New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 13540 for NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2020-09-29T12:41:06+02:00 (3 years ago)
Author:
andmirek
Message:

Ticket #2386: update to latest trunk

Location:
NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386
Files:
23 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386

    • Property svn:externals
      •  

        old new  
        33^/utils/build/mk@HEAD         mk 
        44^/utils/tools@HEAD            tools 
        5 ^/vendors/AGRIF/dev@HEAD      ext/AGRIF 
         5^/vendors/AGRIF/dev_r12970_AGRIF_CMEMS      ext/AGRIF 
        66^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        77^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 
        88 
        99# SETTE 
        10 ^/utils/CI/sette@HEAD         sette 
         10^/utils/CI/sette@13507        sette 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/NEMO_manual_state.txt

    r10569 r13540  
    3939         namdia: iiceprt jiceprt 
    4040    nam_diaharm: nit000_han nitend_han nstep_han tname(1) tname(2) 
    41          namdrg: ln_OFF 
     41         namdrg: ln_drg_OFF 
    4242     namdrg_bot: rn_Cd0 rn_Uc0 rn_Cdmax 
    4343     namdrg_top: rn_Cd0 rn_Uc0 rn_Cdmax 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/latex/NEMO/subfiles/chap_SBC.tex

    r12377 r13540  
    832832    Solid precipitation                  & snow           & $Kg.m^{-2}.s^{-1}$ & T     \\ 
    833833    \hline 
    834     Mean sea-level pressure              & slp            & $hPa$              & T     \\ 
     834    Mean sea-level pressure              & slp            & $Pa$              & T     \\ 
    835835    \hline 
    836836    \end{tabular} 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/latex/NEMO/subfiles/chap_TRA.tex

    r11693 r13540  
    12291229In the computer code, a density anomaly, $d_a = \rho / \rho_o - 1$, is computed, 
    12301230with $\rho_o$ a reference density. 
    1231 Called \textit{rau0} in the code, 
     1231Called \textit{rho0} in the code, 
    12321232$\rho_o$ is set in \mdl{phycst} to a value of \texttt{1,026} $Kg/m^3$. 
    12331233This is a sensible choice for the reference density used in a Boussinesq ocean climate model, 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/latex/NEMO/subfiles/chap_ZDF.tex

    r11693 r13540  
    11601160\] 
    11611161When \np[=.true.]{ln_lin}{ln\_lin}, the value of $r$ used is \np{rn_Uc0}{rn\_Uc0}*\np{rn_Cd0}{rn\_Cd0}. 
    1162 Setting \np[=.true.]{ln_OFF}{ln\_OFF} (and \forcode{ln_lin=.true.}) is equivalent to setting $r=0$ and leads to a free-slip boundary condition. 
     1162Setting \np[=.true.]{ln_drg_OFF}{ln\_OFF} (and \forcode{ln_lin=.true.}) is equivalent to setting $r=0$ and leads to a free-slip boundary condition. 
    11631163 
    11641164These values are assigned in \mdl{zdfdrg}. 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/nambdy_dta

    r11703 r13540  
    2929   bn_aip      = 'NOT USED'              ,         24.       , 'siapnd'  ,    .true.   , .false.,  'daily'  ,    ''            ,   ''     ,     '' 
    3030   bn_hip      = 'NOT USED'              ,         24.       , 'sihpnd'  ,    .true.   , .false.,  'daily'  ,    ''            ,   ''     ,     '' 
     31   bn_hil      = 'NOT USED'              ,         24.       , 'sihlid'  ,    .true.   , .false.,  'daily'  ,    ''            ,   ''     ,     '' 
    3132   ! if bn_t_i etc are "not used", then define arbitrary temperatures and salinity and ponds 
    3233   rn_ice_tem  = 270.         !  arbitrary temperature               of incoming sea ice 
     
    3536   rn_ice_apnd = 0.2          !       --   pond fraction = a_ip/a_i            -- 
    3637   rn_ice_hpnd = 0.05         !       --   pond depth                          -- 
     38   rn_ice_hlid = 0.0          !       --   pond lid depth                      -- 
    3739/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namdia

    r11703 r13540  
    88   ln_icediahsb     = .false.         !  output the heat, mass & salt budgets (T) or not (F) 
    99   ln_icectl        = .false.         !  ice points output for debug (T or F) 
    10    iiceprt          =  10             !  i-index for debug 
    11    jiceprt          =  10             !  j-index for debug 
     10      iiceprt       =  10             !     i-index for debug 
     11      jiceprt       =  10             !     j-index for debug 
    1212/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namdrg

    r10075 r13540  
    22&namdrg        !   top/bottom drag coefficient                          (default: NO selection) 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    4    ln_OFF      = .false.   !  free-slip       : Cd = 0                  (F => fill namdrg_bot 
     4   ln_drg_OFF  = .false.   !  free-slip       : Cd = 0                  (F => fill namdrg_bot 
    55   ln_lin      = .false.   !      linear  drag: Cd = Cd0 Uc0                   &   namdrg_top) 
    66   ln_non_lin  = .false.   !  non-linear  drag: Cd = Cd0 |U| 
     
    88   ! 
    99   ln_drgimp   = .true.    !  implicit top/bottom friction flag 
     10      ln_drgice_imp = .false. ! implicit ice-ocean drag 
    1011/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namdrg_bot

    r10075 r13540  
    11!----------------------------------------------------------------------- 
    2 &namdrg_bot    !   BOTTOM friction                                      (ln_OFF =F) 
     2&namdrg_bot    !   BOTTOM friction                                      (ln_drg_OFF =F) 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    44   rn_Cd0      =  1.e-3    !  drag coefficient [-] 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namdrg_top

    r10075 r13540  
    11!----------------------------------------------------------------------- 
    2 &namdrg_top    !   TOP friction                                         (ln_OFF =F & ln_isfcav=T) 
     2&namdrg_top    !   TOP friction                                         (ln_drg_OFF =F & ln_isfcav=T) 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    44   rn_Cd0      =  1.e-3    !  drag coefficient [-] 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namdyn

    r11703 r13540  
    1010   rn_ishlat        =   2.            !  lbc : free slip (0) ; partial slip (0-2) ; no slip (2) ; strong slip (>2) 
    1111   ln_landfast_L16  = .false.         !  landfast: parameterization from Lemieux 2016 
    12       rn_depfra     =   0.125         !        fraction of ocean depth that ice must reach to initiate landfast 
     12      rn_lf_depfra  =   0.125         !        fraction of ocean depth that ice must reach to initiate landfast 
    1313                                      !          recommended range: [0.1 ; 0.25] 
    14       rn_icebfr     =  15.            !        maximum bottom stress per unit volume [N/m3] 
    15       rn_lfrelax    =   1.e-5         !        relaxation time scale to reach static friction [s-1] 
    16       rn_tensile    =   0.05          !        isotropic tensile strength [0-0.5??] 
     14      rn_lf_bfr     =  15.            !        maximum bottom stress per unit volume [N/m3] 
     15      rn_lf_relax   =   1.e-5         !        relaxation time scale to reach static friction [s-1] 
     16      rn_lf_tensile =   0.05          !        isotropic tensile strength [0-0.5??] 
    1717/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namdyn_rhg

    r11025 r13540  
    99      rn_relast     =   0.333         !     ratio of elastic timescale to ice time step: Telast = dt_ice * rn_relast  
    1010                                      !        advised value: 1/3 (rn_nevp=120) or 1/9 (rn_nevp=300) 
     11   ln_rhg_chkcvg    = .false.         !  check convergence of rheology (outputs: file ice_cvg.nc & variable uice_cvg) 
    1112/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/nameos

    r10075 r13540  
    77                                 ! 
    88   !                     ! S-EOS coefficients (ln_seos=T): 
    9    !                             !  rd(T,S,Z)*rau0 = -a0*(1+.5*lambda*dT+mu*Z+nu*dS)*dT+b0*dS 
     9   !                             !  rd(T,S,Z)*rho0 = -a0*(1+.5*lambda*dT+mu*Z+nu*dS)*dT+b0*dS 
    1010   rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient 
    1111   rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namini

    r11703 r13540  
    33!------------------------------------------------------------------------------ 
    44   ln_iceini        = .true.          !  activate ice initialization (T) or not (F) 
    5    ln_iceini_file   = .false.         !  netcdf file provided for initialization (T) or not (F) 
     5   nn_iceini_file   =   0             !     0 = Initialise sea ice based on SSTs 
     6                                      !     1 = Initialise sea ice from single category netcdf file 
     7                                      !     2 = Initialise sea ice from multi category restart file 
    68   rn_thres_sst     =   2.0           !  max temp. above Tfreeze with initial ice = (sst - tfreeze) 
    79   rn_hti_ini_n     =   3.0           !  initial ice thickness       (m), North 
     
    2325   rn_hpd_ini_n     =   0.05          !  initial pond depth          (m), North 
    2426   rn_hpd_ini_s     =   0.05          !        "            "             South 
    25    ! -- for ln_iceini_file = T 
     27   rn_hld_ini_n     =   0.0           !  initial pond lid depth      (m), North 
     28   rn_hld_ini_s     =   0.0           !        "            "             South 
     29   ! -- for nn_iceini_file = 1 
    2630   sn_hti = 'Ice_initialization'    , -12 ,'hti'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    2731   sn_hts = 'Ice_initialization'    , -12 ,'hts'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
     
    3438   sn_apd = 'NOT USED'              , -12 ,'apd'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    3539   sn_hpd = 'NOT USED'              , -12 ,'hpd'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
     40   sn_hld = 'NOT USED'              , -12 ,'hld'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    3641   cn_dir='./' 
    3742/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namsbc_blk

    r12377 r13540  
    3535   sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'       ,    6.        , 'T_10_MOD',   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    3636   sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'       ,    6.        , 'Q_10_MOD',   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    37    sn_hpgi     = 'NONE'                       ,   24.        , 'uhpg'    ,   .false.   , .false., 'monthly' , 'weights_ERAI3D_F128_2_ORCA2_bicubic', 'UG'     , '' 
    38    sn_hpgj     = 'NONE'                       ,   24.        , 'vhpg'    ,   .false.   , .false., 'monthly' , 'weights_ERAI3D_F128_2_ORCA2_bicubic', 'VG'     , '' 
    3937   sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',   -1.        , 'PRC_MOD1',   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    4038   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',   -1.        , 'SNOW'    ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    4139   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,    6.        , 'SLP'     ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
     40   sn_uoatm    = 'NOT USED'                   ,    6.        , 'UOATM'   ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , 'Uoceatm', '' 
     41   sn_voatm    = 'NOT USED'                   ,    6.        , 'VOATM'   ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , 'Voceatm', '' 
     42   sn_cc       = 'NOT USED'                   ,   24.        , 'CC'      ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
     43   sn_hpgi     = 'NOT USED'                   ,   24.        , 'uhpg'    ,   .false.   , .false., 'monthly' , 'weights_ERAI3D_F128_2_ORCA2_bicubic', 'UG'     , '' 
     44   sn_hpgj     = 'NOT USED'                   ,   24.        , 'vhpg'    ,   .false.   , .false., 'monthly' , 'weights_ERAI3D_F128_2_ORCA2_bicubic', 'VG'     , '' 
    4245/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namsbc_cpl

    r10075 r13540  
    22&namsbc_cpl    !   coupled ocean/atmosphere model                       ("key_oasis3") 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    4    nn_cplmodel   =     1   !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentially sending/receiving data 
    5    ln_usecplmask = .false. !  use a coupling mask file to merge data received from several models 
    6    !                       !   -> file cplmask.nc with the float variable called cplmask (jpi,jpj,nn_cplmodel) 
    7    nn_cats_cpl   =     5   !  Number of sea ice categories over which coupling is to be carried out (if not 1) 
    8  
     4   nn_cplmodel       =     1   !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentially sending/receiving data 
     5   ln_usecplmask     = .false. !  use a coupling mask file to merge data received from several models 
     6   !                           !   -> file cplmask.nc with the float variable called cplmask (jpi,jpj,nn_cplmodel) 
     7   ln_scale_ice_flux = .false. !  use ice fluxes that are already "ice weighted" ( i.e. multiplied ice concentration) 
     8   nn_cats_cpl       =     5   !  Number of sea ice categories over which coupling is to be carried out (if not 1) 
    99   !_____________!__________________________!____________!_____________!______________________!________! 
    1010   !             !        description       !  multiple  !    vector   !       vector         ! vector ! 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namthd

    r11025 r13540  
    66   ln_icedO         = .true.          !  activate ice growth in open-water (T) or not (F) 
    77   ln_icedS         = .true.          !  activate brine drainage (T) or not (F) 
     8   !                                    
     9   ln_leadhfx       = .true.          !  heat in the leads is used to melt sea-ice before warming the ocean 
    810/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namthd_pnd

    r11536 r13540  
    22&namthd_pnd     !   Melt ponds 
    33!------------------------------------------------------------------------------ 
    4    ln_pnd           = .false.         !  activate melt ponds or not 
    5      ln_pnd_H12     = .false.         !  activate evolutive melt ponds (from Holland et al 2012) 
    6      ln_pnd_CST     = .false.         !  activate constant  melt ponds 
    7        rn_apnd      =   0.2           !     prescribed pond fraction, at Tsu=0 degC 
    8        rn_hpnd      =   0.05          !     prescribed pond depth,    at Tsu=0 degC 
    9      ln_pnd_alb     = .false.         !  melt ponds affect albedo or not 
     4   ln_pnd            = .false.        !  activate melt ponds or not 
     5      ln_pnd_LEV     = .false.        !  level ice melt ponds (from Flocco et al 2007,2010 & Holland et al 2012) 
     6         rn_apnd_min =   0.15         !     minimum ice fraction that contributes to melt pond. range: 0.0 -- 0.15 ?? 
     7         rn_apnd_max =   0.85         !     maximum ice fraction that contributes to melt pond. range: 0.7 -- 0.85 ?? 
     8      ln_pnd_CST     = .false.        !  constant  melt ponds 
     9         rn_apnd     =   0.2          !     prescribed pond fraction, at Tsu=0 degC 
     10         rn_hpnd     =   0.05         !     prescribed pond depth,    at Tsu=0 degC 
     11      ln_pnd_lids    = .true.         !  frozen lids on top of the ponds (only for ln_pnd_LEV) 
     12      ln_pnd_alb     = .true.         !  effect of melt ponds on ice albedo 
    1013/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namthd_zdf

    r11025 r13540  
    77   rn_cnd_s         =   0.31          !  thermal conductivity of the snow (0.31 W/m/K, Maykut and Untersteiner, 1971) 
    88                                      !     Obs: 0.1-0.5 (Lecomte et al, JAMES 2013) 
    9    rn_kappa_i       =   1.0           !  radiation attenuation coefficient in sea ice [1/m] 
     9   rn_kappa_i       =   1.0           !  radiation attenuation coefficient in sea ice                     [1/m] 
     10   rn_kappa_s       =  10.0           !  nn_qtrice = 0: radiation attenuation coefficient in snow         [1/m] 
     11   rn_kappa_smlt    =   7.0           !  nn_qtrice = 1: radiation attenuation coefficient in melting snow [1/m] 
     12   rn_kappa_sdry    =  10.0           !                 radiation attenuation coefficient in dry snow     [1/m] 
     13   ln_zdf_chkcvg    = .false.         !  check convergence of heat diffusion scheme (output variable: tice_cvg) 
    1014/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namzdf_gls

    r9355 r13540  
    1313   nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2/3) 
    1414   !                             ! =3 requires ln_wave=T 
     15   nn_z0_ice     =   1     !  attenutaion of surface wave breaking under ice 
     16   !                       !           = 0 no impact of ice cover 
     17   !                       !           = 1 roughness uses rn_hsri and is weigthed by 1-TANH(10*fr_i) 
     18   !                       !           = 2 roughness uses rn_hsri and is weighted by 1-fr_i 
     19   !                       !           = 3 roughness uses rn_hsri and is weighted by 1-MIN(1,4*fr_i) 
    1520   nn_bc_surf    =     1   !  surface condition (0/1=Dir/Neum) 
    1621   nn_bc_bot     =     1   !  bottom condition (0/1=Dir/Neum) 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/namelists/namzdf_tke

    r10075 r13540  
    1515   ln_mxl0     = .true.    !  surface mixing length scale = F(wind stress) (T) or not (F) 
    1616   rn_mxl0     =   0.04    !  surface  buoyancy lenght scale minimum value 
    17    ln_drg      = .false.   !  top/bottom friction added as boundary condition of TKE 
    1817   ln_lc       = .true.    !  Langmuir cell parameterisation (Axell 2002) 
    1918      rn_lc       =   0.15    !  coef. associated to Langmuir cells 
     
    2625                              !        = 0  constant 10 m length scale 
    2726                              !        = 1  0.5m at the equator to 30m poleward of 40 degrees 
    28       rn_eice     =   4       !  below sea ice: =0 ON ; =4 OFF when ice fraction > 1/4    
     27   nn_eice     =   1       !  attenutaion of langmuir & surface wave breaking under ice 
     28   !                       !           = 0 no impact of ice cover on langmuir & surface wave breaking 
     29   !                       !           = 1 weigthed by 1-TANH(10*fr_i) 
     30   !                       !           = 2 weighted by 1-fr_i 
     31   !                       !           = 3 weighted by 1-MIN(1,4*fr_i) 
    2932/ 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/rst/source/cite.rst

    r11734 r13540  
    2525   Scientific Notes of Climate Modelling Center, 31, 
    2626   ISSN 1288-1619 Institut Pierre-Simon Laplace (IPSL), 
    27    :doi:`10.5281/zenodo.1471689` 
     27   :doi:`10.5281/zenodo.1464816` 
    2828 
    29 .. warning::  No official publication yet 
    3029 
    3130.. literalinclude:: ref.bib 
     
    3433   :caption:  BibTeX source for SI\ :sup:`3` manual 
    3534 
    36 |NEMO-MBG| 
     35|NEMO-TOP| 
    3736   :title:`Tracer in Ocean Paradigm (TOP) -- The NEMO passive tracer engine`, 
    3837   NEMO TOP Working Group, 
    3938   Scientific Notes of Climate Modelling Center, 28, 
    4039   ISSN 1288-1619 Institut Pierre-Simon Laplace (IPSL), 
    41    :doi:`10.5281/zenodo.1471700` 
     40   :doi:`10.5281/zenodo.1464816` 
    4241 
    43 .. warning::  No official publication yet 
     42 
    4443 
    4544.. literalinclude:: ref.bib 
  • NEMO/branches/2020/r12377_ticket2386/doc/rst/source/guide.rst

    r11761 r13540  
    1616.. toctree:: 
    1717   :hidden: 
    18  
    19    todos 
     18.. todos:: 
    2019 
    2120.. Only displayed with 'make drafthtml' 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.