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2015-07-15T17:46:12+02:00 (5 years ago)
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andrewryan
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    r5034 r5600  
    6262CONTAINS 
    6363 
    64    SUBROUTINE p4z_lim( kt, jnt ) 
     64   SUBROUTINE p4z_lim( kt, knt ) 
    6565      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6666      !!                     ***  ROUTINE p4z_lim  *** 
     
    7272      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7373      ! 
    74       INTEGER, INTENT(in)  :: kt, jnt 
     74      INTEGER, INTENT(in)  :: kt, knt 
    7575      ! 
    7676      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
    7777      REAL(wp) ::   zlim1, zlim2, zlim3, zlim4, zno3, zferlim 
    7878      REAL(wp) ::   zconcd, zconcd2, zconcn, zconcn2 
    79       REAL(wp) ::   z1_trndia, z1_trnphy, ztem1, ztem2, zetot1, zetot2 
     79      REAL(wp) ::   z1_trbdia, z1_trbphy, ztem1, ztem2, zetot1, zetot2 
    8080      REAL(wp) ::   zdenom, zratio, zironmin 
    8181      REAL(wp) ::   zconc1d, zconc1dnh4, zconc0n, zconc0nnh4    
     
    9090               ! Tuning of the iron concentration to a minimum level that is set to the detection limit 
    9191               !------------------------------------- 
    92                zno3    = trn(ji,jj,jk,jpno3) / 40.e-6 
     92               zno3    = trb(ji,jj,jk,jpno3) / 40.e-6 
    9393               zferlim = MAX( 3e-11 * zno3 * zno3, 5e-12 ) 
    9494               zferlim = MIN( zferlim, 7e-11 ) 
    95                trn(ji,jj,jk,jpfer) = MAX( trn(ji,jj,jk,jpfer), zferlim ) 
     95               trb(ji,jj,jk,jpfer) = MAX( trb(ji,jj,jk,jpfer), zferlim ) 
    9696 
    9797               ! Computation of a variable Ks for iron on diatoms taking into account 
    9898               ! that increasing biomass is made of generally bigger cells 
    9999               !------------------------------------------------ 
    100                zconcd   = MAX( 0.e0 , trn(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
    101                zconcd2  = trn(ji,jj,jk,jpdia) - zconcd 
    102                zconcn   = MAX( 0.e0 , trn(ji,jj,jk,jpphy) - xsizephy ) 
    103                zconcn2  = trn(ji,jj,jk,jpphy) - zconcn 
    104                z1_trnphy   = 1. / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
    105                z1_trndia   = 1. / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    106  
    107                concdfe(ji,jj,jk) = MAX( concdfer, ( zconcd2 * concdfer + concdfer * xsizerd * zconcd ) * z1_trndia ) 
    108                zconc1d           = MAX( concdno3, ( zconcd2 * concdno3 + concdno3 * xsizerd * zconcd ) * z1_trndia ) 
    109                zconc1dnh4        = MAX( concdnh4, ( zconcd2 * concdnh4 + concdnh4 * xsizerd * zconcd ) * z1_trndia ) 
    110  
    111                concnfe(ji,jj,jk) = MAX( concnfer, ( zconcn2 * concnfer + concnfer * xsizern * zconcn ) * z1_trnphy ) 
    112                zconc0n           = MAX( concnno3, ( zconcn2 * concnno3 + concnno3 * xsizern * zconcn ) * z1_trnphy ) 
    113                zconc0nnh4        = MAX( concnnh4, ( zconcn2 * concnnh4 + concnnh4 * xsizern * zconcn ) * z1_trnphy ) 
     100               zconcd   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia ) 
     101               zconcd2  = trb(ji,jj,jk,jpdia) - zconcd 
     102               zconcn   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpphy) - xsizephy ) 
     103               zconcn2  = trb(ji,jj,jk,jpphy) - zconcn 
     104               z1_trbphy   = 1. / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn ) 
     105               z1_trbdia   = 1. / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
     106 
     107               concdfe(ji,jj,jk) = MAX( concdfer, ( zconcd2 * concdfer + concdfer * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia ) 
     108               zconc1d           = MAX( concdno3, ( zconcd2 * concdno3 + concdno3 * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia ) 
     109               zconc1dnh4        = MAX( concdnh4, ( zconcd2 * concdnh4 + concdnh4 * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia ) 
     110 
     111               concnfe(ji,jj,jk) = MAX( concnfer, ( zconcn2 * concnfer + concnfer * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy ) 
     112               zconc0n           = MAX( concnno3, ( zconcn2 * concnno3 + concnno3 * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy ) 
     113               zconc0nnh4        = MAX( concnnh4, ( zconcn2 * concnnh4 + concnnh4 * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy ) 
    114114 
    115115               ! Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Small bacteria 
    116116               ! ------------------------------------------------------------- 
    117                zdenom = 1. /  ( concbno3 * concbnh4 + concbnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + concbno3 * trn(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
    118                xnanono3(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpno3) * concbnh4 * zdenom 
    119                xnanonh4(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) * concbno3 * zdenom 
     117               zdenom = 1. /  ( concbno3 * concbnh4 + concbnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + concbno3 * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
     118               xnanono3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * concbnh4 * zdenom 
     119               xnanonh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * concbno3 * zdenom 
    120120               ! 
    121121               zlim1    = xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk) 
    122                zlim2    = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + concbnh4 ) 
    123                zlim3    = trn(ji,jj,jk,jpfer) / ( concbfe + trn(ji,jj,jk,jpfer) ) 
    124                zlim4    = trn(ji,jj,jk,jpdoc) / ( xkdoc   + trn(ji,jj,jk,jpdoc) ) 
     122               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + concbnh4 ) 
     123               zlim3    = trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( concbfe + trb(ji,jj,jk,jpfer) ) 
     124               zlim4    = trb(ji,jj,jk,jpdoc) / ( xkdoc   + trb(ji,jj,jk,jpdoc) ) 
    125125               xlimbacl(ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 ) 
    126126               xlimbac (ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 ) * zlim4 
     
    128128               ! Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Small flagellates 
    129129               ! ----------------------------------------------- 
    130                zdenom = 1. /  ( zconc0n * zconc0nnh4 + zconc0nnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + zconc0n * trn(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
    131                xnanono3(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpno3) * zconc0nnh4 * zdenom 
    132                xnanonh4(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc0n    * zdenom 
     130               zdenom = 1. /  ( zconc0n * zconc0nnh4 + zconc0nnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + zconc0n * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
     131               xnanono3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * zconc0nnh4 * zdenom 
     132               xnanonh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc0n    * zdenom 
    133133               ! 
    134134               zlim1    = xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk) 
    135                zlim2    = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + zconc0nnh4 ) 
    136                zratio   = trn(ji,jj,jk,jpnfe) * z1_trnphy  
    137                zironmin = xcoef1 * trn(ji,jj,jk,jpnch) * z1_trnphy + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xnanono3(ji,jj,jk) 
     135               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + zconc0nnh4 ) 
     136               zratio   = trb(ji,jj,jk,jpnfe) * z1_trbphy  
     137               zironmin = xcoef1 * trb(ji,jj,jk,jpnch) * z1_trbphy + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xnanono3(ji,jj,jk) 
    138138               zlim3    = MAX( 0.,( zratio - zironmin ) / qnfelim ) 
    139139               xnanopo4(ji,jj,jk) = zlim2 
     
    143143               !   Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Diatoms 
    144144               !   ---------------------------------------------- 
    145                zdenom   = 1. / ( zconc1d * zconc1dnh4 + zconc1dnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + zconc1d * trn(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
    146                xdiatno3(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpno3) * zconc1dnh4 * zdenom 
    147                xdiatnh4(ji,jj,jk) = trn(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc1d    * zdenom 
     145               zdenom   = 1. / ( zconc1d * zconc1dnh4 + zconc1dnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + zconc1d * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
     146               xdiatno3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * zconc1dnh4 * zdenom 
     147               xdiatnh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc1d    * zdenom 
    148148               ! 
    149149               zlim1    = xdiatno3(ji,jj,jk) + xdiatnh4(ji,jj,jk) 
    150                zlim2    = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + zconc1dnh4  ) 
    151                zlim3    = trn(ji,jj,jk,jpsil) / ( trn(ji,jj,jk,jpsil) + xksi(ji,jj) ) 
    152                zratio   = trn(ji,jj,jk,jpdfe) * z1_trndia 
    153                zironmin = xcoef1 * trn(ji,jj,jk,jpdch) * z1_trndia + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xdiatno3(ji,jj,jk) 
     150               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + zconc1dnh4  ) 
     151               zlim3    = trb(ji,jj,jk,jpsil) / ( trb(ji,jj,jk,jpsil) + xksi(ji,jj) ) 
     152               zratio   = trb(ji,jj,jk,jpdfe) * z1_trbdia 
     153               zironmin = xcoef1 * trb(ji,jj,jk,jpdch) * z1_trbdia + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xdiatno3(ji,jj,jk) 
    154154               zlim4    = MAX( 0., ( zratio - zironmin ) / qdfelim ) 
    155155               xdiatpo4(ji,jj,jk) = zlim2 
     
    166166         DO jj = 1, jpj 
    167167            DO ji = 1, jpi 
    168                zlim1 =  ( trn(ji,jj,jk,jpno3) * concnnh4 + trn(ji,jj,jk,jpnh4) * concnno3 )    & 
    169                   &   / ( concnno3 * concnnh4 + concnnh4 * trn(ji,jj,jk,jpno3) + concnno3 * trn(ji,jj,jk,jpnh4) )  
    170                zlim2  = trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( trn(ji,jj,jk,jppo4) + concnnh4 ) 
    171                zlim3  = trn(ji,jj,jk,jpfer) / ( trn(ji,jj,jk,jpfer) +  5.E-11   ) 
     168               zlim1 =  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) * concnnh4 + trb(ji,jj,jk,jpnh4) * concnno3 )    & 
     169                  &   / ( concnno3 * concnnh4 + concnnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + concnno3 * trb(ji,jj,jk,jpnh4) )  
     170               zlim2  = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + concnnh4 ) 
     171               zlim3  = trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( trb(ji,jj,jk,jpfer) +  5.E-11   ) 
    172172               ztem1  = MAX( 0., tsn(ji,jj,jk,jp_tem) ) 
    173173               ztem2  = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - 10. 
    174                zetot1 = MAX( 0., etot(ji,jj,jk) - 1.) / ( 4. + etot(ji,jj,jk) )  
    175                zetot2 = 30. / ( 30. + etot(ji,jj,jk) )  
     174               zetot1 = MAX( 0., etot_ndcy(ji,jj,jk) - 1.) / ( 4. + etot_ndcy(ji,jj,jk) )  
     175               zetot2 = 30. / ( 30. + etot_ndcy(ji,jj,jk) )  
    176176 
    177177               xfracal(ji,jj,jk) = caco3r * MIN( zlim1, zlim2, zlim3 )                  & 
    178178                  &                       * ztem1 / ( 0.1 + ztem1 )                     & 
    179                   &                       * MAX( 1., trn(ji,jj,jk,jpphy) * 1.e6 / 2. )  & 
     179                  &                       * MAX( 1., trb(ji,jj,jk,jpphy) * 1.e6 / 2. )  & 
    180180                  &                       * zetot1 * zetot2               & 
    181181                  &                       * ( 1. + EXP(-ztem2 * ztem2 / 25. ) )         & 
     
    188188      ! 
    189189      ! 
    190       IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc ) THEN        ! save output diagnostics 
     190      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN        ! save output diagnostics 
    191191        IF( iom_use( "xfracal" ) ) CALL iom_put( "xfracal", xfracal(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! euphotic layer deptht 
    192192        IF( iom_use( "LNnut"   ) ) CALL iom_put( "LNnut"  , xlimphy(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Nutrient limitation term 
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