New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7646 for trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/par_pisces.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (7 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge --reintegrate ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/par_pisces.F90

    r5385 r7646  
    1313   IMPLICIT NONE 
    1414 
    15 #if defined key_pisces_reduced 
    16    !!--------------------------------------------------------------------- 
    17    !!   'key_pisces_reduced'   :                                LOBSTER bio-model 
    18    !!--------------------------------------------------------------------- 
    19    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .TRUE.  !: PISCES flag  
    20    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .FALSE. !: p4z flag  
    21    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     =  6      !: number of passive tracers 
    22    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_2d  =  19     !: additional 2d output  
    23    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_3d  =   3     !: additional 3d output  
    24    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_trd =   17    !: number of sms trends for PISCES 
     15   ! productive layer depth 
     16   INTEGER, PUBLIC ::   jpkb       !: first vertical layers where biology is active 
     17   INTEGER, PUBLIC ::   jpkbm1     !: first vertical layers where biology is active 
    2518 
    2619   ! assign an index in trc arrays for each LOBSTER prognostic variables 
    27    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdet     =  1        !: detritus                    [mmoleN/m3] 
    28    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo     =  2        !: zooplancton concentration   [mmoleN/m3] 
    29    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy     =  3        !: phytoplancton concentration [mmoleN/m3] 
    30    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3     =  4        !: nitrate concentration       [mmoleN/m3] 
    31    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4     =  5        !: ammonium concentration      [mmoleN/m3] 
    32    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdom     =  6        !: dissolved organic matter    [mmoleN/m3] 
     20   INTEGER, PUBLIC ::   jpdet     !: detritus                    
     21   INTEGER, PUBLIC ::   jpdom     !: dissolved organic matter  
     22   INTEGER, PUBLIC ::   jpdic     !: dissolved inoganic carbon concentration  
     23   INTEGER, PUBLIC ::   jptal     !: total alkalinity  
     24   INTEGER, PUBLIC ::   jpoxy     !: oxygen carbon concentration  
     25   INTEGER, PUBLIC ::   jpcal     !: calcite  concentration  
     26   INTEGER, PUBLIC ::   jppo4     !: phosphate concentration  
     27   INTEGER, PUBLIC ::   jppoc     !: small particulate organic phosphate concentration 
     28   INTEGER, PUBLIC ::   jpsil     !: silicate concentration 
     29   INTEGER, PUBLIC ::   jpphy     !: phytoplancton concentration  
     30   INTEGER, PUBLIC ::   jpzoo     !: zooplancton concentration 
     31   INTEGER, PUBLIC ::   jpdoc     !: dissolved organic carbon concentration  
     32   INTEGER, PUBLIC ::   jpdia     !: Diatoms Concentration 
     33   INTEGER, PUBLIC ::   jpmes     !: Mesozooplankton Concentration 
     34   INTEGER, PUBLIC ::   jpdsi     !: Diatoms Silicate Concentration 
     35   INTEGER, PUBLIC ::   jpfer     !: Iron Concentration 
     36   INTEGER, PUBLIC ::   jpbfe     !: Big iron particles Concentration 
     37   INTEGER, PUBLIC ::   jpgoc     !: big particulate organic phosphate concentration 
     38   INTEGER, PUBLIC ::   jpsfe     !: Small iron particles Concentration 
     39   INTEGER, PUBLIC ::   jpdfe     !: Diatoms iron Concentration 
     40   INTEGER, PUBLIC ::   jpgsi     !: (big) Silicate Concentration 
     41   INTEGER, PUBLIC ::   jpnfe     !: Nano iron Concentration 
     42   INTEGER, PUBLIC ::   jpnch     !: Nano Chlorophyll Concentration 
     43   INTEGER, PUBLIC ::   jpdch     !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
     44   INTEGER, PUBLIC ::   jpno3     !: Nitrates Concentration 
     45   INTEGER, PUBLIC ::   jpnh4     !: Ammonium Concentration 
     46   INTEGER, PUBLIC ::   jpdon     !: dissolved organic nitrogen concentration 
     47   INTEGER, PUBLIC ::   jpdop     !: dissolved organic phosphorus concentration 
     48   INTEGER, PUBLIC ::   jppon     !: small particulate organic nitrogen concentration 
     49   INTEGER, PUBLIC ::   jppop     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     50   INTEGER, PUBLIC ::   jpnph     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     51   INTEGER, PUBLIC ::   jppph     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     52   INTEGER, PUBLIC ::   jpndi     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     53   INTEGER, PUBLIC ::   jppdi     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     54   INTEGER, PUBLIC ::   jppic     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     55   INTEGER, PUBLIC ::   jpnpi     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     56   INTEGER, PUBLIC ::   jpppi     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     57   INTEGER, PUBLIC ::   jppfe     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     58   INTEGER, PUBLIC ::   jppch     !: small particulate organic phosphorus concentration 
     59   INTEGER, PUBLIC ::   jpgon     !: Big nitrogen particles Concentration 
     60   INTEGER, PUBLIC ::   jpgop     !: Big phosphorus particles Concentration 
     61   INTEGER, PUBLIC ::   jplgw     !: Weak Ligands 
     62   INTEGER, PUBLIC ::   jpfep     !: Fe nanoparticle 
    3363 
    34    ! productive layer depth 
    35    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpkb      = 12        !: first vertical layers where biology is active 
    36    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpkbm1    = jpkb - 1  !: first vertical layers where biology is active 
    37  
    38 #elif defined key_pisces  &&  defined key_kriest 
    39    !!--------------------------------------------------------------------- 
    40    !!   'key_pisces' & 'key_kriest'                 PISCES bio-model + ??? 
    41    !!--------------------------------------------------------------------- 
    42    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .TRUE.  !: PISCES flag  
    43    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .TRUE. !: p4z flag  
    44    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_kriest     = .TRUE.  !: Kriest flag  
    45    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     =  23     !: number of passive tracers 
    46    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_2d  =  13     !: additional 2d output  
    47    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_3d  =  18     !: additional 3d output  
    48    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_trd =   1     !: number of sms trends for PISCES 
    49  
    50    ! assign an index in trc arrays for each LOBSTER prognostic variables 
    51    !    WARNING: be carefull about the order when reading the restart 
    52         !   !!gm  this warning should be obsolet with IOM 
    53    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdic =  1    !: dissolved inoganic carbon concentration  
    54    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptal =  2    !: total alkalinity  
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpoxy =  3    !: oxygen carbon concentration  
    56    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpcal =  4    !: calcite  concentration  
    57    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppo4 =  5    !: phosphate concentration  
    58    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppoc =  6    !: small particulate organic phosphate concentration 
    59    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsil =  7    !: silicate concentration 
    60    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy =  8    !: phytoplancton concentration  
    61    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo =  9    !: zooplancton concentration 
    62    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdoc = 10    !: dissolved organic carbon concentration  
    63    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = 11    !: Diatoms Concentration 
    64    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = 12    !: Mesozooplankton Concentration 
    65    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = 13    !: Diatoms Silicate Concentration 
    66    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = 14    !: Iron Concentration 
    67    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnum = 15    !: Big iron particles Concentration 
    68    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = 16    !: number of particulate organic phosphate concentration 
    69    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = 17    !: Diatoms iron Concentration 
    70    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = 18    !: (big) Silicate Concentration 
    71    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = 19    !: Nano iron Concentration 
    72    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = 20    !: Nano Chlorophyll Concentration 
    73    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdch = 21    !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
    74    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3 = 22    !: Nitrates Concentration 
    75    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4 = 23    !: Ammonium Concentration 
    76  
    77 #elif defined key_pisces 
    78    !!--------------------------------------------------------------------- 
    79    !!   'key_pisces'   :                         standard PISCES bio-model 
    80    !!--------------------------------------------------------------------- 
    81    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .TRUE.  !: PISCES flag  
    82    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .TRUE.  !: p4z flag  
    83    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_kriest     = .FALSE. !: Kriest flag  
    84    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     = 24      !: number of PISCES passive tracers 
    85    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_2d  = 13      !: additional 2d output  
    86    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_3d  = 11      !: additional 3d output  
    87    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_trd =  1      !: number of sms trends for PISCES 
    88  
    89    ! assign an index in trc arrays for each LOBSTER prognostic variables 
    90    !    WARNING: be carefull about the order when reading the restart 
    91         !   !!gm  this warning should be obsolet with IOM 
    92    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdic =  1    !: dissolved inoganic carbon concentration  
    93    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jptal =  2    !: total alkalinity  
    94    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpoxy =  3    !: oxygen carbon concentration  
    95    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpcal =  4    !: calcite  concentration  
    96    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppo4 =  5    !: phosphate concentration  
    97    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jppoc =  6    !: small particulate organic phosphate concentration 
    98    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsil =  7    !: silicate concentration 
    99    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpphy =  8    !: phytoplancton concentration  
    100    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpzoo =  9    !: zooplancton concentration 
    101    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdoc = 10    !: dissolved organic carbon concentration  
    102    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdia = 11    !: Diatoms Concentration 
    103    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmes = 12    !: Mesozooplankton Concentration 
    104    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdsi = 13    !: Diatoms Silicate Concentration 
    105    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpfer = 14    !: Iron Concentration 
    106    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpbfe = 15    !: Big iron particles Concentration 
    107    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgoc = 16    !: big particulate organic phosphate concentration 
    108    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpsfe = 17    !: Small iron particles Concentration 
    109    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdfe = 18    !: Diatoms iron Concentration 
    110    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpgsi = 19    !: (big) Silicate Concentration 
    111    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnfe = 20    !: Nano iron Concentration 
    112    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnch = 21    !: Nano Chlorophyll Concentration 
    113    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpdch = 22    !: Diatoms Chlorophyll Concentration 
    114    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpno3 = 23    !: Nitrates Concentration 
    115    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpnh4 = 24    !: Ammonium Concentration 
    116  
    117 #else 
    11864   !!--------------------------------------------------------------------- 
    11965   !!   Default                                   No CFC geochemical model 
    120    !!--------------------------------------------------------------------- 
    121    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_pisces     = .FALSE.  !: PISCES flag  
    122    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_p4z        = .FALSE.  !: p4z flag  
    123    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces     =  0       !: No CFC tracers 
    124    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_2d  =  0       !: No CFC additional 2d output arrays  
    125    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_3d  =  0       !: No CFC additional 3d output arrays  
    126    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pisces_trd =  0       !: number of sms trends for PISCES 
    127 #endif 
    128  
    12966   ! Starting/ending PISCES do-loop indices (N.B. no PISCES : jpl_pcs < jpf_pcs the do-loop are never done) 
    130    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0     = 1                  !: First index of PISCES tracers 
    131    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1     = jp_pisces          !: Last  index of PISCES tracers 
    132    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_2d  = 1               !: First index of 2D diag 
    133    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_2d  = jp_pisces_2d    !: Last  index of 2D diag 
    134    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_3d  = 1               !: First index of 3D diag 
    135    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_3d  = jp_pisces_3d    !: Last  index of 3d diag 
    136    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs0_trd = 1              !: First index of bio diag 
    137    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_pcs1_trd = jp_pisces_trd  !: Last  index of bio diag 
    138  
     67   INTEGER, PUBLIC  ::   jp_pcs0  !: First index of PISCES tracers 
     68   INTEGER, PUBLIC  ::   jp_pcs1  !: Last  index of PISCES tracers 
    13969 
    14070   !!====================================================================== 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.