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branch:2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB update sette scripts according to new developments in PISCES, see ticket #972

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    241  
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     217       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     218       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     219       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     220       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
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     224       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
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     234       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    242235     </group> 
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    245238 
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    248        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    249        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    250        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
     240       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     241       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     242       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     243       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    251244       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    252245       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    253246       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    254247       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     248       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     249       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     250       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     251       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
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    260        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"       /> 
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    270        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
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    272        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"      /> 
    273        <field id="FNO3PHY"     description="FNO3PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    274        <field id="FNH4PHY"     description="FNH4PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    275        <field id="FNH4NO3"     description="FNH4NO3"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    276        <field id="TNO3PHY"     description="TNO3PHY"                                  unit="-"  />  
    277        <field id="TNH4PHY"     description="TNH4PHY"                                  unit="-"  />  
    278        <field id="TPHYDOM"     description="TPHYDOM"                                  unit="-"  />  
    279        <field id="TPHYNH4"     description="TPHYNH4"                                  unit="-"  />  
    280        <field id="TPHYZOO"     description="TPHYZOO"                                  unit="-"  />  
    281        <field id="TPHYDET"     description="TPHYDET"                                  unit="-"  />  
    282        <field id="TDETZOO"     description="TDETZOO"                                  unit="-"  />  
    283        <field id="TDETSED"     description="TDETSED"                                  unit="-"  />  
    284        <field id="TZOODET"     description="TZOODET"                                  unit="-"  />  
    285        <field id="TZOOBOD"     description="TZOOBOD"                                  unit="-"  />  
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    288        <field id="TNH4NO3"     description="TNH4NO3"                                  unit="-"  />  
    289        <field id="TDOMNH4"     description="TDOMNH4"                                  unit="-"  />  
    290        <field id="TDETNH4"     description="TDETNH4"                                  unit="-"  />  
    291        <field id="TPHYTOT"     description="TPHYTOT"                                  unit="-"  />  
    292        <field id="TZOOTOT"     description="TZOOTOT"                                  unit="-"  />  
    293        <field id="TDETDOM"     description="TDETDOM"                                  unit="-"  />  
    294        <field id="SEDPOC"      description="SEDPOC"                                   unit="-"  />  
     254       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     276       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     279       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     280       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     281       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     282       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     283       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     284       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     285       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     286       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     287       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     288       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     289       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     290       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     291       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     292       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    295293     </group> 
    296294        
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r3336 r3465  
    155155do 
    156156 
    157 # TESTS FOR GYRE_LOBSTER CONFIGURATION 
     157# TESTS FOR GYRE CONFIGURATION 
    158158if [ ${config} -eq 1 ] ;  then 
    159     ## Restartability tests for GYRE_LOBSTER 
     159    ## Restartability tests for GYRE 
    160160    export TEST_NAME="LONG" 
    161161    cd ${SETTE_DIR} 
    162     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_LONG -r GYRE_LOBSTER -j 8   
     162    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_LONG -r GYRE -j 8   
    163163    cd ${SETTE_DIR} 
    164164    . param.cfg 
     
    169169    \rm $JOB_FILE 
    170170    cd ${EXE_DIR} 
    171     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_LONG\" 
     171    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_LONG\" 
    172172    set_namelist namelist nn_it000 1 
    173173    set_namelist namelist nn_itend 120 
     
    175175    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    176176    set_namelist namelist nn_solv 2 
    177     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    178177    cd ${SETTE_DIR} 
    179178    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    186185    . prepare_exe_dir.sh 
    187186    cd ${EXE_DIR} 
    188     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_SHORT\" 
     187    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_SHORT\" 
    189188    set_namelist namelist nn_it000 61 
    190189    set_namelist namelist nn_itend 120 
     
    194193    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    195194    set_namelist namelist nn_solv 2 
    196     ln -s -f ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart.nc 
    197     ln -s -f ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc.nc 
    198     set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart\" 
    199     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    200     set_namelist namelist_top ln_rsttr .true. 
    201     set_namelist namelist_top nn_rsttr 2 
    202     set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc\" 
     195    ln -s -f ..\/LONG\/GYRE_LONG_00000060_restart.nc 
     196    ln -s -f ..\/LONG\/GYRE_LONG_00000060_restart_trc.nc 
     197    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRE_LONG_00000060_restart\" 
    203198    cd ${SETTE_DIR} 
    204199    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    209204 
    210205if [ ${config} -eq 2 ] ;  then 
    211     ## Reproducibility tests for GYRE_LOBSTER 
     206    ## Reproducibility tests for GYRE 
    212207    export TEST_NAME="REPRO_1_4" 
    213208    cd ${SETTE_DIR} 
    214     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_4 -r GYRE_LOBSTER -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     209    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_4 -r GYRE -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
    215210    cd ${SETTE_DIR} 
    216211    . param.cfg 
     
    221216    \rm $JOB_FILE 
    222217    cd ${EXE_DIR} 
    223     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_14\" 
     218    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_14\" 
    224219    set_namelist namelist nn_it000 1 
    225220    set_namelist namelist nn_itend 60 
     
    229224    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    230225    set_namelist namelist nn_solv 2 
    231     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    232     set_namelist namelist_top ln_trcdta .false. 
    233226    set_namelist namelist jpni 1 
    234227    set_namelist namelist jpnj 4 
     
    247240    \rm $JOB_FILE 
    248241    cd ${EXE_DIR} 
    249     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_22\" 
     242    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_22\" 
    250243    set_namelist namelist nn_it000 1 
    251244    set_namelist namelist nn_itend 60 
     
    254247    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    255248    set_namelist namelist nn_solv 2 
    256     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    257     set_namelist namelist_top ln_trcdta .false. 
    258249    set_namelist namelist jpni 2 
    259250    set_namelist namelist jpnj 2 
     
    290281    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    291282    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    292     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    293     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    294     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    295     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    296     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     283    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     284    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     285    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     286    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     287    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     288    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     289    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     290    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
    297291    cd ${SETTE_DIR} 
    298292    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    324318    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust 
    325319    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    326     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    327     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    328     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    329     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    330     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     320    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     321    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     322    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     323    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     324    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     325    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     326    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     327    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     328    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     329    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    331330    cd ${SETTE_DIR} 
    332331    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    340339    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    341340    cd ${SETTE_DIR} 
    342     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_16 -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     341    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_16 -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
    343342    cd ${SETTE_DIR} 
    344343    . param.cfg 
     
    361360    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    362361    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    363     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    364     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    365     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    366     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    367     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     362    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     363    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     364    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     365    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     366    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     367    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     368    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     369    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     370    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     371    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    368372    cd ${SETTE_DIR} 
    369373    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    391395    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    392396    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    393     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    394     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    395     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    396     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    397     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     397    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     398    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     399    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     400    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     401    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     402    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     403    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     404    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     405    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     406    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    398407    cd ${SETTE_DIR} 
    399408    cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    426435    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    427436    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    428     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    429     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    430     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    431     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    432     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     437    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     438    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     439    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     440    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     441    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     442    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     443    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     444    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
    433445    cd ${SETTE_DIR} 
    434446   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    451463    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust 
    452464    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    453     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    454     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    455     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    456     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    457     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     465    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     466    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     467    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     468    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     469    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     470    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     471    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     472    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     473    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     474    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    458475    cd ${SETTE_DIR} 
    459476   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    467484    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    468485    cd ${SETTE_DIR} 
    469     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_16 -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     486    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_16 -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
    470487    cd ${SETTE_DIR} 
    471488    . param.cfg 
     
    486503    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    487504    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    488     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    489     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    490     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    491     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    492     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     505    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     506    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     507    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     508    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     509    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     510    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     511    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     512    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     513    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     514    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    493515    cd ${SETTE_DIR} 
    494516   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    514536    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    515537    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    516     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    517     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    518     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    519     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    520     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     538    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     539    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     540    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     541    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     542    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     543    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     544    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     545    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     546    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     547    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    521548    cd ${SETTE_DIR} 
    522549   cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     
    584611    export TEST_NAME="LONG" 
    585612    cd ${SETTE_DIR} 
    586     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep" 
     613    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 -j 8  add_key "key_mpp_rep" 
    587614    cd ${SETTE_DIR} 
    588615    . param.cfg 
     
    639666    export TEST_NAME="SHORT" 
    640667    cd ${SETTE_DIR} 
    641     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_1_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi key_agrif" del_key "key_zdftmx" 
     668    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_1_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" 
    642669    cd ${SETTE_DIR} 
    643670    . param.cfg 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/SETTE/sette.sh.vargas

    r3294 r3465  
    150150# TESTS FOR GYRE_LOBSTER CONFIGURATION 
    151151if [ ${config} -eq 1 ] ;  then 
    152     ## Restartability tests for GYRE_LOBSTER 
     152    ## Restartability tests for GYRE 
    153153    export TEST_NAME="LONG" 
    154154    cd ${SETTE_DIR} 
    155     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_LONG -r GYRE_LOBSTER add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
    156     cd ${SETTE_DIR} 
    157     . param.cfg 
    158     . all_functions.sh 
    159     . prepare_exe_dir.sh 
    160     cd ${EXE_DIR} 
    161     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_LONG\" 
     155    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_LONG -r GYRE add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
     156    cd ${SETTE_DIR} 
     157    . param.cfg 
     158    . all_functions.sh 
     159    . prepare_exe_dir.sh 
     160    cd ${EXE_DIR} 
     161    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_LONG\" 
    162162    set_namelist namelist nn_it000 1 
    163163    set_namelist namelist nn_itend 120 
     
    165165    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    166166    set_namelist namelist nn_solv 2 
    167     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    168167    set_namelist namelist jpni 2 
    169168    set_namelist namelist jpnj 2 
     
    176175    . prepare_exe_dir.sh 
    177176    cd ${EXE_DIR} 
    178     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_SHORT\" 
     177    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_SHORT\" 
    179178    set_namelist namelist nn_it000 61 
    180179    set_namelist namelist nn_itend 120 
     
    187186    set_namelist namelist jpnj 2 
    188187    set_namelist namelist jpnij 4 
    189     cp ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart*.nc . 
    190     set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart\" 
    191     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    192     set_namelist namelist_top ln_rsttr .true. 
    193     set_namelist namelist_top nn_rsttr 2 
    194     set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc\" 
     188    cp ..\/LONG\/GYRE_LONG_00000060_restart*.nc . 
     189    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRE_LONG_00000060_restart\" 
    195190    cd ${SETTE_DIR} 
    196191    . ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     
    198193 
    199194if [ ${config} -eq 2 ] ;  then 
    200     ## Repropducibility tests for GYRE_LOBSTER 
     195    ## Repropducibility tests for GYRE 
    201196    export TEST_NAME="REPRO_1_4" 
    202197    cd ${SETTE_DIR} 
    203     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_4 -r GYRE_LOBSTER add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
    204     cd ${SETTE_DIR} 
    205     . param.cfg 
    206     . all_functions.sh 
    207     . prepare_exe_dir.sh 
    208     cd ${EXE_DIR} 
    209     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_14\" 
     198    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_4 -r GYRE add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     199    cd ${SETTE_DIR} 
     200    . param.cfg 
     201    . all_functions.sh 
     202    . prepare_exe_dir.sh 
     203    cd ${EXE_DIR} 
     204    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_14\" 
    210205    set_namelist namelist nn_it000 1 
    211206    set_namelist namelist nn_itend 60 
     
    215210    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    216211    set_namelist namelist nn_solv 2 
    217     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    218     set_namelist namelist_top ln_trcdta .false. 
    219212    set_namelist namelist jpni 1 
    220213    set_namelist namelist jpnj 4 
     
    227220    . prepare_exe_dir.sh 
    228221    cd ${EXE_DIR} 
    229     set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_22\" 
     222    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_22\" 
    230223    set_namelist namelist nn_it000 1 
    231224    set_namelist namelist nn_itend 60 
     
    234227    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    235228    set_namelist namelist nn_solv 2 
    236     set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    237     set_namelist namelist_top ln_trcdta .false. 
    238229    set_namelist namelist jpni 2 
    239230    set_namelist namelist jpnj 2 
     
    267258    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    268259    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    269     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    270     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    271     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    272     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    273     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     260    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     261    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     262    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     263    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     264    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     265    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     266    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     267    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
    274268    cd ${SETTE_DIR} 
    275269    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     
    299293    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust 
    300294    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    301     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    302     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    303     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    304     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    305     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     295    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     296    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     297    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     298    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     299    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     300    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     301    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     302    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     303    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     304    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    306305    cd ${SETTE_DIR} 
    307306    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     
    331330    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    332331    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    333     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    334     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    335     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    336     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    337     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     332    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     333    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     334    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     335    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     336    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     337    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     338    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     339    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     340    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     341    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    338342    cd ${SETTE_DIR} 
    339343    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     
    356360    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    357361    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    358     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    359     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    360     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    361     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    362     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     362    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     363    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     364    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     365    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     366    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     367    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     368    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     369    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     370    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     371    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    363372    cd ${SETTE_DIR} 
    364373    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     
    388397    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    389398    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    390     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    391     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    392     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    393     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    394     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     399    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     400    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     401    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     402    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     403    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     404    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     405    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     406    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
    395407    cd ${SETTE_DIR} 
    396408    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     
    415427    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust 
    416428    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    417     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    418     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    419     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    420     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    421     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     429    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     430    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     431    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     432    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     433    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     434    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     435    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     436    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     437    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     438    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    422439    cd ${SETTE_DIR} 
    423440    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     
    445462    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    446463    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    447     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    448     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    449     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    450     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    451     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     464    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     465    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     466    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     467    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     468    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     469    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     470    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     471    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     472    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     473    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    452474    cd ${SETTE_DIR} 
    453475    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     
    468490    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust to false 
    469491    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
    470     set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    471     set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
    472     set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
    473     set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    474     set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     492    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
     493    set_namelist namelist_pisces ln_varpar .false. 
     494    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
     495    set_namelist namelist_pisces ln_solub .false. 
     496    set_namelist namelist_pisces ln_river .false. 
     497    set_namelist namelist_pisces ln_ndepo .false. 
     498    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
     499    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
     500    # put ln_pisdmp to false : no relaxation to global mean value 
     501    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    475502    cd ${SETTE_DIR} 
    476503    . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.