New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 1301 for trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/lance_batch.ksh – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2009-02-09T18:15:38+01:00 (15 years ago)
Author:
ctlod
Message:

improvements of NVTK environnement, see ticket: #240

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/lance_batch.ksh

    r1297 r1301  
    22# $Id$ 
    33###################################################### 
    4 # Original : C. Talandier for ESOPA 
    5 # Contact  : opatlod@locean-ipsl.upmc.fr 
     4# Original : C. Talandier for NEMO team 
     5# Contact  : nemo_st@locean-ipsl.upmc.fr 
    66# 
    77# INPUT ARGS: 3 + 1 optional 
    … …  
    99#     - MTIME : timing/no timing (timing or notiming) 
    1010#     - JOBTOL: jobs to launch: all, long, 1_short or gtime 
     11#     - OWNEXP: name of the experience performed 
    1112#     - REFTAG: (optional): reference tag name to which current  
    1213#               version will be compare to 
    … …  
    5556##### Begin Users modifications 
    5657########################################################## 
    57 # IODIR     : directory where to get ORCA2_LIM_nemo_v2.tar  
     58# IODIR     : directory where to get ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar  
    5859# PRC       : total number of processors which will be used 
    5960########################################################## 
    … …  
    6869MTIME=$2 
    6970JOBTOL=$3 
    70 REFTAG=$4 
     71OWNEXP=$4 
     72REFTAG=$5 
    7173RUN=$(basename `pwd`) 
    7274 
    … …  
    127129fi 
    128130 
    129 sed -e "s/^$W_XX *//" job_${CONF}.ksh | grep -v '^#-T- ' > job_${CONF}.$$ 
     131sed -e "s%^$W_XX *%%" job_${CONF}.ksh | grep -v '^#-T- ' > job_${CONF}.$$ 
    130132 
    131133# -------------------------------------------------------------- 
    … …  
    138140     'ax6_mono' ) 
    139141          CAR_JNAM=$( grep '\# @ job_name' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    140           sed    -e "s/$CAR_JNAM/\# @ job_name = ${RUN}${CONF}/" \ 
     142          sed    -e "s%$CAR_JNAM%\# @ job_name = ${RUN}${CONF}%" \ 
    141143          jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp  ;; 
    142144     'aix6' ) 
    143145          CAR_JNAM=$( grep '\# @ job_name' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    144146          CAR_JMPI=$( grep '\# @ total_tasks' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    145           sed    -e "s/$CAR_JNAM/\# @ job_name = ${RUN}${CONF}/" \ 
    146           -e "s/$CAR_JMPI/\# @ total_tasks = ${PRC}/" \ 
     147          sed    -e "s%$CAR_JNAM%\# @ job_name = ${RUN}${CONF}%" \ 
     148          -e "s%$CAR_JMPI%\# @ total_tasks = ${PRC}%" \ 
    147149          jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp  ;; 
    148150     'sx8brodie' ) 
    … …  
    152154          if [ ${RUN} = 'mpi' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
    153155              CAR_JMPI=$( grep '\#PBS -l cpunum_job' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    154               sed    -e "s/$CAR_JNAM/\#PBS -N  ${RUN}${CONF}/" \ 
    155               -e "s/$CAR_JNAMO/\#PBS -o  ${RUN}${CONF}_std/" \ 
    156               -e "s/$CAR_JNAME/\#PBS -e  ${RUN}${CONF}_err/" \ 
    157               -e "s/$CAR_JMPI/\#PBS -l cpunum_job=${PRC}/" \ 
     156              sed    -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONF}%" \ 
     157              -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONF}_std%" \ 
     158              -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONF}_err%" \ 
     159              -e "s%$CAR_JMPI%\#PBS -l cpunum_job=${PRC}%" \ 
    158160              jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
    159161          else 
    160               sed    -e "s/$CAR_JNAM/\#PBS -N  ${RUN}${CONF}/" \ 
    161               -e "s/$CAR_JNAMO/\#PBS -o  ${RUN}${CONF}_std/" \ 
    162               -e "s/$CAR_JNAME/\#PBS -e  ${RUN}${CONF}_err/" \ 
     162              sed    -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONF}%" \ 
     163              -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONF}_std%" \ 
     164              -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONF}_err%" \ 
    163165              jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
    164166          fi ;; 
    … …  
    224226       CAR_RTG_tmp=$( grep 'REF_TAG=xxx' job_tmp_${RUN}.ksh ) 
    225227       CAR_RTG=`echo $CAR_RTG_tmp | cut -f 1 -d " " ` 
     228       CAR_MYO_tmp=$( grep 'MYO_EXP=xxx' job_tmp_${RUN}.ksh ) 
     229       CAR_MYO=`echo $CAR_MYO_tmp | cut -f 1 -d " " ` 
    226230       CAR_TSY_tmp=$( grep 'TSYMB=xxx' job_tmp_${RUN}.ksh ) 
    227231       CAR_TSY=`echo $CAR_TSY_tmp | cut -f 1 -d " " ` 
    228232 
    229        sed    -e "s/$CAR_TYPE/type=${jobnam[$ind]}/" \ 
    230        -e "s/$CAR_RUN/RUN=$RUN/" \ 
    231        -e "s/$CAR_MPP/NB_PROCS=$PRC/" \ 
    232        -e "s@$CAR_SUB@LAUNCH='$LAUN'@" \ 
    233        -e "s/$CAR_EXE/LEXE='$LSUB'/" \ 
    234        -e "s/$CAR_PER/CPERF='$LPERF'/" \ 
    235        -e "s?$CAR_INP?D_INPUT=$IODIR?" \ 
    236        -e "s/$CAR_GET/D_GET=$CMDGET/" \ 
    237        -e "s/$CAR_RTG/REF_TAG=$REFTAG/" \ 
    238        -e "s/$CAR_TSY/TSYMB=$SYMBOL/" \ 
    239        job_tmp_${RUN}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh 
     233       sed    -e "s%$CAR_TYPE%type=${jobnam[$ind]}%" \ 
     234       -e "s%$CAR_RUN%RUN=$RUN%" \ 
     235       -e "s%$CAR_MPP%NB_PROCS=$PRC%" \ 
     236       -e "s%$CAR_SUB%LAUNCH='$LAUN'%" \ 
     237       -e "s%$CAR_EXE%LEXE='$LSUB'%" \ 
     238       -e "s%$CAR_PER%CPERF='$LPERF'%" \ 
     239       -e "s%$CAR_INP%D_INPUT=$IODIR%" \ 
     240       -e "s%$CAR_GET%D_GET=$CMDGET%" \ 
     241       -e "s%$CAR_RTG%REF_TAG=$REFTAG%" \ 
     242       -e "s%$CAR_MYO%MYO_EXP=$OWNEXP%" \ 
     243       -e "s%$CAR_TSY%TSYMB=$SYMBOL%" \ 
     244       job_tmp_${RUN}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
    240245 
    241246       if [ ${jobnam[$ind]} = 'gtime' ] ; then 
    … …  
    243248           case ${TARGET} in 
    244249                'ax6_mono' | 'aix6' ) 
    245                      CAR_JTIM=$( grep '\# @ wall_clock_limit' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh ) 
    246                      sed    -e "s/$CAR_JTIM/\# @ wall_clock_limit = ${LJTIM}/" \ 
    247                      job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
     250                     CAR_JTIM=$( grep '\# @ wall_clock_limit' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     251                     sed    -e "s%$CAR_JTIM%\# @ wall_clock_limit = ${LJTIM}%" \ 
     252                     job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
    248253                'sx8brodie' ) 
    249                      CAR_JTIMP=$( grep '\#PBS -l cputim_prc' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh ) 
    250                      CAR_JTIMJ=$( grep '\#PBS -l cputim_job' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh ) 
    251                      sed    -e "s/$CAR_JTIMP/\#PBS -l cputim_prc=${LJTIM}/" \ 
    252                      -e "s/$CAR_JTIMJ/\#PBS -l cputim_job=${LJTIMJ}/" \ 
    253                      job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
     254                     CAR_JTIMP=$( grep '\#PBS -l cputim_prc' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     255                     CAR_JTIMJ=$( grep '\#PBS -l cputim_job' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     256                     sed    -e "s%$CAR_JTIMP%\#PBS -l cputim_prc=${LJTIM}%" \ 
     257                     -e "s%$CAR_JTIMJ%\#PBS -l cputim_job=${LJTIMJ}%" \ 
     258                     job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
    254259           esac 
    255            mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh 
     260           mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
    256261 
    257262       fi 
    258263 
    259        chmod 750 job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh 
    260        mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh ${dirjob[$ind]}/. 
     264       chmod 750 job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
     265 
     266       if [ ! -d ${dirjob[$ind]}/$OWNEXP ] ;  then 
     267           mkdir ${dirjob[$ind]}/$OWNEXP 
     268       fi 
     269       mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ${dirjob[$ind]}/${OWNEXP}/. 
    261270 
    262271       if [ ${jobnam[$ind]} != '2_short' ] ; then 
    263            cd ${dirjob[$ind]} 
    264            ${LAUN}job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh & 
    265            cd ../ 
     272           cd ${dirjob[$ind]}/${OWNEXP} 
     273           ${LAUN}job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh & 
     274           cd ../.. 
    266275       fi 
    267276 
    … …  
    282291    CAR_LJOB=`echo $CAR_LJOB_tmp | cut -f 1 -d " " ` 
    283292     
    284     sed    -e "s/$CAR_LJOB/LJOBS=${LLJOBS}/" cron_jobs.ksh > cron_jobs.$$ 
     293    sed    -e "s%$CAR_LJOB%LJOBS=${LLJOBS}%" cron_jobs.ksh > cron_jobs.$$ 
    285294    mv cron_jobs.$$ cron_jobs.ksh &&  rm -rf cron_jobs.$$ 
    286295    chmod 744 cron_jobs.ksh  
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.