New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 1801 – NEMO

Changeset 1801


Ignore:
Timestamp:
2010-01-22T10:36:07+01:00 (14 years ago)
Author:
cetlod
Message:

Reorganisation of restart part of TOP component, see ticket:644

Location:
trunk/NEMO/TOP_SRC
Files:
5 added
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/C14b/trclsm_c14b.F90

    r1581 r1801  
    4444      INTEGER ::   numnatb 
    4545 
    46 #if defined key_trc_diaadd 
     46#if defined key_trc_diaadd && ! defined key_iomput 
    4747      ! definition of additional diagnostic as a structure 
    4848      INTEGER ::   jl, jn 
    … …  
    5858      !! 
    5959      NAMELIST/namc14date/ ndate_beg_b, nyear_res_b 
    60 #if defined key_trc_diaadd 
     60#if defined key_trc_diaadd && ! defined key_iomput 
    6161      NAMELIST/namc14dia/nwritedia, c14dia2d, c14dia3d     ! additional diagnostics 
    6262#endif 
    … …  
    8181      IF(lwp) WRITE(numout,*) '    initial year (aa)                  nyear_beg_b = ', nyear_beg_b 
    8282      ! 
    83 #if defined key_trc_diaadd 
     83#if defined key_trc_diaadd && ! defined key_iomput 
    8484 
    8585      ! Namelist namc14dia 

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcctl_cfc.F90

    r1255 r1801  
    4444      IF( jp_cfc > 2) THEN  
    4545          IF(lwp) THEN  
    46               WRITE (numout,*) ' ===>>>> : w a r n i n g ' 
    47               WRITE (numout,*) ' =======   ============= ' 
     46              WRITE (numout,*) ' ===>>>> : w a r n i n g <<<<===' 
    4847              WRITE (numout,*)                             & 
    4948              &   ' STOP, change jp_cfc to 1 or 2 in par_CFC module '   
    … …  
    6261 
    6362      IF(lwp) THEN 
    64          WRITE (numout,*) ' ===>>>> : w a r n i n g ' 
    65          WRITE (numout,*) ' =======   ============= ' 
     63         WRITE (numout,*) ' ===>>>> : w a r n i n g <<<<===' 
    6664         WRITE (numout,*) ' we force tracer names' 
    6765         DO jl = 1, jp_cfc 
    … …  
    8078            ctrcun(jn) = 'mole/m3' 
    8179            IF(lwp) THEN 
    82                WRITE (numout,*) ' ===>>>> : w a r n i n g ' 
    83                WRITE (numout,*) ' =======   ============= ' 
     80               WRITE (numout,*) ' ===>>>> : w a r n i n g <<<<===' 
    8481               WRITE (numout,*) ' we force tracer unit' 
    8582               WRITE(numout,*) ' tracer  ',ctrcnm(jn), 'UNIT= ',ctrcun(jn) 

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/CFC/trclsm_cfc.F90

    r1581 r1801  
    4343      !!---------------------------------------------------------------------- 
    4444      INTEGER ::   numnatc 
    45 #if defined key_trc_diaadd 
     45#if defined key_trc_diaadd && ! defined key_iomput 
    4646      ! definition of additional diagnostic as a structure 
    4747      INTEGER :: jl, jn 
    … …  
    5656      !! 
    5757      NAMELIST/namcfcdate/ ndate_beg, nyear_res 
    58 #if defined key_trc_diaadd 
     58#if defined key_trc_diaadd && ! defined key_iomput 
    5959      NAMELIST/namcfcdia/nwritedia, cfcdia2d     ! additional diagnostics 
    6060#endif 
    … …  
    7979      IF(lwp) WRITE(numout,*) '    initial year (aa)                       nyear_beg = ', nyear_beg 
    8080      ! 
    81 #if defined key_trc_diaadd 
     81#if defined key_trc_diaadd && ! defined key_iomput 
    8282 
    8383      ! Namelist namcfcdia 

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/PISCES/sms_pisces.F90

    r1678 r1801  
    3838   LOGICAL  ::   ln_pisdmp         !: relaxation or not of nutrients to a mean value 
    3939                                   !: when initialize from a restart file  
     40   LOGICAL  ::   ln_pisclo         !: Restoring or not of nutrients to initial value 
     41                                   !: on close seas 
    4042 
    4143   !!*  Biological fluxes for light 

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trclsm_pisces.F90

    r1581 r1801  
    6767      NAMELIST/nampisdia/ nwritedia, pisdia3d, pisdia2d     ! additional diagnostics 
    6868#endif 
    69       NAMELIST/nampisdmp/ ln_pisdmp 
     69      NAMELIST/nampisdmp/ ln_pisdmp, ln_pisclo 
    7070 
    7171      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    188188         WRITE(numout,*) 
    189189         WRITE(numout,*) ' Namelist : nampisdmp' 
    190          WRITE(numout,*) '    Relaxation of tracer to glodap mean value    ln_pisdmp      =', ln_pisdmp 
     190         WRITE(numout,*) '    Relaxation of tracer to glodap mean value            ln_pisdmp      =', ln_pisdmp 
     191         WRITE(numout,*) '    Restoring of tracer to initial value  on closed seas  ln_pisclo      =', ln_pisclo 
    191192         WRITE(numout,*) ' ' 
    192193      ENDIF 

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/trcdta.F90

    r1796 r1801  
    2525   PUBLIC trc_dta   ! called in trcini.F90 and trcdmp.F90 
    2626 
     27   LOGICAL , PUBLIC, PARAMETER ::   lk_dtatrc = .TRUE.   !: temperature data flag 
    2728   REAL(wp), PUBLIC, DIMENSION(jpi,jpj,jpk,jptra) ::   trdta   !: tracer data at given time-step 
    2829 
    … …  
    8283            ENDIF 
    8384            ! Initialization 
    84             iman = jpmois 
     85            iman = jpmonth 
    8586            i15  = nday / 16 
    8687            imois = nmonth + i15 -1 
    … …  
    206207   !!   Dummy module                              NO 3D passive tracer data 
    207208   !!---------------------------------------------------------------------- 
     209   LOGICAL , PUBLIC, PARAMETER ::   lk_dtatrc = .FALSE.   !: temperature data flag 
    208210CONTAINS 
    209211   SUBROUTINE trc_dta( kt )        ! Empty routine 

  • trunk/NEMO/TOP_SRC/trcrst.F90

    r1655 r1801  
    11MODULE trcrst 
    22   !!====================================================================== 
    3    !!                       ***  MODULE trcrst  *** 
    4    !! TOP :   create, write, read the restart files for passive tracers 
     3   !!                         ***  MODULE trcrst  *** 
     4   !! TOP :   Manage the passive tracer restart 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   1.0  !  2007-02 (C. Ethe) adaptation from the ocean 
     6   !! History :    -   !  1991-03  ()  original code 
     7   !!             1.0  !  2005-03 (O. Aumont, A. El Moussaoui) F90 
     8   !!              -   !  2005-10 (C. Ethe) print control 
     9   !!             2.0  !  2005-10 (C. Ethe, G. Madec) revised architecture 
    710   !!---------------------------------------------------------------------- 
    811#if defined key_top 
     12   !!---------------------------------------------------------------------- 
     13   !!   'key_top'                                                TOP models 
     14   !!---------------------------------------------------------------------- 
     15   !!---------------------------------------------------------------------- 
     16   !!   trc_rst :   Restart for passive tracer 
     17   !!---------------------------------------------------------------------- 
    918   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1019   !!   'key_top'                                                TOP models 
    … …  
    1625   USE oce_trc 
    1726   USE trc 
    18    USE sms_lobster         ! LOBSTER variables 
    19    USE sms_pisces          ! PISCES variables 
    20    USE trcsms_cfc          ! CFC variables 
    21    USE trcsms_c14b         ! C14 variables 
    22    USE trcsms_my_trc       ! MY_TRC variables 
    23    USE trctrp_lec    
     27   USE trctrp_lec 
    2428   USE lib_mpp 
    2529   USE iom 
    26     
     30   USE trcrst_cfc      ! CFC       
     31   USE trcrst_lobster  ! LOBSTER  restart 
     32   USE trcrst_pisces   ! PISCES   restart 
     33   USE trcrst_c14b     ! C14 bomb restart 
     34   USE trcrst_my_trc   ! MY_TRC   restart 
     35 
    2736   IMPLICIT NONE 
    2837   PRIVATE 
    29     
     38 
    3039   PUBLIC   trc_rst_opn       ! called by ??? 
    3140   PUBLIC   trc_rst_read      ! called by ??? 
    3241   PUBLIC   trc_rst_wri       ! called by ??? 
    33     
     42 
    3443   INTEGER, PUBLIC ::   numrtr, numrtw   !: logical unit for trc restart (read and write) 
    35  
    3644 
    3745   !! * Substitutions 
    … …  
    8997   END SUBROUTINE trc_rst_opn 
    9098 
    91  
    92    SUBROUTINE trc_rst_read  
     99   SUBROUTINE trc_rst_read 
    93100      !!---------------------------------------------------------------------- 
    94101      !!                    ***  trc_rst_opn  *** 
    … …  
    96103      !! ** purpose  :   read passive tracer fields in restart files 
    97104      !!---------------------------------------------------------------------- 
    98       INTEGER  ::  jn   
    99       INTEGER  ::  iarak0 
     105      INTEGER  ::  jn      
     106      INTEGER  ::  iarak0  
    100107      REAL(wp) ::  zarak0 
    101108      INTEGER  ::  jlibalt = jprstlib 
    102109      LOGICAL  ::  llok 
    103 #if defined key_pisces  
    104       INTEGER  ::  ji, jj, jk 
    105       REAL(wp) ::  zcaralk, zbicarb, zco3 
    106       REAL(wp) ::  ztmas, ztmas1 
    107 #endif 
    108110 
    109111      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    115117      IF ( jprstlib == jprstdimg ) THEN 
    116118        ! eventually read netcdf file (monobloc)  for restarting on different number of processors 
    117         ! if {cn_trcrst_in}.nc exists, then set jlibalt to jpnf90 
     119        ! if {cn_trcrst_in}.nc exists, then set jlibalt to jpnf90  
    118120        INQUIRE( FILE = TRIM(cn_trcrst_in)//'.nc', EXIST = llok ) 
    119         IF ( llok ) THEN ; jlibalt = jpnf90  ; ELSE ; jlibalt = jprstlib ; ENDIF 
    120       ENDIF 
    121        
    122       CALL iom_open( cn_trcrst_in, numrtr, kiolib = jlibalt ) 
     121        IF ( llok ) THEN ; jlibalt = jpnf90  ; ELSE ; jlibalt = jprstlib ; ENDIF  
     122      ENDIF 
     123 
     124      CALL iom_open( cn_trcrst_in, numrtr, kiolib = jlibalt )  
    123125 
    124126      ! Time domain : restart 
    … …  
    136138         & ' centered or euler '  ) 
    137139      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    138  
    139140      IF(lwp) WRITE(numout,*) '    arakawa option      : ', NINT( zarak0 ) 
    140141 
    141  
    142142      ! READ prognostic variables and computes diagnostic variable 
    143143      DO jn = 1, jptra 
    144          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'TRN'//ctrcnm(jn), trn(:,:,:,jn) )  
    145       END DO 
    146  
    147       DO jn = 1, jptra 
    148          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'TRB'//ctrcnm(jn), trb(:,:,:,jn) )  
    149       END DO 
    150  
    151 #if defined key_lobster 
    152       CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'SEDB'//ctrcnm(jpdet), sedpocb(:,:) )  
    153       CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'SEDN'//ctrcnm(jpdet), sedpocn(:,:) )  
    154 #endif 
    155 #if defined key_pisces 
    156       ! 
    157       IF( ln_pisdmp ) CALL pis_dmp_ini  ! relaxation of some tracers 
    158       ! 
    159       IF( iom_varid( numrtr, 'PH', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    160          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'PH' , hi(:,:,:)  ) 
    161       ELSE 
    162          ! Set PH from  total alkalinity, borat (???), akb3 (???) and ak23 (???) 
    163          ! -------------------------------------------------------- 
    164          DO jk = 1, jpk 
    165             DO jj = 1, jpj 
    166                DO ji = 1, jpi 
    167                   ztmas   = tmask(ji,jj,jk) 
    168                   ztmas1  = 1. - tmask(ji,jj,jk) 
    169                   zcaralk = trn(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  ) 
    170                   zco3    = ( zcaralk - trn(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1 
    171                   zbicarb = ( 2. * trn(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk ) 
    172                   hi(ji,jj,jk) = ( ak23(ji,jj,jk) * zbicarb / zco3 ) * ztmas + 1.e-9 * ztmas1 
    173                END DO 
    174             END DO 
    175          END DO 
    176       ENDIF 
    177       CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'Silicalim', xksi(:,:) )  
    178       IF( iom_varid( numrtr, 'Silicamax', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    179          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'Silicamax' , xksimax(:,:)  ) 
    180       ELSE 
    181          xksimax(:,:) = xksi(:,:) 
    182       ENDIF 
    183 #endif 
    184 #if defined key_cfc 
    185       DO jn = jp_cfc0, jp_cfc1 
    186          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'qint_'//ctrcnm(jn), qint_cfc(:,:,jn) )  
    187       END DO 
    188 #endif 
    189 #if defined key_c14b 
    190       CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'qint_'//ctrcnm(jn) , qint_c14(:,:) )  
    191 #endif 
    192 #if defined key_my_trc 
    193 #endif 
    194        
     144         CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'TRN'//ctrcnm(jn), trn(:,:,:,jn) ) 
     145      END DO 
     146 
     147      DO jn = 1, jptra 
     148         CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'TRB'//ctrcnm(jn), trb(:,:,:,jn) ) 
     149      END DO 
     150 
     151      IF( lk_lobster )   CALL trc_rst_read_lobster( numrtr )      ! LOBSTER bio-model 
     152      IF( lk_pisces  )   CALL trc_rst_read_pisces ( numrtr )      ! PISCES  bio-model 
     153      IF( lk_cfc     )   CALL trc_rst_read_cfc    ( numrtr )      ! CFC     tracers 
     154      IF( lk_c14b    )   CALL trc_rst_read_c14b   ( numrtr )      ! C14 bomb  tracer 
     155      IF( lk_my_trc  )   CALL trc_rst_read_my_trc ( numrtr )      ! MY_TRC  tracers 
     156 
    195157      CALL iom_close( numrtr ) 
    196158      ! 
    197159   END SUBROUTINE trc_rst_read 
    198  
    199160 
    200161   SUBROUTINE trc_rst_wri( kt ) 
    … …  
    218179      CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'arak0', zarak0 ) 
    219180 
    220       ! prognostic variables 
    221       ! -------------------- 
     181      ! prognostic variables  
     182      ! --------------------  
    222183      DO jn = 1, jptra 
    223184         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'TRN'//ctrcnm(jn), trn(:,:,:,jn) ) 
    … …  
    228189      END DO 
    229190 
    230 #if defined key_lobster 
    231          CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'SEDB'//ctrcnm(jpdet), sedpocb(:,:) ) 
    232          CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'SEDN'//ctrcnm(jpdet), sedpocn(:,:) ) 
    233 #endif 
    234 #if defined key_pisces  
    235          CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'PH', hi(:,:,:) ) 
    236          CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'Silicalim', xksi(:,:) ) 
    237          CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'Silicamax', xksimax(:,:) ) 
    238 #endif 
    239 #if defined key_cfc 
    240          DO jn = jp_cfc0, jp_cfc1 
    241             CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'qint_'//ctrcnm(jn), qint_cfc(:,:,jn) ) 
    242          END DO 
    243 #endif 
    244 #if defined key_c14b 
    245          CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'qint_'//ctrcnm(jn), qint_c14(:,:) ) 
    246 #endif 
    247 #if defined key_my_trc 
    248 #endif 
    249        
     191      IF( lk_lobster )   CALL trc_rst_wri_lobster( kt, nitrst, numrtw )      ! LOBSTER bio-model 
     192      IF( lk_pisces  )   CALL trc_rst_wri_pisces ( kt, nitrst, numrtw )      ! PISCES  bio-model 
     193      IF( lk_cfc     )   CALL trc_rst_wri_cfc    ( kt, nitrst, numrtw )      ! CFC     tracers 
     194      IF( lk_c14b    )   CALL trc_rst_wri_c14b   ( kt, nitrst, numrtw )      ! C14 bomb  tracer 
     195      IF( lk_my_trc  )   CALL trc_rst_wri_my_trc ( kt, nitrst, numrtw )      ! MY_TRC  tracers 
     196 
    250197      IF( kt == nitrst ) THEN 
    251198          CALL trc_rst_stat            ! statistics 
    … …  
    256203      ENDIF 
    257204      ! 
    258    END SUBROUTINE trc_rst_wri 
     205   END SUBROUTINE trc_rst_wri  
     206 
    259207 
    260208   SUBROUTINE trc_rst_cal( kt, cdrw ) 
    … …  
    347295   END SUBROUTINE trc_rst_cal 
    348296 
    349 # if defined key_pisces  
    350  
    351    SUBROUTINE pis_dmp_ini  
    352       !!---------------------------------------------------------------------- 
    353       !!                    ***  pis_dmp_ini  *** 
    354       !! 
    355       !! ** purpose  : Relaxation of some tracers 
    356       !!---------------------------------------------------------------------- 
    357       INTEGER  :: ji, jj, jk   
    358       REAL(wp) ::  & 
    359          alkmean = 2426. ,  & ! mean value of alkalinity ( Glodap ; for Goyet 2391. ) 
    360          po4mean = 2.165 ,  & ! mean value of phosphates 
    361          no3mean = 30.90 ,  & ! mean value of nitrate 
    362          siomean = 91.51      ! mean value of silicate 
    363        
    364       REAL(wp) ::   zvol, ztrasum 
    365  
    366  
    367       IF(lwp)  WRITE(numout,*) 
    368  
    369       IF( cp_cfg == "orca" .AND. .NOT. lk_trc_c1d ) THEN      ! ORCA condiguration (not 1D) ! 
    370          !                                                    ! --------------------------- ! 
    371          ! set total alkalinity, phosphate, NO3 & silicate 
    372  
    373          ! total alkalinity 
    374          ztrasum = 0.e0              
    375          DO jk = 1, jpk 
    376             DO jj = 1, jpj 
    377                DO ji = 1, jpi 
    378                   zvol = cvol(ji,jj,jk) 
    379 #  if defined key_off_degrad 
    380                   zvol = zvol * facvol(ji,jj,jk) 
    381 #  endif 
    382                   ztrasum = ztrasum + trn(ji,jj,jk,jptal) * zvol 
    383                END DO 
    384             END DO 
    385          END DO 
    386          IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( ztrasum )     ! sum over the global domain   
    387           
    388          ztrasum = ztrasum / areatot * 1.e6 
    389          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       TALK mean : ', ztrasum 
    390          trn(:,:,:,jptal) = trn(:,:,:,jptal) * alkmean / ztrasum 
    391              
    392          ! phosphate 
    393          ztrasum = 0.e0 
    394          DO jk = 1, jpk 
    395             DO jj = 1, jpj 
    396                DO ji = 1, jpi 
    397                   zvol = cvol(ji,jj,jk) 
    398 #  if defined key_off_degrad 
    399                   zvol = zvol * facvol(ji,jj,jk) 
    400 #  endif 
    401                   ztrasum = ztrasum + trn(ji,jj,jk,jppo4) * zvol 
    402                END DO 
    403             END DO 
    404          END DO 
    405          IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( ztrasum )     ! sum over the global domain   
    406           
    407          ztrasum = ztrasum / areatot * 1.e6 / 122. 
    408          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       PO4  mean : ', ztrasum 
    409          trn(:,:,:,jppo4) = trn(:,:,:,jppo4) * po4mean / ztrasum 
    410          
    411          ! Nitrates           
    412          ztrasum = 0.e0 
    413          DO jk = 1, jpk 
    414             DO jj = 1, jpj 
    415                DO ji = 1, jpi 
    416                   zvol = cvol(ji,jj,jk) 
    417 #  if defined key_off_degrad 
    418                   zvol = zvol * facvol(ji,jj,jk) 
    419 #  endif 
    420                   ztrasum = ztrasum + trn(ji,jj,jk,jpno3) * zvol 
    421                END DO 
    422             END DO 
    423          END DO 
    424          IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( ztrasum )     ! sum over the global domain   
    425           
    426          ztrasum = ztrasum / areatot * 1.e6 / 7.6 
    427          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       NO3  mean : ', ztrasum 
    428          trn(:,:,:,jpno3) = trn(:,:,:,jpno3) * no3mean / ztrasum 
    429           
    430          ! Silicate 
    431          ztrasum = 0.e0 
    432          DO jk = 1, jpk 
    433             DO jj = 1, jpj 
    434                DO ji = 1, jpi 
    435                   zvol = cvol(ji,jj,jk) 
    436 #  if defined key_off_degrad 
    437                   zvol = zvol * facvol(ji,jj,jk) 
    438 #  endif 
    439                   ztrasum = ztrasum + trn(ji,jj,jk,jpsil) * zvol 
    440                END DO 
    441             END DO 
    442          END DO 
    443          IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( ztrasum )     ! sum over the global domain   
    444          ztrasum = ztrasum / areatot * 1.e6 
    445          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       SiO3 mean : ', ztrasum 
    446          trn(:,:,:,jpsil) = MIN( 400.e-6,trn(:,:,:,jpsil) * siomean / ztrasum )  
    447          ! 
    448       ENDIF 
    449  
    450 !#if defined key_kriest 
    451 !     !! Initialize number of particles from a standart restart file 
    452 !     !! The name of big organic particles jpgoc has been only change 
    453 !     !! and replace by jpnum but the values here are concentration 
    454 !     trn(:,:,:,jppoc) = trn(:,:,:,jppoc) + trn(:,:,:,jpnum) 
    455 !     trn(:,:,:,jpnum) = trn(:,:,:,jppoc) / ( 6. * xkr_massp ) 
    456 !#endif 
    457  
    458    END SUBROUTINE pis_dmp_ini 
    459  
    460 #endif 
    461       !!---------------------------------------------------------------------- 
    462297 
    463298   SUBROUTINE trc_rst_stat 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.