New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 6498 for branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2016-04-27T16:01:22+02:00 (8 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge head of nemo_v3_6_STABLE into package branch

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC
Files:
28 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/C14b/trcwri_c14b.F90

    r6486 r6498  
    5454   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5555   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    56    !! $Id$ 
     56   !! $Id$  
    5757   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5858   !!====================================================================== 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcwri_cfc.F90

    r6486 r6498  
    5454   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5555   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    56    !! $Id$ 
     56   !! $Id$  
    5757   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5858   !!====================================================================== 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcwri_my_trc.F90

    r6486 r6498  
    5454   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5555   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    56    !! $Id$ 
     56   !! $Id$  
    5757   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5858   !!====================================================================== 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zbio.F90

    r6487 r6498  
    3838   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3939   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    40    !! $Id$ 
     40   !! $Id$  
    4141   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4242   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zche.F90

    r6487 r6498  
    3131   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   sio3eq   ! chemistry of Si 
    3232   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   fekeq    ! chemistry of Fe 
    33    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   chemc    ! Solubilities of O2 and CO2 
    34    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   chemo2    ! Solubilities of O2 and CO2 
     33   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)  ::   chemc    ! Solubilities of O2 and CO2 
     34   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   chemo2   ! Solubilities of O2 and CO2 
    3535 
    3636   REAL(wp), PUBLIC ::   atcox  = 0.20946         ! units atm 
    … …  
    7676   REAL(wp) ::   st1    =      0.14     ! constants for calculate concentrations for sulfate 
    7777   REAL(wp) ::   st2    =  1./96.062    !  (Morris & Riley 1966) 
    78    REAL(wp) ::   ks0    =    141.328  
    79    REAL(wp) ::   ks1    =  -4276.1   
    80    REAL(wp) ::   ks2    =    -23.093 
    81    REAL(wp) ::   ks3    = -13856.   
    82    REAL(wp) ::   ks4    =   324.57  
    83    REAL(wp) ::   ks5    =   -47.986 
    84    REAL(wp) ::   ks6    =  35474.  
    85    REAL(wp) ::   ks7    =   -771.54 
    86    REAL(wp) ::   ks8    =    114.723 
    87    REAL(wp) ::   ks9    =  -2698.   
    88    REAL(wp) ::   ks10   =   1776.  
    89    REAL(wp) ::   ks11   =      1. 
    90    REAL(wp) ::   ks12   =     -0.001005  
    9178 
    9279   REAL(wp) ::   ft1    =    0.000067   ! constants for calculate concentrations for fluorides 
    9380   REAL(wp) ::   ft2    = 1./18.9984    ! (Dickson & Riley 1979 ) 
    94    REAL(wp) ::   kf0    =  -12.641     
    95    REAL(wp) ::   kf1    = 1590.2     
    96    REAL(wp) ::   kf2    =    1.525     
    97    REAL(wp) ::   kf3    =    1.0      
    98    REAL(wp) ::   kf4    =   -0.001005 
    99  
    100    REAL(wp) ::   cb0    = -8966.90      ! Coeff. for 1. dissoc. of boric acid  
    101    REAL(wp) ::   cb1    = -2890.53      ! (Dickson and Goyet, 1994) 
    102    REAL(wp) ::   cb2    =   -77.942 
    103    REAL(wp) ::   cb3    =     1.728 
    104    REAL(wp) ::   cb4    =    -0.0996 
    105    REAL(wp) ::   cb5    =   148.0248 
    106    REAL(wp) ::   cb6    =   137.1942 
    107    REAL(wp) ::   cb7    =     1.62142 
    108    REAL(wp) ::   cb8    =   -24.4344 
    109    REAL(wp) ::   cb9    =   -25.085 
    110    REAL(wp) ::   cb10   =    -0.2474  
    111    REAL(wp) ::   cb11   =     0.053105 
    112  
    113    REAL(wp) ::   cw0    = -13847.26     ! Coeff. for dissoc. of water (Dickson and Riley, 1979 ) 
    114    REAL(wp) ::   cw1    =    148.9652   
    115    REAL(wp) ::   cw2    =    -23.6521 
    116    REAL(wp) ::   cw3    =    118.67  
    117    REAL(wp) ::   cw4    =     -5.977  
    118    REAL(wp) ::   cw5    =      1.0495   
    119    REAL(wp) ::   cw6    =     -0.01615 
    12081 
    12182   !                                    ! volumetric solubility constants for o2 in ml/L   
    … …  
    200161         DO ji = 1, jpi 
    201162            !                             ! SET ABSOLUTE TEMPERATURE 
    202             ztkel = tsn(ji,jj,1,jp_tem) + 273.16 
     163            ztkel = tsn(ji,jj,1,jp_tem) + 273.15 
    203164            zt    = ztkel * 0.01 
    204165            zt2   = zt * zt 
    … …  
    209170            !                             !     AND FOR THE ATMOSPHERE FOR NON IDEAL GAS 
    210171            zcek1 = ca0 + ca1 / zt + ca2 * zlogt + ca3 * zt2 + zsal * ( ca4 + ca5 * zt + ca6 * zt2 ) 
    211             !                             ! LN(K0) OF SOLUBILITY OF O2 and N2 in ml/L (EQ. 8, GARCIA AND GORDON, 1992) 
    212             ztgg  = LOG( ( 298.15 - tsn(ji,jj,1,jp_tem) ) / ztkel )  ! Set the GORDON & GARCIA scaled temperature 
    213             ztgg2 = ztgg  * ztgg 
    214             ztgg3 = ztgg2 * ztgg 
    215             ztgg4 = ztgg3 * ztgg 
    216             ztgg5 = ztgg4 * ztgg 
    217             zoxy  = ox0 + ox1 * ztgg + ox2 * ztgg2 + ox3 * ztgg3 + ox4 * ztgg4 + ox5 * ztgg5   & 
    218                    + zsal * ( ox6 + ox7 * ztgg + ox8 * ztgg2 + ox9 * ztgg3 ) +  ox10 * zsal2 
    219  
    220172            !                             ! SET SOLUBILITIES OF O2 AND CO2  
    221             chemc(ji,jj,1) = EXP( zcek1 ) * 1.e-6 * rhop(ji,jj,1) / 1000.  ! mol/(L uatm) 
    222             chemc(ji,jj,2) = ( EXP( zoxy  ) * o2atm ) * oxyco              ! mol/(L atm) 
     173            chemc(ji,jj) = EXP( zcek1 ) * 1.e-6 * rhop(ji,jj,1) / 1000.  ! mol/(L uatm) 
    223174            ! 
    224175         END DO 
    … …  
    233184!CDIR NOVERRCHK 
    234185            DO ji = 1, jpi 
    235               ztkel = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.16 
     186              ztkel = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.15 
    236187              zsal  = tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + ( 1.- tmask(ji,jj,jk) ) * 35. 
    237188              zsal2 = zsal * zsal 
    … …  
    263214 
    264215               ! SET ABSOLUTE TEMPERATURE 
    265                ztkel   = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.16 
     216               ztkel   = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.15 
    266217               zsal    = tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + ( 1.-tmask(ji,jj,jk) ) * 35. 
    267218               zsqrt  = SQRT( zsal ) 
    … …  
    284235 
    285236               ! DISSOCIATION CONSTANT FOR SULFATES on free H scale (Dickson 1990) 
    286                zcks    = EXP(  ks1 * ztr + ks0 + ks2 * zlogt                           & 
    287                   &                     + ( ks3 * ztr + ks4 + ks5 * zlogt ) * zisqrt   & 
    288                   &                     + ( ks6 * ztr + ks7 + ks8 * zlogt ) * zis      & 
    289                   &                     + ks9 * ztr * zis * zisqrt + ks10 * ztr *zis2 + LOG( ks11 + ks12 *zsal )  ) 
     237               zcks    = EXP(-4276.1 * ztr + 141.328 - 23.093 * zlogt         & 
     238               &         + (-13856. * ztr + 324.57 - 47.986 * zlogt) * zisqrt & 
     239               &         + (35474. * ztr - 771.54 + 114.723 * zlogt) * zis    & 
     240               &         - 2698. * ztr * zis**1.5 + 1776.* ztr * zis2         & 
     241               &         + LOG(1.0 - 0.001005 * zsal)) 
     242               ! 
     243               aphscale(ji,jj,jk) = ( 1. + zst / zcks ) 
    290244 
    291245               ! DISSOCIATION CONSTANT FOR FLUORIDES on free H scale (Dickson and Riley 79) 
    292                zckf    = EXP(  kf1 * ztr + kf0 + kf2 * zisqrt + LOG( kf3 + kf4 * zsal )  ) 
     246               zckf    = EXP( 1590.2*ztr - 12.641 + 1.525*zisqrt   & 
     247               &         + LOG(1.0d0 - 0.001005d0*zsal)            & 
     248               &         + LOG(1.0d0 + zst/zcks)) 
    293249 
    294250               ! DISSOCIATION CONSTANT FOR CARBONATE AND BORATE 
    295                zckb    = ( cb0 + cb1 * zsqrt + cb2  * zsal + cb3 * zsal15 + cb4 * zsal * zsal ) * ztr   & 
    296                   &    + ( cb5 + cb6 * zsqrt + cb7  * zsal )                                            & 
    297                   &    + ( cb8 + cb9 * zsqrt + cb10 * zsal ) * zlogt + cb11 * zsqrt * ztkel             & 
    298                   &    + LOG(  ( 1.+ zst / zcks + zft / zckf ) / ( 1.+ zst / zcks )  ) 
     251               zckb=  (-8966.90 - 2890.53*zsqrt - 77.942*zsal        & 
     252               &      + 1.728*zsal15 - 0.0996*zsal*zsal)*ztr         & 
     253               &      + (148.0248 + 137.1942*zsqrt + 1.62142*zsal)   & 
     254               &      + (-24.4344 - 25.085*zsqrt - 0.2474*zsal)      &  
     255               &      * zlogt + 0.053105*zsqrt*ztkel 
     256 
    299257 
    300258               zck1    = c10 * ztr + c11 + c12 * zlogt + c13 * zsal + c14 * zsal * zsal 
    … …  
    302260 
    303261               ! PKW (H2O) (DICKSON AND RILEY, 1979) 
    304                zckw    = cw0 * ztr + cw1 + cw2 * zlogt + ( cw3 * ztr + cw4 + cw5 * zlogt ) * zsqrt + cw6 * zsal 
    305  
     262               zckw = -13847.26*ztr + 148.9652 - 23.6521 * zlogt    &  
     263               &     + (118.67*ztr - 5.977 + 1.0495 * zlogt)        & 
     264               &     * zsqrt - 0.01615 * zsal 
    306265 
    307266               ! APPARENT SOLUBILITY PRODUCT K'SP OF CALCITE IN SEAWATER 
    … …  
    378337      !!                     ***  ROUTINE p4z_che_alloc  *** 
    379338      !!---------------------------------------------------------------------- 
    380       ALLOCATE( sio3eq(jpi,jpj,jpk), fekeq(jpi,jpj,jpk), chemc(jpi,jpj,2), chemo2(jpi,jpj,jpk), STAT=p4z_che_alloc ) 
     339      ALLOCATE( sio3eq(jpi,jpj,jpk), fekeq(jpi,jpj,jpk), chemc(jpi,jpj), chemo2(jpi,jpj,jpk),   & 
     340      &         STAT=p4z_che_alloc ) 
    381341      ! 
    382342      IF( p4z_che_alloc /= 0 )   CALL ctl_warn('p4z_che_alloc : failed to allocate arrays.') 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r6486 r6498  
    4343   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4444   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    45    !! $Id$ 
     45   !! $Id$  
    4646   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4747   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zflx.F90

    r6487 r6498  
    8484      ! 
    8585      INTEGER  ::   ji, jj, jm, iind, iindm1 
    86       REAL(wp) ::   ztc, ztc2, ztc3, zws, zkgwan 
     86      REAL(wp) ::   ztc, ztc2, ztc3, ztc4, zws, zkgwan 
    8787      REAL(wp) ::   zfld, zflu, zfld16, zflu16, zfact 
    8888      REAL(wp) ::   zph, zah2, zbot, zdic, zalk, zsch_o2, zalka, zsch_co2 
    … …  
    135135 
    136136               ! CALCULATE [ALK]([CO3--], [HCO3-]) 
    137                zalk  = zalka - (  akw3(ji,jj,1) / zph - zph + zbot / ( 1.+ zph / akb3(ji,jj,1) )  ) 
     137               zalk  = zalka - (  akw3(ji,jj,1) / zph - zph / aphscale(ji,jj,1)    & 
     138               &       + zbot / ( 1.+ zph / akb3(ji,jj,1) )  ) 
    138139 
    139140               ! CALCULATE [H+] AND [H2CO3] 
    … …  
    162163            ztc2 = ztc * ztc 
    163164            ztc3 = ztc * ztc2  
     165            ztc4 = ztc2 * ztc2  
    164166            ! Compute the schmidt Number both O2 and CO2 
    165             zsch_co2 = 2073.1 - 125.62 * ztc + 3.6276 * ztc2 - 0.043126 * ztc3 
    166             zsch_o2  = 1953.4 - 128.0  * ztc + 3.9918 * ztc2 - 0.050091 * ztc3 
     167            zsch_co2 = 2116.8 - 136.25 * ztc + 4.7353 * ztc2 - 0.092307 * ztc3 + 0.0007555 * ztc4 
     168            zsch_o2  = 1920.4 - 135.6  * ztc + 5.2122 * ztc2 - 0.109390 * ztc3 + 0.0009377 * ztc4 
    167169            !  wind speed  
    168170            zws  = wndm(ji,jj) * wndm(ji,jj) 
    169171            ! Compute the piston velocity for O2 and CO2 
    170             zkgwan = 0.3 * zws  + 2.5 * ( 0.5246 + 0.016256 * ztc + 0.00049946  * ztc2 ) 
     172            zkgwan = 0.251 * zws 
    171173            zkgwan = zkgwan * xconv * ( 1.- fr_i(ji,jj) ) * tmask(ji,jj,1) 
    172174# if defined key_degrad 
    … …  
    182184         DO ji = 1, jpi 
    183185            ! Compute CO2 flux for the sea and air 
    184             zfld = satmco2(ji,jj) * patm(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * chemc(ji,jj,1) * zkgco2(ji,jj)   ! (mol/L) * (m/s) 
     186            zfld = satmco2(ji,jj) * patm(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * chemc(ji,jj) * zkgco2(ji,jj)   ! (mol/L) * (m/s) 
    185187            zflu = zh2co3(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * zkgco2(ji,jj)                                   ! (mol/L) (m/s) ? 
    186188            oce_co2(ji,jj) = ( zfld - zflu ) * rfact2 * e1e2t(ji,jj) * tmask(ji,jj,1) * 1000. 
    … …  
    189191 
    190192            ! Compute O2 flux  
    191             zfld16 = atcox * patm(ji,jj) * chemc(ji,jj,2) * tmask(ji,jj,1) * zkgo2(ji,jj)          ! (mol/L) * (m/s) 
     193            zfld16 = patm(ji,jj) * chemo2(ji,jj,1) * tmask(ji,jj,1) * zkgo2(ji,jj)          ! (mol/L) * (m/s) 
    192194            zflu16 = trb(ji,jj,1,jpoxy) * tmask(ji,jj,1) * zkgo2(ji,jj) 
    193195            zoflx(ji,jj) = zfld16 - zflu16 
    … …  
    222224         ENDIF 
    223225         IF( iom_use( "Dpco2" ) ) THEN 
    224            zw2d(:,:) = ( satmco2(:,:) * patm(:,:) - zh2co3(:,:) / ( chemc(:,:,1) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1) 
     226           zw2d(:,:) = ( satmco2(:,:) * patm(:,:) - zh2co3(:,:) / ( chemc(:,:) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1) 
    225227           CALL iom_put( "Dpco2" ,  zw2d ) 
    226228         ENDIF 
    227229         IF( iom_use( "Dpo2" ) )  THEN 
    228            zw2d(:,:) = ( atcox * patm(:,:) - trb(:,:,1,jpoxy) / ( chemc(:,:,2) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1) 
     230           zw2d(:,:) = ( atcox * patm(:,:) - atcox * trn(:,:,1,jpoxy) / ( chemo2(:,:,1) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1) 
    229231           CALL iom_put( "Dpo2"  , zw2d ) 
    230232         ENDIF 
    … …  
    238240            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 1) = zoflx(:,:) * 1000 * tmask(:,:,1)  
    239241            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 2) = zkgco2(:,:) * tmask(:,:,1)  
    240             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 3) = ( satmco2(:,:) * patm(:,:) - zh2co3(:,:) / ( chemc(:,:,1) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1)  
     242            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 3) = ( satmco2(:,:) * patm(:,:) - zh2co3(:,:) / ( chemc(:,:) + rtrn ) ) * tmask(:,:,1)  
    241243         ENDIF 
    242244      ENDIF 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlim.F90

    r6487 r6498  
    5656   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5757   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    58    !! $Id$ 
     58   !! $Id$  
    5959   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    6060   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlys.F90

    r6487 r6498  
    4242   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4343   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    44    !! $Id$ 
     44   !! $Id$  
    4545   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    4646   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    9191                  zalka = trb(ji,jj,jk,jptal) / zfact 
    9292                  ! CALCULATE [ALK]([CO3--], [HCO3-]) 
    93                   zalk  = zalka - ( akw3(ji,jj,jk) / zph - zph + borat(ji,jj,jk) / ( 1. + zph / akb3(ji,jj,jk) ) ) 
     93                  zalk  = zalka - ( akw3(ji,jj,jk) / zph - zph / ( aphscale(ji,jj,jk) + rtrn )  & 
     94                  &       + borat(ji,jj,jk) / ( 1. + zph / akb3(ji,jj,jk) ) ) 
    9495                  ! CALCULATE [H+] and [CO3--] 
    9596                  zaldi = zdic - zalk 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmeso.F90

    r6487 r6498  
    5454   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5555   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    56    !! $Id$ 
     56   !! $Id$  
    5757   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5858   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmicro.F90

    r6487 r6498  
    5353   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5454   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    55    !! $Id$ 
     55   !! $Id$  
    5656   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5757   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zopt.F90

    r6487 r6498  
    5555   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5656   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    57    !! $Id$ 
     57   !! $Id$  
    5858   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5959   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zprod.F90

    r6487 r6498  
    5959   !!---------------------------------------------------------------------- 
    6060   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    61    !! $Id$ 
     61   !! $Id$  
    6262   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    6363   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zrem.F90

    r6486 r6498  
    5454   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5555   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    56    !! $Id$ 
     56   !! $Id$  
    5757   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5858   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r6487 r6498  
    7272      CHARACTER (len=25) :: charout 
    7373      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zpdep, zsidep, zwork1, zwork2, zwork3 
     74      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   :: zsedcal, zsedsi, zsedc 
    7475      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zdenit2d, zironice, zbureff 
    7576      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zwsbio3, zwsbio4, zwscal 
    … …  
    8384      ! Allocate temporary workspace 
    8485      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zdenit2d, zwork1, zwork2, zwork3, zbureff ) 
     86      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsedcal,  zsedsi, zsedc ) 
    8587      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zwsbio3, zwsbio4, zwscal ) 
    8688      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zsoufer ) 
    … …  
    9193      zwork2  (:,:) = 0.e0 
    9294      zwork3  (:,:) = 0.e0 
     95      zsedsi   (:,:) = 0.e0 
     96      zsedcal  (:,:) = 0.e0 
     97      zsedc    (:,:) = 0.e0 
    9398 
    9499      ! Iron input/uptake due to sea ice : Crude parameterization based on Lancelot et al. 
    … …  
    298303            tra(ji,jj,ikt,jptal) =  tra(ji,jj,ikt,jptal) + zcaloss * zrivalk * 2.0 
    299304            tra(ji,jj,ikt,jpdic) =  tra(ji,jj,ikt,jpdic) + zcaloss * zrivalk 
     305            zsedcal(ji,jj) = (1.0 - zrivalk) * zcaloss / zdep 
     306            zsedsi (ji,jj) = (1.0 - zrivsil) * zsiloss / zdep 
    300307#endif 
    301308         END DO 
    … …  
    336343            tra(ji,jj,ikt,jptal) = tra(ji,jj,ikt,jptal) + rno3 * (zolimit + (1.+rdenit) * (zpdenit + zdenitt) ) 
    337344            tra(ji,jj,ikt,jpdic) = tra(ji,jj,ikt,jpdic) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
    338             sdenit(ji,jj) = rdenit * zpdenit * fse3t(ji,jj,ikt) 
     345            sdenit(ji,jj) = rdenit * zpdenit / zdep 
     346            zsedc(ji,jj)   = (1. - zrivno3) * zwstpoc / zdep 
    339347#endif 
    340348         END DO 
    … …  
    392400               CALL iom_put( "INTNFIX" , zwork1 )  
    393401            ENDIF 
     402            IF( iom_use("SedCal" ) ) CALL iom_put( "SedCal", zsedcal(:,:) * 1.e+3 ) 
     403            IF( iom_use("SedSi" ) )  CALL iom_put( "SedSi",  zsedsi (:,:) * 1.e+3 ) 
     404            IF( iom_use("SedC" ) )   CALL iom_put( "SedC",   zsedc  (:,:) * 1.e+3 ) 
     405            IF( iom_use("Sdenit" ) ) CALL iom_put( "Sdenit", sdenit (:,:) * 1.e+3 * rno3 ) 
    394406         ENDIF 
    395407      ELSE 
    … …  
    405417      ! 
    406418      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zdenit2d, zwork1, zwork2, zwork3, zbureff ) 
     419      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsedcal , zsedsi, zsedc ) 
    407420      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zwsbio3, zwsbio4, zwscal ) 
    408421      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zsoufer ) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsink.F90

    r6487 r6498  
    6969   !!---------------------------------------------------------------------- 
    7070   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    71    !! $Id$ 
     71   !! $Id$  
    7272   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    7373   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsms.F90

    r6486 r6498  
    3838 
    3939   REAL(wp) :: alkbudget, no3budget, silbudget, ferbudget, po4budget 
    40    REAL(wp) :: xfact1, xfact2 
     40   REAL(wp) :: xfact1, xfact2, xfact3 
    4141   INTEGER ::  numco2, numnut, numnit  !: logical unit for co2 budget 
    4242 
    … …  
    4949   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5050   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    51    !! $Id$ 
     51   !! $Id$  
    5252   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5353   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    133133         ! 
    134134         CALL p4z_bio( kt, jnt )   ! Biology 
    135          CALL p4z_sed( kt, jnt )   ! Sedimentation 
    136135         CALL p4z_lys( kt, jnt )   ! Compute CaCO3 saturation 
     136         CALL p4z_sed( kt, jnt )   ! Surface and Bottom boundary conditions 
    137137         CALL p4z_flx( kt, jnt )   ! Compute surface fluxes 
    138138         ! 
    … …  
    474474      !!--------------------------------------------------------------------- 
    475475      ! 
    476       INTEGER , INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index       
    477       REAL(wp)               ::  zfact        
    478       REAL(wp) ::  zrdenittot, zsdenittot, znitrpottot 
     476      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index       
     477      REAL(wp)             ::  zrdenittot, zsdenittot, znitrpottot 
    479478      CHARACTER(LEN=100)   ::   cltxt 
    480479      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zvol 
    … …  
    492491            xfact1 = rfact2r * 12. / 1.e15 * ryyss    ! conversion molC/kt --> PgC/yr 
    493492            xfact2 = 1.e+3 * rno3 * 14. / 1.e12 * ryyss   ! conversion molC/l/s ----> TgN/m3/yr 
     493            xfact3 = 1.e+3 * rfact2r * rno3   ! conversion molC/l/kt ----> molN/m3/s 
    494494            cltxt='time-step   Alkalinity        Nitrate        Phosphorus         Silicate           Iron' 
    495495            IF( lwp ) WRITE(numnut,*)  TRIM(cltxt) 
    … …  
    574574      IF( iom_use( "Sdenit" ) .OR.  ( ln_check_mass .AND. kt == nitend )  ) THEN 
    575575         zsdenittot   = glob_sum ( sdenit(:,:) * e1e2t(:,:) ) 
    576          CALL iom_put( "Sdenit", sdenit(:,:) * zfact * tmask(:,:,1) )  ! Nitrate reduction in the sediments 
     576         CALL iom_put( "Sdenit", sdenit(:,:) * xfact3 * tmask(:,:,1) )  ! Nitrate reduction in the sediments 
    577577      ENDIF 
    578578 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/sms_pisces.F90

    r6486 r6498  
    101101   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   hi         !: ??? 
    102102   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   excess     !: ??? 
     103   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   aphscale   !:  
     104 
    103105 
    104106   !!* Temperature dependancy of SMS terms 
    … …  
    154156         &      ak23(jpi,jpj,jpk)    , aksp  (jpi,jpj,jpk) ,       & 
    155157         &      akw3(jpi,jpj,jpk)    , borat (jpi,jpj,jpk) ,       & 
    156          &      hi  (jpi,jpj,jpk)    , excess(jpi,jpj,jpk) ,     STAT=ierr(4) ) 
     158         &      hi  (jpi,jpj,jpk)    , excess(jpi,jpj,jpk) ,       & 
     159         &      aphscale(jpi,jpj,jpk),                           STAT=ierr(4) ) 
    157160         ! 
    158161      !* Temperature dependancy of SMS terms 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r6486 r6498  
    115115      po4r    =   1._wp / 122._wp 
    116116      o2nit   =  32._wp / 122._wp 
    117       rdenit  = 105._wp /  16._wp 
     117      o2ut    = 133._wp / 122._wp 
     118      rdenit  =  ( ( o2ut + o2nit ) * 0.80 - rno3 - rno3 * 0.60 ) / rno3 
    118119      rdenita =   3._wp /  5._wp 
    119       o2ut    = 133._wp / 122._wp 
     120 
    120121 
    121122      ! Initialization of tracer concentration in case of  no restart  

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcwri_pisces.F90

    r6486 r6498  
    9696   !!---------------------------------------------------------------------- 
    9797   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    98    !! $Id$ 
     98   !! $Id$  
    9999   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    100100   !!====================================================================== 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcdmp.F90

    r6486 r6498  
    107107                
    108108               jl = n_trc_index(jn)  
    109                CALL trc_dta( kt, sf_trcdta(jl),rf_trfac(jl) )   ! read tracer data at nit000 
    110                ztrcdta(:,:,:) = sf_trcdta(jl)%fnow(:,:,:) 
     109               CALL trc_dta( kt, sf_trcdta(jl) )   ! read tracer data at nit000 
     110               ztrcdta(:,:,:) = sf_trcdta(jl)%fnow(:,:,:) * tmask(:,:,:) * rf_trfac(jl) 
    111111 
    112112               SELECT CASE ( nn_zdmp_tr ) 
    … …  
    187187      INTEGER :: ji , jj, jk, jn, jl, jc                     ! dummy loop indicesa 
    188188      INTEGER :: isrow                                      ! local index 
    189       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::  ztrcdta       ! 3D  workspace 
    190189 
    191190      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    278277         IF(lwp)  WRITE(numout,*) 
    279278         ! 
    280          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrcdta )   ! Memory allocation 
    281          ! 
    282279         DO jn = 1, jptra 
    283280            IF( ln_trc_ini(jn) ) THEN      ! update passive tracers arrays with input data read from file 
    284281                jl = n_trc_index(jn) 
    285                 CALL trc_dta( kt, sf_trcdta(jl),rf_trfac(jl) )   ! read tracer data at nit000 
    286                 ztrcdta(:,:,:) = sf_trcdta(jl)%fnow(:,:,:) 
     282                CALL trc_dta( kt, sf_trcdta(jl) )   ! read tracer data at nit000 
    287283                DO jc = 1, npncts 
    288284                   DO jk = 1, jpkm1 
    289285                      DO jj = nctsj1(jc), nctsj2(jc) 
    290286                         DO ji = nctsi1(jc), nctsi2(jc) 
    291                             trn(ji,jj,jk,jn) = ztrcdta(ji,jj,jk) * tmask(ji,jj,jk) 
     287                            trn(ji,jj,jk,jn) = sf_trcdta(jl)%fnow(ji,jj,jk) * tmask(ji,jj,jk) * rf_trfac(jl) 
    292288                            trb(ji,jj,jk,jn) = trn(ji,jj,jk,jn) 
    293289                         ENDDO 
    … …  
    297293             ENDIF 
    298294          ENDDO 
    299           CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrcdta ) 
     295          ! 
    300296      ENDIF 
    301297      ! 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcldf.F90

    r6486 r6498  
    5656      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt   ! ocean time-step index 
    5757      !! 
    58       INTEGER            :: jn 
     58      INTEGER            :: ji, jj, jk, jn 
     59      REAL(wp)           :: zdep 
    5960      CHARACTER (len=22) :: charout 
    6061      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) ::   ztrtrd 
    … …  
    6667 
    6768      rldf = rldf_rat 
    68  
     69      ! 
     70      r_fact_lap(:,:,:) = 1. 
     71      DO jk= 1, jpk 
     72         DO jj = 1, jpj 
     73            DO ji = 1, jpi 
     74               IF( fsdept(ji,jj,jk) > 200. .AND. gphit(ji,jj) < 5. .AND. gphit(ji,jj) > -5. ) THEN 
     75                  zdep = MAX( fsdept(ji,jj,jk) - 1000., 0. ) / 1000. 
     76                  r_fact_lap(ji,jj,jk) = MAX( 1., rn_fact_lap * EXP( -zdep ) ) 
     77               ENDIF 
     78            END DO 
     79         END DO 
     80      END DO 
     81      ! 
    6982      IF( l_trdtrc )  THEN 
    7083         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jptra, ztrtrd ) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcnam_trp.F90

    r6486 r6498  
    4040   REAL(wp), PUBLIC ::   rn_ahtrc_0          !: diffusivity coefficient for passive tracer (m2/s) 
    4141   REAL(wp), PUBLIC ::   rn_ahtrb_0          !: background diffusivity coefficient for passive tracer (m2/s) 
     42   REAL(wp), PUBLIC ::   rn_fact_lap         !: Enhanced zonal diffusivity coefficent in the equatorial domain 
    4243 
    4344   !                                        !!: ** Treatment of Negative concentrations ( nam_trcrad ) 
    … …  
    7475      NAMELIST/namtrc_ldf/ ln_trcldf_lap  ,     & 
    7576         &                 ln_trcldf_bilap, ln_trcldf_level,     & 
    76          &                 ln_trcldf_hor  , ln_trcldf_iso  , rn_ahtrc_0, rn_ahtrb_0 
     77         &                 ln_trcldf_hor  , ln_trcldf_iso  , rn_ahtrc_0, rn_ahtrb_0,   & 
     78         &                 rn_fact_lap 
     79 
    7780      NAMELIST/namtrc_zdf/ ln_trczdf_exp  , nn_trczdf_exp 
    7881      NAMELIST/namtrc_rad/ ln_trcrad 
    … …  
    127130         WRITE(numout,*) '      diffusivity coefficient                                 rn_ahtrc_0 = ', rn_ahtrc_0 
    128131         WRITE(numout,*) '      background hor. diffusivity                             rn_ahtrb_0 = ', rn_ahtrb_0 
     132         WRITE(numout,*) '      enhanced zonal diffusivity                             rn_fact_lap = ', rn_fact_lap 
    129133      ENDIF 
    130134 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcsbc.F90

    r6486 r6498  
    170170            END DO 
    171171         ENDIF 
     172         ! 
     173         CALL lbc_lnk( sbc_trc(:,:,jn), 'T', 1. ) 
    172174         !                                       Concentration dilution effect on tracers due to evaporation & precipitation  
    173175         DO jj = 2, jpj 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trctrp.F90

    r6486 r6498  
    6767         IF( lk_trabbl )        CALL trc_bbl( kstp )            ! advective (and/or diffusive) bottom boundary layer scheme 
    6868         IF( ln_trcdmp )        CALL trc_dmp( kstp )            ! internal damping trends 
    69          IF( ln_trcdmp_clo )    CALL trc_dmp_clo( kstp )        ! internal damping trends on closed seas only 
    7069                                CALL trc_adv( kstp )            ! horizontal & vertical advection  
    7170                                CALL trc_ldf( kstp )            ! lateral mixing 
    … …  
    7877                                CALL trc_nxt( kstp )            ! tracer fields at next time step      
    7978         IF( ln_trcrad )        CALL trc_rad( kstp )            ! Correct artificial negative concentrations 
     79         IF( ln_trcdmp_clo )    CALL trc_dmp_clo( kstp )        ! internal damping trends on closed seas only 
    8080 
    8181#if defined key_agrif 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/oce_trc.F90

    r6486 r6498  
    116116   USE ldftra_oce , ONLY :  aeiw     =>   aeiw        !: eddy induced velocity coef. at w-points (m2/s)  
    117117   USE ldftra_oce , ONLY :  lk_traldf_eiv  =>  lk_traldf_eiv     !: eddy induced velocity flag 
     118   USE ldftra_oce , ONLY :  r_fact_lap     =>  r_fact_lap        !: enhanced zonal diffusivity coefficient 
    118119 
    119120   !* vertical diffusion * 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcdta.F90

    r6486 r6498  
    151151 
    152152 
    153    SUBROUTINE trc_dta( kt, sf_dta, zrf_trfac ) 
     153   SUBROUTINE trc_dta( kt, sf_dta ) 
    154154      !!---------------------------------------------------------------------- 
    155155      !!                   ***  ROUTINE trc_dta  *** 
    … …  
    165165      INTEGER                     , INTENT(in   ) ::   kt     ! ocean time-step 
    166166      TYPE(FLD), DIMENSION(1)   , INTENT(inout) ::   sf_dta     ! array of information on the field to read 
    167       REAL(wp)                  , INTENT(in   ) ::   zrf_trfac  ! multiplication factor 
    168167      ! 
    169168      INTEGER ::   ji, jj, jk, jl, jkk, ik    ! dummy loop indices 
    … …  
    234233         ENDIF 
    235234         ! 
    236          sf_dta(1)%fnow(:,:,:) = sf_dta(1)%fnow(:,:,:) * zrf_trfac   !  multiplicative factor 
    237          ! 
    238235         IF( lwp .AND. kt == nit000 ) THEN 
    239236               clndta = TRIM( sf_dta(1)%clvar )  

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcini.F90

    r6486 r6498  
    6161      INTEGER ::   jk, jn, jl    ! dummy loop indices 
    6262      CHARACTER (len=25) :: charout 
    63       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::  ztrcdta   ! 4D  workspace 
    6463      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6564      ! 
    … …  
    121120        IF( ln_trcdta .AND. nb_trcdta > 0 ) THEN  ! Initialisation of tracer from a file that may also be used for damping 
    122121            ! 
    123             CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrcdta )    ! Memory allocation 
    124             ! 
    125122            DO jn = 1, jptra 
    126123               IF( ln_trc_ini(jn) ) THEN      ! update passive tracers arrays with input data read from file 
    127124                  jl = n_trc_index(jn)  
    128                   CALL trc_dta( nit000, sf_trcdta(jl),rf_trfac(jl) )   ! read tracer data at nit000 
    129                   ztrcdta(:,:,:) = sf_trcdta(jl)%fnow(:,:,:) 
    130                   trn(:,:,:,jn) = ztrcdta(:,:,:) * tmask(:,:,:)   
     125                  CALL trc_dta( nit000, sf_trcdta(jl) )   ! read tracer data at nit000 
     126                  trn(:,:,:,jn) = sf_trcdta(jl)%fnow(:,:,:) * tmask(:,:,:) * rf_trfac(jl) 
     127                  ! 
    131128                  IF( .NOT.ln_trcdmp .AND. .NOT.ln_trcdmp_clo ) THEN      !== deallocate data structure   ==! 
    132129                     !                                                    (data used only for initialisation) 
    … …  
    138135               ENDIF 
    139136            ENDDO 
    140             CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrcdta ) 
     137            ! 
    141138        ENDIF 
    142139        ! 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.