Ignore:
Timestamp:
2020-02-12T15:39:06+01:00 (12 months ago)
Author:
acc
Message:

The big one. Merging all 2019 developments from the option 1 branch back onto the trunk.

This changeset reproduces 2019/dev_r11943_MERGE_2019 on the trunk using a 2-URL merge
onto a working copy of the trunk. I.e.:

svn merge —ignore-ancestry \

svn+ssh://acc@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/NEMO/trunk \
svn+ssh://acc@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/NEMO/branches/2019/dev_r11943_MERGE_2019 ./

The —ignore-ancestry flag avoids problems that may otherwise arise from the fact that
the merge history been trunk and branch may have been applied in a different order but
care has been taken before this step to ensure that all applicable fixes and updates
are present in the merge branch.

The trunk state just before this step has been branched to releases/release-4.0-HEAD
and that branch has been immediately tagged as releases/release-4.0.2. Any fixes
or additions in response to tickets on 4.0, 4.0.1 or 4.0.2 should be done on
releases/release-4.0-HEAD. From now on future 'point' releases (e.g. 4.0.2) will
remain unchanged with periodic releases as needs demand. Note release-4.0-HEAD is a
transitional naming convention. Future full releases, say 4.2, will have a release-4.2
branch which fulfills this role and the first point release (e.g. 4.2.0) will be made
immediately following the release branch creation.

2020 developments can be started from any trunk revision later than this one.

Location:
NEMO/trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/trunk

    • Property svn:externals
      •  

        old new  
        33^/utils/build/mk@HEAD         mk 
        44^/utils/tools@HEAD            tools 
        5 ^/vendors/AGRIF/dev@HEAD      ext/AGRIF 
         5^/vendors/AGRIF/dev_r11615_ENHANCE-04_namelists_as_internalfiles_agrif@HEAD      ext/AGRIF 
        66^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        77^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 
  • NEMO/trunk/src/TOP/PISCES/P4Z/p4zpoc.F90

    r11536 r12377  
    3737 
    3838 
     39   !! * Substitutions 
     40#  include "do_loop_substitute.h90" 
    3941   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4042   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
     
    4446CONTAINS 
    4547 
    46    SUBROUTINE p4z_poc( kt, knt ) 
     48   SUBROUTINE p4z_poc( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs ) 
    4749      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4850      !!                     ***  ROUTINE p4z_poc  *** 
     
    5254      !! ** Method  : - ??? 
    5355      !!--------------------------------------------------------------------- 
    54       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt   ! ocean time step and ??? 
     56      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt         ! ocean time step and ??? 
     57      INTEGER, INTENT(in) ::   Kbb, Kmm, Krhs  ! time level indices 
    5558      ! 
    5659      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jn 
     
    103106     ! ----------------------------------------------------------------------- 
    104107     ztremint(:,:,:) = zremigoc(:,:,:) 
    105      DO jk = 2, jpkm1 
    106         DO jj = 1, jpj 
    107            DO ji = 1, jpi 
    108               IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
    109                 zdep = hmld(ji,jj) 
    110                 ! 
    111                 ! In the case of GOC, lability is constant in the mixed layer  
    112                 ! It is computed only below the mixed layer depth 
    113                 ! ------------------------------------------------------------ 
    114                 ! 
    115                 IF( gdept_n(ji,jj,jk) > zdep ) THEN 
    116                   alphat = 0. 
    117                   remint = 0. 
    118                   ! 
    119                   zsizek1  = e3t_n(ji,jj,jk-1) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk-1) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk-1) 
    120                   zsizek = e3t_n(ji,jj,jk) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk) 
    121                   ! 
    122                   IF ( gdept_n(ji,jj,jk-1) <= zdep ) THEN 
    123                     !  
    124                     ! The first level just below the mixed layer needs a  
    125                     ! specific treatment because lability is supposed constant 
    126                     ! everywhere within the mixed layer. This means that  
    127                     ! change in lability in the bottom part of the previous cell 
    128                     ! should not be computed 
    129                     ! ---------------------------------------------------------- 
    130                     ! 
    131                     ! POC concentration is computed using the lagrangian  
    132                     ! framework. It is only used for the lability param 
    133                     zpoc = trb(ji,jj,jk-1,jpgoc) + consgoc(ji,jj,jk) * rday / rfact2               & 
    134                     &   * e3t_n(ji,jj,jk) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk) + rtrn) 
    135                     zpoc = MAX(0., zpoc) 
    136                     ! 
    137                     DO jn = 1, jcpoc 
    138                        ! 
    139                        ! Lagrangian based algorithm. The fraction of each  
    140                        ! lability class is computed starting from the previous 
    141                        ! level 
    142                        ! ----------------------------------------------------- 
    143                        ! 
    144                        ! the concentration of each lability class is calculated 
    145                        ! as the sum of the different sources and sinks 
    146                        ! Please note that production of new GOC experiences 
    147                        ! degradation  
    148                        alphag(ji,jj,jk,jn) = alphag(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn) * zsizek ) * zpoc & 
    149                        &   + prodgoc(ji,jj,jk) * alphan(jn) / tgfunc(ji,jj,jk) / reminp(jn)             & 
    150                        &   * ( 1. - exp( -reminp(jn) * zsizek ) ) * rday / rfact2  
    151                        alphat = alphat + alphag(ji,jj,jk,jn) 
    152                        remint = remint + alphag(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
    153                     END DO 
    154                   ELSE 
    155                     ! 
    156                     ! standard algorithm in the rest of the water column 
    157                     ! See the comments in the previous block. 
    158                     ! --------------------------------------------------- 
    159                     ! 
    160                     zpoc = trb(ji,jj,jk-1,jpgoc) + consgoc(ji,jj,jk-1) * rday / rfact2               & 
    161                     &   * e3t_n(ji,jj,jk-1) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk-1) + rtrn) + consgoc(ji,jj,jk)   & 
    162                     &   * rday / rfact2 * e3t_n(ji,jj,jk) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk) + rtrn) 
    163                     zpoc = max(0., zpoc) 
    164                     ! 
    165                     DO jn = 1, jcpoc 
    166                        alphag(ji,jj,jk,jn) = alphag(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn) * ( zsizek              & 
    167                        &   + zsizek1 ) ) * zpoc + ( prodgoc(ji,jj,jk-1) / tgfunc(ji,jj,jk-1) * ( 1.           & 
    168                        &   - exp( -reminp(jn) * zsizek1 ) ) * exp( -reminp(jn) * zsizek ) + prodgoc(ji,jj,jk) & 
    169                        &   / tgfunc(ji,jj,jk) * ( 1. - exp( -reminp(jn) * zsizek ) ) ) * rday / rfact2 / reminp(jn) * alphan(jn)  
    170                        alphat = alphat + alphag(ji,jj,jk,jn) 
    171                        remint = remint + alphag(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
    172                     END DO 
    173                   ENDIF 
    174                   ! 
    175                   DO jn = 1, jcpoc 
    176                      ! The contribution of each lability class at the current 
    177                      ! level is computed 
    178                      alphag(ji,jj,jk,jn) = alphag(ji,jj,jk,jn) / ( alphat + rtrn) 
    179                   END DO 
    180                   ! Computation of the mean remineralisation rate 
    181                   ztremint(ji,jj,jk) =  MAX(0., remint / ( alphat + rtrn) ) 
    182                   ! 
    183                 ENDIF 
    184               ENDIF 
     108     DO_3D_11_11( 2, jpkm1 ) 
     109        IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
     110          zdep = hmld(ji,jj) 
     111          ! 
     112          ! In the case of GOC, lability is constant in the mixed layer  
     113          ! It is computed only below the mixed layer depth 
     114          ! ------------------------------------------------------------ 
     115          ! 
     116          IF( gdept(ji,jj,jk,Kmm) > zdep ) THEN 
     117            alphat = 0. 
     118            remint = 0. 
     119            ! 
     120            zsizek1  = e3t(ji,jj,jk-1,Kmm) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk-1) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk-1) 
     121            zsizek = e3t(ji,jj,jk,Kmm) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk) 
     122            ! 
     123            IF ( gdept(ji,jj,jk-1,Kmm) <= zdep ) THEN 
     124              !  
     125              ! The first level just below the mixed layer needs a  
     126              ! specific treatment because lability is supposed constant 
     127              ! everywhere within the mixed layer. This means that  
     128              ! change in lability in the bottom part of the previous cell 
     129              ! should not be computed 
     130              ! ---------------------------------------------------------- 
     131              ! 
     132              ! POC concentration is computed using the lagrangian  
     133              ! framework. It is only used for the lability param 
     134              zpoc = tr(ji,jj,jk-1,jpgoc,Kbb) + consgoc(ji,jj,jk) * rday / rfact2               & 
     135              &   * e3t(ji,jj,jk,Kmm) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk) + rtrn) 
     136              zpoc = MAX(0., zpoc) 
     137              ! 
     138              DO jn = 1, jcpoc 
     139                 ! 
     140                 ! Lagrangian based algorithm. The fraction of each  
     141                 ! lability class is computed starting from the previous 
     142                 ! level 
     143                 ! ----------------------------------------------------- 
     144                 ! 
     145                 ! the concentration of each lability class is calculated 
     146                 ! as the sum of the different sources and sinks 
     147                 ! Please note that production of new GOC experiences 
     148                 ! degradation  
     149                 alphag(ji,jj,jk,jn) = alphag(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn) * zsizek ) * zpoc & 
     150                 &   + prodgoc(ji,jj,jk) * alphan(jn) / tgfunc(ji,jj,jk) / reminp(jn)             & 
     151                 &   * ( 1. - exp( -reminp(jn) * zsizek ) ) * rday / rfact2  
     152                 alphat = alphat + alphag(ji,jj,jk,jn) 
     153                 remint = remint + alphag(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
     154              END DO 
     155            ELSE 
     156              ! 
     157              ! standard algorithm in the rest of the water column 
     158              ! See the comments in the previous block. 
     159              ! --------------------------------------------------- 
     160              ! 
     161              zpoc = tr(ji,jj,jk-1,jpgoc,Kbb) + consgoc(ji,jj,jk-1) * rday / rfact2               & 
     162              &   * e3t(ji,jj,jk-1,Kmm) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk-1) + rtrn) + consgoc(ji,jj,jk)   & 
     163              &   * rday / rfact2 * e3t(ji,jj,jk,Kmm) / 2. / (wsbio4(ji,jj,jk) + rtrn) 
     164              zpoc = max(0., zpoc) 
     165              ! 
     166              DO jn = 1, jcpoc 
     167                 alphag(ji,jj,jk,jn) = alphag(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn) * ( zsizek              & 
     168                 &   + zsizek1 ) ) * zpoc + ( prodgoc(ji,jj,jk-1) / tgfunc(ji,jj,jk-1) * ( 1.           & 
     169                 &   - exp( -reminp(jn) * zsizek1 ) ) * exp( -reminp(jn) * zsizek ) + prodgoc(ji,jj,jk) & 
     170                 &   / tgfunc(ji,jj,jk) * ( 1. - exp( -reminp(jn) * zsizek ) ) ) * rday / rfact2 / reminp(jn) * alphan(jn)  
     171                 alphat = alphat + alphag(ji,jj,jk,jn) 
     172                 remint = remint + alphag(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
     173              END DO 
     174            ENDIF 
     175            ! 
     176            DO jn = 1, jcpoc 
     177               ! The contribution of each lability class at the current 
     178               ! level is computed 
     179               alphag(ji,jj,jk,jn) = alphag(ji,jj,jk,jn) / ( alphat + rtrn) 
    185180            END DO 
    186          END DO 
    187       END DO 
     181            ! Computation of the mean remineralisation rate 
     182            ztremint(ji,jj,jk) =  MAX(0., remint / ( alphat + rtrn) ) 
     183            ! 
     184          ENDIF 
     185        ENDIF 
     186     END_3D 
    188187 
    189188      IF( ln_p4z ) THEN   ;   zremigoc(:,:,:) = MIN( xremip , ztremint(:,:,:) ) 
     
    192191 
    193192      IF( ln_p4z ) THEN 
    194          DO jk = 1, jpkm1 
    195             DO jj = 1, jpj 
    196                DO ji = 1, jpi 
    197                   ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
    198                   ! -------------------------------------------------------- 
    199                   zremig = zremigoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
    200                   zorem2  = zremig * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
    201                   orem(ji,jj,jk)      = zorem2 
    202                   zorem3(ji,jj,jk) = zremig * solgoc * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
    203                   zofer2 = zremig * trb(ji,jj,jk,jpbfe) 
    204                   zofer3 = zremig * solgoc * trb(ji,jj,jk,jpbfe) 
    205  
    206                   ! ------------------------------------- 
    207                   tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zorem3(ji,jj,jk) 
    208                   tra(ji,jj,jk,jpgoc) = tra(ji,jj,jk,jpgoc) - zorem2 - zorem3(ji,jj,jk) 
    209                   tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zofer3 
    210                   tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) - zofer2 - zofer3 
    211                   tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + zorem2 
    212                   tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + zofer2 
    213                   zfolimi(ji,jj,jk)   = zofer2 
    214                END DO 
    215             END DO 
    216          END DO 
     193         DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     194            ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
     195            ! -------------------------------------------------------- 
     196            zremig = zremigoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
     197            zorem2  = zremig * tr(ji,jj,jk,jpgoc,Kbb) 
     198            orem(ji,jj,jk)      = zorem2 
     199            zorem3(ji,jj,jk) = zremig * solgoc * tr(ji,jj,jk,jpgoc,Kbb) 
     200            zofer2 = zremig * tr(ji,jj,jk,jpbfe,Kbb) 
     201            zofer3 = zremig * solgoc * tr(ji,jj,jk,jpbfe,Kbb) 
     202 
     203            ! ------------------------------------- 
     204            tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) + zorem3(ji,jj,jk) 
     205            tr(ji,jj,jk,jpgoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpgoc,Krhs) - zorem2 - zorem3(ji,jj,jk) 
     206            tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) + zofer3 
     207            tr(ji,jj,jk,jpbfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpbfe,Krhs) - zofer2 - zofer3 
     208            tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) + zorem2 
     209            tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) + zofer2 
     210            zfolimi(ji,jj,jk)   = zofer2 
     211         END_3D 
    217212      ELSE 
    218          DO jk = 1, jpkm1 
    219             DO jj = 1, jpj 
    220                DO ji = 1, jpi 
    221                    ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
    222                   ! -------------------------------------------------------- 
    223                   zremig = zremigoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
    224                   zopoc2 = zremig  * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
    225                   orem(ji,jj,jk) = zopoc2 
    226                   zorem3(ji,jj,jk) = zremig * solgoc * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
    227                   zopon2 = xremipn / xremipc * zremig * trb(ji,jj,jk,jpgon) 
    228                   zopop2 = xremipp / xremipc * zremig * trb(ji,jj,jk,jpgop) 
    229                   zofer2 = xremipn / xremipc * zremig * trb(ji,jj,jk,jpbfe) 
    230  
    231                   ! ------------------------------------- 
    232                   tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zorem3(ji,jj,jk) 
    233                   tra(ji,jj,jk,jppon) = tra(ji,jj,jk,jppon) + solgoc * zopon2  
    234                   tra(ji,jj,jk,jppop) = tra(ji,jj,jk,jppop) + solgoc * zopop2 
    235                   tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + solgoc * zofer2 
    236                   tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + zopoc2 
    237                   tra(ji,jj,jk,jpdon) = tra(ji,jj,jk,jpdon) + zopon2 
    238                   tra(ji,jj,jk,jpdop) = tra(ji,jj,jk,jpdop) + zopop2 
    239                   tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + zofer2 
    240                   tra(ji,jj,jk,jpgoc) = tra(ji,jj,jk,jpgoc) - zopoc2 - zorem3(ji,jj,jk) 
    241                   tra(ji,jj,jk,jpgon) = tra(ji,jj,jk,jpgon) - zopon2 * (1. + solgoc) 
    242                   tra(ji,jj,jk,jpgop) = tra(ji,jj,jk,jpgop) - zopop2 * (1. + solgoc) 
    243                   tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) - zofer2 * (1. + solgoc) 
    244                   zfolimi(ji,jj,jk)   = zofer2 
    245                END DO 
    246             END DO 
    247          END DO 
     213         DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     214             ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
     215            ! -------------------------------------------------------- 
     216            zremig = zremigoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
     217            zopoc2 = zremig  * tr(ji,jj,jk,jpgoc,Kbb) 
     218            orem(ji,jj,jk) = zopoc2 
     219            zorem3(ji,jj,jk) = zremig * solgoc * tr(ji,jj,jk,jpgoc,Kbb) 
     220            zopon2 = xremipn / xremipc * zremig * tr(ji,jj,jk,jpgon,Kbb) 
     221            zopop2 = xremipp / xremipc * zremig * tr(ji,jj,jk,jpgop,Kbb) 
     222            zofer2 = xremipn / xremipc * zremig * tr(ji,jj,jk,jpbfe,Kbb) 
     223 
     224            ! ------------------------------------- 
     225            tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) + zorem3(ji,jj,jk) 
     226            tr(ji,jj,jk,jppon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppon,Krhs) + solgoc * zopon2  
     227            tr(ji,jj,jk,jppop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppop,Krhs) + solgoc * zopop2 
     228            tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) + solgoc * zofer2 
     229            tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) + zopoc2 
     230            tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) + zopon2 
     231            tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) + zopop2 
     232            tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) + zofer2 
     233            tr(ji,jj,jk,jpgoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpgoc,Krhs) - zopoc2 - zorem3(ji,jj,jk) 
     234            tr(ji,jj,jk,jpgon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpgon,Krhs) - zopon2 * (1. + solgoc) 
     235            tr(ji,jj,jk,jpgop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpgop,Krhs) - zopop2 * (1. + solgoc) 
     236            tr(ji,jj,jk,jpbfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpbfe,Krhs) - zofer2 * (1. + solgoc) 
     237            zfolimi(ji,jj,jk)   = zofer2 
     238         END_3D 
    248239      ENDIF 
    249240 
    250      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     241     IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    251242        WRITE(charout, FMT="('poc1')") 
    252243        CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    253         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     244        CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    254245     ENDIF 
    255246 
     
    268259     ! ---------------------------------------------------------------- 
    269260     !  
    270      DO jk = 1, jpkm1 
    271         DO jj = 1, jpj 
    272            DO ji = 1, jpi 
    273               zdep = hmld(ji,jj) 
    274               IF (tmask(ji,jj,jk) == 1. .AND. gdept_n(ji,jj,jk) <= zdep ) THEN 
    275                 totprod(ji,jj) = totprod(ji,jj) + prodpoc(ji,jj,jk) * e3t_n(ji,jj,jk) * rday/ rfact2 
    276                 ! The temperature effect is included here 
    277                 totthick(ji,jj) = totthick(ji,jj) + e3t_n(ji,jj,jk)* tgfunc(ji,jj,jk) 
    278                 totcons(ji,jj) = totcons(ji,jj) - conspoc(ji,jj,jk) * e3t_n(ji,jj,jk) * rday/ rfact2    & 
    279                 &                / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    280               ENDIF 
    281            END DO 
    282         END DO 
    283      END DO 
     261     DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     262        zdep = hmld(ji,jj) 
     263        IF (tmask(ji,jj,jk) == 1. .AND. gdept(ji,jj,jk,Kmm) <= zdep ) THEN 
     264          totprod(ji,jj) = totprod(ji,jj) + prodpoc(ji,jj,jk) * e3t(ji,jj,jk,Kmm) * rday/ rfact2 
     265          ! The temperature effect is included here 
     266          totthick(ji,jj) = totthick(ji,jj) + e3t(ji,jj,jk,Kmm)* tgfunc(ji,jj,jk) 
     267          totcons(ji,jj) = totcons(ji,jj) - conspoc(ji,jj,jk) * e3t(ji,jj,jk,Kmm) * rday/ rfact2    & 
     268          &                / ( tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) + rtrn ) 
     269        ENDIF 
     270     END_3D 
    284271 
    285272     ! Computation of the lability spectrum in the mixed layer. In the mixed  
     
    287274     ! --------------------------------------------------------------------- 
    288275     ztremint(:,:,:) = zremipoc(:,:,:) 
    289      DO jk = 1, jpkm1 
    290         DO jj = 1, jpj 
    291            DO ji = 1, jpi 
    292               IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
    293                 zdep = hmld(ji,jj) 
    294                 alphat = 0.0 
    295                 remint = 0.0 
    296                 IF( gdept_n(ji,jj,jk) <= zdep ) THEN 
    297                    DO jn = 1, jcpoc 
    298                       ! For each lability class, the system is supposed to be  
    299                       ! at equilibrium: Prod - Sink - w alphap = 0. 
    300                       alphap(ji,jj,jk,jn) = totprod(ji,jj) * alphan(jn) / ( reminp(jn)    & 
    301                       &                     * totthick(ji,jj) + totcons(ji,jj) + wsbio + rtrn ) 
    302                       alphat = alphat + alphap(ji,jj,jk,jn) 
    303                    END DO 
    304                    DO jn = 1, jcpoc 
    305                       alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk,jn) / ( alphat + rtrn) 
    306                       remint = remint + alphap(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
    307                    END DO 
    308                    ! Mean remineralization rate in the mixed layer 
    309                    ztremint(ji,jj,jk) =  MAX( 0., remint ) 
    310                 ENDIF 
    311               ENDIF 
    312            END DO 
    313         END DO 
    314      END DO 
     276     DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     277        IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
     278          zdep = hmld(ji,jj) 
     279          alphat = 0.0 
     280          remint = 0.0 
     281          IF( gdept(ji,jj,jk,Kmm) <= zdep ) THEN 
     282             DO jn = 1, jcpoc 
     283                ! For each lability class, the system is supposed to be  
     284                ! at equilibrium: Prod - Sink - w alphap = 0. 
     285                alphap(ji,jj,jk,jn) = totprod(ji,jj) * alphan(jn) / ( reminp(jn)    & 
     286                &                     * totthick(ji,jj) + totcons(ji,jj) + wsbio + rtrn ) 
     287                alphat = alphat + alphap(ji,jj,jk,jn) 
     288             END DO 
     289             DO jn = 1, jcpoc 
     290                alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk,jn) / ( alphat + rtrn) 
     291                remint = remint + alphap(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
     292             END DO 
     293             ! Mean remineralization rate in the mixed layer 
     294             ztremint(ji,jj,jk) =  MAX( 0., remint ) 
     295          ENDIF 
     296        ENDIF 
     297     END_3D 
    315298     ! 
    316299     IF( ln_p4z ) THEN   ;  zremipoc(:,:,:) = MIN( xremip , ztremint(:,:,:) ) 
     
    326309     ! ----------------------------------------------------------------------- 
    327310     ! 
    328      DO jk = 2, jpkm1 
    329         DO jj = 1, jpj 
    330            DO ji = 1, jpi 
    331               IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
    332                 zdep = hmld(ji,jj) 
    333                 IF( gdept_n(ji,jj,jk) > zdep ) THEN 
    334                   alphat = 0. 
    335                   remint = 0. 
    336                   ! 
    337                   ! the scale factors are corrected with temperature 
    338                   zsizek1  = e3t_n(ji,jj,jk-1) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk-1) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk-1) 
    339                   zsizek = e3t_n(ji,jj,jk) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk) 
    340                   ! 
    341                   ! Special treatment of the level just below the MXL 
    342                   ! See the comments in the GOC section 
    343                   ! --------------------------------------------------- 
    344                   ! 
    345                   IF ( gdept_n(ji,jj,jk-1) <= zdep ) THEN 
    346                     ! 
    347                     ! Computation of the POC concentration using the  
    348                     ! lagrangian algorithm 
    349                     zpoc = trb(ji,jj,jk-1,jppoc) + conspoc(ji,jj,jk) * rday / rfact2               & 
    350                     &   * e3t_n(ji,jj,jk) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn) 
    351                     zpoc = max(0., zpoc) 
    352                     !  
    353                     DO jn = 1, jcpoc 
    354                        ! computation of the lability spectrum applying the  
    355                        ! different sources and sinks 
    356                        alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn) * zsizek ) * zpoc  & 
    357                        &   + ( prodpoc(ji,jj,jk) * alphan(jn) + zorem3(ji,jj,jk) * alphag(ji,jj,jk,jn) ) & 
    358                        &   / tgfunc(ji,jj,jk) / reminp(jn) * rday / rfact2 * ( 1. - exp( -reminp(jn)     & 
    359                        &   * zsizek ) ) 
    360                        alphap(ji,jj,jk,jn) = MAX( 0., alphap(ji,jj,jk,jn) ) 
    361                        alphat = alphat + alphap(ji,jj,jk,jn) 
    362                     END DO 
    363                   ELSE 
    364                     ! 
    365                     ! Lability parameterization for the interior of the ocean 
    366                     ! This is very similar to what is done in the previous  
    367                     ! block 
    368                     ! -------------------------------------------------------- 
    369                     ! 
    370                     zpoc = trb(ji,jj,jk-1,jppoc) + conspoc(ji,jj,jk-1) * rday / rfact2               & 
    371                     &   * e3t_n(ji,jj,jk-1) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk-1) + rtrn) + conspoc(ji,jj,jk)   & 
    372                     &   * rday / rfact2 * e3t_n(ji,jj,jk) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn) 
    373                     zpoc = max(0., zpoc) 
    374                     ! 
    375                     DO jn = 1, jcpoc 
    376                        alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn)                       & 
    377                        &   * ( zsizek + zsizek1 ) ) * zpoc + ( prodpoc(ji,jj,jk-1) * alphan(jn)             &  
    378                        &   + zorem3(ji,jj,jk-1) * alphag(ji,jj,jk-1,jn) ) * rday / rfact2 / reminp(jn)      & 
    379                        &   / tgfunc(ji,jj,jk-1) * ( 1. - exp( -reminp(jn) * zsizek1 ) ) * exp( -reminp(jn)  & 
    380                        &   * zsizek ) + ( prodpoc(ji,jj,jk) * alphan(jn) + zorem3(ji,jj,jk)                 & 
    381                        &   * alphag(ji,jj,jk,jn) ) * rday / rfact2 / reminp(jn) / tgfunc(ji,jj,jk) * ( 1.   & 
    382                        &   - exp( -reminp(jn) * zsizek ) ) 
    383                        alphap(ji,jj,jk,jn) = max(0., alphap(ji,jj,jk,jn) ) 
    384                        alphat = alphat + alphap(ji,jj,jk,jn) 
    385                     END DO 
    386                   ENDIF 
    387                   ! Normalization of the lability spectrum so that the  
    388                   ! integral is equal to 1 
    389                   DO jn = 1, jcpoc 
    390                      alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk,jn) / ( alphat + rtrn) 
    391                      remint = remint + alphap(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
    392                   END DO 
    393                   ! Mean remineralization rate in the water column 
    394                   ztremint(ji,jj,jk) =  MAX( 0., remint ) 
    395                 ENDIF 
    396               ENDIF 
     311     DO_3D_11_11( 2, jpkm1 ) 
     312        IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
     313          zdep = hmld(ji,jj) 
     314          IF( gdept(ji,jj,jk,Kmm) > zdep ) THEN 
     315            alphat = 0. 
     316            remint = 0. 
     317            ! 
     318            ! the scale factors are corrected with temperature 
     319            zsizek1  = e3t(ji,jj,jk-1,Kmm) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk-1) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk-1) 
     320            zsizek = e3t(ji,jj,jk,Kmm) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn) * tgfunc(ji,jj,jk) 
     321            ! 
     322            ! Special treatment of the level just below the MXL 
     323            ! See the comments in the GOC section 
     324            ! --------------------------------------------------- 
     325            ! 
     326            IF ( gdept(ji,jj,jk-1,Kmm) <= zdep ) THEN 
     327              ! 
     328              ! Computation of the POC concentration using the  
     329              ! lagrangian algorithm 
     330              zpoc = tr(ji,jj,jk-1,jppoc,Kbb) + conspoc(ji,jj,jk) * rday / rfact2               & 
     331              &   * e3t(ji,jj,jk,Kmm) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn) 
     332              zpoc = max(0., zpoc) 
     333              !  
     334              DO jn = 1, jcpoc 
     335                 ! computation of the lability spectrum applying the  
     336                 ! different sources and sinks 
     337                 alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn) * zsizek ) * zpoc  & 
     338                 &   + ( prodpoc(ji,jj,jk) * alphan(jn) + zorem3(ji,jj,jk) * alphag(ji,jj,jk,jn) ) & 
     339                 &   / tgfunc(ji,jj,jk) / reminp(jn) * rday / rfact2 * ( 1. - exp( -reminp(jn)     & 
     340                 &   * zsizek ) ) 
     341                 alphap(ji,jj,jk,jn) = MAX( 0., alphap(ji,jj,jk,jn) ) 
     342                 alphat = alphat + alphap(ji,jj,jk,jn) 
     343              END DO 
     344            ELSE 
     345              ! 
     346              ! Lability parameterization for the interior of the ocean 
     347              ! This is very similar to what is done in the previous  
     348              ! block 
     349              ! -------------------------------------------------------- 
     350              ! 
     351              zpoc = tr(ji,jj,jk-1,jppoc,Kbb) + conspoc(ji,jj,jk-1) * rday / rfact2               & 
     352              &   * e3t(ji,jj,jk-1,Kmm) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk-1) + rtrn) + conspoc(ji,jj,jk)   & 
     353              &   * rday / rfact2 * e3t(ji,jj,jk,Kmm) / 2. / (wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn) 
     354              zpoc = max(0., zpoc) 
     355              ! 
     356              DO jn = 1, jcpoc 
     357                 alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk-1,jn) * exp( -reminp(jn)                       & 
     358                 &   * ( zsizek + zsizek1 ) ) * zpoc + ( prodpoc(ji,jj,jk-1) * alphan(jn)             &  
     359                 &   + zorem3(ji,jj,jk-1) * alphag(ji,jj,jk-1,jn) ) * rday / rfact2 / reminp(jn)      & 
     360                 &   / tgfunc(ji,jj,jk-1) * ( 1. - exp( -reminp(jn) * zsizek1 ) ) * exp( -reminp(jn)  & 
     361                 &   * zsizek ) + ( prodpoc(ji,jj,jk) * alphan(jn) + zorem3(ji,jj,jk)                 & 
     362                 &   * alphag(ji,jj,jk,jn) ) * rday / rfact2 / reminp(jn) / tgfunc(ji,jj,jk) * ( 1.   & 
     363                 &   - exp( -reminp(jn) * zsizek ) ) 
     364                 alphap(ji,jj,jk,jn) = max(0., alphap(ji,jj,jk,jn) ) 
     365                 alphat = alphat + alphap(ji,jj,jk,jn) 
     366              END DO 
     367            ENDIF 
     368            ! Normalization of the lability spectrum so that the  
     369            ! integral is equal to 1 
     370            DO jn = 1, jcpoc 
     371               alphap(ji,jj,jk,jn) = alphap(ji,jj,jk,jn) / ( alphat + rtrn) 
     372               remint = remint + alphap(ji,jj,jk,jn) * reminp(jn) 
    397373            END DO 
    398          END DO 
    399       END DO 
     374            ! Mean remineralization rate in the water column 
     375            ztremint(ji,jj,jk) =  MAX( 0., remint ) 
     376          ENDIF 
     377        ENDIF 
     378     END_3D 
    400379 
    401380     IF( ln_p4z ) THEN   ;   zremipoc(:,:,:) = MIN( xremip , ztremint(:,:,:) ) 
     
    404383 
    405384     IF( ln_p4z ) THEN 
    406          DO jk = 1, jpkm1 
    407             DO jj = 1, jpj 
    408                DO ji = 1, jpi 
    409                   IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
    410                     ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
    411                     ! -------------------------------------------------------- 
    412                     zremip          = zremipoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
    413                     zorem           = zremip * trb(ji,jj,jk,jppoc) 
    414                     zofer           = zremip * trb(ji,jj,jk,jpsfe) 
    415  
    416                     tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + zorem 
    417                     orem(ji,jj,jk)      = orem(ji,jj,jk) + zorem 
    418                     tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + zofer 
    419                     tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) - zorem 
    420                     tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) - zofer 
    421                     zfolimi(ji,jj,jk)   = zfolimi(ji,jj,jk) + zofer 
    422                   ENDIF 
    423                END DO 
    424             END DO 
    425          END DO 
     385         DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     386            IF (tmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
     387              ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
     388              ! -------------------------------------------------------- 
     389              zremip          = zremipoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
     390              zorem           = zremip * tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) 
     391              zofer           = zremip * tr(ji,jj,jk,jpsfe,Kbb) 
     392 
     393              tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) + zorem 
     394              orem(ji,jj,jk)      = orem(ji,jj,jk) + zorem 
     395              tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) + zofer 
     396              tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) - zorem 
     397              tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) - zofer 
     398              zfolimi(ji,jj,jk)   = zfolimi(ji,jj,jk) + zofer 
     399            ENDIF 
     400         END_3D 
    426401     ELSE 
    427        DO jk = 1, jpkm1 
    428           DO jj = 1, jpj 
    429              DO ji = 1, jpi 
    430                 ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
    431                 ! -------------------------------------------------------- 
    432                 zremip = zremipoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
    433                 zopoc  = zremip * trb(ji,jj,jk,jppoc) 
    434                 orem(ji,jj,jk)  = orem(ji,jj,jk) + zopoc 
    435                 zopon  = xremipn / xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jppon) 
    436                 zopop  = xremipp / xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jppop) 
    437                 zofer  = xremipn / xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jpsfe) 
    438  
    439                 tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) - zopoc 
    440                 tra(ji,jj,jk,jppon) = tra(ji,jj,jk,jppon) - zopon 
    441                 tra(ji,jj,jk,jppop) = tra(ji,jj,jk,jppop) - zopop 
    442                 tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) - zofer 
    443                 tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + zopoc 
    444                 tra(ji,jj,jk,jpdon) = tra(ji,jj,jk,jpdon) + zopon  
    445                 tra(ji,jj,jk,jpdop) = tra(ji,jj,jk,jpdop) + zopop  
    446                 tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + zofer  
    447                 zfolimi(ji,jj,jk)   = zfolimi(ji,jj,jk) + zofer 
    448              END DO 
    449            END DO 
    450         END DO 
     402       DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     403          ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
     404          ! -------------------------------------------------------- 
     405          zremip = zremipoc(ji,jj,jk) * xstep * tgfunc(ji,jj,jk) 
     406          zopoc  = zremip * tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) 
     407          orem(ji,jj,jk)  = orem(ji,jj,jk) + zopoc 
     408          zopon  = xremipn / xremipc * zremip * tr(ji,jj,jk,jppon,Kbb) 
     409          zopop  = xremipp / xremipc * zremip * tr(ji,jj,jk,jppop,Kbb) 
     410          zofer  = xremipn / xremipc * zremip * tr(ji,jj,jk,jpsfe,Kbb) 
     411 
     412          tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) - zopoc 
     413          tr(ji,jj,jk,jppon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppon,Krhs) - zopon 
     414          tr(ji,jj,jk,jppop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppop,Krhs) - zopop 
     415          tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) - zofer 
     416          tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) + zopoc 
     417          tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) + zopon  
     418          tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) + zopop  
     419          tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) + zofer  
     420          zfolimi(ji,jj,jk)   = zfolimi(ji,jj,jk) + zofer 
     421       END_3D 
    451422     ENDIF 
    452423 
     
    460431     ENDIF 
    461432 
    462       IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     433      IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    463434         WRITE(charout, FMT="('poc2')") 
    464435         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    465          CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     436         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    466437      ENDIF 
    467438      ! 
     
    497468      ENDIF 
    498469      ! 
    499       REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist nampisrem in reference namelist : Pisces remineralization 
    500470      READ  ( numnatp_ref, nampispoc, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    501471901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'nampispoc in reference namelist' ) 
    502       REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist nampisrem in configuration namelist : Pisces remineralization 
    503472      READ  ( numnatp_cfg, nampispoc, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    504473902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'nampispoc in configuration namelist' ) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.