Changeset 9208


Ignore:
Timestamp:
2018-01-10T17:06:13+01:00 (3 years ago)
Author:
jpalmier
Message:

JPALM — GMED 364 — clean/correct branch from GO6 Head

Location:
branches/NERC/dev_r5518_GO6_conserv_check_up/NEMOGCM/NEMO
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_conserv_check_up/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcblk_core.F90

    r6823 r9208  
    851851      CALL wrk_alloc( jpi,jpj, rgt33 ) 
    852852      ! 
     853#if defined key_coare_bulk_patch 
     854     rgt33 = MIN(zw10, 22.) 
     855     !! cd_neutral_10m = 1.e-3 * ( 2.7/rgt33  + 0.142 + 0.06*rgt33  + 
     856     !!                  0.0025*rgt33 **2 - 1.25e-9*rgt33 **6) 
     857     !! A new version May 31st! 
     858      cd_neutral_10m = 1.e-3 * ( 2.4/rgt33  + 0.15 + 0.095*rgt33  + 0.0008*rgt33 **2 - 1.0e-9*rgt33 **6) 
     859#else 
    853860      !! When wind speed > 33 m/s => Cyclone conditions => special treatment 
    854861      rgt33 = 0.5_wp + SIGN( 0.5_wp, (zw10 - 33._wp) )   ! If zw10 < 33. => 0, else => 1   
     
    856863         &       (1._wp - rgt33)*( 2.7_wp/zw10 + 0.142_wp + zw10/13.09_wp - 3.14807E-10*zw10**6) & ! zw10< 33. 
    857864         &      + rgt33         *      2.34   )                                                    ! zw10 >= 33. 
     865#endif 
    858866      ! 
    859867      CALL wrk_dealloc( jpi,jpj, rgt33) 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_conserv_check_up/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r9114 r9208  
    3333   !! -------------------------------------------------- 
    3434   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:)               ::  trai           !: initial total tracer 
     35# if defined key_medusa && key_roam  
     36   !! AXY (17/11/2017): elemental cycle initial totals 
     37   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:)               ::  cycletot       !: initial elemental cycle total 
     38   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:)               ::  cycletot2      !: initial elemental cycle total excl. halo in mpp_sum 
     39# endif 
    3540   REAL(wp), PUBLIC                                                ::  areatot        !: total volume  
    3641   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:  )         ::  cvol           !: volume correction -degrad option-  
     
    266271         &      cvol(jpi,jpj,jpk)     , rdttrc(jpk)           , trai(jptra)           ,       & 
    267272         &      ctrcnm(jptra)         , ctrcln(jptra)         , ctrcun(jptra)         ,       &  
     273# if defined key_medusa && defined key_roam 
     274         &      cycletot(6), cycletot2(6)                                             ,       & 
     275# endif 
    268276         &      ln_trc_ini(jptra)     , ln_trc_wri(jptra)     , qsr_mean(jpi,jpj)     ,  STAT = trc_alloc  )   
    269277 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_conserv_check_up/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcini.F90

    r8442 r9208  
    2828   USE trcini_idtra    ! idealize tracer initialisation 
    2929   USE trcini_medusa   ! MEDUSA   initialisation 
     30   USE par_medusa      ! MEDUSA   parameters (needed for elemental cycles) 
    3031   USE trcdta          ! initialisation from files 
    3132   USE daymod          ! calendar manager 
     
    3536   USE sbc_oce 
    3637   USE trcice          ! tracers in sea ice 
    37   
     38   USE sms_medusa      ! MEDUSA   initialisation 
    3839   IMPLICIT NONE 
    3940   PRIVATE 
     
    6263      !!                or read data or analytical formulation 
    6364      !!--------------------------------------------------------------------- 
    64       INTEGER ::   jk, jn, jl    ! dummy loop indices 
     65      INTEGER ::   ji, jj, jk, jn, jl    ! dummy loop indices 
     66# if defined key_medusa && defined key_roam 
     67      !! AXY (23/11/2017) 
     68      REAL(wp)                         :: zsum3d, zsum2d 
     69      REAL(wp)                         :: zq1, zq2, loc_vol, loc_area 
     70      REAL(wp), DIMENSION(6)           :: loc_cycletot3, loc_cycletot2 
     71      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: ztot3d 
     72      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)     :: ztot2d, carea 
     73# endif 
    6574      CHARACTER (len=25) :: charout 
    6675      !!--------------------------------------------------------------------- 
     
    98107      !                                                              ! total volume of the ocean  
    99108      areatot = glob_sum( cvol(:,:,:) ) 
     109      carea(:,:) = e1e2t(:,:) * tmask(:,:,1)  
    100110 
    101111      IF( lk_pisces  )       CALL trc_ini_pisces       ! PISCES  bio-model 
     
    192202      ENDIF 
    193203 
     204# if defined key_medusa && defined key_roam 
     205      ! AXY (17/11/2017): calculate initial totals of elemental cycles 
     206      ! 
     207      ! This is done in a very hard-wired way here; in future, this could be 
     208      ! replaced with loops and using a 2D array; one dimension would cover 
     209      ! the tracers, the other would be for the elements; each tracer would 
     210      ! have a factor for each element to say how much of that element was 
     211      ! in that tracer; for example, PHN would be 1.0 for N, xrfn for Fe and 
     212      ! xthetapn for C, with the other elements 0.0; the array entry for PHN 
     213      ! would then be (1. 0. xrfn xthetapn 0. 0.) for (N, Si, Fe, C, A, O2); 
     214      ! saving this for the next iteration 
     215      ! 
     216      cycletot(:) = 0._wp 
     217      ! report elemental totals at initialisation as we go along 
     218      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) 
     219      IF ( lwp ) WRITE(numout,*)    ' Elemental cycle totals: ' 
     220      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     221      ! nitrogen 
     222      ztot3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jpphn) + trn(:,:,:,jpphd) + trn(:,:,:,jpzmi) + & 
     223                      trn(:,:,:,jpzme) + trn(:,:,:,jpdet) + trn(:,:,:,jpdin) 
     224      ztot2d(:,:)   = zn_sed_n(:,:) 
     225      zsum3d        = glob_sum( ztot3d(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     226      zsum2d        = glob_sum( ztot2d(:,:) * carea(:,:) ) 
     227      cycletot(1)   = zsum3d + zsum2d 
     228      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'nitrogen', zsum3d, zsum2d, cycletot(1) 
     229      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     230      ! silicon 
     231      ztot3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jppds) + trn(:,:,:,jpsil) 
     232      ztot2d(:,:)   = zn_sed_si(:,:) 
     233      zsum3d        = glob_sum( ztot3d(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     234      zsum2d        = glob_sum( ztot2d(:,:) * carea(:,:) ) 
     235      cycletot(2)   = zsum3d + zsum2d 
     236      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'silicon', zsum3d, zsum2d, cycletot(2) 
     237      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     238      ! iron 
     239      ztot3d(:,:,:) = ((trn(:,:,:,jpphn) + trn(:,:,:,jpphd) + trn(:,:,:,jpzmi) + & 
     240                      trn(:,:,:,jpzme) + trn(:,:,:,jpdet)) * xrfn) + trn(:,:,:,jpfer) 
     241      ztot2d(:,:)   = zn_sed_fe(:,:) 
     242      zsum3d        = glob_sum( ztot3d(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     243      zsum2d        = glob_sum( ztot2d(:,:) * carea(:,:) ) 
     244      cycletot(3)   = zsum3d + zsum2d 
     245      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'iron', zsum3d, zsum2d, cycletot(3) 
     246      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     247      ! carbon (uses fixed C:N ratios on plankton tracers) 
     248      ztot3d(:,:,:) = (trn(:,:,:,jpphn) * xthetapn)  + (trn(:,:,:,jpphd) * xthetapd)  +  & 
     249                      (trn(:,:,:,jpzmi) * xthetazmi) + (trn(:,:,:,jpzme) * xthetazme) +  & 
     250                      trn(:,:,:,jpdtc) + trn(:,:,:,jpdic) 
     251      ztot2d(:,:)   = zn_sed_c(:,:) + zn_sed_ca(:,:) 
     252      zsum3d        = glob_sum( ztot3d(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     253      zsum2d        = glob_sum( ztot2d(:,:) * carea(:,:) ) 
     254      cycletot(4)   = zsum3d + zsum2d 
     255      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'carbon', zsum3d, zsum2d, cycletot(4) 
     256      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     257      ! alkalinity (note benthic correction) 
     258      ztot3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jpalk) 
     259      ztot2d(:,:)   = zn_sed_ca(:,:) * 2._wp 
     260      zsum3d        = glob_sum( ztot3d(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     261      zsum2d        = glob_sum( ztot2d(:,:) * carea(:,:) ) 
     262      cycletot(5)   = zsum3d + zsum2d 
     263      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'alkalinity', zsum3d, zsum2d, cycletot(5) 
     264      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     265      ! oxygen (note no benthic) 
     266      ztot3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jpoxy) 
     267      ztot2d(:,:)   = 0._wp 
     268      zsum3d        = glob_sum( ztot3d(:,:,:) * cvol(:,:,:) ) 
     269      zsum2d        = glob_sum( ztot2d(:,:) * carea(:,:) ) 
     270      cycletot(6)   = zsum3d + zsum2d 
     271      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'oxygen', zsum3d, zsum2d, cycletot(6) 
     272      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     273      ! Check 
     274      zsum3d        = glob_sum( cvol(:,:,:) ) 
     275      zsum2d        = glob_sum( carea(:,:) )       
     276      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) 
     277      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) ' check : cvol    : ', zsum3d 
     278      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) ' check : carea   : ', zsum2d 
     279      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) 
     280      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     281      ! 
     282# endif 
     283 
    194284      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    195285      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_init : passive tracer set up completed' 
     
    202292 
    2032939000  FORMAT(' tracer nb : ',i2,'      name :',a10,'      initial content :',e18.10) 
     2949010  FORMAT(' element:',a10,                     & 
     295             ' 3d sum:',e18.10,' 2d sum:',e18.10, & 
     296             ' total:',e18.10) 
    204297      ! 
    205298      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_stop('trc_init') 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_conserv_check_up/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcrst.F90

    r9163 r9208  
    3030   USE daymod 
    3131   !! AXY (05/11/13): need these for MEDUSA to input/output benthic reservoirs 
     32   USE par_medusa 
    3233   USE sms_medusa 
    3334   USE trcsms_medusa 
     
    5354   PUBLIC   trc_rst_cal 
    5455   PUBLIC   trc_rst_stat 
     56#if defined key_medusa && defined key_roam 
     57   PUBLIC   trc_rst_conserve 
     58#endif 
    5559 
    5660   !! * Substitutions 
     
    539543      IF( kt == nitrst ) THEN 
    540544          CALL trc_rst_stat            ! statistics 
     545#if defined key_medusa && defined key_roam 
     546          CALL trc_rst_conserve        ! conservation check 
     547#endif 
    541548          CALL iom_close( numrtw )     ! close the restart file (only at last time step) 
    542549#if ! defined key_trdmxl_trc 
     
    705712 
    706713 
     714# if defined key_medusa && defined key_roam 
     715   SUBROUTINE trc_rst_conserve 
     716      !!---------------------------------------------------------------------- 
     717      !!                    ***  trc_rst_conserve  *** 
     718      !! 
     719      !! ** purpose  :   Compute tracers conservation statistics 
     720      !! 
     721      !! AXY (17/11/2017) 
     722      !! This routine calculates the "now" inventories of the elemental  
     723      !! cycles of MEDUSA and compares them to those calculate when the 
     724      !! model was initialised / restarted; the cycles calculated are: 
     725      !!    nitrogen, silicon, iron, carbon, alkalinity and oxygen 
     726      !!---------------------------------------------------------------------- 
     727      INTEGER  :: ji, jj, jk, jn 
     728      REAL(wp) :: zsum3d, zsum2d, zinvt, zdelta, zratio, loc_vol, loc_are 
     729      REAL(wp) :: zq1, zq2, loc_vol, loc_area 
     730      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: z3d, zvol 
     731      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)     :: z2d, zarea 
     732      REAL(wp), DIMENSION(6)           :: loc_cycletot3, loc_cycletot2 
     733      !!---------------------------------------------------------------------- 
     734      ! 
     735      IF( lwp ) THEN 
     736         WRITE(numout,*)  
     737         WRITE(numout,*) '           ----TRACER CONSERVATION----             ' 
     738         WRITE(numout,*)  
     739      ENDIF 
     740      ! 
     741      ! ocean volume 
     742      DO jk = 1, jpk 
     743         zvol(:,:,jk) = e1e2t(:,:) * fse3t_a(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     744      END DO 
     745      ! 
     746      ! ocean area (for sediments) 
     747      zarea(:,:)      = e1e2t(:,:) * tmask(:,:,1) 
     748      ! 
     749      !---------------------------------------------------------------------- 
     750      ! nitrogen 
     751      z3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jpphn) + trn(:,:,:,jpphd) + trn(:,:,:,jpzmi) + & 
     752                   trn(:,:,:,jpzme) + trn(:,:,:,jpdet) + trn(:,:,:,jpdin) 
     753      z2d(:,:)   = zn_sed_n(:,:) 
     754      zsum3d     = glob_sum( z3d(:,:,:) * zvol(:,:,:) ) 
     755      zsum2d     = glob_sum( z2d(:,:) * zarea(:,:) ) 
     756      ! total tracer, and delta 
     757      zinvt      = zsum3d + zsum2d 
     758      zdelta     = zinvt - cycletot(1) 
     759      zratio     = 1.0e2 * zdelta / cycletot(1) 
     760      ! 
     761      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'nitrogen', zsum3d, zsum2d, zinvt,   & 
     762         cycletot(1), zdelta, zratio 
     763      IF ( lwp ) WRITE(numout,*)  
     764      ! 
     765      !---------------------------------------------------------------------- 
     766      ! silicon 
     767      z3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jppds) + trn(:,:,:,jpsil) 
     768      z2d(:,:)   = zn_sed_si(:,:) 
     769      zsum3d     = glob_sum( z3d(:,:,:) * zvol(:,:,:) ) 
     770      zsum2d     = glob_sum( z2d(:,:) * zarea(:,:) ) 
     771      ! total tracer, and delta 
     772      zinvt      = zsum3d + zsum2d 
     773      zdelta     = zinvt - cycletot(2) 
     774      zratio     = 1.0e2 * zdelta / cycletot(2) 
     775      ! 
     776      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'silicon', zsum3d, zsum2d, zinvt,    & 
     777         cycletot(2), zdelta, zratio 
     778      IF ( lwp ) WRITE(numout,*)  
     779      ! 
     780      !---------------------------------------------------------------------- 
     781      ! iron 
     782      z3d(:,:,:) = ((trn(:,:,:,jpphn) + trn(:,:,:,jpphd) + trn(:,:,:,jpzmi) + & 
     783            trn(:,:,:,jpzme) + trn(:,:,:,jpdet)) * xrfn) + trn(:,:,:,jpfer) 
     784      z2d(:,:)   = zn_sed_fe(:,:) 
     785      zsum3d     = glob_sum( z3d(:,:,:) * zvol(:,:,:) ) 
     786      zsum2d     = glob_sum( z2d(:,:) * zarea(:,:) ) 
     787      ! total tracer, and delta 
     788      zinvt      = zsum3d + zsum2d 
     789      zdelta     = zinvt - cycletot(3) 
     790      zratio     = 1.0e2 * zdelta / cycletot(3) 
     791      ! 
     792      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'iron', zsum3d, zsum2d, zinvt,       & 
     793         cycletot(3), zdelta, zratio 
     794      IF ( lwp ) WRITE(numout,*)  
     795      ! 
     796      !---------------------------------------------------------------------- 
     797      ! carbon 
     798      z3d(:,:,:) = (trn(:,:,:,jpphn) * xthetapn)  + (trn(:,:,:,jpphd) * xthetapd)  + & 
     799                   (trn(:,:,:,jpzmi) * xthetazmi) + (trn(:,:,:,jpzme) * xthetazme) + & 
     800                   trn(:,:,:,jpdtc) + trn(:,:,:,jpdic) 
     801      z2d(:,:)   = zn_sed_c(:,:) + zn_sed_ca(:,:) 
     802      zsum3d     = glob_sum( z3d(:,:,:) * zvol(:,:,:) ) 
     803      zsum2d     = glob_sum( z2d(:,:) * zarea(:,:) ) 
     804      ! total tracer, and delta 
     805      zinvt      = zsum3d + zsum2d 
     806      zdelta     = zinvt - cycletot(4) 
     807      zratio     = 1.0e2 * zdelta / cycletot(4) 
     808      ! 
     809      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'carbon', zsum3d, zsum2d, zinvt,     & 
     810         cycletot(4), zdelta, zratio 
     811      IF ( lwp ) WRITE(numout,*)  
     812      ! 
     813      !---------------------------------------------------------------------- 
     814      ! alkalinity 
     815      z3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jpalk) 
     816      z2d(:,:)   = zn_sed_ca(:,:) * 2.0 
     817      zsum3d     = glob_sum( z3d(:,:,:) * zvol(:,:,:) ) 
     818      zsum2d     = glob_sum( z2d(:,:) * zarea(:,:) ) 
     819      ! total tracer, and delta 
     820      zinvt      = zsum3d + zsum2d 
     821      zdelta     = zinvt - cycletot(5) 
     822      zratio     = 1.0e2 * zdelta / cycletot(5) 
     823      ! 
     824      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'alkalinity', zsum3d, zsum2d, zinvt, & 
     825         cycletot(5), zdelta, zratio 
     826      IF ( lwp ) WRITE(numout,*)  
     827      ! 
     828      !---------------------------------------------------------------------- 
     829      ! oxygen 
     830      z3d(:,:,:) = trn(:,:,:,jpoxy) 
     831      z2d(:,:)   = 0.0 
     832      zsum3d     = glob_sum( z3d(:,:,:) * zvol(:,:,:) ) 
     833      zsum2d     = glob_sum( z2d(:,:) * zarea(:,:) ) 
     834      ! total tracer, and delta 
     835      zinvt      = zsum3d + zsum2d 
     836      zdelta     = zinvt - cycletot(6) 
     837      zratio     = 1.0e2 * zdelta / cycletot(6) 
     838      ! 
     839      IF ( lwp ) WRITE(numout,9010) 'oxygen', zsum3d, zsum2d, zinvt,     & 
     840         cycletot(6), zdelta, zratio 
     841      ! 
     842      !---------------------------------------------------------------------- 
     843      ! Check  
     844      zsum3d        = glob_sum( zvol(:,:,:) ) 
     845      zsum2d        = glob_sum( zarea(:,:) ) 
     846      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) 
     847      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) ' check : cvol    : ', zsum3d 
     848      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) ' check : carea   : ', zsum2d 
     849      IF ( lwp ) WRITE(numout,*) 
     850      IF ( lwp ) CALL flush(numout) 
     851      ! 
     8529010  FORMAT(' element:',a10,                     & 
     853             ' 3d sum:',e18.10,' 2d sum:',e18.10, & 
     854             ' total:',e18.10,' initial:',e18.10, & 
     855             ' delta:',e18.10,' %:',e18.10) 
     856      ! 
     857   END SUBROUTINE trc_rst_conserve  
     858# endif 
     859 
     860 
    707861#else 
    708862   !!---------------------------------------------------------------------- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.