New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 2032 – NEMO

Changeset 2032


Ignore:
Timestamp:
2010-07-29T15:06:00+02:00 (14 years ago)
Author:
cetlod
Message:

update namelists to take into accoutn the merge of both active and passive tracers transport, see ticket:693

Location:
branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG
Files:
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/GYRE/EXP00/iodef.xml

    r1772 r2032  
    136136   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    137137   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    138    <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
     138   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
    139139   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    140140   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    … …  
    153153   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    154154   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    155    <!-- voce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
     155   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
    156156   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    157157   <!-- variables available with key_diaar5 --> 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/GYRE/EXP00/namelist

    r2000 r2032  
    338338!!   nambfr        bottom friction 
    339339!!   nambbc        bottom temperature boundary condition                ("key_trabbc") 
    340 !!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl_dif","key_trabbl_adv") 
     340!!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl") 
    341341!!====================================================================== 
    342342 
    … …  
    363363&nambbl        !   bottom boundary layer scheme 
    364364!----------------------------------------------------------------------- 
    365 !                          !  diffusive bbl                             ("key_trabbl") 
    366 !                          !  advective bbl                             ("key_trabbl_adv") 
    367    rn_ahtbbl   =  10000.   !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     365   nn_bbl_ldf  =  1      !  diffusive bbl (=1)   or not (=0) 
     366   nn_bbl_adv  =  0      !  advective bbl (=1/2) or not (=0) 
     367   rn_ahtbbl   =  1000.  !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     368   rn_gambbl   =  10.    !  advective bbl coefficient                 [s] 
    368369/ 
    369370!!====================================================================== 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/namelist

    r2000 r2032  
    338338!!   nambfr        bottom friction 
    339339!!   nambbc        bottom temperature boundary condition                ("key_trabbc") 
    340 !!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl_dif","key_trabbl_adv") 
     340!!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl") 
    341341!!====================================================================== 
    342342 
    … …  
    361361/ 
    362362!----------------------------------------------------------------------- 
    363 &nambbl        !   bottom boundary layer scheme 
    364 !----------------------------------------------------------------------- 
    365 !                          !  diffusive bbl                             ("key_trabbl") 
    366 !                          !  advective bbl                             ("key_trabbl_adv") 
    367    rn_ahtbbl   =  10000.   !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     363&nambbl        !   bottom boundary layer scheme                     
     364!----------------------------------------------------------------------- 
     365   nn_bbl_ldf  =  1      !  diffusive bbl (=1)   or not (=0) 
     366   nn_bbl_adv  =  0      !  advective bbl (=1/2) or not (=0) 
     367   rn_ahtbbl   =  1000.  !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     368   rn_gambbl   =  10.    !  advective bbl coefficient                 [s] 
    368369/ 
    369370!!====================================================================== 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/namelist_top

    r1578 r2032  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/TOP1 :  1 - tracer definition                     (namtoptrc) 
    3 !! namelists    2 - dynamical tracer trends               (namtoptrd) 
    4 !!              6 - tracer advection                      (namtopadv) 
    5 !!              7 - tracer bottom boundary                (namtopbbl) 
    6 !!              8 - tracer lateral diffusion              (namtopldf) 
    7 !!              3 - tracer vertical physics               (namtopzdf) 
    8 !!              9 - tracer newtonian damping              (namtopdmp) 
     2!! NEMO/TOP1 :  1 - tracer definition                     (namtrc    ) 
     3!! namelists    2 - dynamical tracer trends               (namtrc_trd) 
     4!!              3 - tracer advection                      (namtrc_adv) 
     5!!              4 - tracer lateral diffusion              (namtrc_ldf) 
     6!!              5 - tracer vertical physics               (namtrc_zdf) 
     7!!              6 - tracer newtonian damping              (namtrc_dmp) 
    98!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    109!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    11 &namtoptrc     !   tracers definition 
     10&namtrc     !   tracers definition 
    1211!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    13    ndttrc      =  1        !  time step frequency for passive tracers       
    14    nwritetrc   = 360       !  time step frequency for tracer outputs 
    15    ln_rsttr    = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    16    nrsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
     12   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers 
     13   nn_writetrc   =  360      !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     14   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
     15   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    1716                           !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    1817                           !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    19    cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. tracer restart name (input) 
    20    cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. tracer restart name (output) 
     18   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
     19   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    2120! 
    2221!              ! name  !     title of the field       !   units       ! initial data ! save   ! 
    2322!              !       !                              !               ! from file    ! or not !  
    2423!              !       !                              !               ! or not       !        ! 
    25    tracer(1)   = 'DET' , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    26    tracer(2)   = 'ZOO' , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    27    tracer(3)   = 'PHY' , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    28    tracer(4)   = 'NO3' , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    29    tracer(5)   = 'NH4' , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    30    tracer(6)   = 'DOM' , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     24   sn_tracer(1)   = 'DET' , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     25   sn_tracer(2)   = 'ZOO' , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     26   sn_tracer(3)   = 'PHY' , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     27   sn_tracer(4)   = 'NO3' , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     28   sn_tracer(5)   = 'NH4' , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     29   sn_tracer(6)   = 'DOM' , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    3130/ 
    3231!----------------------------------------------------------------------- 
    33 &namtopadv    !   advection scheme for passive tracer  
     32&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer 
    3433!----------------------------------------------------------------------- 
    35    ln_trcadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme    
    36    ln_trcadv_tvd    =  .true.  !  TVD scheme    
    37    ln_trcadv_muscl  =  .false.   !  MUSCL scheme 
     34   ln_trcadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme 
     35   ln_trcadv_tvd    =  .true.   !  TVD scheme 
     36   ln_trcadv_muscl  =  .false.  !  MUSCL scheme 
    3837   ln_trcadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries 
    39    ln_trcadv_smolar =  .false.  !  SMOLAR scheme 
    40    rsc              =  1.       !  tuning coefficient for Smolar. scheme  
    41    ncortrc          =  1        !  number of corrective phases for Smolar. scheme  
    42    crosster         =  .false.  !  computes Smolar crossterms (T) or not (F) 
     38   ln_trcadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme 
     39   ln_trcadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
    4340/ 
    4441!----------------------------------------------------------------------- 
    45 &namtopbbl    !   bottom boundary layer scheme for passive tracer  
    46 !----------------------------------------------------------------------- 
    47    atrcbbl          = 1000.     !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
    48 / 
    49 !----------------------------------------------------------------------- 
    50 &namtopldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
     42&namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
    5143!----------------------------------------------------------------------- 
    5244   ln_trcldf_diff   =  .true.   !  performs lateral diffusion (T) or not (F) 
    … …  
    5951   ln_trcldf_iso    =  .true.   !     iso-neutral                       (require "key_ldfslp") 
    6052!                               !  Coefficient 
    61    ahtrc0      =   300.         !     horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    6253   ahtrb0      =     0.         !     background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    63    aeivtr0     =  1000.         !     eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_trcldf_eiv") 
    64    trcrat      =  1.            !  ratio betweeen passive and active tracer diffusion coeff 
    6554/ 
    6655!----------------------------------------------------------------------- 
    67 &namtopzdf        !   vertical physics 
     56&namtrc_zdf        !   vertical physics 
    6857!----------------------------------------------------------------------- 
    6958   ln_trczdf_exp   =  .false.  !  split explicit (T) or implicit (F) time stepping 
    70    n_trczdf_exp    =   3       !  number of sub-timestep for ln_trczdfexp=T 
     59   nn_trczdf_exp   =   3       !  number of sub-timestep for ln_trczdfexp=T 
    7160/ 
    7261!----------------------------------------------------------------------- 
    73 &namtoprad        !  treatment of negative concentrations  
     62&namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations 
    7463!----------------------------------------------------------------------- 
    75    ln_trcrad   =  .true.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
     64   ln_trcrad   =  .false.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
    7665/ 
    7766!----------------------------------------------------------------------- 
    78 &namtopdmp        !   passive tracer newtonian damping                 ('key_trcdmp') 
     67&namtrc_dmp    !   passive tracer newtonian damping    ('key_tradmp && key_trcdmp') 
    7968!----------------------------------------------------------------------- 
    80    ndmptr      =   20      !  type of damping in passive tracers 
    81                            !     ='latitude', damping poleward of 'ndmp' degrees and function  
    82                            !                  of the distance-to-coast. Red and Med Seas as ndmptr=-1 
    83                            !     =-1 damping only in Med and Red Seas 
    84    ndmpftr     =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
    85    nmldmptr    =    1      !  type of damping: =0 damping throughout the water column 
    86                            !                   =1 no damping in the mixed layer defined by avt >5cm2/s ) 
    87                            !                   =2 no damping in the mixed layer defined rho<rho(surf)+.01 ) 
    88    sdmptr      =   50.     !  surface time scale for internal damping (days) 
    89    bdmptr      =  360.     !  bottom  time scale for internal damping (days) 
    90    hdmptr      =  800.     !  depth of transition between sdmptr and bdmptr (meters) 
     69   nn_hdmp_tr  =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
     70                           !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 
     71                           !                      + F(distance-to-coast) + Red and Med Seas 
     72   nn_zdmp_tr  =    1      !  vertical   shape =0    damping throughout the water column 
     73                           !                   =1 no damping in the mixing layer (kz  criteria) 
     74                           !                   =2 no damping in the mixed  layer (rho crieria) 
     75   rn_surf_tr  =   50.     !  surface time scale of damping   [days] 
     76   rn_bot_tr   =  360.     !  bottom  time scale of damping   [days] 
     77   rn_dep_tr   =  800.     !  depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
     78   nn_file_tr  =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
    9179/ 
    9280!----------------------------------------------------------------------- 
    93 &namtoptrd       !   diagnostics on tracer trends 
     81&namtrc_trd       !   diagnostics on tracer trends        ('key_trdtrc') 
    9482!                          or mixed-layer trends          ('key_trdmld_trc') 
    9583!---------------------------------------------------------------------- 
    96    ntrd_trc   =  360      !  time step frequency and tracers trends 
    97    nctls_trc  =   0       !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    98    ucf_trc    =  86400    !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
     84   nn_trd_trc   =  360      !  time step frequency and tracers trends 
     85   nn_ctls_trc  =   0       !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
     86   rn_ucf_trc   =  86400    !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
    9987   ln_trdmld_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
    10088   ln_trdmld_trc_instant = .false.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
    101    luttrd(1)  =   .true. 
    102    luttrd(2)  =   .true. 
    103    luttrd(3)  =   .true. 
    104    luttrd(4)  =   .true. 
    105    luttrd(5)  =   .true. 
    106    luttrd(6)  =   .true. 
     89   ln_trdtrc(1)  =   .true. 
     90   ln_trdtrc(2)  =   .true. 
     91   ln_trdtrc(3)  =   .true. 
     92   ln_trdtrc(4)  =   .true. 
     93   ln_trdtrc(5)  =   .true. 
     94   ln_trdtrc(6)  =   .true. 
    10795/ 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/GYRE_LOBSTER/scripts/BB_make.ldef

    r1953 r2032  
    3030#  Keys have to be written on one single line (does NOT accept "\") 
    3131 
    32 P_P = key_zco key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_top key_lobster key_trc_diaadd key_trc_dia3d key_iomput 
     32P_P = key_zco key_gyre key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_top key_lobster key_diatrc key_iomput 
    3333 
    3434#- 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/1_namelist

    r1976 r2032  
    333333!!   nambfr        bottom friction 
    334334!!   nambbc        bottom temperature boundary condition                ("key_trabbc") 
    335 !!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl_dif","key_trabbl_adv") 
     335!!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl") 
    336336!!====================================================================== 
    337337 
    … …  
    358358&nambbl        !   bottom boundary layer scheme 
    359359!----------------------------------------------------------------------- 
    360 !                          !  diffusive bbl                             ("key_trabbl") 
    361 !                          !  advective bbl                             ("key_trabbl_adv") 
    362    rn_ahtbbl   =  10000.   !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     360   nn_bbl_ldf  =  1      !  diffusive bbl (=1)   or not (=0) 
     361   nn_bbl_adv  =  0      !  advective bbl (=1/2) or not (=0) 
     362   rn_ahtbbl   =  1000.  !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     363   rn_gambbl   =  10.    !  advective bbl coefficient                 [s] 
    363364/ 
    364365!!====================================================================== 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r1953 r2032  
    136136   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    137137   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    138    <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    139    <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     138   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
     139   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
    140140   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    141141   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    … …  
    153153   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    154154   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    155    <!-- voce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    156    <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     155   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
     156   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
    157157   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    158158   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_ar5.xml

    r1772 r2032  
    136136   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    137137   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    138    <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    139    <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     138   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
     139   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
    140140   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    141141   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    … …  
    153153   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    154154   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    155    <!-- voce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    156    <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     155   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
     156   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
    157157   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    158158   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/namelist

    r2000 r2032  
    383383!!   nambfr        bottom friction 
    384384!!   nambbc        bottom temperature boundary condition                ("key_trabbc") 
    385 !!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl_dif","key_trabbl_adv") 
     385!!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl") 
    386386!!====================================================================== 
    387387 
    … …  
    408408&nambbl        !   bottom boundary layer scheme 
    409409!----------------------------------------------------------------------- 
    410 !                          !  diffusive bbl                             ("key_trabbl") 
    411 !                          !  advective bbl                             ("key_trabbl_adv") 
    412    rn_ahtbbl   =  10000.   !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     410   nn_bbl_ldf  =  1      !  diffusive bbl (=1)   or not (=0) 
     411   nn_bbl_adv  =  0      !  advective bbl (=1/2) or not (=0) 
     412   rn_ahtbbl   =  1000.  !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     413   rn_gambbl   =  10.    !  advective bbl coefficient                 [s] 
    413414/ 
    414415!!====================================================================== 
    … …  
    439440   ln_traadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries   
    440441   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    441    !ln_traadv_ppm    =  .true.  !  UBS scheme                  
     442   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUCIKEST scheme                  
    442443/ 
    443444!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM/scripts/BB_make.ldef

    r1953 r2032  
    3030#  Keys have to be written on one single line (does NOT accept "\") 
    3131 
    32 P_P = key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_dtatem key_dtasal key_tradmp key_trabbc key_zdftke key_zdfddm key_diahth key_iomput 
     32P_P = key_trabbl key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_dtatem key_dtasal key_tradmp key_trabbc key_zdftke key_zdfddm key_diahth key_iomput 
    3333 
    3434#- 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r1970 r2032  
    136136   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    137137   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    138    <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    139    <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     138   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
     139   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
    140140   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    141141   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
    … …  
    153153   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    154154   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    155    <!-- voce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    156    <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     155   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
     156   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
    157157   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    158158   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist

    r2000 r2032  
    365365!!   nambfr        bottom friction 
    366366!!   nambbc        bottom temperature boundary condition                ("key_trabbc") 
    367 !!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl_dif","key_trabbl_adv") 
     367!!   nambbl        bottom boundary layer scheme                         ("key_trabbl") 
    368368!!====================================================================== 
    369369 
    … …  
    390390&nambbl        !   bottom boundary layer scheme 
    391391!----------------------------------------------------------------------- 
    392 !                          !  diffusive bbl                             ("key_trabbl") 
    393 !                          !  advective bbl                             ("key_trabbl_adv") 
    394    rn_ahtbbl   =  10000.   !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     392   nn_bbl_ldf  =  1      !  diffusive bbl (=1)   or not (=0) 
     393   nn_bbl_adv  =  0      !  advective bbl (=1/2) or not (=0) 
     394   rn_ahtbbl   =  1000.  !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
     395   rn_gambbl   =  10.    !  advective bbl coefficient                 [s] 
    395396/ 
    396397!!====================================================================== 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top

    r1646 r2032  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/TOP1 :  1 - tracer definition                     (namtoptrc) 
    3 !! namelists    2 - dynamical tracer trends               (namtoptrd) 
    4 !!              6 - tracer advection                      (namtopadv) 
    5 !!              7 - tracer bottom boundary                (namtopbbl) 
    6 !!              8 - tracer lateral diffusion              (namtopldf) 
    7 !!              3 - tracer vertical physics               (namtopzdf) 
    8 !!              9 - tracer newtonian damping              (namtopdmp) 
     2!! NEMO/TOP1 :  1 - tracer definition                     (namtrc    ) 
     3!! namelists    2 - dynamical tracer trends               (namtrc_trd) 
     4!!              3 - tracer advection                      (namtrc_adv) 
     5!!              4 - tracer lateral diffusion              (namtrc_ldf) 
     6!!              5 - tracer vertical physics               (namtrc_zdf) 
     7!!              6 - tracer newtonian damping              (namtrc_dmp) 
    98!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    109!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    11 &namtoptrc     !   tracers definition 
     10&namtrc     !   tracers definition 
    1211!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    13    ndttrc      =  1        !  time step frequency for passive tracers       
    14    nwritetrc   =  5475     !  time step frequency for tracer outputs 
    15    ln_rsttr    = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    16    nrsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
     12   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers       
     13   nn_writetrc   =  5475     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     14   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
     15   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    1716                           !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    1817                           !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    19    cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. tracer restart name (input) 
    20    cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. tracer restart name (output) 
     18   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
     19   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    2120! 
    2221!              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
    2322!              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
    2423!              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
    25    tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    26    tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
    27    tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    28    tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    29    tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    30    tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    31    tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    32    tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    33    tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    34    tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    35    tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    36    tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    37    tracer(13)  = 'BSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    38    tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    39    tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    40    tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    41    tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    42    tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    43    tracer(19)  = 'DSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    44    tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    45    tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    46    tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    47    tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    48    tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     24   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     25   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
     26   sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     27   sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     28   sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     29   sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     30   sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     31   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     32   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     33   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     34   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     35   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     36   sn_tracer(13)  = 'BSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     37   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     38   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     39   sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     40   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     41   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     42   sn_tracer(19)  = 'DSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     43   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     44   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     45   sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     46   sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
     47   sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    4948/ 
    5049!----------------------------------------------------------------------- 
    51 &namtopadv    !   advection scheme for passive tracer  
     50&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    5251!----------------------------------------------------------------------- 
    5352   ln_trcadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme    
    54    ln_trcadv_tvd    =  .false.  !  TVD scheme    
     53   ln_trcadv_tvd    =  .false.  !  TVD scheme 
    5554   ln_trcadv_muscl  =  .true.   !  MUSCL scheme 
    5655   ln_trcadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries 
    57    ln_trcadv_smolar =  .false.  !  SMOLAR scheme 
    58    rsc              =  1.       !  tuning coefficient for Smol-Car. scheme  
    59    ncortrc          =  1        !  number of corrective phases for Smol-Car. scheme  
    60    crosster         =  .false.  !  computes Smol-Car crossterms (T) or not (F) 
     56   ln_trcadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme 
     57   ln_trcadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
    6158/ 
    6259!----------------------------------------------------------------------- 
    63 &namtopbbl    !   bottom boundary layer scheme for passive tracer  
    64 !----------------------------------------------------------------------- 
    65    atrcbbl          = 1000.     !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
    66 / 
    67 !----------------------------------------------------------------------- 
    68 &namtopldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
     60&namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
    6961!----------------------------------------------------------------------- 
    7062   ln_trcldf_diff   =  .true.   !  performs lateral diffusion (T) or not (F) 
    … …  
    7769   ln_trcldf_iso    =  .true.   !     iso-neutral                       (require "key_ldfslp") 
    7870!                               !  Coefficient 
    79    ahtrc0      =  2000.         !     horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    80    ahtrb0      =     0.         !     background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    81    aeivtr0     =  2000.         !     eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_trcldf_eiv") 
    82    trcrat      =  1.            !  ratio betweeen passive and active tracer diffusion coeff 
     71   rn_ahtrb_0       =     0.    !     background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    8372/ 
    8473!----------------------------------------------------------------------- 
    85 &namtopzdf        !   vertical physics 
     74&namtrc_zdf        !   vertical physics 
    8675!----------------------------------------------------------------------- 
    8776   ln_trczdf_exp   =  .false.  !  split explicit (T) or implicit (F) time stepping 
    88    n_trczdf_exp    =   3       !  number of sub-timestep for ln_trczdfexp=T 
     77   nn_trczdf_exp   =   3       !  number of sub-timestep for ln_trczdfexp=T 
    8978/ 
    9079!----------------------------------------------------------------------- 
    91 &namtoprad        !  treatment of negative concentrations  
     80&namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations  
    9281!----------------------------------------------------------------------- 
    9382   ln_trcrad   =  .true.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
    9483/ 
    9584!----------------------------------------------------------------------- 
    96 &namtopdmp        !   passive tracer newtonian damping                 ('key_trcdmp') 
     85&namtrc_dmp    !   passive tracer newtonian damping    ('key_tradmp && key_trcdmp') 
    9786!----------------------------------------------------------------------- 
    98    ndmptr      =   20      !  type of damping in passive tracers 
    99                            !     ='latitude', damping poleward of 'ndmp' degrees and function  
    100                            !                  of the distance-to-coast. Red and Med Seas as ndmptr=-1 
    101                            !     =-1 damping only in Med and Red Seas 
    102    ndmpftr     =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
    103    nmldmptr    =    1      !  type of damping: =0 damping throughout the water column 
    104                            !                   =1 no damping in the mixed layer defined by avt >5cm2/s ) 
    105                            !                   =2 no damping in the mixed layer defined rho<rho(surf)+.01 ) 
    106    sdmptr      =   50.     !  surface time scale for internal damping (days) 
    107    bdmptr      =  360.     !  bottom  time scale for internal damping (days) 
    108    hdmptr      =  800.     !  depth of transition between sdmptr and bdmptr (meters) 
     87   nn_hdmp_tr  =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
     88                           !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 
     89                           !                      + F(distance-to-coast) + Red and Med Seas 
     90   nn_zdmp_tr  =    1      !  vertical   shape =0    damping throughout the water column 
     91                           !                   =1 no damping in the mixing layer (kz  criteria) 
     92                           !                   =2 no damping in the mixed  layer (rho crieria) 
     93   rn_surf_tr  =   50.     !  surface time scale of damping   [days] 
     94   rn_bot_tr   =  360.     !  bottom  time scale of damping   [days] 
     95   rn_dep_tr   =  800.     !  depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
     96   nn_file_tr  =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
    10997/ 
    11098!----------------------------------------------------------------------- 
    111 &namtoptrd       !   diagnostics on tracer trends 
     99&namtrc_trd       !   diagnostics on tracer trends        ('key_trdtrc') 
    112100!                          or mixed-layer trends          ('key_trdmld_trc') 
    113101!---------------------------------------------------------------------- 
    114    ntrd_trc   =  5475      !  time step frequency and tracers trends 
    115    nctls_trc =   0        !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    116    ucf_trc    =   1        !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
     102   nn_trd_trc  =  5475      !  time step frequency and tracers trends 
     103   nn_ctls_trc =   0        !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
     104   rn_ucf_trc  =   1        !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
    117105   ln_trdmld_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
    118106   ln_trdmld_trc_instant = .true.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
    119    luttrd(1)  =   .true. 
    120    luttrd(2)  =   .true. 
    121    luttrd(3)  =   .false. 
    122    luttrd(4)  =   .false. 
    123    luttrd(5)  =   .false. 
    124    luttrd(6)  =   .false. 
    125    luttrd(7)  =   .false. 
    126    luttrd(8)  =   .false. 
    127    luttrd(9)  =   .false. 
    128    luttrd(10) =   .false. 
    129    luttrd(11) =   .false. 
    130    luttrd(12) =   .false. 
    131    luttrd(13) =   .false. 
    132    luttrd(14) =   .false. 
    133    luttrd(15) =   .false. 
    134    luttrd(16) =   .false. 
    135    luttrd(17) =   .false. 
    136    luttrd(18) =   .false. 
    137    luttrd(19) =   .false. 
    138    luttrd(20) =   .false. 
    139    luttrd(21) =   .false. 
    140    luttrd(22) =   .false. 
    141    luttrd(23) =   .true. 
    142    luttrd(24) =   .false. 
     107   ln_trdtrc(1)  =   .true. 
     108   ln_trdtrc(2)  =   .true. 
     109   ln_trdtrc(3)  =   .false. 
     110   ln_trdtrc(4)  =   .false. 
     111   ln_trdtrc(5)  =   .false. 
     112   ln_trdtrc(6)  =   .false. 
     113   ln_trdtrc(7)  =   .false. 
     114   ln_trdtrc(8)  =   .false. 
     115   ln_trdtrc(9)  =   .false. 
     116   ln_trdtrc(10) =   .false. 
     117   ln_trdtrc(11) =   .false. 
     118   ln_trdtrc(12) =   .false. 
     119   ln_trdtrc(13) =   .false. 
     120   ln_trdtrc(14) =   .false. 
     121   ln_trdtrc(15) =   .false. 
     122   ln_trdtrc(16) =   .false. 
     123   ln_trdtrc(17) =   .false. 
     124   ln_trdtrc(18) =   .false. 
     125   ln_trdtrc(19) =   .false. 
     126   ln_trdtrc(20) =   .false. 
     127   ln_trdtrc(21) =   .false. 
     128   ln_trdtrc(22) =   .false. 
     129   ln_trdtrc(23) =   .true. 
     130   ln_trdtrc(24) =   .false. 
    143131/ 

  • branches/DEV_r2006_merge_TRA_TRC/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/scripts/BB_make.ldef

    r1953 r2032  
    3030#  Keys have to be written on one single line (does NOT accept "\") 
    3131 
    32 P_P = key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_dtatem key_dtasal key_tradmp key_trabbc key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_dtatrc key_trcbbl_dif key_trcldf_eiv key_trc_zdfddm key_trc_diaadd key_trc_dia3d key_iomput  
     32P_P = key_trabbl key_vectopt_loop key_vectopt_memory key_orca_r2 key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_dtatem key_dtasal key_tradmp key_trabbc key_zdftke key_zdfddm key_top key_pisces key_dtatrc key_trc_zdfddm key_diatrc key_iomput  
    3333 
    3434#- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.