New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7992 – NEMO

Changeset 7992


Ignore:
Timestamp:
2017-05-02T13:21:57+02:00 (7 years ago)
Author:
jwhile
Message:

This version of the code seems to work correctly after some bug fixes

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM
Files:
4 added
19 deleted
17 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r7960 r7992  
    11931193&namobs       !  observation usage switch                               ('key_diaobs') 
    11941194!----------------------------------------------------------------------- 
    1195    ln_t3d     = .false.    ! Logical switch for T profile observations 
    1196    ln_s3d     = .false.    ! Logical switch for S profile observations 
    1197    ln_cor     = .false.    ! Logical switch for Coriolis insitu data set 
    1198    ln_sla     = .false.    ! Logical switch for SLA observations 
    1199    ln_ssh     = .false.    ! Logical switch for SSH observations 
    1200    ln_sst     = .false.    ! Logical switch for SST observations 
    1201    ln_sss     = .false.    ! Logical switch for SSS observations 
    1202    ln_seaice  = .false.    ! Logical switch for Sea Ice observations 
    1203    ln_vel3d   = .false.    ! Logical switch for velocity observations 
    1204    ln_velavcur= .false     ! Logical switch for velocity daily av. cur. 
    1205    ln_velhrcur= .false     ! Logical switch for velocity high freq. cur. 
    1206    ln_velavadcp = .false.  ! Logical switch for velocity daily av. ADCP 
    1207    ln_velhradcp = .false.  ! Logical switch for velocity high freq. ADCP 
    1208    ln_velfb   = .false.    ! Logical switch for feedback velocity data 
    1209    ln_grid_global = .false. ! Global distribtion of observations 
    1210    ln_grid_search_lookup = .false. !  Logical switch for obs grid search w/lookup table 
    1211    grid_search_file = 'grid_search'  !  Grid search lookup file header 
     1195   ln_diaobs  = .false.             ! Logical switch for the observation operator 
     1196   ln_t3d     = .false.             ! Logical switch for T profile observations 
     1197   ln_s3d     = .false.             ! Logical switch for S profile observations 
     1198   ln_sla     = .false.             ! Logical switch for SLA observations 
     1199   ln_sst     = .false.             ! Logical switch for SST observations 
     1200   ln_sic     = .false.             ! Logical switch for Sea Ice observations 
     1201   ln_vel3d   = .false.             ! Logical switch for velocity observations 
     1202   ln_sss     = .false.             ! Logical swithc for SSS observations 
     1203   ln_logchl  = .false.             ! Logical switch for log(Chl) obs 
     1204   ln_spm     = .false.             ! Logical switch for SPM obs 
     1205   ln_fco2    = .false.              
     1206   ln_pco2    = .false. 
     1207   ln_altbias = .false.             ! Logical switch for altimeter bias correction 
     1208   ln_sstbias = .false.             ! Logical switch for SST bias correction 
     1209   ln_nea     = .false.             ! Logical switch for rejection of observations near land 
     1210   ln_grid_global = .true.          ! Logical switch for global distribution of observations 
     1211   ln_grid_search_lookup = .false.  ! Logical switch for obs grid search w/lookup table 
     1212   ln_ignmis  = .true.              ! Logical switch for ignoring missing files 
     1213   ln_s_at_t  = .false.             ! Logical switch for computing model S at T obs if not there 
     1214   ln_sstnight = .false.            ! Logical switch for calculating night-time average for SST obs 
     1215   ln_sla_fp_indegs = .true.        ! Logical: T=> averaging footpring is in degrees, F=> in metres 
     1216   ln_sst_fp_indegs = .true. 
     1217   ln_sss_fp_indegs = .true. 
     1218   ln_sic_fp_indegs = .true. 
    12121219! All of the *files* variables below are arrays. Use namelist_cfg to add more files 
    1213    cn_profbfiles = 'profiles_01.nc' ! Profile feedback input observation file name 
    1214    cn_slafbfiles = 'sla_01.nc' ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file names 
    1215    cn_sstfbfiles = 'sst_01.nc' ! Feedback SST input observation file names 
    1216    cn_sicfbfiles = 'seaice_01.nc' ! Sea Ice input observation file names 
    1217    cn_velfbfiles = 'velfbfile.nc' ! Vel. feedback input observation file name 
    1218    cn_sstbias_files = 'sstbias.nc' 
    1219    rn_dobsini = 20000101.000000  !  Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1220    rn_dobsend = 20010101.000000  !  Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1221    nn_1dint = 0  !               Type of vertical interpolation method 
    1222    nn_2dint = 0  !               Type of horizontal interpolation method 
    1223    ln_nea = .false.   !        Rejection of observations near land switch 
    1224    nn_msshc     = 0     !        MSSH correction scheme 
    1225    rn_mdtcorr = 1.61     !        MDT  correction 
    1226    rn_mdtcutoff = 65.0   !        MDT cutoff for computed correction 
    1227    ln_altbias = .false.    ! Logical switch for alt bias 
    1228    ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files 
    1229    ln_sstbias = .false. 
    1230  
     1220   cn_profbfiles = 'profiles_01.nc'    ! Profile feedback input observation file names 
     1221   cn_slafbfiles = 'sla_01.nc'         ! SLA feedback input observation file names 
     1222   cn_sstfbfiles = 'sst_01.nc'         ! SST feedback input observation file names 
     1223   cn_sicfbfiles = 'sic_01.nc'         ! SIC feedback input observation file names 
     1224   cn_velfbfiles = 'vel_01.nc'         ! Velocity feedback input observation file names 
     1225   cn_sssfbfiles = 'sss_01.nc'         ! SSS feedback input observation file names 
     1226   cn_altbiasfile = 'altbias.nc'       ! Altimeter bias input file name 
     1227   cn_sstbiasfiles = 'sstbias.nc'      ! SST bias input file names 
     1228   cn_gridsearchfile = 'gridsearch.nc' ! Grid search file name 
     1229   rn_gridsearchres = 0.5              ! Grid search resolution 
     1230   rn_sla_avglamscl = 0.               ! E/W diameter of SLA observation footprint (metres/degrees) 
     1231   rn_sla_avgphiscl = 0.               ! N/S diameter of SLA observation footprint (metres/degrees) 
     1232   rn_sst_avglamscl = 0. 
     1233   rn_sst_avgphiscl = 0. 
     1234   rn_sss_avglamscl = 0. 
     1235   rn_sss_avgphiscl = 0. 
     1236   rn_sic_avglamscl = 0. 
     1237   rn_sic_avgphiscl = 0. 
     1238   nn_1dint = 0                        ! Type of vertical interpolation method 
     1239   nn_2dint = 0                        ! Default horizontal interpolation method 
     1240   nn_2dint_sla = 0                    ! Horizontal interpolation method for SLA 
     1241   nn_2dint_sst = 0                    ! Horizontal interpolation method for SST 
     1242   nn_2dint_sss = 0                    ! Horizontal interpolation method for SSS 
     1243   nn_2dint_sic = 0                    ! Horizontal interpolation method for SIC 
     1244   nn_msshc = 0                        ! MSSH correction scheme 
     1245   rn_mdtcorr = 1.61                   ! MDT  correction 
     1246   rn_mdtcutoff = 65.0                 ! MDT cutoff for computed correction 
     1247   nn_profdavtypes = -1                ! Profile daily average types - array 
     1248    
    12311249/ 
    12321250!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/diaobs.F90

    r7960 r7992  
    66   !!====================================================================== 
    77 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   'key_diaobs' : Switch on the observation diagnostic computation 
    108   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119   !!   dia_obs_init : Reading and prepare observations 
    … …  
    1513   !!   fin_date     : Compute the final date YYYYMMDD.HHMMSS 
    1614   !!---------------------------------------------------------------------- 
    17    !! * Modules used    
     15   !! * Modules used 
    1816   USE wrk_nemo                 ! Memory Allocation 
    1917   USE par_kind                 ! Precision variables 
    … …  
    2119   USE par_oce 
    2220   USE dom_oce                  ! Ocean space and time domain variables 
    23    USE obs_fbm, ONLY: ln_cl4    ! Class 4 diagnostic switch 
    24    USE obs_read_prof            ! Reading and allocation of observations (Coriolis) 
    25    USE obs_read_sla             ! Reading and allocation of SLA observations   
    26    USE obs_read_sst             ! Reading and allocation of SST observations   
     21   USE obs_read_prof            ! Reading and allocation of profile obs 
     22   USE obs_read_surf            ! Reading and allocation of surface obs 
    2723   USE obs_readmdt              ! Reading and allocation of MDT for SLA. 
    28    USE obs_read_seaice          ! Reading and allocation of Sea Ice observations   
    29    USE obs_read_vel             ! Reading and allocation of velocity component observations 
    3024   USE obs_prep                 ! Preparation of obs. (grid search etc). 
    3125   USE obs_oper                 ! Observation operators 
    … …  
    3327   USE obs_grid                 ! Grid searching 
    3428   USE obs_read_altbias         ! Bias treatment for altimeter 
     29   USE obs_sstbias              ! Bias correction routine for SST 
    3530   USE obs_profiles_def         ! Profile data definitions 
    36    USE obs_profiles             ! Profile data storage 
    3731   USE obs_surf_def             ! Surface data definitions 
    38    USE obs_sla                  ! SLA data storage 
    39    USE obs_sst                  ! SST data storage 
    40    USE obs_seaice               ! Sea Ice data storage 
    4132   USE obs_types                ! Definitions for observation types 
    4233   USE mpp_map                  ! MPP mapping 
    … …  
    5243      &   dia_obs_dealloc  ! Deallocate dia_obs data 
    5344 
    54    !! * Shared Module variables 
    55    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER :: & 
    56 #if defined key_diaobs 
    57       & lk_diaobs = .TRUE.   !: Logical switch for observation diangostics 
    58 #else 
    59       & lk_diaobs = .FALSE.  !: Logical switch for observation diangostics 
    60 #endif 
    61  
    6245   !! * Module variables 
    63    LOGICAL, PUBLIC :: ln_t3d         !: Logical switch for temperature profiles 
    64    LOGICAL, PUBLIC :: ln_s3d         !: Logical switch for salinity profiles 
    65    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ena         !: Logical switch for the ENACT data set 
    66    LOGICAL, PUBLIC :: ln_cor         !: Logical switch for the Coriolis data set 
    67    LOGICAL, PUBLIC :: ln_profb       !: Logical switch for profile feedback datafiles 
    68    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sla         !: Logical switch for sea level anomalies  
    69    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sladt       !: Logical switch for SLA from AVISO files 
    70    LOGICAL, PUBLIC :: ln_slafb       !: Logical switch for SLA from feedback files 
    71    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sst         !: Logical switch for sea surface temperature 
    72    LOGICAL, PUBLIC :: ln_reysst      !: Logical switch for Reynolds sea surface temperature 
    73    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ghrsst      !: Logical switch for GHRSST data 
    74    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sstfb       !: Logical switch for SST from feedback files 
    75    LOGICAL, PUBLIC :: ln_seaice      !: Logical switch for sea ice concentration 
    76    LOGICAL, PUBLIC :: ln_vel3d       !: Logical switch for velocity component (u,v) observations 
    77    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velavcur    !: Logical switch for raw daily averaged netCDF current meter vel. data  
    78    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velhrcur    !: Logical switch for raw high freq netCDF current meter vel. data  
    79    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velavadcp   !: Logical switch for raw daily averaged netCDF ADCP vel. data  
    80    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velhradcp   !: Logical switch for raw high freq netCDF ADCP vel. data  
    81    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velfb       !: Logical switch for velocities from feedback files 
    82    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ssh         !: Logical switch for sea surface height 
    83    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sss         !: Logical switch for sea surface salinity 
    84    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sstnight    !: Logical switch for night mean SST observations 
    85    LOGICAL, PUBLIC :: ln_nea         !: Remove observations near land 
    86    LOGICAL, PUBLIC :: ln_altbias     !: Logical switch for altimeter bias   
    87    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ignmis      !: Logical switch for ignoring missing files 
    88    LOGICAL, PUBLIC :: ln_s_at_t      !: Logical switch to compute model S at T observations 
    89  
    90    REAL(KIND=dp), PUBLIC :: dobsini   !: Observation window start date YYYYMMDD.HHMMSS 
    91    REAL(KIND=dp), PUBLIC :: dobsend   !: Observation window end date YYYYMMDD.HHMMSS 
    92    
    93    INTEGER, PUBLIC :: n1dint       !: Vertical interpolation method 
    94    INTEGER, PUBLIC :: n2dint       !: Horizontal interpolation method  
    95  
     46   LOGICAL, PUBLIC :: & 
     47      &       lk_diaobs = .TRUE.  !: Include this for backwards compatibility at NEMO 3.6. 
     48   LOGICAL :: ln_diaobs           !: Logical switch for the obs operator 
     49   LOGICAL :: ln_sstnight         !: Logical switch for night mean SST obs 
     50   LOGICAL :: ln_sla_fp_indegs    !: T=> SLA obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     51   LOGICAL :: ln_sst_fp_indegs    !: T=> SST obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     52   LOGICAL :: ln_sss_fp_indegs    !: T=> SSS obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     53   LOGICAL :: ln_sic_fp_indegs    !: T=> sea-ice obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     54 
     55   REAL(wp) :: rn_sla_avglamscl !: E/W diameter of SLA observation footprint (metres) 
     56   REAL(wp) :: rn_sla_avgphiscl !: N/S diameter of SLA observation footprint (metres) 
     57   REAL(wp) :: rn_sst_avglamscl !: E/W diameter of SST observation footprint (metres) 
     58   REAL(wp) :: rn_sst_avgphiscl !: N/S diameter of SST observation footprint (metres) 
     59   REAL(wp) :: rn_sss_avglamscl !: E/W diameter of SSS observation footprint (metres) 
     60   REAL(wp) :: rn_sss_avgphiscl !: N/S diameter of SSS observation footprint (metres) 
     61   REAL(wp) :: rn_sic_avglamscl !: E/W diameter of sea-ice observation footprint (metres) 
     62   REAL(wp) :: rn_sic_avgphiscl !: N/S diameter of sea-ice observation footprint (metres) 
     63 
     64   INTEGER :: nn_1dint       !: Vertical interpolation method 
     65   INTEGER :: nn_2dint       !: Default horizontal interpolation method 
     66   INTEGER :: nn_2dint_sla   !: SLA horizontal interpolation method  
     67   INTEGER :: nn_2dint_sst   !: SST horizontal interpolation method  
     68   INTEGER :: nn_2dint_sss   !: SSS horizontal interpolation method  
     69   INTEGER :: nn_2dint_sic   !: Seaice horizontal interpolation method  
     70  
    9671   INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    97       & endailyavtypes !: ENACT data types which are daily average 
    98  
    99    INTEGER, PARAMETER :: MaxNumFiles = 1000 
    100    LOGICAL, DIMENSION(MaxNumFiles) :: & 
    101       & ln_profb_ena, & !: Is the feedback files from ENACT data ? 
    102    !                    !: If so use endailyavtypes 
    103       & ln_profb_enatim !: Change tim for 820 enact data set. 
    104     
    105    LOGICAL, DIMENSION(MaxNumFiles) :: & 
    106       & ln_velfb_av   !: Is the velocity feedback files daily average? 
     72      & nn_profdavtypes      !: Profile data types representing a daily average 
     73   INTEGER :: nproftypes     !: Number of profile obs types 
     74   INTEGER :: nsurftypes     !: Number of surface obs types 
     75   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     76      & nvarsprof, &         !: Number of profile variables 
     77      & nvarssurf            !: Number of surface variables 
     78   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     79      & nextrprof, &         !: Number of profile extra variables 
     80      & nextrsurf            !: Number of surface extra variables 
     81   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     82      & n2dintsurf           !: Interpolation option for surface variables 
     83   REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     84      & ravglamscl, &        !: E/W diameter of averaging footprint for surface variables 
     85      & ravgphiscl           !: N/S diameter of averaging footprint for surface variables 
    10786   LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    108       & ld_enact     !: Profile data is ENACT so use endailyavtypes 
    109    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    110       & ld_velav     !: Velocity data is daily averaged 
    111    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    112       & ld_sstnight  !: SST observation corresponds to night mean 
     87      & lfpindegs, &         !: T=> surface obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     88      & llnightav            !: Logical for calculating night-time averages 
     89 
     90   TYPE(obs_surf), PUBLIC, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     91      & surfdata, &          !: Initial surface data 
     92      & surfdataqc           !: Surface data after quality control 
     93   TYPE(obs_prof), PUBLIC, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     94      & profdata, &          !: Initial profile data 
     95      & profdataqc           !: Profile data after quality control 
     96 
     97   CHARACTER(len=6), PUBLIC, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     98      & cobstypesprof, &     !: Profile obs types 
     99      & cobstypessurf        !: Surface obs types 
    113100 
    114101   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    118105   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119106 
     107   !! * Substitutions  
     108#  include "domzgr_substitute.h90" 
    120109CONTAINS 
    121110 
    … …  
    135124      !!        !  06-10  (A. Weaver) Cleaning and add controls 
    136125      !!        !  07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
     126      !!        !  14-08  (J.While) Incorporated SST bias correction 
     127      !!        !  15-02  (M. Martin) Simplification of namelist and code 
    137128      !!---------------------------------------------------------------------- 
    138129 
    … …  
    140131 
    141132      !! * Local declarations 
    142       CHARACTER(len=128) :: enactfiles(MaxNumFiles) 
    143       CHARACTER(len=128) :: coriofiles(MaxNumFiles) 
    144       CHARACTER(len=128) :: profbfiles(MaxNumFiles) 
    145       CHARACTER(len=128) :: sstfiles(MaxNumFiles)       
    146       CHARACTER(len=128) :: sstfbfiles(MaxNumFiles)  
    147       CHARACTER(len=128) :: slafilesact(MaxNumFiles)       
    148       CHARACTER(len=128) :: slafilespas(MaxNumFiles)       
    149       CHARACTER(len=128) :: slafbfiles(MaxNumFiles) 
    150       CHARACTER(len=128) :: seaicefiles(MaxNumFiles)            
    151       CHARACTER(len=128) :: velcurfiles(MaxNumFiles)   
    152       CHARACTER(len=128) :: veladcpfiles(MaxNumFiles)     
    153       CHARACTER(len=128) :: velavcurfiles(MaxNumFiles) 
    154       CHARACTER(len=128) :: velhrcurfiles(MaxNumFiles) 
    155       CHARACTER(len=128) :: velavadcpfiles(MaxNumFiles) 
    156       CHARACTER(len=128) :: velhradcpfiles(MaxNumFiles) 
    157       CHARACTER(len=128) :: velfbfiles(MaxNumFiles) 
    158       CHARACTER(LEN=128) :: reysstname 
    159       CHARACTER(LEN=12)  :: reysstfmt 
    160       CHARACTER(LEN=128) :: bias_file 
    161       CHARACTER(LEN=20)  :: datestr=" ", timestr=" " 
    162       NAMELIST/namobs/ln_ena, ln_cor, ln_profb, ln_t3d, ln_s3d,       & 
    163          &            ln_sla, ln_sladt, ln_slafb,                     & 
    164          &            ln_ssh, ln_sst, ln_sstfb, ln_sss, ln_nea,       & 
    165          &            enactfiles, coriofiles, profbfiles,             & 
    166          &            slafilesact, slafilespas, slafbfiles,           & 
    167          &            sstfiles, sstfbfiles,                           & 
    168          &            ln_seaice, seaicefiles,                         & 
    169          &            dobsini, dobsend, n1dint, n2dint,               & 
    170          &            nmsshc, mdtcorr, mdtcutoff,                     & 
    171          &            ln_reysst, ln_ghrsst, reysstname, reysstfmt,    & 
     133      INTEGER, PARAMETER :: & 
     134         & jpmaxnfiles = 1000    ! Maximum number of files for each obs type 
     135      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     136         & ifilesprof, &         ! Number of profile files 
     137         & ifilessurf            ! Number of surface files 
     138      INTEGER :: ios             ! Local integer output status for namelist read 
     139      INTEGER :: jtype           ! Counter for obs types 
     140      INTEGER :: jvar            ! Counter for variables 
     141      INTEGER :: jfile           ! Counter for files 
     142      INTEGER :: jnumsstbias     ! Number of SST bias files to read and apply 
     143 
     144      CHARACTER(len=128), DIMENSION(jpmaxnfiles) :: & 
     145         & cn_profbfiles,    &   ! T/S profile input filenames 
     146         & cn_sstfbfiles,    &   ! Sea surface temperature input filenames 
     147         & cn_slafbfiles,    &   ! Sea level anomaly input filenames 
     148         & cn_sicfbfiles,    &   ! Seaice concentration input filenames 
     149         & cn_velfbfiles,    &   ! Velocity profile input filenames 
     150         & cn_sssfbfiles,    &   ! Sea surface salinity input filenames 
     151         & cn_logchlfbfiles, &   ! Log(Chl) input filenames 
     152         & cn_spmfbfiles,    &   ! Sediment input filenames 
     153         & cn_fco2fbfiles,   &   ! fco2 input filenames 
     154         & cn_pco2fbfiles,   &   ! pco2 input filenames 
     155         & cn_sstbiasfiles       ! SST bias input filenames 
     156 
     157      CHARACTER(LEN=128) :: & 
     158         & cn_altbiasfile        ! Altimeter bias input filename 
     159 
     160 
     161      LOGICAL :: ln_t3d          ! Logical switch for temperature profiles 
     162      LOGICAL :: ln_s3d          ! Logical switch for salinity profiles 
     163      LOGICAL :: ln_sla          ! Logical switch for sea level anomalies  
     164      LOGICAL :: ln_sst          ! Logical switch for sea surface temperature 
     165      LOGICAL :: ln_sic          ! Logical switch for sea ice concentration 
     166      LOGICAL :: ln_sss          ! Logical switch for sea surface salinity obs 
     167      LOGICAL :: ln_vel3d        ! Logical switch for velocity (u,v) obs 
     168      LOGICAL :: ln_logchl       ! Logical switch for log(Chl) obs 
     169      LOGICAL :: ln_spm          ! Logical switch for sediment obs 
     170      LOGICAL :: ln_fco2         ! Logical switch for fco2 obs 
     171      LOGICAL :: ln_pco2         ! Logical switch for pco2 obs 
     172      LOGICAL :: ln_nea          ! Logical switch to remove obs near land 
     173      LOGICAL :: ln_altbias      ! Logical switch for altimeter bias 
     174      LOGICAL :: ln_sstbias      ! Logical switch for bias correction of SST 
     175      LOGICAL :: ln_ignmis       ! Logical switch for ignoring missing files 
     176      LOGICAL :: ln_s_at_t       ! Logical switch to compute model S at T obs 
     177      LOGICAL :: ln_bound_reject ! Logical switch for rejecting obs near the boundary 
     178 
     179      REAL(dp) :: rn_dobsini     ! Obs window start date YYYYMMDD.HHMMSS 
     180      REAL(dp) :: rn_dobsend     ! Obs window end date   YYYYMMDD.HHMMSS 
     181 
     182      CHARACTER(len=128), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: & 
     183         & clproffiles, &        ! Profile filenames 
     184         & clsurffiles           ! Surface filenames 
     185 
     186      LOGICAL :: llvar1          ! Logical for profile variable 1 
     187      LOGICAL :: llvar2          ! Logical for profile variable 1 
     188 
     189      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     190         & zglam1, &             ! Model longitudes for profile variable 1 
     191         & zglam2                ! Model longitudes for profile variable 2 
     192      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     193         & zgphi1, &             ! Model latitudes for profile variable 1 
     194         & zgphi2                ! Model latitudes for profile variable 2 
     195      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     196         & zmask1, &             ! Model land/sea mask associated with variable 1 
     197         & zmask2                ! Model land/sea mask associated with variable 2 
     198 
     199 
     200      NAMELIST/namobs/ln_diaobs, ln_t3d, ln_s3d, ln_sla,              & 
     201         &            ln_sst, ln_sic, ln_sss, ln_vel3d,               & 
     202         &            ln_logchl, ln_spm, ln_fco2, ln_pco2,            & 
     203         &            ln_altbias, ln_sstbias, ln_nea,                 & 
     204         &            ln_grid_global, ln_grid_search_lookup,          & 
     205         &            ln_ignmis, ln_s_at_t, ln_bound_reject,          & 
    172206         &            ln_sstnight,                                    & 
    173          &            ln_grid_search_lookup,                          & 
    174          &            grid_search_file, grid_search_res,              & 
    175          &            ln_grid_global, bias_file, ln_altbias,          & 
    176          &            endailyavtypes, ln_s_at_t, ln_profb_ena,        & 
    177          &            ln_vel3d, ln_velavcur, velavcurfiles,           & 
    178          &            ln_velhrcur, velhrcurfiles,                     & 
    179          &            ln_velavadcp, velavadcpfiles,                   & 
    180          &            ln_velhradcp, velhradcpfiles,                   & 
    181          &            ln_velfb, velfbfiles, ln_velfb_av,              & 
    182          &            ln_profb_enatim, ln_ignmis, ln_cl4 
    183  
    184       INTEGER :: jprofset 
    185       INTEGER :: jveloset 
    186       INTEGER :: jvar 
    187       INTEGER :: jnumenact 
    188       INTEGER :: jnumcorio 
    189       INTEGER :: jnumprofb 
    190       INTEGER :: jnumslaact 
    191       INTEGER :: jnumslapas 
    192       INTEGER :: jnumslafb 
    193       INTEGER :: jnumsst 
    194       INTEGER :: jnumsstfb 
    195       INTEGER :: jnumseaice 
    196       INTEGER :: jnumvelavcur 
    197       INTEGER :: jnumvelhrcur   
    198       INTEGER :: jnumvelavadcp 
    199       INTEGER :: jnumvelhradcp    
    200       INTEGER :: jnumvelfb 
    201       INTEGER :: ji 
    202       INTEGER :: jset 
    203       INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    204       LOGICAL :: lmask(MaxNumFiles), ll_u3d, ll_v3d 
     207         &            ln_sla_fp_indegs, ln_sst_fp_indegs,             & 
     208         &            ln_sss_fp_indegs, ln_sic_fp_indegs,             & 
     209         &            cn_profbfiles, cn_slafbfiles,                   & 
     210         &            cn_sstfbfiles, cn_sicfbfiles,                   & 
     211         &            cn_velfbfiles, cn_sssfbfiles,                   & 
     212         &            cn_logchlfbfiles, cn_spmfbfiles,                & 
     213         &            cn_fco2fbfiles, cn_pco2fbfiles,                 & 
     214         &            cn_sstbiasfiles, cn_altbiasfile,                & 
     215         &            cn_gridsearchfile, rn_gridsearchres,            & 
     216         &            rn_dobsini, rn_dobsend,                         & 
     217         &            rn_sla_avglamscl, rn_sla_avgphiscl,             & 
     218         &            rn_sst_avglamscl, rn_sst_avgphiscl,             & 
     219         &            rn_sss_avglamscl, rn_sss_avgphiscl,             & 
     220         &            rn_sic_avglamscl, rn_sic_avgphiscl,             & 
     221         &            nn_1dint, nn_2dint,                             & 
     222         &            nn_2dint_sla, nn_2dint_sst,                     & 
     223         &            nn_2dint_sss, nn_2dint_sic,                     & 
     224         &            nn_msshc, rn_mdtcorr, rn_mdtcutoff,             & 
     225         &            nn_profdavtypes 
     226 
     227      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     228      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     229      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     230      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
     231      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zmask1 ) 
     232      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zmask2 ) 
    205233 
    206234      !----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    208236      !----------------------------------------------------------------------- 
    209237 
    210       enactfiles(:) = '' 
    211       coriofiles(:) = '' 
    212       profbfiles(:) = '' 
    213       slafilesact(:) = '' 
    214       slafilespas(:) = '' 
    215       slafbfiles(:) = '' 
    216       sstfiles(:)   = '' 
    217       sstfbfiles(:) = '' 
    218       seaicefiles(:) = '' 
    219       velcurfiles(:) = '' 
    220       veladcpfiles(:) = '' 
    221       velavcurfiles(:) = '' 
    222       velhrcurfiles(:) = '' 
    223       velavadcpfiles(:) = '' 
    224       velhradcpfiles(:) = '' 
    225       velfbfiles(:) = '' 
    226       velcurfiles(:) = '' 
    227       veladcpfiles(:) = '' 
    228       endailyavtypes(:) = -1 
    229       endailyavtypes(1) = 820 
    230       ln_profb_ena(:) = .FALSE. 
    231       ln_profb_enatim(:) = .TRUE. 
    232       ln_velfb_av(:) = .FALSE. 
    233       ln_ignmis = .FALSE. 
    234        
    235       CALL ini_date( dobsini ) 
    236       CALL fin_date( dobsend ) 
    237   
    238       ! Read Namelist namobs : control observation diagnostics 
    239       REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namobs in reference namelist : Diagnostic: control observation 
     238      ! Some namelist arrays need initialising 
     239      cn_profbfiles(:)    = '' 
     240      cn_slafbfiles(:)    = '' 
     241      cn_sstfbfiles(:)    = '' 
     242      cn_sicfbfiles(:)    = '' 
     243      cn_velfbfiles(:)    = '' 
     244      cn_sssfbfiles(:)    = '' 
     245      cn_logchlfbfiles(:) = '' 
     246      cn_spmfbfiles(:)    = '' 
     247      cn_fco2fbfiles(:)   = '' 
     248      cn_pco2fbfiles(:)   = '' 
     249      cn_sstbiasfiles(:)  = '' 
     250      nn_profdavtypes(:)  = -1 
     251 
     252      CALL ini_date( rn_dobsini ) 
     253      CALL fin_date( rn_dobsend ) 
     254 
     255      ! Read namelist namobs : control observation diagnostics 
     256      REWIND( numnam_ref )   ! Namelist namobs in reference namelist 
    240257      READ  ( numnam_ref, namobs, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    241258901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namobs in reference namelist', lwp ) 
    242259 
    243       REWIND( numnam_cfg )              ! Namelist namobs in configuration namelist : Diagnostic: control observation 
     260      REWIND( numnam_cfg )   ! Namelist namobs in configuration namelist 
    244261      READ  ( numnam_cfg, namobs, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    245262902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namobs in configuration namelist', lwp ) 
    246263      IF(lwm) WRITE ( numond, namobs ) 
    247264 
    248       ! Count number of files for each type 
    249       IF (ln_ena) THEN 
    250          lmask(:) = .FALSE. 
    251          WHERE (enactfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    252          jnumenact = COUNT(lmask) 
    253       ENDIF 
    254       IF (ln_cor) THEN 
    255          lmask(:) = .FALSE. 
    256          WHERE (coriofiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    257          jnumcorio = COUNT(lmask) 
    258       ENDIF 
    259       IF (ln_profb) THEN 
    260          lmask(:) = .FALSE. 
    261          WHERE (profbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    262          jnumprofb = COUNT(lmask) 
    263       ENDIF 
    264       IF (ln_sladt) THEN 
    265          lmask(:) = .FALSE. 
    266          WHERE (slafilesact(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    267          jnumslaact = COUNT(lmask) 
    268          lmask(:) = .FALSE. 
    269          WHERE (slafilespas(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    270          jnumslapas = COUNT(lmask) 
    271       ENDIF 
    272       IF (ln_slafb) THEN 
    273          lmask(:) = .FALSE. 
    274          WHERE (slafbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    275          jnumslafb = COUNT(lmask) 
    276          lmask(:) = .FALSE. 
    277       ENDIF 
    278       IF (ln_ghrsst) THEN 
    279          lmask(:) = .FALSE. 
    280          WHERE (sstfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    281          jnumsst = COUNT(lmask) 
    282       ENDIF       
    283       IF (ln_sstfb) THEN 
    284          lmask(:) = .FALSE. 
    285          WHERE (sstfbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    286          jnumsstfb = COUNT(lmask) 
    287          lmask(:) = .FALSE. 
    288       ENDIF 
    289       IF (ln_seaice) THEN 
    290          lmask(:) = .FALSE. 
    291          WHERE (seaicefiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    292          jnumseaice = COUNT(lmask) 
    293       ENDIF 
    294       IF (ln_velavcur) THEN 
    295          lmask(:) = .FALSE. 
    296          WHERE (velavcurfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    297          jnumvelavcur = COUNT(lmask) 
    298       ENDIF 
    299       IF (ln_velhrcur) THEN 
    300          lmask(:) = .FALSE. 
    301          WHERE (velhrcurfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    302          jnumvelhrcur = COUNT(lmask) 
    303       ENDIF 
    304       IF (ln_velavadcp) THEN 
    305          lmask(:) = .FALSE. 
    306          WHERE (velavadcpfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    307          jnumvelavadcp = COUNT(lmask) 
    308       ENDIF 
    309       IF (ln_velhradcp) THEN 
    310          lmask(:) = .FALSE. 
    311          WHERE (velhradcpfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    312          jnumvelhradcp = COUNT(lmask) 
    313       ENDIF 
    314       IF (ln_velfb) THEN 
    315          lmask(:) = .FALSE. 
    316          WHERE (velfbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    317          jnumvelfb = COUNT(lmask) 
    318          lmask(:) = .FALSE. 
    319       ENDIF 
    320        
    321       ! Control print 
     265      lk_diaobs = .FALSE. 
     266#if defined key_diaobs 
     267      IF ( ln_diaobs ) lk_diaobs = .TRUE. 
     268#endif 
     269 
     270      IF ( .NOT. lk_diaobs ) THEN 
     271         IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
     272         IF(lwp) WRITE(numout,*)' ln_diaobs is set to false or key_diaobs is not set, so not calling dia_obs' 
     273         RETURN 
     274      ENDIF 
     275 
    322276      IF(lwp) THEN 
    323277         WRITE(numout,*) 
    … …  
    325279         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
    326280         WRITE(numout,*) '          Namelist namobs : set observation diagnostic parameters'  
    327          WRITE(numout,*) '             Logical switch for T profile observations          ln_t3d = ', ln_t3d 
    328          WRITE(numout,*) '             Logical switch for S profile observations          ln_s3d = ', ln_s3d 
    329          WRITE(numout,*) '             Logical switch for ENACT insitu data set           ln_ena = ', ln_ena 
    330          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Coriolis insitu data set        ln_cor = ', ln_cor 
    331          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback insitu data set      ln_profb = ', ln_profb 
    332          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SLA observations                ln_sla = ', ln_sla 
    333          WRITE(numout,*) '             Logical switch for AVISO SLA data                ln_sladt = ', ln_sladt 
    334          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback SLA data             ln_slafb = ', ln_slafb 
    335          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSH observations                ln_ssh = ', ln_ssh 
    336          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SST observations                ln_sst = ', ln_sst 
    337          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Reynolds observations        ln_reysst = ', ln_reysst     
    338          WRITE(numout,*) '             Logical switch for GHRSST observations          ln_ghrsst = ', ln_ghrsst 
    339          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback SST data             ln_sstfb = ', ln_sstfb 
    340          WRITE(numout,*) '             Logical switch for night-time SST obs         ln_sstnight = ', ln_sstnight 
    341          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSS observations                ln_sss = ', ln_sss 
    342          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Sea Ice observations         ln_seaice = ', ln_seaice 
    343          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity observations         ln_vel3d = ', ln_vel3d 
    344          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity daily av. cur.    ln_velavcur = ', ln_velavcur 
    345          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity high freq. cur.   ln_velhrcur = ', ln_velhrcur 
    346          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity daily av. ADCP   ln_velavadcp = ', ln_velavadcp 
    347          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity high freq. ADCP  ln_velhradcp = ', ln_velhradcp 
    348          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback velocity data        ln_velfb = ', ln_velfb 
    349          WRITE(numout,*) '             Global distribtion of observations         ln_grid_global = ',ln_grid_global 
    350          WRITE(numout,*) & 
    351    '             Logical switch for obs grid search w/lookup table  ln_grid_search_lookup = ',ln_grid_search_lookup 
     281         WRITE(numout,*) '             Logical switch for T profile observations                ln_t3d = ', ln_t3d 
     282         WRITE(numout,*) '             Logical switch for S profile observations                ln_s3d = ', ln_s3d 
     283         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SLA observations                      ln_sla = ', ln_sla 
     284         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SST observations                      ln_sst = ', ln_sst 
     285         WRITE(numout,*) '             Logical switch for Sea Ice observations                  ln_sic = ', ln_sic 
     286         WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity observations               ln_vel3d = ', ln_vel3d 
     287         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSS observations                      ln_sss = ', ln_sss 
     288         WRITE(numout,*) '             Logical switch for log(Chl) observations              ln_logchl = ', ln_logchl 
     289         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SPM observations                      ln_spm = ', ln_spm 
     290         WRITE(numout,*) '             Logical switch for FCO2 observations                    ln_fco2 = ', ln_fco2 
     291         WRITE(numout,*) '             Logical switch for PCO2 observations                    ln_pco2 = ', ln_pco2 
     292         WRITE(numout,*) '             Global distribution of observations              ln_grid_global = ', ln_grid_global 
     293         WRITE(numout,*) '             Logical switch for obs grid search lookup ln_grid_search_lookup = ', ln_grid_search_lookup 
    352294         IF (ln_grid_search_lookup) & 
    353             WRITE(numout,*) '             Grid search lookup file header       grid_search_file = ', grid_search_file 
    354          IF (ln_ena) THEN 
    355             DO ji = 1, jnumenact 
    356                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             ENACT input observation file name          enactfiles = ', & 
    357                   TRIM(enactfiles(ji)) 
    358             END DO 
     295            WRITE(numout,*) '             Grid search lookup file header                cn_gridsearchfile = ', cn_gridsearchfile 
     296         WRITE(numout,*) '             Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS               rn_dobsini = ', rn_dobsini 
     297         WRITE(numout,*) '             Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS                 rn_dobsend = ', rn_dobsend 
     298         WRITE(numout,*) '             Type of vertical interpolation method                  nn_1dint = ', nn_1dint 
     299         WRITE(numout,*) '             Type of horizontal interpolation method                nn_2dint = ', nn_2dint 
     300         WRITE(numout,*) '             Rejection of observations near land switch               ln_nea = ', ln_nea 
     301         WRITE(numout,*) '             Rejection of obs near open bdys                 ln_bound_reject = ', ln_bound_reject 
     302         WRITE(numout,*) '             MSSH correction scheme                                 nn_msshc = ', nn_msshc 
     303         WRITE(numout,*) '             MDT  correction                                      rn_mdtcorr = ', rn_mdtcorr 
     304         WRITE(numout,*) '             MDT cutoff for computed correction                 rn_mdtcutoff = ', rn_mdtcutoff 
     305         WRITE(numout,*) '             Logical switch for alt bias                          ln_altbias = ', ln_altbias 
     306         WRITE(numout,*) '             Logical switch for sst bias                          ln_sstbias = ', ln_sstbias 
     307         WRITE(numout,*) '             Logical switch for ignoring missing files             ln_ignmis = ', ln_ignmis 
     308         WRITE(numout,*) '             Daily average types                             nn_profdavtypes = ', nn_profdavtypes 
     309         WRITE(numout,*) '             Logical switch for night-time SST obs               ln_sstnight = ', ln_sstnight 
     310      ENDIF 
     311      !----------------------------------------------------------------------- 
     312      ! Set up list of observation types to be used 
     313      ! and the files associated with each type 
     314      !----------------------------------------------------------------------- 
     315 
     316      nproftypes = COUNT( (/ln_t3d .OR. ln_s3d, ln_vel3d /) ) 
     317      nsurftypes = COUNT( (/ln_sla, ln_sst, ln_sic, ln_sss, & 
     318         &                  ln_logchl, ln_spm, ln_fco2, ln_pco2 /) ) 
     319 
     320      IF ( nproftypes == 0 .AND. nsurftypes == 0 ) THEN 
     321         IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
     322         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ln_diaobs is set to true, but all obs operator logical flags', & 
     323            &                    ' are set to .FALSE. so turning off calls to dia_obs' 
     324         nwarn = nwarn + 1 
     325         lk_diaobs = .FALSE. 
     326         RETURN 
     327      ENDIF 
     328 
     329      IF(lwp) WRITE(numout,*) '          Number of profile obs types: ',nproftypes 
     330      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     331 
     332         ALLOCATE( cobstypesprof(nproftypes) ) 
     333         ALLOCATE( ifilesprof(nproftypes) ) 
     334         ALLOCATE( clproffiles(nproftypes,jpmaxnfiles) ) 
     335 
     336         jtype = 0 
     337         IF (ln_t3d .OR. ln_s3d) THEN 
     338            jtype = jtype + 1 
     339            CALL obs_settypefiles( nproftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'prof  ', & 
     340               &                   cn_profbfiles, ifilesprof, cobstypesprof, clproffiles ) 
    359341         ENDIF 
    360          IF (ln_cor) THEN 
    361             DO ji = 1, jnumcorio 
    362                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Coriolis input observation file name       coriofiles = ', & 
    363                   TRIM(coriofiles(ji)) 
    364             END DO 
     342         IF (ln_vel3d) THEN 
     343            jtype = jtype + 1 
     344            CALL obs_settypefiles( nproftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'vel   ', & 
     345               &                   cn_velfbfiles, ifilesprof, cobstypesprof, clproffiles ) 
    365346         ENDIF 
    366          IF (ln_profb) THEN 
    367             DO ji = 1, jnumprofb 
    368                IF (ln_profb_ena(ji)) THEN 
    369                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '       Enact feedback input observation file name       profbfiles = ', & 
    370                      TRIM(profbfiles(ji)) 
    371                ELSE 
    372                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback input observation file name       profbfiles = ', & 
    373                      TRIM(profbfiles(ji)) 
    374                ENDIF 
    375                WRITE(numout,'(1X,2A)') '       Enact feedback input time setting switch    ln_profb_enatim = ', ln_profb_enatim(ji) 
    376             END DO 
     347 
     348      ENDIF 
     349 
     350      IF(lwp) WRITE(numout,*)'          Number of surface obs types: ',nsurftypes 
     351      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     352 
     353         ALLOCATE( cobstypessurf(nsurftypes) ) 
     354         ALLOCATE( ifilessurf(nsurftypes) ) 
     355         ALLOCATE( clsurffiles(nsurftypes, jpmaxnfiles) ) 
     356         ALLOCATE(n2dintsurf(nsurftypes)) 
     357         ALLOCATE(ravglamscl(nsurftypes)) 
     358         ALLOCATE(ravgphiscl(nsurftypes)) 
     359         ALLOCATE(lfpindegs(nsurftypes)) 
     360         ALLOCATE(llnightav(nsurftypes)) 
     361 
     362         jtype = 0 
     363         IF (ln_sla) THEN 
     364            jtype = jtype + 1 
     365            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sla   ', & 
     366               &                   cn_slafbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     367            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sla   ',      & 
     368               &                  nn_2dint, nn_2dint_sla,             & 
     369               &                  rn_sla_avglamscl, rn_sla_avgphiscl, & 
     370               &                  ln_sla_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     371               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     372               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    377373         ENDIF 
    378          IF (ln_sladt) THEN 
    379             DO ji = 1, jnumslaact 
    380                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Active SLA input observation file name    slafilesact = ', & 
    381                   TRIM(slafilesact(ji)) 
    382             END DO 
    383             DO ji = 1, jnumslapas 
    384                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Passive SLA input observation file name   slafilespas = ', & 
    385                   TRIM(slafilespas(ji)) 
    386             END DO 
     374         IF (ln_sst) THEN 
     375            jtype = jtype + 1 
     376            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sst   ', & 
     377               &                   cn_sstfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     378            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sst   ',      & 
     379               &                  nn_2dint, nn_2dint_sst,             & 
     380               &                  rn_sst_avglamscl, rn_sst_avgphiscl, & 
     381               &                  ln_sst_fp_indegs, ln_sstnight,      & 
     382               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     383               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    387384         ENDIF 
    388          IF (ln_slafb) THEN 
    389             DO ji = 1, jnumslafb 
    390                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback SLA input observation file name   slafbfiles = ', & 
    391                   TRIM(slafbfiles(ji)) 
    392             END DO 
     385#if defined key_lim2 || defined key_lim3 || defined key_cice 
     386         IF (ln_sic) THEN 
     387            jtype = jtype + 1 
     388            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sic   ', & 
     389               &                   cn_sicfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     390            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sic   ',      & 
     391               &                  nn_2dint, nn_2dint_sic,             & 
     392               &                  rn_sic_avglamscl, rn_sic_avgphiscl, & 
     393               &                  ln_sic_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     394               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     395               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    393396         ENDIF 
    394          IF (ln_ghrsst) THEN 
    395             DO ji = 1, jnumsst 
    396                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             GHRSST input observation file name           sstfiles = ', & 
    397                   TRIM(sstfiles(ji)) 
    398             END DO 
     397#endif 
     398         IF (ln_sss) THEN 
     399            jtype = jtype + 1 
     400            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sss   ', & 
     401               &                   cn_sssfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     402            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sss   ',      & 
     403               &                  nn_2dint, nn_2dint_sss,             & 
     404               &                  rn_sss_avglamscl, rn_sss_avgphiscl, & 
     405               &                  ln_sss_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     406               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     407               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    399408         ENDIF 
    400          IF (ln_sstfb) THEN 
    401             DO ji = 1, jnumsstfb 
    402                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback SST input observation file name   sstfbfiles = ', & 
    403                   TRIM(sstfbfiles(ji)) 
    404             END DO 
     409 
     410         IF (ln_logchl) THEN 
     411            jtype = jtype + 1 
     412            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'logchl', & 
     413               &                   cn_logchlfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     414            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'logchl',         & 
     415               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     416               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     417               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    405418         ENDIF 
    406          IF (ln_seaice) THEN 
    407             DO ji = 1, jnumseaice 
    408                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Sea Ice input observation file name       seaicefiles = ', & 
    409                   TRIM(seaicefiles(ji)) 
    410             END DO 
     419 
     420         IF (ln_spm) THEN 
     421            jtype = jtype + 1 
     422            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'spm   ', & 
     423               &                   cn_spmfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     424            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'spm   ',         & 
     425               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     426               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     427               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    411428         ENDIF 
    412          IF (ln_velavcur) THEN 
    413             DO ji = 1, jnumvelavcur 
    414                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. cur. daily av. input file name     velavcurfiles = ', & 
    415                   TRIM(velavcurfiles(ji)) 
    416             END DO 
     429 
     430         IF (ln_fco2) THEN 
     431            jtype = jtype + 1 
     432            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'fco2  ', & 
     433               &                   cn_fco2fbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     434            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'fco2  ',         & 
     435               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     436               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     437               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    417438         ENDIF 
    418          IF (ln_velhrcur) THEN 
    419             DO ji = 1, jnumvelhrcur 
    420                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. cur. high freq. input file name    velhvcurfiles = ', & 
    421                   TRIM(velhrcurfiles(ji)) 
    422             END DO 
     439 
     440         IF (ln_pco2) THEN 
     441            jtype = jtype + 1 
     442            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'pco2  ', & 
     443               &                   cn_pco2fbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     444            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'pco2  ',         & 
     445               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     446               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     447               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    423448         ENDIF 
    424          IF (ln_velavadcp) THEN 
    425             DO ji = 1, jnumvelavadcp 
    426                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. ADCP daily av. input file name    velavadcpfiles = ', & 
    427                   TRIM(velavadcpfiles(ji)) 
    428             END DO 
    429          ENDIF 
    430          IF (ln_velhradcp) THEN 
    431             DO ji = 1, jnumvelhradcp 
    432                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. ADCP high freq. input file name   velhvadcpfiles = ', & 
    433                   TRIM(velhradcpfiles(ji)) 
    434             END DO 
    435          ENDIF 
    436          IF (ln_velfb) THEN 
    437             DO ji = 1, jnumvelfb 
    438                IF (ln_velfb_av(ji)) THEN 
    439                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. feedback daily av. input file name    velfbfiles = ', & 
    440                      TRIM(velfbfiles(ji)) 
    441                ELSE 
    442                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. feedback input observation file name  velfbfiles = ', & 
    443                      TRIM(velfbfiles(ji)) 
    444                ENDIF 
    445             END DO 
    446          ENDIF 
    447          WRITE(numout,*) '             Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS        dobsini = ', dobsini 
    448          WRITE(numout,*) '             Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS          dobsend = ', dobsend 
    449          WRITE(numout,*) '             Type of vertical interpolation method          n1dint = ', n1dint 
    450          WRITE(numout,*) '             Type of horizontal interpolation method        n2dint = ', n2dint 
    451          WRITE(numout,*) '             Rejection of observations near land swithch    ln_nea = ', ln_nea 
    452          WRITE(numout,*) '             MSSH correction scheme                         nmsshc = ', nmsshc 
    453          WRITE(numout,*) '             MDT  correction                               mdtcorr = ', mdtcorr 
    454          WRITE(numout,*) '             MDT cutoff for computed correction          mdtcutoff = ', mdtcutoff 
    455          WRITE(numout,*) '             Logical switch for alt bias                ln_altbias = ', ln_altbias 
    456          WRITE(numout,*) '             Logical switch for ignoring missing files   ln_ignmis = ', ln_ignmis 
    457          WRITE(numout,*) '             ENACT daily average types                             = ',endailyavtypes 
    458  
    459       ENDIF 
    460        
     449 
     450      ENDIF 
     451 
     452      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
     453 
     454 
     455      !----------------------------------------------------------------------- 
     456      ! Obs operator parameter checking and initialisations 
     457      !----------------------------------------------------------------------- 
     458 
    461459      IF ( ln_vel3d .AND. ( .NOT. ln_grid_global ) ) THEN 
    462460         CALL ctl_stop( 'Velocity data only works with ln_grid_global=.true.' ) 
    … …  
    464462      ENDIF 
    465463 
    466       CALL obs_typ_init 
    467        
    468       CALL mppmap_init 
    469        
    470       ! Parameter control 
    471 #if defined key_diaobs 
    472       IF ( ( .NOT. ln_t3d ).AND.( .NOT. ln_s3d ).AND.( .NOT. ln_sla ).AND. & 
    473          & ( .NOT. ln_vel3d ).AND.                                         & 
    474          & ( .NOT. ln_ssh ).AND.( .NOT. ln_sst ).AND.( .NOT. ln_sss ).AND. & 
    475          & ( .NOT. ln_seaice ).AND.( .NOT. ln_vel3d ) ) THEN 
    476          IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
    477          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' key_diaobs is activated but logical flags', & 
    478             &                    ' ln_t3d, ln_s3d, ln_sla, ln_ssh, ln_sst, ln_sss, ln_seaice, ln_vel3d are all set to .FALSE.' 
    479          nwarn = nwarn + 1 
    480       ENDIF 
    481 #endif 
    482  
    483       CALL obs_grid_setup( ) 
    484       IF ( ( n1dint < 0 ).OR.( n1dint > 1 ) ) THEN 
     464      IF ( ( nn_1dint < 0 ) .OR. ( nn_1dint > 1 ) ) THEN 
    485465         CALL ctl_stop(' Choice of vertical (1D) interpolation method', & 
    486466            &                    ' is not available') 
    487467      ENDIF 
    488       IF ( ( n2dint < 0 ).OR.( n2dint > 4 ) ) THEN 
     468 
     469      IF ( ( nn_2dint < 0 ) .OR. ( nn_2dint > 6 ) ) THEN 
    489470         CALL ctl_stop(' Choice of horizontal (2D) interpolation method', & 
    490471            &                    ' is not available') 
    491472      ENDIF 
    492473 
     474      CALL obs_typ_init 
     475 
     476      CALL mppmap_init 
     477 
     478      CALL obs_grid_setup( ) 
     479 
    493480      !----------------------------------------------------------------------- 
    494481      ! Depending on switches read the various observation types 
    495482      !----------------------------------------------------------------------- 
    496       !  - Temperature/salinity profiles 
    497  
    498       IF ( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    499  
    500          ! Set the number of variables for profiles to 2 (T and S) 
    501          nprofvars = 2 
    502          ! Set the number of extra variables for profiles to 1 (insitu temp). 
    503          nprofextr = 1 
    504  
    505          ! Count how may insitu data sets we have and allocate data. 
    506          jprofset = 0 
    507          IF ( ln_ena ) jprofset = jprofset + 1 
    508          IF ( ln_cor ) jprofset = jprofset + 1 
    509          IF ( ln_profb ) jprofset = jprofset + jnumprofb 
    510          nprofsets = jprofset 
    511          IF ( nprofsets > 0 ) THEN 
    512             ALLOCATE(ld_enact(nprofsets)) 
    513             ALLOCATE(profdata(nprofsets)) 
    514             ALLOCATE(prodatqc(nprofsets)) 
    515          ENDIF 
    516  
    517          jprofset = 0 
    518            
    519          ! ENACT insitu data 
    520  
    521          IF ( ln_ena ) THEN 
    522  
    523             jprofset = jprofset + 1 
    524              
    525             ld_enact(jprofset) = .TRUE. 
    526  
    527             CALL obs_rea_pro_dri( 1, profdata(jprofset),          & 
    528                &                  jnumenact, enactfiles(1:jnumenact), & 
    529                &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    530                &                  nitend-nit000+2,             & 
    531                &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    532                &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, .TRUE., .FALSE., & 
    533                &                  kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    534  
    535             DO jvar = 1, 2 
    536  
    537                CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    538  
     483 
     484      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     485 
     486         ALLOCATE(profdata(nproftypes)) 
     487         ALLOCATE(profdataqc(nproftypes)) 
     488         ALLOCATE(nvarsprof(nproftypes)) 
     489         ALLOCATE(nextrprof(nproftypes)) 
     490 
     491         DO jtype = 1, nproftypes 
     492 
     493            nvarsprof(jtype) = 2 
     494            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'prof' ) THEN 
     495               nextrprof(jtype) = 1 
     496               llvar1 = ln_t3d 
     497               llvar2 = ln_s3d 
     498               zglam1 = glamt 
     499               zgphi1 = gphit 
     500               zmask1 = tmask 
     501               zglam2 = glamt 
     502               zgphi2 = gphit 
     503               zmask2 = tmask 
     504            ENDIF 
     505            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'vel' )  THEN 
     506               nextrprof(jtype) = 2 
     507               llvar1 = ln_vel3d 
     508               llvar2 = ln_vel3d 
     509               zglam1 = glamu 
     510               zgphi1 = gphiu 
     511               zmask1 = umask 
     512               zglam2 = glamv 
     513               zgphi2 = gphiv 
     514               zmask2 = vmask 
     515            ENDIF 
     516 
     517            !Read in profile or profile obs types 
     518            CALL obs_rea_prof( profdata(jtype), ifilesprof(jtype),       & 
     519               &               clproffiles(jtype,1:ifilesprof(jtype)), & 
     520               &               nvarsprof(jtype), nextrprof(jtype), nitend-nit000+2, & 
     521               &               rn_dobsini, rn_dobsend, llvar1, llvar2, & 
     522               &               ln_ignmis, ln_s_at_t, .FALSE., & 
     523               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     524 
     525            DO jvar = 1, nvarsprof(jtype) 
     526               CALL obs_prof_staend( profdata(jtype), jvar ) 
    539527            END DO 
    540528 
    541             CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    542                &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea, & 
    543                &              kdailyavtypes=endailyavtypes ) 
    544              
    545          ENDIF 
    546  
    547          ! Coriolis insitu data 
    548  
    549          IF ( ln_cor ) THEN 
    550             
    551             jprofset = jprofset + 1 
    552  
    553             ld_enact(jprofset) = .FALSE. 
    554  
    555             CALL obs_rea_pro_dri( 2, profdata(jprofset),          & 
    556                &                  jnumcorio, coriofiles(1:jnumcorio), & 
    557                &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    558                &                  nitend-nit000+2,             & 
    559                &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    560                &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, .FALSE., .FALSE. ) 
    561  
    562             DO jvar = 1, 2 
    563  
    564                CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    565  
    566             END DO 
    567  
    568             CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    569                  &            ln_t3d, ln_s3d, ln_nea ) 
    570              
    571          ENDIF 
    572   
    573          ! Feedback insitu data 
    574  
    575          IF ( ln_profb ) THEN 
    576             
    577             DO jset = 1, jnumprofb 
    578                 
    579                jprofset = jprofset + 1 
    580                ld_enact (jprofset) = ln_profb_ena(jset) 
    581  
    582                CALL obs_rea_pro_dri( 0, profdata(jprofset),          & 
    583                   &                  1, profbfiles(jset:jset), & 
    584                   &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    585                   &                  nitend-nit000+2,             & 
    586                   &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    587                   &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, & 
    588                   &                  ld_enact(jprofset).AND.& 
    589                   &                  ln_profb_enatim(jset), & 
    590                   &                  .FALSE., kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    591                 
    592                DO jvar = 1, 2 
    593                    
    594                   CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    595                    
     529            CALL obs_pre_prof( profdata(jtype), profdataqc(jtype), & 
     530               &               llvar1, llvar2, & 
     531               &               jpi, jpj, jpk, & 
     532               &               zmask1, zglam1, zgphi1, zmask2, zglam2, zgphi2,  & 
     533               &               ln_nea, ln_bound_reject, & 
     534               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     535 
     536         END DO 
     537 
     538         DEALLOCATE( ifilesprof, clproffiles ) 
     539 
     540      ENDIF 
     541 
     542      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     543 
     544         ALLOCATE(surfdata(nsurftypes)) 
     545         ALLOCATE(surfdataqc(nsurftypes)) 
     546         ALLOCATE(nvarssurf(nsurftypes)) 
     547         ALLOCATE(nextrsurf(nsurftypes)) 
     548 
     549         DO jtype = 1, nsurftypes 
     550 
     551            nvarssurf(jtype) = 1 
     552            nextrsurf(jtype) = 0 
     553            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sla' ) nextrsurf(jtype) = 2 
     554 
     555            !Read in surface obs types 
     556            CALL obs_rea_surf( surfdata(jtype), ifilessurf(jtype), & 
     557               &               clsurffiles(jtype,1:ifilessurf(jtype)), & 
     558               &               nvarssurf(jtype), nextrsurf(jtype), nitend-nit000+2, & 
     559               &               rn_dobsini, rn_dobsend, ln_ignmis, .FALSE., llnightav(jtype) ) 
     560 
     561            CALL obs_pre_surf( surfdata(jtype), surfdataqc(jtype), ln_nea, ln_bound_reject ) 
     562 
     563            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sla' ) THEN 
     564               CALL obs_rea_mdt( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype) ) 
     565               IF ( ln_altbias ) & 
     566                  & CALL obs_rea_altbias ( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype), cn_altbiasfile ) 
     567            ENDIF 
     568 
     569            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sst' .AND. ln_sstbias ) THEN 
     570               jnumsstbias = 0 
     571               DO jfile = 1, jpmaxnfiles 
     572                  IF ( TRIM(cn_sstbiasfiles(jfile)) /= '' ) & 
     573                     &  jnumsstbias = jnumsstbias + 1 
    596574               END DO 
    597                 
    598                IF ( ld_enact(jprofset) ) THEN 
    599                   CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    600                      &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea, & 
    601                      &              kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    602                ELSE 
    603                   CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    604                      &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea ) 
     575               IF ( jnumsstbias == 0 ) THEN 
     576                  CALL ctl_stop("ln_sstbias set but no bias files to read in")     
    605577               ENDIF 
    606                 
    607             END DO 
    608  
    609          ENDIF 
    610  
    611       ENDIF 
    612  
    613       !  - Sea level anomalies 
    614       IF ( ln_sla ) THEN 
    615         ! Set the number of variables for sla to 1 
    616          nslavars = 1 
    617  
    618          ! Set the number of extra variables for sla to 2 
    619          nslaextr = 2 
    620           
    621          ! Set the number of sla data sets to 2 
    622          nslasets = 0 
    623          IF ( ln_sladt ) THEN 
    624             nslasets = nslasets + 2 
    625          ENDIF 
    626          IF ( ln_slafb ) THEN 
    627             nslasets = nslasets + jnumslafb 
    628          ENDIF 
    629           
    630          ALLOCATE(sladata(nslasets)) 
    631          ALLOCATE(sladatqc(nslasets)) 
    632          sladata(:)%nsurf=0 
    633          sladatqc(:)%nsurf=0 
    634  
    635          nslasets = 0 
    636  
    637          ! AVISO SLA data 
    638  
    639          IF ( ln_sladt ) THEN 
    640  
    641             ! Active SLA observations 
    642              
    643             nslasets = nslasets + 1 
    644              
    645             CALL obs_rea_sla( 1, sladata(nslasets), jnumslaact, & 
    646                &              slafilesact(1:jnumslaact), & 
    647                &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    648                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    649             CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    650                &              ln_sla, ln_nea ) 
    651              
    652             ! Passive SLA observations 
    653              
    654             nslasets = nslasets + 1 
    655              
    656             CALL obs_rea_sla( 1, sladata(nslasets), jnumslapas, & 
    657                &              slafilespas(1:jnumslapas), & 
    658                &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    659                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    660              
    661             CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    662                &              ln_sla, ln_nea ) 
    663  
    664          ENDIF 
    665           
    666          ! Feedback SLA data 
    667  
    668          IF ( ln_slafb ) THEN 
    669  
    670             DO jset = 1, jnumslafb 
    671              
    672                nslasets = nslasets + 1 
    673              
    674                CALL obs_rea_sla( 0, sladata(nslasets), 1, & 
    675                   &              slafbfiles(jset:jset), & 
    676                   &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    677                   &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    678                CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    679                   &              ln_sla, ln_nea ) 
    680  
    681             END DO                
    682  
    683          ENDIF 
    684           
    685          CALL obs_rea_mdt( nslasets, sladatqc, n2dint ) 
    686              
    687          ! read in altimeter bias 
    688           
    689          IF ( ln_altbias ) THEN      
    690             CALL obs_rea_altbias ( nslasets, sladatqc, n2dint, bias_file ) 
    691          ENDIF 
    692       
    693       ENDIF 
    694  
    695       !  - Sea surface height 
    696       IF ( ln_ssh ) THEN 
    697          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSH currently not available' 
    698       ENDIF 
    699  
    700       !  - Sea surface temperature 
    701       IF ( ln_sst ) THEN 
    702  
    703          ! Set the number of variables for sst to 1 
    704          nsstvars = 1 
    705  
    706          ! Set the number of extra variables for sst to 0 
    707          nsstextr = 0 
    708  
    709          nsstsets = 0 
    710  
    711          IF (ln_reysst) nsstsets = nsstsets + 1 
    712          IF (ln_ghrsst) nsstsets = nsstsets + 1 
    713          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    714             nsstsets = nsstsets + jnumsstfb 
    715          ENDIF 
    716  
    717          ALLOCATE(sstdata(nsstsets)) 
    718          ALLOCATE(sstdatqc(nsstsets)) 
    719          ALLOCATE(ld_sstnight(nsstsets)) 
    720          sstdata(:)%nsurf=0 
    721          sstdatqc(:)%nsurf=0     
    722          ld_sstnight(:)=.false. 
    723  
    724          nsstsets = 0 
    725  
    726          IF (ln_reysst) THEN 
    727  
    728             nsstsets = nsstsets + 1 
    729  
    730             ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    731  
    732             CALL obs_rea_sst_rey( reysstname, reysstfmt, sstdata(nsstsets), & 
    733                &                  nsstvars, nsstextr, & 
    734                &                  nitend-nit000+2, dobsini, dobsend ) 
    735             CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), ln_sst, & 
    736                &              ln_nea ) 
    737  
    738         ENDIF 
    739          
    740         IF (ln_ghrsst) THEN 
    741          
    742             nsstsets = nsstsets + 1 
    743  
    744             ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    745            
    746             CALL obs_rea_sst( 1, sstdata(nsstsets), jnumsst, & 
    747                &              sstfiles(1:jnumsst), & 
    748                &              nsstvars, nsstextr, nitend-nit000+2, & 
    749                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    750             CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), ln_sst, & 
    751                &              ln_nea ) 
    752  
    753         ENDIF 
    754                 
    755          ! Feedback SST data 
    756  
    757          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    758  
    759             DO jset = 1, jnumsstfb 
    760              
    761                nsstsets = nsstsets + 1 
    762  
    763                ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    764              
    765                CALL obs_rea_sst( 0, sstdata(nsstsets), 1, & 
    766                   &              sstfbfiles(jset:jset), & 
    767                   &              nsstvars, nsstextr, nitend-nit000+2, & 
    768                   &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    769                CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), & 
    770                   &              ln_sst, ln_nea ) 
    771  
    772             END DO                
    773  
    774          ENDIF 
    775  
    776       ENDIF 
    777  
    778       !  - Sea surface salinity 
    779       IF ( ln_sss ) THEN 
    780          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    781       ENDIF 
    782  
    783       !  - Sea Ice Concentration 
    784        
    785       IF ( ln_seaice ) THEN 
    786  
    787          ! Set the number of variables for seaice to 1 
    788          nseaicevars = 1 
    789  
    790          ! Set the number of extra variables for seaice to 0 
    791          nseaiceextr = 0 
    792           
    793          ! Set the number of data sets to 1 
    794          nseaicesets = 1 
    795  
    796          ALLOCATE(seaicedata(nseaicesets)) 
    797          ALLOCATE(seaicedatqc(nseaicesets)) 
    798          seaicedata(:)%nsurf=0 
    799          seaicedatqc(:)%nsurf=0 
    800  
    801          CALL obs_rea_seaice( 1, seaicedata(nseaicesets), jnumseaice, & 
    802             &                 seaicefiles(1:jnumseaice), & 
    803             &                 nseaicevars, nseaiceextr, nitend-nit000+2, & 
    804             &                 dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    805  
    806          CALL obs_pre_seaice( seaicedata(nseaicesets), seaicedatqc(nseaicesets), & 
    807             &                 ln_seaice, ln_nea ) 
    808   
    809       ENDIF 
    810  
    811       IF (ln_vel3d) THEN 
    812  
    813          ! Set the number of variables for profiles to 2 (U and V) 
    814          nvelovars = 2 
    815  
    816          ! Set the number of extra variables for profiles to 2 to store  
    817          ! rotation parameters 
    818          nveloextr = 2 
    819  
    820          jveloset = 0 
    821           
    822          IF ( ln_velavcur ) jveloset = jveloset + 1 
    823          IF ( ln_velhrcur ) jveloset = jveloset + 1 
    824          IF ( ln_velavadcp ) jveloset = jveloset + 1 
    825          IF ( ln_velhradcp ) jveloset = jveloset + 1 
    826          IF (ln_velfb) jveloset = jveloset + jnumvelfb 
    827  
    828          nvelosets = jveloset 
    829          IF ( nvelosets > 0 ) THEN 
    830             ALLOCATE( velodata(nvelosets) ) 
    831             ALLOCATE( veldatqc(nvelosets) ) 
    832             ALLOCATE( ld_velav(nvelosets) ) 
    833          ENDIF 
    834           
    835          jveloset = 0 
    836           
    837          ! Daily averaged data 
    838  
    839          IF ( ln_velavcur ) THEN 
    840              
    841             jveloset = jveloset + 1 
    842              
    843             ld_velav(jveloset) = .TRUE. 
    844              
    845             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelavcur, & 
    846                &                  velavcurfiles(1:jnumvelavcur), & 
    847                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    848                &                  nitend-nit000+2,              & 
    849                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    850                &                  ld_velav(jveloset), & 
    851                &                  .FALSE. ) 
    852              
    853             DO jvar = 1, 2 
    854                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    855             END DO 
    856              
    857             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    858                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    859              
    860          ENDIF 
    861  
    862          ! High frequency data 
    863  
    864          IF ( ln_velhrcur ) THEN 
    865              
    866             jveloset = jveloset + 1 
    867              
    868             ld_velav(jveloset) = .FALSE. 
    869                 
    870             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelhrcur, & 
    871                &                  velhrcurfiles(1:jnumvelhrcur), & 
    872                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    873                &                  nitend-nit000+2,              & 
    874                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    875                &                  ld_velav(jveloset), & 
    876                &                  .FALSE. ) 
    877              
    878             DO jvar = 1, 2 
    879                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    880             END DO 
    881              
    882             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    883                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    884              
    885          ENDIF 
    886  
    887          ! Daily averaged data 
    888  
    889          IF ( ln_velavadcp ) THEN 
    890              
    891             jveloset = jveloset + 1 
    892              
    893             ld_velav(jveloset) = .TRUE. 
    894              
    895             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelavadcp, & 
    896                &                  velavadcpfiles(1:jnumvelavadcp), & 
    897                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    898                &                  nitend-nit000+2,              & 
    899                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    900                &                  ld_velav(jveloset), & 
    901                &                  .FALSE. ) 
    902              
    903             DO jvar = 1, 2 
    904                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    905             END DO 
    906              
    907             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    908                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    909              
    910          ENDIF 
    911  
    912          ! High frequency data 
    913  
    914          IF ( ln_velhradcp ) THEN 
    915              
    916             jveloset = jveloset + 1 
    917              
    918             ld_velav(jveloset) = .FALSE. 
    919                 
    920             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelhradcp, & 
    921                &                  velhradcpfiles(1:jnumvelhradcp), & 
    922                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    923                &                  nitend-nit000+2,              & 
    924                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    925                &                  ld_velav(jveloset), & 
    926                &                  .FALSE. ) 
    927              
    928             DO jvar = 1, 2 
    929                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    930             END DO 
    931              
    932             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    933                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    934              
    935          ENDIF 
    936  
    937          IF ( ln_velfb ) THEN 
    938  
    939             DO jset = 1, jnumvelfb 
    940              
    941                jveloset = jveloset + 1 
    942  
    943                ld_velav(jveloset) = ln_velfb_av(jset) 
    944                 
    945                CALL obs_rea_vel_dri( 0, velodata(jveloset), 1, & 
    946                   &                  velfbfiles(jset:jset), & 
    947                   &                  nvelovars, nveloextr, & 
    948                   &                  nitend-nit000+2,              & 
    949                   &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    950                   &                  ld_velav(jveloset), & 
    951                   &                  .FALSE. ) 
    952                 
    953                DO jvar = 1, 2 
    954                   CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    955                END DO 
    956                 
    957                CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    958                   &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    959  
    960  
    961             END DO 
    962              
    963          ENDIF 
    964  
    965       ENDIF 
    966       
     578 
     579               CALL obs_app_sstbias( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype), &  
     580                  &                  jnumsstbias, cn_sstbiasfiles(1:jnumsstbias) )  
     581 
     582            ENDIF 
     583 
     584         END DO 
     585 
     586         DEALLOCATE( ifilessurf, clsurffiles ) 
     587 
     588      ENDIF 
     589 
     590      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     591      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     592      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     593      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
     594      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zmask1 ) 
     595      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zmask2 ) 
     596 
    967597   END SUBROUTINE dia_obs_init 
    968598 
    … …  
    974604      !! 
    975605      !! ** Method  : Call the observation operators on each time step to 
    976       !!              compute the model equivalent of the following date: 
    977       !!               - T profiles 
    978       !!               - S profiles 
    979       !!               - Sea surface height (referenced to a mean) 
    980       !!               - Sea surface temperature 
    981       !!               - Sea surface salinity 
    982       !!               - Velocity component (U,V) profiles 
    983       !! 
    984       !! ** Action  :  
     606      !!              compute the model equivalent of the following data: 
     607      !!               - Profile data, currently T/S or U/V 
     608      !!               - Surface data, currently SST, SLA or sea-ice concentration. 
     609      !! 
     610      !! ** Action  : 
    985611      !! 
    986612      !! History : 
    … …  
    991617      !!        !  07-04  (G. Smith) Generalized surface operators 
    992618      !!        !  08-10  (M. Valdivieso) obs operator for velocity profiles 
     619      !!        !  15-08  (M. Martin) Combined surface/profile routines. 
    993620      !!---------------------------------------------------------------------- 
    994621      !! * Modules used 
    995       USE dom_oce, ONLY : &             ! Ocean space and time domain variables 
    996          & rdt,           &                        
    997          & gdept_1d,       &              
    998          & tmask, umask, vmask                             
    999       USE phycst, ONLY : &              ! Physical constants 
    1000          & rday                          
    1001       USE oce, ONLY : &                 ! Ocean dynamics and tracers variables 
    1002          & tsn,  &              
    1003          & un, vn,  & 
     622      USE phycst, ONLY : &         ! Physical constants 
     623         & rday 
     624      USE oce, ONLY : &            ! Ocean dynamics and tracers variables 
     625         & tsn,       & 
     626         & un,        & 
     627         & vn,        & 
    1004628         & sshn 
    1005629#if defined  key_lim3 
    1006       USE ice, ONLY : &                     ! LIM Ice model variables 
     630      USE ice, ONLY : &            ! LIM3 Ice model variables 
    1007631         & frld 
    1008632#endif 
    1009633#if defined key_lim2 
    1010       USE ice_2, ONLY : &                     ! LIM Ice model variables 
     634      USE ice_2, ONLY : &          ! LIM2 Ice model variables 
    1011635         & frld 
    1012636#endif 
     637#if defined key_cice 
     638      USE sbc_oce, ONLY : fr_i     ! ice fraction 
     639#endif 
     640#if defined key_hadocc 
     641      USE trc, ONLY :  &           ! HadOCC chlorophyll, fCO2 and pCO2 
     642         & HADOCC_CHL, & 
     643         & HADOCC_FCO2, & 
     644         & HADOCC_PCO2, & 
     645         & HADOCC_FILL_FLT 
     646#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     647      USE trc, ONLY :  &           ! MEDUSA chlorophyll, fCO2 and pCO2 
     648         & MEDUSA_CHL, & 
     649         & MEDUSA_FCO2, & 
     650         & MEDUSA_PCO2, & 
     651         & MEDUSA_FILL_FLT 
     652#elif defined key_fabm 
     653      USE fabm 
     654      USE par_fabm 
     655#endif 
     656#if defined key_spm 
     657      USE par_spm, ONLY: &         ! ERSEM/SPM sediments 
     658         & jp_spm 
     659      USE trc, ONLY :  & 
     660         & trn 
     661#endif 
     662 
    1013663      IMPLICIT NONE 
    1014664 
    1015665      !! * Arguments 
    1016       INTEGER, INTENT(IN) :: kstp                         ! Current timestep 
     666      INTEGER, INTENT(IN) :: kstp  ! Current timestep 
    1017667      !! * Local declarations 
    1018       INTEGER :: idaystp                ! Number of timesteps per day 
    1019       INTEGER :: jprofset               ! Profile data set loop variable 
    1020       INTEGER :: jslaset                ! SLA data set loop variable 
    1021       INTEGER :: jsstset                ! SST data set loop variable 
    1022       INTEGER :: jseaiceset             ! sea ice data set loop variable 
    1023       INTEGER :: jveloset               ! velocity profile data loop variable 
    1024       INTEGER :: jvar                   ! Variable number     
    1025 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1026       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: frld    
    1027 #endif 
    1028       CHARACTER(LEN=20) :: datestr=" ",timestr=" " 
    1029   
    1030 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1031       CALL wrk_alloc(jpi,jpj,frld)  
    1032 #endif 
     668      INTEGER :: idaystp           ! Number of timesteps per day 
     669      INTEGER :: jtype             ! Data loop variable 
     670      INTEGER :: jvar              ! Variable number 
     671      INTEGER :: ji, jj            ! Loop counters 
     672      REAL(wp) :: tiny                  ! small number 
     673      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     674         & zprofvar1, &            ! Model values for 1st variable in a prof ob 
     675         & zprofvar2               ! Model values for 2nd variable in a prof ob 
     676      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     677         & zprofmask1, &           ! Mask associated with zprofvar1 
     678         & zprofmask2              ! Mask associated with zprofvar2 
     679      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     680         & zsurfvar, &             ! Model values equivalent to surface ob. 
     681         & zsurfmask               ! Mask associated with surface variable 
     682      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     683         & zglam1,    &            ! Model longitudes for prof variable 1 
     684         & zglam2,    &            ! Model longitudes for prof variable 2 
     685         & zgphi1,    &            ! Model latitudes for prof variable 1 
     686         & zgphi2                  ! Model latitudes for prof variable 2 
     687 
     688 
     689      !Allocate local work arrays 
     690      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar1 ) 
     691      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar2 ) 
     692      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask1 ) 
     693      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask2 ) 
     694      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsurfvar ) 
     695      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsurfmask ) 
     696      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     697      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     698      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     699      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
    1033700 
    1034701      IF(lwp) THEN 
    … …  
    1036703         WRITE(numout,*) 'dia_obs : Call the observation operators', kstp 
    1037704         WRITE(numout,*) '~~~~~~~' 
     705         CALL FLUSH(numout) 
    1038706      ENDIF 
    1039707 
    … …  
    1041709 
    1042710      !----------------------------------------------------------------------- 
    1043       ! No LIM => frld == 0.0_wp 
    1044       !----------------------------------------------------------------------- 
    1045 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1046       frld(:,:) = 0.0_wp 
     711      ! Call the profile and surface observation operators 
     712      !----------------------------------------------------------------------- 
     713 
     714      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     715 
     716         DO jtype = 1, nproftypes 
     717 
     718            SELECT CASE ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) ) 
     719            CASE('prof') 
     720               zprofvar1(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_tem) 
     721               zprofvar2(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_sal) 
     722               zprofmask1(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     723               zprofmask2(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     724               zglam1(:,:) = glamt(:,:) 
     725               zglam2(:,:) = glamt(:,:) 
     726               zgphi1(:,:) = gphit(:,:) 
     727               zgphi2(:,:) = gphit(:,:) 
     728            CASE('vel') 
     729               zprofvar1(:,:,:) = un(:,:,:) 
     730               zprofvar2(:,:,:) = vn(:,:,:) 
     731               zprofmask1(:,:,:) = umask(:,:,:) 
     732               zprofmask2(:,:,:) = vmask(:,:,:) 
     733               zglam1(:,:) = glamu(:,:) 
     734               zglam2(:,:) = glamv(:,:) 
     735               zgphi1(:,:) = gphiu(:,:) 
     736               zgphi2(:,:) = gphiv(:,:) 
     737            CASE DEFAULT 
     738               CALL ctl_stop( 'Unknown profile observation type '//TRIM(cobstypesprof(jtype))//' in dia_obs' ) 
     739            END SELECT 
     740 
     741            CALL obs_prof_opt( profdataqc(jtype), kstp, jpi, jpj, jpk,  & 
     742               &               nit000, idaystp,                         & 
     743               &               zprofvar1, zprofvar2,                    & 
     744               &               fsdept(:,:,:), fsdepw(:,:,:),            &  
     745               &               zprofmask1, zprofmask2,                  & 
     746               &               zglam1, zglam2, zgphi1, zgphi2,          & 
     747               &               nn_1dint, nn_2dint,                      & 
     748               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     749 
     750         END DO 
     751 
     752      ENDIF 
     753 
     754      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     755 
     756         DO jtype = 1, nsurftypes 
     757 
     758            !Defaults which might be changed 
     759            zsurfmask(:,:) = tmask(:,:,1) 
     760 
     761            SELECT CASE ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) ) 
     762            CASE('sst') 
     763               zsurfvar(:,:) = tsn(:,:,1,jp_tem) 
     764            CASE('sla') 
     765               zsurfvar(:,:) = sshn(:,:) 
     766            CASE('sss') 
     767               zsurfvar(:,:) = tsn(:,:,1,jp_sal) 
     768            CASE('sic') 
     769               IF ( kstp == 0 ) THEN 
     770                  IF ( lwp .AND. surfdataqc(jtype)%nsstpmpp(1) > 0 ) THEN 
     771                     CALL ctl_warn( 'Sea-ice not initialised on zeroth '// & 
     772                        &           'time-step but some obs are valid then.' ) 
     773                     WRITE(numout,*)surfdataqc(jtype)%nsstpmpp(1), & 
     774                        &           ' sea-ice obs will be missed' 
     775                  ENDIF 
     776                  surfdataqc(jtype)%nsurfup = surfdataqc(jtype)%nsurfup + & 
     777                     &                        surfdataqc(jtype)%nsstp(1) 
     778                  CYCLE 
     779               ELSE 
     780#if defined key_cice 
     781                  zsurfvar(:,:) = fr_i(:,:) 
     782#elif defined key_lim2 || defined key_lim3 
     783                  zsurfvar(:,:) = 1._wp - frld(:,:) 
     784#else 
     785               CALL ctl_stop( ' Trying to run sea-ice observation operator', & 
     786                  &           ' but no sea-ice model appears to have been defined' ) 
    1047787#endif 
    1048       !----------------------------------------------------------------------- 
    1049       ! Depending on switches call various observation operators 
    1050       !----------------------------------------------------------------------- 
    1051  
    1052       !  - Temperature/salinity profiles 
    1053       IF ( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    1054          DO jprofset = 1, nprofsets 
    1055             IF ( ld_enact(jprofset) ) THEN 
    1056                CALL obs_pro_opt( prodatqc(jprofset),                     & 
    1057                   &              kstp, jpi, jpj, jpk, nit000, idaystp,   & 
    1058                   &              tsn(:,:,:,jp_tem), tsn(:,:,:,jp_sal),   & 
    1059                   &              gdept_1d, tmask, n1dint, n2dint,        & 
    1060                   &              kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    1061             ELSE 
    1062                CALL obs_pro_opt( prodatqc(jprofset),                     & 
    1063                   &              kstp, jpi, jpj, jpk, nit000, idaystp,   & 
    1064                   &              tsn(:,:,:,jp_tem), tsn(:,:,:,jp_sal),   & 
    1065                   &              gdept_1d, tmask, n1dint, n2dint              ) 
    1066             ENDIF 
     788               ENDIF 
     789 
     790            CASE('logchl') 
     791#if defined key_hadocc 
     792               zsurfvar(:,:) = HADOCC_CHL(:,:,1)    ! (not log) chlorophyll from HadOCC 
     793#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     794               zsurfvar(:,:) = MEDUSA_CHL(:,:,1)    ! (not log) chlorophyll from HadOCC 
     795#elif defined key_fabm 
     796               chl_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabmdia_chltot) 
     797               zsurfvar(:,:) = chl_3d(:,:,1) 
     798#else 
     799               CALL ctl_stop( ' Trying to run logchl observation operator', & 
     800                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     801#endif 
     802               zsurfmask(:,:) = tmask(:,:,1)         ! create a special mask to exclude certain things 
     803               ! Take the log10 where we can, otherwise exclude 
     804               tiny = 1.0e-20 
     805               WHERE(zsurfvar(:,:) > tiny .AND. zsurfvar(:,:) /= obfillflt ) 
     806                  zsurfvar(:,:)  = LOG10(zsurfvar(:,:)) 
     807               ELSEWHERE 
     808                  zsurfvar(:,:)  = obfillflt 
     809                  zsurfmask(:,:) = 0 
     810               END WHERE 
     811            CASE('spm') 
     812#if defined key_spm 
     813               zsurfvar(:,:) = 0.0 
     814               DO jn = 1, jp_spm 
     815                  zsurfvar(:,:) = zsurfvar(:,:) + trn(:,:,1,jn)   ! sum SPM sizes 
     816               END DO 
     817#else 
     818               CALL ctl_stop( ' Trying to run spm observation operator', & 
     819                  &           ' but no spm model appears to have been defined' ) 
     820#endif 
     821            CASE('fco2') 
     822#if defined key_hadocc 
     823               zsurfvar(:,:) = HADOCC_FCO2(:,:)    ! fCO2 from HadOCC 
     824               IF ( ( MINVAL( HADOCC_FCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) .AND. & 
     825                  & ( MAXVAL( HADOCC_FCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) ) THEN 
     826                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     827                  zsurfmask(:,:) = 0 
     828                  CALL ctl_warn( ' HadOCC fCO2 values masked out for observation operator', & 
     829                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     830                     &           ' as HADOCC_FCO2(:,:) == HADOCC_FILL_FLT' ) 
     831               ENDIF 
     832#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     833               zsurfmask(:,:) = MEDUSA_FCO2(:,:)    ! fCO2 from MEDUSA 
     834               IF ( ( MINVAL( MEDUSA_FCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) .AND. & 
     835                  & ( MAXVAL( MEDUSA_FCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) ) THEN 
     836                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     837                  zsurfmask(:,:) = 0 
     838                  CALL ctl_warn( ' MEDUSA fCO2 values masked out for observation operator', & 
     839                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     840                     &           ' as MEDUSA_FCO2(:,:) == MEDUSA_FILL_FLT' ) 
     841               ENDIF 
     842#elif defined key_fabm 
     843               ! First, get pCO2 from FABM 
     844               pco2_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_o3pc) 
     845               zsurfvar(:,:) = pco2_3d(:,:,1) 
     846               ! Now, convert pCO2 to fCO2, based on SST in K. This follows the standard methodology of: 
     847               ! Pierrot et al. (2009), Recommendations for autonomous underway pCO2 measuring systems 
     848               ! and data reduction routines, Deep-Sea Research II, 56: 512-522. 
     849               ! and 
     850               ! Weiss (1974), Carbon dioxide in water and seawater: the solubility of a non-ideal gas, 
     851               ! Marine Chemistry, 2: 203-215. 
     852               ! In the implementation below, atmospheric pressure has been assumed to be 1 atm and so 
     853               ! not explicitly included - atmospheric pressure is not necessarily available so this is 
     854               ! the best assumption. 
     855               ! Further, the (1-xCO2)^2 term has been neglected. This is common practice 
     856               ! (see e.g. Zeebe and Wolf-Gladrow (2001), CO2 in Seawater: Equilibrium, Kinetics, Isotopes) 
     857               ! because xCO2 in atm is ~0, and so this term will only affect the result to the 3rd decimal 
     858               ! place for typical values, and xCO2 would need to be approximated from pCO2 anyway. 
     859               zsurfvar(:,:) = zsurfvar(:,:) * EXP((-1636.75                                                          + & 
     860                  &            12.0408      * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)                                                 - & 
     861                  &            0.0327957    * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)                         + & 
     862                  &            0.0000316528 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0) + & 
     863                  &            2.0 * (57.7 - 0.118 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)))                                        / & 
     864                  &            (82.0578 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0))) 
     865#else 
     866               CALL ctl_stop( ' Trying to run fco2 observation operator', & 
     867                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     868#endif 
     869            CASE('pco2') 
     870#if defined key_hadocc 
     871               zsurfvar(:,:) = HADOCC_PCO2(:,:)    ! pCO2 from HadOCC 
     872               IF ( ( MINVAL( HADOCC_PCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) .AND. & 
     873                  & ( MAXVAL( HADOCC_PCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) ) THEN 
     874                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     875                  zsurfmask(:,:) = 0 
     876                  CALL ctl_warn( ' HadOCC pCO2 values masked out for observation operator', & 
     877                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     878                     &           ' as HADOCC_PCO2(:,:) == HADOCC_FILL_FLT' ) 
     879               ENDIF 
     880#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     881               zsurfvar(:,:) = MEDUSA_PCO2(:,:)    ! pCO2 from MEDUSA 
     882               IF ( ( MINVAL( MEDUSA_PCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) .AND. & 
     883                  & ( MAXVAL( MEDUSA_PCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) ) THEN 
     884                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     885                  zsurfmask(:,:) = 0 
     886                  CALL ctl_warn( ' MEDUSA pCO2 values masked out for observation operator', & 
     887                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     888                     &           ' as MEDUSA_PCO2(:,:) == MEDUSA_FILL_FLT' ) 
     889               ENDIF 
     890#elif defined key_fabm 
     891               pco2_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_o3pc) 
     892               zsurfvar(:,:) = pco2_3d(:,:,1) 
     893#else 
     894               CALL ctl_stop( ' Trying to run pCO2 observation operator', & 
     895                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     896#endif 
     897 
     898            CASE DEFAULT 
     899 
     900               CALL ctl_stop( 'Unknown surface observation type '//TRIM(cobstypessurf(jtype))//' in dia_obs' ) 
     901 
     902            END SELECT 
     903 
     904            CALL obs_surf_opt( surfdataqc(jtype), kstp, jpi, jpj,       & 
     905               &               nit000, idaystp, zsurfvar, zsurfmask,    & 
     906               &               n2dintsurf(jtype), llnightav(jtype),     & 
     907               &               ravglamscl(jtype), ravgphiscl(jtype),     & 
     908               &               lfpindegs(jtype) ) 
     909 
    1067910         END DO 
    1068       ENDIF 
    1069  
    1070       !  - Sea surface anomaly 
    1071       IF ( ln_sla ) THEN 
    1072          DO jslaset = 1, nslasets 
    1073             CALL obs_sla_opt( sladatqc(jslaset),            & 
    1074                &              kstp, jpi, jpj, nit000, sshn, & 
    1075                &              tmask(:,:,1), n2dint ) 
    1076          END DO          
    1077       ENDIF 
    1078  
    1079       !  - Sea surface temperature 
    1080       IF ( ln_sst ) THEN 
    1081          DO jsstset = 1, nsstsets 
    1082             CALL obs_sst_opt( sstdatqc(jsstset),                & 
    1083                &              kstp, jpi, jpj, nit000, idaystp,  & 
    1084                &              tsn(:,:,1,jp_tem), tmask(:,:,1),  & 
    1085                &              n2dint, ld_sstnight(jsstset) ) 
    1086          END DO 
    1087       ENDIF 
    1088  
    1089       !  - Sea surface salinity 
    1090       IF ( ln_sss ) THEN 
    1091          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    1092       ENDIF 
    1093  
    1094 #if defined key_lim2 || defined key_lim3 
    1095       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1096          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1097             CALL obs_seaice_opt( seaicedatqc(jseaiceset),      & 
    1098                &              kstp, jpi, jpj, nit000, 1.-frld, & 
    1099                &              tmask(:,:,1), n2dint ) 
    1100          END DO 
    1101       ENDIF       
    1102 #endif 
    1103  
    1104       !  - Velocity profiles 
    1105       IF ( ln_vel3d ) THEN 
    1106          DO jveloset = 1, nvelosets 
    1107            ! zonal component of velocity 
    1108            CALL obs_vel_opt( veldatqc(jveloset), kstp, jpi, jpj, jpk, & 
    1109               &              nit000, idaystp, un, vn, gdept_1d, umask, vmask, & 
    1110                              n1dint, n2dint, ld_velav(jveloset) ) 
    1111          END DO 
    1112       ENDIF 
    1113  
    1114 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1115       CALL wrk_dealloc(jpi,jpj,frld)  
    1116 #endif 
     911 
     912      ENDIF 
     913 
     914      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar1 ) 
     915      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar2 ) 
     916      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask1 ) 
     917      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask2 ) 
     918      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsurfvar ) 
     919      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsurfmask ) 
     920      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     921      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     922      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     923      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
    1117924 
    1118925   END SUBROUTINE dia_obs 
    1119    
    1120    SUBROUTINE dia_obs_wri  
     926 
     927   SUBROUTINE dia_obs_wri 
    1121928      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1122929      !!                    ***  ROUTINE dia_obs_wri  *** 
    … …  
    1126933      !! ** Method  : Call observation diagnostic output routines 
    1127934      !! 
    1128       !! ** Action  :  
     935      !! ** Action  : 
    1129936      !! 
    1130937      !! History : 
    … …  
    1134941      !!        !  07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
    1135942      !!        !  08-09  (M. Valdivieso) Velocity component (U,V) profiles 
     943      !!        !  15-08  (M. Martin) Combined writing for prof and surf types 
    1136944      !!---------------------------------------------------------------------- 
     945      !! * Modules used 
     946      USE obs_rot_vel          ! Rotation of velocities 
     947 
    1137948      IMPLICIT NONE 
    1138949 
    1139950      !! * Local declarations 
    1140  
    1141       INTEGER :: jprofset                 ! Profile data set loop variable 
    1142       INTEGER :: jveloset                 ! Velocity data set loop variable 
    1143       INTEGER :: jslaset                  ! SLA data set loop variable 
    1144       INTEGER :: jsstset                  ! SST data set loop variable 
    1145       INTEGER :: jseaiceset               ! Sea Ice data set loop variable 
    1146       INTEGER :: jset 
    1147       INTEGER :: jfbini 
    1148       CHARACTER(LEN=20) :: datestr=" ",timestr=" " 
    1149       CHARACTER(LEN=10) :: cdtmp 
     951      INTEGER :: jtype                    ! Data set loop variable 
     952      INTEGER :: jo, jvar, jk 
     953      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     954         & zu, & 
     955         & zv 
     956 
    1150957      !----------------------------------------------------------------------- 
    1151958      ! Depending on switches call various observation output routines 
    1152959      !----------------------------------------------------------------------- 
    1153960 
    1154       !  - Temperature/salinity profiles 
    1155  
    1156       IF( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    1157  
    1158          ! Copy data from prodatqc to profdata structures 
    1159          DO jprofset = 1, nprofsets 
    1160  
    1161             CALL obs_prof_decompress( prodatqc(jprofset), & 
    1162                  &                    profdata(jprofset), .TRUE., numout ) 
     961      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     962 
     963         DO jtype = 1, nproftypes 
     964 
     965            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'vel' ) THEN 
     966 
     967               ! For velocity data, rotate the model velocities to N/S, E/W 
     968               ! using the compressed data structure. 
     969               ALLOCATE( & 
     970                  & zu(profdataqc(jtype)%nvprot(1)), & 
     971                  & zv(profdataqc(jtype)%nvprot(2))  & 
     972                  & ) 
     973 
     974               CALL obs_rotvel( profdataqc(jtype), nn_2dint, zu, zv ) 
     975 
     976               DO jo = 1, profdataqc(jtype)%nprof 
     977                  DO jvar = 1, 2 
     978                     DO jk = profdataqc(jtype)%npvsta(jo,jvar), profdataqc(jtype)%npvend(jo,jvar) 
     979 
     980                        IF ( jvar == 1 ) THEN 
     981                           profdataqc(jtype)%var(jvar)%vmod(jk) = zu(jk) 
     982                        ELSE 
     983                           profdataqc(jtype)%var(jvar)%vmod(jk) = zv(jk) 
     984                        ENDIF 
     985 
     986                     END DO 
     987                  END DO 
     988               END DO 
     989 
     990               DEALLOCATE( zu ) 
     991               DEALLOCATE( zv ) 
     992 
     993            END IF 
     994 
     995            CALL obs_prof_decompress( profdataqc(jtype), & 
     996               &                      profdata(jtype), .TRUE., numout ) 
     997 
     998            CALL obs_wri_prof( profdata(jtype) ) 
    1163999 
    11641000         END DO 
    11651001 
    1166          ! Write the profiles. 
    1167  
    1168          jprofset = 0 
    1169  
    1170          ! ENACT insitu data 
    1171  
    1172          IF ( ln_ena ) THEN 
    1173             
    1174             jprofset = jprofset + 1 
    1175  
    1176             CALL obs_wri_p3d( 'enact', profdata(jprofset) ) 
    1177  
    1178          ENDIF 
    1179  
    1180          ! Coriolis insitu data 
    1181  
    1182          IF ( ln_cor ) THEN 
    1183              
    1184             jprofset = jprofset + 1 
    1185  
    1186             CALL obs_wri_p3d( 'corio', profdata(jprofset) ) 
    1187              
    1188          ENDIF 
    1189           
    1190          ! Feedback insitu data 
    1191  
    1192          IF ( ln_profb ) THEN 
    1193  
    1194             jfbini = jprofset + 1 
    1195  
    1196             DO jprofset = jfbini, nprofsets 
    1197                 
    1198                jset = jprofset - jfbini + 1 
    1199                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'profb_',jset 
    1200                CALL obs_wri_p3d( cdtmp, profdata(jprofset) ) 
    1201  
    1202             END DO 
    1203  
    1204          ENDIF 
    1205  
    1206       ENDIF 
    1207  
    1208       !  - Sea surface anomaly 
    1209       IF ( ln_sla ) THEN 
    1210  
    1211          ! Copy data from sladatqc to sladata structures 
    1212          DO jslaset = 1, nslasets 
    1213  
    1214               CALL obs_surf_decompress( sladatqc(jslaset), & 
    1215                  &                    sladata(jslaset), .TRUE., numout ) 
     1002      ENDIF 
     1003 
     1004      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     1005 
     1006         DO jtype = 1, nsurftypes 
     1007 
     1008            CALL obs_surf_decompress( surfdataqc(jtype), & 
     1009               &                      surfdata(jtype), .TRUE., numout ) 
     1010 
     1011            CALL obs_wri_surf( surfdata(jtype) ) 
    12161012 
    12171013         END DO 
    12181014 
    1219          jslaset = 0  
    1220  
    1221          ! Write the AVISO SLA data 
    1222  
    1223          IF ( ln_sladt ) THEN 
    1224              
    1225             jslaset = 1 
    1226             CALL obs_wri_sla( 'aviso_act', sladata(jslaset) ) 
    1227             jslaset = 2 
    1228             CALL obs_wri_sla( 'aviso_pas', sladata(jslaset) ) 
    1229  
    1230          ENDIF 
    1231  
    1232          IF ( ln_slafb ) THEN 
    1233              
    1234             jfbini = jslaset + 1 
    1235  
    1236             DO jslaset = jfbini, nslasets 
    1237                 
    1238                jset = jslaset - jfbini + 1 
    1239                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'slafb_',jset 
    1240                CALL obs_wri_sla( cdtmp, sladata(jslaset) ) 
    1241  
    1242             END DO 
    1243  
    1244          ENDIF 
    1245  
    1246       ENDIF 
    1247  
    1248       !  - Sea surface temperature 
    1249       IF ( ln_sst ) THEN 
    1250  
    1251          ! Copy data from sstdatqc to sstdata structures 
    1252          DO jsstset = 1, nsstsets 
    1253       
    1254               CALL obs_surf_decompress( sstdatqc(jsstset), & 
    1255                  &                    sstdata(jsstset), .TRUE., numout ) 
    1256  
    1257          END DO 
    1258  
    1259          jsstset = 0  
    1260  
    1261          ! Write the AVISO SST data 
    1262  
    1263          IF ( ln_reysst ) THEN 
    1264              
    1265             jsstset = jsstset + 1 
    1266             CALL obs_wri_sst( 'reynolds', sstdata(jsstset) ) 
    1267  
    1268          ENDIF 
    1269  
    1270          IF ( ln_ghrsst ) THEN 
    1271              
    1272             jsstset = jsstset + 1 
    1273             CALL obs_wri_sst( 'ghr', sstdata(jsstset) ) 
    1274  
    1275          ENDIF 
    1276  
    1277          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    1278              
    1279             jfbini = jsstset + 1 
    1280  
    1281             DO jsstset = jfbini, nsstsets 
    1282                 
    1283                jset = jsstset - jfbini + 1 
    1284                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'sstfb_',jset 
    1285                CALL obs_wri_sst( cdtmp, sstdata(jsstset) ) 
    1286  
    1287             END DO 
    1288  
    1289          ENDIF 
    1290  
    1291       ENDIF 
    1292  
    1293       !  - Sea surface salinity 
    1294       IF ( ln_sss ) THEN 
    1295          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    1296       ENDIF 
    1297  
    1298       !  - Sea Ice Concentration 
    1299       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1300  
    1301          ! Copy data from seaicedatqc to seaicedata structures 
    1302          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1303  
    1304               CALL obs_surf_decompress( seaicedatqc(jseaiceset), & 
    1305                  &                    seaicedata(jseaiceset), .TRUE., numout ) 
    1306  
    1307          END DO 
    1308  
    1309          ! Write the Sea Ice data 
    1310          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1311        
    1312             WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'seaicefb_',jseaiceset 
    1313             CALL obs_wri_seaice( cdtmp, seaicedata(jseaiceset) ) 
    1314  
    1315          END DO 
    1316  
    1317       ENDIF 
    1318        
    1319       ! Velocity data 
    1320       IF( ln_vel3d ) THEN 
    1321  
    1322          ! Copy data from veldatqc to velodata structures 
    1323          DO jveloset = 1, nvelosets 
    1324  
    1325             CALL obs_prof_decompress( veldatqc(jveloset), & 
    1326                  &                    velodata(jveloset), .TRUE., numout ) 
    1327  
    1328          END DO 
    1329  
    1330          ! Write the profiles. 
    1331  
    1332          jveloset = 0 
    1333  
    1334          ! Daily averaged data 
    1335  
    1336          IF ( ln_velavcur ) THEN 
    1337              
    1338             jveloset = jveloset + 1 
    1339  
    1340             CALL obs_wri_vel( 'velavcurr', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1341  
    1342          ENDIF 
    1343  
    1344          ! High frequency data 
    1345  
    1346          IF ( ln_velhrcur ) THEN 
    1347              
    1348             jveloset = jveloset + 1 
    1349  
    1350             CALL obs_wri_vel( 'velhrcurr', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1351  
    1352          ENDIF 
    1353  
    1354          ! Daily averaged data 
    1355  
    1356          IF ( ln_velavadcp ) THEN 
    1357              
    1358             jveloset = jveloset + 1 
    1359  
    1360             CALL obs_wri_vel( 'velavadcp', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1361  
    1362          ENDIF 
    1363  
    1364          ! High frequency data 
    1365  
    1366          IF ( ln_velhradcp ) THEN 
    1367              
    1368             jveloset = jveloset + 1 
    1369              
    1370             CALL obs_wri_vel( 'velhradcp', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1371                 
    1372          ENDIF 
    1373  
    1374          ! Feedback velocity data 
    1375  
    1376          IF ( ln_velfb ) THEN 
    1377  
    1378             jfbini = jveloset + 1 
    1379  
    1380             DO jveloset = jfbini, nvelosets 
    1381                 
    1382                jset = jveloset - jfbini + 1 
    1383                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'velfb_',jset 
    1384                CALL obs_wri_vel( cdtmp, velodata(jveloset), n2dint ) 
    1385  
    1386             END DO 
    1387  
    1388          ENDIF 
    1389           
    13901015      ENDIF 
    13911016 
    … …  
    14051030      !! 
    14061031      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1407       !! obs_grid deallocation 
     1032      ! obs_grid deallocation 
    14081033      CALL obs_grid_deallocate 
    14091034 
    1410       !! diaobs deallocation 
    1411       IF ( nprofsets > 0 ) THEN 
    1412           DEALLOCATE(ld_enact, & 
    1413                   &  profdata, & 
    1414                   &  prodatqc) 
    1415       END IF 
    1416       IF ( ln_sla ) THEN 
    1417           DEALLOCATE(sladata, & 
    1418                   &  sladatqc) 
    1419       END IF 
    1420       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1421           DEALLOCATE(sladata, & 
    1422                   &  sladatqc) 
    1423       END IF 
    1424       IF ( ln_sst ) THEN 
    1425           DEALLOCATE(sstdata, & 
    1426                   &  sstdatqc) 
    1427       END IF 
    1428       IF ( ln_vel3d ) THEN 
    1429           DEALLOCATE(ld_velav, & 
    1430                   &  velodata, & 
    1431                   &  veldatqc) 
    1432       END IF 
     1035      ! diaobs deallocation 
     1036      IF ( nproftypes > 0 ) & 
     1037         &   DEALLOCATE( cobstypesprof, profdata, profdataqc, nvarsprof, nextrprof ) 
     1038 
     1039      IF ( nsurftypes > 0 ) & 
     1040         &   DEALLOCATE( cobstypessurf, surfdata, surfdataqc, nvarssurf, nextrsurf, & 
     1041         &               n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, lfpindegs, llnightav ) 
     1042 
    14331043   END SUBROUTINE dia_obs_dealloc 
    14341044 
    … …  
    14361046      !!---------------------------------------------------------------------- 
    14371047      !!                    ***  ROUTINE ini_date  *** 
    1438       !!           
    1439       !! ** Purpose : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1440       !! 
    1441       !! ** Method  : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1442       !! 
    1443       !! ** Action  : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1048      !! 
     1049      !! ** Purpose : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1050      !! 
     1051      !! ** Method  : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1052      !! 
     1053      !! ** Action  : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    14441054      !! 
    14451055      !! History : 
    … …  
    14521062      USE phycst, ONLY : &            ! Physical constants 
    14531063         & rday 
    1454 !      USE daymod, ONLY : &            ! Time variables 
    1455 !         & nmonth_len            
    14561064      USE dom_oce, ONLY : &           ! Ocean space and time domain variables 
    14571065         & rdt 
    … …  
    14601068 
    14611069      !! * Arguments 
    1462       REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: ddobsini                         ! Initial date in YYYYMMDD.HHMMSS 
     1070      REAL(dp), INTENT(OUT) :: ddobsini  ! Initial date in YYYYMMDD.HHMMSS 
    14631071 
    14641072      !! * Local declarations 
    … …  
    14681076      INTEGER :: ihou 
    14691077      INTEGER :: imin 
    1470       INTEGER :: imday         ! Number of days in month. 
    1471       REAL(KIND=wp) :: zdayfrc ! Fraction of day 
    1472  
    1473       INTEGER, DIMENSION(12) ::   imonth_len    !: length in days of the months of the current year 
    1474  
    1475       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1476       !! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    1477       !! (This assumes that the initial date is for 00z)) 
    1478       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1078      INTEGER :: imday       ! Number of days in month. 
     1079      INTEGER, DIMENSION(12) :: & 
     1080         &       imonth_len  ! Length in days of the months of the current year 
     1081      REAL(wp) :: zdayfrc    ! Fraction of day 
     1082 
     1083      !---------------------------------------------------------------------- 
     1084      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
     1085      ! (This assumes that the initial date is for 00z)) 
     1086      !---------------------------------------------------------------------- 
    14791087      iyea =   ndate0 / 10000 
    14801088      imon = ( ndate0 - iyea * 10000 ) / 100 
    … …  
    14831091      imin = 0 
    14841092 
    1485       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1486       !! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
    1487       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1093      !---------------------------------------------------------------------- 
     1094      ! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
     1095      !---------------------------------------------------------------------- 
    14881096      iday = iday + ( nit000 -1 ) * rdt / rday 
    14891097      zdayfrc = ( nit000 -1 ) * rdt / rday 
    … …  
    14921100      imin = int( (zdayfrc * 24 - ihou) * 60 ) 
    14931101 
    1494       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1495       !! Convert number of days (iday) into a real date 
    1496       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1102      !----------------------------------------------------------------------- 
     1103      ! Convert number of days (iday) into a real date 
     1104      !---------------------------------------------------------------------- 
    14971105 
    14981106      CALL calc_month_len( iyea, imonth_len ) 
    1499        
     1107 
    15001108      DO WHILE ( iday > imonth_len(imon) ) 
    15011109         iday = iday - imonth_len(imon) 
    … …  
    15081116      END DO 
    15091117 
    1510       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1511       !! Convert it into YYYYMMDD.HHMMSS format. 
    1512       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1118      !---------------------------------------------------------------------- 
     1119      ! Convert it into YYYYMMDD.HHMMSS format. 
     1120      !---------------------------------------------------------------------- 
    15131121      ddobsini = iyea * 10000_dp + imon * 100_dp + & 
    15141122         &       iday + ihou * 0.01_dp + imin * 0.0001_dp 
    … …  
    15201128      !!---------------------------------------------------------------------- 
    15211129      !!                    ***  ROUTINE fin_date  *** 
    1522       !!           
    1523       !! ** Purpose : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1524       !! 
    1525       !! ** Method  : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1526       !! 
    1527       !! ** Action  : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1130      !! 
     1131      !! ** Purpose : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1132      !! 
     1133      !! ** Method  : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1134      !! 
     1135      !! ** Action  : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    15281136      !! 
    15291137      !! History : 
    … …  
    15351143      USE phycst, ONLY : &            ! Physical constants 
    15361144         & rday 
    1537 !      USE daymod, ONLY : &            ! Time variables 
    1538 !         & nmonth_len                 
    15391145      USE dom_oce, ONLY : &           ! Ocean space and time domain variables 
    15401146         & rdt 
    … …  
    15431149 
    15441150      !! * Arguments 
    1545       REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: ddobsfin                  ! Final date in YYYYMMDD.HHMMSS 
     1151      REAL(dp), INTENT(OUT) :: ddobsfin ! Final date in YYYYMMDD.HHMMSS 
    15461152 
    15471153      !! * Local declarations 
    … …  
    15511157      INTEGER :: ihou 
    15521158      INTEGER :: imin 
    1553       INTEGER :: imday         ! Number of days in month. 
    1554       REAL(KIND=wp) :: zdayfrc       ! Fraction of day 
    1555           
    1556       INTEGER, DIMENSION(12) ::   imonth_len    !: length in days of the months of the current year 
    1557              
     1159      INTEGER :: imday       ! Number of days in month. 
     1160      INTEGER, DIMENSION(12) :: & 
     1161         &       imonth_len  ! Length in days of the months of the current year 
     1162      REAL(wp) :: zdayfrc    ! Fraction of day 
     1163 
    15581164      !----------------------------------------------------------------------- 
    15591165      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    … …  
    15651171      ihou = 0 
    15661172      imin = 0 
    1567        
     1173 
    15681174      !----------------------------------------------------------------------- 
    15691175      ! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
    … …  
    15801186 
    15811187      CALL calc_month_len( iyea, imonth_len ) 
    1582        
     1188 
    15831189      DO WHILE ( iday > imonth_len(imon) ) 
    15841190         iday = iday - imonth_len(imon) 
    … …  
    15981204 
    15991205    END SUBROUTINE fin_date 
    1600      
     1206 
     1207    SUBROUTINE obs_settypefiles( ntypes, jpmaxnfiles, jtype, ctypein, & 
     1208       &                         cfilestype, ifiles, cobstypes, cfiles ) 
     1209 
     1210    INTEGER, INTENT(IN) :: ntypes      ! Total number of obs types 
     1211    INTEGER, INTENT(IN) :: jpmaxnfiles ! Maximum number of files allowed for each type 
     1212    INTEGER, INTENT(IN) :: jtype       ! Index of the current type of obs 
     1213    INTEGER, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1214       &                   ifiles      ! Out appended number of files for this type 
     1215 
     1216    CHARACTER(len=6), INTENT(IN) :: ctypein  
     1217    CHARACTER(len=128), DIMENSION(jpmaxnfiles), INTENT(IN) :: & 
     1218       &                   cfilestype  ! In list of files for this obs type 
     1219    CHARACTER(len=6), DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1220       &                   cobstypes   ! Out appended list of obs types 
     1221    CHARACTER(len=128), DIMENSION(ntypes, jpmaxnfiles), INTENT(INOUT) :: & 
     1222       &                   cfiles      ! Out appended list of files for all types 
     1223 
     1224    !Local variables 
     1225    INTEGER :: jfile 
     1226 
     1227    cfiles(jtype,:) = cfilestype(:) 
     1228    cobstypes(jtype) = ctypein 
     1229    ifiles(jtype) = 0 
     1230    DO jfile = 1, jpmaxnfiles 
     1231       IF ( trim(cfiles(jtype,jfile)) /= '' ) & 
     1232                 ifiles(jtype) = ifiles(jtype) + 1 
     1233    END DO 
     1234 
     1235    IF ( ifiles(jtype) == 0 ) THEN 
     1236         CALL ctl_stop( 'Logical for observation type '//TRIM(ctypein)//   & 
     1237            &           ' set to true but no files available to read' ) 
     1238    ENDIF 
     1239 
     1240    IF(lwp) THEN     
     1241       WRITE(numout,*) '             '//cobstypes(jtype)//' input observation file names:' 
     1242       DO jfile = 1, ifiles(jtype) 
     1243          WRITE(numout,*) '                '//TRIM(cfiles(jtype,jfile)) 
     1244       END DO 
     1245    ENDIF 
     1246 
     1247    END SUBROUTINE obs_settypefiles 
     1248 
     1249    SUBROUTINE obs_setinterpopts( ntypes, jtype, ctypein,             & 
     1250               &                  n2dint_default, n2dint_type,        & 
     1251               &                  ravglamscl_type, ravgphiscl_type,   & 
     1252               &                  lfp_indegs_type, lavnight_type,     & 
     1253               &                  n2dint, ravglamscl, ravgphiscl,     & 
     1254               &                  lfpindegs, lavnight ) 
     1255 
     1256    INTEGER, INTENT(IN)  :: ntypes             ! Total number of obs types 
     1257    INTEGER, INTENT(IN)  :: jtype              ! Index of the current type of obs 
     1258    INTEGER, INTENT(IN)  :: n2dint_default     ! Default option for interpolation type 
     1259    INTEGER, INTENT(IN)  :: n2dint_type        ! Option for interpolation type 
     1260    REAL(wp), INTENT(IN) :: & 
     1261       &                    ravglamscl_type, & !E/W diameter of obs footprint for this type 
     1262       &                    ravgphiscl_type    !N/S diameter of obs footprint for this type 
     1263    LOGICAL, INTENT(IN)  :: lfp_indegs_type    !T=> footprint in degrees, F=> in metres 
     1264    LOGICAL, INTENT(IN)  :: lavnight_type      !T=> obs represent night time average 
     1265    CHARACTER(len=6), INTENT(IN) :: ctypein  
     1266 
     1267    INTEGER, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1268       &                    n2dint  
     1269    REAL(wp), DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1270       &                    ravglamscl, ravgphiscl 
     1271    LOGICAL, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1272       &                    lfpindegs, lavnight 
     1273 
     1274    lavnight(jtype) = lavnight_type 
     1275 
     1276    IF ( (n2dint_type >= 1) .AND. (n2dint_type <= 6) ) THEN 
     1277       n2dint(jtype) = n2dint_type 
     1278    ELSE 
     1279       n2dint(jtype) = n2dint_default 
     1280    ENDIF 
     1281 
     1282    ! For averaging observation footprints set options for size of footprint  
     1283    IF ( (n2dint(jtype) > 4) .AND. (n2dint(jtype) <= 6) ) THEN 
     1284       IF ( ravglamscl_type > 0._wp ) THEN 
     1285          ravglamscl(jtype) = ravglamscl_type 
     1286       ELSE 
     1287          CALL ctl_stop( 'Incorrect value set for averaging footprint '// & 
     1288                         'scale (ravglamscl) for observation type '//TRIM(ctypein) )       
     1289       ENDIF 
     1290 
     1291       IF ( ravgphiscl_type > 0._wp ) THEN 
     1292          ravgphiscl(jtype) = ravgphiscl_type 
     1293       ELSE 
     1294          CALL ctl_stop( 'Incorrect value set for averaging footprint '// & 
     1295                         'scale (ravgphiscl) for observation type '//TRIM(ctypein) )       
     1296       ENDIF 
     1297 
     1298       lfpindegs(jtype) = lfp_indegs_type  
     1299 
     1300    ENDIF 
     1301 
     1302    ! Write out info  
     1303    IF(lwp) THEN 
     1304       IF ( n2dint(jtype) <= 4 ) THEN 
     1305          WRITE(numout,*) '             '//TRIM(ctypein)// & 
     1306             &            ' model counterparts will be interpolated horizontally' 
     1307       ELSE IF ( n2dint(jtype) <= 6 ) THEN 
     1308          WRITE(numout,*) '             '//TRIM(ctypein)// & 
     1309             &            ' model counterparts will be averaged horizontally' 
     1310          WRITE(numout,*) '             '//'    with E/W scale: ',ravglamscl(jtype) 
     1311          WRITE(numout,*) '             '//'    with N/S scale: ',ravgphiscl(jtype) 
     1312          IF ( lfpindegs(jtype) ) THEN 
     1313              WRITE(numout,*) '             '//'    (in degrees)' 
     1314          ELSE 
     1315              WRITE(numout,*) '             '//'    (in metres)' 
     1316          ENDIF 
     1317       ENDIF 
     1318    ENDIF 
     1319 
     1320    END SUBROUTINE obs_setinterpopts 
     1321 
    16011322END MODULE diaobs 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_grd_bruteforce.h90

    r2358 r7992  
    325325         CALL obs_mpp_max_integer( kobsj, kobs ) 
    326326      ELSE 
    327          CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobsi, kobsj, kobs ) 
     327         CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc,kobs ) 
    328328      ENDIF 
    329329 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_grid.F90

    r7960 r7992  
    5252 
    5353   !! Default values 
    54    REAL, PUBLIC :: grid_search_res = 0.5    ! Resolution of grid 
     54   REAL, PUBLIC :: rn_gridsearchres = 0.5   ! Resolution of grid 
    5555   INTEGER, PRIVATE :: gsearch_nlons_def    ! Num of longitudes 
    5656   INTEGER, PRIVATE :: gsearch_nlats_def    ! Num of latitudes 
    … …  
    8383   LOGICAL, PUBLIC :: ln_grid_global         ! Use global distribution of observations 
    8484   CHARACTER(LEN=44), PUBLIC :: & 
    85       & grid_search_file    ! file name head for grid search lookup  
     85      & cn_gridsearchfile    ! file name head for grid search lookup  
    8686 
    8787   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    613613         CALL obs_mpp_max_integer( kobsj, kobs ) 
    614614      ELSE 
    615          CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobsi, kobsj, kobs ) 
     615         CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobs ) 
    616616      ENDIF 
    617617 
    … …  
    690690          
    691691         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    692          IF(lwp) WRITE(numout,*)'Grid search resolution : ', grid_search_res 
    693           
    694          gsearch_nlons_def  = NINT( 360.0_wp / grid_search_res )  
    695          gsearch_nlats_def  = NINT( 180.0_wp / grid_search_res ) 
    696          gsearch_lonmin_def = -180.0_wp + 0.5_wp * grid_search_res 
    697          gsearch_latmin_def =  -90.0_wp + 0.5_wp * grid_search_res 
    698          gsearch_dlon_def   = grid_search_res 
    699          gsearch_dlat_def   = grid_search_res 
     692         IF(lwp) WRITE(numout,*)'Grid search resolution : ', rn_gridsearchres 
     693          
     694         gsearch_nlons_def  = NINT( 360.0_wp / rn_gridsearchres )  
     695         gsearch_nlats_def  = NINT( 180.0_wp / rn_gridsearchres ) 
     696         gsearch_lonmin_def = -180.0_wp + 0.5_wp * rn_gridsearchres 
     697         gsearch_latmin_def =  -90.0_wp + 0.5_wp * rn_gridsearchres 
     698         gsearch_dlon_def   = rn_gridsearchres 
     699         gsearch_dlat_def   = rn_gridsearchres 
    700700          
    701701         IF (lwp) THEN 
    … …  
    710710         IF ( ln_grid_global ) THEN 
    711711            WRITE(cfname, FMT="(A,'_',A)") & 
    712                &          TRIM(grid_search_file), 'global.nc' 
     712               &          TRIM(cn_gridsearchfile), 'global.nc' 
    713713         ELSE 
    714714            WRITE(cfname, FMT="(A,'_',I4.4,'of',I4.4,'by',I4.4,'.nc')") & 
    715                &          TRIM(grid_search_file), nproc, jpni, jpnj 
     715               &          TRIM(cn_gridsearchfile), nproc, jpni, jpnj 
    716716         ENDIF 
    717717 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_inter_sup.F90

    r7960 r7992  
    3535CONTAINS 
    3636 
    37    SUBROUTINE obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     37   SUBROUTINE obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    3838      &                        pval, pgval, kproc ) 
    3939      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    5757      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj     ! Number of j horizontal points per stencil 
    5858      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs      ! Local number of observations 
     59      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Number of points in i direction 
     60      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj       ! Number of points in j direction 
    5961      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk       ! Number of levels 
    6062      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    … …  
    6365      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    6466         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    65       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     67      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    6668         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    6769      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
    … …  
    7375         IF (PRESENT(kproc)) THEN 
    7476 
    75             CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, & 
     77            CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, & 
    7678               &                         kgrdj, pval, pgval, kproc=kproc ) 
    7779 
    7880         ELSE 
    7981 
    80             CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, & 
     82            CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, & 
    8183               &                         kgrdj, pval, pgval ) 
    8284 
    … …  
    8587      ELSE 
    8688 
    87          CALL obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     89         CALL obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    8890            &                        pval, pgval ) 
    8991 
    … …  
    9294   END SUBROUTINE obs_int_comm_3d 
    9395 
    94    SUBROUTINE obs_int_comm_2d( kptsi, kptsj, kobs, kgrdi, kgrdj, pval, pgval, & 
     96   SUBROUTINE obs_int_comm_2d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kgrdi, kgrdj, pval, pgval, & 
    9597      &                        kproc ) 
    9698      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    111113      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj        ! Number of j horizontal points per stencil 
    112114      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs          ! Local number of observations 
     115      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi          ! Number of model grid points in i direction 
     116      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj          ! Number of model grid points in j direction 
    113117      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    114118         & kgrdi, &         ! i,j indicies for each stencil 
    … …  
    116120      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    117121         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    118       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(IN) ::& 
     122      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj), INTENT(IN) ::& 
    119123         & pval             ! Local 3D array to extra data from 
    120124      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(OUT) ::& 
    … …  
    136140      IF (PRESENT(kproc)) THEN 
    137141 
    138          CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
     142         CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
    139143            &                  zgval, kproc=kproc ) 
    140144      ELSE 
    141145 
    142          CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
     146         CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
    143147            &                  zgval ) 
    144148 
    … …  
    154158   END SUBROUTINE obs_int_comm_2d 
    155159 
    156    SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     160   SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    157161      &                               pval, pgval, kproc ) 
    158162      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    174178      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj     ! Number of j horizontal points per stencil 
    175179      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs      ! Local number of observations 
     180      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Number of model points in i direction 
     181      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj       ! Number of model points in j direction 
    176182      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk       ! Number of levels 
    177183      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    … …  
    180186      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    181187         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    182       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     188      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    183189         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    184190      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
    … …  
    207213 
    208214      ! Check valid points 
    209        
     215 
    210216      IF ( ( MAXVAL(kgrdi) > jpiglo ) .OR. ( MINVAL(kgrdi) < 1 ) .OR. & 
    211217         & ( MAXVAL(kgrdj) > jpjglo ) .OR. ( MINVAL(kgrdj) < 1 ) ) THEN 
    212           
     218 
    213219         CALL ctl_stop( 'Error in obs_int_comm_3d_global', & 
    214220            &           'Point outside global domain' ) 
    215           
     221 
    216222      ENDIF 
    217223 
    … …  
    323329   END SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global 
    324330    
    325    SUBROUTINE obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     331   SUBROUTINE obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    326332      &                              pval, pgval ) 
    327333      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    343349      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj        ! Number of j horizontal points per stencil 
    344350      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs         ! Local number of observations 
     351      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi          ! Number of model points in i direction 
     352      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj          ! Number of model points in j direction 
    345353      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk          ! Number of levels 
    346354      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    347355         & kgrdi, &         ! i,j indicies for each stencil 
    348356         & kgrdj 
    349       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     357      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    350358         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    351359      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_mpp.F90

    r7960 r7992  
    77   !!             -   ! 2006-05  (K. Mogensen)  Reformatted 
    88   !!             -   ! 2008-01  (K. Mogensen)  add mpp_global_max 
     9   !!            3.6  ! 2015-01  (J. Waters) obs_mpp_find_obs_proc  
     10   !!                            rewritten to avoid global arrays 
    911   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1012#  define mpivar mpi_double_precision 
    … …  
    1214   !! obs_mpp_bcast_integer : Broadcast an integer array from a processor to all processors 
    1315   !! obs_mpp_max_integer   : Find maximum on all processors of each value in an integer on all processors 
    14    !! obs_mpp_find_obs_proc : Find processors which should hold the observations 
     16   !! obs_mpp_find_obs_proc : Find processors which should hold the observations, avoiding global arrays 
    1517   !! obs_mpp_sum_integers  : Sum an integer array from all processors 
    1618   !! obs_mpp_sum_integer   : Sum an integer from all processors 
    … …  
    9698      ! 
    9799      INTEGER :: ierr  
    98       INTEGER, DIMENSION(kno) ::   ivals 
    99       ! 
    100 INCLUDE 'mpif.h' 
    101       !!---------------------------------------------------------------------- 
     100      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::   ivals 
     101      ! 
     102INCLUDE 'mpif.h' 
     103      !!---------------------------------------------------------------------- 
     104 
     105      ALLOCATE( ivals(kno) ) 
    102106 
    103107      ! Call the MPI library to find the maximum across processors 
    … …  
    105109         &                mpi_max, mpi_comm_opa, ierr ) 
    106110      kvals(:) = ivals(:) 
     111 
     112      DEALLOCATE( ivals ) 
    107113#else 
    108114      ! no MPI: empty routine 
    … …  
    111117 
    112118 
    113    SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc( kobsp, kobsi, kobsj, kno ) 
    114       !!---------------------------------------------------------------------- 
    115       !!               ***  ROUTINE obs_mpp_find_obs_proc *** 
    116       !!           
    117       !! ** Purpose : From the array kobsp containing the results of the grid 
     119   SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc( kobsp,kno ) 
     120      !!---------------------------------------------------------------------- 
     121      !!               ***  ROUTINE obs_mpp_find_obs_proc  *** 
     122      !!          
     123      !! ** Purpose : From the array kobsp containing the results of the 
    118124      !!              grid search on each processor the processor return a 
    119125      !!              decision of which processors should hold the observation. 
    120126      !! 
    121       !! ** Method  : A temporary 2D array holding all the decisions is 
    122       !!              constructed using mpi_allgather on each processor. 
    123       !!              If more than one processor has found the observation 
    124       !!              with the observation in the inner domain gets it 
    125       !! 
    126       !! ** Action  : This does only work for MPI.  
     127      !! ** Method  : Synchronize the processor number for each obs using 
     128      !!              obs_mpp_max_integer. If an observation exists on two  
     129      !!              processors it will be allocated to the lower numbered 
     130      !!              processor. 
     131      !! 
     132      !! ** Action  : This does only work for MPI. 
    127133      !!              It does not work for SHMEM. 
    128134      !! 
    … …  
    130136      !!---------------------------------------------------------------------- 
    131137      INTEGER                , INTENT(in   ) ::   kno 
    132       INTEGER, DIMENSION(kno), INTENT(in   ) ::   kobsi, kobsj 
    133138      INTEGER, DIMENSION(kno), INTENT(inout) ::   kobsp 
    134139      ! 
    135140#if defined key_mpp_mpi 
    136141      ! 
    137       INTEGER :: ji 
    138       INTEGER :: jj 
    139       INTEGER :: size 
    140       INTEGER :: ierr 
    141       INTEGER :: iobsip 
    142       INTEGER :: iobsjp 
    143       INTEGER :: num_sus_obs 
    144       INTEGER, DIMENSION(kno) ::   iobsig, iobsjg 
    145       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::   iobsp, iobsi, iobsj 
    146       !! 
    147 INCLUDE 'mpif.h' 
    148       !!---------------------------------------------------------------------- 
    149  
    150       !----------------------------------------------------------------------- 
    151       ! Call the MPI library to find the maximum accross processors 
    152       !----------------------------------------------------------------------- 
    153       CALL mpi_comm_size( mpi_comm_opa, size, ierr ) 
    154       !----------------------------------------------------------------------- 
    155       ! Convert local grids points to global grid points 
    156       !----------------------------------------------------------------------- 
     142      ! 
     143      INTEGER :: ji, isum 
     144      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::   iobsp 
     145      !! 
     146      !! 
     147 
     148      ALLOCATE( iobsp(kno) ) 
     149 
     150      iobsp(:)=kobsp(:) 
     151 
     152      WHERE( iobsp(:) == -1 ) 
     153         iobsp(:) = 9999999 
     154      END WHERE 
     155 
     156      iobsp(:)=-1*iobsp(:) 
     157 
     158      CALL obs_mpp_max_integer( iobsp, kno ) 
     159 
     160      kobsp(:)=-1*iobsp(:) 
     161 
     162      isum=0 
    157163      DO ji = 1, kno 
    158          IF ( ( kobsi(ji) >= 1 ) .AND. ( kobsi(ji) <= jpi ) .AND. & 
    159             & ( kobsj(ji) >= 1 ) .AND. ( kobsj(ji) <= jpj ) ) THEN 
    160             iobsig(ji) = mig( kobsi(ji) ) 
    161             iobsjg(ji) = mjg( kobsj(ji) ) 
    162          ELSE 
    163             iobsig(ji) = -1 
    164             iobsjg(ji) = -1 
     164         IF ( kobsp(ji) == 9999999 ) THEN 
     165            isum=isum+1 
     166            kobsp(ji)=-1 
    165167         ENDIF 
    166       END DO 
    167       !----------------------------------------------------------------------- 
    168       ! Get the decisions from all processors 
    169       !----------------------------------------------------------------------- 
    170       ALLOCATE( iobsp(kno,size) ) 
    171       ALLOCATE( iobsi(kno,size) ) 
    172       ALLOCATE( iobsj(kno,size) ) 
    173       CALL mpi_allgather( kobsp, kno, mpi_integer, & 
    174          &                iobsp, kno, mpi_integer, & 
    175          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    176       CALL mpi_allgather( iobsig, kno, mpi_integer, & 
    177          &                iobsi, kno, mpi_integer, & 
    178          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    179       CALL mpi_allgather( iobsjg, kno, mpi_integer, & 
    180          &                iobsj, kno, mpi_integer, & 
    181          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    182  
    183       !----------------------------------------------------------------------- 
    184       ! Find the processor with observations from the lowest processor  
    185       ! number among processors holding the observation. 
    186       !----------------------------------------------------------------------- 
    187       kobsp(:) = -1 
    188       num_sus_obs = 0 
    189       DO ji = 1, kno 
    190          DO jj = 1, size 
    191             IF ( ( kobsp(ji) == -1 ) .AND. ( iobsp(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    192                kobsp(ji) = iobsp(ji,jj) 
    193                iobsip = iobsi(ji,jj) 
    194                iobsjp = iobsj(ji,jj) 
    195             ENDIF 
    196             IF ( ( kobsp(ji) /= -1 ) .AND. ( iobsp(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    197                IF ( ( iobsip /= iobsi(ji,jj) ) .OR. & 
    198                   & ( iobsjp /= iobsj(ji,jj) ) ) THEN 
    199                   IF ( ( kobsp(ji) < 1000000 ) .AND. & 
    200                      & ( iobsp(ji,jj) < 1000000 ) ) THEN 
    201                      num_sus_obs=num_sus_obs+1 
    202                   ENDIF 
    203                ENDIF 
    204                IF ( mppmap(iobsip,iobsjp) /= ( kobsp(ji)+1 ) ) THEN 
    205                   IF ( ( iobsi(ji,jj) /= -1 ) .AND. & 
    206                      & ( iobsj(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    207                      IF ((mppmap(iobsi(ji,jj),iobsj(ji,jj)) == (iobsp(ji,jj)+1))& 
    208                         & .OR. ( iobsp(ji,jj) < kobsp(ji) ) ) THEN 
    209                         kobsp(ji) = iobsp(ji,jj) 
    210                         iobsip = iobsi(ji,jj) 
    211                         iobsjp = iobsj(ji,jj) 
    212                      ENDIF 
    213                   ENDIF 
    214                ENDIF 
    215             ENDIF 
    216          END DO 
    217       END DO 
    218       IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Number of suspicious observations: ',num_sus_obs 
    219  
    220       DEALLOCATE( iobsj ) 
    221       DEALLOCATE( iobsi ) 
     168      ENDDO 
     169 
     170 
     171      IF ( isum > 0 ) THEN 
     172         IF (lwp) WRITE(numout,*) isum, ' observations failed the grid search.' 
     173         IF (lwp) WRITE(numout,*)'If ln_grid_search_lookup=.TRUE., try reducing grid_search_res' 
     174      ENDIF 
     175 
    222176      DEALLOCATE( iobsp ) 
     177 
    223178#else 
    224179      ! no MPI: empty routine 
    225 #endif 
    226       ! 
     180#endif      
     181       
    227182   END SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc 
    228183 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_oper.F90

    r7960 r7992  
    77 
    88   !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   obs_pro_opt :    Compute the model counterpart of temperature and 
    10    !!                    salinity observations from profiles 
    11    !!   obs_sla_opt :    Compute the model counterpart of sea level anomaly 
    12    !!                    observations 
    13    !!   obs_sst_opt :    Compute the model counterpart of sea surface temperature 
    14    !!                    observations 
    15    !!   obs_sss_opt :    Compute the model counterpart of sea surface salinity 
    16    !!                    observations 
    17    !!   obs_seaice_opt : Compute the model counterpart of sea ice concentration 
    18    !!                    observations 
    19    !! 
    20    !!   obs_vel_opt :    Compute the model counterpart of zonal and meridional 
    21    !!                    components of velocity from observations. 
     9   !!   obs_prof_opt :    Compute the model counterpart of profile data 
     10   !!   obs_surf_opt :    Compute the model counterpart of surface data 
    2211   !!---------------------------------------------------------------------- 
    2312 
    24    !! * Modules used    
     13   !! * Modules used 
    2514   USE par_kind, ONLY : &         ! Precision variables 
    2615      & wp 
    2716   USE in_out_manager             ! I/O manager 
    2817   USE obs_inter_sup              ! Interpolation support 
    29    USE obs_inter_h2d, ONLY : &    ! Horizontal interpolation to the observation pt 
     18   USE obs_inter_h2d, ONLY : &    ! Horizontal interpolation to the obs pt 
    3019      & obs_int_h2d, & 
    3120      & obs_int_h2d_init 
    32    USE obs_inter_z1d, ONLY : &    ! Vertical interpolation to the observation pt 
     21   USE obs_averg_h2d, ONLY : &    ! Horizontal averaging to the obs footprint 
     22      & obs_avg_h2d, & 
     23      & obs_avg_h2d_init, & 
     24      & obs_max_fpsize 
     25   USE obs_inter_z1d, ONLY : &    ! Vertical interpolation to the obs pt 
    3326      & obs_int_z1d,    & 
    3427      & obs_int_z1d_spl 
    35    USE obs_const,  ONLY :     & 
    36       & obfillflt      ! Fillvalue    
     28   USE obs_const,  ONLY :    &    ! Obs fill value 
     29      & obfillflt 
    3730   USE dom_oce,       ONLY : & 
    38       & glamt, glamu, glamv, & 
    39       & gphit, gphiu, gphiv 
    40    USE lib_mpp,       ONLY : & 
     31      & glamt, glamf, & 
     32      & gphit, gphif 
     33   USE lib_mpp,       ONLY : &    ! Warning and stopping routines 
    4134      & ctl_warn, ctl_stop 
     35   USE sbcdcy,        ONLY : &    ! For calculation of where it is night-time 
     36      & sbc_dcy, nday_qsr 
     37   USE obs_grid,      ONLY : &  
     38      & obs_level_search      
    4239 
    4340   IMPLICIT NONE 
    … …  
    4643   PRIVATE 
    4744 
    48    PUBLIC obs_pro_opt, &  ! Compute the model counterpart of profile observations 
    49       &   obs_sla_opt, &  ! Compute the model counterpart of SLA observations 
    50       &   obs_sst_opt, &  ! Compute the model counterpart of SST observations 
    51       &   obs_sss_opt, &  ! Compute the model counterpart of SSS observations 
    52       &   obs_seaice_opt, & 
    53       &   obs_vel_opt     ! Compute the model counterpart of velocity profile data 
    54  
    55    INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: imaxavtypes = 20 ! Max number of daily avgd obs types 
     45   PUBLIC obs_prof_opt, &  ! Compute the model counterpart of profile obs 
     46      &   obs_surf_opt     ! Compute the model counterpart of surface obs 
     47 
     48   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: & 
     49      & imaxavtypes = 20   ! Max number of daily avgd obs types 
    5650 
    5751   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6155   !!---------------------------------------------------------------------- 
    6256 
     57   !! * Substitutions  
     58#  include "domzgr_substitute.h90"  
    6359CONTAINS 
    6460 
    65    SUBROUTINE obs_pro_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk, kit000, kdaystp, & 
    66       &                    ptn, psn, pgdept, ptmask, k1dint, k2dint, & 
    67       &                    kdailyavtypes ) 
     61 
     62   SUBROUTINE obs_prof_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk,          & 
     63      &                     kit000, kdaystp,                      & 
     64      &                     pvar1, pvar2, pgdept, pgdepw,         & 
     65      &                     pmask1, pmask2,                       &   
     66      &                     plam1, plam2, pphi1, pphi2,           & 
     67      &                     k1dint, k2dint, kdailyavtypes ) 
     68 
    6869      !!----------------------------------------------------------------------- 
    6970      !! 
    … …  
    7879      !! 
    7980      !!    First, a vertical profile of horizontally interpolated model 
    80       !!    now temperatures is computed at the obs (lon, lat) point. 
     81      !!    now values is computed at the obs (lon, lat) point. 
    8182      !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    8283      !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    … …  
    8687      !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    8788      !! 
    88       !!    Next, the vertical temperature profile is interpolated to the 
     89      !!    Next, the vertical profile is interpolated to the 
    8990      !!    data depth points. Two vertical interpolation schemes are 
    9091      !!    available: 
    … …  
    9697      !!    routine. 
    9798      !! 
    98       !!    For ENACT moored buoy data (e.g., TAO), the model equivalent is 
     99      !!    If the logical is switched on, the model equivalent is 
    99100      !!    a daily mean model temperature field. So, we first compute 
    100101      !!    the mean, then interpolate only at the end of the day. 
    101102      !! 
    102       !!    Note: the in situ temperature observations must be converted 
     103      !!    Note: in situ temperature observations must be converted 
    103104      !!    to potential temperature (the model variable) prior to 
    104105      !!    assimilation.  
    105       !!?????????????????????????????????????????????????????????????? 
    106       !!    INCLUDE POTENTIAL TEMP -> IN SITU TEMP IN OBS OPERATOR??? 
    107       !!?????????????????????????????????????????????????????????????? 
    108106      !! 
    109107      !! ** Action  : 
    … …  
    115113      !!      ! 07-01 (K. Mogensen) Merge of temperature and salinity 
    116114      !!      ! 07-03 (K. Mogensen) General handling of profiles 
     115      !!      ! 15-02 (M. Martin) Combined routine for all profile types 
     116      !!      ! 17-02 (M. Martin) Include generalised vertical coordinate changes 
    117117      !!----------------------------------------------------------------------- 
    118    
     118 
    119119      !! * Modules used 
    120120      USE obs_profiles_def ! Definition of storage space for profile obs. 
    … …  
    123123 
    124124      !! * Arguments 
    125       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: prodatqc  ! Subset of profile data not failing screening 
    126       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    127       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
     125      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: & 
     126         & prodatqc                  ! Subset of profile data passing QC 
     127      INTEGER, INTENT(IN) :: kt      ! Time step 
     128      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi     ! Model grid parameters 
    128129      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    129130      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk 
    130       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    131                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    132       INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint    ! Vertical interpolation type (see header) 
    133       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    134       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day                     
     131      INTEGER, INTENT(IN) :: kit000  ! Number of the first time step 
     132                                     !   (kit000-1 = restart time) 
     133      INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint  ! Vertical interpolation type (see header) 
     134      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint  ! Horizontal interpolation type (see header) 
     135      INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp ! Number of time steps per day 
    135136      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
    136          & ptn,    &    ! Model temperature field 
    137          & psn,    &    ! Model salinity field 
    138          & ptmask       ! Land-sea mask 
    139       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpk) :: & 
    140          & pgdept       ! Model array of depth levels 
     137         & pvar1,    &               ! Model field 1 
     138         & pvar2,    &               ! Model field 2 
     139         & pmask1,   &               ! Land-sea mask 1 
     140         & pmask2                    ! Land-sea mask 2 
     141      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     142         & plam1,    &               ! Model longitudes for variable 1 
     143         & plam2,    &               ! Model longitudes for variable 2 
     144         & pphi1,    &               ! Model latitudes for variable 1 
     145         & pphi2                     ! Model latitudes for variable 2 
     146      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: &  
     147         & pgdept, &                 ! Model array of depth T levels  
     148         & pgdepw                    ! Model array of depth W levels  
    141149      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
    142          & kdailyavtypes! Types for daily averages 
     150         & kdailyavtypes             ! Types for daily averages 
     151 
    143152      !! * Local declarations 
    144153      INTEGER ::   ji 
    … …  
    152161      INTEGER ::   iend 
    153162      INTEGER ::   iobs 
     163      INTEGER ::   iin, ijn, ikn, ik   ! looping indices over interpolation nodes  
     164      INTEGER ::   inum_obs 
    154165      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    155166         & idailyavtypes 
     167      INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
     168         & igrdi1, & 
     169         & igrdi2, & 
     170         & igrdj1, & 
     171         & igrdj2 
     172      INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: iv_indic 
     173 
    156174      REAL(KIND=wp) :: zlam 
    157175      REAL(KIND=wp) :: zphi 
    158176      REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    159177      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpk) :: & 
    160          & zobsmask, & 
     178         & zobsmask1, & 
     179         & zobsmask2, & 
    161180         & zobsk,    & 
    162181         & zobs2k 
    163       REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk) :: & 
     182      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
     183         & zweig1, & 
     184         & zweig2, & 
    164185         & zweig 
    165186      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    166          & zmask, & 
    167          & zintt, & 
    168          & zints, & 
    169          & zinmt, & 
    170          & zinms 
     187         & zmask1, & 
     188         & zmask2, & 
     189         & zint1,  & 
     190         & zint2,  & 
     191         & zinm1,  & 
     192         & zinm2,  & 
     193         & zgdept, &  
     194         & zgdepw 
    171195      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    172          & zglam, & 
    173          & zgphi 
    174       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    175          & igrdi, & 
    176          & igrdj 
     196         & zglam1, & 
     197         & zglam2, & 
     198         & zgphi1, & 
     199         & zgphi2 
     200      REAL(KIND=wp), DIMENSION(1) :: zmsk_1, zmsk_2    
     201      REAL(KIND=wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: interp_corner 
     202 
     203      LOGICAL :: ld_dailyav 
    177204 
    178205      !------------------------------------------------------------------------ 
    179206      ! Local initialization  
    180207      !------------------------------------------------------------------------ 
    181       ! ... Record and data counters 
     208      ! Record and data counters 
    182209      inrc = kt - kit000 + 2 
    183210      ipro = prodatqc%npstp(inrc) 
    184   
     211 
    185212      ! Daily average types 
     213      ld_dailyav = .FALSE. 
    186214      IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN 
    187215         idailyavtypes(:) = kdailyavtypes(:) 
     216         IF ( ANY (idailyavtypes(:) /= -1) ) ld_dailyav = .TRUE. 
    188217      ELSE 
    189218         idailyavtypes(:) = -1 
    190219      ENDIF 
    191220 
    192       ! Initialize daily mean for first timestep 
     221      ! Daily means are calculated for values over timesteps: 
     222      !  [1 <= kt <= kdaystp], [kdaystp+1 <= kt <= 2*kdaystp], ... 
    193223      idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    194224 
    195       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    196       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    197          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
     225      IF ( ld_dailyav ) THEN 
     226 
     227         ! Initialize daily mean for first timestep of the day 
     228         IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0 ) THEN 
     229            DO jk = 1, jpk 
     230               DO jj = 1, jpj 
     231                  DO ji = 1, jpi 
     232                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = 0.0 
     233                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = 0.0 
     234                  END DO 
     235               END DO 
     236            END DO 
     237         ENDIF 
     238 
    198239         DO jk = 1, jpk 
    199240            DO jj = 1, jpj 
    200241               DO ji = 1, jpi 
    201                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = 0.0 
    202                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = 0.0 
     242                  ! Increment field 1 for computing daily mean 
     243                  prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
     244                     &                        + pvar1(ji,jj,jk) 
     245                  ! Increment field 2 for computing daily mean 
     246                  prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
     247                     &                        + pvar2(ji,jj,jk) 
    203248               END DO 
    204249            END DO 
    205250         END DO 
    206       ENDIF 
    207  
    208       DO jk = 1, jpk 
    209          DO jj = 1, jpj 
    210             DO ji = 1, jpi 
    211                ! Increment the temperature field for computing daily mean 
    212                prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
    213                   &                        + ptn(ji,jj,jk) 
    214                ! Increment the salinity field for computing daily mean 
    215                prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
    216                   &                        + psn(ji,jj,jk) 
    217             END DO 
    218          END DO 
    219       END DO 
    220     
    221       ! Compute the daily mean at the end of day 
    222       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    223       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    224          DO jk = 1, jpk 
    225             DO jj = 1, jpj 
    226                DO ji = 1, jpi 
    227                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
    228                      &                        * zdaystp 
    229                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
    230                   &                           * zdaystp 
     251 
     252         ! Compute the daily mean at the end of day 
     253         zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
     254         IF ( idayend == 0 ) THEN 
     255            IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Calculating prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
     256            CALL FLUSH(numout) 
     257            DO jk = 1, jpk 
     258               DO jj = 1, jpj 
     259                  DO ji = 1, jpi 
     260                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
     261                        &                        * zdaystp 
     262                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
     263                        &                        * zdaystp 
     264                  END DO 
    231265               END DO 
    232266            END DO 
    233          END DO 
     267         ENDIF 
     268 
    234269      ENDIF 
    235270 
    236271      ! Get the data for interpolation 
    237272      ALLOCATE( & 
    238          & igrdi(2,2,ipro),      & 
    239          & igrdj(2,2,ipro),      & 
    240          & zglam(2,2,ipro),      & 
    241          & zgphi(2,2,ipro),      & 
    242          & zmask(2,2,kpk,ipro),  & 
    243          & zintt(2,2,kpk,ipro),  & 
    244          & zints(2,2,kpk,ipro)   & 
     273         & igrdi1(2,2,ipro),      & 
     274         & igrdi2(2,2,ipro),      & 
     275         & igrdj1(2,2,ipro),      & 
     276         & igrdj2(2,2,ipro),      & 
     277         & zglam1(2,2,ipro),      & 
     278         & zglam2(2,2,ipro),      & 
     279         & zgphi1(2,2,ipro),      & 
     280         & zgphi2(2,2,ipro),      & 
     281         & zmask1(2,2,kpk,ipro),  & 
     282         & zmask2(2,2,kpk,ipro),  & 
     283         & zint1(2,2,kpk,ipro),   & 
     284         & zint2(2,2,kpk,ipro),   & 
     285         & zgdept(2,2,kpk,ipro),  &  
     286         & zgdepw(2,2,kpk,ipro)   &  
    245287         & ) 
    246288 
    247289      DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    248290         iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    249          igrdi(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    250          igrdj(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    251          igrdi(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    252          igrdj(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    253          igrdi(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    254          igrdj(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    255          igrdi(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    256          igrdj(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     291         igrdi1(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
     292         igrdj1(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
     293         igrdi1(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
     294         igrdj1(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     295         igrdi1(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
     296         igrdj1(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
     297         igrdi1(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
     298         igrdj1(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     299         igrdi2(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
     300         igrdj2(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
     301         igrdi2(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
     302         igrdj2(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
     303         igrdi2(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
     304         igrdj2(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
     305         igrdi2(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
     306         igrdj2(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    257307      END DO 
    258308 
    259       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    260       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    261       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, ptmask,zmask ) 
    262       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, ptn,   zintt ) 
    263       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, psn,   zints ) 
     309      ! Initialise depth arrays 
     310      zgdept(:,:,:,:) = 0.0 
     311      zgdepw(:,:,:,:) = 0.0 
     312 
     313      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi1, igrdj1, plam1, zglam1 ) 
     314      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi1, igrdj1, pphi1, zgphi1 ) 
     315      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pmask1, zmask1 ) 
     316      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pvar1,   zint1 ) 
     317       
     318      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi2, igrdj2, plam2, zglam2 ) 
     319      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi2, igrdj2, pphi2, zgphi2 ) 
     320      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, pmask2, zmask2 ) 
     321      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, pvar2,   zint2 ) 
     322 
     323      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pgdept, zgdept )  
     324      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pgdepw, zgdepw )  
    264325 
    265326      ! At the end of the day also get interpolated means 
    266       IF ( idayend == 0 ) THEN 
     327      IF ( ld_dailyav .AND. idayend == 0 ) THEN 
    267328 
    268329         ALLOCATE( & 
    269             & zinmt(2,2,kpk,ipro),  & 
    270             & zinms(2,2,kpk,ipro)   & 
     330            & zinm1(2,2,kpk,ipro),  & 
     331            & zinm2(2,2,kpk,ipro)   & 
    271332            & ) 
    272333 
    273          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, & 
    274             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinmt ) 
    275          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, & 
    276             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinms ) 
     334         CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, & 
     335            &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinm1 ) 
     336         CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, & 
     337            &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinm2 ) 
    277338 
    278339      ENDIF 
    279340 
     341      ! Return if no observations to process  
     342      ! Has to be done after comm commands to ensure processors  
     343      ! stay in sync  
     344      IF ( ipro == 0 ) RETURN  
     345 
    280346      DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    281347 
    … …  
    283349 
    284350         IF ( kt /= prodatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    285              
     351 
    286352            IF(lwp) THEN 
    287353               WRITE(numout,*) 
    … …  
    298364            CALL ctl_stop( 'obs_pro_opt', 'Inconsistent time' ) 
    299365         ENDIF 
    300           
     366 
    301367         zlam = prodatqc%rlam(jobs) 
    302368         zphi = prodatqc%rphi(jobs) 
     369 
     370         ! Horizontal weights  
     371         ! Masked values are calculated later.   
     372         IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     373 
     374            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,     & 
     375               &                   zglam1(:,:,iobs), zgphi1(:,:,iobs), & 
     376               &                   zmask1(:,:,1,iobs), zweig1, zmsk_1 ) 
     377 
     378         ENDIF 
     379 
     380         IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
     381 
     382            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,     & 
     383               &                   zglam2(:,:,iobs), zgphi2(:,:,iobs), & 
     384               &                   zmask2(:,:,1,iobs), zweig2, zmsk_2 ) 
     385  
     386         ENDIF 
     387 
     388         IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     389 
     390            zobsk(:) = obfillflt 
     391 
     392            IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
     393 
     394               IF ( idayend == 0 )  THEN 
     395                  ! Daily averaged data 
     396 
     397                  ! vertically interpolate all 4 corners  
     398                  ista = prodatqc%npvsta(jobs,1)  
     399                  iend = prodatqc%npvend(jobs,1)  
     400                  inum_obs = iend - ista + 1  
     401                  ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs),iv_indic(inum_obs))  
     402 
     403                  DO iin=1,2  
     404                     DO ijn=1,2  
     405 
     406                        IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     407                           CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     408                              &     zinm1(iin,ijn,:,iobs), &  
     409                              &     zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     410                              &     zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     411                        ENDIF  
     412        
     413                        CALL obs_level_search(kpk, &  
     414                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     415                           &    inum_obs, prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     416                           &    iv_indic)  
     417 
     418                        CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs, &  
     419                           &    prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     420                           &    zinm1(iin,ijn,:,iobs), &  
     421                           &    zobs2k, interp_corner(iin,ijn,:), &  
     422                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     423                           &    zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     424        
     425                     ENDDO  
     426                  ENDDO  
     427 
     428               ENDIF !idayend 
     429 
     430            ELSE    
     431 
     432               ! Point data  
     433      
     434               ! vertically interpolate all 4 corners  
     435               ista = prodatqc%npvsta(jobs,1)  
     436               iend = prodatqc%npvend(jobs,1)  
     437               inum_obs = iend - ista + 1  
     438               ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs), iv_indic(inum_obs))  
     439               DO iin=1,2   
     440                  DO ijn=1,2  
     441                     
     442                     IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     443                        CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     444                           &    zint1(iin,ijn,:,iobs),&  
     445                           &    zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     446                           &    zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     447   
     448                     ENDIF  
     449        
     450                     CALL obs_level_search(kpk, &  
     451                         &        zgdept(iin,ijn,:,iobs),&  
     452                         &        inum_obs, prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     453                         &        iv_indic)  
     454 
     455                     CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs,     &  
     456                         &          prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend),     &  
     457                         &          zint1(iin,ijn,:,iobs),            &  
     458                         &          zobs2k,interp_corner(iin,ijn,:), &  
     459                         &          zgdept(iin,ijn,:,iobs),         &  
     460                         &          zmask1(iin,ijn,:,iobs) )       
    303461          
    304          ! Horizontal weights and vertical mask 
    305  
    306          IF ( ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) .OR. & 
    307             & ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) ) THEN 
    308  
    309             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    310                &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    311                &                   zmask(:,:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    312  
    313          ENDIF 
    314  
    315          IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     462                  ENDDO  
     463               ENDDO  
     464              
     465            ENDIF  
     466 
     467            !-------------------------------------------------------------  
     468            ! Compute the horizontal interpolation for every profile level  
     469            !-------------------------------------------------------------  
     470              
     471            DO ikn=1,inum_obs  
     472               iend=ista+ikn-1 
     473                   
     474               zweig(:,:,1) = 0._wp  
     475    
     476               ! This code forces the horizontal weights to be   
     477               ! zero IF the observation is below the bottom of the   
     478               ! corners of the interpolation nodes, Or if it is in   
     479               ! the mask. This is important for observations near   
     480               ! steep bathymetry  
     481               DO iin=1,2  
     482                  DO ijn=1,2  
     483      
     484                     depth_loop1: DO ik=kpk,2,-1  
     485                        IF(zmask1(iin,ijn,ik-1,iobs ) > 0.9 )THEN    
     486                             
     487                           zweig(iin,ijn,1) = &   
     488                              & zweig1(iin,ijn,1) * &  
     489                              & MAX( SIGN(1._wp,(zgdepw(iin,ijn,ik,iobs) ) &  
     490                              &  - prodatqc%var(1)%vdep(iend)),0._wp)  
     491                             
     492                           EXIT depth_loop1  
     493 
     494                        ENDIF  
     495 
     496                     ENDDO depth_loop1  
     497      
     498                  ENDDO  
     499               ENDDO  
     500    
     501               CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, interp_corner(:,:,ikn), &  
     502                  &              prodatqc%var(1)%vmod(iend:iend) )  
     503 
     504                  ! Set QC flag for any observations found below the bottom 
     505                  ! needed as the check here is more strict than that in obs_prep 
     506               IF (sum(zweig) == 0.0_wp) prodatqc%var(1)%nvqc(iend:iend)=4 
     507  
     508            ENDDO  
     509  
     510            DEALLOCATE(interp_corner,iv_indic)  
     511           
     512         ENDIF  
     513 
     514         ! For the second variable 
     515         IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    316516 
    317517            zobsk(:) = obfillflt 
    318518 
    319        IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
     519            IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
    320520 
    321521               IF ( idayend == 0 )  THEN 
     522                  ! Daily averaged data 
     523 
     524                  ! vertically interpolate all 4 corners  
     525                  ista = prodatqc%npvsta(jobs,2)  
     526                  iend = prodatqc%npvend(jobs,2)  
     527                  inum_obs = iend - ista + 1  
     528                  ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs),iv_indic(inum_obs))  
     529 
     530                  DO iin=1,2  
     531                     DO ijn=1,2  
     532 
     533                        IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     534                           CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     535                              &     zinm2(iin,ijn,:,iobs), &  
     536                              &     zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     537                              &     zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     538                        ENDIF  
     539        
     540                        CALL obs_level_search(kpk, &  
     541                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     542                           &    inum_obs, prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     543                           &    iv_indic)  
     544 
     545                        CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs, &  
     546                           &    prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     547                           &    zinm2(iin,ijn,:,iobs), &  
     548                           &    zobs2k, interp_corner(iin,ijn,:), &  
     549                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     550                           &    zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     551        
     552                     ENDDO  
     553                  ENDDO  
     554 
     555               ENDIF !idayend 
     556 
     557            ELSE    
     558 
     559               ! Point data  
     560      
     561               ! vertically interpolate all 4 corners  
     562               ista = prodatqc%npvsta(jobs,2)  
     563               iend = prodatqc%npvend(jobs,2)  
     564               inum_obs = iend - ista + 1  
     565               ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs), iv_indic(inum_obs))  
     566               DO iin=1,2   
     567                  DO ijn=1,2  
     568                     
     569                     IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     570                        CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     571                           &    zint2(iin,ijn,:,iobs),&  
     572                           &    zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     573                           &    zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     574   
     575                     ENDIF  
     576        
     577                     CALL obs_level_search(kpk, &  
     578                         &        zgdept(iin,ijn,:,iobs),&  
     579                         &        inum_obs, prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     580                         &        iv_indic)  
     581 
     582                     CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs,     &  
     583                         &          prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),     &  
     584                         &          zint2(iin,ijn,:,iobs),            &  
     585                         &          zobs2k,interp_corner(iin,ijn,:), &  
     586                         &          zgdept(iin,ijn,:,iobs),         &  
     587                         &          zmask2(iin,ijn,:,iobs) )       
     588          
     589                  ENDDO  
     590               ENDDO  
     591              
     592            ENDIF  
     593 
     594            !-------------------------------------------------------------  
     595            ! Compute the horizontal interpolation for every profile level  
     596            !-------------------------------------------------------------  
     597              
     598            DO ikn=1,inum_obs  
     599               iend=ista+ikn-1 
    322600                   
    323                   ! Daily averaged moored buoy (MRB) data 
    324                    
    325                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    326                      &              zweig, zinmt(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    327                    
    328                    
    329                ELSE 
    330                 
    331                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    332                      &           ' number of profile T BUOY data should' // & 
    333                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    334  
    335                ENDIF 
    336            
    337             ELSE  
    338                 
    339                ! Point data 
    340  
    341                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    342                   &              zweig, zintt(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    343  
    344             ENDIF 
    345  
    346             !------------------------------------------------------------- 
    347             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    348             ! polynomial at obs points 
    349             !------------------------------------------------------------- 
    350              
    351             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    352                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k,   & 
    353                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    354             ENDIF 
    355              
    356             !----------------------------------------------------------------- 
    357             !  Vertical interpolation to the observation point 
    358             !----------------------------------------------------------------- 
    359             ista = prodatqc%npvsta(jobs,1) 
    360             iend = prodatqc%npvend(jobs,1) 
    361             CALL obs_int_z1d( kpk,                & 
    362                & prodatqc%var(1)%mvk(ista:iend),  & 
    363                & k1dint, iend - ista + 1,         & 
    364                & prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), & 
    365                & zobsk, zobs2k,                   & 
    366                & prodatqc%var(1)%vmod(ista:iend), & 
    367                & pgdept, zobsmask ) 
    368  
    369          ENDIF 
    370  
    371          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    372  
    373             zobsk(:) = obfillflt 
    374  
    375             IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
    376  
    377                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    378  
    379                   ! Daily averaged moored buoy (MRB) data 
    380                    
    381                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    382                      &              zweig, zinms(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    383                    
    384                ELSE 
    385  
    386                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    387                      &           ' number of profile S BUOY data should' // & 
    388                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    389  
    390                ENDIF 
    391  
    392             ELSE 
    393                 
    394                ! Point data 
    395  
    396                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    397                   &              zweig, zints(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    398  
    399             ENDIF 
    400  
    401  
    402             !------------------------------------------------------------- 
    403             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    404             ! polynomial at obs points 
    405             !------------------------------------------------------------- 
    406              
    407             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    408                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k, & 
    409                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    410             ENDIF 
    411              
    412             !---------------------------------------------------------------- 
    413             !  Vertical interpolation to the observation point 
    414             !---------------------------------------------------------------- 
    415             ista = prodatqc%npvsta(jobs,2) 
    416             iend = prodatqc%npvend(jobs,2) 
    417             CALL obs_int_z1d( kpk, & 
    418                & prodatqc%var(2)%mvk(ista:iend),& 
    419                & k1dint, iend - ista + 1, & 
    420                & prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),& 
    421                & zobsk, zobs2k, & 
    422                & prodatqc%var(2)%vmod(ista:iend),& 
    423                & pgdept, zobsmask ) 
    424  
    425          ENDIF 
    426  
    427       END DO 
     601               zweig(:,:,1) = 0._wp  
     602    
     603               ! This code forces the horizontal weights to be   
     604               ! zero IF the observation is below the bottom of the   
     605               ! corners of the interpolation nodes, Or if it is in   
     606               ! the mask. This is important for observations near   
     607               ! steep bathymetry  
     608               DO iin=1,2  
     609                  DO ijn=1,2  
     610      
     611                     depth_loop2: DO ik=kpk,2,-1  
     612                        IF(zmask2(iin,ijn,ik-1,iobs ) > 0.9 )THEN    
     613                             
     614                           zweig(iin,ijn,1) = &   
     615                              & zweig2(iin,ijn,1) * &  
     616                              & MAX( SIGN(1._wp,(zgdepw(iin,ijn,ik,iobs) ) &  
     617                              &  - prodatqc%var(2)%vdep(iend)),0._wp)  
     618                             
     619                           EXIT depth_loop2  
     620 
     621                        ENDIF  
     622 
     623                     ENDDO depth_loop2  
     624      
     625                  ENDDO  
     626               ENDDO  
     627    
     628               CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, interp_corner(:,:,ikn), &  
     629                  &              prodatqc%var(2)%vmod(iend:iend) )  
     630 
     631                  ! Set QC flag for any observations found below the bottom 
     632                  ! needed as the check here is more strict than that in obs_prep 
     633               IF (sum(zweig) == 0.0_wp) prodatqc%var(2)%nvqc(iend:iend)=4 
    428634  
     635            ENDDO  
     636  
     637            DEALLOCATE(interp_corner,iv_indic)  
     638           
     639         ENDIF  
     640 
     641      ENDDO 
     642 
    429643      ! Deallocate the data for interpolation 
    430644      DEALLOCATE( & 
    431          & igrdi, & 
    432          & igrdj, & 
    433          & zglam, & 
    434          & zgphi, & 
    435          & zmask, & 
    436          & zintt, & 
    437          & zints  & 
     645         & igrdi1, & 
     646         & igrdi2, & 
     647         & igrdj1, & 
     648         & igrdj2, & 
     649         & zglam1, & 
     650         & zglam2, & 
     651         & zgphi1, & 
     652         & zgphi2, & 
     653         & zmask1, & 
     654         & zmask2, & 
     655         & zint1,  & 
     656         & zint2,  & 
     657         & zgdept, & 
     658         & zgdepw  & 
    438659         & ) 
     660 
    439661      ! At the end of the day also get interpolated means 
    440       IF ( idayend == 0 ) THEN 
     662      IF ( ld_dailyav .AND. idayend == 0 ) THEN 
    441663         DEALLOCATE( & 
    442             & zinmt,  & 
    443             & zinms   & 
     664            & zinm1,  & 
     665            & zinm2   & 
    444666            & ) 
    445667      ENDIF 
    446668 
    447669      prodatqc%nprofup = prodatqc%nprofup + ipro  
    448        
    449    END SUBROUTINE obs_pro_opt 
    450  
    451    SUBROUTINE obs_sla_opt( sladatqc, kt, kpi, kpj, kit000, & 
    452       &                    psshn, psshmask, k2dint ) 
     670 
     671   END SUBROUTINE obs_prof_opt 
     672 
     673   SUBROUTINE obs_surf_opt( surfdataqc, kt, kpi, kpj,            & 
     674      &                     kit000, kdaystp, psurf, psurfmask,   & 
     675      &                     k2dint, ldnightav, plamscl, pphiscl, & 
     676      &                     lindegrees ) 
     677 
    453678      !!----------------------------------------------------------------------- 
    454679      !! 
    455       !!                     ***  ROUTINE obs_sla_opt  *** 
    456       !! 
    457       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of sea level anomaly 
     680      !!                     ***  ROUTINE obs_surf_opt  *** 
     681      !! 
     682      !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface 
    458683      !!              data by interpolating from the model grid to the  
    459684      !!              observation point. 
    … …  
    462687      !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    463688      !! 
    464       !!    The now model SSH is first computed at the obs (lon, lat) point. 
     689      !!    The new model value is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    465690      !! 
    466691      !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    … …  
    470695      !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    471696      !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    472       !!   
    473       !!    The sea level anomaly at the observation points is then computed  
    474       !!    by removing a mean dynamic topography (defined at the obs. point). 
     697      !! 
     698      !!    Two horizontal averaging schemes are also available: 
     699      !!        - weighted radial footprint        (k2dint = 5) 
     700      !!        - weighted rectangular footprint   (k2dint = 6) 
     701      !! 
    475702      !! 
    476703      !! ** Action  : 
    … …  
    478705      !! History : 
    479706      !!      ! 07-03 (A. Weaver) 
     707      !!      ! 15-02 (M. Martin) Combined routine for surface types 
     708      !!      ! 17-03 (M. Martin) Added horizontal averaging options 
    480709      !!----------------------------------------------------------------------- 
    481    
     710 
    482711      !! * Modules used 
    483712      USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    … …  
    486715 
    487716      !! * Arguments 
    488       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sladatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    489       INTEGER, INTENT(IN) :: kt      ! Time step 
    490       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi     ! Model grid parameters 
     717      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
     718         & surfdataqc                  ! Subset of surface data passing QC 
     719      INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
     720      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    491721      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    492       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000   ! Number of the first time step  
    493                                       !   (kit000-1 = restart time) 
    494       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint   ! Horizontal interpolation type (see header) 
    495       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    496          & psshn,  &    ! Model SSH field 
    497          & psshmask     ! Land-sea mask 
    498           
     722      INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
     723                                       !   (kit000-1 = restart time) 
     724      INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day 
     725      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
     726      REAL(wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     727         & psurf,  &                   ! Model surface field 
     728         & psurfmask                   ! Land-sea mask 
     729      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldnightav ! Logical for averaging night-time data 
     730      REAL(KIND=wp), INTENT(IN) :: & 
     731         & plamscl, &                  ! Diameter in metres of obs footprint in E/W, N/S directions 
     732         & pphiscl                     ! This is the full width (rather than half-width) 
     733      LOGICAL, INTENT(IN) :: & 
     734         & lindegrees                  ! T=> plamscl and pphiscl are specified in degrees, F=> in metres 
     735 
    499736      !! * Local declarations 
    500737      INTEGER :: ji 
    … …  
    502739      INTEGER :: jobs 
    503740      INTEGER :: inrc 
    504       INTEGER :: isla 
     741      INTEGER :: isurf 
    505742      INTEGER :: iobs 
    506       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    507       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    508       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    509       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    510          & zweig 
     743      INTEGER :: imaxifp, imaxjfp 
     744      INTEGER :: imodi, imodj 
     745      INTEGER :: idayend 
     746      INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
     747         & igrdi,   & 
     748         & igrdj,   & 
     749         & igrdip1, & 
     750         & igrdjp1 
     751      INTEGER, DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
     752         & icount_night,      & 
     753         & imask_night 
     754      REAL(wp) :: zlam 
     755      REAL(wp) :: zphi 
     756      REAL(wp), DIMENSION(1) :: zext, zobsmask 
     757      REAL(wp) :: zdaystp 
    511758      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    512          & zmask, & 
    513          & zsshl, & 
    514          & zglam, & 
    515          & zgphi 
    516       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    517          & igrdi, & 
    518          & igrdj 
     759         & zweig,  & 
     760         & zmask,  & 
     761         & zsurf,  & 
     762         & zsurfm, & 
     763         & zsurftmp, & 
     764         & zglam,  & 
     765         & zgphi,  & 
     766         & zglamf, & 
     767         & zgphif 
     768 
     769      REAL(wp), DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
     770         & zintmp,  & 
     771         & zouttmp, & 
     772         & zmeanday    ! to compute model sst in region of 24h daylight (pole) 
    519773 
    520774      !------------------------------------------------------------------------ 
    521775      ! Local initialization  
    522776      !------------------------------------------------------------------------ 
    523       ! ... Record and data counters 
     777      ! Record and data counters 
    524778      inrc = kt - kit000 + 2 
    525       isla = sladatqc%nsstp(inrc) 
     779      isurf = surfdataqc%nsstp(inrc) 
     780 
     781      ! Work out the maximum footprint size for the  
     782      ! interpolation/averaging in model grid-points - has to be even. 
     783 
     784      CALL obs_max_fpsize( k2dint, plamscl, pphiscl, lindegrees, psurfmask, imaxifp, imaxjfp ) 
     785 
     786 
     787      IF ( ldnightav ) THEN 
     788 
     789      ! Initialize array for night mean 
     790         IF ( kt == 0 ) THEN 
     791            ALLOCATE ( icount_night(kpi,kpj) ) 
     792            ALLOCATE ( imask_night(kpi,kpj) ) 
     793            ALLOCATE ( zintmp(kpi,kpj) ) 
     794            ALLOCATE ( zouttmp(kpi,kpj) ) 
     795            ALLOCATE ( zmeanday(kpi,kpj) ) 
     796            nday_qsr = -1   ! initialisation flag for nbc_dcy 
     797         ENDIF 
     798 
     799         ! Night-time means are calculated for night-time values over timesteps: 
     800         !  [1 <= kt <= kdaystp], [kdaystp+1 <= kt <= 2*kdaystp], ..... 
     801         idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
     802 
     803         ! Initialize night-time mean for first timestep of the day 
     804         IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0 ) THEN 
     805            DO jj = 1, jpj 
     806               DO ji = 1, jpi 
     807                  surfdataqc%vdmean(ji,jj) = 0.0 
     808                  zmeanday(ji,jj) = 0.0 
     809                  icount_night(ji,jj) = 0 
     810               END DO 
     811            END DO 
     812         ENDIF 
     813 
     814         zintmp(:,:) = 0.0 
     815         zouttmp(:,:) = sbc_dcy( zintmp(:,:), .TRUE. ) 
     816         imask_night(:,:) = INT( zouttmp(:,:) ) 
     817 
     818         DO jj = 1, jpj 
     819            DO ji = 1, jpi 
     820               ! Increment the temperature field for computing night mean and counter 
     821               surfdataqc%vdmean(ji,jj) = surfdataqc%vdmean(ji,jj)  & 
     822                      &                    + psurf(ji,jj) * REAL( imask_night(ji,jj) ) 
     823               zmeanday(ji,jj)          = zmeanday(ji,jj) + psurf(ji,jj) 
     824               icount_night(ji,jj)      = icount_night(ji,jj) + imask_night(ji,jj) 
     825            END DO 
     826         END DO 
     827 
     828         ! Compute the night-time mean at the end of the day 
     829         zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
     830         IF ( idayend == 0 ) THEN 
     831            IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Calculating surfdataqc%vdmean on time-step: ',kt 
     832            DO jj = 1, jpj 
     833               DO ji = 1, jpi 
     834                  ! Test if "no night" point 
     835                  IF ( icount_night(ji,jj) > 0 ) THEN 
     836                     surfdataqc%vdmean(ji,jj) = surfdataqc%vdmean(ji,jj) & 
     837                       &                        / REAL( icount_night(ji,jj) ) 
     838                  ELSE 
     839                     !At locations where there is no night (e.g. poles), 
     840                     ! calculate daily mean instead of night-time mean. 
     841                     surfdataqc%vdmean(ji,jj) = zmeanday(ji,jj) * zdaystp 
     842                  ENDIF 
     843               END DO 
     844            END DO 
     845         ENDIF 
     846 
     847      ENDIF 
    526848 
    527849      ! Get the data for interpolation 
    528850 
    529851      ALLOCATE( & 
    530          & igrdi(2,2,isla), & 
    531          & igrdj(2,2,isla), & 
    532          & zglam(2,2,isla), & 
    533          & zgphi(2,2,isla), & 
    534          & zmask(2,2,isla), & 
    535          & zsshl(2,2,isla)  & 
     852         & zweig(imaxifp,imaxjfp,1),      & 
     853         & igrdi(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     854         & igrdj(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     855         & zglam(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     856         & zgphi(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     857         & zmask(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     858         & zsurf(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     859         & zsurftmp(imaxifp,imaxjfp,isurf),  & 
     860         & zglamf(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     861         & zgphif(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     862         & igrdip1(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     863         & igrdjp1(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf) & 
    536864         & ) 
    537        
    538       DO jobs = sladatqc%nsurfup + 1, sladatqc%nsurfup + isla 
    539          iobs = jobs - sladatqc%nsurfup 
    540          igrdi(1,1,iobs) = sladatqc%mi(jobs)-1 
    541          igrdj(1,1,iobs) = sladatqc%mj(jobs)-1 
    542          igrdi(1,2,iobs) = sladatqc%mi(jobs)-1 
    543          igrdj(1,2,iobs) = sladatqc%mj(jobs) 
    544          igrdi(2,1,iobs) = sladatqc%mi(jobs) 
    545          igrdj(2,1,iobs) = sladatqc%mj(jobs)-1 
    546          igrdi(2,2,iobs) = sladatqc%mi(jobs) 
    547          igrdj(2,2,iobs) = sladatqc%mj(jobs) 
     865 
     866      DO jobs = surfdataqc%nsurfup + 1, surfdataqc%nsurfup + isurf 
     867         iobs = jobs - surfdataqc%nsurfup 
     868         DO ji = 0, imaxifp 
     869            imodi = surfdataqc%mi(jobs) - int(imaxifp/2) + ji - 1 
     870             
     871            !Deal with wrap around in longitude 
     872            IF ( imodi < 1      ) imodi = imodi + jpiglo 
     873            IF ( imodi > jpiglo ) imodi = imodi - jpiglo 
     874             
     875            DO jj = 0, imaxjfp 
     876               imodj = surfdataqc%mj(jobs) - int(imaxjfp/2) + jj - 1 
     877               !If model values are out of the domain to the north/south then 
     878               !set them to be the edge of the domain 
     879               IF ( imodj < 1      ) imodj = 1 
     880               IF ( imodj > jpjglo ) imodj = jpjglo 
     881 
     882               igrdip1(ji+1,jj+1,iobs) = imodi 
     883               igrdjp1(ji+1,jj+1,iobs) = imodj 
     884                
     885               IF ( ji >= 1 .AND. jj >= 1 ) THEN 
     886                  igrdi(ji,jj,iobs) = imodi 
     887                  igrdj(ji,jj,iobs) = imodj 
     888               ENDIF 
     889                
     890            END DO 
     891         END DO 
    548892      END DO 
    549893 
    550       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
     894      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
    551895         &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    552       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
     896      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
    553897         &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    554       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
    555          &                  igrdi, igrdj, psshmask, zmask ) 
    556       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
    557          &                  igrdi, igrdj, psshn, zsshl ) 
     898      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
     899         &                  igrdi, igrdj, psurfmask, zmask ) 
     900      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
     901         &                  igrdi, igrdj, psurf, zsurf ) 
     902      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp+1, imaxjfp+1, isurf, kpi, kpj, & 
     903         &                  igrdip1, igrdjp1, glamf, zglamf ) 
     904      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp+1, imaxjfp+1, isurf, kpi, kpj, & 
     905         &                  igrdip1, igrdjp1, gphif, zgphif ) 
     906 
     907      ! At the end of the day get interpolated means 
     908      IF ( idayend == 0 .AND. ldnightav ) THEN 
     909 
     910         ALLOCATE( & 
     911            & zsurfm(imaxifp,imaxjfp,isurf)  & 
     912            & ) 
     913 
     914         CALL obs_int_comm_2d( imaxifp,imaxjfp, isurf, kpi, kpj, igrdi, igrdj, & 
     915            &               surfdataqc%vdmean(:,:), zsurfm ) 
     916 
     917      ENDIF 
    558918 
    559919      ! Loop over observations 
    560  
    561       DO jobs = sladatqc%nsurfup + 1, sladatqc%nsurfup + isla 
    562  
    563          iobs = jobs - sladatqc%nsurfup 
    564  
    565          IF ( kt /= sladatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    566              
     920      DO jobs = surfdataqc%nsurfup + 1, surfdataqc%nsurfup + isurf 
     921 
     922         iobs = jobs - surfdataqc%nsurfup 
     923 
     924         IF ( kt /= surfdataqc%mstp(jobs) ) THEN 
     925 
    567926            IF(lwp) THEN 
    568927               WRITE(numout,*) 
    … …  
    574933               WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    575934                  &            ' kt      = ', kt,                  & 
    576                   &            ' mstp    = ', sladatqc%mstp(jobs), & 
    577                   &            ' ntyp    = ', sladatqc%ntyp(jobs) 
     935                  &            ' mstp    = ', surfdataqc%mstp(jobs), & 
     936                  &            ' ntyp    = ', surfdataqc%ntyp(jobs) 
    578937            ENDIF 
    579             CALL ctl_stop( 'obs_sla_opt', 'Inconsistent time' ) 
    580              
    581          ENDIF 
    582           
    583          zlam = sladatqc%rlam(jobs) 
    584          zphi = sladatqc%rphi(jobs) 
    585  
    586          ! Get weights to interpolate the model SSH to the observation point 
    587          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    588             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    589             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    590           
    591  
    592          ! Interpolate the model SSH to the observation point 
    593          CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    594             &              zweig, zsshl(:,:,iobs),  zext ) 
    595           
    596          sladatqc%rext(jobs,1) = zext(1) 
    597          ! ... Remove the MDT at the observation point 
    598          sladatqc%rmod(jobs,1) = sladatqc%rext(jobs,1) - sladatqc%rext(jobs,2) 
     938            CALL ctl_stop( 'obs_surf_opt', 'Inconsistent time' ) 
     939 
     940         ENDIF 
     941 
     942         zlam = surfdataqc%rlam(jobs) 
     943         zphi = surfdataqc%rphi(jobs) 
     944 
     945         IF ( ldnightav .AND. idayend == 0 ) THEN 
     946            ! Night-time averaged data 
     947            zsurftmp(:,:,iobs) = zsurfm(:,:,iobs) 
     948         ELSE 
     949            zsurftmp(:,:,iobs) = zsurf(:,:,iobs) 
     950         ENDIF 
     951 
     952         IF ( k2dint <= 4 ) THEN 
     953 
     954            ! Get weights to interpolate the model value to the observation point 
     955            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
     956               &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
     957               &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
     958 
     959            ! Interpolate the model value to the observation point  
     960            CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, zsurftmp(:,:,iobs), zext ) 
     961 
     962         ELSE 
     963 
     964            ! Get weights to average the model SLA to the observation footprint 
     965            CALL obs_avg_h2d_init( 1, 1, imaxifp, imaxjfp, k2dint, zlam,  zphi, & 
     966               &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
     967               &                   zglamf(:,:,iobs), zgphif(:,:,iobs), & 
     968               &                   zmask(:,:,iobs), plamscl, pphiscl, & 
     969               &                   lindegrees, zweig, zobsmask ) 
     970 
     971            ! Average the model SST to the observation footprint 
     972            CALL obs_avg_h2d( 1, 1, imaxifp, imaxjfp, & 
     973               &              zweig, zsurftmp(:,:,iobs),  zext ) 
     974 
     975         ENDIF 
     976 
     977         IF ( TRIM(surfdataqc%cvars(1)) == 'SLA' .AND. surfdataqc%nextra == 2 ) THEN 
     978            ! ... Remove the MDT from the SSH at the observation point to get the SLA 
     979            surfdataqc%rext(jobs,1) = zext(1) 
     980            surfdataqc%rmod(jobs,1) = surfdataqc%rext(jobs,1) - surfdataqc%rext(jobs,2) 
     981         ELSE 
     982            surfdataqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
     983         ENDIF 
    599984 
    600985      END DO 
    … …  
    602987      ! Deallocate the data for interpolation 
    603988      DEALLOCATE( & 
     989         & zweig, & 
    604990         & igrdi, & 
    605991         & igrdj, & 
    … …  
    607993         & zgphi, & 
    608994         & zmask, & 
    609          & zsshl  & 
     995         & zsurf, & 
     996         & zsurftmp, & 
     997         & zglamf, & 
     998         & zgphif, & 
     999         & igrdip1,& 
     1000         & igrdjp1 & 
    6101001         & ) 
    6111002 
    612       sladatqc%nsurfup = sladatqc%nsurfup + isla 
    613  
    614    END SUBROUTINE obs_sla_opt 
    615  
    616    SUBROUTINE obs_sst_opt( sstdatqc, kt, kpi, kpj, kit000, kdaystp, & 
    617       &                    psstn, psstmask, k2dint, ld_nightav ) 
    618       !!----------------------------------------------------------------------- 
    619       !! 
    620       !!                     ***  ROUTINE obs_sst_opt  *** 
    621       !! 
    622       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface temperature 
    623       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    624       !!              observation point. 
    625       !! 
    626       !! ** Method  : Linearly interpolate to each observation point using  
    627       !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    628       !! 
    629       !!    The now model SST is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    630       !! 
    631       !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    632       !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    633       !!        - distance-weighted (small angle)  (k2dint = 1) 
    634       !!        - bilinear (geographical grid)     (k2dint = 2) 
    635       !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    636       !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    637       !! 
    638       !! 
    639       !! ** Action  : 
    640       !! 
    641       !! History : 
    642       !!        !  07-07  (S. Ricci ) : Original 
    643       !!       
    644       !!----------------------------------------------------------------------- 
    645  
    646       !! * Modules used 
    647       USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    648       USE sbcdcy 
    649  
    650       IMPLICIT NONE 
    651  
    652       !! * Arguments 
    653       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
    654          & sstdatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    655       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    656       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    657       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    658       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    659                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    660       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    661       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day   
    662       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    663          & psstn,  &    ! Model SST field 
    664          & psstmask     ! Land-sea mask 
    665  
    666       !! * Local declarations 
    667       INTEGER :: ji 
    668       INTEGER :: jj 
    669       INTEGER :: jobs 
    670       INTEGER :: inrc 
    671       INTEGER :: isst 
    672       INTEGER :: iobs 
    673       INTEGER :: idayend 
    674       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    675       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    676       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    677       REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    678       INTEGER, DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
    679          & icount_sstnight,      & 
    680          & imask_night 
    681       REAL(kind=wp), DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
    682          & zintmp, & 
    683          & zouttmp, &  
    684          & zmeanday    ! to compute model sst in region of 24h daylight (pole) 
    685       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    686          & zweig 
    687       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    688          & zmask, & 
    689          & zsstl, & 
    690          & zsstm, & 
    691          & zglam, & 
    692          & zgphi 
    693       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    694          & igrdi, & 
    695          & igrdj 
    696       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nightav 
    697  
    698       !----------------------------------------------------------------------- 
    699       ! Local initialization  
    700       !----------------------------------------------------------------------- 
    701       ! ... Record and data counters 
    702       inrc = kt - kit000 + 2 
    703       isst = sstdatqc%nsstp(inrc) 
    704  
    705       IF ( ld_nightav ) THEN 
    706  
    707       ! Initialize array for night mean 
    708  
    709       IF ( kt .EQ. 0 ) THEN 
    710          ALLOCATE ( icount_sstnight(kpi,kpj) ) 
    711          ALLOCATE ( imask_night(kpi,kpj) ) 
    712          ALLOCATE ( zintmp(kpi,kpj) ) 
    713          ALLOCATE ( zouttmp(kpi,kpj) ) 
    714          ALLOCATE ( zmeanday(kpi,kpj) ) 
    715          nday_qsr = -1   ! initialisation flag for nbc_dcy 
    716       ENDIF 
    717  
    718       ! Initialize daily mean for first timestep 
    719       idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    720  
    721       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    722       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    723          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset sstdatqc%vdmean on time-step: ',kt 
    724          DO jj = 1, jpj 
    725             DO ji = 1, jpi 
    726                sstdatqc%vdmean(ji,jj) = 0.0 
    727                zmeanday(ji,jj) = 0.0 
    728                icount_sstnight(ji,jj) = 0 
    729             END DO 
    730          END DO 
    731       ENDIF 
    732  
    733       zintmp(:,:) = 0.0 
    734       zouttmp(:,:) = sbc_dcy( zintmp(:,:), .TRUE. ) 
    735       imask_night(:,:) = INT( zouttmp(:,:) ) 
    736  
    737       DO jj = 1, jpj 
    738          DO ji = 1, jpi 
    739             ! Increment the temperature field for computing night mean and counter 
    740             sstdatqc%vdmean(ji,jj) = sstdatqc%vdmean(ji,jj)  & 
    741                    &                        + psstn(ji,jj)*imask_night(ji,jj) 
    742             zmeanday(ji,jj)        = zmeanday(ji,jj) + psstn(ji,jj) 
    743             icount_sstnight(ji,jj) = icount_sstnight(ji,jj) + imask_night(ji,jj) 
    744          END DO 
    745       END DO 
    746     
    747       ! Compute the daily mean at the end of day 
    748  
    749       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    750  
    751       IF ( idayend == 0 ) THEN  
    752          DO jj = 1, jpj 
    753             DO ji = 1, jpi 
    754                ! Test if "no night" point 
    755                IF ( icount_sstnight(ji,jj) .NE. 0 ) THEN 
    756                   sstdatqc%vdmean(ji,jj) = sstdatqc%vdmean(ji,jj) & 
    757                     &                        / icount_sstnight(ji,jj)  
    758                ELSE 
    759                   sstdatqc%vdmean(ji,jj) = zmeanday(ji,jj) * zdaystp 
    760                ENDIF 
    761             END DO 
    762          END DO 
    763       ENDIF 
    764  
    765       ENDIF 
    766  
    767       ! Get the data for interpolation 
    768        
    769       ALLOCATE( & 
    770          & igrdi(2,2,isst), & 
    771          & igrdj(2,2,isst), & 
    772          & zglam(2,2,isst), & 
    773          & zgphi(2,2,isst), & 
    774          & zmask(2,2,isst), & 
    775          & zsstl(2,2,isst)  & 
    776          & ) 
    777        
    778       DO jobs = sstdatqc%nsurfup + 1, sstdatqc%nsurfup + isst 
    779          iobs = jobs - sstdatqc%nsurfup 
    780          igrdi(1,1,iobs) = sstdatqc%mi(jobs)-1 
    781          igrdj(1,1,iobs) = sstdatqc%mj(jobs)-1 
    782          igrdi(1,2,iobs) = sstdatqc%mi(jobs)-1 
    783          igrdj(1,2,iobs) = sstdatqc%mj(jobs) 
    784          igrdi(2,1,iobs) = sstdatqc%mi(jobs) 
    785          igrdj(2,1,iobs) = sstdatqc%mj(jobs)-1 
    786          igrdi(2,2,iobs) = sstdatqc%mi(jobs) 
    787          igrdj(2,2,iobs) = sstdatqc%mj(jobs) 
    788       END DO 
    789        
    790       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    791          &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    792       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    793          &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    794       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    795          &                  igrdi, igrdj, psstmask, zmask ) 
    796       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    797          &                  igrdi, igrdj, psstn, zsstl ) 
    798  
    799       ! At the end of the day get interpolated means 
    800       IF ( idayend == 0 .AND. ld_nightav ) THEN 
    801  
    802          ALLOCATE( & 
    803             & zsstm(2,2,isst)  & 
    804             & ) 
    805  
    806          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, igrdi, igrdj, & 
    807             &               sstdatqc%vdmean(:,:), zsstm ) 
    808  
    809       ENDIF 
    810  
    811       ! Loop over observations 
    812  
    813       DO jobs = sstdatqc%nsurfup + 1, sstdatqc%nsurfup + isst 
    814           
    815          iobs = jobs - sstdatqc%nsurfup 
    816           
    817          IF ( kt /= sstdatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    818              
    819             IF(lwp) THEN 
    820                WRITE(numout,*) 
    821                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    822                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    823                   &            ' model time step' 
    824                WRITE(numout,*) ' =========' 
    825                WRITE(numout,*) 
    826                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    827                   &            ' kt      = ', kt,                  & 
    828                   &            ' mstp    = ', sstdatqc%mstp(jobs), & 
    829                   &            ' ntyp    = ', sstdatqc%ntyp(jobs) 
    830             ENDIF 
    831             CALL ctl_stop( 'obs_sst_opt', 'Inconsistent time' ) 
    832              
    833          ENDIF 
    834           
    835          zlam = sstdatqc%rlam(jobs) 
    836          zphi = sstdatqc%rphi(jobs) 
    837           
    838          ! Get weights to interpolate the model SST to the observation point 
    839          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    840             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    841             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    842              
    843          ! Interpolate the model SST to the observation point  
    844  
    845          IF ( ld_nightav ) THEN 
    846  
    847            IF ( idayend == 0 )  THEN 
    848                ! Daily averaged/diurnal cycle of SST  data 
    849                CALL obs_int_h2d( 1, 1,      &  
    850                      &              zweig, zsstm(:,:,iobs), zext ) 
    851             ELSE  
    852                CALL ctl_stop( ' ld_nightav is set to true: a nonzero' //     & 
    853                      &           ' number of night SST data should' // & 
    854                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    855             ENDIF 
    856  
    857          ELSE 
    858  
    859             CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    860             &              zweig, zsstl(:,:,iobs),  zext ) 
    861  
    862          ENDIF 
    863          sstdatqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    864           
    865       END DO 
    866        
    867       ! Deallocate the data for interpolation 
    868       DEALLOCATE( & 
    869          & igrdi, & 
    870          & igrdj, & 
    871          & zglam, & 
    872          & zgphi, & 
    873          & zmask, & 
    874          & zsstl  & 
    875          & ) 
    876  
    877       ! At the end of the day also get interpolated means 
    878       IF ( idayend == 0 .AND. ld_nightav ) THEN 
     1003      ! At the end of the day also deallocate night-time mean array 
     1004      IF ( idayend == 0 .AND. ldnightav ) THEN 
    8791005         DEALLOCATE( & 
    880             & zsstm  & 
     1006            & zsurfm  & 
    8811007            & ) 
    8821008      ENDIF 
    883        
    884       sstdatqc%nsurfup = sstdatqc%nsurfup + isst 
    885  
    886    END SUBROUTINE obs_sst_opt 
    887  
    888    SUBROUTINE obs_sss_opt 
    889       !!----------------------------------------------------------------------- 
    890       !! 
    891       !!                     ***  ROUTINE obs_sss_opt  *** 
    892       !! 
    893       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of sea surface salinity 
    894       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    895       !!              observation point. 
    896       !! 
    897       !! ** Method  :  
    898       !! 
    899       !! ** Action  : 
    900       !! 
    901       !! History : 
    902       !!      ! ??-??  
    903       !!----------------------------------------------------------------------- 
    904  
    905       IMPLICIT NONE 
    906  
    907    END SUBROUTINE obs_sss_opt 
    908  
    909    SUBROUTINE obs_seaice_opt( seaicedatqc, kt, kpi, kpj, kit000, & 
    910       &                    pseaicen, pseaicemask, k2dint ) 
    911  
    912       !!----------------------------------------------------------------------- 
    913       !! 
    914       !!                     ***  ROUTINE obs_seaice_opt  *** 
    915       !! 
    916       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface temperature 
    917       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    918       !!              observation point. 
    919       !! 
    920       !! ** Method  : Linearly interpolate to each observation point using  
    921       !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    922       !! 
    923       !!    The now model sea ice is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    924       !! 
    925       !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    926       !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    927       !!        - distance-weighted (small angle)  (k2dint = 1) 
    928       !!        - bilinear (geographical grid)     (k2dint = 2) 
    929       !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    930       !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    931       !! 
    932       !! 
    933       !! ** Action  : 
    934       !! 
    935       !! History : 
    936       !!        !  07-07  (S. Ricci ) : Original 
    937       !!       
    938       !!----------------------------------------------------------------------- 
    939  
    940       !! * Modules used 
    941       USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    942  
    943       IMPLICIT NONE 
    944  
    945       !! * Arguments 
    946       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: seaicedatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    947       INTEGER, INTENT(IN) :: kt       ! Time step 
    948       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi      ! Model grid parameters 
    949       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    950       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000   ! Number of the first time step  
    951                                       !   (kit000-1 = restart time) 
    952       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint   ! Horizontal interpolation type (see header) 
    953       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    954          & pseaicen,  &    ! Model sea ice field 
    955          & pseaicemask     ! Land-sea mask 
    956           
    957       !! * Local declarations 
    958       INTEGER :: ji 
    959       INTEGER :: jj 
    960       INTEGER :: jobs 
    961       INTEGER :: inrc 
    962       INTEGER :: iseaice 
    963       INTEGER :: iobs 
    964         
    965       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    966       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    967       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    968       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    969          & zweig 
    970       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    971          & zmask, & 
    972          & zseaicel, & 
    973          & zglam, & 
    974          & zgphi 
    975       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    976          & igrdi, & 
    977          & igrdj 
    978  
    979       !------------------------------------------------------------------------ 
    980       ! Local initialization  
    981       !------------------------------------------------------------------------ 
    982       ! ... Record and data counters 
    983       inrc = kt - kit000 + 2 
    984       iseaice = seaicedatqc%nsstp(inrc) 
    985  
    986       ! Get the data for interpolation 
    987        
    988       ALLOCATE( & 
    989          & igrdi(2,2,iseaice), & 
    990          & igrdj(2,2,iseaice), & 
    991          & zglam(2,2,iseaice), & 
    992          & zgphi(2,2,iseaice), & 
    993          & zmask(2,2,iseaice), & 
    994          & zseaicel(2,2,iseaice)  & 
    995          & ) 
    996        
    997       DO jobs = seaicedatqc%nsurfup + 1, seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    998          iobs = jobs - seaicedatqc%nsurfup 
    999          igrdi(1,1,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs)-1 
    1000          igrdj(1,1,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs)-1 
    1001          igrdi(1,2,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs)-1 
    1002          igrdj(1,2,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs) 
    1003          igrdi(2,1,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs) 
    1004          igrdj(2,1,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs)-1 
    1005          igrdi(2,2,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs) 
    1006          igrdj(2,2,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs) 
    1007       END DO 
    1008        
    1009       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1010          &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    1011       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1012          &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    1013       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1014          &                  igrdi, igrdj, pseaicemask, zmask ) 
    1015       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1016          &                  igrdi, igrdj, pseaicen, zseaicel ) 
    1017        
    1018       DO jobs = seaicedatqc%nsurfup + 1, seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    1019           
    1020          iobs = jobs - seaicedatqc%nsurfup 
    1021           
    1022          IF ( kt /= seaicedatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    1023              
    1024             IF(lwp) THEN 
    1025                WRITE(numout,*) 
    1026                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    1027                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    1028                   &            ' model time step' 
    1029                WRITE(numout,*) ' =========' 
    1030                WRITE(numout,*) 
    1031                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    1032                   &            ' kt      = ', kt,                  & 
    1033                   &            ' mstp    = ', seaicedatqc%mstp(jobs), & 
    1034                   &            ' ntyp    = ', seaicedatqc%ntyp(jobs) 
    1035             ENDIF 
    1036             CALL ctl_stop( 'obs_seaice_opt', 'Inconsistent time' ) 
    1037              
    1038          ENDIF 
    1039           
    1040          zlam = seaicedatqc%rlam(jobs) 
    1041          zphi = seaicedatqc%rphi(jobs) 
    1042           
    1043          ! Get weights to interpolate the model sea ice to the observation point 
    1044          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    1045             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    1046             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    1047           
    1048          ! ... Interpolate the model sea ice to the observation point 
    1049          CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    1050             &              zweig, zseaicel(:,:,iobs),  zext ) 
    1051           
    1052          seaicedatqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    1053           
    1054       END DO 
    1055        
    1056       ! Deallocate the data for interpolation 
    1057       DEALLOCATE( & 
    1058          & igrdi,    & 
    1059          & igrdj,    & 
    1060          & zglam,    & 
    1061          & zgphi,    & 
    1062          & zmask,    & 
    1063          & zseaicel  & 
    1064          & ) 
    1065        
    1066       seaicedatqc%nsurfup = seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    1067  
    1068    END SUBROUTINE obs_seaice_opt 
    1069  
    1070    SUBROUTINE obs_vel_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk, kit000, kdaystp, & 
    1071       &                    pun, pvn, pgdept, pumask, pvmask, k1dint, k2dint, & 
    1072       &                    ld_dailyav ) 
    1073       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1074       !! 
    1075       !!                     ***  ROUTINE obs_vel_opt  *** 
    1076       !! 
    1077       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of velocity profile 
    1078       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    1079       !!              observation point. 
    1080       !! 
    1081       !! ** Method  : Linearly interpolate zonal and meridional components of velocity  
    1082       !!              to each observation point using the model values at the corners of  
    1083       !!              the surrounding grid box. The model velocity components are on a  
    1084       !!              staggered C- grid. 
    1085       !! 
    1086       !!    For velocity data from the TAO array, the model equivalent is 
    1087       !!    a daily mean velocity field. So, we first compute 
    1088       !!    the mean, then interpolate only at the end of the day. 
    1089       !! 
    1090       !! ** Action  : 
    1091       !! 
    1092       !! History : 
    1093       !!    ! 07-03 (K. Mogensen)      : Temperature and Salinity profiles 
    1094       !!    ! 08-10 (Maria Valdivieso) : Velocity component (U,V) profiles 
    1095       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1096      
    1097       !! * Modules used 
    1098       USE obs_profiles_def ! Definition of storage space for profile obs. 
    1099  
    1100       IMPLICIT NONE 
    1101  
    1102       !! * Arguments 
    1103       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: & 
    1104          & prodatqc        ! Subset of profile data not failing screening 
    1105       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    1106       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    1107       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    1108       INTEGER, INTENT(IN) :: kpk  
    1109       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    1110                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    1111       INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint    ! Vertical interpolation type (see header) 
    1112       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    1113       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day                     
    1114       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
    1115          & pun,    &    ! Model zonal component of velocity 
    1116          & pvn,    &    ! Model meridional component of velocity 
    1117          & pumask, &    ! Land-sea mask 
    1118          & pvmask       ! Land-sea mask 
    1119       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpk) :: & 
    1120          & pgdept       ! Model array of depth levels 
    1121       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_dailyav 
    1122           
    1123       !! * Local declarations 
    1124       INTEGER :: ji 
    1125       INTEGER :: jj 
    1126       INTEGER :: jk 
    1127       INTEGER :: jobs 
    1128       INTEGER :: inrc 
    1129       INTEGER :: ipro 
    1130       INTEGER :: idayend 
    1131       INTEGER :: ista 
    1132       INTEGER :: iend 
    1133       INTEGER :: iobs 
    1134       INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    1135          & idailyavtypes 
    1136       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    1137       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    1138       REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    1139       REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpk) :: & 
    1140          & zobsmasku, & 
    1141          & zobsmaskv, & 
    1142          & zobsmask,  & 
    1143          & zobsk,     & 
    1144          & zobs2k 
    1145       REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk) :: & 
    1146          & zweigu,zweigv 
    1147       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1148          & zumask, zvmask, & 
    1149          & zintu, & 
    1150          & zintv, & 
    1151          & zinmu, & 
    1152          & zinmv 
    1153       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1154          & zglamu, zglamv, & 
    1155          & zgphiu, zgphiv 
    1156       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1157          & igrdiu, & 
    1158          & igrdju, & 
    1159          & igrdiv, & 
    1160          & igrdjv 
    1161  
    1162       !------------------------------------------------------------------------ 
    1163       ! Local initialization  
    1164       !------------------------------------------------------------------------ 
    1165       ! ... Record and data counters 
    1166       inrc = kt - kit000 + 2 
    1167       ipro = prodatqc%npstp(inrc) 
    1168  
    1169       ! Initialize daily mean for first timestep 
    1170       idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    1171  
    1172       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    1173       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    1174          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
    1175          prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = 0.0 
    1176          prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = 0.0 
    1177       ENDIF 
    1178  
    1179       ! Increment the zonal velocity field for computing daily mean 
    1180       prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = prodatqc%vdmean(:,:,:,1) + pun(:,:,:) 
    1181       ! Increment the meridional velocity field for computing daily mean 
    1182       prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = prodatqc%vdmean(:,:,:,2) + pvn(:,:,:) 
    1183     
    1184       ! Compute the daily mean at the end of day 
    1185       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    1186       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1187          prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = prodatqc%vdmean(:,:,:,1) * zdaystp 
    1188          prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = prodatqc%vdmean(:,:,:,2) * zdaystp 
    1189       ENDIF 
    1190  
    1191       ! Get the data for interpolation 
    1192       ALLOCATE( & 
    1193          & igrdiu(2,2,ipro),      & 
    1194          & igrdju(2,2,ipro),      & 
    1195          & igrdiv(2,2,ipro),      & 
    1196          & igrdjv(2,2,ipro),      & 
    1197          & zglamu(2,2,ipro), zglamv(2,2,ipro), & 
    1198          & zgphiu(2,2,ipro), zgphiv(2,2,ipro), & 
    1199          & zumask(2,2,kpk,ipro), zvmask(2,2,kpk,ipro), & 
    1200          & zintu(2,2,kpk,ipro),  & 
    1201          & zintv(2,2,kpk,ipro)   & 
    1202          & ) 
    1203  
    1204       DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    1205          iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    1206          igrdiu(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    1207          igrdju(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    1208          igrdiu(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    1209          igrdju(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    1210          igrdiu(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    1211          igrdju(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    1212          igrdiu(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    1213          igrdju(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    1214          igrdiv(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
    1215          igrdjv(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
    1216          igrdiv(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
    1217          igrdjv(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    1218          igrdiv(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
    1219          igrdjv(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
    1220          igrdiv(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
    1221          igrdjv(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    1222       END DO 
    1223  
    1224       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiu, igrdju, glamu, zglamu ) 
    1225       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiu, igrdju, gphiu, zgphiu ) 
    1226       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, pumask, zumask ) 
    1227       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, pun, zintu ) 
    1228  
    1229       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiv, igrdjv, glamv, zglamv ) 
    1230       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiv, igrdjv, gphiv, zgphiv ) 
    1231       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, pvmask, zvmask ) 
    1232       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, pvn, zintv ) 
    1233  
    1234       ! At the end of the day also get interpolated means 
    1235       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1236  
    1237          ALLOCATE( & 
    1238             & zinmu(2,2,kpk,ipro),  & 
    1239             & zinmv(2,2,kpk,ipro)   & 
    1240             & ) 
    1241  
    1242          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, & 
    1243             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinmu ) 
    1244          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, & 
    1245             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinmv ) 
    1246  
    1247       ENDIF 
    1248  
    1249 ! loop over observations 
    1250  
    1251       DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    1252  
    1253          iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    1254  
    1255          IF ( kt /= prodatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    1256              
    1257             IF(lwp) THEN 
    1258                WRITE(numout,*) 
    1259                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    1260                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    1261                   &            ' model time step' 
    1262                WRITE(numout,*) ' =========' 
    1263                WRITE(numout,*) 
    1264                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                    & 
    1265                   &            ' kt      = ', kt,                      & 
    1266                   &            ' mstp    = ', prodatqc%mstp(jobs), & 
    1267                   &            ' ntyp    = ', prodatqc%ntyp(jobs) 
    1268             ENDIF 
    1269             CALL ctl_stop( 'obs_pro_opt', 'Inconsistent time' ) 
    1270          ENDIF 
    1271           
    1272          zlam = prodatqc%rlam(jobs) 
    1273          zphi = prodatqc%rphi(jobs) 
    1274  
    1275          ! Initialize observation masks 
    1276  
    1277          zobsmasku(:) = 0.0 
    1278          zobsmaskv(:) = 0.0 
    1279           
    1280          ! Horizontal weights and vertical mask 
    1281  
    1282          IF  ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
    1283  
    1284             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    1285                &                   zglamu(:,:,iobs), zgphiu(:,:,iobs), & 
    1286                &                   zumask(:,:,:,iobs), zweigu, zobsmasku ) 
    1287  
    1288          ENDIF 
    1289  
    1290           
    1291          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    1292  
    1293             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    1294                &                   zglamv(:,:,iobs), zgphiv(:,:,iobs), & 
    1295                &                   zvmask(:,:,:,iobs), zweigv, zobsmasku ) 
    1296  
    1297          ENDIF 
    1298  
    1299          ! Ensure that the vertical mask on u and v are consistent. 
    1300  
    1301          zobsmask(:) = MIN( zobsmasku(:), zobsmaskv(:) ) 
    1302  
    1303          IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
    1304  
    1305             zobsk(:) = obfillflt 
    1306  
    1307        IF ( ld_dailyav ) THEN 
    1308  
    1309                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    1310                    
    1311                   ! Daily averaged data 
    1312                    
    1313                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1314                      &              zweigu, zinmu(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1315                    
    1316                    
    1317                ELSE 
    1318                 
    1319                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    1320                      &           ' number of U profile data should' // & 
    1321                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    1322  
    1323                ENDIF 
    1324            
    1325             ELSE  
    1326                 
    1327                ! Point data 
    1328  
    1329                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1330                   &              zweigu, zintu(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1331  
    1332             ENDIF 
    1333  
    1334             !------------------------------------------------------------- 
    1335             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    1336             ! polynomial at obs points 
    1337             !------------------------------------------------------------- 
    1338              
    1339             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    1340                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k,   & 
    1341                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    1342             ENDIF 
    1343              
    1344             !----------------------------------------------------------------- 
    1345             !  Vertical interpolation to the observation point 
    1346             !----------------------------------------------------------------- 
    1347             ista = prodatqc%npvsta(jobs,1) 
    1348             iend = prodatqc%npvend(jobs,1) 
    1349             CALL obs_int_z1d( kpk,                & 
    1350                & prodatqc%var(1)%mvk(ista:iend),  & 
    1351                & k1dint, iend - ista + 1,         & 
    1352                & prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), & 
    1353                & zobsk, zobs2k,                   & 
    1354                & prodatqc%var(1)%vmod(ista:iend), & 
    1355                & pgdept, zobsmask ) 
    1356  
    1357          ENDIF 
    1358  
    1359          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    1360  
    1361             zobsk(:) = obfillflt 
    1362  
    1363             IF ( ld_dailyav ) THEN 
    1364  
    1365                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    1366  
    1367                   ! Daily averaged data 
    1368                    
    1369                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1370                      &              zweigv, zinmv(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1371                    
    1372                ELSE 
    1373  
    1374                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    1375                      &           ' number of V profile data should' // & 
    1376                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    1377  
    1378                ENDIF 
    1379  
    1380             ELSE 
    1381                 
    1382                ! Point data 
    1383  
    1384                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1385                   &              zweigv, zintv(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1386  
    1387             ENDIF 
    1388  
    1389  
    1390             !------------------------------------------------------------- 
    1391             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    1392             ! polynomial at obs points 
    1393             !------------------------------------------------------------- 
    1394              
    1395             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    1396                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k, & 
    1397                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    1398             ENDIF 
    1399              
    1400             !---------------------------------------------------------------- 
    1401             !  Vertical interpolation to the observation point 
    1402             !---------------------------------------------------------------- 
    1403             ista = prodatqc%npvsta(jobs,2) 
    1404             iend = prodatqc%npvend(jobs,2) 
    1405             CALL obs_int_z1d( kpk, & 
    1406                & prodatqc%var(2)%mvk(ista:iend),& 
    1407                & k1dint, iend - ista + 1, & 
    1408                & prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),& 
    1409                & zobsk, zobs2k, & 
    1410                & prodatqc%var(2)%vmod(ista:iend),& 
    1411                & pgdept, zobsmask ) 
    1412  
    1413          ENDIF 
    1414  
    1415       END DO 
    1416   
    1417       ! Deallocate the data for interpolation 
    1418       DEALLOCATE( & 
    1419          & igrdiu, & 
    1420          & igrdju, & 
    1421          & igrdiv, & 
    1422          & igrdjv, & 
    1423          & zglamu, zglamv, & 
    1424          & zgphiu, zgphiv, & 
    1425          & zumask, zvmask, & 
    1426          & zintu, & 
    1427          & zintv  & 
    1428          & ) 
    1429       ! At the end of the day also get interpolated means 
    1430       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1431          DEALLOCATE( & 
    1432             & zinmu,  & 
    1433             & zinmv   & 
    1434             & ) 
    1435       ENDIF 
    1436  
    1437       prodatqc%nprofup = prodatqc%nprofup + ipro  
    1438        
    1439    END SUBROUTINE obs_vel_opt 
     1009 
     1010      surfdataqc%nsurfup = surfdataqc%nsurfup + isurf 
     1011 
     1012   END SUBROUTINE obs_surf_opt 
    14401013 
    14411014END MODULE obs_oper 
    1442  

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_prep.F90

    r7960 r7992  
    77 
    88   !!--------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   obs_pre_pro  : First level check and screening of T/S profiles 
    10    !!   obs_pre_sla  : First level check and screening of SLA observations 
    11    !!   obs_pre_sst  : First level check and screening of SLA observations 
    12    !!   obs_pre_seaice : First level check and screening of sea ice observations 
    13    !!   obs_pre_vel  : First level check and screening of velocity obs. 
    14    !!   obs_scr      : Basic screening of the observations 
    15    !!   obs_coo_tim  : Compute number of time steps to the observation time 
    16    !!   obs_sor      : Sort the observation arrays 
     9   !!   obs_pre_prof  : First level check and screening of profile observations 
     10   !!   obs_pre_surf  : First level check and screening of surface observations 
     11   !!   obs_scr       : Basic screening of the observations 
     12   !!   obs_coo_tim   : Compute number of time steps to the observation time 
     13   !!   obs_sor       : Sort the observation arrays 
    1714   !!--------------------------------------------------------------------- 
    1815   !! * Modules used 
    … …  
    2724   USE obs_inter_sup      ! Interpolation support 
    2825   USE obs_oper           ! Observation operators 
     26#if defined key_bdy 
     27   USE bdy_oce, ONLY : &        ! Boundary information 
     28      idx_bdy, nb_bdy 
     29#endif 
    2930   USE lib_mpp, ONLY : & 
    3031      & ctl_warn, ctl_stop 
    … …  
    3637 
    3738   PUBLIC & 
    38       & obs_pre_pro, &    ! First level check and screening of profiles 
    39       & obs_pre_sla, &    ! First level check and screening of SLA data 
    40       & obs_pre_sst, &    ! First level check and screening of SLA data 
    41       & obs_pre_seaice, & ! First level check and screening of sea ice data 
    42       & obs_pre_vel, &     ! First level check and screening of velocity profiles 
    43       & calc_month_len     ! Calculate the number of days in the months of a year   
     39      & obs_pre_prof, &    ! First level check and screening of profile obs 
     40      & obs_pre_surf, &    ! First level check and screening of surface obs 
     41      & calc_month_len     ! Calculate the number of days in the months of a year 
    4442 
    4543   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4947   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5048 
     49!! * Substitutions  
     50#  include "domzgr_substitute.h90"   
     51 
    5152CONTAINS 
    5253 
    53    SUBROUTINE obs_pre_pro( profdata, prodatqc, ld_t3d, ld_s3d, ld_nea, & 
    54       &                    kdailyavtypes ) 
    55       !!---------------------------------------------------------------------- 
    56       !!                    ***  ROUTINE obs_pre_pro  *** 
    57       !! 
    58       !! ** Purpose : First level check and screening of T and S profiles 
    59       !! 
    60       !! ** Method  : First level check and screening of T and S profiles 
    61       !! 
    62       !! ** Action  :  
    63       !! 
    64       !! References : 
    65       !!    
    66       !! History : 
    67       !!        !  2007-01  (K. Mogensen) Merge of obs_pre_t3d and obs_pre_s3d  
    68       !!        !  2007-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
    69       !!        !  2007-06  (K. Mogensen et al) Reject obs. near land. 
    70       !!---------------------------------------------------------------------- 
    71       !! * Modules used 
    72       USE domstp              ! Domain: set the time-step 
    73       USE par_oce             ! Ocean parameters 
    74       USE dom_oce, ONLY : &   ! Geographical information 
    75          & glamt,   & 
    76          & gphit,   & 
    77          & gdept_1d,& 
    78          & tmask,   & 
    79          & nproc 
    80       !! * Arguments 
    81       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: profdata     ! Full set of profile data 
    82       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: prodatqc     ! Subset of profile data not failing screening 
    83       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_t3d         ! Switch for temperature 
    84       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_s3d         ! Switch for salinity 
    85       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea         ! Switch for rejecting observation near land 
    86       INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
    87          & kdailyavtypes! Types for daily averages 
    88       !! * Local declarations    
    89       INTEGER :: iyea0         ! Initial date 
    90       INTEGER :: imon0         !  - (year, month, day, hour, minute) 
    91       INTEGER :: iday0    
    92       INTEGER :: ihou0 
    93       INTEGER :: imin0 
    94       INTEGER :: icycle        ! Current assimilation cycle 
    95                                ! Counters for observations that 
    96       INTEGER :: iotdobs       !  - outside time domain 
    97       INTEGER :: iosdtobs      !  - outside space domain (temperature) 
    98       INTEGER :: iosdsobs      !  - outside space domain (salinity) 
    99       INTEGER :: ilantobs      !  - within a model land cell (temperature) 
    100       INTEGER :: ilansobs      !  - within a model land cell (salinity) 
    101       INTEGER :: inlatobs      !  - close to land (temperature) 
    102       INTEGER :: inlasobs      !  - close to land (salinity) 
    103       INTEGER :: igrdobs       !  - fail the grid search 
    104                                ! Global counters for observations that 
    105       INTEGER :: iotdobsmpp    !  - outside time domain 
    106       INTEGER :: iosdtobsmpp   !  - outside space domain (temperature) 
    107       INTEGER :: iosdsobsmpp   !  - outside space domain (salinity) 
    108       INTEGER :: ilantobsmpp   !  - within a model land cell (temperature) 
    109       INTEGER :: ilansobsmpp   !  - within a model land cell (salinity) 
    110       INTEGER :: inlatobsmpp   !  - close to land (temperature) 
    111       INTEGER :: inlasobsmpp   !  - close to land (salinity) 
    112       INTEGER :: igrdobsmpp    !  - fail the grid search 
    113       TYPE(obs_prof_valid) ::  llvalid     ! Profile selection  
    114       TYPE(obs_prof_valid), DIMENSION(profdata%nvar) :: & 
    115          & llvvalid            ! T,S selection  
    116       INTEGER :: jvar          ! Variable loop variable 
    117       INTEGER :: jobs          ! Obs. loop variable 
    118       INTEGER :: jstp          ! Time loop variable 
    119       INTEGER :: inrc          ! Time index variable 
    120        
    121       IF(lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_pro : Preparing the profile observations...' 
    122  
    123       ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    124       iyea0 =   ndate0 / 10000 
    125       imon0 = ( ndate0 - iyea0 * 10000 ) / 100 
    126       iday0 =   ndate0 - iyea0 * 10000 - imon0 * 100 
    127       ihou0 = 0 
    128       imin0 = 0 
    129  
    130       icycle = no     ! Assimilation cycle 
    131  
    132       ! Diagnotics counters for various failures. 
    133  
    134       iotdobs  = 0 
    135       igrdobs  = 0 
    136       iosdtobs = 0 
    137       iosdsobs = 0 
    138       ilantobs = 0 
    139       ilansobs = 0 
    140       inlatobs = 0 
    141       inlasobs = 0 
    142  
    143       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    144       ! Find time coordinate for profiles 
    145       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    146  
    147       IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN 
    148          CALL obs_coo_tim_prof( icycle, & 
    149             &                iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
    150             &                profdata%nprof,   profdata%nyea, profdata%nmon, & 
    151             &                profdata%nday,    profdata%nhou, profdata%nmin, & 
    152             &                profdata%ntyp,    profdata%nqc,  profdata%mstp, & 
    153             &                iotdobs, kdailyavtypes = kdailyavtypes        ) 
    154       ELSE 
    155          CALL obs_coo_tim_prof( icycle, & 
    156             &                iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
    157             &                profdata%nprof,   profdata%nyea, profdata%nmon, & 
    158             &                profdata%nday,    profdata%nhou, profdata%nmin, & 
    159             &                profdata%ntyp,    profdata%nqc,  profdata%mstp, & 
    160             &                iotdobs ) 
    161       ENDIF 
    162       CALL obs_mpp_sum_integer( iotdobs, iotdobsmpp ) 
    163        
    164       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    165       ! Check for profiles failing the grid search 
    166       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    167  
    168       CALL obs_coo_grd( profdata%nprof,   profdata%mi, profdata%mj, & 
    169          &              profdata%nqc,     igrdobs                         ) 
    170  
    171       CALL obs_mpp_sum_integer( igrdobs, igrdobsmpp ) 
    172  
    173       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    174       ! Reject all observations for profiles with nqc > 10 
    175       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    176  
    177       CALL obs_pro_rej( profdata ) 
    178  
    179       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    180       ! Check for land points. This includes points below the model 
    181       ! bathymetry so this is done for every point in the profile 
    182       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    183  
    184       ! Temperature 
    185  
    186       CALL obs_coo_spc_3d( profdata%nprof,        profdata%nvprot(1),   & 
    187          &                 profdata%npvsta(:,1),  profdata%npvend(:,1), & 
    188          &                 jpi,                   jpj,                  & 
    189          &                 jpk,                                         & 
    190          &                 profdata%mi,           profdata%mj,          &  
    191          &                 profdata%var(1)%mvk,                         & 
    192          &                 profdata%rlam,         profdata%rphi,        & 
    193          &                 profdata%var(1)%vdep,                        & 
    194          &                 glamt,                 gphit,                & 
    195          &                 gdept_1d,              tmask,                & 
    196          &                 profdata%nqc,          profdata%var(1)%nvqc, & 
    197          &                 iosdtobs,              ilantobs,             & 
    198          &                 inlatobs,              ld_nea                ) 
    199  
    200       CALL obs_mpp_sum_integer( iosdtobs, iosdtobsmpp ) 
    201       CALL obs_mpp_sum_integer( ilantobs, ilantobsmpp ) 
    202       CALL obs_mpp_sum_integer( inlatobs, inlatobsmpp ) 
    203  
    204       ! Salinity 
    205  
    206       CALL obs_coo_spc_3d( profdata%nprof,        profdata%nvprot(2),   & 
    207          &                 profdata%npvsta(:,2),  profdata%npvend(:,2), & 
    208          &                 jpi,                   jpj,                  & 
    209          &                 jpk,                                         & 
    210          &                 profdata%mi,           profdata%mj,          &  
    211          &                 profdata%var(2)%mvk,                         & 
    212          &                 profdata%rlam,         profdata%rphi,        & 
    213          &                 profdata%var(2)%vdep,                        & 
    214          &                 glamt,                 gphit,                & 
    215          &                 gdept_1d,              tmask,                & 
    216          &                 profdata%nqc,          profdata%var(2)%nvqc, & 
    217          &                 iosdsobs,              ilansobs,             & 
    218          &                 inlasobs,              ld_nea                ) 
    219  
    220       CALL obs_mpp_sum_integer( iosdsobs, iosdsobsmpp ) 
    221       CALL obs_mpp_sum_integer( ilansobs, ilansobsmpp ) 
    222       CALL obs_mpp_sum_integer( inlasobs, inlasobsmpp ) 
    223  
    224       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    225       ! Copy useful data from the profdata data structure to 
    226       ! the prodatqc data structure  
    227       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    228  
    229       ! Allocate the selection arrays 
    230  
    231       ALLOCATE( llvalid%luse(profdata%nprof) ) 
    232       DO jvar = 1,profdata%nvar 
    233          ALLOCATE( llvvalid(jvar)%luse(profdata%nvprot(jvar)) ) 
    234       END DO 
    235  
    236       ! We want all data which has qc flags <= 10 
    237  
    238       llvalid%luse(:) = ( profdata%nqc(:)  <= 10 ) 
    239       DO jvar = 1,profdata%nvar 
    240          llvvalid(jvar)%luse(:) = ( profdata%var(jvar)%nvqc(:) <= 10 ) 
    241       END DO 
    242  
    243       ! The actual copying 
    244  
    245       CALL obs_prof_compress( profdata,     prodatqc,       .TRUE.,  numout, & 
    246          &                    lvalid=llvalid, lvvalid=llvvalid ) 
    247  
    248       ! Dellocate the selection arrays 
    249       DEALLOCATE( llvalid%luse ) 
    250       DO jvar = 1,profdata%nvar 
    251          DEALLOCATE( llvvalid(jvar)%luse ) 
    252       END DO 
    253  
    254       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    255       ! Print information about what observations are left after qc 
    256       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    257  
    258       ! Update the total observation counter array 
    259        
    260       IF(lwp) THEN 
    261          WRITE(numout,*) 
    262          WRITE(numout,*) 'obs_pre_pro :' 
    263          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
    264          WRITE(numout,*) 
    265          WRITE(numout,*) ' Profiles outside time domain                = ', & 
    266             &            iotdobsmpp 
    267          WRITE(numout,*) ' Remaining profiles that failed grid search  = ', & 
    268             &            igrdobsmpp 
    269          WRITE(numout,*) ' Remaining T data outside space domain       = ', & 
    270             &            iosdtobsmpp 
    271          WRITE(numout,*) ' Remaining T data at land points             = ', & 
    272             &            ilantobsmpp 
    273          IF (ld_nea) THEN 
    274             WRITE(numout,*) ' Remaining T data near land points (removed) = ',& 
    275                &            inlatobsmpp 
    276          ELSE 
    277             WRITE(numout,*) ' Remaining T data near land points (kept)    = ',& 
    278                &            inlatobsmpp 
    279          ENDIF 
    280          WRITE(numout,*) ' T data accepted                             = ', & 
    281             &            prodatqc%nvprotmpp(1) 
    282          WRITE(numout,*) ' Remaining S data outside space domain       = ', & 
    283             &            iosdsobsmpp 
    284          WRITE(numout,*) ' Remaining S data at land points             = ', & 
    285             &            ilansobsmpp 
    286          IF (ld_nea) THEN 
    287             WRITE(numout,*) ' Remaining S data near land points (removed) = ',& 
    288                &            inlasobsmpp 
    289          ELSE 
    290             WRITE(numout,*) ' Remaining S data near land points (kept)    = ',& 
    291                &            inlasobsmpp 
    292          ENDIF 
    293          WRITE(numout,*) ' S data accepted                             = ', & 
    294             &            prodatqc%nvprotmpp(2) 
    295  
    296          WRITE(numout,*) 
    297          WRITE(numout,*) ' Number of observations per time step :' 
    298          WRITE(numout,*) 
    299          WRITE(numout,997) 
    300          WRITE(numout,998) 
    301       ENDIF 
    302        
    303       DO jobs = 1, prodatqc%nprof 
    304          inrc = prodatqc%mstp(jobs) + 2 - nit000 
    305          prodatqc%npstp(inrc)  = prodatqc%npstp(inrc) + 1 
    306          DO jvar = 1, prodatqc%nvar 
    307             IF ( prodatqc%npvend(jobs,jvar) > 0 ) THEN 
    308                prodatqc%nvstp(inrc,jvar) = prodatqc%nvstp(inrc,jvar) + & 
    309                   &                      ( prodatqc%npvend(jobs,jvar) - & 
    310                   &                        prodatqc%npvsta(jobs,jvar) + 1 ) 
    311             ENDIF 
    312          END DO 
    313       END DO 
    314        
    315        
    316       CALL obs_mpp_sum_integers( prodatqc%npstp, prodatqc%npstpmpp, & 
    317          &                       nitend - nit000 + 2 ) 
    318       DO jvar = 1, prodatqc%nvar 
    319          CALL obs_mpp_sum_integers( prodatqc%nvstp(:,jvar), & 
    320             &                       prodatqc%nvstpmpp(:,jvar), & 
    321             &                       nitend - nit000 + 2 ) 
    322       END DO 
    323  
    324       IF ( lwp ) THEN 
    325          DO jstp = nit000 - 1, nitend 
    326             inrc = jstp - nit000 + 2 
    327             WRITE(numout,999) jstp, prodatqc%npstpmpp(inrc), & 
    328                &                    prodatqc%nvstpmpp(inrc,1), & 
    329                &                    prodatqc%nvstpmpp(inrc,2) 
    330          END DO 
    331       ENDIF 
    332  
    333 997   FORMAT(10X,'Time step',5X,'Profiles',5X,'Temperature',5X,'Salinity') 
    334 998   FORMAT(10X,'---------',5X,'--------',5X,'-----------',5X,'--------') 
    335 999   FORMAT(10X,I9,5X,I8,5X,I11,5X,I8) 
    336        
    337    END SUBROUTINE obs_pre_pro 
    338  
    339    SUBROUTINE obs_pre_sla( sladata, sladatqc, ld_sla, ld_nea ) 
     54   SUBROUTINE obs_pre_surf( surfdata, surfdataqc, ld_nea, ld_bound_reject, & 
     55                            kqc_cutoff ) 
    34056      !!---------------------------------------------------------------------- 
    34157      !!                    ***  ROUTINE obs_pre_sla  *** 
    34258      !! 
    343       !! ** Purpose : First level check and screening of SLA observations 
    344       !! 
    345       !! ** Method  : First level check and screening of SLA observations 
     59      !! ** Purpose : First level check and screening of surface observations 
     60      !! 
     61      !! ** Method  : First level check and screening of surface observations 
    34662      !! 
    34763      !! ** Action  :  
    … …  
    35268      !!        !  2007-03  (A. Weaver, K. Mogensen) Original 
    35369      !!        !  2007-06  (K. Mogensen et al) Reject obs. near land. 
     70      !!        !  2015-02  (M. Martin) Combined routine for surface types. 
    35471      !!---------------------------------------------------------------------- 
    35572      !! * Modules used 
    … …  
    36279         & nproc 
    36380      !! * Arguments 
    364       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sladata    ! Full set of SLA data 
    365       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sladatqc   ! Subset of SLA data not failing screening 
    366       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_sla         ! Switch for SLA data 
    367       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea         ! Switch for rejecting observation near land 
     81      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: surfdata    ! Full set of surface data 
     82      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: surfdataqc  ! Subset of surface data not failing screening 
     83      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea                ! Switch for rejecting observation near land 
     84      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_bound_reject       ! Switch for rejecting obs near the boundary 
     85      INTEGER, INTENT(IN), OPTIONAL :: kqc_cutoff   ! cut off for QC value 
    36886      !! * Local declarations 
     87      INTEGER :: iqc_cutoff = 255   ! cut off for QC value 
    36988      INTEGER :: iyea0        ! Initial date 
    37089      INTEGER :: imon0        !  - (year, month, day, hour, minute) 
    … …  
    37998      INTEGER :: inlasobs     !  - close to land 
    38099      INTEGER :: igrdobs      !  - fail the grid search 
     100      INTEGER :: ibdysobs     !  - close to open boundary 
    381101                              ! Global counters for observations that 
    382102      INTEGER :: iotdobsmpp     !  - outside time domain 
    … …  
    385105      INTEGER :: inlasobsmpp    !  - close to land 
    386106      INTEGER :: igrdobsmpp     !  - fail the grid search 
     107      INTEGER :: ibdysobsmpp  !  - close to open boundary 
    387108      LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: &  
    388109         & llvalid            ! SLA data selection 
    … …  
    391112      INTEGER :: inrc         ! Time index variable 
    392113 
    393       IF(lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_sla : Preparing the SLA observations...' 
    394  
     114      IF(lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_surf : Preparing the surface observations...' 
     115      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
     116       
    395117      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    396118      iyea0 =   ndate0 / 10000 
    … …  
    409131      ilansobs = 0 
    410132      inlasobs = 0 
    411  
    412       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    413       ! Find time coordinate for SLA data 
     133      ibdysobs = 0  
     134 
     135      ! Set QC cutoff to optional value if provided 
     136      IF ( PRESENT(kqc_cutoff) ) iqc_cutoff=kqc_cutoff 
     137 
     138      ! ----------------------------------------------------------------------- 
     139      ! Find time coordinate for surface data 
    414140      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    415141 
    416142      CALL obs_coo_tim( icycle, & 
    417143         &              iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
    418          &              sladata%nsurf,   sladata%nyea, sladata%nmon, & 
    419          &              sladata%nday,    sladata%nhou, sladata%nmin, & 
    420          &              sladata%nqc,     sladata%mstp, iotdobs        ) 
     144         &              surfdata%nsurf,   surfdata%nyea, surfdata%nmon, & 
     145         &              surfdata%nday,    surfdata%nhou, surfdata%nmin, & 
     146         &              surfdata%nqc,     surfdata%mstp, iotdobs        ) 
    421147 
    422148      CALL obs_mpp_sum_integer( iotdobs, iotdobsmpp ) 
    423149       
    424150      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    425       ! Check for SLA data failing the grid search 
    426       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    427  
    428       CALL obs_coo_grd( sladata%nsurf,   sladata%mi, sladata%mj, & 
    429          &              sladata%nqc,     igrdobs                         ) 
     151      ! Check for surface data failing the grid search 
     152      ! ----------------------------------------------------------------------- 
     153 
     154      CALL obs_coo_grd( surfdata%nsurf,   surfdata%mi, surfdata%mj, & 
     155         &              surfdata%nqc,     igrdobs                         ) 
    430156 
    431157      CALL obs_mpp_sum_integer( igrdobs, igrdobsmpp ) 
    … …  
    435161      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    436162 
    437       CALL obs_coo_spc_2d( sladata%nsurf,              & 
     163      CALL obs_coo_spc_2d( surfdata%nsurf,              & 
    438164         &                 jpi,          jpj,          & 
    439          &                 sladata%mi,   sladata%mj,   &  
    440          &                 sladata%rlam, sladata%rphi, & 
     165         &                 surfdata%mi,   surfdata%mj,   &  
     166         &                 surfdata%rlam, surfdata%rphi, & 
    441167         &                 glamt,        gphit,        & 
    442          &                 tmask(:,:,1), sladata%nqc,  & 
     168         &                 tmask(:,:,1), surfdata%nqc,  & 
    443169         &                 iosdsobs,     ilansobs,     & 
    444          &                 inlasobs,     ld_nea        ) 
     170         &                 inlasobs,     ld_nea,       & 
     171         &                 ibdysobs,     ld_bound_reject, & 
     172         &                 iqc_cutoff                     ) 
    445173 
    446174      CALL obs_mpp_sum_integer( iosdsobs, iosdsobsmpp ) 
    447175      CALL obs_mpp_sum_integer( ilansobs, ilansobsmpp ) 
    448176      CALL obs_mpp_sum_integer( inlasobs, inlasobsmpp ) 
    449  
    450       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    451       ! Copy useful data from the sladata data structure to 
    452       ! the sladatqc data structure  
     177      CALL obs_mpp_sum_integer( ibdysobs, ibdysobsmpp ) 
     178 
     179      ! ----------------------------------------------------------------------- 
     180      ! Copy useful data from the surfdata data structure to 
     181      ! the surfdataqc data structure  
    453182      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    454183 
    455184      ! Allocate the selection arrays 
    456185 
    457       ALLOCATE( llvalid(sladata%nsurf) ) 
    458        
    459       ! We want all data which has qc flags <= 10 
    460  
    461       llvalid(:)  = ( sladata%nqc(:)  <= 10 ) 
     186      ALLOCATE( llvalid(surfdata%nsurf) ) 
     187       
     188      ! We want all data which has qc flags <= iqc_cutoff 
     189 
     190      llvalid(:)  = ( surfdata%nqc(:)  <= iqc_cutoff ) 
    462191 
    463192      ! The actual copying 
    464193 
    465       CALL obs_surf_compress( sladata,     sladatqc,       .TRUE.,  numout, & 
     194      CALL obs_surf_compress( surfdata,     surfdataqc,       .TRUE.,  numout, & 
    466195         &                    lvalid=llvalid ) 
    467196 
    … …  
    477206      IF(lwp) THEN 
    478207         WRITE(numout,*) 
    479          WRITE(numout,*) 'obs_pre_sla :' 
    480          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
    481          WRITE(numout,*) 
    482          WRITE(numout,*) ' SLA data outside time domain                  = ', & 
     208         WRITE(numout,*) ' '//surfdataqc%cvars(1)//' data outside time domain                  = ', & 
    483209            &            iotdobsmpp 
    484          WRITE(numout,*) ' Remaining SLA data that failed grid search    = ', & 
     210         WRITE(numout,*) ' Remaining '//surfdataqc%cvars(1)//' data that failed grid search    = ', & 
    485211            &            igrdobsmpp 
    486          WRITE(numout,*) ' Remaining SLA data outside space domain       = ', & 
     212         WRITE(numout,*) ' Remaining '//surfdataqc%cvars(1)//' data outside space domain       = ', & 
    487213            &            iosdsobsmpp 
    488          WRITE(numout,*) ' Remaining SLA data at land points             = ', & 
     214         WRITE(numout,*) ' Remaining '//surfdataqc%cvars(1)//' data at land points             = ', & 
    489215            &            ilansobsmpp 
    490216         IF (ld_nea) THEN 
    491             WRITE(numout,*) ' Remaining SLA data near land points (removed) = ', & 
     217            WRITE(numout,*) ' Remaining '//surfdataqc%cvars(1)//' data near land points (removed) = ', & 
    492218               &            inlasobsmpp 
    493219         ELSE 
    494             WRITE(numout,*) ' Remaining SLA data near land points (kept)    = ', & 
     220            WRITE(numout,*) ' Remaining '//surfdataqc%cvars(1)//' data near land points (kept)    = ', & 
    495221               &            inlasobsmpp 
    496222         ENDIF 
    497          WRITE(numout,*) ' SLA data accepted                             = ', & 
    498             &            sladatqc%nsurfmpp 
     223         WRITE(numout,*) ' Remaining '//surfdataqc%cvars(1)//' data near open boundary (removed) = ', & 
     224            &            ibdysobsmpp   
     225         WRITE(numout,*) ' '//surfdataqc%cvars(1)//' data accepted                             = ', & 
     226            &            surfdataqc%nsurfmpp 
    499227 
    500228         WRITE(numout,*) 
    501229         WRITE(numout,*) ' Number of observations per time step :' 
    502230         WRITE(numout,*) 
    503          WRITE(numout,1997) 
    504          WRITE(numout,1998) 
     231         WRITE(numout,'(10X,A,10X,A)')'Time step',surfdataqc%cvars(1) 
     232         WRITE(numout,'(10X,A,5X,A)')'---------','-----------------' 
     233         CALL FLUSH(numout) 
    505234      ENDIF 
    506235       
    507       DO jobs = 1, sladatqc%nsurf 
    508          inrc = sladatqc%mstp(jobs) + 2 - nit000 
    509          sladatqc%nsstp(inrc)  = sladatqc%nsstp(inrc) + 1 
     236      DO jobs = 1, surfdataqc%nsurf 
     237         inrc = surfdataqc%mstp(jobs) + 2 - nit000 
     238         surfdataqc%nsstp(inrc)  = surfdataqc%nsstp(inrc) + 1 
    510239      END DO 
    511240       
    512       CALL obs_mpp_sum_integers( sladatqc%nsstp, sladatqc%nsstpmpp, & 
     241      CALL obs_mpp_sum_integers( surfdataqc%nsstp, surfdataqc%nsstpmpp, & 
    513242         &                       nitend - nit000 + 2 ) 
    514243 
    … …  
    516245         DO jstp = nit000 - 1, nitend 
    517246            inrc = jstp - nit000 + 2 
    518             WRITE(numout,1999) jstp, sladatqc%nsstpmpp(inrc) 
     247            WRITE(numout,1999) jstp, surfdataqc%nsstpmpp(inrc) 
     248            CALL FLUSH(numout) 
    519249         END DO 
    520250      ENDIF 
    521251 
    522 1997  FORMAT(10X,'Time step',5X,'Sea level anomaly') 
    523 1998  FORMAT(10X,'---------',5X,'-----------------') 
    5242521999  FORMAT(10X,I9,5X,I17) 
    525253 
    526    END SUBROUTINE obs_pre_sla 
    527  
    528    SUBROUTINE obs_pre_sst( sstdata, sstdatqc, ld_sst, ld_nea ) 
    529       !!---------------------------------------------------------------------- 
    530       !!                    ***  ROUTINE obs_pre_sst  *** 
    531       !! 
    532       !! ** Purpose : First level check and screening of SST observations 
    533       !! 
    534       !! ** Method  : First level check and screening of SST observations 
    535       !! 
    536       !! ** Action  :  
    537       !! 
    538       !! References : 
    539       !!    
     254   END SUBROUTINE obs_pre_surf 
     255 
     256 
     257   SUBROUTINE obs_pre_prof( profdata, prodatqc, ld_var1, ld_var2, & 
     258      &                     kpi, kpj, kpk, & 
     259      &                     zmask1, pglam1, pgphi1, zmask2, pglam2, pgphi2,  & 
     260      &                     ld_nea, ld_bound_reject, kdailyavtypes,  kqc_cutoff ) 
     261 
     262!!---------------------------------------------------------------------- 
     263      !!                    ***  ROUTINE obs_pre_prof  *** 
     264      !! 
     265      !! ** Purpose : First level check and screening of profiles 
     266      !! 
     267      !! ** Method  : First level check and screening of profiles 
     268      !! 
    540269      !! History : 
    541       !!        !  2007-03  (S. Ricci) SST data preparation  
     270      !!        !  2007-06  (K. Mogensen) original : T and S profile data 
     271      !!        !  2008-09  (M. Valdivieso) : TAO velocity data 
     272      !!        !  2009-01  (K. Mogensen) : New feedback stricture 
     273      !!        !  2015-02  (M. Martin) : Combined profile routine. 
     274      !! 
    542275      !!---------------------------------------------------------------------- 
    543276      !! * Modules used 
    … …  
    545278      USE par_oce             ! Ocean parameters 
    546279      USE dom_oce, ONLY : &   ! Geographical information 
    547          & glamt,   & 
    548          & gphit,   & 
    549          & tmask,   & 
     280         & gdept_1d,             & 
    550281         & nproc 
     282 
    551283      !! * Arguments 
    552       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sstdata     ! Full set of SST data 
    553       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sstdatqc    ! Subset of SST data not failing screening 
    554       LOGICAL :: ld_sst             ! Switch for SST data 
    555       LOGICAL :: ld_nea             ! Switch for rejecting observation near land 
     284      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: profdata   ! Full set of profile data 
     285      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: prodatqc   ! Subset of profile data not failing screening 
     286      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_var1              ! Observed variables switches 
     287      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_var2 
     288      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea               ! Switch for rejecting observation near land 
     289      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_bound_reject      ! Switch for rejecting observations near the boundary 
     290      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi, kpj, kpk        ! Local domain sizes 
     291      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
     292         & kdailyavtypes                          ! Types for daily averages 
     293      REAL(wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
     294         & zmask1, & 
     295         & zmask2 
     296      REAL(wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     297         & pglam1, & 
     298         & pglam2, & 
     299         & pgphi1, & 
     300         & pgphi2 
     301      INTEGER, INTENT(IN), OPTIONAL :: kqc_cutoff   ! cut off for QC value 
     302 
    556303      !! * Local declarations 
     304      INTEGER :: iqc_cutoff = 255   ! cut off for QC value 
    557305      INTEGER :: iyea0        ! Initial date 
    558306      INTEGER :: imon0        !  - (year, month, day, hour, minute) 
    559       INTEGER :: iday0    
     307      INTEGER :: iday0     
    560308      INTEGER :: ihou0     
    561309      INTEGER :: imin0 
    562310      INTEGER :: icycle       ! Current assimilation cycle 
    563                               ! Counters for observations that 
     311                              ! Counters for observations that are 
    564312      INTEGER :: iotdobs      !  - outside time domain 
    565       INTEGER :: iosdsobs     !  - outside space domain 
    566       INTEGER :: ilansobs     !  - within a model land cell 
    567       INTEGER :: inlasobs     !  - close to land 
     313      INTEGER :: iosdv1obs    !  - outside space domain (variable 1) 
     314      INTEGER :: iosdv2obs    !  - outside space domain (variable 2) 
     315      INTEGER :: ilanv1obs    !  - within a model land cell (variable 1) 
     316      INTEGER :: ilanv2obs    !  - within a model land cell (variable 2) 
     317      INTEGER :: inlav1obs    !  - close to land (variable 1) 
     318      INTEGER :: inlav2obs    !  - close to land (variable 2) 
     319      INTEGER :: ibdyv1obs    !  - boundary (variable 1)  
     320      INTEGER :: ibdyv2obs    !  - boundary (variable 2)       
    568321      INTEGER :: igrdobs      !  - fail the grid search 
    569                               ! Global counters for observations that 
     322      INTEGER :: iuvchku      !  - reject u if v rejected and vice versa 
     323      INTEGER :: iuvchkv      ! 
     324                              ! Global counters for observations that are 
    570325      INTEGER :: iotdobsmpp   !  - outside time domain 
    571       INTEGER :: iosdsobsmpp  !  - outside space domain 
    572       INTEGER :: ilansobsmpp  !  - within a model land cell 
    573       INTEGER :: inlasobsmpp  !  - close to land 
     326      INTEGER :: iosdv1obsmpp !  - outside space domain (variable 1) 
     327      INTEGER :: iosdv2obsmpp !  - outside space domain (variable 2) 
     328      INTEGER :: ilanv1obsmpp !  - within a model land cell (variable 1) 
     329      INTEGER :: ilanv2obsmpp !  - within a model land cell (variable 2) 
     330      INTEGER :: inlav1obsmpp !  - close to land (variable 1) 
     331      INTEGER :: inlav2obsmpp !  - close to land (variable 2) 
     332      INTEGER :: ibdyv1obsmpp !  - boundary (variable 1)  
     333      INTEGER :: ibdyv2obsmpp !  - boundary (variable 2)       
    574334      INTEGER :: igrdobsmpp   !  - fail the grid search 
    575       LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: &  
    576          & llvalid            ! SST data selection 
     335      INTEGER :: iuvchkumpp   !  - reject var1 if var2 rejected and vice versa 
     336      INTEGER :: iuvchkvmpp   ! 
     337      TYPE(obs_prof_valid) ::  llvalid      ! Profile selection  
     338      TYPE(obs_prof_valid), DIMENSION(profdata%nvar) :: & 
     339         & llvvalid           ! var1,var2 selection  
     340      INTEGER :: jvar         ! Variable loop variable 
    577341      INTEGER :: jobs         ! Obs. loop variable 
    578342      INTEGER :: jstp         ! Time loop variable 
    579343      INTEGER :: inrc         ! Time index variable 
    580344 
    581       IF(lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_sst : Preparing the SST observations...' 
     345      IF(lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_prof: Preparing the profile data...' 
     346      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
    582347 
    583348      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    … …  
    592357      ! Diagnotics counters for various failures. 
    593358 
    594       iotdobs  = 0 
    595       igrdobs  = 0 
    596       iosdsobs = 0 
    597       ilansobs = 0 
    598       inlasobs = 0 
    599  
    600       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    601       ! Find time coordinate for SST data 
    602       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    603  
    604       CALL obs_coo_tim( icycle, & 
    605          &              iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
    606          &              sstdata%nsurf,   sstdata%nyea, sstdata%nmon, & 
    607          &              sstdata%nday,    sstdata%nhou, sstdata%nmin, & 
    608          &              sstdata%nqc,     sstdata%mstp, iotdobs        ) 
    609       CALL obs_mpp_sum_integer( iotdobs, iotdobsmpp ) 
    610       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    611       ! Check for SST data failing the grid search 
    612       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    613  
    614       CALL obs_coo_grd( sstdata%nsurf,   sstdata%mi, sstdata%mj, & 
    615          &              sstdata%nqc,     igrdobs                         ) 
    616       CALL obs_mpp_sum_integer( igrdobs, igrdobsmpp ) 
    617  
    618       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    619       ! Check for land points.  
    620       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    621  
    622       CALL obs_coo_spc_2d( sstdata%nsurf,              & 
    623          &                 jpi,          jpj,          & 
    624          &                 sstdata%mi,   sstdata%mj,   &  
    625          &                 sstdata%rlam, sstdata%rphi, & 
    626          &                 glamt,        gphit,        & 
    627          &                 tmask(:,:,1), sstdata%nqc,  & 
    628          &                 iosdsobs,     ilansobs,     & 
    629          &                 inlasobs,     ld_nea        ) 
    630  
    631       CALL obs_mpp_sum_integer( iosdsobs, iosdsobsmpp ) 
    632       CALL obs_mpp_sum_integer( ilansobs, ilansobsmpp ) 
    633       CALL obs_mpp_sum_integer( inlasobs, inlasobsmpp ) 
    634  
    635       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    636       ! Copy useful data from the sstdata data structure to 
    637       ! the sstdatqc data structure  
    638       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    639  
    640       ! Allocate the selection arrays 
    641  
    642       ALLOCATE( llvalid(sstdata%nsurf) ) 
    643        
    644       ! We want all data which has qc flags <= 0 
    645  
    646       llvalid(:)  = ( sstdata%nqc(:)  <= 10 ) 
    647  
    648       ! The actual copying 
    649  
    650       CALL obs_surf_compress( sstdata,     sstdatqc,       .TRUE.,  numout, & 
    651          &                    lvalid=llvalid ) 
    652  
    653       ! Dellocate the selection arrays 
    654       DEALLOCATE( llvalid ) 
    655  
    656       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    657       ! Print information about what observations are left after qc 
    658       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    659  
    660       ! Update the total observation counter array 
    661        
    662       IF(lwp) THEN 
    663          WRITE(numout,*) 
    664          WRITE(numout,*) 'obs_pre_sst :' 
    665          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
    666          WRITE(numout,*) 
    667          WRITE(numout,*) ' SST data outside time domain                  = ', & 
    668             &            iotdobsmpp 
    669          WRITE(numout,*) ' Remaining SST data that failed grid search    = ', & 
    670             &            igrdobsmpp 
    671          WRITE(numout,*) ' Remaining SST data outside space domain       = ', & 
    672             &            iosdsobsmpp 
    673          WRITE(numout,*) ' Remaining SST data at land points             = ', & 
    674             &            ilansobsmpp 
    675          IF (ld_nea) THEN 
    676             WRITE(numout,*) ' Remaining SST data near land points (removed) = ', & 
    677                &            inlasobsmpp 
    678          ELSE 
    679             WRITE(numout,*) ' Remaining SST data near land points (kept)    = ', & 
    680                &            inlasobsmpp 
    681          ENDIF 
    682          WRITE(numout,*) ' SST data accepted                             = ', & 
    683             &            sstdatqc%nsurfmpp 
    684  
    685          WRITE(numout,*) 
    686          WRITE(numout,*) ' Number of observations per time step :' 
    687          WRITE(numout,*) 
    688          WRITE(numout,1997) 
    689          WRITE(numout,1998) 
     359      iotdobs   = 0 
     360      igrdobs   = 0 
     361      iosdv1obs = 0 
     362      iosdv2obs = 0 
     363      ilanv1obs = 0 
     364      ilanv2obs = 0 
     365      inlav1obs = 0 
     366      inlav2obs = 0 
     367      ibdyv1obs = 0 
     368      ibdyv2obs = 0 
     369      iuvchku   = 0 
     370      iuvchkv   = 0 
     371 
     372 
     373      ! Set QC cutoff to optional value if provided 
     374      IF ( PRESENT(kqc_cutoff) ) iqc_cutoff=kqc_cutoff 
     375 
     376      ! ----------------------------------------------------------------------- 
     377      ! Find time coordinate for profiles 
     378      ! ----------------------------------------------------------------------- 
     379 
     380      IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN 
     381         CALL obs_coo_tim_prof( icycle, & 
     382            &              iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
     383            &              profdata%nprof,   profdata%nyea, profdata%nmon, & 
     384            &              profdata%nday,    profdata%nhou, profdata%nmin, & 
     385            &              profdata%ntyp,    profdata%nqc,  profdata%mstp, & 
     386            &              iotdobs, kdailyavtypes = kdailyavtypes,         & 
     387            &              kqc_cutoff = iqc_cutoff ) 
     388      ELSE 
     389         CALL obs_coo_tim_prof( icycle, & 
     390            &              iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
     391            &              profdata%nprof,   profdata%nyea, profdata%nmon, & 
     392            &              profdata%nday,    profdata%nhou, profdata%nmin, & 
     393            &              profdata%ntyp,    profdata%nqc,  profdata%mstp, & 
     394            &              iotdobs,          kqc_cutoff = iqc_cutoff ) 
    690395      ENDIF 
    691        
    692       DO jobs = 1, sstdatqc%nsurf 
    693          inrc = sstdatqc%mstp(jobs) + 2 - nit000 
    694          sstdatqc%nsstp(inrc)  = sstdatqc%nsstp(inrc) + 1 
    695       END DO 
    696        
    697       CALL obs_mpp_sum_integers( sstdatqc%nsstp, sstdatqc%nsstpmpp, & 
    698          &                       nitend - nit000 + 2 ) 
    699  
    700       IF ( lwp ) THEN 
    701          DO jstp = nit000 - 1, nitend 
    702             inrc = jstp - nit000 + 2 
    703             WRITE(numout,1999) jstp, sstdatqc%nsstpmpp(inrc) 
    704          END DO 
    705       ENDIF 
    706  
    707 1997  FORMAT(10X,'Time step',5X,'Sea surface temperature') 
    708 1998  FORMAT(10X,'---------',5X,'-----------------') 
    709 1999  FORMAT(10X,I9,5X,I17) 
    710        
    711    END SUBROUTINE obs_pre_sst 
    712  
    713    SUBROUTINE obs_pre_seaice( seaicedata, seaicedatqc, ld_seaice, ld_nea ) 
    714       !!---------------------------------------------------------------------- 
    715       !!                    ***  ROUTINE obs_pre_seaice  *** 
    716       !! 
    717       !! ** Purpose : First level check and screening of Sea Ice observations 
    718       !! 
    719       !! ** Method  : First level check and screening of Sea Ice observations 
    720       !! 
    721       !! ** Action  :  
    722       !! 
    723       !! References : 
    724       !!    
    725       !! History : 
    726       !!        !  2007-11 (D. Lea) based on obs_pre_sst 
    727       !!---------------------------------------------------------------------- 
    728       !! * Modules used 
    729       USE domstp              ! Domain: set the time-step 
    730       USE par_oce             ! Ocean parameters 
    731       USE dom_oce, ONLY : &   ! Geographical information 
    732          & glamt,   & 
    733          & gphit,   & 
    734          & tmask,   & 
    735          & nproc 
    736       !! * Arguments 
    737       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: seaicedata     ! Full set of Sea Ice data 
    738       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: seaicedatqc    ! Subset of sea ice data not failing screening 
    739       LOGICAL :: ld_seaice     ! Switch for sea ice data 
    740       LOGICAL :: ld_nea        ! Switch for rejecting observation near land 
    741       !! * Local declarations 
    742       INTEGER :: iyea0         ! Initial date 
    743       INTEGER :: imon0         !  - (year, month, day, hour, minute) 
    744       INTEGER :: iday0     
    745       INTEGER :: ihou0     
    746       INTEGER :: imin0 
    747       INTEGER :: icycle       ! Current assimilation cycle 
    748                               ! Counters for observations that 
    749       INTEGER :: iotdobs      !  - outside time domain 
    750       INTEGER :: iosdsobs     !  - outside space domain 
    751       INTEGER :: ilansobs     !  - within a model land cell 
    752       INTEGER :: inlasobs     !  - close to land 
    753       INTEGER :: igrdobs      !  - fail the grid search 
    754                               ! Global counters for observations that 
    755       INTEGER :: iotdobsmpp   !  - outside time domain 
    756       INTEGER :: iosdsobsmpp  !  - outside space domain 
    757       INTEGER :: ilansobsmpp  !  - within a model land cell 
    758       INTEGER :: inlasobsmpp  !  - close to land 
    759       INTEGER :: igrdobsmpp   !  - fail the grid search 
    760       LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: &  
    761          & llvalid            ! data selection 
    762       INTEGER :: jobs         ! Obs. loop variable 
    763       INTEGER :: jstp         ! Time loop variable 
    764       INTEGER :: inrc         ! Time index variable 
    765  
    766       IF (lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_seaice : Preparing the sea ice observations...' 
    767  
    768       ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    769       iyea0 =   ndate0 / 10000 
    770       imon0 = ( ndate0 - iyea0 * 10000 ) / 100 
    771       iday0 =   ndate0 - iyea0 * 10000 - imon0 * 100 
    772       ihou0 = 0 
    773       imin0 = 0 
    774  
    775       icycle = no     ! Assimilation cycle 
    776  
    777       ! Diagnotics counters for various failures. 
    778  
    779       iotdobs  = 0 
    780       igrdobs  = 0 
    781       iosdsobs = 0 
    782       ilansobs = 0 
    783       inlasobs = 0 
    784  
    785       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    786       ! Find time coordinate for sea ice data 
    787       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    788  
    789       CALL obs_coo_tim( icycle, & 
    790          &              iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
    791          &              seaicedata%nsurf,   seaicedata%nyea, seaicedata%nmon, & 
    792          &              seaicedata%nday,    seaicedata%nhou, seaicedata%nmin, & 
    793          &              seaicedata%nqc,     seaicedata%mstp, iotdobs        ) 
    794       CALL obs_mpp_sum_integer( iotdobs, iotdobsmpp ) 
    795       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    796       ! Check for sea ice data failing the grid search 
    797       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    798  
    799       CALL obs_coo_grd( seaicedata%nsurf,   seaicedata%mi, seaicedata%mj, & 
    800          &              seaicedata%nqc,     igrdobs                         ) 
    801       CALL obs_mpp_sum_integer( igrdobs, igrdobsmpp ) 
    802  
    803       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    804       ! Check for land points.  
    805       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    806  
    807       CALL obs_coo_spc_2d( seaicedata%nsurf,                 & 
    808          &                 jpi,             jpj,             & 
    809          &                 seaicedata%mi,   seaicedata%mj,   &  
    810          &                 seaicedata%rlam, seaicedata%rphi, & 
    811          &                 glamt,           gphit,           & 
    812          &                 tmask(:,:,1),    seaicedata%nqc,  & 
    813          &                 iosdsobs,        ilansobs,        & 
    814          &                 inlasobs,        ld_nea           ) 
    815  
    816       CALL obs_mpp_sum_integer( iosdsobs, iosdsobsmpp ) 
    817       CALL obs_mpp_sum_integer( ilansobs, ilansobsmpp ) 
    818       CALL obs_mpp_sum_integer( inlasobs, inlasobsmpp ) 
    819  
    820       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    821       ! Copy useful data from the seaicedata data structure to 
    822       ! the seaicedatqc data structure  
    823       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    824  
    825       ! Allocate the selection arrays 
    826  
    827       ALLOCATE( llvalid(seaicedata%nsurf) ) 
    828        
    829       ! We want all data which has qc flags <= 0 
    830  
    831       llvalid(:)  = ( seaicedata%nqc(:)  <= 10 ) 
    832  
    833       ! The actual copying 
    834  
    835       CALL obs_surf_compress( seaicedata,     seaicedatqc,       .TRUE.,  numout, & 
    836          &                    lvalid=llvalid ) 
    837  
    838       ! Dellocate the selection arrays 
    839       DEALLOCATE( llvalid ) 
    840  
    841       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    842       ! Print information about what observations are left after qc 
    843       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    844  
    845       ! Update the total observation counter array 
    846        
    847       IF(lwp) THEN 
    848          WRITE(numout,*) 
    849          WRITE(numout,*) 'obs_pre_seaice :' 
    850          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
    851          WRITE(numout,*) 
    852          WRITE(numout,*) ' Sea ice data outside time domain                  = ', & 
    853             &            iotdobsmpp 
    854          WRITE(numout,*) ' Remaining sea ice data that failed grid search    = ', & 
    855             &            igrdobsmpp 
    856          WRITE(numout,*) ' Remaining sea ice data outside space domain       = ', & 
    857             &            iosdsobsmpp 
    858          WRITE(numout,*) ' Remaining sea ice data at land points             = ', & 
    859             &            ilansobsmpp 
    860          IF (ld_nea) THEN 
    861             WRITE(numout,*) ' Remaining sea ice data near land points (removed) = ', & 
    862                &            inlasobsmpp 
    863          ELSE 
    864             WRITE(numout,*) ' Remaining sea ice data near land points (kept)    = ', & 
    865                &            inlasobsmpp 
    866          ENDIF 
    867          WRITE(numout,*) ' Sea ice data accepted                             = ', & 
    868             &            seaicedatqc%nsurfmpp 
    869  
    870          WRITE(numout,*) 
    871          WRITE(numout,*) ' Number of observations per time step :' 
    872          WRITE(numout,*) 
    873          WRITE(numout,1997) 
    874          WRITE(numout,1998) 
    875       ENDIF 
    876        
    877       DO jobs = 1, seaicedatqc%nsurf 
    878          inrc = seaicedatqc%mstp(jobs) + 2 - nit000 
    879          seaicedatqc%nsstp(inrc)  = seaicedatqc%nsstp(inrc) + 1 
    880       END DO 
    881        
    882       CALL obs_mpp_sum_integers( seaicedatqc%nsstp, seaicedatqc%nsstpmpp, & 
    883          &                       nitend - nit000 + 2 ) 
    884  
    885       IF ( lwp ) THEN 
    886          DO jstp = nit000 - 1, nitend 
    887             inrc = jstp - nit000 + 2 
    888             WRITE(numout,1999) jstp, seaicedatqc%nsstpmpp(inrc) 
    889          END DO 
    890       ENDIF 
    891  
    892 1997  FORMAT(10X,'Time step',5X,'Sea ice data           ') 
    893 1998  FORMAT(10X,'---------',5X,'-----------------') 
    894 1999  FORMAT(10X,I9,5X,I17) 
    895        
    896    END SUBROUTINE obs_pre_seaice 
    897  
    898    SUBROUTINE obs_pre_vel( profdata, prodatqc, ld_vel3d, ld_nea, ld_dailyav ) 
    899       !!---------------------------------------------------------------------- 
    900       !!                    ***  ROUTINE obs_pre_taovel  *** 
    901       !! 
    902       !! ** Purpose : First level check and screening of U and V profiles 
    903       !! 
    904       !! ** Method  : First level check and screening of U and V profiles 
    905       !! 
    906       !! History : 
    907       !!        !  2007-06  (K. Mogensen) original : T and S profile data 
    908       !!        !  2008-09  (M. Valdivieso) : TAO velocity data 
    909       !!        !  2009-01  (K. Mogensen) : New feedback strictuer 
    910       !! 
    911       !!---------------------------------------------------------------------- 
    912       !! * Modules used 
    913       USE domstp              ! Domain: set the time-step 
    914       USE par_oce             ! Ocean parameters 
    915       USE dom_oce, ONLY : &   ! Geographical information 
    916          & glamt, glamu, glamv,    & 
    917          & gphit, gphiu, gphiv,    & 
    918          & gdept_1d,             & 
    919          & tmask, umask, vmask,  & 
    920          & nproc 
    921       !! * Arguments 
    922       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: profdata   ! Full set of profile data 
    923       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: prodatqc   ! Subset of profile data not failing screening 
    924       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_vel3d      ! Switch for zonal and meridional velocity components 
    925       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea        ! Switch for rejecting observation near land 
    926       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_dailyav    ! Switch for daily average data 
    927       !! * Local declarations 
    928       INTEGER :: iyea0        ! Initial date 
    929       INTEGER :: imon0        !  - (year, month, day, hour, minute) 
    930       INTEGER :: iday0     
    931       INTEGER :: ihou0     
    932       INTEGER :: imin0 
    933       INTEGER :: icycle       ! Current assimilation cycle 
    934                               ! Counters for observations that 
    935       INTEGER :: iotdobs      !  - outside time domain 
    936       INTEGER :: iosduobs     !  - outside space domain (zonal velocity component) 
    937       INTEGER :: iosdvobs     !  - outside space domain (meridional velocity component) 
    938       INTEGER :: ilanuobs     !  - within a model land cell (zonal velocity component) 
    939       INTEGER :: ilanvobs     !  - within a model land cell (meridional velocity component) 
    940       INTEGER :: inlauobs     !  - close to land (zonal velocity component) 
    941       INTEGER :: inlavobs     !  - close to land (meridional velocity component) 
    942       INTEGER :: igrdobs      !  - fail the grid search 
    943       INTEGER :: iuvchku      !  - reject u if v rejected and vice versa 
    944       INTEGER :: iuvchkv      ! 
    945                               ! Global counters for observations that 
    946       INTEGER :: iotdobsmpp   !  - outside time domain 
    947       INTEGER :: iosduobsmpp  !  - outside space domain (zonal velocity component) 
    948       INTEGER :: iosdvobsmpp  !  - outside space domain (meridional velocity component) 
    949       INTEGER :: ilanuobsmpp  !  - within a model land cell (zonal velocity component) 
    950       INTEGER :: ilanvobsmpp  !  - within a model land cell (meridional velocity component) 
    951       INTEGER :: inlauobsmpp  !  - close to land (zonal velocity component) 
    952       INTEGER :: inlavobsmpp  !  - close to land (meridional velocity component) 
    953       INTEGER :: igrdobsmpp   !  - fail the grid search 
    954       INTEGER :: iuvchkumpp   !  - reject u if v rejected and vice versa 
    955       INTEGER :: iuvchkvmpp   ! 
    956       TYPE(obs_prof_valid) ::  llvalid      ! Profile selection  
    957       TYPE(obs_prof_valid), DIMENSION(profdata%nvar) :: & 
    958          & llvvalid           ! U,V selection  
    959       INTEGER :: jvar         ! Variable loop variable 
    960       INTEGER :: jobs         ! Obs. loop variable 
    961       INTEGER :: jstp         ! Time loop variable 
    962       INTEGER :: inrc         ! Time index variable 
    963  
    964       IF(lwp) WRITE(numout,*)'obs_pre_vel: Preparing the velocity profile data' 
    965  
    966       ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    967       iyea0 =   ndate0 / 10000 
    968       imon0 = ( ndate0 - iyea0 * 10000 ) / 100 
    969       iday0 =   ndate0 - iyea0 * 10000 - imon0 * 100 
    970       ihou0 = 0 
    971       imin0 = 0 
    972  
    973       icycle = no     ! Assimilation cycle 
    974  
    975       ! Diagnotics counters for various failures. 
    976  
    977       iotdobs  = 0 
    978       igrdobs  = 0 
    979       iosduobs = 0 
    980       iosdvobs = 0 
    981       ilanuobs = 0 
    982       ilanvobs = 0 
    983       inlauobs = 0 
    984       inlavobs = 0 
    985       iuvchku  = 0 
    986       iuvchkv = 0 
    987  
    988       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    989       ! Find time coordinate for profiles 
    990       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    991  
    992       CALL obs_coo_tim_prof( icycle, & 
    993          &              iyea0,   imon0,   iday0,   ihou0,   imin0,      & 
    994          &              profdata%nprof,   profdata%nyea, profdata%nmon, & 
    995          &              profdata%nday,    profdata%nhou, profdata%nmin, & 
    996          &              profdata%ntyp,    profdata%nqc,  profdata%mstp, & 
    997          &              iotdobs, ld_dailyav = ld_dailyav        ) 
    998      
     396 
    999397      CALL obs_mpp_sum_integer( iotdobs, iotdobsmpp ) 
    1000398       
    … …  
    1011409 
    1012410      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    1013       ! Reject all observations for profiles with nqc > 10 
    1014       ! ----------------------------------------------------------------------- 
    1015  
    1016       CALL obs_pro_rej( profdata ) 
     411      ! Reject all observations for profiles with nqc > iqc_cutoff 
     412      ! ----------------------------------------------------------------------- 
     413 
     414      CALL obs_pro_rej( profdata, kqc_cutoff = iqc_cutoff ) 
    1017415 
    1018416      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1021419      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    1022420 
    1023       ! Zonal Velocity Component 
    1024  
     421      ! Variable 1 
    1025422      CALL obs_coo_spc_3d( profdata%nprof,        profdata%nvprot(1),   & 
    1026423         &                 profdata%npvsta(:,1),  profdata%npvend(:,1), & 
    1027424         &                 jpi,                   jpj,                  & 
    1028425         &                 jpk,                                         & 
    1029          &                 profdata%mi,           profdata%mj,          &  
     426         &                 profdata%mi,           profdata%mj,          & 
    1030427         &                 profdata%var(1)%mvk,                         & 
    1031428         &                 profdata%rlam,         profdata%rphi,        & 
    1032429         &                 profdata%var(1)%vdep,                        & 
    1033          &                 glamu,                 gphiu,                & 
    1034          &                 gdept_1d,              umask,                & 
     430         &                 pglam1,                pgphi1,               & 
     431         &                 gdept_1d,              zmask1,               & 
    1035432         &                 profdata%nqc,          profdata%var(1)%nvqc, & 
    1036          &                 iosduobs,              ilanuobs,             & 
    1037          &                 inlauobs,              ld_nea                ) 
    1038  
    1039       CALL obs_mpp_sum_integer( iosduobs, iosduobsmpp ) 
    1040       CALL obs_mpp_sum_integer( ilanuobs, ilanuobsmpp ) 
    1041       CALL obs_mpp_sum_integer( inlauobs, inlauobsmpp ) 
    1042  
    1043       ! Meridional Velocity Component 
    1044  
     433         &                 iosdv1obs,             ilanv1obs,            & 
     434         &                 inlav1obs,             ld_nea,               & 
     435         &                 ibdyv1obs,             ld_bound_reject,      & 
     436         &                 iqc_cutoff       ) 
     437 
     438      CALL obs_mpp_sum_integer( iosdv1obs, iosdv1obsmpp ) 
     439      CALL obs_mpp_sum_integer( ilanv1obs, ilanv1obsmpp ) 
     440      CALL obs_mpp_sum_integer( inlav1obs, inlav1obsmpp ) 
     441      CALL obs_mpp_sum_integer( ibdyv1obs, ibdyv1obsmpp ) 
     442 
     443      ! Variable 2 
    1045444      CALL obs_coo_spc_3d( profdata%nprof,        profdata%nvprot(2),   & 
    1046445         &                 profdata%npvsta(:,2),  profdata%npvend(:,2), & 
    … …  
    1051450         &                 profdata%rlam,         profdata%rphi,        & 
    1052451         &                 profdata%var(2)%vdep,                        & 
    1053          &                 glamv,                 gphiv,                & 
    1054          &                 gdept_1d,              vmask,                & 
     452         &                 pglam2,                pgphi2,               & 
     453         &                 gdept_1d,              zmask2,               & 
    1055454         &                 profdata%nqc,          profdata%var(2)%nvqc, & 
    1056          &                 iosdvobs,              ilanvobs,             & 
    1057          &                 inlavobs,              ld_nea                ) 
    1058  
    1059       CALL obs_mpp_sum_integer( iosdvobs, iosdvobsmpp ) 
    1060       CALL obs_mpp_sum_integer( ilanvobs, ilanvobsmpp ) 
    1061       CALL obs_mpp_sum_integer( inlavobs, inlavobsmpp ) 
     455         &                 iosdv2obs,             ilanv2obs,            & 
     456         &                 inlav2obs,             ld_nea,               & 
     457         &                 ibdyv2obs,             ld_bound_reject,      & 
     458         &                 iqc_cutoff       ) 
     459 
     460      CALL obs_mpp_sum_integer( iosdv2obs, iosdv2obsmpp ) 
     461      CALL obs_mpp_sum_integer( ilanv2obs, ilanv2obsmpp ) 
     462      CALL obs_mpp_sum_integer( inlav2obs, inlav2obsmpp ) 
     463      CALL obs_mpp_sum_integer( ibdyv2obs, ibdyv2obsmpp ) 
    1062464 
    1063465      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1065467      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    1066468 
    1067       CALL obs_uv_rej( profdata, iuvchku, iuvchkv ) 
    1068       CALL obs_mpp_sum_integer( iuvchku, iuvchkumpp ) 
    1069       CALL obs_mpp_sum_integer( iuvchkv, iuvchkvmpp ) 
     469      IF ( TRIM(profdata%cvars(1)) == 'UVEL' ) THEN 
     470         CALL obs_uv_rej( profdata, iuvchku, iuvchkv, iqc_cutoff ) 
     471         CALL obs_mpp_sum_integer( iuvchku, iuvchkumpp ) 
     472         CALL obs_mpp_sum_integer( iuvchkv, iuvchkvmpp ) 
     473      ENDIF 
    1070474 
    1071475      ! ----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1081485      END DO 
    1082486 
    1083       ! We want all data which has qc flags = 0 
    1084  
    1085       llvalid%luse(:) = ( profdata%nqc(:)  <= 10 ) 
     487      ! We want all data which has qc flags <= iqc_cutoff 
     488 
     489      llvalid%luse(:) = ( profdata%nqc(:)  <= iqc_cutoff ) 
    1086490      DO jvar = 1,profdata%nvar 
    1087          llvvalid(jvar)%luse(:) = ( profdata%var(jvar)%nvqc(:) <= 10 ) 
     491         llvvalid(jvar)%luse(:) = ( profdata%var(jvar)%nvqc(:) <= iqc_cutoff ) 
    1088492      END DO 
    1089493 
    … …  
    1106510       
    1107511      IF(lwp) THEN 
     512       
    1108513         WRITE(numout,*) 
    1109          WRITE(numout,*) 'obs_pre_vel :' 
    1110          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~' 
    1111          WRITE(numout,*) 
    1112          WRITE(numout,*) ' Profiles outside time domain                = ', & 
     514         WRITE(numout,*) ' Profiles outside time domain                     = ', & 
    1113515            &            iotdobsmpp 
    1114          WRITE(numout,*) ' Remaining profiles that failed grid search  = ', & 
     516         WRITE(numout,*) ' Remaining profiles that failed grid search       = ', & 
    1115517            &            igrdobsmpp 
    1116          WRITE(numout,*) ' Remaining U data outside space domain       = ', & 
    1117             &            iosduobsmpp 
    1118          WRITE(numout,*) ' Remaining U data at land points             = ', & 
    1119             &            ilanuobsmpp 
     518         WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(1)//' data outside space domain       = ', & 
     519            &            iosdv1obsmpp 
     520         WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(1)//' data at land points             = ', & 
     521            &            ilanv1obsmpp 
    1120522         IF (ld_nea) THEN 
    1121             WRITE(numout,*) ' Remaining U data near land points (removed) = ',& 
    1122                &            inlauobsmpp 
     523            WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(1)//' data near land points (removed) = ',& 
     524               &            inlav1obsmpp 
    1123525         ELSE 
    1124             WRITE(numout,*) ' Remaining U data near land points (kept)    = ',& 
    1125                &            inlauobsmpp 
    1126          ENDIF 
    1127          WRITE(numout,*) ' U observation rejected since V rejected     = ', & 
    1128             &            iuvchku      
    1129          WRITE(numout,*) ' U data accepted                             = ', & 
     526            WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(1)//' data near land points (kept)    = ',& 
     527               &            inlav1obsmpp 
     528         ENDIF 
     529         IF ( TRIM(profdata%cvars(1)) == 'UVEL' ) THEN 
     530            WRITE(numout,*) ' U observation rejected since V rejected     = ', & 
     531               &            iuvchku 
     532         ENDIF 
     533         WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(1)//' data near open boundary (removed) = ',& 
     534               &            ibdyv1obsmpp 
     535         WRITE(numout,*) ' '//prodatqc%cvars(1)//' data accepted                             = ', & 
    1130536            &            prodatqc%nvprotmpp(1) 
    1131          WRITE(numout,*) ' Remaining V data outside space domain       = ', & 
    1132             &            iosdvobsmpp 
    1133          WRITE(numout,*) ' Remaining V data at land points             = ', & 
    1134             &            ilanvobsmpp 
     537         WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(2)//' data outside space domain       = ', & 
     538            &            iosdv2obsmpp 
     539         WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(2)//' data at land points             = ', & 
     540            &            ilanv2obsmpp 
    1135541         IF (ld_nea) THEN 
    1136             WRITE(numout,*) ' Remaining V data near land points (removed) = ',& 
    1137                &            inlavobsmpp 
     542            WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(2)//' data near land points (removed) = ',& 
     543               &            inlav2obsmpp 
    1138544         ELSE 
    1139             WRITE(numout,*) ' Remaining V data near land points (kept)    = ',& 
    1140                &            inlavobsmpp 
    1141          ENDIF 
    1142          WRITE(numout,*) ' V observation rejected since U rejected     = ', & 
    1143             &            iuvchkv      
    1144          WRITE(numout,*) ' V data accepted                             = ', & 
     545            WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(2)//' data near land points (kept)    = ',& 
     546               &            inlav2obsmpp 
     547         ENDIF 
     548         IF ( TRIM(profdata%cvars(1)) == 'UVEL' ) THEN 
     549            WRITE(numout,*) ' V observation rejected since U rejected     = ', & 
     550               &            iuvchkv 
     551         ENDIF 
     552         WRITE(numout,*) ' Remaining '//prodatqc%cvars(2)//' data near open boundary (removed) = ',& 
     553               &            ibdyv2obsmpp 
     554         WRITE(numout,*) ' '//prodatqc%cvars(2)//' data accepted                             = ', & 
    1145555            &            prodatqc%nvprotmpp(2) 
    1146556 
    … …  
    1148558         WRITE(numout,*) ' Number of observations per time step :' 
    1149559         WRITE(numout,*) 
    1150          WRITE(numout,997) 
     560         WRITE(numout,'(10X,A,5X,A,5X,A,A)')'Time step','Profiles', & 
     561            &                               '     '//prodatqc%cvars(1)//'     ', & 
     562            &                               '     '//prodatqc%cvars(2)//'     ' 
    1151563         WRITE(numout,998) 
    1152564      ENDIF 
    … …  
    1182594      ENDIF 
    1183595 
    1184 997   FORMAT(10X,'Time step',5X,'Profiles',5X,'Zonal Comp.',5X,'Meridional Comp.') 
    1185596998   FORMAT(10X,'---------',5X,'--------',5X,'-----------',5X,'----------------') 
    1186597999   FORMAT(10X,I9,5X,I8,5X,I11,5X,I8) 
    1187598 
    1188    END SUBROUTINE obs_pre_vel 
     599   END SUBROUTINE obs_pre_prof 
    1189600 
    1190601   SUBROUTINE obs_coo_tim( kcycle, & 
    … …  
    1293704            &        .AND. ( kobsmin(jobs) <= kmin0 ) ) ) THEN 
    1294705            kobsstp(jobs) = -1 
    1295             kobsqc(jobs)  = kobsqc(jobs) + 11 
     706            kobsqc(jobs)  = IBSET(kobsqc(jobs),13) 
    1296707            kotdobs       = kotdobs + 1 
    1297708            CYCLE 
    … …  
    1344755         IF ( ( kobsstp(jobs) < ( nit000 - 1 ) ) & 
    1345756            & .OR.( kobsstp(jobs) > nitend ) ) THEN 
    1346             kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 12 
     757            kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),13) 
    1347758            kotdobs = kotdobs + 1 
    1348759            CYCLE 
    … …  
    1389800      &                    kobsyea, kobsmon, kobsday, kobshou, kobsmin,   & 
    1390801      &                    ktyp,    kobsqc,  kobsstp, kotdobs, kdailyavtypes, & 
    1391       &                    ld_dailyav ) 
     802      &                    kqc_cutoff ) 
    1392803      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1393804      !!                    ***  ROUTINE obs_coo_tim *** 
    … …  
    1433844      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
    1434845         & kdailyavtypes    ! Types for daily averages 
    1435       LOGICAL, OPTIONAL :: ld_dailyav    ! All types are daily averages 
     846      INTEGER, OPTIONAL, INTENT(IN) :: kqc_cutoff           ! QC cutoff value 
     847 
    1436848      !! * Local declarations 
    1437849      INTEGER :: jobs 
     850      INTEGER :: iqc_cutoff=255 
    1438851 
    1439852      !----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    1454867         DO jobs = 1, kobsno 
    1455868             
    1456             IF ( kobsqc(jobs) <= 10 ) THEN 
     869            IF ( kobsqc(jobs) <= iqc_cutoff ) THEN 
    1457870                
    1458871               IF ( ( kobsstp(jobs) == (nit000 - 1) ).AND.& 
    1459872                  & ( ANY (kdailyavtypes(:) == ktyp(jobs)) ) ) THEN 
    1460                   kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 14 
     873                  kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),13) 
    1461874                  kotdobs      = kotdobs + 1 
    1462875                  CYCLE 
    … …  
    1467880      ENDIF 
    1468881 
    1469       !------------------------------------------------------------------------ 
    1470       ! If ld_dailyav is set then all data assumed to be daily averaged 
    1471       !------------------------------------------------------------------------ 
    1472        
    1473       IF ( PRESENT( ld_dailyav) ) THEN 
    1474          IF (ld_dailyav) THEN 
    1475             DO jobs = 1, kobsno 
    1476                 
    1477                IF ( kobsqc(jobs) <= 10 ) THEN 
    1478                    
    1479                   IF ( kobsstp(jobs) == (nit000 - 1) ) THEN 
    1480                      kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 14 
    1481                      kotdobs      = kotdobs + 1 
    1482                      CYCLE 
    1483                   ENDIF 
    1484                    
    1485                ENDIF 
    1486             END DO 
    1487          ENDIF 
    1488       ENDIF 
    1489882 
    1490883   END SUBROUTINE obs_coo_tim_prof 
    … …  
    1521914      DO jobs = 1, kobsno 
    1522915         IF ( ( kobsi(jobs) <= 0 ) .AND. ( kobsj(jobs) <= 0 ) ) THEN 
    1523             kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 18 
     916            kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),12) 
    1524917            kgrdobs = kgrdobs + 1 
    1525918         ENDIF 
    … …  
    1532925      &                       plam,   pphi,    pmask,            & 
    1533926      &                       kobsqc, kosdobs, klanobs,          & 
    1534       &                       knlaobs,ld_nea                     ) 
     927      &                       knlaobs,ld_nea,                    & 
     928      &                       kbdyobs,ld_bound_reject,           & 
     929      &                       kqc_cutoff                         ) 
    1535930      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1536931      !!                    ***  ROUTINE obs_coo_spc_2d  *** 
    … …  
    1565960      INTEGER, DIMENSION(kobsno), INTENT(INOUT) :: & 
    1566961         & kobsqc             ! Observation quality control 
    1567       INTEGER, INTENT(INOUT) :: kosdobs   ! Observations outside space domain 
    1568       INTEGER, INTENT(INOUT) :: klanobs   ! Observations within a model land cell 
    1569       INTEGER, INTENT(INOUT) :: knlaobs   ! Observations near land 
    1570       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea       ! Flag observations near land 
     962      INTEGER, INTENT(INOUT) :: kosdobs          ! Observations outside space domain 
     963      INTEGER, INTENT(INOUT) :: klanobs          ! Observations within a model land cell 
     964      INTEGER, INTENT(INOUT) :: knlaobs          ! Observations near land 
     965      INTEGER, INTENT(INOUT) :: kbdyobs          ! Observations near boundary 
     966      LOGICAL, INTENT(IN)    :: ld_nea           ! Flag observations near land 
     967      LOGICAL, INTENT(IN)    :: ld_bound_reject  ! Flag observations near open boundary  
     968      INTEGER, INTENT(IN)    :: kqc_cutoff       ! Cutoff QC value 
     969 
    1571970      !! * Local declarations 
    1572971      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kobsno) :: & 
    1573972         & zgmsk              ! Grid mask 
     973#if defined key_bdy  
     974      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kobsno) :: & 
     975         & zbmsk              ! Boundary mask 
     976      REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbdymask 
     977#endif  
    1574978      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kobsno) :: & 
    1575979         & zglam, &           ! Model longitude at grid points 
    … …  
    1588992         ! For invalid points use 2,2 
    1589993 
    1590          IF ( kobsqc(jobs) >= 10 ) THEN 
     994         IF ( kobsqc(jobs) >= kqc_cutoff ) THEN 
    1591995 
    1592996            igrdi(1,1,jobs) = 1 
    … …  
    16131017 
    16141018      END DO 
    1615        
    1616       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, igrdi, igrdj, pmask, zgmsk ) 
    1617       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, igrdi, igrdj, plam, zglam ) 
    1618       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, igrdi, igrdj, pphi, zgphi ) 
     1019 
     1020#if defined key_bdy              
     1021      ! Create a mask grid points in boundary rim 
     1022      IF (ld_bound_reject) THEN 
     1023         zbdymask(:,:) = 1.0_wp 
     1024         DO ji = 1, nb_bdy 
     1025            DO jj = 1, idx_bdy(ji)%nblen(1) 
     1026               zbdymask(idx_bdy(ji)%nbi(jj,1),idx_bdy(ji)%nbj(jj,1)) = 0.0_wp 
     1027            ENDDO 
     1028         ENDDO 
     1029  
     1030         CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, igrdi, igrdj, zbdymask, zbmsk )        
     1031      ENDIF 
     1032#endif        
     1033       
     1034      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, kpi, kpj, igrdi, igrdj, pmask, zgmsk ) 
     1035      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, kpi, kpj, igrdi, igrdj, plam, zglam ) 
     1036      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kobsno, kpi, kpj, igrdi, igrdj, pphi, zgphi ) 
    16191037 
    16201038      DO jobs = 1, kobsno 
    16211039 
    16221040         ! Skip bad observations 
    1623          IF ( kobsqc(jobs) >= 10 ) CYCLE 
     1041         IF ( kobsqc(jobs) >= kqc_cutoff ) CYCLE 
    16241042 
    16251043         ! Flag if the observation falls outside the model spatial domain 
    … …  
    16281046            &  .OR. ( pobsphi(jobs) <  -90. ) & 
    16291047            &  .OR. ( pobsphi(jobs) >   90. ) ) THEN 
    1630             kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 11 
     1048            kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),11) 
    16311049            kosdobs = kosdobs + 1 
    16321050            CYCLE 
    … …  
    16351053         ! Flag if the observation falls with a model land cell 
    16361054         IF ( SUM( zgmsk(1:2,1:2,jobs) ) == 0.0_wp ) THEN 
    1637             kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs)  + 12 
     1055            kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),10) 
    16381056            klanobs = klanobs + 1 
    16391057            CYCLE 
    … …  
    16571075            END DO 
    16581076         END DO 
    1659    
    1660          ! For observations on the grid reject them if their are at 
    1661          ! a masked point 
    1662           
     1077  
    16631078         IF (lgridobs) THEN 
    16641079            IF (zgmsk(iig,ijg,jobs) == 0.0_wp ) THEN 
    1665                kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 12 
     1080               kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),10) 
    16661081               klanobs = klanobs + 1 
    16671082               CYCLE 
    16681083            ENDIF 
    16691084         ENDIF 
    1670                        
     1085 
     1086  
    16711087         ! Flag if the observation falls is close to land 
    16721088         IF ( MINVAL( zgmsk(1:2,1:2,jobs) ) == 0.0_wp) THEN 
    1673             IF (ld_nea) kobsqc(jobs) = kobsqc(jobs) + 14 
    16741089            knlaobs = knlaobs + 1 
    1675             CYCLE 
    1676          ENDIF 
     1090            IF (ld_nea) THEN 
     1091               kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),9) 
     1092               CYCLE 
     1093            ENDIF 
     1094         ENDIF 
     1095 
     1096#if defined key_bdy 
     1097         ! Flag if the observation falls close to the boundary rim 
     1098         IF (ld_bound_reject) THEN 
     1099            IF ( MINVAL( zbmsk(1:2,1:2,jobs) ) == 0.0_wp ) THEN 
     1100               kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),8) 
     1101               kbdyobs = kbdyobs + 1 
     1102               CYCLE 
     1103            ENDIF 
     1104            ! for observations on the grid... 
     1105            IF (lgridobs) THEN 
     1106               IF (zbmsk(iig,ijg,jobs) == 0.0_wp ) THEN 
     1107                  kobsqc(jobs) = IBSET(kobsqc(jobs),8) 
     1108                  kbdyobs = kbdyobs + 1 
     1109                  CYCLE 
     1110               ENDIF 
     1111            ENDIF 
     1112         ENDIF 
     1113#endif  
    16771114             
    16781115      END DO 
    … …  
    16861123      &                       plam,    pphi,    pdep,    pmask, & 
    16871124      &                       kpobsqc, kobsqc,  kosdobs,        & 
    1688       &                       klanobs, knlaobs, ld_nea          ) 
     1125      &                       klanobs, knlaobs, ld_nea,         & 
     1126      &                       kbdyobs, ld_bound_reject,         & 
     1127      &                       kqc_cutoff                        ) 
    16891128      !!---------------------------------------------------------------------- 
    16901129      !!                    ***  ROUTINE obs_coo_spc_3d  *** 
    … …  
    17091148      !! * Modules used 
    17101149      USE dom_oce, ONLY : &       ! Geographical information 
    1711          & gdepw_1d                         
     1150         & gdepw_1d,      & 
     1151         & gdepw_0,       &                        
     1152#if defined key_vvl 
     1153         & gdepw_n,       &  
     1154         & gdept_n,       & 
     1155#endif 
     1156         & ln_zco,        & 
     1157         & ln_zps,        & 
     1158         & lk_vvl                         
    17121159 
    17131160      !! * Arguments 
    … …  
    17431190      INTEGER, INTENT(INOUT) :: klanobs     ! Observations within a model land cell 
    17441191      INTEGER, INTENT(INOUT) :: knlaobs     ! Observations near land 
     1192      INTEGER, INTENT(INOUT) :: kbdyobs     ! Observations near boundary 
    17451193      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nea         ! Flag observations near land 
     1194      LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_bound_reject  ! Flag observations near open boundary 
     1195      INTEGER, INTENT(IN) :: kqc_cutoff     ! Cutoff QC value 
     1196 
    17461197      !! * Local declarations 
    17471198      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk,kprofno) :: & 
    17481199         & zgmsk              ! Grid mask 
     1200#if defined key_bdy  
     1201      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kprofno) :: & 
     1202         & zbmsk              ! Boundary mask 
     1203      REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbdymask 
     1204#endif  
     1205      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk,kprofno) :: & 
     1206         & zgdepw          
    17491207      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kprofno) :: & 
    17501208         & zglam, &           ! Model longitude at grid points 
    … …  
    17541212         & igrdj 
    17551213      LOGICAL :: lgridobs           ! Is observation on a model grid point. 
     1214      LOGICAL :: ll_next_to_land    ! Is a profile next to land  
    17561215      INTEGER :: iig, ijg           ! i,j of observation on model grid point. 
    17571216      INTEGER :: jobs, jobsp, jk, ji, jj 
    … …  
    17631222         ! For invalid points use 2,2 
    17641223 
    1765          IF ( kpobsqc(jobs) >= 10 ) THEN 
     1224         IF ( kpobsqc(jobs) >= kqc_cutoff ) THEN 
    17661225             
    17671226            igrdi(1,1,jobs) = 1 
    … …  
    17881247          
    17891248      END DO 
    1790        
    1791       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, kprofno, kpk, igrdi, igrdj, pmask, zgmsk ) 
    1792       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kprofno, igrdi, igrdj, plam, zglam ) 
    1793       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kprofno, igrdi, igrdj, pphi, zgphi ) 
     1249 
     1250#if defined key_bdy  
     1251      ! Create a mask grid points in boundary rim 
     1252      IF (ld_bound_reject) THEN            
     1253         zbdymask(:,:) = 1.0_wp 
     1254         DO ji = 1, nb_bdy 
     1255            DO jj = 1, idx_bdy(ji)%nblen(1) 
     1256               zbdymask(idx_bdy(ji)%nbi(jj,1),idx_bdy(ji)%nbj(jj,1)) = 0.0_wp 
     1257            ENDDO 
     1258         ENDDO 
     1259      ENDIF 
     1260  
     1261      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kprofno, igrdi, igrdj, zbdymask, zbmsk ) 
     1262#endif  
     1263       
     1264      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, kprofno, kpi, kpj, kpk, igrdi, igrdj, pmask, zgmsk ) 
     1265      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kprofno, kpi, kpj, igrdi, igrdj, plam, zglam ) 
     1266      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, kprofno, kpi, kpj, igrdi, igrdj, pphi, zgphi ) 
     1267      ! Need to know the bathy depth for each observation for sco 
     1268      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, kprofno, kpi, kpj, kpk, igrdi, igrdj, fsdepw(:,:,:), & 
     1269         &                  zgdepw ) 
    17941270 
    17951271      DO jobs = 1, kprofno 
    17961272 
    17971273         ! Skip bad profiles 
    1798          IF ( kpobsqc(jobs) >= 10 ) CYCLE 
     1274         IF ( kpobsqc(jobs) >= kqc_cutoff ) CYCLE 
    17991275 
    18001276         ! Check if this observation is on a grid point 
    … …  
    18161292         END DO 
    18171293 
     1294         ! Check if next to land  
     1295         IF (  ANY( zgmsk(1:2,1:2,1,jobs) == 0.0_wp ) ) THEN  
     1296            ll_next_to_land=.TRUE.  
     1297         ELSE  
     1298            ll_next_to_land=.FALSE.  
     1299         ENDIF  
     1300          
    18181301         ! Reject observations 
    18191302 
    … …  
    18271310               &  .OR. ( pobsdep(jobsp) < 0.0          )       & 
    18281311               &  .OR. ( pobsdep(jobsp) > gdepw_1d(kpk)) ) THEN 
    1829                kobsqc(jobsp) = kobsqc(jobsp) + 11 
     1312               kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobsp),11) 
    18301313               kosdobs = kosdobs + 1 
    18311314               CYCLE 
    18321315            ENDIF 
    18331316 
    1834             ! Flag if the observation falls with a model land cell 
    1835             IF ( SUM( zgmsk(1:2,1:2,kobsk(jobsp)-1:kobsk(jobsp),jobs) ) & 
    1836                &  == 0.0_wp ) THEN 
    1837                kobsqc(jobsp) = kobsqc(jobsp) + 12 
    1838                klanobs = klanobs + 1 
    1839                CYCLE 
     1317            ! To check if an observations falls within land there are two cases:  
     1318            ! 1: z-coordibnates, where the check uses the mask  
     1319            ! 2: terrain following (eg s-coordinates),   
     1320            !    where we use the depth of the bottom cell to mask observations  
     1321              
     1322            IF( (.NOT. lk_vvl) .AND. ( ln_zps .OR. ln_zco )  ) THEN !(CASE 1)  
     1323                 
     1324               ! Flag if the observation falls with a model land cell  
     1325               IF ( SUM( zgmsk(1:2,1:2,kobsk(jobsp)-1:kobsk(jobsp),jobs) ) &  
     1326                  &  == 0.0_wp ) THEN  
     1327                  kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobsp),10) 
     1328                  klanobs = klanobs + 1  
     1329                  CYCLE  
     1330               ENDIF  
     1331              
     1332               ! Flag if the observation is close to land  
     1333               IF ( MINVAL( zgmsk(1:2,1:2,kobsk(jobsp)-1:kobsk(jobsp),jobs) ) == &  
     1334                  &  0.0_wp) THEN  
     1335                  knlaobs = knlaobs + 1  
     1336                  IF (ld_nea) THEN    
     1337                     kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobsp),10) 
     1338                  ENDIF   
     1339               ENDIF  
     1340              
     1341            ELSE ! Case 2  
     1342               ! Flag if the observation is deeper than the bathymetry  
     1343               ! Or if it is within the mask  
     1344               IF ( ANY( zgdepw(1:2,1:2,kpk,jobs) < pobsdep(jobsp) ) & 
     1345                  &     .OR. &  
     1346                  &  ( SUM( zgmsk(1:2,1:2,kobsk(jobsp)-1:kobsk(jobsp),jobs) ) & 
     1347                  &  == 0.0_wp) ) THEN 
     1348                  kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobsp),10) 
     1349                  klanobs = klanobs + 1  
     1350                  CYCLE  
     1351               ENDIF  
     1352                 
     1353               ! Flag if the observation is close to land  
     1354               IF ( ll_next_to_land ) THEN  
     1355                  knlaobs = knlaobs + 1  
     1356                  IF (ld_nea) THEN    
     1357                     kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobsp),10) 
     1358                  ENDIF   
     1359               ENDIF  
     1360              
    18401361            ENDIF 
    18411362 
    … …  
    18451366            IF (lgridobs) THEN 
    18461367               IF (zgmsk(iig,ijg,kobsk(jobsp)-1,jobs) == 0.0_wp ) THEN 
    1847                   kobsqc(jobsp) = kobsqc(jobsp) + 12 
     1368                  kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobs),10) 
    18481369                  klanobs = klanobs + 1 
    18491370                  CYCLE 
    … …  
    18511372            ENDIF 
    18521373             
    1853             ! Flag if the observation falls is close to land 
    1854             IF ( MINVAL( zgmsk(1:2,1:2,kobsk(jobsp)-1:kobsk(jobsp),jobs) ) == & 
    1855                &  0.0_wp) THEN 
    1856                IF (ld_nea) kobsqc(jobsp) = kobsqc(jobsp) + 14 
    1857                knlaobs = knlaobs + 1 
    1858             ENDIF 
    1859  
    18601374            ! Set observation depth equal to that of the first model depth 
    18611375            IF ( pobsdep(jobsp) <= pdep(1) ) THEN 
    … …  
    18631377            ENDIF 
    18641378             
     1379#if defined key_bdy 
     1380            ! Flag if the observation falls close to the boundary rim 
     1381            IF (ld_bound_reject) THEN 
     1382               IF ( MINVAL( zbmsk(1:2,1:2,jobs) ) == 0.0_wp ) THEN 
     1383                  kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobs),8) 
     1384                  kbdyobs = kbdyobs + 1 
     1385                  CYCLE 
     1386               ENDIF 
     1387               ! for observations on the grid... 
     1388               IF (lgridobs) THEN 
     1389                  IF (zbmsk(iig,ijg,jobs) == 0.0_wp ) THEN 
     1390                     kobsqc(jobsp) = IBSET(kobsqc(jobs),8) 
     1391                     kbdyobs = kbdyobs + 1 
     1392                     CYCLE 
     1393                  ENDIF 
     1394               ENDIF 
     1395            ENDIF 
     1396#endif  
     1397             
    18651398         END DO 
    18661399      END DO 
    … …  
    18681401   END SUBROUTINE obs_coo_spc_3d 
    18691402 
    1870    SUBROUTINE obs_pro_rej( profdata ) 
     1403   SUBROUTINE obs_pro_rej( profdata, kqc_cutoff ) 
    18711404      !!---------------------------------------------------------------------- 
    18721405      !!                    ***  ROUTINE obs_pro_rej *** 
    … …  
    18861419      !! * Arguments 
    18871420      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: profdata     ! Profile data 
     1421      INTEGER, INTENT(IN) :: kqc_cutoff             ! QC cutoff value 
     1422 
    18881423      !! * Local declarations 
    18891424      INTEGER :: jprof 
    … …  
    18951430      DO jprof = 1, profdata%nprof 
    18961431 
    1897          IF ( profdata%nqc(jprof) > 10 ) THEN 
     1432         IF ( profdata%nqc(jprof) > kqc_cutoff ) THEN 
    18981433             
    18991434            DO jvar = 1, profdata%nvar 
    … …  
    19031438                   
    19041439                  profdata%var(jvar)%nvqc(jobs) = & 
    1905                      & profdata%var(jvar)%nvqc(jobs) + 26 
     1440                     & IBSET(profdata%var(jvar)%nvqc(jobs),14) 
    19061441 
    19071442               END DO 
    … …  
    19151450   END SUBROUTINE obs_pro_rej 
    19161451 
    1917    SUBROUTINE obs_uv_rej( profdata, knumu, knumv ) 
     1452   SUBROUTINE obs_uv_rej( profdata, knumu, knumv, kqc_cutoff ) 
    19181453      !!---------------------------------------------------------------------- 
    19191454      !!                    ***  ROUTINE obs_uv_rej *** 
    … …  
    19351470      INTEGER, INTENT(INOUT) :: knumu             ! Number of u rejected 
    19361471      INTEGER, INTENT(INOUT) :: knumv             ! Number of v rejected 
     1472      INTEGER, INTENT(IN) :: kqc_cutoff           ! QC cutoff value 
     1473 
    19371474      !! * Local declarations 
    19381475      INTEGER :: jprof 
    … …  
    19541491         DO jobs = profdata%npvsta(jprof,1), profdata%npvend(jprof,1) 
    19551492             
    1956             IF ( ( profdata%var(1)%nvqc(jobs) > 10 ) .AND. & 
    1957                & ( profdata%var(2)%nvqc(jobs) <= 10) ) THEN 
    1958                profdata%var(2)%nvqc(jobs) = profdata%var(2)%nvqc(jobs) + 42 
     1493            IF ( ( profdata%var(1)%nvqc(jobs) >  kqc_cutoff ) .AND. & 
     1494               & ( profdata%var(2)%nvqc(jobs) <=  kqc_cutoff) ) THEN 
     1495               profdata%var(2)%nvqc(jobs) = IBSET(profdata%var(1)%nvqc(jobs),15) 
    19591496               knumv = knumv + 1 
    19601497            ENDIF 
    1961             IF ( ( profdata%var(2)%nvqc(jobs) > 10 ) .AND. & 
    1962                & ( profdata%var(1)%nvqc(jobs) <= 10) ) THEN 
    1963                profdata%var(1)%nvqc(jobs) = profdata%var(1)%nvqc(jobs) + 42 
     1498            IF ( ( profdata%var(2)%nvqc(jobs) >  kqc_cutoff ) .AND. & 
     1499               & ( profdata%var(1)%nvqc(jobs) <=  kqc_cutoff) ) THEN 
     1500               profdata%var(1)%nvqc(jobs) = IBSET(profdata%var(1)%nvqc(jobs),15) 
    19641501               knumu = knumu + 1 
    19651502            ENDIF 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_profiles_def.F90

    r7960 r7992  
    104104      ! Bookkeeping arrays with sizes equal to number of variables 
    105105 
     106      CHARACTER(len=8), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     107         & cvars          !: Variable names 
     108 
    106109      INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
    107110         & nvprot,   &    !: Local total number of profile T data 
    … …  
    237240 
    238241      ALLOCATE( & 
     242         & prof%cvars(kvar),    & 
    239243         & prof%nvprot(kvar),   & 
    240244         & prof%nvprotmpp(kvar) & 
    … …  
    242246          
    243247      DO jvar = 1, kvar 
     248         prof%cvars    (jvar) = "NotSet" 
    244249         prof%nvprot   (jvar) = ko3dt(jvar) 
    245250         prof%nvprotmpp(jvar) = 0 
    … …  
    452457 
    453458      DEALLOCATE( & 
    454          & prof%nvprot,  & 
     459         & prof%cvars,    & 
     460         & prof%nvprot,   & 
    455461         & prof%nvprotmpp & 
    456462         ) 
    … …  
    770776      newprof%npj      = prof%npj 
    771777      newprof%npk      = prof%npk 
     778      newprof%cvars(:) = prof%cvars(:) 
    772779  
    773780      ! Deallocate temporary data 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_read_altbias.F90

    r7960 r7992  
    5050CONTAINS 
    5151 
    52    SUBROUTINE obs_rea_altbias( kslano, sladata, k2dint, bias_file ) 
     52   SUBROUTINE obs_rea_altbias( sladata, k2dint, bias_file ) 
    5353      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5454      !! 
    … …  
    7070      ! 
    7171      !! * Arguments 
    72       INTEGER, INTENT(IN) :: kslano      ! Number of SLA Products 
    73       TYPE(obs_surf), DIMENSION(kslano), INTENT(INOUT) :: & 
     72      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
    7473         & sladata       ! SLA data 
    7574      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint 
    … …  
    8079      CHARACTER(LEN=12), PARAMETER :: cpname = 'obs_rea_altbias' 
    8180 
    82       INTEGER :: jslano       ! Data set loop variable 
    8381      INTEGER :: jobs         ! Obs loop variable 
    8482      INTEGER :: jpialtbias   ! Number of grid point in latitude for the bias 
    … …  
    130128         ! Get the Alt bias data 
    131129          
    132          CALL iom_get( numaltbias, jpdom_data, 'altbias', z_altbias(:,:), 1 ) 
     130         CALL iom_get( numaltbias, jpdom_autoglo, 'altbias', z_altbias(:,:), 1 ) 
    133131          
    134132         ! Close the file 
    … …  
    144142      ! Intepolate the bias already on the model grid at the observation point 
    145143   
    146       DO jslano = 1, kslano 
    147  
    148          ALLOCATE( & 
    149             & igrdi(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    150             & igrdj(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    151             & zglam(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    152             & zgphi(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    153             & zmask(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    154             & zbias(2,2,sladata(jslano)%nsurf)  & 
    155             & ) 
    156           
    157          DO jobs = 1, sladata(jslano)%nsurf 
    158  
    159             igrdi(1,1,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs)-1 
    160             igrdj(1,1,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs)-1 
    161             igrdi(1,2,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs)-1 
    162             igrdj(1,2,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs) 
    163             igrdi(2,1,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs) 
    164             igrdj(2,1,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs)-1 
    165             igrdi(2,2,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs) 
    166             igrdj(2,2,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs) 
    167  
    168          END DO 
    169  
    170          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, & 
    171             &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    172          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, & 
    173             &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    174          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, & 
    175             &                  igrdi, igrdj, tmask(:,:,1), zmask ) 
    176          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, & 
    177             &                  igrdi, igrdj, z_altbias, zbias ) 
    178  
    179          DO jobs = 1, sladata(jslano)%nsurf 
    180  
    181             zlam = sladata(jslano)%rlam(jobs) 
    182             zphi = sladata(jslano)%rphi(jobs) 
    183             iico = sladata(jslano)%mi(jobs) 
    184             ijco = sladata(jslano)%mj(jobs) 
     144      ALLOCATE( & 
     145         & igrdi(2,2,sladata%nsurf), & 
     146         & igrdj(2,2,sladata%nsurf), & 
     147         & zglam(2,2,sladata%nsurf), & 
     148         & zgphi(2,2,sladata%nsurf), & 
     149         & zmask(2,2,sladata%nsurf), & 
     150         & zbias(2,2,sladata%nsurf)  & 
     151         & ) 
     152          
     153      DO jobs = 1, sladata%nsurf 
     154 
     155         igrdi(1,1,jobs) = sladata%mi(jobs)-1 
     156         igrdj(1,1,jobs) = sladata%mj(jobs)-1 
     157         igrdi(1,2,jobs) = sladata%mi(jobs)-1 
     158         igrdj(1,2,jobs) = sladata%mj(jobs) 
     159         igrdi(2,1,jobs) = sladata%mi(jobs) 
     160         igrdj(2,1,jobs) = sladata%mj(jobs)-1 
     161         igrdi(2,2,jobs) = sladata%mi(jobs) 
     162         igrdj(2,2,jobs) = sladata%mj(jobs) 
     163 
     164      END DO 
     165 
     166      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, & 
     167         &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
     168      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, & 
     169         &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
     170      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, & 
     171         &                  igrdi, igrdj, tmask(:,:,1), zmask ) 
     172      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, & 
     173         &                  igrdi, igrdj, z_altbias, zbias ) 
     174 
     175      DO jobs = 1, sladata%nsurf 
     176 
     177         zlam = sladata%rlam(jobs) 
     178         zphi = sladata%rphi(jobs) 
     179         iico = sladata%mi(jobs) 
     180         ijco = sladata%mj(jobs) 
    185181             
    186             CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    187                &                   zglam(:,:,jobs), zgphi(:,:,jobs), & 
    188                &                   zmask(:,:,jobs), zweig, zobsmask ) 
     182         CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
     183            &                   zglam(:,:,jobs), zgphi(:,:,jobs), & 
     184            &                   zmask(:,:,jobs), zweig, zobsmask ) 
    189185             
    190             CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    191                &              zweig, zbias(:,:,jobs),  zext ) 
    192  
    193             ! adjust mdt with bias field 
    194             sladata(jslano)%rext(jobs,2) = & 
    195                sladata(jslano)%rext(jobs,2) - zext(1) 
     186         CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
     187            &              zweig, zbias(:,:,jobs),  zext ) 
     188 
     189         ! adjust mdt with bias field 
     190         sladata%rext(jobs,2) = sladata%rext(jobs,2) - zext(1) 
    196191             
    197          END DO 
    198  
    199          DEALLOCATE( & 
    200             & igrdi, & 
    201             & igrdj, & 
    202             & zglam, & 
    203             & zgphi, & 
    204             & zmask, & 
    205             & zbias  & 
    206             & ) 
    207           
    208192      END DO 
    209193 
     194      DEALLOCATE( & 
     195         & igrdi, & 
     196         & igrdj, & 
     197         & zglam, & 
     198         & zgphi, & 
     199         & zmask, & 
     200         & zbias  & 
     201         & ) 
     202          
    210203      CALL wrk_dealloc(jpi,jpj,z_altbias)  
    211204 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_read_prof.F90

    r7960 r7992  
    2525   USE netcdf                   ! NetCDF library 
    2626   USE obs_oper                 ! Observation operators 
    27    USE obs_prof_io              ! Profile files I/O (non-FB files) 
    2827   USE lib_mpp                  ! For ctl_warn/stop 
     28   USE obs_fbm                  ! Feedback routines 
    2929 
    3030   IMPLICIT NONE 
    … …  
    3333   PRIVATE 
    3434 
    35    PUBLIC obs_rea_pro_dri  ! Read the profile observations  
     35   PUBLIC obs_rea_prof  ! Read the profile observations  
    3636 
    3737   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242 
    4343CONTAINS 
    44   
    45    SUBROUTINE obs_rea_pro_dri( kformat, & 
    46       &                        profdata, knumfiles, cfilenames, & 
    47       &                        kvars, kextr, kstp, ddobsini, ddobsend, & 
    48       &                        ldt3d, lds3d, ldignmis, ldsatt, ldavtimset, & 
    49       &                        ldmod, kdailyavtypes ) 
     44 
     45   SUBROUTINE obs_rea_prof( profdata, knumfiles, cdfilenames, & 
     46      &                     kvars, kextr, kstp, ddobsini, ddobsend, & 
     47      &                     ldvar1, ldvar2, ldignmis, ldsatt, & 
     48      &                     ldmod, kdailyavtypes ) 
    5049      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5150      !! 
    52       !!                   *** ROUTINE obs_rea_pro_dri *** 
     51      !!                   *** ROUTINE obs_rea_prof *** 
    5352      !! 
    5453      !! ** Purpose : Read from file the profile observations 
    5554      !! 
    56       !! ** Method  : Depending on kformat either ENACT, CORIOLIS or 
    57       !!              feedback data files are read 
     55      !! ** Method  : Read feedback data in and transform to NEMO internal  
     56      !!              profile data structure 
    5857      !! 
    5958      !! ** Action  :  
    … …  
    6362      !! History :   
    6463      !!      ! :  2009-09 (K. Mogensen) : New merged version of old routines 
     64      !!      ! :  2015-08 (M. Martin) : Merged profile and velocity routines 
    6565      !!---------------------------------------------------------------------- 
    66       !! * Modules used 
    67     
     66 
    6867      !! * Arguments 
    69       INTEGER ::  kformat    ! Format of input data 
    70       !                      ! 1: ENACT 
    71       !                      ! 2: Coriolis 
    72       TYPE(obs_prof), INTENT(OUT) ::  profdata     ! Profile data to be read 
    73       INTEGER, INTENT(IN) :: knumfiles      ! Number of files to read in 
     68      TYPE(obs_prof), INTENT(OUT) :: & 
     69         & profdata                     ! Profile data to be read 
     70      INTEGER, INTENT(IN) :: knumfiles  ! Number of files to read 
    7471      CHARACTER(LEN=128), INTENT(IN) ::  & 
    75          & cfilenames(knumfiles)  ! File names to read in 
     72         & cdfilenames(knumfiles)        ! File names to read in 
    7673      INTEGER, INTENT(IN) :: kvars      ! Number of variables in profdata 
    77       INTEGER, INTENT(IN) :: kextr      ! Number of extra fields for each var in profdata 
    78       INTEGER, INTENT(IN) :: kstp        ! Ocean time-step index 
    79       LOGICAL, INTENT(IN) :: ldt3d       ! Observed variables switches 
    80       LOGICAL, INTENT(IN) :: lds3d 
    81       LOGICAL, INTENT(IN) :: ldignmis    ! Ignore missing files 
    82       LOGICAL, INTENT(IN) :: ldsatt      ! Compute salinity at all temperature points 
    83       LOGICAL, INTENT(IN) :: ldavtimset  ! Correct time for daily averaged data 
    84       LOGICAL, INTENT(IN) :: ldmod       ! Initialize model from input data 
    85       REAL(KIND=dp), INTENT(IN) :: ddobsini    ! Obs. ini time in YYYYMMDD.HHMMSS 
    86       REAL(KIND=dp), INTENT(IN) :: ddobsend    ! Obs. end time in YYYYMMDD.HHMMSS 
     74      INTEGER, INTENT(IN) :: kextr      ! Number of extra fields for each var 
     75      INTEGER, INTENT(IN) :: kstp       ! Ocean time-step index 
     76      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldvar1     ! Observed variables switches 
     77      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldvar2 
     78      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldignmis   ! Ignore missing files 
     79      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldsatt     ! Compute salinity at all temperature points 
     80      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldmod      ! Initialize model from input data 
     81      REAL(dp), INTENT(IN) :: ddobsini  ! Obs. ini time in YYYYMMDD.HHMMSS 
     82      REAL(dp), INTENT(IN) :: ddobsend  ! Obs. end time in YYYYMMDD.HHMMSS 
    8783      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
    88          & kdailyavtypes 
     84         & kdailyavtypes                ! Types of daily average observations 
    8985 
    9086      !! * Local declarations 
    91       CHARACTER(LEN=15), PARAMETER :: cpname='obs_rea_pro_dri' 
     87      CHARACTER(LEN=15), PARAMETER :: cpname='obs_rea_prof' 
     88      CHARACTER(len=8) :: clrefdate 
     89      CHARACTER(len=8), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: clvars 
    9290      INTEGER :: jvar 
    9391      INTEGER :: ji 
    … …  
    105103      INTEGER :: imin 
    106104      INTEGER :: isec 
     105      INTEGER :: iprof 
     106      INTEGER :: iproftot 
     107      INTEGER :: ivar1t0 
     108      INTEGER :: ivar2t0 
     109      INTEGER :: ivar1t 
     110      INTEGER :: ivar2t 
     111      INTEGER :: ip3dt 
     112      INTEGER :: ios 
     113      INTEGER :: ioserrcount 
     114      INTEGER :: ivar1tmpp 
     115      INTEGER :: ivar2tmpp 
     116      INTEGER :: ip3dtmpp 
     117      INTEGER :: itype 
    107118      INTEGER, DIMENSION(knumfiles) :: & 
    108119         & irefdate 
    109120      INTEGER, DIMENSION(ntyp1770+1) :: & 
    110          & itypt,    & 
    111          & ityptmpp, & 
    112          & ityps,    & 
    113          & itypsmpp  
    114       INTEGER :: it3dtmpp 
    115       INTEGER :: is3dtmpp 
    116       INTEGER :: ip3dtmpp 
     121         & itypvar1,    & 
     122         & itypvar1mpp, & 
     123         & itypvar2,    & 
     124         & itypvar2mpp  
    117125      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    118          & iobsi,    & 
    119          & iobsj,    & 
    120          & iproc,    & 
     126         & iobsi1,    & 
     127         & iobsj1,    & 
     128         & iproc1,    & 
     129         & iobsi2,    & 
     130         & iobsj2,    & 
     131         & iproc2,    & 
    121132         & iindx,    & 
    122133         & ifileidx, & 
    123134         & iprofidx 
    124       INTEGER :: itype 
    125135      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    126136         & idailyavtypes 
     137      INTEGER, DIMENSION(kvars) :: & 
     138         & iv3dt 
    127139      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    128140         & zphi, & 
    129141         & zlam 
    130       real(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     142      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    131143         & zdat 
     144      REAL(wp), DIMENSION(knumfiles) :: & 
     145         & djulini, & 
     146         & djulend 
    132147      LOGICAL :: llvalprof 
     148      LOGICAL :: lldavtimset 
    133149      TYPE(obfbdata), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
    134150         & inpfiles 
    135       real(wp), DIMENSION(knumfiles) :: & 
    136          & djulini, & 
    137          & djulend 
    138       INTEGER :: iprof 
    139       INTEGER :: iproftot 
    140       INTEGER :: it3dt0 
    141       INTEGER :: is3dt0 
    142       INTEGER :: it3dt 
    143       INTEGER :: is3dt 
    144       INTEGER :: ip3dt 
    145       INTEGER :: ios 
    146       INTEGER :: ioserrcount 
    147       INTEGER, DIMENSION(kvars) :: & 
    148          & iv3dt 
    149       CHARACTER(len=8) :: cl_refdate 
    150     
     151 
    151152      ! Local initialization 
    152153      iprof = 0 
    153       it3dt0 = 0 
    154       is3dt0 = 0 
     154      ivar1t0 = 0 
     155      ivar2t0 = 0 
    155156      ip3dt = 0 
    156157 
    157158      ! Daily average types 
     159      lldavtimset = .FALSE. 
    158160      IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN 
    159161         idailyavtypes(:) = kdailyavtypes(:) 
     162         IF ( ANY (idailyavtypes(:) /= -1) ) lldavtimset = .TRUE. 
    160163      ELSE 
    161164         idailyavtypes(:) = -1 
    … …  
    163166 
    164167      !----------------------------------------------------------------------- 
    165       ! Check data the model part is just with feedback data files 
    166       !----------------------------------------------------------------------- 
    167       IF ( ldmod .AND. ( kformat /= 0 ) ) THEN 
    168          CALL ctl_stop( 'Model can only be read from feedback data' ) 
    169          RETURN 
    170       ENDIF 
    171  
    172       !----------------------------------------------------------------------- 
    173168      ! Count the number of files needed and allocate the obfbdata type 
    174169      !----------------------------------------------------------------------- 
    175        
     170 
    176171      inobf = knumfiles 
    177        
     172 
    178173      ALLOCATE( inpfiles(inobf) ) 
    179174 
    180175      prof_files : DO jj = 1, inobf 
    181            
     176 
    182177         !--------------------------------------------------------------------- 
    183178         ! Prints 
    … …  
    186181            WRITE(numout,*) 
    187182            WRITE(numout,*) ' obs_rea_pro_dri : Reading from file = ', & 
    188                & TRIM( TRIM( cfilenames(jj) ) ) 
     183               & TRIM( TRIM( cdfilenames(jj) ) ) 
    189184            WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~~' 
    190185            WRITE(numout,*) 
    … …  
    194189         !  Initialization: Open file and get dimensions only 
    195190         !--------------------------------------------------------------------- 
    196           
    197          iflag = nf90_open( TRIM( TRIM( cfilenames(jj) ) ), nf90_nowrite, & 
     191 
     192         iflag = nf90_open( TRIM( cdfilenames(jj) ), nf90_nowrite, & 
    198193            &                      i_file_id ) 
    199           
     194 
    200195         IF ( iflag /= nf90_noerr ) THEN 
    201196 
    202197            IF ( ldignmis ) THEN 
    203198               inpfiles(jj)%nobs = 0 
    204                CALL ctl_warn( 'File ' // TRIM( TRIM( cfilenames(jj) ) ) // & 
     199               CALL ctl_warn( 'File ' // TRIM( cdfilenames(jj) ) // & 
    205200                  &           ' not found' ) 
    206201            ELSE  
    207                CALL ctl_stop( 'File ' // TRIM( TRIM( cfilenames(jj) ) ) // & 
     202               CALL ctl_stop( 'File ' // TRIM( cdfilenames(jj) ) // & 
    208203                  &           ' not found' ) 
    209204            ENDIF 
    210205 
    211206         ELSE  
    212              
     207 
    213208            !------------------------------------------------------------------ 
    214             !  Close the file since it is opened in read_proffile 
     209            !  Close the file since it is opened in read_obfbdata 
    215210            !------------------------------------------------------------------ 
    216              
     211 
    217212            iflag = nf90_close( i_file_id ) 
    218213 
    … …  
    220215            !  Read the profile file into inpfiles 
    221216            !------------------------------------------------------------------ 
    222             IF ( kformat == 0 ) THEN 
    223                CALL init_obfbdata( inpfiles(jj) ) 
    224                IF(lwp) THEN 
    225                   WRITE(numout,*) 
    226                   WRITE(numout,*)'Reading from feedback file :', & 
    227                      &           TRIM( cfilenames(jj) ) 
    228                ENDIF 
    229                CALL read_obfbdata( TRIM( cfilenames(jj) ), inpfiles(jj), & 
    230                   &                ldgrid = .TRUE. ) 
    231                IF ( inpfiles(jj)%nvar < 2 ) THEN 
    232                   CALL ctl_stop( 'Feedback format error' ) 
    233                   RETURN 
    234                ENDIF 
    235                IF ( TRIM(inpfiles(jj)%cname(1)) /= 'POTM' ) THEN 
    236                   CALL ctl_stop( 'Feedback format error' ) 
    237                   RETURN 
    238                ENDIF 
    239                IF ( TRIM(inpfiles(jj)%cname(2)) /= 'PSAL' ) THEN 
    240                   CALL ctl_stop( 'Feedback format error' ) 
    241                   RETURN 
    242                ENDIF 
    243                IF ( ldmod .AND. ( inpfiles(jj)%nadd == 0 ) ) THEN 
    244                   CALL ctl_stop( 'Model not in input data' ) 
    245                   RETURN 
    246                ENDIF 
    247             ELSEIF ( kformat == 1 ) THEN 
    248                CALL read_enactfile( TRIM( cfilenames(jj) ), inpfiles(jj), & 
    249                   &                 numout, lwp, .TRUE. ) 
    250             ELSEIF ( kformat == 2 ) THEN 
    251                CALL read_coriofile( TRIM( cfilenames(jj) ), inpfiles(jj), & 
    252                   &                 numout, lwp, .TRUE. ) 
     217            CALL init_obfbdata( inpfiles(jj) ) 
     218            CALL read_obfbdata( TRIM( cdfilenames(jj) ), inpfiles(jj), & 
     219               &                ldgrid = .TRUE. ) 
     220 
     221            IF ( inpfiles(jj)%nvar < 2 ) THEN 
     222               CALL ctl_stop( 'Feedback format error: ', & 
     223                  &           ' less than 2 vars in profile file' ) 
     224            ENDIF 
     225 
     226            IF ( ldmod .AND. ( inpfiles(jj)%nadd == 0 ) ) THEN 
     227               CALL ctl_stop( 'Model not in input data' ) 
     228            ENDIF 
     229 
     230            IF ( jj == 1 ) THEN 
     231               ALLOCATE( clvars( inpfiles(jj)%nvar ) ) 
     232               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nvar 
     233                 clvars(ji) = inpfiles(jj)%cname(ji) 
     234               END DO 
    253235            ELSE 
    254                CALL ctl_stop( 'File format unknown' ) 
    255             ENDIF 
    256              
     236               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nvar 
     237                  IF ( inpfiles(jj)%cname(ji) /= clvars(ji) ) THEN 
     238                     CALL ctl_stop( 'Feedback file variables not consistent', & 
     239                        &           ' with previous files for this type' ) 
     240                  ENDIF 
     241               END DO 
     242            ENDIF 
     243 
    257244            !------------------------------------------------------------------ 
    258245            !  Change longitude (-180,180) 
    … …  
    272259            !  Calculate the date  (change eventually) 
    273260            !------------------------------------------------------------------ 
    274             cl_refdate=inpfiles(jj)%cdjuldref(1:8) 
    275             READ(cl_refdate,'(I8)') irefdate(jj) 
    276              
     261            clrefdate=inpfiles(jj)%cdjuldref(1:8) 
     262            READ(clrefdate,'(I8)') irefdate(jj) 
     263 
    277264            CALL ddatetoymdhms( ddobsini, iyea, imon, iday, ihou, imin, isec ) 
    278265            CALL greg2jul( isec, imin, ihou, iday, imon, iyea, djulini(jj), & 
    … …  
    283270 
    284271            ioserrcount=0 
    285             IF ( ldavtimset ) THEN 
     272            IF ( lldavtimset ) THEN 
     273 
     274               IF ( ANY ( idailyavtypes(:) /= -1 ) .AND. lwp) THEN 
     275                  WRITE(numout,*)' Resetting time of daily averaged', & 
     276                     &           ' observations to the end of the day' 
     277               ENDIF 
     278 
    286279               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    287                   !  
    288                   !  for daily averaged data for example 
    289                   !  MRB data (itype==820) force the time 
    290                   !  to be the  end of the day 
    291                   ! 
    292280                  READ( inpfiles(jj)%cdtyp(ji), '(I4)', IOSTAT = ios, ERR = 900 ) itype 
    293281900               IF ( ios /= 0 ) THEN 
    294                      itype = 0         ! Set type to zero if there is a problem in the string conversion 
    295                   ENDIF 
    296                   IF ( ANY (idailyavtypes == itype ) ) THEN 
    297                      inpfiles(jj)%ptim(ji) = & 
    298                      & INT(inpfiles(jj)%ptim(ji)) + 1 
    299                   ENDIF 
     282                     ! Set type to zero if there is a problem in the string conversion 
     283                     itype = 0 
     284                  ENDIF 
     285 
     286                  IF ( ANY ( idailyavtypes(:) == itype ) ) THEN 
     287                  !  for daily averaged data force the time 
     288                  !  to be the last time-step of the day, but still within the day. 
     289                     IF ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >= 0. ) THEN 
     290                        inpfiles(jj)%ptim(ji) = & 
     291                           & INT(inpfiles(jj)%ptim(ji)) + 0.9999 
     292                     ELSE 
     293                        inpfiles(jj)%ptim(ji) = & 
     294                           & INT(inpfiles(jj)%ptim(ji)) - 0.0001 
     295                     ENDIF 
     296                  ENDIF 
     297 
    300298               END DO 
    301             ENDIF 
    302              
     299 
     300            ENDIF 
     301 
    303302            IF ( inpfiles(jj)%nobs > 0 ) THEN 
    304                inpfiles(jj)%iproc = -1 
    305                inpfiles(jj)%iobsi = -1 
    306                inpfiles(jj)%iobsj = -1 
     303               inpfiles(jj)%iproc(:,:) = -1 
     304               inpfiles(jj)%iobsi(:,:) = -1 
     305               inpfiles(jj)%iobsj(:,:) = -1 
    307306            ENDIF 
    308307            inowin = 0 
    309308            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    310                IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    311                IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    312                   & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     309               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     310               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     311                  & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    313312               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. & 
    314313                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN 
    … …  
    318317            ALLOCATE( zlam(inowin)  ) 
    319318            ALLOCATE( zphi(inowin)  ) 
    320             ALLOCATE( iobsi(inowin) ) 
    321             ALLOCATE( iobsj(inowin) ) 
    322             ALLOCATE( iproc(inowin) ) 
     319            ALLOCATE( iobsi1(inowin) ) 
     320            ALLOCATE( iobsj1(inowin) ) 
     321            ALLOCATE( iproc1(inowin) ) 
     322            ALLOCATE( iobsi2(inowin) ) 
     323            ALLOCATE( iobsj2(inowin) ) 
     324            ALLOCATE( iproc2(inowin) ) 
    323325            inowin = 0 
    324326            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    325                IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    326                IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    327                   & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     327               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     328               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     329                  & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    328330               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. & 
    329331                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN 
    … …  
    334336            END DO 
    335337 
    336             CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi, iobsj, iproc, 'T' ) 
     338            IF ( TRIM( inpfiles(jj)%cname(1) ) == 'POTM' ) THEN 
     339               CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi1, iobsj1, & 
     340                  &                  iproc1, 'T' ) 
     341               iobsi2(:) = iobsi1(:) 
     342               iobsj2(:) = iobsj1(:) 
     343               iproc2(:) = iproc1(:) 
     344            ELSEIF ( TRIM( inpfiles(jj)%cname(1) ) == 'UVEL' ) THEN 
     345               CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi1, iobsj1, & 
     346                  &                  iproc1, 'U' ) 
     347               CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi2, iobsj2, & 
     348                  &                  iproc2, 'V' ) 
     349            ENDIF 
    337350 
    338351            inowin = 0 
    339352            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    340                IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    341                IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    342                   & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     353               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     354               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     355                  & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    343356               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. & 
    344357                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN 
    345358                  inowin = inowin + 1 
    346                   inpfiles(jj)%iproc(ji,1) = iproc(inowin) 
    347                   inpfiles(jj)%iobsi(ji,1) = iobsi(inowin) 
    348                   inpfiles(jj)%iobsj(ji,1) = iobsj(inowin) 
     359                  inpfiles(jj)%iproc(ji,1) = iproc1(inowin) 
     360                  inpfiles(jj)%iobsi(ji,1) = iobsi1(inowin) 
     361                  inpfiles(jj)%iobsj(ji,1) = iobsj1(inowin) 
     362                  inpfiles(jj)%iproc(ji,2) = iproc2(inowin) 
     363                  inpfiles(jj)%iobsi(ji,2) = iobsi2(inowin) 
     364                  inpfiles(jj)%iobsj(ji,2) = iobsj2(inowin) 
     365                  IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) /= & 
     366                     & inpfiles(jj)%iproc(ji,2) ) THEN 
     367                     CALL ctl_stop( 'Error in obs_read_prof:', & 
     368                        & 'var1 and var2 observation on different processors') 
     369                  ENDIF 
    349370               ENDIF 
    350371            END DO 
    351             DEALLOCATE( zlam, zphi, iobsi, iobsj, iproc ) 
     372            DEALLOCATE( zlam, zphi, iobsi1, iobsj1, iproc1, iobsi2, iobsj2, iproc2 ) 
    352373 
    353374            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    354                IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    355                IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    356                   & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     375               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     376               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     377                  & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    357378               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. & 
    358379                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN 
    … …  
    363384                  ENDIF 
    364385                  llvalprof = .FALSE. 
    365                   IF ( ldt3d ) THEN 
     386                  IF ( ldvar1 ) THEN 
    366387                     loop_t_count : DO ij = 1,inpfiles(jj)%nlev 
    367388                        IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) & 
    368389                           & CYCLE 
    369                         IF ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) <= 2 ) .AND. & 
    370                            & ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) THEN 
    371                            it3dt0 = it3dt0 + 1 
     390                        IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1),2) .AND. & 
     391                           & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN 
     392                           ivar1t0 = ivar1t0 + 1 
    372393                        ENDIF 
    373394                     END DO loop_t_count 
    374395                  ENDIF 
    375                   IF ( lds3d ) THEN 
     396                  IF ( ldvar2 ) THEN 
    376397                     loop_s_count : DO ij = 1,inpfiles(jj)%nlev 
    377398                        IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) & 
    378399                           & CYCLE 
    379                         IF ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) <= 2 ) .AND. & 
    380                            & ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) THEN 
    381                            is3dt0 = is3dt0 + 1 
     400                        IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2),2) .AND. & 
     401                           & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN 
     402                           ivar2t0 = ivar2t0 + 1 
    382403                        ENDIF 
    383404                     END DO loop_s_count 
    … …  
    386407                     IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) & 
    387408                        & CYCLE 
    388                      IF ( ( ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) <= 2 ) .AND. & 
    389                         &     ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) .AND. & 
    390                         &     ldt3d ) .OR. & 
    391                         & ( ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) <= 2 ) .AND. & 
    392                         &     ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) .AND. & 
    393                         &     lds3d ) ) THEN 
     409                     IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1),2) .AND. & 
     410                        &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. & 
     411                        &    ldvar1 ) .OR. & 
     412                        & ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2),2) .AND. & 
     413                        &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. & 
     414                        &     ldvar2 ) ) THEN 
    394415                        ip3dt = ip3dt + 1 
    395416                        llvalprof = .TRUE. 
    … …  
    405426 
    406427      END DO prof_files 
    407        
     428 
    408429      !----------------------------------------------------------------------- 
    409430      ! Get the time ordered indices of the input data 
    … …  
    416437      DO jj = 1, inobf 
    417438         DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    418             IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    419             IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    420                & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     439            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     440            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     441               & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    421442            IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. & 
    422443               & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN 
    … …  
    431452      DO jj = 1, inobf 
    432453         DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
    433             IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    434             IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    435                & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     454            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     455            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     456               & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    436457            IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. & 
    437458               & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN 
    … …  
    446467         &               zdat,     & 
    447468         &               iindx   ) 
    448        
     469 
    449470      iv3dt(:) = -1 
    450471      IF (ldsatt) THEN 
    … …  
    452473         iv3dt(2) = ip3dt 
    453474      ELSE 
    454          iv3dt(1) = it3dt0 
    455          iv3dt(2) = is3dt0 
     475         iv3dt(1) = ivar1t0 
     476         iv3dt(2) = ivar2t0 
    456477      ENDIF 
    457478      CALL obs_prof_alloc( profdata, kvars, kextr, iprof, iv3dt, & 
    458479         &                 kstp, jpi, jpj, jpk ) 
    459        
     480 
    460481      ! * Read obs/positions, QC, all variable and assign to profdata 
    461482 
    462483      profdata%nprof     = 0 
    463484      profdata%nvprot(:) = 0 
    464  
     485      profdata%cvars(:)  = clvars(:) 
    465486      iprof = 0 
    466487 
    467488      ip3dt = 0 
    468       it3dt = 0 
    469       is3dt = 0 
    470       itypt   (:) = 0 
    471       ityptmpp(:) = 0 
    472        
    473       ityps   (:) = 0 
    474       itypsmpp(:) = 0 
    475        
    476       ioserrcount = 0       
     489      ivar1t = 0 
     490      ivar2t = 0 
     491      itypvar1   (:) = 0 
     492      itypvar1mpp(:) = 0 
     493 
     494      itypvar2   (:) = 0 
     495      itypvar2mpp(:) = 0 
     496 
     497      ioserrcount = 0 
    477498      DO jk = 1, iproftot 
    478           
     499 
    479500         jj = ifileidx(iindx(jk)) 
    480501         ji = iprofidx(iindx(jk)) 
    481502 
    482          IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    483          IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    484             & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 )) CYCLE 
     503            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     504            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     505               & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    485506 
    486507         IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND.  & 
    487508            & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) ) ) THEN 
    488              
     509 
    489510            IF ( nproc == 0 ) THEN 
    490511               IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) >  nproc ) CYCLE 
    … …  
    492513               IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) /= nproc ) CYCLE 
    493514            ENDIF 
    494              
     515 
    495516            llvalprof = .FALSE. 
    496517 
    497518            IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE 
    498519 
    499             IF ( ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,1) > 2 ) .AND. & 
    500                & ( inpfiles(jj)%ivqc(ji,2) > 2 ) ) CYCLE 
     520            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE 
     521            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,1),2) .AND. & 
     522               & BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,2),2) ) CYCLE 
    501523 
    502524            loop_prof : DO ij = 1, inpfiles(jj)%nlev 
    503                 
     525 
    504526               IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) & 
    505527                  & CYCLE 
    506                 
    507                IF ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) <= 2 ) .AND. & 
    508                   & ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) THEN 
    509                    
     528 
     529               IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1),2) .AND. & 
     530                  & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN 
     531 
    510532                  llvalprof = .TRUE.  
    511533                  EXIT loop_prof 
    512                    
     534 
    513535               ENDIF 
    514                 
    515                IF ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) <= 2 ) .AND. & 
    516                   & ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) THEN 
    517                    
     536 
     537               IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2),2) .AND. & 
     538                  & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN 
     539 
    518540                  llvalprof = .TRUE.  
    519541                  EXIT loop_prof 
    520                    
     542 
    521543               ENDIF 
    522                 
     544 
    523545            END DO loop_prof 
    524              
     546 
    525547            ! Set profile information 
    526              
     548 
    527549            IF ( llvalprof ) THEN 
    528                 
     550 
    529551               iprof = iprof + 1 
    530552 
    … …  
    545567               profdata%nhou(iprof) = ihou 
    546568               profdata%nmin(iprof) = imin 
    547                 
     569 
    548570               ! Profile space coordinates 
    549571               profdata%rlam(iprof) = inpfiles(jj)%plam(ji) 
    … …  
    551573 
    552574               ! Coordinate search parameters 
    553                profdata%mi  (iprof,:) = inpfiles(jj)%iobsi(ji,1) 
    554                profdata%mj  (iprof,:) = inpfiles(jj)%iobsj(ji,1) 
    555                 
     575               profdata%mi  (iprof,1) = inpfiles(jj)%iobsi(ji,1) 
     576               profdata%mj  (iprof,1) = inpfiles(jj)%iobsj(ji,1) 
     577               profdata%mi  (iprof,2) = inpfiles(jj)%iobsi(ji,2) 
     578               profdata%mj  (iprof,2) = inpfiles(jj)%iobsj(ji,2) 
     579 
    556580               ! Profile WMO number 
    557581               profdata%cwmo(iprof) = inpfiles(jj)%cdwmo(ji) 
    558                 
     582 
    559583               ! Instrument type 
    560584               READ( inpfiles(jj)%cdtyp(ji), '(I4)', IOSTAT = ios, ERR = 901 ) itype 
    … …  
    564588                  itype = 0 
    565589               ENDIF 
    566                 
     590 
    567591               profdata%ntyp(iprof) = itype 
    568                 
     592 
    569593               ! QC stuff 
    570594 
    … …  
    585609               profdata%nqc(iprof)  = 0 !TODO 
    586610 
    587                loop_p : DO ij = 1, inpfiles(jj)%nlev             
    588                    
     611               loop_p : DO ij = 1, inpfiles(jj)%nlev 
     612 
    589613                  IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) & 
    590614                     & CYCLE 
    … …  
    592616                  IF (ldsatt) THEN 
    593617 
    594                      IF ( ( ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) <= 2 ) .AND. & 
    595                         &     ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) .AND. & 
    596                         &     ldt3d ) .OR. & 
    597                         & ( ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) <= 2 ) .AND. & 
    598                         &     ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) .AND. & 
    599                         &     lds3d ) ) THEN 
     618                     IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1),2) .AND. & 
     619                        &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. & 
     620                        &    ldvar1 ) .OR. & 
     621                        & ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2),2) .AND. & 
     622                        &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. & 
     623                        &   ldvar2 ) ) THEN 
    600624                        ip3dt = ip3dt + 1 
    601625                     ELSE 
    602626                        CYCLE 
    603627                     ENDIF 
    604                       
    605                   ENDIF 
    606  
    607                   IF ( ( ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) <= 2 ) .AND. & 
    608                      &     ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) .AND. & 
    609                      &       ldt3d ) .OR. ldsatt ) THEN 
    610                       
     628 
     629                  ENDIF 
     630 
     631                  IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1),2) .AND. & 
     632                    &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. & 
     633                    &    ldvar1 ) .OR. ldsatt ) THEN 
     634 
    611635                     IF (ldsatt) THEN 
    612636 
    613                         it3dt = ip3dt 
     637                        ivar1t = ip3dt 
    614638 
    615639                     ELSE 
    616640 
    617                         it3dt = it3dt + 1 
    618                          
     641                        ivar1t = ivar1t + 1 
     642 
    619643                     ENDIF 
    620644 
    621                      ! Depth of T observation 
    622                      profdata%var(1)%vdep(it3dt) = & 
     645                     ! Depth of var1 observation 
     646                     profdata%var(1)%vdep(ivar1t) = & 
    623647                        &                inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) 
    624                       
    625                      ! Depth of T observation QC 
    626                      profdata%var(1)%idqc(it3dt) = & 
     648 
     649                     ! Depth of var1 observation QC 
     650                     profdata%var(1)%idqc(ivar1t) = & 
    627651                        &                inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) 
    628                       
    629                      ! Depth of T observation QC flags 
    630                      profdata%var(1)%idqcf(:,it3dt) = & 
     652 
     653                     ! Depth of var1 observation QC flags 
     654                     profdata%var(1)%idqcf(:,ivar1t) = & 
    631655                        &                inpfiles(jj)%idqcf(:,ij,ji) 
    632                       
     656 
    633657                     ! Profile index 
    634                      profdata%var(1)%nvpidx(it3dt) = iprof 
    635                       
     658                     profdata%var(1)%nvpidx(ivar1t) = iprof 
     659 
    636660                     ! Vertical index in original profile 
    637                      profdata%var(1)%nvlidx(it3dt) = ij 
    638  
    639                      ! Profile potential T value 
    640                      IF ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) <= 2 ) .AND. & 
    641                         & ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) THEN 
    642                         profdata%var(1)%vobs(it3dt) = & 
     661                     profdata%var(1)%nvlidx(ivar1t) = ij 
     662 
     663                     ! Profile var1 value 
     664                     IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1),2) .AND. & 
     665                        & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN 
     666                        profdata%var(1)%vobs(ivar1t) = & 
    643667                           &                inpfiles(jj)%pob(ij,ji,1) 
    644668                        IF ( ldmod ) THEN 
    645                            profdata%var(1)%vmod(it3dt) = & 
     669                           profdata%var(1)%vmod(ivar1t) = & 
    646670                              &                inpfiles(jj)%padd(ij,ji,1,1) 
    647671                        ENDIF 
    648                         ! Count number of profile T data as function of type 
    649                         itypt( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) = & 
    650                            & itypt( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) + 1 
     672                        ! Count number of profile var1 data as function of type 
     673                        itypvar1( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) = & 
     674                           & itypvar1( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) + 1 
    651675                     ELSE 
    652                         profdata%var(1)%vobs(it3dt) = fbrmdi 
     676                        profdata%var(1)%vobs(ivar1t) = fbrmdi 
    653677                     ENDIF 
    654678 
    655                      ! Profile T qc 
    656                      profdata%var(1)%nvqc(it3dt) = & 
     679                     ! Profile var1 qc 
     680                     profdata%var(1)%nvqc(ivar1t) = & 
    657681                        & inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,1) 
    658682 
    659                      ! Profile T qc flags 
    660                      profdata%var(1)%nvqcf(:,it3dt) = & 
     683                     ! Profile var1 qc flags 
     684                     profdata%var(1)%nvqcf(:,ivar1t) = & 
    661685                        & inpfiles(jj)%ivlqcf(:,ij,ji,1) 
    662686 
    663687                     ! Profile insitu T value 
    664                      profdata%var(1)%vext(it3dt,1) = & 
    665                         &                inpfiles(jj)%pext(ij,ji,1) 
    666                       
    667                   ENDIF 
    668                    
    669                   IF ( ( ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) <= 2 ) .AND. & 
    670                      &   ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) .AND. & 
    671                      &   lds3d ) .OR. ldsatt ) THEN 
    672                       
     688                     IF ( TRIM( inpfiles(jj)%cname(1) ) == 'POTM' ) THEN 
     689                        profdata%var(1)%vext(ivar1t,1) = & 
     690                           &                inpfiles(jj)%pext(ij,ji,1) 
     691                     ENDIF 
     692 
     693                  ENDIF 
     694 
     695                  IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2),2) .AND. & 
     696                     &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2)    .AND. & 
     697                     &   ldvar2 ) .OR. ldsatt ) THEN 
     698 
    673699                     IF (ldsatt) THEN 
    674700 
    675                         is3dt = ip3dt 
     701                        ivar2t = ip3dt 
    676702 
    677703                     ELSE 
    678704 
    679                         is3dt = is3dt + 1 
    680                          
     705                        ivar2t = ivar2t + 1 
     706 
    681707                     ENDIF 
    682708 
    683                      ! Depth of S observation 
    684                      profdata%var(2)%vdep(is3dt) = & 
     709                     ! Depth of var2 observation 
     710                     profdata%var(2)%vdep(ivar2t) = & 
    685711                        &                inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) 
    686                       
    687                      ! Depth of S observation QC 
    688                      profdata%var(2)%idqc(is3dt) = & 
     712 
     713                     ! Depth of var2 observation QC 
     714                     profdata%var(2)%idqc(ivar2t) = & 
    689715                        &                inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) 
    690                       
    691                      ! Depth of S observation QC flags 
    692                      profdata%var(2)%idqcf(:,is3dt) = & 
     716 
     717                     ! Depth of var2 observation QC flags 
     718                     profdata%var(2)%idqcf(:,ivar2t) = & 
    693719                        &                inpfiles(jj)%idqcf(:,ij,ji) 
    694                       
     720 
    695721                     ! Profile index 
    696                      profdata%var(2)%nvpidx(is3dt) = iprof 
    697                       
     722                     profdata%var(2)%nvpidx(ivar2t) = iprof 
     723 
    698724                     ! Vertical index in original profile 
    699                      profdata%var(2)%nvlidx(is3dt) = ij 
    700  
    701                      ! Profile S value 
    702                      IF ( ( inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) <= 2 ) .AND. & 
    703                         & ( inpfiles(jj)%idqc(ij,ji) <= 2 ) ) THEN 
    704                         profdata%var(2)%vobs(is3dt) = & 
     725                     profdata%var(2)%nvlidx(ivar2t) = ij 
     726 
     727                     ! Profile var2 value 
     728                  IF (  ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2),2) ) .AND. & 
     729                    &   ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2)    ) ) THEN 
     730                        profdata%var(2)%vobs(ivar2t) = & 
    705731                           &                inpfiles(jj)%pob(ij,ji,2) 
    706732                        IF ( ldmod ) THEN 
    707                            profdata%var(2)%vmod(is3dt) = & 
     733                           profdata%var(2)%vmod(ivar2t) = & 
    708734                              &                inpfiles(jj)%padd(ij,ji,1,2) 
    709735                        ENDIF 
    710                         ! Count number of profile S data as function of type 
    711                         ityps( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) = & 
    712                            & ityps( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) + 1 
     736                        ! Count number of profile var2 data as function of type 
     737                        itypvar2( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) = & 
     738                           & itypvar2( profdata%ntyp(iprof) + 1 ) + 1 
    713739                     ELSE 
    714                         profdata%var(2)%vobs(is3dt) = fbrmdi 
     740                        profdata%var(2)%vobs(ivar2t) = fbrmdi 
    715741                     ENDIF 
    716                       
    717                      ! Profile S qc 
    718                      profdata%var(2)%nvqc(is3dt) = & 
     742 
     743                     ! Profile var2 qc 
     744                     profdata%var(2)%nvqc(ivar2t) = & 
    719745                        & inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,2) 
    720746 
    721                      ! Profile S qc flags 
    722                      profdata%var(2)%nvqcf(:,is3dt) = & 
     747                     ! Profile var2 qc flags 
     748                     profdata%var(2)%nvqcf(:,ivar2t) = & 
    723749                        & inpfiles(jj)%ivlqcf(:,ij,ji,2) 
    724750 
    725751                  ENDIF 
    726              
     752 
    727753               END DO loop_p 
    728754 
    … …  
    736762      ! Sum up over processors 
    737763      !----------------------------------------------------------------------- 
    738        
    739       CALL obs_mpp_sum_integer ( it3dt0, it3dtmpp ) 
    740       CALL obs_mpp_sum_integer ( is3dt0, is3dtmpp ) 
    741       CALL obs_mpp_sum_integer ( ip3dt, ip3dtmpp ) 
    742        
    743       CALL obs_mpp_sum_integers( itypt, ityptmpp, ntyp1770 + 1 ) 
    744       CALL obs_mpp_sum_integers( ityps, itypsmpp, ntyp1770 + 1 ) 
    745        
     764 
     765      CALL obs_mpp_sum_integer ( ivar1t0, ivar1tmpp ) 
     766      CALL obs_mpp_sum_integer ( ivar2t0, ivar2tmpp ) 
     767      CALL obs_mpp_sum_integer ( ip3dt,   ip3dtmpp ) 
     768 
     769      CALL obs_mpp_sum_integers( itypvar1, itypvar1mpp, ntyp1770 + 1 ) 
     770      CALL obs_mpp_sum_integers( itypvar2, itypvar2mpp, ntyp1770 + 1 ) 
     771 
    746772      !----------------------------------------------------------------------- 
    747773      ! Output number of observations. 
    … …  
    749775      IF(lwp) THEN 
    750776         WRITE(numout,*)  
    751          WRITE(numout,'(1X,A)') 'Profile data' 
     777         WRITE(numout,'(A)') ' Profile data' 
    752778         WRITE(numout,'(1X,A)') '------------' 
    753779         WRITE(numout,*)  
    754          WRITE(numout,'(1X,A)') 'Profile T data' 
    755          WRITE(numout,'(1X,A)') '--------------' 
     780         WRITE(numout,'(1X,A)') 'Profile data, '//TRIM( profdata%cvars(1) ) 
     781         WRITE(numout,'(1X,A)') '------------------------' 
    756782         DO ji = 0, ntyp1770 
    757             IF ( ityptmpp(ji+1) > 0 ) THEN 
     783            IF ( itypvar1mpp(ji+1) > 0 ) THEN 
    758784               WRITE(numout,'(1X,A3,1X,A48,A3,I8)') ctypshort(ji), & 
    759785                  & cwmonam1770(ji)(1:52),' = ', & 
    760                   & ityptmpp(ji+1) 
     786                  & itypvar1mpp(ji+1) 
    761787            ENDIF 
    762788         END DO 
    … …  
    764790            & '---------------------------------------------------------------' 
    765791         WRITE(numout,'(1X,A55,I8)') & 
    766             & 'Total profile T data                                 = ',& 
    767             & it3dtmpp 
     792            & 'Total profile data for variable '//TRIM( profdata%cvars(1) )// & 
     793            & '             = ', ivar1tmpp 
    768794         WRITE(numout,'(1X,A)') & 
    769795            & '---------------------------------------------------------------' 
    770796         WRITE(numout,*)  
    771          WRITE(numout,'(1X,A)') 'Profile S data' 
    772          WRITE(numout,'(1X,A)') '--------------' 
     797         WRITE(numout,'(1X,A)') 'Profile data, '//TRIM( profdata%cvars(2) ) 
     798         WRITE(numout,'(1X,A)') '------------------------' 
    773799         DO ji = 0, ntyp1770 
    774             IF ( itypsmpp(ji+1) > 0 ) THEN 
     800            IF ( itypvar2mpp(ji+1) > 0 ) THEN 
    775801               WRITE(numout,'(1X,A3,1X,A48,A3,I8)') ctypshort(ji), & 
    776802                  & cwmonam1770(ji)(1:52),' = ', & 
    777                   & itypsmpp(ji+1) 
     803                  & itypvar2mpp(ji+1) 
    778804            ENDIF 
    779805         END DO 
    … …  
    781807            & '---------------------------------------------------------------' 
    782808         WRITE(numout,'(1X,A55,I8)') & 
    783             & 'Total profile S data                                 = ',& 
    784             & is3dtmpp 
     809            & 'Total profile data for variable '//TRIM( profdata%cvars(2) )// & 
     810            & '             = ', ivar2tmpp 
    785811         WRITE(numout,'(1X,A)') & 
    786812            & '---------------------------------------------------------------' 
    787813         WRITE(numout,*)  
    788814      ENDIF 
    789        
     815 
    790816      IF (ldsatt) THEN 
    791817         profdata%nvprot(1)    = ip3dt 
    … …  
    794820         profdata%nvprotmpp(2) = ip3dtmpp 
    795821      ELSE 
    796          profdata%nvprot(1)    = it3dt 
    797          profdata%nvprot(2)    = is3dt 
    798          profdata%nvprotmpp(1) = it3dtmpp 
    799          profdata%nvprotmpp(2) = is3dtmpp 
     822         profdata%nvprot(1)    = ivar1t 
     823         profdata%nvprot(2)    = ivar2t 
     824         profdata%nvprotmpp(1) = ivar1tmpp 
     825         profdata%nvprotmpp(2) = ivar2tmpp 
    800826      ENDIF 
    801827      profdata%nprof        = iprof 
    … …  
    804830      ! Model level search 
    805831      !----------------------------------------------------------------------- 
    806       IF ( ldt3d ) THEN 
     832      IF ( ldvar1 ) THEN 
    807833         CALL obs_level_search( jpk, gdept_1d, & 
    808834            & profdata%nvprot(1), profdata%var(1)%vdep, & 
    809835            & profdata%var(1)%mvk ) 
    810836      ENDIF 
    811       IF ( lds3d ) THEN 
     837      IF ( ldvar2 ) THEN 
    812838         CALL obs_level_search( jpk, gdept_1d, & 
    813839            & profdata%nvprot(2), profdata%var(2)%vdep, & 
    814840            & profdata%var(2)%mvk ) 
    815841      ENDIF 
    816        
     842 
    817843      !----------------------------------------------------------------------- 
    818844      ! Set model equivalent to 99999 
    … …  
    826852      ! Deallocate temporary data 
    827853      !----------------------------------------------------------------------- 
    828       DEALLOCATE( ifileidx, iprofidx, zdat ) 
     854      DEALLOCATE( ifileidx, iprofidx, zdat, clvars ) 
    829855 
    830856      !----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    836862      DEALLOCATE( inpfiles ) 
    837863 
    838    END SUBROUTINE obs_rea_pro_dri 
     864   END SUBROUTINE obs_rea_prof 
    839865 
    840866END MODULE obs_read_prof 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_readmdt.F90

    r7960 r7992  
    3131   PRIVATE 
    3232    
    33    PUBLIC   obs_rea_mdt     ! called by ? 
    34    PUBLIC   obs_offset_mdt  ! called by ? 
    35  
    36    INTEGER , PUBLIC ::   nmsshc    = 1         ! MDT correction scheme 
    37    REAL(wp), PUBLIC ::   mdtcorr   = 1.61_wp   ! User specified MDT correction 
    38    REAL(wp), PUBLIC ::   mdtcutoff = 65.0_wp   ! MDT cutoff for computed correction 
     33   PUBLIC   obs_rea_mdt     ! called by dia_obs_init 
     34   PUBLIC   obs_offset_mdt  ! called by obs_rea_mdt 
     35 
     36   INTEGER , PUBLIC :: nn_msshc    = 1         ! MDT correction scheme 
     37   REAL(wp), PUBLIC :: rn_mdtcorr   = 1.61_wp  ! User specified MDT correction 
     38   REAL(wp), PUBLIC :: rn_mdtcutoff = 65.0_wp  ! MDT cutoff for computed correction 
    3939 
    4040   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4545CONTAINS 
    4646 
    47    SUBROUTINE obs_rea_mdt( kslano, sladata, k2dint ) 
     47   SUBROUTINE obs_rea_mdt( sladata, k2dint ) 
    4848      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4949      !! 
    … …  
    5858      USE iom 
    5959      ! 
    60       INTEGER                          , INTENT(IN)    ::   kslano    ! Number of SLA Products 
    61       TYPE(obs_surf), DIMENSION(kslano), INTENT(inout) ::   sladata   ! SLA data 
    62       INTEGER                          , INTENT(in)    ::   k2dint    ! ? 
     60      TYPE(obs_surf), INTENT(inout) ::   sladata   ! SLA data 
     61      INTEGER       , INTENT(in)    ::   k2dint    ! ? 
    6362      ! 
    6463      CHARACTER(LEN=12), PARAMETER ::   cpname  = 'obs_rea_mdt' 
    6564      CHARACTER(LEN=20), PARAMETER ::   mdtname = 'slaReferenceLevel.nc' 
    6665 
    67       INTEGER ::   jslano              ! Data set loop variable 
    6866      INTEGER ::   jobs                ! Obs loop variable 
    6967      INTEGER ::   jpimdt, jpjmdt      ! Number of grid point in lat/lon for the MDT 
    … …  
    8886      IF(lwp)WRITE(numout,*) ' obs_rea_mdt : Read MDT for referencing altimeter anomalies' 
    8987      IF(lwp)WRITE(numout,*) ' ------------- ' 
     88      CALL FLUSH(numout) 
    9089 
    9190      CALL iom_open( mdtname, nummdt )       ! Open the file 
    … …  
    109108 
    110109      ! Remove the offset between the MDT used with the sla and the model MDT 
    111       IF( nmsshc == 1 .OR. nmsshc == 2 )   CALL obs_offset_mdt( z_mdt, zfill ) 
     110      IF( nn_msshc == 1 .OR. nn_msshc == 2 ) & 
     111         & CALL obs_offset_mdt( jpi, jpj, z_mdt, zfill ) 
    112112 
    113113      ! Intepolate the MDT already on the model grid at the observation point 
    114114   
    115       DO jslano = 1, kslano 
    116          ALLOCATE( & 
    117             & igrdi(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    118             & igrdj(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    119             & zglam(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    120             & zgphi(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    121             & zmask(2,2,sladata(jslano)%nsurf), & 
    122             & zmdtl(2,2,sladata(jslano)%nsurf)  & 
    123             & ) 
     115      ALLOCATE( & 
     116         & igrdi(2,2,sladata%nsurf), & 
     117         & igrdj(2,2,sladata%nsurf), & 
     118         & zglam(2,2,sladata%nsurf), & 
     119         & zgphi(2,2,sladata%nsurf), & 
     120         & zmask(2,2,sladata%nsurf), & 
     121         & zmdtl(2,2,sladata%nsurf)  & 
     122         & ) 
    124123          
    125          DO jobs = 1, sladata(jslano)%nsurf 
    126  
    127             igrdi(1,1,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs)-1 
    128             igrdj(1,1,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs)-1 
    129             igrdi(1,2,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs)-1 
    130             igrdj(1,2,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs) 
    131             igrdi(2,1,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs) 
    132             igrdj(2,1,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs)-1 
    133             igrdi(2,2,jobs) = sladata(jslano)%mi(jobs) 
    134             igrdj(2,2,jobs) = sladata(jslano)%mj(jobs) 
    135  
    136          END DO 
    137  
    138          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, igrdi, igrdj, glamt  , zglam ) 
    139          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, igrdi, igrdj, gphit  , zgphi ) 
    140          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, igrdi, igrdj, mdtmask, zmask ) 
    141          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata(jslano)%nsurf, igrdi, igrdj, z_mdt  , zmdtl ) 
    142  
    143          DO jobs = 1, sladata(jslano)%nsurf 
     124      DO jobs = 1, sladata%nsurf 
     125 
     126         igrdi(1,1,jobs) = sladata%mi(jobs)-1 
     127         igrdj(1,1,jobs) = sladata%mj(jobs)-1 
     128         igrdi(1,2,jobs) = sladata%mi(jobs)-1 
     129         igrdj(1,2,jobs) = sladata%mj(jobs) 
     130         igrdi(2,1,jobs) = sladata%mi(jobs) 
     131         igrdj(2,1,jobs) = sladata%mj(jobs)-1 
     132         igrdi(2,2,jobs) = sladata%mi(jobs) 
     133         igrdj(2,2,jobs) = sladata%mj(jobs) 
     134 
     135      END DO 
     136 
     137      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, igrdi, igrdj, glamt  , zglam ) 
     138      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, igrdi, igrdj, gphit  , zgphi ) 
     139      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, igrdi, igrdj, mdtmask, zmask ) 
     140      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, sladata%nsurf, jpi, jpj, igrdi, igrdj, z_mdt  , zmdtl ) 
     141 
     142      DO jobs = 1, sladata%nsurf 
    144143             
    145             zlam = sladata(jslano)%rlam(jobs) 
    146             zphi = sladata(jslano)%rphi(jobs) 
    147  
    148             CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    149                &                   zglam(:,:,jobs), zgphi(:,:,jobs), & 
    150                &                   zmask(:,:,jobs), zweig, zobsmask ) 
     144         zlam = sladata%rlam(jobs) 
     145         zphi = sladata%rphi(jobs) 
     146 
     147         CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
     148            &                   zglam(:,:,jobs), zgphi(:,:,jobs), & 
     149            &                   zmask(:,:,jobs), zweig, zobsmask ) 
    151150             
    152             CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, zmdtl(:,:,jobs),  zext ) 
     151         CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, zmdtl(:,:,jobs),  zext ) 
    153152  
    154             sladata(jslano)%rext(jobs,2) = zext(1) 
     153         sladata%rext(jobs,2) = zext(1) 
    155154 
    156155! mark any masked data with a QC flag 
    157             IF( zobsmask(1) == 0 )   sladata(jslano)%nqc(jobs) = 11 
     156         IF( zobsmask(1) == 0 )   sladata%nqc(jobs) = IBSET(sladata%nqc(jobs),15) 
    158157 
    159158         END DO 
    160159          
    161          DEALLOCATE( & 
    162             & igrdi, & 
    163             & igrdj, & 
    164             & zglam, & 
    165             & zgphi, & 
    166             & zmask, & 
    167             & zmdtl  & 
    168             & ) 
    169  
    170       END DO 
     160      DEALLOCATE( & 
     161         & igrdi, & 
     162         & igrdj, & 
     163         & zglam, & 
     164         & zgphi, & 
     165         & zmask, & 
     166         & zmdtl  & 
     167         & ) 
    171168 
    172169      CALL wrk_dealloc(jpi,jpj,z_mdt,mdtmask)  
     170      IF(lwp)WRITE(numout,*) ' ------------- ' 
    173171      ! 
    174172   END SUBROUTINE obs_rea_mdt 
    175173 
    176174 
    177    SUBROUTINE obs_offset_mdt( mdt, zfill ) 
     175   SUBROUTINE obs_offset_mdt( kpi, kpj, mdt, zfill ) 
    178176      !!--------------------------------------------------------------------- 
    179177      !! 
    … …  
    188186      !! ** Action  :  
    189187      !!---------------------------------------------------------------------- 
    190       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(inout) ::   mdt     ! MDT used on the model grid 
    191       REAL(wp)                    , INTENT(in   ) ::   zfill  
     188      INTEGER, INTENT(IN) ::  kpi, kpj 
     189      REAL(wp), DIMENSION(kpi,kpj), INTENT(INOUT) ::   mdt     ! MDT used on the model grid 
     190      REAL(wp)                    , INTENT(IN   ) ::   zfill  
    192191      !  
    193192      INTEGER  :: ji, jj 
    … …  
    205204        DO jj = 1, jpj 
    206205           zpromsk(ji,jj) = tmask_i(ji,jj) 
    207            IF (    ( gphit(ji,jj) .GT.  mdtcutoff ) & 
    208               &.OR.( gphit(ji,jj) .LT. -mdtcutoff ) & 
     206           IF (    ( gphit(ji,jj) .GT.  rn_mdtcutoff ) & 
     207              &.OR.( gphit(ji,jj) .LT. -rn_mdtcutoff ) & 
    209208              &.OR.( mdt(ji,jj) .EQ. zfill ) ) & 
    210209              &        zpromsk(ji,jj) = 0.0 
    … …  
    212211      END DO  
    213212 
    214       ! Compute MSSH mean over [0,360] x [-mdtcutoff,mdtcutoff] 
     213      ! Compute MSSH mean over [0,360] x [-rn_mdtcutoff,rn_mdtcutoff] 
    215214 
    216215      zarea = 0.0 
    … …  
    240239      !  Correct spatial mean of the MSSH 
    241240 
    242       IF( nmsshc == 1 )   mdt(:,:) = mdt(:,:) - zcorr   
     241      IF( nn_msshc == 1 )   mdt(:,:) = mdt(:,:) - zcorr   
    243242 
    244243      ! User defined value : 1.6 m for the Rio MDT compared to ORCA2 MDT 
    245244 
    246       IF( nmsshc == 2 )   mdt(:,:) = mdt(:,:) - mdtcorr 
     245      IF( nn_msshc == 2 )   mdt(:,:) = mdt(:,:) - rn_mdtcorr 
    247246 
    248247      IF(lwp) THEN 
    249248         WRITE(numout,*) 
    250          WRITE(numout,*) ' obs_readmdt : mdtcutoff     = ', mdtcutoff 
     249         WRITE(numout,*) ' obs_readmdt : rn_mdtcutoff     = ', rn_mdtcutoff 
    251250         WRITE(numout,*) ' -----------   zcorr_mdt     = ', zcorr_mdt 
    252251         WRITE(numout,*) '               zcorr_bcketa  = ', zcorr_bcketa 
    253252         WRITE(numout,*) '               zcorr         = ', zcorr 
    254          WRITE(numout,*) '               nmsshc        = ', nmsshc 
     253         WRITE(numout,*) '               nn_msshc        = ', nn_msshc 
    255254      ENDIF 
    256255 
    257       IF ( nmsshc == 0 ) WRITE(numout,*) '           MSSH correction is not applied' 
    258       IF ( nmsshc == 1 ) WRITE(numout,*) '           MSSH correction is applied' 
    259       IF ( nmsshc == 2 ) WRITE(numout,*) '           User defined MSSH correction'  
     256      IF ( nn_msshc == 0 ) WRITE(numout,*) '           MSSH correction is not applied' 
     257      IF ( nn_msshc == 1 ) WRITE(numout,*) '           MSSH correction is applied' 
     258      IF ( nn_msshc == 2 ) WRITE(numout,*) '           User defined MSSH correction'  
    260259 
    261260      CALL wrk_dealloc( jpi,jpj, zpromsk ) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_rot_vel.F90

    r7960 r7992  
    140140      END DO 
    141141 
    142       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiu, igrdju, & 
     142      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiu, igrdju, & 
    143143         &                  glamu, zglamu ) 
    144       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiu, igrdju, & 
     144      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiu, igrdju, & 
    145145         &                  gphiu, zgphiu ) 
    146       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiu, igrdju, & 
     146      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiu, igrdju, & 
    147147         &                  umask(:,:,1), zmasku ) 
    148       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiu, igrdju, & 
     148      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiu, igrdju, & 
    149149         &                  zsingu, zsinlu ) 
    150       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiu, igrdju, & 
     150      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiu, igrdju, & 
    151151         &                  zcosgu, zcoslu ) 
    152       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiv, igrdjv, & 
     152      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiv, igrdjv, & 
    153153         &                  glamv, zglamv ) 
    154       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiv, igrdjv, & 
     154      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiv, igrdjv, & 
    155155         &                  gphiv, zgphiv ) 
    156       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiv, igrdjv, & 
     156      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiv, igrdjv, & 
    157157         &                  vmask(:,:,1), zmaskv ) 
    158       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiv, igrdjv, & 
     158      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiv, igrdjv, & 
    159159         &                  zsingv, zsinlv ) 
    160       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, igrdiv, igrdjv, & 
     160      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, profdata%nprof, jpi, jpj, igrdiv, igrdjv, & 
    161161         &                  zcosgv, zcoslv ) 
    162162 
    … …  
    195195         DO jk = profdata%npvsta(ji,1), profdata%npvend(ji,1) 
    196196            IF ( ( profdata%var(1)%vmod(jk) /= fbrmdi ) .AND. & 
    197                & ( profdata%var(1)%vmod(jk) /= fbrmdi ) ) THEN 
     197               & ( profdata%var(2)%vmod(jk) /= fbrmdi ) ) THEN 
    198198               pu(jk) = profdata%var(1)%vmod(jk) * zcos - & 
    199                   &     profdata%var(2)%vmod(jk) * zsin  
     199                  &     profdata%var(2)%vmod(jk) * zsin 
    200200               pv(jk) = profdata%var(2)%vmod(jk) * zcos + & 
    201201                  &     profdata%var(1)%vmod(jk) * zsin 
    … …  
    204204               pv(jk) = fbrmdi 
    205205            ENDIF 
     206 
    206207         END DO 
    207208 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_surf_def.F90

    r7960 r7992  
    5050      INTEGER :: npj 
    5151      INTEGER :: nsurfup    !: Observation counter used in obs_oper 
     52      INTEGER :: nrec       !: Number of surface observation records in window 
    5253 
    5354      ! Arrays with size equal to the number of surface observations 
    … …  
    5657         & mi,   &        !: i-th grid coord. for interpolating to surface observation 
    5758         & mj,   &        !: j-th grid coord. for interpolating to surface observation 
     59         & mt,   &        !: time record number for gridded data 
    5860         & nsidx,&        !: Surface observation number 
    5961         & nsfil,&        !: Surface observation number in file 
    … …  
    6769         & ntyp           !: Type of surface observation product 
    6870 
     71      CHARACTER(len=8), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     72         & cvars          !: Variable names 
     73 
    6974      CHARACTER(LEN=8), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
    7075         & cwmo           !: WMO indentifier 
    … …  
    9095         & nsstpmpp       !: Global number of surface observations per time step 
    9196 
     97      ! Arrays with size equal to the number of observation records in the window 
     98      INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     99         & mrecstp   ! Time step of the records 
     100 
    92101      ! Arrays used to store source indices when  
    93102      ! compressing obs_surf derived types 
    … …  
    97106      INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
    98107         & nsind          !: Source indices of surface data in compressed data 
     108 
     109      ! Is this a gridded product? 
     110      
     111      LOGICAL :: lgrid 
    99112 
    100113   END TYPE obs_surf 
    … …  
    130143      !!* Local variables 
    131144      INTEGER :: ji 
     145      INTEGER :: jvar 
    132146 
    133147      ! Set bookkeeping variables 
    … …  
    140154      surf%npi      = kpi 
    141155      surf%npj      = kpj 
     156 
     157      ! Allocate arrays of size number of variables 
     158 
     159      ALLOCATE( & 
     160         & surf%cvars(kvar)    & 
     161         & ) 
     162 
     163      DO jvar = 1, kvar 
     164         surf%cvars(jvar) = "NotSet" 
     165      END DO 
    142166       
    143167      ! Allocate arrays of number of surface data size 
    … …  
    146170         & surf%mi(ksurf),      & 
    147171         & surf%mj(ksurf),      & 
     172         & surf%mt(ksurf),      & 
    148173         & surf%nsidx(ksurf),   & 
    149174         & surf%nsfil(ksurf),   & 
    … …  
    162187         & ) 
    163188 
     189      surf%mt(:) = -1 
     190 
    164191 
    165192      ! Allocate arrays of number of surface data size * number of variables 
    … …  
    176203         & ) 
    177204 
     205      surf%rext(:,:) = 0.0_wp  
     206 
    178207      ! Allocate arrays of number of time step size 
    179208 
    … …  
    203232 
    204233      surf%nsurfup     = 0 
     234       
     235      ! Not gridded by default 
     236           
     237      surf%lgrid       = .FALSE. 
    205238               
    206239   END SUBROUTINE obs_surf_alloc 
    … …  
    228261         & surf%mi,      & 
    229262         & surf%mj,      & 
     263         & surf%mt,      & 
    230264         & surf%nsidx,   & 
    231265         & surf%nsfil,   & 
    … …  
    269303         & surf%nsstp,     & 
    270304         & surf%nsstpmpp   & 
     305         & ) 
     306 
     307      ! Dellocate arrays of size number of variables 
     308 
     309      DEALLOCATE( & 
     310         & surf%cvars     & 
    271311         & ) 
    272312 
    … …  
    350390            newsurf%mi(insurf)    = surf%mi(ji) 
    351391            newsurf%mj(insurf)    = surf%mj(ji) 
     392            newsurf%mt(insurf)    = surf%mt(ji) 
    352393            newsurf%nsidx(insurf) = surf%nsidx(ji) 
    353394            newsurf%nsfil(insurf) = surf%nsfil(ji) 
    … …  
    392433      ! Set book keeping variables which do not depend on number of obs. 
    393434 
    394       newsurf%nstp  = surf%nstp 
     435      newsurf%nstp     = surf%nstp 
     436      newsurf%cvars(:) = surf%cvars(:) 
     437       
     438      ! Set gridded stuff 
     439       
     440      newsurf%mt(insurf)    = surf%mt(ji) 
    395441  
    396442      ! Deallocate temporary data 
    … …  
    433479         oldsurf%mi(jj)    = surf%mi(ji) 
    434480         oldsurf%mj(jj)    = surf%mj(ji) 
     481         oldsurf%mt(jj)    = surf%mt(ji) 
    435482         oldsurf%nsidx(jj) = surf%nsidx(ji) 
    436483         oldsurf%nsfil(jj) = surf%nsfil(ji) 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_types.F90

    r7960 r7992  
    117117 
    118118         cwmonam1770(ji) = 'Not defined' 
    119          ctypshort(ji) = 'XBT' 
     119         ctypshort(ji) = '---' 
    120120 
    121121!         IF ( ji < 1000 ) THEN 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_write.F90

    r7960 r7992  
    66 
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8    !!   obs_wri_p3d   : Write profile observation diagnostics in NetCDF format 
    9    !!   obs_wri_sla   : Write SLA observation related diagnostics 
    10    !!   obs_wri_sst   : Write SST observation related diagnostics 
    11    !!   obs_wri_seaice: Write seaice observation related diagnostics 
    12    !!   obs_wri_vel   : Write velocity observation diagnostics in NetCDF format 
    13    !!   obs_wri_stats : Print basic statistics on the data being written out 
     8   !!   obs_wri_prof   : Write profile observations in feedback format 
     9   !!   obs_wri_surf   : Write surface observations in feedback format 
     10   !!   obs_wri_stats  : Print basic statistics on the data being written out 
    1411   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1512 
    … …  
    3027   USE obs_conv             ! Conversion between units 
    3128   USE obs_const 
    32    USE obs_sla_types 
    33    USE obs_rot_vel          ! Rotation of velocities 
    3429   USE obs_mpp              ! MPP support routines for observation diagnostics 
    3530   USE lib_mpp        ! MPP routines 
    … …  
    3934   !! * Routine accessibility 
    4035   PRIVATE 
    41    PUBLIC obs_wri_p3d, &    ! Write profile observation related diagnostics 
    42       &   obs_wri_sla, &    ! Write SLA observation related diagnostics 
    43       &   obs_wri_sst, &    ! Write SST observation related diagnostics 
    44       &   obs_wri_sss, &    ! Write SSS observation related diagnostics 
    45       &   obs_wri_seaice, & ! Write seaice observation related diagnostics 
    46       &   obs_wri_vel, &    ! Write velocity observation related diagnostics 
     36   PUBLIC obs_wri_prof, &    ! Write profile observation files 
     37      &   obs_wri_surf, &    ! Write surface observation files 
    4738      &   obswriinfo 
    4839    
    … …  
    6354CONTAINS 
    6455 
    65    SUBROUTINE obs_wri_p3d( cprefix, profdata, padd, pext ) 
     56   SUBROUTINE obs_wri_prof( profdata, padd, pext ) 
    6657      !!----------------------------------------------------------------------- 
    6758      !! 
    68       !!                     *** ROUTINE obs_wri_p3d  *** 
    69       !! 
    70       !! ** Purpose : Write temperature and salinity (profile) observation  
    71       !!              related diagnostics 
     59      !!                     *** ROUTINE obs_wri_prof  *** 
     60      !! 
     61      !! ** Purpose : Write profile feedback files 
    7262      !! 
    7363      !! ** Method  : NetCDF 
    … …  
    8272      !!      ! 07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
    8373      !!      ! 09-01  (K. Mogensen) New feedback format 
     74      !!      ! 15-02  (M. Martin) Combined routine for writing profiles 
    8475      !!----------------------------------------------------------------------- 
    8576 
    86       !! * Modules used 
    87  
    8877      !! * Arguments 
    89       CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: cprefix        ! Prefix for output files 
    9078      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: profdata      ! Full set of profile data 
    9179      TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: padd             ! Additional info for each variable 
    9280      TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: pext             ! Extra info 
    93        
     81 
    9482      !! * Local declarations 
    9583      TYPE(obfbdata) :: fbdata 
    96       CHARACTER(LEN=40) :: cfname 
     84      CHARACTER(LEN=40) :: clfname 
     85      CHARACTER(LEN=6) :: clfiletype 
    9786      INTEGER :: ilevel 
    9887      INTEGER :: jvar 
    … …  
    10291      INTEGER :: ja 
    10392      INTEGER :: je 
     93      INTEGER :: iadd 
     94      INTEGER :: iext 
    10495      REAL(wp) :: zpres 
    105       INTEGER :: nadd 
    106       INTEGER :: next 
    10796 
    10897      IF ( PRESENT( padd ) ) THEN 
    109          nadd = padd%inum 
     98         iadd = padd%inum 
    11099      ELSE 
    111          nadd = 0 
     100         iadd = 0 
    112101      ENDIF 
    113102 
    114103      IF ( PRESENT( pext ) ) THEN 
    115          next = pext%inum 
     104         iext = pext%inum 
    116105      ELSE 
    117          next = 0 
    118       ENDIF 
    119        
     106         iext = 0 
     107      ENDIF 
     108 
    120109      CALL init_obfbdata( fbdata ) 
    121110 
    … …  
    125114         ilevel = MAX( ilevel, MAXVAL( profdata%var(jvar)%nvlidx(:) ) ) 
    126115      END DO 
    127       CALL alloc_obfbdata( fbdata, 2, profdata%nprof, ilevel, & 
    128          &                 1 + nadd, 1 + next, .TRUE. ) 
    129  
    130       fbdata%cname(1)      = 'POTM' 
    131       fbdata%cname(2)      = 'PSAL' 
    132       fbdata%coblong(1)    = 'Potential temperature' 
    133       fbdata%coblong(2)    = 'Practical salinity' 
    134       fbdata%cobunit(1)    = 'Degrees centigrade' 
    135       fbdata%cobunit(2)    = 'PSU' 
    136       fbdata%cextname(1)   = 'TEMP' 
    137       fbdata%cextlong(1)   = 'Insitu temperature' 
    138       fbdata%cextunit(1)   = 'Degrees centigrade' 
    139       DO je = 1, next 
    140          fbdata%cextname(1+je) = pext%cdname(je) 
    141          fbdata%cextlong(1+je) = pext%cdlong(je,1) 
    142          fbdata%cextunit(1+je) = pext%cdunit(je,1) 
    143       END DO 
     116 
     117      SELECT CASE ( TRIM(profdata%cvars(1)) ) 
     118      CASE('POTM') 
     119 
     120         clfiletype='profb' 
     121         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 2, profdata%nprof, ilevel, & 
     122            &                 1 + iadd, 1 + iext, .TRUE. ) 
     123         fbdata%cname(1)      = profdata%cvars(1) 
     124         fbdata%cname(2)      = profdata%cvars(2) 
     125         fbdata%coblong(1)    = 'Potential temperature' 
     126         fbdata%coblong(2)    = 'Practical salinity' 
     127         fbdata%cobunit(1)    = 'Degrees centigrade' 
     128         fbdata%cobunit(2)    = 'PSU' 
     129         fbdata%cextname(1)   = 'TEMP' 
     130         fbdata%cextlong(1)   = 'Insitu temperature' 
     131         fbdata%cextunit(1)   = 'Degrees centigrade' 
     132         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated potential temperature' 
     133         fbdata%caddlong(1,2) = 'Model interpolated practical salinity' 
     134         fbdata%caddunit(1,1) = 'Degrees centigrade' 
     135         fbdata%caddunit(1,2) = 'PSU' 
     136         fbdata%cgrid(:)      = 'T' 
     137         DO je = 1, iext 
     138            fbdata%cextname(1+je) = pext%cdname(je) 
     139            fbdata%cextlong(1+je) = pext%cdlong(je,1) 
     140            fbdata%cextunit(1+je) = pext%cdunit(je,1) 
     141         END DO 
     142         DO ja = 1, iadd 
     143            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     144            DO jvar = 1, 2 
     145               fbdata%caddlong(1+ja,jvar) = padd%cdlong(ja,jvar) 
     146               fbdata%caddunit(1+ja,jvar) = padd%cdunit(ja,jvar) 
     147            END DO 
     148         END DO 
     149 
     150      CASE('UVEL') 
     151 
     152         clfiletype='velfb' 
     153         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 2, profdata%nprof, ilevel, 1, 0, .TRUE. ) 
     154         fbdata%cname(1)      = profdata%cvars(1) 
     155         fbdata%cname(2)      = profdata%cvars(2) 
     156         fbdata%coblong(1)    = 'Zonal velocity' 
     157         fbdata%coblong(2)    = 'Meridional velocity' 
     158         fbdata%cobunit(1)    = 'm/s' 
     159         fbdata%cobunit(2)    = 'm/s' 
     160         DO je = 1, iext 
     161            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     162            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     163            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     164         END DO 
     165         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated zonal velocity' 
     166         fbdata%caddlong(1,2) = 'Model interpolated meridional velocity' 
     167         fbdata%caddunit(1,1) = 'm/s' 
     168         fbdata%caddunit(1,2) = 'm/s' 
     169         fbdata%cgrid(1)      = 'U'  
     170         fbdata%cgrid(2)      = 'V' 
     171         DO ja = 1, iadd 
     172            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     173            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     174            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     175         END DO 
     176 
     177      END SELECT 
     178 
    144179      fbdata%caddname(1)   = 'Hx' 
    145       fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated potential temperature' 
    146       fbdata%caddlong(1,2) = 'Model interpolated practical salinity' 
    147       fbdata%caddunit(1,1) = 'Degrees centigrade' 
    148       fbdata%caddunit(1,2) = 'PSU' 
    149       fbdata%cgrid(:)      = 'T' 
    150       DO ja = 1, nadd 
    151          fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    152          DO jvar = 1, 2 
    153             fbdata%caddlong(1+ja,jvar) = padd%cdlong(ja,jvar) 
    154             fbdata%caddunit(1+ja,jvar) = padd%cdunit(ja,jvar) 
    155          END DO 
    156       END DO 
    157           
    158       WRITE(cfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(cprefix), nproc 
     180 
     181      WRITE(clfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(clfiletype), nproc 
    159182 
    160183      IF(lwp) THEN 
    161184         WRITE(numout,*) 
    162          WRITE(numout,*)'obs_wri_p3d :' 
     185         WRITE(numout,*)'obs_wri_prof :' 
    163186         WRITE(numout,*)'~~~~~~~~~~~~~' 
    164          WRITE(numout,*)'Writing profile feedback file : ',TRIM(cfname) 
    165       ENDIF 
    166  
    167       ! Transform obs_prof data structure into obfbdata structure 
     187         WRITE(numout,*)'Writing '//TRIM(clfiletype)//' feedback file : ',TRIM(clfname) 
     188      ENDIF 
     189 
     190      ! Transform obs_prof data structure into obfb data structure 
    168191      fbdata%cdjuldref = '19500101000000' 
    169192      DO jo = 1, profdata%nprof 
    … …  
    173196         fbdata%ivqc(jo,:)    = profdata%ivqc(jo,:) 
    174197         fbdata%ivqcf(:,jo,:) = profdata%ivqcf(:,jo,:) 
    175          IF ( profdata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
    176             fbdata%ioqc(jo)    = 4 
     198         IF ( profdata%nqc(jo) > 255 ) THEN 
     199            fbdata%ioqc(jo)    = IBSET(profdata%nqc(jo),2) 
    177200            fbdata%ioqcf(1,jo) = profdata%nqcf(1,jo) 
    178             fbdata%ioqcf(2,jo) = profdata%nqc(jo) - 10 
     201            fbdata%ioqcf(2,jo) = profdata%nqc(jo) 
    179202         ELSE 
    180203            fbdata%ioqc(jo)    = profdata%nqc(jo) 
    … …  
    213236               fbdata%idqc(ik,jo)        = profdata%var(jvar)%idqc(jk) 
    214237               fbdata%idqcf(:,ik,jo)     = profdata%var(jvar)%idqcf(:,jk) 
    215                IF ( profdata%var(jvar)%nvqc(jk) > 10 ) THEN 
    216                   fbdata%ivlqc(ik,jo,jvar) = 4 
     238               IF ( profdata%var(jvar)%nvqc(jk) > 255 ) THEN 
     239                  fbdata%ivlqc(ik,jo,jvar) = IBSET(profdata%var(jvar)%nvqc(jk),2) 
    217240                  fbdata%ivlqcf(1,ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqcf(1,jk) 
    218                   fbdata%ivlqcf(2,ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqc(jk) - 10 
     241                  fbdata%ivlqcf(2,ik,jo,jvar) = IAND(profdata%var(jvar)%nvqc(jk),b'0000 0000 1111 1111') 
    219242               ELSE 
    220243                  fbdata%ivlqc(ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqc(jk) 
    … …  
    222245               ENDIF 
    223246               fbdata%iobsk(ik,jo,jvar)  = profdata%var(jvar)%mvk(jk) 
    224                DO ja = 1, nadd 
     247               DO ja = 1, iadd 
    225248                  fbdata%padd(ik,jo,1+ja,jvar) = & 
    226249                     & profdata%var(jvar)%vext(jk,padd%ipoint(ja)) 
    227250               END DO 
    228                DO je = 1, next 
     251               DO je = 1, iext 
    229252                  fbdata%pext(ik,jo,1+je) = & 
    230253                     & profdata%var(jvar)%vext(jk,pext%ipoint(je)) 
    231254               END DO 
    232                IF ( jvar == 1 ) THEN 
     255               IF ( ( jvar == 1 ) .AND. & 
     256                  & ( TRIM(profdata%cvars(1)) == 'POTM' ) ) THEN 
    233257                  fbdata%pext(ik,jo,1) = profdata%var(jvar)%vext(jk,1) 
    234258               ENDIF  
    … …  
    237261      END DO 
    238262 
    239       ! Convert insitu temperature to potential temperature using the model 
    240       ! salinity if no potential temperature 
    241       DO jo = 1, fbdata%nobs 
    242          IF ( fbdata%pphi(jo) < 9999.0 ) THEN 
    243             DO jk = 1, fbdata%nlev 
    244                IF ( ( fbdata%pob(jk,jo,1) >= 9999.0 ) .AND. & 
    245                   & ( fbdata%pdep(jk,jo) < 9999.0 ) .AND. & 
    246                   & ( fbdata%padd(jk,jo,1,2) < 9999.0 ) .AND. & 
    247                   & ( fbdata%pext(jk,jo,1) < 9999.0 ) ) THEN 
    248                   zpres = dep_to_p( REAL(fbdata%pdep(jk,jo),wp), & 
    249                      &              REAL(fbdata%pphi(jo),wp) ) 
    250                   fbdata%pob(jk,jo,1) = potemp( & 
    251                      &                     REAL(fbdata%padd(jk,jo,1,2), wp),  & 
    252                      &                     REAL(fbdata%pext(jk,jo,1), wp), & 
    253                      &                     zpres, 0.0_wp ) 
    254                ENDIF 
    255             END DO 
    256          ENDIF 
    257       END DO 
    258        
     263      IF ( TRIM(profdata%cvars(1)) == 'POTM' ) THEN 
     264         ! Convert insitu temperature to potential temperature using the model 
     265         ! salinity if no potential temperature 
     266         DO jo = 1, fbdata%nobs 
     267            IF ( fbdata%pphi(jo) < 9999.0 ) THEN 
     268               DO jk = 1, fbdata%nlev 
     269                  IF ( ( fbdata%pob(jk,jo,1) >= 9999.0 ) .AND. & 
     270                     & ( fbdata%pdep(jk,jo) < 9999.0 ) .AND. & 
     271                     & ( fbdata%padd(jk,jo,1,2) < 9999.0 ) .AND. & 
     272                     & ( fbdata%pext(jk,jo,1) < 9999.0 ) ) THEN 
     273                     zpres = dep_to_p( REAL(fbdata%pdep(jk,jo),wp), & 
     274                        &              REAL(fbdata%pphi(jo),wp) ) 
     275                     fbdata%pob(jk,jo,1) = potemp( & 
     276                        &                     REAL(fbdata%padd(jk,jo,1,2), wp),  & 
     277                        &                     REAL(fbdata%pext(jk,jo,1), wp), & 
     278                        &                     zpres, 0.0_wp ) 
     279                  ENDIF 
     280               END DO 
     281            ENDIF 
     282         END DO 
     283      ENDIF 
     284 
    259285      ! Write the obfbdata structure 
    260       CALL write_obfbdata( cfname, fbdata ) 
     286      CALL write_obfbdata( clfname, fbdata ) 
    261287 
    262288      ! Output some basic statistics 
    … …  
    264290 
    265291      CALL dealloc_obfbdata( fbdata ) 
    266       
    267    END SUBROUTINE obs_wri_p3d 
    268  
    269    SUBROUTINE obs_wri_sla( cprefix, sladata, padd, pext ) 
     292 
     293   END SUBROUTINE obs_wri_prof 
     294 
     295   SUBROUTINE obs_wri_surf( surfdata, padd, pext ) 
    270296      !!----------------------------------------------------------------------- 
    271297      !! 
    272       !!                     *** ROUTINE obs_wri_sla  *** 
    273       !! 
    274       !! ** Purpose : Write SLA observation diagnostics 
    275       !!              related  
     298      !!                     *** ROUTINE obs_wri_surf  *** 
     299      !! 
     300      !! ** Purpose : Write surface observation files 
    276301      !! 
    277302      !! ** Method  : NetCDF 
    … …  
    281306      !!      ! 07-03  (K. Mogensen) Original 
    282307      !!      ! 09-01  (K. Mogensen) New feedback format. 
     308      !!      ! 15-02  (M. Martin) Combined surface writing routine. 
    283309      !!----------------------------------------------------------------------- 
    284310 
    … …  
    287313 
    288314      !! * Arguments 
    289       CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: cprefix          ! Prefix for output files 
    290       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sladata         ! Full set of SLAa 
     315      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: surfdata         ! Full set of surface data 
    291316      TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: padd               ! Additional info for each variable 
    292317      TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: pext               ! Extra info 
    … …  
    294319      !! * Local declarations 
    295320      TYPE(obfbdata) :: fbdata 
    296       CHARACTER(LEN=40) :: cfname         ! netCDF filename 
    297       CHARACTER(LEN=12), PARAMETER :: cpname = 'obs_wri_sla' 
     321      CHARACTER(LEN=40) :: clfname         ! netCDF filename 
     322      CHARACTER(LEN=6)  :: clfiletype 
     323      CHARACTER(LEN=12), PARAMETER :: cpname = 'obs_wri_surf' 
    298324      INTEGER :: jo 
    299325      INTEGER :: ja 
    300326      INTEGER :: je 
    301       INTEGER :: nadd 
    302       INTEGER :: next 
     327      INTEGER :: iadd 
     328      INTEGER :: iext 
    303329 
    304330      IF ( PRESENT( padd ) ) THEN 
    305          nadd = padd%inum 
     331         iadd = padd%inum 
    306332      ELSE 
    307          nadd = 0 
     333         iadd = 0 
    308334      ENDIF 
    309335 
    310336      IF ( PRESENT( pext ) ) THEN 
    311          next = pext%inum 
     337         iext = pext%inum 
    312338      ELSE 
    313          next = 0 
     339         iext = 0 
    314340      ENDIF 
    315341 
    316342      CALL init_obfbdata( fbdata ) 
    317343 
    318       CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, sladata%nsurf, 1, & 
    319          &                 2 + nadd, 1 + next, .TRUE. ) 
    320  
    321       fbdata%cname(1)      = 'SLA' 
    322       fbdata%coblong(1)    = 'Sea level anomaly' 
    323       fbdata%cobunit(1)    = 'Metres' 
    324       fbdata%cextname(1)   = 'MDT' 
    325       fbdata%cextlong(1)   = 'Mean dynamic topography' 
    326       fbdata%cextunit(1)   = 'Metres' 
    327       DO je = 1, next 
    328          fbdata%cextname(1+je) = pext%cdname(je) 
    329          fbdata%cextlong(1+je) = pext%cdlong(je,1) 
    330          fbdata%cextunit(1+je) = pext%cdunit(je,1) 
    331       END DO 
     344      SELECT CASE ( TRIM(surfdata%cvars(1)) ) 
     345      CASE('SLA') 
     346 
     347         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     348            &                 2 + iadd, 1 + iext, .TRUE. ) 
     349 
     350         clfiletype = 'slafb' 
     351         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     352         fbdata%coblong(1)    = 'Sea level anomaly' 
     353         fbdata%cobunit(1)    = 'Metres' 
     354         fbdata%cextname(1)   = 'MDT' 
     355         fbdata%cextlong(1)   = 'Mean dynamic topography' 
     356         fbdata%cextunit(1)   = 'Metres' 
     357         DO je = 1, iext 
     358            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     359            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     360            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     361         END DO 
     362         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated SSH - MDT' 
     363         fbdata%caddunit(1,1) = 'Metres'  
     364         fbdata%caddname(2)   = 'SSH' 
     365         fbdata%caddlong(2,1) = 'Model Sea surface height' 
     366         fbdata%caddunit(2,1) = 'Metres' 
     367         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     368         DO ja = 1, iadd 
     369            fbdata%caddname(2+ja) = padd%cdname(ja) 
     370            fbdata%caddlong(2+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     371            fbdata%caddunit(2+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     372         END DO 
     373 
     374      CASE('SST') 
     375 
     376         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     377            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     378 
     379         clfiletype = 'sstfb' 
     380         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     381         fbdata%coblong(1)    = 'Sea surface temperature' 
     382         fbdata%cobunit(1)    = 'Degree centigrade' 
     383         DO je = 1, iext 
     384            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     385            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     386            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     387         END DO 
     388         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated SST' 
     389         fbdata%caddunit(1,1) = 'Degree centigrade' 
     390         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     391         DO ja = 1, iadd 
     392            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     393            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     394            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     395         END DO 
     396 
     397      CASE('ICECONC') 
     398 
     399         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     400            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     401 
     402         clfiletype = 'sicfb' 
     403         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     404         fbdata%coblong(1)    = 'Sea ice' 
     405         fbdata%cobunit(1)    = 'Fraction' 
     406         DO je = 1, iext 
     407            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     408            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     409            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     410         END DO 
     411         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated ICE' 
     412         fbdata%caddunit(1,1) = 'Fraction' 
     413         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     414         DO ja = 1, iadd 
     415            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     416            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     417            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     418         END DO 
     419 
     420      CASE('SSS') 
     421 
     422         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     423            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     424 
     425         clfiletype = 'sssfb' 
     426         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     427         fbdata%coblong(1)    = 'Sea surface salinity' 
     428         fbdata%cobunit(1)    = 'psu' 
     429         DO je = 1, iext 
     430            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     431            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     432            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     433         END DO 
     434         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated SSS' 
     435         fbdata%caddunit(1,1) = 'psu' 
     436         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     437         DO ja = 1, iadd 
     438            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     439            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     440            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     441         END DO 
     442 
     443      CASE('LOGCHL') 
     444 
     445         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     446            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     447 
     448         clfiletype = 'logchlfb' 
     449         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     450         fbdata%coblong(1)    = 'logchl concentration' 
     451         fbdata%cobunit(1)    = 'mg/m3' 
     452         DO je = 1, iext 
     453            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     454            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     455            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     456         END DO 
     457         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated LOGCHL' 
     458         fbdata%caddunit(1,1) = 'mg/m3' 
     459         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     460         DO ja = 1, iadd 
     461            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     462            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     463            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     464         END DO 
     465 
     466      CASE('SPM') 
     467 
     468         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     469            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     470 
     471         clfiletype = 'spmfb' 
     472         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     473         fbdata%coblong(1)    = 'spm' 
     474         fbdata%cobunit(1)    = 'g/m3' 
     475         DO je = 1, iext 
     476            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     477            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     478            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     479         END DO 
     480         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated spm' 
     481         fbdata%caddunit(1,1) = 'g/m3' 
     482         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     483         DO ja = 1, iadd 
     484            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     485            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     486            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     487         END DO 
     488 
     489      CASE('FCO2') 
     490 
     491         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     492            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     493 
     494         clfiletype = 'fco2fb' 
     495         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     496         fbdata%coblong(1)    = 'fco2' 
     497         fbdata%cobunit(1)    = 'uatm' 
     498         DO je = 1, iext 
     499            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     500            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     501            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     502         END DO 
     503         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated fco2' 
     504         fbdata%caddunit(1,1) = 'uatm' 
     505         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     506         DO ja = 1, iadd 
     507            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     508            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     509            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     510         END DO 
     511 
     512      CASE('PCO2') 
     513 
     514         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
     515            &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     516 
     517         clfiletype = 'pco2fb' 
     518         fbdata%cname(1)      = surfdata%cvars(1) 
     519         fbdata%coblong(1)    = 'pco2' 
     520         fbdata%cobunit(1)    = 'uatm' 
     521         DO je = 1, iext 
     522            fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
     523            fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
     524            fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
     525         END DO 
     526         fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated pco2' 
     527         fbdata%caddunit(1,1) = 'uatm' 
     528         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
     529         DO ja = 1, iadd 
     530            fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
     531            fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     532            fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     533         END DO 
     534 
     535      CASE DEFAULT 
     536 
     537         CALL ctl_stop( 'Unknown observation type '//TRIM(surfdata%cvars(1))//' in obs_wri_surf' ) 
     538 
     539      END SELECT 
     540 
    332541      fbdata%caddname(1)   = 'Hx' 
    333       fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated SSH - MDT' 
    334       fbdata%caddunit(1,1) = 'Metres'  
    335       fbdata%caddname(2)   = 'SSH' 
    336       fbdata%caddlong(2,1) = 'Model Sea surface height' 
    337       fbdata%caddunit(2,1) = 'Metres' 
    338       fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    339       DO ja = 1, nadd 
    340          fbdata%caddname(2+ja) = padd%cdname(ja) 
    341          fbdata%caddlong(2+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    342          fbdata%caddunit(2+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    343       END DO 
    344  
    345       WRITE(cfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(cprefix), nproc 
     542 
     543      WRITE(clfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(clfiletype), nproc 
    346544 
    347545      IF(lwp) THEN 
    348546         WRITE(numout,*) 
    349          WRITE(numout,*)'obs_wri_sla :' 
     547         WRITE(numout,*)'obs_wri_surf :' 
    350548         WRITE(numout,*)'~~~~~~~~~~~~~' 
    351          WRITE(numout,*)'Writing SLA feedback file : ',TRIM(cfname) 
    352       ENDIF 
    353  
    354       ! Transform obs_prof data structure into obfbdata structure 
     549         WRITE(numout,*)'Writing '//TRIM(surfdata%cvars(1))//' feedback file : ',TRIM(clfname) 
     550      ENDIF 
     551 
     552      ! Transform surf data structure into obfbdata structure 
    355553      fbdata%cdjuldref = '19500101000000' 
    356       DO jo = 1, sladata%nsurf 
    357          fbdata%plam(jo)      = sladata%rlam(jo) 
    358          fbdata%pphi(jo)      = sladata%rphi(jo) 
    359          WRITE(fbdata%cdtyp(jo),'(I4)') sladata%ntyp(jo) 
     554      DO jo = 1, surfdata%nsurf 
     555         fbdata%plam(jo)      = surfdata%rlam(jo) 
     556         fbdata%pphi(jo)      = surfdata%rphi(jo) 
     557         WRITE(fbdata%cdtyp(jo),'(I4)') surfdata%ntyp(jo) 
    360558         fbdata%ivqc(jo,:)    = 0 
    361559         fbdata%ivqcf(:,jo,:) = 0 
    362          IF ( sladata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
     560         IF ( surfdata%nqc(jo) > 255 ) THEN 
    363561            fbdata%ioqc(jo)    = 4 
    364562            fbdata%ioqcf(1,jo) = 0 
    365             fbdata%ioqcf(2,jo) = sladata%nqc(jo) - 10 
     563            fbdata%ioqcf(2,jo) = IAND(surfdata%nqc(jo),b'0000 0000 1111 1111') 
    366564         ELSE 
    367             fbdata%ioqc(jo)    = sladata%nqc(jo) 
     565            fbdata%ioqc(jo)    = surfdata%nqc(jo) 
    368566            fbdata%ioqcf(:,jo) = 0 
    369567         ENDIF 
    … …  
    372570         fbdata%itqc(jo)      = 0 
    373571         fbdata%itqcf(:,jo)   = 0 
    374          fbdata%cdwmo(jo)     = sladata%cwmo(jo) 
    375          fbdata%kindex(jo)    = sladata%nsfil(jo) 
     572         fbdata%cdwmo(jo)     = surfdata%cwmo(jo) 
     573         fbdata%kindex(jo)    = surfdata%nsfil(jo) 
    376574         IF (ln_grid_global) THEN 
    377             fbdata%iobsi(jo,1) = sladata%mi(jo) 
    378             fbdata%iobsj(jo,1) = sladata%mj(jo) 
     575            fbdata%iobsi(jo,1) = surfdata%mi(jo) 
     576            fbdata%iobsj(jo,1) = surfdata%mj(jo) 
    379577         ELSE 
    380             fbdata%iobsi(jo,1) = mig(sladata%mi(jo)) 
    381             fbdata%iobsj(jo,1) = mjg(sladata%mj(jo)) 
     578            fbdata%iobsi(jo,1) = mig(surfdata%mi(jo)) 
     579            fbdata%iobsj(jo,1) = mjg(surfdata%mj(jo)) 
    382580         ENDIF 
    383581         CALL greg2jul( 0, & 
    384             &           sladata%nmin(jo), & 
    385             &           sladata%nhou(jo), & 
    386             &           sladata%nday(jo), & 
    387             &           sladata%nmon(jo), & 
    388             &           sladata%nyea(jo), & 
     582            &           surfdata%nmin(jo), & 
     583            &           surfdata%nhou(jo), & 
     584            &           surfdata%nday(jo), & 
     585            &           surfdata%nmon(jo), & 
     586            &           surfdata%nyea(jo), & 
    389587            &           fbdata%ptim(jo),   & 
    390588            &           krefdate = 19500101 ) 
    391          fbdata%padd(1,jo,1,1) = sladata%rmod(jo,1) 
    392          fbdata%padd(1,jo,2,1) = sladata%rext(jo,1) 
    393          fbdata%pob(1,jo,1)    = sladata%robs(jo,1)  
     589         fbdata%padd(1,jo,1,1) = surfdata%rmod(jo,1) 
     590         IF ( TRIM(surfdata%cvars(1)) == 'SLA' ) fbdata%padd(1,jo,2,1) = surfdata%rext(jo,1) 
     591         fbdata%pob(1,jo,1)    = surfdata%robs(jo,1)  
    394592         fbdata%pdep(1,jo)     = 0.0 
    395593         fbdata%idqc(1,jo)     = 0 
    396594         fbdata%idqcf(:,1,jo)  = 0 
    397          IF ( sladata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
     595         IF ( surfdata%nqc(jo) > 255 ) THEN 
    398596            fbdata%ivqc(jo,1)       = 4 
    399597            fbdata%ivlqc(1,jo,1)    = 4 
    400598            fbdata%ivlqcf(1,1,jo,1) = 0 
    401             fbdata%ivlqcf(2,1,jo,1) = sladata%nqc(jo) - 10 
     599            fbdata%ivlqcf(2,1,jo,1) = IAND(surfdata%nqc(jo),b'0000 0000 1111 1111') 
    402600         ELSE 
    403             fbdata%ivqc(jo,1)       = sladata%nqc(jo) 
    404             fbdata%ivlqc(1,jo,1)    = sladata%nqc(jo) 
     601            fbdata%ivqc(jo,1)       = surfdata%nqc(jo) 
     602            fbdata%ivlqc(1,jo,1)    = surfdata%nqc(jo) 
    405603            fbdata%ivlqcf(:,1,jo,1) = 0 
    406604         ENDIF 
    407605         fbdata%iobsk(1,jo,1)  = 0 
    408          fbdata%pext(1,jo,1) = sladata%rext(jo,2) 
    409          DO ja = 1, nadd 
     606         IF ( TRIM(surfdata%cvars(1)) == 'SLA' ) fbdata%pext(1,jo,1) = surfdata%rext(jo,2) 
     607         DO ja = 1, iadd 
    410608            fbdata%padd(1,jo,2+ja,1) = & 
    411                & sladata%rext(jo,padd%ipoint(ja)) 
    412          END DO 
    413          DO je = 1, next 
     609               & surfdata%rext(jo,padd%ipoint(ja)) 
     610         END DO 
     611         DO je = 1, iext 
    414612            fbdata%pext(1,jo,1+je) = & 
    415                & sladata%rext(jo,pext%ipoint(je)) 
     613               & surfdata%rext(jo,pext%ipoint(je)) 
    416614         END DO 
    417615      END DO 
    418616 
    419617      ! Write the obfbdata structure 
    420       CALL write_obfbdata( cfname, fbdata ) 
     618      CALL write_obfbdata( clfname, fbdata ) 
    421619 
    422620      ! Output some basic statistics 
    … …  
    425623      CALL dealloc_obfbdata( fbdata ) 
    426624 
    427    END SUBROUTINE obs_wri_sla 
    428  
    429    SUBROUTINE obs_wri_sst( cprefix, sstdata, padd, pext ) 
    430       !!----------------------------------------------------------------------- 
    431       !! 
    432       !!                     *** ROUTINE obs_wri_sst  *** 
    433       !! 
    434       !! ** Purpose : Write SST observation diagnostics 
    435       !!              related  
    436       !! 
    437       !! ** Method  : NetCDF 
    438       !!  
    439       !! ** Action  : 
    440       !! 
    441       !!      ! 07-07  (S. Ricci) Original 
    442       !!      ! 09-01  (K. Mogensen) New feedback format. 
    443       !!----------------------------------------------------------------------- 
    444  
    445       !! * Modules used 
    446       IMPLICIT NONE 
    447  
    448       !! * Arguments 
    449       CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: cprefix       ! Prefix for output files 
    450       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sstdata      ! Full set of SST 
    451       TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: padd            ! Additional info for each variable 
    452       TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: pext            ! Extra info 
    453  
    454       !! * Local declarations  
    455       TYPE(obfbdata) :: fbdata 
    456       CHARACTER(LEN=40) ::  cfname             ! netCDF filename 
    457       CHARACTER(LEN=12), PARAMETER :: cpname = 'obs_wri_sst' 
    458       INTEGER :: jo 
    459       INTEGER :: ja 
    460       INTEGER :: je 
    461       INTEGER :: nadd 
    462       INTEGER :: next 
    463  
    464       IF ( PRESENT( padd ) ) THEN 
    465          nadd = padd%inum 
    466       ELSE 
    467          nadd = 0 
    468       ENDIF 
    469  
    470       IF ( PRESENT( pext ) ) THEN 
    471          next = pext%inum 
    472       ELSE 
    473          next = 0 
    474       ENDIF 
    475  
    476       CALL init_obfbdata( fbdata ) 
    477  
    478       CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, sstdata%nsurf, 1, & 
    479          &                 1 + nadd, next, .TRUE. ) 
    480  
    481       fbdata%cname(1)      = 'SST' 
    482       fbdata%coblong(1)    = 'Sea surface temperature' 
    483       fbdata%cobunit(1)    = 'Degree centigrade' 
    484       DO je = 1, next 
    485          fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
    486          fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
    487          fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
    488       END DO 
    489       fbdata%caddname(1)   = 'Hx' 
    490       fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated SST' 
    491       fbdata%caddunit(1,1) = 'Degree centigrade' 
    492       fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    493       DO ja = 1, nadd 
    494          fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    495          fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    496          fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    497       END DO 
    498  
    499       WRITE(cfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(cprefix), nproc 
    500  
    501       IF(lwp) THEN 
    502          WRITE(numout,*) 
    503          WRITE(numout,*)'obs_wri_sst :' 
    504          WRITE(numout,*)'~~~~~~~~~~~~~' 
    505          WRITE(numout,*)'Writing SST feedback file : ',TRIM(cfname) 
    506       ENDIF 
    507  
    508       ! Transform obs_prof data structure into obfbdata structure 
    509       fbdata%cdjuldref = '19500101000000' 
    510       DO jo = 1, sstdata%nsurf 
    511          fbdata%plam(jo)      = sstdata%rlam(jo) 
    512          fbdata%pphi(jo)      = sstdata%rphi(jo) 
    513          WRITE(fbdata%cdtyp(jo),'(I4)') sstdata%ntyp(jo) 
    514          fbdata%ivqc(jo,:)    = 0 
    515          fbdata%ivqcf(:,jo,:) = 0 
    516          IF ( sstdata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
    517             fbdata%ioqc(jo)    = 4 
    518             fbdata%ioqcf(1,jo) = 0 
    519             fbdata%ioqcf(2,jo) = sstdata%nqc(jo) - 10 
    520          ELSE 
    521             fbdata%ioqc(jo)    = MAX(sstdata%nqc(jo),1) 
    522             fbdata%ioqcf(:,jo) = 0 
    523          ENDIF 
    524          fbdata%ipqc(jo)      = 0 
    525          fbdata%ipqcf(:,jo)   = 0 
    526          fbdata%itqc(jo)      = 0 
    527          fbdata%itqcf(:,jo)   = 0 
    528          fbdata%cdwmo(jo)     = '' 
    529          fbdata%kindex(jo)    = sstdata%nsfil(jo) 
    530          IF (ln_grid_global) THEN 
    531             fbdata%iobsi(jo,1) = sstdata%mi(jo) 
    532             fbdata%iobsj(jo,1) = sstdata%mj(jo) 
    533          ELSE 
    534             fbdata%iobsi(jo,1) = mig(sstdata%mi(jo)) 
    535             fbdata%iobsj(jo,1) = mjg(sstdata%mj(jo)) 
    536          ENDIF 
    537          CALL greg2jul( 0, & 
    538             &           sstdata%nmin(jo), & 
    539             &           sstdata%nhou(jo), & 
    540             &           sstdata%nday(jo), & 
    541             &           sstdata%nmon(jo), & 
    542             &           sstdata%nyea(jo), & 
    543             &           fbdata%ptim(jo),   & 
    544             &           krefdate = 19500101 ) 
    545          fbdata%padd(1,jo,1,1) = sstdata%rmod(jo,1) 
    546          fbdata%pob(1,jo,1)    = sstdata%robs(jo,1) 
    547          fbdata%pdep(1,jo)     = 0.0 
    548          fbdata%idqc(1,jo)     = 0 
    549          fbdata%idqcf(:,1,jo)  = 0 
    550          IF ( sstdata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
    551             fbdata%ivqc(jo,1)       = 4 
    552             fbdata%ivlqc(1,jo,1)    = 4 
    553             fbdata%ivlqcf(1,1,jo,1) = 0 
    554             fbdata%ivlqcf(2,1,jo,1) = sstdata%nqc(jo) - 10 
    555          ELSE 
    556             fbdata%ivqc(jo,1)       = MAX(sstdata%nqc(jo),1) 
    557             fbdata%ivlqc(1,jo,1)    = MAX(sstdata%nqc(jo),1) 
    558             fbdata%ivlqcf(:,1,jo,1) = 0 
    559          ENDIF 
    560          fbdata%iobsk(1,jo,1)  = 0 
    561          DO ja = 1, nadd 
    562             fbdata%padd(1,jo,1+ja,1) = & 
    563                & sstdata%rext(jo,padd%ipoint(ja)) 
    564          END DO 
    565          DO je = 1, next 
    566             fbdata%pext(1,jo,je) = & 
    567                & sstdata%rext(jo,pext%ipoint(je)) 
    568          END DO 
    569  
    570       END DO 
    571  
    572       ! Write the obfbdata structure 
    573  
    574       CALL write_obfbdata( cfname, fbdata ) 
    575  
    576       ! Output some basic statistics 
    577       CALL obs_wri_stats( fbdata ) 
    578  
    579       CALL dealloc_obfbdata( fbdata ) 
    580  
    581    END SUBROUTINE obs_wri_sst 
    582  
    583    SUBROUTINE obs_wri_sss 
    584    END SUBROUTINE obs_wri_sss 
    585  
    586    SUBROUTINE obs_wri_seaice( cprefix, seaicedata, padd, pext ) 
    587       !!----------------------------------------------------------------------- 
    588       !! 
    589       !!                     *** ROUTINE obs_wri_seaice  *** 
    590       !! 
    591       !! ** Purpose : Write sea ice observation diagnostics 
    592       !!              related  
    593       !! 
    594       !! ** Method  : NetCDF 
    595       !!  
    596       !! ** Action  : 
    597       !! 
    598       !!      ! 07-07  (S. Ricci) Original 
    599       !!      ! 09-01  (K. Mogensen) New feedback format. 
    600       !!----------------------------------------------------------------------- 
    601  
    602       !! * Modules used 
    603       IMPLICIT NONE 
    604  
    605       !! * Arguments 
    606       CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: cprefix       ! Prefix for output files 
    607       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: seaicedata   ! Full set of sea ice 
    608       TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: padd            ! Additional info for each variable 
    609       TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: pext            ! Extra info 
    610  
    611       !! * Local declarations  
    612       TYPE(obfbdata) :: fbdata 
    613       CHARACTER(LEN=40) :: cfname             ! netCDF filename 
    614       CHARACTER(LEN=12), PARAMETER :: cpname = 'obs_wri_seaice' 
    615       INTEGER :: jo 
    616       INTEGER :: ja 
    617       INTEGER :: je 
    618       INTEGER :: nadd 
    619       INTEGER :: next 
    620  
    621       IF ( PRESENT( padd ) ) THEN 
    622          nadd = padd%inum 
    623       ELSE 
    624          nadd = 0 
    625       ENDIF 
    626  
    627       IF ( PRESENT( pext ) ) THEN 
    628          next = pext%inum 
    629       ELSE 
    630          next = 0 
    631       ENDIF 
    632  
    633       CALL init_obfbdata( fbdata ) 
    634  
    635       CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, seaicedata%nsurf, 1, 1, 0, .TRUE. ) 
    636  
    637       fbdata%cname(1)      = 'SEAICE' 
    638       fbdata%coblong(1)    = 'Sea ice' 
    639       fbdata%cobunit(1)    = 'Fraction' 
    640       DO je = 1, next 
    641          fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
    642          fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
    643          fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
    644       END DO 
    645       fbdata%caddname(1)   = 'Hx' 
    646       fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated ICE' 
    647       fbdata%caddunit(1,1) = 'Fraction' 
    648       fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    649       DO ja = 1, nadd 
    650          fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    651          fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    652          fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    653       END DO 
    654  
    655       WRITE(cfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(cprefix), nproc 
    656  
    657       IF(lwp) THEN 
    658          WRITE(numout,*) 
    659          WRITE(numout,*)'obs_wri_seaice :' 
    660          WRITE(numout,*)'~~~~~~~~~~~~~~~~' 
    661          WRITE(numout,*)'Writing SEAICE feedback file : ',TRIM(cfname) 
    662       ENDIF 
    663  
    664       ! Transform obs_prof data structure into obfbdata structure 
    665       fbdata%cdjuldref = '19500101000000' 
    666       DO jo = 1, seaicedata%nsurf 
    667          fbdata%plam(jo)      = seaicedata%rlam(jo) 
    668          fbdata%pphi(jo)      = seaicedata%rphi(jo) 
    669          WRITE(fbdata%cdtyp(jo),'(I4)') seaicedata%ntyp(jo) 
    670          fbdata%ivqc(jo,:)    = 0 
    671          fbdata%ivqcf(:,jo,:) = 0 
    672          IF ( seaicedata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
    673             fbdata%ioqc(jo)    = 4 
    674             fbdata%ioqcf(1,jo) = 0 
    675             fbdata%ioqcf(2,jo) = seaicedata%nqc(jo) - 10 
    676          ELSE 
    677             fbdata%ioqc(jo)    = MAX(seaicedata%nqc(jo),1) 
    678             fbdata%ioqcf(:,jo) = 0 
    679          ENDIF 
    680          fbdata%ipqc(jo)      = 0 
    681          fbdata%ipqcf(:,jo)   = 0 
    682          fbdata%itqc(jo)      = 0 
    683          fbdata%itqcf(:,jo)   = 0 
    684          fbdata%cdwmo(jo)     = '' 
    685          fbdata%kindex(jo)    = seaicedata%nsfil(jo) 
    686          IF (ln_grid_global) THEN 
    687             fbdata%iobsi(jo,1) = seaicedata%mi(jo) 
    688             fbdata%iobsj(jo,1) = seaicedata%mj(jo) 
    689          ELSE 
    690             fbdata%iobsi(jo,1) = mig(seaicedata%mi(jo)) 
    691             fbdata%iobsj(jo,1) = mjg(seaicedata%mj(jo)) 
    692          ENDIF 
    693          CALL greg2jul( 0, & 
    694             &           seaicedata%nmin(jo), & 
    695             &           seaicedata%nhou(jo), & 
    696             &           seaicedata%nday(jo), & 
    697             &           seaicedata%nmon(jo), & 
    698             &           seaicedata%nyea(jo), & 
    699             &           fbdata%ptim(jo),   & 
    700             &           krefdate = 19500101 ) 
    701          fbdata%padd(1,jo,1,1) = seaicedata%rmod(jo,1) 
    702          fbdata%pob(1,jo,1)    = seaicedata%robs(jo,1) 
    703          fbdata%pdep(1,jo)     = 0.0 
    704          fbdata%idqc(1,jo)     = 0 
    705          fbdata%idqcf(:,1,jo)  = 0 
    706          IF ( seaicedata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
    707             fbdata%ivlqc(1,jo,1) = 4 
    708             fbdata%ivlqcf(1,1,jo,1) = 0 
    709             fbdata%ivlqcf(2,1,jo,1) = seaicedata%nqc(jo) - 10 
    710          ELSE 
    711             fbdata%ivlqc(1,jo,1) = MAX(seaicedata%nqc(jo),1) 
    712             fbdata%ivlqcf(:,1,jo,1) = 0 
    713          ENDIF 
    714          fbdata%iobsk(1,jo,1)  = 0 
    715          DO ja = 1, nadd 
    716             fbdata%padd(1,jo,1+ja,1) = & 
    717                & seaicedata%rext(jo,padd%ipoint(ja)) 
    718          END DO 
    719          DO je = 1, next 
    720             fbdata%pext(1,jo,je) = & 
    721                & seaicedata%rext(jo,pext%ipoint(je)) 
    722          END DO 
    723  
    724       END DO 
    725  
    726       ! Write the obfbdata structure 
    727       CALL write_obfbdata( cfname, fbdata ) 
    728  
    729       ! Output some basic statistics 
    730       CALL obs_wri_stats( fbdata ) 
    731  
    732       CALL dealloc_obfbdata( fbdata ) 
    733  
    734    END SUBROUTINE obs_wri_seaice 
    735  
    736    SUBROUTINE obs_wri_vel( cprefix, profdata, k2dint, padd, pext ) 
    737       !!----------------------------------------------------------------------- 
    738       !! 
    739       !!                     *** ROUTINE obs_wri_vel  *** 
    740       !! 
    741       !! ** Purpose : Write current (profile) observation  
    742       !!              related diagnostics 
    743       !! 
    744       !! ** Method  : NetCDF 
    745       !!  
    746       !! ** Action  : 
    747       !! 
    748       !! History : 
    749       !!      ! 09-01  (K. Mogensen) New feedback format routine 
    750       !!----------------------------------------------------------------------- 
    751  
    752       !! * Modules used 
    753  
    754       !! * Arguments 
    755       CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: cprefix       ! Prefix for output files 
    756       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: profdata     ! Full set of profile data 
    757       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint                 ! Horizontal interpolation method 
    758       TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: padd            ! Additional info for each variable 
    759       TYPE(obswriinfo), OPTIONAL :: pext            ! Extra info 
    760  
    761       !! * Local declarations 
    762       TYPE(obfbdata) :: fbdata 
    763       CHARACTER(LEN=40) :: cfname 
    764       INTEGER :: ilevel 
    765       INTEGER :: jvar 
    766       INTEGER :: jk 
    767       INTEGER :: ik 
    768       INTEGER :: jo 
    769       INTEGER :: ja 
    770       INTEGER :: je 
    771       INTEGER :: nadd 
    772       INTEGER :: next 
    773       REAL(wp) :: zpres 
    774       REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    775          & zu, & 
    776          & zv 
    777  
    778       IF ( PRESENT( padd ) ) THEN 
    779          nadd = padd%inum 
    780       ELSE 
    781          nadd = 0 
    782       ENDIF 
    783  
    784       IF ( PRESENT( pext ) ) THEN 
    785          next = pext%inum 
    786       ELSE 
    787          next = 0 
    788       ENDIF 
    789  
    790       CALL init_obfbdata( fbdata ) 
    791  
    792       ! Find maximum level 
    793       ilevel = 0 
    794       DO jvar = 1, 2 
    795          ilevel = MAX( ilevel, MAXVAL( profdata%var(jvar)%nvlidx(:) ) ) 
    796       END DO 
    797       CALL alloc_obfbdata( fbdata, 2, profdata%nprof, ilevel, 2, 0, .TRUE. ) 
    798  
    799       fbdata%cname(1)      = 'UVEL' 
    800       fbdata%cname(2)      = 'VVEL' 
    801       fbdata%coblong(1)    = 'Zonal velocity' 
    802       fbdata%coblong(2)    = 'Meridional velocity' 
    803       fbdata%cobunit(1)    = 'm/s' 
    804       fbdata%cobunit(2)    = 'm/s' 
    805       DO je = 1, next 
    806          fbdata%cextname(je) = pext%cdname(je) 
    807          fbdata%cextlong(je) = pext%cdlong(je,1) 
    808          fbdata%cextunit(je) = pext%cdunit(je,1) 
    809       END DO 
    810       fbdata%caddname(1)   = 'Hx' 
    811       fbdata%caddlong(1,1) = 'Model interpolated zonal velocity' 
    812       fbdata%caddlong(1,2) = 'Model interpolated meridional velocity' 
    813       fbdata%caddunit(1,1) = 'm/s' 
    814       fbdata%caddunit(1,2) = 'm/s' 
    815       fbdata%caddname(2)   = 'HxG' 
    816       fbdata%caddlong(2,1) = 'Model interpolated zonal velocity (model grid)' 
    817       fbdata%caddlong(2,2) = 'Model interpolated meridional velocity (model grid)' 
    818       fbdata%caddunit(2,1) = 'm/s' 
    819       fbdata%caddunit(2,2) = 'm/s'  
    820       fbdata%cgrid(1)      = 'U'  
    821       fbdata%cgrid(2)      = 'V' 
    822       DO ja = 1, nadd 
    823          fbdata%caddname(2+ja) = padd%cdname(ja) 
    824          fbdata%caddlong(2+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    825          fbdata%caddunit(2+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    826       END DO 
    827  
    828       WRITE(cfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(cprefix), nproc 
    829  
    830       IF(lwp) THEN 
    831          WRITE(numout,*) 
    832          WRITE(numout,*)'obs_wri_vel :' 
    833          WRITE(numout,*)'~~~~~~~~~~~~~' 
    834          WRITE(numout,*)'Writing velocuty feedback file : ',TRIM(cfname) 
    835       ENDIF 
    836  
    837       ALLOCATE( & 
    838          & zu(profdata%nvprot(1)), & 
    839          & zv(profdata%nvprot(2))  & 
    840          & ) 
    841       CALL obs_rotvel( profdata, k2dint, zu, zv ) 
    842  
    843       ! Transform obs_prof data structure into obfbdata structure 
    844       fbdata%cdjuldref = '19500101000000' 
    845       DO jo = 1, profdata%nprof 
    846          fbdata%plam(jo)      = profdata%rlam(jo) 
    847          fbdata%pphi(jo)      = profdata%rphi(jo) 
    848          WRITE(fbdata%cdtyp(jo),'(I4)') profdata%ntyp(jo) 
    849          fbdata%ivqc(jo,:)    = profdata%ivqc(jo,:) 
    850          fbdata%ivqcf(:,jo,:) = profdata%ivqcf(:,jo,:) 
    851          IF ( profdata%nqc(jo) > 10 ) THEN 
    852             fbdata%ioqc(jo)    = 4 
    853             fbdata%ioqcf(1,jo) = profdata%nqcf(1,jo) 
    854             fbdata%ioqcf(2,jo) = profdata%nqc(jo) - 10 
    855          ELSE 
    856             fbdata%ioqc(jo)    = profdata%nqc(jo) 
    857             fbdata%ioqcf(:,jo) = profdata%nqcf(:,jo) 
    858          ENDIF 
    859          fbdata%ipqc(jo)      = profdata%ipqc(jo) 
    860          fbdata%ipqcf(:,jo)   = profdata%ipqcf(:,jo) 
    861          fbdata%itqc(jo)      = profdata%itqc(jo) 
    862          fbdata%itqcf(:,jo)   = profdata%itqcf(:,jo) 
    863          fbdata%cdwmo(jo)     = profdata%cwmo(jo) 
    864          fbdata%kindex(jo)    = profdata%npfil(jo) 
    865          DO jvar = 1, profdata%nvar 
    866             IF (ln_grid_global) THEN 
    867                fbdata%iobsi(jo,jvar) = profdata%mi(jo,jvar) 
    868                fbdata%iobsj(jo,jvar) = profdata%mj(jo,jvar) 
    869             ELSE 
    870                fbdata%iobsi(jo,jvar) = mig(profdata%mi(jo,jvar)) 
    871                fbdata%iobsj(jo,jvar) = mjg(profdata%mj(jo,jvar)) 
    872             ENDIF 
    873          END DO 
    874          CALL greg2jul( 0, & 
    875             &           profdata%nmin(jo), & 
    876             &           profdata%nhou(jo), & 
    877             &           profdata%nday(jo), & 
    878             &           profdata%nmon(jo), & 
    879             &           profdata%nyea(jo), & 
    880             &           fbdata%ptim(jo),   & 
    881             &           krefdate = 19500101 ) 
    882          ! Reform the profiles arrays for output 
    883          DO jvar = 1, 2 
    884             DO jk = profdata%npvsta(jo,jvar), profdata%npvend(jo,jvar) 
    885                ik = profdata%var(jvar)%nvlidx(jk) 
    886                IF ( jvar == 1 ) THEN 
    887                   fbdata%padd(ik,jo,1,jvar) = zu(jk) 
    888                ELSE 
    889                   fbdata%padd(ik,jo,1,jvar) = zv(jk) 
    890                ENDIF 
    891                fbdata%padd(ik,jo,2,jvar) = profdata%var(jvar)%vmod(jk) 
    892                fbdata%pob(ik,jo,jvar)    = profdata%var(jvar)%vobs(jk) 
    893                fbdata%pdep(ik,jo)        = profdata%var(jvar)%vdep(jk) 
    894                fbdata%idqc(ik,jo)        = profdata%var(jvar)%idqc(jk) 
    895                fbdata%idqcf(:,ik,jo)     = profdata%var(jvar)%idqcf(:,jk) 
    896                IF ( profdata%var(jvar)%nvqc(jk) > 10 ) THEN 
    897                   fbdata%ivlqc(ik,jo,jvar) = 4 
    898                   fbdata%ivlqcf(1,ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqcf(1,jk) 
    899                   fbdata%ivlqcf(2,ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqc(jk) - 10 
    900                ELSE 
    901                   fbdata%ivlqc(ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqc(jk) 
    902                   fbdata%ivlqcf(:,ik,jo,jvar) = profdata%var(jvar)%nvqcf(:,jk) 
    903                ENDIF 
    904                fbdata%iobsk(ik,jo,jvar)  = profdata%var(jvar)%mvk(jk) 
    905                DO ja = 1, nadd 
    906                   fbdata%padd(ik,jo,2+ja,jvar) = & 
    907                      & profdata%var(jvar)%vext(jk,padd%ipoint(ja)) 
    908                END DO 
    909                DO je = 1, next 
    910                   fbdata%pext(ik,jo,je) = & 
    911                      & profdata%var(jvar)%vext(jk,pext%ipoint(je)) 
    912                END DO 
    913             END DO 
    914          END DO 
    915       END DO 
    916  
    917       ! Write the obfbdata structure 
    918       CALL write_obfbdata( cfname, fbdata ) 
    919        
    920       ! Output some basic statistics 
    921       CALL obs_wri_stats( fbdata ) 
    922  
    923       CALL dealloc_obfbdata( fbdata ) 
    924       
    925       DEALLOCATE( & 
    926          & zu, & 
    927          & zv  & 
    928          & ) 
    929  
    930    END SUBROUTINE obs_wri_vel 
     625   END SUBROUTINE obs_wri_surf 
    931626 
    932627   SUBROUTINE obs_wri_stats( fbdata ) 
    … …  
    951646      INTEGER :: jo 
    952647      INTEGER :: jk 
    953  
    954 !      INTEGER :: nlev 
    955 !      INTEGER :: nlevmpp 
    956 !      INTEGER :: nobsmpp 
    957       INTEGER :: numgoodobs 
    958       INTEGER :: numgoodobsmpp 
     648      INTEGER :: inumgoodobs 
     649      INTEGER :: inumgoodobsmpp 
    959650      REAL(wp) :: zsumx 
    960651      REAL(wp) :: zsumx2 
    961652      REAL(wp) :: zomb 
     653       
    962654 
    963655      IF (lwp) THEN 
    964656         WRITE(numout,*) '' 
    965657         WRITE(numout,*) 'obs_wri_stats :' 
    966          WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~~~~'  
     658         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~~~~' 
    967659      ENDIF 
    968660 
    … …  
    970662         zsumx=0.0_wp 
    971663         zsumx2=0.0_wp 
    972          numgoodobs=0 
     664         inumgoodobs=0 
    973665         DO jo = 1, fbdata%nobs 
    974666            DO jk = 1, fbdata%nlev 
    … …  
    976668                  & ( fbdata%pdep(jk,jo) < 9999.0 ) .AND. & 
    977669                  & ( fbdata%padd(jk,jo,1,jvar) < 9999.0 ) ) THEN 
    978         
    979              zomb=fbdata%pob(jk, jo, jvar)-fbdata%padd(jk, jo, 1, jvar) 
     670 
     671                  zomb=fbdata%pob(jk, jo, jvar)-fbdata%padd(jk, jo, 1, jvar) 
    980672                  zsumx=zsumx+zomb 
    981673                  zsumx2=zsumx2+zomb**2 
    982                   numgoodobs=numgoodobs+1 
    983           ENDIF 
     674                  inumgoodobs=inumgoodobs+1 
     675               ENDIF 
    984676            ENDDO 
    985677         ENDDO 
    986678 
    987          CALL obs_mpp_sum_integer( numgoodobs, numgoodobsmpp ) 
     679         CALL obs_mpp_sum_integer( inumgoodobs, inumgoodobsmpp ) 
    988680         CALL mpp_sum(zsumx) 
    989681         CALL mpp_sum(zsumx2) 
    990682 
    991683         IF (lwp) THEN 
    992        WRITE(numout,*) 'Type: ',fbdata%cname(jvar),'  Total number of good observations: ',numgoodobsmpp  
    993        WRITE(numout,*) 'Overall mean obs minus model of the good observations: ',zsumx/numgoodobsmpp 
    994             WRITE(numout,*) 'Overall RMS obs minus model of the good observations: ',sqrt( zsumx2/numgoodobsmpp ) 
    995        WRITE(numout,*) '' 
     684            WRITE(numout,*) 'Type: ',fbdata%cname(jvar),'  Total number of good observations: ',inumgoodobsmpp  
     685            WRITE(numout,*) 'Overall mean obs minus model of the good observations: ',zsumx/inumgoodobsmpp 
     686            WRITE(numout,*) 'Overall RMS obs minus model of the good observations: ',sqrt( zsumx2/inumgoodobsmpp ) 
     687            WRITE(numout,*) '' 
    996688         ENDIF 
    997   
     689 
    998690      ENDDO 
    999691 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obsinter_h2d.h90

    r7960 r7992  
    12401240         & zdum,  & 
    12411241         & zaamax 
    1242         
     1242       
     1243      imax = -1  
    12431244      ! Main computation 
    12441245      pflt = 1.0_wp 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.