New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 8856 – NEMO

Changeset 8856


Ignore:
Timestamp:
2017-11-30T14:06:43+01:00 (6 years ago)
Author:
mattmartin
Message:

Add first version of code to include obs error standard deviations in output files and read in from input files.

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update_obserr/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update_obserr/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_read_surf.F90

    r7992 r8856  
    9797      INTEGER :: ios 
    9898      INTEGER :: ioserrcount 
     99      INTEGER :: iextr 
    99100      INTEGER, PARAMETER :: jpsurfmaxtype = 1024 
    100101      INTEGER, DIMENSION(knumfiles) :: irefdate 
    … …  
    108109         & iindx,    & 
    109110         & ifileidx, & 
    110          & isurfidx 
     111         & isurfidx, & 
     112         & iadd_std 
    111113      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    112114         & zphi, & 
    … …  
    122124 
    123125      ! Local initialization 
    124       iobs = 0 
    125  
     126      iobs  = 0 
     127      iextr = kextr 
    126128      !----------------------------------------------------------------------- 
    127129      ! Count the number of files needed and allocate the obfbdata type 
    … …  
    131133 
    132134      ALLOCATE( inpfiles(inobf) ) 
     135      ALLOCATE( iadd_std(inobf) ) 
    133136 
    134137      surf_files : DO jj = 1, inobf 
    … …  
    195198                  ENDIF 
    196199               END DO 
     200            ENDIF 
     201 
     202            iadd_std(jj) = -1 
     203            IF ( inpfiles(jj)%nadd > 0 ) THEN 
     204               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nadd 
     205                  IF ( TRIM( inpfiles(jj)%caddname(ji) ) == 'STD' ) THEN 
     206                     iextr = kextr + 1 
     207                     iadd_std(jj) = ji 
     208                  ENDIF 
     209               END DO 
     210            ENDIF 
     211 
     212            IF(lwp) THEN 
     213               IF ( iadd_std(jj) /= -1 ) THEN 
     214                  WRITE(numout,*) ' STD variable available in input file so passing it through the obs oper' 
     215                  WRITE(numout,*) 
     216               ENDIF 
    197217            ENDIF 
    198218 
    … …  
    339359         &               iindx   ) 
    340360 
    341       CALL obs_surf_alloc( surfdata, iobs, kvars, kextr, kstp, jpi, jpj ) 
     361      CALL obs_surf_alloc( surfdata, iobs, kvars, iextr, kstp, jpi, jpj ) 
    342362 
    343363      ! Read obs/positions, QC, all variable and assign to surfdata 
    … …  
    345365      iobs = 0 
    346366      surfdata%cvars(:)  = clvars(:) 
     367      IF ( ldmod .AND. ( TRIM( surfdata%cvars(1) ) == 'SLA' ) ) THEN 
     368         surfdata%cext(1) = 'SSH' 
     369         surfdata%cext(2) = 'MDT' 
     370      ENDIF 
     371      IF ( iextra > kextr ) surfdata%cext(iextr) = 'STD' 
    347372 
    348373      ityp   (:) = 0 
    … …  
    426451               surfdata%robs(iobs,1) = inpfiles(jj)%pob(1,ji,1) 
    427452 
    428  
    429453               ! Model and MDT is set to fbrmdi unless read from file 
    430454               IF ( ldmod ) THEN 
    … …  
    437461                  surfdata%rmod(iobs,1) = fbrmdi 
    438462                  IF ( TRIM(surfdata%cvars(1)) == 'SLA' ) surfdata%rext(iobs,:) = fbrmdi 
     463               ENDIF 
     464 
     465               ! STD (obs error standard deviation) read from file and passed through obs operator 
     466               IF ( iadd_std(jj) /= -1 ) THEN 
     467                  surfdata%rext(iobs,iextr) = inpfiles(jj)%padd(1,ji,iadd_std(jj),1) 
    439468               ENDIF 
    440469            ENDIF 
    … …  
    488517      END DO 
    489518      DEALLOCATE( inpfiles ) 
     519      DEALLOCATE( iadd_std ) 
    490520 
    491521   END SUBROUTINE obs_rea_surf 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update_obserr/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_surf_def.F90

    r7992 r8856  
    7171      CHARACTER(len=8), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
    7272         & cvars          !: Variable names 
     73 
     74      CHARACTER(len=8), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     75         & cext           !: Extra field names 
    7376 
    7477      CHARACTER(LEN=8), POINTER, DIMENSION(:) :: & 
    … …  
    200203 
    201204      ALLOCATE( &  
    202          & surf%rext(ksurf,kextra) & 
     205         & surf%rext(ksurf,kextra), & 
     206         & surf%cext(kextra)        & 
    203207         & ) 
    204208 
    205209      surf%rext(:,:) = 0.0_wp  
     210 
     211      DO ji = 1, kextra 
     212         surf%cext(ji) = "NotSet" 
     213      END DO 
    206214 
    207215      ! Allocate arrays of number of time step size 
    … …  
    288296 
    289297      DEALLOCATE( &  
    290          & surf%rext & 
     298         & surf%rext, & 
     299         & cext & 
    291300         & ) 
    292301 
    … …  
    435444      newsurf%nstp     = surf%nstp 
    436445      newsurf%cvars(:) = surf%cvars(:) 
     446      newsurf%cext(:)  = surf%cext(:) 
    437447       
    438448      ! Set gridded stuff 

  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update_obserr/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_write.F90

    r8223 r8856  
    327327      INTEGER :: iadd 
    328328      INTEGER :: iext 
     329      INTEGER :: indx_std 
     330      INTEGER :: iadd_std 
    329331 
    330332      IF ( PRESENT( padd ) ) THEN 
    … …  
    340342      ENDIF 
    341343 
     344      IF ( surfdata%nextra > 0 ) THEN 
     345 
     346         indx_std = -1 
     347         iadd_std = 0 
     348         DO je = 1, surfdata%nextra 
     349           IF ( TRIM( surfdata%cext(je) ) == 'STD' ) THEN 
     350             iadd_std = 1 
     351             indx_std = je 
     352           ENDIF 
     353         END DO 
     354 
    342355      CALL init_obfbdata( fbdata ) 
    343356 
    … …  
    346359 
    347360         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    348             &                 2 + iadd, 1 + iext, .TRUE. ) 
     361            &                 2 + iadd + iadd_std, 1 + iext, .TRUE. ) 
    349362 
    350363         clfiletype = 'slafb' 
    … …  
    367380         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    368381         DO ja = 1, iadd 
    369             fbdata%caddname(2+ja) = padd%cdname(ja) 
    370             fbdata%caddlong(2+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    371             fbdata%caddunit(2+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     382            fbdata%caddname(2+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     383            fbdata%caddlong(2+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     384            fbdata%caddunit(2+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    372385         END DO 
    373386 
    … …  
    375388 
    376389         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    377             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     390            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    378391 
    379392         clfiletype = 'sstfb' 
    … …  
    390403         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    391404         DO ja = 1, iadd 
    392             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    393             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    394             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     405            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     406            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     407            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    395408         END DO 
    396409 
    … …  
    398411 
    399412         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    400             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     413            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    401414 
    402415         clfiletype = 'sicfb' 
    … …  
    413426         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    414427         DO ja = 1, iadd 
    415             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    416             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    417             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     428            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     429            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     430            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    418431         END DO 
    419432 
    … …  
    421434 
    422435         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    423             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     436            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    424437 
    425438         clfiletype = 'sssfb' 
    … …  
    436449         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    437450         DO ja = 1, iadd 
    438             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    439             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    440             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     451            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     452            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     453            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    441454         END DO 
    442455 
    … …  
    444457 
    445458         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    446             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     459            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    447460 
    448461         clfiletype = 'logchlfb' 
    … …  
    459472         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    460473         DO ja = 1, iadd 
    461             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    462             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    463             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     474            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     475            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     476            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    464477         END DO 
    465478 
    … …  
    467480 
    468481         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    469             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     482            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    470483 
    471484         clfiletype = 'spmfb' 
    … …  
    482495         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    483496         DO ja = 1, iadd 
    484             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    485             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    486             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     497            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     498            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     499            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    487500         END DO 
    488501 
    … …  
    490503 
    491504         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    492             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     505            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    493506 
    494507         clfiletype = 'fco2fb' 
    … …  
    505518         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    506519         DO ja = 1, iadd 
    507             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    508             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    509             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     520            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     521            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     522            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    510523         END DO 
    511524 
    … …  
    513526 
    514527         CALL alloc_obfbdata( fbdata, 1, surfdata%nsurf, 1, & 
    515             &                 1 + iadd, iext, .TRUE. ) 
     528            &                 1 + iadd + iadd_std, iext, .TRUE. ) 
    516529 
    517530         clfiletype = 'pco2fb' 
    … …  
    528541         fbdata%cgrid(1)      = 'T' 
    529542         DO ja = 1, iadd 
    530             fbdata%caddname(1+ja) = padd%cdname(ja) 
    531             fbdata%caddlong(1+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
    532             fbdata%caddunit(1+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
     543            fbdata%caddname(1+iadd_std+ja) = padd%cdname(ja) 
     544            fbdata%caddlong(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdlong(ja,1) 
     545            fbdata%caddunit(1+iadd_std+ja,1) = padd%cdunit(ja,1) 
    533546         END DO 
    534547 
    … …  
    540553 
    541554      fbdata%caddname(1)   = 'Hx' 
     555      IF ( indx_std /= -1 ) THEN 
     556         IF ( TRIM(surfdata%cvars(1)) == 'SLA' ) iadd_std = iadd_std + 1 
     557         fbdata%caddname(1+iadd_std)   = surfdata%cext(indx_std) 
     558         fbdata%caddlong(1+iadd_std,1) = 'Obs error standard deviation' 
     559         fbdata%caddunit(1+iadd_std,1) = fbdata%cobunit(1) 
     560      ENDIF 
    542561 
    543562      WRITE(clfname, FMT="(A,'_fdbk_',I4.4,'.nc')") TRIM(clfiletype), nproc 
    … …  
    605624         fbdata%iobsk(1,jo,1)  = 0 
    606625         IF ( TRIM(surfdata%cvars(1)) == 'SLA' ) fbdata%pext(1,jo,1) = surfdata%rext(jo,2) 
    607          DO ja = 1, iadd 
    608             fbdata%padd(1,jo,2+ja,1) = & 
     626         IF ( indx_std /= -1 ) THEN 
     627            fbdata%padd(1,jo,1+iadd_std,1) = surfdata%rext(jo,indx_std) 
     628         ENDIF 
     629 
     630         DO ja = 1, iadd 
     631            fbdata%padd(1,jo,2+iadd_std+ja,1) = & 
    609632               & surfdata%rext(jo,padd%ipoint(ja)) 
    610633         END DO 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.