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Timestamp:
2020-02-12T15:39:06+01:00 (14 months ago)
Author:
acc
Message:

The big one. Merging all 2019 developments from the option 1 branch back onto the trunk.

This changeset reproduces 2019/dev_r11943_MERGE_2019 on the trunk using a 2-URL merge
onto a working copy of the trunk. I.e.:

svn merge —ignore-ancestry \

svn+ssh://acc@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/NEMO/trunk \
svn+ssh://acc@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/NEMO/branches/2019/dev_r11943_MERGE_2019 ./

The —ignore-ancestry flag avoids problems that may otherwise arise from the fact that
the merge history been trunk and branch may have been applied in a different order but
care has been taken before this step to ensure that all applicable fixes and updates
are present in the merge branch.

The trunk state just before this step has been branched to releases/release-4.0-HEAD
and that branch has been immediately tagged as releases/release-4.0.2. Any fixes
or additions in response to tickets on 4.0, 4.0.1 or 4.0.2 should be done on
releases/release-4.0-HEAD. From now on future 'point' releases (e.g. 4.0.2) will
remain unchanged with periodic releases as needs demand. Note release-4.0-HEAD is a
transitional naming convention. Future full releases, say 4.2, will have a release-4.2
branch which fulfills this role and the first point release (e.g. 4.2.0) will be made
immediately following the release branch creation.

2020 developments can be started from any trunk revision later than this one.

Location:
NEMO/trunk
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/trunk

    • Property svn:externals
      •  

        old new  
        33^/utils/build/mk@HEAD         mk 
        44^/utils/tools@HEAD            tools 
        5 ^/vendors/AGRIF/dev@HEAD      ext/AGRIF 
         5^/vendors/AGRIF/dev_r11615_ENHANCE-04_namelists_as_internalfiles_agrif@HEAD      ext/AGRIF 
        66^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        77^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 
  • NEMO/trunk/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/file_def_nemo-ice.xml

    r12276 r12377  
    117117      
    118118   </file_group> 
    119  
    120    <file_group id="1m"  output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    121      <!-- To compute transport through straits : need to read ice mask at ice iteration at freq_offset = 1mo - nn_fsbc 
    122         <file id="file23" name_suffix="_strait_ice" description="transport variables through straits" > 
    123           <field field_ref="strait_mifl"      name="simassacrossline"  freq_offset="1mo-4ts" /> 
    124           <field field_ref="strait_msfl"      name="snmassacrossline"  freq_offset="1mo-4ts" /> 
    125           <field field_ref="strait_arfl"      name="siareaacrossline"  freq_offset="1mo-4ts" /> 
    126         </file> 
    127      --> 
    128     </file_group> 
    129  
    130    <!-- To compute transport through straits : need to read ice mask at ice iteration at freq_offset = - nn_fsbc + 1 
    131      <file id="maskMFO" name="maskMFO" enabled="true" mode="read" output_freq="1mo" cyclic="true"  > 
    132       <field id="maskMFO_u_ice" operation="instant"  freq_offset="-3ts"  grid_ref="grid_U_4strait_ice" /> 
    133       <field id="maskMFO_v_ice" operation="instant"  freq_offset="-3ts"  grid_ref="grid_V_4strait_ice" /> 
    134      </file> 
    135      --> 
    136  
    137119    
    138120   <file_group id="1ts" output_freq="1ts" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     
    141123   <file_group id="3h"  output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    142124   <file_group id="4h"  output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    143    <file_group id="6h"  output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->         
     125   <file_group id="6h"  output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->       
     126 
     127   <file_group id="1m"  output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
     128 
     129     <!-- To compute transport through straits : need to read ice mask at ice iteration at freq_offset = 1mo - nn_fsbc 
     130      <file id="file23" name_suffix="_strait_ice" description="transport variables through straits" > 
     131          <field field_ref="strait_mifl"      name="simassacrossline"  freq_offset="1mo-4ts" /> 
     132          <field field_ref="strait_msfl"      name="snmassacrossline"  freq_offset="1mo-4ts" /> 
     133          <field field_ref="strait_arfl"      name="siareaacrossline"  freq_offset="1mo-4ts" /> 
     134        </file> 
     135     --> 
     136 
     137    </file_group> 
     138 
    144139   <file_group id="2m"  output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    145140   <file_group id="3m"  output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
     
    150145   <file_group id="5y"  output_freq="5y"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    151146   <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    152     
     147  
     148   <!-- To compute transport through straits : need to read ice mask at ice iteration at freq_offset = - nn_fsbc + 1 
     149   <file id="maskMFO" name="maskMFO" enabled="true" mode="read" output_freq="1mo" cyclic="true"  > 
     150      <field id="maskMFO_u_ice" operation="instant"  freq_offset="-3ts"  grid_ref="grid_U_4strait_ice" /> 
     151      <field id="maskMFO_v_ice" operation="instant"  freq_offset="-3ts"  grid_ref="grid_V_4strait_ice" /> 
     152   </file> 
     153 
     154     --> 
    153155 </file_definition> 
    154156  
  • NEMO/trunk/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/file_def_nemo-oce.xml

    r12276 r12377  
    9393          <field field_ref="bgfrctem"     name="bgfrctem"    /> 
    9494          <field field_ref="bgfrchfx"     name="bgfrchfx"    /> 
    95           <field field_ref="bgfrcsal"     name="bgfrcsal"    /> 
     95     <field field_ref="bgfrcsal"     name="bgfrcsal"    /> 
     96 
     97     <field field_ref="masstot"      name="masso"  /> 
     98          <field field_ref="voltot"       name="volo"  /> 
     99          <field field_ref="sshthster"    name="zostoga"  /> 
     100          <field field_ref="temptot"      name="bigthetaoga"  /> 
     101          <field field_ref="saltot"       name="soga"  /> 
     102          <field field_ref="ssttot"       name="tosga"  /> 
    96103        </file> 
    97104 
     
    100107 
    101108      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    102  
    103109 
    104110        <file id="file16" name_suffix="_diaptr2D" description="zonal mean variables" > 
     
    130136         <file id="file18" name_suffix="_strait_oce" description="transport variables through straits" > 
    131137           <field field_ref="masstr_strait"        name="mfo"               /> 
    132          </file>        
     138         </file>      
    133139      --> 
    134140 
    135141      </file_group> 
    136142 
     143      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
     144      </file_group> 
    137145 
    138146      <!--  To compute transport through straits : need to read mask file ( every month is the best otherwise costly ) 
     147 
    139148      <file id="maskMFO"  name="maskMFO" enabled="true" mode="read" output_freq="1mo" cyclic="true"  > 
    140149        <field id="maskMFO_u" operation="instant" freq_offset="1mo" grid_ref="grid_U_4strait" /> 
     
    144153    --> 
    145154 
    146  
    147       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    148       </file_group> 
    149     
    150155       
    151156      <file_group id="1ts" output_freq="1ts" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
  • NEMO/trunk/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_cfg

    r12206 r12377  
    118118   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',   -1.        , 'SNOW'    ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    119119   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,    6.        , 'SLP'     ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    120    sn_tdif     = 'taudif_core'                ,   24.        , 'taudif'  ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    121120/ 
    122121!----------------------------------------------------------------------- 
     
    392391!!   namdiu       Cool skin and warm layer models                       (default: OFF) 
    393392!!   namflo       float parameters                                      (default: OFF) 
    394 !!   nam_diaharm  Harmonic analysis of tidal constituents               (default: OFF) 
    395393!!   nam_diadct   transports through some sections                      (default: OFF) 
    396394!!   nam_dia25h   25h Mean Output                                       (default: OFF) 
  • NEMO/trunk/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_ice_cfg

    r11731 r12377  
    3838&namdyn_rhg     !   Ice rheology 
    3939!------------------------------------------------------------------------------ 
    40       ln_aEVP       = .false.          !     adaptive rheology (Kimmritz et al. 2016 & 2017) 
    4140/ 
    4241!------------------------------------------------------------------------------ 
  • NEMO/trunk/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_pisces_cfg

    r10227 r12377  
    8080/ 
    8181!----------------------------------------------------------------------- 
    82 &nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
     82&nampisbc      !   parameters for inputs deposition 
     83!----------------------------------------------------------------------- 
     84   sn_dust     = 'dust.orca.new'       ,     -1            , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     85   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments 
     86   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice 
     87   ln_hydrofe  =  .true.   ! boolean for from hydrothermal vents 
     88/ 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
     90&nampissed     !   parameters for sediments mobilization 
    8391!----------------------------------------------------------------------- 
    8492/ 
     
    94102&nampisdmp     !   Damping  
    95103!----------------------------------------------------------------------- 
     104   nn_pisdmp    =  5840       !  Frequency of Relaxation 
    96105/ 
    97106!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/trunk/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_top_cfg

    r11536 r12377  
    2020! 
    2121   ln_trcdta     =  .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    22 !                 !           !                                          !             ! 
    23 !                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not ! 
    24 !                 !           !                                          !             ! 
    25    sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    26    sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true. 
    27    sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    28    sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' , .false. 
    29    sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    30    sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' , .false. 
    31    sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    32    sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' , .false. 
    33    sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' , .false. 
    34    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    35    sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' , .false. 
    36    sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' , .false. 
    37    sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' , .false. 
    38    sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    39    sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' , .false. 
    40    sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' , .false. 
    41    sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' , .false. 
    42    sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' , .false. 
    43    sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' , .false. 
    44    sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' , .false. 
    45    sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' , .false. 
    46    sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' , .false. 
    47    sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
    48    sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' , .false. 
     22   ln_trcbc      =  .true.   !  Enables Boundary conditions 
     23!                !           !                                           !             !        ! 
     24!                !    name   !           title of the field              !   units     ! init    ! sbc    ! cbc    !  obc  !  
     25   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' , .true.  , .false., .true. , .false.  
     26   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   , .true.  , .false., .true. , .false. 
     27   sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' , .true.  , .false., .false., .false.  
     28   sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     29   sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' , .true.  , .true. , .true. , .false. 
     30   sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     31   sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' , .true.  , .true. , .true. , .false. 
     32   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     33   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     34   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' , .true.  , .false., .true. , .false. 
     35   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     36   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     37   sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     38   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' , .true.  , .true. , .true. , .false. 
     39   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     40   sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     41   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     42   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     43   sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     44   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     45   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     46   sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
     47   sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' , .true.  , .true. , .true. , .false. 
     48   sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' , .false. , .false., .false., .false. 
    4949/ 
    5050!----------------------------------------------------------------------- 
     
    7777&namtrc_adv      !   advection scheme for passive tracer                (default: NO selection) 
    7878!----------------------------------------------------------------------- 
    79    ln_trcadv_mus =  .true.  !  MUSCL scheme 
     79   ln_trcadv_mus =  .true.   !  MUSCL scheme 
    8080      ln_mus_ups =  .false.         !  use upstream scheme near river mouths 
    8181/ 
     
    8383&namtrc_ldf      !   lateral diffusion scheme for passive tracer        (default: NO selection) 
    8484!----------------------------------------------------------------------- 
    85    ln_trcldf_tra   = .true.      !  use active tracer setting 
     85   ln_trcldf_tra   =  .true.     !  use active tracer setting 
    8686/ 
    8787!----------------------------------------------------------------------- 
     
    108108&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    109109!----------------------------------------------------------------------- 
     110!                !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     111!                !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     112   sn_trcsbc(5)  = 'dust.orca.new'   ,       -1          , 'dustpo4'     ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     113   sn_trcsbc(7)  = 'dust.orca.new'   ,       -1          , 'dustsi'      ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     114   sn_trcsbc(14) = 'dust.orca.new'   ,       -1          , 'dustfer'     ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     115   sn_trcsbc(23) = 'ndeposition.orca',      -12          , 'ndep'        ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     116   rn_trsfac(5)  = 8.264e-02   !  (  0.021 / 31. * 122 ) 
     117   rn_trsfac(7)  = 3.313e-01     !  ( 8.8   / 28.1 ) 
     118   rn_trsfac(14) = 6.266e-04   !  (  0.035 / 55.85 ) 
     119   rn_trsfac(23) =  5.4464e-01  !  ( From kgN m-2 s-1 to molC l-1 ====> zfact = 7.625/14 ) 
     120   rn_sbc_time   =  1.          !  Time scaling factor for SBC and CBC data (seconds in a day) 
     121   ! 
     122   sn_trccbc(1)  = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     123   sn_trccbc(2)  = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     124   sn_trccbc(5)  = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     125   sn_trccbc(7)  = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     126   sn_trccbc(10) = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     127   sn_trccbc(14) = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     128   sn_trccbc(23) = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     129   rn_trcfac(1)  = 8.333e+01   !  ( data in Mg/m2/yr : 1e3/12/ryyss) 
     130   rn_trcfac(2)  = 8.333e+01   !  ( 1e3 /12 ) 
     131   rn_trcfac(5)  = 3.935e+04   !  ( 1e3 / 31. * 122 ) 
     132   rn_trcfac(7)  = 3.588e+01   !  ( 1e3 / 28.1 ) 
     133   rn_trcfac(10) = 8.333e+01   !  ( 1e3 / 12 
     134   rn_trcfac(14) = 4.166e-03   !  ( 1e3 / 12 * 5e-5 ) 
     135   rn_trcfac(23) = 5.446e+02   !  (  1e3 / 14 * 7.625 ) 
     136   rn_cbc_time   = 3.1536e+7   !  Time scaling factor for CBC data (seconds in a year) 
    110137/ 
    111138!---------------------------------------------------------------------- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.