New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 5948 for branches/2014/dev_r4650_UKMO12_CFL_diags_take2/NEMOGCM/SETTE/sette.sh – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2015-11-30T11:47:24+01:00 (8 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merged in head of trunk (r5936)

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO12_CFL_diags_take2/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r5947 r5948  
    140140# SAS             :11 & 12 
    141141# ISOMIP          :13 & 14 
    142 # ORCA2_LIM_OBS:   15 
    143 # ORCA2_AGRIF_LIM :16 
    144 for config in  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 
     142# ORCA2_LIM_OBS   :15 
     143# ORCA2_AGRIF_LIM :16 & 17  
     144#                  18 & 19  
     145 
     146for config in  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 
    145147 
    146148do 
    … …  
    166168    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    167169    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    168     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    169170    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    170171    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    190191    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    191192    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    192     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    193193    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    194194    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    236236    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    237237    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    238     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    239238    set_namelist namelist_cfg jpni 1 
    240239    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    … …  
    263262    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    264263    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    265     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    266264    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    267265    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    290288    . ./prepare_exe_dir.sh 
    291289    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    292     NPROC=4 
     290    NPROC=8 
    293291    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    294292    cd ${EXE_DIR} 
    … …  
    300298    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    301299    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    302     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    303     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    304     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
     300    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     301    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    305302    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    306303    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    336333    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    337334    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    338     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    339     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    340     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
     335    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     336    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    341337    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    342338    set_namelist namelist_top_cfg ln_rsttr .true. 
    … …  
    396392    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    397393    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    398     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    399394    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    400395    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    435430    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    436431    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    437     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    438432    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    439433    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    472466    . ./prepare_exe_dir.sh 
    473467    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    474     NPROC=4 
     468    NPROC=8 
    475469    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    476470    cd ${EXE_DIR} 
    … …  
    481475    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    482476    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    483     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    484     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     477    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     478    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    485479    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    486480    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    515509    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    516510    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    517     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    518     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     511    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     512    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    519513    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    520514    set_namelist namelist_top_cfg ln_rsttr .true. 
    … …  
    656650    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    657651    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    658     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    659652    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    660653       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    680673    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    681674    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    682     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    683675    set_namelist namelist_cfg cn_ocerst_in \"O2L3_LONG_00000075_restart\" 
    684676    set_namelist namelist_ice_cfg cn_icerst_in \"O2L3_LONG_00000075_restart_ice\" 
    … …  
    721713    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    722714    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    723     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    724715    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    725716       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    746737    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    747738    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    748     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    749739    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    750740       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    10171007    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    10181008    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    1019     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    10201009    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    10211010    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    10411030    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    10421031    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    1043     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    10441032    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    10451033    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    10861074    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    10871075    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    1088     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    10891076    set_namelist namelist_cfg jpni 1 
    10901077    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    … …  
    11131100    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    11141101    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    1115     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    11161102    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    11171103    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    11521138    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    11531139    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    1154     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2    
    11551140    set_namelist namelist_cfg ln_t3d .true. 
    11561141    set_namelist namelist_cfg ln_s3d .true. 
    … …  
    11911176    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    11921177    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    1193     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    11941178    set_namelist namelist_cfg ln_t3d .true. 
    11951179    set_namelist namelist_cfg ln_s3d .true. 
    … …  
    12371221    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    12381222    set_namelist namelist_cfg jpnij 2 
     1223# 
    12391224    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
    12401225    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 150 
    12411226    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
    12421227    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1228 
    12431229    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    12441230       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    12521238fi 
    12531239 
     1240# test code corruption with AGRIF 
     1241# Compile and run with or without AGRIF ORCA2_LIM 
     1242if [ ${config} -eq 17 ] ;  then 
     1243    # First run same as 16 but without zoom 
     1244    export TEST_NAME="SHORT_NOZOOM" 
     1245    cd ${CONFIG_DIR} 
     1246    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_2_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1247    cd ${SETTE_DIR} 
     1248    . ./param.cfg 
     1249    . ./all_functions.sh 
     1250    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1251    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1252    NPROC=4 
     1253    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1254    cd ${EXE_DIR} 
     1255    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1256    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1257    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1258    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1259    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1260    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1261    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1262    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1263#  
     1264#   Set the number of fine grids to zero:     
     1265    sed -i "1s/.*/0/" ${EXE_DIR}/AGRIF_FixedGrids.in 
     1266 
     1267    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1268       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1269    else 
     1270       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1271    fi 
     1272    cd ${SETTE_DIR} 
     1273    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1274    cd ${SETTE_DIR} 
     1275    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1276 
     1277    export TEST_NAME="SHORT_NOAGRIF" 
     1278    cd ${CONFIG_DIR} 
     1279    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_2_2_NAG -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1280    cd ${SETTE_DIR} 
     1281    . ./param.cfg 
     1282    . ./all_functions.sh 
     1283    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1284    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1285    NPROC=4 
     1286    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1287    cd ${EXE_DIR} 
     1288    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1289    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1290    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1291    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1292    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1293    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1294    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1295    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1296# 
     1297    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1298       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1299    else 
     1300       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1301    fi 
     1302    cd ${SETTE_DIR} 
     1303    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1304    cd ${SETTE_DIR} 
     1305    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1306 
     1307fi 
     1308 
     1309## Restartability tests for ORCA2_LIM_AGRIF  
     1310if [ ${config} -eq 18 ] ;  then 
     1311    export TEST_NAME="LONG" 
     1312    cd ${CONFIG_DIR} 
     1313    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_LONG -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1314    cd ${SETTE_DIR} 
     1315    . ./param.cfg 
     1316    . ./all_functions.sh 
     1317    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1318    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1319    NPROC=4 
     1320    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1321    cd ${EXE_DIR} 
     1322    set_namelist namelist_cfg cn_exp \"O2LP_LONG\" 
     1323    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1324    set_namelist namelist_cfg nn_itend 150 
     1325    set_namelist namelist_cfg nn_stock 75 
     1326    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1327    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1328    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1329    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1330    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1331# 
     1332    set_namelist 1_namelist_cfg cn_exp \"O2LP_LONG\" 
     1333    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
     1334    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 300 
     1335    set_namelist 1_namelist_cfg nn_stock 150 
     1336    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1337    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1338# 
     1339    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1340       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1341    else 
     1342       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1343    fi 
     1344    cd ${SETTE_DIR} 
     1345    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1346     
     1347    cd ${SETTE_DIR} 
     1348    export TEST_NAME="SHORT" 
     1349    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1350    cd ${EXE_DIR} 
     1351    set_namelist namelist_cfg cn_exp \"O2LP_SHORT\" 
     1352    set_namelist namelist_cfg nn_it000 76 
     1353    set_namelist namelist_cfg nn_itend 150 
     1354    set_namelist namelist_cfg nn_stock 75 
     1355    set_namelist namelist_cfg ln_rstart .true. 
     1356    set_namelist namelist_cfg nn_rstctl 2 
     1357    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1358    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1359    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1360    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1361 
     1362    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1363    set_namelist 1_namelist_cfg cn_exp \"O2LP_SHORT\" 
     1364    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 151 
     1365    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 300 
     1366    set_namelist 1_namelist_cfg nn_stock 150 
     1367    set_namelist 1_namelist_cfg ln_rstart .true. 
     1368    set_namelist 1_namelist_cfg nn_rstctl 2 
     1369    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1370    set_namelist namelist_cfg cn_ocerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart\" 
     1371    set_namelist namelist_ice_cfg cn_icerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart_ice\" 
     1372 
     1373    set_namelist 1_namelist_cfg cn_ocerst_in \"O2LP_LONG_00000150_restart\" 
     1374 
     1375    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
     1376        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
     1377        L_NPROC=`printf "%04d\n" ${L_NPROC}` 
     1378        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_${L_NPROC}.nc . 
     1379        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_ice_${L_NPROC}.nc . 
     1380        ln -sf ../LONG/1_O2LP_LONG_00000150_restart_${L_NPROC}.nc . 
     1381    done 
     1382    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1383       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1384    else 
     1385       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1386    fi 
     1387    cd ${SETTE_DIR} 
     1388    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1389    cd ${SETTE_DIR} 
     1390    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1391fi 
     1392 
     1393## Reproducibility tests for ORCA2_LIM_AGRIF 
     1394if [ ${config} -eq 19 ] ;  then 
     1395    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
     1396    cd ${CONFIG_DIR} 
     1397    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_16 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1398    cd ${SETTE_DIR} 
     1399    . ./param.cfg 
     1400    . ./all_functions.sh 
     1401    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1402    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1403    NPROC=16 
     1404    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1405    cd ${EXE_DIR} 
     1406    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1407    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1408    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1409    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1410    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1411    set_namelist namelist_cfg jpni 4 
     1412    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     1413    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
     1414# 
     1415    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
     1416    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 150 
     1417    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1418    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1419 
     1420    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1421       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1422    else 
     1423       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1424    fi 
     1425    cd ${SETTE_DIR} 
     1426    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1427    cd ${SETTE_DIR} 
     1428    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1429 
     1430    cd ${SETTE_DIR} 
     1431    export TEST_NAME="REPRO_2_8" 
     1432    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1433    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1434    NPROC=16 
     1435    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1436    cd ${EXE_DIR} 
     1437    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1438    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1439    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1440    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1441    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1442    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1443    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
     1444    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
     1445# 
     1446    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
     1447    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 150 
     1448    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1449    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1450 
     1451    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1452       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1453    else 
     1454       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1455    fi 
     1456    cd ${SETTE_DIR} 
     1457    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1458    cd ${SETTE_DIR} 
     1459    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1460fi 
     1461 
    12541462done 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.