Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (4 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge —reintegrate svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

Location:
trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trd_oce.F90

    r6140 r7646  
    3333# endif 
    3434   !                                                  !!!* Active tracers trends indexes 
    35    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptot_tra  = 14     !: Total trend nb: change it when adding/removing one indice below 
     35   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptot_tra  = 20     !: Total trend nb: change it when adding/removing one indice below 
    3636   !                               ===============     !   
    3737   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_xad  =  1     !: x- horizontal advection 
     
    3939   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_zad  =  3     !: z- vertical   advection 
    4040   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_sad  =  4     !: z- vertical   advection 
    41    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_ldf  =  5     !: lateral       diffusion 
    42    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_zdf  =  6     !: vertical      diffusion 
    43    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_zdfp =  7     !: "PURE" vert.  diffusion (ln_traldf_iso=T) 
    44    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_bbc  =  8     !: Bottom Boundary Condition (geoth. heating)  
    45    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_bbl  =  9     !: Bottom Boundary Layer (diffusive and/or advective) 
    46    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_npc  = 10     !: non-penetrative convection treatment 
    47    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_dmp  = 11     !: internal restoring (damping) 
    48    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_qsr  = 12     !: penetrative solar radiation 
    49    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_nsr  = 13     !: non solar radiation / C/D on salinity  (+runoff if ln_rnf=T) 
    50    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_atf  = 14     !: Asselin time filter 
     41   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_totad  =  5   !: total         advection 
     42   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_ldf  =  6     !: lateral       diffusion 
     43   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_zdf  =  7     !: vertical      diffusion 
     44   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_zdfp =  8     !: "PURE" vert.  diffusion (ln_traldf_iso=T) 
     45   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_evd  =  9     !: EVD term (convection) 
     46   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_bbc  = 10     !: Bottom Boundary Condition (geoth. heating)  
     47   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_bbl  = 11     !: Bottom Boundary Layer (diffusive and/or advective) 
     48   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_npc  = 12     !: non-penetrative convection treatment 
     49   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_dmp  = 13     !: internal restoring (damping) 
     50   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_qsr  = 14     !: penetrative solar radiation 
     51   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_nsr  = 15     !: non solar radiation / C/D on salinity  (+runoff if ln_rnf=T) 
     52   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_atf  = 16     !: Asselin time filter 
     53   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_tot  = 17     !: Model total trend 
    5154   ! 
    5255   !                                                  !!!* Passive tracers trends indices (use if "key_top" defined) 
    53    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_sms  = 15     !: sources m. sinks 
    54    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_radn = 16     !: corr. trn<0 in trcrad 
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_radb = 17     !: corr. trb<0 in trcrad (like atf) 
     56   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_sms  = 18     !: sources m. sinks 
     57   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_radn = 19     !: corr. trn<0 in trcrad 
     58   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptra_radb = 20     !: corr. trb<0 in trcrad (like atf) 
    5659   ! 
    5760   !                                                  !!!* Momentum trends indices 
    58    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptot_dyn  = 15     !: Total trend nb: change it when adding/removing one indice below 
     61   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptot_dyn  = 13     !: Total trend nb: change it when adding/removing one indice below 
    5962   !                               ===============     !   
    6063   INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdyn_hpg  =  1     !: hydrostatic pressure gradient  
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trdini.F90

    r6140 r7646  
    5757      IF(lwp) THEN                  ! control print 
    5858         WRITE(numout,*) 
    59          WRITE(numout,*) ' trd_init : Momentum/Tracers trends' 
    60          WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~' 
     59         WRITE(numout,*) 'trd_init : Momentum/Tracers trends' 
     60         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~' 
    6161         WRITE(numout,*) '   Namelist namtrd : set trends parameters' 
    6262         WRITE(numout,*) '      global domain averaged dyn & tra trends   ln_glo_trd  = ', ln_glo_trd 
     
    9090!!gm end 
    9191      ! 
    92       IF( .NOT.ln_linssh .AND. ( l_trdtra .OR. l_trddyn ) )  CALL ctl_stop( 'trend diagnostics with variable volume not validated' ) 
     92!      IF( .NOT.ln_linssh .AND. ( l_trdtra .OR. l_trddyn ) )  CALL ctl_stop( 'trend diagnostics with variable volume not validated' ) 
    9393       
    9494!!gm  : Potential BUG : 3D output only for vector invariant form!  add a ctl_stop or code the flux form case 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trdken.F90

    r6140 r7646  
    2828   USE lib_mpp        ! MPP library 
    2929   USE wrk_nemo       ! Memory allocation 
     30   USE ldfslp         ! Isopycnal slopes 
    3031 
    3132   IMPLICIT NONE 
     
    180181!                              CALL iom_put( "ketrd_bfri", zke2d ) 
    181182!         ENDIF 
    182          CASE( jpdyn_ken )   ;                                          ! kinetic energy 
    183                                  ! called in dynnxt.F90 before asselin time filter with putrd=ua and pvtrd=va 
    184                                  zke(:,:,:) = 0.5_wp * zke(:,:,:) 
    185                                  CALL iom_put( "KE", zke ) 
    186                                  ! 
    187                                  CALL ken_p2k( kt , zke ) 
    188                                  CALL iom_put( "ketrd_convP2K", zke )     ! conversion -rau*g*w 
     183        CASE( jpdyn_ken )   ;   ! kinetic energy 
     184                    ! called in dynnxt.F90 before asselin time filter 
     185                    ! with putrd=ua and pvtrd=va 
     186                    zke(:,:,:) = 0.5_wp * zke(:,:,:) 
     187                    CALL iom_put( "KE", zke ) 
     188                    ! 
     189                    CALL ken_p2k( kt , zke ) 
     190                      CALL iom_put( "ketrd_convP2K", zke )     ! conversion -rau*g*w 
    189191         ! 
    190192      END SELECT 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trdtra.F90

    r6140 r7646  
    3939 
    4040   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   trdtx, trdty, trdt   ! use to store the temperature trends 
     41   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   avt_evd  ! store avt_evd to calculate EVD trend 
    4142 
    4243   !! * Substitutions 
     
    5455      !!                  ***  FUNCTION trd_tra_alloc  *** 
    5556      !!--------------------------------------------------------------------- 
    56       ALLOCATE( trdtx(jpi,jpj,jpk) , trdty(jpi,jpj,jpk) , trdt(jpi,jpj,jpk) , STAT= trd_tra_alloc ) 
     57      ALLOCATE( trdtx(jpi,jpj,jpk) , trdty(jpi,jpj,jpk) , trdt(jpi,jpj,jpk) , avt_evd(jpi,jpj,jpk), STAT= trd_tra_alloc ) 
    5758      ! 
    5859      IF( lk_mpp             )   CALL mpp_sum ( trd_tra_alloc ) 
     
    127128            zwt(:,:,jpk) = 0._wp   ;   zws(:,:,jpk) = 0._wp 
    128129            DO jk = 2, jpk 
    129                zwt(:,:,jk) =   avt(:,:,jk) * ( tsa(:,:,jk-1,jp_tem) - tsa(:,:,jk,jp_tem) ) / e3w_n(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     130               zwt(:,:,jk) = avt(:,:,jk) * ( tsa(:,:,jk-1,jp_tem) - tsa(:,:,jk,jp_tem) ) / e3w_n(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
    130131               zws(:,:,jk) = fsavs(:,:,jk) * ( tsa(:,:,jk-1,jp_sal) - tsa(:,:,jk,jp_sal) ) / e3w_n(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
    131132            END DO 
     
    137138            END DO 
    138139            CALL trd_tra_mng( ztrdt, ztrds, jptra_zdfp, kt )   
     140            ! 
     141            !                         ! Also calculate EVD trend at this point.  
     142            zwt(:,:,:) = 0._wp   ;   zws(:,:,:) = 0._wp            ! vertical diffusive fluxes 
     143            DO jk = 2, jpk 
     144               zwt(:,:,jk) = avt_evd(:,:,jk) * ( tsa(:,:,jk-1,jp_tem) - tsa(:,:,jk,jp_tem) ) / e3w_n(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     145               zws(:,:,jk) = avt_evd(:,:,jk) * ( tsa(:,:,jk-1,jp_sal) - tsa(:,:,jk,jp_sal) ) / e3w_n(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     146            END DO 
     147            ! 
     148            ztrdt(:,:,jpk) = 0._wp   ;   ztrds(:,:,jpk) = 0._wp 
     149            DO jk = 1, jpkm1 
     150               ztrdt(:,:,jk) = ( zwt(:,:,jk) - zwt(:,:,jk+1) ) / e3t_n(:,:,jk) 
     151               ztrds(:,:,jk) = ( zws(:,:,jk) - zws(:,:,jk+1) ) / e3t_n(:,:,jk)  
     152            END DO 
     153            CALL trd_tra_mng( ztrdt, ztrds, jptra_evd, kt )   
    139154            ! 
    140155            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zwt, zws, ztrdt ) 
     
    311326                                  CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, z2dx, z2dy ) 
    312327                               ENDIF 
     328      CASE( jptra_totad  ) ;   CALL iom_put( "ttrd_totad" , ptrdx )      ! total   advection 
     329                               CALL iom_put( "strd_totad" , ptrdy ) 
    313330      CASE( jptra_ldf  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_ldf" , ptrdx )        ! lateral diffusion 
    314331                               CALL iom_put( "strd_ldf" , ptrdy ) 
     
    317334      CASE( jptra_zdfp )   ;   CALL iom_put( "ttrd_zdfp", ptrdx )        ! PURE vertical diffusion (no isoneutral contribution) 
    318335                               CALL iom_put( "strd_zdfp", ptrdy ) 
     336      CASE( jptra_evd )    ;   CALL iom_put( "ttrd_evd", ptrdx )         ! EVD trend (convection) 
     337                               CALL iom_put( "strd_evd", ptrdy ) 
    319338      CASE( jptra_dmp  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_dmp" , ptrdx )        ! internal restoring (damping) 
    320339                               CALL iom_put( "strd_dmp" , ptrdy ) 
     
    323342      CASE( jptra_npc  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_npc" , ptrdx )        ! static instability mixing 
    324343                               CALL iom_put( "strd_npc" , ptrdy ) 
    325       CASE( jptra_nsr  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_qns" , ptrdx )        ! surface forcing + runoff (ln_rnf=T) 
    326                                CALL iom_put( "strd_cdt" , ptrdy ) 
     344      CASE( jptra_nsr  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_qns" , ptrdx(:,:,1) )        ! surface forcing + runoff (ln_rnf=T) 
     345                               CALL iom_put( "strd_cdt" , ptrdy(:,:,1) )        ! output as 2D surface fields 
    327346      CASE( jptra_qsr  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_qsr" , ptrdx )        ! penetrative solar radiat. (only on temperature) 
    328347      CASE( jptra_bbc  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_bbc" , ptrdx )        ! geothermal heating   (only on temperature) 
    329348      CASE( jptra_atf  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_atf" , ptrdx )        ! asselin time Filter 
    330349                               CALL iom_put( "strd_atf" , ptrdy ) 
     350      CASE( jptra_tot  )   ;   CALL iom_put( "ttrd_tot" , ptrdx )        ! model total trend 
     351                               CALL iom_put( "strd_tot" , ptrdy ) 
    331352      END SELECT 
    332353      ! 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.