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Changeset 7709 for branches/NERC – NEMO

Changeset 7709 for branches/NERC


Ignore:
Timestamp:
2017-02-21T16:46:07+01:00 (7 years ago)
Author:
jpalmier
Message:

JPALM -- 21-02-2017 -- merge the branch with Richard optim branch, and add 2 fixes in trcnam_medusa

Location:
branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM
Files:
3 deleted
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/XIOS2/iodef_medusa_et_al.xml

    r7516 r7709  
    11<!-- GO6.0 version of the XIOS namelist --> 
    2 <!-- XIOS2 version namelist --> 
    3  
     2<!-- XIOS version 2 --> 
    43<?xml version="1.0"?> 
     4 
    55<simulation>  
    66 
    7  <context id="nemo" > 
     7 <context id="nemo"> 
    88     
    99    <!-- $id$ --> 
     
    1515============================================================================================================ 
    1616    --> 
     17    <field_definition src="./field_def_bgc.xml"/> 
    1718    <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    18     <field_definition src="./field_def_bgc.xml"/> 
    1919    <!--  
    2020============================================================================================================ 
     
    2424============================================================================================================ 
    2525    --> 
    26      
    27     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
     26 
     27    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1mo" min_digits="4"> 
    2828     
    2929      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     
    3333      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    3434      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    35       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".FALSE."> <!-- 6h files --> 
    36         <file id="file8" name_suffix="_UK_shelf" description="Forcings for the UK shelf seas model" > 
    37           <field field_ref="toce"         name="votemper"     grid_ref="grid_T_3D_zoom"    operation="instant" standard_name="sea_water_potential_temperature"/>  
    38           <field field_ref="soce"         name="vosaline"     grid_ref="grid_T_3D_zoom"    operation="instant" standard_name="sea_water_salinity"/>    
    39           <field field_ref="ssh"          name="sossheig"     grid_ref="grid_T_2D_zoom"    operation="instant" standard_name="sea_surface_height_above_geoid"/> 
    40           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"     grid_ref="grid_U_3D_zoom"    operation="instant" standard_name="sea_water_x_velocity"/> 
    41           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"     grid_ref="grid_V_3D_zoom"    operation="instant" standard_name="sea_water_y_velocity"/> 
    42           <field field_ref="ubar"         name="ubar"         grid_ref="grid_U_3D_zoom"    operation="instant" standard_name="ocean_barotropic_current_along_i-axis"/> 
    43           <field field_ref="vbar"         name="vbar"         grid_ref="grid_V_3D_zoom"    operation="instant" standard_name="ocean_barotropic_current_along_j-axis"/> 
    44         </file> 
    45       </file_group> 
     35      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    4636      
    4737      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    4838      <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    4939 
    50       <file_group id="10d" output_freq="10d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 10d files -->    
    51      
     40      <file_group id="10d" output_freq="10d" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 10d files --> 
     41      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE.">   <!-- 1m files -->    
     42 
    5243   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    53           <field_group group_ref="SPIN-UP_T" /> 
     44          <field field_ref="e3t"          name="e3t"        standard_name="cell_thickness" /> 
     45          <field field_ref="toce"         name="votemper"        operation="average" freq_op="1mo" > @toce_e3t / @e3t </field> 
     46          <field field_ref="toce"         name="votemper2"       operation="average" freq_op="1mo" > @toce2_e3t / @e3t </field> 
     47          <field field_ref="soce"         name="vosaline"        operation="average" freq_op="1mo" > @soce_e3t / @e3t </field> 
     48          <field field_ref="soce"         name="vosaline2"       operation="average" freq_op="1mo" > @soce2_e3t / @e3t </field> 
     49          <field field_ref="ttrd_totad"   name="opottempadvect"  operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_totad_e3t * 1026.0 * 3991.86795711963 </field> 
     50          <field field_ref="ttrd_iso"     name="opottemppmdiff"  operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_iso_e3t * 1026.0 * 3991.86795711963 </field> 
     51          <field field_ref="ttrd_zdfp"    name="opottempdiff"    operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_zdfp_e3t * 1026.0 * 3991.86795711963 </field> 
     52          <field field_ref="ttrd_evd"     name="ttrd_evd"        operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_evd_e3t / @e3t </field> 
     53          <field field_ref="ttrd_qns"     name="ttrd_qns"        operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_qns_e3t / @e3t_surf </field> 
     54          <field field_ref="ttrd_qsr"     name="rsdoabsorb"      operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_qsr_e3t * 1026.0 * 3991.86795711963 </field> 
     55          <field field_ref="ttrd_bbl"     name="ttrd_bbl"        operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_bbl_e3t / @e3t </field> 
     56          <field field_ref="ttrd_tot"     name="opottemptend"    operation="average" freq_op="1mo" > @ttrd_tot_e3t * 1026.0 * 3991.86795711963 </field> 
     57          <field field_ref="strd_totad"   name="osaltadvect"     operation="average" freq_op="1mo" > @strd_totad_e3t * 1026.0 * 0.001 </field> 
     58          <field field_ref="strd_iso"     name="osaltpmdiff"     operation="average" freq_op="1mo" > @strd_iso_e3t * 1026.0 * 0.001  </field> 
     59          <field field_ref="strd_zdfp"    name="osaltdiff"       operation="average" freq_op="1mo" > @strd_zdfp_e3t * 1026.0 * 0.001  </field> 
     60          <field field_ref="strd_evd"     name="strd_evd"        operation="average" freq_op="1mo" > @strd_evd_e3t / @e3t </field> 
     61          <field field_ref="strd_tot"     name="osalttend"       operation="average" freq_op="1mo" > @strd_tot_e3t * 1026.0 * 0.001 </field> 
     62          <field field_ref="strd_bbl"     name="strd_bbl"        operation="average" freq_op="1mo" > @strd_bbl_e3t / @e3t </field> 
     63     <field field_ref="ssh"          name="sossheig"   standard_name="sea_surface_height_above_geoid"                          /> 
     64          <field field_ref="ssh2"         name="zossq"      standard_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"                /> 
     65     <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"   standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                 /> 
     66     <field field_ref="saltflx"      name="sosafldo"   standard_name="salt_flux_into_sea_water"                                /> 
     67     <field field_ref="qt"           name="sohefldo"   standard_name="surface_downward_heat_flux_in_sea_water"                 /> 
     68     <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"   standard_name="downwelling_photosynthetic_radiative_flux_in_sea_water"               /> 
     69          <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_vertical_tracer_diffusivity"   /> 
     70          <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_theta"      /> 
     71          <field field_ref="mldzint_1"    name="sokaraml"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                             /> 
     72          <field field_ref="mldzint_2"    name="somlddbm"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                             /> 
     73          <field field_ref="ice_cover"    name="soicecov"   standard_name="sea_ice_area_fraction"                                   /> 
     74          <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"   standard_name="wind_speed"                                              />           
     75          <field field_ref="qhcisf"       name="sohflisf"   standard_name="ice_shelf_heat_flux"                                                        /> 
     76          <field field_ref="qlatisf"      name="soqlatisf"  standard_name="ice_shelf_latent_heat_flux"                                                        /> 
     77          <field field_ref="fwfisf"       name="sowflisf"   standard_name="ice_shelf_melting"                                                        /> 
     78          <field field_ref="berg_total_melt"       name="berg_total_melt"          standard_name=""                                 /> 
     79          <field field_ref="berg_total_heat_flux"  name="berg_total_heat_flux"     standard_name=""                                 /> 
     80          <field field_ref="runoffs"       name="sorunoff"    standard_name="water_flux_into_sea_water_from_rivers"                 /> 
     81          <field field_ref="hflx_rain_cea" name="hfrainds"    standard_name="temperature_flux_due_to_rainfall_expressed_as_heat_flux_into_sea_water"/> 
     82          <field field_ref="hflx_evap_cea" name="hfevapds"    standard_name="temperature_flux_due_to_evaporation_expressed_as_heat_flux_out_of_sea_water"/> 
     83          <field field_ref="evap_ao_cea"   name="evap_ao_cea" standard_name="water_evaporation_flux"                                /> 
     84          <field field_ref="rain"          name="pr"          standard_name="rainfall_flux"                                         /> 
     85          <field field_ref="snowpre"       name="snowpre"     standard_name="snowfall_flux"                                         /> 
     86          <field field_ref="snow_ao_cea"   name="snow_ao_cea" standard_name="snowfall_flux_over_ocean"                              /> 
     87          <field field_ref="snow_ai_cea"   name="snow_ai_cea" standard_name="snowfall_flux_over_sea_ice"                            /> 
    5488   </file> 
    5589    
    5690   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    57           <field_group group_ref="SPIN-UP_U" />  
     91          <field field_ref="e3u"          name="e3u"        standard_name="cell_thickness" /> 
     92          <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"     operation="average" freq_op="1mo" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
     93          <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx2"    operation="average" freq_op="1mo" > @uoce2_e3u / @e3u </field> 
     94          <field field_ref="ut"           name="ut"           operation="average" freq_op="1mo" > @ut_e3u / @e3u </field> 
     95          <field field_ref="us"           name="us"           operation="average" freq_op="1mo" > @us_e3u / @e3u </field> 
     96     <field field_ref="utau"         name="sozotaux"   standard_name="surface_downward_x_stress" /> 
    5897   </file> 
    5998    
    6099   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    61           <field_group group_ref="SPIN-UP_V" /> 
    62    </file> 
    63  
     100          <field field_ref="e3v"          name="e3v"        standard_name="cell_thickness" /> 
     101          <field field_ref="voce"         name="vomecrty"     operation="average" freq_op="1mo" > @voce_e3v / @e3v </field> 
     102          <field field_ref="voce"         name="vomecrty2"    operation="average" freq_op="1mo" > @voce2_e3v / @e3v </field> 
     103          <field field_ref="vt"           name="vt"           operation="average" freq_op="1mo" > @vt_e3v / @e3v </field> 
     104          <field field_ref="vs"           name="vs"           operation="average" freq_op="1mo" > @vs_e3v / @e3v </field> 
     105     <field field_ref="vtau"         name="sometauy"   standard_name="surface_downward_y_stress" /> 
     106   </file> 
     107    
    64108   <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    65           <field_group group_ref="SPIN-UP_W" /> 
    66    </file> 
    67     
    68    <file id="file5" name_suffix="_diaptr" description="process diagnostics" > 
    69           <field_group group_ref="SPIN-UP_diaptr" /> 
    70    </file>   
    71     
     109     <field field_ref="woce"         name="vovecrtz"   standard_name="upward_sea_water_velocity"                         /> 
     110          <field field_ref="wt"           name="wt"         standard_name=""                                                  /> 
     111          <field field_ref="ws"           name="ws"         standard_name=""                                                  /> 
     112     <field field_ref="avt"          name="votkeavt"   standard_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"                   /> 
     113          <field field_ref="avm"          name="votkeavm"   standard_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity"               /> 
     114          <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw"   standard_name="vertical_component_of_ocean_xy_tracer_diffusivity" /> 
     115   </file> 
     116         
     117        <file id="file5" name_suffix="_diaptr" description="processed diagnostics" > 
     118     <field field_ref="zomsfglo"     name="zomsfglo"   standard_name="meridional_streamfunction_global"           grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     119          <field field_ref="zotemglo"     name="zotemglo"   standard_name="zonal_mean_temperature_global"              grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     120          <field field_ref="zosrfglo"     name="zosrfglo"   standard_name="zonal_mean_surface_global"                  grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     121     <field field_ref="zosalglo"     name="zosalglo"   standard_name="zonal_mean_salinity_global"                 grid_ref="gznl_T_3D"       />           
     122          <field field_ref="zomsfatl"     name="zomsfatl"   standard_name="meridional_streamfunction_atlantic"         grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     123          <field field_ref="zotematl"     name="zotematl"   standard_name="zonal_mean_temperature_atlantic"            grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     124          <field field_ref="zosrfatl"     name="zosrfatl"   standard_name="zonal_mean_surface_atlantic"                grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     125     <field field_ref="zosalatl"     name="zosalatl"   standard_name="zonal_mean_salinity_atlantic"               grid_ref="gznl_T_3D"       />           
     126          <field field_ref="zomsfpac"     name="zomsfpac"   standard_name="meridional_streamfunction_pacific"          grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     127          <field field_ref="zotempac"     name="zotempac"   standard_name="zonal_mean_temperature_pacific"             grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     128          <field field_ref="zosrfpac"     name="zosrfpac"   standard_name="zonal_mean_surface_pacific"                 grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     129     <field field_ref="zosalpac"     name="zosalpac"   standard_name="zonal_mean_salinity_pacific"                grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     130          <field field_ref="zomsfind"     name="zomsfind"   standard_name="meridional_streamfunction_indian"           grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     131          <field field_ref="zotemind"     name="zotemind"   standard_name="zonal_mean_temperature_indian"              grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     132          <field field_ref="zosrfind"     name="zosrfind"   standard_name="zonal_mean_surface_indian"                  grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     133     <field field_ref="zosalind"     name="zosalind"   standard_name="zonal_mean_salinity_indian"                 grid_ref="gznl_T_3D"       />           
     134          <field field_ref="zomsfipc"     name="zomsfipc"   standard_name="meridional_streamfunction_indian_pacific"   grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     135          <field field_ref="zotemipc"     name="zotemipc"   standard_name="zonal_mean_temperature_indian_pacific"      grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     136          <field field_ref="zosrfipc"     name="zosrfipc"   standard_name="zonal_mean_surface_indian_pacific"          grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     137     <field field_ref="zosalipc"     name="zosalipc"   standard_name="zonal_mean_salinity_indian_pacific"         grid_ref="gznl_T_3D"       />           
     138          <field field_ref="sophtadv"     name="sophtadv"   standard_name="advective_heat_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
     139          <field field_ref="sopstadv"     name="sopstadv"   standard_name="advective_salt_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
     140          <field field_ref="sophtldf"     name="sophtldf"   standard_name="diffusive_heat_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
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     158   </file> 
     159 
    72160        <file id="file6" name_suffix="_ptrc_T" description="Medusa sms variables" > 
    73161          <field_group group_ref="groupMEDUSA" /> 
    74162          <field_group group_ref="groupIDTRA" /> 
    75163          <field_group group_ref="groupCFC" /> 
     164          <field_group group_ref="groupAGE" /> 
    76165        </file> 
    77166 
    78167        <file id="file7" name_suffix="_diad_T" description="Medusa diagnostic variables" > 
    79           <field_group group_ref="groupMEDUSA_dia" />  
    80           <field_group group_ref="groupMEDUSA_3dd" />  
     168          <field_group group_ref="groupMEDUSA_dia" /> 
     169          <field_group group_ref="groupMEDUSA_3dd" /> 
    81170          <field_group group_ref="groupMEDUSA_dms" /> 
    82171          <field_group group_ref="groupIDTRA_dia" /> 
    83172          <field_group group_ref="groupCFC_dia" /> 
    84         </file> 
    85         
    86       </file_group> 
    87        
    88    
    89       <!-- file_group id="1m" output_freq="1mo" split_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE." -->  <!-- 1mo files -->    
    90       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".FALSE.">  <!-- 1mo files -->    
    91  
    92         <file id="file9" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    93           <field_group group_ref="SPIN-UP_T" /> 
    94    </file> 
    95     
    96    <file id="file10" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    97           <field_group group_ref="SPIN-UP_U" /> 
    98    </file> 
    99     
    100    <file id="file11" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    101           <field_group group_ref="SPIN-UP_V" /> 
    102    </file> 
    103     
    104    <file id="file12" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    105           <field_group group_ref="SPIN-UP_W" /> 
    106    </file> 
    107     
    108    <file id="file13" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    109           <field_group group_ref="SPIN-UP_diaptr" /> 
    110    </file> 
    111     
    112         <file id="file14" name_suffix="_ptrc_T" description="Medusa sms variables" > 
    113           <field_group group_ref="groupMEDUSA" /> 
    114           <field_group group_ref="groupIDTRA" /> 
    115           <field_group group_ref="groupCFC" /> 
    116         </file> 
    117  
    118         <file id="file15" name_suffix="_diad_T" description="Medusa diagnostic variables" > 
    119           <field_group group_ref="groupMEDUSA_dia" />  
    120           <field_group group_ref="groupMEDUSA_3dd" />  
    121           <field_group group_ref="groupMEDUSA_dms" /> 
    122           <field_group group_ref="groupIDTRA_dia" /> 
    123           <field_group group_ref="groupCFC_dia" /> 
     173          <field_group group_ref="groupMEDUSA_cmip6" /> 
    124174        </file> 
    125175 
     
    143193============================================================================================================ 
    144194    --> 
    145  
     195     
    146196   <axis_definition> 
    147197      <axis id="deptht" standard_name="depth" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     
    151201      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    152202      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
     203      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"               /> 
     204      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     205      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     206      <axis id="deptht_surface" axis_ref="deptht" > 
     207         <zoom_axis begin=" 1 " n=" 1 " /> 
     208      </axis> 
     209 
    153210   </axis_definition> 
    154211     
    155212   <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    156213    
    157     
    158   <grid_definition> 
     214    <grid_definition> 
    159215        <!--  --> 
    160216       <grid id="grid_T_2D" > 
     
    200256        <!--  --> 
    201257       <grid id="grid_1point" > 
    202          <domain domain_ref="1point"/> 
     258         <domain id="1point"/> 
    203259       </grid> 
    204260        <!--  --> 
     
    209265        <!--  --> 
    210266       <grid id="grid_EqT" > 
    211          <domain domain_ref="EqT" /> 
     267         <domain id="EqT" /> 
    212268       </grid> 
    213269        <!--  --> 
    214270       <grid id="gznl_T_2D"> 
    215          <domain domain_ref="ptr" /> 
     271         <domain id="ptr" /> 
    216272       </grid> 
    217273        <!--  --> 
    218274       <grid id="gznl_T_3D"> 
    219          <domain domain_ref="ptr" /> 
     275         <domain id="ptr" /> 
    220276         <axis id="deptht" /> 
    221277       </grid> 
    222278        <!--  --> 
    223279       <grid id="gznl_W_2D"> 
    224          <domain domain_ref="ptr" /> 
     280         <domain id="ptr" /> 
    225281       </grid> 
    226282        <!--  --> 
    227283       <grid id="gznl_W_3D"> 
    228          <domain domain_ref="ptr" /> 
     284         <domain id="ptr" /> 
    229285         <axis id="depthw" /> 
    230286       </grid> 
    231   </grid_definition>   
     287        <!--  --> 
     288       <grid id="grid_T_surface_extract"> 
     289         <domain domain_ref="grid_T" /> 
     290         <axis   axis_ref="deptht_surface" /> 
     291       </grid> 
     292 
     293    </grid_definition> 
     294  </context> 
     295   
    232296 
    233297  <context id="xios"> 
     
    235299      <variable_definition> 
    236300    
    237      <!--  
    238         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    239 --> 
    240      <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
    241      <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
    242      <variable id="using_oasis"               type="bool">true</variable> 
    243      <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >toyoce</variable> 
     301     <variable id="info_level"            type="int">0</variable> 
     302     <variable id="using_server"          type="bool">false</variable> 
     303     <variable id="using_oasis"           type="bool">true</variable> 
     304     <variable id="oasis_codes_id"        type="string" >toyoce</variable> 
    244305    
    245306      </variable_definition> 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/nemogcm.F90

    r7516 r7709  
    7474#if defined key_top 
    7575   USE trcini          ! passive tracer initialisation 
     76   USE trc, ONLY: numstr  ! tracer stats unit number 
    7677#endif 
    7778   USE lib_mpp         ! distributed memory computing 
     
    596597      IF( numdct_heat     /= -1 )   CLOSE( numdct_heat     )   ! heat transports 
    597598      IF( numdct_salt     /= -1 )   CLOSE( numdct_salt     )   ! salt transports 
     599      IF( numstr          /= -1 )   CLOSE( numstr          )   ! tracer statistics  
    598600 
    599601      ! 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/trcnam_medusa.F90

    r7331 r7709  
    239239!! 
    240240      jliebig     = 0 
     241      jq10        = 0. 
    241242      xnln        = 0. 
    242243      xnld        = 0. 
     
    343344      jdms        = 0 
    344345      jdms_input  = 0 
    345       jdms_input  = 3 
     346      jdms_model  = 0 
    346347             
    347348      !REWIND(numnatm) 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r7703 r7709  
    2626   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numnat_cfg = -1   !: logical unit for the reference passive tracer namelist_top_cfg 
    2727   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numont     = -1   !: logical unit for the reference passive tracer namelist output output.namelist.top 
    28    INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numstr        !: logical unit for tracer statistics 
     28   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numstr     = -1   !: logical unit for tracer statistics 
    2929   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numrtr        !: logical unit for trc restart (read ) 
    3030   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numrtw        !: logical unit for trc restart ( write ) 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcini.F90

    r6715 r7709  
    123123# endif 
    124124 
    125       IF( lwp ) THEN 
     125      IF( ln_ctl ) THEN 
    126126         ! 
    127          CALL ctl_opn( numstr, 'tracer.stat', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, lwp , narea ) 
     127         IF (narea == 1) THEN   
     128            ! The tracer.stat file only contains global tracer sum values, if  
     129            ! it contains anything at all. Hence it only needs to be opened  
     130            ! and written to on the master PE, not on all PEs.   
     131            CALL ctl_opn( numstr, 'tracer.stat', 'REPLACE','FORMATTED',  &  
     132                          'SEQUENTIAL', -1, numout, lwp , narea )  
     133         ENDIF   
    128134         ! 
    129135      ENDIF 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcstp.F90

    r6234 r7709  
    5555      !!              Update the passive tracers 
    5656      !!------------------------------------------------------------------- 
     57 
     58      USE dom_oce, ONLY: narea 
     59 
    5760      INTEGER, INTENT( in ) ::  kt      ! ocean time-step index 
    5861      INTEGER               ::  jk, jn  ! dummy loop indices 
     
    129132      ENDIF 
    130133      ! 
    131       ztrai = 0._wp                                                   !  content of all tracers 
    132       DO jn = 1, jptra 
    133          ztrai = ztrai + glob_sum( trn(:,:,:,jn) * cvol(:,:,:)   ) 
    134       END DO 
    135       IF( lwp ) WRITE(numstr,9300) kt,  ztrai / areatot 
    136 9300  FORMAT(i10,e18.10) 
     134      IF (ln_ctl) THEN  
     135         ! The following code is very expensive since it involves multiple  
     136         ! reproducible global sums over all tracer fields and is potentially   
     137         ! called on every timestep. The results it produces are purely for  
     138         ! informational purposes and do not affect model evolution.  
     139         ! Hence we restrict its use by protecting it with the ln_ctl RTL  
     140         ! which should normally only be used under debugging conditions  
     141         ! and not in operational runs. We also need to restrict output   
     142         ! to the master PE since there's no point duplicating the same results  
     143         ! on all processors.     
     144         ztrai = 0._wp                                                   !  content of all tracers 
     145         DO jn = 1, jptra 
     146            ztrai = ztrai + glob_sum( trn(:,:,:,jn) * cvol(:,:,:)   ) 
     147         END DO 
     148         IF( lwp ) WRITE(numstr,9300) kt,  ztrai / areatot 
     1499300     FORMAT(i10,e18.10) 
     150      ENDIF 
    137151      ! 
    138152      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_stop('trc_stp') 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.