New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7975 for branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_mod.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2017-04-26T16:30:14+02:00 (7 years ago)
Author:
marc
Message:

Removed plankton processes from trcbio_medusa.F90 into extra routines

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_mod.F90

    r7958 r7975  
    2020 
    2121   !! model state variables 
    22    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::    zchn,zchd,zphn,zphd,zpds,zzmi 
    23    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::    zzme,zdet,zdtc,zdin,zsil,zfer 
    24 # if defined key_roam 
    25    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::    zdic, zalk, zoxy 
    26    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::    ztmp, zsal 
     22   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: zchn,zchd,zphn,zphd,zpds,zzmi 
     23   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: zzme,zdet,zdtc,zdin,zsil,zfer 
     24# if defined key_roam 
     25   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: zdic, zalk, zoxy 
     26   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ztmp, zsal 
    2727# endif 
    2828# if defined key_mocsy 
    29    REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::    zpho 
    30 # endif 
    31  
     29   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: zpho 
     30# endif 
     31 
     32   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fthetan,faln,fchn1,fchn 
     33   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fjln,fprn,frn 
     34   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fthetad,fald,fchd1,fchd 
     35   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fjld,fprd,frd 
     36 
     37   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fjlim_pn, fjlim_pd 
     38   !! AXY (03/02/11): add in Liebig terms 
     39   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fpnlim, fpdlim 
     40   !! AXY (16/07/09): add in Eppley curve functionality 
     41   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fun_T,xvpnT,xvpdT 
     42 
     43   !! AXY (16/05/11): per Katya's prompting, add in new T-dependence 
     44   !!                 for phytoplankton growth only (i.e. no change 
     45   !!                 for remineralisation) 
     46   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fun_Q10 
    3247   !! AXY (01/03/10): add in mixed layer PP diagnostics 
    3348   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fprn_ml,fprd_ml 
     49   !! 
     50   !! nutrient limiting factors 
     51   !! N and Fe (renaming ffln to ffln2 to avoid conflict with 
     52   !! ffln in module sms_medusa - marc 25/4/17) 
     53   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fnln,ffln2 
     54   !! N, Fe and Si 
     55   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fnld,ffld,fsld,fsld2 
     56   !! 
     57   !! silicon cycle 
     58   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fsin,fnsi,fprds,fsdiss 
    3459 
    3560   !! Variable for iron-ligand system 
    3661   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: xFree 
     62 
     63   !! Microzooplankton grazing 
     64   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fmi1,fmi,fgmipn,fgmid,fgmidc 
     65   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: finmi,ficmi,fstarmi,fmith 
     66   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fmigrow,fmiexcr,fmiresp 
     67   !! 
     68   !! Mesozooplankton grazing 
     69   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fme1,fme,fgmepn,fgmepd 
     70   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fgmepds,fgmezmi,fgmed,fgmedc 
     71   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: finme,ficme,fstarme,fmeth 
     72   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fmegrow,fmeexcr,fmeresp 
     73   !! 
     74   !! mortality/Remineralisation (defunct parameter "fz" removed) 
     75   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fdpn,fdpd,fdpds,fdzmi,fdzme,fdd 
     76   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fdpn2,fdpd2,fdpds2,fdzmi2,fdzme2 
    3777 
    3878   !! Mortality/Remineralisation 
     
    4484 
    4585   !! Particle flux 
     86   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fdep1,fcaco3 
     87 
    4688   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ffastn,ffastsi,ffastfe 
    4789   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ffastc,ffastca 
     
    67109   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_pn,ftot_pd 
    68110   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_zmi,ftot_zme,ftot_det,ftot_dtc 
     111 
     112   !! diagnose fluxes (should only be used in 1D runs) 
     113   INTEGER                               :: idf, idfval 
    69114 
    70115   !! Nitrogen and silicon production and consumption 
     
    208253               ztmp(jpi,jpj),zsal(jpi,jpj),                           & 
    209254               zpho(jpi,jpj),                                         & 
     255               fthetan(jpi,jpj),faln(jpi,jpj),fchn1(jpi,jpj),         & 
     256               fchn(jpi,jpj),fjln(jpi,jpj),fprn(jpi,jpj),             & 
     257               frn(jpi,jpj),                                          & 
     258               fthetad(jpi,jpj),fald(jpi,jpj),fchd1(jpi,jpj),         & 
     259               fchd(jpi,jpj),fjld(jpi,jpj),fprd(jpi,jpj),             & 
     260               frd(jpi,jpj),                                          & 
     261               fjlim_pn(jpi,jpj), fjlim_pd(jpi,jpj),                  & 
     262               fpnlim(jpi,jpj), fpdlim(jpi,jpj),                      & 
     263               fun_T(jpi,jpj),xvpnT(jpi,jpj),xvpdT(jpi,jpj),          & 
     264               fun_Q10(jpi,jpj),                                      & 
    210265               fprn_ml(jpi,jpj),fprd_ml(jpi,jpj),                     & 
     266               fnln(jpi,jpj),ffln2(jpi,jpj),                          & 
     267               fnld(jpi,jpj),ffld(jpi,jpj),fsld(jpi,jpj),             & 
     268               fsld2(jpi,jpj),                                        & 
     269               fsin(jpi,jpj),fnsi(jpi,jpj),fprds(jpi,jpj),            & 
     270               fsdiss(jpi,jpj),                                       & 
    211271               xFree(jpi,jpj),                                        & 
     272               fmi1(jpi,jpj),fmi(jpi,jpj),fgmipn(jpi,jpj),            & 
     273               fgmid(jpi,jpj),fgmidc(jpi,jpj),                        & 
     274               finmi(jpi,jpj),ficmi(jpi,jpj),fstarmi(jpi,jpj),        & 
     275               fmith(jpi,jpj),fmigrow(jpi,jpj),fmiexcr(jpi,jpj),      & 
     276               fmiresp(jpi,jpj),                                      & 
     277               fme1(jpi,jpj),fme(jpi,jpj),fgmepn(jpi,jpj),            & 
     278               fgmepd(jpi,jpj),fgmepds(jpi,jpj),fgmezmi(jpi,jpj),     & 
     279               fgmed(jpi,jpj),fgmedc(jpi,jpj),                        & 
     280               finme(jpi,jpj),ficme(jpi,jpj),fstarme(jpi,jpj),        & 
     281               fmeth(jpi,jpj),fmegrow(jpi,jpj),fmeexcr(jpi,jpj),      & 
     282               fmeresp(jpi,jpj),                                      & 
     283               fdpn(jpi,jpj),fdpd(jpi,jpj),fdpds(jpi,jpj),            & 
     284               fdzmi(jpi,jpj),fdzme(jpi,jpj),fdd(jpi,jpj),            & 
     285               fdpn2(jpi,jpj),fdpd2(jpi,jpj),fdpds2(jpi,jpj),         & 
     286               fdzmi2(jpi,jpj),fdzme2(jpi,jpj),                       & 
    212287               fslownflux(jpi,jpj),fslowcflux(jpi,jpj),               & 
    213288               fregenfast(jpi,jpj),fregenfastsi(jpi,jpj),             & 
     
    215290               fregenfastc(jpi,jpj),                                  & 
    216291# endif 
     292               fdep1(jpi,jpj),fcaco3(jpi,jpj),                        & 
    217293               ffastn(jpi,jpj),ffastsi(jpi,jpj),ffastfe(jpi,jpj),     & 
    218294               ffastc(jpi,jpj),ffastca(jpi,jpj),                      & 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.