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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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Changeset 7635 – NEMO

Changeset 7635


Ignore:
Timestamp:
2017-02-03T14:24:58+01:00 (7 years ago)
Author:
timgraham
Message:

#1838 - Changes to remove XIOS1.0

Location:
branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM
Files:
64 added
32 deleted
27 edited
1 copied
5 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/ARCH/arch-XC40_METO.fcm

    r5757 r7635  
    3131#  - fcm variables are starting with a % (and not a $) 
    3232# 
    33 %NCDF_HOME           /opt/cray/netcdf-hdf5parallel/4.3.2/CRAY/83 
    34 %HDF5_HOME           /opt/cray/hdf5-parallel/1.8.13/CRAY/83 
    35 %XIOS_HOME           /projects/ocean/nemo/xios/xios_1.0_r629_20150625/XIOS 
     33# This arch file depends on loading XIOS-PrgEnv/2.0/24708 
     34 
     35%NCDF_HOME           $NETCDF_DIR 
     36%HDF5_HOME           $HDF5_DIR 
     37%XIOS_HOME           $xios_path 
     38%OASIS_HOME          $prism_path 
    3639 
    3740%NCDF_INC            -I%NCDF_HOME/include -I%HDF5_HOME/include 
    3841%NCDF_LIB            -L%HDF5_HOME/lib -L%NCDF_HOME/lib -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz 
    39 %XIOS_INC            -I%XIOS_HOME/inc  
     42 
     43%XIOS_INC            -I%XIOS_HOME/inc 
    4044%XIOS_LIB            -L%XIOS_HOME/lib -lxios 
     45 
     46%OASIS_INC           -I%OASIS_HOME/build/lib/mct -I%OASIS_HOME/build/lib/psmile.MPI1 
     47%OASIS_LIBDIR        -L%OASIS_HOME/lib 
     48%OASIS_LIB           -lpsmile.MPI1 -lmct -lmpeu -lscrip 
    4149 
    4250%CPP                 cpp 
    4351%FC                  ftn 
    44 %FCFLAGS             -emf -s real64 -s integer32  -O2 -hflex_mp=intolerant -Rb 
    45 %FFLAGS              -emf -s real64 -s integer32  -O0 -hflex_mp=strict -Rb 
     52 
     53%FCFLAGS             -em -s real64 -s integer32  -O2 -hflex_mp=intolerant -e0 -ez 
     54%FFLAGS              -em -s real64 -s integer32  -O0 -hflex_mp=strict -e0 -ez -Rb 
    4655%LD                  ftn 
    4756%FPPFLAGS            -P -E -traditional-cpp 
    48 %LDFLAGS             -hbyteswapio  
    49 %AR                  ar  
     57%LDFLAGS             -hbyteswapio 
     58%AR                  ar 
    5059%ARFLAGS             -r 
    5160%MK                  gmake 
    5261 
    53 %USER_INC            %XIOS_INC 
    54 %USER_LIB            %XIOS_LIB 
     62%USER_INC            %NCDF_INC %OASIS_INC %XIOS_INC 
     63%USER_LIB            %NCDF_LIB %OASIS_LIBDIR %OASIS_LIB %XIOS_LIB %OASIS_LIB 
    5564 
    5665%CC                  cc 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r6140 r7635  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27 <!--old      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> old --> <!-- 1h files -->  
    28    <!-- TMB files --> 
    29       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."  >                       
    30  
    31    <file id="file9" name_suffix="_shelftmb_grid_T" description="ocean T grid variables" enabled=".TRUE." > 
    32      <field field_ref="top_temp"           name="votemper_top"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    33      <field field_ref="mid_temp"           name="votemper_mid"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    34      <field field_ref="bot_temp"           name="votemper_bot"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    35      <field field_ref="sshnmasked"         name="sossheig"       operation="instant" enabled=".TRUE." />  
    36      <field field_ref="top_sal"            name="vosaline_top"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    37      <field field_ref="mid_sal"            name="vosaline_mid"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    38      <field field_ref="bot_sal"            name="vosaline_bot"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
    39    </file> 
    40  
    41    <file id="file10" name_suffix="_shelftmb_grid_U" description="TMB ocean U grid variables" enabled=".TRUE." > 
    42      <field field_ref="top_u"         name="vozocrtx_top"   operation="instant" /> 
    43      <field field_ref="mid_u"         name="vozocrtx_mid"   operation="instant" /> 
    44      <field field_ref="bot_u"         name="vozocrtx_bot"   operation="instant" /> 
    45      <field field_ref="baro_u"        name="vobtcrtx"       operation="instant" /> 
    46    </file> 
    47  
    48    <file id="file11" name_suffix="_shelftmb_grid_V" description="TMB ocean V grid variables" enabled=".TRUE." > 
    49      <field field_ref="top_v"         name="vomecrty_top"   operation="instant" /> 
    50      <field field_ref="mid_v"         name="vomecrty_mid"   operation="instant" /> 
    51      <field field_ref="bot_v"         name="vomecrty_bot"   operation="instant" /> 
    52      <field field_ref="baro_v"        name="vobtcrty"       operation="instant" /> 
    53    </file> 
    54  
    55       </file_group> 
    56  
    57       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    58       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    59       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    60       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    61  
    62       <file_group id="25h_mean" output_freq="1d" output_level="10" enabled=".TRUE."> 
    63  
    64  
    65      <file id="file12" name_suffix="_25hourm_grid_T" description="ocean T grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    66      <field field_ref="temper25h"   name="votemper"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    67      <field field_ref="tempis25h"   name="votempis"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    68      <field field_ref="salin25h"    name="vosaline"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    69      <field field_ref="ssh25h"      name="sossheig"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    70     </file> 
    71  
    72      <file id="file13" name_suffix="_25hourm_grid_U" description="ocean U grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    73      <field field_ref="vozocrtx25h" name="vozocrtx"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    74     </file> 
    75  
    76      <file id="file14" name_suffix="_25hourm_grid_V" description="ocean V grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    77      <field field_ref="vomecrty25h" name="vomecrty"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    78     </file> 
    79  
    80      <file id="file15" name_suffix="_25hourm_grid_W" description="ocean W grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
    81      <field field_ref="vomecrtz25h"          name="vomerctz"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    82      <field field_ref="woce"                 name="vovecrtz"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    83      <field field_ref="avt25h"               name="votkeavt"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    84      <field field_ref="avm25h"               name="votkeavm"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    85      <field field_ref="tke25h"               name="votke"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    86      <field field_ref="mxln25h"              name="mxln"   operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
    87     </file> 
    88       </file_group> 
    89       
    90       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    91  
    92    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    93      <field field_ref="sst"          name="tos" /> 
    94      <field field_ref="sss"          name="sos" /> 
    95      <field field_ref="ssh"          name="zos" /> 
    96    </file> 
    97  
    98    <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    99      <field field_ref="ssu"          name="uos" /> 
    100    </file> 
    101     
    102    <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    103      <field field_ref="ssv"          name="vos" /> 
    104    </file> 
    105     
    106       </file_group> 
    107  
    108       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    109  
    110       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    111  
    112    <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    113      <field field_ref="toce"         name="thetao" /> 
    114      <field field_ref="soce"         name="so"     /> 
    115      <field field_ref="sst"          name="tos"    /> 
    116      <field field_ref="sst2"         name="tossq"  /> 
    117      <field field_ref="sss"          name="sos"    /> 
    118      <field field_ref="ssh"          name="zos"    /> 
    119      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"  /> 
    120      <field field_ref="empmr"        name="wfo"    /> 
    121      <field field_ref="qsr"          name="rsntds" /> 
    122      <field field_ref="qt"           name="tohfls" /> 
    123      <field field_ref="taum"     /> 
    124      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    125      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    126    </file> 
    127     
    128    <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    129      <field field_ref="uoce"         name="uo"    /> 
    130      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    131      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    132    </file> 
    133     
    134    <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    135      <field field_ref="voce"         name="vo"    /> 
    136      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    137      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    138    </file> 
    139     
    140    <file id="file7" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    141      <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
    142      <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
    143    </file> 
    144     
    145       </file_group> 
    146  
    147       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    148       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    149       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    150       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    151       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    152  
    153       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    154       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    155       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    156       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    157  
    158  
    159    </file_definition> 
    160      
    161     <!--  
    162 ============================================================================================================ 
    163 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    164 ============================================================================================================ 
    165     --> 
    166      
    167    <axis_definition>   
    168       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    169       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    170       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    171       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    172       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    173       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    174       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    175       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    176       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    177    </axis_definition>  
    178      
    179    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    180     
    181    <grid_definition>     
    182      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    183      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    184      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    185      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    186      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    187      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    188      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    189      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    190      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    191      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    192      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    193     </grid_definition>    
    194   </context> 
    195    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1967 
    1978  <context id="xios"> 
    … …  
    19910      <variable_definition> 
    20011    
    201      <!--  
    202         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    203 --> 
    204      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    205      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    206      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    207      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    208      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    20915     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    21016    
    … …  
    21218                
    21319  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    21426   
    21527</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/domain_def_nemo.xml

    r7445 r7635  
    1 link ../../SHARED/ForXIOS2/domain_def_nemo.xml 
     1link ../../SHARED/domain_def_nemo.xml 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/field_def_nemo-opa.xml

    r7445 r7635  
    1 link ../../SHARED/ForXIOS2/field_def_nemo-opa.xml 
     1link ../../SHARED/field_def_nemo-opa.xml 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/cpp_GYRE.fcm

    r7632 r7635  
    1  bld::tool::fppkeys key_zdftke key_iomput key_mpp_mpi key_xios2 key_nosignedzero 
     1 bld::tool::fppkeys key_zdftke key_iomput key_mpp_mpi key_nosignedzero 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7635  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    29       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    30       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    31       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    32       
    33       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    34       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    35       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/>  <!-- 5d files -->    
    36  
    37       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    38       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    39       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    40       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    41       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    42  
    43       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    44       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    45       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    46       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    47  
    48    </file_definition> 
    49      
    50     <!--  
    51 ============================================================================================================ 
    52 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    53 ============================================================================================================ 
    54     --> 
    55      
    56    <axis_definition>   
    57       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    58       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    59       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    60       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    61       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    62       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    63       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    64       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    65       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    66    </axis_definition>  
    67      
    68    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    69     
    70    <grid_definition>     
    71      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    72      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    73      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    74      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    75      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    76      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    77      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    78      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    79     </grid_definition>     
    80    
    81   </context> 
    82    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    837 
    848  <context id="xios"> 
    … …  
    8610      <variable_definition> 
    8711    
    88      <!--  
    89         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    90 --> 
    91      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    92      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    93      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    94      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    95      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    9615     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    9716    
    … …  
    9918                
    10019  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    10126   
    10227</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7635  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    29       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    30       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    31       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    32       
    33       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    34       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    35       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    36   
    37         <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    38      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    39      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    40      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    43      <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    44      <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    45       <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    46      <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    48      <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    49         </file> 
    50     
    51         <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    52           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    53           <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    54         </file> 
    55     
    56         <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    57           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    58           <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    59         </file> 
    60     
    61         <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    62           <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    63           <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    64           <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    65         </file> 
    66  
    67    <file id="file5" name_suffix="_ptrc_T" description="lobster sms variables" > 
    68           <field field_ref="DET"      /> 
    69           <field field_ref="ZOO"      /> 
    70           <field field_ref="PHY"      /> 
    71           <field field_ref="NO3"      /> 
    72           <field field_ref="NH4"      /> 
    73           <field field_ref="DOM"      /> 
    74    </file> 
    75     
    76       </file_group> 
    77  
    78       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    79       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    80       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    81       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    82       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    83  
    84       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    85  
    86    <file id="file6" name_suffix="_diad_T" description="additional lobster diagnostics" >   
    87           <field field_ref="FNO3PHY"   />  
    88           <field field_ref="FNH4PHY"   />  
    89           <field field_ref="FNH4NO3"   />  
    90           <field field_ref="TNO3PHY"   />  
    91           <field field_ref="TNH4PHY"   />  
    92           <field field_ref="TPHYDOM"   />  
    93           <field field_ref="TPHYNH4"   />  
    94           <field field_ref="TPHYZOO"   />  
    95           <field field_ref="TPHYDET"   />  
    96           <field field_ref="TDETZOO"   />  
    97           <field field_ref="TDETSED"   />  
    98           <field field_ref="TZOODET"   />  
    99           <field field_ref="TZOOBOD"   />  
    100           <field field_ref="TZOONH4"   />  
    101           <field field_ref="TZOODOM"   />  
    102           <field field_ref="TNH4NO3"   />  
    103           <field field_ref="TDOMNH4"   />  
    104           <field field_ref="TDETNH4"   />  
    105           <field field_ref="TPHYTOT"   />  
    106           <field field_ref="TZOOTOT"   />  
    107           <field field_ref="SEDPOC"    />  
    108    </file> 
    109  
    110       </file_group> 
    111  
    112       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    113       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    114       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    115  
    116    </file_definition> 
    117      
    118     <!--  
    119 ============================================================================================================ 
    120 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    121 ============================================================================================================ 
    122     --> 
    123      
    124    <axis_definition>   
    125       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    126       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    127       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    130       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    131       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    133       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    134    </axis_definition>  
    135      
    136    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    137     
    138    <grid_definition>     
    139      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    140      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    141      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    142      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    143      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    144      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    145      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    146      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    147     </grid_definition>     
    148    
    149   </context> 
    150    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1517 
    1528  <context id="xios"> 
    … …  
    15410      <variable_definition> 
    15511    
    156      <!--  
    157         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    158 --> 
    159      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    160      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    161      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    162      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    163      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    16415     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    16516    
    … …  
    16718                
    16819  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    16926   
    17027</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ISOMIP/EXP00/iodef.xml

    r7622 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    31       
    32       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    33       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    34       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->   
    35       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    36    <file id="file1" output_freq="1mo" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    37      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    38      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    39      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    40      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    41      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    42           <!-- variable for ice shelf --> 
    43           <field field_ref="qlatisf"         name="sohflisf"  /> 
    44           <field field_ref="fwfisf"       name="sowflisf"  /> 
    45           <field field_ref="isfgammat"    name="sogammat"  /> 
    46           <field field_ref="isfgammas"    name="sogammas"  /> 
    47         </file> 
    48    <file id="file2" output_freq="1mo" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    49           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    50         </file> 
    51    <file id="file3" output_freq="1mo" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    52           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    53         </file> 
    54       </file_group> 
    55       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    56       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    57       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    58       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    59       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    60       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    61       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    62       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    637 
    64    </file_definition> 
    65      
    66     <!--  
    67 ============================================================================================================ 
    68 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    69 ============================================================================================================ 
    70     --> 
    71      
    72    <axis_definition>   
    73       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    74       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    75       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    76       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    77       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    78       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    79    </axis_definition>  
    80      
    81    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    82     
    83    <grid_definition>     
    84      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    85      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    86      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    87      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    88      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    89      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    90      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    91      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    92     </grid_definition>  
    93  
    94   </context> 
    95    
    96  
    97   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    989 
    9910      <variable_definition> 
    100     
    101      <!--  
    102         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    103 --> 
    104      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    105      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    106      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    107      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    108      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    109      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    110     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    11117      </variable_definition> 
    112                 
    11318  </context> 
    114    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    11526</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/LOCK_EXCHANGE/EXP00/iodef.xml

    r6916 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24       <file_group id="30mi" output_freq="30mi"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    25   
    26    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    27      <field field_ref="e3t"          name="e3t_inst"     long_name="instantaneous T-cell thickness"                operation="instant" /> 
    28      <field field_ref="toce"         name="thetao_inst"  long_name="instantaneous sea water potential temperature" operation="instant" />  
    29      <field field_ref="ssh"          name="ssh_inst"     long_name="instantaneous sea surface height above geoid"  operation="instant" /> 
    30    </file> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    317 
    32    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    33      <field field_ref="e3u"          name="e3u_inst"     long_name="instantaneous U-cell thickness"        operation="instant" /> 
    34      <field field_ref="uoce"         name="uo_inst"      long_name="instantaneous sea water x velocity"    operation="instant" /> 
    35    </file> 
    36     
    37    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    38      <field field_ref="e3v"          name="e3v_inst"     long_name="instantaneous V-cell thickness"        operation="instant" /> 
    39      <field field_ref="voce"         name="vo_inst"      long_name="instantaneous sea water y velocity"    operation="instant" /> 
    40    </file> 
    41     
    42    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    43      <field field_ref="e3w"          name="e3w_inst"     long_name="instantaneous W-cell thickness"        operation="instant" /> 
    44      <field field_ref="woce"         name="wo_inst"      long_name="instantaneous ocean vertical velocity" operation="instant" /> 
    45    </file> 
    46  
    47       </file_group> 
    48  
    49    </file_definition> 
    50      
    51     <!--  
    52 ============================================================================================================ 
    53 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    54 ============================================================================================================ 
    55     --> 
    56      
    57    <axis_definition>   
    58       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    59       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    60       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    61       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    62       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    63       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    64       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    65       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    66       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    67    </axis_definition>  
    68     
    69    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    70     
    71    <grid_definition>     
    72      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    73      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    74      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    75      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    76      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    77      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    78      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    79      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    80      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    81      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    82      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    83     </grid_definition>    
    84   </context> 
    85    
    86  
    87   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    889 
    8910      <variable_definition> 
    90     
    91      <!--  
    92         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    93 --> 
    94      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    95      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    96      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    97      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    98      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    99      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    100     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    10117      </variable_definition> 
    102                 
    10318  </context> 
    104    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    10526</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r5656 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    31       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    32       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    337 
    34       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    35   
    36    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    37      <field field_ref="e3t"                          /> 
    38      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    39      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    40      <field field_ref="sst"          name="tos"      /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sos"      /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="zos"      /> 
    43      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    44      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    45      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    46      <field field_ref="mldkz5"                       /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"                     /> 
    48      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    49      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    50      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    51      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    52      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo" /> 
    53      <field field_ref="taum"                         /> 
    54      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp" /> 
    55       <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    56      <field field_ref="sbt"                          /> 
    57    </file> 
     8  <context id="xios" > 
    589 
    59    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    60      <field field_ref="e3u"                       /> 
    61      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    62      <field field_ref="uoce"         name="uo"      operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    63      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    64    </file> 
    65     
    66    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    67      <field field_ref="e3v"                       /> 
    68      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    69      <field field_ref="voce"         name="vo"      operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    70      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    71    </file> 
    72     
    73    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    74      <field field_ref="e3w"                        /> 
    75      <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
    76      <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
    77    </file> 
     10      <variable_definition> 
    7811 
    79    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    80      <field field_ref="ice_pres"   /> 
    81      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd" /> 
    82      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit" /> 
    83      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip" /> 
    84      <field field_ref="ist_ipa"    /> 
    85      <field field_ref="uice_ipa"   /> 
    86      <field field_ref="vice_ipa"   /> 
    87      <field field_ref="utau_ice"   /> 
    88      <field field_ref="vtau_ice"   /> 
    89      <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
    90      <field field_ref="qns_io_cea" /> 
    91      <field field_ref="snowpre"    /> 
    92    </file> 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    9316 
    94    <!-- 
    95    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    96      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    97      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    98      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    99      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    100      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    101      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    102    </file> 
    103    --> 
    104  
    105       </file_group> 
    106  
    107       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    108       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    109       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    110       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    111       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    112  
    113       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    114       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    115       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    116       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    117  
    118    </file_definition> 
    119      
    120     <!--  
    121 ============================================================================================================ 
    122 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    123 ============================================================================================================ 
    124     --> 
    125      
    126    <axis_definition>   
    127       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    130       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    131       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    133       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    134       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    135       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    136    </axis_definition>  
    137     
    138    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    139     
    140    <grid_definition>     
    141      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    142      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    143      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    144      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    145      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    146      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    147      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    148      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    149      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    150      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    151      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    152     </grid_definition>    
    153   </context> 
    154    
    155  <context id="1_nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    156      
    157     <!-- $id$ --> 
    158      
    159     <!--  
    160 ============================================================================================================ 
    161 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    162 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    163 ============================================================================================================ 
    164     --> 
    165     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    166     <!--  
    167 ============================================================================================================ 
    168 =                                           output files definition                                        = 
    169 =                                            Define your own files                                         = 
    170 =                                         put the variables you want...                                    = 
    171 ============================================================================================================ 
    172     --> 
    173      
    174     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    175      
    176       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    177       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    178       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    179       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    180       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    181       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    182       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    183       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    184  
    185       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    186   
    187    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    188      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    189      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    190      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    191      <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    192      <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
    193      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
    194      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
    195      <field field_ref="mldkz5"       /> 
    196      <field field_ref="mldr10_1"     /> 
    197      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
    198      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
    199      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
    200      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo"  /> 
    201      <field field_ref="taum"         name="taum" /> 
    202      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    203           <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    204    </file> 
    205  
    206    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    207      <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    208      <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    209      <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
    210           <!-- variables available with MLE 
    211           <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
    212      --> 
    213    </file> 
    214     
    215    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    216      <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    217      <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    218      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
    219           <!-- variables available with MLE 
    220           <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
    221      --> 
    222    </file> 
    223     
    224    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    225      <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    226      <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
    227    </file> 
    228 <!-- 
    229    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    230      <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    231      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
    232      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    233      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    234      <field field_ref="ist_ipa"      /> 
    235      <field field_ref="uice_ipa"     /> 
    236      <field field_ref="vice_ipa"     /> 
    237      <field field_ref="utau_ice"     /> 
    238      <field field_ref="vtau_ice"     /> 
    239      <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
    240      <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
    241      <field field_ref="snowpre"      /> 
    242    </file> 
    243  
    244    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    245      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    246      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    247      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    248      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    249      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    250      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    251    </file> 
    252    --> 
    253       </file_group> 
    254  
    255  
    256       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    257  
    258  
    259       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    260       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    261       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    262       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    263  
    264       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    265       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    266       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    267       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    268  
    269    </file_definition> 
    270      
    271     <!--  
    272 ============================================================================================================ 
    273 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    274 ============================================================================================================ 
    275     --> 
    276      
    277    <axis_definition>   
    278       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    279       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    280       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    281       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    282       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    283       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    284    </axis_definition>  
    285      
    286    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    287     
    288    <grid_definition>     
    289      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    290      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    291      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    292      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    293      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    294      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    295      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    296      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    297     </grid_definition>    
     17      </variable_definition> 
    29818  </context> 
    29919 
    300   <context id="xios"> 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
    30123 
    302       <variable_definition> 
    303     
    304      <!--  
    305         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    306 --> 
    307      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    308      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    309      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    310      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    311      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    312      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    313     
    314       </variable_definition> 
    315                 
    316   </context> 
    317    
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    31826</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_ar5.xml

    r5385 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35   

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_crs.xml

    r5385 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_demo.xml

    r5468 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_oldstyle.xml

    r5385 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
     2 
     3<!-- NOT YET UPDATED TO XIOS2 --> 
    24<simulation>  
    35 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/iodef.xml

    r7595 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    267 
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28  
    29       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    30  
    31       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    32  
    33       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    34  
    35       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    36  
    37       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    38        
    39       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files --> 
    40        
    41       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    42     
    43    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    44      <field field_ref="e3t"      /> 
    45      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    46      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    47      <field field_ref="sst"          name="tos"   /> 
    48      <field field_ref="sss"          name="sos"   /> 
    49      <field field_ref="ssh"          name="zos"   /> 
    50      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    51      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    52      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    53      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    54      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    55      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    56      <field field_ref="sbt"      /> 
    57      <field field_ref="heatc"        name="heatc" /> 
    58      <field field_ref="saltc"        name="saltc" /> 
    59    </file> 
    60  
    61    <file id="file2" name_suffix="_SBC" description="surface fluxes variables" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    62      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63       <field field_ref="emp_oce"      name="emp_oce"  long_name="Evap minus Precip over ocean"              /> 
    64       <field field_ref="emp_ice"      name="emp_ice"  long_name="Evap minus Precip over ice"                /> 
    65      <field field_ref="qsr_oce"      name="qsr_oce"  /> 
    66      <field field_ref="qns_oce"      name="qns_oce"  /> 
    67      <field field_ref="qt_oce"       name="qt_oce"   /> 
    68      <field field_ref="qsr_ice"      name="qsr_ice"  /> 
    69      <field field_ref="qns_ice"      name="qns_ice"  /> 
    70      <field field_ref="qtr_ice"      name="qtr_ice"  /> 
    71      <field field_ref="qt_ice"       name="qt_ice"   /> 
    72      <field field_ref="saltflx"      name="sfx"      /> 
    73      <field field_ref="taum"         name="taum"     /> 
    74      <field field_ref="wspd"         name="windsp"   /> 
    75      <field field_ref="precip"       name="precip"   /> 
    76      <!-- ice and snow --> 
    77      <field field_ref="snowpre" /> 
    78      <field field_ref="utau_ice"     name="utau_ice" /> 
    79      <field field_ref="vtau_ice"     name="vtau_ice" /> 
    80    </file> 
    81  
    82    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    83      <field field_ref="e3u" /> 
    84      <field field_ref="ssu"          name="uos"      /> 
    85      <field field_ref="uoce"         name="uo"       operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    86      <field field_ref="utau"         name="tauuo"    /> 
    87           <!-- available with key_diaar5 --> 
    88      <field field_ref="u_masstr"     name="vozomatr" /> 
    89      <field field_ref="u_heattr"     name="sozohetr" /> 
    90       <field field_ref="u_salttr"     name="sozosatr" /> 
    91    </file> 
    92     
    93    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    94      <field field_ref="e3v" /> 
    95      <field field_ref="ssv"          name="vos"      /> 
    96      <field field_ref="voce"         name="vo"       operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    97      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    /> 
    98           <!-- available with key_diaar5 --> 
    99      <field field_ref="v_masstr"     name="vomematr" /> 
    100      <field field_ref="v_heattr"     name="somehetr" /> 
    101       <field field_ref="v_salttr"     name="somesatr" /> 
    102    </file> 
    103     
    104    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    105      <field field_ref="e3w" /> 
    106      <field field_ref="woce"         name="wo"       /> 
    107      <field field_ref="avt"          name="difvho"   /> 
    108      <field field_ref="w_masstr"     name="vovematr" /> 
    109    </file> 
    110  
    111    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" enabled=".true." > 
    112           <field field_ref="snowthic_cea"    name="snthic" /> 
    113           <field field_ref="icethic_cea"     name="sithic" /> 
    114           <field field_ref="icevolu"         name="sivolu" /> 
    115           <field field_ref="snowvol"         name="snvolu" /> 
    116           <field field_ref="iceconc"         name="siconc" /> 
    117  
    118           <field field_ref="vfxbog"          name="vfxbog" /> 
    119           <field field_ref="vfxdyn"          name="vfxdyn" /> 
    120           <field field_ref="vfxopw"          name="vfxopw" /> 
    121           <field field_ref="vfxsni"          name="vfxsni" /> 
    122           <field field_ref="vfxsum"          name="vfxsum" /> 
    123           <field field_ref="vfxbom"          name="vfxbom" /> 
    124           <field field_ref="vfxres"          name="vfxres" /> 
    125           <field field_ref="vfxice"          name="vfxice" /> 
    126           <field field_ref="vfxsnw"          name="vfxsnw" /> 
    127           <field field_ref="vfxsub"          name="vfxsub" /> 
    128           <field field_ref="vfxspr"          name="vfxspr" /> 
    129  
    130           <field field_ref="icetrp"          name="sivtrp" /> 
    131           <field field_ref="snwtrp"          name="snvtrp" /> 
    132           <field field_ref="saltrp"          name="saltrp" /> 
    133           <field field_ref="deitrp"          name="deitrp" /> 
    134           <field field_ref="destrp"          name="destrp" /> 
    135  
    136           <field field_ref="sfxbri"          name="sfxbri" /> 
    137           <field field_ref="sfxdyn"          name="sfxdyn" /> 
    138           <field field_ref="sfxres"          name="sfxres" /> 
    139           <field field_ref="sfxbog"          name="sfxbog" /> 
    140           <field field_ref="sfxbom"          name="sfxbom" /> 
    141           <field field_ref="sfxsum"          name="sfxsum" /> 
    142           <field field_ref="sfxsni"          name="sfxsni" /> 
    143           <field field_ref="sfxopw"          name="sfxopw" /> 
    144           <field field_ref="sfx"             name="sfx"    /> 
    145  
    146           <field field_ref="hfxsum"          name="hfxsum"     /> 
    147           <field field_ref="hfxbom"          name="hfxbom"     /> 
    148           <field field_ref="hfxbog"          name="hfxbog"     /> 
    149           <field field_ref="hfxdif"          name="hfxdif"     /> 
    150           <field field_ref="hfxopw"          name="hfxopw"     /> 
    151           <field field_ref="hfxout"          name="hfxout"     /> 
    152           <field field_ref="hfxin"           name="hfxin"      /> 
    153           <field field_ref="hfxsnw"          name="hfxsnw"     /> 
    154           <field field_ref="hfxerr"          name="hfxerr"     /> 
    155           <field field_ref="hfxerr_rem"      name="hfxerr_rem" /> 
    156  
    157      <!-- ice-ocean heat flux from mass exchange --> 
    158           <field field_ref="hfxdyn"          name="hfxdyn" /> 
    159           <field field_ref="hfxres"          name="hfxres" /> 
    160           <field field_ref="hfxthd"          name="hfxthd" /> 
    161      <!-- ice-atm. heat flux from mass exchange --> 
    162           <field field_ref="hfxsub"          name="hfxsub" /> 
    163           <field field_ref="hfxspr"          name="hfxspr" /> 
    164  
    165      <!-- diags --> 
    166           <field field_ref="hfxdhc"          name="hfxdhc" /> 
    167           <field field_ref="hfxtur"          name="hfxtur" /> 
    168  
    169           <field field_ref="isst"            name="sst"    /> 
    170           <field field_ref="isss"            name="sss"    /> 
    171           <field field_ref="micesalt"        name="sisali" /> 
    172           <field field_ref="micet"           name="sitemp" /> 
    173           <field field_ref="icest"           name="sistem" /> 
    174           <field field_ref="icehc"           name="siheco" /> 
    175           <field field_ref="isnowhc"         name="snheco" /> 
    176           <field field_ref="miceage"         name="siages" /> 
    177  
    178           <field field_ref="uice_ipa"        name="sivelu" /> 
    179           <field field_ref="vice_ipa"        name="sivelv" /> 
    180           <field field_ref="icevel"          name="sivelo" /> 
    181           <field field_ref="idive"           name="sidive" /> 
    182           <field field_ref="ishear"          name="sishea" /> 
    183           <field field_ref="icestr"          name="sistre" /> 
    184  
    185           <field field_ref="ibrinv"          name="sibrin" /> 
    186           <field field_ref="icecolf"         name="sicolf" /> 
    187  
    188           <field field_ref="iceage_cat"      name="siagecat" /> 
    189           <field field_ref="iceconc_cat"     name="siconcat" /> 
    190           <field field_ref="icethic_cat"     name="sithicat" /> 
    191           <field field_ref="snowthic_cat"    name="snthicat" /> 
    192           <field field_ref="salinity_cat"    name="salincat" /> 
    193           <field field_ref="brinevol_cat"    name="sibricat" /> 
    194      <field field_ref="icetemp_cat"     name="sitemcat" /> 
    195      <field field_ref="snwtemp_cat"     name="sntemcat" /> 
    196  
    197    </file> 
    198  
    199         <file id="file7" name_suffix="_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." > 
    200           <field field_ref="voltot"       name="scvoltot"   /> 
    201           <field field_ref="sshtot"       name="scsshtot"   /> 
    202           <field field_ref="sshsteric"    name="scsshste"   /> 
    203           <field field_ref="sshthster"    name="scsshtst"   /> 
    204           <field field_ref="masstot"      name="scmastot"   /> 
    205           <field field_ref="temptot"      name="sctemtot"   /> 
    206           <field field_ref="saltot"       name="scsaltot"   /> 
    207  
    208           <field field_ref="bgtemper"     name="bgtemper"   /> 
    209           <field field_ref="bgsaline"     name="bgsaline"   /> 
    210           <field field_ref="bgheatco"     name="bgheatco"   /> 
    211           <field field_ref="bgsaltco"     name="bgsaltco"   /> 
    212           <field field_ref="bgvolssh"     name="bgvolssh"   />  
    213           <field field_ref="bgvole3t"     name="bgvole3t"   /> 
    214           <field field_ref="bgfrcvol"     name="bgfrcvol"   /> 
    215           <field field_ref="bgfrctem"     name="bgfrctem"   /> 
    216           <field field_ref="bgfrcsal"     name="bgfrcsal"   /> 
    217         </file> 
    218  
    219         <file id="file8" name_suffix="_SBC_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." > 
    220           <!-- global contents --> 
    221      <field field_ref="ibgvol_tot"    name="ibgvol_tot"   /> 
    222      <field field_ref="sbgvol_tot"    name="sbgvol_tot"   /> 
    223      <field field_ref="ibgarea_tot"   name="ibgarea_tot"  /> 
    224      <field field_ref="ibgsalt_tot"   name="ibgsalt_tot"  /> 
    225      <field field_ref="ibgheat_tot"   name="ibgheat_tot"  /> 
    226      <field field_ref="sbgheat_tot"   name="sbgheat_tot"  /> 
    227       
    228      <!-- global drifts (conservation checks) --> 
    229      <field field_ref="ibgvolume"     name="ibgvolume"    /> 
    230      <field field_ref="ibgsaltco"     name="ibgsaltco"    /> 
    231      <field field_ref="ibgheatco"     name="ibgheatco"    /> 
    232      <field field_ref="ibgheatfx"     name="ibgheatfx"    /> 
    233       
    234      <!-- global forcings  --> 
    235      <field field_ref="ibgfrcvoltop"  name="ibgfrcvoltop" /> 
    236      <field field_ref="ibgfrcvolbot"  name="ibgfrcvolbot" /> 
    237      <field field_ref="ibgfrctemtop"  name="ibgfrctemtop" /> 
    238      <field field_ref="ibgfrctembot"  name="ibgfrctembot" /> 
    239      <field field_ref="ibgfrcsal"     name="ibgfrcsal"    /> 
    240      <field field_ref="ibgfrchfxtop"  name="ibgfrchfxtop" /> 
    241      <field field_ref="ibgfrchfxbot"  name="ibgfrchfxbot" /> 
    242         </file> 
    243  
    244    <!-- 
    245    <file id="file9" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    246      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    247      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    248      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    249      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    250      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    251      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    252    </file> 
    253    --> 
    254  
    255       </file_group> 
    256  
    257       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    258       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    259       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    260       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    261       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    262  
    263       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    264       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    265       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    266       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    267  
    268    </file_definition> 
    269      
    270     <!--  
    271 ============================================================================================================ 
    272 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    273 ============================================================================================================ 
    274     --> 
    275      
    276    <axis_definition>   
    277       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    278       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    279       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    280       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    281       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    282       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    283       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    284       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    285       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    286    </axis_definition>  
    287      
    288    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    289     
    290    <grid_definition>     
    291      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    292      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    293      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    294      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    295      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    296      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    297      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    298      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    299      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    300      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    301      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    302     </grid_definition>    
    303   </context> 
    304    
    305  
    306   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    3079 
    30810      <variable_definition> 
    309     
    310      <!--  
    311         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    312 --> 
    313      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    314      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    315      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    316      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    317      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    318      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    319     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    32017      </variable_definition> 
    321                 
    32218  </context> 
    323    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    32426</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r7631 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    267 
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28  
    29       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    30  
    31       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    32  
    33       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    34  
    35       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    36  
    37       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    38        
    39       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files --> 
    40        
    41       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    42     
    43    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    44      <field field_ref="e3t"      /> 
    45      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    46      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    47      <field field_ref="sst"          name="tos"   /> 
    48      <field field_ref="sss"          name="sos"   /> 
    49      <field field_ref="ssh"          name="zos"   /> 
    50      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    51      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    52      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    53      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    54      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    55      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    56      <field field_ref="sbt"      /> 
    57      <field field_ref="heatc"        name="heatc" /> 
    58      <field field_ref="saltc"        name="saltc" /> 
    59    </file> 
    60  
    61    <file id="file2" name_suffix="_SBC" description="surface fluxes variables" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    62      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63      <field field_ref="qsr_oce"      name="qsr_oce"  /> 
    64      <field field_ref="qns_oce"      name="qns_oce"  /> 
    65      <field field_ref="qt_oce"       name="qt_oce"   /> 
    66      <field field_ref="qsr_ice"      name="qsr_ice"  /> 
    67      <field field_ref="qns_ice"      name="qns_ice"  /> 
    68      <field field_ref="qtr_ice"      name="qtr_ice"  /> 
    69      <field field_ref="qt_ice"       name="qt_ice"   /> 
    70      <field field_ref="saltflx"      name="sfx"      /> 
    71      <field field_ref="taum"         name="taum"     /> 
    72      <field field_ref="wspd"         name="windsp"   /> 
    73      <field field_ref="precip"       name="precip"   /> 
    74      <!-- ice and snow --> 
    75      <field field_ref="snowpre" /> 
    76      <field field_ref="utau_ice"     name="utau_ice" /> 
    77      <field field_ref="vtau_ice"     name="vtau_ice" /> 
    78    </file> 
    79  
    80    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    81      <field field_ref="e3u" /> 
    82      <field field_ref="ssu"          name="uos"      /> 
    83      <field field_ref="uoce"         name="uo"       operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    84      <field field_ref="utau"         name="tauuo"    /> 
    85           <!-- available with key_diaar5 --> 
    86      <field field_ref="u_masstr"     name="vozomatr" /> 
    87      <field field_ref="u_heattr"     name="sozohetr" /> 
    88       <field field_ref="u_salttr"     name="sozosatr" /> 
    89    </file> 
    90     
    91    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    92      <field field_ref="e3v" /> 
    93      <field field_ref="ssv"          name="vos"      /> 
    94      <field field_ref="voce"         name="vo"       operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    95      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    /> 
    96           <!-- available with key_diaar5 --> 
    97      <field field_ref="v_masstr"     name="vomematr" /> 
    98      <field field_ref="v_heattr"     name="somehetr" /> 
    99       <field field_ref="v_salttr"     name="somesatr" /> 
    100    </file> 
    101     
    102    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    103      <field field_ref="e3w" /> 
    104      <field field_ref="woce"         name="wo"       /> 
    105      <field field_ref="avt"          name="difvho"   /> 
    106      <field field_ref="w_masstr"     name="vovematr" /> 
    107    </file> 
    108  
    109    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" enabled=".true." > 
    110           <field field_ref="snowthic_cea"    name="snthic" /> 
    111           <field field_ref="icethic_cea"     name="sithic" /> 
    112           <field field_ref="icevolu"         name="sivolu" /> 
    113           <field field_ref="snowvol"         name="snvolu" /> 
    114           <field field_ref="iceconc"         name="siconc" /> 
    115  
    116           <field field_ref="vfxbog"          name="vfxbog" /> 
    117           <field field_ref="vfxdyn"          name="vfxdyn" /> 
    118           <field field_ref="vfxopw"          name="vfxopw" /> 
    119           <field field_ref="vfxsni"          name="vfxsni" /> 
    120           <field field_ref="vfxsum"          name="vfxsum" /> 
    121           <field field_ref="vfxbom"          name="vfxbom" /> 
    122           <field field_ref="vfxres"          name="vfxres" /> 
    123           <field field_ref="vfxice"          name="vfxice" /> 
    124           <field field_ref="vfxsnw"          name="vfxsnw" /> 
    125           <field field_ref="vfxsub"          name="vfxsub" /> 
    126           <field field_ref="vfxspr"          name="vfxspr" /> 
    127  
    128           <field field_ref="icetrp"          name="sivtrp" /> 
    129           <field field_ref="snwtrp"          name="snvtrp" /> 
    130           <field field_ref="saltrp"          name="saltrp" /> 
    131           <field field_ref="deitrp"          name="deitrp" /> 
    132           <field field_ref="destrp"          name="destrp" /> 
    133  
    134           <field field_ref="sfxbri"          name="sfxbri" /> 
    135           <field field_ref="sfxdyn"          name="sfxdyn" /> 
    136           <field field_ref="sfxres"          name="sfxres" /> 
    137           <field field_ref="sfxbog"          name="sfxbog" /> 
    138           <field field_ref="sfxbom"          name="sfxbom" /> 
    139           <field field_ref="sfxsum"          name="sfxsum" /> 
    140           <field field_ref="sfxsni"          name="sfxsni" /> 
    141           <field field_ref="sfxopw"          name="sfxopw" /> 
    142           <field field_ref="sfx"             name="sfx"    /> 
    143  
    144           <field field_ref="hfxsum"          name="hfxsum"     /> 
    145           <field field_ref="hfxbom"          name="hfxbom"     /> 
    146           <field field_ref="hfxbog"          name="hfxbog"     /> 
    147           <field field_ref="hfxdif"          name="hfxdif"     /> 
    148           <field field_ref="hfxopw"          name="hfxopw"     /> 
    149           <field field_ref="hfxout"          name="hfxout"     /> 
    150           <field field_ref="hfxin"           name="hfxin"      /> 
    151           <field field_ref="hfxsnw"          name="hfxsnw"     /> 
    152           <field field_ref="hfxerr"          name="hfxerr"     /> 
    153           <field field_ref="hfxerr_rem"      name="hfxerr_rem" /> 
    154  
    155      <!-- ice-ocean heat flux from mass exchange --> 
    156           <field field_ref="hfxdyn"          name="hfxdyn" /> 
    157           <field field_ref="hfxres"          name="hfxres" /> 
    158           <field field_ref="hfxthd"          name="hfxthd" /> 
    159      <!-- ice-atm. heat flux from mass exchange --> 
    160           <field field_ref="hfxsub"          name="hfxsub" /> 
    161           <field field_ref="hfxspr"          name="hfxspr" /> 
    162  
    163      <!-- diags --> 
    164           <field field_ref="hfxdhc"          name="hfxdhc" /> 
    165           <field field_ref="hfxtur"          name="hfxtur" /> 
    166  
    167           <field field_ref="isst"            name="sst"    /> 
    168           <field field_ref="isss"            name="sss"    /> 
    169           <field field_ref="micesalt"        name="sisali" /> 
    170           <field field_ref="micet"           name="sitemp" /> 
    171           <field field_ref="icest"           name="sistem" /> 
    172           <field field_ref="icehc"           name="siheco" /> 
    173           <field field_ref="isnowhc"         name="snheco" /> 
    174           <field field_ref="miceage"         name="siages" /> 
    175  
    176           <field field_ref="uice_ipa"        name="sivelu" /> 
    177           <field field_ref="vice_ipa"        name="sivelv" /> 
    178           <field field_ref="icevel"          name="sivelo" /> 
    179           <field field_ref="idive"           name="sidive" /> 
    180           <field field_ref="ishear"          name="sishea" /> 
    181           <field field_ref="icestr"          name="sistre" /> 
    182  
    183           <field field_ref="ibrinv"          name="sibrin" /> 
    184           <field field_ref="icecolf"         name="sicolf" /> 
    185  
    186           <field field_ref="iceage_cat"      name="siagecat" /> 
    187           <field field_ref="iceconc_cat"     name="siconcat" /> 
    188           <field field_ref="icethic_cat"     name="sithicat" /> 
    189           <field field_ref="snowthic_cat"    name="snthicat" /> 
    190           <field field_ref="salinity_cat"    name="salincat" /> 
    191           <field field_ref="brinevol_cat"    name="sibricat" /> 
    192      <field field_ref="icetemp_cat"     name="sitemcat" /> 
    193      <field field_ref="snwtemp_cat"     name="sntemcat" /> 
    194  
    195    </file> 
    196  
    197         <file id="file7" name_suffix="_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." > 
    198           <field field_ref="voltot"       name="scvoltot"   /> 
    199           <field field_ref="sshtot"       name="scsshtot"   /> 
    200           <field field_ref="sshsteric"    name="scsshste"   /> 
    201           <field field_ref="sshthster"    name="scsshtst"   /> 
    202           <field field_ref="masstot"      name="scmastot"   /> 
    203           <field field_ref="temptot"      name="sctemtot"   /> 
    204           <field field_ref="saltot"       name="scsaltot"   /> 
    205  
    206           <field field_ref="bgtemper"     name="bgtemper"   /> 
    207           <field field_ref="bgsaline"     name="bgsaline"   /> 
    208           <field field_ref="bgheatco"     name="bgheatco"   /> 
    209           <field field_ref="bgsaltco"     name="bgsaltco"   /> 
    210           <field field_ref="bgvolssh"     name="bgvolssh"   />  
    211           <field field_ref="bgvole3t"     name="bgvole3t"   /> 
    212           <field field_ref="bgfrcvol"     name="bgfrcvol"   /> 
    213           <field field_ref="bgfrctem"     name="bgfrctem"   /> 
    214           <field field_ref="bgfrcsal"     name="bgfrcsal"   /> 
    215         </file> 
    216  
    217         <file id="file8" name_suffix="_SBC_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." > 
    218           <!-- global contents --> 
    219      <field field_ref="ibgvol_tot"    name="ibgvol_tot"   /> 
    220      <field field_ref="sbgvol_tot"    name="sbgvol_tot"   /> 
    221      <field field_ref="ibgarea_tot"   name="ibgarea_tot"  /> 
    222      <field field_ref="ibgsalt_tot"   name="ibgsalt_tot"  /> 
    223      <field field_ref="ibgheat_tot"   name="ibgheat_tot"  /> 
    224      <field field_ref="sbgheat_tot"   name="sbgheat_tot"  /> 
    225       
    226      <!-- global drifts (conservation checks) --> 
    227      <field field_ref="ibgvolume"     name="ibgvolume"    /> 
    228      <field field_ref="ibgsaltco"     name="ibgsaltco"    /> 
    229      <field field_ref="ibgheatco"     name="ibgheatco"    /> 
    230      <field field_ref="ibgheatfx"     name="ibgheatfx"    /> 
    231       
    232      <!-- global forcings  --> 
    233      <field field_ref="ibgfrcvoltop"  name="ibgfrcvoltop" /> 
    234      <field field_ref="ibgfrcvolbot"  name="ibgfrcvolbot" /> 
    235      <field field_ref="ibgfrctemtop"  name="ibgfrctemtop" /> 
    236      <field field_ref="ibgfrctembot"  name="ibgfrctembot" /> 
    237      <field field_ref="ibgfrcsal"     name="ibgfrcsal"    /> 
    238      <field field_ref="ibgfrchfxtop"  name="ibgfrchfxtop" /> 
    239      <field field_ref="ibgfrchfxbot"  name="ibgfrchfxbot" /> 
    240         </file> 
    241  
    242         <file id="file9" name_suffix="_bioscalar" description="pisces sms variables" > 
    243           <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    244           <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    245           <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    246           <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field> 
    247           <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    248           <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    249           <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
    250           <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    251           <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    252           <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
    253         <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field> 
    254         </file> 
    255    <!-- 
    256    <file id="file20" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    257      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    258      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    259      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    260      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    261      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    262      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    263    </file> 
    264    --> 
    265  
    266       </file_group> 
    267  
    268       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    269  
    270    <file id="file10" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    271           <field field_ref="DIC"      /> 
    272           <field field_ref="Alkalini" /> 
    273           <field field_ref="O2"       /> 
    274           <field field_ref="PO4"      /> 
    275           <field field_ref="Si"       /> 
    276           <field field_ref="Fer"      /> 
    277           <field field_ref="NCHL"     /> 
    278           <field field_ref="DCHL"     /> 
    279           <field field_ref="NO3"      /> 
    280    </file> 
    281     
    282    <file id="file11" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    283           <field field_ref="Cflx"     /> 
    284           <field field_ref="Dpco2"    /> 
    285    </file> 
    286  
    287       </file_group> 
    288       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    289       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    290       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    291       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    292  
    293       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    294  
    295    <file id="file12" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    296           <field field_ref="DIC"      /> 
    297           <field field_ref="Alkalini" /> 
    298           <field field_ref="O2"       /> 
    299           <field field_ref="CaCO3"    /> 
    300           <field field_ref="PO4"      /> 
    301           <field field_ref="POC"      /> 
    302           <field field_ref="Si"       /> 
    303           <field field_ref="PHY"      /> 
    304           <field field_ref="ZOO"      /> 
    305           <field field_ref="DOC"      /> 
    306           <field field_ref="PHY2"     /> 
    307           <field field_ref="ZOO2"     /> 
    308           <field field_ref="DSi"      /> 
    309           <field field_ref="Fer"      /> 
    310           <field field_ref="BFe"      /> 
    311           <field field_ref="GOC"      /> 
    312           <field field_ref="SFe"      /> 
    313           <field field_ref="DFe"      /> 
    314           <field field_ref="GSi"      /> 
    315           <field field_ref="NFe"      /> 
    316           <field field_ref="NCHL"     /> 
    317           <field field_ref="DCHL"     /> 
    318           <field field_ref="NO3"      /> 
    319           <field field_ref="NH4"      /> 
    320    </file> 
    321  
    322    <file id="file13" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    323           <field field_ref="PH"       /> 
    324           <field field_ref="PAR"      /> 
    325           <field field_ref="PPPHYN"    /> 
    326           <field field_ref="PPPHYD"   /> 
    327           <field field_ref="PPPHYP"   /> 
    328           <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    329           <field field_ref="PPNEWD"   /> 
    330           <field field_ref="PPNEWP"   /> 
    331           <field field_ref="PBSi"     /> 
    332           <field field_ref="PFeN"     /> 
    333           <field field_ref="PFeD"     /> 
    334           <field field_ref="PCAL"     /> 
    335           <field field_ref="DCAL"     /> 
    336           <field field_ref="GRAZ1"    /> 
    337           <field field_ref="GRAZ2"    /> 
    338           <field field_ref="EPC100"   /> 
    339           <field field_ref="EPFE100"  /> 
    340           <field field_ref="EPSI100"  /> 
    341           <field field_ref="EPCAL100" /> 
    342           <field field_ref="Cflx"     /> 
    343           <field field_ref="Dpco2"    /> 
    344           <field field_ref="Heup"     /> 
    345           <field field_ref="Nfix"     /> 
    346    </file> 
    347      </file_group>   
    348  
    349       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    350       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    351       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    352  
    353    </file_definition> 
    354      
    355     <!--  
    356 ============================================================================================================ 
    357 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    358 ============================================================================================================ 
    359     --> 
    360      
    361    <axis_definition>   
    362       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    363       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    364       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    365       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    366       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    367       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    368       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    369       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    370       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    371    </axis_definition>  
    372      
    373    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    374     
    375    <grid_definition>     
    376      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    377      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    378      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    379      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    380      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    381      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    382      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    383      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    384      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    385      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    386      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    387     </grid_definition>    
    388   </context> 
    389    
    390  
    391   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    3929 
    39310      <variable_definition> 
    394     
    395      <!--  
    396         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    397 --> 
    398      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    399      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    400      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    401      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    402      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    403      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    404     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    40517      </variable_definition> 
    406                 
    40718  </context> 
    408    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    40926</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r7403 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    227 
    23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    31       
    32       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    33         <file id="file1" name_suffix="_bioscalar" description="pisces sms variables" > 
    34            <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    35            <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    36            <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    37            <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field> 
    38            <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    39            <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    40            <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
    41            <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    42            <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    43            <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
    44            <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field> 
    45         </file> 
    46       </file_group> 
    47  
    48       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    49       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/>  <!-- 5d files -->    
    50  
    51       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    52  
    53    <file id="file2" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    54           <field field_ref="DIC"      /> 
    55           <field field_ref="Alkalini" /> 
    56           <field field_ref="O2"       /> 
    57           <field field_ref="PO4"      /> 
    58           <field field_ref="Si"       /> 
    59           <field field_ref="Fer"      /> 
    60           <field field_ref="NCHL"     /> 
    61           <field field_ref="DCHL"     /> 
    62           <field field_ref="NO3"      /> 
    63    </file> 
    64     
    65    <file id="file3" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    66           <field field_ref="Cflx"     /> 
    67           <field field_ref="Dpco2"    /> 
    68    </file> 
    69  
    70       </file_group> 
    71       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    72       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    73       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    74       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    75  
    76       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    77  
    78    <file id="file4" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    79           <field field_ref="DIC"      /> 
    80           <field field_ref="Alkalini" /> 
    81           <field field_ref="O2"       /> 
    82           <field field_ref="CaCO3"    /> 
    83           <field field_ref="PO4"      /> 
    84           <field field_ref="POC"      /> 
    85           <field field_ref="Si"       /> 
    86           <field field_ref="PHY"      /> 
    87           <field field_ref="ZOO"      /> 
    88           <field field_ref="DOC"      /> 
    89           <field field_ref="PHY2"     /> 
    90           <field field_ref="ZOO2"     /> 
    91           <field field_ref="DSi"      /> 
    92           <field field_ref="Fer"      /> 
    93           <field field_ref="BFe"      /> 
    94           <field field_ref="GOC"      /> 
    95           <field field_ref="SFe"      /> 
    96           <field field_ref="DFe"      /> 
    97           <field field_ref="GSi"      /> 
    98           <field field_ref="NFe"      /> 
    99           <field field_ref="NCHL"     /> 
    100           <field field_ref="DCHL"     /> 
    101           <field field_ref="NO3"      /> 
    102           <field field_ref="NH4"      /> 
    103    </file> 
    104  
    105    <file id="file5" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    106           <field field_ref="PH"       /> 
    107           <field field_ref="CO3"      /> 
    108           <field field_ref="CO3sat"   /> 
    109           <field field_ref="PAR"      /> 
    110           <field field_ref="PPPHYN"    /> 
    111           <field field_ref="PPPHYD"   /> 
    112           <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    113           <field field_ref="PPNEWD"   /> 
    114           <field field_ref="PBSi"     /> 
    115           <field field_ref="PFeN"     /> 
    116           <field field_ref="PFeD"     /> 
    117           <field field_ref="xfracal"  /> 
    118           <field field_ref="PCAL"     /> 
    119           <field field_ref="DCAL"     /> 
    120           <field field_ref="GRAZ1"    /> 
    121           <field field_ref="GRAZ2"    /> 
    122           <field field_ref="EPC100"   /> 
    123           <field field_ref="EPFE100"  /> 
    124           <field field_ref="EPSI100"  /> 
    125           <field field_ref="EPCAL100" /> 
    126           <field field_ref="Cflx"     /> 
    127           <field field_ref="Oflx"     /> 
    128           <field field_ref="Kg"       /> 
    129           <field field_ref="Dpco2"    /> 
    130           <field field_ref="Dpo2"     /> 
    131           <field field_ref="Heup"     /> 
    132           <field field_ref="Irondep"  /> 
    133           <field field_ref="Ironsed"  /> 
    134           <field field_ref="Ironice"  /> 
    135           <field field_ref="Nfix"     /> 
    136           <field field_ref="MuN"      /> 
    137           <field field_ref="MuD"      /> 
    138           <field field_ref="LNnut"    /> 
    139           <field field_ref="LDnut"    /> 
    140           <field field_ref="LNFe"     /> 
    141           <field field_ref="LDFe"     /> 
    142           <field field_ref="LNlight"  /> 
    143           <field field_ref="LDlight"  /> 
    144           <field field_ref="pdust"    /> 
    145           <field field_ref="Fe2"      /> 
    146           <field field_ref="Fe3"      /> 
    147           <field field_ref="FeL1"     /> 
    148           <field field_ref="FeL2"     /> 
    149           <field field_ref="FeP"      /> 
    150           <field field_ref="TL1"      /> 
    151           <field field_ref="TL2"      /> 
    152           <field field_ref="Sdenit"   /> 
    153           <field field_ref="Totlig"   /> 
    154    </file> 
    155  
    156       </file_group> 
    157       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    158       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    159       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    160  
    161    </file_definition> 
    162      
    163     <!--  
    164 ============================================================================================================ 
    165 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    166 ============================================================================================================ 
    167     --> 
    168      
    169    <axis_definition>   
    170       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    171       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    172       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    173       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    174       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    175       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    176       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    177       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    178       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    179    </axis_definition>  
    180      
    181    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    182     
    183    <grid_definition>     
    184      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    185      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    186      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    187      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    188      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    189      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    190      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    191      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    192     </grid_definition>     
    193    
    194   </context> 
    195    
    196  
    197   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    1989 
    19910      <variable_definition> 
    200     
    201      <!--  
    202         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    203 --> 
    204      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    205      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    206      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    207      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    208      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    209      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    210     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    21117      </variable_definition> 
    212                 
    21318  </context> 
    214    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    21526</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_TRC/EXP00/iodef.xml

    r7445 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    227 
    23    <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    31       
    32       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    33       </file_group> 
    34  
    35       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    36       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/>  <!-- 5d files -->    
    37  
    38       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    39       </file_group> 
    40       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    41       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    42       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    43       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    44  
    45       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    46  
    47         <file id="file1" name_suffix="_ptrc_T" description="passive tracers variables" > 
    48            <field field_ref="Age"    /> 
    49            <field field_ref="CFC11"  /> 
    50            <field field_ref="CFC12"  /> 
    51            <field field_ref="SF6"    /> 
    52            <field field_ref="RC14"   /> 
    53          </file> 
    54  
    55       </file_group> 
    56       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    57       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    58       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    59  
    60    </file_definition> 
    61      
    62     <!--  
    63 ============================================================================================================ 
    64 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    65 ============================================================================================================ 
    66     --> 
    67      
    68    <axis_definition>   
    69       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    70       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    71       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    72       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    73       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    74       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    75       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    76       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    77       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    78    </axis_definition>  
    79      
    80    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    81     
    82    <grid_definition>     
    83      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    84      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    85      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    86      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    87      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    88      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    89      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    90      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    91     </grid_definition>     
    92    
    93   </context> 
    94    
    95  
    96   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    979 
    9810      <variable_definition> 
    99     
    100      <!--  
    101         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    102 --> 
    103      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    104      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    105      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    106      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    107      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    108      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    109     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    11017      </variable_definition> 
    111                 
    11218  </context> 
    113    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    11426</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    26       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    27       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    28       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    29       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    30       
    31       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    327 
    33    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    34      <field field_ref="sst"          name="sosstsst" /> 
    35      <field field_ref="sss"          name="sosaline" /> 
    36      <field field_ref="ssh"          name="sossheig" /> 
    37      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    38      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    39      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    40      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    41    </file> 
    42  
    43    <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    44      <field field_ref="ssu"          name="suoce" /> 
    45    </file> 
    46     
    47    <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    48      <field field_ref="ssv"          name="svoce" /> 
    49    </file> 
    50  
    51       </file_group> 
    52  
    53       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    54       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files --> 
    55  
    56    <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    57      <field field_ref="sst"          name="sosstsst" /> 
    58      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    /> 
    59      <field field_ref="sss"          name="sosaline" /> 
    60      <field field_ref="ssh"          name="sossheig" /> 
    61      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    /> 
    62      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    64      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    65      <field field_ref="taum"     /> 
    66      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    67      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    68    </file> 
    69     
    70    <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    71      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    72      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    73    </file> 
    74     
    75    <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    76      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    77      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    78    </file> 
    79     
    80    <file id="file7" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    81      <field field_ref="ice_pres"   /> 
    82      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd" /> 
    83      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit" /> 
    84      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip" /> 
    85      <field field_ref="ist_ipa"    /> 
    86      <field field_ref="uice_ipa"   /> 
    87      <field field_ref="vice_ipa"   /> 
    88      <field field_ref="utau_ice"   /> 
    89      <field field_ref="vtau_ice"   /> 
    90      <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
    91      <field field_ref="qns_io_cea" /> 
    92      <field field_ref="snowpre"    /> 
    93    </file> 
    94     
    95       </file_group> 
    96  
    97       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    98       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    99       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    100       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    101       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    102  
    103       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    104       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    105       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    106       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    107  
    108    </file_definition> 
    109      
    110     <!--  
    111 ============================================================================================================ 
    112 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    113 ============================================================================================================ 
    114     --> 
    115      
    116    <axis_definition>   
    117       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    118       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    119       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    120       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    121       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    122       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    123       <axis id="ncatice" long_name="Ice category class" unit="1"                 /> 
    124       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    125       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    126    </axis_definition> 
    127      
    128    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    129     
    130    <grid_definition>     
    131      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    132      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    133      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    134      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    135      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    136      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    137      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    138      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    139     </grid_definition>     
    140    
    141   </context> 
    142    
    143  
    144   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    1459 
    14610      <variable_definition> 
    147     
    148      <!--  
    149         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    150 --> 
    151      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    152      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    153      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    154      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    155      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    156      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    157     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    15817      </variable_definition> 
    159                 
    16018  </context> 
    161    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    16226</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM3/EXP00/iodef.xml

    r7404 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    267 
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28  
    29       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    30  
    31       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    32  
    33       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    34  
    35       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    36  
    37       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    38        
    39       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files --> 
    40        
    41       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    42     
    43    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    44      <field field_ref="e3t"      /> 
    45      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    46      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    47      <field field_ref="sst"          name="tos"   /> 
    48      <field field_ref="sss"          name="sos"   /> 
    49      <field field_ref="ssh"          name="zos"   /> 
    50      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    51      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    52      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    53      <field field_ref="mldkz5"   /> 
    54      <field field_ref="mldr10_1" /> 
    55      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    56      <field field_ref="sbt"      /> 
    57      <field field_ref="heatc"        name="heatc" /> 
    58      <field field_ref="saltc"        name="saltc" /> 
    59    </file> 
    60  
    61    <file id="file2" name_suffix="_SBC" description="surface fluxes variables" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    62      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63       <field field_ref="emp_oce"      name="emp_oce"  long_name="Evap minus Precip over ocean"              /> 
    64       <field field_ref="emp_ice"      name="emp_ice"  long_name="Evap minus Precip over ice"                /> 
    65      <field field_ref="qsr_oce"      name="qsr_oce"  /> 
    66      <field field_ref="qns_oce"      name="qns_oce"  /> 
    67      <field field_ref="qt_oce"       name="qt_oce"   /> 
    68      <field field_ref="qsr_ice"      name="qsr_ice"  /> 
    69      <field field_ref="qns_ice"      name="qns_ice"  /> 
    70      <field field_ref="qtr_ice"      name="qtr_ice"  /> 
    71      <field field_ref="qt_ice"       name="qt_ice"   /> 
    72      <field field_ref="saltflx"      name="sfx"      /> 
    73      <field field_ref="taum"         name="taum"     /> 
    74      <field field_ref="wspd"         name="windsp"   /> 
    75      <field field_ref="precip"       name="precip"   /> 
    76      <!-- ice and snow --> 
    77      <field field_ref="snowpre" /> 
    78      <field field_ref="utau_ice"     name="utau_ice" /> 
    79      <field field_ref="vtau_ice"     name="vtau_ice" /> 
    80    </file> 
    81  
    82    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    83      <field field_ref="e3u" /> 
    84      <field field_ref="ssu"          name="uos"      /> 
    85      <field field_ref="uoce"         name="uo"       operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    86      <field field_ref="utau"         name="tauuo"    /> 
    87           <!-- available with key_diaar5 --> 
    88      <field field_ref="u_masstr"     name="vozomatr" /> 
    89      <field field_ref="u_heattr"     name="sozohetr" /> 
    90       <field field_ref="u_salttr"     name="sozosatr" /> 
    91    </file> 
    92     
    93    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    94      <field field_ref="e3v" /> 
    95      <field field_ref="ssv"          name="vos"      /> 
    96      <field field_ref="voce"         name="vo"       operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    97      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    /> 
    98           <!-- available with key_diaar5 --> 
    99      <field field_ref="v_masstr"     name="vomematr" /> 
    100      <field field_ref="v_heattr"     name="somehetr" /> 
    101       <field field_ref="v_salttr"     name="somesatr" /> 
    102    </file> 
    103     
    104    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    105      <field field_ref="e3w" /> 
    106      <field field_ref="woce"         name="wo"       /> 
    107      <field field_ref="avt"          name="difvho"   /> 
    108      <field field_ref="w_masstr"     name="vovematr" /> 
    109    </file> 
    110  
    111    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" enabled=".true." > 
    112           <field field_ref="snowthic_cea"    name="snthic" /> 
    113           <field field_ref="icethic_cea"     name="sithic" /> 
    114           <field field_ref="icevolu"         name="sivolu" /> 
    115           <field field_ref="snowvol"         name="snvolu" /> 
    116           <field field_ref="iceconc"         name="siconc" /> 
    117  
    118           <field field_ref="vfxbog"          name="vfxbog" /> 
    119           <field field_ref="vfxdyn"          name="vfxdyn" /> 
    120           <field field_ref="vfxopw"          name="vfxopw" /> 
    121           <field field_ref="vfxsni"          name="vfxsni" /> 
    122           <field field_ref="vfxsum"          name="vfxsum" /> 
    123           <field field_ref="vfxbom"          name="vfxbom" /> 
    124           <field field_ref="vfxres"          name="vfxres" /> 
    125           <field field_ref="vfxice"          name="vfxice" /> 
    126           <field field_ref="vfxsnw"          name="vfxsnw" /> 
    127           <field field_ref="vfxsub"          name="vfxsub" /> 
    128           <field field_ref="vfxspr"          name="vfxspr" /> 
    129  
    130           <field field_ref="icetrp"          name="sivtrp" /> 
    131           <field field_ref="snwtrp"          name="snvtrp" /> 
    132           <field field_ref="saltrp"          name="saltrp" /> 
    133           <field field_ref="deitrp"          name="deitrp" /> 
    134           <field field_ref="destrp"          name="destrp" /> 
    135  
    136           <field field_ref="sfxbri"          name="sfxbri" /> 
    137           <field field_ref="sfxdyn"          name="sfxdyn" /> 
    138           <field field_ref="sfxres"          name="sfxres" /> 
    139           <field field_ref="sfxbog"          name="sfxbog" /> 
    140           <field field_ref="sfxbom"          name="sfxbom" /> 
    141           <field field_ref="sfxsum"          name="sfxsum" /> 
    142           <field field_ref="sfxsni"          name="sfxsni" /> 
    143           <field field_ref="sfxopw"          name="sfxopw" /> 
    144           <field field_ref="sfx"             name="sfx"    /> 
    145  
    146           <field field_ref="hfxsum"          name="hfxsum"     /> 
    147           <field field_ref="hfxbom"          name="hfxbom"     /> 
    148           <field field_ref="hfxbog"          name="hfxbog"     /> 
    149           <field field_ref="hfxdif"          name="hfxdif"     /> 
    150           <field field_ref="hfxopw"          name="hfxopw"     /> 
    151           <field field_ref="hfxout"          name="hfxout"     /> 
    152           <field field_ref="hfxin"           name="hfxin"      /> 
    153           <field field_ref="hfxsnw"          name="hfxsnw"     /> 
    154           <field field_ref="hfxerr"          name="hfxerr"     /> 
    155           <field field_ref="hfxerr_rem"      name="hfxerr_rem" /> 
    156  
    157      <!-- ice-ocean heat flux from mass exchange --> 
    158           <field field_ref="hfxdyn"          name="hfxdyn" /> 
    159           <field field_ref="hfxres"          name="hfxres" /> 
    160           <field field_ref="hfxthd"          name="hfxthd" /> 
    161      <!-- ice-atm. heat flux from mass exchange --> 
    162           <field field_ref="hfxsub"          name="hfxsub" /> 
    163           <field field_ref="hfxspr"          name="hfxspr" /> 
    164  
    165      <!-- diags --> 
    166           <field field_ref="hfxdhc"          name="hfxdhc" /> 
    167           <field field_ref="hfxtur"          name="hfxtur" /> 
    168  
    169           <field field_ref="isst"            name="sst"    /> 
    170           <field field_ref="isss"            name="sss"    /> 
    171           <field field_ref="micesalt"        name="sisali" /> 
    172           <field field_ref="micet"           name="sitemp" /> 
    173           <field field_ref="icest"           name="sistem" /> 
    174           <field field_ref="icehc"           name="siheco" /> 
    175           <field field_ref="isnowhc"         name="snheco" /> 
    176           <field field_ref="miceage"         name="siages" /> 
    177  
    178           <field field_ref="uice_ipa"        name="sivelu" /> 
    179           <field field_ref="vice_ipa"        name="sivelv" /> 
    180           <field field_ref="icevel"          name="sivelo" /> 
    181           <field field_ref="idive"           name="sidive" /> 
    182           <field field_ref="ishear"          name="sishea" /> 
    183           <field field_ref="icestr"          name="sistre" /> 
    184  
    185           <field field_ref="ibrinv"          name="sibrin" /> 
    186           <field field_ref="icecolf"         name="sicolf" /> 
    187  
    188           <field field_ref="iceage_cat"      name="siagecat" /> 
    189           <field field_ref="iceconc_cat"     name="siconcat" /> 
    190           <field field_ref="icethic_cat"     name="sithicat" /> 
    191           <field field_ref="snowthic_cat"    name="snthicat" /> 
    192           <field field_ref="salinity_cat"    name="salincat" /> 
    193           <field field_ref="brinevol_cat"    name="sibricat" /> 
    194      <field field_ref="icetemp_cat"     name="sitemcat" /> 
    195      <field field_ref="snwtemp_cat"     name="sntemcat" /> 
    196  
    197    </file> 
    198  
    199         <file id="file7" name_suffix="_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." > 
    200           <field field_ref="voltot"       name="scvoltot"   /> 
    201           <field field_ref="sshtot"       name="scsshtot"   /> 
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    219           <field field_ref="sbgvoltot"    name="sbgvoltot"  /> 
    220           <field field_ref="ibgarea"      name="ibgarea"    /> 
    221           <field field_ref="ibgsaline"    name="ibgsaline"  /> 
    222           <field field_ref="ibgtemper"    name="ibgtemper"  /> 
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    226  
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    228           <field field_ref="ibgvfxbog"    name="ibgvfxbog"  /> 
    229           <field field_ref="ibgvfxopw"    name="ibgvfxopw"  /> 
    230           <field field_ref="ibgvfxsni"    name="ibgvfxsni"  /> 
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    232           <field field_ref="ibgvfxbom"    name="ibgvfxbom"  /> 
    233           <field field_ref="ibgvfxsum"    name="ibgvfxsum"  /> 
    234           <field field_ref="ibgvfxres"    name="ibgvfxres"  /> 
    235           <field field_ref="ibgvfxspr"    name="ibgvfxspr"  /> 
    236           <field field_ref="ibgvfxsnw"    name="ibgvfxsnw"  /> 
    237           <field field_ref="ibgvfxsub"    name="ibgvfxsub"  /> 
    238  
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    240           <field field_ref="ibgsfxbri"    name="ibgsfxbri"  /> 
    241           <field field_ref="ibgsfxdyn"    name="ibgsfxdyn"  /> 
    242           <field field_ref="ibgsfxres"    name="ibgsfxres"  /> 
    243           <field field_ref="ibgsfxbog"    name="ibgsfxbog"  /> 
    244           <field field_ref="ibgsfxopw"    name="ibgsfxopw"  /> 
    245           <field field_ref="ibgsfxsni"    name="ibgsfxsni"  /> 
    246           <field field_ref="ibgsfxbom"    name="ibgsfxbom"  /> 
    247           <field field_ref="ibgsfxsum"    name="ibgsfxsum"  /> 
    248  
    249           <field field_ref="ibghfxdhc"    name="ibghfxdhc"  /> 
    250           <field field_ref="ibghfxspr"    name="ibghfxspr"  /> 
    251  
    252           <field field_ref="ibghfxres"    name="ibghfxres"  /> 
    253           <field field_ref="ibghfxsub"    name="ibghfxsub"  /> 
    254           <field field_ref="ibghfxdyn"    name="ibghfxdyn"  /> 
    255           <field field_ref="ibghfxthd"    name="ibghfxthd"  /> 
    256           <field field_ref="ibghfxsum"    name="ibghfxsum"  /> 
    257           <field field_ref="ibghfxbom"    name="ibghfxbom"  /> 
    258           <field field_ref="ibghfxbog"    name="ibghfxbog"  /> 
    259           <field field_ref="ibghfxdif"    name="ibghfxdif"  /> 
    260           <field field_ref="ibghfxopw"    name="ibghfxopw"  /> 
    261           <field field_ref="ibghfxout"    name="ibghfxout"  /> 
    262           <field field_ref="ibghfxin"     name="ibghfxin"   /> 
    263           <field field_ref="ibghfxsnw"    name="ibghfxsnw"  /> 
    264  
    265           <field field_ref="ibgfrcvol"    name="ibgfrcvol"  /> 
    266           <field field_ref="ibgfrcsfx"    name="ibgfrcsfx"  /> 
    267           <field field_ref="ibgvolgrm"    name="ibgvolgrm"  /> 
    268  
    269         </file> 
    270  
    271    <!-- 
    272    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    273      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    274      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    275      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    276      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    277      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    278      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    279    </file> 
    280    --> 
    281  
    282       </file_group> 
    283  
    284       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    285       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    286       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    287       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    288       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    289  
    290       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    291       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    292       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    293       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    294  
    295    </file_definition> 
    296      
    297     <!--  
    298 ============================================================================================================ 
    299 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    300 ============================================================================================================ 
    301     --> 
    302      
    303    <axis_definition>   
    304       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    305       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    306       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    307       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    308       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    309       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    310       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    311       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    312       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    313    </axis_definition>  
    314      
    315    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    316     
    317    <grid_definition>     
    318      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    319      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    320      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    321      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    322      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    323      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    324      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    325      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    326      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    327      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    328      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    329     </grid_definition>    
    330   </context> 
    331    
    332  
    333   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    3349 
    33510      <variable_definition> 
    336     
    337      <!--  
    338         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    339 --> 
    340      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    341      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    342      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    343      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    344      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    345      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    346     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    34717      </variable_definition> 
    348                 
    34918  </context> 
    350    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    35126</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/OVERFLOW/EXP00/iodef.xml

    r6916 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24       <file_group id="30mi" output_freq="30mi"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    25   
    26    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    27      <field field_ref="e3t"          name="e3t_inst"     long_name="instantaneous T-cell thickness"                operation="instant" /> 
    28      <field field_ref="toce"         name="thetao_inst"  long_name="instantaneous sea water potential temperature" operation="instant" />  
    29      <field field_ref="ssh"          name="ssh_inst"     long_name="instantaneous sea surface height above geoid"  operation="instant" /> 
    30    </file> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    317 
    32    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    33      <field field_ref="e3u"          name="e3u_inst"     long_name="instantaneous U-cell thickness"        operation="instant" /> 
    34      <field field_ref="uoce"         name="uo_inst"      long_name="instantaneous sea water x velocity"    operation="instant" /> 
    35    </file> 
    36     
    37    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    38      <field field_ref="e3v"          name="e3v_inst"     long_name="instantaneous V-cell thickness"        operation="instant" /> 
    39      <field field_ref="voce"         name="vo_inst"      long_name="instantaneous sea water y velocity"    operation="instant" /> 
    40    </file> 
    41     
    42    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    43      <field field_ref="e3w"          name="e3w_inst"     long_name="instantaneous W-cell thickness"        operation="instant" /> 
    44      <field field_ref="woce"         name="wo_inst"      long_name="instantaneous ocean vertical velocity" operation="instant" /> 
    45    </file> 
    46  
    47       </file_group> 
    48  
    49    </file_definition> 
    50      
    51     <!--  
    52 ============================================================================================================ 
    53 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    54 ============================================================================================================ 
    55     --> 
    56      
    57    <axis_definition>   
    58       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    59       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    60       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    61       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    62       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    63       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    64       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    65       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    66       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    67    </axis_definition>  
    68     
    69    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    70     
    71    <grid_definition>     
    72      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    73      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    74      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    75      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    76      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    77      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    78      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    79      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    80      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    81      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    82      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    83     </grid_definition>    
    84   </context> 
    85    
    86  
    87   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    889 
    8910      <variable_definition> 
    90     
    91      <!--  
    92         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    93 --> 
    94      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    95      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    96      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    97      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    98      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    99      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    100     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    10117      </variable_definition> 
    102                 
    10318  </context> 
    104    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    10526</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/WAD_TEST_CASES/EXP00/iodef.xml

    r7412 r7635  
    11<?xml version="1.0"?> 
    2 <simulation>  
     2<simulation> 
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1 time step files --> 
    26    <file id="file96" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    27      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    28           <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    29      <!-- 
    30      <field field_ref="wdmask"       name="wdmask"  /> 
    31      <field field_ref="wetdep"       name="wetdepth"  /> 
    32           <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    33           <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    34           --> 
    35         </file> 
    36    <file id="file87" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    37      <!-- 
    38           <field field_ref="un_b"         name="un_b"    operation="instant"/> 
    39           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx" operation="instant"  /> 
    40           --> 
    41           <field field_ref="ubar"         name="ubaro"    operation="instant"/> 
    42      <!-- 
    43           <field field_ref="un_b"         name="un_b"    operation="instant"/> 
    44           <field field_ref="ucli"         name="uc_un" operation="instant"  /> 
    45           <field field_ref="ucli2"         name="uc_un2" operation="instant"  /> 
    46           <field field_ref="ssu"         name="r1_hu_a" operation="instant"  /> 
    47           <field field_ref="wdlmtu"         name="wdlmtu" operation="instant"  /> 
    48           --> 
    49         </file> 
    50    <file id="file88" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    51           <field field_ref="vbar"         name="vbaro"    operation="instant"/> 
    52         </file> 
    53       </file_group> 
    54       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1h files --> 
    55    <file id="file97" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    56      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  operation="instant"  /> 
    57      <field field_ref="e3t"          name="e3t"  operation="instant"  /> 
    58           <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    59       </file> 
    60       <file id="file98" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    61           <field field_ref="ubar"         name="ubaro"    operation="instant"/> 
    62       </file> 
    63       </file_group> 
    64       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    65       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    66       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    67       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    68       
    69       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    70       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    71       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->   
    72   
    73    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    74      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    75      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    76      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    77      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    78      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    79      <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    80      <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    81       <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    82      <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    83      <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    84      <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    85     </file> 
    86     
    87    <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    88           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    89           <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    90     </file> 
    91     
    92    <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    93           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    94           <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    95     </file> 
    96     
    97    <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    98           <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    99           <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    100           <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    101     </file> 
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1027 
    103       </file_group> 
    104  
    105       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    106       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    107       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    108       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    109       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    110  
    111       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    112       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    113       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    114       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    115  
    116    </file_definition> 
    117      
    118     <!--  
    119 ============================================================================================================ 
    120 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    121 ============================================================================================================ 
    122     --> 
    123      
    124    <axis_definition>   
    125       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    126       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    127       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    130       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    131       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    133       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    134    </axis_definition>  
    135      
    136    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    137     
    138    <grid_definition>     
    139      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    140      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    141      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    142      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    143      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    144      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    145      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    146      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    147     </grid_definition>  
    148  
    149   </context> 
    150    
    151  
    152   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    1539 
    15410      <variable_definition> 
    155     
    156      <!--  
    157         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    158 --> 
    159      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    160      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    161      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    162      <variable id="using_server"              type="boolean">true</variable> 
    163      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    164      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    165     
     11 
     12          <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     13          <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     14          <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     15          <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
     16 
    16617      </variable_definition> 
    167                 
    16818  </context> 
    169    
     19 
     20<!-- ============================================================================================ --> 
     21<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     22<!-- ============================================================================================ --> 
     23 
     24  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     25 
    17026</simulation> 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r7584 r7635  
    9999#if defined key_iomput 
    100100 
    101 #if defined key_xios2 
    102101      TYPE(xios_duration) :: dtime    = xios_duration(0, 0, 0, 0, 0, 0) 
    103102      TYPE(xios_date)     :: start_date 
    104 #else 
    105       TYPE(xios_time)     :: dtime    = xios_time(0, 0, 0, 0, 0, 0) 
    106       CHARACTER(len=19)   :: cldate  
    107 #endif 
    108103      CHARACTER(len=10) :: clname 
    109104      INTEGER           :: ji, jkmin 
    … …  
    112107      !!---------------------------------------------------------------------- 
    113108 
    114 #if  defined key_xios2 
    115109      ALLOCATE( zt_bnds(2,jpk), zw_bnds(2,jpk) ) 
    116 #else 
    117       ALLOCATE( zt_bnds(jpk,2), zw_bnds(jpk,2) ) 
    118 #endif 
    119110 
    120111      clname = cdname 
    … …  
    124115 
    125116 
    126 #if  defined key_xios2 
    127117      ! Calendar type is now defined in xml file  
    128118      SELECT CASE ( nleapy )        ! Choose calendar for IOIPSL 
    … …  
    134124          &                                    start_date = xios_date(nyear,nmonth,nday,0,0,0) ) 
    135125      END SELECT 
    136 #else 
    137       ! calendar parameters 
    138       SELECT CASE ( nleapy )        ! Choose calendar for IOIPSL 
    139       CASE ( 1)   ;   CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), calendar_type= "Gregorian") 
    140       CASE ( 0)   ;   CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), calendar_type= "NoLeap") 
    141       CASE (30)   ;   CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), calendar_type= "D360") 
    142       END SELECT 
    143       WRITE(cldate,"(i4.4,'-',i2.2,'-',i2.2,' ',i2.2,':',i2.2,':00')") nyear,nmonth,nday,nhour,nminute 
    144       CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), start_date=cldate ) 
    145  
    146 #endif 
     126 
    147127      ! horizontal grid definition 
    148128      CALL set_scalar 
    … …  
    198178      ! Add vertical grid bounds 
    199179      jkmin = MIN(2,jpk)  ! in case jpk=1 (i.e. sas2D) 
    200 #if defined key_xios2 
    201180      zt_bnds(2,:        ) = gdept_1d(:) 
    202181      zt_bnds(1,jkmin:jpk) = gdept_1d(1:jpkm1) 
    … …  
    205184      zw_bnds(2,1:jpkm1  ) = gdepw_1d(jkmin:jpk) 
    206185      zw_bnds(2,jpk:     ) = gdepw_1d(jpk) + e3t_1d(jpk) 
    207 #else 
    208       zt_bnds(:        ,2) = gdept_1d(:) 
    209       zt_bnds(jkmin:jpk,1) = gdept_1d(1:jpkm1) 
    210       zt_bnds(1        ,1) = gdept_1d(1) - e3w_1d(1) 
    211       zw_bnds(:        ,1) = gdepw_1d(:) 
    212       zw_bnds(1:jpkm1  ,2) = gdepw_1d(jkmin:jpk) 
    213       zw_bnds(jpk:     ,2) = gdepw_1d(jpk) + e3t_1d(jpk) 
    214 #endif 
    215186      CALL iom_set_axis_attr( "deptht", bounds=zt_bnds ) 
    216187      CALL iom_set_axis_attr( "depthu", bounds=zt_bnds ) 
    … …  
    12811252      REAL(wp), DIMENSION(:)   , OPTIONAL, INTENT(in) ::   lonvalue, latvalue 
    12821253      REAL(wp), DIMENSION(:,:) , OPTIONAL, INTENT(in) ::   bounds_lon, bounds_lat, area 
    1283 #if defined key_xios2 
    12841254      LOGICAL, DIMENSION(:)   , OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask 
    1285 #else 
    1286       LOGICAL, DIMENSION(:,:) , OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask 
    1287 #endif 
    1288  
    1289  
    1290 #if defined key_xios2 
     1255 
     1256 
    12911257      IF ( xios_is_valid_domain     (cdid) ) THEN 
    12921258         CALL xios_set_domain_attr     ( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
    … …  
    13011267            &    bounds_lat_1D=bounds_lat, area=area, type='curvilinear' ) 
    13021268      ENDIF 
    1303 #else 
    1304       IF ( xios_is_valid_domain     (cdid) ) THEN 
    1305          CALL xios_set_domain_attr     ( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
    1306             &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   & 
    1307             &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                       & 
    1308             &    lonvalue=lonvalue, latvalue=latvalue, mask=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon=bounds_lon,                  & 
    1309             &    bounds_lat=bounds_lat, area=area ) 
    1310       ENDIF 
    1311  
    1312       IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdid) ) THEN 
    1313          CALL xios_set_domaingroup_attr( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
    1314             &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   & 
    1315             &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                       & 
    1316             &    lonvalue=lonvalue, latvalue=latvalue, mask=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon=bounds_lon,                  & 
    1317             &    bounds_lat=bounds_lat, area=area ) 
    1318       ENDIF 
    1319 #endif 
     1269 
    13201270      CALL xios_solve_inheritance() 
    13211271 
    13221272   END SUBROUTINE iom_set_domain_attr 
    13231273 
    1324 #if defined key_xios2 
    1325   SUBROUTINE iom_set_zoom_domain_attr( cdid, ibegin, jbegin, ni, nj) 
    1326      CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid 
    1327      INTEGER                  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   ibegin, jbegin, ni, nj 
    1328  
    1329      IF ( xios_is_valid_zoom_domain     (cdid) ) THEN 
    1330          CALL xios_set_zoom_domain_attr     ( cdid, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni,    & 
    1331            &   nj=nj) 
    1332     ENDIF 
    1333   END SUBROUTINE iom_set_zoom_domain_attr 
    1334 #endif 
     1274 
     1275   SUBROUTINE iom_set_zoom_domain_attr( cdid, ibegin, jbegin, ni, nj) 
     1276      CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid 
     1277      INTEGER                  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   ibegin, jbegin, ni, nj 
     1278 
     1279      IF ( xios_is_valid_zoom_domain     (cdid) ) THEN 
     1280          CALL xios_set_zoom_domain_attr     ( cdid, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni,    & 
     1281            &   nj=nj) 
     1282     ENDIF 
     1283   END SUBROUTINE iom_set_zoom_domain_attr 
    13351284 
    13361285 
    … …  
    13401289      REAL(wp), DIMENSION(:,:), OPTIONAL, INTENT(in) ::   bounds 
    13411290 
    1342 #if defined key_xios2 
    13431291      IF ( PRESENT(paxis) ) THEN 
    13441292         IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, n_glo=SIZE(paxis), value=paxis ) 
    13451293         IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, n_glo=SIZE(paxis), value=paxis ) 
    13461294      ENDIF 
    1347 #else 
    1348       IF ( PRESENT(paxis) ) THEN 
    1349          IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, size=SIZE(paxis), value=paxis ) 
    1350          IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, size=SIZE(paxis), value=paxis ) 
    1351       ENDIF 
    1352 #endif 
    13531295      IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, bounds=bounds ) 
    13541296      IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, bounds=bounds ) 
    … …  
    13591301   SUBROUTINE iom_set_field_attr( cdid, freq_op, freq_offset ) 
    13601302      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid 
    1361 #if defined key_xios2 
    13621303      TYPE(xios_duration),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_op 
    13631304      TYPE(xios_duration),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_offset 
    1364 #else 
    1365       CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_op 
    1366       CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_offset 
    1367 #endif 
    13681305      IF ( xios_is_valid_field     (cdid) )   CALL xios_set_field_attr       & 
    13691306    &     ( cdid, freq_op=freq_op, freq_offset=freq_offset ) 
    … …  
    13861323      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in ) ::   cdid 
    13871324      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(out) ::   name, name_suffix 
    1388 #if defined key_xios2 
    13891325      TYPE(xios_duration), OPTIONAL , INTENT(out) :: output_freq 
    1390 #else 
    1391       CHARACTER(LEN=*)   , OPTIONAL , INTENT(out) :: output_freq 
    1392 #endif   
    13931326      LOGICAL                                 ::   llexist1,llexist2,llexist3 
    13941327      !--------------------------------------------------------------------- 
    13951328      IF( PRESENT( name        ) )   name = ''          ! default values 
    13961329      IF( PRESENT( name_suffix ) )   name_suffix = '' 
    1397 #if defined key_xios2 
    13981330      IF( PRESENT( output_freq ) )   output_freq = xios_duration(0,0,0,0,0,0) 
    1399 #else 
    1400       IF( PRESENT( output_freq ) )   output_freq = '' 
    1401 #endif 
    14021331      IF ( xios_is_valid_file     (cdid) ) THEN 
    14031332         CALL xios_solve_inheritance() 
    … …  
    14201349      CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid 
    14211350      LOGICAL, DIMENSION(:,:,:), OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask 
    1422 #if defined key_xios2 
    14231351      IF ( xios_is_valid_grid     (cdid) )   CALL xios_set_grid_attr     ( cdid, mask_3D=mask ) 
    14241352      IF ( xios_is_valid_gridgroup(cdid) )   CALL xios_set_gridgroup_attr( cdid, mask_3D=mask ) 
    1425 #else 
    1426       IF ( xios_is_valid_grid     (cdid) )   CALL xios_set_grid_attr     ( cdid, mask=mask ) 
    1427       IF ( xios_is_valid_gridgroup(cdid) )   CALL xios_set_gridgroup_attr( cdid, mask=mask ) 
    1428 #endif 
    14291353      CALL xios_solve_inheritance() 
    14301354   END SUBROUTINE iom_set_grid_attr 
    … …  
    14681392      ni=nlei-nldi+1 ; nj=nlej-nldj+1 
    14691393 
    1470 #if defined key_xios2 
    14711394      CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-2, jbegin=njmpp+nldj-2, ni=ni, nj=nj) 
    1472 #else 
    1473       CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-1, jbegin=njmpp+nldj-1, ni=ni, nj=nj) 
    1474 #endif      
    14751395      CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, data_dim=2, data_ibegin = 1-nldi, data_ni = jpi, data_jbegin = 1-nldj, data_nj = jpj) 
    14761396      CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, lonvalue = RESHAPE(plon(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /)),   & 
    … …  
    14861406         END SELECT 
    14871407         ! 
    1488 #if defined key_xios2 
    14891408         CALL iom_set_domain_attr( "grid_"//cdgrd       , mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,1),(/ni*nj    /)) /= 0. ) 
    1490 #else 
    1491          CALL iom_set_domain_attr( "grid_"//cdgrd       , mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,1),(/ni,nj    /)) /= 0. ) 
    1492 #endif  
    14931409         CALL iom_set_grid_attr  ( "grid_"//cdgrd//"_3D", mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,:),(/ni,nj,jpk/)) /= 0. ) 
    14941410      ENDIF 
    … …  
    16251541 
    16261542      CALL dom_ngb( 180., 90., ix, iy, 'T' ) !  i-line that passes near the North Pole : Reference latitude (used in plots) 
    1627 #if  defined key_xios2 
    16281543      CALL iom_set_domain_attr("gznl", ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-2, jbegin=njmpp+nldj-2, ni=ni, nj=nj) 
    16291544      CALL iom_set_domain_attr("gznl", data_dim=2, data_ibegin = 1-nldi, data_ni = jpi, data_jbegin = 1-nldj, data_nj = jpj) 
    … …  
    16311546         &                             latvalue = RESHAPE(plat(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /)))   
    16321547      CALL iom_set_zoom_domain_attr ("ptr", ibegin=ix-1, jbegin=0, ni=1, nj=jpjglo) 
    1633 #else 
    1634       CALL iom_set_domain_attr("gznl", ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-1, jbegin=njmpp+nldj-1, ni=ni, nj=nj) 
    1635       CALL iom_set_domain_attr("gznl", data_dim=2, data_ibegin = 1-nldi, data_ni = jpi, data_jbegin = 1-nldj, data_nj = jpj) 
    1636       CALL iom_set_domain_attr("gznl", lonvalue = zlon,   & 
    1637          &                             latvalue = RESHAPE(plat(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /)))   
    1638       CALL iom_set_domain_attr ('ptr', zoom_ibegin=ix, zoom_nj=jpjglo) 
    1639 #endif 
    16401548      ! 
    16411549      CALL iom_update_file_name('ptr') 
    … …  
    16531561      !!---------------------------------------------------------------------- 
    16541562 
    1655 #if defined key_xios2 
    16561563      CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', ni_glo=jpnij, nj_glo=1, ibegin=narea-1, jbegin=0, ni=1, nj=1) 
    1657 #else 
    1658       CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', ni_glo=jpnij, nj_glo=1, ibegin=narea, jbegin=1, ni=1, nj=1) 
    1659 #endif 
    16601564      CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', data_dim=2, data_ibegin = 1, data_ni = 1, data_jbegin = 1, data_nj = 1) 
    16611565       
    … …  
    16861590      REAL(wp)        ,DIMENSION( 3) ::   zlonpira                 ! longitudes of pirata moorings 
    16871591      REAL(wp)        ,DIMENSION( 9) ::   zlatpira                 ! latitudes  of pirata moorings 
    1688 #if  defined key_xios2 
    16891592      TYPE(xios_duration)            ::   f_op, f_of 
    1690 #endif 
    16911593      !!---------------------------------------------------------------------- 
    16921594      !  
    16931595      ! frequency of the call of iom_put (attribut: freq_op) 
    1694 #if defined key_xios2 
    16951596      f_op%timestep = 1        ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('field_definition', freq_op=f_op, freq_offset=f_of) 
    16961597      f_op%timestep = nn_fsbc  ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('SBC'             , freq_op=f_op, freq_offset=f_of) 
    … …  
    16981599      f_op%timestep = nn_dttrc ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('ptrc_T'          , freq_op=f_op, freq_offset=f_of) 
    16991600      f_op%timestep = nn_dttrc ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('diad_T'          , freq_op=f_op, freq_offset=f_of) 
    1700 #else 
    1701       WRITE(cl1,'(i1)')        1   ;   CALL iom_set_field_attr('field_definition', freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
    1702       WRITE(cl1,'(i1)')  nn_fsbc   ;   CALL iom_set_field_attr('SBC'             , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
    1703       WRITE(cl1,'(i1)')  nn_fsbc   ;   CALL iom_set_field_attr('SBC_scalar'      , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
    1704       WRITE(cl1,'(i1)') nn_dttrc   ;   CALL iom_set_field_attr('ptrc_T'          , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
    1705       WRITE(cl1,'(i1)') nn_dttrc   ;   CALL iom_set_field_attr('diad_T'          , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
    1706 #endif 
    17071601 
    17081602      ! output file names (attribut: name) 
    … …  
    17261620         ! Equatorial section (attributs: jbegin, ni, name_suffix) 
    17271621         CALL dom_ngb( 0., 0., ix, iy, cl1 ) 
    1728 #if defined key_xios2 
    17291622         CALL iom_set_zoom_domain_attr ('Eq'//cl1, jbegin=iy-1, ni=jpiglo) 
    1730 #else 
    1731          CALL iom_set_domain_attr ('Eq'//cl1, zoom_jbegin=iy, zoom_ni=jpiglo) 
    1732 #endif 
    17331623         CALL iom_get_file_attr   ('Eq'//cl1, name_suffix = clsuff             ) 
    17341624         CALL iom_set_file_attr   ('Eq'//cl1, name_suffix = TRIM(clsuff)//'_Eq') 
    … …  
    18101700               ENDIF 
    18111701               clname = TRIM(ADJUSTL(clat))//TRIM(ADJUSTL(clon)) 
    1812 #if defined key_xios2 
    18131702               CALL iom_set_zoom_domain_attr  (TRIM(clname)//cl1, ibegin= ix-1, jbegin= iy-1) 
    1814 #else 
    1815                CALL iom_set_domain_attr (TRIM(clname)//cl1, zoom_ibegin= ix, zoom_jbegin= iy) 
    1816 #endif 
    18171703 
    18181704               CALL iom_get_file_attr   (TRIM(clname)//cl1, name_suffix = clsuff                         ) 
    … …  
    18441730      REAL(wp)           ::   zsec 
    18451731      LOGICAL            ::   llexist 
    1846 #if  defined key_xios2 
    18471732      TYPE(xios_duration)   ::   output_freq  
    1848 #endif  
    18491733      !!---------------------------------------------------------------------- 
    18501734 
    18511735      DO jn = 1,2 
    18521736 
    1853 #if defined key_xios2 
    18541737         output_freq = xios_duration(0,0,0,0,0,0) 
    18551738         IF( jn == 1 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name        = clname, output_freq = output_freq ) 
    1856 #else 
    1857          IF( jn == 1 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name        = clname, output_freq = clfreq ) 
    1858 #endif 
    18591739         IF( jn == 2 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name_suffix = clname ) 
    18601740 
    … …  
    18671747            END DO 
    18681748 
    1869 #if defined key_xios2 
    18701749            idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
    18711750            DO WHILE ( idx /= 0 )  
    … …  
    18921771              idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
    18931772            END DO 
    1894 #else 
    1895             idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
    1896             DO WHILE ( idx /= 0 )  
    1897                IF ( TRIM(clfreq) /= '' ) THEN 
    1898                   itrlen = LEN_TRIM(clfreq) 
    1899                   IF ( clfreq(itrlen-1:itrlen) == 'mo' ) clfreq = clfreq(1:itrlen-1) 
    1900                   clname = clname(1:idx-1)//TRIM(clfreq)//clname(idx+6:LEN_TRIM(clname)) 
    1901                ELSE 
    1902                   CALL ctl_stop('error in the name of file id '//TRIM(cdid),   & 
    1903                      & ' attribute output_freq is undefined -> cannot replace @freq@ in '//TRIM(clname) ) 
    1904                ENDIF 
    1905                idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
    1906             END DO 
    1907 #endif 
     1773 
    19081774            idx = INDEX(clname,'@startdate@') + INDEX(clname,'@STARTDATE@') 
    19091775            DO WHILE ( idx /= 0 )  

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/SETTE/all_functions.sh

    r7421 r7635  
    256256#   set_xio_using_server iodef.xml true 
    257257#   set_xio_buffer_size  iodef.xml 50000000 
     258#   set_xio_field_defs   iodef.xml 
    258259# 
    259260############################################################# 
    … …  
    262263usage3=" Usage : set_xio_using_server input_iodef.xml true||false" 
    263264usage4=" Usage : set_xio_buffer_size input_iodef.xml int_buffer_size" 
     265usage5=" Usage : set_xio_field_defs input_iodef.xml" 
    264266 
    265267set_xio_file_type () { 
    … …  
    333335        echo "################" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    334336 
    335         VAR_NAME=$( grep "^.*<.*variable id.*=.*using_server.*=.*boolean" ${EXE_DIR}/$1 | sed -e "s% *\!.*%%" ) 
     337        VAR_NAME=$( grep "^.*<.*variable id.*=.*using_server.*=.*bool" ${EXE_DIR}/$1 | sed -e "s% *\!.*%%" ) 
    336338        if [ ${#VAR_NAME} -eq 0 ] 
    337339        then 
    338340                echo "doing \"set_xio_using_server $@\". " 
    339                 echo "xml_tag: "variable id=using_server" with variable: boolean is empty" 
     341                echo "xml_tag: "variable id=using_server" with variable: bool is empty" 
    340342                echo "confirm that an appropriate variable id is in \"${EXE_DIR}/$1\" " 
    341343                echo "exit" 
    … …  
    394396} 
    395397 
     398set_xio_field_defs () { 
     399        minargcount=1 
     400        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
     401        then 
     402                echo "not enough arguments for set_xio_field_defs" 
     403                echo "${usage5}" 
     404                exit 1 
     405        fi 
     406        unset minargcount 
     407        if [  ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then 
     408                touch ${SETTE_DIR}/output.sette 
     409        fi 
     410 
     411        echo "executing script : set_xio_field_defs $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     412        echo "################" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     413 
     414 
     415        [ -f ${EXE_DIR}/field_def_nemo-opa.xml ] || sed -i '/field_def_nemo-opa/d' $1 
     416        [ -f ${EXE_DIR}/field_def_nemo-lim.xml ] || sed -i '/field_def_nemo-lim/d' $1 
     417        [ -f ${EXE_DIR}/field_def_nemo-pisces.xml ] || sed -i '/field_def_nemo-pisces/d' $1 
     418 
     419        echo "finished script : set_xio_field_defs $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     420        echo "++++++++++++++++" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     421        echo "                " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     422} 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r4773 r7635  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
     4 <context id="nemo"> 
    55     
    66    <!-- $id$ --> 
    … …  
    1212============================================================================================================ 
    1313    --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
     14    <field_definition src="../../SHARED/field_def_nemo-opa.xml"/> 
     15    <field_definition src="../../SHARED/field_def_nemo-lim.xml"/> 
     16    <field_definition src="../../SHARED/field_def_nemo-pisces.xml"/> 
    1517    <!--  
    1618============================================================================================================ 
    … …  
    5052============================================================================================================ 
    5153    --> 
    52      
    53    <axis_definition>   
     54    <axis_definition> 
    5455      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    5556      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    5657      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    5758      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    58       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    59       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    60    </axis_definition>  
    61      
    62    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    63     
    64    <grid_definition>     
    65      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    66      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    67      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    68      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    69      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    70      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    71      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    72      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
     59      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
     60      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
     61      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"               /> 
     62      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     63      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     64    </axis_definition> 
     65  
     66    <domain_definition src="./domain_def_nemo.xml"/> 
     67   
     68    <grid_definition>     
     69 
     70        <!--  --> 
     71       <grid id="grid_T_2D" > 
     72         <domain id="grid_T" /> 
     73       </grid> 
     74        <!--  --> 
     75       <grid id="grid_T_3D_ncatice" > 
     76         <domain id="grid_T" /> 
     77         <axis id="ncatice" /> 
     78       </grid> 
     79        <!--  --> 
     80       <grid id="grid_T_3D" > 
     81         <domain id="grid_T" /> 
     82         <axis id="deptht" /> 
     83       </grid> 
     84        <!--  --> 
     85       <grid id="grid_U_2D" > 
     86         <domain id="grid_U" /> 
     87       </grid> 
     88        <!--  --> 
     89       <grid id="grid_U_3D" > 
     90         <domain id="grid_U" /> 
     91         <axis id="depthu" /> 
     92       </grid> 
     93        <!--  --> 
     94       <grid id="grid_V_2D" > 
     95         <domain id="grid_V" /> 
     96       </grid> 
     97        <!--  --> 
     98       <grid id="grid_V_3D" > 
     99         <domain id="grid_V" /> 
     100         <axis id="depthv" /> 
     101       </grid> 
     102        <!--  --> 
     103       <grid id="grid_W_2D" > 
     104         <domain id="grid_W" /> 
     105       </grid> 
     106        <!--  --> 
     107       <grid id="grid_W_3D" > 
     108         <domain id="grid_W" /> 
     109         <axis id="depthw" /> 
     110       </grid> 
     111        <!--  --> 
     112       <grid id="grid_1point" > 
     113         <domain domain_ref="1point"/> 
     114       </grid> 
     115        <!--  --> 
     116       <grid id="grid_T_nfloat" > 
     117         <domain id="grid_T" /> 
     118         <axis id="nfloat" /> 
     119       </grid> 
     120        <!--  --> 
     121       <grid id="grid_EqT" > 
     122         <domain domain_ref="EqT" /> 
     123       </grid> 
     124        <!--  --> 
     125       <grid id="grid_znl_T_2D"> 
     126         <domain id="gznl" /> 
     127       </grid> 
     128        <!--  --> 
     129       <grid id="grid_znl_T_3D"> 
     130         <domain id="gznl" /> 
     131         <axis id="deptht" /> 
     132       </grid> 
     133        <!--  --> 
     134       <grid id="grid_znl_W_3D"> 
     135         <domain id="gznl" /> 
     136         <axis id="depthw" /> 
     137       </grid> 
     138 
     139      <grid id="grid_ptr_T_2D"> 
     140       <domain id="ptr" /> 
     141      </grid> 
     142 
     143      <grid id="grid_ptr_T_3D"> 
     144       <domain id="ptr" /> 
     145         <axis id="deptht" /> 
     146       </grid> 
     147 
     148      <grid id="grid_ptr_W_3D"> 
     149       <domain id="ptr" /> 
     150         <axis id="depthw" /> 
     151      </grid> 
     152 
    73153    </grid_definition>    
    74   </context> 
     154 
     155 </context> 
    75156   
    76  <context id="1_nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
     157 <context id="1_nemo" > 
    77158     
    78159    <!-- $id$ --> 
    … …  
    84165============================================================================================================ 
    85166    --> 
    86     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
     167    <field_definition src="../../SHARED/field_def_nemo-opa.xml"/> 
     168    <field_definition src="../../SHARED/field_def_nemo-lim.xml"/> 
     169    <field_definition src="../../SHARED/field_def_nemo-pisces.xml"/> 
    87170    <!--  
    88171============================================================================================================ 
    … …  
    122205============================================================================================================ 
    123206    --> 
    124      
    125    <axis_definition>   
     207    <axis_definition> 
    126208      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    127209      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    128210      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    129211      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    130       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    131       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    132    </axis_definition>  
    133      
    134    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    135     
    136    <grid_definition>     
    137      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    138      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    139      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    140      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    141      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    142      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    143      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    144      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    145     </grid_definition>    
     212      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
     213      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
     214      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"               /> 
     215      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     216      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     217    </axis_definition> 
     218  
     219    <domain_definition src="./domain_def_nemo.xml"/> 
     220   
     221    <grid_definition>     
     222 
     223        <!--  --> 
     224       <grid id="grid_T_2D" > 
     225         <domain id="grid_T" /> 
     226       </grid> 
     227        <!--  --> 
     228       <grid id="grid_T_3D_ncatice" > 
     229         <domain id="grid_T" /> 
     230         <axis id="ncatice" /> 
     231       </grid> 
     232        <!--  --> 
     233       <grid id="grid_T_3D" > 
     234         <domain id="grid_T" /> 
     235         <axis id="deptht" /> 
     236       </grid> 
     237        <!--  --> 
     238       <grid id="grid_U_2D" > 
     239         <domain id="grid_U" /> 
     240       </grid> 
     241        <!--  --> 
     242       <grid id="grid_U_3D" > 
     243         <domain id="grid_U" /> 
     244         <axis id="depthu" /> 
     245       </grid> 
     246        <!--  --> 
     247       <grid id="grid_V_2D" > 
     248         <domain id="grid_V" /> 
     249       </grid> 
     250        <!--  --> 
     251       <grid id="grid_V_3D" > 
     252         <domain id="grid_V" /> 
     253         <axis id="depthv" /> 
     254       </grid> 
     255        <!--  --> 
     256       <grid id="grid_W_2D" > 
     257         <domain id="grid_W" /> 
     258       </grid> 
     259        <!--  --> 
     260       <grid id="grid_W_3D" > 
     261         <domain id="grid_W" /> 
     262         <axis id="depthw" /> 
     263       </grid> 
     264        <!--  --> 
     265       <grid id="grid_1point" > 
     266         <domain domain_ref="1point"/> 
     267       </grid> 
     268        <!--  --> 
     269       <grid id="grid_T_nfloat" > 
     270         <domain id="grid_T" /> 
     271         <axis id="nfloat" /> 
     272       </grid> 
     273        <!--  --> 
     274       <grid id="grid_EqT" > 
     275         <domain domain_ref="EqT" /> 
     276       </grid> 
     277        <!--  --> 
     278       <grid id="grid_znl_T_2D"> 
     279         <domain id="gznl" /> 
     280       </grid> 
     281        <!--  --> 
     282       <grid id="grid_znl_T_3D"> 
     283         <domain id="gznl" /> 
     284         <axis id="deptht" /> 
     285       </grid> 
     286        <!--  --> 
     287       <grid id="grid_znl_W_3D"> 
     288         <domain id="gznl" /> 
     289         <axis id="depthw" /> 
     290       </grid> 
     291 
     292      <grid id="grid_ptr_T_2D"> 
     293       <domain id="ptr" /> 
     294      </grid> 
     295 
     296      <grid id="grid_ptr_T_3D"> 
     297       <domain id="ptr" /> 
     298         <axis id="deptht" /> 
     299       </grid> 
     300 
     301      <grid id="grid_ptr_W_3D"> 
     302       <domain id="ptr" /> 
     303         <axis id="depthw" /> 
     304      </grid> 
     305 
     306    </grid_definition>   
    146307  </context> 
    147308 
    … …  
    153314        We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    154315--> 
    155      <variable id="buffer_size"               type="integer">10155778</variable> 
    156      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    157      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    158      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    159      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     316     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     317     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     318     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    160319     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    161320    

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_archfile.sh

    r7421 r7635  
    194194 
    195195#- do we need oasis libraries? 
    196 if [ "$2" != "nocpp" ]  
    197 then 
    198     use_oasis=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_oasis3 ) 
    199 else 
    200     use_oasis=0 
    201 fi 
    202 for liboa in psmile.MPI1 mct mpeu scrip mpp_io 
    203 do 
    204     have_liboa=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$1 | grep -c "\-l${liboa}" ) 
    205     if [[ ( $use_oasis -eq 0 ) && ( $have_liboa -ge 1 ) ]] 
    206     then  
    207    sed -e "s/-l${liboa}//g" ${COMPIL_DIR}/$1 > ${COMPIL_DIR}/tmp$$ 
    208    mv -f ${COMPIL_DIR}/tmp$$ ${COMPIL_DIR}/$1 
    209     fi 
    210 done 
    211  
     196#if [ "$2" != "nocpp" ]  
     197#then 
     198#    use_oasis=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_oasis3 ) 
     199#else 
     200#    use_oasis=0 
     201#fi 
     202#for liboa in psmile.MPI1 mct mpeu scrip mpp_io 
     203#do 
     204#    have_liboa=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$1 | grep -c "\-l${liboa}" ) 
     205#    if [[ ( $use_oasis -eq 0 ) && ( $have_liboa -ge 1 ) ]] 
     206#    then  
     207#  sed -e "s/-l${liboa}//g" ${COMPIL_DIR}/$1 > ${COMPIL_DIR}/tmp$$ 
     208#  mv -f ${COMPIL_DIR}/tmp$$ ${COMPIL_DIR}/$1 
     209#    fi 
     210#done 
     211 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fmake_config.sh

    r3715 r7635  
    6262\cp -R  ${2}/cpp_${2}.fcm ${1}/cpp_${1}.fcm 
    6363\cp -R  ${2}/EXP00/*namelist* ${1}/EXP00/. 
     64\cp -R  ${2}/EXP00/*.xml ${1}/EXP00/. 
    6465[ -f ${2}/EXP00/AGRIF_FixedGrids.in ] &&  \cp -R  ${2}/EXP00/AGRIF_FixedGrids.in ${1}/EXP00/. 
    65 [ -f ${2}/EXP00/iodef.xml ] &&  \cp -R  ${2}/EXP00/iodef.xml ${1}/EXP00/. 
    66 [ -f ${2}/EXP00/field_def.xml ] &&  \cp -R  ${2}/EXP00/field_def.xml ${1}/EXP00/. 
    67 [ -f ${2}/EXP00/domain_def.xml ] &&  \cp -R  ${2}/EXP00/domain_def.xml ${1}/EXP00/. 
    68 [ -f ${2}/EXP00/xmlio_server.def ] &&  \cp -R  ${2}/EXP00/xmlio_server.def ${1}/EXP00/. 
    6966[ -d    ${2}/MY_SRC ] && \cp  ${2}/MY_SRC/* ${1}/MY_SRC/. 2> /dev/null 

  • branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fmake_extconfig.sh

    r4990 r7635  
    4141\cp -R  ${2}/cpp_${2}.fcm ${1}/cpp_${1}.fcm 
    4242\cp -R  ${2}/EXP00/*namelist* ${1}/EXP00/. 
     43\cp -R  ${2}/EXP00/*.xml ${1}/EXP00/. 
    4344[ -f ${2}/EXP00/AGRIF_FixedGrids.in ] &&  \cp -R  ${2}/EXP00/AGRIF_FixedGrids.in ${1}/EXP00/. 
    44 [ -f ${2}/EXP00/iodef.xml ]           &&  \cp -R  ${2}/EXP00/iodef.xml ${1}/EXP00/. 
    45 [ -f ${2}/EXP00/field_def.xml ]       &&  \cp -R  ${2}/EXP00/field_def.xml ${1}/EXP00/. 
    46 [ -f ${2}/EXP00/domain_def.xml ]      &&  \cp -R  ${2}/EXP00/domain_def.xml ${1}/EXP00/. 
    47 [ -f ${2}/EXP00/xmlio_server.def ]    &&  \cp -R  ${2}/EXP00/xmlio_server.def ${1}/EXP00/. 
    4845[ -d    ${2}/MY_SRC ]                 &&  \cp  ${2}/MY_SRC/* ${1}/MY_SRC/. 2> /dev/null 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.