New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 13463 for NEMO/branches/2019/dev_r11351_fldread_with_XIOS/src/TOP/PISCES/P4Z/p4zbio.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2020-09-14T17:40:34+02:00 (4 years ago)
Author:
andmirek
Message:

Ticket #2195:update to trunk 13461

Location:
NEMO/branches/2019/dev_r11351_fldread_with_XIOS
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • NEMO/branches/2019/dev_r11351_fldread_with_XIOS

    • Property svn:externals

      •  

        old new  
        33^/utils/build/mk@HEAD         mk 
        44^/utils/tools@HEAD            tools 
        5 ^/vendors/AGRIF/dev@HEAD      ext/AGRIF 
         5^/vendors/AGRIF/dev_r12970_AGRIF_CMEMS      ext/AGRIF 
        66^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        77^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 
         8 
         9# SETTE 
         10^/utils/CI/sette@13382        sette 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11351_fldread_with_XIOS/src/TOP/PISCES/P4Z/p4zbio.F90

    r10227 r13463  
    3030   USE p4zfechem 
    3131   USE p4zligand       !  Prognostic ligand model 
    32    USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
     32   USE prtctl          !  print control for debugging 
    3333   USE iom             !  I/O manager 
    3434   
    … …  
    3838   PUBLIC  p4z_bio     
    3939 
     40   !! * Substitutions 
     41#  include "do_loop_substitute.h90" 
     42#  include "domzgr_substitute.h90" 
    4043   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4144   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
    … …  
    4548CONTAINS 
    4649 
    47    SUBROUTINE p4z_bio ( kt, knt ) 
     50   SUBROUTINE p4z_bio ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs ) 
    4851      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4952      !!                     ***  ROUTINE p4z_bio  *** 
    … …  
    5659      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5760      INTEGER, INTENT(in) :: kt, knt 
     61      INTEGER, INTENT(in) :: Kbb, Kmm, Krhs  ! time level indices 
    5862      ! 
    5963      INTEGER             :: ji, jj, jk, jn 
    … …  
    6872      xdiss(:,:,:) = 1. 
    6973!!gm the use of nmld should be better here? 
    70       DO jk = 2, jpkm1 
    71          DO jj = 1, jpj 
    72             DO ji = 1, jpi 
     74      DO_3D( 1, 1, 1, 1, 2, jpkm1 ) 
    7375!!gm  :  use nmln  and test on jk ...  less memory acces 
    74                IF( gdepw_n(ji,jj,jk+1) > hmld(ji,jj) )   xdiss(ji,jj,jk) = 0.01 
    75             END DO  
    76          END DO 
    77       END DO 
     76         IF( gdepw(ji,jj,jk+1,Kmm) > hmld(ji,jj) )   xdiss(ji,jj,jk) = 0.01 
     77      END_3D 
    7878 
    79       CALL p4z_opt     ( kt, knt )     ! Optic: PAR in the water column 
    80       CALL p4z_sink    ( kt, knt )     ! vertical flux of particulate organic matter 
    81       CALL p4z_fechem  ( kt, knt )     ! Iron chemistry/scavenging 
     79      CALL p4z_opt     ( kt, knt, Kbb, Kmm      )     ! Optic: PAR in the water column 
     80      CALL p4z_sink    ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! vertical flux of particulate organic matter 
     81      CALL p4z_fechem  ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! Iron chemistry/scavenging 
    8282      ! 
    8383      IF( ln_p4z ) THEN 
    84          CALL p4z_lim  ( kt, knt )     ! co-limitations by the various nutrients 
    85          CALL p4z_prod ( kt, knt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
    86          !                             ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
    87          CALL p4z_mort ( kt      )     ! phytoplankton mortality 
    88          !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
    89          CALL p4z_micro( kt, knt )           ! microzooplankton 
    90          CALL p4z_meso ( kt, knt )           ! mesozooplankton 
     84         CALL p4z_lim  ( kt, knt, Kbb, Kmm      )     ! co-limitations by the various nutrients 
     85         CALL p4z_prod ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
     86         !                                          ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
     87         CALL p4z_mort ( kt,      Kbb,      Krhs )     ! phytoplankton mortality 
     88         !                                          ! zooplankton sources/sinks routines  
     89         CALL p4z_micro( kt, knt, Kbb,      Krhs )     ! microzooplankton 
     90         CALL p4z_meso ( kt, knt, Kbb,      Krhs )     ! mesozooplankton 
    9191      ELSE 
    92          CALL p5z_lim  ( kt, knt )     ! co-limitations by the various nutrients 
    93          CALL p5z_prod ( kt, knt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
    94          !                             ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
    95          CALL p5z_mort ( kt      )     ! phytoplankton mortality 
    96          !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
    97          CALL p5z_micro( kt, knt )           ! microzooplankton 
    98          CALL p5z_meso ( kt, knt )           ! mesozooplankton 
     92         CALL p5z_lim  ( kt, knt, Kbb, Kmm      )     ! co-limitations by the various nutrients 
     93         CALL p5z_prod ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
     94         !                                          ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
     95         CALL p5z_mort ( kt,      Kbb,      Krhs      )     ! phytoplankton mortality 
     96         !                                          ! zooplankton sources/sinks routines  
     97         CALL p5z_micro( kt, knt, Kbb,      Krhs )           ! microzooplankton 
     98         CALL p5z_meso ( kt, knt, Kbb,      Krhs )           ! mesozooplankton 
    9999      ENDIF 
    100100      ! 
    101       CALL p4z_agg     ( kt, knt )     ! Aggregation of particles 
    102       CALL p4z_rem     ( kt, knt )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe 
    103       CALL p4z_poc     ( kt, knt )     ! Remineralization of organic particles 
     101      CALL p4z_agg     ( kt, knt, Kbb,      Krhs )     ! Aggregation of particles 
     102      CALL p4z_rem     ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe 
     103      CALL p4z_poc     ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! Remineralization of organic particles 
    104104      ! 
    105105      IF( ln_ligand )  & 
    106       & CALL p4z_ligand( kt, knt ) 
     106      & CALL p4z_ligand( kt, knt, Kbb,      Krhs ) 
    107107      !                                                             ! 
    108       IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     108      IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    109109         WRITE(charout, FMT="('bio ')") 
    110          CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    111          CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     110         CALL prt_ctl_info( charout, cdcomp = 'top' ) 
     111         CALL prt_ctl(tab4d_1=tr(:,:,:,:,Krhs), mask1=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    112112      ENDIF 
    113113      ! 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.