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cetlod
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dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy : Add a leapfrog temporal scheme in PISCES model

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branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM
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    r5107 r5348  
    5555          <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    5656          <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
     57          <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    5758          <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    5859          <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r4996 r5348  
    3939           <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    4040           <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
     41           <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    4142           <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    4243           <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r5311 r5348  
    758758    <field_group id="PISCES_scalar"  domain_ref="1point" > 
    759759       <field id="pno3tot"         long_name="global mean nitrate concentration"                  unit="mol/l"   /> 
     760       <field id="ppo4tot"         long_name="global mean phosphorus concentration"               unit="mol/l"   /> 
    760761       <field id="psiltot"         long_name="global mean silicate concentration"                 unit="mol/l"   /> 
    761762       <field id="palktot"         long_name="global mean alkalinity concentration"               unit="mol/l"   /> 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r5311 r5348  
    66GYRE_BFM OPA_SRC TOP_SRC 
    77AMM12 OPA_SRC 
     8ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    89ISOMIP OPA_SRC 
    910GYRE OPA_SRC 
    10 ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     11ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
    1112ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    12 ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
     13ORCA2_LIM_OBS OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    1314ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zbio.F90

    r4529 r5348  
    4444CONTAINS 
    4545 
    46    SUBROUTINE p4z_bio ( kt, jnt ) 
     46   SUBROUTINE p4z_bio ( kt, knt ) 
    4747      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4848      !!                     ***  ROUTINE p4z_bio  *** 
     
    5454      !! ** Method  : - ??? 
    5555      !!--------------------------------------------------------------------- 
    56       INTEGER, INTENT(in) :: kt, jnt 
    57       INTEGER  ::  ji, jj, jk, jn 
    58       REAL(wp) ::  ztra 
    59 #if defined key_kriest 
    60       REAL(wp) ::  zcoef1, zcoef2 
    61 #endif 
     56      INTEGER, INTENT(in) :: kt, knt 
     57      INTEGER             :: ji, jj, jk, jn 
    6258      CHARACTER (len=25) :: charout 
    6359 
     
    8076 
    8177           
    82       CALL p4z_opt  ( kt, jnt )     ! Optic: PAR in the water column 
    83       CALL p4z_sink ( kt, jnt )     ! vertical flux of particulate organic matter 
    84       CALL p4z_fechem(kt, jnt )     ! Iron chemistry/scavenging 
    85       CALL p4z_lim  ( kt, jnt )     ! co-limitations by the various nutrients 
    86       CALL p4z_prod ( kt, jnt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
     78      CALL p4z_opt  ( kt, knt )     ! Optic: PAR in the water column 
     79      CALL p4z_sink ( kt, knt )     ! vertical flux of particulate organic matter 
     80      CALL p4z_fechem(kt, knt )     ! Iron chemistry/scavenging 
     81      CALL p4z_lim  ( kt, knt )     ! co-limitations by the various nutrients 
     82      CALL p4z_prod ( kt, knt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
    8783      !                             ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
    8884      CALL p4z_mort ( kt      )     ! phytoplankton mortality 
    89       !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
    90       CALL p4z_micro( kt, jnt )           ! microzooplankton 
    91       CALL p4z_meso ( kt, jnt )           ! mesozooplankton 
    92       CALL p4z_rem  ( kt, jnt )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe 
     85     !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
     86      CALL p4z_micro( kt, knt )           ! microzooplankton 
     87      CALL p4z_meso ( kt, knt )           ! mesozooplankton 
     88      CALL p4z_rem  ( kt, knt )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe 
    9389      !                             ! test if tracers concentrations fall below 0. 
    94       xnegtr(:,:,:) = 1.e0 
    95       DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    96          DO jk = 1, jpk 
    97             DO jj = 1, jpj 
    98                DO ji = 1, jpi 
    99                   IF( ( trn(ji,jj,jk,jn) + tra(ji,jj,jk,jn) ) < 0.e0 ) THEN 
    100                      ztra             = ABS( trn(ji,jj,jk,jn) ) / ( ABS( tra(ji,jj,jk,jn) ) + rtrn ) 
    101  
    102                      xnegtr(ji,jj,jk) = MIN( xnegtr(ji,jj,jk),  ztra ) 
    103                   ENDIF 
    104               END DO 
    105             END DO 
    106          END DO 
    107       END DO 
    108       !                                ! where at least 1 tracer concentration becomes negative 
    109       !                                !  
    110       DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    111          trn(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jn) + xnegtr(:,:,:) * tra(:,:,:,jn) 
    112       END DO 
    113  
    114  
    115       tra(:,:,:,:) = 0.e0 
    116  
    117 #if defined key_kriest 
    118       !  
    119       zcoef1 = 1.e0 / xkr_massp  
    120       zcoef2 = 1.e0 / xkr_massp / 1.1 
    121       DO jk = 1,jpkm1 
    122          trn(:,:,jk,jpnum) = MAX(  trn(:,:,jk,jpnum), trn(:,:,jk,jppoc) * zcoef1 / xnumm(jk)  ) 
    123          trn(:,:,jk,jpnum) = MIN(  trn(:,:,jk,jpnum), trn(:,:,jk,jppoc) * zcoef2              ) 
    124       END DO 
    125 #endif 
    126  
    127       ! 
     90      !                                                             ! 
    12891      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    12992         WRITE(charout, FMT="('bio ')") 
    13093         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    131          CALL prt_ctl_trc(tab4d=trn, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     94         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    13295      ENDIF 
    13396      ! 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r4996 r5348  
    4848CONTAINS 
    4949 
    50    SUBROUTINE p4z_fechem( kt, jnt ) 
     50   SUBROUTINE p4z_fechem( kt, knt ) 
    5151      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5252      !!                     ***  ROUTINE p4z_fechem  *** 
     
    6262      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6363      ! 
    64       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, jnt ! ocean time step 
     64      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
    6565      ! 
    6666      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jic 
     
    101101      ! ------------------------------------------------- 
    102102      IF( ln_ligvar ) THEN 
    103          ztotlig(:,:,:) =  0.09 * trn(:,:,:,jpdoc) * 1E6 + ligand * 1E9 
     103         ztotlig(:,:,:) =  0.09 * trb(:,:,:,jpdoc) * 1E6 + ligand * 1E9 
    104104         ztotlig(:,:,:) =  MIN( ztotlig(:,:,:), 10. ) 
    105105      ELSE 
     
    127127                  zionic = 19.9201 * tsn(ji,jj,jk,jp_sal) / ( 1000. - 1.00488 * tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + rtrn ) 
    128128                  zph    = -LOG10( MAX( hi(ji,jj,jk), rtrn) ) 
    129                   zoxy   = trn(ji,jj,jk,jpoxy) * ( rhop(ji,jj,jk) / 1.e3 ) 
     129                  zoxy   = trb(ji,jj,jk,jpoxy) * ( rhop(ji,jj,jk) / 1.e3 ) 
    130130                  ! Fe2+ oxydation rate from Santana-Casiano et al. (2005) 
    131131                  zkox   = 35.407 - 6.7109 * zph + 0.5342 * zph * zph - 5362.6 / ( tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.15 )  & 
     
    137137                  zkph1 = zkph2 / 5. 
    138138                  ! pass the dfe concentration from PISCES 
    139                   ztfe = trn(ji,jj,jk,jpfer) * 1e9 
     139                  ztfe = trb(ji,jj,jk,jpfer) * 1e9 
    140140                  ! ---------------------------------------------------------- 
    141141                  ! ANALYTICAL SOLUTION OF ROOTS OF THE FE3+ EQUATION 
     
    204204                  zkeq           = fekeq(ji,jj,jk) 
    205205                  zfesatur       = zTL1(ji,jj,jk) * 1E-9 
    206                   ztfe           = trn(ji,jj,jk,jpfer)  
     206                  ztfe           = trb(ji,jj,jk,jpfer)  
    207207                  ! Fe' is the root of a 2nd order polynom 
    208208                  zFe3 (ji,jj,jk) = ( -( 1. + zfesatur * zkeq - zkeq * ztfe )               & 
     
    210210                     &               + 4. * ztfe * zkeq) ) / ( 2. * zkeq ) 
    211211                  zFe3 (ji,jj,jk) = zFe3(ji,jj,jk) * 1E9 
    212                   zFeL1(ji,jj,jk) = MAX( 0., trn(ji,jj,jk,jpfer) * 1E9 - zFe3(ji,jj,jk) ) 
     212                  zFeL1(ji,jj,jk) = MAX( 0., trb(ji,jj,jk,jpfer) * 1E9 - zFe3(ji,jj,jk) ) 
    213213              END DO 
    214214            END DO 
     
    240240               ENDIF 
    241241#if defined key_kriest 
    242                ztrc   = ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpcal) + trn(ji,jj,jk,jpgsi) ) * 1.e6  
     242               ztrc   = ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + trb(ji,jj,jk,jpcal) + trb(ji,jj,jk,jpgsi) ) * 1.e6  
    243243#else 
    244                ztrc   = ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + trn(ji,jj,jk,jpgoc) + trn(ji,jj,jk,jpcal) + trn(ji,jj,jk,jpgsi) ) * 1.e6  
     244               ztrc   = ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + trb(ji,jj,jk,jpgoc) + trb(ji,jj,jk,jpcal) + trb(ji,jj,jk,jpgsi) ) * 1.e6  
    245245#endif 
    246246               IF( ln_dust )  zdust  = dust(ji,jj) / ( wdust / rday ) * tmask(ji,jj,jk) ! dust in kg/m2/s 
     
    251251               ! to later allocate scavenged iron to the different organic pools 
    252252               ! --------------------------------------------------------- 
    253                zdenom1 = xlam1 * trn(ji,jj,jk,jppoc) / zlam1b 
     253               zdenom1 = xlam1 * trb(ji,jj,jk,jppoc) / zlam1b 
    254254#if ! defined key_kriest 
    255                zdenom2 = xlam1 * trn(ji,jj,jk,jpgoc) / zlam1b 
     255               zdenom2 = xlam1 * trb(ji,jj,jk,jpgoc) / zlam1b 
    256256#endif 
    257257 
     
    262262               zlamfac = MIN( 1.  , zlamfac ) 
    263263               zdep    = MIN( 1., 1000. / fsdept(ji,jj,jk) ) 
    264                zlam1b  = xlam1 * MAX( 0.e0, ( trn(ji,jj,jk,jpfer) * 1.e9 - ztotlig(ji,jj,jk) ) ) 
    265                zcoag   = zfeequi * zlam1b * zstep + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep * zstep * trn(ji,jj,jk,jpfer) 
     264               zlam1b  = xlam1 * MAX( 0.e0, ( trb(ji,jj,jk,jpfer) * 1.e9 - ztotlig(ji,jj,jk) ) ) 
     265               zcoag   = zfeequi * zlam1b * zstep + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep * zstep * trb(ji,jj,jk,jpfer) 
    266266 
    267267               !  Compute the coagulation of colloidal iron. This parameterization  
     
    269269               !  It requires certainly some more work as it is very poorly constrained. 
    270270               !  ---------------------------------------------------------------- 
    271                zlam1a  = ( 0.369  * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 102.4  * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * xdiss(ji,jj,jk)    & 
    272                    &   + ( 114.   * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 5.09E3 * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) 
     271               zlam1a  = ( 0.369  * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) + 102.4  * trb(ji,jj,jk,jppoc) ) * xdiss(ji,jj,jk)    & 
     272                   &   + ( 114.   * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) + 5.09E3 * trb(ji,jj,jk,jppoc) ) 
    273273               zaggdfea = zlam1a * zstep * zfecoll 
    274274#if defined key_kriest 
     
    278278               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zscave * zdenom1 + zaggdfea + zaggdfeb 
    279279#else 
    280                zlam1b = 3.53E3 *   trn(ji,jj,jk,jpgoc) * xdiss(ji,jj,jk) 
     280               zlam1b = 3.53E3 *   trb(ji,jj,jk,jpgoc) * xdiss(ji,jj,jk) 
    281281               zaggdfeb = zlam1b * zstep * zfecoll 
    282282               ! 
     
    292292      !  ---------------------------------------- 
    293293      IF( ln_fechem ) THEN 
    294           biron(:,:,:) = MAX( 0., trn(:,:,:,jpfer) - zFeP(:,:,:) * 1E-9 ) 
     294          biron(:,:,:) = MAX( 0., trb(:,:,:,jpfer) - zFeP(:,:,:) * 1E-9 ) 
    295295      ELSE 
    296           biron(:,:,:) = trn(:,:,:,jpfer)  
     296          biron(:,:,:) = trb(:,:,:,jpfer)  
    297297      ENDIF 
    298298 
    299299      !  Output of some diagnostics variables 
    300300      !     --------------------------------- 
    301       IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc ) THEN 
     301      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN 
    302302         IF( iom_use("Fe3")    )  CALL iom_put("Fe3"    , zFe3   (:,:,:)       * tmask(:,:,:) )   ! Fe3+ 
    303303         IF( iom_use("FeL1")   )  CALL iom_put("FeL1"   , zFeL1  (:,:,:)       * tmask(:,:,:) )   ! FeL1 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zflx.F90

    r4996 r5348  
    6868CONTAINS 
    6969 
    70    SUBROUTINE p4z_flx ( kt ) 
     70   SUBROUTINE p4z_flx ( kt, knt ) 
    7171      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7272      !!                     ***  ROUTINE p4z_flx  *** 
     
    8181      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8282      ! 
    83       INTEGER, INTENT(in) ::   kt   ! 
     83      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt   ! 
    8484      ! 
    8585      INTEGER  ::   ji, jj, jm, iind, iindm1 
     
    101101      !     IS USED TO COMPUTE AIR-SEA FLUX OF CO2 
    102102 
    103       IF( kt /= nit000 ) CALL p4z_patm( kt )    ! Get sea-level pressure (E&K [1981] climatology) for use in flux calcs 
     103      IF( kt /= nit000 .AND. knt == 1 ) CALL p4z_patm( kt )    ! Get sea-level pressure (E&K [1981] climatology) for use in flux calcs 
    104104 
    105105      IF( ln_co2int ) THEN  
     
    130130               zbot  = borat(ji,jj,1) 
    131131               zfact = rhop(ji,jj,1) / 1000. + rtrn 
    132                zdic  = trn(ji,jj,1,jpdic) / zfact 
     132               zdic  = trb(ji,jj,1,jpdic) / zfact 
    133133               zph   = MAX( hi(ji,jj,1), 1.e-10 ) / zfact 
    134                zalka = trn(ji,jj,1,jptal) / zfact 
     134               zalka = trb(ji,jj,1,jptal) / zfact 
    135135 
    136136               ! CALCULATE [ALK]([CO3--], [HCO3-]) 
     
    184184            zfld = satmco2(ji,jj) * patm(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * chemc(ji,jj,1) * zkgco2(ji,jj)   ! (mol/L) * (m/s) 
    185185            zflu = zh2co3(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * zkgco2(ji,jj)                                   ! (mol/L) (m/s) ? 
    186             oce_co2(ji,jj) = ( zfld - zflu ) * rfact * e1e2t(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * 1000. 
     186            oce_co2(ji,jj) = ( zfld - zflu ) * rfact2 * e1e2t(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * 1000. 
    187187            ! compute the trend 
    188             tra(ji,jj,1,jpdic) = tra(ji,jj,1,jpdic) + ( zfld - zflu ) / fse3t(ji,jj,1) 
     188            tra(ji,jj,1,jpdic) = tra(ji,jj,1,jpdic) + ( zfld - zflu ) * rfact2 / fse3t(ji,jj,1) 
    189189 
    190190            ! Compute O2 flux  
    191191            zfld16 = atcox * patm(ji,jj) * chemc(ji,jj,2) * tmask(ji,jj,1) * zkgo2(ji,jj)          ! (mol/L) * (m/s) 
    192             zflu16 = trn(ji,jj,1,jpoxy) * tmask(ji,jj,1) * zkgo2(ji,jj) 
     192            zflu16 = trb(ji,jj,1,jpoxy) * tmask(ji,jj,1) * zkgo2(ji,jj) 
    193193            zoflx(ji,jj) = zfld16 - zflu16 
    194             tra(ji,jj,1,jpoxy) = tra(ji,jj,1,jpoxy) + zoflx(ji,jj) / fse3t(ji,jj,1) 
     194            tra(ji,jj,1,jpoxy) = tra(ji,jj,1,jpoxy) + zoflx(ji,jj) * rfact2 / fse3t(ji,jj,1) 
    195195         END DO 
    196196      END DO 
     
    207207      ENDIF 
    208208 
    209       IF( lk_iomput ) THEN 
     209      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN 
    210210         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zw2d )   
    211211         IF( iom_use( "Cflx"  ) )  THEN 
    212             zw2d(:,:) = oce_co2(:,:) / e1e2t(:,:) / rfact 
     212            zw2d(:,:) = oce_co2(:,:) / e1e2t(:,:) * rfact2r 
    213213            CALL iom_put( "Cflx"     , zw2d )  
    214214         ENDIF 
     
    226226         ENDIF 
    227227         IF( iom_use( "Dpo2" ) )  THEN 
    228            zw2d(:,:) = ( atcox * patm(:,:) - trn(:,:,1,jpoxy) / ( chemc(:,:,2) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1) 
     228           zw2d(:,:) = ( atcox * patm(:,:) - trb(:,:,1,jpoxy) / ( chemc(:,:,2) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1) 
    229229           CALL iom_put( "Dpo2"  , zw2d ) 
    230230         ENDIF 
     
    235235      ELSE 
    236236         IF( ln_diatrc ) THEN 
    237             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d    ) = oce_co2(:,:) / e1e2t(:,:) / rfact  
     237            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d    ) = oce_co2(:,:) / e1e2t(:,:) * rfact2r  
    238238            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 1) = zoflx(:,:) * 1000 * tmask(:,:,1)  
    239239            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 2) = zkgco2(:,:) * tmask(:,:,1)  
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zint.F90

    r3446 r5348  
    5656      DO ji = 1, jpi 
    5757         DO jj = 1, jpj 
    58             zvar = trn(ji,jj,1,jpsil) * trn(ji,jj,1,jpsil) 
     58            zvar = trb(ji,jj,1,jpsil) * trb(ji,jj,1,jpsil) 
    5959            xksimax(ji,jj) = MAX( xksimax(ji,jj), ( 1.+ 7.* zvar / ( xksilim * xksilim + zvar ) ) * 1e-6 ) 
    6060         END DO 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlim.F90

    r5206 r5348  
    6262CONTAINS 
    6363 
    64    SUBROUTINE p4z_lim( kt, jnt ) 
     64   SUBROUTINE p4z_lim( kt, knt ) 
    6565      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6666      !!                     ***  ROUTINE p4z_lim  *** 
     
    7272      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7373      ! 
    74       INTEGER, INTENT(in)  :: kt, jnt 
     74      INTEGER, INTENT(in)  :: kt, knt 
    7575      ! 
    7676      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
    7777      REAL(wp) ::   zlim1, zlim2, zlim3, zlim4, zno3, zferlim 
    7878      REAL(wp) ::   zconcd, zconcd2, zconcn, zconcn2 
    79       REAL(wp) ::   z1_trndia, z1_trnphy, ztem1, ztem2, zetot1, zetot2 
     79      REAL(wp) ::   z1_trbdia, z1_trbphy, ztem1, ztem2, zetot1, zetot2 
    8080      REAL(wp) ::   zdenom, zratio, zironmin 
    8181      REAL(wp) ::   zconc1d, zconc1dnh4, zconc0n, zconc0nnh4    
     
    9090               ! Tuning of the iron concentration to a minimum level that is set to the detection limit 
    9191               !------------------------------------- 
    92                zno3    = trn(ji,jj,jk,jpno3) / 40.e-6 
     92               zno3    = trb(ji,jj,jk,jpno3) / 40.e-6 
    9393               zferlim = MAX( 3e-11 * zno3 * zno3, 5e-12 ) 
    9494               zferlim = MIN( zferlim, 7e-11 ) 
    95                trn(ji,jj,jk,jpfer) = MAX( trn(ji,jj,jk,jpfer), zferlim ) 
     95               trb(ji,jj,jk,jpfer) = MAX( trb(ji,jj,jk,jpfer), zferlim ) 
    9696 
    9797               ! Computation of a variable Ks for iron on diatoms taking into account 
    9898               ! that increasing biomass is made of generally bigger cells 
    9999               !------------------------------------------------ 
    100                zconcd   = MAX( 0.e0 , trn(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
    101                zconcd2  = trn(ji,jj,jk,jpdia) - zconcd 
    102                zconcn   = MAX( 0.e0 , trn(ji,jj,jk,jpphy) - xsizephy ) 
    103                zconcn2  = trn(ji,jj,jk,jpphy) - zconcn 
    104                z1_trnphy   = 1. / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
    105                z1_trndia   = 1. / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    106  
    107                concdfe(ji,jj,jk) = MAX( concdfer, ( zconcd2 * concdfer + concdfer * xsizerd * zconcd ) * z1_trndia ) 
    108                zconc1d           = MAX( concdno3, ( zconcd2 * concdno3 + concdno3 * xsizerd * zconcd ) * z1_trndia ) 
    109                zconc1dnh4        = MAX( concdnh4, ( zconcd2 * concdnh4 + concdnh4 * xsizerd * zconcd ) * z1_trndia ) 
    110  
    111                concnfe(ji,jj,jk) = MAX( concnfer, ( zconcn2 * concnfer + concnfer * xsizern * zconcn ) * z1_trnphy ) 
    112                zconc0n           = MAX( concnno3, ( zconcn2 * concnno3 + concnno3 * xsizern * zconcn ) * z1_trnphy ) 
    113                zconc0nnh4        = MAX( concnnh4, ( zconcn2 * concnnh4 + concnnh4 * xsizern * zconcn ) * z1_trnphy ) 
     100               zconcd   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
     101               zconcd2  = trb(ji,jj,jk,jpdia) - zconcd 
     102               zconcn   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpphy) - xsizephy ) 
     103               zconcn2  = trb(ji,jj,jk,jpphy) - zconcn 
     104               z1_trbphy   = 1. / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
     105               z1_trbdia   = 1. / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     106 
     107               concdfe(ji,jj,jk) = MAX( concdfer, ( zconcd2 * concdfer + concdfer * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia ) 
     108               zconc1d           = MAX( concdno3, ( zconcd2 * concdno3 + concdno3 * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia ) 
     109               zconc1dnh4        = MAX( concdnh4, ( zconcd2 * concdnh4 + concdnh4 * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia ) 
     110 
     111               concnfe(ji,jj,jk) = MAX( concnfer, ( zconcn2 * concnfer + concnfer * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy ) 
     112               zconc0n           = MAX( concnno3, ( zconcn2 * concnno3 + concnno3 * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy ) 
     113               zconc0nnh4        = MAX( concnnh4, ( zconcn2 * concnnh4 + concnnh4 * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy ) 
    114114 
    115115               ! Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Small bacteria 
    116116               ! ------------------------------------------------------------- 
    117                zdenom = 1. /  ( concbno3 * concbnh4 + concbnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + concbno3 * trn(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
    118                xnanono3(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpno3) * concbnh4 * zdenom 
    119                xnanonh4(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) * concbno3 * zdenom 
     117               zdenom = 1. /  ( concbno3 * concbnh4 + concbnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + concbno3 * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
     118               xnanono3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * concbnh4 * zdenom 
     119               xnanonh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * concbno3 * zdenom 
    120120               ! 
    121121               zlim1    = xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk) 
    122                zlim2    = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + concbnh4 ) 
    123                zlim3    = trn(ji,jj,jk,jpfer) / ( concbfe + trn(ji,jj,jk,jpfer) ) 
    124                zlim4    = trn(ji,jj,jk,jpdoc) / ( xkdoc   + trn(ji,jj,jk,jpdoc) ) 
     122               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + concbnh4 ) 
     123               zlim3    = trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( concbfe + trb(ji,jj,jk,jpfer) ) 
     124               zlim4    = trb(ji,jj,jk,jpdoc) / ( xkdoc   + trb(ji,jj,jk,jpdoc) ) 
    125125               xlimbacl(ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 ) 
    126126               xlimbac (ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 ) * zlim4 
     
    128128               ! Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Small flagellates 
    129129               ! ----------------------------------------------- 
    130                zdenom = 1. /  ( zconc0n * zconc0nnh4 + zconc0nnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + zconc0n * trn(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
    131                xnanono3(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpno3) * zconc0nnh4 * zdenom 
    132                xnanonh4(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc0n    * zdenom 
     130               zdenom = 1. /  ( zconc0n * zconc0nnh4 + zconc0nnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + zconc0n * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
     131               xnanono3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * zconc0nnh4 * zdenom 
     132               xnanonh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc0n    * zdenom 
    133133               ! 
    134134               zlim1    = xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk) 
    135                zlim2    = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + zconc0nnh4 ) 
    136                zratio   = trn(ji,jj,jk,jpnfe) * z1_trnphy  
    137                zironmin = xcoef1 * trn(ji,jj,jk,jpnch) * z1_trnphy + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xnanono3(ji,jj,jk) 
     135               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + zconc0nnh4 ) 
     136               zratio   = trb(ji,jj,jk,jpnfe) * z1_trbphy  
     137               zironmin = xcoef1 * trb(ji,jj,jk,jpnch) * z1_trbphy + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xnanono3(ji,jj,jk) 
    138138               zlim3    = MAX( 0.,( zratio - zironmin ) / qnfelim ) 
    139139               xnanopo4(ji,jj,jk) = zlim2 
     
    143143               !   Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Diatoms 
    144144               !   ---------------------------------------------- 
    145                zdenom   = 1. / ( zconc1d * zconc1dnh4 + zconc1dnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + zconc1d * trn(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
    146                xdiatno3(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpno3) * zconc1dnh4 * zdenom 
    147                xdiatnh4(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc1d    * zdenom 
     145               zdenom   = 1. / ( zconc1d * zconc1dnh4 + zconc1dnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + zconc1d * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
     146               xdiatno3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * zconc1dnh4 * zdenom 
     147               xdiatnh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc1d    * zdenom 
    148148               ! 
    149149               zlim1    = xdiatno3(ji,jj,jk) + xdiatnh4(ji,jj,jk) 
    150                zlim2    = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + zconc1dnh4  ) 
    151                zlim3    = trn(ji,jj,jk,jpsil) / ( trn(ji,jj,jk,jpsil) + xksi(ji,jj) ) 
    152                zratio   = trn(ji,jj,jk,jpdfe) * z1_trndia 
    153                zironmin = xcoef1 * trn(ji,jj,jk,jpdch) * z1_trndia + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xdiatno3(ji,jj,jk) 
     150               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + zconc1dnh4  ) 
     151               zlim3    = trb(ji,jj,jk,jpsil) / ( trb(ji,jj,jk,jpsil) + xksi(ji,jj) ) 
     152               zratio   = trb(ji,jj,jk,jpdfe) * z1_trbdia 
     153               zironmin = xcoef1 * trb(ji,jj,jk,jpdch) * z1_trbdia + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xdiatno3(ji,jj,jk) 
    154154               zlim4    = MAX( 0., ( zratio - zironmin ) / qdfelim ) 
    155155               xdiatpo4(ji,jj,jk) = zlim2 
     
    166166         DO jj = 1, jpj 
    167167            DO ji = 1, jpi 
    168                zlim1 =  ( trn(ji,jj,jk,jpno3) * concnnh4 + trn(ji,jj,jk,jpnh4) * concnno3 )    & 
    169                   &   / ( concnno3 * concnnh4 + concnnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + concnno3 * trn(ji,jj,jk,jpnh4) )  
    170                zlim2  = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + concnnh4 ) 
    171                zlim3  = trn(ji,jj,jk,jpfer) / ( trn(ji,jj,jk,jpfer) +  5.E-11   ) 
     168               zlim1 =  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) * concnnh4 + trb(ji,jj,jk,jpnh4) * concnno3 )    & 
     169                  &   / ( concnno3 * concnnh4 + concnnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + concnno3 * trb(ji,jj,jk,jpnh4) )  
     170               zlim2  = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + concnnh4 ) 
     171               zlim3  = trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( trb(ji,jj,jk,jpfer) +  5.E-11   ) 
    172172               ztem1  = MAX( 0., tsn(ji,jj,jk,jp_tem) ) 
    173173               ztem2  = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - 10. 
     
    177177               xfracal(ji,jj,jk) = caco3r * MIN( zlim1, zlim2, zlim3 )                  & 
    178178                  &                       * ztem1 / ( 0.1 + ztem1 )                     & 
    179                   &                       * MAX( 1., trn(ji,jj,jk,jpphy) * 1.e6 / 2. )  & 
     179                  &                       * MAX( 1., trb(ji,jj,jk,jpphy) * 1.e6 / 2. )  & 
    180180                  &                       * zetot1 * zetot2               & 
    181181                  &                       * ( 1. + EXP(-ztem2 * ztem2 / 25. ) )         & 
     
    188188      ! 
    189189      ! 
    190       IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc ) THEN        ! save output diagnostics 
     190      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN        ! save output diagnostics 
    191191        IF( iom_use( "xfracal" ) ) CALL iom_put( "xfracal", xfracal(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! euphotic layer deptht 
    192192        IF( iom_use( "LNnut"   ) ) CALL iom_put( "LNnut"  , xlimphy(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Nutrient limitation term 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlys.F90

    r4996 r5348  
    4848CONTAINS 
    4949 
    50    SUBROUTINE p4z_lys( kt ) 
     50   SUBROUTINE p4z_lys( kt, knt ) 
    5151      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5252      !!                     ***  ROUTINE p4z_lys  *** 
     
    5959      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6060      ! 
    61       INTEGER, INTENT(in) ::   kt ! ocean time step 
     61      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
    6262      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jn 
    6363      REAL(wp) ::   zalk, zdic, zph, zah2 
    6464      REAL(wp) ::   zdispot, zfact, zcalcon, zalka, zaldi 
    6565      REAL(wp) ::   zomegaca, zexcess, zexcess0 
    66       REAL(wp) ::   zrfact2 
    6766      CHARACTER (len=25) :: charout 
    6867      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zco3, zcaldiss    
     
    8988                  zfact = rhop(ji,jj,jk) / 1000. + rtrn 
    9089                  zph  = hi(ji,jj,jk) * tmask(ji,jj,jk) / zfact + ( 1.-tmask(ji,jj,jk) ) * 1.e-9 ! [H+] 
    91                   zdic  = trn(ji,jj,jk,jpdic) / zfact 
    92                   zalka = trn(ji,jj,jk,jptal) / zfact 
     90                  zdic  = trb(ji,jj,jk,jpdic) / zfact 
     91                  zalka = trb(ji,jj,jk,jptal) / zfact 
    9392                  ! CALCULATE [ALK]([CO3--], [HCO3-]) 
    9493                  zalk  = zalka - ( akw3(ji,jj,jk) / zph - zph + borat(ji,jj,jk) / ( 1. + zph / akb3(ji,jj,jk) ) ) 
     
    130129               !       (ACCORDING TO THIS FORMULATION ALSO SOME PARTICULATE 
    131130               !       CACO3 GETS DISSOLVED EVEN IN THE CASE OF OVERSATURATION) 
    132                zdispot = kdca * zexcess * trn(ji,jj,jk,jpcal) 
     131               zdispot = kdca * zexcess * trb(ji,jj,jk,jpcal) 
    133132# if defined key_degrad 
    134133               zdispot = zdispot * facvol(ji,jj,jk) 
     
    136135              !  CHANGE OF [CO3--] , [ALK], PARTICULATE [CACO3], 
    137136              !       AND [SUM(CO2)] DUE TO CACO3 DISSOLUTION/PRECIPITATION 
    138               zcaldiss(ji,jj,jk)  = zdispot / rmtss ! calcite dissolution 
    139               zco3(ji,jj,jk)      = zco3(ji,jj,jk) + zcaldiss(ji,jj,jk) * rfact 
     137              zcaldiss(ji,jj,jk)  = zdispot * rfact2 / rmtss ! calcite dissolution 
     138              zco3(ji,jj,jk)      = zco3(ji,jj,jk) + zcaldiss(ji,jj,jk) 
    140139              ! 
    141140              tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + 2. * zcaldiss(ji,jj,jk) 
     
    147146      ! 
    148147 
    149       IF( lk_iomput ) THEN 
     148      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN 
    150149         IF( iom_use( "PH"     ) ) CALL iom_put( "PH"    , -1. * LOG10( hi(:,:,:) )          * tmask(:,:,:) ) 
    151150         IF( iom_use( "CO3"    ) ) CALL iom_put( "CO3"   , zco3(:,:,:) * 1.e+3               * tmask(:,:,:) ) 
    152151         IF( iom_use( "CO3sat" ) ) CALL iom_put( "CO3sat", aksp(:,:,:) * 1.e+3 / calcon      * tmask(:,:,:) ) 
    153          IF( iom_use( "DCAL"   ) ) CALL iom_put( "DCAL"  , zcaldiss(:,:,:) * 1.e+3 * rfact2r * tmask(:,:,:) ) 
     152         IF( iom_use( "DCAL"   ) ) CALL iom_put( "DCAL"  , zcaldiss(:,:,:) * 1.e+3 * rfact2r   * tmask(:,:,:) ) 
    154153      ELSE 
    155154         trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = -1. * LOG10( hi(:,:,:) ) * tmask(:,:,:) 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmeso.F90

    r4996 r5348  
    6060CONTAINS 
    6161 
    62    SUBROUTINE p4z_meso( kt, jnt ) 
     62   SUBROUTINE p4z_meso( kt, knt ) 
    6363      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6464      !!                     ***  ROUTINE p4z_meso  *** 
     
    6868      !! ** Method  : - ??? 
    6969      !!--------------------------------------------------------------------- 
    70       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, jnt ! ocean time step 
     70      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
    7171      INTEGER  :: ji, jj, jk 
    7272      REAL(wp) :: zcompadi, zcompaph, zcompapoc, zcompaz, zcompam 
     
    9797         DO jj = 1, jpj 
    9898            DO ji = 1, jpi 
    99                zcompam   = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpmes) - 1.e-9 ), 0.e0 ) 
     99               zcompam   = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpmes) - 1.e-9 ), 0.e0 ) 
    100100# if defined key_degrad 
    101101               zstep     = xstep * facvol(ji,jj,jk) 
     
    107107               !  Respiration rates of both zooplankton 
    108108               !  ------------------------------------- 
    109                zrespz2   = resrat2 * zfact * trn(ji,jj,jk,jpmes) / ( xkmort + trn(ji,jj,jk,jpmes) )  & 
     109               zrespz2   = resrat2 * zfact * trb(ji,jj,jk,jpmes) / ( xkmort + trb(ji,jj,jk,jpmes) )  & 
    110110                  &      + resrat2 * zfact * 3. * nitrfac(ji,jj,jk) 
    111111 
     
    113113               !  no real reason except that it seems to be more stable and may mimic predation 
    114114               !  --------------------------------------------------------------- 
    115                ztortz2   = mzrat2 * 1.e6 * zfact * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
     115               ztortz2   = mzrat2 * 1.e6 * zfact * trb(ji,jj,jk,jpmes) 
    116116               ! 
    117                zcompadi  = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpdia) - xthresh2dia ), 0.e0 ) 
    118                zcompaz   = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpzoo) - xthresh2zoo ), 0.e0 ) 
     117               zcompadi  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpdia) - xthresh2dia ), 0.e0 ) 
     118               zcompaz   = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) - xthresh2zoo ), 0.e0 ) 
    119119               ! Size effect of nanophytoplankton on grazing : the smaller it is, the less prone 
    120120               ! it is to predation by mesozooplankton 
    121121               ! ------------------------------------------------------------------------------- 
    122                zcompaph  = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpphy) - xthresh2phy ), 0.e0 ) & 
     122               zcompaph  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpphy) - xthresh2phy ), 0.e0 ) & 
    123123                  &      * MIN(1., MAX( 0., ( quotan(ji,jj,jk) - 0.2) / 0.3 ) ) 
    124                zcompapoc = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jppoc) - xthresh2poc ), 0.e0 ) 
     124               zcompapoc = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jppoc) - xthresh2poc ), 0.e0 ) 
    125125 
    126126               zfood     = xprefc * zcompadi + xprefz * zcompaz + xprefp * zcompaph + xprefpoc * zcompapoc  
     
    128128               zdenom    = zfoodlim / ( xkgraz2 + zfoodlim ) 
    129129               zdenom2   = zdenom / ( zfood + rtrn ) 
    130                zgraze2   = grazrat2 * zstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpmes)  
     130               zgraze2   = grazrat2 * zstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpmes)  
    131131 
    132132               zgrazd    = zgraze2  * xprefc   * zcompadi  * zdenom2  
     
    135135               zgrazpoc  = zgraze2  * xprefpoc * zcompapoc * zdenom2  
    136136 
    137                zgraznf   = zgrazn   * trn(ji,jj,jk,jpnfe) / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
    138                zgrazf    = zgrazd   * trn(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
    139                zgrazpof  = zgrazpoc * trn(ji,jj,jk,jpsfe) / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
     137               zgraznf   = zgrazn   * trb(ji,jj,jk,jpnfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
     138               zgrazf    = zgrazd   * trb(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
     139               zgrazpof  = zgrazpoc * trb(ji,jj,jk,jpsfe) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
    140140 
    141141               !  Mesozooplankton flux feeding on GOC 
     
    144144# if ! defined key_kriest 
    145145               zgrazffeg = grazflux  * zstep * wsbio4(ji,jj,jk)      & 
    146                &           * tgfunc2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
    147                zgrazfffg = zgrazffeg * trn(ji,jj,jk,jpbfe) / (trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
     146               &           * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpgoc) * trb(ji,jj,jk,jpmes) 
     147               zgrazfffg = zgrazffeg * trb(ji,jj,jk,jpbfe) / (trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
    148148# endif 
    149149               zgrazffep = grazflux  * zstep *  wsbio3(ji,jj,jk)     & 
    150                &           * tgfunc2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
    151                zgrazfffp = zgrazffep * trn(ji,jj,jk,jpsfe) / (trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
     150               &           * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jppoc) * trb(ji,jj,jk,jpmes) 
     151               zgrazfffp = zgrazffep * trb(ji,jj,jk,jpsfe) / (trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
    152152              ! 
    153153# if ! defined key_kriest 
     
    158158              ! diatoms based aggregates are more prone to fractionation 
    159159              ! since they are more porous (marine snow instead of fecal pellets) 
    160               zratio    = trn(ji,jj,jk,jpgsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn ) 
     160              zratio    = trb(ji,jj,jk,jpgsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn ) 
    161161              zratio2   = zratio * zratio 
    162162              zfrac     = zproport * grazflux  * zstep * wsbio4(ji,jj,jk)      & 
    163                &          * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes)          & 
     163               &          * trb(ji,jj,jk,jpgoc) * trb(ji,jj,jk,jpmes)          & 
    164164               &          * ( 0.2 + 3.8 * zratio2 / ( 1.**2 + zratio2 ) ) 
    165               zfracfe   = zfrac * trn(ji,jj,jk,jpbfe) / (trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
     165              zfracfe   = zfrac * trb(ji,jj,jk,jpbfe) / (trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
    166166 
    167167              zgrazffep = zproport * zgrazffep 
     
    215215               tra(ji,jj,jk,jpzoo) = tra(ji,jj,jk,jpzoo) - zgrazz 
    216216               tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) - zgrazn 
    217                tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazn * trn(ji,jj,jk,jpnch) / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
    218                tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpdch) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    219                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    220                tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazd * trn(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     217               tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazn * trb(ji,jj,jk,jpnch) / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
     218               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazd * trb(ji,jj,jk,jpdch) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     219               tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazd * trb(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     220               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazd * trb(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    221221               tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) - zgraznf 
    222222               tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zgrazf 
     
    231231               tra(ji,jj,jk,jpcal) = tra(ji,jj,jk,jpcal) + zprcaca 
    232232#if defined key_kriest 
    233               znumpoc = trn(ji,jj,jk,jpnum) / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
     233              znumpoc = trb(ji,jj,jk,jpnum) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    234234              tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zmortzgoc - zgrazpoc - zgrazffep + zgrapoc2 
    235235              tra(ji,jj,jk,jpnum) = tra(ji,jj,jk,jpnum) - zgrazpoc * znumpoc + zgrapoc2 * xkr_dmeso      & 
     
    248248      END DO 
    249249      ! 
    250       IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc ) THEN 
     250      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN 
    251251         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zw3d ) 
    252252         IF( iom_use( "GRAZ2" ) ) THEN 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmicro.F90

    r4996 r5348  
    5959CONTAINS 
    6060 
    61    SUBROUTINE p4z_micro( kt, jnt ) 
     61   SUBROUTINE p4z_micro( kt, knt ) 
    6262      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6363      !!                     ***  ROUTINE p4z_micro  *** 
     
    6868      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6969      INTEGER, INTENT(in) ::  kt  ! ocean time step 
    70       INTEGER, INTENT(in) ::  jnt  
     70      INTEGER, INTENT(in) ::  knt  
    7171      ! 
    7272      INTEGER  :: ji, jj, jk 
     
    9090         DO jj = 1, jpj 
    9191            DO ji = 1, jpi 
    92                zcompaz = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpzoo) - 1.e-9 ), 0.e0 ) 
     92               zcompaz = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) - 1.e-9 ), 0.e0 ) 
    9393               zstep   = xstep 
    9494# if defined key_degrad 
     
    9999               !  Respiration rates of both zooplankton 
    100100               !  ------------------------------------- 
    101                zrespz = resrat * zfact * trn(ji,jj,jk,jpzoo) / ( xkmort + trn(ji,jj,jk,jpzoo) )  & 
     101               zrespz = resrat * zfact * trb(ji,jj,jk,jpzoo) / ( xkmort + trb(ji,jj,jk,jpzoo) )  & 
    102102                  &   + resrat * zfact * 3. * nitrfac(ji,jj,jk) 
    103103 
     
    105105               !  no real reason except that it seems to be more stable and may mimic predation. 
    106106               !  --------------------------------------------------------------- 
    107                ztortz = mzrat * 1.e6 * zfact * trn(ji,jj,jk,jpzoo) 
    108  
    109                zcompadi  = MIN( MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpdia) - xthreshdia ), 0.e0 ), xsizedia ) 
    110                zcompaph  = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpphy) - xthreshphy ), 0.e0 ) 
    111                zcompapoc = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jppoc) - xthreshpoc ), 0.e0 ) 
     107               ztortz = mzrat * 1.e6 * zfact * trb(ji,jj,jk,jpzoo) 
     108 
     109               zcompadi  = MIN( MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpdia) - xthreshdia ), 0.e0 ), xsizedia ) 
     110               zcompaph  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpphy) - xthreshphy ), 0.e0 ) 
     111               zcompapoc = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jppoc) - xthreshpoc ), 0.e0 ) 
    112112                
    113113               !     Microzooplankton grazing 
     
    117117               zdenom    = zfoodlim / ( xkgraz + zfoodlim ) 
    118118               zdenom2   = zdenom / ( zfood + rtrn ) 
    119                zgraze    = grazrat * zstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpzoo)  
     119               zgraze    = grazrat * zstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpzoo)  
    120120 
    121121               zgrazp    = zgraze  * xpref2p * zcompaph  * zdenom2  
     
    123123               zgrazsd   = zgraze  * xpref2d * zcompadi  * zdenom2  
    124124 
    125                zgrazpf   = zgrazp  * trn(ji,jj,jk,jpnfe) / (trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
    126                zgrazmf   = zgrazm  * trn(ji,jj,jk,jpsfe) / (trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
    127                zgrazsf   = zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdfe) / (trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
     125               zgrazpf   = zgrazp  * trb(ji,jj,jk,jpnfe) / (trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
     126               zgrazmf   = zgrazm  * trb(ji,jj,jk,jpsfe) / (trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
     127               zgrazsf   = zgrazsd * trb(ji,jj,jk,jpdfe) / (trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
    128128               ! 
    129129               zgraztot  = zgrazp  + zgrazm  + zgrazsd  
     
    165165               tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) - zgrazp 
    166166               tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) - zgrazsd 
    167                tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazp  * trn(ji,jj,jk,jpnch)/(trn(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
    168                tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdch)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    169                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdsi)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    170                tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazsd * trn(ji,jj,jk,jpdsi)/(trn(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
     167               tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazp  * trb(ji,jj,jk,jpnch)/(trb(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
     168               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazsd * trb(ji,jj,jk,jpdch)/(trb(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
     169               tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazsd * trb(ji,jj,jk,jpdsi)/(trb(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
     170               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazsd * trb(ji,jj,jk,jpdsi)/(trb(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    171171               tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) - zgrazpf 
    172172               tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zgrazsf 
     
    184184#if defined key_kriest 
    185185               tra(ji,jj,jk,jpnum) = tra(ji,jj,jk,jpnum) + zmortz * xkr_dmicro & 
    186                                                          - zgrazm * trn(ji,jj,jk,jpnum) / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
     186                                                         - zgrazm * trb(ji,jj,jk,jpnum) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    187187#endif 
    188188            END DO 
     
    190190      END DO 
    191191      ! 
    192       IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc ) THEN 
     192      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN 
    193193         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zw3d ) 
    194194         IF( iom_use( "GRAZ1" ) ) THEN 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmort.F90

    r4624 r5348  
    8585         DO jj = 1, jpj 
    8686            DO ji = 1, jpi 
    87                zcompaph = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpphy) - 1e-8 ), 0.e0 ) 
     87               zcompaph = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpphy) - 1e-8 ), 0.e0 ) 
    8888               zstep    = xstep 
    8989# if defined key_degrad 
     
    9494               !     due to turbulence is negligible. Mortality is also set 
    9595               !     to 0 
    96                zsizerat = MIN(1., MAX( 0., (quotan(ji,jj,jk) - 0.2) / 0.3) ) * trn(ji,jj,jk,jpphy) 
     96               zsizerat = MIN(1., MAX( 0., (quotan(ji,jj,jk) - 0.2) / 0.3) ) * trb(ji,jj,jk,jpphy) 
    9797               !     Squared mortality of Phyto similar to a sedimentation term during 
    9898               !     blooms (Doney et al. 1996) 
     
    102102               !     increased when nutrients are limiting phytoplankton growth 
    103103               !     as observed for instance in case of iron limitation. 
    104                ztortp = mprat * xstep * zcompaph / ( xkmort + trn(ji,jj,jk,jpphy) ) * zsizerat 
     104               ztortp = mprat * xstep * zcompaph / ( xkmort + trb(ji,jj,jk,jpphy) ) * zsizerat 
    105105 
    106106               zmortp = zrespp + ztortp 
     
    108108               !   Update the arrays TRA which contains the biological sources and sinks 
    109109 
    110                zfactfe = trn(ji,jj,jk,jpnfe)/(trn(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
    111                zfactch = trn(ji,jj,jk,jpnch)/(trn(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
     110               zfactfe = trb(ji,jj,jk,jpnfe)/(trb(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
     111               zfactch = trb(ji,jj,jk,jpnch)/(trb(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
    112112               tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) - zmortp 
    113113               tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zmortp * zfactch 
     
    172172            DO ji = 1, jpi 
    173173 
    174                zcompadi = MAX( ( trn(ji,jj,jk,jpdia) - 1e-9), 0. ) 
     174               zcompadi = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpdia) - 1e-9), 0. ) 
    175175 
    176176               !    Aggregation term for diatoms is increased in case of nutrient 
     
    186186               zlim2   = xlimdia(ji,jj,jk) * xlimdia(ji,jj,jk) 
    187187               zlim1   = 0.25 * ( 1. - zlim2 ) / ( 0.25 + zlim2 )  
    188                zrespp2 = 1.e6 * zstep * (  wchld + wchldm * zlim1 ) * xdiss(ji,jj,jk) * zcompadi * trn(ji,jj,jk,jpdia) 
     188               zrespp2 = 1.e6 * zstep * (  wchld + wchldm * zlim1 ) * xdiss(ji,jj,jk) * zcompadi * trb(ji,jj,jk,jpdia) 
    189189 
    190190               !     Phytoplankton mortality.  
    191191               !     ------------------------ 
    192                ztortp2 = mprat2 * zstep * trn(ji,jj,jk,jpdia)  / ( xkmort + trn(ji,jj,jk,jpdia) ) * zcompadi  
     192               ztortp2 = mprat2 * zstep * trb(ji,jj,jk,jpdia)  / ( xkmort + trb(ji,jj,jk,jpdia) ) * zcompadi  
    193193 
    194194               zmortp2 = zrespp2 + ztortp2 
     
    196196               !   Update the arrays tra which contains the biological sources and sinks 
    197197               !   --------------------------------------------------------------------- 
    198                zfactch = trn(ji,jj,jk,jpdch) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    199                zfactfe = trn(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    200                zfactsi = trn(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     198               zfactch = trb(ji,jj,jk,jpdch) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     199               zfactfe = trb(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     200               zfactsi = trb(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    201201               tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) - zmortp2  
    202202               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zmortp2 * zfactch 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zopt.F90

    r5236 r5348  
    6060CONTAINS 
    6161 
    62    SUBROUTINE p4z_opt( kt, jnt ) 
     62   SUBROUTINE p4z_opt( kt, knt ) 
    6363      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6464      !!                     ***  ROUTINE p4z_opt  *** 
     
    7070      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7171      ! 
    72       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, jnt   ! ocean time step 
     72      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt   ! ocean time step 
    7373      ! 
    7474      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
     
    8686      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zpar, ze0, ze1, ze2, ze3 ) 
    8787 
    88       IF( jnt == 1 .AND. ln_varpar ) CALL p4z_opt_sbc( kt ) 
     88      IF( knt == 1 .AND. ln_varpar ) CALL p4z_opt_sbc( kt ) 
    8989 
    9090      !     Initialisation of variables used to compute PAR 
     
    9999!CDIR NOVERRCHK 
    100100            DO ji = 1, jpi 
    101                zchl = ( trn(ji,jj,jk,jpnch) + trn(ji,jj,jk,jpdch) + rtrn ) * 1.e6 
     101               zchl = ( trb(ji,jj,jk,jpnch) + trb(ji,jj,jk,jpdch) + rtrn ) * 1.e6 
    102102               zchl = MIN(  10. , MAX( 0.05, zchl )  ) 
    103103               irgb = NINT( 41 + 20.* LOG10( zchl ) + rtrn ) 
     
    214214      ! 
    215215      IF( lk_iomput ) THEN 
    216         IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     216        IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    217217           IF( iom_use( "Heup"  ) ) CALL iom_put( "Heup" , heup(:,:  ) * tmask(:,:,1) )  ! euphotic layer deptht 
    218218           IF( iom_use( "PARDM" ) ) CALL iom_put( "PARDM", zpar(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Photosynthetically Available Radiation 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zprod.F90

    r5206 r5348  
    6464CONTAINS 
    6565 
    66    SUBROUTINE p4z_prod( kt , jnt ) 
     66   SUBROUTINE p4z_prod( kt , knt ) 
    6767      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6868      !!                     ***  ROUTINE p4z_prod  *** 
     
    7474      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7575      ! 
    76       INTEGER, INTENT(in) :: kt, jnt 
     76      INTEGER, INTENT(in) :: kt, knt 
    7777      ! 
    7878      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
     
    160160                      ztn         = MAX( 0., tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - 15. ) 
    161161                      zadap       = xadap * ztn / ( 2.+ ztn ) 
    162                       zconctemp   = MAX( 0.e0 , trn(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
    163                       zconctemp2  = trn(ji,jj,jk,jpdia) - zconctemp 
     162                      zconctemp   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
     163                      zconctemp2  = trb(ji,jj,jk,jpdia) - zconctemp 
    164164                      znanotot    = enano(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj) 
    165165                      zdiattot    = ediat(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj) 
    166166                      ! 
    167167                      zpislopead (ji,jj,jk) = pislope * ( 1.+ zadap  * EXP( -znanotot ) )  & 
    168                          &                   * trn(ji,jj,jk,jpnch) /( trn(ji,jj,jk,jpphy) * 12. + rtrn) 
     168                         &                   * trb(ji,jj,jk,jpnch) /( trb(ji,jj,jk,jpphy) * 12. + rtrn) 
    169169                      ! 
    170                       zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn )   & 
    171                          &                   * trn(ji,jj,jk,jpdch) /( trn(ji,jj,jk,jpdia) * 12. + rtrn) 
     170                      zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn )   & 
     171                         &                   * trb(ji,jj,jk,jpdch) /( trb(ji,jj,jk,jpdia) * 12. + rtrn) 
    172172 
    173173                      ! Computation of production function for Carbon 
     
    199199                      ztn         = MAX( 0., tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - 15. ) 
    200200                      zadap       = ztn / ( 2.+ ztn ) 
    201                       zconctemp   = MAX( 0.e0 , trn(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
    202                       zconctemp2  = trn(ji,jj,jk,jpdia) - zconctemp 
     201                      zconctemp   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
     202                      zconctemp2  = trb(ji,jj,jk,jpdia) - zconctemp 
    203203                      ! 
    204204                      zpislopead (ji,jj,jk) = pislope  * ( 1.+ zadap  * EXP( -0.21 * enano(ji,jj,jk) ) ) 
    205                       zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp)  / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    206  
    207                       zpislopen =  zpislopead(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpnch)                & 
    208                         &          / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) * 12.                  + rtrn )   & 
     205                      zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp)  / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     206 
     207                      zpislopen =  zpislopead(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpnch)                & 
     208                        &          / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) * 12.                  + rtrn )   & 
    209209                        &          / ( prmax(ji,jj,jk) * rday * xlimphy(ji,jj,jk) + rtrn ) 
    210210 
    211                       zpislope2n = zpislopead2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdch)                & 
    212                         &          / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) * 12.                  + rtrn )   & 
     211                      zpislope2n = zpislopead2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdch)                & 
     212                        &          / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) * 12.                  + rtrn )   & 
    213213                        &          / ( prmax(ji,jj,jk) * rday * xlimdia(ji,jj,jk) + rtrn ) 
    214214 
     
    258258                   !    Si/C is arbitrariliy increased for very high Si concentrations 
    259259                   !    to mimic the very high ratios observed in the Southern Ocean (silpot2) 
    260                   zlim  = trn(ji,jj,jk,jpsil) / ( trn(ji,jj,jk,jpsil) + xksi1 ) 
     260                  zlim  = trb(ji,jj,jk,jpsil) / ( trb(ji,jj,jk,jpsil) + xksi1 ) 
    261261                  zsilim = MIN( zprdia(ji,jj,jk) / ( prmax(ji,jj,jk) + rtrn ), xlimsi(ji,jj,jk) ) 
    262262                  zsilfac = 4.4 * EXP( -4.23 * zsilim ) * MAX( 0.e0, MIN( 1., 2.2 * ( zlim - 0.5 ) )  ) + 1.e0 
    263                   zsiborn = trn(ji,jj,jk,jpsil) * trn(ji,jj,jk,jpsil) * trn(ji,jj,jk,jpsil) 
     263                  zsiborn = trb(ji,jj,jk,jpsil) * trb(ji,jj,jk,jpsil) * trb(ji,jj,jk,jpsil) 
    264264                  IF (gphit(ji,jj) < -30 ) THEN 
    265265                    zsilfac2 = 1. + 2. * zsiborn / ( zsiborn + xksi2**3 ) 
     
    304304               IF( etot_ndcy(ji,jj,jk) > 1.E-3 ) THEN 
    305305                  !  production terms for nanophyto. 
    306                   zprorca(ji,jj,jk) = zprbio(ji,jj,jk)  * xlimphy(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpphy) * rfact2 
     306                  zprorca(ji,jj,jk) = zprbio(ji,jj,jk)  * xlimphy(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpphy) * rfact2 
    307307                  zpronew(ji,jj,jk) = zprorca(ji,jj,jk) * xnanono3(ji,jj,jk) / ( xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk) + rtrn ) 
    308308                  ! 
    309                   zratio = trn(ji,jj,jk,jpnfe) / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
     309                  zratio = trb(ji,jj,jk,jpnfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
    310310                  zratio = zratio / fecnm  
    311311                  zmax   = MAX( 0., ( 1. - zratio ) / ABS( 1.05 - zratio ) )  
     
    313313                  &             * ( 4. - 4.5 * xlimnfe(ji,jj,jk) / ( xlimnfe(ji,jj,jk) + 0.5 ) )    & 
    314314                  &             * biron(ji,jj,jk) / ( biron(ji,jj,jk) + concnfe(ji,jj,jk) )  & 
    315                   &             * zmax * trn(ji,jj,jk,jpphy) * rfact2 
     315                  &             * zmax * trb(ji,jj,jk,jpphy) * rfact2 
    316316                  !  production terms for diatomees 
    317                   zprorcad(ji,jj,jk) = zprdia(ji,jj,jk) * xlimdia(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdia) * rfact2 
     317                  zprorcad(ji,jj,jk) = zprdia(ji,jj,jk) * xlimdia(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdia) * rfact2 
    318318                  zpronewd(ji,jj,jk) = zprorcad(ji,jj,jk) * xdiatno3(ji,jj,jk) / ( xdiatno3(ji,jj,jk) + xdiatnh4(ji,jj,jk) + rtrn ) 
    319319                  ! 
    320                   zratio = trn(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     320                  zratio = trb(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    321321                  zratio = zratio / fecdm  
    322322                  zmax   = MAX( 0., ( 1. - zratio ) / ABS( 1.05 - zratio ) )  
     
    324324                  &             * ( 4. - 4.5 * xlimdfe(ji,jj,jk) / ( xlimdfe(ji,jj,jk) + 0.5 ) )    & 
    325325                  &             * biron(ji,jj,jk) / ( biron(ji,jj,jk) + concdfe(ji,jj,jk) )  & 
    326                   &             * zmax * trn(ji,jj,jk,jpdia) * rfact2 
     326                  &             * zmax * trb(ji,jj,jk,jpdia) * rfact2 
    327327               ENDIF 
    328328            END DO 
     
    368368                     !  production terms for nanophyto. ( chlorophyll ) 
    369369                     znanotot = enano(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj) 
    370                      zprod = rday * zprorca(ji,jj,jk) * zprnch(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpphy) * xlimphy(ji,jj,jk) 
     370                     zprod = rday * zprorca(ji,jj,jk) * zprnch(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpphy) * xlimphy(ji,jj,jk) 
    371371                     zprochln(ji,jj,jk) = chlcmin * 12. * zprorca (ji,jj,jk) 
    372372                     zprochln(ji,jj,jk) = zprochln(ji,jj,jk) + (chlcnm-chlcmin) * 144. * zprod            & 
    373                      &                    / ( zpislopead(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpnch) * znanotot +rtrn ) 
     373                     &                    / ( zpislopead(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpnch) * znanotot +rtrn ) 
    374374                     !  production terms for diatomees ( chlorophyll ) 
    375375                     zdiattot = ediat(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj) 
    376                      zprod = rday * zprorcad(ji,jj,jk) * zprdch(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdia) * xlimdia(ji,jj,jk) 
     376                     zprod = rday * zprorcad(ji,jj,jk) * zprdch(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdia) * xlimdia(ji,jj,jk) 
    377377                     zprochld(ji,jj,jk) = chlcmin * 12. * zprorcad(ji,jj,jk) 
    378378                     zprochld(ji,jj,jk) = zprochld(ji,jj,jk) + (chlcdm-chlcmin) * 144. * zprod             & 
    379                      &                    / ( zpislopead2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdch) * zdiattot +rtrn ) 
     379                     &                    / ( zpislopead2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdch) * zdiattot +rtrn ) 
    380380                  ENDIF 
    381381               END DO 
     
    414414 
    415415    ! Total primary production per year 
    416     IF( iom_use( "tintpp" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend .AND. jnt == nrdttrc )  )  & 
     416    IF( iom_use( "tintpp" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend .AND. knt == nrdttrc )  )  & 
    417417         & tpp = glob_sum( ( zprorca(:,:,:) + zprorcad(:,:,:) ) * cvol(:,:,:) ) 
    418418 
    419419    IF( lk_iomput ) THEN 
    420        IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     420       IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    421421          CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zw2d ) 
    422422          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zw3d ) 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zrem.F90

    r4996 r5348  
    5959CONTAINS 
    6060 
    61    SUBROUTINE p4z_rem( kt, jnt ) 
     61   SUBROUTINE p4z_rem( kt, knt ) 
    6262      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6363      !!                     ***  ROUTINE p4z_rem  *** 
     
    6868      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6969      ! 
    70       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, jnt ! ocean time step 
     70      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
    7171      ! 
    7272      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
     
    104104               zdep = MAX( hmld(ji,jj), heup(ji,jj) ) 
    105105               IF( fsdept(ji,jj,jk) < zdep ) THEN 
    106                   zdepbac(ji,jj,jk) = MIN( 0.7 * ( trn(ji,jj,jk,jpzoo) + 2.* trn(ji,jj,jk,jpmes) ), 4.e-6 ) 
     106                  zdepbac(ji,jj,jk) = MIN( 0.7 * ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) + 2.* trb(ji,jj,jk,jpmes) ), 4.e-6 ) 
    107107                  ztempbac(ji,jj)   = zdepbac(ji,jj,jk) 
    108108               ELSE 
     
    119119            DO ji = 1, jpi 
    120120               ! denitrification factor computed from O2 levels 
    121                nitrfac(ji,jj,jk) = MAX(  0.e0, 0.4 * ( 6.e-6  - trn(ji,jj,jk,jpoxy) )    & 
    122                   &                                / ( oxymin + trn(ji,jj,jk,jpoxy) )  ) 
     121               nitrfac(ji,jj,jk) = MAX(  0.e0, 0.4 * ( 6.e-6  - trb(ji,jj,jk,jpoxy) )    & 
     122                  &                                / ( oxymin + trb(ji,jj,jk,jpoxy) )  ) 
    123123               nitrfac(ji,jj,jk) = MIN( 1., nitrfac(ji,jj,jk) ) 
    124124            END DO 
     
    140140               ! Ammonification in oxic waters with oxygen consumption 
    141141               ! ----------------------------------------------------- 
    142                zolimit = zremik * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) ) * trn(ji,jj,jk,jpdoc)  
    143                zolimi(ji,jj,jk) = MIN( ( trn(ji,jj,jk,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, zolimit )  
     142               zolimit = zremik * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) ) * trb(ji,jj,jk,jpdoc)  
     143               zolimi(ji,jj,jk) = MIN( ( trb(ji,jj,jk,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, zolimit )  
    144144               ! Ammonification in suboxic waters with denitrification 
    145145               ! ------------------------------------------------------- 
    146                denitr(ji,jj,jk)  = MIN(  ( trn(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit,   & 
    147                   &                     zremik * nitrfac(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdoc)  ) 
     146               denitr(ji,jj,jk)  = MIN(  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit,   & 
     147                  &                     zremik * nitrfac(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc)  ) 
    148148               ! 
    149149               zolimi (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, zolimi (ji,jj,jk) ) 
     
    165165               ! below 2 umol/L. Inhibited at strong light  
    166166               ! ---------------------------------------------------------- 
    167                zonitr  =nitrif * zstep * trn(ji,jj,jk,jpnh4) / ( 1.+ emoy(ji,jj,jk) ) * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) )  
    168                denitnh4(ji,jj,jk) = nitrif * zstep * trn(ji,jj,jk,jpnh4) * nitrfac(ji,jj,jk)  
     167               zonitr  =nitrif * zstep * trb(ji,jj,jk,jpnh4) / ( 1.+ emoy(ji,jj,jk) ) * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) )  
     168               denitnh4(ji,jj,jk) = nitrif * zstep * trb(ji,jj,jk,jpnh4) * nitrfac(ji,jj,jk)  
    169169               ! Update of the tracers trends 
    170170               ! ---------------------------- 
     
    192192               ! ---------------------------------------------------------- 
    193193               zbactfer = 10.e-6 *  rfact2 * prmax(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)             & 
    194                   &              * trn(ji,jj,jk,jpfer) / ( 2.5E-10 + trn(ji,jj,jk,jpfer) )    & 
     194                  &              * trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( 2.5E-10 + trb(ji,jj,jk,jpfer) )    & 
    195195                  &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
    196196#if defined key_kriest 
     
    228228               ! means a disaggregation constant about 0.5 the value in oxic zones 
    229229               ! ----------------------------------------------------------------- 
    230                zorem  = zremip * trn(ji,jj,jk,jppoc) 
    231                zofer  = zremip * trn(ji,jj,jk,jpsfe) 
     230               zorem  = zremip * trb(ji,jj,jk,jppoc) 
     231               zofer  = zremip * trb(ji,jj,jk,jpsfe) 
    232232#if ! defined key_kriest 
    233                zorem2 = zremip * trn(ji,jj,jk,jpgoc) 
    234                zofer2 = zremip * trn(ji,jj,jk,jpbfe) 
     233               zorem2 = zremip * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
     234               zofer2 = zremip * trb(ji,jj,jk,jpbfe) 
    235235#else 
    236                zorem2 = zremip * trn(ji,jj,jk,jpnum) 
     236               zorem2 = zremip * trb(ji,jj,jk,jpnum) 
    237237#endif 
    238238 
     
    272272               ! Remineralization rate of BSi depedant on T and saturation 
    273273               ! --------------------------------------------------------- 
    274                zsatur   = ( sio3eq(ji,jj,jk) - trn(ji,jj,jk,jpsil) ) / ( sio3eq(ji,jj,jk) + rtrn ) 
     274               zsatur   = ( sio3eq(ji,jj,jk) - trb(ji,jj,jk,jpsil) ) / ( sio3eq(ji,jj,jk) + rtrn ) 
    275275               zsatur   = MAX( rtrn, zsatur ) 
    276276               zsatur2  = ( 1. + tsn(ji,jj,jk,jp_tem) / 400.)**37 
     
    287287               zfactdep = xsilab * EXP(-( xsiremlab - xsirem ) * znusil2 * zdep / wsbio2 ) * ztem / ( ztem + 10. ) 
    288288               zsiremin = ( xsiremlab * zfactdep + xsirem * ( 1. - zfactdep ) ) * zstep * znusil 
    289                zosil    = zsiremin * trn(ji,jj,jk,jpgsi) 
     289               zosil    = zsiremin * trb(ji,jj,jk,jpgsi) 
    290290               ! 
    291291               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) - zosil 
     
    315315      END DO 
    316316 
    317       IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     317      IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    318318          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zw3d ) 
    319319          zfact = 1.e+3 * rfact2r  !  conversion from mol/l/kt to  mol/m3/s 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsbc.F90

    r5315 r5348  
    188188      INTEGER  :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    189189      INTEGER  :: ik50                !  last level where depth less than 50 m 
    190       INTEGER  ::   isrow             ! index for ORCA1 starting row 
     190      INTEGER  :: isrow             ! index for ORCA1 starting row 
    191191      REAL(wp) :: zexpide, zdenitide, zmaskt 
    192192      REAL(wp) :: ztimes_dust, ztimes_riv, ztimes_ndep  
     
    476476 
    477477               ii0 = 357             ;   ii1 =  357        ! Southern Island : Kerguelen 
    478                ij0 =  75  + iswrow   ;   ij1 =  76   + iswrow   
     478               ij0 =  75  + isrow   ;   ij1 =  76   + isrow   
    479479               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    480480               ! 
    481481               ii0 = 243             ;   ii1 =  243        ! South Georgia 
    482                ij0 =  57  + iswrow   ;   ij1 =   59  + iswrow  
     482               ij0 =  57  + isrow   ;   ij1 =   59  + isrow  
    483483               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    484484               ! 
    485485               ii0 = 227             ;   ii1 =  227        ! Falklands 
    486                ij0 =  71  + iswrow   ;   ij1 =   73  + iswrow   
     486               ij0 =  71  + isrow   ;   ij1 =   73  + isrow   
    487487               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    488488               ! 
    489489               ii0 = 326             ;   ii1 =  327        ! Crozet 
    490                ij0 =  79  + iswrow   ;   ij1 =   79  + iswrow  
     490               ij0 =  79  + isrow   ;   ij1 =   79  + isrow  
    491491               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    492492               !  
    493493               ii0 = 243             ;   ii1 =  243        ! South Orkney 
    494                ij0 =  56  + iswrow   ;   ij1 =   56  + iswrow   
     494               ij0 =  56  + isrow   ;   ij1 =   56  + isrow   
    495495               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    496496               ! 
    497497               ii0 = 283             ;   ii1 =  286        ! Bouvet Island 
    498                ij0 =  66  + iswrow   ;   ij1 =   66  + iswrow   
     498               ij0 =  66  + isrow   ;   ij1 =   66  + isrow   
    499499               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    500500               ! 
    501501               ii0 = 361             ;   ii1 =  361        ! Prince edwards 
    502                ij0 =  67  + iswrow   ;   ij1 =   68  + iswrow  
     502               ij0 =  67  + isrow   ;   ij1 =   68  + isrow  
    503503               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    504504               ! 
    505505               ii0 =  91             ;   ii1 =   92        ! Balleny islands 
    506                ij0 =  42  + iswrow   ;   ij1 =   43  + iswrow  
     506               ij0 =  42  + isrow   ;   ij1 =   43  + isrow  
    507507               zcmask( mi0(ii0):mi1(ii1),mj0(ij0):mj1(ij1), 1:jpk ) = 0.3_wp 
    508508               ! 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r5206 r5348  
    2121   USE p4zopt          !  optical model 
    2222   USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
    23    USE p4zrem          !  Remineralisation of organic matter 
    2423   USE p4zsbc          !  External source of nutrients  
    2524   USE p4zint          !  interpolation and computation of various fields 
     
    3029   PRIVATE 
    3130 
    32    PUBLIC   p4z_sed    
     31   PUBLIC   p4z_sed   
     32   PUBLIC   p4z_sed_alloc 
     33  
    3334 
    3435   !! * Module variables 
     36   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) :: nitrpot    !: Nitrogen fixation  
     37   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:  ) :: sdenit     !: Nitrate reduction in the sediments 
    3538   REAL(wp) :: r1_rday                  !: inverse of rday 
    36  
    37    INTEGER ::  numnit   
    38  
    3939 
    4040   !!* Substitution 
     
    4747CONTAINS 
    4848 
    49    SUBROUTINE p4z_sed( kt, jnt ) 
     49   SUBROUTINE p4z_sed( kt, knt ) 
    5050      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5151      !!                     ***  ROUTINE p4z_sed  *** 
     
    5858      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5959      ! 
    60       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, jnt ! ocean time step 
     60      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
    6161      INTEGER  ::   ji, jj, jk, ikt 
    6262#if ! defined key_sed 
     
    6969      REAL(wp) ::  zsiloss, zcaloss, zws3, zws4, zwsc, zdep, zwstpoc 
    7070      REAL(wp) ::  ztrfer, ztrpo4, zwdust, zlight 
    71       REAL(wp) ::  zrdenittot, zsdenittot, znitrpottot 
    7271      ! 
    7372      CHARACTER (len=25) :: charout 
    74       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zpdep, zsidep, zwork1, zwork2, zwork3, zwork4 
     73      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zpdep, zsidep, zwork1, zwork2, zwork3 
    7574      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zdenit2d, zironice, zbureff 
    7675      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zwsbio3, zwsbio4, zwscal 
    77       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: znitrpot, zirondep, zsoufer 
     76      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zirondep, zsoufer 
    7877      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7978      ! 
    8079      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_sed') 
    8180      ! 
    82       IF( kt == nittrc000 .AND. jnt == 1 )  THEN 
    83          r1_rday  = 1. / rday 
    84          IF( ln_check_mass .AND. lwp)  & 
    85            &  CALL ctl_opn( numnit, 'nitrogen.budget', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea ) 
    86       ENDIF 
     81      IF( kt == nittrc000 .AND. knt == 1 )   r1_rday  = 1. / rday 
    8782      ! 
    8883      ! Allocate temporary workspace 
    89       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zdenit2d, zwork1, zwork2, zwork3, zwork4, zbureff ) 
     84      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zdenit2d, zwork1, zwork2, zwork3, zbureff ) 
    9085      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zwsbio3, zwsbio4, zwscal ) 
    91       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, znitrpot, zsoufer ) 
     86      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zsoufer ) 
    9287 
    9388      zdenit2d(:,:) = 0.e0 
     
    9691      zwork2  (:,:) = 0.e0 
    9792      zwork3  (:,:) = 0.e0 
    98       zwork4  (:,:) = 0.e0 
    9993 
    10094      ! Iron input/uptake due to sea ice : Crude parameterization based on Lancelot et al. 
     
    108102               zdep    = rfact2 / fse3t(ji,jj,1) 
    109103               zwflux  = fmmflx(ji,jj) / 1000._wp 
    110                zfminus = MIN( 0._wp, -zwflux ) * trn(ji,jj,1,jpfer) * zdep 
     104               zfminus = MIN( 0._wp, -zwflux ) * trb(ji,jj,1,jpfer) * zdep 
    111105               zfplus  = MAX( 0._wp, -zwflux ) * icefeinput * zdep 
    112106               zironice(ji,jj) =  zfplus + zfminus 
     
    114108         END DO 
    115109         ! 
    116          trn(:,:,1,jpfer) = trn(:,:,1,jpfer) + zironice(:,:)  
     110         tra(:,:,1,jpfer) = tra(:,:,1,jpfer) + zironice(:,:)  
    117111         !  
    118          IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc .AND. iom_use( "Ironice" ) )   & 
     112         IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc .AND. iom_use( "Ironice" ) )   & 
    119113            &   CALL iom_put( "Ironice", zironice(:,:) * 1.e+3 * rfact2r * fse3t(:,:,1) * tmask(:,:,1) ) ! iron flux from ice 
    120114         ! 
     
    144138         END DO 
    145139         !                                              ! Iron solubilization of particles in the water column 
    146          trn(:,:,1,jppo4) = trn(:,:,1,jppo4) + zpdep   (:,:) 
    147          trn(:,:,1,jpsil) = trn(:,:,1,jpsil) + zsidep  (:,:) 
    148          trn(:,:,:,jpfer) = trn(:,:,:,jpfer) + zirondep(:,:,:)  
     140         tra(:,:,1,jppo4) = tra(:,:,1,jppo4) + zpdep   (:,:) 
     141         tra(:,:,1,jpsil) = tra(:,:,1,jpsil) + zsidep  (:,:) 
     142         tra(:,:,:,jpfer) = tra(:,:,:,jpfer) + zirondep(:,:,:)  
    149143         !  
    150144         IF( lk_iomput ) THEN 
    151             IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     145            IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    152146                IF( iom_use( "Irondep" ) )   & 
    153147                &  CALL iom_put( "Irondep", zirondep(:,:,1) * 1.e+3 * rfact2r * fse3t(:,:,1) * tmask(:,:,1) ) ! surface downward dust depo of iron 
     
    170164            DO ji = 1, jpi 
    171165               DO jk = 1, nk_rnf(ji,jj) 
    172                   trn(ji,jj,jk,jppo4) = trn(ji,jj,jk,jppo4) +  rivdip(ji,jj) * rfact2 
    173                   trn(ji,jj,jk,jpno3) = trn(ji,jj,jk,jpno3) +  rivdin(ji,jj) * rfact2 
    174                   trn(ji,jj,jk,jpfer) = trn(ji,jj,jk,jpfer) +  rivdic(ji,jj) * 5.e-5 * rfact2 
    175                   trn(ji,jj,jk,jpsil) = trn(ji,jj,jk,jpsil) +  rivdsi(ji,jj) * rfact2 
    176                   trn(ji,jj,jk,jpdic) = trn(ji,jj,jk,jpdic) +  rivdic(ji,jj) * rfact2 
    177                   trn(ji,jj,jk,jptal) = trn(ji,jj,jk,jptal) +  ( rivalk(ji,jj) - rno3 * rivdin(ji,jj) ) * rfact2 
     166                  tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) +  rivdip(ji,jj) * rfact2 
     167                  tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) +  rivdin(ji,jj) * rfact2 
     168                  tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) +  rivdic(ji,jj) * 5.e-5 * rfact2 
     169                  tra(ji,jj,jk,jpsil) = tra(ji,jj,jk,jpsil) +  rivdsi(ji,jj) * rfact2 
     170                  tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) +  rivdic(ji,jj) * rfact2 
     171                  tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) +  ( rivalk(ji,jj) - rno3 * rivdin(ji,jj) ) * rfact2 
    178172               ENDDO 
    179173            ENDDO 
     
    184178      ! ---------------------------------------------------------- 
    185179      IF( ln_ndepo ) THEN 
    186          trn(:,:,1,jpno3) = trn(:,:,1,jpno3) + nitdep(:,:) * rfact2 
    187          trn(:,:,1,jptal) = trn(:,:,1,jptal) - rno3 * nitdep(:,:) * rfact2 
     180         tra(:,:,1,jpno3) = tra(:,:,1,jpno3) + nitdep(:,:) * rfact2 
     181         tra(:,:,1,jptal) = tra(:,:,1,jptal) - rno3 * nitdep(:,:) * rfact2 
    188182      ENDIF 
    189183 
     
    191185      ! ------------------------------------------------------ 
    192186      IF( ln_ironsed ) THEN 
    193          trn(:,:,:,jpfer) = trn(:,:,:,jpfer) + ironsed(:,:,:) * rfact2 
     187         tra(:,:,:,jpfer) = tra(:,:,:,jpfer) + ironsed(:,:,:) * rfact2 
    194188         ! 
    195          IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc .AND. iom_use( "Ironsed" ) )   & 
     189         IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc .AND. iom_use( "Ironsed" ) )   & 
    196190            &   CALL iom_put( "Ironsed", ironsed(:,:,:) * 1.e+3 * tmask(:,:,:) ) ! iron inputs from sediments 
    197191      ENDIF 
     
    200194      ! ------------------------------------------------------ 
    201195      IF( ln_hydrofe ) THEN 
    202          trn(:,:,:,jpfer) = trn(:,:,:,jpfer) + hydrofe(:,:,:) * rfact2 
     196         tra(:,:,:,jpfer) = tra(:,:,:,jpfer) + hydrofe(:,:,:) * rfact2 
    203197         ! 
    204          IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc .AND. iom_use( "HYDR" ) )   & 
     198         IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc .AND. iom_use( "HYDR" ) )   & 
    205199            &   CALL iom_put( "HYDR", hydrofe(:,:,:) * 1.e+3 * tmask(:,:,:) ) ! hydrothermal iron input 
    206200      ENDIF 
     
    228222              ikt = mbkt(ji,jj) 
    229223# if defined key_kriest 
    230               zflx =    trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj)    * 1E3 * 1E6 / 1E4 
     224              zflx =    trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj)    * 1E3 * 1E6 / 1E4 
    231225# else 
    232               zflx = (  trn(ji,jj,ikt,jpgoc) * zwsbio4(ji,jj)   & 
    233                 &     + trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj) )  * 1E3 * 1E6 / 1E4 
     226              zflx = (  trb(ji,jj,ikt,jpgoc) * zwsbio4(ji,jj)   & 
     227                &     + trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj) )  * 1E3 * 1E6 / 1E4 
    234228#endif 
    235229              zflx  = LOG10( MAX( 1E-3, zflx ) ) 
    236               zo2   = LOG10( MAX( 10. , trn(ji,jj,ikt,jpoxy) * 1E6 ) ) 
    237               zno3  = LOG10( MAX( 1.  , trn(ji,jj,ikt,jpno3) * 1E6 * rno3 ) ) 
     230              zo2   = LOG10( MAX( 10. , trb(ji,jj,ikt,jpoxy) * 1E6 ) ) 
     231              zno3  = LOG10( MAX( 1.  , trb(ji,jj,ikt,jpno3) * 1E6 * rno3 ) ) 
    238232              zdep  = LOG10( fsdepw(ji,jj,ikt+1) ) 
    239233              zdenit2d(ji,jj) = -2.2567 - 1.185 * zflx - 0.221 * zflx**2 - 0.3995 * zno3 * zo2 + 1.25 * zno3    & 
     
    241235              zdenit2d(ji,jj) = 10.0**( zdenit2d(ji,jj) ) 
    242236              ! 
    243               zflx = (  trn(ji,jj,ikt,jpgoc) * zwsbio4(ji,jj)   & 
    244                 &     + trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj) ) * 1E6 
     237              zflx = (  trb(ji,jj,ikt,jpgoc) * zwsbio4(ji,jj)   & 
     238                &     + trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj) ) * 1E6 
    245239              zbureff(ji,jj) = 0.013 + 0.53 * zflx**2 / ( 7.0 + zflx )**2 
    246240           ENDIF 
     
    257251               ikt = mbkt(ji,jj)  
    258252# if defined key_kriest 
    259                zwork1(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwscal (ji,jj) 
    260                zwork2(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj) 
     253               zwork1(ji,jj) = trb(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwscal (ji,jj) 
     254               zwork2(ji,jj) = trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj) 
    261255# else 
    262                zwork1(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwsbio4(ji,jj) 
    263                zwork2(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpgoc) * zwsbio4(ji,jj) + trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj)  
     256               zwork1(ji,jj) = trb(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwsbio4(ji,jj) 
     257               zwork2(ji,jj) = trb(ji,jj,ikt,jpgoc) * zwsbio4(ji,jj) + trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zwsbio3(ji,jj)  
    264258# endif 
    265259               ! For calcite, burial efficiency is made a function of saturation 
    266260               zfactcal      = MIN( excess(ji,jj,ikt), 0.2 ) 
    267261               zfactcal      = MIN( 1., 1.3 * ( 0.2 - zfactcal ) / ( 0.4 - zfactcal ) ) 
    268                zwork3(ji,jj) = trn(ji,jj,ikt,jpcal) * zwscal(ji,jj) * 2.e0 * zfactcal 
     262               zwork3(ji,jj) = trb(ji,jj,ikt,jpcal) * zwscal(ji,jj) * 2.e0 * zfactcal 
    269263            ENDIF 
    270264         END DO 
     
    285279         DO ji = 1, jpi 
    286280            ikt  = mbkt(ji,jj) 
    287             zdep = xstep / fse3t(ji,jj,ikt) 
     281            zdep = xstep / fse3t(ji,jj,ikt)  
    288282            zws4 = zwsbio4(ji,jj) * zdep 
    289283            zwsc = zwscal (ji,jj) * zdep 
    290284# if defined key_kriest 
    291             zsiloss = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * zws4 
     285            zsiloss = trb(ji,jj,ikt,jpgsi) * zws4 
    292286# else 
    293             zsiloss = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwsc 
     287            zsiloss = trb(ji,jj,ikt,jpgsi) * zwsc 
    294288# endif 
    295             zcaloss = trn(ji,jj,ikt,jpcal) * zwsc 
     289            zcaloss = trb(ji,jj,ikt,jpcal) * zwsc 
    296290            ! 
    297             trn(ji,jj,ikt,jpgsi) = trn(ji,jj,ikt,jpgsi) - zsiloss 
    298             trn(ji,jj,ikt,jpcal) = trn(ji,jj,ikt,jpcal) - zcaloss 
     291            tra(ji,jj,ikt,jpgsi) = tra(ji,jj,ikt,jpgsi) - zsiloss 
     292            tra(ji,jj,ikt,jpcal) = tra(ji,jj,ikt,jpcal) - zcaloss 
    299293#if ! defined key_sed 
    300             trn(ji,jj,ikt,jpsil) = trn(ji,jj,ikt,jpsil) + zsiloss * zrivsil  
     294            tra(ji,jj,ikt,jpsil) = tra(ji,jj,ikt,jpsil) + zsiloss * zrivsil  
    301295            zfactcal = MIN( excess(ji,jj,ikt), 0.2 ) 
    302296            zfactcal = MIN( 1., 1.3 * ( 0.2 - zfactcal ) / ( 0.4 - zfactcal ) ) 
    303297            zrivalk  =  1._wp - ( rivalkinput * r1_ryyss ) * zfactcal / ( zsumsedcal + rtrn ) 
    304             trn(ji,jj,ikt,jptal) =  trn(ji,jj,ikt,jptal) + zcaloss * zrivalk * 2.0 
    305             trn(ji,jj,ikt,jpdic) =  trn(ji,jj,ikt,jpdic) + zcaloss * zrivalk 
     298            tra(ji,jj,ikt,jptal) =  tra(ji,jj,ikt,jptal) + zcaloss * zrivalk * 2.0 
     299            tra(ji,jj,ikt,jpdic) =  tra(ji,jj,ikt,jpdic) + zcaloss * zrivalk 
    306300#endif 
    307301         END DO 
     
    310304      DO jj = 1, jpj 
    311305         DO ji = 1, jpi 
    312             ikt     = mbkt(ji,jj) 
    313             zdep    = xstep / fse3t(ji,jj,ikt) 
     306            ikt  = mbkt(ji,jj) 
     307            zdep = xstep / fse3t(ji,jj,ikt)  
    314308            zws4 = zwsbio4(ji,jj) * zdep 
    315309            zws3 = zwsbio3(ji,jj) * zdep 
    316310            zrivno3 = 1. - zbureff(ji,jj) 
    317311# if ! defined key_kriest 
    318             trn(ji,jj,ikt,jpgoc) = trn(ji,jj,ikt,jpgoc) - trn(ji,jj,ikt,jpgoc) * zws4 
    319             trn(ji,jj,ikt,jppoc) = trn(ji,jj,ikt,jppoc) - trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3 
    320             trn(ji,jj,ikt,jpbfe) = trn(ji,jj,ikt,jpbfe) - trn(ji,jj,ikt,jpbfe) * zws4 
    321             trn(ji,jj,ikt,jpsfe) = trn(ji,jj,ikt,jpsfe) - trn(ji,jj,ikt,jpsfe) * zws3 
    322             zwstpoc              =  trn(ji,jj,ikt,jpgoc) * zws4 + trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3  
     312            tra(ji,jj,ikt,jpgoc) = tra(ji,jj,ikt,jpgoc) - trb(ji,jj,ikt,jpgoc) * zws4  
     313            tra(ji,jj,ikt,jppoc) = tra(ji,jj,ikt,jppoc) - trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3 
     314            tra(ji,jj,ikt,jpbfe) = tra(ji,jj,ikt,jpbfe) - trb(ji,jj,ikt,jpbfe) * zws4 
     315            tra(ji,jj,ikt,jpsfe) = tra(ji,jj,ikt,jpsfe) - trb(ji,jj,ikt,jpsfe) * zws3 
     316            zwstpoc              = trb(ji,jj,ikt,jpgoc) * zws4 + trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3 
    323317# else 
    324             trn(ji,jj,ikt,jpnum) = trn(ji,jj,ikt,jpnum) - trn(ji,jj,ikt,jpnum) * zws4 
    325             trn(ji,jj,ikt,jppoc) = trn(ji,jj,ikt,jppoc) - trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3 
    326             trn(ji,jj,ikt,jpsfe) = trn(ji,jj,ikt,jpsfe) - trn(ji,jj,ikt,jpsfe) * zws3 
    327             zwstpoc = trn(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3  
     318            tra(ji,jj,ikt,jpnum) = tra(ji,jj,ikt,jpnum) - trb(ji,jj,ikt,jpnum) * zws4  
     319            tra(ji,jj,ikt,jppoc) = tra(ji,jj,ikt,jppoc) - trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3 
     320            tra(ji,jj,ikt,jpsfe) = tra(ji,jj,ikt,jpsfe) - trb(ji,jj,ikt,jpsfe) * zws3 
     321            zwstpoc = trb(ji,jj,ikt,jppoc) * zws3  
    328322# endif 
    329323 
     
    331325            ! The 0.5 factor in zpdenit and zdenitt is to avoid negative NO3 concentration after both denitrification 
    332326            ! in the sediments and just above the sediments. Not very clever, but simpliest option. 
    333             zpdenit  = MIN( 0.5 * ( trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, zdenit2d(ji,jj) * zwstpoc * zrivno3 ) 
     327            zpdenit  = MIN( 0.5 * ( trb(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, zdenit2d(ji,jj) * zwstpoc * zrivno3 ) 
    334328            z1pdenit = zwstpoc * zrivno3 - zpdenit 
    335             zolimit = MIN( ( trn(ji,jj,ikt,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, z1pdenit * ( 1.- nitrfac(ji,jj,ikt) ) ) 
    336             zdenitt = MIN(  0.5 * ( trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, z1pdenit * nitrfac(ji,jj,ikt) ) 
    337             trn(ji,jj,ikt,jpdoc) = trn(ji,jj,ikt,jpdoc) + z1pdenit - zolimit - zdenitt 
    338             trn(ji,jj,ikt,jppo4) = trn(ji,jj,ikt,jppo4) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
    339             trn(ji,jj,ikt,jpnh4) = trn(ji,jj,ikt,jpnh4) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
    340             trn(ji,jj,ikt,jpno3) = trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rdenit * (zpdenit + zdenitt) 
    341             trn(ji,jj,ikt,jpoxy) = trn(ji,jj,ikt,jpoxy) - zolimit * o2ut 
    342             trn(ji,jj,ikt,jptal) = trn(ji,jj,ikt,jptal) + rno3 * (zolimit + (1.+rdenit) * (zpdenit + zdenitt) ) 
    343             trn(ji,jj,ikt,jpdic) = trn(ji,jj,ikt,jpdic) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
    344             zwork4(ji,jj) = rdenit * zpdenit * fse3t(ji,jj,ikt) 
     329            zolimit = MIN( ( trb(ji,jj,ikt,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, z1pdenit * ( 1.- nitrfac(ji,jj,ikt) ) ) 
     330            zdenitt = MIN(  0.5 * ( trb(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, z1pdenit * nitrfac(ji,jj,ikt) ) 
     331            tra(ji,jj,ikt,jpdoc) = tra(ji,jj,ikt,jpdoc) + z1pdenit - zolimit - zdenitt 
     332            tra(ji,jj,ikt,jppo4) = tra(ji,jj,ikt,jppo4) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
     333            tra(ji,jj,ikt,jpnh4) = tra(ji,jj,ikt,jpnh4) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
     334            tra(ji,jj,ikt,jpno3) = tra(ji,jj,ikt,jpno3) - rdenit * (zpdenit + zdenitt) 
     335            tra(ji,jj,ikt,jpoxy) = tra(ji,jj,ikt,jpoxy) - zolimit * o2ut 
     336            tra(ji,jj,ikt,jptal) = tra(ji,jj,ikt,jptal) + rno3 * (zolimit + (1.+rdenit) * (zpdenit + zdenitt) ) 
     337            tra(ji,jj,ikt,jpdic) = tra(ji,jj,ikt,jpdic) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
     338            sdenit(ji,jj) = rdenit * zpdenit * fse3t(ji,jj,ikt) 
    345339#endif 
    346340         END DO 
     
    362356#endif 
    363357               ztrfer = biron(ji,jj,jk)       / ( concfediaz + biron(ji,jj,jk)       ) 
    364                ztrpo4 = trn  (ji,jj,jk,jppo4) / ( concnnh4   + trn  (ji,jj,jk,jppo4) )  
     358               ztrpo4 = trb  (ji,jj,jk,jppo4) / ( concnnh4   + trb  (ji,jj,jk,jppo4) )  
    365359               zlight =  ( 1.- EXP( -etot_ndcy(ji,jj,jk) / diazolight ) )  
    366                znitrpot(ji,jj,jk) =  MAX( 0.e0, ( 0.6 * tgfunc(ji,jj,jk) - 2.15 ) * r1_rday )   & 
     360               nitrpot(ji,jj,jk) =  MAX( 0.e0, ( 0.6 * tgfunc(ji,jj,jk) - 2.15 ) * r1_rday )   & 
    367361                 &         *  zfact * MIN( ztrfer, ztrpo4 ) * zlight 
    368362               zsoufer(ji,jj,jk) = zlight * 2E-11 / (2E-11 + biron(ji,jj,jk)) 
     
    376370         DO jj = 1, jpj 
    377371            DO ji = 1, jpi 
    378                zfact = znitrpot(ji,jj,jk) * nitrfix 
    379                trn(ji,jj,jk,jpnh4) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) +             zfact 
    380                trn(ji,jj,jk,jptal) = trn(ji,jj,jk,jptal) + rno3      * zfact 
    381                trn(ji,jj,jk,jpoxy) = trn(ji,jj,jk,jpoxy) + o2nit     * zfact  
    382                trn(ji,jj,jk,jppo4) = trn(ji,jj,jk,jppo4) + concdnh4 / ( concdnh4 + trn(ji,jj,jk,jppo4) ) & 
    383                &                     * 0.002 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) * rfact2 / rday 
    384                trn(ji,jj,jk,jpfer) = trn(ji,jj,jk,jpfer) + 0.002 * 4E-10 * zsoufer(ji,jj,jk) * rfact2 / rday 
     372               zfact = nitrpot(ji,jj,jk) * nitrfix 
     373               tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) +             zfact 
     374               tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3      * zfact 
     375               tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) + o2nit     * zfact  
     376               tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + concdnh4 / ( concdnh4 + trb(ji,jj,jk,jppo4) ) & 
     377               &                     * 0.002 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) * xstep 
     378               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + 0.002 * 4E-10 * zsoufer(ji,jj,jk) * xstep 
    385379           END DO 
    386380         END DO  
    387381      END DO 
    388382 
    389       ! Global budget of N SMS : denitrification in the water column and in the sediment 
    390       !                          nitrogen fixation by the diazotrophs 
    391       ! -------------------------------------------------------------------------------- 
    392       zrdenittot   = glob_sum ( denitr(:,:,:) * rdenit * xnegtr(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
    393       zsdenittot   = glob_sum ( zwork4(:,:)   * e1e2t(:,:) ) 
    394       znitrpottot  = glob_sum ( znitrpot(:,:,:) * nitrfix              * cvol(:,:,:) ) 
    395       zfact = 1.e+3 * rfact2r * rno3 * 14. / 1.e12 * ryyss   ! conversion molC/l/kt ----> TgN/m3/year 
    396       ! 
    397       IF( ln_check_mass .AND. ( kt == nitend .AND. jnt == nrdttrc ) .AND. ( lwp )  )  & 
    398          &  WRITE(numnit,9100) ndastp, znitrpottot * zfact  , & 
    399          &                             zrdenittot  * zfact  , & 
    400          &                             zsdenittot  * zfact 
    401       ! 
    402383      IF( lk_iomput ) THEN 
    403          IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     384         IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    404385            zfact = 1.e+3 * rfact2r * rno3  !  conversion from molC/l/kt  to molN/m3/s 
    405             IF( iom_use("Nfix"   ) ) CALL iom_put( "Nfix"  , znitrpot(:,:,:) * nitrfix * zfact * tmask(:,:,:) )  ! nitrogen fixation  
    406             IF( iom_use("Sdenit" ) ) CALL iom_put( "Sdenit", zwork4(:,:) * zfact * tmask(:,:,1) )  ! Nitrate reduction in the sediments 
    407             IF( iom_use("tnfix"  ) ) CALL iom_put( "tnfix"  , znitrpottot * zfact  )               ! Global  nitrogen fixation 
    408             IF( iom_use("tdenit" ) ) CALL iom_put( "tdenit" , zrdenittot  * zfact  )               ! Total denitrification 
     386            IF( iom_use("Nfix"   ) ) CALL iom_put( "Nfix", nitrpot(:,:,:) * nitrfix * zfact * tmask(:,:,:) )  ! nitrogen fixation  
    409387            IF( iom_use("INTNFIX") ) THEN   ! nitrogen fixation rate in ocean ( vertically integrated ) 
    410388               zwork1(:,:) = 0. 
    411389               DO jk = 1, jpkm1 
    412                  zwork1(:,:) = zwork1(:,:) + znitrpot(:,:,jk) * nitrfix * zfact * fse3t(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     390                 zwork1(:,:) = zwork1(:,:) + nitrpot(:,:,jk) * nitrfix * zfact * fse3t(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
    413391               ENDDO 
    414392               CALL iom_put( "INTNFIX" , zwork1 )  
     
    417395      ELSE 
    418396         IF( ln_diatrc )  & 
    419             &  trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 12) = znitrpot(:,:,1) * nitrfix * rno3 * 1.e+3 * rfact2r * fse3t(:,:,1) * tmask(:,:,1) 
     397            &  trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 12) = nitrpot(:,:,1) * nitrfix * rno3 * 1.e+3 * rfact2r * fse3t(:,:,1) * tmask(:,:,1) 
    420398      ENDIF 
    421399      ! 
     
    423401         WRITE(charout, fmt="('sed ')") 
    424402         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    425          CALL prt_ctl_trc(tab4d=trn, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    426       ENDIF 
    427       ! 
    428       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zdenit2d, zwork1, zwork2, zwork3, zwork4, zbureff ) 
     403         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     404      ENDIF 
     405      ! 
     406      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zdenit2d, zwork1, zwork2, zwork3, zbureff ) 
    429407      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zwsbio3, zwsbio4, zwscal ) 
    430       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, znitrpot, zsoufer ) 
     408      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zsoufer ) 
    431409      ! 
    432410      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p4z_sed') 
     
    435413      ! 
    436414   END SUBROUTINE p4z_sed 
     415 
     416 
     417   INTEGER FUNCTION p4z_sed_alloc() 
     418      !!---------------------------------------------------------------------- 
     419      !!                     ***  ROUTINE p4z_sed_alloc  *** 
     420      !!---------------------------------------------------------------------- 
     421      ALLOCATE( nitrpot(jpi,jpj,jpk), sdenit(jpi,jpj), STAT=p4z_sed_alloc ) 
     422      ! 
     423      IF( p4z_sed_alloc /= 0 )   CALL ctl_warn('p4z_sed_alloc: failed to allocate arrays') 
     424      ! 
     425   END FUNCTION p4z_sed_alloc 
     426 
    437427 
    438428#else 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsink.F90

    r4996 r5348  
    7979   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8080 
    81    SUBROUTINE p4z_sink ( kt, jnt ) 
     81   SUBROUTINE p4z_sink ( kt, knt ) 
    8282      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8383      !!                     ***  ROUTINE p4z_sink  *** 
     
    8888      !! ** Method  : - ??? 
    8989      !!--------------------------------------------------------------------- 
    90       INTEGER, INTENT(in) :: kt, jnt 
     90      INTEGER, INTENT(in) :: kt, knt 
    9191      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jit 
    9292      INTEGER  ::   iiter1, iiter2 
     
    199199               zfact = zstep * xdiss(ji,jj,jk) 
    200200               !  Part I : Coagulation dependent on turbulence 
    201                zagg1 = 25.9  * zfact * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jppoc) 
    202                zagg2 = 4452. * zfact * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) 
     201               zagg1 = 25.9  * zfact * trb(ji,jj,jk,jppoc) * trb(ji,jj,jk,jppoc) 
     202               zagg2 = 4452. * zfact * trb(ji,jj,jk,jppoc) * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
    203203 
    204204               ! Part II : Differential settling 
    205205 
    206206               !  Aggregation of small into large particles 
    207                zagg3 =  47.1 * zstep * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) 
    208                zagg4 =  3.3  * zstep * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jppoc) 
     207               zagg3 =  47.1 * zstep * trb(ji,jj,jk,jppoc) * trb(ji,jj,jk,jpgoc) 
     208               zagg4 =  3.3  * zstep * trb(ji,jj,jk,jppoc) * trb(ji,jj,jk,jppoc) 
    209209 
    210210               zagg   = zagg1 + zagg2 + zagg3 + zagg4 
    211                zaggfe = zagg * trn(ji,jj,jk,jpsfe) / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
     211               zaggfe = zagg * trb(ji,jj,jk,jpsfe) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    212212 
    213213               ! Aggregation of DOC to POC :  
     
    215215               ! 2nd term is shear aggregation of DOC-POC 
    216216               ! 3rd term is differential settling of DOC-POC 
    217                zaggdoc  = ( ( 0.369 * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 102.4 * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * zfact       & 
    218                &            + 2.4 * zstep * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
     217               zaggdoc  = ( ( 0.369 * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) + 102.4 * trb(ji,jj,jk,jppoc) ) * zfact       & 
     218               &            + 2.4 * zstep * trb(ji,jj,jk,jppoc) ) * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    219219               ! transfer of DOC to GOC :  
    220220               ! 1st term is shear aggregation 
    221221               ! 2nd term is differential settling  
    222                zaggdoc2 = ( 3.53E3 * zfact + 0.1 * zstep ) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
     222               zaggdoc2 = ( 3.53E3 * zfact + 0.1 * zstep ) * trb(ji,jj,jk,jpgoc) * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    223223               ! tranfer of DOC to POC due to brownian motion 
    224                zaggdoc3 =  ( 5095. * trn(ji,jj,jk,jppoc) + 114. * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) ) *zstep * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
     224               zaggdoc3 =  ( 5095. * trb(ji,jj,jk,jppoc) + 114. * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) ) *zstep * 0.3 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    225225 
    226226               !  Update the trends 
     
    237237 
    238238     ! Total carbon export per year 
    239      IF( iom_use( "tcexp" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend .AND. jnt == nrdttrc )  )  & 
     239     IF( iom_use( "tcexp" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend .AND. knt == nrdttrc )  )  & 
    240240        &   t_oce_co2_exp = glob_sum( ( sinking(:,:,ik100) + sinking2(:,:,ik100) ) * e1e2t(:,:) * tmask(:,:,1) ) 
    241241     ! 
    242242     IF( lk_iomput ) THEN 
    243        IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     243       IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    244244          CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zw2d ) 
    245245          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zw3d ) 
     
    328328   !!---------------------------------------------------------------------- 
    329329 
    330    SUBROUTINE p4z_sink ( kt, jnt ) 
     330   SUBROUTINE p4z_sink ( kt, knt ) 
    331331      !!--------------------------------------------------------------------- 
    332332      !!                ***  ROUTINE p4z_sink  *** 
     
    338338      !!--------------------------------------------------------------------- 
    339339      ! 
    340       INTEGER, INTENT(in) :: kt, jnt 
     340      INTEGER, INTENT(in) :: kt, knt 
    341341      ! 
    342342      INTEGER  :: ji, jj, jk, jit, niter1, niter2 
     
    373373            DO ji = 1, jpi 
    374374               IF( tmask(ji,jj,jk) /= 0.e0 ) THEN 
    375                   znum = trn(ji,jj,jk,jppoc) / ( trn(ji,jj,jk,jpnum) + rtrn ) / xkr_massp 
     375                  znum = trb(ji,jj,jk,jppoc) / ( trb(ji,jj,jk,jpnum) + rtrn ) / xkr_massp 
    376376                  ! -------------- To avoid sinking speed over 50 m/day ------- 
    377377                  znum  = MIN( xnumm(jk), znum ) 
     
    435435               IF( tmask(ji,jj,jk) /= 0.e0 ) THEN 
    436436 
    437                   znum = trn(ji,jj,jk,jppoc)/(trn(ji,jj,jk,jpnum)+rtrn) / xkr_massp 
     437                  znum = trb(ji,jj,jk,jppoc)/(trb(ji,jj,jk,jpnum)+rtrn) / xkr_massp 
    438438                  !-------------- To avoid sinking speed over 50 m/day ------- 
    439439                  znum  = min(xnumm(jk),znum) 
     
    453453                  !    ---------------------------------------------- 
    454454 
    455                   zagg1 =  0.163 * trn(ji,jj,jk,jpnum)**2               & 
     455                  zagg1 =  0.163 * trb(ji,jj,jk,jpnum)**2               & 
    456456                     &            * 2.*( (zfm-1.)*(zfm*xkr_mass_max**3-xkr_mass_min**3)    & 
    457457                     &            * (zeps-1)/zdiv1 + 3.*(zfm*xkr_mass_max-xkr_mass_min)    & 
    458458                     &            * (zfm*xkr_mass_max**2-xkr_mass_min**2)                  & 
    459459                     &            * (zeps-1.)**2/(zdiv2*zdiv3))  
    460                   zagg2 =  2*0.163*trn(ji,jj,jk,jpnum)**2*zfm*                       & 
     460                  zagg2 =  2*0.163*trb(ji,jj,jk,jpnum)**2*zfm*                       & 
    461461                     &                   ((xkr_mass_max**3+3.*(xkr_mass_max**2          & 
    462462                     &                    *xkr_mass_min*(zeps-1.)/zdiv2                 & 
     
    466466                     &                    (zeps-2.)+(zeps-1.)/zdiv3)+(zeps-1.)/zdiv1))     
    467467 
    468                   zagg3 =  0.163*trn(ji,jj,jk,jpnum)**2*zfm**2*8. * xkr_mass_max**3   
     468                  zagg3 =  0.163*trb(ji,jj,jk,jpnum)**2*zfm**2*8. * xkr_mass_max**3   
    469469                   
    470470                 !    Aggregation of small into large particles 
     
    472472                 !    ---------------------------------------------- 
    473473 
    474                   zagg4 =  2.*3.141*0.125*trn(ji,jj,jk,jpnum)**2*                       & 
     474                  zagg4 =  2.*3.141*0.125*trb(ji,jj,jk,jpnum)**2*                       & 
    475475                     &                 xkr_wsbio_min*(zeps-1.)**2                         & 
    476476                     &                 *(xkr_mass_min**2*((1.-zsm*zfm)/(zdiv3*zdiv4)      & 
     
    479479                     &                 *xkr_eta)/(zdiv*zdiv3*zdiv5) )    
    480480 
    481                   zagg5 =   2.*3.141*0.125*trn(ji,jj,jk,jpnum)**2                         & 
     481                  zagg5 =   2.*3.141*0.125*trb(ji,jj,jk,jpnum)**2                         & 
    482482                     &                 *(zeps-1.)*zfm*xkr_wsbio_min                        & 
    483483                     &                 *(zsm*(xkr_mass_min**2-zfm*xkr_mass_max**2)         & 
     
    489489                  !     ------------------------------------ 
    490490 
    491                   zfract = 2.*3.141*0.125*trn(ji,jj,jk,jpmes)*12./0.12/0.06**3*trn(ji,jj,jk,jpnum)  & 
     491                  zfract = 2.*3.141*0.125*trb(ji,jj,jk,jpmes)*12./0.12/0.06**3*trb(ji,jj,jk,jpnum)  & 
    492492                    &      * (0.01/xkr_mass_min)**(1.-zeps)*0.1**2  & 
    493493                    &      * 10000.*xstep 
     
    496496                  !     -------------------------------------- 
    497497 
    498                   zaggdoc = 0.83 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) * xstep * xdiss(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdoc)   & 
    499                      &        + 0.005 * 231. * trn(ji,jj,jk,jpdoc) * xstep * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    500                   zaggdoc1 = 271. * trn(ji,jj,jk,jppoc) * xstep * xdiss(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdoc)  & 
    501                      &  + 0.02 * 16706. * trn(ji,jj,jk,jppoc) * xstep * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
     498                  zaggdoc = 0.83 * trb(ji,jj,jk,jpdoc) * xstep * xdiss(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc)   & 
     499                     &        + 0.005 * 231. * trb(ji,jj,jk,jpdoc) * xstep * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
     500                  zaggdoc1 = 271. * trb(ji,jj,jk,jppoc) * xstep * xdiss(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc)  & 
     501                     &  + 0.02 * 16706. * trb(ji,jj,jk,jppoc) * xstep * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    502502 
    503503# if defined key_degrad 
     
    514514                  zagg = 0.5 * xkr_stick * ( zaggsh + zaggsi ) 
    515515                  ! 
    516                   znumdoc = trn(ji,jj,jk,jpnum) / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
     516                  znumdoc = trb(ji,jj,jk,jpnum) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    517517                  tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zaggdoc + zaggdoc1 
    518518                  tra(ji,jj,jk,jpnum) = tra(ji,jj,jk,jpnum) + zfract + zaggdoc / xkr_massp - zagg 
     
    528528     ! 
    529529     IF( lk_iomput ) THEN 
    530         IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     530        IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    531531          CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zw2d ) 
    532532          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zw3d ) 
     
    800800      ztraz(:,:,:) = 0.e0 
    801801      zakz (:,:,:) = 0.e0 
    802       ztrb (:,:,:) = trn(:,:,:,jp_tra) 
     802      ztrb (:,:,:) = trb(:,:,:,jp_tra) 
    803803 
    804804      DO jk = 1, jpkm1 
     
    815815         !  first guess of the slopes interior values 
    816816         DO jk = 2, jpkm1 
    817             ztraz(:,:,jk) = ( trn(:,:,jk-1,jp_tra) - trn(:,:,jk,jp_tra) ) * tmask(:,:,jk) 
     817            ztraz(:,:,jk) = ( trb(:,:,jk-1,jp_tra) - trb(:,:,jk,jp_tra) ) * tmask(:,:,jk) 
    818818         END DO 
    819819         ztraz(:,:,1  ) = 0.0 
     
    846846                  zigma = zwsink2(ji,jj,jk+1) * zstep / fse3w(ji,jj,jk+1) 
    847847                  zew   = zwsink2(ji,jj,jk+1) 
    848                   psinkflx(ji,jj,jk+1) = -zew * ( trn(ji,jj,jk,jp_tra) - 0.5 * ( 1 + zigma ) * zakz(ji,jj,jk) ) * zstep 
     848                  psinkflx(ji,jj,jk+1) = -zew * ( trb(ji,jj,jk,jp_tra) - 0.5 * ( 1 + zigma ) * zakz(ji,jj,jk) ) * zstep 
    849849               END DO 
    850850            END DO 
     
    859859               DO ji = 1, jpi 
    860860                  zflx = ( psinkflx(ji,jj,jk) - psinkflx(ji,jj,jk+1) ) / fse3t(ji,jj,jk) 
    861                   trn(ji,jj,jk,jp_tra) = trn(ji,jj,jk,jp_tra) + zflx 
     861                  trb(ji,jj,jk,jp_tra) = trb(ji,jj,jk,jp_tra) + zflx 
    862862               END DO 
    863863            END DO 
     
    875875      END DO 
    876876 
    877       trn(:,:,:,jp_tra) = ztrb(:,:,:) 
     877      trb(:,:,:,jp_tra) = ztrb(:,:,:) 
    878878      psinkflx(:,:,:)   = 2. * psinkflx(:,:,:) 
    879879      ! 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsms.F90

    r4996 r5348  
    2424   USE p4zsed          !  Sedimentation 
    2525   USE p4zint          !  time interpolation 
     26   USE p4zrem          !  remineralisation 
    2627   USE iom             !  I/O manager 
    2728   USE trd_oce         !  Ocean trends variables 
     
    3637   PUBLIC   p4z_sms        ! called in p4zsms.F90 
    3738 
    38    REAL(wp) :: alkbudget, no3budget, silbudget, ferbudget 
    39    INTEGER ::  numco2, numnut  !: logical unit for co2 budget 
    40  
     39   REAL(wp) :: alkbudget, no3budget, silbudget, ferbudget, po4budget 
     40   REAL(wp) :: xfact1, xfact2 
     41   INTEGER ::  numco2, numnut, numnit  !: logical unit for co2 budget 
     42 
     43   !!* Array used to indicate negative tracer values 
     44   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   xnegtr     !: ??? 
     45 
     46 
     47   !! * Substitutions 
     48#  include "top_substitute.h90" 
    4149   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4250   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     
    6169      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index       
    6270      !! 
    63       INTEGER ::   jnt, jn, jl 
     71      INTEGER ::   ji, jj, jk, jnt, jn, jl 
     72      REAL(wp) ::  ztra 
     73#if defined key_kriest 
     74      REAL(wp) ::  zcoef1, zcoef2 
     75#endif 
    6476      CHARACTER (len=25) :: charout 
    65       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:)  :: ztrdpis 
    6677      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6778      ! 
    6879      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_sms') 
    6980      ! 
    70       IF( l_trdtrc )  THEN 
    71          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis )  
    72          DO jn = 1, jp_pisces 
    73             jl = jn + jp_pcs0 - 1 
    74             ztrdpis(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jl) 
    75          ENDDO 
    76       ENDIF 
    77       ! 
    7881      IF( kt == nittrc000 ) THEN 
     82        ! 
     83        ALLOCATE( xnegtr(jpi,jpj,jpk) ) 
    7984        ! 
    8085        CALL p4z_che                              ! initialize the chemical constants 
     
    8893      IF( ln_pisdmp .AND. MOD( kt - nn_dttrc, nn_pisdmp ) == 0 )   CALL p4z_dmp( kt )      ! Relaxation of some tracers 
    8994      ! 
     95      !                                                                    !   set time step size (Euler/Leapfrog) 
     96      IF( ( neuler == 0 .AND. kt == nittrc000 ) .OR. ln_top_euler ) THEN   ;    rfact = rdttrc(1)     !  at nittrc000 
     97      ELSEIF( kt <= nittrc000 + nn_dttrc )                          THEN   ;    rfact = 2. * rdttrc(1)   ! at nittrc000 or nittrc000+nn_dttrc (Leapfrog) 
     98      ENDIF 
     99      ! 
     100      IF( ( ln_top_euler .AND. kt == nittrc000 )  .OR. ( .NOT.ln_top_euler .AND. kt == nittrc000 + nn_dttrc ) ) THEN 
     101         rfactr  = 1. / rfact 
     102         rfact2  = rfact / FLOAT( nrdttrc ) 
     103         rfact2r = 1. / rfact2 
     104         xstep = rfact2 / rday         ! Time step duration for biology 
     105         IF(lwp) WRITE(numout,*)  
     106         IF(lwp) WRITE(numout,*) '    Passive Tracer  time step    rfact  = ', rfact, ' rdt = ', rdttra(1) 
     107         IF(lwp) write(numout,*) '    PISCES  Biology time step    rfact2 = ', rfact2 
     108         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     109      ENDIF 
     110 
     111      IF( ( neuler == 0 .AND. kt == nittrc000 ) .OR. ln_top_euler ) THEN 
     112         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1              !   SMS on tracer without Asselin time-filter 
     113            trb(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jn) 
     114         END DO 
     115      ENDIF 
     116      ! 
    90117      IF( ndayflxtr /= nday_year ) THEN      ! New days 
    91118         ! 
     
    105132      DO jnt = 1, nrdttrc          ! Potential time splitting if requested 
    106133         ! 
    107          CALL p4z_bio (kt, jnt)    ! Biology 
    108          CALL p4z_sed (kt, jnt)    ! Sedimentation 
    109          ! 
     134         CALL p4z_bio( kt, jnt )   ! Biology 
     135         CALL p4z_sed( kt, jnt )   ! Sedimentation 
     136         CALL p4z_lys( kt, jnt )   ! Compute CaCO3 saturation 
     137         CALL p4z_flx( kt, jnt )   ! Compute surface fluxes 
     138         ! 
     139         xnegtr(:,:,:) = 1.e0 
    110140         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    111             trb(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jn) 
    112          ENDDO 
    113          ! 
     141            DO jk = 1, jpk 
     142               DO jj = 1, jpj 
     143                  DO ji = 1, jpi 
     144                     IF( ( trb(ji,jj,jk,jn) + tra(ji,jj,jk,jn) ) < 0.e0 ) THEN 
     145                        ztra             = ABS( trb(ji,jj,jk,jn) ) / ( ABS( tra(ji,jj,jk,jn) ) + rtrn ) 
     146                        xnegtr(ji,jj,jk) = MIN( xnegtr(ji,jj,jk),  ztra ) 
     147                     ENDIF 
     148                 END DO 
     149               END DO 
     150            END DO 
     151         END DO 
     152         !                                ! where at least 1 tracer concentration becomes negative 
     153         !                                !  
     154         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
     155           trb(:,:,:,jn) = trb(:,:,:,jn) + xnegtr(:,:,:) * tra(:,:,:,jn) 
     156         END DO 
     157        ! 
     158         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
     159            tra(:,:,:,jn) = 0._wp 
     160         END DO 
     161         ! 
     162         IF( ln_top_euler ) THEN 
     163            DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
     164               trn(:,:,:,jn) = trb(:,:,:,jn) 
     165            END DO 
     166         ENDIF 
    114167      END DO 
    115168 
    116       IF( l_trdtrc )  THEN 
    117          DO jn = 1, jp_pisces 
    118             jl = jn + jp_pcs0 - 1 
    119             ztrdpis(:,:,:,jn) = ( ztrdpis(:,:,:,jn) - trn(:,:,:,jl) ) * rfact2r 
    120          ENDDO 
    121       ENDIF 
    122       CALL p4z_lys( kt )             ! Compute CaCO3 saturation 
    123       CALL p4z_flx( kt )             ! Compute surface fluxes 
    124  
    125       DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    126         CALL lbc_lnk( trn(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
    127         CALL lbc_lnk( trb(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
    128         CALL lbc_lnk( tra(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
     169#if defined key_kriest 
     170      !  
     171      zcoef1 = 1.e0 / xkr_massp  
     172      zcoef2 = 1.e0 / xkr_massp / 1.1 
     173      DO jk = 1,jpkm1 
     174         trb(:,:,jk,jpnum) = MAX(  trb(:,:,jk,jpnum), trb(:,:,jk,jppoc) * zcoef1 / xnumm(jk)  ) 
     175         trb(:,:,jk,jpnum) = MIN(  trb(:,:,jk,jpnum), trb(:,:,jk,jppoc) * zcoef2              ) 
    129176      END DO 
    130177      ! 
     178#endif 
     179      ! 
     180      ! 
     181      IF( l_trdtrc ) THEN 
     182         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
     183           CALL trd_trc( tra(:,:,:,jn), jn, jptra_sms, kt )   ! save trends 
     184         END DO 
     185      END IF 
     186      ! 
    131187      IF( lk_sed ) THEN  
    132188         ! 
     
    134190         ! 
    135191         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1 
    136            CALL lbc_lnk( trn(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
     192           CALL lbc_lnk( trb(:,:,:,jn), 'T', 1. ) 
    137193         END DO 
    138194         ! 
     
    141197      IF( lrst_trc )  CALL p4z_rst( kt, 'WRITE' )  !* Write PISCES informations in restart file  
    142198      ! 
    143       IF( l_trdtrc ) THEN 
    144          DO jn = 1, jp_pisces 
    145             jl = jn + jp_pcs0 - 1 
    146              ztrdpis(:,:,:,jn) = ztrdpis(:,:,:,jn) + tra(:,:,:,jl) 
    147              CALL trd_trc( ztrdpis(:,:,:,jn), jn, jptra_sms, kt )   ! save trends 
    148           END DO 
    149           CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis )  
    150       END IF 
    151       ! 
     199 
    152200      IF( lk_iomput .OR. ln_check_mass )  CALL p4z_chk_mass( kt ) ! Mass conservation checking 
    153201 
     
    280328               ztmas   = tmask(ji,jj,jk) 
    281329               ztmas1  = 1. - tmask(ji,jj,jk) 
    282                zcaralk = trn(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  ) 
    283                zco3    = ( zcaralk - trn(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1 
    284                zbicarb = ( 2. * trn(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk ) 
     330               zcaralk = trb(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  ) 
     331               zco3    = ( zcaralk - trb(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1 
     332               zbicarb = ( 2. * trb(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk ) 
    285333               hi(ji,jj,jk) = ( ak23(ji,jj,jk) * zbicarb / zco3 ) * ztmas + 1.e-9 * ztmas1 
    286334            END DO 
     
    361409      REAL(wp) ::  silmean = 91.51     ! mean value of silicate 
    362410      ! 
    363       REAL(wp) :: zarea, zalksum, zpo4sum, zno3sum, zsilsum 
     411      REAL(wp) :: zarea, zalksumn, zpo4sumn, zno3sumn, zsilsumn 
     412      REAL(wp) :: zalksumb, zpo4sumb, zno3sumb, zsilsumb 
    364413      !!--------------------------------------------------------------------- 
    365414 
     
    374423         zarea          = 1._wp / glob_sum( cvol(:,:,:) ) * 1e6               
    375424 
    376          zalksum = glob_sum( trn(:,:,:,jptal) * cvol(:,:,:)  ) * zarea 
    377          zpo4sum = glob_sum( trn(:,:,:,jppo4) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * po4r 
    378          zno3sum = glob_sum( trn(:,:,:,jpno3) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * rno3 
    379          zsilsum = glob_sum( trn(:,:,:,jpsil) * cvol(:,:,:)  ) * zarea 
     425         zalksumn = glob_sum( trn(:,:,:,jptal) * cvol(:,:,:)  ) * zarea 
     426         zpo4sumn = glob_sum( trn(:,:,:,jppo4) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * po4r 
     427         zno3sumn = glob_sum( trn(:,:,:,jpno3) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * rno3 
     428         zsilsumn = glob_sum( trn(:,:,:,jpsil) * cvol(:,:,:)  ) * zarea 
    380429  
    381          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       TALK mean : ', zalksum 
    382          trn(:,:,:,jptal) = trn(:,:,:,jptal) * alkmean / zalksum 
    383  
    384          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       PO4  mean : ', zpo4sum 
    385          trn(:,:,:,jppo4) = trn(:,:,:,jppo4) * po4mean / zpo4sum 
    386  
    387          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       NO3  mean : ', zno3sum 
    388          trn(:,:,:,jpno3) = trn(:,:,:,jpno3) * no3mean / zno3sum 
    389  
    390          IF(lwp) WRITE(numout,*) '       SiO3 mean : ', zsilsum 
    391          trn(:,:,:,jpsil) = MIN( 400.e-6,trn(:,:,:,jpsil) * silmean / zsilsum ) 
    392          ! 
    393       ENDIF 
    394  
     430         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       TALKN mean : ', zalksumn 
     431         trn(:,:,:,jptal) = trn(:,:,:,jptal) * alkmean / zalksumn 
     432 
     433         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       PO4N  mean : ', zpo4sumn 
     434         trn(:,:,:,jppo4) = trn(:,:,:,jppo4) * po4mean / zpo4sumn 
     435 
     436         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       NO3N  mean : ', zno3sumn 
     437         trn(:,:,:,jpno3) = trn(:,:,:,jpno3) * no3mean / zno3sumn 
     438 
     439         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       SiO3N mean : ', zsilsumn 
     440         trn(:,:,:,jpsil) = MIN( 400.e-6,trn(:,:,:,jpsil) * silmean / zsilsumn ) 
     441         ! 
     442         ! 
     443         IF( .NOT. ln_top_euler ) THEN 
     444            zalksumb = glob_sum( trb(:,:,:,jptal) * cvol(:,:,:)  ) * zarea 
     445            zpo4sumb = glob_sum( trb(:,:,:,jppo4) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * po4r 
     446            zno3sumb = glob_sum( trb(:,:,:,jpno3) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * rno3 
     447            zsilsumb = glob_sum( trb(:,:,:,jpsil) * cvol(:,:,:)  ) * zarea 
     448  
     449            IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ' 
     450            IF(lwp) WRITE(numout,*) '       TALKB mean : ', zalksumb 
     451            trb(:,:,:,jptal) = trb(:,:,:,jptal) * alkmean / zalksumb 
     452 
     453            IF(lwp) WRITE(numout,*) '       PO4B  mean : ', zpo4sumb 
     454            trb(:,:,:,jppo4) = trb(:,:,:,jppo4) * po4mean / zpo4sumb 
     455 
     456            IF(lwp) WRITE(numout,*) '       NO3B  mean : ', zno3sumb 
     457            trb(:,:,:,jpno3) = trb(:,:,:,jpno3) * no3mean / zno3sumb 
     458 
     459            IF(lwp) WRITE(numout,*) '       SiO3B mean : ', zsilsumb 
     460            trb(:,:,:,jpsil) = MIN( 400.e-6,trb(:,:,:,jpsil) * silmean / zsilsumb ) 
     461        ENDIF 
     462        ! 
     463      ENDIF 
     464        ! 
    395465   END SUBROUTINE p4z_dmp 
    396466 
     
    406476      INTEGER , INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index       
    407477      REAL(wp)               ::  zfact        
    408       !! 
     478      REAL(wp) ::  zrdenittot, zsdenittot, znitrpottot 
     479      CHARACTER(LEN=100)   ::   cltxt 
     480      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zvol 
     481      INTEGER :: jk 
     482      !!---------------------------------------------------------------------- 
     483 
     484      ! 
    409485      !!--------------------------------------------------------------------- 
    410486 
     
    413489            CALL ctl_opn( numco2, 'carbon.budget'  , 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea ) 
    414490            CALL ctl_opn( numnut, 'nutrient.budget', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea ) 
     491            CALL ctl_opn( numnit, 'nitrogen.budget', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea ) 
     492            xfact1 = rfact2r * 12. / 1.e15 * ryyss    ! conversion molC/kt --> PgC/yr 
     493            xfact2 = 1.e+3 * rno3 * 14. / 1.e12 * ryyss   ! conversion molC/l/s ----> TgN/m3/yr 
     494            cltxt='time-step   Alkalinity        Nitrate        Phosphorus         Silicate           Iron' 
     495            IF( lwp ) WRITE(numnut,*)  TRIM(cltxt) 
     496            IF( lwp ) WRITE(numnut,*)  
    415497         ENDIF 
    416498      ENDIF 
    417499 
     500      ! 
    418501      IF( iom_use( "pno3tot" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
    419502         !   Compute the budget of NO3, ALK, Si, Fer 
     
    431514      ENDIF 
    432515      ! 
    433       IF( iom_use( "psiltot" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     516      IF( iom_use( "ppo4tot" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     517         po4budget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jppo4)                     & 
     518            &                    + trn(:,:,:,jpphy) + trn(:,:,:,jpdia)  & 
     519            &                    + trn(:,:,:,jpzoo) + trn(:,:,:,jpmes)  & 
     520            &                    + trn(:,:,:,jppoc)                     & 
     521#if ! defined key_kriest 
     522            &                    + trn(:,:,:,jpgoc)                     & 
     523#endif 
     524            &                    + trn(:,:,:,jpdoc)                     ) * cvol(:,:,:)  ) 
     525         po4budget = po4budget / areatot 
     526         CALL iom_put( "ppo4tot", po4budget ) 
     527      ENDIF 
     528      ! 
     529      IF( iom_use( "psiltot" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
    434530         silbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpsil) + trn(:,:,:,jpgsi)  & 
    435531            &                    + trn(:,:,:,jpdsi)                     ) * cvol(:,:,:)  ) 
     
    439535      ENDIF 
    440536      ! 
    441       IF( iom_use( "palktot" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     537      IF( iom_use( "palktot" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
    442538         alkbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpno3) * rno3              & 
    443539            &                    + trn(:,:,:,jptal)                     & 
     
    448544      ENDIF 
    449545      ! 
    450       IF( iom_use( "pfertot" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     546      IF( iom_use( "pfertot" ) .OR. ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
    451547         ferbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpfer) + trn(:,:,:,jpnfe)  & 
    452548            &                    + trn(:,:,:,jpdfe)                     & 
     
    462558      ENDIF 
    463559      ! 
     560 
     561      ! Global budget of N SMS : denitrification in the water column and in the sediment 
     562      !                          nitrogen fixation by the diazotrophs 
     563      ! -------------------------------------------------------------------------------- 
     564      IF( iom_use( "tnfix" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     565         znitrpottot  = glob_sum ( nitrpot(:,:,:) * nitrfix * cvol(:,:,:) ) 
     566         CALL iom_put( "tnfix"  , znitrpottot * 1.e+3 * rno3 )  ! Global  nitrogen fixation molC/l  to molN/m3  
     567      ENDIF 
     568      ! 
     569      IF( iom_use( "tdenit" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     570         zrdenittot   = glob_sum ( denitr(:,:,:) * rdenit * xnegtr(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     571         CALL iom_put( "tdenit"  , zrdenittot * 1.e+3 * rno3 )  ! Total denitrification molC/l to molN/m3  
     572      ENDIF 
     573      ! 
     574      IF( iom_use( "Sdenit" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
     575         zsdenittot   = glob_sum ( sdenit(:,:) * e1e2t(:,:) ) 
     576         CALL iom_put( "Sdenit", sdenit(:,:) * zfact * tmask(:,:,1) )  ! Nitrate reduction in the sediments 
     577      ENDIF 
     578 
    464579      IF( ln_check_mass .AND. kt == nitend ) THEN   ! Compute the budget of NO3, ALK, Si, Fer 
    465          zfact = rfact2r * 12. / 1.e15 * ryyss    ! conversion molC/kt --> PgC/year 
    466580         t_atm_co2_flx  = t_atm_co2_flx / glob_sum( e1e2t(:,:) ) 
    467          t_oce_co2_flx  = t_oce_co2_flx         * zfact * (-1 ) 
    468          tpp            = tpp           * 1000. * zfact 
    469          t_oce_co2_exp  = t_oce_co2_exp * 1000. * zfact 
     581         t_oce_co2_flx  = t_oce_co2_flx         * xfact1 * (-1 ) 
     582         tpp            = tpp           * 1000. * xfact1 
     583         t_oce_co2_exp  = t_oce_co2_exp * 1000. * xfact1 
    470584         IF( lwp ) WRITE(numco2,9000) ndastp, t_atm_co2_flx, t_oce_co2_flx, tpp, t_oce_co2_exp 
    471          IF( lwp ) WRITE(numnut,9500) ndastp, alkbudget        * 1.e+06, & 
     585         IF( lwp ) WRITE(numnut,9100) ndastp, alkbudget        * 1.e+06, & 
    472586             &                                no3budget * rno3 * 1.e+06, & 
     587             &                                po4budget * po4r * 1.e+06, & 
    473588             &                                silbudget        * 1.e+06, & 
    474589             &                                ferbudget        * 1.e+09 
     590         ! 
     591         IF( lwp ) WRITE(numnit,9200) ndastp, znitrpottot * xfact2  , & 
     592         &                             zrdenittot  * xfact2  , & 
     593         &                             zsdenittot  * xfact2 
     594 
    475595      ENDIF 
    476596      ! 
    477597 9000  FORMAT(i8,f10.5,e18.10,f10.5,f10.5) 
    478  9500  FORMAT(i8,4e18.10) 
     598 9100  FORMAT(i8,5e18.10) 
     599 9200  FORMAT(i8,3f10.5) 
     600 
    479601       ! 
    480602   END SUBROUTINE p4z_chk_mass 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/sms_pisces.F90

    r4996 r5348  
    106106   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   tgfunc2   !: Temp. dependancy of mesozooplankton rates 
    107107 
    108    !!* Array used to indicate negative tracer values 
    109    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   xnegtr     !: ??? 
    110  
    111108#if defined key_kriest 
    112109   !!*  Kriest parameter for aggregation 
     
    131128      !!---------------------------------------------------------------------- 
    132129      USE lib_mpp , ONLY: ctl_warn 
    133       INTEGER ::   ierr(6)        ! Local variables 
     130      INTEGER ::   ierr(5)        ! Local variables 
    134131      !!---------------------------------------------------------------------- 
    135132      ierr(:) = 0 
     
    162159      ALLOCATE( tgfunc(jpi,jpj,jpk)  , tgfunc2(jpi,jpj,jpk) ,    STAT=ierr(5) ) 
    163160         ! 
    164       !* Array used to indicate negative tracer values   
    165       ALLOCATE( xnegtr(jpi,jpj,jpk)  ,                           STAT=ierr(6) ) 
    166161#endif 
    167162      ! 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r4996 r5348  
    7171      USE p4zmort         !  Mortality terms for phytoplankton 
    7272      USE p4zlys          !  Calcite saturation 
     73      USE p4zsed          !  Sedimentation & burial 
    7374      ! 
    7475      REAL(wp), SAVE :: sco2   =  2.312e-3_wp 
     
    9798      ierr = ierr +  p4z_rem_alloc() 
    9899      ierr = ierr +  p4z_flx_alloc() 
     100      ierr = ierr +  p4z_sed_alloc() 
    99101      ! 
    100102      IF( lk_mpp    )   CALL mpp_sum( ierr ) 
     
    107109      CALL p4z_sms_init       !  Maint routine 
    108110      !                                            ! Time-step 
    109       rfact   = rdttrc(1)                          ! --------- 
    110       rfactr  = 1. / rfact 
    111       rfact2  = rfact / FLOAT( nrdttrc ) 
    112       rfact2r = 1. / rfact2 
    113  
    114       IF(lwp) WRITE(numout,*) '    Passive Tracer  time step    rfact  = ', rfact, ' rdt = ', rdttra(1) 
    115       IF(lwp) write(numout,*) '    PISCES  Biology time step    rfact2 = ', rfact2 
    116  
    117  
    118111 
    119112      ! Set biological ratios 
     
    165158      END IF 
    166159 
    167       ! Time step duration for biology 
    168       xstep = rfact2 / rday 
    169160 
    170161      CALL p4z_sink_init      !  vertical flux of particulate organic matter 
  • branches/2015/dev_r5204_CNRS_PISCES_dcy/NEMOGCM/SETTE/param.cfg

    r4373 r5348  
    11#- forcing files storing  
    2 FORCING_DIR=~/FORCING 
     2FORCING_DIR=/workgpfs/rech/omr/romr006/FORCING 
    33#- input files storing  
    44INPUT_DIR=${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00 
     
    66#TMPDIR=${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00 
    77#- VALIDATION files storing  
    8 NEMO_VALIDATION_DIR=~/NEMO_VALIDATION 
     8NEMO_VALIDATION_DIR=/workgpfs/rech/omr/romr006/NEMO_VALIDATION 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.