New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7646 for trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (7 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge --reintegrate ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

Location:
trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED
Files:
4 deleted
4 edited
6 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ice_lim3_ref

    r6416 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! LIM3 namelist :   
     2!! LIM3 namelist:   
    33!!              1 - Generic parameters                 (namicerun) 
    4 !!              2 - Ice initialization                 (namiceini) 
    5 !!              3 - Ice discretization                 (namiceitd) 
    6 !!              4 - Ice dynamics and transport         (namicedyn) 
    7 !!              5 - Ice thermodynamics                 (namicethd) 
    8 !!              6 - Ice salinity                       (namicesal) 
    9 !!              7 - Ice mechanical redistribution      (namiceitdme) 
    10 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     4!!              2 - Diagnostics                        (namicediag) 
     5!!              3 - Ice initialization                 (namiceini) 
     6!!              4 - Ice discretization                 (namiceitd) 
     7!!              5 - Ice dynamics and transport         (namicedyn) 
     8!!              6 - Ice diffusion                      (namicehdf) 
     9!!              7 - Ice thermodynamics                 (namicethd) 
     10!!              8 - Ice salinity                       (namicesal) 
     11!!              9 - Ice mechanical redistribution      (namiceitdme) 
     12!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    1113! 
    1214!------------------------------------------------------------------------------ 
    1315&namicerun     !   Generic parameters 
    1416!------------------------------------------------------------------------------ 
    15    jpl            =    5           !  number of ice  categories 
    16    nlay_i         =    2           !  number of ice  layers 
    17    nlay_s         =    1           !  number of snow layers (only 1 is working) 
    18    cn_icerst_in  = "restart_ice"   !  suffix of ice restart name (input) 
    19    cn_icerst_indir = "."           !  directory from which to read input ice restarts 
    20    cn_icerst_out = "restart_ice"   !  suffix of ice restart name (output) 
    21    cn_icerst_outdir = "."          !  directory in which to write output ice restarts 
    22    ln_limdyn     = .true.          !  ice dynamics (T) or thermodynamics only (F) 
    23    rn_amax_n     = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration NH 
    24    rn_amax_s     = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration SH 
    25    ln_limdiahsb  = .false.         !  check the heat and salt budgets (T) or not (F) 
    26    ln_limdiaout  = .true.          !  output the heat and salt budgets (T) or not (F) 
    27    ln_icectl     = .false.         !  ice points output for debug (T or F) 
    28    iiceprt       = 10              !  i-index for debug 
    29    jiceprt       = 10              !  j-index for debug 
     17   jpl              =    5          !  number of ice  categories 
     18   nlay_i           =    2          !  number of ice  layers 
     19   nlay_s           =    1          !  number of snow layers (only 1 is working) 
     20   rn_amax_n        =   0.997       !  maximum tolerated ice concentration NH 
     21   rn_amax_s        =   0.997       !  maximum tolerated ice concentration SH 
     22   cn_icerst_in     = "restart_ice" !  suffix of ice restart name (input) 
     23   cn_icerst_out    = "restart_ice" !  suffix of ice restart name (output) 
     24   cn_icerst_indir  = "."           !  directory to read   input ice restarts 
     25   cn_icerst_outdir = "."           !  directory to write output ice restarts 
     26   ln_limthd        =  .true.       !  ice thermo   (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     27   ln_limdyn        =  .true.       !  ice dynamics (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     28   nn_limdyn        =   2           !     (ln_limdyn=T) switch for ice dynamics    
     29                                    !      2: total 
     30                                    !      1: advection only (no diffusion, no ridging/rafting) 
     31                                    !      0: advection only (as 1 but with prescribed velocity, bypass rheology) 
     32   rn_uice          =   0.00001     !     (nn_limdyn=0) ice u-velocity 
     33   rn_vice          =  -0.00001     !     (nn_limdyn=0) ice v-velocity 
     34/ 
     35!------------------------------------------------------------------------------ 
     36&namicediag    !   Diagnostics 
     37!------------------------------------------------------------------------------ 
     38   ln_limdiachk   =  .false.        !  check online the heat, mass & salt budgets (T) or not (F) 
     39   ln_limdiahsb   =  .false.        !  output the heat, mass & salt budgets (T) or not (F) 
     40   ln_limctl      =  .false.        !  ice points output for debug (T or F) 
     41   iiceprt        =    10           !  i-index for debug 
     42   jiceprt        =    10           !  j-index for debug 
    3043/ 
    3144!------------------------------------------------------------------------------ 
    3245&namiceini     !   Ice initialization 
    3346!------------------------------------------------------------------------------ 
    34    ln_iceini      = .true.         !  activate ice initialization (T) or not (F) 
    35    rn_thres_sst   =  2.0           !  maximum water temperature with initial ice (degC) 
    36    rn_hts_ini_n   =  0.3           !  initial real snow thickness (m), North 
    37    rn_hts_ini_s   =  0.3           !        "            "             South 
    38    rn_hti_ini_n   =  3.0           !  initial real ice thickness  (m), North 
    39    rn_hti_ini_s   =  1.0           !        "            "             South 
    40    rn_ati_ini_n   =  0.9           !  initial ice concentration   (-), North 
    41    rn_ati_ini_s   =  0.9           !        "            "             South 
    42    rn_smi_ini_n   =  6.3           !  initial ice salinity     (g/kg), North 
    43    rn_smi_ini_s   =  6.3           !        "            "             South 
    44    rn_tmi_ini_n   =  270.          !  initial ice/snw temperature (K), North 
    45    rn_tmi_ini_s   =  270.          !        "            "             South 
     47                  ! -- limistate -- ! 
     48   ln_limini      = .true.          !  activate ice initialization (T) or not (F) 
     49   ln_limini_file = .false.         !  netcdf file provided for initialization (T) or not (F) 
     50   rn_thres_sst   =  2.0            !  maximum water temperature with initial ice (degC) 
     51   rn_hts_ini_n   =  0.3            !  initial real snow thickness (m), North 
     52   rn_hts_ini_s   =  0.3            !        "            "             South 
     53   rn_hti_ini_n   =  3.0            !  initial real ice thickness  (m), North 
     54   rn_hti_ini_s   =  1.0            !        "            "             South 
     55   rn_ati_ini_n   =  0.9            !  initial ice concentration   (-), North 
     56   rn_ati_ini_s   =  0.9            !        "            "             South 
     57   rn_smi_ini_n   =  6.3            !  initial ice salinity     (g/kg), North 
     58   rn_smi_ini_s   =  6.3            !        "            "             South 
     59   rn_tmi_ini_n   =  270.           !  initial ice/snw temperature (K), North 
     60   rn_tmi_ini_s   =  270.           !        "            "             South 
    4661/ 
    4762!------------------------------------------------------------------------------ 
    … …  
    5671&namicedyn     !   Ice dynamics and transport 
    5772!------------------------------------------------------------------------------ 
    58    nn_icestr      =    0           !  ice strength parameteriztaion                       
    59                                    !     0: Hibler_79     P = pstar*<h>*exp(-c_rhg*A) 
    60                                    !     1: Rothrock_75   P = Cf*coeff*integral(wr.h^2)     
    61    ln_icestr_bvf  =    .false.     !  ice strength function brine volume (T) or not (F)      
    62    rn_pe_rdg      =   17.0         !  ridging work divided by pot. energy change in ridging, if nn_icestr = 1 
    63    rn_pstar       =    2.0e+04     !  ice strength thickness parameter (N/m2), nn_icestr = 0  
    64    rn_crhg        =   20.0         !  ice strength conc. parameter (-), nn_icestr = 0        
    65    rn_cio         =    5.0e-03     !  ice-ocean drag coefficient           (-)              
    66    rn_creepl      =    1.0e-12     !  creep limit (s-1)                                    
    67    rn_ecc         =    2.0         !  eccentricity of the elliptical yield curve           
    68    nn_nevp        =  120           !  number of EVP subcycles                              
    69    rn_relast      =    0.333       !  ratio of elastic timescale to ice time step: Telast = dt_ice * rn_relast  
    70                                    !     advised value: 1/3 (rn_nevp=120) or 1/9 (rn_nevp=300) 
    71    nn_ahi0        =    2           !  horizontal diffusivity computation 
    72                                    !     0: use rn_ahi0_ref 
    73                                    !     1: use rn_ahi0_ref x mean grid cell length / ( 2deg mean grid cell length ) 
    74                                    !     2: use rn_ahi0_ref x grid cell length      / ( 2deg mean grid cell length ) 
    75    rn_ahi0_ref    = 350.0          !  horizontal sea ice diffusivity (m2/s)  
    76                                    !     if nn_ahi0 > 0, rn_ahi0_ref is the reference value at a nominal 2 deg resolution 
     73                  ! -- limtrp & limadv -- ! 
     74   nn_limadv      =    0            !  choose the advection scheme (-1=Prather ; 0=Ultimate-Macho) 
     75   nn_limadv_ord  =    5            !  choose the order of the advection scheme (if nn_limadv=0) 
     76                  ! -- limitd_me -- ! 
     77   nn_icestr      =    0            !  ice strength parameteriztaion                       
     78                                    !     0: Hibler_79     P = pstar*<h>*exp(-c_rhg*A) 
     79                                    !     1: Rothrock_75   P = Cf*coeff*integral(wr.h^2)     
     80   rn_pe_rdg      =   17.0          !     (nn_icestr=1) ridging work divided by pot. energy change in ridging 
     81   rn_pstar       =    2.0e+04      !     (nn_icestr=0) ice strength thickness parameter (N/m2)  
     82   rn_crhg        =   20.0          !     (nn_icestr=0) ice strength conc. parameter (-) 
     83   ln_icestr_bvf  =    .false.      !     ice strength function brine volume (T) or not (F) 
     84                                    ! 
     85            ! -- limdyn & limrhg -- ! 
     86   rn_cio         =    5.0e-03      !  ice-ocean drag coefficient (-) 
     87   rn_creepl      =    1.0e-12      !  creep limit (s-1) 
     88   rn_ecc         =    2.0          !  eccentricity of the elliptical yield curve           
     89   nn_nevp        =  120            !  number of EVP subcycles                              
     90   rn_relast      =    0.333        !  ratio of elastic timescale to ice time step: Telast = dt_ice * rn_relast  
     91                                    !     advised value: 1/3 (rn_nevp=120) or 1/9 (rn_nevp=300) 
     92   ln_landfast    =  .false.        !  landfast ice parameterization (T or F)                            
     93   rn_gamma       =    0.15         !     (ln_landfast=T)  fraction of ocean depth that ice must reach to initiate landfast 
     94                                    !                      recommended range: [0.1 ; 0.25] 
     95   rn_icebfr      =    10.          !     (ln_landfast=T)  maximum bottom stress per unit area of contact (N/m2)                  
     96                                    !                      a very large value ensures ice velocity=0 even with a small contact area 
     97                                    !                      recommended range: ?? (should be greater than atm-ice stress => >0.1 N/m2) 
     98   rn_lfrelax     =    1.e-5        !     (ln_landfast=T)  relaxation time scale to reach static friction (s-1)                  
    7799/ 
    78100!------------------------------------------------------------------------------ 
    79101&namicehdf     !   Ice horizontal diffusion 
    80102!------------------------------------------------------------------------------ 
    81    nn_convfrq     = 5              !  convergence check frequency of the Crant-Nicholson scheme (perf. optimization) 
     103                     ! -- limhdf -- ! 
     104   nn_ahi0        =    -1           !  horizontal diffusivity computation 
     105                                    !    -1: no diffusion (bypass limhdf) 
     106                                    !     0: use rn_ahi0_ref 
     107                                    !     1: use rn_ahi0_ref x mean grid cell length / ( 2deg mean grid cell length ) 
     108                                    !     2: use rn_ahi0_ref x grid cell length      / ( 2deg mean grid cell length ) 
     109   rn_ahi0_ref    = 350.0           !  horizontal sea ice diffusivity (m2/s)  
     110                                    !     if nn_ahi0 > 0, rn_ahi0_ref is the reference value at a nominal 2 deg resolution 
    82111/ 
    83112!------------------------------------------------------------------------------ 
    84113&namicethd     !   Ice thermodynamics 
    85114!------------------------------------------------------------------------------ 
    86    rn_hnewice  = 0.1               !  thickness for new ice formation in open water (m) 
    87    ln_frazil   = .false.           !  use frazil ice collection thickness as a function of wind (T) or not (F) 
    88    rn_maxfrazb = 1.0               !  maximum fraction of frazil ice collecting at the ice base 
    89    rn_vfrazb   = 0.417             !  thresold drift speed for frazil ice collecting at the ice bottom (m/s) 
    90    rn_Cfrazb   = 5.0               !  squeezing coefficient for frazil ice collecting at the ice bottom 
    91    rn_himin    = 0.10              !  minimum ice thickness (m) used in remapping, must be smaller than rn_hnewice 
    92    rn_betas    = 0.66              !  exponent in lead-ice repratition of snow precipitation 
    93                                    !     betas = 1 -> equipartition, betas < 1 -> more on leads 
    94    rn_kappa_i  = 1.0               !  radiation attenuation coefficient in sea ice (m-1) 
    95    nn_conv_dif = 50                !  maximal number of iterations for heat diffusion computation 
    96    rn_terr_dif = 0.0001            !  maximum temperature after heat diffusion (degC) 
    97    nn_ice_thcon= 1                 !  sea ice thermal conductivity 
    98                                    !     0: k = k0 + beta.S/T (Untersteiner, 1964) 
    99                                    !     1: k = k0 + beta1.S/T - beta2.T (Pringle et al., 2007) 
    100    nn_monocat  = 0                 !  virtual ITD mono-category parameterizations (1, jpl = 1 only) or not (0) 
    101                                    !     2: simple piling instead of ridging --- temporary option 
    102                                    !     3: activate G(he) only              --- temporary option 
    103                                    !     4: activate lateral melting only    --- temporary option 
    104   ln_it_qnsice = .true.            !  iterate the surface non-solar flux with surface temperature (T) or not (F) 
     115                 ! -- limthd_dif -- ! 
     116   rn_kappa_i     = 1.0             !  radiation attenuation coefficient in sea ice (m-1) 
     117   nn_conv_dif    = 50              !  maximal number of iterations for heat diffusion computation 
     118   rn_terr_dif    = 1.0e-04         !  maximum temperature after heat diffusion (degC) 
     119   nn_ice_thcon   = 1               !  sea ice thermal conductivity 
     120                                    !     0: k = k0 + beta.S/T            (Untersteiner, 1964) 
     121                                    !     1: k = k0 + beta1.S/T - beta2.T (Pringle et al., 2007) 
     122   ln_it_qnsice   = .true.          !  iterate the surface non-solar flux with surface temperature (T) or not (F) 
     123   nn_monocat     = 0               !  virtual ITD mono-category parameterizations (1, jpl = 1 only) or not (0) 
     124                                    !     2: simple piling instead of ridging    --- temporary option 
     125                                    !     3: activate G(he) only                 --- temporary option 
     126                                    !     4: activate extra lateral melting only --- temporary option 
     127                  ! -- limthd_dh -- ! 
     128   ln_limdH       = .true.          !  activate ice thickness change from growing/melting (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     129   rn_betas       = 0.66            !  exponent in lead-ice repratition of snow precipitation 
     130                                    !     betas = 1 -> equipartition, betas < 1 -> more on leads 
     131                  ! -- limthd_da -- ! 
     132   ln_limdA       = .true.          !  activate lateral melting param. (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     133   rn_beta        = 1.0             !     (ln_latmelt=T) coef. beta for lateral melting param. Recommended range=[0.8-1.2] 
     134                                    !      => decrease = more melt and melt peaks toward higher concentration (A~0.5 for beta=1 ; A~0.8 for beta=0.2) 
     135                                    !         0.3 = best fit for western Fram Strait and Antarctica 
     136                                    !         1.4 = best fit for eastern Fram Strait       
     137   rn_dmin        = 8.              !     (ln_latmelt=T) minimum floe diameter for lateral melting param. Recommended range=[6-10] 
     138                                    !      => 6  vs 8m = +40% melting at the peak (A~0.5) 
     139                                    !         10 vs 8m = -20% melting 
     140                 ! -- limthd_lac -- ! 
     141   ln_limdO       = .true.          !  activate ice growth in open-water (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     142   rn_hnewice     = 0.1             !  thickness for new ice formation in open water (m) 
     143   ln_frazil      = .false.         !  Frazil ice parameterization (ice collection as a function of wind) 
     144   rn_maxfrazb    = 1.0             !     (ln_frazil=T) maximum fraction of frazil ice collecting at the ice base 
     145   rn_vfrazb      = 0.417           !     (ln_frazil=T) thresold drift speed for frazil ice collecting at the ice bottom (m/s) 
     146   rn_Cfrazb      = 5.0             !     (ln_frazil=T) squeezing coefficient for frazil ice collecting at the ice bottom 
     147                  ! -- limitd_th -- ! 
     148   rn_himin       = 0.1             !  minimum ice thickness (m) used in remapping, must be smaller than rn_hnewice 
    105149/ 
    106150!------------------------------------------------------------------------------ 
    107151&namicesal     !   Ice salinity 
    108152!------------------------------------------------------------------------------ 
    109    nn_icesal   =  2                !  ice salinity option 
    110                                    !     1: constant ice salinity (S=rn_icesal) 
    111                                    !     2: varying salinity parameterization S(z,t) 
    112                                    !     3: prescribed salinity profile S(z), Schwarzacher, 1959 
    113    rn_icesal   =  4.               !  ice salinity (g/kg, nn_icesal = 1 only) 
    114    rn_sal_gd   =  5.               !  restoring ice salinity, gravity drainage (g/kg) 
    115    rn_time_gd  =  1.73e+6          !  restoring time scale, gravity drainage  (s) 
    116    rn_sal_fl   =  2.               !  restoring ice salinity, flushing (g/kg) 
    117    rn_time_fl  =  8.64e+5          !  restoring time scale, flushing (s) 
    118    rn_simax    = 20.               !  maximum tolerated ice salinity (g/kg) 
    119    rn_simin    =  0.1              !  minimum tolerated ice salinity (g/kg) 
     153                 ! -- limthd_sal -- ! 
     154   ln_limdS       = .true.          !  activate gravity drainage and flushing (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     155   nn_icesal      =  2              !  ice salinity option 
     156                                    !     1: constant ice salinity (S=rn_icesal) 
     157                                    !     2: varying salinity parameterization S(z,t) 
     158                                    !     3: prescribed salinity profile S(z), Schwarzacher, 1959 
     159   rn_icesal      =  4.             !    (nn_icesal=1) ice salinity (g/kg) 
     160   rn_sal_gd      =  5.             !  restoring ice salinity, gravity drainage (g/kg) 
     161   rn_time_gd     =  1.73e+6        !  restoring time scale, gravity drainage  (s) 
     162   rn_sal_fl      =  2.             !  restoring ice salinity, flushing (g/kg) 
     163   rn_time_fl     =  8.64e+5        !  restoring time scale, flushing (s) 
     164   rn_simax       = 20.             !  maximum tolerated ice salinity (g/kg) 
     165   rn_simin       =  0.1            !  minimum tolerated ice salinity (g/kg) 
    120166/ 
    121167!------------------------------------------------------------------------------ 
    122168&namiceitdme   !   Ice mechanical redistribution (ridging and rafting) 
    123169!------------------------------------------------------------------------------ 
    124    rn_Cs       =   0.5             !  fraction of shearing energy contributing to ridging 
    125    rn_fsnowrdg =   0.5             !  snow volume fraction that survives in ridging 
    126    rn_fsnowrft =   0.5             !  snow volume fraction that survives in rafting 
    127    nn_partfun  =   1               !  type of ridging participation function 
    128                                    !     0: linear (Thorndike et al, 1975) 
    129                                    !     1: exponential (Lipscomb, 2007 
    130    rn_gstar    =   0.15            !  fractional area of thin ice being ridged (nn_partfun = 0) 
    131    rn_astar    =   0.05            !  exponential measure of ridging ice fraction (nn_partfun = 1) 
    132    rn_hstar    = 100.0             !  determines the maximum thickness of ridged ice (m) (Hibler, 1980) 
    133    ln_rafting  =   .true.          !  rafting activated (T) or not (F) 
    134    rn_hraft    =   0.75            !  threshold thickness for rafting (m) 
    135    rn_craft    =   5.0             !  squeezing coefficient used in the rafting function 
    136    rn_por_rdg  =   0.3             !  porosity of newly ridged ice (Lepparanta et al., 1995) 
     170                  ! -- limitd_me -- ! 
     171   rn_cs          =   0.5           !  fraction of shearing energy contributing to ridging 
     172   nn_partfun     =   1             !  type of ridging participation function 
     173                                    !     0: linear      (Thorndike et al, 1975) 
     174                                    !     1: exponential (Lipscomb, 2007) 
     175   rn_gstar       =   0.15          !     (nn_partfun = 0) fractional area of thin ice being ridged  
     176   rn_astar       =   0.05          !     (nn_partfun = 1) exponential measure of ridging ice fraction 
     177   ln_ridging     =   .true.        !  ridging activated (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     178   rn_hstar       = 100.0           !     (ln_ridging = T) determines the maximum thickness of ridged ice (m) (Hibler, 1980) 
     179   rn_por_rdg     =   0.3           !     (ln_ridging = T) porosity of newly ridged ice (Lepparanta et al., 1995) 
     180   rn_fsnowrdg    =   0.5           !     (ln_ridging = T) snow volume fraction that survives in ridging 
     181   ln_rafting     =   .true.        !  rafting activated (T) or not (F) => DO NOT TOUCH UNLESS U KNOW WHAT U DO 
     182   rn_hraft       =   0.75          !     (ln_rafting = T) threshold thickness for rafting (m) 
     183   rn_craft       =   5.0           !     (ln_rafting = T) squeezing coefficient used in the rafting function 
     184   rn_fsnowrft    =   0.5           !     (ln_rafting = T) snow volume fraction that survives in rafting 
    137185/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_pisces_ref

    r6945 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     2!! PISCES reference namelist  
    33!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
    44!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
    … …  
    99!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
    1010!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
    11 !!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs) 
    12 !!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia) 
    1311!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
    14 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    15 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used 
     16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used 
     17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used 
     18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
    1621&nampisext     !   air-sea exchange 
    17 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22!----------------------------------------------------------------------- 
    1823   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F) 
    1924   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F 
    … …  
    2328!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1) 
    2429/ 
    25 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     30!----------------------------------------------------------------------- 
    2631&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    27 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
    2833!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    2934!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    3035   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     36   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1            , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    3137   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files 
    3238! 
    33    ln_presatm  = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
    34 / 
    35 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     39   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
     40   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE 
     41/ 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
    3643&nampisbio     !   biological parameters 
    37 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     44!----------------------------------------------------------------------- 
    3845   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology 
    3946   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed 
    4047   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality 
    4148   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    42    wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     49   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed 
     50   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed 
     51   wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
    4352   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
    44    niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    45 / 
    46 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    47 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    48 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     53   niter2max  =  2        ! Maximum number of iterations for GOC 
     54!                         !  ln_ligand enabled 
     55   wfep       =  0.2      ! FeP sinking speed  
     56   ldocp      =  1.E-5    ! Phyto ligand production per unit doc  
     57   ldocz      =  1.E-5    ! Zoo ligand production per unit doc  
     58   lthet      =  0.5      ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake  
     59!                         !  ln_p5z enabled 
     60   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton 
     61   po4rat3    =  0.0094   ! P/C ratio in zooplankton 
     62/ 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
     64&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
    4966   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
    5067   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms 
    … …  
    6683   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    6784   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
    68    oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    69 / 
    70 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     85   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     86/ 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
     90   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     91   concpno3   =  1e-6 
     92   concdno3   =  4E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
     93   concnnh4   =  1.5E-6   ! NH4 half saturation for phyto 
     94   concpnh4   =  4E-7 
     95   concdnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for diatoms 
     96   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto 
     97   concppo4   =  1.5E-6 
     98   concdpo4   =  4E-6     ! PO4 half saturation for diatoms 
     99   concnfer   =  3E-9   ! Iron half saturation for phyto 
     100   concpfer   =  1.5E-9 
     101   concdfer   =  4E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     102   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     103   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     104   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms 
     105   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria 
     106   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
     107   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
     108   xsizepic   =  1.E-6 
     109   xsizern    =  1.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     110   xsizerp    =  1.0 
     111   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms 
     112   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
     113   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     114   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
     115   caco3r     =  0.35     ! mean rain ratio 
     116   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     117/ 
     118!----------------------------------------------------------------------- 
     119&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     120!----------------------------------------------------------------------- 
     121   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto 
     122   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto 
     123   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
     124   qnnmin     =  0.29     ! Minimal N quota for nano 
     125   qnnmax     =  1.39     ! Maximal N quota for nano 
     126   qpnmin     =  0.28     ! Minimal P quota for nano 
     127   qpnmax     =  1.06     ! Maximal P quota for nano 
     128   qnpmin     =  0.42     ! Minimal N quota for pico 
     129   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico 
     130   qppmin     =  0.25     ! Minimal P quota for pico 
     131   qppmax     =  0.7      ! Maximal P quota for pico 
     132   qndmin     =  0.25     ! Minimal N quota for diatoms 
     133   qndmax     =  1.39     ! Maximal N quota for diatoms 
     134   qpdmin     =  0.29     ! Minimal P quota for diatoms 
     135   qpdmax     =  1.32     ! Maximal P quota for diatoms 
     136   qfnmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for nano 
     137   qfpmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for pico 
     138   qfdmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms 
     139/ 
     140!----------------------------------------------------------------------- 
    71141&nampisopt     !   parameters for optics 
    72 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     142!----------------------------------------------------------------------- 
    73143!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    74144!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    … …  
    78148   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
    79149/  
    80 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    81 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    82 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    pislope    =  2.       ! P-I slope 
    84    pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
     150!----------------------------------------------------------------------- 
     151&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     152!----------------------------------------------------------------------- 
     153   pislopen   =  2.       ! P-I slope 
     154   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
    85155   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
    86    excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    87    excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     156   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     157   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    88158   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    89159   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate 
    … …  
    95165   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    96166/ 
    97 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    98 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    99 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    100    wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     167!----------------------------------------------------------------------- 
     168&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
     169!----------------------------------------------------------------------- 
     170   pislopen   =  3.       ! P-I slope 
     171   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton 
     172   pisloped   =  3.       ! P-I slope  for diatoms 
     173   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     174   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton 
     175   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     176   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
     177   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate 
     178   thetannm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton 
     179   thetanpm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in picophytoplankton 
     180   thetandm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in diatoms 
     181   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton 
     182   grosip     =  0.131    ! mean Si/C ratio 
     183/ 
     184!----------------------------------------------------------------------- 
     185&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     186!----------------------------------------------------------------------- 
     187   wchl       =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton 
    101188   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    102189   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    … …  
    104191   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    105192/ 
    106 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    107 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    108 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     193!----------------------------------------------------------------------- 
     194&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     195!----------------------------------------------------------------------- 
     196   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton 
     197   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton 
     198   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     199   wchldm     =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     200   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate 
     201   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate 
     202   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
     203/ 
     204!----------------------------------------------------------------------- 
     205&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     206!----------------------------------------------------------------------- 
    109207   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    110208   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
    … …  
    126224   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate 
    127225/ 
    128 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    129 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    130 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    131    part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     226!----------------------------------------------------------------------- 
     227&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     228!----------------------------------------------------------------------- 
     229   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     230   grazrat2   =  0.85     ! maximal mesozoo grazing rate 
     231   bmetexc2   =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon  
     232   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
     233   mzrat2     =  0.02     ! mesozooplankton mortality rate 
     234   xpref2d    =  1.       ! zoo preference for phyto 
     235   xpref2p    =  1.       ! zoo preference for POC 
     236   xpref2z    =  1.       ! zoo preference for zoo 
     237   xpref2m    =  0.2      ! meso preference for zoo 
     238   xpref2c    =  0.3      ! zoo preference for poc 
     239   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton 
     240   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton 
     241   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton 
     242   xthresh2mes = 1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton 
     243   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton 
     244   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
     245   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
     246   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     247   ssigma2     =  0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     248   srespir2    =  0.2     ! Active respiration 
     249   unass2c     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     250   unass2n     =  0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo 
     251   unass2p     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     252   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate 
     253/ 
     254!----------------------------------------------------------------------- 
     255&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     256!----------------------------------------------------------------------- 
     257   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts 
    132258   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    133259   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
    … …  
    145271   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo 
    146272/ 
    147 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     273!----------------------------------------------------------------------- 
     274&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     275!----------------------------------------------------------------------- 
     276   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     277   grazrat    =  2.75     ! maximal zoo grazing rate 
     278   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon 
     279   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
     280   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate 
     281   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
     282   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     283   xprefp     =  1.6      ! Microzoo preference for picophyto 
     284   xprefd     =  1.0      ! Microzoo preference for Diatoms 
     285   xprefz     =  0.3      ! Microzoo preference for microzooplankton 
     286   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton 
     287   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     288   xthreshpic =  1.E-8 
     289   xthreshzoo =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     290   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton 
     291   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
     292   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
     293   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth 
     294   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     295   srespir    =  0.2      ! Active respiration 
     296   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     297   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     298   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     299/ 
     300!----------------------------------------------------------------------- 
    148301&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    149 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     302!----------------------------------------------------------------------- 
    150303   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
    151304   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration 
    152    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
    153    xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
    154    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
    155 /   
    156 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     305   ln_fecolloid = .false. ! variable colloidal fraction 
     306   xlam1        =  0.005  ! scavenging rate of Iron 
     307   xlamdust     =  150.0  ! Scavenging rate of dust 
     308   ligand       =  0.6E-9 ! Ligands concentration  
     309   kfep         =  0.     ! Nanoparticle formation rate constant 
     310/ 
     311!-----------------------------------------------------------------------   
    157312&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    158 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     313!----------------------------------------------------------------------- 
    159314   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC 
    160    xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    161315   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    162316   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    163317   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
    164318   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    165 / 
    166 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     319   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria 
     320   xkferb    =  2.5E-10   ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C 
     321!                         ! ln_p5z 
     322   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     323   xremikn   =  0.35      ! remineralization rate of DON 
     324   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP 
     325!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio 
     326!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C 
     327/ 
     328!----------------------------------------------------------------------- 
     329&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     330!----------------------------------------------------------------------- 
     331   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of PON 
     332   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes 
     333   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function 
     334!                         ! ln_p5z 
     335   xremipc   =  0.02      ! remineralisation rate of POC 
     336   xremipn   =  0.025     ! remineralisation rate of PON 
     337   xremipp   =  0.03      ! remineralisation rate of POP 
     338/ 
     339!----------------------------------------------------------------------- 
    167340&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    168 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     341!----------------------------------------------------------------------- 
    169342   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time) 
    170343   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless) 
    171344/ 
    172 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     345!----------------------------------------------------------------------- 
    173346&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    174 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     347!----------------------------------------------------------------------- 
    175348!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    176349!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    … …  
    205378   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
    206379   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    207 / 
    208 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     380!                          ! ln_ligand 
     381   fep_rats    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed sources  
     382   fep_rath    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources  
     383   lgw_rath    =  0.5      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources  
     384/ 
     385!----------------------------------------------------------------------- 
     386&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     387!----------------------------------------------------------------------- 
     388   rfep        =  0.001    ! Dissolution rate of FeP 
     389   rlgw        =  1.       ! Lifetime (years) of weak ligands 
     390   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C 
     391   prlgw       =  1.E-4    ! Photolysis of weak ligand 
     392   rlgs        =  1000.    ! Lifetime (years) of strong ligands 
     393/ 
     394!----------------------------------------------------------------------- 
    209395&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    210 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     396!----------------------------------------------------------------------- 
    211397! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90 (Global, Arctic, Antarctic and Baltic) 
    212398! trc_ice_ratio     * betw 0 and 1: prescribed ice/ocean tracer concentration ratio 
    … …  
    219405! cn_trc_o          * 'GL' use global ocean values making the Baltic distinction only 
    220406!                     'AA' use specific Arctic/Antarctic/Baltic values 
    221 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     407!----------------------------------------------------------------------- 
    222408!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o 
    223409   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA' 
    … …  
    247433   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA' 
    248434/ 
    249 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    250 &nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest" 
    251 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    252    xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    253    xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
    254    xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    255    xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    256    xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 
    257 / 
    258 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    259 &nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest" 
    260 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    261    xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor 
    262    xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness 
    263    xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class 
    264    xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class 
    265    xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class 
    266    xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class 
    267 / 
    268 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    269 &nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics  
    270 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    271 !              !    name   !           title of the field          !     units      ! 
    272 !              !           !                                       !                !   
    273    pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    ' 
    274    pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    ' 
    275    pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm' 
    276    pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         ' 
    277    pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    ' 
    278    pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    ' 
    279    pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   ' 
    280    pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   ' 
    281    pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   ' 
    282    pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    ' 
    283    pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            ' 
    284    pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   ' 
    285    pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    ' 
    286    pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            ' 
    287    pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        ' 
    288    pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        ' 
    289    pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         ' 
    290    pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    ' 
    291    pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    ' 
    292    pisdia3d(7)  = 'PPNEWN   ' , 'New Primary production of nano    ',  'molC/m3/s    ' 
    293    pisdia3d(8)  = 'PPNEWD   ' , 'New Primary production of diat    ',  'molC/m3/s    ' 
    294    pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   ' 
    295    pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   ' 
    296    pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   ' 
    297 / 
    298 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     435!----------------------------------------------------------------------- 
    299436&nampisdmp     !  Damping  
    300 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     437!----------------------------------------------------------------------- 
    301438   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value 
    302439   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation  
    303440/ 
    304 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     441!----------------------------------------------------------------------- 
    305442&nampismass     !  Mass conservation 
    306 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     443!----------------------------------------------------------------------- 
    307444   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation 
    308445/ 
    … …  
    317454!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
    318455!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
    319  
    320 !!              10 - biological diagnostics trends              (namlobdbi)  
    321456!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    322 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     457!----------------------------------------------------------------------- 
    323458&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    324 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     459!----------------------------------------------------------------------- 
    325460   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]  
    326461   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
    … …  
    329464   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
    330465/ 
    331 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     466!----------------------------------------------------------------------- 
    332467&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    333 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     468!----------------------------------------------------------------------- 
    334469   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
    335470   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
    … …  
    337472   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
    338473/ 
    339 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     474!----------------------------------------------------------------------- 
    340475&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    341 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     476!----------------------------------------------------------------------- 
    342477   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%] 
    343478   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]  
    … …  
    351486   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
    352487/ 
    353 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     488!----------------------------------------------------------------------- 
    354489&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    355 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     490!----------------------------------------------------------------------- 
    356491   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
    357492   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution            
    358493/ 
    359 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     494!----------------------------------------------------------------------- 
    360495&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
    361 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     496!----------------------------------------------------------------------- 
    362497   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]  
    363498!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
    364499/ 
    365 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     500!----------------------------------------------------------------------- 
    366501&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    367 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     502!----------------------------------------------------------------------- 
    368503   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
    369504   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments 
    … …  
    371506   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
    372507/ 
    373 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     508!----------------------------------------------------------------------- 
    374509&namlobrat     !   general coefficients 
    375 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     510!----------------------------------------------------------------------- 
    376511   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
    377512   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto 
    378513   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM 
    379514/ 
    380 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     515!----------------------------------------------------------------------- 
    381516&namlobopt     !   optical parameters 
    382 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     517!----------------------------------------------------------------------- 
    383518   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water 
    384519   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water 
    … …  
    389524   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio 
    390525/ 
    391 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    392 &nampisdbi     !   biological diagnostics trends      
    393 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    394 !                !  2D bio diagnostics   units : mmole/m2/s   ("key_trdmld_trc") 
    395 !                !  name    !       title of the field      !     units      ! 
    396    pisdiabio(1)  = 'NO3PHY' , 'Flux from NO3 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    397    pisdiabio(2)  = 'NH4PHY' , 'Flux from NH4 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    398    pisdiabio(3)  = 'PHYNH4' , 'Flux from PHY to NH4          ',  'mmole/m3/s' 
    399    pisdiabio(4)  = 'PHYDOM' , 'Flux from PHY to DOM          ',  'mmole/m3/s' 
    400    pisdiabio(5)  = 'PHYZOO' , 'Flux from PHY to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    401    pisdiabio(6)  = 'PHYDET' , 'Flux from PHY to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    402    pisdiabio(7)  = 'DETZOO' , 'Flux from DET to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    403    pisdiabio(8)  = 'DETSED' , 'Flux from DET to SED          ',  'mmole/m3/s' 
    404    pisdiabio(9)  = 'ZOODET' , 'Flux from ZOO to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    405    pisdiabio(10)  = 'ZOOBOD' , 'Zooplankton closure          ',  'mmole/m3/s' 
    406    pisdiabio(11)  = 'ZOONH4' , 'Flux from ZOO to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    407    pisdiabio(12)  = 'ZOODOM' , 'Flux from ZOO to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    408    pisdiabio(13)  = 'NH4NO3' , 'Flux from NH4 to NO3         ',  'mmole/m3/s' 
    409    pisdiabio(14)  = 'DOMNH4' , 'Flux from DOM to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    410    pisdiabio(15)  = 'DETNH4' , 'Flux from DET to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    411    pisdiabio(16)  = 'DETDOM' , 'Flux from DET to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    412    pisdiabio(17)  = 'SEDNO3' , 'NO3 remineralization from SED',  'mmole/m3/s' 
    413 / 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r6497 r7646  
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!! NEMO/OPA  :  1 - run manager      (namrun) 
    5 !! namelists    2 - Domain           (namcfg, namzgr, namzgr_sco, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
    6 !!              3 - Surface boundary (namsbc, namsbc_ana, namsbc_flx, namsbc_clio, namsbc_core, namsbc_sas 
     5!! namelists    2 - Domain           (namcfg, namzgr, namdom, namtsd, namcrs, namc1d, namc1d_uvd) 
     6!!              3 - Surface boundary (namsbc, namsbc_flx, namsbc_blk, namsbc_sas) 
    77!!                                    namsbc_cpl, namtra_qsr, namsbc_rnf, 
    88!!                                    namsbc_apr, namsbc_ssr, namsbc_alb, namsbc_wave) 
    … …  
    1111!!              6 - Tracer           (nameos, namtra_adv, namtra_ldf, namtra_ldfeiv, namtra_dmp) 
    1212!!              7 - dynamics         (namdyn_adv, namdyn_vor, namdyn_hpg, namdyn_spg, namdyn_ldf) 
    13 !!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_ddm, namzdf_tmx) 
     13!!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_ddm, namzdf_tmx, namzdf_tmx_new) 
    1414!!              9 - diagnostics      (namnc4, namtrd, namspr, namflo, namhsb, namsto) 
    1515!!             10 - miscellaneous    (nammpp, namctl) 
    … …  
    6060!!   namcfg       parameters of the configuration 
    6161!!   namzgr       vertical coordinate                                   (default: NO selection) 
    62 !!   namzgr_sco   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    6362!!   namdom       space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    6463!!   namwad       Wetting and drying                                    (default F) 
    … …  
    7372&namcfg        !   parameters of the configuration 
    7473!----------------------------------------------------------------------- 
    75    cp_cfg      = "default" !  name of the configuration 
    76    cp_cfz      = "no zoom" !  name of the zoom of configuration 
    77    jp_cfg      =      0    !  resolution of the configuration 
    78    jpidta      =     10    !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
    79    jpjdta      =     12    !  2nd    "         "    ( >= jpj ) 
    80    jpkdta      =     31    !  number of levels      ( >= jpk ) 
    81    jpiglo      =     10    !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    82    jpjglo      =     12    !  2nd    -                  -    --> j =jpjdta 
    83    jpizoom     =      1    !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    84    jpjzoom     =      1    !  in data domain indices 
    85    jperio      =      0    !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    86                                  !  = 0 closed                 ;   = 1 cyclic East-West 
    87                                  !  = 2 equatorial symmetric   ;   = 3 North fold T-point pivot 
    88                                  !  = 4 cyclic East-West AND North fold T-point pivot 
    89                                  !  = 5 North fold F-point pivot 
    90                                  !  = 6 cyclic East-West AND North fold F-point pivot 
     74   ln_read_cfg = .false.   !  (=T) read the domain configuration file 
     75      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     76      cn_domcfg = "domain_cfg"         ! domain configuration filename 
     77      ! 
     78   ln_write_cfg= .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
     79      cn_domcfg_out = "domain_cfg_out" ! newly created domain configuration filename 
     80      ! 
    9181   ln_use_jattr = .false.  !  use (T) the file attribute: open_ocean_jstart, if present 
    92                            !  in netcdf input files, as the start j-row for reading 
    93 / 
    94 !----------------------------------------------------------------------- 
    95 &namzgr        !   vertical coordinate                                  (default: NO selection) 
    96 !----------------------------------------------------------------------- 
    97    ln_zco      = .false.   !  z-coordinate - full    steps 
    98    ln_zps      = .false.   !  z-coordinate - partial steps 
    99    ln_sco      = .false.   !  s- or hybrid z-s-coordinate 
    100    ln_isfcav   = .false.   !  ice shelf cavity 
    101    ln_linssh   = .false.   !  linear free surface 
    102 / 
    103 !----------------------------------------------------------------------- 
    104 &namzgr_sco    !   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate                (default F) 
    105 !----------------------------------------------------------------------- 
    106    ln_s_sh94   = .false.    !  Song & Haidvogel 1994 hybrid S-sigma   (T)| 
    107    ln_s_sf12   = .false.   !  Siddorn & Furner 2012 hybrid S-z-sigma (T)| if both are false the NEMO tanh stretching is applied 
    108    ln_sigcrit  = .false.   !  use sigma coordinates below critical depth (T) or Z coordinates (F) for Siddorn & Furner stretch 
    109                            !  stretching coefficients for all functions 
    110    rn_sbot_min =   10.0    !  minimum depth of s-bottom surface (>0) (m) 
    111    rn_sbot_max = 7000.0    !  maximum depth of s-bottom surface (= ocean depth) (>0) (m) 
    112    rn_hc       =  150.0    !  critical depth for transition to stretched coordinates 
    113                         !!!!!!!  Envelop bathymetry 
    114    rn_rmax     =    0.3    !  maximum cut-off r-value allowed (0<r_max<1) 
    115                         !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
    116    rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
    117    rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma 
    118                         !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
    119    rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
    120    rn_efold    =    0.0    !  efold length scale for transition to stretched coord 
    121    rn_zs       =    1.0    !  depth of surface grid box 
    122                            !  bottom cell depth (Zb) is a linear function of water depth Zb = H*a + b 
    123    rn_zb_a     =    0.024  !  bathymetry scaling factor for calculating Zb 
    124    rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
    125                         !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
    126    rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1) 
     82   !                       !  in netcdf input files, as the start j-row for reading 
    12783/ 
    12884!----------------------------------------------------------------------- 
    12985&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    13086!----------------------------------------------------------------------- 
    131    nn_bathy    =    1      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    132    rn_bathy    =    0.     !  value of the bathymetry. if (=0) bottom flat at jpkm1 
     87   ln_linssh   = .false.   !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
    13388   nn_closea   =    0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    134    nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    135    rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
     89   ! 
     90   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
    13691   rn_isfhmin  =    1.00   !  treshold (m) to discriminate grounding ice to floating ice 
    137    rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    138    rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
    139                            ! 
     92   ! 
    14093   rn_rdt      = 5760.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    14194   rn_atfp     =    0.1    !  asselin time filter parameter 
    142    ln_crs      = .false.      !  Logical switch for coarsening module 
    143    jphgr_msh   =       0               !  type of horizontal mesh 
    144                                        !  = 0 curvilinear coordinate on the sphere read in coordinate.nc 
    145                                        !  = 1 geographical mesh on the sphere with regular grid-spacing 
    146                                        !  = 2 f-plane with regular grid-spacing 
    147                                        !  = 3 beta-plane with regular grid-spacing 
    148                                        !  = 4 Mercator grid with T/U point at the equator 
    149    ppglam0     =       0.0             !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    150    ppgphi0     =     -35.0             ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    151    ppe1_deg    =       1.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    152    ppe2_deg    =       0.5             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    153    ppe1_m      =    5000.0             !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    154    ppe2_m      =    5000.0             !  meridional grid-spacing (degrees) 
    155    ppsur       =    -4762.96143546300  !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    156    ppa0        =      255.58049070440  ! (default coefficients) 
    157    ppa1        =      245.58132232490  ! 
    158    ppkth       =       21.43336197938  ! 
    159    ppacr       =        3.0            ! 
    160    ppdzmin     =       10.             !  Minimum vertical spacing 
    161    pphmax      =     5000.             !  Maximum depth 
    162    ldbletanh   =    .TRUE.             !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    163    ppa2        =      100.760928500000 !  Double tanh function parameters 
    164    ppkth2      =       48.029893720000 ! 
    165    ppacr2      =       13.000000000000 ! 
    166 / 
    167 !----------------------------------------------------------------------- 
    168 &namwad        !   Wetting and drying                                   (default F) 
    169 !----------------------------------------------------------------------- 
    170    ln_wd       = .false.   !  T/F activation of wetting and drying 
    171    rn_wdmin1   =  0.1      !  Minimum wet depth on dried cells 
    172    rn_wdmin2   =  0.01     !  Tolerance of min wet depth on dried cells 
    173    rn_wdld     =  20.0     !  Land elevation below which wetting/drying is allowed 
    174    nn_wdit     =  10       !  Max iterations for W/D limiter 
     95   ! 
     96   ln_crs      = .false.   !  Logical switch for coarsening module 
    17597/ 
    17698!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    185107   ln_tsd_init = .true.    !  Initialisation of ocean T & S with T & S input data (T) or not (F) 
    186108   ln_tsd_tradmp = .true.  !  damping of ocean T & S toward T & S input data (T) or not (F) 
     109/ 
     110!----------------------------------------------------------------------- 
     111&namwad        !   Wetting and drying                                   (default F) 
     112!----------------------------------------------------------------------- 
     113   ln_wd       = .false.   !  T/F activation of wetting and drying 
     114   rn_wdmin1   =  0.1      !  Minimum wet depth on dried cells 
     115   rn_wdmin2   =  0.01     !  Tolerance of min wet depth on dried cells 
     116   rn_wdld     =  20.0     !  Land elevation below which wetting/drying is allowed 
     117   nn_wdit     =  10       !  Max iterations for W/D limiter 
    187118/ 
    188119!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    230161!!====================================================================== 
    231162!!   namsbc          surface boundary condition 
    232 !!   namsbc_ana      analytical         formulation                     (ln_ana     =T) 
    233163!!   namsbc_flx      flux               formulation                     (ln_flx     =T) 
    234 !!   namsbc_clio     CLIO bulk formulae formulation                     (ln_blk_clio=T) 
    235 !!   namsbc_core     CORE bulk formulae formulation                     (ln_blk_core=T) 
    236 !!   namsbc_mfs      MFS  bulk formulae formulation                     (ln_blk_mfs =T) 
     164!!   namsbc_blk      Bulk formulae formulation                          (ln_blk     =T) 
    237165!!   namsbc_cpl      CouPLed            formulation                     ("key_oasis3" ) 
    238 !!   namsbc_sas      StAndalone Surface module 
     166!!   namsbc_sas      Stand-Alone Surface module 
    239167!!   namtra_qsr      penetrative solar radiation                        (ln_traqsr  =T) 
    240168!!   namsbc_rnf      river runoffs                                      (ln_rnf     =T) 
    … …  
    254182                           !     (also = the frequency of sea-ice & iceberg model call) 
    255183                     ! Type of air-sea fluxes  
    256    ln_ana      = .false.   !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana ) 
     184   ln_usr      = .false.   !  user defined formulation                  (T => check usrdef_sbc) 
    257185   ln_flx      = .false.   !  flux formulation                          (T => fill namsbc_flx ) 
    258    ln_blk_clio = .false.   !  CLIO bulk formulation                     (T => fill namsbc_clio) 
    259    ln_blk_core = .true.    !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
    260    ln_blk_mfs  = .false.   !  MFS bulk formulation                      (T => fill namsbc_mfs ) 
     186   ln_blk      = .true.    !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
    261187                     ! Type of coupling (Ocean/Ice/Atmosphere) : 
    262188   ln_cpl      = .false.   !  atmosphere coupled   formulation          ( requires key_oasis3 ) 
    … …  
    274200   nn_ice      = 2         !  =0 no ice boundary condition   , 
    275201                           !  =1 use observed ice-cover      , 
    276                            !  =2 ice-model used                         ("key_lim3", "key_lim2", "key_cice") 
     202                           !  =2 to 4 :  ice-model used (LIM2, LIM3 or CICE)                         ("key_lim3", "key_lim2", or "key_cice") 
    277203   nn_ice_embd = 1         !  =0 levitating ice (no mass exchange, concentration/dilution effect) 
    278204                           !  =1 levitating ice with mass and salt exchange but no presure effect 
    279205                           !  =2 embedded sea-ice (full salt and mass exchanges and pressure) 
    280206                     ! Misc. options of sbc :  
    281    ln_traqsr   = .true.    !  Light penetration in the ocean            (T => fill namtra_qsr ) 
     207   ln_traqsr   = .true.    !  Light penetration in the ocean            (T => fill namtra_qsr) 
    282208   ln_dm2dc    = .false.   !  daily mean to diurnal cycle on short wave 
    283209   ln_rnf      = .true.    !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
    … …  
    288214   ln_apr_dyn  = .false.   !  Patm gradient added in ocean & ice Eqs.   (T => fill namsbc_apr ) 
    289215   ln_isf      = .false.   !  ice shelf                                 (T   => fill namsbc_isf) 
    290    ln_wave     = .false.   !  coupling with surface wave                (T => fill namsbc_wave) 
     216   ln_wave     = .false.   !  Activate coupling with wave  (T => fill namsbc_wave) 
     217   ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     218   ln_sdw      = .false.   !  Read 2D Surf Stokes Drift & Computation of 3D stokes drift (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave)  
     219   ln_tauoc    = .false.   !  Activate ocean stress modified by external wave induced stress (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     220   ln_stcor    = .false.   !  Activate Stokes Coriolis term (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    291221   nn_lsm      = 0         !  =0 land/sea mask for input fields is not applied (keep empty land/sea mask filename field) , 
    292222                           !  =1:n number of iterations of land/sea mask application for input fields (fill land/sea mask filename field) 
    293 / 
    294 !----------------------------------------------------------------------- 
    295 &namsbc_ana    !   analytical surface boundary condition 
    296 !----------------------------------------------------------------------- 
    297    nn_tau000   =   0       !  gently increase the stress over the first ntau_rst time-steps 
    298    rn_utau0    =   0.5     !  uniform value for the i-stress 
    299    rn_vtau0    =   0.e0    !  uniform value for the j-stress 
    300    rn_qns0     =   0.e0    !  uniform value for the total heat flux 
    301    rn_qsr0     =   0.e0    !  uniform value for the solar radiation 
    302    rn_emp0     =   0.e0    !  uniform value for the freswater budget (E-P) 
    303223/ 
    304224!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    316236/ 
    317237!----------------------------------------------------------------------- 
    318 &namsbc_clio   !   namsbc_clio  CLIO bulk formulae 
    319 !----------------------------------------------------------------------- 
    320 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    321 !              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    322    sn_utau     = 'taux_1m'   ,       -1          , 'sozotaux',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    323    sn_vtau     = 'tauy_1m'   ,       -1          , 'sometauy',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    324    sn_wndm     = 'flx'       ,       -1          , 'socliowi',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    325    sn_tair     = 'flx'       ,       -1          , 'socliot2',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    326    sn_humi     = 'flx'       ,       -1          , 'socliohu',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    327    sn_ccov     = 'flx'       ,       -1          , 'socliocl',   .false.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    328    sn_prec     = 'flx'       ,       -1          , 'socliopl',   .false.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    329  
    330    cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files are 
    331 / 
    332 !----------------------------------------------------------------------- 
    333 &namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    334 !----------------------------------------------------------------------- 
    335 !              !  file name                   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                               ! rotation ! land/sea mask ! 
    336 !              !                              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                              ! pairing  ! filename      ! 
     238&namsbc_blk   !   namsbc_blk  generic Bulk formula                      (ln_blk = T) 
     239!----------------------------------------------------------------------- 
     240!              !  file name                   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                              ! rotation ! land/sea mask ! 
     241!              !                              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                             ! pairing  ! filename      ! 
    337242   sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bicubic_noc.nc'   , 'Uwnd'   , '' 
    338243   sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'       ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bicubic_noc.nc'   , 'Vwnd'   , '' 
    … …  
    343248   sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    344249   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     250   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'SLP'     ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    345251   sn_tdif     = 'taudif_core'                ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    346  
     252   !                    !  bulk algorithm : 
     253   ln_NCAR     = .false.   ! "NCAR"      algorithm   (Large and Yeager 2008) 
     254   ln_COARE_3p0= .false.   ! "COARE 3.0" algorithm   (Fairall et al. 2003) 
     255   ln_COARE_3p5= .false.   ! "COARE 3.5" algorithm   (Edson et al. 2013) 
     256   ln_ECMWF    = .false.   ! "ECMWF"     algorithm   (IFS cycle 31) 
     257   ! 
    347258   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files 
    348259   ln_taudif   = .false.   !  HF tau contribution: use "mean of stress module - module of the mean stress" data 
    … …  
    353264   rn_vfac     = 0.        !  multiplicative factor for ocean/ice velocity 
    354265                           !  in the calculation of the wind stress (0.=absolute winds or 1.=relative winds) 
    355 / 
    356 !----------------------------------------------------------------------- 
    357 &namsbc_mfs   !   namsbc_mfs  MFS bulk formulae 
    358 !----------------------------------------------------------------------- 
    359 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights     ! rotation ! land/sea mask ! 
    360 !              !             !  (if <0  months)  !   name   !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename    ! pairing  ! filename      ! 
    361    sn_wndi     =   'ecmwf'   ,        6          , 'u10'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    362    sn_wndj     =   'ecmwf'   ,        6          , 'v10'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    363    sn_clc      =   'ecmwf'   ,        6          , 'clc'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bilinear.nc',   ''     ,   '' 
    364    sn_msl      =   'ecmwf'   ,        6          , 'msl'    ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    365    sn_tair     =   'ecmwf'   ,        6          , 't2'     ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    366    sn_rhm      =   'ecmwf'   ,        6          , 'rh'     ,    .true.    , .false., 'daily'   ,'bilinear.nc',   ''     ,   '' 
    367    sn_prec     =   'ecmwf'   ,        6          , 'precip' ,    .true.    , .true. , 'daily'   ,'bicubic.nc' ,   ''     ,   '' 
    368  
    369    cn_dir      = './ECMWF/'      !  root directory for the location of the bulk files 
     266   ln_Cd_L12   = .false.   !  Modify the drag ice-atm and oce-atm depending on ice concentration 
     267                           !  This parameterization is from Lupkes et al. (JGR 2012) 
    370268/ 
    371269!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    380278   sn_snd_crt    =   'none'                 ,    'no'    , 'spherical' , 'eastward-northward' ,  'T' 
    381279   sn_snd_co2    =   'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     280   sn_snd_crtw   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''           , 'U,V' 
     281   sn_snd_ifrac  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     282   sn_snd_wlev   =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
    382283! receive 
    383284   sn_rcv_w10m   =   'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    … …  
    391292   sn_rcv_cal    =   'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    392293   sn_rcv_co2    =   'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     294   sn_rcv_hsig   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     295   sn_rcv_iceflx =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     296   sn_rcv_mslp   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     297   sn_rcv_phioc  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     298   sn_rcv_sdrfx  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     299   sn_rcv_sdrfy  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     300   sn_rcv_wper   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     301   sn_rcv_wnum   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     302   sn_rcv_wstrf  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     303   sn_rcv_wdrag  =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    393304! 
    394305   nn_cplmodel   =     1   !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentialy sending/receiving data 
    … …  
    397308/ 
    398309!----------------------------------------------------------------------- 
    399 &namsbc_sas    !   analytical surface boundary condition 
     310&namsbc_sas    !   Stand Alone Surface boundary condition 
    400311!----------------------------------------------------------------------- 
    401312!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    402313!              !             !  (if <0  months)  !   name    !  (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     314   l_sasread   = .TRUE.   ! Read fields in a file if .TRUE. , or initialize to 0. in sbcssm.F90 if .FALSE. 
    403315   sn_usp      = 'sas_grid_U',     120           , 'vozocrtx',   .true.    , .true. , 'yearly'  ,    ''    ,    ''    ,    '' 
    404316   sn_vsp      = 'sas_grid_V',     120           , 'vomecrty',   .true.    , .true. , 'yearly'  ,    ''    ,    ''    ,    '' 
    … …  
    495407/ 
    496408!----------------------------------------------------------------------- 
    497 &namsbc_apr    !   Atmospheric pressure used as ocean forcing or in bulk 
     409&namsbc_apr    !   Atmospheric pressure used as ocean forcing           (ln_apr_dyn =T) 
    498410!----------------------------------------------------------------------- 
    499411!              ! file name ! frequency (hours) ! variable ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    … …  
    537449&namsbc_wave   ! External fields from wave model                        (ln_wave=T) 
    538450!----------------------------------------------------------------------- 
    539 !              ! file name ! frequency (hours) ! variable    ! time interp.!  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    540 !              !           !  (if <0  months)  !   name      !  (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    541    sn_cdg      = 'cdg_wave',        1          , 'drag_coeff',   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    542    sn_usd      = 'sdw_wave',        1          , 'u_sd2d'    ,   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    543    sn_vsd      = 'sdw_wave',        1          , 'v_sd2d'    ,   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    544    sn_wn       = 'sdw_wave',        1          , 'wave_num'  ,   .true.    , .false., 'daily'   ,    ''      , ''       , '' 
    545 ! 
    546    cn_dir_cdg  = './'      !  root directory for the location of drag coefficient files 
    547    ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model 
    548    ln_sdw      = .false.   !  Computation of 3D stokes drift                
     451!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable     ! time interp. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     452!              !             !  (if <0  months)  !   name       !   (logical)  !  (T/F)  ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     453   sn_cdg      =  'sdw_wave' ,        1          , 'drag_coeff' ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     454   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     455   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     456   sn_hsw      =  'sdw_wave' ,        1          , 'hs'         ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     457   sn_wmp      =  'sdw_wave' ,        1          , 'wmp'        ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     458   sn_wnum     =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     459   sn_tauoc    =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_stress',     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     460! 
     461   cn_dir  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 
    549462/ 
    550463!----------------------------------------------------------------------- 
    551464&namberg       !   iceberg parameters                                   (default: No iceberg) 
    552465!----------------------------------------------------------------------- 
    553       ln_icebergs              = .false.              ! iceberg floats or not 
    554       ln_bergdia               = .true.               ! Calculate budgets 
    555       nn_verbose_level         = 1                    ! Turn on more verbose output if level > 0 
    556       nn_verbose_write         = 15                   ! Timesteps between verbose messages 
    557       nn_sample_rate           = 1                    ! Timesteps between sampling for trajectory storage 
    558                                                       ! Initial mass required for an iceberg of each class 
    559       rn_initial_mass          = 8.8e7, 4.1e8, 3.3e9, 1.8e10, 3.8e10, 7.5e10, 1.2e11, 2.2e11, 3.9e11, 7.4e11 
    560                                                       ! Proportion of calving mass to apportion to each class 
    561       rn_distribution          = 0.24, 0.12, 0.15, 0.18, 0.12, 0.07, 0.03, 0.03, 0.03, 0.02 
    562                                                       ! Ratio between effective and real iceberg mass (non-dim) 
    563                                                       ! i.e. number of icebergs represented at a point 
    564       rn_mass_scaling          = 2000, 200, 50, 20, 10, 5, 2, 1, 1, 1 
    565                                                       ! thickness of newly calved bergs (m) 
    566       rn_initial_thickness     = 40., 67., 133., 175., 250., 250., 250., 250., 250., 250. 
    567       rn_rho_bergs             = 850.                 ! Density of icebergs 
    568       rn_LoW_ratio             = 1.5                  ! Initial ratio L/W for newly calved icebergs 
    569       ln_operator_splitting    = .true.               ! Use first order operator splitting for thermodynamics 
    570       rn_bits_erosion_fraction = 0.                   ! Fraction of erosion melt flux to divert to bergy bits 
    571       rn_sicn_shift            = 0.                   ! Shift of sea-ice concn in erosion flux (0<sicn_shift<1) 
    572       ln_passive_mode          = .false.              ! iceberg - ocean decoupling 
    573       nn_test_icebergs         =  10                  ! Create test icebergs of this class (-1 = no) 
    574                                                       ! Put a test iceberg at each gridpoint in box (lon1,lon2,lat1,lat2) 
    575       rn_test_box              = 108.0,  116.0, -66.0, -58.0 
    576       rn_speed_limit           = 0.                   ! CFL speed limit for a berg 
    577  
    578 !            ! file name ! frequency (hours) !   variable   ! time interp.!  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    579 !            !           !  (if <0  months)  !     name     !  (logical)  !  (T/F ) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    580       sn_icb =  'calving',       -1          , 'calvingmask',   .true.    , .true.  , 'yearly'  ,    ''    ,    ''    ,    '' 
    581  
    582       cn_dir = './' 
     466   ln_icebergs              = .false.              ! iceberg floats or not 
     467   ln_bergdia               = .true.               ! Calculate budgets 
     468   nn_verbose_level         = 1                    ! Turn on more verbose output if level > 0 
     469   nn_verbose_write         = 15                   ! Timesteps between verbose messages 
     470   nn_sample_rate           = 1                    ! Timesteps between sampling for trajectory storage 
     471                                                   ! Initial mass required for an iceberg of each class 
     472   rn_initial_mass          = 8.8e7, 4.1e8, 3.3e9, 1.8e10, 3.8e10, 7.5e10, 1.2e11, 2.2e11, 3.9e11, 7.4e11 
     473                                                   ! Proportion of calving mass to apportion to each class 
     474   rn_distribution          = 0.24, 0.12, 0.15, 0.18, 0.12, 0.07, 0.03, 0.03, 0.03, 0.02 
     475                                                   ! Ratio between effective and real iceberg mass (non-dim) 
     476                                                   ! i.e. number of icebergs represented at a point 
     477   rn_mass_scaling          = 2000, 200, 50, 20, 10, 5, 2, 1, 1, 1 
     478                                                   ! thickness of newly calved bergs (m) 
     479   rn_initial_thickness     = 40., 67., 133., 175., 250., 250., 250., 250., 250., 250. 
     480   rn_rho_bergs             = 850.                 ! Density of icebergs 
     481   rn_LoW_ratio             = 1.5                  ! Initial ratio L/W for newly calved icebergs 
     482   ln_operator_splitting    = .true.               ! Use first order operator splitting for thermodynamics 
     483   rn_bits_erosion_fraction = 0.                   ! Fraction of erosion melt flux to divert to bergy bits 
     484   rn_sicn_shift            = 0.                   ! Shift of sea-ice concn in erosion flux (0<sicn_shift<1) 
     485   ln_passive_mode          = .false.              ! iceberg - ocean decoupling 
     486   nn_test_icebergs         =  10                  ! Create test icebergs of this class (-1 = no) 
     487                                                   ! Put a test iceberg at each gridpoint in box (lon1,lon2,lat1,lat2) 
     488   rn_test_box              = 108.0,  116.0, -66.0, -58.0 
     489   rn_speed_limit           = 0.                   ! CFL speed limit for a berg 
     490 
     491!         ! file name ! frequency (hours) !   variable   ! time interp. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     492!         !           !  (if <0  months)  !     name     !   (logical)  !  (T/F ) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     493   sn_icb =  'calving',       -1          , 'calvingmask',  .true.      , .true.  , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     494 
     495   cn_dir = './' 
    583496/ 
    584497 
    … …  
    589502!!   namagrif      agrif nested grid ( read by child model only )       ("key_agrif") 
    590503!!   nam_tide      Tidal forcing  
    591 !!   nambdy        Unstructured open boundaries                         ("key_bdy") 
    592 !!   nambdy_dta    Unstructured open boundaries - external data         ("key_bdy") 
    593 !!   nambdy_tide   tidal forcing at open boundaries                     ("key_bdy_tides") 
     504!!   nambdy        Unstructured open boundaries                          
     505!!   nambdy_dta    Unstructured open boundaries - external data          
     506!!   nambdy_tide   tidal forcing at open boundaries                      
    594507!!====================================================================== 
    595508! 
    … …  
    611524/ 
    612525!----------------------------------------------------------------------- 
    613 &nam_tide      !   tide parameters                                      ("key_tide") 
    614 !----------------------------------------------------------------------- 
     526&nam_tide      !   tide parameters 
     527!----------------------------------------------------------------------- 
     528   ln_tide     = .false. 
    615529   ln_tide_pot = .true.    !  use tidal potential forcing 
    616530   ln_tide_ramp= .false.   ! 
    … …  
    619533/ 
    620534!----------------------------------------------------------------------- 
    621 &nambdy        !  unstructured open boundaries                          ("key_bdy") 
    622 !----------------------------------------------------------------------- 
     535&nambdy        !  unstructured open boundaries                           
     536!----------------------------------------------------------------------- 
     537    ln_bdy         = .false.              !  Use unstructured open boundaries 
    623538    nb_bdy         = 0                    !  number of open boundary sets 
    624539    ln_coords_file = .true.               !  =T : read bdy coordinates from file 
    … …  
    651566    ln_vol        = .false.               !  total volume correction (see nn_volctl parameter) 
    652567    nn_volctl     = 1                     !  = 0, the total water flux across open boundaries is zero 
    653 / 
    654 !----------------------------------------------------------------------- 
    655 &nambdy_dta    !  open boundaries - external data                       ("key_bdy") 
     568    nb_jpk_bdy    = -1                    ! number of levels in the bdy data (set < 0 if consistent with planned run) 
     569/ 
     570!----------------------------------------------------------------------- 
     571&nambdy_dta    !  open boundaries - external data                        
    656572!----------------------------------------------------------------------- 
    657573!              !  file name      ! frequency (hours) ! variable  ! time interp.!  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    … …  
    758674   !                     ! S-EOS coefficients (ln_seos=T): 
    759675   !                             !  rd(T,S,Z)*rau0 = -a0*(1+.5*lambda*dT+mu*Z+nu*dS)*dT+b0*dS 
    760    rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient (nn_eos= 1) 
    761    rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient (nn_eos= 1) 
     676   rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient 
     677   rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient 
    762678   rn_lambda1  =  5.9520e-2      !  cabbeling coeff in T^2  (=0 for linear eos) 
    763679   rn_lambda2  =  7.4914e-4      !  cabbeling coeff in S^2  (=0 for linear eos) 
    … …  
    900816!----------------------------------------------------------------------- 
    901817   ln_hpg_zco  = .false.   !  z-coordinate - full steps 
    902    ln_hpg_zps  = .true.    !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
     818   ln_hpg_zps  = .false.   !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    903819   ln_hpg_sco  = .false.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
    904820   ln_hpg_isf  = .false.   !  s-coordinate (sco ) adapted to isf 
    … …  
    940856   !                                !  = 30  F(i,j,k)=c2d*c1d 
    941857   !                                !  = 31  F(i,j,k)=F(grid spacing and local velocity) 
     858   !                                !  = 32  F(i,j,k)=F(local gridscale and deformation rate) 
     859   ! Caution in 20 and 30 cases the coefficient have to be given for a 1 degree grid (~111km) 
    942860   rn_ahm_0      =  40000.     !  horizontal laplacian eddy viscosity   [m2/s] 
    943861   rn_ahm_b      =      0.     !  background eddy viscosity for ldf_iso [m2/s] 
    944862   rn_bhm_0      = 1.e+12      !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s] 
    945    ! 
    946    ! Caution in 20 and 30 cases the coefficient have to be given for a 1 degree grid (~111km) 
     863   !                       !  Smagorinsky settings (nn_ahm_ijk_t  = 32) : 
     864   rn_csmc       = 3.5         !  Smagorinsky constant of proportionality 
     865   rn_minfac     = 1.0         !  multiplier of theorectical lower limit 
     866   rn_maxfac     = 1.0         !  multiplier of theorectical upper limit 
    947867/ 
    948868 
    … …  
    973893   ln_zdfexp   = .false.   !  time-stepping: split-explicit (T) or implicit (F) time stepping 
    974894      nn_zdfexp   =    3        ! number of sub-timestep for ln_zdfexp=T 
     895   ln_zdfqiao  = .false.   !  Enhanced wave vertical mixing Qiao (2010) (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    975896/ 
    976897!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1027948   rn_hsro       =  0.02   !  Minimum surface roughness 
    1028949   rn_frac_hs    =   1.3   !  Fraction of wave height as roughness (if nn_z0_met=2) 
    1029    nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2) 
     950   nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2/3) 
     951   !                             ! =3 requires ln_wave=T 
    1030952   nn_bc_surf    =     1   !  surface condition (0/1=Dir/Neum) 
    1031953   nn_bc_bot     =     1   !  bottom condition (0/1=Dir/Neum) 
    … …  
    1056978   ln_tsdiff   = .true.    !  account for differential T/S mixing (T) or not (F) 
    1057979/ 
    1058  
    1059  
    1060980!!====================================================================== 
    1061981!!                  ***  Miscellaneous namelists  *** 
    1062982!!====================================================================== 
    1063983!!   nammpp            Massively Parallel Processing                    ("key_mpp_mpi) 
    1064 !!   namctl            Control prints & Benchmark 
     984!!   namctl            Control prints  
    1065985!!   namsto            Stochastic parametrization of EOS 
    1066986!!====================================================================== 
    … …  
    1078998/ 
    1079999!----------------------------------------------------------------------- 
    1080 &namctl        !   Control prints & Benchmark 
     1000&namctl        !   Control prints  
    10811001!----------------------------------------------------------------------- 
    10821002   ln_ctl      = .false.   !  trends control print (expensive!) 
    … …  
    10881008   nn_isplt    =    1      !  number of processors in i-direction 
    10891009   nn_jsplt    =    1      !  number of processors in j-direction 
    1090    nn_bench    =    0      !  Bench mode (1/0): CAUTION use zero except for bench 
    1091                            !     (no physical validity of the results) 
    10921010   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
    10931011   nn_diacfl   =    0      !  Write out CFL diagnostics (=1) in cfl_diagnostics.ascii, or not (=0) 
    … …  
    11171035!!   namhsb       Heat and salt budgets                                 (default F) 
    11181036!!   namdiu       Cool skin and warm layer models                       (default F) 
     1037!!   namdiu       Cool skin and warm layer models                       (default F) 
    11191038!!   namflo       float parameters                                      ("key_float") 
    11201039!!   nam_diaharm  Harmonic analysis of tidal constituents               ("key_diaharm") 
    … …  
    11591078&namdiu        !   Cool skin and warm layer models                       (default F) 
    11601079!----------------------------------------------------------------------- 
    1161    ln_diurnal      = .false.   !  
     1080   ln_diurnal      = .false.   ! 
    11621081   ln_diurnal_only = .false.   ! 
    11631082/ 
    … …  
    11961115!----------------------------------------------------------------------- 
    11971116&nam_diatmb    !  Top Middle Bottom Output                               (default F) 
     1117!----------------------------------------------------------------------- 
     1118   ln_diatmb   = .false.   !  Choose Top Middle and Bottom output or not 
     1119/ 
     1120!----------------------------------------------------------------------- 
     1121&nam_dia25h    !  25h Mean Output                                        (default F) 
     1122!----------------------------------------------------------------------- 
     1123   ln_dia25h   = .false.   ! Choose 25h mean output or not 
     1124/ 
     1125!----------------------------------------------------------------------- 
     1126&namnc4        !   netcdf4 chunking and compression settings            ("key_netcdf4") 
    11981127!----------------------------------------------------------------------- 
    11991128   ln_diatmb   = .false.   !  Choose Top Middle and Bottom output or not 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_ref

    r6403 r7646  
    88!!               - tracer newtonian damping              (namtrc_dmp) 
    99!!               - dynamical tracer trends               (namtrc_trd) 
    10 !!               - tracer output diagonstics             (namtrc_dia) 
    1110!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    1211!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1413!----------------------------------------------------------------------- 
    1514   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers 
    16    nn_writetrc   =  5475     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    1715   ln_top_euler  = .false.   !  use Euler time-stepping for TOP 
    1816   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    … …  
    2826&namtrc          !   tracers definition 
    2927!----------------------------------------------------------------------- 
    30    ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     28   jp_bgc        =  0           !  Number of passive tracers of the BGC model 
     29! 
     30   ln_pisces     =  .false.     !  Run PISCES BGC model  
     31   ln_my_trc     =  .false.     !  Run MY_TRC BGC model 
     32   ln_age        =  .false.     !  Run the sea water age tracer 
     33   ln_cfc11      =  .false.     !  Run the CFC11 passive tracer 
     34   ln_cfc12      =  .false.     !  Run the CFC12 passive tracer 
     35   ln_sf6        =  .false.     !  Run the SF6 passive tracer 
     36   ln_c14        =  .false.     !  Run the Radiocarbon passive tracer 
     37! 
     38   ln_trcdta     =  .false.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    3139   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    3240   ln_trcdmp_clo =  .false.  !  damping term (T) or not (F) on closed seas 
     41! 
     42   jp_dia3d      = 0         ! Number of 3D diagnostic variables 
     43   jp_dia2d      = 0         ! Number of 2D diagnostic variables 
     44!                !           !                                         !            !                               ! 
     45!                !    name   !           title of the field            !   units    ! initial data from file or not !  
     46!  sn_tracer(1)  = 'tracer  ' , 'Tracer  Concentration                 ',   ' - '    ,           .false. 
     47/ 
     48!----------------------------------------------------------------------- 
     49&namage         !   AGE  
     50!----------------------------------------------------------------------- 
     51   rn_age_depth      = 10            ! depth over which age tracer reset to zero 
     52   rn_age_kill_rate  = -0.000138888  !  = -1/7200 recip of relaxation timescale (s) for  age tracer shallower than age_depth 
    3353/ 
    3454!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    3656!----------------------------------------------------------------------- 
    3757   cn_dir        =  './'     !  root directory for the location of the data files 
     58!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     59!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     60   sn_trcdta(1)  = 'data_TRC_nomask'        ,        -12        ,  'TRC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
    3861/ 
    3962!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    111134   ln_trdtrc(23) = .true. 
    112135/ 
    113 !----------------------------------------------------------------------- 
    114 &namtrc_dia      !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
    115 !---------------------------------------------------------------------- 
    116    ln_diatrc     =  .true.   !  save additional diag. (T) or not (F) 
    117    ln_diabio     =  .true.   !  output biological trends 
    118    nn_writedia   =  5475     !  time step frequency for diagnostics 
    119    nn_writebio   =    10     !  frequency of biological outputs 
    120 / 
    121136!---------------------------------------------------------------------- 
    122137&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    … …  
    125140   cn_dir_cbc    =  './'     !  root directory for the location of COASTAL data files 
    126141   cn_dir_obc    =  './'     !  root directory for the location of OPEN data files 
     142   ln_rnf_ctl    = .false.   !  Remove runoff dilution on tracers with absent river load 
     143   rn_bc_time    =  86400.   !  Time scaling factor for SBC and CBC data (seconds in a day) 
    127144/ 
    128145!---------------------------------------------------------------------- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.