Changeset 8463


Ignore:
Timestamp:
2017-08-24T19:05:09+02:00 (3 years ago)
Author:
jpalmier
Message:

JPALM - trdtrc - fixes, update field_def

Location:
branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def_bgc.xml

    r8453 r8463  
    523523 
    524524 
    525      <field_group id="trdtrc_T" grid_ref="grid_T_3D">  <!-- key_trdtrc || key_trdmlx_trc --> 
     525     <field_group id="ptrd_T" grid_ref="grid_T_3D">  <!-- key_trdtrc || key_trdmlx_trc --> 
    526526      <!-- MEDUSA : variables available with key_medusa --> 
    527527       <!-- trd case: jptra_xad --> 
     
    673673       <field id="ZDP_PHN"      long_name="non-diatom phytoplankton"                          unit="mmol-N/m3/s" /> 
    674674       <field id="ZDP_PHD"      long_name="diatom     phytoplankton"                          unit="mmol-N/m3/s" /> 
    675        <field id="ZDF_ZMI"      long_name="micro zooplankton"                                 unit="mmol-N/m3/s" /> 
     675       <field id="ZDP_ZMI"      long_name="micro zooplankton"                                 unit="mmol-N/m3/s" /> 
    676676       <field id="ZDP_ZME"      long_name="meso  zooplankton"                                 unit="mmol-N/m3/s" /> 
    677677       <field id="ZDP_DIN"      long_name="dissolved inorganic nitrogen"                      unit="mmol-N/m3/s" /> 
     
    11871187       <field field_ref="ZDP_PHN"      name="ZDP_PHN"   /> 
    11881188       <field field_ref="ZDP_PHD"      name="ZDP_PHD"   /> 
    1189        <field field_ref="ZDF_ZMI"      name="ZDF_ZMI"   /> 
     1189       <field field_ref="ZDP_ZMI"      name="ZDP_ZMI"   /> 
    11901190       <field field_ref="ZDP_ZME"      name="ZDP_ZME"   /> 
    11911191       <field field_ref="ZDP_DIN"      name="ZDP_DIN"   /> 
     
    14351435   </field_group> 
    14361436 
     1437 
     1438    <field_group id="trendMEDUSA_short" > 
     1439       <!-- trd case: jptra_totad --> 
     1440       <field field_ref="TAD_CHN"      name="TAD_CHN"   /> 
     1441       <field field_ref="TAD_CHN_E3T"  name="TAD_CHN_E3T"   /> 
     1442       <field field_ref="TAD_CHD"      name="TAD_CHD"   /> 
     1443       <field field_ref="TAD_CHD_E3T"  name="TAD_CHD_E3T"   /> 
     1444       <field field_ref="TAD_PHN"      name="TAD_PHN"   /> 
     1445       <field field_ref="TAD_PHN_E3T"  name="TAD_PHN_E3T"   /> 
     1446       <field field_ref="TAD_PHD"      name="TAD_PHD"   /> 
     1447       <field field_ref="TAD_PHD_E3T"  name="TAD_PHD_E3T"   /> 
     1448       <field field_ref="TAD_ZMI"      name="TAD_ZMI"   /> 
     1449       <field field_ref="TAD_ZMI_E3T"  name="TAD_ZMI_E3T"   /> 
     1450       <field field_ref="TAD_ZME"      name="TAD_ZME"   /> 
     1451       <field field_ref="TAD_ZME_E3T"  name="TAD_ZME_E3T"   /> 
     1452       <field field_ref="TAD_DIN"      name="TAD_DIN"   /> 
     1453       <field field_ref="TAD_DIN_E3T"  name="TAD_DIN_E3T"   /> 
     1454       <field field_ref="TAD_SIL"      name="TAD_SIL"   /> 
     1455       <field field_ref="TAD_SIL_E3T"  name="TAD_SIL_E3T"   /> 
     1456       <field field_ref="TAD_FER"      name="TAD_FER"   /> 
     1457       <field field_ref="TAD_FER_E3T"  name="TAD_FER_E3T"   /> 
     1458       <field field_ref="TAD_DET"      name="TAD_DET"   /> 
     1459       <field field_ref="TAD_DET_E3T"  name="TAD_DET_E3T"   /> 
     1460       <field field_ref="TAD_PDS"      name="TAD_PDS"   /> 
     1461       <field field_ref="TAD_PDS_E3T"  name="TAD_PDS_E3T"   /> 
     1462       <field field_ref="TAD_DTC"      name="TAD_DTC"   /> 
     1463       <field field_ref="TAD_DTC_E3T"  name="TAD_DTC_E3T"   /> 
     1464       <field field_ref="TAD_DiC"      name="TAD_DiC"   /> 
     1465       <field field_ref="TAD_DiC_E3T"  name="TAD_DiC_E3T"   /> 
     1466       <field field_ref="TAD_ALK"      name="TAD_ALK"   /> 
     1467       <field field_ref="TAD_ALK_E3T"  name="TAD_ALK_E3T"   /> 
     1468       <field field_ref="TAD_OXY"      name="TAD_OXY"   /> 
     1469       <field field_ref="TAD_OXY_E3T"  name="TAD_OXY_E3T"   /> 
     1470       <!-- trd case: jptra_sms --> 
     1471       <field field_ref="SMS_CHN"      name="SMS_CHN"   /> 
     1472       <field field_ref="SMS_CHN_E3T"  name="SMS_CHN_E3T"   /> 
     1473       <field field_ref="SMS_CHD"      name="SMS_CHD"   /> 
     1474       <field field_ref="SMS_CHD_E3T"  name="SMS_CHD_E3T"   /> 
     1475       <field field_ref="SMS_PHN"      name="SMS_PHN"   /> 
     1476       <field field_ref="SMS_PHN_E3T"  name="SMS_PHN_E3T"   /> 
     1477       <field field_ref="SMS_PHD"      name="SMS_PHD"   /> 
     1478       <field field_ref="SMS_PHD_E3T"  name="SMS_PHD_E3T"   /> 
     1479       <field field_ref="SMS_ZMI"      name="SMS_ZMI"   /> 
     1480       <field field_ref="SMS_ZMI_E3T"  name="SMS_ZMI_E3T"   /> 
     1481       <field field_ref="SMS_ZME"      name="SMS_ZME"   /> 
     1482       <field field_ref="SMS_ZME_E3T"  name="SMS_ZME_E3T"   /> 
     1483       <field field_ref="SMS_DIN"      name="SMS_DIN"   /> 
     1484       <field field_ref="SMS_DIN_E3T"  name="SMS_DIN_E3T"   /> 
     1485       <field field_ref="SMS_SIL"      name="SMS_SIL"   /> 
     1486       <field field_ref="SMS_SIL_E3T"  name="SMS_SIL_E3T"   /> 
     1487       <field field_ref="SMS_FER"      name="SMS_FER"   /> 
     1488       <field field_ref="SMS_FER_E3T"  name="SMS_FER_E3T"   /> 
     1489       <field field_ref="SMS_DET"      name="SMS_DET"   /> 
     1490       <field field_ref="SMS_DET_E3T"  name="SMS_DET_E3T"   /> 
     1491       <field field_ref="SMS_PDS"      name="SMS_PDS"   /> 
     1492       <field field_ref="SMS_PDS_E3T"  name="SMS_PDS_E3T"   /> 
     1493       <field field_ref="SMS_DTC"      name="SMS_DTC"   /> 
     1494       <field field_ref="SMS_DTC_E3T"  name="SMS_DTC_E3T"   /> 
     1495       <field field_ref="SMS_DiC"      name="SMS_DiC"   />  
     1496       <field field_ref="SMS_DiC_E3T"  name="SMS_DiC_E3T"   /> 
     1497       <field field_ref="SMS_ALK"      name="SMS_ALK"   /> 
     1498       <field field_ref="SMS_ALK_E3T"  name="SMS_ALK_E3T"   /> 
     1499       <field field_ref="SMS_OXY"      name="SMS_OXY"   /> 
     1500       <field field_ref="SMS_OXY_E3T"  name="SMS_OXY_E3T"   /> 
     1501       <!-- trd case: jptra_tot -->    
     1502       <field field_ref="TOT_CHN"      name="TOT_CHN"   /> 
     1503       <field field_ref="TOT_CHN_E3T"  name="TOT_CHN_E3T"   /> 
     1504       <field field_ref="TOT_CHD"      name="TOT_CHD"   /> 
     1505       <field field_ref="TOT_CHD_E3T"  name="TOT_CHD_E3T"   /> 
     1506       <field field_ref="TOT_PHN"      name="TOT_PHN"   /> 
     1507       <field field_ref="TOT_PHN_E3T"  name="TOT_PHN_E3T"   /> 
     1508       <field field_ref="TOT_PHD"      name="TOT_PHD"   /> 
     1509       <field field_ref="TOT_PHD_E3T"  name="TOT_PHD_E3T"   /> 
     1510       <field field_ref="TOT_ZMI"      name="TOT_ZMI"   /> 
     1511       <field field_ref="TOT_ZME"      name="TOT_ZME"   /> 
     1512       <field field_ref="TOT_ZME_E3T"  name="TOT_ZME_E3T"   /> 
     1513       <field field_ref="TOT_DIN"      name="TOT_DIN"   /> 
     1514       <field field_ref="TOT_DIN_E3T"  name="TOT_DIN_E3T"   /> 
     1515       <field field_ref="TOT_SIL"      name="TOT_SIL"   /> 
     1516       <field field_ref="TOT_SIL_E3T"  name="TOT_SIL_E3T"   /> 
     1517       <field field_ref="TOT_FER"      name="TOT_FER"   /> 
     1518       <field field_ref="TOT_FER_E3T"  name="TOT_FER_E3T"   /> 
     1519       <field field_ref="TOT_DET"      name="TOT_DET"   /> 
     1520       <field field_ref="TOT_DET_E3T"  name="TOT_DET_E3T"   /> 
     1521       <field field_ref="TOT_PDS"      name="TOT_PDS"   /> 
     1522       <field field_ref="TOT_PDS_E3T"  name="TOT_PDS_E3T"   /> 
     1523       <field field_ref="TOT_DTC"      name="TOT_DTC"   /> 
     1524       <field field_ref="TOT_DTC_E3T"  name="TOT_DTC_E3T"   /> 
     1525       <field field_ref="TOT_DiC"      name="TOT_DiC"   /> 
     1526       <field field_ref="TOT_DiC_E3T"  name="TOT_DiC_E3T"   /> 
     1527       <field field_ref="TOT_ALK"      name="TOT_ALK"   />    
     1528       <field field_ref="TOT_ALK_E3T"  name="TOT_ALK_E3T"   /> 
     1529       <field field_ref="TOT_OXY"      name="TOT_OXY"   /> 
     1530       <field field_ref="TOT_OXY_E3T"  name="TOT_OXY_E3T"   />   
     1531    </field_group> 
     1532 
     1533    <field_group id="trendCFC11_short" > 
     1534          <!-- cfc11 --> 
     1535          <field field_ref="TOT_CFC11"     name="TOT_CFC11"     standard_name="CFC-11_Concentration"                  /> 
     1536          <field field_ref="TOT_CFC11_E3T" name="TOT_CFC11_E3T" standard_name="CFC-11_Concentration"                  /> 
     1537          <field field_ref="TAD_CFC11"     name="TAD_CFC11"     standard_name="CFC-11_Concentration"                  /> 
     1538          <field field_ref="TAD_CFC11_E3T" name="TAD_CFC11_E3T" standard_name="CFC-11_Concentration"                  /> 
     1539          <field field_ref="SMS_CFC11"     name="SMS_CFC11"     standard_name="CFC-11_Concentration"                  /> 
     1540          <field field_ref="SMS_CFC11_E3T" name="SMS_CFC11_E3T" standard_name="CFC-11_Concentration"                  /> 
     1541   </field_group> 
     1542 
     1543    <field_group id="trendCFC12_short" > 
     1544          <!-- cfc12 --> 
     1545          <field field_ref="TOT_CFC12"     name="TOT_CFC12"     standard_name="CFC-12_Concentration"                  /> 
     1546          <field field_ref="TOT_CFC12_E3T" name="TOT_CFC12_E3T" standard_name="CFC-12_Concentration"                  /> 
     1547          <field field_ref="TAD_CFC12"     name="TAD_CFC12"     standard_name="CFC-12_Concentration"                  /> 
     1548          <field field_ref="TAD_CFC12_E3T" name="TAD_CFC12_E3T" standard_name="CFC-12_Concentration"                  /> 
     1549          <field field_ref="SMS_CFC12"     name="SMS_CFC12"     standard_name="CFC-12_Concentration"                  /> 
     1550          <field field_ref="SMS_CFC12_E3T" name="SMS_CFC12_E3T" standard_name="CFC-12_Concentration"                  /> 
     1551   </field_group> 
     1552 
     1553    <field_group id="trendSF6_short" > 
     1554          <!-- sf6 --> 
     1555          <field field_ref="TOT_SF6"      name="TOT_SF6"      standard_name="SF6_Concentration"                     /> 
     1556          <field field_ref="TOT_SF6_E3T"  name="TOT_SF6_E3T"  standard_name="SF6_Concentration"                     /> 
     1557          <field field_ref="TAD_SF6"      name="TAD_SF6"      standard_name="SF6_Concentration"                     /> 
     1558          <field field_ref="TAD_SF6_E3T"  name="TAD_SF6_E3T"  standard_name="SF6_Concentration"                     /> 
     1559          <field field_ref="SMS_SF6"      name="SMS_SF6"      standard_name="SF6_Concentration"                     /> 
     1560          <field field_ref="SMS_SF6_E3T"  name="SMS_SF6_E3T"  standard_name="SF6_Concentration"                     /> 
     1561   </field_group> 
     1562 
     1563    <field_group id="trendAGE_short" > 
     1564          <!-- age --> 
     1565          <field field_ref="TOT_Age"      name="TOT_Age"      standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"   /> 
     1566          <field field_ref="TOT_Age_E3T"  name="TOT_Age_E3T"  standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"   /> 
     1567          <field field_ref="TAD_Age"      name="TAD_Age"      standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"   /> 
     1568          <field field_ref="TAD_Age_E3T"  name="TAD_Age_E3T"  standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"   /> 
     1569          <field field_ref="SMS_Age"      name="SMS_Age"      standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"   /> 
     1570          <field field_ref="SMS_Age_E3T"  name="SMS_Age_E3T"  standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"   /> 
     1571   </field_group> 
     1572 
     1573    <field_group id="trendIDTRA_short" > 
     1574          <!-- Ideal tracer --> 
     1575          <field field_ref="TOT_IDTRA"      name="TOT_IDTRA"      standard_name="IDTRA_Concentration"               /> 
     1576          <field field_ref="TOT_IDTRA_E3T"  name="TOT_IDTRA_E3T"  standard_name="IDTRA_Concentration"               /> 
     1577          <field field_ref="TAD_IDTRA"      name="TAD_IDTRA"      standard_name="IDTRA_Concentration"               /> 
     1578          <field field_ref="TAD_IDTRA_E3T"  name="TAD_IDTRA_E3T"  standard_name="IDTRA_Concentration"               /> 
     1579          <field field_ref="SMS_IDTRA"      name="SMS_IDTRA"      standard_name="IDTRA_Concentration"               /> 
     1580          <field field_ref="SMS_IDTRA_E3T"  name="SMS_IDTRA_E3T"  standard_name="IDTRA_Concentration"               /> 
     1581   </field_group> 
     1582 
     1583    <field_group id="trendC14B_short" > 
     1584          <!-- c14 bomb --> 
     1585          <field field_ref="TOT_C14B"      name="TOT_C14B"      standard_name="C14b_Concentration"               /> 
     1586          <field field_ref="TOT_C14B_E3T"  name="TOT_C14B_E3T"  standard_name="C14b_Concentration"               /> 
     1587          <field field_ref="TAD_C14B"      name="TAD_C14B"      standard_name="C14b_Concentration"               /> 
     1588          <field field_ref="TAD_C14B_E3T"  name="TAD_C14B_E3T"  standard_name="C14b_Concentration"               /> 
     1589          <field field_ref="SMS_C14B"      name="SMS_C14B"      standard_name="C14b_Concentration"               /> 
     1590          <field field_ref="SMS_C14B_E3T"  name="SMS_C14B_E3T"  standard_name="C14b_Concentration"               /> 
     1591   </field_group> 
    14371592 
    14381593    <field_group id="groupMEDUSA_dia" > 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_MEDUSA_et_al_ref

    r8427 r8463  
    9898   nn_ctls_trc =   0        !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    9999   rn_ucf_trc  =   1        !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
    100    ln_trdmld_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
    101    ln_trdmld_trc_instant = .true.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
     100   ln_trdmxl_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
     101   ln_trdmxl_trc_instant = .true.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
    102102   ln_trdtrc(1)  =   .true. 
    103103   ln_trdtrc(2)  =   .true. 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_ref

    r6498 r8463  
    9898   nn_ctls_trc =   0        !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    9999   rn_ucf_trc  =   1        !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
    100    ln_trdmld_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
    101    ln_trdmld_trc_instant = .true.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
     100   ln_trdmxl_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
     101   ln_trdmxl_trc_instant = .true.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
    102102   ln_trdtrc(1)  =   .true. 
    103103   ln_trdtrc(2)  =   .true. 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcsms_cfc.F90

    r8442 r8463  
    2424   USE trdtrc 
    2525   USE iom           ! I/O library 
     26   USE wrk_nemo 
    2627 
    2728   IMPLICIT NONE 
     
    5455   REAL(wp) ::   xconv3 = 1.0e+3       ! conversion from mol/l/atm to mol/m3/atm 
    5556   REAL(wp) ::   xconv4 = 1.0e-12      ! conversion from mol/m3/atm to mol/m3/pptv  
     57 
     58   !! trend temporary array: 
     59   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: ztrcfc 
    5660 
    5761   !! * Substitutions 
     
    265269      ! 
    266270      IF( l_trdtrc ) THEN 
     271          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrcfc ) 
    267272          DO jn = jp_cfc0, jp_cfc1 
    268             CALL trd_trc( tra(:,:,:,jn), jn, jptra_sms, kt )   ! save trends 
     273             ztrcfc(:,:,:) = tra(:,:,:,jn) 
     274            CALL trd_trc( ztrcfc, jn, jptra_sms, kt )   ! save trends 
    269275          END DO 
     276          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrcfc ) 
    270277      END IF 
    271278      ! 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_update.F90

    r8453 r8463  
    7070      USE lib_mpp,           ONLY: ctl_stop 
    7171      USE par_kind,          ONLY: wp 
    72       USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa,                                & 
     72      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa, jp_msa0, jp_msa1,              & 
    7373                                   jpalk, jpchd, jpchn, jpdet, jpdic,        & 
    7474                                   jpdin, jpdtc, jpfer, jpoxy, jppds,        & 
     
    7878                                   jpoxy_lc, jppds_lc, jpphd_lc, jpphn_lc,   & 
    7979                                   jpsil_lc, jpzme_lc, jpzmi_lc 
    80       USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1 
     80      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1, jpk 
    8181      USE par_trc,           ONLY: jptra 
    8282      USE sms_medusa,        ONLY: friver_dep,                               & 
     
    9191                                   xxi 
    9292      USE trc,               ONLY: med_diag, tra 
    93       USE trd_oce,           ONLY: jptra_sms  
    94       USE trdtrc 
    9593 
    9694   !!* Substitution 
     
    121119      !! temporary variables 
    122120      REAL(wp) :: fq0 
    123  
    124       !! trend temporary array: 
    125       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: ztrmed 
    126121 
    127122      !!========================================================== 
     
    739734      ENDDO 
    740735 
    741       !! MEDUSA SMS trends: 
    742       IF( l_trdtrc ) THEN 
    743           CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrmed ) 
    744           DO jn = jp_msa0, jp_msa1 
    745             ztrmed(:,:,:) = tra(:,:,:,jn) 
    746             CALL trd_trc( ztrmed, jn, jptra_sms, kt )   ! save trends 
    747           END DO 
    748           CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrmed ) 
    749       END IF 
    750  
    751736      DO jj = 2,jpjm1 
    752737         DO ji = 2,jpim1 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/trcsms_medusa.F90

    r8074 r8463  
    2222   USE trcsed_medusa 
    2323   USE trcavg_medusa 
     24   !! for SMS trends 
     25   USE par_medusa,    ONLY: jp_msa0, jp_msa1 
     26   USE par_oce,       ONLY: jpi, jpj, jpk 
     27   USE trd_oce,       ONLY: jptra_sms, l_trdtrc 
     28   USE trdtrc 
    2429 
    2530 
     
    4651      !!---------------------------------------------------------------------- 
    4752      INTEGER, INTENT(in) :: kt   ! ocean time-step index 
     53      !! Loop variables 
     54      INTEGER :: jn 
     55      !! trend temporary array: 
     56      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: ztrmed 
     57 
    4858 
    4959# if defined key_debug_medusa 
     
    95105# endif 
    96106 
     107      !! MEDUSA SMS trends: 
     108      IF( l_trdtrc ) THEN 
     109          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrmed ) 
     110          DO jn = jp_msa0, jp_msa1 
     111            ztrmed(:,:,:) = tra(:,:,:,jn) 
     112            CALL trd_trc( ztrmed, jn, jptra_sms, kt )   ! save trends 
     113          END DO 
     114          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrmed ) 
     115      END IF 
     116 
     117 
    97118   END SUBROUTINE trc_sms_medusa 
    98119    
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_package_trdtrc/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcnam.F90

    r8453 r8463  
    7979       
    8080      !                                        !   Parameters of additional diagnostics 
    81       IF( .NOT. lk_offline ) CALL trc_nam_dia 
     81      IF( .NOT. lk_iomput ) CALL trc_nam_dia 
    8282 
    8383      !                                        !   namelist of transport 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.