New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 8612 for branches/2017/dev_r8600_xios_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2017-10-11T13:03:17+02:00 (6 years ago)
Author:
andmirek
Message:

#1953 read single file restart with XIOS

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2017/dev_r8600_xios_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r8573 r8612  
    4141   USE dianam          ! build name of file 
    4242   USE xios 
     43   USE iom_def, ONLY : max_rst_fields, rst_fields 
    4344# endif 
    4445   USE ioipsl, ONLY :  ju2ymds    ! for calendar 
    4546   USE crs             ! Grid coarsening 
     47   USE lib_fortran  
    4648 
    4749   IMPLICIT NONE 
     
    6365   PRIVATE iom_set_domain_attr, iom_set_axis_attr, iom_set_field_attr, iom_set_file_attr, iom_get_file_attr, iom_set_grid_attr 
    6466   PRIVATE set_grid, set_grid_bounds, set_scalar, set_xmlatt, set_mooring, iom_update_file_name, iom_sdate 
     67   PRIVATE set_rst_vars, set_rstr_active, set_rst_context 
    6568# endif 
    6669 
     
    103106      CHARACTER(len=10) :: clname 
    104107      INTEGER           :: ji, jkmin 
     108      LOGICAL :: lrst_context              ! is context related to restart 
    105109      ! 
    106110      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: zt_bnds, zw_bnds 
     
    113117      CALL xios_context_initialize(TRIM(clname), mpi_comm_opa) 
    114118      CALL iom_swap( cdname ) 
    115  
     119      lrst_context =  (TRIM(cdname) == TRIM(rxios_context)) 
    116120 
    117121      ! Calendar type is now defined in xml file  
     
    126130 
    127131      ! horizontal grid definition 
    128       CALL set_scalar 
     132      IF(.NOT.lrst_context) CALL set_scalar 
    129133 
    130134      IF( TRIM(cdname) == TRIM(cxios_context) ) THEN   
    131          CALL set_grid( "T", glamt, gphit )  
    132          CALL set_grid( "U", glamu, gphiu ) 
    133          CALL set_grid( "V", glamv, gphiv ) 
    134          CALL set_grid( "W", glamt, gphit ) 
     135         CALL set_grid( "T", glamt, gphit, .FALSE. )  
     136         CALL set_grid( "U", glamu, gphiu, .FALSE. ) 
     137         CALL set_grid( "V", glamv, gphiv, .FALSE. ) 
     138         CALL set_grid( "W", glamt, gphit, .FALSE. ) 
    135139         CALL set_grid_znl( gphit ) 
    136140         ! 
     
    150154         CALL dom_grid_crs   ! Save the parent grid information  & Switch to coarse grid domain 
    151155         ! 
    152          CALL set_grid( "T", glamt_crs, gphit_crs )  
    153          CALL set_grid( "U", glamu_crs, gphiu_crs )  
    154          CALL set_grid( "V", glamv_crs, gphiv_crs )  
    155          CALL set_grid( "W", glamt_crs, gphit_crs )  
     156         CALL set_grid( "T", glamt_crs, gphit_crs, .FALSE. )  
     157         CALL set_grid( "U", glamu_crs, gphiu_crs, .FALSE. )  
     158         CALL set_grid( "V", glamv_crs, gphiv_crs, .FALSE. )  
     159         CALL set_grid( "W", glamt_crs, gphit_crs, .FALSE. )  
    156160         CALL set_grid_znl( gphit_crs ) 
    157161          ! 
    158162         CALL dom_grid_glo   ! Return to parent grid domain 
    159163         ! 
    160          IF( ln_cfmeta ) THEN   ! Add additional grid metadata 
     164         IF( ln_cfmeta .AND. TRIM(cdname) .NE. TRIM(rxios_context)) THEN   ! Add additional grid metadata 
    161165            CALL iom_set_domain_attr("grid_T", area = e1e2t_crs(nldi:nlei, nldj:nlej)) 
    162166            CALL iom_set_domain_attr("grid_U", area = e1u_crs(nldi:nlei, nldj:nlej) * e2u_crs(nldi:nlei, nldj:nlej)) 
     
    171175 
    172176      ! vertical grid definition 
    173       CALL iom_set_axis_attr( "deptht", gdept_1d ) 
    174       CALL iom_set_axis_attr( "depthu", gdept_1d ) 
    175       CALL iom_set_axis_attr( "depthv", gdept_1d ) 
    176       CALL iom_set_axis_attr( "depthw", gdepw_1d ) 
    177  
    178       ! Add vertical grid bounds 
    179       jkmin = MIN(2,jpk)  ! in case jpk=1 (i.e. sas2D) 
    180       zt_bnds(2,:        ) = gdept_1d(:) 
    181       zt_bnds(1,jkmin:jpk) = gdept_1d(1:jpkm1) 
    182       zt_bnds(1,1        ) = gdept_1d(1) - e3w_1d(1) 
    183       zw_bnds(1,:        ) = gdepw_1d(:) 
    184       zw_bnds(2,1:jpkm1  ) = gdepw_1d(jkmin:jpk) 
    185       zw_bnds(2,jpk:     ) = gdepw_1d(jpk) + e3t_1d(jpk) 
    186       CALL iom_set_axis_attr( "deptht", bounds=zt_bnds ) 
    187       CALL iom_set_axis_attr( "depthu", bounds=zt_bnds ) 
    188       CALL iom_set_axis_attr( "depthv", bounds=zt_bnds ) 
    189       CALL iom_set_axis_attr( "depthw", bounds=zw_bnds ) 
     177      IF(.NOT.lrst_context) THEN 
     178          CALL iom_set_axis_attr( "deptht", paxis = gdept_1d ) 
     179          CALL iom_set_axis_attr( "depthu", paxis = gdept_1d ) 
     180          CALL iom_set_axis_attr( "depthv", paxis = gdept_1d ) 
     181          CALL iom_set_axis_attr( "depthw", paxis = gdepw_1d ) 
     182 
     183          ! Add vertical grid bounds 
     184          jkmin = MIN(2,jpk)  ! in case jpk=1 (i.e. sas2D) 
     185          zt_bnds(2,:        ) = gdept_1d(:) 
     186          zt_bnds(1,jkmin:jpk) = gdept_1d(1:jpkm1) 
     187          zt_bnds(1,1        ) = gdept_1d(1) - e3w_1d(1) 
     188          zw_bnds(1,:        ) = gdepw_1d(:) 
     189          zw_bnds(2,1:jpkm1  ) = gdepw_1d(jkmin:jpk) 
     190          zw_bnds(2,jpk:     ) = gdepw_1d(jpk) + e3t_1d(jpk) 
     191          CALL iom_set_axis_attr( "deptht", bounds=zt_bnds ) 
     192          CALL iom_set_axis_attr( "depthu", bounds=zt_bnds ) 
     193          CALL iom_set_axis_attr( "depthv", bounds=zt_bnds ) 
     194          CALL iom_set_axis_attr( "depthw", bounds=zw_bnds ) 
    190195 
    191196 
    192197# if defined key_floats 
    193       CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,nfloat) /) ) 
     198          CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,nfloat) /) ) 
    194199# endif 
    195200#if defined key_lim3 || defined key_lim2 
    196       CALL iom_set_axis_attr( "ncatice", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,jpl) /) ) 
     201          CALL iom_set_axis_attr( "ncatice", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,jpl) /) ) 
    197202#endif 
    198       CALL iom_set_axis_attr( "icbcla", class_num ) 
    199       CALL iom_set_axis_attr( "iax_20C", (/ REAL(20,wp) /) ) 
    200       CALL iom_set_axis_attr( "iax_28C", (/ REAL(28,wp) /) ) 
    201        
     203          CALL iom_set_axis_attr( "icbcla", class_num ) 
     204          CALL iom_set_axis_attr( "iax_20C", (/ REAL(20,wp) /) ) 
     205          CALL iom_set_axis_attr( "iax_28C", (/ REAL(28,wp) /) ) 
     206      ENDIF    
    202207      ! automatic definitions of some of the xml attributs 
    203       CALL set_xmlatt 
     208      IF( lrst_context ) THEN 
     209!set names of the fields in restart file IF using XIOS to read/write data 
     210       CALL set_rst_context() 
     211       CALL set_rst_vars() 
     212!set which fields are to be read from restart file 
     213       CALL set_rstr_active() 
     214      ELSE 
     215       CALL set_xmlatt 
     216      ENDIF 
    204217 
    205218      ! end file definition 
     
    213226 
    214227#endif 
    215        
     228 
    216229   END SUBROUTINE iom_init 
    217230 
     231    
     232   SUBROUTINE set_rst_vars() 
     233!set names for variables in restart file 
     234   INTEGER :: i 
     235        rst_fields(:)%vname="NO_NAME";         rst_fields(:)%grid="NO_GRID" 
     236        i = 0 
     237        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="rdt";            rst_fields(i)% grid="grid_scalar" 
     238        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="un";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D" 
     239        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ub";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D" 
     240        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vn";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D" 
     241        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vb";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D"   
     242        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="tn";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D" 
     243        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="tb";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D" 
     244        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sn";             rst_fields(i)% grid="grid_N_3D" 
     245        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sb";             rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     246        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sshn";           rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     247        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sshb";           rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     248        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="rhop";           rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     249        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="kt";             rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     250        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ndastp";         rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     251        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="adatrj";         rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     252        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="utau_b";         rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     253        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vtau_b";         rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     254        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="qns_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     255        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="emp_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     256        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sfx_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     257        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="en" ;            rst_fields(i)%grid="grid_N_3D"  
     258        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="avt";            rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     259        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="avm";            rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     260        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="avmu";           rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     261        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="avmv";           rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     262        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="dissl";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     263        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sbc_hc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     264        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sbc_sc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     265        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="qsr_hc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     266        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="fraqsr_1lev";    rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     267        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="greenland_icesheet_mass" 
     268                                               rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     269        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="greenland_icesheet_timelapsed" 
     270                                               rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     271        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="greenland_icesheet_mass_roc" 
     272                                               rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     273        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="antarctica_icesheet_mass" 
     274                                               rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     275        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="antarctica_icesheet_timelapsed" 
     276                                               rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     277        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="antarctica_icesheet_mass_roc" 
     278                                               rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     279        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="frc_v";          rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     280        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="frc_t";          rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     281        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="frc_s";          rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     282        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="frc_wn_t";       rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     283        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="frc_wn_s";       rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     284        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssh_ini";        rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     285        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3t_ini";        rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     286        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="hc_loc_ini";     rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     287        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sc_loc_ini";     rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     288        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssh_hc_loc_ini"; rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     289        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssh_sc_loc_ini"; rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     290        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="tilde_e3t_b";    rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     291        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="tilde_e3t_n";    rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     292        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="hdiv_lf";        rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     293        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ub2_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     294        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vb2_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     295        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sshbb_e";        rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     296        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ubb_e";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     297        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vbb_e";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     298        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sshb_e";         rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     299        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ub_e";           rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     300        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vb_e";           rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     301        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="fwf_isf_b";      rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     302        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="isf_sc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     303        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="isf_hc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     304        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssh_ibb";        rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     305        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="rnf_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     306        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="rnf_hc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     307        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="rnf_sc_b";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     308        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="nn_fsbc";        rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     309        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssu_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     310        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssv_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     311        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sst_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     312        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="sss_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     313        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ssh_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     314        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3t_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     315        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="frq_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     316        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="avmb";           rst_fields(i)%grid="grid_vector" 
     317        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="avtb";           rst_fields(i)%grid="grid_vector" 
     318        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ub2_i_b";        rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     319        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vb2_i_b";        rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     320        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="ntime";          rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     321        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="Dsst";           rst_fields(i)%grid="grid_scalar" 
     322        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="tmask";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     323        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="umask";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     324        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="vmask";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     325        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="smask";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     326        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="gdepw_n";        rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     327        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3t_n";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     328        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3u_n";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     329        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3v_n";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     330        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="surf_ini";       rst_fields(i)%grid="grid_N" 
     331        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3t_b";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     332        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3t_n";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     333        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="mxln";           rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     334        i = i + 1; rst_fields(i)%vname="e3t_m";          rst_fields(i)%grid="grid_N_3D" 
     335   END SUBROUTINE set_rst_vars 
     336 
     337 
     338   SUBROUTINE set_rstr_active() 
     339!sets enabled = .TRUE. for each field in restart file 
     340   CHARACTER(len=256) :: rst_file 
     341   TYPE(xios_field) :: field_hdl 
     342   TYPE(xios_file) :: file_hdl 
     343   TYPE(xios_filegroup) :: filegroup_hdl 
     344   INTEGER :: i 
     345   CHARACTER(lc)  ::   clpath 
     346 
     347        clpath = TRIM(cn_ocerst_indir) 
     348        IF( clpath(LEN_TRIM(clpath):) /= '/' ) clpath = TRIM(clpath) // '/' 
     349        IF( TRIM(Agrif_CFixed()) == '0' ) THEN 
     350           rst_file = TRIM(clpath)//TRIM(cn_ocerst_in) 
     351        ELSE 
     352           rst_file = TRIM(clpath)//'1_'//TRIM(cn_ocerst_in) 
     353        ENDIF 
     354!set name of the restart file and enable available fields 
     355        if(lwp) WRITE(numout,*) 'Setting restart filename (for XIOS) to: ',rst_file 
     356        CALL xios_get_handle("file_definition", filegroup_hdl ) 
     357        CALL xios_add_child(filegroup_hdl, file_hdl, 'rrestart') 
     358        CALL xios_set_file_attr( "rrestart", name=trim(rst_file), type="one_file", & 
     359             par_access="collective", enabled=.TRUE., mode="read",                 & 
     360             output_freq=xios_timestep) 
     361!defin files for restart context 
     362        DO i = 1, max_rst_fields 
     363         IF( TRIM(rst_fields(i)%vname) /= "NO_NAME") THEN 
     364           IF( iom_varid( numror, TRIM(rst_fields(i)%vname), ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
     365                CALL xios_add_child(file_hdl, field_hdl, TRIM(rst_fields(i)%vname)) 
     366                SELECT CASE (TRIM(rst_fields(i)%grid)) 
     367                 CASE ("grid_N_3D") 
     368                    CALL xios_set_attr (field_hdl, enabled = .TRUE., name = TRIM(rst_fields(i)%vname), & 
     369                        domain_ref="grid_N", axis_ref="deptht", operation = "instant") 
     370                 CASE ("grid_N") 
     371                    CALL xios_set_attr (field_hdl, enabled = .TRUE., name = TRIM(rst_fields(i)%vname), & 
     372                        domain_ref="grid_N", operation = "instant")  
     373                CASE ("grid_vector") 
     374                    CALL xios_set_attr (field_hdl, enabled = .TRUE., name = TRIM(rst_fields(i)%vname), & 
     375                         axis_ref="deptht", operation = "instant") 
     376                 CASE ("grid_scalar") 
     377                    CALL xios_set_attr (field_hdl, enabled = .TRUE., name = TRIM(rst_fields(i)%vname), & 
     378                        scalar_ref = "grid_scalar", operation = "instant") 
     379                END SELECT 
     380                IF(lwp) WRITE(numout,*) 'XIOS read: ', TRIM(rst_fields(i)%vname), ' enabled in ', TRIM(rst_file) 
     381           ENDIF 
     382         ENDIF 
     383        END DO 
     384   END SUBROUTINE set_rstr_active 
     385 
     386   SUBROUTINE set_rst_context( )  
     387#if defined key_iomput 
     388   TYPE(xios_domaingroup)            :: domaingroup_hdl  
     389   TYPE(xios_domain)                 :: domain_hdl  
     390   TYPE(xios_axisgroup)              :: axisgroup_hdl  
     391   TYPE(xios_axis)                   :: axis_hdl  
     392   TYPE(xios_scalar)                 :: scalar_hdl  
     393   TYPE(xios_scalargroup)            :: scalargroup_hdl  
     394 
     395     CALL xios_get_handle("domain_definition",domaingroup_hdl)  
     396     CALL xios_add_child(domaingroup_hdl, domain_hdl, "grid_N")  
     397     CALL set_grid("N", glamt, gphit, .TRUE.)  
     398  
     399     CALL xios_get_handle("axis_definition",axisgroup_hdl)  
     400     CALL xios_add_child(axisgroup_hdl, axis_hdl, "deptht")  
     401!AGRIF fails to compile when unit= is in call to xios_set_axis_attr 
     402!    CALL xios_set_axis_attr( "deptht", long_name="Vertical levels",  unit="m", positive="down")  
     403     CALL xios_set_axis_attr( "deptht", long_name="Vertical levels in meters", positive="down") 
     404     CALL iom_set_axis_attr( "deptht", paxis = gdept_1d )  
     405 
     406     CALL xios_get_handle("scalar_definition", scalargroup_hdl)  
     407     CALL xios_add_child(scalargroup_hdl, scalar_hdl, "grid_scalar")  
     408#endif 
     409   END SUBROUTINE set_rst_context 
    218410 
    219411   SUBROUTINE iom_swap( cdname ) 
     
    347539            icnt = icnt + 1 
    348540         END DO 
     541      ELSE 
     542         lxios_sini = .TRUE. 
    349543      ENDIF 
    350544      IF( llwrt ) THEN 
     
    530724   !!                   INTERFACE iom_get 
    531725   !!---------------------------------------------------------------------- 
    532    SUBROUTINE iom_g0d( kiomid, cdvar, pvar, ktime ) 
     726   SUBROUTINE iom_g0d( kiomid, cdvar, pvar, ktime, lrxios ) 
    533727      INTEGER         , INTENT(in   )                 ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    534728      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                 ::   cdvar     ! Name of the variable 
    535729      REAL(wp)        , INTENT(  out)                 ::   pvar      ! read field 
    536730      INTEGER         , INTENT(in   ),     OPTIONAL   ::   ktime     ! record number 
     731      LOGICAL         , INTENT(in   ),     OPTIONAL   ::   lrxios    ! use xios to read restart 
    537732      ! 
    538733      INTEGER                                         ::   idvar     ! variable id 
     
    542737      CHARACTER(LEN=100)                              ::   clname    ! file name 
    543738      CHARACTER(LEN=1)                                ::   cldmspc   ! 
     739      LOGICAL                                         ::   lxios 
    544740      ! 
    545741      itime = 1 
     
    567763   END SUBROUTINE iom_g0d 
    568764 
    569    SUBROUTINE iom_g1d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount ) 
     765   SUBROUTINE iom_g1d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrxios ) 
    570766      INTEGER         , INTENT(in   )                         ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    571767      INTEGER         , INTENT(in   )                         ::   kdom      ! Type of domain to be read 
     
    575771      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(1), OPTIONAL ::   kstart    ! start axis position of the reading  
    576772      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(1), OPTIONAL ::   kcount    ! number of points in each axis 
     773      LOGICAL         , INTENT(in   ),               OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS 
    577774      ! 
    578775      IF( kiomid > 0 ) THEN 
    579776         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r1d=pvar,   & 
    580               &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount ) 
     777              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, & 
     778              &                                                     lrxios=lrxios ) 
    581779      ENDIF 
    582780   END SUBROUTINE iom_g1d 
    583781 
    584    SUBROUTINE iom_g2d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr ) 
     782   SUBROUTINE iom_g2d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr, lrxios) 
    585783      INTEGER         , INTENT(in   )                           ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    586784      INTEGER         , INTENT(in   )                           ::   kdom      ! Type of domain to be read 
     
    594792                                                                               ! called open_ocean_jstart to set the start 
    595793                                                                               ! value for the 2nd dimension (netcdf only) 
     794      LOGICAL         , INTENT(in   ),                 OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS 
    596795      ! 
    597796      IF( kiomid > 0 ) THEN 
    598797         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r2d=pvar,   & 
    599798              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, & 
    600               &                                                     lrowattr=lrowattr ) 
     799              &                                                     lrowattr=lrowattr,  lrxios=lrxios) 
    601800      ENDIF 
    602801   END SUBROUTINE iom_g2d 
    603802 
    604    SUBROUTINE iom_g3d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr ) 
     803   SUBROUTINE iom_g3d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr, lrxios ) 
    605804      INTEGER         , INTENT(in   )                             ::   kiomid    ! Identifier of the file 
    606805      INTEGER         , INTENT(in   )                             ::   kdom      ! Type of domain to be read 
     
    614813                                                                                 ! called open_ocean_jstart to set the start 
    615814                                                                                 ! value for the 2nd dimension (netcdf only) 
     815      LOGICAL         , INTENT(in   ),                   OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS 
    616816      ! 
    617817      IF( kiomid > 0 ) THEN 
    618818         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r3d=pvar,   & 
    619819              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, & 
    620               &                                                     lrowattr=lrowattr ) 
     820              &                                                     lrowattr=lrowattr, lrxios=lrxios ) 
    621821      ENDIF 
    622822   END SUBROUTINE iom_g3d 
     
    626826         &                  pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d,   & 
    627827         &                  ktime , kstart, kcount,   & 
    628          &                  lrowattr                ) 
     828         &                  lrowattr, lrxios        ) 
    629829      !!----------------------------------------------------------------------- 
    630830      !!                  ***  ROUTINE  iom_get_123d  *** 
     
    647847                                                                           ! called open_ocean_jstart to set the start 
    648848                                                                           ! value for the 2nd dimension (netcdf only) 
    649       ! 
     849      LOGICAL                    , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   lrxios     ! use XIOS to read restart 
     850      ! 
     851      LOGICAL                        ::   lxios       ! local definition for XIOS read 
    650852      LOGICAL                        ::   llnoov      ! local definition to read overlap 
    651853      LOGICAL                        ::   luse_jattr  ! local definition to read open_ocean_jstart file attribute 
     
    674876      !--------------------------------------------------------------------- 
    675877      ! 
    676       clname = iom_file(kiomid)%name   !   esier to read 
    677       clinfo = '          iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar) 
    678       ! local definition of the domain ? 
     878      REAL(wp)                       :: gma, gmi 
     879      lxios = .FALSE. 
     880      if(PRESENT(lrxios)) lxios = lrxios 
     881      idvar = iom_varid( kiomid, cdvar )  
    679882      idom = kdom 
    680       ! do we read the overlap  
    681       ! ugly patch SM+JMM+RB to overwrite global definition in some cases 
    682       llnoov = (jpni * jpnj ) == jpnij .AND. .NOT. lk_agrif  
    683       ! check kcount and kstart optionals parameters... 
    684       IF( PRESENT(kcount) .AND. (.NOT. PRESENT(kstart)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kcount present needs kstart present') 
    685       IF( PRESENT(kstart) .AND. (.NOT. PRESENT(kcount)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kcount present') 
    686       IF( PRESENT(kstart) .AND. idom /= jpdom_unknown .AND.  idom /= jpdom_autoglo_xy  ) & 
     883 
     884      IF(.NOT.lxios) THEN 
     885          clname = iom_file(kiomid)%name   !   esier to read 
     886          clinfo = '          iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar) 
     887          ! local definition of the domain ? 
     888          ! do we read the overlap  
     889          ! ugly patch SM+JMM+RB to overwrite global definition in some cases 
     890          llnoov = (jpni * jpnj ) == jpnij .AND. .NOT. lk_agrif  
     891          ! check kcount and kstart optionals parameters... 
     892          IF( PRESENT(kcount) .AND. (.NOT. PRESENT(kstart)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kcount present needs kstart present') 
     893          IF( PRESENT(kstart) .AND. (.NOT. PRESENT(kcount)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kcount present') 
     894          IF( PRESENT(kstart) .AND. idom /= jpdom_unknown .AND.  idom /= jpdom_autoglo_xy  ) & 
    687895     &           CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kdom = jpdom_unknown or kdom = jpdom_autoglo_xy') 
    688896 
     
    701909      ENDIF 
    702910 
    703       ! Search for the variable in the data base (eventually actualize data) 
    704       istop = nstop 
    705       idvar = iom_varid( kiomid, cdvar ) 
    706       ! 
    707       IF( idvar > 0 ) THEN 
    708          ! to write iom_file(kiomid)%dimsz in a shorter way ! 
    709          idimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(:, idvar)  
    710          inbdim = iom_file(kiomid)%ndims(idvar)            ! number of dimensions in the file 
    711          idmspc = inbdim                                   ! number of spatial dimensions in the file 
    712          IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )   idmspc = inbdim - 1 
    713          IF( idmspc > 3 )   CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'the file has more than 3 spatial dimensions this case is not coded...')  
    714          ! 
    715          ! update idom definition... 
    716          ! Identify the domain in case of jpdom_auto(glo/dta) definition 
    717          IF( idom == jpdom_autoglo_xy ) THEN 
    718             ll_depth_spec = .TRUE. 
    719             idom = jpdom_autoglo 
    720          ELSE 
    721             ll_depth_spec = .FALSE. 
    722          ENDIF 
    723          IF( idom == jpdom_autoglo .OR. idom == jpdom_autodta ) THEN             
    724             IF( idom == jpdom_autoglo ) THEN   ;   idom = jpdom_global  
    725             ELSE                               ;   idom = jpdom_data 
    726             ENDIF 
    727             ind1 = INDEX( clname, '_', back = .TRUE. ) + 1 
    728             ind2 = INDEX( clname, '.', back = .TRUE. ) - 1 
    729             IF( ind2 > ind1 ) THEN   ;   IF( VERIFY( clname(ind1:ind2), '0123456789' ) == 0 )   idom = jpdom_local   ;   ENDIF 
    730          ENDIF 
    731          ! Identify the domain in case of jpdom_local definition 
    732          IF( idom == jpdom_local ) THEN 
    733             IF(     idimsz(1) == jpi               .AND. idimsz(2) == jpj               ) THEN   ;   idom = jpdom_local_full 
    734             ELSEIF( idimsz(1) == nlci              .AND. idimsz(2) == nlcj              ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noextra 
    735             ELSEIF( idimsz(1) == (nlei - nldi + 1) .AND. idimsz(2) == (nlej - nldj + 1) ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noovlap 
    736             ELSE   ;   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'impossible to identify the local domain' ) 
    737             ENDIF 
    738          ENDIF 
    739          ! 
    740          ! check the consistency between input array and data rank in the file 
    741          ! 
    742          ! initializations 
    743          itime = 1 
    744          IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime 
    745  
    746          irankpv = 1 * COUNT( (/PRESENT(pv_r1d)/) ) + 2 * COUNT( (/PRESENT(pv_r2d)/) ) + 3 * COUNT( (/PRESENT(pv_r3d)/) ) 
    747          WRITE(clrankpv, fmt='(i1)') irankpv 
    748          WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc 
    749          ! 
    750          IF(     idmspc <  irankpv ) THEN  
    751             CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'The file has only '//cldmspc//' spatial dimension',   & 
     911          ! Search for the variable in the data base (eventually actualize data) 
     912          istop = nstop 
     913          ! 
     914          IF( idvar > 0 ) THEN 
     915             ! to write iom_file(kiomid)%dimsz in a shorter way ! 
     916             idimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(:, idvar)  
     917             inbdim = iom_file(kiomid)%ndims(idvar)            ! number of dimensions in the file 
     918             idmspc = inbdim                                   ! number of spatial dimensions in the file 
     919             IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )   idmspc = inbdim - 1 
     920             IF( idmspc > 3 )   CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'the file has more than 3 spatial dimensions this case is not coded...')  
     921             ! 
     922             ! update idom definition... 
     923             ! Identify the domain in case of jpdom_auto(glo/dta) definition 
     924             IF( idom == jpdom_autoglo_xy ) THEN 
     925                ll_depth_spec = .TRUE. 
     926                idom = jpdom_autoglo 
     927             ELSE 
     928                ll_depth_spec = .FALSE. 
     929             ENDIF 
     930             IF( idom == jpdom_autoglo .OR. idom == jpdom_autodta ) THEN             
     931                IF( idom == jpdom_autoglo ) THEN   ;   idom = jpdom_global  
     932                ELSE                               ;   idom = jpdom_data 
     933                ENDIF 
     934                ind1 = INDEX( clname, '_', back = .TRUE. ) + 1 
     935                ind2 = INDEX( clname, '.', back = .TRUE. ) - 1 
     936                IF( ind2 > ind1 ) THEN   ;   IF( VERIFY( clname(ind1:ind2), '0123456789' ) == 0 )   idom = jpdom_local   ;   ENDIF 
     937             ENDIF 
     938             ! Identify the domain in case of jpdom_local definition 
     939             IF( idom == jpdom_local ) THEN 
     940                IF(     idimsz(1) == jpi               .AND. idimsz(2) == jpj               ) THEN   ;   idom = jpdom_local_full 
     941                ELSEIF( idimsz(1) == nlci              .AND. idimsz(2) == nlcj              ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noextra 
     942                ELSEIF( idimsz(1) == (nlei - nldi + 1) .AND. idimsz(2) == (nlej - nldj + 1) ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noovlap 
     943                ELSE   ;   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'impossible to identify the local domain' ) 
     944                ENDIF 
     945             ENDIF 
     946             ! 
     947             ! check the consistency between input array and data rank in the file 
     948             ! 
     949             ! initializations 
     950             itime = 1 
     951             IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime 
     952 
     953             irankpv = 1 * COUNT( (/PRESENT(pv_r1d)/) ) + 2 * COUNT( (/PRESENT(pv_r2d)/) ) + 3 * COUNT( (/PRESENT(pv_r3d)/) ) 
     954             WRITE(clrankpv, fmt='(i1)') irankpv 
     955             WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc 
     956             ! 
     957             IF(     idmspc <  irankpv ) THEN  
     958                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'The file has only '//cldmspc//' spatial dimension',   & 
    752959               &                         'it is impossible to read a '//clrankpv//'D array from this file...' ) 
    753          ELSEIF( idmspc == irankpv ) THEN 
    754             IF( PRESENT(pv_r1d) .AND. idom /= jpdom_unknown )   & 
     960             ELSEIF( idmspc == irankpv ) THEN 
     961                IF( PRESENT(pv_r1d) .AND. idom /= jpdom_unknown )   & 
    755962               &   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'case not coded...You must use jpdom_unknown' ) 
    756          ELSEIF( idmspc >  irankpv ) THEN 
    757                IF( PRESENT(pv_r2d) .AND. itime == 1 .AND. idimsz(3) == 1 .AND. idmspc == 3 ) THEN 
    758                   CALL ctl_warn( trim(clinfo), '2D array but 3 spatial dimensions for the data...'              ,   & 
     963             ELSEIF( idmspc >  irankpv ) THEN 
     964                   IF( PRESENT(pv_r2d) .AND. itime == 1 .AND. idimsz(3) == 1 .AND. idmspc == 3 ) THEN 
     965                      CALL ctl_warn( trim(clinfo), '2D array but 3 spatial dimensions for the data...'              ,   & 
    759966                        &         'As the size of the z dimension is 1 and as we try to read the first record, ',   & 
    760967                        &         'we accept this case, even if there is a possible mix-up between z and time dimension' )    
    761                   idmspc = idmspc - 1 
    762                ELSE 
    763                   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'To keep iom lisibility, when reading a '//clrankpv//'D array,'         ,   & 
     968                      idmspc = idmspc - 1 
     969                   ELSE 
     970                      CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'To keep iom lisibility, when reading a '//clrankpv//'D array,'         ,   & 
    764971                     &                         'we do not accept data with '//cldmspc//' spatial dimensions',   & 
    765972                     &                         'Use ncwa -a to suppress the unnecessary dimensions' ) 
    766                ENDIF 
    767          ENDIF 
    768  
    769          ! 
    770          ! definition of istart and icnt 
    771          ! 
    772          icnt  (:) = 1 
    773          istart(:) = 1 
    774          istart(idmspc+1) = itime 
     973                   ENDIF 
     974             ENDIF 
     975 
     976             ! 
     977             ! definition of istart and icnt 
     978             ! 
     979             icnt  (:) = 1 
     980             istart(:) = 1 
     981             istart(idmspc+1) = itime 
    775982 
    776983         IF( PRESENT(kstart) .AND. .NOT. ll_depth_spec ) THEN  
     
    7931000! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    7941001!                  IF( idom /= jpdom_local_noovlap )   istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /) 
    795                   IF( llnoov .AND. idom /= jpdom_local_noovlap ) istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /) 
     1002                      IF( llnoov .AND. idom /= jpdom_local_noovlap ) istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /) 
    7961003                  ! we do not read the overlap and the extra-halos -> from nldi to nlei and from nldj to nlej  
    7971004! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
     
    8101017         ENDIF 
    8111018 
    812          ! check that istart and icnt can be used with this file 
    813          !- 
    814          DO jl = 1, jpmax_dims 
    815             itmp = istart(jl)+icnt(jl)-1 
    816             IF( itmp > idimsz(jl) .AND. idimsz(jl) /= 0 ) THEN 
    817                WRITE( ctmp1, FMT="('(istart(', i1, ') + icnt(', i1, ') - 1) = ', i5)" ) jl, jl, itmp 
    818                WRITE( ctmp2, FMT="(' is larger than idimsz(', i1,') = ', i5)"         ) jl, idimsz(jl) 
    819                CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'start and count too big regarding to the size of the data, ', ctmp1, ctmp2 )      
    820             ENDIF 
    821          END DO 
    822  
    823          ! check that icnt matches the input array 
    824          !-      
    825          IF( idom == jpdom_unknown ) THEN 
    826             IF( irankpv == 1 )        ishape(1:1) = SHAPE(pv_r1d) 
    827             IF( irankpv == 2 )        ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d) 
    828             IF( irankpv == 3 )        ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d) 
    829             ctmp1 = 'd' 
    830          ELSE 
    831             IF( irankpv == 2 ) THEN 
     1019             ! check that istart and icnt can be used with this file 
     1020             !- 
     1021             DO jl = 1, jpmax_dims 
     1022                itmp = istart(jl)+icnt(jl)-1 
     1023                IF( itmp > idimsz(jl) .AND. idimsz(jl) /= 0 ) THEN 
     1024                   WRITE( ctmp1, FMT="('(istart(', i1, ') + icnt(', i1, ') - 1) = ', i5)" ) jl, jl, itmp 
     1025                   WRITE( ctmp2, FMT="(' is larger than idimsz(', i1,') = ', i5)"         ) jl, idimsz(jl) 
     1026                   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'start and count too big regarding to the size of the data, ', ctmp1, ctmp2 )      
     1027                ENDIF 
     1028             END DO 
     1029 
     1030             ! check that icnt matches the input array 
     1031             !-      
     1032             IF( idom == jpdom_unknown ) THEN 
     1033                IF( irankpv == 1 )        ishape(1:1) = SHAPE(pv_r1d) 
     1034                IF( irankpv == 2 )        ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d) 
     1035                IF( irankpv == 3 )        ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d) 
     1036                ctmp1 = 'd' 
     1037             ELSE 
     1038                IF( irankpv == 2 ) THEN 
    8321039! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    8331040!               ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  ))   ;   ctmp1 = 'd(nldi:nlei,nldj:nlej)' 
    834                IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  )) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej)' 
    835                ELSE              ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(1   :nlci,1   :nlcj  )) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj)' 
    836                ENDIF 
    837             ENDIF 
    838             IF( irankpv == 3 ) THEN  
     1041                   IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  )) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej)' 
     1042                   ELSE              ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(1   :nlci,1   :nlcj  )) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj)' 
     1043                   ENDIF 
     1044                ENDIF 
     1045                IF( irankpv == 3 ) THEN  
    8391046! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    8401047!               ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:))   ;   ctmp1 = 'd(nldi:nlei,nldj:nlej,:)' 
    841                IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)' 
    842                ELSE              ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(1   :nlci,1   :nlcj,:)) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj,:)' 
    843                ENDIF 
    844             ENDIF 
    845          ENDIF 
     1048                   IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)' 
     1049                   ELSE              ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(1   :nlci,1   :nlcj,:)) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj,:)' 
     1050                   ENDIF 
     1051                ENDIF 
     1052             ENDIF 
    8461053          
    847          DO jl = 1, irankpv 
    848             WRITE( ctmp2, FMT="(', ', i1,'): ', i5,' /= icnt(', i1,'):', i5)" ) jl, ishape(jl), jl, icnt(jl) 
    849             IF( ishape(jl) /= icnt(jl) )   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'size(pv_r'//clrankpv//TRIM(ctmp1)//TRIM(ctmp2) ) 
    850          END DO 
    851  
    852       ENDIF 
    853  
    854       ! read the data 
    855       !-      
    856       IF( idvar > 0 .AND. istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
    857          ! 
    858          ! find the right index of the array to be read 
     1054             DO jl = 1, irankpv 
     1055                WRITE( ctmp2, FMT="(', ', i1,'): ', i5,' /= icnt(', i1,'):', i5)" ) jl, ishape(jl), jl, icnt(jl) 
     1056                IF( ishape(jl) /= icnt(jl) )   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'size(pv_r'//clrankpv//TRIM(ctmp1)//TRIM(ctmp2) ) 
     1057             END DO 
     1058 
     1059          ENDIF 
     1060 
     1061          ! read the data 
     1062          !-      
     1063          IF( idvar > 0 .AND. istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
     1064             ! 
     1065             ! find the right index of the array to be read 
    8591066! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp) 
    8601067!         IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej 
    8611068!         ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
    8621069!         ENDIF 
    863          IF( llnoov ) THEN 
    864             IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej 
    865             ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
    866             ENDIF 
    867          ELSE 
    868             IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = 1      ;   ix2 = nlci      ;   iy1 = 1      ;   iy2 = nlcj 
    869             ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
    870             ENDIF 
    871          ENDIF 
     1070             IF( llnoov ) THEN 
     1071                IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej 
     1072                ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
     1073                ENDIF 
     1074             ELSE 
     1075                IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = 1      ;   ix2 = nlci      ;   iy1 = 1      ;   iy2 = nlcj 
     1076                ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2) 
     1077                ENDIF 
     1078             ENDIF 
    8721079       
    8731080         SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib) 
     
    8781085         END SELECT 
    8791086 
    880          IF( istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
    881             IF(lwp) WRITE(numout,"(10x,' read ',a,' (rec: ',i6,') in ',a,' ok')") TRIM(cdvar), itime, TRIM(iom_file(kiomid)%name) 
     1087             IF( istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point... 
     1088                IF(lwp) WRITE(numout,"(10x,' read ',a,' (rec: ',i6,') in ',a,' ok')") TRIM(cdvar), itime, TRIM(iom_file(kiomid)%name) 
    8821089           
    883             !--- overlap areas and extra hallows (mpp) 
    884             IF(     PRESENT(pv_r2d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
    885                CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',-999.,'no0' ) 
    886             ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
    887                ! this if could be simplified with the new lbc_lnk that works with any size of the 3rd dimension 
    888                IF( icnt(3) == jpk ) THEN 
    889                   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' ) 
    890                ELSE   ! put some arbitrary value (a call to lbc_lnk will be done later...) 
    891                   DO jj = nlcj+1, jpj   ;   pv_r3d(1:nlci, jj, :) = pv_r3d(1:nlci, nlej, :)   ;   END DO 
    892                   DO ji = nlci+1, jpi   ;   pv_r3d(ji    , : , :) = pv_r3d(nlei  , :   , :)   ;   END DO 
    893                ENDIF 
    894             ENDIF 
    895              
    896             ! C1D case : always call lbc_lnk to replicate the central value over the whole 3X3 domain 
    897             IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r2d) )   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',1. ) 
    898             IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r3d) )   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',1. ) 
    899      
    900             !--- Apply scale_factor and offset 
    901             zscf = iom_file(kiomid)%scf(idvar)      ! scale factor 
    902             zofs = iom_file(kiomid)%ofs(idvar)      ! offset 
    903             IF(     PRESENT(pv_r1d) ) THEN 
    904                IF( zscf /= 1. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) * zscf  
    905                IF( zofs /= 0. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) + zofs 
    906             ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN 
    907                IF( zscf /= 1.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) * zscf 
    908                IF( zofs /= 0.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) + zofs 
    909             ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
    910                IF( zscf /= 1.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) * zscf 
    911                IF( zofs /= 0.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) + zofs 
    912             ENDIF 
    913             ! 
    914          ENDIF 
    915          ! 
    916       ENDIF 
    917       ! 
     1090                !--- overlap areas and extra hallows (mpp) 
     1091                IF(     PRESENT(pv_r2d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
     1092                   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',-999.,'no0' ) 
     1093                ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN 
     1094                   ! this if could be simplified with the new lbc_lnk that works with any size of the 3rd dimension 
     1095                   IF( icnt(3) == jpk ) THEN 
     1096                      CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' ) 
     1097                   ELSE   ! put some arbitrary value (a call to lbc_lnk will be done later...) 
     1098                      DO jj = nlcj+1, jpj   ;   pv_r3d(1:nlci, jj, :) = pv_r3d(1:nlci, nlej, :)   ;   END DO 
     1099                      DO ji = nlci+1, jpi   ;   pv_r3d(ji    , : , :) = pv_r3d(nlei  , :   , :)   ;   END DO 
     1100                   ENDIF 
     1101                ENDIF 
     1102                ! 
     1103             ELSE 
     1104                ! return if istop == nstop is false 
     1105                RETURN 
     1106             ENDIF 
     1107          ELSE 
     1108             ! return if statment idvar > 0 .AND. istop == nstop is false 
     1109             RETURN 
     1110          ENDIF 
     1111          ! 
     1112       ELSE        ! read using XIOS. Only if KEY_IOMPUT is defined 
     1113#if defined key_iomput 
     1114!would be good to be able to check which context is active and swap only if current is not restart 
     1115          CALL iom_swap( TRIM(rxios_context) )  
     1116          IF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
     1117             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (3D): ',trim(cdvar) 
     1118             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r3d) 
     1119             IF(idom /= jpdom_unknown ) then 
     1120                 CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' ) 
     1121             ENDIF 
     1122          ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN 
     1123             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (2D): ', trim(cdvar) 
     1124             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r2d) 
     1125             IF(idom /= jpdom_unknown ) THEN 
     1126                 CALL lbc_lnk(pv_r2d,'Z',-999.,'no0') 
     1127             ENDIF 
     1128          ELSEIF( PRESENT(pv_r1d) ) THEN 
     1129             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (1D): ', trim(cdvar) 
     1130             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r1d) 
     1131          ENDIF 
     1132          CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) ) 
     1133#else 
     1134          istop = istop + 1  
     1135          clinfo = 'Can not use XIOS in iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var:'//trim(cdvar) 
     1136#endif 
     1137       ENDIF 
     1138!some final adjustments 
     1139       ! C1D case : always call lbc_lnk to replicate the central value over the whole 3X3 domain 
     1140       IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r2d) )   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',1. ) 
     1141       IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r3d) )   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',1. ) 
     1142 
     1143       !--- Apply scale_factor and offset 
     1144       zscf = iom_file(kiomid)%scf(idvar)      ! scale factor 
     1145       zofs = iom_file(kiomid)%ofs(idvar)      ! offset 
     1146       IF(     PRESENT(pv_r1d) ) THEN 
     1147          IF( zscf /= 1. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) * zscf  
     1148          IF( zofs /= 0. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) + zofs 
     1149       ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN 
     1150          IF( zscf /= 1.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) * zscf 
     1151          IF( zofs /= 0.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) + zofs 
     1152       ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN 
     1153          IF( zscf /= 1.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) * zscf 
     1154          IF( zofs /= 0.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) + zofs 
     1155       ENDIF 
    9181156   END SUBROUTINE iom_get_123d 
    9191157 
     
    12621500            &    lonvalue_1D=lonvalue, latvalue_1D=latvalue, mask_1D=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon_1D=bounds_lon,      & 
    12631501            &    bounds_lat_1D=bounds_lat, area=area, type='curvilinear') 
    1264      ENDIF 
     1502      ENDIF 
    12651503      IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdid) ) THEN 
    12661504         CALL xios_set_domaingroup_attr( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
     
    13781616 
    13791617 
    1380    SUBROUTINE set_grid( cdgrd, plon, plat ) 
     1618   SUBROUTINE set_grid( cdgrd, plon, plat, lxios ) 
    13811619      !!---------------------------------------------------------------------- 
    13821620      !!                     ***  ROUTINE set_grid  *** 
     
    13911629      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zmask 
    13921630      INTEGER  :: ni,nj 
     1631      LOGICAL, INTENT(IN) :: lxios 
    13931632       
    13941633      ni=nlei-nldi+1 ; nj=nlej-nldj+1 
     
    13991638         &                                     latvalue = RESHAPE(plat(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /)))   
    14001639 
    1401       IF ( ln_mskland ) THEN 
     1640      IF ( ln_mskland.AND.(.NOT.lxios) ) THEN 
    14021641         ! mask land points, keep values on coast line -> specific mask for U, V and W points 
    14031642         SELECT CASE ( cdgrd ) 
     
    14391678      ! Offset of coordinate representing bottom-left corner 
    14401679      SELECT CASE ( TRIM(cdgrd) ) 
    1441          CASE ('T', 'W') 
     1680         CASE ('T', 'W', 'N') 
    14421681            icnr = -1 ; jcnr = -1 
    14431682         CASE ('U') 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.