New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 1121 for trunk/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/namelist_lobster – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2008-06-20T17:23:23+02:00 (16 years ago)
Author:
cetlod
Message:

change the style of all top namelist to be consistent with the forthcoming style of OPA namelist, see ticket:196

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/namelist_lobster

    r1095 r1121  
     1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     2!! LOBSTER :    1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     3!! namelists    2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     4!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     5!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     6!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     7!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     8!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     9!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     10!!              9  - additional 2D/3D  diagnostics              (namlobdia) 
     11!!              10 - biological diagnostics trends              (namlobdbi)  
     12!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     13!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     14&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
     15!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     16   apmin   =  0.        ! fixed phytoplancton concentration            [mmol/m3] 
     17   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]  
     18   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
     19   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation      
     20   tmmaxp  =  0.0       ! maximal phytoplancton mortality rate         [s-1]  
     21   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]  
     22   rcchl   =  60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
     23   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
     24   toptp   =  0.        ! optimal photosynthesis temperature 
     25/ 
     26!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     27&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
     28!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     29   anmin   =  0.        ! minimum nutrients concentration              [mmol/m3] 
     30   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
     31   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
     32   taunn   =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1]   
     33   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
     34/ 
     35!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     36&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
     37!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     38   azmin   = 0.         ! minimum zooplancton concentration                      [mmol/m3] 
     39   eggzoo  = 0.0        ! minimum for zooplankton concentration, egg effect      [mmolN.m-3] 
     40   rgz     = 0.         ! ivlev coeff for zoo mortality 
     41   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%] 
     42   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]  
     43!                       ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5 
     44   aks     = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3] 
     45   rpnaz   = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%] 
     46   rdnaz   = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]  
     47   tauzn   = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]  
     48   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion 
     49   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus 
     50   tmmaxz  = 0.         ! maximal zooplankton mortality rate 
     51   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
     52/ 
     53!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     54&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
     55!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     56   admin   = 0.         ! minimum detritus concentration                 [mmol/m3] 
     57   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
     58   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution            
     59   vsed    = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s] 
     60/ 
     61!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     62&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
     63!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     64   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]  
     65!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
     66/ 
     67!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     68&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
     69!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     70   sedlam     = 3.86e-7 ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
     71   sedlostpoc = 0.      ! mass of POC lost in sediments 
     72/ 
     73!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     74&namlobrat     !   general coefficients 
     75!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     76   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto 
     77   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM 
     78   slopet  = 0.         ! van t Hoff "coefficient" 
     79   tmaxr   = 0.         ! maximal damping coeff under euphotic layer 
     80   tminr   = 5.80e-7    ! minimal damping coeff under euphotic layer 
     81   xhr     = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
     82   filmax  = 0.         ! ???? 
     83   toptgz  = 0.         ! ????  
     84   tmaxgz  = 0.         ! ????  
     85   anumin  = 0.         ! ????  
     86   afdmin  = 0.         ! ????  
     87/ 
     88!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     89&namlobopt     !   optical parameters 
     90!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     91   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water 
     92   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water 
     93   xkgp   = 0.074      ! green absorption coefficient of chl 
     94   xkrp   = 0.037      ! red absorption coefficient of chl 
     95   xlg    = 0.674      ! green chl exposant for absorption 
     96   xlr    = 0.629      ! red chl exposant for absorption 
     97   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio 
     98/ 
     99!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     100&namlobdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics ("key_trc_diaadd") 
     101!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     102   nwritedia    =  360    !  time step frequency for tracers diagnostics 
    1103! 
    2 ! OPA MODEL specific namelist for LOBSTER1 model (#ifdef key_trc_lobster1) 
    3 ! --------- 
     104!              !    name   ! title of   ! units ! 
     105!              !           ! the field  !       !   
     106   lobdia2d(1)   = 'TNO3PHY' , 'TNO3PHY',  '-' 
     107   lobdia2d(2)   = 'TNH4PHY' , 'TNH4PHY',  '-' 
     108   lobdia2d(3)   = 'TPHYDOM' , 'TPHYDOM',  '-' 
     109   lobdia2d(4)   = 'TPHYNH4' , 'TPHYNH4',  '-' 
     110   lobdia2d(5)   = 'TPHYZOO' , 'TPHYZOO',  '-' 
     111   lobdia2d(6)   = 'TPHYDET' , 'TPHYDET',  '-' 
     112   lobdia2d(7)   = 'TDETZOO' , 'TDETZOO',  '-' 
     113   lobdia2d(8)   = 'TDETSED' , 'TDETSED',  '-' 
     114   lobdia2d(9)   = 'TZOODET' , 'TZOODET',  '-' 
     115   lobdia2d(10)  = 'TZOOBOD' , 'TZOOBOD',  '-' 
     116   lobdia2d(11)  = 'TZOONH4' , 'TZOONH4',  '-' 
     117   lobdia2d(12)  = 'TZOODOM' , 'TZOODOM',  '-' 
     118   lobdia2d(13)  = 'TNH4NO3' , 'TNH4NO3',  '-' 
     119   lobdia2d(14)  = 'TDOMNH4' , 'TDOMNH4',  '-' 
     120   lobdia2d(15)  = 'TDETNH4' , 'TDETNH4',  '-' 
     121   lobdia2d(16)  = 'TPHYTOT' , 'TPHYTOT',  '-' 
     122   lobdia2d(17)  = 'TZOOTOT' , 'TZOOTOT',  '-' 
     123   lobdia2d(18)  = 'TDETDOM' , 'TDETDOM',  '-' 
     124   lobdia2d(19)  = 'SEDPOC ' , 'SEDPOC ',  '-' 
     125   lobdia3d(1)   = 'FNO3PHY' , 'FNO3PHY',  '-' 
     126   lobdia3d(2)   = 'FNH4PHY' , 'FNH4PHY',  '-' 
     127   lobdia3d(3)   = 'FNH4NO3' , 'FNH4NO3',  '-' 
     128/ 
     129!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     130&namlobdbi     !   biological diagnostics trends         "key_trc_diabio" 
     131!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     132   nwritebio    =   360    !  time step frequency for biological outputs 
    4133! 
    5 !       NATBIO   biological parameters 
    6 ! 
    7 ! PHYTOPLANKTON 
    8 !  apmin     fixed phytoplancton concentration, mmol/m3 
    9 !  tmumax    maximal phytoplankton growth rate, 2.00/86400 s-1 = 2.314815e-5, 
    10 !  rgamma    phytoplankton exudation fraction, % 
    11 !  fphylab   NH4 fraction of phytoplankton exsudation 
    12 !  tmmaxp    maximal phytoplancton mortality rate, 0. 
    13 !  tmminp    minimal phytoplancton mortality rate, 0.05/86400 s-1 = 20 jours 
    14 !  rcchl     Carbone/Chlorophyl ratio, 60 mgC.mgChla-1 
    15 !  aki       light photosynthesis half saturation constant 6.18 W/m2 
    16 !  toptp     optimal photosynthesis temperature 
    17 ! 
    18 ! NUTRIENTS 
    19 !  anmin  minimum nutrients concentration, mmol/m3 
    20 !  akno3  nitrate limitation half-saturation value, mmol/m3 
    21 !  aknh4  ammonium limitation half-saturation value, mmol/m3 
    22 !  taunn  nitrification rate, s-1 
    23 !  psinut inhibition of nitrate uptake by ammonium 
    24 ! 
    25 ! ZOOPLANKTON 
    26 !  azmin  minimum zooplancton concentration, mmol/m3 
    27 !  eggzoo minimum for zooplankton concentration, mmolN.m-3, egg effect 
    28 !  rgz    ivlev coeff for zoo mortality  
    29 !  rppz   zooplankton nominal preference for phytoplancton food, % 
    30 !  taus   specific zooplankton maximal grazing rate, s-1 
    31 !         0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5 
    32 !  aks    half-saturation constant for total zooplankton grazing, 
    33 !         mmolN.m-3 
    34 !  rpnaz  non-assimilated phytoplankton by zooplancton, % 
    35 !  rdnaz  non-assimilated detritus by zooplankton, % 
    36 !  tauzn  zooplancton specific excretion rate, 0.1/86400 s-1 = 10 jours 
    37 !  fzoolab NH4 fraction of zooplankton excretion 
    38 !  fdbod  zooplankton mortality fraction that goes to detritus 
    39 !  tmmaxz maximal zooplankton mortality rate 
    40 !  tmminz minimal zooplankton mortality rate,  1 (mmolN/m3)-1 d-1 
    41 ! 
    42 ! DETRITUS 
    43 !  admin    minimum detritus concentration, mmol/m3 
    44 !  taudn    detritus breakdown rate, 0.1/86400 s-1 = 10 jours 
    45 !  fdetlab  NH4 fraction of detritus dissolution 
    46 !  vsed     detritus sedimentation speed, m/s 
    47 ! 
    48 ! DOM 
    49 !  taudomn DOM breakdown rate, s-1 
    50 !          slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
    51 ! 
    52 ! DIC, ALK 
    53 !  rhocaco3 rain ratio organic carbon vs caco3 
    54 ! 
    55 ! COEF FOR FLUXES FROM THE APHOTIC LAYER TO THE SEDIMENTS 
    56 !  sedlam     : time coefficient of POC remineralization in sediments, s-1 
    57 !  sedlostpoc : mass of POC lost in sediments 
    58 !  sedcallam  : time coefficient of CaCO3 remineralization in sediments 
    59 !  sedlostcal : mass of CaCO3 lost in sediments 
    60 ! 
    61 ! GENERAL COEFFICIENTS 
    62 !  redf     redfield ratio (C:N) for phyto 
    63 !  reddom   redfield ratio (C:N) for DOM 
    64 !  redfoxy  redfield ratio (O:N) 
    65 !  slopet   van t Hoff "coefficient"           
    66 !  tmaxr    maximal damping coeff under euphotic layer, 0. 
    67 !  tminr    minimal damping coeff under euphotic layer 
    68 !  xhr      coeff for martin''s remineralisation profile 
    69 !  xhrc     coeff for martin''s remineralisation profile for CaCO3 
    70 ! 
    71 ! COEF USED ? 
    72 !  xzki      = 1. ki varies with depth, =0. ki = cte = aki 
    73 !  filmax 
    74 !  toptgz 
    75 !  tmaxgz 
    76 !  anumin 
    77 !  afdmin 
    78 !   rhocaco3 = 0.1 
    79 !   sedcallam = 0. 
    80 !   sedlostcal = 0. 
    81 !   redfoxy = 10.75, 
    82 !   xhrc  = -0.1, 
    83 ! avant 21-10-2005: 
    84 !   reddom = 12. 
    85 ! 
    86 &natbio 
    87    apmin = 0., 
    88    tmumax= 1.21e-5 
    89    rgamma= 0.05 
    90    fphylab = 0.75 
    91    tmmaxp= 0.0 
    92    tmminp= 5.8e-7 
    93    rcchl = 60. 
    94    aki   = 33. 
    95    toptp = 0. 
    96  
    97    anmin = 0. 
    98    akno3 = 0.7 
    99    aknh4 = 0.001 
    100    taunn = 5.80e-7 
    101    psinut = 3. 
    102  
    103    azmin = 0. 
    104    eggzoo= 0.0 
    105    rgz   = 0. 
    106    rppz  = 0.8 
    107    taus  = 9.26E-6 
    108    aks   = 1. 
    109    rpnaz = 0.3 
    110    rdnaz = 0.3 
    111    tauzn = 8.1e-7 
    112    fzoolab = 0.5 
    113    fdbod = 0.5 
    114    tmmaxz= 0. 
    115    tmminz= 2.31e-6 
    116  
    117    admin = 0. 
    118    taudn = 5.80e-7 
    119    fdetlab = 0. 
    120    vsed  = 3.47e-5 
    121  
    122    taudomn = 6.43e-8 
    123  
    124    sedlam = 3.86e-7 
    125    sedlostpoc = 0. 
    126  
    127    redf  = 6.56 
    128    reddom = 6.56 
    129    slopet = 0. 
    130    tmaxr = 0. 
    131    tminr = 5.80e-7 
    132    xhr   = -0.858 
    133  
    134    filmax= 0. 
    135    toptgz= 0. 
    136    tmaxgz= 0. 
    137    anumin= 0. 
    138    afdmin= 0. 
     134!              !    name   !       title of the field        !     units   ! 
     135   lobdiabio(1)  = 'TNO3PHY' , 'New primary production        ',  'mmole/m3/s' 
     136   lobdiabio(2)  = 'TNH4PHY' , 'Regenerated primary production',  'mmole/m3/s' 
     137   lobdiabio(3)  = 'TPHYDOM' , 'Grazing                       ',  'mmole/m3/s' 
    139138/ 
    140 ! 
    141 !       NATOPT   optical parameters 
    142 ! 
    143 !  xkg0  green absorption coefficient of water 
    144 !  xkr0  red absorption coefficent of water 
    145 !  xkgp  green absorption coefficient of chl 
    146 !  xkrp  red absorption coefficient of chl 
    147 !  xlg   green chl exposant for absorption 
    148 !  xlr   red chl exposant for absorption 
    149 !  rpig  chla/chla+pheo ratio 
    150 ! 
    151 &natopt 
    152    xkg0  = 0.0232 
    153    xkr0  = 0.225 
    154    xkgp  = 0.074 
    155    xkrp  = 0.037 
    156    xlg   = 0.674 
    157    xlr   = 0.629 
    158    rpig  = 0.7 
    159 / 
    160 ! 
    161 !       NATDBI   biological diagnostics trends (#ifdef key_trc_diabio) 
    162 ! 
    163 !  nwritebio : time step frequency for biological outputs (48 : 1/jour) 
    164 !  ctrbio short title (max 8 characters) for biological trends 
    165 !  ctrbil long title (max 80 characters) for biological trends 
    166 !  ctrbiu unit for biological trends 
    167 ! 
    168  &NATDBI 
    169    nwritebio =  36 
    170    ctrbio(1) = 'FNO3PHY' 
    171    ctrbio(2) = 'FNH4PHY' 
    172    ctrbio(3) = 'FPHYZOO' 
    173    ctrbil(1) = 'New primary production' 
    174    ctrbil(2) = 'Regenerated primary production' 
    175    ctrbil(3) = 'Grazing' 
    176    ctrbiu(1) = 'mmole/m3/s' 
    177    ctrbiu(2) = 'mmole/m3/s' 
    178    ctrbiu(3) = 'mmole/m3/s' 
    179  &END 
    180 ! 
    181 ! &NATGAS 
    182 !   gasfac = 1.7,  
    183 !   igaswind = 2 
    184 !   icice = 2  
    185 ! &END 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.