Changeset 11533


Ignore:
Timestamp:
2019-09-11T15:37:04+02:00 (4 months ago)
Author:
smasson
Message:

v4: merge with trunk

Location:
NEMO/releases/release-4.0
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/releases/release-4.0/cfgs/SHARED/namelist_ref

    r11162 r11533  
    189189&namsbc        !   Surface Boundary Condition manager                   (default: NO selection) 
    190190!----------------------------------------------------------------------- 
    191    nn_fsbc     = 4         !  frequency of SBC module call 
     191   nn_fsbc     = 2         !  frequency of SBC module call 
    192192      !                    !  (control sea-ice & iceberg model call) 
    193193                     ! Type of air-sea fluxes  
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/DIA/diawri.F90

    r10425 r11533  
    210210      ENDIF 
    211211 
     212      IF( ln_zad_Aimp ) wn = wn + wi               ! Recombine explicit and implicit parts of vertical velocity for diagnostic output 
     213      ! 
    212214      CALL iom_put( "woce", wn )                   ! vertical velocity 
    213215      IF( iom_use('w_masstr') .OR. iom_use('w_masstr2') ) THEN   ! vertical mass transport & its square value 
     
    220222         IF( iom_use('w_masstr2') )   CALL iom_put( "w_masstr2", z3d(:,:,:) * z3d(:,:,:) ) 
    221223      ENDIF 
     224      ! 
     225      IF( ln_zad_Aimp ) wn = wn - wi               ! Remove implicit part of vertical velocity that was added for diagnostic output 
    222226 
    223227      CALL iom_put( "avt" , avt )                  ! T vert. eddy diff. coef. 
     
    842846      CALL histwrite( nid_V, "sometauy", it, vtau          , ndim_hV, ndex_hV )   ! j-wind stress 
    843847 
    844       CALL histwrite( nid_W, "vovecrtz", it, wn             , ndim_T, ndex_T )    ! vert. current 
     848      IF( ln_zad_Aimp ) THEN 
     849         CALL histwrite( nid_W, "vovecrtz", it, wn + wi     , ndim_T, ndex_T )    ! vert. current 
     850      ELSE 
     851         CALL histwrite( nid_W, "vovecrtz", it, wn          , ndim_T, ndex_T )    ! vert. current 
     852      ENDIF 
    845853      CALL histwrite( nid_W, "votkeavt", it, avt            , ndim_T, ndex_T )    ! T vert. eddy diff. coef. 
    846854      CALL histwrite( nid_W, "votkeavm", it, avm            , ndim_T, ndex_T )    ! T vert. eddy visc. coef. 
     
    903911      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'vozocrtx', un                )    ! now i-velocity 
    904912      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'vomecrty', vn                )    ! now j-velocity 
    905       CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'vovecrtz', wn                )    ! now k-velocity 
     913      IF( ln_zad_Aimp ) THEN 
     914         CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'vovecrtz', wn + wi        )    ! now k-velocity 
     915      ELSE 
     916         CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'vovecrtz', wn             )    ! now k-velocity 
     917      ENDIF 
    906918      IF( ALLOCATED(ahtu) ) THEN 
    907919         CALL iom_rstput( 0, 0, inum,  'ahtu', ahtu              )    ! aht at u-point 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/DOM/domwri.F90

    r10425 r11533  
    162162      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'isfdraft', zprt, ktype = jp_r8 )   !    ! nb of ocean T-points 
    163163      !                                                         ! vertical mesh 
    164       CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3t_0', e3t_0, ktype = jp_r8  )    !    ! scale factors 
    165       CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3u_0', e3u_0, ktype = jp_r8  ) 
    166       CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3v_0', e3v_0, ktype = jp_r8  ) 
    167       CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3w_0', e3w_0, ktype = jp_r8  ) 
     164      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3t_1d', e3t_1d, ktype = jp_r8  )    !    ! scale factors 
     165      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3w_1d', e3w_1d, ktype = jp_r8  ) 
     166       
     167      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3t_0' , e3t_0 , ktype = jp_r8  ) 
     168      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3u_0' , e3u_0 , ktype = jp_r8  ) 
     169      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3v_0' , e3v_0 , ktype = jp_r8  ) 
     170      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3f_0' , e3f_0 , ktype = jp_r8  ) 
     171      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3w_0' , e3w_0 , ktype = jp_r8  ) 
     172      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3uw_0', e3uw_0, ktype = jp_r8  ) 
     173      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'e3vw_0', e3vw_0, ktype = jp_r8  ) 
    168174      ! 
    169175      CALL iom_rstput( 0, 0, inum, 'gdept_1d' , gdept_1d , ktype = jp_r8 )  ! stretched system 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/DYN/dynhpg.F90

    r10491 r11533  
    3737   USE trd_oce         ! trends: ocean variables 
    3838   USE trddyn          ! trend manager: dynamics 
    39 !jc   USE zpshde          ! partial step: hor. derivative     (zps_hde routine) 
     39   USE zpshde          ! partial step: hor. derivative     (zps_hde routine) 
    4040   ! 
    4141   USE in_out_manager  ! I/O manager 
     
    338338      REAL(wp) ::   zcoef0, zcoef1, zcoef2, zcoef3   ! temporary scalars 
    339339      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::  zhpi, zhpj 
     340      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zgtsu, zgtsv, zgru, zgrv 
    340341      !!---------------------------------------------------------------------- 
    341342      ! 
     
    346347      ENDIF 
    347348 
    348       ! Partial steps: bottom before horizontal gradient of t, s, rd at the last ocean level 
    349 !jc      CALL zps_hde    ( kt, jpts, tsn, gtsu, gtsv, rhd, gru , grv ) 
     349      ! Partial steps: Compute NOW horizontal gradient of t, s, rd at the last ocean level 
     350      CALL zps_hde( kt, jpts, tsn, zgtsu, zgtsv, rhd, zgru , zgrv ) 
    350351 
    351352      ! Local constant initialization 
     
    385386      END DO 
    386387 
    387       ! partial steps correction at the last level  (use gru & grv computed in zpshde.F90) 
     388      ! partial steps correction at the last level  (use zgru & zgrv computed in zpshde.F90) 
    388389      DO jj = 2, jpjm1 
    389390         DO ji = 2, jpim1 
     
    395396               ua  (ji,jj,iku) = ua(ji,jj,iku) - zhpi(ji,jj,iku)         ! subtract old value 
    396397               zhpi(ji,jj,iku) = zhpi(ji,jj,iku-1)                   &   ! compute the new one 
    397                   &            + zcoef2 * ( rhd(ji+1,jj,iku-1) - rhd(ji,jj,iku-1) + gru(ji,jj) ) * r1_e1u(ji,jj) 
     398                  &            + zcoef2 * ( rhd(ji+1,jj,iku-1) - rhd(ji,jj,iku-1) + zgru(ji,jj) ) * r1_e1u(ji,jj) 
    398399               ua  (ji,jj,iku) = ua(ji,jj,iku) + zhpi(ji,jj,iku)         ! add the new one to the general momentum trend 
    399400            ENDIF 
     
    401402               va  (ji,jj,ikv) = va(ji,jj,ikv) - zhpj(ji,jj,ikv)         ! subtract old value 
    402403               zhpj(ji,jj,ikv) = zhpj(ji,jj,ikv-1)                   &   ! compute the new one 
    403                   &            + zcoef3 * ( rhd(ji,jj+1,ikv-1) - rhd(ji,jj,ikv-1) + grv(ji,jj) ) * r1_e2v(ji,jj) 
     404                  &            + zcoef3 * ( rhd(ji,jj+1,ikv-1) - rhd(ji,jj,ikv-1) + zgrv(ji,jj) ) * r1_e2v(ji,jj) 
    404405               va  (ji,jj,ikv) = va(ji,jj,ikv) + zhpj(ji,jj,ikv)         ! add the new one to the general momentum trend 
    405406            ENDIF 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/DYN/sshwzv.F90

    r11294 r11533  
    99   !!             -   !  2010-09  (D.Storkey and E.O'Dea) bug fixes for BDY module 
    1010   !!            3.3  !  2011-10  (M. Leclair) split former ssh_wzv routine and remove all vvl related work 
     11   !!            4.0  !  2018-12  (A. Coward) add mixed implicit/explicit advection 
    1112   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1213 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/LBC/mppini.F90

    r10616 r11533  
    669669      ! 
    670670      CALL mpp_init_ioipsl       ! Prepare NetCDF output file (if necessary) 
    671       ! 
    672       IF( ln_nnogather ) THEN 
     671      !       
     672      IF (( jperio >= 3 .AND. jperio <= 6 .AND. jpni > 1 ).AND.( ln_nnogather )) THEN 
    673673         CALL mpp_init_nfdcom     ! northfold neighbour lists 
    674674         IF (llwrtlay) THEN 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/TRA/traadv_fct.F90

    r10425 r11533  
    2121   USE diaar5         ! AR5 diagnostics 
    2222   USE phycst  , ONLY : rau0_rcp 
     23   USE zdf_oce , ONLY : ln_zad_Aimp 
    2324   ! 
    2425   USE in_out_manager ! I/O manager 
     
    8687      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk)        ::   zwi, zwx, zwy, zwz, ztu, ztv, zltu, zltv, ztw 
    8788      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::   ztrdx, ztrdy, ztrdz, zptry 
     89      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::   zwinf, zwdia, zwsup 
     90      LOGICAL  ::   ll_zAimp                                 ! flag to apply adaptive implicit vertical advection 
    8891      !!---------------------------------------------------------------------- 
    8992      ! 
     
    97100      l_hst = .FALSE. 
    98101      l_ptr = .FALSE. 
     102      ll_zAimp = .FALSE. 
    99103      IF( ( cdtype =='TRA' .AND. l_trdtra  ) .OR. ( cdtype =='TRC' .AND. l_trdtrc ) )       l_trd = .TRUE. 
    100104      IF(   cdtype =='TRA' .AND. ln_diaptr )                                                l_ptr = .TRUE.  
     
    116120      ! 
    117121      zwi(:,:,:) = 0._wp         
     122      ! 
     123      ! If adaptive vertical advection, check if it is needed on this PE at this time 
     124      IF( ln_zad_Aimp ) THEN 
     125         IF( MAXVAL( ABS( wi(:,:,:) ) ) > 0._wp ) ll_zAimp = .TRUE. 
     126      END IF 
     127      ! If active adaptive vertical advection, build tridiagonal matrix 
     128      IF( ll_zAimp ) THEN 
     129         ALLOCATE(zwdia(jpi,jpj,jpk), zwinf(jpi,jpj,jpk),zwsup(jpi,jpj,jpk)) 
     130         DO jk = 1, jpkm1 
     131            DO jj = 2, jpjm1 
     132               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. (ensure same order of calculation as below if wi=0.) 
     133                  zwdia(ji,jj,jk) =  1._wp + p2dt * ( MAX( wi(ji,jj,jk  ) , 0._wp ) - MIN( wi(ji,jj,jk+1) , 0._wp ) ) / e3t_a(ji,jj,jk) 
     134                  zwinf(ji,jj,jk) =  p2dt * MIN( wi(ji,jj,jk  ) , 0._wp ) / e3t_a(ji,jj,jk) 
     135                  zwsup(ji,jj,jk) = -p2dt * MAX( wi(ji,jj,jk+1) , 0._wp ) / e3t_a(ji,jj,jk) 
     136               END DO 
     137            END DO 
     138         END DO 
     139      END IF 
    118140      ! 
    119141      DO jn = 1, kjpt            !==  loop over the tracers  ==! 
     
    169191            END DO 
    170192         END DO 
     193          
     194         IF ( ll_zAimp ) THEN 
     195            CALL tridia_solver( zwdia, zwsup, zwinf, zwi, zwi , 0 ) 
     196            ! 
     197            ztw(:,:,1) = 0._wp ; ztw(:,:,jpk) = 0._wp ; 
     198            DO jk = 2, jpkm1        ! Interior value ( multiplied by wmask) 
     199               DO jj = 2, jpjm1 
     200                  DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.   
     201                     zfp_wk = wi(ji,jj,jk) + ABS( wi(ji,jj,jk) ) 
     202                     zfm_wk = wi(ji,jj,jk) - ABS( wi(ji,jj,jk) ) 
     203                     ztw(ji,jj,jk) =  0.5 * e1e2t(ji,jj) * ( zfp_wk * zwi(ji,jj,jk) + zfm_wk * zwi(ji,jj,jk-1) ) * wmask(ji,jj,jk) 
     204                     zwz(ji,jj,jk) = zwz(ji,jj,jk) + ztw(ji,jj,jk) ! update vertical fluxes 
     205                  END DO 
     206               END DO 
     207            END DO 
     208            DO jk = 1, jpkm1 
     209               DO jj = 2, jpjm1 
     210                  DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.   
     211                     pta(ji,jj,jk,jn) = pta(ji,jj,jk,jn) - ( ztw(ji,jj,jk) - ztw(ji  ,jj  ,jk+1) ) & 
     212                        &                                  * r1_e1e2t(ji,jj) / e3t_n(ji,jj,jk) 
     213                  END DO 
     214               END DO 
     215            END DO 
     216            ! 
     217         END IF 
    171218         !                 
    172219         IF( l_trd .OR. l_hst )  THEN             ! trend diagnostics (contribution of upstream fluxes) 
     
    277324            zwz(:,:,1) = 0._wp   ! only ocean surface as interior zwz values have been w-masked 
    278325         ENDIF 
     326         !          
     327         IF ( ll_zAimp ) THEN 
     328            DO jk = 1, jpkm1     !* trend and after field with monotonic scheme 
     329               DO jj = 2, jpjm1 
     330                  DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     331                     !                             ! total intermediate advective trends 
     332                     ztra = - (  zwx(ji,jj,jk) - zwx(ji-1,jj  ,jk  )   & 
     333                        &      + zwy(ji,jj,jk) - zwy(ji  ,jj-1,jk  )   & 
     334                        &      + zwz(ji,jj,jk) - zwz(ji  ,jj  ,jk+1) ) * r1_e1e2t(ji,jj) 
     335                     ztw(ji,jj,jk)  = zwi(ji,jj,jk) + p2dt * ztra / e3t_a(ji,jj,jk) * tmask(ji,jj,jk) 
     336                  END DO 
     337               END DO 
     338            END DO 
     339            ! 
     340            CALL tridia_solver( zwdia, zwsup, zwinf, ztw, ztw , 0 ) 
     341            ! 
     342            DO jk = 2, jpkm1        ! Interior value ( multiplied by wmask) 
     343               DO jj = 2, jpjm1 
     344                  DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     345                     zfp_wk = wi(ji,jj,jk) + ABS( wi(ji,jj,jk) ) 
     346                     zfm_wk = wi(ji,jj,jk) - ABS( wi(ji,jj,jk) ) 
     347                     zwz(ji,jj,jk) =  zwz(ji,jj,jk) + 0.5 * e1e2t(ji,jj) * ( zfp_wk * ztw(ji,jj,jk) + zfm_wk * ztw(ji,jj,jk-1) ) * wmask(ji,jj,jk) 
     348                  END DO 
     349               END DO 
     350            END DO 
     351         END IF 
    279352         ! 
    280353         CALL lbc_lnk_multi( 'traadv_fct', zwi, 'T', 1., zwx, 'U', -1. , zwy, 'V', -1.,  zwz, 'W',  1. ) 
     
    289362            DO jj = 2, jpjm1 
    290363               DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.   
    291                   pta(ji,jj,jk,jn) = pta(ji,jj,jk,jn) - (  zwx(ji,jj,jk) - zwx(ji-1,jj  ,jk  )   & 
    292                      &                                   + zwy(ji,jj,jk) - zwy(ji  ,jj-1,jk  )   & 
    293                      &                                   + zwz(ji,jj,jk) - zwz(ji  ,jj  ,jk+1) ) & 
    294                      &                                * r1_e1e2t(ji,jj) / e3t_n(ji,jj,jk) 
    295                END DO 
    296             END DO 
    297          END DO 
     364                  ztra = - (  zwx(ji,jj,jk) - zwx(ji-1,jj  ,jk  )   & 
     365                     &      + zwy(ji,jj,jk) - zwy(ji  ,jj-1,jk  )   & 
     366                     &      + zwz(ji,jj,jk) - zwz(ji  ,jj  ,jk+1) ) * r1_e1e2t(ji,jj) 
     367                  pta(ji,jj,jk,jn) = pta(ji,jj,jk,jn) + ztra / e3t_n(ji,jj,jk) 
     368                  zwi(ji,jj,jk) = zwi(ji,jj,jk) + p2dt * ztra / e3t_a(ji,jj,jk) * tmask(ji,jj,jk) 
     369               END DO 
     370            END DO 
     371         END DO 
     372         ! 
     373         IF ( ll_zAimp ) THEN 
     374            ! 
     375            ztw(:,:,1) = 0._wp ; ztw(:,:,jpk) = 0._wp 
     376            DO jk = 2, jpkm1        ! Interior value ( multiplied by wmask) 
     377               DO jj = 2, jpjm1 
     378                  DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     379                     zfp_wk = wi(ji,jj,jk) + ABS( wi(ji,jj,jk) ) 
     380                     zfm_wk = wi(ji,jj,jk) - ABS( wi(ji,jj,jk) ) 
     381                     ztw(ji,jj,jk) = - 0.5 * e1e2t(ji,jj) * ( zfp_wk * zwi(ji,jj,jk) + zfm_wk * zwi(ji,jj,jk-1) ) * wmask(ji,jj,jk) 
     382                     zwz(ji,jj,jk) = zwz(ji,jj,jk) + ztw(ji,jj,jk) ! Update vertical fluxes for trend diagnostic 
     383                  END DO 
     384               END DO 
     385            END DO 
     386            DO jk = 1, jpkm1 
     387               DO jj = 2, jpjm1 
     388                  DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt.   
     389                     pta(ji,jj,jk,jn) = pta(ji,jj,jk,jn) - ( ztw(ji,jj,jk) - ztw(ji  ,jj  ,jk+1) ) & 
     390                        &                                * r1_e1e2t(ji,jj) / e3t_n(ji,jj,jk) 
     391                  END DO 
     392               END DO 
     393            END DO 
     394         END IF          
    298395         ! 
    299396         IF( l_trd .OR. l_hst ) THEN   ! trend diagnostics // heat/salt transport 
     
    318415      END DO                     ! end of tracer loop 
    319416      ! 
     417      IF ( ll_zAimp ) THEN 
     418         DEALLOCATE( zwdia, zwinf, zwsup ) 
     419      ENDIF 
    320420      IF( l_trd .OR. l_hst ) THEN  
    321421         DEALLOCATE( ztrdx, ztrdy, ztrdz ) 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/TRA/traqsr.F90

    r10425 r11533  
    168168               DO jj = 2, jpjm1                       ! Separation in R-G-B depending of the surface Chl 
    169169                  DO ji = fs_2, fs_jpim1 
    170                      zchl    = sf_chl(1)%fnow(ji,jj,1) 
     170                     zchl    = MIN( 10. , MAX( 0.03, sf_chl(1)%fnow(ji,jj,1) ) ) 
    171171                     zCtot   = 40.6  * zchl**0.459 
    172172                     zze     = 568.2 * zCtot**(-0.746) 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/step.F90

    r11288 r11533  
    165165                            CALL eos    ( tsn, rhd, rhop, gdept_n(:,:,:) )  ! now in situ density for hpg computation 
    166166                             
    167 !!jc: fs simplification 
    168 !!jc: lines below are useless if ln_linssh=F. Keep them here (which maintains a bug if ln_linssh=T and ln_zps=T, cf ticket #1636)  
    169 !!                                         but ensures reproductible results 
    170 !!                                         with previous versions using split-explicit free surface           
    171             IF( ln_zps .AND. .NOT. ln_isfcav )                               & 
    172                &            CALL zps_hde    ( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,   &  ! Partial steps: before horizontal gradient 
    173                &                                          rhd, gru , grv     )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
    174             IF( ln_zps .AND.       ln_isfcav )                                          & 
    175                &            CALL zps_hde_isf( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv, gtui, gtvi,  &  ! Partial steps for top cell (ISF) 
    176                &                                          rhd, gru , grv , grui, grvi   )  ! of t, s, rd at the first ocean level 
    177 !!jc: fs simplification 
    178167                             
    179168                         ua(:,:,:) = 0._wp            ! set dynamics trends to zero 
  • NEMO/releases/release-4.0/src/OCE/stpctl.F90

    r10570 r11533  
    9696            IF( ln_zad_Aimp ) THEN 
    9797               istatus = NF90_DEF_VAR( idrun,   'abs_wi_max', NF90_DOUBLE, (/ idtime /), idw1  ) 
    98                istatus = NF90_DEF_VAR( idrun,       'Cu_max', NF90_DOUBLE, (/ idtime /), idc1  ) 
     98               istatus = NF90_DEF_VAR( idrun,       'Cf_max', NF90_DOUBLE, (/ idtime /), idc1  ) 
    9999            ENDIF 
    100100            istatus = NF90_ENDDEF(idrun) 
     
    123123      IF( ln_zad_Aimp ) THEN 
    124124         zmax(8) = MAXVAL(  ABS( wi(:,:,:) ) , mask = wmask(:,:,:) == 1._wp ) ! implicit vertical vel. max 
    125          zmax(9) = MAXVAL(   Cu_adv(:,:,:)   , mask = tmask(:,:,:) == 1._wp ) !       cell Courant no. max 
     125         zmax(9) = MAXVAL(   Cu_adv(:,:,:)   , mask = tmask(:,:,:) == 1._wp ) ! partitioning coeff. max 
    126126      ENDIF 
    127127      ! 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.