New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 4147 for branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zbio.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2013-11-04T12:51:55+01:00 (10 years ago)
Author:
cetlod
Message:

merge in dev_LOCEAN_2013, the 1st development branch dev_r3853_CNRS9_Confsetting, from its starting point ( r3853 ) on the trunk: see ticket #1169

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zbio.F90

    r3446 r4147  
    3131   PUBLIC   p2z_bio_init    ! called in ??? 
    3232 
    33    REAL(wp) ::   tmumax     = 1.21e-5    ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1] 
    34    REAL(wp) ::   rgamma     =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
    35    REAL(wp) ::   fphylab    =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation 
    36    REAL(wp) ::   tmminp     =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days] 
    37    REAL(wp) ::   aki        =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
     33   REAL(wp) ::   tmumax     ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1] 
     34   REAL(wp) ::   rgamma     ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
     35   REAL(wp) ::   fphylab    ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation 
     36   REAL(wp) ::   tmminp     ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days] 
     37   REAL(wp) ::   aki        ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
    3838   ! 
    39    REAL(wp) ::   akno3      =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
    40    REAL(wp) ::   aknh4      =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
    41    REAL(wp) ::   taunn      =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1] 
    42    REAL(wp) ::   psinut     =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
     39   REAL(wp) ::   akno3      ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
     40   REAL(wp) ::   aknh4      ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
     41   REAL(wp) ::   taunn      ! nitrification rate                           [s-1] 
     42   REAL(wp) ::   psinut     ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
    4343   ! 
    44    REAL(wp) ::   taudn      = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
    45    REAL(wp) ::   fdetlab    = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution 
     44   REAL(wp) ::   taudn      ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
     45   REAL(wp) ::   fdetlab    ! NH4 fraction of detritus dissolution 
    4646   ! 
    47    REAL(wp) ::   taudomn    = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1] 
    48    !                                     ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
     47   REAL(wp) ::   taudomn    ! DOM breakdown rate                             [s-1] 
     48   !                        ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
    4949   ! 
    50    REAL(wp) ::   rppz       = 0.         ! ivlev coeff for zoo mortality 
    51    REAL(wp) ::   taus       = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1] 
     50   REAL(wp) ::   rppz       ! ivlev coeff for zoo mortality 
     51   REAL(wp) ::   taus       ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1] 
    5252   !                                     ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5 
    53    REAL(wp) ::   aks        = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3] 
    54    REAL(wp) ::   rpnaz      = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%] 
    55    REAL(wp) ::   rdnaz      = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%] 
    56    REAL(wp) ::   tauzn      = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days] 
    57    REAL(wp) ::   tmminz     = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
    58    REAL(wp) ::   fzoolab    = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion 
    59    REAL(wp) ::   fdbod      = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus 
     53   REAL(wp) ::   aks        ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3] 
     54   REAL(wp) ::   rpnaz      ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%] 
     55   REAL(wp) ::   rdnaz      ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%] 
     56   REAL(wp) ::   tauzn      ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days] 
     57   REAL(wp) ::   tmminz     ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
     58   REAL(wp) ::   fzoolab    ! NH4 fraction of zooplankton excretion 
     59   REAL(wp) ::   fdbod      ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus 
    6060 
    6161   !!* Substitution 
    … …  
    480480      !!                  ***  ROUTINE p2z_bio_init  *** 
    481481      !! 
    482       !! ** Purpose :  bilogical parameters  
     482      !! ** Purpose :  biological parameters  
    483483      !! 
    484484      !! ** Method  :   Read namelist and check the parameters 
    … …  
    490490      NAMELIST/namlobdet/  taudn, fdetlab 
    491491      NAMELIST/namlobdom/ taudomn 
     492      INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    492493      !!---------------------------------------------------------------------- 
    493494 
    494       REWIND( numnatp ) 
    495       READ  ( numnatp, namlobphy ) 
     495      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobphy in reference namelist : Lobster biological parameters 
     496      READ  ( numnatp_ref, namlobphy, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
     497901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobphy in reference namelist', lwp ) 
     498 
     499      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobphy in configuration namelist : Lobster biological parameters 
     500      READ  ( numnatp_cfg, namlobphy, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
     501902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobphy in configuration namelist', lwp ) 
     502      WRITE ( numonp, namlobphy ) 
    496503 
    497504      IF(lwp) THEN 
    … …  
    505512      ENDIF 
    506513 
    507       REWIND( numnatp ) 
    508       READ  ( numnatp, namlobnut ) 
     514      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobnut in reference namelist : Lobster nutriments parameters 
     515      READ  ( numnatp_ref, namlobnut, IOSTAT = ios, ERR = 903) 
     516903   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobnut in reference namelist', lwp ) 
     517 
     518      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobnut in configuration namelist : Lobster nutriments parameters 
     519      READ  ( numnatp_cfg, namlobnut, IOSTAT = ios, ERR = 904 ) 
     520904   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobnut in configuration namelist', lwp ) 
     521      WRITE ( numonp, namlobnut ) 
     522 
    509523      IF(lwp) THEN 
    510524          WRITE(numout,*) ' Namelist namlobnut' 
    … …  
    516530      ENDIF 
    517531 
    518       REWIND( numnatp ) 
    519       READ  ( numnatp, namlobzoo ) 
     532      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobzoo in reference namelist : Lobster zooplankton parameters 
     533      READ  ( numnatp_ref, namlobzoo, IOSTAT = ios, ERR = 905) 
     534905   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobzoo in reference namelist', lwp ) 
     535 
     536      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobzoo in configuration namelist : Lobster zooplankton parameters 
     537      READ  ( numnatp_cfg, namlobzoo, IOSTAT = ios, ERR = 906 ) 
     538906   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobzoo in configuration namelist', lwp ) 
     539      WRITE ( numonp, namlobzoo ) 
    520540 
    521541      IF(lwp) THEN 
    … …  
    533553      ENDIF 
    534554 
    535       REWIND( numnatp ) 
    536       READ  ( numnatp, namlobdet ) 
     555      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobdet in reference namelist : Lobster detritus parameters 
     556      READ  ( numnatp_ref, namlobdet, IOSTAT = ios, ERR = 907) 
     557907   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdet in reference namelist', lwp ) 
     558 
     559      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobdet in configuration namelist : Lobster detritus parameters 
     560      READ  ( numnatp_cfg, namlobdet, IOSTAT = ios, ERR = 908 ) 
     561908   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdet in configuration namelist', lwp ) 
     562      WRITE ( numonp, namlobdet ) 
    537563 
    538564      IF(lwp) THEN 
    … …  
    543569      ENDIF 
    544570 
    545       REWIND( numnatp ) 
    546       READ  ( numnatp, namlobdom ) 
     571      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobdom in reference namelist : Lobster DOM breakdown rate 
     572      READ  ( numnatp_ref, namlobdom, IOSTAT = ios, ERR = 909) 
     573909   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdom in reference namelist', lwp ) 
     574 
     575      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobdom in configuration namelist : Lobster DOM breakdown rate 
     576      READ  ( numnatp_cfg, namlobdom, IOSTAT = ios, ERR = 910 ) 
     577910   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdom in configuration namelist', lwp ) 
     578      WRITE ( numonp, namlobdom ) 
    547579 
    548580      IF(lwp) THEN 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.