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Changeset 1679 – NEMO

Changeset 1679


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2009-10-26T12:38:39+01:00 (14 years ago)
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cetlod
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Improve PISCES diagnostics for IPCC AR5 exercise, see ticket:567

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trunk/CONFIG
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  • trunk/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r1650 r1679  
    161161 
    162162     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    163        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" /> 
    164        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    165        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    166        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
    167        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    168        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    169        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    170        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    171        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol-Si/m2/s" axis_ref="deptht" /> 
    172        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol-Fe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
    173        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol-Fe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     163       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"            axis_ref="deptht" /> 
     164       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"        axis_ref="deptht" /> 
     165       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"        axis_ref="deptht" /> 
     166       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"         axis_ref="deptht" /> 
     167       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     168       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     169       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     170       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     171       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol-Si/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     172       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol-Fe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     173       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol-Fe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     174       <field id="Pcal"        description="Calcite production"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     175       <field id="Dcal"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     176       <field id="Graz"        description="Grazing by microzoo"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     177       <field id="Graz2"       description="Grazing by mesozoo"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     178       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                        unit="mol-N/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     179       <field id="ExpPOC"      description="POC export"                               unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     180       <field id="ExpGOC"      description="GOC export"                               unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     181       <field id="ExpFe1"      description="Nano iron export"                         unit="mol-Fe/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     182       <field id="ExpFe2"      description="Diatoms iron export"                      unit="mol-Fe/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     183       <field id="ExpSi"       description="Silicate export"                          unit="mol-Si/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     184       <field id="Expcal"      description="Calcite export"                           unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
    174185       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol-C/m2/s" /> 
    175186       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol-C/m2/s" /> 
    176187       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol-C/m2/s/uatm" /> 
    177        <field id="DelC"        description="Delta CO2"                                unit="uatm" /> 
    178        <field id="PMO"         description="POC export"                               unit="mol-C/m2/s" /> 
    179        <field id="PMO2"        description="GOC export"                               unit="mol-C/m2/s" /> 
    180        <field id="ExpFe1"      description="Nano iron export"                         unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    181        <field id="ExpFe2"      description="Diatoms iron export"                      unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    182        <field id="ExpSi"       description="Silicate export"                          unit="mol-Si/m2/s" /> 
    183        <field id="ExpCaCO3"    description="Calcite export"                           unit="mol-C/m2/s" /> 
    184        <field id="heup"        description="euphotic layer depth"                     unit="m" /> 
    185        <field id="Fedep"       description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    186        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                        unit="mol-N/m2/s" /> 
     188       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm" /> 
     189       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm" /> 
     190       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m" /> 
     191       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    187192     </group> 
    188193 
    … …  
    192197     
    193198    <file_definition output_level="10" enabled=".TRUE."> 
    194       <file id="ORCA2_5d_grid_T" description="ocean T grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
     199      <file id="ORCA2P_5d_grid_T" description="ocean T grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    195200   <field ref="toce"         name="votemper"  /> 
    196201   <field ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    … …  
    217222      </file> 
    218223       
    219       <file id="ORCA2_5d_grid_U" description="ocean U grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
     224      <file id="ORCA2P_5d_grid_U" description="ocean U grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    220225   <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    221226   <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    … …  
    223228      </file> 
    224229       
    225       <file id="ORCA2_5d_grid_V" description="ocean V grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
     230      <file id="ORCA2P_5d_grid_V" description="ocean V grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    226231   <field ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    227232   <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    … …  
    229234      </file> 
    230235       
    231       <file id="ORCA2_5d_grid_W" description="ocean W grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
     236      <file id="ORCA2P_5d_grid_W" description="ocean W grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    232237   <field ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    233238   <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" /> 
    … …  
    241246      </file> 
    242247       
    243       <file id="ORCA2_5d_icemod" description="ice variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
     248      <file id="ORCA2P_5d_icemod" description="ice variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    244249   <field ref="ice_pres"                     /> 
    245250   <field ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
    … …  
    295300       <field ref="PFeN"     /> 
    296301       <field ref="PFeD"     /> 
     302       <field ref="Pcal"     /> 
     303       <field ref="Dcal"     /> 
     304       <field ref="Graz"     /> 
     305       <field ref="Graz2"    /> 
    297306       <field ref="Cflx"     /> 
    298        <field ref="Oflx"     /> 
    299        <field ref="Kg"       /> 
    300        <field ref="DelC"     /> 
    301        <field ref="PMO"      /> 
    302        <field ref="PMO2"     /> 
     307       <field ref="ExpPOC"   /> 
     308       <field ref="ExpGOC"   /> 
    303309       <field ref="ExpFe1"   /> 
    304310       <field ref="ExpFe2"   /> 
    305311       <field ref="ExpSi"    /> 
    306        <field ref="ExpCaCO3" /> 
    307        <field ref="heup"     /> 
    308        <field ref="Fedep"    /> 
     312       <field ref="Expcal"   /> 
     313       <field ref="Oflx"     /> 
     314       <field ref="Kg"       /> 
     315       <field ref="Dpco2"    /> 
     316       <field ref="Dpo2"     /> 
     317       <field ref="Heup"     /> 
     318       <field ref="Irondep"  /> 
    309319       <field ref="Nfix"     /> 
    310320     </file> 

  • trunk/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/scripts/BB_make.ldef

    r1272 r1679  
    3030#  Keys have to be written on one single line (does NOT accept "\") 
    3131 
    32 P_P = key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_dtatem key_dtasal key_tradmp key_trabbc key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_trcbbl_dif key_trcldf_eiv key_trc_zdfddm key_trc_diaadd key_trc_dia3d 
     32P_P = key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_dtatem key_dtasal key_tradmp key_trabbc key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_dtatrc key_trcbbl_dif key_trcldf_eiv key_trc_zdfddm key_trc_diaadd key_trc_dia3d 
    3333 
    3434#- 

  • trunk/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r1637 r1679  
    88 
    99  <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" freq_op="21600" enabled=".TRUE."> 
    10             
     10  
     11      <!-- ptrc on T grid --> 
     12           
    1113     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
    1214       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mol-C/L" /> 
    … …  
    3537     </group> 
    3638 
    37      <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T">   
    38        <field id="PH"       description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    39        <field id="CO3"      description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    40        <field id="CO3sat"   description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    41        <field id="PAR"      description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
    42        <field id="PPPHY"    description="Primary production of nanophyto"          unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    43        <field id="PPPHY2"   description="Primary production of diatoms"            unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    44        <field id="PPNEWN"   description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    45        <field id="PPNEWD"   description="New Primary production of diatoms"        unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    46        <field id="PBSi"     description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol-Si/m2/s" axis_ref="deptht" /> 
    47        <field id="PFeN"     description="Primary production of nano iron"          unit="mol-Fe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
    48        <field id="PFeD"     description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol-Fe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
    49        <field id="Cflx"     description="DIC flux"                                 unit="mol-C/m2/s" /> 
    50        <field id="Oflx"     description="Oxygen flux"                              unit="mol-C/m2/s" /> 
    51        <field id="Kg"       description="Gas transfer"                             unit="mol-C/m2/s/uatm" /> 
    52        <field id="DelC"     description="Delta CO2"                                unit="uatm" /> 
    53        <field id="PMO"      description="POC export"                               unit="mol-C/m2/s" /> 
    54        <field id="PMO2"     description="GOC export"                               unit="mol-C/m2/s" /> 
    55        <field id="ExpFe1"   description="Nano iron export"                         unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    56        <field id="ExpFe2"   description="Diatoms iron export"                      unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    57        <field id="ExpSi"    description="Silicate export"                          unit="mol-Si/m2/s" /> 
    58        <field id="ExpCaCO3" description="Calcite export"                           unit="mol-C/m2/s" /> 
    59        <field id="heup"     description="euphotic layer depth"                     unit="m" /> 
    60        <field id="Fedep"    description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    61        <field id="Nfix"     description="Nitrogen fixation"                        unit="mol-N/m2/s" /> 
     39      <!-- diad on T grid --> 
     40 
     41     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     42       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"            axis_ref="deptht" /> 
     43       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"        axis_ref="deptht" /> 
     44       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"        axis_ref="deptht" /> 
     45       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"         axis_ref="deptht" /> 
     46       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     47       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     48       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     49       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     50       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol-Si/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     51       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol-Fe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     52       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol-Fe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     53       <field id="Pcal"        description="Calcite production"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     54       <field id="Dcal"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     55       <field id="Graz"        description="Grazing by microzoo"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     56       <field id="Graz2"       description="Grazing by mesozoo"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     57       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                        unit="mol-N/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     58       <field id="ExpPOC"      description="POC export"                               unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     59       <field id="ExpGOC"      description="GOC export"                               unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     60       <field id="ExpFe1"      description="Nano iron export"                         unit="mol-Fe/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     61       <field id="ExpFe2"      description="Diatoms iron export"                      unit="mol-Fe/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     62       <field id="ExpSi"       description="Silicate export"                          unit="mol-Si/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     63       <field id="Expcal"      description="Calcite export"                           unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
     64       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol-C/m2/s" /> 
     65       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol-C/m2/s" /> 
     66       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol-C/m2/s/uatm" /> 
     67       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm" /> 
     68       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm" /> 
     69       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m" /> 
     70       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    6271     </group> 
     72 
    6373 
    6474  </field_definition> 
    … …  
    95105 
    96106    <file id="PISCES_1y_diad_T" description="additional pisces diagnostics" output_freq="31536000" output_level="5" >   
    97        <field ref="PH"       />  
     107       <field ref="PH"       /> 
    98108       <field ref="CO3"      /> 
    99109       <field ref="CO3sat"   /> 
    … …  
    106116       <field ref="PFeN"     /> 
    107117       <field ref="PFeD"     /> 
     118       <field ref="Pcal"     /> 
     119       <field ref="Dcal"     /> 
     120       <field ref="Graz"     /> 
     121       <field ref="Graz2"    /> 
    108122       <field ref="Cflx"     /> 
    109        <field ref="Oflx"     /> 
    110        <field ref="Kg"       /> 
    111        <field ref="DelC"     /> 
    112        <field ref="PMO"      /> 
    113        <field ref="PMO2"     /> 
     123       <field ref="ExpPOC"   /> 
     124       <field ref="ExpGOC"   /> 
    114125       <field ref="ExpFe1"   /> 
    115126       <field ref="ExpFe2"   /> 
    116127       <field ref="ExpSi"    /> 
    117        <field ref="ExpCaCO3" /> 
    118        <field ref="heup"     /> 
    119        <field ref="Fedep"    /> 
     128       <field ref="Expcal"   /> 
     129       <field ref="Oflx"     /> 
     130       <field ref="Kg"       /> 
     131       <field ref="Dpco2"    /> 
     132       <field ref="Dpo2"     /> 
     133       <field ref="Heup"     /> 
     134       <field ref="Irondep"  /> 
    120135       <field ref="Nfix"     /> 
    121136   </file> 

  • trunk/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/scripts/BB_make.ldef

    r1528 r1679  
    3030#  Keys have to be written on one single line (does NOT accept "\") 
    3131 
    32 P_P = key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_zdftke key_zdfddm key_top key_off_tra key_pisces key_trcbbl_dif key_trcldf_eiv key_trc_zdfddm key_trc_diaadd key_trc_dia3d 
     32P_P = key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_zdftke key_zdfddm key_top key_off_tra key_pisces key_dtatrc key_trcbbl_dif key_trcldf_eiv key_trc_zdfddm key_trc_diaadd key_trc_dia3d 
    3333 
    3434#- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.