392  \caption{ 
     1393    \protect\label{tab:NC4} 
     1394    Filesize comparison between NetCDF3 and NetCDF4 with chunking and compression 
     1395  } 
    12361396\end{table} 
    12371397%---------------------------------------------------------------------------------------------------- 
     
    13291489 
    13301490\noindent Example: \\ 
    1331 \noindent {\scriptsize \texttt{ 
    1332 100.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
    1333 102.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
    1334 104.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
    1335 106.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
    1336 108.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000}} \\ 
     1491\noindent 
     1492{\scriptsize 
     1493  \texttt{ 
     1494    100.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
     1495    102.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
     1496    104.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
     1497    106.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000   \\ 
     1498    108.00000  90.00000  -1.50000 1.00000   0.00000} 
     1499} \\ 
    13371500 
    13381501In the other case (longitude and latitude), input filename is init\_float. 
     
    13511514 
    13521515\noindent Example: \\ 
    1353 \noindent {\scriptsize \texttt{ 
    1354  20.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
    1355 -21.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
    1356 -22.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
    1357 -23.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
    1358 -24.0 0.0 0.0 0 1 1 }} \\ 
     1516\noindent 
     1517{\scriptsize 
     1518  \texttt{ 
     1519    20.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
     1520    -21.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
     1521    -22.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
     1522    -23.0 0.0 0.0 0 1 1    \\ 
     1523    -24.0 0.0 0.0 0 1 1 } 
     1524} \\ 
    13591525 
    13601526\np{jpnfl} is the total number of floats during the run. 
     
    14261592 The Harmonic analysis solve the following equation: 
    14271593 
    1428 \[h_{i} - A_{0} + \sum^{nb\_ana}_{j=1}[A_{j}cos(\nu_{j}t_{j}-\phi_{j})] = e_{i}\] 
     1594 \[ 
     1595   h_{i} - A_{0} + \sum^{nb\_ana}_{j=1}[A_{j}cos(\nu_{j}t_{j}-\phi_{j})] = e_{i} 
     1596 \] 
    14291597 
    14301598With $A_{j}$, $\nu_{j}$, $\phi_{j}$, the amplitude, frequency and phase for each wave and $e_{i}$ the error. 
     
    14321600We can rewrite this equation: 
    14331601 
    1434 \[h_{i} - A_{0} + \sum^{nb\_ana}_{j=1}[C_{j}cos(\nu_{j}t_{j})+S_{j}sin(\nu_{j}t_{j})] = e_{i}\] 
     1602\[ 
     1603  h_{i} - A_{0} + \sum^{nb\_ana}_{j=1}[C_{j}cos(\nu_{j}t_{j})+S_{j}sin(\nu_{j}t_{j})] = e_{i} 
     1604\] 
    14351605 
    14361606with $A_{j}=\sqrt{C^{2}_{j}+S^{2}_{j}}$ and $\phi_{j}=arctan(S_{j}/C_{j})$. 
     
    14971667 
    14981668\noindent If nclass $\neq$ 0, the next lines contain the class type and the nclass bounds: \\ 
    1499 {\scriptsize \texttt{ 
    1500 long1 lat1 long2 lat2 nclass (ok/no)strpond (no)ice section\_name \\ 
    1501 classtype                                                         \\ 
    1502 zbound1                                                           \\ 
    1503 zbound2                                                           \\ 
    1504 .                                                                 \\ 
    1505 .                                                                 \\ 
    1506 nclass-1                                                          \\ 
    1507 nclass}} 
     1669{\scriptsize 
     1670  \texttt{ 
     1671    long1 lat1 long2 lat2 nclass (ok/no)strpond (no)ice section\_name \\ 
     1672    classtype                                                         \\ 
     1673    zbound1                                                           \\ 
     1674    zbound2                                                           \\ 
     1675    .                                                                 \\ 
     1676    .                                                                 \\ 
     1677    nclass-1                                                          \\ 
     1678    nclass} 
     1679} 
    15081680 
    15091681\noindent where \texttt{classtype} can be: 
     
    15271699 Examples of two sections, the ACC\_Drake\_Passage with no classes, 
    15281700 and the ATL\_Cuba\_Florida with 4 temperature clases (5 class bounds), are shown: \\ 
    1529 \noindent {\scriptsize \texttt{ 
    1530 -68.    -54.5   -60.    -64.7  00 okstrpond noice ACC\_Drake\_Passage \\ 
    1531 -80.5    22.5   -80.5    25.5  05 nostrpond noice ATL\_Cuba\_Florida  \\ 
    1532 ztem                                                                  \\ 
    1533 -2.0                                                                  \\ 
    1534  4.5                                                                  \\ 
    1535  7.0                                                                  \\ 
    1536 12.0                                                                  \\ 
    1537 40.0}} 
     1701 \noindent 
     1702 {\scriptsize 
     1703   \texttt{ 
     1704     -68.    -54.5   -60.    -64.7  00 okstrpond noice ACC\_Drake\_Passage \\ 
     1705     -80.5    22.5   -80.5    25.5  05 nostrpond noice ATL\_Cuba\_Florida  \\ 
     1706     ztem                                                                  \\ 
     1707     -2.0                                                                  \\ 
     1708     4.5                                                                  \\ 
     1709     7.0                                                                  \\ 
     1710     12.0                                                                  \\ 
     1711     40.0} 
     1712 } 
    15381713 
    15391714\subsubsection{To read the output files} 
    15401715 
    15411716The output format is: \\ 
    1542 {\scriptsize \texttt{ 
    1543 date, time-step number, section number,                \\ 
    1544 section name, section slope coefficient, class number, \\ 
    1545 class name, class bound 1 , classe bound2,             \\ 
    1546 transport\_direction1, transport\_direction2,          \\ 
    1547 transport\_total}}                                     \\ 
     1717{\scriptsize 
     1718  \texttt{ 
     1719    date, time-step number, section number,                \\ 
     1720    section name, section slope coefficient, class number, \\ 
     1721    class name, class bound 1 , classe bound2,             \\ 
     1722    transport\_direction1, transport\_direction2,          \\ 
     1723    transport\_total} 
     1724}                                     \\ 
    15481725 
    15491726For sections with classes, the first \texttt{nclass-1} lines correspond to the transport for each class and 
     
    15591736direction: \\ 
    15601737 
    1561 \begin{table} \scriptsize 
    1562    \begin{tabular}{|l|l|l|l|l|} \hline 
    1563       section slope coefficient      & section type & direction 1 & direction 2 & total transport 
    1564       \\ \hline 
    1565       0.                             & horizontal   & northward   & southward   & postive: northward 
    1566       \\ \hline 
    1567       1000.                          & vertical     & eastward    & westward    & postive: eastward 
    1568       \\ \hline 
    1569       \texttt{$\neq$ 0, $\neq$ 1000.} & diagonal     & eastward    & westward   & postive: eastward 
    1570       \\ \hline 
    1571    \end{tabular} 
     1738\begin{table} 
     1739  \scriptsize 
     1740  \begin{tabular}{|l|l|l|l|l|} 
     1741    \hline 
     1742    section slope coefficient      & section type & direction 1 & direction 2 & total transport    \\ 
     1743    \hline 
     1744    0.                             & horizontal  & northward   & southward   & postive: northward    \\ 
     1745    \hline 
     1746    1000.                          & vertical     & eastward    & westward    & postive: eastward     \\ 
     1747    \hline 
     1748    \texttt{$\neq$ 0, $\neq$ 1000.} & diagonal     & eastward    & westward     & postive: eastward      \\ 
     1749    \hline 
     1750  \end{tabular} 
    15721751\end{table} 
    15731752 
     
    16091788A non-Boussinesq fluid conserves mass. It satisfies the following relations: 
    16101789 
    1611 \[ \begin{split} 
    1612       \mathcal{M} &=  \mathcal{V}  \;\bar{\rho} \\ 
    1613       \mathcal{V} &=  \mathcal{A}  \;\bar{\eta} 
    1614    \end{split}  \label{eq:MV_nBq} 
    1615 \] 
     1790\begin{equation} 
     1791  \begin{split} 
     1792    \mathcal{M} &=  \mathcal{V}  \;\bar{\rho} \\ 
     1793    \mathcal{V} &=  \mathcal{A}  \;\bar{\eta} 
     1794  \end{split} 
     1795  \label{eq:MV_nBq} 
     1796\end{equation} 
    16161797 
    16171798Temporal changes in total mass is obtained from the density conservation equation: 
    16181799 
    1619 \[ \frac{1}{e_3} \partial_t ( e_3\,\rho) + \nabla( \rho \, \textbf{U} )  
    1620    = \left. \frac{\textit{emp}}{e_3}\right|_\textit{surface} 
    1621  \label{eq:Co_nBq} \] 
     1800\begin{equation} 
     1801  \frac{1}{e_3} \partial_t ( e_3\,\rho) + \nabla( \rho \, \textbf{U} ) 
     1802  = \left. \frac{\textit{emp}}{e_3}\right|_\textit{surface} 
     1803  \label{eq:Co_nBq} 
     1804\end{equation} 
    16221805 
    16231806where $\rho$ is the \textit{in situ} density, and \textit{emp} the surface mass exchanges with the other media of 
     
    16251808Its global averaged leads to the total mass change  
    16261809 
    1627 \[ \partial_t \mathcal{M} = \mathcal{A} \;\overline{\textit{emp}} 
    1628  \label{eq:Mass_nBq} \] 
     1810\begin{equation} 
     1811  \partial_t \mathcal{M} = \mathcal{A} \;\overline{\textit{emp}} 
     1812  \label{eq:Mass_nBq} 
     1813\end{equation} 
    16291814 
    16301815where $\overline{\textit{emp}} = \int_S \textit{emp}\,ds$ is the net mass flux through the ocean surface. 
     
    16321817the evolution equation of the mean sea level 
    16331818 
    1634 \[ \partial_t \bar{\eta} = \frac{\overline{\textit{emp}}}{ \bar{\rho}}  
    1635                          - \frac{\mathcal{V}}{\mathcal{A}} \;\frac{\partial_t \bar{\rho} }{\bar{\rho}} 
    1636  \label{eq:ssh_nBq} \] 
     1819\begin{equation} 
     1820  \partial_t \bar{\eta} = \frac{\overline{\textit{emp}}}{ \bar{\rho}} 
     1821  - \frac{\mathcal{V}}{\mathcal{A}} \;\frac{\partial_t \bar{\rho} }{\bar{\rho}} 
     1822  \label{eq:ssh_nBq} 
     1823\end{equation} 
    16371824 
    16381825The first term in equation \autoref{eq:ssh_nBq} alters sea level by adding or subtracting mass from the ocean.  
     
    16431830In particular, the mass conservation equation, \autoref{eq:Co_nBq}, degenerates into the incompressibility equation: 
    16441831 
    1645 \[ \frac{1}{e_3} \partial_t ( e_3 ) + \nabla( \textbf{U} ) 
    1646    = \left. \frac{\textit{emp}}{\rho_o \,e_3}\right|_ \textit{surface} 
    1647  \label{eq:Co_Bq} \] 
     1832\[ 
     1833  \frac{1}{e_3} \partial_t ( e_3 ) + \nabla( \textbf{U} ) = \left. \frac{\textit{emp}}{\rho_o \,e_3}\right|_ \textit{surface} 
     1834  % \label{eq:Co_Bq} 
     1835\] 
    16481836 
    16491837and the global average of this equation now gives the temporal change of the total volume, 
    16501838 
    1651 \[ \partial_t \mathcal{V} = \mathcal{A} \;\frac{\overline{\textit{emp}}}{\rho_o} 
    1652  \label{eq:V_Bq} \] 
     1839\[ 
     1840  \partial_t \mathcal{V} = \mathcal{A} \;\frac{\overline{\textit{emp}}}{\rho_o} 
     1841  % \label{eq:V_Bq} 
     1842\] 
    16531843 
    16541844Only the volume is conserved, not mass, or, more precisely, the mass which is conserved is the Boussinesq mass, 
     
    16661856$\eta_s$, a spatially uniform variable, as follows: 
    16671857 
    1668 \[ \mathcal{M}_o = \mathcal{M} + \rho_o \,\eta_s \,\mathcal{A} 
    1669  \label{eq:M_Bq} \] 
     1858\begin{equation} 
     1859  \mathcal{M}_o = \mathcal{M} + \rho_o \,\eta_s \,\mathcal{A} 
     1860  \label{eq:M_Bq} 
     1861\end{equation} 
    16701862 
    16711863Any change in $\mathcal{M}$ which cannot be explained by the net mass flux through the ocean surface 
     
    16751867in \autoref{eq:M_Bq} leads to a very simple form for the steric height: 
    16761868 
    1677 \[ \eta_s = - \frac{1}{\mathcal{A}} \mathcal{D} 
    1678  \label{eq:steric_Bq} \] 
     1869\begin{equation} 
     1870  \eta_s = - \frac{1}{\mathcal{A}} \mathcal{D} 
     1871  \label{eq:steric_Bq} 
     1872\end{equation} 
    16791873 
    16801874The above formulation of the steric height of a Boussinesq ocean requires four remarks. 
     
    16981892In the non linear free surface case, $i.e.$ \key{vvl} defined, it is given by 
    16991893 
    1700 \[ \eta_s = - \frac{ \sum_{i,\,j,\,k} d_a\; e_{1t} e_{2t} e_{3t} } 
    1701                    { \sum_{i,\,j,\,k}       e_{1t} e_{2t} e_{3t} } 
    1702  \label{eq:discrete_steric_Bq_nfs} \] 
     1894\[ 
     1895  \eta_s = - \frac{ \sum_{i,\,j,\,k} d_a\; e_{1t} e_{2t} e_{3t} }{ \sum_{i,\,j,\,k}       e_{1t} e_{2t} e_{3t} } 
     1896  % \label{eq:discrete_steric_Bq_nfs} 
     1897\] 
    17031898 
    17041899whereas in the linear free surface, 
     
    17061901better approximate the total ocean mass and thus the steric sea level: 
    17071902 
    1708 \[ \eta_s = - \frac{ \sum_{i,\,j,\,k} d_a\; e_{1t}e_{2t}e_{3t} + \sum_{i,\,j} d_a\; e_{1t}e_{2t} \eta } 
    1709                    { \sum_{i,\,j,\,k}       e_{1t}e_{2t}e_{3t} + \sum_{i,\,j}      e_{1t}e_{2t} \eta } 
    1710  \label{eq:discrete_steric_Bq_fs} \] 
     1903\[ 
     1904  \eta_s = - \frac{ \sum_{i,\,j,\,k} d_a\; e_{1t}e_{2t}e_{3t} + \sum_{i,\,j} d_a\; e_{1t}e_{2t} \eta } 
     1905                  { \sum_{i,\,j,\,k}       e_{1t}e_{2t}e_{3t} + \sum_{i,\,j}       e_{1t}e_{2t} \eta } 
     1906  % \label{eq:discrete_steric_Bq_fs} 
     1907\] 
    17111908 
    17121909The fourth and last remark concerns the effective sea level and the presence of sea-ice. 
     
    17251922It is given by: 
    17261923 
    1727 \[ \eta_s = - \frac{1}{\mathcal{A}} \int_D d_a(T,S_o,p_o) \,dv 
    1728  \label{eq:thermosteric_Bq} \] 
     1924\[ 
     1925  \eta_s = - \frac{1}{\mathcal{A}} \int_D d_a(T,S_o,p_o) \,dv 
     1926  % \label{eq:thermosteric_Bq} 
     1927\] 
    17291928 
    17301929where $S_o$ and $p_o$ are the initial salinity and pressure, respectively. 
     
    17771976  \begin{center} 
    17781977    \includegraphics[width=1.0\textwidth]{Fig_mask_subasins} 
    1779     \caption{  \protect\label{fig:mask_subasins} 
     1978    \caption{ 
     1979      \protect\label{fig:mask_subasins} 
    17801980      Decomposition of the World Ocean (here ORCA2) into sub-basin used in to 
    17811981      compute the heat and salt transports as well as the meridional stream-function: 
    17821982      Atlantic basin (red), Pacific basin (green), Indian basin (bleue), Indo-Pacific basin (bleue+green). 
    17831983      Note that semi-enclosed seas (Red, Med and Baltic seas) as well as Hudson Bay are removed from the sub-basins. 
    1784       Note also that the Arctic Ocean has been split into Atlantic and Pacific basins along the North fold line.} 
    1785 \end{center} \end{figure}   
     1984      Note also that the Arctic Ocean has been split into Atlantic and Pacific basins along the North fold line. 
     1985    } 
     1986  \end{center} 
     1987\end{figure}   
    17861988%>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    17871989 
     
    18352037The advective Courant numbers can be calculated according to 
    18362038 
    1837 \[ C_u = |u|\frac{\rdt}{e_{1u}}, \quad C_v = |v|\frac{\rdt}{e_{2v}}, \quad C_w = |w|\frac{\rdt}{e_{3w}} 
    1838  \label{eq:CFL} \] 
     2039\[ 
     2040  C_u = |u|\frac{\rdt}{e_{1u}}, \quad C_v = |v|\frac{\rdt}{e_{2v}}, \quad C_w = |w|\frac{\rdt}{e_{3w}} 
     2041  % \label{eq:CFL} 
     2042\] 
    18392043 
    18402044in the zonal, meridional and vertical directions respectively. 
     
    18542058% ================================================================ 
    18552059 
     2060\biblio 
     2061 
    18562062\end{document} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.