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branch:2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB update namelists according to new developments in PISCES, see ticket #972

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    r3295 r3463  
    221221     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    222222       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    223        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     223       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    224224       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    225225       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     
    240240       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    241241       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    242        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
    243        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     242       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
     243       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    244244       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    245245       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     
    249249 
    250250     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    251        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    252        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    263        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    264        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    265        <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    266        <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    267        <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    268        <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    269        <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    270        <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    271        <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    272        <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    273        <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    274        <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    275        <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    276        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    277        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    278        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    279        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
    280        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    281        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    282        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
    283        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
    284        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
    285        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    286        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    287        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
     251       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     252       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     253       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     254       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     279       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     280       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     281       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     282       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     283       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     284       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     285       <field id="TL2"         description="Total L2 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     286       <field id="pdust"       description="dust concentration"                      unit="g/L"                          /> 
     287       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     288       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     289       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    /> 
     290       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   /> 
     291       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   /> 
     292       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                     /> 
     293       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"        unit="mol/m2/s"                     /> 
     294       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"             unit="mol/m2/s"                     /> 
     295       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     296       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                unit="mol/m2/s"                     /> 
     297       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                             unit="mol/m2/s"                     /> 
     298       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                            unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     299       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                               unit="uatm"                         /> 
     300       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                unit="uatm"                         /> 
     301       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
     302       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     303       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    288304     </group> 
    289305        
     
    507523          <field ref="CO3"      /> 
    508524          <field ref="CO3sat"   /> 
    509           <field ref="PAR"      /> 
     525          <field ref="PAR"   /> 
    510526          <field ref="PPPHY"    /> 
    511527          <field ref="PPPHY2"   /> 
     
    515531          <field ref="PFeN"     /> 
    516532          <field ref="PFeD"     /> 
     533          <field ref="xfracal"  /> 
    517534          <field ref="PCAL"     /> 
    518535          <field ref="DCAL"     /> 
    519           <field ref="GRAZ"     /> 
    520           <field ref="Mumax"    /> 
    521           <field ref="MuN"      /> 
    522           <field ref="MuD"      /> 
    523           <field ref="MuNlight" /> 
    524           <field ref="MuDlight" /> 
    525           <field ref="LNnut"    /> 
    526           <field ref="LDnut"    /> 
    527           <field ref="LNFe"     /> 
    528           <field ref="LDFe"     /> 
    529           <field ref="LNlight"  /> 
    530           <field ref="LDlight"  /> 
     536          <field ref="GRAZ1"     /> 
     537          <field ref="GRAZ2"     /> 
    531538          <field ref="EPC100"   /> 
    532539          <field ref="EPFE100"  /> 
     
    540547          <field ref="Heup"     /> 
    541548          <field ref="Irondep"  /> 
     549          <field ref="Ironsed"  /> 
     550          <field ref="Ironice"  /> 
    542551          <field ref="Nfix"     /> 
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     554          <field ref="LNnut"      /> 
     555          <field ref="LDnut"      /> 
     556          <field ref="LNFe"      /> 
     557          <field ref="LDFe"      /> 
     558          <field ref="LNlight"      /> 
     559          <field ref="LDlight"      /> 
     560          <field ref="pdust"      /> 
     561          <field ref="Fe2"      /> 
     562          <field ref="Fe3"      /> 
     563          <field ref="FeL1"      /> 
     564          <field ref="FeL2"      /> 
     565          <field ref="FeP"      /> 
     566          <field ref="TL1"      /> 
     567          <field ref="TL2"      /> 
     568          <field ref="Sdenit"      /> 
     569          <field ref="Totlig" /> 
    543570       </file> 
    544571 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3418 r3463  
    4040   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    4141   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     42   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
     43   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    4244/ 
    4345!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    4446&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    4547!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    46    conc0      =  1.e-6    ! Phosphate half saturation 
    47    conc1      =  8E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
    48    conc2      =  1E-9     ! Iron half saturation for phyto 
    49    conc2m     =  3E-9     ! Max iron half saturation for phyto 
    50    conc3      =  3E-9     ! Iron half saturation for diatoms 
    51    conc3m     =  8E-9     ! Maxi iron half saturation for diatoms 
     48   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     49   concdno3   =  3.E-6   ! Phosphate half saturation for diatoms 
     50   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     51   concdnh4   =  3.E-7   ! NH4 half saturation for diatoms 
     52   concnfer   =  1.E-9     ! Iron half saturation for phyto 
     53   concdfer   =  3.E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     54   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     55   concbnh4   =  2.5E-8   ! NH4 half saturation for phyto 
     56   concbno3   =  2.5E-7   ! Phosphate half saturation for diatoms 
    5257   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
    5358   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
    54    concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
    55    concdnh4   =  8.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms 
     59   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     60   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms 
    5661   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
    57    xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     62   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
    5863   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
    59    concfebac  =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
    6064   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto 
    6165   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    62    caco3r     =  0.16     ! mean rain ratio 
    63 / 
     66   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
     67/ 
     68!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     69&nampisopt     !   parameters for optics 
     70!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     71!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     72!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     73   sn_par     = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     74   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     75   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable 
     76   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
     77/  
    6478!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    6579&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
     
    6983   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    7084   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    71    ln_newprod =  .true.  ! Enable new parame. of production (T/F)  
     85   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    7286   bresp      =  0.00333  ! Basal respiration rate 
    7387   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton 
    7488   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms 
    75    chlcmin    =  0.0033   ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
     89   chlcmin    =  0.004    ! Maximum Chl/c in phytoplankton 
    7690   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton 
    7791   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms 
    78    grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio 
     92   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    7993/ 
    8094!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    8195&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    8296!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton 
    84    wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     97   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     98   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     99   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    85100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    86101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
     
    90105&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    91106!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    92    part2      =  0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    93    grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate 
     107   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     108   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    94109   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
    95110   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate 
     
    102117   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton  
    103118   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton  
    104    xthresh2   =  2E-7    ! Food threshold for grazing 
     119   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
    105120   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
    106121   epsher2    =  0.3      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     
    115130   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    116131   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    117    mzrat      =  0.001    ! zooplankton mortality rate 
     132   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate 
    118133   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
    119134   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     
    122137   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton  
    123138   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton  
    124    xthresh    =  2.E-7    ! Food threshold for feeding 
     139   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
    125140   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
    126141   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth 
     
    129144/ 
    130145!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     146&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     147!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     148   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
     149   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
     150   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     151   xlamdust  =  100.0     ! Scavenging rate of dust 
     152   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
     153 
     154!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    131155&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    132156!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    133    xremik    =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     157   xremik    =  0.35      ! remineralization rate of DOC 
    134158   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    135159   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    136160   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    137    xsiremlab =  0.025     ! fast remineralization rate of Si 
    138    xsilab    =  0.31      ! Fraction of labile biogenic silica 
    139    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
     161   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
     162   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    140163   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    141    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration 
    142164/ 
    143165!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    148170/ 
    149171!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    150 &nampissed     !   parameters for inputs deposition 
     172&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    151173!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    152174!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
    153175!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    154176   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    155    sn_riverdic = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdic' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    156    sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdoc' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     177   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     178   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     179   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     180   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     181   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     182   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     183   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     184   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi' ,  .true.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    157185   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    158186   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     187   sn_hydrofe  = 'hydrofe'         ,    -12            , 'epsdb'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    159188! 
    160189   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
    161190   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere 
    162    ln_river    =  .false.   ! boolean for river input of nutrients 
     191   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron 
     192   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients 
    163193   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N 
    164194   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments 
     195   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice 
     196   ln_hydrofe  =  .false.   ! boolean for from hydrothermal vents 
    165197   sedfeinput  =  1E-9     ! Coastal release of Iron 
    166198   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    167    wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed 
     199   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
     200   icefeinput  =  10E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    168201   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    169202   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
    170203   concfediaz  =  1.E-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
     204   hratio      =  9.E-5    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    171205/ 
    172206!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    175209   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    176210   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
     211   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    177212   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    178213   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3447 r3463  
    1919     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    2020       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    21        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     21       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    2222       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    2323       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     
    3838       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    3939       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    40        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
    41        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     40       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
     41       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    4242       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    4343       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     
    4747 
    4848     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    49        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    50        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    51        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    52        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    53        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    54        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    55        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    56        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    57        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    58        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    59        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    60        <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    61        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    62        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    63        <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    64        <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    65        <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    66        <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    67        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    68        <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    69        <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    70        <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    71        <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    72        <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    73        <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    74        <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    75        <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    76        <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    77        <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    78        <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    79        <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    80        <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    81        <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    82        <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    83        <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    84        <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
    85        <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    86        <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    87        <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
    88        <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
    89        <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
    90        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    91        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    92        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
    93        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    94        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    95        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
    96        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
    97        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
    98        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    99        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    100        <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    101        <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
     49       <field id="PH"          description="PH"                                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     50       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                            unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     51       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                          unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     52       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     53       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     54       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     55       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     56       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     57       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"        unit="molSi/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     58       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"         unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     59       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     60       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     61       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                      unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     62       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     63       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     64       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     65       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     66       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     67       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                       unit="molN/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     68       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     69       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     70       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     71       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     72       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     73       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     74       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     75       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     76       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     77       <field id="Fe2"         description="Iron II concentration"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     78       <field id="Fe3"         description="Iron III concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     79       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     80       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"    unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     81       <field id="FeP"         description="Precipitated Iron III"                   unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     82       <field id="TL1"         description="Total L1 concentration"                  unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
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     85       <field id="Totlig"      description="Total ligand concentation"               unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     86       <field id="Biron"       description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"     axis_ref="deptht" /> 
     87       <field id="Sdenit"      description="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                    /> 
     88       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="molFe/m2/s"                   /> 
     89       <field id="HYDR"        description="Iron input from hydrothemal vents"       unit="molFe/m2/s"                   /> 
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     99       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
     100       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     101       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    102102     </group>          
    103103 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.